JP5534819B2 - huTNFR1選択的拮抗剤 - Google Patents
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Description
マウスモノクローナル抗体H398配列およびヒト生殖系列IgV遺伝子配列に基づいた抗TNF受容体1拮抗剤のin silico作製
H398重鎖可変ドメイン(VH)および軽鎖可変ドメイン(VL)のアミノ酸配列(Moosmayer他、Ther.Immunol.、1995年、第2号、31〜40頁)を用いて、Vベースデータベース(http://vbase.mrc−cpe.cam.ac.uk/)およびIgBlastを使用して類似のヒト生殖系列Vセグメントを検索した。この検索により、61.2〜62.2%の全体的な類似度を有するいくつかのVH生殖系列配列(DP75、DP8、DP88)および80.0〜81.0%の類似度を有するいくつかのVL生殖系列配列(DPK15、DPK13、DPK27、DPK28)が同定された。同定された配列をH398のVHおよびVLとアラインメントし、CDRのコンホメーションに重大なアミノ酸、VH/VL界面および微調整(Vernier)領域を記載されているように同定した(O’Brien S.、Jones T.、Antibody engineering,a lab manual、Springer、2001年、567〜590頁;Lo B.K.C.、Antibody engineering,methods and protocols、Humana Press、2004年、135〜159頁)。カバット、コチア、AbMおよびコンタクトの定義を使用してCDR領域を割り当てた(Martin A.C.R.、Antibody engineering,a lab manual、Springer、2001年、422〜439頁)。さらに、L1〜L3およびH1〜H2のカノニカルクラスは以下のように決定された:L1−4、L2−1、L3−1、H1−1、H2−3(Martin A.C.R.、Antibody engineering,a lab manual、Springer、2001年、567〜590頁)。CDR置換には、CDRは以下のように定義された:アミノ酸L24〜L34(CDRL1)、L46〜L56(CDRL2)、L89〜L97(CDRL3)、H26〜H35(CDRH1)、H47〜H65(CDRH3)、およびH95〜H102(CDRH33)。ヒトアクセプター配列として、本発明者らはVH生殖系列セグメントVH1−69(1−e、DP88)およびVL生殖系列セグメントA3(DPK15)を選択した。6つのCDRのすべてを、これらのヒト可変生殖系列セグメント内に挿入した(図1)。生じた独特の配列を、それぞれIZI−06.1 VH(配列番号7)およびIZI−06.1 VL(配列番号8)と命名した。
IZI−06.1 VHおよびIZI−06.1 VLのDNA配列の合成
2つのヒト化可変ドメイン(IZI−06.1 VH(配列番号7)、IZI−06.1 VL(配列番号8))をコードしているコドン最適化したDNAを、GeneArt(ドイツ、Regensburg)によって、適切なクローニング部位を付加して合成した(図2)。
H398およびIZI−06.1 Fv断片のモデル構造
ウェブ抗体モデリングサーバ(WAM)を使用して、H398およびIZI−06.1 Fvのモデル構造を作成した(Whitelegg N.R.J.、Rees A.R.、Web.Prot.Eng.、2000年、第13号、819〜824頁)。2つのモデル構造のアラインメントにより、わずかな歪みを示すCDRH3を例外として、CDRを含めたタンパク質の主鎖および側鎖のコンホメーションの高い一致が明らかとなった(図3)。したがって、H398モデルおよびIZI−06.1モデルのCDRH3の先端のAsp96は、抗原結合ポケットから外に約0.38nm移動している。
IZI−06.1のクローニングおよび一価Ig断片(Fabフォーマット)の構築
抗体IZI−06.1の可変重鎖および軽鎖ドメイン(VH、VL)をコードしている遺伝子をGeneArtによって合成し、適切なクローニング部位を含むベクターpPCR−Script(pPCR−Script−IZI−06.1−VH、pPCR−Script−IZI−06.1−VL)内に提供する。Fd断片(VH−CH1)(=構築物pAB1−IZI−06.1−Fd)のクローニングでは、プラスミドpPCR−Script−IZI−06.1−VHを制限酵素SfiIおよびXhoIで消化し、生じた断片を、同じ酵素で消化したベクターpAB1−CH1(ヒト免疫グロブリンγ1重鎖のCH1ドメインの遺伝子を含む)内にクローニングする。軽鎖(VL−CL)(=構築物pAB1−IZI−06.1−L)のクローニングには、プラスミドpPCR−Script−IZI−06.1−VLを制限酵素SfiIおよびAscIで消化し、生じた断片を、同じ酵素で消化したベクターpAB1−CH1(ヒトC?ドメインの遺伝子を含む)内にクローニングする。ベクターにコードされているリボソーム結合部位(RBS)およびpelBリーダー配列が含まれる軽鎖遺伝子を、プラスミドpAB1−IZI−06.1−Lから、プライマーA(5’−GAC CAT GAT TAC GCC AAG CTT TCC ACG GCA TGC AAA TTC−3’)(配列番号11)およびB(5’−ACG ACG GCC AGT TCT AGA TTA ACA CTC TCC CCT GTT GAA−3’)(配列番号12)を用いて、PCRによって増幅する。このステップで、HindIIIおよびXbaI部位をそれぞれ5’および3’末端に導入する。PCR産物を制限酵素HindIIIおよびXbaIで消化し、同じ酵素で消化したプラスミドpAB1−IZI−06.1−Fd内にクローニングする。これにより、Fd断片のC末端にヘキサヒスチジルタグが含まれる抗体IZI−06.1のFab断片をコードしている、最終的な細菌発現プラスミドpAB1−IZI−06.1−Fabがもたらされる。
発現系
ベクター:pAB1(Kontermann他、1997年)
細胞:大腸菌TG1(Stratagene、米国、La Jolla)
基本原理:IZI−06.1 Fabの発現はPLacの制御下にあり、標準手順に従ってIPTGによって誘導する。選択はアンピシリン(bla−Gen)を添加することによって達成する。
手順:バッチの振盪フラスコ培養。
精製
基本原理:2回の連続的なIMACの実行、続いてサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)による、3ステップの精製プロトコル。IZI−06.1はC末端のmyc−Hisタグを保有する(pAB1、クローニング戦略参照)。第1および第2の精製ステップはIMAC(固定金属イオンアフィニティークロマトグラフィー)である。Hisタグ内のヒスチジン残基は、セファロースマトリックス上のリガンドとキレート化したNiイオンと、特異的に結合する。第2のIMACステップは生成物を濃縮するためのものである。SECは、FPLC(ドイツ、Pharmacia)を用いて半調製様式で行う。このステップは、見かけ上の分子量に応じて分離し、標的タンパク質のより高分子の凝集体の分離、ならびにより高分子やより低分子のタンパク質および非タンパク質汚染物質の分離を可能にする。具体的には、折り畳みが誤ったおよび/またはプロセシングされていない標的タンパク質IZI−06.1は、SECでより高い見かけの分子量を示し、正しく折り畳まれた生物活性のある生成物から分離することができる。
カラム:HiTrap 5mL(Niイオンキレート化)(Amersham Pharmacia)。
洗浄画分:25mMのナトリウム−リン酸−緩衝液、pH8.0;0.5MのNaCl;25mMのイミダゾール、5倍体積(カラム)
溶出:25mMのリン酸ナトリウム緩衝液、pH8.0;0.5MのNaCl;500mMのイミダゾール
画分:8×3.5mL
IZI−06.1は主に画分2および3で溶出される(図5a、5b)。画分2〜4をプールし、500倍体積のPBSに対して透析した。生じた透析物を第2のIMACステップ(IMAC2)によって濃縮する。
カラム:HisTrap 1mL(Niイオンキレート化)(Amersham Pharmacia)。
洗浄画分:25mMのナトリウム−リン酸−緩衝液、pH8.0;0.5MのNaCl;25mMのイミダゾール、5倍体積(カラム)
溶出:25mMのリン酸ナトリウム緩衝液、pH8.0;0.5MのNaCl;500mMのイミダゾール
画分:8×1.0mL
SEC/FPLC:
カラム:Superdex 200(Pharmacia)
溶出液:PBS(滅菌濾過)
適用:200μLのIMAC(2)の画分2または3
流速:0.25mL/分
画分:Nr.1〜5:1mL、Nr.5〜35:0.5mL
IZI−06.1 Fabは、主に画分24/25(バイオアッセイによる活性なFab)、小量で画分20/21(活性のより低いFab、恐らくは主に折り畳みが誤ったタンパク質)中に存在する。
IZI−06.1 Fabの機能的活性
平衡結合研究による結合特徴、結合親和性の決定:
TNFR1に対する親和性を決定するために、放射標識したIZI−06.1 Fabを用いた飽和結合研究を4℃で行う。クロラミンT法を用いて、抗体を125ヨウ素で標識する。手短に述べると、10μgの精製したタンパク質を、リン酸緩衝液(pH7.4)中、室温で、3.7×107ベクレルのNa125IおよびクロラミンTと共にインキュベーションする。反応を二亜硫酸Naで停止させ、過剰のNaIおよび標識されたタンパク質を、PD10カラム(Pharmacia)を用いたゲル濾過によって分離する。1ml画分が収集される。タンパク質は画分2および3に溶出され、遊離125Iは画分7〜9で検出される。生じたタンパク質濃度は2.7μg/mlであり、放射活性は120,000cpm/ngである。生物活性物質は、一定量の標識したIZI−06.1 Fabを漸増する数のTNFR1−Fasを発現するマウス線維芽細胞と共にインキュベーションすることによって決定する。生じた双曲線を用いて、直線回帰によって1部位結合方程式を当てはめ、外挿された最大結合値(Bmax)は生物活性物質の%を表す(約10%)。この分析からのデータを用いて、以下の実験で適用された抗体の濃度を計算する。
結合=(Bmax×[IZIFab])/([IZIFab]+KD)
データの適合度は、スキャッチャードプロットとしても知られる線形化変換を行うことによって評価する。生じたデータにより、IZI−06.1とTNFR1との結合は飽和性かつ特異的であり、見かけの親和性がKD=0.778nMであることが示される。
Hisタグの陽性IZI−06.1−Fabを用いて、TNFR1結合またはTNFR1−Fas結合のそれぞれの特異性、および抗体誘導体によって認識されるエピトープの特徴づけを決定する。図7Aは、間接免疫蛍光フローサイトメトリー分析を示す。IZI−06.1−Fabは、陰性対照と比較して、TNFR1−Fasキメラを発現する細胞を陽性に染色する(検出試薬:FITCで標識したHisに特異的な抗体。TNFR1特異的mab225を用いた間接IFと比較した、比較的低い染色強度(図7D)は、主に使用した二次検出試薬が異なること(Hisタグ特異的検出抗体対抗マウス−Ig検出抗体)によることが知られている。陰性対照と比較してTNFR2−Fasを発現する細胞上で特異的結合は起こらず、TNFR2に特異的な抗体80M2が陽性対照として役割を果たした(図7B)。膜遠位のシステインに富んだドメイン(CRD)1が除去されている、TNFR1−Fas構築物に対して陽性の細胞で特異的な染色は起こらなかった(図7C)。しかし、この構築物は、別のTNFR1に特異的なmabであるmab225によって容易に検出される(図7D)。さらに、膜遠位のCRD1がTNFR2のそれによって置き換えられている、機能的(シグナルコンピテント)TNFR1−Fas構築物を発現する細胞上で特異的な染色は起こらなかった(図7E)。ここでも、この受容体キメラは、TNFR1とCRD1外で結合することが知られているmab225によって容易に検出される。したがって、図7C〜Fに示すデータから、IZI−06.1はTNFR1のCRD1を認識すると結論することができる。本発明者らは、CRD1が、CRD2のコンホメーションに影響を与えることによってTNF結合に決定的に関与しており、後者がCRD3と一緒になって直接リガンド接触部位のうちの1つを提供することを知っている(本発明者らの未発表データ)。
精製したIZI−06.1 Fabを、TNF感受性が高く(100pg/mL sTNF未満のLD50、タンパク質合成の阻害は必要ない)、TNFR1およびTNFR2の両方を介して応答する(後者のシグナル経路は、NF−κBのシグナル伝達によって内在性TNF発現を誘発し、続いてTNFR1によって膜発現TNFのアポトーシスの自己向性シグナル伝達(autotropic signaling)を誘発することが、以前に示されている(Grell他、EMBO J.、1999年、第18号、3034〜3043頁))Kym−1ヒト横紋筋肉腫細胞系モデルにおいて、拮抗活性について試験する。IZI−06.1 Fabの拮抗活性を、マウスmab H398およびH398から酵素的に調製したFabと比較する。図8は、H398 Fabと比較して2〜4倍低い濃度での、IZI−06.1 FabによるKym−1細胞に対するTNFに媒介される細胞毒性作用の効率的かつ完全な遮断を示す。以前の結果から予想されるように、完全長mabは、一価Fabと比較してより低い濃度でより高い中和活性を示し、これは恐らく、二価試薬の解離速度(off rate)がより低い(結合力がより高い)ことが原因である。重要なことに、mab H398は、高濃度で拮抗剤から部分アゴニストへと変換されるため、この高感度なin vitroアッセイにおいてTNF活性の完全な遮断に達しない。このことは、TNFRの架橋結合が用量依存的に増加し、リガンドに依存しない機能的なTNFRシグナル伝達複合体が潜在的に形成されることによって説明される(Moosmayer他、Ther.Immunol.、1995年、第2号、31〜30頁も参照)
要約すると、本発明によれば、驚くべきかつ予想外の主要な特長の1つは、TNFR1特異的拮抗剤IZI−06.1 Fabが同じ特異性の既存のマウスFabと比較して、より優れたTNFR1遮断活性を示し、また、受容体架橋結合能力を完全に欠くために完全長mabよりも優れている、すなわち、IZI−06.1 Fabはすべての内在性のシグナル伝達潜在性を欠き、したがってTNFR1の真の拮抗剤であることである。
単鎖Fv IZI−06.1およびその誘導体
scFv IZI−06.1(VH−VL)のクローニングおよび発現:
scFv IZI−06.1(VH−VL)は、2ステップでファージミドベクターpHEN2内にクローニングして、ベクターにコードされている15残基のリンカー(GGGGSGGGGSGGSAQ)(配列番号13)、N末端のpelBリーダー配列ならびにC末端のmycタグおよびヘキサヒスチジルタグ(His6)を導入することによって作製する。可溶性発現には、scFvのコード配列は、pHEN2−scFv IZI−06.1(VH−VL)プラスミドDNAを制限酵素SfiIおよびNotIで消化し、生じた断片を同じ酵素で消化した発現ベクターpAB1内にクローニングすることによって得られる。発現および精製は以下のように行う。2Lの2×TY、100μg/mLのアンピシリン、0.1%のグルコースに、形質転換させたTG1の20mlの終夜培養物を接種し、対数期(OD600=0.8)まで37℃で増殖させた。1mMのIPTGを添加することによってタンパク質発現を誘導し、細菌をさらに3時間、室温で増殖させた。細胞を遠心分離によって収集し、100mlの30mMのトリス−HCl、pH8.0、1mMのEDTA、20%のスクロースに再懸濁させた。5mgのリゾチームを加えた後、細胞を氷上で15〜30分間インキュベーションする。10mMのMg2SO4を加えた後、細胞を10,000gで30分間、4℃で遠心分離する。上清をPBSに対して透析し、50mMのリン酸ナトリウム緩衝液、pH7.5、500mMのNaCl、20mMのイミダゾールで平衡化したNi−NTAカラム(Qiagen、ドイツ、Hilden)上に添加する。洗浄ステップ(50mMのリン酸ナトリウム緩衝液、pH7.5、500mMのNaCl、35mMのイミダゾール)の後、Hisタグ付けされた組換え抗体断片を、50mMのリン酸ナトリウム緩衝液、pH7.5、500mMのNaCl、100mMのイミダゾールで溶出させる。タンパク質画分をプールし、PBSに対して透析する。タンパク質濃度を分光光度計によって決定し、それぞれのタンパク質で計算されたe値を用いて計算する。
scFv IZI−06.1(VH−VL)ヒトアルブミン融合タンパク質(配列番号10)は、プラスミドpAB1からのscFv IZI−06.1(VH−VL)をコードしているDNAを、SfiI−NotI断片として、ヒトアルブミンをコードしているcDNAを含むプラスミドpSecTagA−HSA内にクローニングすることによって作製する。プラスミドDNAを、Lipofectamin(商標)2000(Invitrogen、ドイツ、Karlsruhe)を用いてHEK293細胞内に形質移入した。安定な形質移入体は、ゼオシン(300μg/mL)で選択することによって作製される。細胞を、RPMI、5%のFCS中で、90%コンフルエントになるまで拡大増殖させる。タンパク質産生には、細胞をOpti−MEM(Invitrogen、ドイツ、Karlsruhe)中で培養し、培地を3日毎に3〜4回交換する。上清をプールし、タンパク質を硫安塩析(60%飽和)によって濃縮した後、Ni−NTAカラム(Qiagen、ドイツ、Hilden)上に添加する。IMACによる精製を上述のように行う。
配列番号8:IZI−06.1VL−ヒト化抗体断片
配列番号9:scFv IZI−06.1 VH−VL−ヒト化抗体断片
配列番号10:scFv IZI−06.1ヒト血清アルブミン融合タンパク質
配列番号11:プライマーA
配列番号12:プライマーB
配列番号13:リンカー
配列番号14:IZI−06.1VH−ヒト化抗体断片VH
配列番号15:IZI−06.1VL−ヒト化抗体断片
配列番号16:scFv IZI−06.1−ヒト化抗体断片
配列番号17:scFv IZI−06.1ヒト血清アルブミン融合タンパク質
Claims (14)
- (i)ヒトにおいてhuTNFR1−リガンドの免疫原性応答を低減させることができる1つまたは複数のヒト由来アミノ酸配列と、
(ii)huTNFR1と選択的に結合することができる1つまたは複数の非ヒト由来アミノ酸配列と
を有するタンパク質構築物を含むhuTNFR1−リガンドであって、
前記タンパク質構築物が、重鎖の可変ドメイン(VH)として配列番号7に記載のアミノ酸配列および軽鎖の可変ドメイン(VL)として配列番号8に記載のアミノ酸配列を含むか、又はヒト化抗体の断片であって、配列番号9に記載のアミノ酸配列を含むscFvである断片を含む、huTNFR1−リガンド。 - 生物学的に許容される化合物との特異的相互作用を可能にするさらなるタグを含む、請求項1に記載のhuTNFR1−リガンド。
- タンパク質構築物が、翻訳後化学結合または組換え遺伝子技術によってそれと非共有結合したまたはそれと共有結合した、生物学的に許容される化合物をさらに含む、請求項1または2に記載のhuTNFR1−リガンド。
- 生物学的に許容される化合物が、血清タンパク質からなる群から選択される、請求項3に記載のhuTNFR1−リガンド。
- 生物学的に許容される化合物がアルブミンである、請求項3または4に記載のhuTNFR1−リガンド。
- タンパク質構築物が、配列番号10に記載のヒト血清アルブミンとの融合タンパク質を含む、請求項3から5のいずれかに記載のhuTNFR1−リガンド。
- 請求項1から6のいずれかに記載のhuTNFR1−リガンドをコードしている核酸。
- 請求項7に記載の核酸配列を含むベクター。
- 請求項7に記載の核酸または請求項8に記載のベクターを含む単離宿主細胞。
- 治療上有効な量の請求項1から6のいずれかに記載のhuTNFR1−リガンドと、必要に応じて、製薬上許容される担体、製薬上許容される塩、補助剤、安定化剤、希釈剤および溶媒、またはその任意の組合せからなる群から選択される1つまたは複数の追加の成分とを含む医薬組成物。
- 関節リウマチ、乾癬、クローン病、潰瘍性大腸炎ならびに他の慢性炎症性および/または自己免疫疾患、急性の劇症のウイルスまたは細菌感染症、代謝性疾患、急性神経変性疾患、好ましくは多発性硬化症、パーキンソン病およびアルツハイマー病から選択される慢性神経変性疾患、好ましくは周期熱症候群およびケルビム症から選択される、TNF/TNFR1が原因の病理媒介物質である遺伝性疾患、ならびに癌を治療するための、請求項10に記載の医薬組成物。
- 関節リウマチ、乾癬、クローン病、潰瘍性大腸炎ならびに他の慢性炎症性および/または自己免疫疾患、急性の劇症のウイルスまたは細菌感染症、代謝性疾患、急性神経変性疾患、好ましくは多発性硬化症、パーキンソン病およびアルツハイマー病から選択される慢性神経変性疾患、好ましくは周期熱症候群およびケルビム症から選択される、TNF/TNFR1が原因の病理媒介物質である遺伝性疾患、ならびに癌から選択される疾患に罹患している患者を治療するための医薬品の調製のための請求項1から6のいずれかに記載のhuTNFR1−リガンドの使用。
- 人間に投与した場合に免疫原性応答が低減するhuTNFR1−リガンドを産生する方法であって、
(a)請求項1から6のいずれか一項に記載のタンパク質構築物を提供するステップと、
(b)タンパク質構築物のアミノ酸配列のうちの1つまたは複数をマトリックスとして使用した誘導選択によって、huTNFR1と選択的に結合することができる1つまたは複数のヒト由来アミノ酸配列を同定するステップと、
(c)ステップ(b)で同定したアミノ酸配列のうちの少なくとも1つまたは複数を含むリガンドを構築するステップと
を含む方法。 - ヒト由来アミノ酸配列のみを含む別の低免疫原性huTNFR1−リガンドの同定および構築における誘導選択のマトリックスとしての、請求項1から6のいずれか一項に記載のタンパク質構築物を含むhuTNFR1−リガンドの使用。
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