JP3888788B2 - Multi-capillary electrophoresis device - Google Patents
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Description
【0001】
【発明の属する技術分野】
本発明は複数のキャピラリーカラムが配列され、複数の試料が1つずつキャピラリーカラムに注入されて、全てのキャピラリーカラムで同時に電気泳動されるマルチキャピラリーアレイ泳動部、及びマルチキャピラリーアレイ泳動部でキャピラリーに光を照射し、その照射された部分の試料による吸光度や試料からの蛍光を測定する光学的測定部を備えたマルチキャピラリー電気泳動装置に関するものである。
このようなマルチキャピラリー電気泳動装置は、タンパク質の分離やDNAの塩基配列決定に用いられている。DNAの塩基配列決定のためのマルチキャピラリー電気泳動装置では、サンガー反応を用い、プライマー又はターミネータを蛍光物質で標識したDNAフラグメント(断片)試料を電気泳動させ、泳動途中でDNAフラグメント試料からの蛍光を検出して塩基配列を決定する。
【0002】
【従来の技術】
ヒトゲノムのような長大な塩基配列をもつDNAの塩基配列決定には、高感度で、高速で、かつ大処理能力をもったDNAシーケンサが必要となる。その1つの方法として、平板状のスラブゲルを用いたものに代わってゲルを充填したキャピラリーカラムを複数本配列したマルチキャピラリーDNAシーケンサが提案されている。キャピラリーカラムは、スラブゲルに比べて、試料の取扱いや注入が容易であるだけでなく、高速に泳動させて高感度で検出できる。つまり、スラブゲルで高電圧を印加すれば、ジュール熱の影響によりバンドが広がったり、温度勾配が生じるなどの問題が生じるが、キャピラリーカラムではそのような問題は少なく、高電圧を印加して高速泳動をさせても、バンドの広がりが少なく高感度検出ができるのである。
【0003】
キャピラリー電気泳動におけるキャピラリーカラムへの試料導入は、圧力を用いる方法や、電圧を印加する電気泳動的方法が行われている。そのうち、電気泳動的に試料を導入する方法は、装置構成の簡便さ、操作の容易さ、パラメータの制御性の良さの点から広く一般的に採用されている。
【0004】
図1は試料導入時に印加する電圧と時間の一例を表す図である。縦軸は電圧(kV)を表し、横軸は時間(秒)を表す。
この例では7.6kVの電圧を30秒間印加している。従来の試料導入時の電圧印加では、電圧のかけ始めは所定の高電圧が数秒以内にかかるようにし、切る際には数秒以内に高電圧を0に落している。
【0005】
【発明が解決しようとする課題】
キャピラリーカラムに高電圧を印加すると、発熱などによりキャピラリーカラム端に位置するゲルに大きなストレスがかかり、キャピラリーカラムへの試料の導入に支障を来し、泳動分離時に分離できる塩基数が制約を受けるなどの悪影響が出るという問題があった。
また、急激に高電圧を印加すると、電気浸透流によりキャピラリーカラム端からゲルがずり出すことがあり、そのずり出したゲルが損傷を受けると泳動分離状態が悪化するという問題もあった。
【0006】
そこで本発明は、試料導入時におけるキャピラリーカラム端に位置するゲルのストレスを軽減したり、キャピラリーカラム端からのゲルのずり出しを抑制することによって、マルチキャピラリー電気泳動装置における泳動分離能を向上させることを目的とするものである。
【0007】
【課題を解決するための手段】
本発明のマルチキャピラリー電気泳動装置は、複数のキャピラリーカラムが配列され、複数の試料が1つずつキャピラリーカラムに注入されて、全てのキャピラリーカラムで同時に電気泳動されるマルチキャピラリーアレイ泳動部と、マルチキャピラリーアレイ泳動部でキャピラリーに光を照射し、その照射された部分の試料による吸光度や試料からの蛍光を測定する光学的測定部とを備えたマルチキャピラリー電気泳動装置であって、高圧電源により高電圧を印加してキャピラリーカラムに試料を導入する際、高電圧のかけ始めでは電圧を連続的に上げ、高電圧のかけ終りでは電圧を連続的に下げるように高圧電源を制御する印加電圧制御部を備えたものである。
【0008】
キャピラリーカラムへの試料注入時には、試料導入用の容器にそれぞれ試料を入れ、容器内の試料にそれぞれのキャピラリーカラムの一端を浸す。容器内の試料とキャピラリーカラムの他端側のバッファ液との間に高圧電源により高電圧を印加して試料を電気泳動的にキャピラリーに注入する。このとき、印加電圧制御部により、かけ始めでは電圧を所定の高電圧まで連続的に上げ、かけ終りでは電圧を所定の高電圧から連続的に下げるように高圧電源を制御する。その結果、急激な熱の発生及び減退を抑制してキャピラリーカラム端に位置するゲルのストレスを軽減することができる。さらに、大きな電気浸透流の発生を抑制し、キャピラリーカラム端からのゲルのずり出しを抑制することができる。
【0009】
【実施例】
図2は、一実施例を表す概略斜視図である。
一対のリザーバ110と120にそれぞれバッファ液112と122が収容されており、両バッファ液中にそれぞれ電極130と132が設けられている。サンプルプレート100は絶縁性の材質にてなり、平面状の表面と、それにつながるコネクタ部106とを備えている。サンプルプレート100の表面には複数個のウェル102が縦方向と横方向にそれぞれ一定間隔で配列されている。ウェル102は底をもつ穴であり、各ウェル102にはその底からベースプレート表面を経てコネクタ部106に至る個別の電極パターンが形成されている。サンプルプレート100の各ウェル102に試料を入れ、コネクタ部106に高圧配線ケーブルを接続する。
【0010】
リザーバ110とサンプルプレート100とは配線が切り換えられるように高圧切換え部136で切換え可能に接続され、高圧電源134がその高圧切換え部136と他方のリザーバ120に設けられた電極132との間に接続されている。高圧電源134には、試料導入用と泳動用の印加電圧及び時間を制御する印加電圧制御部138が接続されている。印加電圧制御部138はマイコンなどにより実現される。
【0011】
試料注入時にはキャピラリーアレイ2の一端部2aはサンプルプレート100の各ウェル102に一本ずつ挿入され、試料注入後はリザーバ110に切り換えられて一端部2aがバッファ液112に浸される。キャピラリーアレイ2の他端部2bが他方のリザーバ120のバッファ液122に浸され、その他端側には吸光度や蛍光により試料を検出する光学的測定部10から測定光や励起光が照射され、吸光度や蛍光が測定される被検出部2cが設けられている。
【0012】
キャピラリーアレイ2は一端側2aではサンプルプレート100のウェル102の配列に対応した二次元的な配列を持ち、被検出部2cではキャピラリーカラムが一列に配列され、そのキャピラリーカラムの配列面に垂直な方向から測定光や励起光が照射される。
【0013】
キャピラリーカラムは、石英ガラスやホウケイ酸ガラス(例えばパイレックス)等を材質とするものであり、外形が200〜300μm、内径が75〜100μmのものである。キャピラリーカラムはその外周をSiO2など、紫外領域から近赤外領域の励起光によっては蛍光を発生しないか、発生しても蛍光測定の妨げにならない程度である無蛍光材質の被膜により被覆されたものが好ましい。その場合には、被検出部2cでも被膜を除去する必要がない。それに対し、キャピラリーカラムが被膜として蛍光を発する樹脂被膜をもったものである場合は、被検出部2cではその被膜を除去しておく。キャピラリーアレイ2にはそのようなキャピラリーカラムが複数本配列されている。
【0014】
キャピラリーカラム内には分離媒体のゲルとして、ポリアクリルアミドゲル、リニアアクリルアミドゲル、ポリエチレンオキサイド(PEO)ゲルなどが充填されている。各キャピラリーカラムには末端塩基別に異なる螢光物質FAM、JOE、TAMRA、ROX、R6G、R−110などの螢光物質から選ばれた4種類のそれぞれの蛍光物質により標識され、又は2種類以上の蛍光物質を割合を異ならせて4種類に標識された4種類のDNAフラグメントを含む試料がそれぞれ注入され、同時に電気泳動がなされる。
サンプルプレート100とリザーバ110は移動機構(図2では図示略)によっていずれかが選択的にキャピラリー端2aと接触するように切り換えて配置される。
【0015】
次に本実施例の動作を説明する。
サンプルプレート100のウェル102にそれぞれ試料をいれる。ウェル102には、すでに処理された試料が入れられる場合だけでなく、ウェル102を用いてPCR(Polymerase Chain Reaction)法により試料を処理した後に、そのウェル102内の試料にキャピラリーカラム端を挿入して試料注入を行なうように用いることもできる。PCR法はDNAのうちの目的とする一部分のみを大幅に増幅させる方法である。PCR法では試料のDNAにプライマーを加え、温度を上げて二本鎖DNAを一本鎖に解離させ、次に温度を下げてプライマーをDNA鎖に結合させ、少し温度を上げてDNAを合成させ、さらに温度を上げて一本鎖にする。このように温度を上下に変化させる操作を繰り返すことにより、DNAの所定部分を大量に増幅合成する方法である。
【0016】
ウェル102に試料をいれた後、サンプルプレート100のウェル102内の試料にキャピラリーカラム端2aが1本ずつ浸され、リザーバ120のバッファ液122にキャピラリーカラム端2bがまとめて浸される。そして、高圧切換え部136を介して、コネクタ106及び電極パターンを介してウェル102と高圧電源134を接続する。
【0017】
高電圧電源134によりウェル102とバッファ液122との間に高電圧を印加してキャピラリーカラムに試料を注入する。このとき印加される電圧及び時間は印加電圧制御部138により制御される。図3は印加電圧制御部により制御される試料導入時に印加する電圧と時間の一例を表す図である。縦軸は電圧(kV)を表し、横軸は時間(秒)を表す。
印加電圧制御部138により高電圧電源134を制御して、試料導入の開始から15秒後に電圧が7.6kVになるように徐々に電圧を上げる。その後15秒間は7.6kVの電圧を印加する。さらに15秒をかけて電圧を7.6kVから0Vに落して試料導入時の電圧印加を終了する。ここで印加する電圧と時間の積は、図1に示した印加する電圧と時間の積に相当する。ここで、印加する電圧と時間は試料の種類や装置の種類などにより異なるものであり、この例に限定されるものではない。
【0018】
このように印加する電圧と時間を制御することにより、キャピラリーカラム中のゲルにおける急激な熱の発生及び減退を抑制することができ、キャピラリーカラム端に位置するゲルのストレスを柔らげることができる。さらに、大きな電気浸透流の発生を抑え、キャピラリーカラム端からゲルがずり出すことを抑制することもできる。さらに、高電圧を急激に印加することにより生じる電流のオーバーシュートを抑制することもできる。
上記のようにしてキャピラリーカラムに試料を導入することにより、泳動分離能を向上させることができ、従来100ベース(塩基)程度の泳動分離能を200〜300ベースに向上させることができた。
【0019】
試料注入後、移動機構によりサンプルプレート100とリザーバ110を動かすことにより、試料側のキャピラリー端2aをリザーバ110のバッファ液112中に浸す。その後、両リザーバ110と120間に高電圧を印加して電気泳動分離を行なう。泳動用の電源電圧は例えば30kVで、電流容量は10〜30mAである。
【0020】
移動機構はサンプルプレート100とリザーバ110を水平面内で移動させ、キャピラリー端2aを垂直方向に移動させるようにするものでもよい。
サンプルプレート110のウェルの数はキャピラリーアレイの本数に合わせて任意に設定することができる。
また、リザーバ110もサンプルプレート100のように複数のウェルにバッファ液を収容する形式とし、各ウェルに個別の電極パターンを設けることにより、ウェルごとに独立した電圧を印加できるようして、異なる条件での電気泳動を同時に行なうようにしてもよい。
【0021】
【発明の効果】
本発明のマルチキャピラリー電気泳動装置は、高圧電源により高電圧を印加してキャピラリーカラムに試料を導入する際、印加電圧制御部により高圧電源を制御して高電圧のかけ始めでは電圧を連続的に上げ、高電圧のかけ終りでは電圧を連続的に下げるようしたので、急激な熱の発生及び減退を抑制してキャピラリーカラム端に位置するゲルのストレスを軽減することができる。さらに、急激な電気浸透流の発生を抑制し、キャピラリーカラム端からのゲルのずり出しを抑制することもできる。その結果、泳動分離能を向上させることができる。
【図面の簡単な説明】
【図1】 従来の試料導入時に印加する電圧と時間の一例を表す図であり、縦軸は電圧(kV)を表し、横軸は時間(秒)を表す。
【図2】 一実施例を表す概略斜視図である。
【図3】 同実施例の印加電圧制御部により制御される試料導入時に印加する電圧と時間の一例を表す図であり、縦軸は電圧(kV)を表し、横軸は時間(秒)を表す。
【符号の説明】
2 キャピラリーアレイ
10 光学的測定部
100 サンプルプレート
106 コネクタ部
102 ウェル
136 高圧切換え部
134 高圧電源
138 印加電圧制御部[0001]
BACKGROUND OF THE INVENTION
In the present invention, a plurality of capillary columns are arranged, a plurality of samples are injected into the capillary columns one by one, and the capillary is electrophoresed simultaneously in all the capillary columns, and the capillary is irradiated with light in the multi-capillary array electrophoresis unit In addition, the present invention relates to a multi-capillary electrophoresis apparatus including an optical measurement unit that measures the absorbance of the irradiated portion and the fluorescence from the sample.
Such a multi-capillary electrophoresis apparatus is used for protein separation and DNA base sequence determination. In a multicapillary electrophoresis apparatus for determining the base sequence of DNA, a DNA fragment (fragment) sample with a primer or terminator labeled with a fluorescent substance is electrophoresed using a Sanger reaction, and fluorescence from the DNA fragment sample is migrated during the electrophoresis. The base sequence is determined by detection.
[0002]
[Prior art]
In order to determine the base sequence of a DNA having a long base sequence such as the human genome, a DNA sequencer having high sensitivity, high speed, and large throughput is required. As one of the methods, a multicapillary DNA sequencer in which a plurality of capillary columns packed with gels are arranged instead of using a flat slab gel has been proposed. Capillary columns are not only easier to handle and inject samples than slab gels, but also can be migrated at high speed and detected with high sensitivity. In other words, if a high voltage is applied with a slab gel, problems such as band expansion or temperature gradients occur due to the effect of Joule heat, but such problems are few with capillary columns. Even if it is made, it is possible to perform highly sensitive detection with little band spread.
[0003]
Samples are introduced into a capillary column in capillary electrophoresis by a method using pressure or an electrophoretic method in which a voltage is applied. Among them, a method for introducing a sample by electrophoresis is widely and generally adopted from the viewpoint of simplicity of apparatus configuration, ease of operation, and good controllability of parameters.
[0004]
FIG. 1 is a diagram illustrating an example of voltage and time applied when a sample is introduced. The vertical axis represents voltage (kV), and the horizontal axis represents time (seconds).
In this example, a voltage of 7.6 kV is applied for 30 seconds. In the conventional voltage application at the time of sample introduction, a predetermined high voltage is applied within a few seconds at the beginning of voltage application, and the high voltage is reduced to 0 within a few seconds when switching off.
[0005]
[Problems to be solved by the invention]
When a high voltage is applied to the capillary column, the gel located at the end of the capillary column will be stressed greatly due to heat generation, which will hinder the introduction of the sample into the capillary column and will limit the number of bases that can be separated during electrophoresis separation. There was a problem of getting out.
In addition, when a high voltage is applied suddenly, the gel may be squeezed out from the end of the capillary column due to electroosmotic flow, and the electrophoretic separation state deteriorates if the spilled gel is damaged.
[0006]
Therefore, the present invention improves the electrophoretic separation performance in a multi-capillary electrophoresis apparatus by reducing the stress of the gel located at the end of the capillary column at the time of sample introduction or suppressing the gel from protruding from the end of the capillary column. It is the purpose.
[0007]
[Means for Solving the Problems]
The multi-capillary electrophoresis apparatus of the present invention includes a multi-capillary array electrophoresis unit in which a plurality of capillary columns are arranged, a plurality of samples are injected into the capillary columns one by one, and electrophoresed simultaneously on all the capillary columns, and a multi-capillary array electrophoresis A multi-capillary electrophoresis device equipped with an optical measurement unit that irradiates the capillary with light and measures the absorbance of the irradiated part and the fluorescence from the sample, and applies a high voltage from a high-voltage power supply. When the sample is introduced into the capillary column, it is equipped with an applied voltage controller that controls the high-voltage power supply so that the voltage is continuously increased at the beginning of high voltage application and continuously reduced at the end of high voltage application. It is.
[0008]
At the time of sample injection into the capillary column, each sample is put into a sample introduction container, and one end of each capillary column is immersed in the sample in the container. A high voltage is applied by a high voltage power source between the sample in the container and the buffer solution on the other end side of the capillary column, and the sample is injected into the capillary electrophoretically. At this time, the applied voltage control unit controls the high-voltage power supply so that the voltage is continuously increased to a predetermined high voltage at the beginning and is continuously decreased from the predetermined high voltage at the end. As a result, it is possible to reduce the stress of the gel located at the end of the capillary column by suppressing rapid heat generation and decline. Furthermore, generation | occurrence | production of a big electroosmotic flow can be suppressed and the gel protrusion from a capillary column end can be suppressed.
[0009]
【Example】
FIG. 2 is a schematic perspective view showing an embodiment.
[0010]
The
[0011]
At the time of sample injection, one
[0012]
The
[0013]
The capillary column is made of quartz glass, borosilicate glass (for example, Pyrex) or the like, and has an outer shape of 200 to 300 μm and an inner diameter of 75 to 100 μm. Capillary columns are coated with a non-fluorescent material coating, such as SiO 2 , that does not generate fluorescence by the excitation light from the ultraviolet region to the near-infrared region, such as SiO 2 , or does not interfere with fluorescence measurement. Is preferred. In that case, it is not necessary to remove the film even in the detected
[0014]
The capillary column is filled with polyacrylamide gel, linear acrylamide gel, polyethylene oxide (PEO) gel, or the like as a separation medium gel. Each capillary column is labeled with four kinds of fluorescent substances selected from fluorescent substances such as different fluorescent substances FAM, JOE, TAMRA, ROX, R6G, and R-110 for each terminal base, or two or more fluorescent substances. Samples containing four kinds of DNA fragments labeled with four kinds of substances at different ratios are injected, and electrophoresis is performed at the same time.
The
[0015]
Next, the operation of this embodiment will be described.
Samples are placed in the
[0016]
After putting the sample into the well 102, the
[0017]
A high voltage is applied between the well 102 and the
The applied
[0018]
By controlling the voltage and time to be applied in this manner, rapid heat generation and decline in the gel in the capillary column can be suppressed, and the stress of the gel located at the end of the capillary column can be softened. Furthermore, generation | occurrence | production of a big electroosmotic flow can be suppressed and it can also suppress that a gel slips out from the capillary column end. Furthermore, it is possible to suppress an overshoot of current that occurs when a high voltage is applied suddenly.
By introducing the sample into the capillary column as described above, the electrophoretic separation ability can be improved, and the electrophoretic separation ability of about 100 bases (bases) can be improved to 200 to 300 bases.
[0019]
After sample injection, the
[0020]
The moving mechanism may move the
The number of wells in the
In addition, the
[0021]
【The invention's effect】
In the multi-capillary electrophoresis apparatus of the present invention, when a high voltage is applied by a high voltage power source and a sample is introduced into the capillary column, the applied voltage control unit controls the high voltage power source to continuously increase the voltage at the beginning of applying the high voltage. Since the voltage is continuously lowered at the end of application of the high voltage, it is possible to reduce the stress of the gel located at the end of the capillary column by suppressing rapid heat generation and decline. Furthermore, generation | occurrence | production of a rapid electroosmotic flow can be suppressed and the gel protrusion from a capillary column end can also be suppressed. As a result, the electrophoretic separation ability can be improved.
[Brief description of the drawings]
FIG. 1 is a diagram illustrating an example of voltage and time applied at the time of conventional sample introduction, where the vertical axis represents voltage (kV) and the horizontal axis represents time (seconds).
FIG. 2 is a schematic perspective view showing an embodiment.
FIG. 3 is a diagram illustrating an example of voltage and time applied at the time of sample introduction controlled by the applied voltage control unit of the embodiment, where the vertical axis represents voltage (kV) and the horizontal axis represents time (second) To express.
[Explanation of symbols]
2
Claims (1)
高圧電源により高電圧を印加して前記キャピラリーカラムに試料を導入する際、高電圧のかけ始めでは電圧を連続的に上げ、高電圧のかけ終りでは電圧を連続的に下げるように前記高圧電源を制御する印加電圧制御部を備えたことを特徴とするマルチキャピラリー電気泳動装置。A plurality of capillary columns are arranged, and a plurality of samples are injected into the capillary columns one by one, and a multi-capillary array electrophoresis unit is simultaneously electrophoresed on all the capillary columns, and the capillary is irradiated with light in the multi-capillary array electrophoresis unit. In the multi-capillary electrophoresis apparatus having an optical measurement unit for measuring the absorbance of the irradiated part and the fluorescence from the sample,
When a high voltage is applied by a high voltage power source and a sample is introduced into the capillary column, the high voltage power source is controlled so that the voltage is continuously increased at the beginning of high voltage application and continuously decreased at the end of high voltage application. A multi-capillary electrophoresis apparatus comprising an applied voltage control unit.
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