JP5831455B2 - モルホリノ核酸誘導体 - Google Patents
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Description
上記副反応を抑えるべく、AVI BIOPHARMA社は、グアニンの6位水酸基がピバロイルオキシベンジル(POB基)で保護されたGモノマーを報告している(例えば、特許文献1参照。)。しかしながら、POB基は、脱保護工程において4−メチレンシクロヘキサ−2,5−ジエノンに変換され、これがモルホリノ核酸オリゴマーのモルホリンのNH部分に付加して副生成物を形成する。
その他に、特許文献1はグアニンの6位水酸基の他の保護基についても報告している。かかる他の保護基として、特許文献1では、例えば、4−ニトロフェネチル、フェニルスルホニルエチル、メチルスルホニルエチルが開示されている。しかし、これらの保護基は、脱保護工程において、例えば、4−ニトロスチレンのような反応活性種に変換され、これがモルホリノ核酸オリゴマーのモルホリンのNH部分に付加して副生成物を形成する。また、t−ブチルジメチルシリル等のシリル系保護基が知られているが、これは、モルホリノ核酸オリゴマーの合成条件下では不安定であり脱離し易いため、グアニンの6位水酸基が保護されていないGモノマーと同様の副反応が報告されている。更に、フェニルエーテル系保護基やカーバメート系保護基が知られているが、これらは脱保護工程において当該保護基の脱離が不完全であったり、縮合工程における縮合効率の悪化することが報告されている。
[式中、*は、前記と同義である。R4は、アルキル、アリールメチル、又は、アリールオキシメチルを表す。
R5、R6は、同一又は異なって、アルキルを表す。]
R3は、トリアルキルシリル若しくはジフェニルアルキルシリルで保護されていてもよい水酸基、又は次の一般式(5)で表される基を表す。
「アルキル」としては、例えば、直鎖状又は分枝鎖状の炭素数1〜8のアルキル、具体的には、例えばメチル、エチル、n−プロピル、イソプロピル、n−ブチル、イソブチル、sec−ブチル、tert−ブチル、n−ペンチル、イソペンチル、n−ヘキシル、イソヘキシル、n−ヘプチル、イソヘプチル、n−オクチルを挙げることができる。なかでも、炭素数1〜6のアルキルが好ましく、炭素数1〜3のアルキルがより好ましい。
「トリアルキルシリル」、「ジフェニルアルキルシリル」、「ジアルキルアミノ」の「アルキル」部分としては、上記「アルキル」と同じものを挙げることができる。
(a) N9−[(2R,6S)−6−{(tert−ブチルジメチルシリルオキシ)メチル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N2−(フェノキシアセチル)−O6−(2−シアノエチル)グアニン、
(b) N9−{(2R,6S)−6−ヒドロキシメチル−4−トリチルモルホリン−2−イル}−N2−(フェノキシアセチル)−O6−(2−シアノエチル)グアニン、
(c) [(2S,6R)−6−{N2−(フェノキシアセチル)−O6−(2−シアノエチル)グアニン−9−イル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]メチル ジメチルホスホロアミドクロリデート。
以下に示す製造方法において、原料が反応に影響を及ぼす置換基(例えば、ヒドロキシ、アミノ、カルボキシ)を有する場合は、原料をあらかじめ公知の方法に従い、適当な保護基で保護した後に反応を行う。保護基は、最終的に、接触還元、アルカリ処理、酸処理などの公知の方法に従い脱離することができる。
本発明化合物は、公知化合物又は容易に製造可能な中間体から、例えば、以下の製法1〜製法3を実施することにより製造することができる。
式中、R2は、前記と同義である。R7は、トリアルキルシリル、又はジフェニルアルキルシリルを表す。R8は、1個〜3個のアルキルで置換されていてもよいアリールスルホニルを表す。R14は、前記の一般式(2)で表される基を表す。
本反応は、化合物(6)と2−シアノエタノールとの縮合反応であって、それ自体公知の方法によって行われる。
2−シアノエタノールの使用量は、化合物(6)に対して、モル比で1倍量〜20倍量の範囲内が適当であり、好ましくは1.2倍量〜10倍量の範囲内である。使用する溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、アセトニトリル、ジクロロメタン、及び、N,N−ジメチルホルムアミド、並びに、これら任意の混合溶媒を挙げることができる。特に、ジクロロメタンが好ましい。本工程で使用しうる「塩基」としては、例えば、N−メチルピロリジン、及び、1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ−7−エン、並びに、これらの混合物を挙げることができる。かかる塩基の使用量は、化合物(6)に対して、モル比で1倍量〜20倍量の範囲内が適当であり、好ましくは1倍量〜10倍量の範囲内である。反応温度は0℃〜50℃の範囲内が適当である。また、反応時間は、使用する原料の種類、反応温度などによって異なるが、通常1時間〜30時間の範囲内が適当である。
原料化合物である化合物(6)は、例えば、WO2009/064471の実施例1 化合物4の調製の項に記載の方法に準じて製造することができる。
式中、R2、R7、R14は、前記と同義である。
本反応は、化合物(1A)のR7を脱離するための反応であって、それ自体公知の方法によって行われる。
本工程で使用しうる「R7を脱離するための試薬」としては、例えば、テトラブチルアンモニウムフロリド、アミンとフッ化水素酸との塩又は適当な溶媒中においてアミンとフッ化水素酸とを任意の比で混合したものを挙げることができる。
使用する溶媒としては、例えば、テトラヒドロフラン(THF)、アセトニトリル、ジクロロメタン、トルエン、ジメチルスルホキシド、及び、N,N−ジメチルホルムアミド、並びに、これら任意の混合溶媒を挙げることができる。特に、THF、ジクロロメタンが好ましい。
化合物(1A)の種類、用いるR7を脱離するための試薬、使用する溶媒等によって異なるが、本工程で使用しうるR7を脱離するための試薬の使用量としては、化合物(1A)に対して、モル比で1倍量〜10倍量の範囲内が適当であり、好ましくは1.2倍量〜5倍量の範囲内である。反応温度は0℃〜50℃の範囲内が適当である。また、反応時間は、使用する原料の種類、反応温度等によって異なるが、通常1時間〜30時間の範囲内が適当である。
式中、R2、R14、X、Y、Zは、前記と同義である。
本反応は、化合物(1B)をホスホロアミド化するための反応であって、それ自体公知の方法によって行われる。
使用する溶媒は、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、アセトニトリル、ジクロロメタン、THFを挙げることができる。
本工程で使用しうる化合物(9)の使用量は、化合物(1B)に対して、モル比で1倍量〜10倍量の範囲内が適当であり、好ましくは1.2倍量〜5倍量の範囲内である。
本工程で使用しうる「活性化剤」としては、例えば、1H−テトラゾール、5−エチルチオテトラゾール、4,5−ジクロロイミダゾール、4,5−ジシアノイミダゾール、N−メチルイミダゾール、4−ジメチルアミノピリジンを挙げることができる。特にN−メチルイミダゾールが好ましい。かかる「活性化剤」の使用量は、化合物(9)に対して、モル比で0.2倍量〜3倍量の範囲内が適当であり、好ましくは0.5倍量〜2倍量の範囲内である。
本工程で使用しうる「塩基」としては、例えば、N−エチルモルホリンを挙げることができる。かかる塩基の使用量は、化合物(9)に対して、モル比で0.8倍量〜5倍量の範囲内が適当であり、好ましくは1倍量〜3倍量の範囲内である。反応温度は0℃〜80℃の範囲内が適当である。また、反応時間は、使用する原料の種類、反応温度等によって異なるが、通常1時間〜30時間の範囲内が適当である。
式中、R2、R3、R14は、前記と同義である。
本反応は、化合物(1D)のR14を脱保護するための反応であって、それ自体公知の方法によって行われる。
本工程で使用しうる「酸」、即ち「R14を脱離するための試薬」としては、例えば、酢酸、塩酸又は燐酸を挙げることができる。かかる酸の使用量は、化合物(1D)に対して、モル比で1倍量〜1000倍量の範囲内が適当であり、好ましくは10倍量〜100倍量の範囲内である。
使用する溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、メタノール、水を挙げることができる。
また、反応時間は、使用する原料の種類、反応温度等によって異なるが、通常0.5時間〜5時間の範囲内が適当である。
[式中、Base、X、Yは、前記と同義であり;
nは、1〜99の範囲内にある任意の整数であり、好ましくは、18〜28の範囲内にある任意の整数である。]
下記工程に使用されている化合物及び試薬は、モルホリノ核酸オリゴマーの製造に一般的に使用されているものであれば特に限定されない。
次の一般式(II)で表される化合物(以下、化合物(II)という。)に酸を作用させることによって、次の一般式(III)で表される化合物(以下、化合物(III)という。)を製造する工程。
[式中、n、X、Yは、前記と同義であり;
BPは,独立して、保護されていてもよい核酸塩基を表し;
R1は、トリチル基、モノメトキシトリチル基、又はジメトキシトリチル基を表し;
Lは、水素、アシル、又は次の一般式(IV)で表される基(以下、「基(IV)」という。)を表す。]
BPに係る「核酸塩基」としては、Baseと同じ「核酸塩基」を挙げることができる。但し、BPに係る核酸塩基のアミノ基又は水酸基は保護されていてもよい。
かかるアミノ基の保護基としては、核酸の保護基として使用されるものであれば特に制限されず、具体的には、例えば、ベンゾイル、4−メトキシベンゾイル、アセチル、プロピオニル、ブチリル、イソブチリル、フェニルアセチル、フェノキシアセチル、4−tert−ブチルフェノキシアセチル、4−イソプロピルフェノキシアセチル、(ジメチルアミノ)メチレンを挙げることができる。水酸基の保護基としては、例えば、2−シアノエチル 、4−ニトロフェネチル、フェニルスルホニルエチル、メチルスルホニルエチル、トリメチルシリルエチル、置換可能な任意の位置で1〜5個の電子吸引性基で置換されていてもよいフェニル、ジフェニルカルバモイル、ジメチルカルバモイル、ジエチルカルバモイル、メチルフェニルカルバモイル、1−ピロリジニルカルバモイル、モルホリノカルバモイル、4−(tert−ブチルカルボキシ)ベンジル、4−[(ジメチルアミノ)カルボキシ]ベンジル、4−(フェニルカルボキシ)ベンジルを挙げることができる(例えば、WO2009/064471参照)。なかでも、グアニンの6位水酸基の保護基は、2−シアノエチル が好ましい。
「固相担体」としては、核酸の固相反応に使用しうる担体であれば特に制限されないが、例えば、(i)モルホリノ核酸誘導体の合成に使用しうる試薬(例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、テトラゾール、N−メチルイミダゾール、ピリジン、無水酢酸、ルチジン、トリフルオロ酢酸)にほとんど溶解せず、(ii)モルホリノ核酸誘導体の合成に使用しうる試薬に対して化学的に安定であり、(iii)化学修飾ができ、(iv)望ましいモルホリノ核酸誘導体の装填ができ、(v)処理中にかかる高圧に耐える十分な強度をもち、(vi)一定の粒径範囲と分布であるものが望ましい。具体的には、膨潤性ポリスチレン(例えば、アミノメチルポリスチレン樹脂 1%ジベンジルベンゼン架橋(200〜400メッシュ)(2.4〜3.0mmol/g)(東京化成社製)、Aminomethylated Polystyrene Resin・HCl[ジベンジルベンゼン1%,100〜200メッシュ](ペプチド研究所社製))、非膨潤性ポリスチレン(例えば、Primer Support(GE Healthcare社製))、PEG鎖結合型ポリスチレン(例えば、NH2−PEG resin(渡辺化学社製)、TentaGel resin)、定孔ガラス(controlled pore glass;CPG)(例えば、CPG社製)、オキサリル化−定孔ガラス(例えば、Alulら,Nucleic Acids Research,Vol.19,1527(1991)を参照)、TentaGel支持体−アミノポリエチレングリコール誘導体化支持体(例えば、Wrightら,Tetrahedron Letters,Vol.34,3373(1993)を参照)、Poros−ポリスチレン/ジビニルベンゼンのコポリマーを挙げることができる。
「リンカー」としては、通常核酸やモルホリノ核酸誘導体を連結するために使用される公知のものを用いることができるが、例えば、3−アミノプロピル、スクシニル、2,2’−ジエタノールスルホニル、ロングチェーンアルキルアミノ(LCAA)を挙げることができる。
また、前記酸と一緒に、有機アミンを使用することができる。有機アミンとしては、特に限定されるものではないが、例えば、トリエチルアミンを挙げることができる。有機アミンの使用量は、例えば、酸1モルに対して、モル比で0.01倍量〜10倍量の範囲内が適当であり、好ましくは、0.1倍量〜2倍量の範囲内である。
本工程において酸と有機アミンとの塩又は混合物を使用する場合には、例えば、トリフルオロ酢酸とトリエチルアミンの塩又は混合物を挙げることができ、より具体的には、トリフルオロ酢酸2当量に対してトリエチルアミン1当量を混合したものを挙げることができる。
本工程に使用しうる酸は、0.1%〜30%の範囲内の濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することもできる。溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、ジクロロメタン、アセトニトリル、アルコール類(エタノール、イソプロパノール、トリフルオロエタノールなど)、水又はこれらの混合物を挙げることができる。
反応時間は、使用する酸の種類、反応温度によって異なるが、通常0.1分〜24時間の範囲内が適当である。好ましくは、1分〜5時間の範囲内である。
本工程に用いる溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、ジクロロメタン、アセトニトリル、アルコール類(エタノール、イソプロパノール、トリフルオロエタノールなど)、水又はこれらの混合物を挙げることができる。反応温度は、例えば、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、20℃〜40℃の範囲内であり、さらに好ましくは、25℃〜35℃の範囲内である。
反応時間は、使用する塩基の種類、反応温度によって異なるが、通常0.1分〜24時間の範囲内が適当であり、好ましくは、1分〜5時間の範囲内である。
[式中、BP、R1、リンカー、固相担体は、前記と同義である。]
次の一般式(V)で表される化合物にアシル化剤を作用させることによって、次の一般式(VI)で表される化合物(以下、化合物(VI)という。)を製造する工程。
[式中、BP、R1、リンカーは、前記と同義であり;
R6は、水酸基、ハロゲン、又は、アミノを表す。]
特に、次の一般式(VIa)で表される化合物は、化合物(V)と無水コハク酸とを用いてエステル化反応として知られた方法を実施することにより製造することができる。
[式中、BP、R1は、前記と同義である。]
化合物(VI)に縮合剤等を作用させることによって、固相担体と反応させ、化合物(IIa)を製造する工程。
[式中、BP、R6、R1、リンカー、固相担体は、前記と同義である。]
本工程は、化合物(VI)と固相担体とを用いて縮合反応として知られた方法により製造することができる。
[式中、BP、X、Y、R1、リンカー、固相担体は、前記と同義であり;
n’は、1〜98の整数を表す。]
[式中、BP、R1は、前記と同義である。]
[式中、BP、n’、R1、X、Yは、前記と同義である。]
[式中、BP、R1は、前記と同義であり;
R7は、アシルを表す。]
[式中、BP、n’、R1、R7、X、Yは、前記と同義である。]
化合物(III)に塩基存在下にモルホリノモノマー化合物を作用させることによって、次の一般式(VII)で表される化合物(以下、化合物(VII)という。)を製造する工程。
[式中、BP、L、n、R1、X、Yは、前記と同義である。]
[式中、BP、R1、X、Y、Zは前記と同義である。]
本工程に使用しうる「塩基」としては、例えば、ジイソプロピルアミン、トリエチルアミン、又は、N−エチルモルホリンを挙げることができる。塩基の使用量としては、例えば、化合物(III)1モルに対して、モル比で1倍量〜1000倍量の範囲内が適当であり、好ましくは10倍量〜100倍量の範囲内である。
本工程に使用しうるモルホリノモノマー化合物および塩基は、0.1%〜30%の濃度になるように適当な溶媒で希釈して使用することもできる。溶媒としては、反応に関与しなければ特に限定されないが、例えば、N,N−ジメチルイミダゾリドン、N−メチルピペリドン、DMF、ジクロロメタン、アセトニトリル、テロラヒドロフラン 、又はこれらの混合物を挙げることができる。
反応時間は、使用する塩基の種類、反応温度によって異なるが、通常1分〜48時間の範囲内が適当であり、好ましくは、30分〜24時間の範囲内である。
また、必要であれば、アシル化剤と一緒に、例えば、ピリジン、ルチジン、コリジン、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、N−エチルモルホリンの塩基を使用することができる。アシル化剤の使用量としては、モル比で0.1倍量〜10000倍量の範囲内が好ましく、1倍量〜1000倍量の範囲内がより好ましい。塩基の使用量としては、例えば、アシル化剤1モルに対して、モル比で0.1倍量〜100倍量の範囲内が適当であり、好ましくは倍量〜10倍量の範囲内である。
本反応の反応温度は、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、10℃〜50℃の範囲内が好ましく、より好ましくは、20℃〜40℃の範囲内であり、さらに好ましくは、25℃〜35℃の範囲内である。反応時間は、例えば、使用するアシル化剤の種類、反応温度によって異なるが、通常0.1分〜24時間の範囲内が適当であり、好ましくは、1分から5時間の範囲内である。
工程Bにおいて製造される化合物(VII)において、脱保護剤を用いて保護基を脱離し、一般式(IX)で表される化合物を製造する工程。
[式中、Base、BP、L、n、R1、X、Yは、前記と同義である。]
逆相クロマトグラフィーを用いてモルホリノ核酸オリゴマー(I)を精製する場合には、溶出溶媒として、例えば20mMのトリエチルアミン/酢酸緩衝液とアセトニトリルの混合溶液を使用することができる。
また、イオン交換クロマトグラフィーを用いてモルホリノ核酸オリゴマー(I)を精製する場合には、例えば、1Mの食塩水と10mMの水酸化ナトリウム水溶液の混合溶液を使用することができる。
また、本発明化合物、又はその塩に幾何異性体や互変異性体が存在する場合は、いずれか一方の異性体のみならず、それらの混合物も本発明化合物に含まれる。
工程1 N2−(フェノキシアセチル)グアノシン
グアノシン(100g)を80℃で減圧下、24時間乾燥した。ピリジン(脱水,500ml)、ジクロロメタン(脱水,500ml)を加え、アルゴン雰囲気下、0℃にてクロロトリメチルシラン(401mL)を滴下し室温で3時間撹拌した。再度氷冷し、フェノキシアセチルクロライド(66.3g)を滴下し、氷冷下、更に3時間撹拌した。反応液にメタノール(500ml)を加え、室温で終夜撹拌後、減圧下で溶媒を留去した。残渣にメタノール(500ml)を加え、減圧下で濃縮することを3回行った。残渣に水(4L)を加え氷冷下1時間撹拌し、析出物をろ取した。これを、水、次いで、冷メタノールで洗浄し、乾燥して目的化合物を150.2g得た(参考:Org.Lett.(2004),Vol.6,No.15,2555−2557)。
工程2 N9−{(2R,6S)−6−(ヒドロキシメチル)モルホリン−2−イル}−N2−(フェノキシアセチル)グアニン p−トルエンスルホン酸塩
工程1で得られた化合物(30g)をメタノール(480ml)に懸濁し、氷冷下、2N塩酸(130ml)を加えた。次いで、四ほう酸アンモニウム4水和物(56.8g)、過ヨウ素酸ナトリウム(16.2g)をこの順で加え、室温で3時間撹拌した。反応液を氷冷し、不溶物をろ過して除き、これをメタノール(100ml)で洗浄した。ろ液と洗浄液を合わせて氷冷し、2−ピコリンボラン(11.52g)を加えて20分間撹拌後、p−トルエンスルホン酸・1水和物(54.6g)をゆっくり加えて、4℃で終夜撹拌した。析出物をろ取し、冷メタノール(500ml)で洗浄後、乾燥して目的化合物を17.7g得た(収率:43.3%)。
1H−NMR(DMSO−d6):δ 9.9−9.2(2H,br),8.35(1H,s),7.55(2H,m),7.35(2H,m),7.10(2H,d,J=7.82Hz),7.00(3H,m),5.95(1H,dd,J=10.64,2.42Hz),4.85(2H,s),4.00(1H,m),3.90−3.60(2H,m),3.50−3.20(5H,m),2.90(1H,m),2.25(3H,s)
アルゴン雰囲気下、N−{1−[(2R,6S)−6−(ヒドロキシメチル)−4−トリチルモルホリン−2−イル]−2−オキソ−1,2−ジヒドロピリミジン−4−イル}ベンズアミド0.46gと4−ジメチルアミノピリジン(4−DMAP)0.15gをジクロロメタン10mLに懸濁し、無水コハク酸0.12gを加え、室温で3時間撹拌した。反応液にメタノール1mLを加え、減圧濃縮した。残渣に酢酸エチルと0.5Mのリン酸二水素カリウム水溶液を用いて抽出操作を行った。得られた有機層を0.5Mのリン酸二水素カリウム水溶液、水、飽和食塩水の順で洗浄した。得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥し、減圧濃縮した。
得られた残渣をピリジン(脱水)50mLに溶解し、4−DMAP 0.1g、1−エチル−3‐(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩1.5gを加えた。次いで、アミノメチルポリスチレン樹脂(GEヘルスケア社製、Custom Primer Support Amino 200、28−9229−46)5.0g、トリエチルアミン1.7mLを加え、室温で6日間振とうした。反応後、樹脂をろ取した。得られた樹脂をピリジン、メタノール、ジクロロメタンの順で洗浄し、減圧乾燥した。得られた樹脂にテトラヒドロフラン(脱水)40mL、無水酢酸3mL、2,6−ルチジン3mLを加え、室温で1.5時間振とうした。樹脂をろ取し、ピリジン、メタノール、ジクロロメタンの順で洗浄し、減圧乾燥し、5.0gの標記化合物を得た。
当該目的物のローディング量は、公知の方法を用いて、樹脂1g当たりのトリチルのモル量を409nmにおけるUV吸光度を測定することにより決定した。樹脂のローディング量は、46.3μmol/gであった。
UV測定条件
機器:U−2910(日立製作所)
溶媒:メタンスルホン酸
波長:265 nm
ε値:45000
参考例3 アミノメチルポリスチレン樹脂(1%DVB架橋、東京化成工業社製、A1543)に担持された4−{[(2S,6R)−6−(4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル]メトキシ}−4−オキソブタン酸の製造
アルゴン雰囲気下、N−{1−[(2R,6S)−6−(ヒドロキシメチル)−4−トリチルモルホリン−2−イル]−2−オキソ−1,2−ジヒドロピリミジン−4−イル}ベンズアミド30 gと4−ジメチルアミノピリジン(4−DMAP)9.6gをジメチルホルムアミド60mLに懸濁し、無水コハク酸7.86gを加え、室温で2時間撹拌した。反応液に1Mのリン酸二水素カリウム水溶液を加えて、酢酸エチルで抽出操作を行った。得られた有機層を1Mのリン酸二水素カリウム水溶液、水、飽和食塩水の順で洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥し、減圧濃縮して粗結晶34.0gを得た。
得られた粗結晶の29.5gをピリジン(脱水)300mLに溶解し、4−DMAP 5.1g、1−エチル−3‐(3−ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩20.1gを加えた。次いで、アミノメチルポリスチレン樹脂(1%DVB架橋、東京化成工業社製、A1543)25.0g、トリエチルアミン24mLを加え、室温で3日間振とうした。反応後、樹脂をろ取した。得られた樹脂をピリジン、メタノール、ジクロロメタンの順で洗浄し、減圧乾燥した。得られた樹脂にテトラヒドロフラン(脱水)300mL、無水酢酸30mL、2,6−ルチジン30mLを加え、室温で2.5時間振とうした。樹脂をろ取し、ピリジン、メタノール、ジクロロメタンの順で洗浄し、減圧乾燥し、33.2gの標記化合物を得た。
当該目的物のローディング量は、公知の方法を用いて、樹脂1g当たりのトリチルのモル量を409nmにおけるUV吸光度を測定することにより決定した。樹脂のローディング量は、292.4μmol/gであった。
UV測定条件
機器:U−2910(日立製作所)
溶媒:メタンスルホン酸
波長:265 nm
ε値:45000
工程1 N9−{(2R,6S)−6−ヒドロキシメチル−4−トリチルモルホリン−2−イル}−N2−(フェノキシアセチル)グアニンの製造
N9−{(2R,6S)−6−(ヒドロキシメチル)モルホリン−2−イル}−N2−(フェノキシアセチル)グアニン p−トルエンスルホン酸塩(2.0g)(参考例1)をジクロロメタン(30ml)に懸濁し、氷冷下、トリエチルアミン(13.9g)、トリチルクロリド(18.3g)を加えて、室温で1時間撹拌した。反応液を飽和重曹水、次いで水で洗浄後、有機層を回収して硫酸ナトリウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮した。残渣に0.2Mクエン酸ナトリウム緩衝液(pH3)/メタノール(1:4(v/v),40ml)を加えて撹拌し、次いで水(40ml)を加えて氷冷下1時間撹拌した(懸濁状態)。これをろ取し、冷メタノールで洗浄、乾燥して目的化合物を1.84g得た(収率:82.0%)。
工程2 N9−[(2R,6S)−6−{(tert−ブチルジメチルシリルオキシ)メチル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N2−(フェノキシアセチル)グアニンの製造
工程1で得られた化合物(38.3g)をジクロロメタン(300mL)に溶解し、氷冷下、イミダゾール(4.64g)、t−ブチルジメチルシリルクロリド(9.47g)をこの順で加え、室温で1時間撹拌した。反応液を0.2Mクエン酸ナトリウム緩衝液(pH3)、次いで、飽和食塩水で洗浄後、有機層を回収して硫酸マグネシウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮して目的化合物を粗生成物として44.1gを得た。
工程3 N9−[(2R,6S)−6−{(tert−ブチルジメチルシリルオキシ)メチル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N2−(フェノキシアセチル)−O6−トリイソプロピルベンゼンスルホニルグアニンの製造
工程2で得られた化合物(44.1g)をジクロロメタン(300mL)に溶解し、氷冷下、4−ジメチルアミノピリジン(0.64g)、トリエチルアミン(29.2mL)、トリイソプロピルベンゼンスルホニルクロリド(19.0g)を加えて室温で1時間撹拌した。反応液を1Mリン酸二水素ナトリウム水溶液で洗浄後、有機層を回収して硫酸ナトリウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮して目的化合物を粗生成物として60.5gを得た。
工程4 N9−[(2R,6S)−6−{(tert−ブチルジメチルシリルオキシ)メチル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N2−(フェノキシアセチル)−O6−(2−シアノエチル)グアニンの製造
工程3で得られた化合物(60.5g)をジクロロメタン(300mL)に溶解し、氷冷下、N−メチルピロリジン(54.5mL)を加えて1時間撹拌した。反応液にエチレンシアノヒドリン(37.2g)、次いで1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ−7−エン(11.96g)を加え、氷冷下、更に2時間撹拌した。反応液を1Mリン酸二水素ナトリウム水溶液、次いで水で洗浄後、有機層を回収して硫酸ナトリウムで乾燥し、有機層を減圧濃縮して目的化合物を粗生成物として72.4gを得た。
工程5 N9−[(2R,6S)−6−ヒドロキシメチル−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N2−(フェノキシアセチル)−O6−(2−シアノエチル)グアニンの製造
工程4で得られた化合物(72.4g)をジクロロメタン(300mL)に溶解し、トリエチルアミントリヒドロフルオリド(21.1g)を加えて室温で17時間撹拌した。反応液を冷飽和重曹水に注ぎ、中和後ジクロロメタン層を回収して硫酸ナトリウムで乾燥し、減圧濃縮した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(PSQ100B(冨士シリシア化学株式会社製、以下同じ。))により精製し、目的化合物を14.3g得た(工程2からの収率:39.2%)。
工程6 [(2S,6R)−6−{N2−(フェノキシアセチル)−O6−(2−シアノエチル)グアニン−9−イル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]メチル ジメチルホスホロアミドクロリデートの製造
アルゴン雰囲気下、THF(86mL)にジメチルアミノホスホリルジクロリド(4.03mL)を加え氷冷し、これにN−メチルイミダゾール(3.37mL)を加えた。反応液は懸濁状態になった。5分後、工程5で得られた化合物(11.86g)を粉末のまま加え、更に5分間撹拌して、N−エチルモルホリン(2.16mL)を加えた後、室温で3時間撹拌した。反応液を氷冷した1Mリン酸二水素ナトリウム水溶液に注ぎ、酢酸エチル(300ml)で抽出操作を行った。次いで、有機層を飽和食塩水で洗浄し、有機層を回収して硫酸ナトリウムで乾燥し、減圧濃縮した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(PSQ100B)により精製し、目的化合物を9.9g得た(収率:70.7%)。
1H−NMR(CDCl3):δ 8.85(1H,bs),7.85(1H,d,J=3.45Hz),7.60−7.00(20H,m),6.30(1H,d,J=9.51Hz),4.90−4.70(4H,m),4.60−4.40(1H,m),4.20−4.00(1H,m),3.50(1H,d,J=11.28Hz),3.25(1H,d,J=10.21Hz),3.00(2H,t,J=6.56Hz),2.65(6H,dd,J=13.89,4.1Hz),1.85−1.55(2H,m)
31P−NMR(CDCl3):δ 20.7097,20.3500
[工程1]アミノメチルポリスチレン樹脂に担持された4−{[(2S,6R)−6−(4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル]メトキシ}−4−オキソブタン酸(参考例2)216mg(10 μmol)を合成用カラムに移し入れ、自動合成機(Oligopilot 10:GE healthcare社製)に装填した。その他、必要な試薬類も調製し装填した。固相合成は50℃で(カラムオーブンを使用)、表2の合成条件で合成を行った。
※ モノマー溶液とアクティベーター溶液は、6:4の体積比に設定した。
なお、デブロック溶液としては、3%(w/v)トリクロロ酢酸を含有するジクロロメタン溶液を用いた。アクティベーターとしては、20%(v/v)のN,N−ジイソプロピルエチルアミン、および、10%(v/v)のテトラヒドロフランを含有するアセトニトリル溶液を用いた。
モルホリノモノマー化合物として、表1に記載のAP、CP、TP、及びCE−Gを用いた。
モルホリノモノマー溶液としては、上記モルホリノモノマー化合物を0.13−0.15Mになるように、テトラヒドロフランで溶解したものを用いた (AP,CP:0.14M; TP:0.15M ; CE−G:0.13M)。
[工程2]
[工程1]で得られたモルホリノ核酸オリゴマーが担持されたアミノメチルポリスチレン樹脂を反応容器から回収し、2時間以上室温で減圧乾燥した。乾燥したアミノメチルポリスチレン樹脂に担持されたモルホリノ核酸オリゴマーの10mgを反応容器に入れ、28%アンモニア水−エタノール(1/3)1.0mLを加え、55℃で15時間撹拌した。アミノメチルポリスチレン樹脂をろ別し、エタノール1.0mLで洗浄した。得られたろ液にエチルエーテル10mLを加えた。遠心後に上澄みを除去し、減圧乾燥することで目的物を白色沈殿として得た。
MALDI−TOF−MS 計算値:1921.66
測定値:1917.69
CE−Gモノマーの代わりに、[(2S,6R)−6−{N2−(フェノキシアセチル)−O6−(ピバロイルオキシベンジル)グアニン−9−イル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]メチル ジメチルホスホロアミドクロリデート(WO2009/064471 A1参照、以下、POG-Gという(表1参照)。)を使用して、製造例1の[工程1]、[工程2]と同様の方法で、製造例1と同じ配列のモルホリノ核酸オリゴマーを製造した。
アミノメチルポリスチレン樹脂に担持された4−{[(2S,6R)−6−(4−ベンズアミド−2−オキソピリミジン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル]メトキシ}−4−オキソブタン酸(参考例3)6.02g(1.75mmol)を反応槽に移し入れ、ジクロロメタン90mLを添加し、30分間静置した。ろ過後、表3の合成サイクルを開始した。標記化合物の塩基配列になるよう、各サイクルにおいて所望のモルホリノモノマー化合物を添加した。
※1 固相担体が膨潤して撹拌可能になる最少量。
※2 10merまで90min,
11−21merは300min。
カップリング溶液Aとしては、モルホリノモノマー化合物(AP、CP、TP、及びCE−G)を0.15Mになるように、10%(v/v)のN,N−ジイソプロピルエチルアミンを含有する1,3−ジメチル−2−イミダゾリジノンで溶解したものを用いた。カップリング溶液Bとしては、N,N−ジイソプロピルエチルアミンを10%(v/v)になるように、1,3−ジメチル−2−イミダゾリジノンで溶解したものを用いた。キャッピング溶液としては、ジクロロメタンに対して20%(v/v)の無水酢酸と30%(v/v)の2,6−ルチジンを溶解したものを使用した。
ESI−TOF−MS 計算値:6609.62
測定値:6609.09
製造例1の[工程1]、及び製造例2の[工程1]と同じ操作で得られた、モルホリノ核酸オリゴマーが担持されたアミノメチルポリスチレン樹脂を、それぞれ濃アンモニア水/エタノール混合液で処理し、モルホリノ核酸オリゴマーを固相担体から切り出した。担体を濾過にて除去した後、ろ液に大過剰のエーテルを添加して遠心分離に供し、上澄み液を除いて、当該オリゴマーの粗生成物を固形物として回収した。固形物を乾燥後、水(20ml)に溶解し、このうち5μlを採取してHPLCに供し、当該未精製の混合物中に含まれる標記モルホリノ核酸オリゴマーの含有量を測定した。結果をそれぞれ図1及び図2のHPLCクロマトグラムに示す。
なお、測定条件は以下の通りである。
測定条件:
HPLC装置
送液ユニット:LC−10AT VP(島津製作所社製)
検出器:SPD−10AVP (島津製作所社製)
逆相HPLCカラム
XBridge<2.5μm,φ4.6mm x 50mm>(Waters社製)
カラム温度:60℃
移動相
グラジエント:リニアグラジエント20分(B液:0−40%)
A液:50mM トリエチルアミン−酢酸緩衝液
B液:アセトニトリル
移動相の流量:0.75ml/分
紫外線可視分光器検出波長:260nm
上記(1)で得られたそれぞれの未精製のモルホリノ核酸オリゴマーについて、MSスペクトル(MALDI−TOF−MS;Autoflex/Bruker Daltonics社製)を測定し、それぞれ図3及び図4のMSスペクトラムを得た。
その結果、POB−Gモノマーを用いた場合(図4)には、CE−Gモノマーを用いた場合(図3)では確認されない副生成物の存在が確認された。当該副生成物の分子量の測定値は、標記モルホリノ核酸オリゴマーの基準ピークよりも106大きいものであり、WO2009/064471で報告されているp−ヒドロキシベンジル付加体であると推定された。
一方、CE−Gモノマーを用いた場合、CE基はβ−脱離するにもかかわらず、アクリロニトリルの付加体は検出されなかったので(図3)、CE−Gモノマーはモルホリノ核酸オリゴマーの合成において優れている。
Claims (6)
- 次の一般式(1)で表される化合物又はその塩。
式中、R1は、水素又は次の一般式(2)で表される基を表す。
[式中、*は、結合位置を表す。R11、R12、R13は、同一又は異なって、水素、アルキル又はアルコキシを表す。]
R2は、次の一般式(3)又は(4)で表される基を表す。
[式中、*は、前記と同義である。R4は、アルキル、アリールメチル、又はアリールオキシメチルを表す。
R5、R6は、同一又は異なって、アルキルを表す。]
R3は、トリアルキルシリル若しくはジフェニルアルキルシリルで保護されていてもよい水酸基、又は次の一般式(5)で表される基を表す。
[式中、*は、前記と同義である。XはO又はSを表す。
Yはジアルキルアミノ、又はアルコキシを表す。
Zはハロゲンを表す。] - XがO、Yがジアルキルアミノ、Zが塩素である、請求項1記載の化合物又はその塩。
- R3がt−ブチルジメチルシリル又はt−ブチルジフェニルシリルで保護されていてもよい水酸基である、請求項1記載の化合物又はその塩。
- R4がフェノキシメチルである、請求項1記載の化合物又はその塩。
- R1が、トリチル、4−メトキシトリチル、4−メチルトリチル、4,4’−ジメチルトリチル、4,4’−ジメトキシトリチル、又は4,4’,4’’−トリメチルトリチルである、請求項1記載の化合物又はその塩。
- 次の化合物(1)〜(3)のいずれかである、請求項1記載の化合物又はその塩。
(1)N9−[(2R,6S)−6−{(tert−ブチルジメチルシリルオキシ)メチル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]−N2−(フェノキシアセチル)−O6−(2−シアノエチル)グアニン、
(2)N9−{(2R,6S)−6−ヒドロキシメチル−4−トリチルモルホリン−2−イル}−N2−(フェノキシアセチル)−O6−(2−シアノエチル)グアニン、
(3)[(2S,6R)−6−{N2−(フェノキシアセチル)−O6−(2−シアノエチル)グアニン−9−イル}−4−トリチルモルホリン−2−イル]メチル ジメチルホスホロアミドクロリデート
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