JP4776865B2 - 泳動物体の速度を決定するシステムおよび方法 - Google Patents
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Description
本発明は、具体的には電気泳動で測定されるが、これに限定されない、チャネルを通って移動するサンプル成分(sample component)など、泳動物体(migrating object)の速度を決定するための分析システムおよび方法に関する。
【0002】
電気泳動分離技術(electrophoretic separation technique)は、サンプルプラグの成分(component of a sample plug)が、分離カラム(separation column)に沿って電場を加えた際に、それらのサンプル成分の泳動速度の差によって、分離カラムにおいて分離される分離技術である。吸収、蛍光、電気化学、導電性、放射能、および質量分析は、すべて、電気泳動分離を検出するために使用することができる。
【0003】
1組の電気泳動図によって表された泳動物体の速度を決定するために、複数の間隔を置いて配置された検出要素によって生成された複数の信号からの信号ピークを相関させなければならない。
【0004】
本発明者は、信号ピーク(signal peak)と検出要素(detecting element)は、有限の幅(a finite width)を有するので、信号ピークの相関(correlation)は1対1ではなく、この非等位相相関(non-equiphase correlation)が分解能(resolution)の損失をもたらし、したがって、物体の速度を決定する際に精度が落ちることを認識した。例を挙げると、線速度関数(linear velocity function)を有する物体については、信号ピークの組と非両立的である傾斜(slope)の連続的な組が空間−時間座標に存在する。信号ピークと検出要素が、無限小の幅を有する場合のみ、信号ピークの相関は、空間−時間表示において真の直線をもたらす。
【0005】
したがって、本発明の目的は、具体的には電気泳動で測定された、チャネルを通って移動するサンプル成分など、泳動物体の速度を決定するための改良した分析方法と方法を提供することである。
【0006】
これに応じて、本発明は、間隔を置いた複数の位置で検出された信号を表す複数のデータの組のそれぞれから、等位相点(equiphase point)の等位相空間−時間マップ(equiphase space-time map)を生成するための等位相空間−時間マップジェネレータ(equiphase space-time map generator)を備え、物体の速度が、それぞれの物体に対応する空間−時間マップの等位相点の組を適合させることによって決定可能である、泳動物体の速度の決定を可能にするための分析システムを提供する。
【0007】
本システムは、信号の信号ピークに関連する公称速度(nominal velocity)を決定し、公称速度に従って、それらの信号ピークを組ごとにグループ分けするための速度ソータ(velocity sorter)をさらに備えることが好ましい。
【0008】
本システムは、空間−時間マップから少なくとも1つの頂点(vertex)を識別するための頂点ファインダ(vertex finder)をさらに備え、単一の頂点が、共通の制約(common constraint)を有する物体の各グループに対して識別され、物体の速度が、それぞれの頂点によって適合された空間−時間マップの等位相点(equiphase point)の組から決定可能であることが好ましい。
【0009】
上記の空間−時間マップジェネレータは、各データの組を1組の局所傾斜(local slope)に変換して、その極小値を最小絶対局所微分(minimum absolute local derivative)として決定するように構成されることが好ましい。
【0010】
上記の空間−時間マップジェネレータは、電流変化の関数に従って空間−時間マップを生成する際に、補正された時間成分(corrected time component)を使用するように構成されることが好ましい。
【0011】
上記の補正(correction)は、tを測定時間、tcを補正された時間、Iを測定電流、およびI0を基準電流として、0からtの範囲において、関数tc=∫I0/I(t’)dt’に従うことがより好ましい。
【0012】
一実施形態では、上記の物体は、ラベルなし物体である。
【0013】
他の実施形態では、上記の物体は、ラベル付き物体である。
【0014】
上記の物体は、チャネルを通って泳動することが好ましい。
【0015】
上記のチャネルは、物体が通って電気泳動で駆動される分離チャネルを備えることがより好ましい。
【0016】
一実施形態では、上記の物体は、1つのサンプルからの成分を備える。
【0017】
他の実施形態では、上記の物体は、複数の別々のサンプルからの成分を備える。
【0018】
上記の物体は、分子成分を備えることが好ましい。
【0019】
上記の物体は、高分子成分を備えることが好ましい。
【0020】
上記の成分は、DNA帯(DNA band)を備えることがより好ましい。
【0021】
本発明は、また、上述したシステムを含んでいる電気泳動装置をも対象とする。
【0022】
本発明は、また、間隔を置いた複数の位置において生成された信号のそれぞれの信号ピークから等位相点を決定するステップと、等位相点の等位相空間−時間マップを生成するステップとを含み、物体の速度が、それぞれの物体に対応する空間−時間マップの等位相点の組を適合することによって決定可能である、泳動物体の速度の決定を可能にする方法をも提供する。
【0023】
本方法は、信号の信号ピークに関連する公称速度を決定するステップと、公称速度に従って、それらの信号ピークを組にグループ分けするステップとをさらに含むことが好ましい。
【0024】
本方法は、空間−時間マップから少なくとも1つの頂点を識別するステップをさらに含み、単一の頂点が、共通の制約を有する物体の各グループに対して識別され、物体の速度が、それぞれの頂点によってはめ込まれた空間−時間マップの等位相点の組から決定可能であることが好ましい。
【0025】
上記の等位相点は、各データ組を1組の局所傾斜に変換して、極小値を最小絶対局所微分として決定することによって決定されることが好ましい。
【0026】
電流変化の関数に従って補正されたされた時間成分は、上記の空間−時間マップを生成する際に使用されることが好ましい。
【0027】
上記の補正は、tを測定時間、tcを補正された時間、Iを測定電流、およびI0を基準電流として、0からtの範囲において、関数tc=∫I0/I(t’)dt’に従うことがより好ましい。
【0028】
一実施形態では、上記の物体は、ラベルなし物体である。
【0029】
他の実施形態では、上記の物体は、ラベル付き物体である。
【0030】
上記の物体は、チャネルを通って泳動することが好ましい。
【0031】
上記のチャネルは、物体が通って電気泳動で駆動される分離チャネルを備えることがより好ましい。
【0032】
一実施形態では、上記の物体は、1つのサンプルからの成分を備える。
【0033】
他の実施形態では、上記の物体は、複数の別々のサンプルからの成分を備える。
【0034】
上記の物体は、分子成分を備えることが好ましい。
【0035】
上記の物体は、高分子成分を備えることが好ましい。
【0036】
上記の成分は、DNA帯を備えることがより好ましい。
【0037】
ここで、本発明の好ましい実施形態について、添付の図面を参照して、単に例示として以下に記述する。
【0038】
図1および図2は、本発明の好ましい実施形態による電気泳動装置を示す。
【0039】
電気泳動装置には、基板チップにおいて微細加工された(microfabricated)検出器チップ(detector chip)2と、検出器チップ2によって生成された検出信号を分析するための分析システム(analysis system)3とが含まれる。
【0040】
検出器チップ2には、この実施形態では蛇行ゲル充填チャネル(meandering, gel-filled channel)である分離チャネル(separation channel)4が含まれる。1つまたは複数のサンプルプラグ(sample plug)の成分が、使用時に、そのチャネルを通って、印加された電気泳動電圧(electrophoretic voltage)によって駆動される。分離チャネル4は、サンプルプラグの成分の分離を可能にするのに十分な長さを有する。分離チャネル4は、25から100μmの幅と、20から300mmの長さを有することが好ましい。分離チャネル4には、この実施形態では1から4である複数の間隔を置いて配置されたサンプル注入ポート(sample-injection port)6,8,10,12が含まれる。この実施形態ではそれぞれが塩基対末端(base pair termination)A,T,G,およびCを有するDNA帯(DNA band)である複数の成分を含んでいるサンプルプラグが、そのポートを通って、分離チャネル4に注入される。
【0041】
検出器チップ2には、この実施形態ではUV光源である、分離チャネル4の一方の側面の長さに沿って配置された光源14と、分離チャネル4を通って伝送された光を検出するために、分離チャネル4の他方の側面の長さに沿って配置された検出器(detector)16とが含まれる。泳動成分(migrating component)の存在は、入射光の吸収(absorbtion of the incident light)によって生じた検出光の強度(detected light intensity)の変化によって検出される。このようにしてサンプル成分(sample component)を検出することによって、必ずしもサンプル成分をラベル付けする必要はない。この実施形態では、検出器16は、分離チャネル4の長さに沿って間隔を置いた複数の点z1,z2,z3において伝送光を検出し、複数の信号S1,S2,S3を出力するための検出要素(detecting element)を提供する複数の画素を含む画素検出器アレイ(PDA:pixel detector array)を含む。記述を簡単にするために、検出器16は、3つの点z1,z2,z3に3つの検出要素を含むように示されている。しかし、実際には、検出器16は、それぞれが信号S1,S2,S3,・・・,Snを出力する複数の検出要素を複数の位置z1,z2,z3,・・・,znに備えることが理解されるであろう。代替実施形態では、検出器16は、それぞれが検出要素を提供する複数の別々の検出器によって提供することができる。他の代替実施形態では、蛍光ラベルまたは放射能ラベルを含んでいるサンプル成分など、ラベル付きサンプル成分を使用することができる。そのラベルは、検出器16によって検出される。
【0042】
分析システム3は、検出器16によって生成された信号S1,S2,S3を受信して、それらの信号S1,S2,S3をデータの組として記憶するためのデータコレクタ18と、信号S1,S2,S3のそれぞれの信号ピークSP1,SP2,SP3のそれぞれに関連するサンプル成分の公称速度v1,v2,v3を決定し、公称速度に従って、それらの信号ピークSP1,SP2,SP3を組にグループ分けするための速度ソータ(velocity sorter)19と、信号S1,S2,S3の信号ピークSP1,SP2,SP3から等位相点の等位相空間−時間マップ(equiphase space-time map of equiphase point)を生成するための等位相空間−時間マップジェネレータ20と、信号ピークSP1,SP2,SP3のグループ分けした組の等位相点の頂点を識別するための頂点ファインダ(vertex finder)22とを備える。この実施形態では、速度ソータ19は、等位相空間−時間マップジェネレータ20より前に動作するように提供される。代替実施形態では、速度ソータ19は、空間−時間マップジェネレータ20または頂点ファインダ22より後で動作するように提供することができる。
【0043】
図3は、単に例示のために含まれており、単一サンプルプラグの単一成分からの単一ピークSP1のみを含んでいる信号S1,S2,S3を示す。しかし実際には、信号S1,S2,S3は、それぞれ、複数の信号ピークSP1-n,SP1-n,SP1-nを含む。図4は、単一サンプルプラグの3つの成分からの3つの信号ピークSP1,SP2,SP3を含んでいる信号S1,S2,S3を示す。
【0044】
速度ソータ19は、信号S1,S2,S3のそれぞれの信号ピークSP1,SP2,SP3のそれぞれに関連するサンプル成分の公称速度v1,v2,v3を決定し、次いで、公称速度に従って、それらの信号ピークSP1,SP2,SP3を組にグループ分けするように構成される。公称速度v1,v2,v3は、検出器要素(detector element)の位置(position)z1,z2,z3が固定され、経過時間tが、信号S1,S2,S3から抽出可能なので、計算することができ、公称速度は、v1-n=z1-n/tと表すことができる。公称速度に従って信号ピークSP1,SP2,SP3を組にグループ分けし、したがってサンプル成分をグループ分けすることによって、複雑なデータ抽出技術(complex data extraction technique)の使用を必要とせずに、各サンプル成分に関連するデータ点をはめ込むこと(fit)ができるので、その後の分析は、容易になる。速度の分類は、本出願人の以前のWO−96/35946に包含されており、その内容は、参照によって本明細書に組み込まれている。
【0045】
等位相空間−時間マップジェネレータ20は、検出位置(detection position)z1,z2,z3において検出された信号S1,S2,S3の信号ピークSP1,SP2,SP3の極小値を決定し、決定された極小値から空間−時間次元の等位相マップM(equiphase map M in space-time dimensions)を生成するように構成される。図5は、信号S1,S2,S3の信号ピークSP1,SP2,SP3から抽出された極小値から生成された空間−時間マップMを示す。
【0046】
この実施形態では、各電気泳動図(electropherogram)は、1組の局所傾斜(local slope)に変換される。ここで、三角形の傾斜シーケンス(triangular slope sequence)は信号を確定し、局所極値(local extreme)は、最小絶対局所微分(minimum absolute local derivative)である。
【0047】
また、この実施形態では、検出信号S1,S2,S3の時間成分は、積分された電流変化の関数として補正される。温度が最も重要な1つである、電気泳動検出の様々なファクタの変化のために、この実施形態ではゲルである分離媒体(separation medium)の特性は、変化する。第1に、ゲルの抵抗率が変化し、電極とゲルの所与の点との間の電位差のばらつきおよび電流の揺らぎをもたらす。第2に、ゲルのふるい分け特性が変化し、電気泳動にかけられた成分の可動性に影響を与える。電流を監視することによって、空間−時間マップMの時間成分を以下に記述するように補正することができる。具体的には、時間成分は、積分した電流変化の関数として曲線になる。
【0048】
サンプル成分の速度は、次式によって与えられる。
【0049】
v=dz/dt (1)
【0050】
測定時間成分を補正された時間成分に変換するために、t→tc、dt→dtc、v→vcとする。したがって、次式のようになる。
【0051】
vc/v=dt/dtc (2)
【0052】
変換v→vcは、次式のように確定することができる。
【0053】
vc/v=I(t)/I0 (3)
【0054】
ここで、Iは測定電流、I0は、すべての速度と時間成分が射影(project)されたフレームに対応する基準電流である。
【0055】
式(2)および式(3)から、次のようになる。
【0056】
【数1】
【0057】
速度変換(3)の正当性(justification)は、速度が、加えられた電場にほぼ比例し、電場が、分離チャネル4の電流に比例することである。この補正されたファクタは、小さな電流変化についてよく機能することが判明しており、式(4)の積分は、精確な時間変換に備える。
【0058】
頂点ファインダ22は、この実施形態では、回転行列(rotational matrices)を使用することによって、等位相空間−時間マップジェネレータ20によって決定された信号ピークSP1,SP2,SP3のグループ分けした組の等位相点の頂点Vを識別するように構成される。各注入されたサンプルプラグの成分は、空間時間次元において時間および/または空間で分離されたことによって、共通の頂点Vを有する。単一サンプルプラグに注入されたすべてのサンプル成分は、空間−時間座標において、単一頂点(single vertex)Vによって一意に識別され、したがって、複数の別々に提供されたサンプルプラグのそれぞれから、サンプル成分を識別することを見込む。図5は、生成された空間−時間マップMから決定された頂点Vを示す。すべての成分が、単一のサンプルプラグに提供されたので、この空間−時間マップには、単一の頂点Vのみが含まれる。
【0059】
サンプル成分の速度スペクトルを抽出するために、各頂点Vを制約(constraint)として使用することによって、分解能は、nを成分の数として、√nにほぼ比例する。このようにして、1つの成分の速度は、同じサンプルプラグからの他の成分のすべての速度を使用して計算され、したがって、サンプルの成分の数が増えると、それに応じて分析の分解能も増大する。そのような空間パラメータ化は、空間−時間座標における強度向上領域の形態(form of intensity enhanced region)である複数頂点形成(multiple vertex formation)をもたらし、複数サンプル注入と複数カラム相関(multiple sample injection and multiple column correlation)の場合に特に適している。この技術の能力は、1つの塩基対の差の長さを有する多数の断片(>100)を含むDNAサンプルについて実証されており、それにより、非常に拡大された動的範囲を有する順序付け技術を提供する。
【0060】
空間−時間マップMにおける頂点Vの決定から、電気泳動データの高分解能が獲得され、図6に示したサンプル成分の速度の精確な決定が可能になる。
【0061】
塩基対末端A,T,G,およびCを有するDNAサンプルを順序付けする上述した電気泳動装置の使用について、以下に記述する。
【0062】
使用時には、異なる長さと塩基対末端A,T,G,およびCの1つとを有するDNA帯を備える4つのサンプルプラグは、分離チャネル4のポート6,8,10,12に別々に導入され、分離チャネル4に沿って電気泳動で駆動される。使用の1つのモードでは、サンプルプラグは、分離チャネル4に沿って空間的に間隔を置いて位置するポート6,8,10,12内に同時に導入される。使用の他のモードでは、サンプルプラグは、時間間隔を置くように、ポート6,8,10,12の1つに順次導入される。DNA帯が、検出位置z1,z2,z3,・・・,znにおいて検出要素を通過する際に、検出器16によって検出された信号S1,S2,S3,・・・,Snは、データコレクタ18によって収集される。次いで、速度ソータ19は、信号S1,S2,S3,・・・,Snの信号ピークSP1,SP2,SP3,・・・,SPnのそれぞれに関連するサンプル成分の公称速度v1,v2,v3,・・・,vnを決定し、公称速度に従って、それらの信号ピークSP1,SP2,SP3,・・・,SPnを組ごとにグループ分けする。次いで、等位相空間−時間マップジェネレータ20は、信号S1,S2,S3,・・・,Snの信号ピークSP1,SP2,SP3,・・・,SPnの極小値を決定し、等位相空間−時間マップMを生成する。次いで、頂点ファインダ22は、信号ピークSP1,SP2,SP3,・・・,SPnのグループ分けした組のそれぞれについて、決定された極小値の頂点VA,VT,VG,VCを識別する。この実施形態では、4つのサンプルプラグが、分離チャネル4内に別々に注入され、それぞれが、塩基対末端A,T,G,およびCの1つを有するDNA帯に寄与するので、空間−時間マップMには、4つの頂点VA,VT,VG,VCが含まれる。このようにして、DNAサンプルを順序付けする(sequence)ことができ、DNA帯の長さは、泳動速度(migration velocity)から決定される。
【0063】
最後に、本発明は、好ましい実施形態について記述されており、添付の特許請求の範囲によって規定された本発明の範囲から逸脱せずに、多くの異なる方式で補正することができることが理解されるであろう。
【図面の簡単な説明】
【図1】 本発明の好ましい実施形態による電気泳動装置の検出器チップを示す図である。
【図2】 図1の装置の分析システムを示す図である。
【図3】 図1の装置の分離チャネルに沿って間隔を置いた位置z1,z2,z3において検出されたサンプルプラグの一成分の強度−時間信号を3次元表示した図である。
【図4】 図1の装置の分離チャネルに沿って間隔を置いた位置z1,z2,z3において検出されたサンプルプラグの3つの成分の強度−時間信号を示す図である。
【図5】 図4の強度−時間信号から生成された空間−時間マップである。
【図6】 図5の頂点空間−時間マップから決定された速度スペクトルを示す図である。
【図7】 異なる塩基対末端を有するDNA帯を備える4つの別々に注入されたDNAサンプルプラグからの強度−時間信号から生成された空間−時間マップである。
Claims (25)
- 移動する物体の速度の決定を可能にするための分析システムであって、
間隔を置いた複数の位置で検出された信号を表す複数のデータの組のそれぞれから、等位相点の等位相空間−時間マップを生成する等位相空間−時間マップジェネレータを備え、
前記等位相空間−時間マップジェネレータは、前記信号における信号ピークの局所極値を決定し、前記局所極値から前記等位相空間−時間マップを生成し、
前記空間−時間マップから少なくとも1つの頂点を識別するための頂点ファインダをさらに備え、単一の頂点が、共通の制約を有する物体の各グループに対して識別され、
前記物体の速度は、それぞれの頂点によって適合された空間−時間マップにおける等位相点の組から決定可能であることを特徴とする、分析システム。 - 前記信号における信号ピークに関連した公称速度を決定し、公称速度に従って、それらの信号ピークを組ごとにグループ分けする速度ソータをさらに備えることを特徴とする、請求項1に記載のシステム。
- 前記空間−時間マップジェネレータは、電流変化の関数に従って前記空間−時間マップを生成する際に、補正された時間成分を使用するように構成されていることを特徴とする、請求項1又は2に記載のシステム。
- 前記物体は、ラベルなし物体であることを特徴とする、請求項1ないし3のいずれかに記載のシステム。
- 前記物体は、ラベル付き物体であることを特徴とする、請求項1ないし3のいずれかに記載のシステム。
- 前記物体は、チャネルを通って移動することを特徴とする、請求項1ないし5のいずれかに記載のシステム。
- 前記チャネルは、前記物体が電気泳動により駆動される分離チャネルを備えることを特徴とする、請求項6に記載のシステム。
- 前記物体は、1つのサンプルからの成分を備えることを特徴とする、請求項1ないし7のいずれかに記載のシステム。
- 前記物体は、複数の別々のサンプルからの成分を備えることを特徴とする、請求項1ないし7のいずれかに記載のシステム。
- 前記物体は、分子成分を備えることを特徴とする、請求項1ないし9のいずれかに記載のシステム。
- 前記物体は、高分子成分を備えることを特徴とする、請求項1ないし10に記載のいずれかに記載のシステム。
- 前記成分は、DNA帯を備えることを特徴とする、請求項11に記載のシステム。
- 移動する物体の速度の決定を可能にする方法であって、
間隔を置いた複数の位置で検出された信号のそれぞれの信号ピークから、前記信号ピークの局所極値として等位相点を決定するステップと、
前記等位相点の等位相空間−時間マップを生成するステップと、
前記空間−時間マップから少なくとも1つの頂点を識別するステップと
を含み、単一の頂点が共通の制約を有する物体の各グループに対して識別され、前記物体の速度は、それぞれの頂点によって適合された空間−時間マップの等位相点の組から決定可能であることを特徴とする方法。 - 前記信号の信号ピークに関連する公称速度を決定するステップと、
公称速度に従って、それらの信号ピークを各組にグループ分けするステップと
をさらに含むことを特徴とする、請求項13に記載の方法。 - 前記空間−時間マップを生成する際に、電流変化の関数に従って補正された時間成分が使用されることを特徴とする、請求項13又は14のいずれかに記載の方法。
- 前記物体は、ラベルなし物体であることを特徴とする、請求項13ないし15のいずれかに記載の方法。
- 前記物体は、ラベル付き物体であることを特徴とする、請求項13ないし15のいずれかに記載の方法。
- 前記物体は、チャネルを通って移動することを特徴とする、請求項13ないし17のいずれかに記載の方法。
- 前記チャネルは、物体が電気泳動で駆動される分離チャネルを備えることを特徴とする、請求項18に記載の方法。
- 前記物体は、1つのサンプルからの成分を備えることを特徴とする、請求項13ないし19のいずれかに記載の方法。
- 前記物体は、複数の別々のサンプルからの成分を備えることを特徴とする、請求項13ないし19のいずれかに記載の方法。
- 前記物体は、分子成分を備えることを特徴とする、請求項13ないし21のいずれかに記載の方法。
- 前記物体は、高分子成分を備えることを特徴とする、請求項13ないし22のいずれかに記載の方法。
- 前記成分は、DNA帯を備えることを特徴とする、請求項23に記載の方法。
- 請求項1ないし12のいずれか一項に記載したシステムを含んでいることを特徴とする電気泳動装置。
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