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le projet MGS le projet (U)TopoIa

Activités (current responsabilities)

• Directeur du LaMI, umr 8042 du CNRS, Université d'Evry/GENOPOLE.
• Rédacteur en chef de TSI (Technique et Science Informatique), revue francophone éditée par Lavoisier et Hermes Science
• Chargé de Recherche au CNRS, Habilité à dirigé des recherches.
• Enseignant en Deug MIAS, DEA d'informatique (université d'Evry), DEA AMIB (bio-informatique, université d'Evry), Mastère de BioInfo à l'IIE, formation permanente SUPELEC.
• Membre :

  European Association for Programming Languages and Systems: EAPLS,
  European Association for Theoretical Computer Science EATCS
  Société savante et professionnelle des Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication ASTI (conseil d'administration).

• Bibliographie (publications)
• Organisation de conférences

  TAPS Workshop on Theory and Applications of P Systems

  IPCAT'05 Information Processing in Cells and Tissue

  RULE'05 International Workshop on Rule-Based Programming

  French workshop on "Modélisation et simulation de processus biologique dans le contexte de la génomique" (4-8 April 2005, Montpellier)

  UPP'04 Unconventional Programming Paradigms.
  Co-chair with J.P. Banatre, O. Michel and P. Fradet. The participation to this international workshop is by invitation only. The workshop is jointly supported by the European Commissions Information Society Technologies Programme, Future and Emerging Technologies Activity, and the US National Science Foundation, Directorate for Computer and Information Science and Engineering.

Vers mon travail et mes projets (my research projects)

• Présentation en anglais de MGS
  english presentation of the MGS project: a declarative programming language for the modeling and the simulation of dynamical systems with dynamical structures with applications in integrative biology.
• Présentation en anglais du projet (U)TopoIa
  english presentation of the (U)TopoIa project: algebraic topology for diagrammatic reasoning, knowledge representation and analogy solving.
• Groupe de travail CELLIA   workgroup in modelling and simlulation of biological processing (in french)
  Atelier GENOPOLE   post-genomic modeling and simulation (in french)
• Présentation en anglais de 8 1/2
  english presentation of the Otto e Mezzo project: a declarative programming language for the parallel simulation of dynamical systems.
• Première présentation en francais d'un cadre général pour la définition récursive de structure de données déclaratives
• Ces travaux s'appuient sur l'idée intuitive que l'espace est une notion utile et fertile en informatique. (Cf. les transparents d'une présentation en francais : première partie sur l'espace dans les structure de données et de contrôles et deuxième partie sur l'utilisation de l'espace pour la représentation de connaisance.)

• Concepts et outils de programmation pour les simulations en biologie.
  Le projet Otto a exploré l'utilisation des langages à flot de données synchrones pour la simulation des systèmes dynamiques. La modélisation des phénomènes biologiques donne lieu à une classe particulièrement difficile de systèmes dynamiques : ceux dont la structure même est dynamique.
  Ce type d'application est à présent dans mon collimateur et je m'y attaque à partir d'outils topologique pour la programmation. Les outils que j'utilise sont dans la continuité des recherches menées à propos de Otto.Je développe des collaborations avec le CIRAD et l'université d'Evry autour de ces sujets (Cf. plus bas).

Parlons de moi (about me)

Chargé de recherche au CNRS, habilité à dirigé des recherches, je suis aussi directeur adjoint du LaMI, le laboratoire des méthodes informatiques de l'université d'Evry, associé à GENOPOLE et au CNRS. Je suis aussi responsable (par interim) de l'équipe SPECIF.

• Mon nouveau projet de recherche : Modèles et outils topologiques pour la programmation et la simulation en post-génomique
• Mon rapport d'habilitation (en francais, .ps.gz)
• My tenure report (in english .ps.gz)
• Mon curriculum vitae (version française, postcript) (version .ps.gz)
• My curriculum vitae (in english)
• Le support de la soutenance d'habilitation (the slide show for the tenure). Ce fichier est un zip auto-extractible dont le résultat est un programme pour Windows95 ou WindowsNT. Ce programme affiche une suite de transparents de présentation et des animations qui m'ont servi à illustrer ma soutenance d'habilitation.
• Rapport d'activité du projet "Otto e Mezzo" en ligne (periode 1992-1995).

et du reste de la communauté ...

• Quelques liens vers les institutions : le CNRS,   le département STIC du CNRS,   le GDR ALP du CNRS,   la GENOPOLE d'Evry,   l'IHES,   l'unité de modélisation du CIRAD.
• Je travaille avec Olivier Michel au LaMI. Nous avons proposé une action blanche autour de la simulation de phénomènes cellulaires c'est le projet PHCP qui réuni des gens du LaMI et de GENOPOLE. (Voir les transparents d'une présentation faite aux journées Péri-Bio d'Evry et une proposition de programme jeune équipe SPI).
• Avec Christophe Godin du laboratoire de modélisation du CIRAD, nous travaillons sur la nouvelle version du logiciel AMAPMOD pour la modélisation des plantes. Vous trouverez ici une page décrivant nos objectifs. Nous explorons aussi l'application du langage MGS à la modélisation de la croissance méristématique.
• Avec Franck Delaplace du LaMI nous réflechissons sur le traitement parallèle de structures de données réparties irrégulières et participons à l'action transversale inter-GDR PRO (cette page décrit le groupe de travail dont je suis responsable et celle-ci les rencontres à Lille en Novembre 99).

Mais nous travaillons aussi sur les problèmes d'organisation des systèmes biologiques (pour la modélisation informatique et la simulation des processus biologiques). Ce travail ce déroule dans le cadre du groupe de travail CELLIA et de l'atelier GENOPOLE simulation en génomique.

• Je suis rédacteur en chef de TSI. Cette tâche me tient à coeur car cette revue est un outil précieux pour communauté de recherche francaise.
  • Vous trouverez dans l'édito du numéro de mars 99 l'expression de mon opinion sur l'humeur de la communauté de la recherche en informatique ; cet éditorial et une réponse de Max Dauchet sont accessible dans la revue 43 de Specif.
  • Un autre de mes éditoriaux (octobre 2001), sur un mode plus ironique, présente quelques générateurs linguistiques pour se débarasser des formulaires administratifs.
  • Vous trouverez ici un éditorial (novembre 2002) sur le rôle de la modélisation informatique et son impact dans la construction d'une nouvelle rationalité scientifique.
  • J'ai été interviewé pour STIC-Hebdo dans le numéro 42 (janvier 2005). J'y évoque les liens entre informatique et biologie.
• J'ai enseigné ou j'enseigne : les langages de programmation et les langages parallèles dans plusieurs filières : le DEA d'architectures d'Orsay,le TER en maitrise à Orsay (sur les ROBDD), en formation permanente à SUPELEC (pour le parallélisme), dans le DEA francophone de IASI en Roumanie, le DEA d'Evry (semantique denotationelle), la modélisation informatique des systèmes dynamiques dans le DEA AMIB (bioinfo a Evry) et le magistere bioinfo de l'IIE, le DEUG à Evry (programmation fonctionnelle), la maitrise d'Evry (compilation), le DEA de Bobo-Dioulasso (Burkina-Fasso), etc.

par le passé

• Fabrice Legrand, Abderahmane Mahiout, Philip Nguyen, Julien Soula, Vincent Segard et  Dominique De Vito ont travaillé sur 8 1/2
• Ainsi qu'Olivier Michel avec lequel je travaille encore. Notre thématique est toujours centrée sur de nouvelles constructions pour les langages de programmation, avec des domaines d'applications particuliers (les simulations de systèmes dynamiques à structure dynamique).
• Le projet 8 1/2 a été mené en collaboration avec Jean-Paul Sansonnet qui poursuit ses recherches au LIMSI
• Erika Valencia a fait son stage de DEA et a débuté avec moi son travail de thèse sur le raisonnement diagrammatique et plus précisément, sur l'utilisation d'outils de topologie algébrique pour la représentations de connaissances. Elle poursuit sa  thèse au LIMSI avec J.-P. Sansonnet.
• Mon travail a souvent rencontré les travaux de Paul Feautrier et de son équipe (en particuliers Jean-Francois Collard pour les champs de données et Albert Cohen qui a travaillé sur des structures apparentées aux GBF) au PriSM
• Mais j'ai travaillé aussi avec Gaetan Hains du LIFO dans le groupe de travail LODEC du GDR ALP et au sein de l'action iHPerf du GDR ARP
• Bjorn Lisper a aussi travaillé les champs de données (et a rapporté sur mon habilitation)
• Ces travaux ont d'abord été mené dans l'équipe Architectures Parallèle du Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI). Ils se poursuivent à présent dans l'équipe SPECIF du Laboratoire des Méthodes Informatiques ( LaMI)

 
Pour me contacter :

pour venir au LaMI                                  __"__                  / _ ^ \                {  0 0  }               |   v   |                \  =  /                  \___/                     x                 >-----x-----<                 x                      ===                     / \                    |   |                  _|   |_

Jean-Louis GIAVITTO LaMI umr 8042 du CNRS,          (Université d'Evry Val d'Essone) Tour Evry 2, GENOPOLE        (4eme etage, bureau 30) 523, Place des terrasses de l'agora 91000 Evry - FRANCE email: giavitto.NOSPAM@lami.univ-evry.fr (remove the ".NOSPAM" substring !!!) téléphone: 01.60.87.39.04    fax: 01.60.87.37.89 (from abroad: replace the first 0 by 33)

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