＝ 最新版に戻る ＝
《 リンク資料の一部は分子表示プラグインChimeが必要です → ダウンロード方法 》
《 リンク資料の一部は分子表示プラグインChimeが必要です → ダウンロード方法 》
ボルテゾミブ（C19H25BN4O4，分子は話題の制がん剤・抗がん剤に；同分子を含むPDBデータ2f16は公開準備中）
陣痛促進剤の例：プロスタグランジンF2α〔左〕とオキシトシン（1npoのB鎖；amino色表示で空間充填はCysのS原子；MDL形式Chime分子）〔右〕
※参考：関連ブログ記事
※参考：「予防原則」を取り上げた本から ─“科学技術と社会”を考える，ブログ記事
▼アクアポリンの参考文献例（イオンチャネルタンパク質の例も参照）
※参考（記事とは直接無関係）
〔左〕ラクトペルオキシダーゼ（LPO，牛乳中）のファミリーであるミエロペルオキシダーゼ（MPO，白血球中）の例1mhlのChain A・C
〔中〕シアリルラクトースの例3'-sialyllactose（矢印）を含むPDBデータ例1qfoのChain A
〔右〕3'-シアリルラクトース（上）と6'-シアリルラクトース（下）→ HIVとエイズで分子参照可
参考：Rhodopseudomonas viridisの光合成反応中心の例 1vrn（他1r2cになど）
ジウロン（Chime分子）
※筆者ブログ記事やRXRと環境ホルモンも参照
メチルプレドニゾロン（methylprednisolone；Chime分子）
表紙は同書p.45図1-14『オリゴマータンパク質に見られる四次構造例』より
※参考：対称構造を持つオリゴマータンパク質の例（PDBデータ1G31ほか）
アセチルコリン受容体の例2bg9
マンノース結合タンパク質の例（同書p.164掲載の2msbのB鎖；表紙画像の類似データ）
※参考：糖鎖を含むタンパク質の例
カルシウムポンプの例（同書p.1272図2の関連データ1wpe；○がCa2+）
左：マグノリグナン（Chime分子），右：チロシナーゼ関連データ例（tyrosine phenol-lyaseの2tplのA鎖）
※参考（メラニンの生合成経路）：C.K.Mathews ほか著，清水孝雄 ほか監訳，「カラー生化学」，p.588，西村書店(2003)
※関連参考記事：黒田・福田，『美白への新たなアプローチ－－メラニン輸送をストップさせる』，バイオニクス 2005年11月号
※参考：計算で用いられているロドプシンのPDBデータ例1f88のA鎖（PDBとSOSUI・TMHMMを利用した演習，モノはなぜ見える参照）
※参考（ノーベル賞とは無関係）：ピロリ菌由来のタンパク質例（1ji4）
※掲載記事例：伊藤進，『アルカリ酵素はいかにアルカリ環境に適応してきたのか』（pp.30-35）よりアルカリセルラーゼの例（1g0c）
→ 洗剤に使われる酵素の例
ロイシルtRNA合成酵素LeuRSとtRNAの複合体構造例（1wz2のA・C鎖；同じ研究グループによる2bytも参照）
○がロイシル用tRNAに特徴的な長い可変アーム；コドンと遺伝暗号表でChimeデータ参照可能
※参考：News Review『誤らずにつなげること－生命が遺伝暗号を読みとる仕組みに迫る』，バイオニクス 2006年1月号
〔左〕17-AAG（geldanamycin誘導体；話題の制がん剤にChime分子），〔右〕参考データとしてgeldanamycin結合Hsp90タンパク質の例（1yet）
※関連情報：抗癌剤の作用を解明（Nature，2003/09/25） …Hsp90タンパク質の働きを抑制する17-AAGの作用から説明
※参考：17-AAGを取り上げたNHK番組例
コレラ毒素の例（1xtc；eProtS情報） → コレラ毒素の例
▼以下関連ニュース等
SU11248（Chime分子）
G-四重らせん構造の例（ポルフィリンを含む2a5rのModel 1；他にポルフィリンを含まない2a5p） ※画像クリックで拡大（今週の分子95参照）
メチルパラベン（p-ヒドロキシ安息香酸メチル） → 化粧品の成分／パラベン
※掲載記事例：須貝威・浅野正義，『生命分子の変化をつかさどるタンパク質触媒─酵素』，pp.436-439
衣料用洗剤に含まれるタンパク質汚れ分解酵素スブチリシンの例（1jea）の触媒活性中心であるAsp32，His64，Ser221 → 界面活性剤の種類
バイオックス（Vioxx，一般名はロフェコキシブ rofecoxib；Chime分子）
シュードウリジン（プソイドウリジン，pseudouridine，Chime分子）
→ シュードウリジン関連Jmolトピック
※掲載記事例：塚本弘毅，『バイオスケールエンジン』，バイオニクス，2005年8月号，pp.28-30
左：P450norに特徴的なヘムポケット構造（○印）の例（1f26；NOが結合），右：ヘムが見えないP450cam例（2cpp；ショウノウ結合）→ P450データ集
コエンザイムＡを２分子が結合したPaaIタンパク質の４量体結晶構造例（1wlvのChain A-D）
〔左〕AK602（HIV / OI Therapeutics Database情報より；Chime分子），〔右〕CCR5データ例1opnのChain A（空間充填は第2細胞外ドメイン）
※満屋裕明，『ヒト免疫不全ウイルス（HIV）の薬剤耐性発現の分子機構』，VIRUS REPORT 2004 Vol.1
※熊本大学大学院医学薬学研究部・血液内科学分野，関連PDBデータ例（1opn；Theoretical Model）
※参考：新規エイズ治療薬（経口CCR5受容体拮抗剤）の新たな試験成績について（小野薬品，2005/03/01）
※参考（CCR5について）：Bruce Alberts ほか著，中村ほか 監訳，「細胞の分子生物学 第4版」，p.1438，ニュートンプレス(2004)
ドネペジル（donepezil，塩酸ドネペジルが商品名アリセプト；Aricept）
参考：SUMO（Small Ubiquitin-Related Modifier）-1タンパク質の例1ar5；Ubiquitinについてはユビキチン参照
ポリ乳酸（ポリ-L-乳酸，PLLA）の繰り返し単位
エラグ酸（ellagic acid，Chime分子）
参考：「予防原則」を取り上げた本から
2biwの2つのSITE部分（一方はスティック，他は球棒・CPK色）；Exploring the Structureを参考に作成
参考：膜タンパク質データ集
タウリン（アミノエタンスルホン酸，今週の分子）
参考：メタロチオネインの例（1DMC；植物ではなくアオガニCallinectes sapidus由来）で，●がCd，球棒モデルはCys
※同誌中の，吉原利一『有害元素を植物で取り除く』より；ファイトレメディエーション参照
参考：左から，キネシンの例（3KIN），レチノイン酸（Chime分子），ソニック・ヘッジホッグ関連データ例（1VHH）
KU-55933（Chime分子）
参考：カドヘリンの例（PDBデータ1edhより），eProtS情報
参考（ロドプシン例の1f88を取り上げたコンテンツ）：PDBとSOSUIを利用した演習，今週の分子
参考：時計タンパク質KaiC六量体の例1tf7（JST資料図1・2参照）；本ページ内で“時計”検索により関連情報参照可
上記参考データ1wpv（アンチターミネーションタンパク質）
銅クロロフィリンナトリウム（CAS：65963-40-8）
左・セルロースと右・アミロースの立体構造の比較；グリコ資料の図3参照（Chime分子）
MRIのシグナル源として用いられたアミロイド親和化合物のFSB（Chime分子）▼以下関連情報例
参考：Isomerase（異性化酵素）に結合している免疫抑制剤タクロリムス（1bkfより）
SIV由来の非結合型gp120の構造（2bf1）
参考：1本鎖モネリンの例（1iv7のChain A；2本鎖モネリンの例としては4mon）
※フォールディングの記事が載った最近の雑誌例：「細胞工学」2004年12月号，「現代化学」2005年2月号
スクラロース（甘味物質の秘密参照）
※著者のアナウンスページ（arsvi.com）
※作例：βバレル型膜タンパク質の疎水性インデックス値
ベンツピレン（benzo[a]pyrene）
※SOSUIで求めた膜貫通部分アミノ酸配列（疎水性インデックス順）の例（2at9）
上記Nature論文に示されたキャプシドタンパク質分子の六員環構造を持つN末端部分（1u7k） → レトロウイルスのキャプシド六角環構造
参考：同じ研究グループによる旧報で構造解明されたIP3受容体例 1n4k；上掲記事参考資料10参照 → IP3は，セカンドメッセンジャーにも掲載
サイトカイニンの例のゼアチン（球棒表示がサイトカイニンの基本骨格）→ Chime分子，ゼアチンを含むPDBデータ例1w1r