本データ集は，ノイラミニダーゼ立体構造予測データベース（理化学研究所，日本語：http://protein.gsc.riken.jp/jp/Research/index_na.html　英語：http://protein.gsc.riken.jp/Research/index_na.html　；以下NSDBと略記）のデータをChimeの機能により詳しく見るために作成したものです。詳細は以下をご参照ください。

• 新型インフルエンザに対応するためのタンパク質立体構造データベースを全世界に公開　- 抗インフルエンザウイルス薬剤開発促進へ - （理研，2006/01/20）
• Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Daisuke Takaya, Kazuhiko Kanou, Mitsuo Iwadate and Hideaki Umeyama, Protein structure prediction in CASP6 using CHIMERA and FAMS, Proteins, 61 Suppl 7, 122-127 (2005).（http://www.pharm.kitasato-u.ac.jp/biomoleculardesign/　http://protein.gsc.riken.go.jp/　http://www.rsgi.riken.go.jp/）

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  ノイラミニダーゼ立体構造予測データベース（理研）のデータ例
  ※CASTpは，PDB ID または Keyword Search（例えば neuraminidase など），あるいはPDB形式データのアップロードでポケット部位が探索可能なサイトです．
  ※初期表示はAAC14419.1.pdb

  ●AAC14419.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/Chicken/Hong Kong/258/97 (H5N1))] 　 通常表示 　 Pocketベスト3表示　　構成アミノ酸選択： Pocket 77 ｜ Pocket 76 ｜ Pocket 74 　 CASTpによる全ポケットデータ（Pocketベスト3を除いて黄色表示） ●BAD89307.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/chicken/Yamaguchi/7/2004(H5N1))] 　 通常表示 　 Pocketベスト3表示　　構成アミノ酸選択： Pocket 88 ｜ Pocket 86 ｜ Pocket 85 　 CASTpによる全ポケットデータ（Pocketベスト3を除いて黄色表示） ●BAD89317.1 [Influenza A virus (A/chicken/Oita/8/2004(H5N1))] 　 通常表示 　 Pocketベスト3表示　　構成アミノ酸選択： Pocket 81 ｜ Pocket 80 ｜ Pocket 75 　 CASTpによる全ポケットデータ（Pocketベスト3を除いて黄色表示） ●BAD89337.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/crow/Kyoto/53/2004(H5N1))] 　 通常表示 ●BAD89347.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/crow/Osaka/102/2004(H5N1))] 　 通常表示 ●BAE07157.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/duck/Yokohama/aq10/2003(H5N1))] 　 通常表示 ●BAE47132.1 neuraminidase [Influenza A virus (A/blow fly/Kyoto/93/2004(H5N1))] 　 通常表示

  タンパク質バックボーン 同・二次構造 リガンド表示 OFF 水分子表示（*印データのみ）　 OFF 全選択 リガンド選択 タンパク質選択 空間充填 球棒 球・大き目 スティック OFF CPK色 アミノ色 ｜ 濃赤 濃青 薄紫 薄水色 薄緑 ラベル表示 OFF ドット表面表示 OFF 静電ポテンシャル OFF 親油ポテンシャル OFF 水素結合（細） 同（太） OFF S-S結合（太） OFF S原子（Protein中）空間充填 光沢表示 OFF ｜ 光量30% OFF 背景・黒 背景・灰 背景・白 回転 OFF ｜ 画像をクリップボードへコピー 酸性・中性・塩基性アミノ酸区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 等電点順 ※amino表示の凡例 ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO ＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝ ※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例 ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS ※極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別 SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP ※疎水性インデックス順 ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE ※等電点順 ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

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  ※分子モデル以外の詳細情報は，Jmol版をご参照ください。

  ※参考：他のCASTp利用コンテンツ
  • CASTpデータで見るSARS関連タンパク質例
  • ラメラリン α20-サルフェート（HIVインテグラーゼ阻害剤）
  • CASTpデータで見るエストロゲン受容体
  • P450データ集メニュー