JP5883381B2 - 親油性ポリヌクレオチド接合体 - Google Patents
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Description
[001]本出願は、2009年5月5日に出願された米国仮出願第61/175,690号(その全体について参照により本明細書に援用する)の優先権の利益を請求する。
[002]本明細書とともに電子出願されたテキストファイルの内容物は、その全体について参照により本明細書に援用する:配列リストのコンピューター読み取り可能なフォーマットコピー(ファイル名:MIRG_014_00WO_SeqList_ST25.txt、2010年5月4日に記録したデータ、ファイルサイズ10キロ)。
[003]本発明は、治療、研究および/または診断目的のためにポリヌクレオチドを細胞送達するための親油性核酸接合体(conjugates)に関する。本発明は、ある種の実施態様において、内在性microRNA機能を標的とするポリヌクレオチドの送達に関する。
[020]能動および/または受動細胞輸送メカニズムは、ペンダント親油性基(リン脂質二重層にネイティブであるもの、および該二重層に効率的に収容する(pack)必要があるものを含む)の恩恵を浴することができる。したがって、本発明は、リン脂質二重層に効率的に収容することによって細胞膜または送達運搬体として働き得るリポソームもしくはミセルに対するポリヌクレオチド接合体の親和性を高めるための十分に疎水性のリンカーを含む接合体を提供する。オリゴヌクレオチド−コレステロール型の接合体では、一般に、ステロイド環構造に非常に近接した交換可能なプロトンを含む極性基となるコレステリルカルバメート結合が用いられる。これらの接合体では親油性特性が最適化されてなく、極性結合点は効率的なリン脂質二重層の収容を妨げ得る。
[022]親油性部分は、細胞膜などのリン脂質二重層または本明細書に記載されるリポソームもしくはミセルなどの送達運搬体に介在可能な脂肪可溶性部分である。親油性部分は、エーテル結合またはチオエーテル結合を介して炭化水素スペーサー(下記)に接合体することができる。例示的な親油性部分は、コレステロールおよびコレステロール誘導体(コレステン、コレスタン、およびコレスタジエンを含む)、胆汁酸(コール酸、デオキシコール酸、およびデヒドロコール酸など)、ステロール、ステロイド、または他の脂肪可溶性アルコールまたはチオールを含む。ある種の実施態様において、親油性部分は、本明細書に参照により援用する米国特許第7,202,227号に記載されるようなコレステロールもしくはコレステロール誘導体またはコール酸もしくはコール酸誘導体である。そのような誘導体は、C1〜C4アルキル(例えばメチル)で置換されたコレステロールまたはコール酸構造を含む。
[024]炭化水素部分またはスペーサーは、親油性部分(上記)を極性基などの非親油性から引き離し、患者に送達したときまたは哺乳動物細胞と接触したときに、親油性部分が、特に膜リン脂質とより良好に作用することが可能となる。したがって、接合体は、一般に、親油性部分付近に交換可能なプロトンまたは他の極性基(例えばヒドロキシルまたはアミド)を有しない。一般に、親油性部分から約3〜約15原子以内に非常に極性な基および交換可能なプロトンは無い。ある種の実施態様において、第1の非常に極性な基または交換可能なプロトンは親油性部分から少なくとも6原子、7原子、8原子または9原子離れている。
[029]本発明の例示的な接合体は、以下の構造(I)、(II)、および(III)からそれぞれ選択される構造を有する。
[033]本発明の化合物、組成物、および方法は、種々のポリヌクレオチド(オリゴヌクレオチドを含む)およびその誘導体を用いることができる。ポリヌクレオチドは、DNAまたはRNAをベースとしてもよく、および/または1つまたは複数の核酸修飾、例えば修飾ポリヌクレオチド骨格または1つまたは複数の修飾ヌクレオシド単位を含んでもよい。ポリヌクレオチドまたは誘導体は、1つまたは複数の一本鎖領域および/または1つまたは複数の二本鎖領域を有してもよい。ポリヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチド、短鎖干渉RNA(siRNA)、二本鎖RNA(dsRNA)、一本鎖RNA(ssRNA)、microRNA(miRNA)、ショートヘアピンRNA(shRNA)、またはリボザイムであってもよい。
[042]本発明の接合体は、種々の医薬組成物として製剤化することができる。医薬組成物は、意図する用途に適切な形態で調製されるであろう。一般に、これは、発熱原およびヒトまたは動物に有害となり得る他の不純物を本質的に含まない組成物を調製することを包含する。例示的な送達/製剤系は、コロイド分散系、高分子(macromolecule)複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビード、ならびに水中油型エマルジョン、ミセル、混合ミセル、およびリポソームを含む脂質をベースとした系を含む。本発明の核酸を心臓および骨格筋組織に送達するのに好適な市販の脂肪エマルジョンには、Intra脂質(登録商標)、Liposyn(登録商標)、Liposyn(登録商標)II、Liposyn(登録商標)III、Nutrilipid、および他の類似の脂質エマルジョンが含まれる。in vivoでの送達運搬体としての使用に好ましいコロイド状系は、リポソーム(すなわち人工膜小胞)である。そのような系の調製および使用は、当業界において周知である。例示的な製剤は、米国特許第5,981,505号;米国特許第6,217,900号;米国特許第6,383,512号;米国特許第5,783,565号;米国特許第7,202,227号;米国特許第6,379,965号;米国特許第6,127,170号;米国特許第5,837,53号3;米国特許第6,747,014号;および国際公開第03/093449号に開示され、これらを全体として参照により本明細書に援用する。
[049]本発明は、ポリヌクレオチドを哺乳動物細胞に送達する方法、および哺乳動物患者の病状の進行を治療、改善、または予防する方法を提供する。本方法は、一般に、本明細書に記載のとおり、ポリヌクレオチドをコレステロールまたは他の親油性部分との接合体として投与することを含む。ポリヌクレオチドは、miRNAまたはmiRNA阻害剤(例えば、miRNA発現または活性を阻害するように設計されたヌクレオチド配列を有するもの)であってもよい。したがって、患者は、miRNA発現などのRNA発現に関係する病状を有してもよい。そのような病状には、例えば、心臓肥大、心筋梗塞、心不全(例えば鬱血性心不全)、血管傷害、再狭窄、または病的心臓線維症が含まれる。
[054]本発明は、さらに、炭化水素リンカーを介して5’および/または3’末端で接合体されたまたはポリヌクレオチド骨格に接合された親油性部分を有するポリヌクレオチドを合成する方法を提供する。この態様において、本発明は、親油性部分を末端官能基を有する直鎖状または環状炭化水素と結合し、第1の中間体を調製すること、および固相ポリヌクレオチド合成に際してポリヌクレオチド鎖に導入するのに好適な官能基を有する第2の中間体を調製することを伴う。あるいは、本方法は、ポリヌクレオチドの合成完了後に、カルボニル付加−脱離/還元アミノ化、アミド化、マレイミド−チオールカップリング、水性ディールス・アルダー、および「クリック」ケミストリーなどを用いて、ポリヌクレオチドとのコレステロール接合体を合成することを伴う。
[064]Chol−O−HEX−OH(図2の2に示される)などのエーテル結合コレステロールを用いて、NA接合体を作製することができる。図2は、リンカーアミダイト6、およびコハク酸エステル7(本明細書では「C6−Chol」と称する)の合成を示している。それらは、それぞれ、通常入手可能な合成試薬を用いて作られた一般的な化学合成オリゴヌクレオチドの5’修飾(化合物6)として、およびオリゴヌクレオチド合成に用いられる任意の市販のアミノ支持体にアミド化によって接合体される場合には3’修飾(化合物7)として用いることができる。あるいは、例えばトリチルによるモニタリングまたは追加のアミダイト結合の必要がない場合、5’末端で接合されるオリゴヌクレオチドのため、2などのアルコールからアミダイトを調製することができる。
[068]コレステロール(25.Og,64.7mmol)を定量して500mL丸底フラスコに入れ、ピリジン(200mL)に溶解して、無色の溶液を得て、これを0℃に冷却する。塩化トシル(24.65g,129mmol)を定量して100mL丸底フラスコに入れ、ピリジン(40mL)に溶解し、淡黄色の溶液を得る。次いで、塩化トシル溶液を攪拌したコレステロール溶液に一度に添加し、得られた反応混合物を一晩攪拌し、その間に室温となる。反応混合物を回転エバポレーターで濃縮し、白色の固体を得て、これを最小量のクロロホルム(40ml)に溶解し、メタノール(500mL)を添加することによって沈殿させる。得られた白色の固体をろ過し、メタノール(500mL)およびアセトニトリル(200mL)で洗浄する。固体を1L丸底フラスコに移し、高真空下で一晩乾燥し、白色粉末34.2g(98%)を得る。1H(400MHz,CDCI3):δ0.67(3H,s);0.80−1.75(33H,m);1.76−2.03(5H,m);2.20−2.30(1H,m);2.44(4H,m);4.25−4.35(1H,m);5.29(1H,d,J=5Hz);7.32(2H,d,J=8Hz);7.79(2H,d,J=8Hz)。
[069]コレスト−5−エン−3β−トシレート(15.Og,27.7mmol)および1,6−ヘキサンジオール(65.5g,555mmol)を定量して500mL丸底フラスコに入れ、1,4−ジオキサン(300mL)に溶解し、無色の懸濁液を得る。フラスコに効率的な還流コンデンサーを取り付け、反応混合物を110℃油浴中で17時間加熱還流する。反応混合物を真空で濃縮し、残渣を脱イオン水(500mL)に懸濁する。水相をEtOAc(2x150mL)で抽出し、合わせた有機相を水(2x300mL)および食塩水(1x150mL)で洗浄する。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過し、濃縮し、高真空下で一晩乾燥し、淡黄色のワックス12.85g(95%)を得る。1H(400MHz,CDCI3):δ0.67(3H,s);0.80−1.65(42H,m);1.75−2.05(5H,m);2.12−2.25(1H,m);2.30−2.40(1H,m);3.05−3.17(1H1m);3.45(2H,dt,J=6.5,1.6Hz);3.57(2H,t,J=6.6Hz);5.34(1H,d,J=5.3Hz)。
[070]コレスト−5−エン−3β−オキシヘキサン−6−オール(12.84g,26.4mmol)を定量して、500mL丸底フラスコに入れる。フラスコにジクロロメタン(100mL)およびトリエチルアミン(7.35mL,52.7mmol)を充填し、アルゴンでフラッシングし、0℃に冷却する。塩化メシル(2.55mL,32.96mmol)を攪拌溶液に5分間にわたって滴下して添加し、混合物をさらに1時間0℃で攪拌する。飽和重炭酸ナトリウム溶液(150mL)を混合物に添加し、次いで、これを分液漏斗に移す。水性相を捨て、有機相をフレッシュな飽和重炭酸ナトリウム溶液(1x150mL)および食塩水(1x50mL)で洗浄する。有機相をNa2SO4で乾燥し、ろ過し、濃縮乾燥し、黄色のワックス14.8g(99%)を得る。1H(400MHz,CDCI3):δ0.67(3H,s);0.80−1.65(41H,m);1.70−2.05(5H,m);2.12−2.23(1H,m);2.30−2.37(1H,m);3.00(3H,s);3.05−3.17(1H,m);3.45(2H,dt,J=6.5,1.4Hz);4.22(2H,t,J=6.6Hz);5.34(1H,d,J=5.2Hz)。
[071]ソルケタル(2.92g,27.5mmol)を定量し、200mL丸底フラスコに入れた。アルゴンでフラッシングし、トルエン(40mL)を充填した。水素化ナトリウム(油中60%分散液)(3.14g,131mmol)を攪拌溶液に一度に添加し、混合物を室温で30分間攪拌した。コレスト−5−エン−3β−オキシヘキサン−6−メシレート(14.8g,26.2mmol)をトルエン(40mL)に溶解し、溶液をアルコキシド溶液にゆっくりと添加した。フラスコを還流コンデンサーに取り付け、器具をアルゴンでフラッシングした。反応混合物を加熱還流し、17時間攪拌した。反応混合物を室温に冷却し、酢酸エチル中のエタノール溶液でクエンチし、15分間にわたって激しく攪拌した反応混合物に滴下して添加した。反応混合物をさらに酢酸エチルで希釈し、10%炭酸ナトリウム水溶液(2x150mL)で洗浄した。有機相をNa2SO4で乾燥し、ろ過し、濃縮した。
[073]3−(6−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)ヘキシルオキシ)プロパン−1,2−ジオール(4.75g,8.47mmol)を定量して、攪拌棒を備えた200mL丸底フラスコに入れた。フラスコをアルゴンでフラッシングし、ピリジン(30mL)を充填し、攪拌しながら0℃に冷却した。DMTr−CI(3.01g,8.89mmol)を定量して20mLシンチレーションバイアルに入れ、ピリジン(17mL)に溶解した。DMTr−CI溶液を20分間にわたって攪拌ジオール溶液に滴下して添加した。反応物を一晩攪拌し、その間に室温となる。反応物を無水メタノール(1mL)を添加することによってクエンチし、反応物を30分間攪拌した。飽和重炭酸ナトリウム溶液(50mL)を反応混合物に添加し、CO2の発生が終わるまでこれを攪拌した。混合物を濃縮乾燥し、水(100mL)および酢酸エチル(100mL)で分配した。有機相をNa2SO4で乾燥し、ろ過し、濃縮した。残渣を100g Biotage SNAPカラムに適用し、酢酸エチル/ヘキサン勾配で溶出して(10〜20%、1.5L、約50mL/分)、無色の粘性な油分50g(47.9%)を得た。1H(400MHz,CDCI3):δ0.67(3H,s);0.87(6H,dd,J=6.6,1.8Hz);0.91(3H,d,J=6.6Hz);0.93−1.60(32H,m);1.75−2.05(5H,m);2.15−2.25(1H,m);2.32−2.41(1H,m);2.42(1H,d,J=4.6Hz);3.07−3.22(2H,m);3.39−3.57(6H,m);3.79(6H,s);3.80(s,1H);3.90−3.98(1H,m);5.34(1H,d,J=5.3Hz);6.78−6.85(m,4H);7.14−7.25(m,1H);7.26−7.34(m,6H);7.40−7.44(m,2H)。
[074]1−(4,4’−ジメトキシトリチルオキシ)−3−(6−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)ヘキシルオキシ)プロパン−2−オール(1.75g,2.02mmol)、無水コハク酸(0.812g,8.10mmol)、および4−(ジメチルアミノ)ピリジン(25mg,0.20mmol)を攪拌棒を備えた100mL丸底フラスコ添加した。フラスコにピリジン(10mL)を充填した。反応混合物を80℃で8時間および50℃で16時間攪拌した。反応混合物を真空で濃縮し、EtOH(3x20mL)とともに共蒸発し、残留ピリジンを除去した。残渣を50g Biotage SNAPカラムに適用し、1Lの60/30/10 EtOAc/Hex/MeOH(3%TEAを含む)、続いて500mlの90/10 DCM/MeOH(3%TEAを含む)を用いて約40mL/分で溶出し、無色のワックス1.31g(61%)を得た。1H(400MHz,CDCI3):δ0.67(3H1s);0.86(6H,dd,J=6.6,1.8Hz);0.91(3H,d,J=6.6Hz);0.93−1.60(41H,m);1.75−2.05(5H,m);2.15−2.25(1H,m);2.32−2.41(1H,m);2.51−2.72(4H,m);2.97(6H1q,J=7.3Hz);3.07−3.25(2H,m);3.31−3.48(4H1m);3.52−3.61(2H1m);3.78(6H1s);5.19(1H,quintet,J=5.1Hz);5.35(1H,d,J=5.4Hz);6.78−6.85(m,4H);7.14−7.25(m,1H);7.26−7.34(m,6H);7.40−7.44(m,2H)。
[075]4−(4,4’−ジメトキシトリチルオキシ)−3−(6−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)ヘキシルオキシ)プロパン−2−イルオキシ)−4−オキソブタン酸,TEA塩(1.00g,0.952mmol)を定量して、20mLシンチレーションバイアルに入れる。バイアルに2:1 ACN:DCM 6mlを充填する。HBTU(0.343g,0.904mmol)をコハク酸エステル、続いてトリエチルアミン(0.25mL)を添加する。200ml丸底フラスコにLCAA−CPG(12.56g)を定量して入れ、132μmol/gのアミンを充填する。CPGを2:1 ACN:DCM 75mLに懸濁する。コハク酸エステル/HBTU混合物をLCAA−CPG懸濁液に一度に添加し、フラスコを密封し、混合物を合わせ、インキュベートしたオービタルシェーカー上で25℃、250rpmで4時間攪拌する。CPGをろ過し、ACN、DCM、DMF、水、メタノール、ACN、およびDCMの200mLアリコートで洗浄する。CPGを一晩空気乾燥する。次いで、CPGを清浄な200mL丸底フラスコに移す。フラスコをCAP A溶液40mLおよびCAP B溶液40mLを充填し、隔壁密封し(septum sealed)、内容物を25℃、250rpmで3時間攪拌する。次いで、CPGをろ過し、ACN、DCM、MeOH、H2O、MeOH、DMF、ACN、DCMの200mLアリコートで十分に洗浄する。CPGを一晩空気乾燥する。
[(10mLx2.114)/76mLcm−1μmol1]x[1000/4.24mg]=66μmol/g
「Chol−O−Hex−DMTrアミダイト」
[078]1−(4,4’−ジメトキシトリチルオキシ)−3−(6−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)ヘキシルオキシ)プロパン−2−オール(1.68g,1.95mmol)を定量して、攪拌棒を備えた200mL丸底フラスコに入れる。フラスコをアルゴンでフラッシングし、隔壁密封し、DCM(10mL)およびN,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.68mL,3.89mmol)を充填する。2−シアノエチルN,N−ジイソプロピルクロロホスホロアミダイト(0.48g,2.0mmol)を攪拌した反応物に滴下して添加し、反応物を17時間攪拌する。反応混合物をDCM50mLで希釈し、飽和重炭酸溶液(2x50mL)および食塩水(1x50mL)で洗浄する。有機相をNa2SO4で乾燥し、ろ過し、濃縮する。残渣を25g Biotage SNAPカラムに適用し、酢酸エチル/ヘキサン勾配(5〜10%、750mL、25mL/分)で溶出し、白色のフォーム1.70g(82.1%)を得る。1H(400MHz,DMSO−d6):δ0.62(3H,s);0.80−1.57(53H,m);1.70−1.95(5H,m);1.96−2.02(1H,m);2.21−2.26(1H,m);2.57−2.72(2H,d,J=4.6Hz);2.97−3.80(m,20H);3.97(1H,quintuplet,J=5.3Hz);5.26(1H,d,J=4.6Hz);6.78−6.86(m,4H);7.13−7.29(m,7H);7.34−7.39(m,2H)。
[079]図3は、ポリヌクレオチド3’修飾として使用することができる本明細書に記載されたリンカー構造(III)の合成を表す。合成の工程をより詳細に以下に記載する。
[080]500mL丸底フラスコ中で、コレステリルトシレート(10.0g,18.5mmol)および1,10−デカンジオール(48.3g,277mmol)をジオキサン(200ml)に懸濁し、白色の懸濁液を得た。フラスコに温度センサーおよび還流コンデンサーを取り付けた。混合物を加熱還流し、一晩攪拌還流した。反応混合物を室温に冷却し、固体をろ過して除いた。溶液を真空で濃縮した。混合物をメタノール(250mL)中で再び溶解し、水(約40mL)を添加し、粗製の生成物を沈殿させた。沈殿物をろ過し、真空で乾燥した。残渣を100g Biotage SNAPカラムでのカラムクロマトグラフィーを用いて0〜25%ヘキサン中EtOAc勾配(2L)で溶出してさらに精製した。純粋な分画を合わせ、濃縮し、白色の固体7.85g(82%)を得た。1HNMR(300mHz,CDCI3)δ0.69(3H,s);0.85−1.66(5OH,m);1.75−2.09(5H,m);2.14−2.29(1H,m);2.32−2.43(1H,m);3.14(1H,tt,J=11.2,4.4Hz);3.46(2H,dt,J=6.9,0.4Hz);3.65(2H,t,J=6.6Hz);5.36(1H,d,J=5.3Hz)。
[081]100mL丸底フラスコ中で、固体支持された2,2,6,6−テトラメチルピペリジニルオキシ、フリーラジカル(0.5g,1.1mmol/g,0.553mmol)および10−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)デカン−1−オール(3.00g,5.53mmol)をジクロロメタン(20ml)に懸濁し、無色の懸濁液を得た。二酢酸ヨードベンゼン((1.958g,6.08mmol)を混合物に添加し、これを室温で一晩攪拌した。反応混合物をろ過し、固体支持体をDCMで洗浄した。ろ液を合わせ、飽和チオ硫酸ナトリウム(2x20mL)および食塩水(1x20mL)で洗浄した。有機相をNa2SO4で乾燥し、ろ過し、濃縮した。得られた油分を、移動相として100%DCMを用いて、カラムクロマトグラフィーを用いて精製し、無色のワックス2.7Og(90%)を得た。1HNMR(300MHz,CDCI3)δ0.69(3H,s);0.84−1.74(47H,m);1.76−2.09(5H,m);2.12−2.26(1H,m);2.32−2.40(1H,m);2.44(2H,dt,J=7.4,1.9Hz);3.14(1H,tt,J=11.2,4.4Hz);3.46(2H,t,J=6.9Hz);5.35(1H,d,J=5.3Hz);9.78(1H,t,J=1.9Hz)。
[082]乾燥200mL丸底フラスコ中に、10−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)デカナール(2.65g,4.90mmol)をアルゴン下でTHF(10ml)に溶解し、無色の溶液を得た。((1,3−ジオキソラン−2−イル)メチル)マグネシウムブロミド(9.80ml,4.90mmol)の0.5M THF溶液を滴下して添加し、得られた溶液を4時間室温で攪拌した。得られた溶液を、NaHCO3溶液10OmLをゆっくりと添加することによってクエンチし、EtOAc(3x100mL)で抽出した。合わせた有機相を食塩水(1x10OmL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過し、500mL丸底フラスコ中で濃縮した。オルトぎ酸トリメチル(10.83ml,98mmol)、PPTS(0.246g,0.980mmol)、およびメタノール(10ml)をフラスコに添加し、内容物を2時間還流した。溶液を室温に冷却し、蒸発乾燥させた。次いで、残渣をアセトン(20ml)および1.0N 塩酸(4.90ml,4.90mmol)に溶解し、一晩攪拌した。反応混合物を水で200mLに希釈し、酢酸エチル(3x100mL)で抽出した。有機相を合わせ、食塩水(1x50mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥し、ろ過し、濃縮した。得られたワックスを、40g Biotage SNAPカラムでのカラムクロマトグラフィーを用いて0〜50%勾配(1L)で溶出して精製した。純粋な分画を合わせ、蒸発乾燥し、12−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)−3−ヒドロキシドデカナール(1.97g,3.37mmol,68.7%収率)を無色のワックスとして得た。1HNMR(300MHz,CDCI3)δ0.69(3H,s);0.85−1.74(49H,m);1.75−2.13(7H,m);2.14−2.28(1H,m);2.33−2.44(1H,m);3.14(1H,tt,J=11.2,4.4Hz);3.46(2H,t,J=6.8Hz);3.93−4.10(1H,m);5.36(1H,d,J=5.2Hz);5.42−5.55(1H,m);9.78(1H,s)。
[083]100mL丸底フラスコ中で、12−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)−3−ヒドロキシドデカナール(1.90g,3.25mmol)を1,4−ジオキサン(10ml)に溶解し、無色の溶液を得た。MeOH(5ml)をゆっくりと十分に添加し、十分なだけ添加し、溶液中でアルデヒドを保持した。ホウ化水素ナトリウム(0.184g,4.87mmol)を攪拌溶液に添加し、次いで、これを2時間室温で攪拌した。反応混合物を1N HCI(2mL)を添加することによってクエンチした。混合物を水で100mLに希釈し、酢酸エチル(3x50mL)で抽出した。有機相を合わせ、食塩水(1x50mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥し、ろ過し、濃縮し、12−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)ドデカン−1,3−ジオール(1.85g,3.15mmol,収率97%)を無色のワックスとして得た。1HNMR(300MHz,CDCI3)δ0.69(3H,s);0.83−2.07(58H,m);2.13−2.28(1H,m);2.32−2.43(1H,m);3.14(1H,tt,J=11.2,4.4Hz);3.46(2H,t,J=6.8Hz);3.60−4.19(3H,m);5.36(1H,d,J=5.2Hz)。
[084]100mL丸底フラスコ中で、12−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)ドデカン−1,3−ジオール(1.80g,3.07mmol)をピリジン(20ml)に溶解し、無色の溶液を得た。混合物を攪拌しながらアルゴン下で0℃に冷却した。DMTr−CI(1.091g,3.22mmol)を定量して隔壁密封したシンチレーションバイアルに入れ、ピリジン(10ml)に溶解し、黄色の溶液を得た。DMTr−CI溶液をジオールに滴下して添加した。反応混合物を一晩攪拌し、その間に室温になった。メタノール(2mL)を添加し、混合物をさらに15分間攪拌した。反応混合物を飽和NaHCO3溶液で200mLに希釈し、酢酸エチル(3x50mL)で抽出した。有機相を合わせ、食塩水(1x50mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥し、ろ過し、濃縮した。得られたオイルを、40g Biotage SNAPカラムを用いて0〜50%ヘキサン中EtOAc勾配(1L)で溶出して精製した。純粋な分画を合わせ、蒸発し、1−((ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ))−12−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)ドデカン−3−オール(2.60g,2.92mmol,95%収率)を無色のオイルとして得た。1HNMR(300MHz,CDCI3)δ0.69(3H,s);0.83−2.09(57H,m);2.14−2.29(1H,m);2.33−2.44(1H,m);3.07−3.22(3H,m);3.47(2H,t,J=6.9Hz);3.53−3.66(1H,m);3.81(6H,s);5.37(1H,d,J=5.2Hz);6.80−6.88(4H,m),7.20−7.35(7H,m);7.40−7.49(2H,m)。
[085]20mLシンチレーションバイアル中で、1−((ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ))−12−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)ドデカン−3−オール(0.5g,0.562mmol)および無水コハク酸(0.113g,1.124mmol)をDCM(10ml)に溶解し、無色の溶液を得た。TEA(0.313ml,2.249mmol)を添加し、混合物を17時間攪拌するように設定した。TLC(25%EtOAc/ヘキサン,PMA目視)によって、反応が完了したことを判断した。反応混合物を5% NaHPO4溶液(3x15mL)および食塩水(1x15mL)で洗浄した。有機相を硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過し、乾燥濃縮し、さらに精製せずに使用した。1HNMR(300MHz,CDCI3)δ0.70(3H,s);0.83−1.74(49H,m);1.77−2.12(5H1m);2.14−2.29(1H,m);2.33−2.44(1H,m);2.53−2.72(4H,m);3.00−3.09(2H,m);3.16(1H,tt,J=11.2,4.4Hz);3.48(2H,t,J=6.8Hz);3.80(6H,s);4.85−5.00(1H,m);5.36(1H,d,J=5.1Hz);6.78−6.90(4H,m),7.15−7.38(7H,m);7.40−7.49(2H,m);9.29(1H,bs)。
[086]4−((1−(ビス(4−メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)−12−(コレスト−5−エン−3β−オキシ)ドデカン−3−イル)オキシ)−4−オキソブタン酸(0.35g,0.36mmol)を定量して、20mLシンチレーションバイアルに入れる。バイアルに2:1 ACN:DCM 6mLを充填する。HBTU(0.137g,0.35mmol)をコハク酸エステルに添加し、続いてトリエチルアミン(0.25mL)に添加する。100mL丸底フラスコに、定量したLCAA−CPG(5.00g)を132μmol/gアミンのローディングとももに入れる。CPGを2:1 ACN:DCM 30mLに懸濁する。コハク酸エステル/HBTU混合物をLCAA−CPG懸濁液に一度に添加し、フラスコを密封し、合わせた混合物をインキュベートしたオービタルシェーカー上で25℃、250rpmで4時間攪拌する。CPGをろ過し、ACN、DCM、DMF、水、メタノール、ACN、およびDCMの200mLアリコートで洗浄する。CPGを一晩空気乾燥する。次いで、CPGを清浄な200mL丸底フラスコ移す。フラスコを、CAP A溶液40mLおよびCAP B溶液40mLで充填し、隔壁密封し、内容物を25℃、250rpmで3時間攪拌する。次いで、CPGをろ過し、ACN、DCM、MeOH、H2O、MeOH、DMF、ACN、DCMの200mLアリコートで十分に洗浄する。CPGを一晩空気乾燥する。
[(10mLx2.260)/76mLcm−1μmol1]x[1000/5.12mg]=58μmol/g
実施例3:コレステロールの合成後付加
[088]カルボニル付加−脱離/還元アミノ化、アミド化、マレイミド−チオールカップリング、水性ディールス・アルダー、および「クリック」などの反応によるコレステロールの合成後付加によって、コレステロールアミダイトを合成する必要なく、同等のコレステロールエーテル構築物が提供される。例えば、コレステロールトシレートをアルキル化して、コレスト−5−エン−3β−オキシアルカノールを得て、これをさらに修飾することで、末端アルデヒド、カルボキシレート、アミン、マレイミド、チオール、ジエン、アジド、アルキン、または他の反応性部分を得て、これをさらに好適に修飾されたオリゴヌクレオチドと反応させることで、実質的に非極性で実質的に直鎖状の、コレステロール部分とのアルキルオキシ結合を保持し、かつ、親油性部分および交換可能なプロトンまたは他の実質的に極性の官能基を含む任意の基の間で3原子以上の距離を維持する、コレステロール接合体を得ることができる。図4を参照のこと。
[090]表2に示されるすべての化学物質について、2x80mg/kgのantimiR配列またはミスマッチ(図5および図6の「mm」)配列のいずれかを、これらの化学物質を生理食塩水に溶解して用いて、および、コントロールとして生理食塩水のみ(図5および図6の「sal」)を用いて(表2)、4匹の成体雄C57BI6マウスに尾の静脈より注入した。表2中のリンカー1は、本明細書に記載するリンカー構造(Xl)および(XIII)に対応する。表2中のリンカー2は、本明細書に記載するリンカー構造(X)および(XII)に対応する。比較のため、構造(XIV)のリンカーをコントロールとして用いる。
miRNAのノーザンブロッティング
異なる化学物質および接合体に応答するmiR−208のノックダウンを評価するために、miR−208に対して指向するプローブを用いたノーザンブロット分析を用いて、心臓でのmiR−208の存在を検出した。トリゾール剤を用いて全RNAを心臓から集め、その10μgをノーザンブブロッティングに用いる。この目的のために、RNA試料を20%アクリルアミド変性ゲル上で流し、電気泳動によってZeta−プローブ GTゲノムブロッティング膜(Bio−Rad)にトランスファーする。トランスファー後、ブロットを交差結合させ、80℃で1時間べークする。miRNA検出の感度を最大にするために、オリゴヌクレオチドプローブをStarfire Oligosキット(IDT、アイオワ州コーラルヴィル)およびα−32P dATP(Amersham)で標識する。プローブを、Rapid−hyb緩衝液(Amersham)中で39℃で一晩、膜にハイブリダイズし、その後、それを0.1%SDSを含む0.5xSSCを用いて、39℃で10分間、2回洗浄する。ブロットを暴露し、U6プローブをローディングコントロール(U6フォワード:5−GTGCTCGCTTCGGCAGC−3(配列番号64)、U6リバース:5−AAAATATGGAACGCTTCACGAATTTGCG−3(配列番号65))として用いる。ホスホイメージャー(phosphorimager)およびImageQuant(Bio−Rad)を用い、放射性信号強度を用いて発現の倍率変化を定量する。
[093]ノーザンブロット分析に加えて、miRNA特異的リアルタイムPCR分析を行い、miR−208ノックダウンレベルを検証し、定量した。製造元の指示書に基づいてSuper Script Il逆転写酵素(Invitrogen Life Technologies Inc.,カナダオンタリオ州バーリントン)を使用し、各組織試料から得られた2μgRNAを用いてcDNAを生成した。リアルタイムPCRは、ABIから購入したTaqmanプローブを用いて95℃で3分間の最初の変性工程を行った後、95℃/30秒および60℃/30秒の間でサイクルさせる(40サイクル)。増幅産物を融解曲線ソフトウエア(Biorad)を用いて通常通りに検査し、比較Ct法を用いて転写量を比較し、該方法では、内在性SnoRNAの量に対して基準化され、かつ、コントロール試料に対する標的の量が、2−ΔΔCtによって与えられる。
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Claims (29)
- 前記ポリヌクレオチドは、DNAをベースとする、請求項1に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、RNAをベースとする、請求項1に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、修飾されたポリヌクレオチド骨格を有する、請求項1に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、1つまたは複数のホスホロチオエート修飾を含む、請求項1に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、1つまたは複数の修飾されたヌクレオシド単位を有する、請求項1に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、1つまたは複数の一本鎖領域および1つまたは複数の二本鎖領域を有する、請求項1に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチド、短鎖干渉RNA(siRNA)、二本鎖RNA(dsRNA)、一本鎖RNA(ssRNA)、microRNA(miRNA)、ショートヘアピンRNA(shRNA)、またはリボザイムである、請求項1に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、アンタゴmirである、請求項1に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドの長さが、約5〜約50ヌクレオチドである、請求項8または9に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドの長さが、約18〜約30ヌクレオチドである、請求項8または9に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、成熟miRNAに少なくとも約75%相補的な配列を含む、請求項8または9に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、表1に列記した成熟miRNAに少なくとも約75%相補的な配列を含む、請求項8または9に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、成熟miRNAに100%相補的な配列を含む、請求項8または9に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、表1に列記した成熟miRNAに100%相補的な配列を含む、請求項8または9に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、細胞miRNAを模倣するように設計された配列を有する、請求項8に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、表1に列記したmiRNAを模倣するように設計された配列を有する、請求項8に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 前記ポリヌクレオチドは、1つまたは複数のロックド核酸、ペプチド核酸骨格、および/または糖修飾を2’位または4’位に含む、請求項1に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体。
- 患者への送達用に製剤化された請求項1〜18のいずれか1項に記載の親油性ポリヌクレオチド接合体を含む医薬組成物。
- 前記親油性ポリヌクレオチド接合体は、コロイド分散系、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビード、水中油型エマルジョン、ミセル、混合ミセル、またはリポソームとして製剤化される、請求項19に記載の医薬組成物。
- 前記親油性部分により、前記ポリヌクレオチド接合体がリポソームに固着される、請求項20に記載の医薬組成物。
- 皮内送達、皮下送達、筋内送達、腹腔内送達、または静脈内送達用に製剤化される、請求項19に記載の医薬組成物。
- 心臓カテーテル系による投与用に製剤化される、請求項19に記載の医薬組成物。
- ポリヌクレオチドを請求項1〜18のいずれか1項に記載の接合体として投与することを含む、in vitroでポリヌクレオチドを哺乳動物細胞に送達する方法。
- ポリヌクレオチドを請求項1〜18のいずれか1項に記載の接合体として投与することを含む、in vitroでポリヌクレオチドを哺乳動物患者に送達する方法。
- 前記ポリヌクレオチドは、miRNAまたはmiRNA阻害剤である、請求項24または25に記載の方法。
- 前記患者は、miRNA発現に関係する病状を有している、請求項26に記載の方法。
- 前記病状は、心臓肥大、心筋梗塞、心不全、血管傷害、および病的心臓線維症の1つまたは複数である、請求項27に記載の方法。
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