Apresentar aos alunos os Algoritmos básicos para alinhamento e comparação de sequencias.
Conceitos Basicos de Bioinformatica. Alinhamento de Sequencias. Metodos
baseados em Programacao Dinamica. BLAST. Comparacao de Multiplas Sequencias.
Cadeias de Markov com estados escondidos. Actividade de Genes. Deteccao de
Estruturas De Preoiteinas. Arvores Filogeneticas.
1 Março de 2006 - Aula 1
2 Março de 2006 - Aula 2
3 Março de 2006 - Aula 3
Com este trabalho pretende-se que os alunos façam uma apresentação de 60 minutos (no máximo) sobre dois algoritmos diferentes de encaixe de strings. O trabalho será realizado em grupos de 3 ou 4 elementos.
Grupo 1 (3 elementos):
Apresentação do trabalho no dia 4 de Maio
Algoritmo Força Bruta vs
Algoritmo Morris-Pratt
Grupo 2 (3 elementos):
Apresentação do trabalho no dia 18 de Maio
Knuth-Morris-Pratt + Algoritmo
Boyer-Moore
Grupo 3 (4 elementos):
Apresentação do trabalho no dia 1 de Junho
Skip search + Suffix-Trees
Espera-se
que durante a apresentação o grupo de trabalho descreva como funciona cada um
dos algoritmos da sua tarefa, usando para isso exemplos práticos. Deverão ser
discutidas as principais caracteristicas, vantagens e desvantagens, dos
algoritmos estudados.
Cada grupo deverá entregar ao docente da disciplina um relatório sobre a tarefa
realizada (max. 10 páginas).
Os grupos que pretendam obter uma nota superior a 15 valores devem ainda implementar em java os algoritmos enunciados na sua tarefa. Os programas devem ser enviados ao docente até ao dia 1 de Junho. A apresentação será feita em data a combinar.
Testes que pode usar para validar a sua implementação:
Encontrar as substrings gcgt, cggataaagatca e aaacctcctacaatgctaaaaattat
no ficheiro genoma.txt
Referências: