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パソコンで見る動く分子事典
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パソコンで見る 動く分子事典 CD-ROM付
アナウンスのページ

1999年9月20日発行(講談社ブルーバックス)
本間善夫・川端 潤 共著

《 最新更新日:2002/11/05 》

出版社による「パソコンで見る動く分子事典」紹介ページ(本の発注もできます)
◎オンライン書店で購入する場合 → 一覧〔by 本探し便利帳〕 ‖ 例: bk1Amazon紀伊国屋

「動く分子事典」とMDLロゴ入り時計が当たる分子クイズの受付けは終了しました(解答編も公開)!!


2002/08/26,6刷が発行されました!

本書の構成

    第1章 分子のかたち,分子の見方
          どうして分子で考えるのだろう
          身の回りの分子 −商品のラベルから
    第2章 分子事典
    • 基本分子
    • 生体分子(1)…アミノ酸,糖類
    • 生体分子(2)…脂質関連物質
    • 生体分子(3)…ビタミン,その他
    • 天然成分[植物由来]
    • 天然成分[動物由来]
    • 天然成分[微生物由来]
    • 医薬・農薬
    • においの成分
    • 味覚の成分
    • 色彩と分子
    • 界面活性剤
    • 高分子
    • 環境ホルモン関連分子
    • その他の環境問題関連分子
    第3章 多彩なおもしろ分子の世界 −炭化水素を中心として
    第4章 分子をよりよく知るために −有機化学の基礎
          有機化合物の成り立ち
          有機化合物の分類とあらわし方
          分子計算の概要
    CD-ROM版分子事典の利用方法
    ※付録CD−ROMにはChemscapeChimeインストールプログラムと分子データ1200以上を収録!
    (Windows95/98/NT,Macintoshで利用可能)


Q&Aコーナー(読者との交流ページ)へ
Thread → 1-40 | 41-80 | 81-120 | 121-160 | 161-200

著者が直接質問に答える画期的な試みです!
※掲示板サーバのメンテナンス等で繋がらない場合は,こちらで試してみてください.


補足情報と話題

2002年8月発行の6刷(CDに★★★マーク)には,次項の問題に対応したChime2.6SP3を収録したほか,広島大学・吉田弘先生のご厚意により,分子モデリングソフトウェエアMOLDAのインストールプログラム(Windows版)を同梱させていただくことができました。吉田先生に感謝し,ご報告させていただきます。
 なお,2002/11にはMOLDAサイトで平成14年度情報処理振興事業協会未踏ソフトウェア創造事業『第一原理に基づいた分子言語による生命プログラミング』のページが公開され,MOLDA for Protein Modelingのダウンロードが可能になりました(関連講演[PDF],および経済産業省資料IPA資料参照)。

第1刷〜5刷のCD(印が0〜2個)に収録のChimeプログラムについて
 2001/08/03にリリース(日本語版は08/15)されたInternet Explorer(5.5 SP2)でChimeを利用できなかった点について,MDLではIE5.5SP2用のChime2.6SP3をリリースしました(アナウンスではIE6.Xへの対応は2002年後半とのことですが,IE6でも一部機能を除いて利用可能です)。動作をチェックしたところ,IE5.5SP2およびIE6.0(継続確認中),NC4.7Xで利用できましたが,IEでは以下のコンテンツのいくつかで表示に時間がかかる場合もありますのでご注意ください。
 2001/10/01時点でPDBのChimeによって構造を表示するページでは,ブラウザをチェックしてWin/IEではアクセスできないようにしている場合(PDB個別データ指定の;2002/03/21再確認)もあるなど,現時点でChimeを用いるにはNC4.7Xを利用する方がよい場合もあるようです。
 NC4.7Xを追加インストールする場合は(htm・htmlファイルの関連付け設定などにご注意),すでにChimeを使用していた場合はChimeをアンインストールし,NCインストール後にChimeを再インストールしてください。Chime Resourcesサイトの情報(英文)も参考になります。

■Chimeのページ別URL) Downlordをクリックして表示されるページ最下行の“I Agree”ボタンを押した後に名前・住所・メールIDを書き込めばDLできます。
 または,FTPサイトに入って(こちらは名前等の入力が不要です),必要なバージョンをDLすることも可能です。最新のWindows版はMDLChime26SP4.exeですが,不調な場合はChime26SP4.zip(圧縮ファイル)の方をDLして解凍してからインストールしてください。

本書についてはいろいろなサイトで紹介等をしてもらっており,本当に感謝しています。以下にいくつか紹介させていただきます(2002/08時点)。

2001/08/01,junkさんのページが10万アクセスを達成しました!! 記念クイズ実施中ですので,奮ってどうぞ! 〈終了〉

「動く分子事典」CD-ROM収録分子(Web公開版も同様)のベンゼン環の表現は,下図のようにケクレ構造(単結合と二重結合が交互になっているもの;下図左上)とそうでないもの(3D表示ではすべて単結合に見えるもの;下図右上)があります。これは分子データを複数の計算ソフトで作成しており,各ソフトのデータファイル形式に依存しているためです。2D表示(Chimeマニュアル参照)するとそれぞれ下段の図のようになり,右側の分子も構造式で六角形に○の表示にする場合に準じていることがわかります。「動く分子事典」p.30もご参照ください。


ベンゼン環の異なった表示例(農薬の2,4,5-Tの場合;Chimeデータ→)。
※参考:市販分子科学計算ソフトウェアの出力分子表示例

Macで付録CD-ROMデータを閲覧する場合,利用環境によっては分子モデルが表示されずに構造データがテキストで表示される場合があります。このような場合の対処方法について,お茶の水女子大学の冨永先生が以下にお書き下さっていますのでご参照下さい。冨永先生にはこの場で深く感謝いたします。

http://wwwacty.phys.sci.osaka-u.ac.jp/~atom11/front/books/books3.html旧URL)

2001年2月,第4刷をご購入くださった北海道の読者の方から,お嬢さん(2000年11月で4歳半とのことです)と「動く分子事典」の分子データを見たりZome Toolという模型キットで分子モデルを組み立てたりしているということで,写真を添付で送っていただきました(読者交流掲示板にも書き込みをしていただいています)。おそらく本書の最年少読者ではないかと思いますので,ご一家の了解をいただいた上で以下に転載させていただきます。

「動く分子事典」を手にした最年少読者の写真(テーブル左手にある分子モデル3つと右手の多面体はそれぞれなんでしょうか?)

2000年12月,分子表示プラグインのChimeがVer.2.6にアップグレードされました。現在確認中ですが,本書CD-ROM収録版からの機能変更はないようですので,ダウンロードしてインストールし直す必要は特にないようです。また新版についても従来のマニュアル通り使用できます。
 また,新版をダウンロード(「分子事典」記載のものとURLが変更になっています)するに際して利用者登録(メールID,パスワード,名前)をするように仕様変更になっています。登録時にNCを使ってエラーになる場合はIEでお試しください。新版をインストールする際は,ブラウザをすべて終了し,旧版をアンインストールしてから実行してください。

著者の一人であるjunkさんが,2000年10月に『ビギナーズ有機化学』(化学同人)を出版されました \(^^)/。

日本農芸化学会誌・2000年7月号の書評欄で,香川大学農学部の合谷祥一先生から,本書について過分な紹介とご推薦をしていただきました。ここに厚く御礼申し上げます m(_ _)m。

Windows/Internet Explorerでご利用の方へ(1) → (2) ※(2)に記載したように★または★★印のついたCDは問題ありません。

 CD-ROMの分子データを参照する際に,Windows上のInternet Explorerでmol形式のファイルを直接読み込むと(HTMLによってページ内の分子として表示されるときは問題ありません),ロングファイル名の分子データの場合,同じディレクトリにそれと近い名前の分子データがあると,そちらの方が表示されてしまうことがあります。そのようなときは,後述のようにHDにコピーするか(データ全量は約30MBです)ブラウザをNetscape Communicatorに変更してご覧ください。
    (本文,p.56参照)
    ・β-D-フルクトース(ピラノース型) dic/natural/fructose.mol  正常
    ・β-D-フルクトース(フラノース型) dic/natural/fructose_f.mol 上と同じ分子が表示
    ・教材データ〔HTML〕・糖類  dic/sugar1.html  上の2つが正常に表示

    [注]ロングファイル名とは上のfructose_f.molのfructose_fのようにファイル名が8文字(半角換算で)を超えるものです。これはWindowsのエクスプローラで確認できますが,疑問のある分子データについてHDにコピーする以外のやり方で正しく見る方法としては,その分子データをエクスプローラからデスクトップにドラッグしてコピーし,それをダブルクリックしてInternet Explorerで参照する手段もあります。
     ロングファイル名のデータをCD-ROMに焼き付ける際に生じた問題のために異なった分子が表示されるものは,以下のようになります(「分子モデル全リスト」bunsi_all.htmlで参照できる分子について;▲(異常)△(正常)が表示されてしまう)。

    chem3/fulgide_c.mol=フルギドの例[閉環体]
    chem3/fulgide_n.mol=フルギドの例[開環体]
    chem5/curcumin.mol=クルクミン
    chem5/curcumin1.mol=クルクミン[中・酸性:黄色]
    chem5/curcumin3.mol=クルクミン[アルカリ性:赤色(推定構造)]
    dic/natural/b_endorphin.mol=β-エンドルフィン(1)
    dic/natural/b_endorphin0.mol=β-エンドルフィン(2)
    dic/natural/chlorophyll_a.mol=クロロフィルa
    dic/natural/chlorophyll_b.mol=クロロフィルb
    dic/natural/fructose.mol=β-D-フルクトース(ピラノース型)
    dic/natural/fructose_f.mol=β-D-フルクトース(フラノース型)
    dic/natural/lecithin17a.mol=レシチンの例(ジステアロイルレシチン)(1)
    dic/natural/lecithin17b.mol=レシチンの例(ジステアロイルレシチン)(2)
    dic/natural/paraquat.mol=パラコート(1)〈農〉
    dic/natural/paraquat_b.mol=パラコート(2)〈農〉
    dic/natural/pyrethrin1.mol=ピレトリン
    dic/natural/pyrethrin2.mol=ピレトリン
    dic/natural/tetrodotoxin.mol=テトロドトキシン(1)〈毒〉
    dic/natural/tetrodotoxin2.mol=テトロドトキシン(2)〈毒〉
    dic/nioi/nootkatone1.mol=ヌートカトン/ノオトカトン
    dic/nioi/nootkatone2.mol=ヌートカトンの光学異性体
    dic/oc_cd/borazine.mol=ボラジン(1)
    dic/oc_cd/borazine_s.mol=ボラジン(2)
    dic/polymer/melamine.mol=メラミン
    dic/polymer/melamine_r.mol=メラミン樹脂〈高〉
    poly/pvc10iso.mol=ポリ塩化ビニル(PVC)[繰り返し単位×10;イソタクチック構造の例(直線構造)]〈高〉
    poly/pvc10iso2.mol=ポリ塩化ビニル(PVC)[繰り返し単位×10;イソタクチック構造の例(ねじれ構造の例)]〈高〉

Windows/Internet Explorerでご利用の方へ(2) → (1)
 この度,上記問題を解決した修正版CD-ROMを作成いたしました。交換を希望される方は,封書にて,修正版お送り先の住所,お名前を明記の上,現在お手元にある本書CD-ROMを必ず同封して下記宛先までお送りください。なお,送られるお手元のCD-ROMは厳重にパックする必要はなく,通常の80円用の封書に同封して切手を貼らずに投函してくだされば,郵送料は着払いとなります(往復とも講談社の負担とさせていただきます)。お手数をおかけいたしますがよろしくお願いいたします。
 なお不具合の生じるCD-ROMは第2刷付録分までで,第3刷以降の付録CD-ROMはすでに修正されています。本書奥付(365ページ)に書いてある刷数をご確認ください。また,第2刷以前でも一旦書店から出版社に戻って再発送されたものは新しいCD-ROMに差し替えてあります。目印として,CD-ROMラベル表面,著者名の下,「講談社ブルーバックス B1266」のあとに★(第3刷)または★★(第4刷以降)印がついているものが修正されたCD-ROMです。

 宛先: 〒112-8001 文京区音羽2-12-21 講談社ブルーバックス 分子事典修正版CD-ROM係

●化合物数

 p.238に知られている化合物数として15,863,548(1996年12月現在)という数字をあげましたが,CASによる以下のサイトで最新データを知ることができます(URLは時実象一さんのページで知りました)。
CAS Registry Number and Substance Counts

●“ChemscapeChimeマニュアル(2)  −分子の表示形式の変更−”の改訂版

 CD-ROMのメインメニューから参照できる標記Chimeマニュアルを更新してWeb上に転載しました。HDにデータをコピーしてお使いの方は,以下のファイルをダウンロードして解凍される4つのファイルを,データの入っているフォルダ(ディレクトリ)の中の“dic”に上書きコピーすれば改訂版を利用できます。
改訂版マニュアル(lzh形式で圧縮)

付録CD-ROMデータのハードディスクへのコピーについて

 学校における教育目的で,複数台のパソコンで本書付録CD-ROMのデータを利用したい場合は,その台数分だけ本書を購入していただく必要があり,ハードディスクにコピーして使う場合やLANの場合であっても同様です。これは,著作権で認められている複製(コピー)は私的な利用(それも限定的な範囲で)に限られているためです。
 ただし,本書CD-ROMのオリジナルデータは,CDのフォルダ(ディレクトリ)“dic”にすべて入っており,それ以外のフォルダのデータはWeb上で公開済みのものですので,複数のハードディスクにコピーして戴いても構いません。以下に,“dic”のデータを除いた分子データ一覧のHTMLを置きましたので,ダウンロードしてご利用してください(lzh形式で圧縮してあります)。
“dic”のデータを除いた分子一覧HTML(lzh形式で圧縮)

 また,上記リストの改訂最新版(オンライン版参照)と分子データ約800を一緒にまとめて圧縮したものをダウンロードすれば,同様にオフラインでの利用が可能になります(分子データが含まれるので,ファイルサイズが702,493bytesと大きくなっています)。

Web公開分子一覧HTML+分子データ(lzh形式で圧縮)

●本文掲載のURLに直接接続(最新URL)

p.314 ブラウザ(Internet Explorer)のダウンロード 〔Chime2.6はIE(5.5 SP1)以下のバージョンが必要;詳細はMDLで確認〕
p.314 ブラウザ(Netscape Communicator)のダウンロード 〔Chime2.6はNC4.7X以下のバージョンが必要;詳細はMDLで確認〕
p.321 Chime最新版のダウンロード 〔2000/12,URL変更:DL時に利用者登録必要〕
p.324 構造式エディタISIS/Drawのダウンロード 〔2000/12,URL変更〕
p.332 Brookhaven Protein Data Bank
  (URL変更ですが,旧URLからでも新URLにつながります;CDのデータからリンクしてあるものも同様)

●読者の方から,本誌付録のミニCD-ROM(8cmCD-ROM)を『8cmDISKは決していれてはいけません』と書かれているドライブに入れてトラブルになったとのご報告がありました。8cmCDの溝のあるドライブや中心の穴にはめるタイプは大丈夫だと思いますが,直接CDをドライブに差し込む形式のものでは使用不可能の場合があるかも知れません。パソコンまたはCD-ROMドライブのマニュアルをご確認の上ご利用ください。詳細は上記交流ページへ。


正誤表

●本書は発行直前まで最新情報を盛り込む作業をしたこともあって,初版第1刷では若干のミスがありました。また読者の方々から,内容について疑問点などを指摘していただいています。本ページで随時修正情報・追加情報をお知らせし,より正確な情報提供を心がけたいと思いますので,よろしくご了承ください。
 2000/12発行予定の第4刷で現在以下の内容を含めて修正すべく作業中です。読者の方で他にお気付きの点がありましたら11/5までにメールでご連絡をお願い致します。

※HDにCDのデータコピーしてお使いの方は(上記注意事項にご注意ください),以下の修正データ(以下の各最左欄にあるもの)をダウンロードして(各ファイル名をマウスで右クリックして表示されるメニューから『リンクを名前を付けて保存』を選んで任意のフォルダに保存〔Windowsの場合〕),指定フォルダにコピーすれば,そのまま最新データを利用できます。ただし,CDからHDにコピーしたデータは上書きできませんので,一旦古いデータを削除してから保存してください。
ページ/該当個所





p.101/10行目 鳥類ではウリカーゼによって その他の多くの哺乳動物は尿酸オキシダーゼによって
 ※第4刷では“オキシーゼ”と誤植
p.225/7行目 塩化水素脱離反応による重合 塩化水素脱離反応による縮合重合
p.226/下から7行目と4行目(索引も) シリコンゴム シリコーンゴム
p.259/2行目 総称で正しくはクロロフルオロカーボン(CFC)と呼ぶ 総称である。クロロフルオロカーボン(CFC)類などがこれに含まれる。






目次 4.2 有機化合物の分類あらわし方 4.2 有機化合物の分類とあらわし方
p.190/反応式
※CD収録データ(color/ac.html)の修正版
 (ダウンロード専用ですので保存のみにして,通常のクリックはしないでください)
元の反応式(gif画像) 修正した反応式(gif画像)
 ※赤色の部分を修正
p.243/2行目 原因の大部分は合成時副生成物のPCDFの方とされる 原因の大部分は熱媒体として使った間に生成したPCDFにある。
p.280/最下段左の構造式
※CD収録分子は正
詳細
●CD-ROM収録の分子モデルについても,より正確な構造のデータをここで紹介しますので,必要に応じてダウンロードしてください。 ※★★印のついたCD(第4刷以降)では修正済みです。
分子名 CDの収録フォルダ名 本文の掲載ページ
ジパルミトイルレシチン
※2位の配置が逆
dic/natural
68(本文の図は正)
テトロドトキシン
※OH基の位置
dic/natural
※別データ chem/tet_dox.mol は正
108(本文の図は正)
メソミル
※C6H12N2O2S → C5H10N2O2S
chem2
(図は無し;p.237の表に名前だけ)
l-メントール
※立体構造訂正
kaori
※別データ dic/nioi/menthol1.mol は正
159(本文の図は正)
●また,本文には直接関係しないCDの【補足参考資料】中のHTML文章の誤記や分子モデルの修正については以下に掲載します。 ※★★印のついたCD(第4刷以降)では修正済みです。
タイトル
CDの収録ファイル名
「おじさんのにおい??/ノネナール」
chem5/nonenal.html
9-ヘキサデン酸 (3ヶ所とも) 9-ヘキサデセン酸
オキシモルホンの分子式
drug/dc024.html
C17H23NO4
※分子モデルも訂正
C17H19NO4
訂正分子モデル( drug/oxy.mol )
クロルジアゼポキシドの分子式
drug/dc030.html
C7H4ClNO2
※分子モデルは正
C16H14ClN3O
クロナゼパムの分子モデル
drug/d6.mol
スルピリドの分子モデル
drug/d9.mol
ナロルフィンの分子モデル
drug/nal.mol
ハロペリドールの分子モデル
drug/hal.mol
ピクロトキシンの分子式
drug/dc066.html
C30H34O13
※分子モデルは正
C15H18O7
ビンクロゾリンの英名
nouyaku/nc101.html
Vincozolin
※農薬メニューも訂正(nouyaku/nc_index.html)
Vinclozolin
ブタバルビタールの分子式
drug/dc078.html
C9H17N2O3Na
※分子モデルは正
C10H16N2O3
ポリリボシチジル酸の分子モデル
poly/p22p.mol〈高分子〉
α-メチルイオノンの分子式
kaori/kc153.html
C13H20O
※分子モデルも訂正
C14H22O
訂正分子モデル( kaori/mi.mol )
β-メチルイオノンの分子式
kaori/kc154.html
C13H20O
※分子モデルは正
C14H22O
レボルファノールの分子式
drug/dc109.html
C13H17NO
※分子モデルも訂正
C17H23NO
訂正分子モデル( drug/leb.mol )
ロジナールの分子式
kaori/kc173.html
C10H20O
※分子モデルは正
C10H18O
dic/pdb の全HTML修正
Brookhaven Protein Data BankのURL変更とシステム変更にともなうリンク切れ修正
修正ファイル(lzh形式)
※HDにコピーしてお使いの方は,上記ファイルをDLして,dic/pdb に解凍(旧ファイルはすべてプロパティで“読み取り専用”のチェックをはずしてから上書き解凍)
◆CD登載の分子モデルデータについてお気付きの点がある場合は,本間まで情報をお寄せください。


本文見本(本間執筆分から)

■ 味覚の成分/辛味物質(本文p.171)

カビシン(シャビシン)
chavicine
(Z,Z )-1-[5-(1,3-benzodioxol-5-yl)-1-oxo-2,4-pentadienyl]piperidine
分子式:C17H19NO3
分子量:285.34
性 状:黄色油状液体
沸 点:110℃


 コショウに含まれる辛味成分。立体異性体のピペリン(piperine;(E,E)-1-[5-(1,3-benzodioxol-5-yl)-1-oxo-2,4-pentadienyl]piperidine,固体で融点 130℃)は最初は無味であるが,後で口中に辛味を残す。コショウ末を保存しておくと辛味が少なくなるのは,辛味の強いカビシンがピペリンに変化するためである。
 合成された類似化合物による辛味強度の研究では,アシル基の芳香間部分の変更とそこに結合する置換基の影響,同芳香環とカルボニル基を結ぶ炭素鎖の長さや不飽和結合の有無の影響,ピペリジン塩基部分の置換による影響などについて詳しく調べられている。
 コショウは紀元前にはすでに解毒薬として知られ,中世のヨーロッパでは保存肉のくさみ消し・防腐剤として需要が拡大し,大航海時代が生まれたのはコショウの入手も目的の一つであったとされる。


分子図:カビシンピペリン(分子名クリックでChime版分子モデル参照可)

ChemscapeChimeのダウンロードサイト(MDL)


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