JP4561478B2 - 多型検出方法、多型検出用キット - Google Patents
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Description
また、上記課題を解決するために、本発明に係る核酸における多型検出方法の第1の態様は、前記核酸と、一端に電極結合部位を有し、該核酸の前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングするプライマーと、電気化学的に活性な部分を有するデオキシヌクレオチド三リン酸と、を用いてポリメラーゼ連鎖反応を行う工程と、前記ポリメラーゼ連鎖反応産物の前記電極結合部位と、電極とを結合させ、電気化学的測定により、前記プライマーの伸長反応の有無を検出することによって、前記核酸における前記多型の有無を検出する工程と、を含むことを特徴とする。
また、上記の本発明に係る態様は、核酸における多型を検出するためのキットであって、電極基板と、前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングし、その一端に電極結合部位を有するプライマーと、電気化学的に活性な部分を有するデオキシヌクレオチド三リン酸と、を含むキットをも提供する。
さらに、上記の本発明に係る態様は、核酸における多型を検出するためのキットであって、電極基板と、前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングし、その一端に電極結合部位を有するプライマーと、電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基を有するデオキシヌクレオチド三リン酸と、前記官能基に結合可能な、電気化学的に活性な部分を有する物質と、を含むキットをも提供する。
(第1の実施形態)
本実施形態では、試料中のDNAにおける多型としてSNPsを検出する場合について説明する。
[電気化学的に活性な部分を有するデオキシヌクレオチド三リン酸]
まず、電気化学的に活性な部分を有するデオキシヌクレオチド三リン酸(dNTPs)を合成する。本実施形態では、電気化学的に活性な部分として、電圧をかけた場合に電極との間を流れる電流値を増加させるフェロセンを例に挙げて説明する。電流の変化は、蛍光検出器等を必要とせず、高感度に検出することが可能である。
次に、上述の方法に従って合成したdNTPを用いて、PCRを行う。
<試料溶液の組成>
フェロセン結合dATP (終濃度0.2mM)
dTTP、dCTP、dGTP (各終濃度0.2mM)
上流プライマー (終濃度1.0μM)
下流プライマー(20塩基) (終濃度1.0μM)
10×バッファー (終濃度1×バッファー)
Taqポリメラーゼ (終濃度2unit)
ゲノムDNA (終濃度0.1〜0.2μg)
試料溶液を調製した後、当該試料溶液を用いてPCR反応を行う。
[測定工程]
そこで、次に、下流プライマーのチオール基を、電極表面に結合させ、電気化学的測定を行う。以下図3は、図1に対応するSNPが存在しない場合、図4は図2に対応するSNPが存在する場合を示すものとする。
<測定溶液の組成>
PBS(pH7.0) (0.1M)
KCl (0.1M)
そして、図3(B)および(C)に示されるように、電気化学的測定装置50によりディファレンシャルパルスボルタンメトリー法またはサイクリックボルタンメトリー法等公知の電気化学的測定方法により、電極とプライマー間に印加し、プライマーと電極との間を流れる電流量を測定する。
(第2の実施形態)
本発明の第2の実施形態は、上述した本発明に係る多型検出方法に用いられるキットである。かかるキットには、例えば、電極基板と、前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングし、その一端に電極結合部位を有するプライマーと、電気化学的に活性な部分を有するデオキシヌクレオチド三リン酸と、が含まれる。あるいは、電極基板と、前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングし、その一端に電極結合部位を有するプライマーと、電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基を有するデオキシヌクレオチド三リン酸と、前記官能基に結合可能な、電気化学的に活性な部分を有する物質と、を含むものであってもよい。
Claims (10)
- 核酸における多型を検出する方法であって、
前記核酸と、一端に電極結合部位が付加され、該核酸の前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングされるプライマーと、電気化学的に活性な部分が結合したデオキシヌクレオチド三リン酸と、を用いてポリメラーゼ連鎖反応を行う工程と、
電気化学的測定により、前記ポリメラーゼ連鎖反応における産物の前記電極結合部位と、電極とを結合させ、前記プライマーの伸長反応の有無を検出することによって、前記核酸における前記多型の有無を検出する工程と、を含む多型検出方法。 - 核酸における多型を検出する方法であって、
前記核酸と、該核酸の前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングされ、その一端に電極結合部位が付加されたプライマーと、電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基が結合したデオキシヌクレオチド三リン酸と、を用いてポリメラーゼ連鎖反応を行う工程と、
前記ポリメラーゼ連鎖反応における産物に取り込まれたデオキシヌクレオチド三リン酸の前記官能基に、前記電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させる工程と、
電気化学的測定により、前記ポリメラーゼ連鎖反応における産物の前記電極結合部位と、電極とを結合させ、前記プライマーの伸長反応の有無を検出することによって、前記核酸における前記多型の有無を検出する工程と、を含む多型検出方法。 - 前記電気化学的に活性な部分が、フェロセンまたはその誘導体である、請求項1または2に記載の多型検出方法。
- 前記電気化学的に活性な部分が、N-ヒドロキシスクシンイミド基を含む、請求項1または2に記載の多型検出方法。
- 前記電気化学的に活性な部分が、西洋ワサビペルオキシダーゼを含む、請求項1または2に記載の多型検出方法。
- 前記電極結合部位が、チオール基またはジスルフィド基またはモノスルフィド基である、請求項1乃至5のいずれかに記載の多型検出方法。
- 前記電極結合部位が、アミノ基またはビオチン基である、請求項1乃至5のいずれかに記載の多型検出方法。
- 前記電気化学的測定が、サイクリックボルタンメトリー法またはディファレンシャルパルスボルタンメトリー法である、請求項1乃至7のいずれか1項に記載の多型検出方法。
- 核酸における多型を検出するためのキットであって、
電極基板と、
前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングされる、その一端に電極結合部位が付加されたプライマーと、
電気化学的に活性な部分が結合したデオキシヌクレオチド三リン酸と、を含むキット。 - 核酸における多型を検出するためのキットであって、
電極基板と、
前記多型を含む可能性を有する領域にアニーリングされる、その一端に電極結合部位が付加されたプライマーと、
電気化学的に活性な部分を有する物質を結合させることが可能な官能基が結合したデオキシヌクレオチド三リン酸と、
前記官能基に結合可能な、前記物質と、を含むキット。
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