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JP4561478B2 - 多型検出方法、多型検出用キット - Google Patents
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JP4561478B2 - 多型検出方法、多型検出用キット - Google Patents

多型検出方法、多型検出用キット Download PDF

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Description

本発明は、DNA等の核酸における多型の検出方法および検出キット等に関する。
疾患の診断や、薬物代謝に関する個人差の検出、食品や環境モニタ等の目的で、DNAの変異や多型を検出する種々の方法が開発されている。
特定の標的DNAの塩基配列を検出する方法として、標的オリゴヌクレオチドに相補的な塩基配列を有する捕捉オリゴヌクレオチドを担持する感知面を有するセンサーデバイスを用いる方法が提案されている(特許文献1を参照)。
また、多型の中でも、1塩基の置換により生じるいわゆる一塩基多型(single nucleotide polymorphism(s);SNP(s))を検出する方法が数多く提案されている。一塩基多型は、特定の疾患への罹りやすさや薬物の代謝に関する個人差の原因となりうるものであり、感度および精度の高い検出方法が必要とされている。
特開2002−531100号公報
しかしながら、いわゆる一塩基多型を、プローブ分子と標的分子とがハイブリダイズした際に生じるミスマッチ(塩基配列が相補的でない部分に生じる不完全な結合)をモニタすることによって検出する方法は、高い感度を得るのが困難であり、再現性の良い結果を得るのは難しい。また、プローブ分子の合成はコストが高いという問題もある。
そこで、本発明は、試料である核酸中に、特定の多型(変異を含む)が存在するか否かを簡便な方法によって精度良く検出することができる技術を提供することを目的とする。
本発明の一態様の多型検出方法は、核酸における多型を検出する方法であって、前記核酸と、一端に電極結合部位が付加され、該核酸の前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングされるプライマーと、電気化学的に活性な部分が結合したデオキシヌクレオチド三リン酸と、を用いてポリメラーゼ連鎖反応を行う工程と、電気化学的測定により、前記ポリメラーゼ連鎖反応における産物の前記電極結合部位と、電極とを結合させ、前記プライマーの伸長反応の有無を検出することによって、前記核酸における前記多型の有無を検出する工程と、を含むことを特徴とする。
また、上記課題を解決するために、本発明に係る核酸における多型検出方法の第1の態様は、前記核酸と、一端に電極結合部位を有し、該核酸の前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングするプライマーと、電気化学的に活性な部分を有するデオキシヌクレオチド三リン酸と、を用いてポリメラーゼ連鎖反応を行う工程と、前記ポリメラーゼ連鎖反応産物の前記電極結合部位と、電極とを結合させ、電気化学的測定により、前記プライマーの伸長反応の有無を検出することによって、前記核酸における前記多型の有無を検出する工程と、を含むことを特徴とする。
このような構成によれば、例えば、多型を有する核酸に対して相補的な塩基配列を有するプライマーを用いると、当該多型を有する核酸に対しては完全なアニーリングをし、PCR法によりプライマーが伸長される。一方、多型を有しない核酸に対してはアニーリングが不完全となって、PCR法を行ってもプライマーが伸長されない。従って、多型を含む可能性を有する領域にアニーリングするプライマーを用いてPCR法を行えば、伸長反応の有無を検出することによって、多型の有無を知ることができる。
ここで、伸長反応の有無は、予めプライマーに電極結合部位を設けておくことによって、PCR後にプライマーを電極表面に固定し、電気化学的測定によって行うことが可能である。この際、本発明に係る多型検出方法では、電気化学的に活性な部分を有するデオキシヌクレオチド三リン酸の存在下でPCR法を行うため、プライマーの伸長反応が起きれば、PCR産物に電気化学的に活性な部分も取り込まれる。従って、プライマーが伸長されていれば、プライマーと電極との間を流れる電流が増加するので、この増加量を測定することによって、プライマーの伸長を高感度に検出することができる。
なお、電気化学的測定は、上記PCR産物の電極結合部位と電極とを結合させる前と後で行って結果を比較してもよいし、結合させる間、継続的に測定を行うこともできる。
また、上記課題を解決するために、本発明に係る多型検出方法の第2の態様は、前記核酸と、該核酸の前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングし、その一端に電極結合部位を有するプライマーと、電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基を有するデオキシヌクレオチド三リン酸と、を用いてポリメラーゼ連鎖反応を行う工程と、前記ポリメラーゼ連鎖反応産物の前記電極結合部位と、電極とを結合させる工程と、前記ポリメラーゼ連鎖反応産物に取り込まれたデオキシヌクレオチド三リン酸の前記官能基に、前記電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させる工程と、電気的測定により、前記プライマーの伸長反応の有無を検出することによって、前記核酸における前記多型の有無を検出する工程と、を含むことを特徴とする。
このような構成によっても、上記第一の態様と同様に、プライマーの伸長反応の有無を検出することによって、多型の有無を知ることができる。本態様に係る多型検出方法では、電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基を有するデオキシヌクレオチド三リン酸の存在下でPCR法を行う。プライマーの伸長反応が起きれば、PCR産物に上記官能基も取り込まれるので、電極結合部位を介してPCR産物を電極に結合させた後、当該PCR産物に電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることができる。従って、プライマーが伸長されていれば、プライマーと電極との間を流れる電流量が増加するので、この増加量を測定することによって、プライマーの伸長を高感度に検出することができる。
本発明に係る多型検出方法で用いられる電気化学的に活性な部分は、例えば、当該部分と電極との間を流れる電流量を変化させるのに寄与する部分が挙げられ、このような部分としてはフェロセンまたはそれらの誘導体が好ましい。フェロセンの誘導体としては、例えば、1,1’−ジメチルフェロセン、フェロセンカルボン酸、フェロセンカルボキシアルデヒド等が挙げられる。
本発明の一態様におけるキットは、核酸における多型を検出するためのキットであって、電極基板と、前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングされる、その一端に電極結合部位が付加されたプライマーと、電気化学的に活性な部分が結合したデオキシヌクレオチド三リン酸と、を含むことを特徴とする。
また、上記の本発明に係る態様は、核酸における多型を検出するためのキットであって、電極基板と、前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングし、その一端に電極結合部位を有するプライマーと、電気化学的に活性な部分を有するデオキシヌクレオチド三リン酸と、を含むキットをも提供する。
本発明の別の態様におけるキットは、核酸における多型を検出するためのキットであって、電極基板と、前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングされる、その一端に電極結合部位が付加されたプライマーと、電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基が結合したデオキシヌクレオチド三リン酸と、前記官能基に結合可能な、前記物質と、を含むことを特徴とする。
さらに、上記の本発明に係る態様は、核酸における多型を検出するためのキットであって、電極基板と、前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングし、その一端に電極結合部位を有するプライマーと、電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基を有するデオキシヌクレオチド三リン酸と、前記官能基に結合可能な、電気化学的に活性な部分を有する物質と、を含むキットをも提供する。
このような構成によれば、ユーザにおいて、上述した本発明に係る多型検出方法を、高感度に再現性良く行うことができる。
以下に、図面を参照して本発明の好ましい実施形態を詳細に説明する。
(第1の実施形態)
本実施形態では、試料中のDNAにおける多型としてSNPsを検出する場合について説明する。
[電気化学的に活性な部分を有するデオキシヌクレオチド三リン酸]
まず、電気化学的に活性な部分を有するデオキシヌクレオチド三リン酸(dNTPs)を合成する。本実施形態では、電気化学的に活性な部分として、電圧をかけた場合に電極との間を流れる電流値を増加させるフェロセンを例に挙げて説明する。電流の変化は、蛍光検出器等を必要とせず、高感度に検出することが可能である。
フェロセンをつけたdNTPsの例を、下記式[1]〜[5]に示す。図中、RはHまたはOHを示し、nは1〜6の整数を示す。式[1]〜[4]は、dNTPの塩基にフェロセンを結合させた例であり(式[1]および[2]はフェロセン結合型dTTP、式[3]はフェロセン結合型dCTP、式[4]はフェロセン結合型dATP)、式[5]は、糖部分にフェロセンを結合させた例であるが、結合の部位、方法はこれらに限定されない。
Figure 0004561478
[PCR工程]
次に、上述の方法に従って合成したdNTPを用いて、PCRを行う。
SNPsを検出するためには、まず、SNPが存在するかどうかを検出すべきゲノムDNAと、上流プライマー及び下流プライマーからなる一対のプライマーと、Taqポリメラーゼと、バッファーと、フェロセンを有するdNTPs(デオキシヌクレオチド三リン酸)を含む試料溶液を調製する(詳細は下記参照)。この試料溶液に含まれる上流プライマー及び下流プライマーのいずれか1種類のプライマーの末端にはチオール基(電極結合部位)が付加されている。チオール基が付されたプライマーは、公知の方法またはそれに準ずる方法によって当業者であれば容易に作製することが可能であり、市販のものも使用することができる。プライマーは5〜20塩基長が好ましい。また、PCRを二段階に行うと、より精度良くプライマーの伸長反応をコントロールできて好ましい。また、塩基とチオール基の間にポリエチレングリコール(PEG)などのスペーサを導入したものも利用可能であり、このような構成によれば、伸長反応後のプライマーの吸着密度をより高めることが可能である。PEGを導入したプライマーとしては例えば、SH−(CH26−(COO)68−核酸塩基といった構成のものを使用することができる。
なお、電極結合部位は、チオール基に限定されず、ジスルフィド基、モノスルフィド基アミノ基、ビオチン基等、特定の電極表面に対して、親和性を有する官能基であればよい。
電極は、金、銀、銅、白金などの金属、またはカーボン等の単一の材料からなる電極であってもよいし、複数の材料の混合物も利用可能である。電極を形成する方法としては、電気めっき法、無電解めっき法、スパッタ法、蒸着法、イオンプレーティング法、等により形成することができる。電極結合部位と電極の組み合わせとしては、金属表面とチオール基やジスルフィド基、モノスルフィド基の組み合わせが適している。電極結合部位としてビオチン基を用いる場合は、電極表面にストレプトアビジンなどのタンパク質の層をあらかじめ形成しておく必要性がある。
電極表面に対してプライマーの電極結合部位が安定して一定量結合するために、電極の表面は清浄である必要性がある。このため、チオール基の吸着に用いられる電極は表面を有機溶剤で洗浄し、更に必要に応じて強酸で洗浄することによる分解除去、または紫外線により発生するオゾン等による分解除去、等の方法を用いて汚染を除去することで清浄な表面を得ることができる。
合成したdNTPを用いたPCR工程において、dNTPは、すべてに電気化学的に活性な部分が結合されている必要はなく、検出可能な程度に電気化学的に活性な部分を有するdNTPが取り込まれればよい。従って、例えば、4種類のdNTPのうち1種類〜3種類に電気化学的に活性な部分を結合させておくこともできる。本実施形態では、便宜的に、上記式[3]に示すフェロセン結合型dATP(デオキシアデノシン5’−酸リン酸)のみを用いた場合を例にとって説明する。
以下の説明では、下流プライマーがハイブリダイズする領域に、多型を含む可能性を有する領域が含まれ、下流プライマーは、当該領域にSNPが存在しない場合に完全なアニーリングするように設計されており、その末端にはチオール基が付加されているものとする。
<試料溶液の組成>
フェロセン結合dATP (終濃度0.2mM)
dTTP、dCTP、dGTP (各終濃度0.2mM)
上流プライマー (終濃度1.0μM)
下流プライマー(20塩基) (終濃度1.0μM)
10×バッファー (終濃度1×バッファー)
Taqポリメラーゼ (終濃度2unit)
ゲノムDNA (終濃度0.1〜0.2μg)
試料溶液を調製した後、当該試料溶液を用いてPCR反応を行う。
図1は、ゲノムDNAと各プライマーが相補的な場合(即ち、部位10にSNPが存在しない場合)のPCR反応を説明するための図である。PCR反応を生じさせるためには、以下に示す3段階の温度変化をn(例えば30〜35)サイクル繰り返し実行する必要がある。具体的には、まず、図1(A)および(B)に示すように、第1段階(熱変性)の温度変化(例えば94〜96℃)によってSNPが存在する可能性のある部位10を有するゲノムDNA100を熱変性し、一本鎖DNA110、120を得る。ここで、一本鎖DNA110、120のうち、遺伝子情報を有するものをターゲットDNA110と呼び、遺伝子情報を有しないものを相補鎖DNA120と呼ぶ。
なお、図1には、フェロセン結合型dATPの結合部位を説明するために、一本鎖DNA120におけるチミジン「T」および、これに相補的な位置にくる一本鎖DNA110におけるアデニン「A」を示す。
次に、図1(C)に示すように、第2段階(アニーリング)の温度変化(例えば55〜60℃)によって上流プライマー130をターゲットDNA110に、末端にチオール基150が付加された下流プライマー140は相補鎖DNA120に、それぞれアニーリングさせる。図示されたように、ゲノムDNA100は、SNPを有しないため、いずれのプライマーも完全なアニーリングをする。
そして、図1(D)に示すように、第3段階(伸長反応)の温度変化(例えば72〜74℃)によって上流プライマー130、下流プライマー140は共に伸長される。このようなサイクルがnサイクル繰り返されることにより、プライマーに挟まれたターゲットDNA110および相補鎖DNA120の領域は、共に2n倍に増幅される。
そして、図示されたように、伸長されたプライマー140における、一本鎖DNA120のチミジン「T」に対応する部位には、それと相補的な塩基を持つdNTPとして、フェロセン結合型dATP160が結合される。従って、本実施形態では、伸長されたプライマー140には、フェロセン分子が3つ取り込まれることになる。
一方、図2は、部位10にSNPが存在する場合を説明するものである。
まず、図2(A)および(B)に示すように、上記と同様、第1段階の温度変化によってSNPが存在する可能性のある部位10を有するゲノムDNA100を熱変性し、ターゲットDNA110、相補鎖DNA120を得る。次に、図2(C)に示すように、第2段階の温度変化によって上流プライマー120はターゲットDNA110に、下流プライマー140は相補鎖DNA120にそれぞれアニーリングさせる。しかしながら、下流プライマーと相補鎖DNA120では、端部においてミスマッチ(具体的には、図2(C)に示す下流プライマー140の塩基「G」と相補鎖DNA120の塩基「T」)が生じるため、アニーリングが不完全となる。
この結果、図2(D)に示すように、第3段階の温度変化によって上流プライマー130は伸長されるものの、下流プライマー140は伸長されない。このようなサイクルがnサイクル繰り返されることにより、ターゲットDNA110は2n倍に増幅される一方、相補鎖DNA120は増幅されない。
以上の説明から明らかなように、試料となるゲノムDNAにSNPが存在する場合は、チオール基を有する下流プライマー140は伸長されず、SNPが存在しない場合は、下流プライマー140が伸長され、フェロセンが取り込まれる。従って、フェロセンの有無を検出することによって、チオール基を有するプライマーの鎖長を検出することができれば、SNPの有無を知ることができる。
[測定工程]
そこで、次に、下流プライマーのチオール基を、電極表面に結合させ、電気化学的測定を行う。以下図3は、図1に対応するSNPが存在しない場合、図4は図2に対応するSNPが存在する場合を示すものとする。
まず、SNPが存在しない場合について説明する。図3(A)に示すように、下記組成の測定溶液10mlを調製した後、測定溶液に電極基板A(本実施形態では、電極面積3mm程度の金電極基板)を5分程度浸漬させる。そして、図3(B)に示すように、測定溶液にPCR反応終了後の溶液を投入する。溶液中には、伸長された上流プライマー130と下流プライマー140が略同数含まれている。
<測定溶液の組成>
PBS(pH7.0) (0.1M)
KCl (0.1M)
そして、図3(B)および(C)に示されるように、電気化学的測定装置50によりディファレンシャルパルスボルタンメトリー法またはサイクリックボルタンメトリー法等公知の電気化学的測定方法により、電極とプライマー間に印加し、プライマーと電極との間を流れる電流量を測定する。
図3(C)に示すように、電極A表面には、チオール基150を介して伸長され、フェロセン結合型dATP160を取り込んだプライマー140が結合するため、上記電流量は、顕著に増大する。この増大を検出することによって、プライマー140が伸長されたこと、およびSNPが存在しなかったことが確認される。
一方、図4(B)に示すように、SNPが存在する場合、下流プライマー140は伸長されず、従ってフェロセン結合型dATPも取り込まれていない。上流プライマー130には、フェロセン結合型dATPが取り込まれる可能性はあるが、上流プライマー130は電極結合部位を有しないため、電極A表面に捕捉されない。
このような核酸を含むPCR反応後の試料溶液を測定溶液に投入すると、図4(C)に示すように、伸長されていない下流プライマー130のみが電極A表面にチオール基を介して結合する。ここで、電気化学的測定装置50によりディファレンシャルパルスボルタンメトリー法またはサイクリックボルタンメトリー法等公知の電気化学的測定方法により、プライマー−電極間に印加し、プライマーと電極との間を流れる電流量を測定する。しかし、フェロセン分子が電極A表面に存在しないため、電流量の増大はほとんど見られない。従って、この結果から、下流プライマー130が伸長されていないこと、およびSNPが存在したことが確認される。
以上説明したように、上記方法によれば、電気化学的方法によって、フェロセン分子間を流れる電流量を測定することにより、プライマーが伸長されたかどうか、即ち、プライマーが試料DNAに完全なアニーリングをしたかどうかを検出することが可能となり、プライマーの配列から当該試料DNAにおけるSNPの存否を確認することができる。
上述した第1の実施形態では、予め電気化学的に活性な部分としてフェロセンを結合したdNTPを用いてPCRを行うことにより、伸長されたプライマーに当該フェロセンを取り込み、これを検出したが、電気化学的に活性な部分は、プライマー伸長反応後にプライマーに結合させてもよい。この場合は、dNTPに、電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基をつけておくことが好ましい。このような官能基としては、例えば、アミノ基、カルボキシル基等が挙げられる。例えば、dNTPにアミノアリル基を結合させておけば、PCR産物であるDNAにN−ヒドロキシスクシンイミド(NHS)基を備える電気化学的に活性な分子を容易に結合させることが可能である。また、グルタルアルデヒド基をリンカーとして用いることで、西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP)を、PCR産物であるDNAに結合させることができ、これによっても電気化学的に検出することが可能である。
(第2の実施形態)
本発明の第2の実施形態は、上述した本発明に係る多型検出方法に用いられるキットである。かかるキットには、例えば、電極基板と、前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングし、その一端に電極結合部位を有するプライマーと、電気化学的に活性な部分を有するデオキシヌクレオチド三リン酸と、が含まれる。あるいは、電極基板と、前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングし、その一端に電極結合部位を有するプライマーと、電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基を有するデオキシヌクレオチド三リン酸と、前記官能基に結合可能な、電気化学的に活性な部分を有する物質と、を含むものであってもよい。
さらに、上記キットは、PCR反応溶液に添加される試薬や、電気化学的測定に用いられる溶液を構成する試薬等を含んでいてもよい。
また、上記キットは、それぞれの構成要素がユーザにおいて使用しやすい量に分離されていることが好ましく、必要に応じて取扱説明書等が添付される。このようなキットによれば、ユーザにおいて、上述した本方法に係る多型検出方法を、簡易かつ好適に行うことができる。
本発明に係る多型検出法のためのPCR反応を説明する図である。 本発明に係る多型検出法のためのPCR反応を説明する図である。 本発明に係る多型検出法の電気化学的測定を示す説明図である。 本発明に係る多型検出法の電気化学的測定を示す説明図である。
符号の説明
10…SNP部位、100…ゲノムDNA、110…ターゲットDNA、120…相補鎖DNA、130,140…プライマー、150…電極結合部位、160…フェロセン結合型dATP、50…電気化学的測定装置

Claims (10)

  1. 核酸における多型を検出する方法であって、
    前記核酸と、一端に電極結合部位が付加され、該核酸の前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングされるプライマーと、電気化学的に活性な部分が結合したデオキシヌクレオチド三リン酸と、を用いてポリメラーゼ連鎖反応を行う工程と、
    電気化学的測定により、前記ポリメラーゼ連鎖反応における産物の前記電極結合部位と、電極とを結合させ、前記プライマーの伸長反応の有無を検出することによって、前記核酸における前記多型の有無を検出する工程と、を含む多型検出方法。
  2. 核酸における多型を検出する方法であって、
    前記核酸と、該核酸の前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングされ、その一端に電極結合部位が付加されたプライマーと、電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基が結合したデオキシヌクレオチド三リン酸と、を用いてポリメラーゼ連鎖反応を行う工程と、
    前記ポリメラーゼ連鎖反応における産物に取り込まれたデオキシヌクレオチド三リン酸の前記官能基に、前記電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させる工程と、
    電気化学的測定により、前記ポリメラーゼ連鎖反応における産物の前記電極結合部位と、電極とを結合させ、前記プライマーの伸長反応の有無を検出することによって、前記核酸における前記多型の有無を検出する工程と、を含む多型検出方法。
  3. 前記電気化学的に活性な部分が、フェロセンまたはその誘導体である、請求項1または2に記載の多型検出方法。
  4. 前記電気化学的に活性な部分が、N-ヒドロキシスクシンイミド基を含む、請求項1または2に記載の多型検出方法。
  5. 前記電気化学的に活性な部分が、西洋ワサビペルオキシダーゼを含む、請求項1または2に記載の多型検出方法。
  6. 前記電極結合部位が、チオール基またはジスルフィド基またはモノスルフィド基である、請求項1乃至5のいずれかに記載の多型検出方法。
  7. 前記電極結合部位が、アミノ基またはビオチン基である、請求項1乃至5のいずれかに記載の多型検出方法。
  8. 前記電気化学的測定が、サイクリックボルタンメトリー法またはディファレンシャルパルスボルタンメトリー法である、請求項1乃至7のいずれか1項に記載の多型検出方法。
  9. 核酸における多型を検出するためのキットであって、
    電極基板と、
    前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングされる、その一端に電極結合部位が付加されたプライマーと、
    電気化学的に活性な部分が結合したデオキシヌクレオチド三リン酸と、を含むキット。
  10. 核酸における多型を検出するためのキットであって、
    電極基板と、
    前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングされる、その一端に電極結合部位が付加されたプライマーと、
    電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基が結合したデオキシヌクレオチド三リン酸と、
    前記官能基に結合可能な、前記物質と、を含むキット。
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