JP6239592B2 - Tetragalnacを含む新規なコンジュゲートと、オリゴヌクレオチドの送達方法 - Google Patents
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Description
G−L−[O1][O2][O3]......[On]
G−L−[O1][O2][O3]......[On]−X
「オリゴヌクレオチド」は、本明細書で使用する場合、二本鎖または一本鎖での非修飾または修飾RNAまたはDNAである。修飾RNAの例には、非修飾RNAよりヌクレアーゼ分解に対して抵抗性が高いものがある。さらなる例として、2’糖修飾、塩基修飾、一本鎖オーバーハング、たとえば3’一本鎖オーバーハングの修飾、または、特に一本鎖の場合、1つまたは複数のリン酸基または1つまたは複数のリン酸基のアナログを含む5’修飾を有するものが挙げられる。オリゴヌクレオチドの例およびより詳細な説明は、本明細書に援用する国際公開第2009/126933号パンフレットで確認することができる。
siRNAは、RNA干渉(RNAi)と呼ばれるプロセスによりmRNAの配列特異的サイレンシングを誘導する。このプロセスは、哺乳動物および他の脊椎動物を含む多種多様な生物で起こる。siRNAを調製および投与するための方法、ならびに遺伝子機能を特異的に不活性化するためのその使用は、公知である。siRNAは、修飾および非修飾siRNAを含む。siRNAの例およびより詳細な説明は、本明細書に援用する国際公開第2009/126933号パンフレットで確認することができる。
モジュール組成物のtetraGalNAcとオリゴヌクレオチドまたはsiRNAとの間の共有結合は、リンカーを介してもよい。このリンカーは、用途に応じて切断型でもあるいは非切断型でもよい。ある種の実施形態では、切断型リンカーは、エンドソームから細胞質への輸送後にオリゴヌクレオチドを放出するのに使用してもよい。目的のコンジュゲーションまたはカップリング相互作用の性質、または所望の生物学的作用により、どのリンカー基を選ぶかが決定される。リンカー基は、より複雑な構造を得るため組み合わせても、あるいは分岐させてもよい。好適なリンカーとして、本明細書に援用する国際公開第2009/126933号パンフレットに記載されているようなものが挙げられる。
本発明のモジュール組成物は標的化リガンドを含んでもよい。いくつかの実施形態では、この標的化リガンドは、モジュール組成物を特定の細胞に誘導することができる。たとえば、標的化リガンドは、標的細胞の表面上の分子と特異的または非特異的に結合することができる。標的化部分は、標的細胞に対して特異的親和性を有する分子であってもよい。標的化部分は、標的細胞の表面に見られるタンパク質に対する抗体、あるいは標的細胞の表面に見られる分子に対するリガンドまたはリガンドの受容体結合部を含んでもよい。標的化リガンドの例およびより詳細な説明は、本明細書に援用する国際公開第2009/126933号パンフレットで確認することができる。
親油性部分、たとえばコレステロールまたは脂肪酸は、核酸などの高度の親水性分子に結合すると、血漿タンパク質結合を実質的に増強し、結果として循環半減期を長くすることができる。さらに、親油基は細胞取り込みを促進することもできる。たとえば、脂質は、特定の血漿タンパク質、たとえばリポタンパク質に結合でき、その結果、対応するリポタンパク質受容体(たとえば、LDL受容体またはスカベンジャー受容体SR−B1)を発現する特定の組織の取り込みを促進することが示されている。親油性コンジュゲートは、標的送達アプローチと見なすこともでき、その細胞内輸送は、エンドソーム溶解剤との組み合わせによりさらに強力に促進され得る。
モジュール組成物は、水溶解度の向上、循環半減期の延長および/または細胞取り込みの促進を行うことができる1個または複数個の他の部分/リガンドを含んでもよい。こうしたものとして、天然に存在する物質、たとえばタンパク質(たとえば、ヒト血清アルブミン(HSA)、低密度リポタンパク質(LDL)、高密度リポタンパク質(HDL)またはグロブリン);または炭水化物(たとえば、デキストラン、プルラン、キチン、キトサン、イヌリン、シクロデキストリンまたはヒアルロン酸)を挙げることができる。これらの部分はまた、組換え分子または合成分子、たとえば合成ポリマーまたは合成ポリアミノ酸であってもよい。例として、ポリリシン(PLL)、ポリL−アスパラギン酸、ポリL−グルタミン酸、スチレン−マレイン酸無水物コポリマー、ポリ(L−ラクチド−co−グリコリド)コポリマー、ジビニルエーテル−無水マレイン酸コポリマー、N−(2−ヒドロキシプロピル)メタクリルアミドコポリマー(HMPA)、ポリエチレングリコール(PEG、たとえば、PEG−0.5K、PEG−2K、PEG−5K、PEG−10K、PEG−12K、PEG−15K、PEG−20K、PEG−40K)、メチル−PEG(mPEG)、[mPEG]2、ポリビニルアルコール(PVA)、ポリウレタン、ポリ(2エチルアクリル酸)、N−イソプロピルアクリルアミドポリマーまたはポリホスファジンが挙げられる。可溶化剤の例およびより詳細な説明は、本明細書に援用する国際公開第2009/126933号パンフレットで確認することができる。
一態様では、本発明は、本発明のモジュール組成物の投与から恩恵を受け得る疾患のリスクがあるまたはそれに罹患した被検体を処置する方法を特徴とする。本方法は、本発明のモジュール組成物の投与を必要とする被検体に本発明のモジュール組成物を投与することにより、被検体を処置することを含む。投与されるオリゴヌクレオチドは、処置対象の疾患によって異なる。具体的な適応症の処置方法に関するさらなる詳細については、国際公開第2009/126933号パンフレットを参照されたい。
オリゴヌクレオチド化合物のコンジュゲートを調製するための方法は、多く存在する。その技術は、当業者によく知られているはずである。そうした反応に関する有用な参考文献として、Bioconjugate Techniques,Hermanson,G.T.,Academic Press,San Diego,CA,1996がある。他の参考文献としては、国際公開第2005/041859号パンフレット;国際公開第2008/036825号パンフレットおよび国際公開第2009/126933号パンフレットがある。
後述した方法を使用したインビボおよびインビトロデータを表4に示す。
TetraGalNAcリガンド化合物9および10の合成
以下のスキーム1を用いてTetraGalNAc化合物9および10を調製した。
窒素の不活性雰囲気をパージして維持した2000mL 3口丸底フラスコに、(2S)−2,6−ジアミノヘキサン酸(50g、342.03mmol、1.00当量)をアセトニトリル(1000mL)に溶かした溶液を入れ、50℃に加熱した。これに水酸化カリウム(22.6g、0.4025mol、1.00当量、85%)を加えた。得られた溶液を30分間撹拌した。次いで3−ブロモプロプ−1−イン(29.5mL、1.00当量)を加えた。得られた溶液を50℃で1時間撹拌した。追加の水酸化カリウム(22.6g、0.4025mol、1.00当量)をこの溶液に加え、50℃で30分間撹拌した。これに3−ブロモプロプ−1−イン(29.5mL、1.00当量)を加えた。得られた溶液を1時間撹拌した。これに水酸化カリウム(22.6g、0.4025mol、1.00当量)を再度加えた。得られた溶液を50℃で30分間撹拌し、続いてさらに3−ブロモプロプ−1−イン(29.5mL、1.00当量)を加えた。得られた溶液を1時間撹拌した。これに水酸化カリウム(22.6g、0.4025mol、1.00当量)を加えた。得られた溶液を30分間撹拌した。これに3−ブロモプロプ−1−イン(29.5mL、1.00当量)を加えた。得られた溶液を3時間撹拌した。反応混合物を水/氷浴で25℃まで冷却した。固体を濾去した。濾液をHCl(6M)でpH4に調整した。固体を濾去した。濾液を真空下で濃縮した。残渣をシリカゲルカラムに供し、ジクロロメタン/メタノール(100:1〜25:1)で溶出した。この結果、(2S)−2,6−ビス[ビス(プロプ−2−イン−1−イル)アミノ]ヘキサン酸(化合物1)を淡黄色の油として得た。
MS(ES,m/z):297.2,[M−H]− 1HNMR(CDCl3,500MHz,ppm):3.62(d,J=2.0Hz,4H),3.52−3.49(m,1H),3.50(d,J=2.4Hz,4H),2.62(t,J=7.1Hz,2H),2.30(t,J=2.4Hz,2H),2.27(t,J=2.4Hz,2H),1.88−1.79(m,2H),1.60−1.53(m,2H),1.52−1.43(m,2H)。
窒素の不活性雰囲気をパージして維持した2000mL 3口丸底フラスコに、2−(2−ヒドロキシエトキシ)エタン−1−オール(化合物2、42.4g、399.55mmol、1.00当量)をジクロロメタン(1000mL)に溶かした溶液およびトリエチルアミン(27.9g、275.72mmol、0.25当量)を入れた。上記にp−トルエンスルホニルクロリド(19.1g、100.18mmol、0.50当量)を加えた。25℃で1時間撹拌後、得られた混合物を1×500mLのカリウムヒドロスルファート水溶液(1M)および1×500mLの炭酸水素ナトリウム水溶液(5%)でそれぞれで洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で濃縮した。残渣をシリカゲルカラムに供し、ジクロロメタン/メタノール(100:1)で溶出した。この結果、2−(2−ヒドロキシエトキシ)エチル4−メチルベンゼンスルホネート(化合物3)を無色油として得た。
窒素の不活性雰囲気をパージして維持した500mL 丸底フラスコに、2−(2−[[(4−2−(2−ヒドロキシエトキシ)エチル4−メチルベンゼンスルホネート(化合物3、50g、192.08mmol、1.00当量)をN,N−ジメチルホルムアミド(250mL)に溶かした溶液を入れた。これに続いてアジ化ナトリウム(18.79g、289.03mmol、1.50当量)を25℃で加えた。得られた溶液を油浴にて100℃で5時間撹拌した。反応混合物を冷却し、濾過した。濾液を真空下で濃縮した。残液を1000mLのジクロロメタンで希釈し、1×500mLの水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で濃縮した。残渣をシリカゲルカラムに供し、ジクロロメタン/メタノール(80:1)で溶出した。この結果、2−(2−アジドエトキシ)エタン−1−オール(化合物4)を無色油として得た。
1HNMR(CDCl3,400MHz,ppm):3.42−3.45(t,J=4.8Hz,2H),3.63−3.65(t,J=4.8Hz,2H),3.71−3.74(t,J=4.8Hz,2H),3.71−3.79(m,2H)。
窒素の不活性雰囲気をパージして維持した2000mL 3口丸底フラスコに、(3R,4R,5R,6R)−3−アミノ−6−(ヒドロキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2,4,5−トリオールヒドロクロリド(化合物5、120g、556.50mmol、1.00当量)をピリジン(1200mL)に溶かした溶液を入れた。これに続いて酢酸無水物(341.6g、3.35mol、6.00当量)を0℃で撹拌しながら滴下して加えた。得られた溶液を一晩25℃で撹拌した。次いで8000mLの水/氷を加えて反応をクエンチした。この固体を濾過により集めた。この結果、(3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2,4,5−トリイルトリアセテート(化合物6)を白色固体として得た。
窒素の不活性雰囲気をパージして維持した2000mL 丸底フラスコに、(3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2,4,5−トリイルトリアセテート(化合物6、30g、77.05mmol、1.00当量)をジクロロメタン(1500mL)に溶かした溶液を入れ、次いで鉄(III)クロリド(30g、184.95mmol、2.40当量)を加えた。得られた混合物を25℃で2時間撹拌した。次いで1000mLの水/氷を加えて反応をクエンチした。有機層を1×1000mLの炭酸水素ナトリウム水溶液および1×1000mLの水で洗浄し、無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で濃縮した。この結果、(3aR,5R,6R,7R,7aR)−5−(アセトキシメチル)−2−メチル−5,6,7,7a−テトラヒドロ−3aH−ピラノ[3,2−d]オキサゾール−6,7−ジイルジアセテート(化合物7)を黄色油として得た。
1HNMR(CDCl3,300MHz,ppm):2.03(s,9H),2.12(s,3H),3.97−4.27(m,4H),4.90−4.93(m,J=3.3Hz,1H),5.45−5.47(t,J=3.0Hz,1H),5.98−6.00(d,J=6.6Hz,1H)。
窒素の不活性雰囲気をパージして維持した500mL 丸底フラスコに、(3aR,5R,6R,7R,7aR)−5−(アセトキシメチル)−2−メチル−5,6,7,7a−テトラヒドロ−3aH−ピラノ[3,2−d]オキサゾール−6,7−ジイルジアセテート(化合物7、40g、121.47mmol、1.00当量)を1,2−ジクロロエタン(200mL)に溶かした溶液、2−(2−アジドエトキシ)エタン−1−オール(化合物4、23.89g、182.18mmol、1.50当量)を入れた。上記に数個の4Aゼオライトを加えた。得られた混合物を25℃で1時間撹拌した。次いでトリメチルシリルトリフルオロメタンスルホネート(10.8mL、0.50当量)を加えた。25℃で一晩撹拌後、反応混合物を500mLのジクロロメタンで希釈し、1×500mLの水、1×500mLの炭酸水素ナトリウム水溶液および1×500mLの水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥させ、真空下で濃縮した。残渣をシリカゲルカラムに供し、ジクロロメタン/メタノール(100:1)で溶出した。この結果、(2R,3R,4R,5R,6R)−5−アセトアミド−2−(アセトキシメチル)−6−[2−(2−アジドエトキシ)エトキシ]テトラヒドロ−2H−ピラン−3,4−ジイルジアセテート(化合物8)を無色油として得た。
MS(m/z):461.1,[M+H]+
1HNMR(CDCl3,500MHz,ppm)5.78(d,J=8.90Hz,1H),5.36(d,J=2.9Hz,1H),5.22(dd,J=11.2,3.6Hz,1H),4.77(d,J=8.3Hz,1H),4.19−4.12(m,2H),4.11−4.05(m,1H),3.98−3.92(m,2H),3.82−3.78(m,1H),3.71−3.63(m,4H),3.49−3.38(m,2H),2.16(s,3H),2.05(s,3H),2.01(s,3H),1.97(s,3H)。
窒素の不活性雰囲気をパージして維持した250mL 丸底フラスコに、(2S)−2,6−ビス[ビス(プロプ−2−イン−1−イル)アミノ]ヘキサン酸(化合物1、1.0g、1.0当量)、(2R,3R,4R,5R,6R)−5−アセトアミド−2−(アセトキシメチル)−6−[2−(2−アジドエトキシ)エトキシ]テトラヒドロ−2H−ピラン−3,4−ジイルジアセテート(化合物8、9.26g、6.0当量)、無水THF50mL、CuBr.SMe2(0.138g、0.20当量)、および無水DBU(1.5ml、3.0当量)をそれぞれ順番に仕込んだ。得られた溶液を室温で16時間撹拌し、酢酸(0.75mL、4.0当量)でクエンチし、MP−TMT樹脂(Part No:801472、Biotage製)(9g)で処理し、室温で16時間熟成させ、濾過し、濾液を濃縮して泡状固体とした。次いでこの固体をCH2Cl2(140mL)に溶解させ、AcOH/NaCl溶液(140mL)で洗浄した。AcOH/NaCl溶液は、1mL AcOHおよび100mL 20%NaCl溶液で調製した。下層の有機層を濃縮し、SiO2カラム(220g)で精製し、CH2Cl2/MeOHで溶出した。この結果、(S)−2,6−ビス(ビス((1−(2−(2−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)エトキシ)エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メチル)アミノ)ヘキサン酸(化合物9)を白色固体として得た。
MS(m/z):2139.5,[M+H]+
窒素の不活性雰囲気をパージして維持した250mL 丸底フラスコに、(S)−2,6−ビス(ビス((1−(2−(2−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジアセトキシ−6−(アセトキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)エトキシ)エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メチル)アミノ)ヘキサン酸(化合物9、6.9g、1.0当量)、Na2CO3(6.83g、20当量)、水(56mL)およびMeOH(32mL)をそれぞれ順番に仕込んだ。反応を室温で16時間熟成させ、濃縮して残渣を得、水(50mL)に再溶解させ、Combiflash C18 gold逆相カラム(415g)で精製し、水/MeCNで溶出した。真空下で濃縮後、生成物を最小量の水に溶解させ、凍結乾燥して(S)−2,6−ビス(ビス((1−(2−(2−(((2R,3R,4R,5R,6R)−3−アセトアミド−4,5−ジヒドロキシ−6−(ヒドロキシメチル)テトラヒドロ−2H−ピラン−2−イル)オキシ)エトキシ)エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メチル)アミノ)ヘキサン酸(化合物10)を白色固体として得た。
MS(m/z):1657[M+Na]+
1HNMR(D2O,500MHz,ppm):8.05(s,2H),7.91(s,2H),4.62(t,J=5.0Hz,4H),4.57(t,J=5.0Hz,4H),4.45−4.41(d,J=8.6Hz,4H),3.99−3.82(m,28H),3.80−3.61(m,28H),3.14(t,J =7.1Hz,1H),2.52(broad s,2H),1.99(s,6H),1.98(s,6H),1.73(m,2H),1.60(m,2H),1.29(m,2H)。
TetraGalNAcリガンド化合物17a、17bおよび17cの合成
以下のスキーム2を用いてTetraGalNAc化合物17a、17bおよび17cを調製した。
5−クロロ−1−ペンタノール(3.0g、24.47mmol)化合物11をDMF(20mL)に溶かした溶液にアジ化ナトリウム(1.909g、29.4mmol)化合物12を加えた。60℃で一晩撹拌した後、反応混合物を真空中で濃縮した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィー(EtOAc/ヘキサン1:3)により精製して生成物化合物13を透明な液体として得た。1H NMR(500MHz,CDCl3)δ3.62(m,2H),3.25(t,J=6.9Hz,2H),1.63−1.53(m,4H),1.45−1.40(m,2H)。
化合物13(0.796g、6.16mmol)およびD−ガラクトサミンペンタアセテート(2.00g、5.14mmol)化合物14を20mL DCMに懸濁し、続いてトリフルオロメタンスルホン酸(0.154g、1.027mmol)を加えた。得られた混合物を一晩還流させた。LC−MSにより、SMの変換が終了したことを確認し、反応混合物をEtOAcで希釈し、炭酸水素ナトリウムで洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥させた。溶媒を除去し、残渣を、30分かけて100/0〜90/10のISCO DCM/MeOHにより精製して化合物15を白色固体として得た。1H NMR(500MHz,CDCl3)δ:1.97(6H,s),2.02(6H,s),2.06(6H,s),2.15(6H,s),3.28(6H,t,J=6.89Hz),3.50(3H,dt,J=9.63,6.66Hz),3.68(1H,q,J=5.98Hz),3.94−3.92(7H,m),4.16−4.15(5H,m),4.73(2H,d,J=8.34Hz),5.31(2H,dd,J=11.16,3.48Hz),5.40−5.38(5H,m)。Calculated mass:[M+H]+:C19H31N4O9,459.2;observed:459.4。
Lys−アルキン化合物1(130mg、0.436mmol)およびGalNAcアジド6(999mg、2.178mmol)をTHF(5mL、脱気処理)に溶解させた。反応混合物に臭化銅(I)−ジメチルスルフィド錯体(17.91mg、0.087mmol)を一度に加え、THF溶液を40℃で一晩撹拌した。反応の色がCu2+を示す青/緑に変化し、反応混合物に、新鮮なアスコルビン酸ナトリウム37mgを含む0.2mLの水を加え、一晩反応させた。反応を濃縮し、20分かけてRP HPLC 5〜60 MeCN(0.5%TFA)/水(0.5%TFA)により精製した。集めた画分を合わせて、凍結乾燥して化合物8を白色固体として得た。Calculated mass:[M+3H]3+:C94H145N18O38,134.0,m/z=711.3;observed:711.9。
保護されたTetraGalNAc化合物8(300mg、0.141mmol)を含む0℃のDCM/MeOH=1/1 5mLに、ナトリウムメトキシド(91mg、1.688mmol)を加えた。反応を1時間撹拌し、2mLの水を加えてクエンチした。揮発性の溶媒を除去し、反応混合物を、水を用いてP4バイオゲルにより精製し、集めた画分を合わせて、凍結乾燥して化合物9を白色固体として得た。Calculated mass:[M+3H]3+:C70H121N18O26,1629.9,m/z=543.3;observed:543.8;[M+2H]2+:C70H120N18O26,1628.9,m/z=814.5;observed:814.9。
TetraGalNAcリガンドのコンジュゲーションのスキーム
下記スキーム3は、tetraGalNAc−siRNAコンジュゲートの調製に使用することができる一般的なスキームを示す。
TetraGalNAcアセテート化合物9を介したTetraGalNAc−siRNAコンジュゲート10−1の合成
tetraGalNAcアセテート(化合物9、58.7mg、0.027mmol)をアセトニトリル(1.5ml)に溶かした溶液に、DIPEA(2.2mg、0.055mmol)およびHATU(10.44mg、0.027mmol)を加えた。混合物を室温で30分間撹拌し、siRNA(51)(0.014mmol)を水(1.5ml)およびアセトニトリル(1.5ml)に溶かした溶液にシリンジポンプにより20分かけて移し、30分間撹拌してから1.5mLまで真空下で濃縮した。次いで炭酸ナトリウム(218mg、2.059mmol)、続いて MeOH(0.50ml)を加えた。得られた溶液を室温で16時間撹拌し、濃縮し、透析により精製し、凍結乾燥してtetraGalNAc−siRNAコンジュゲート10−1を得た。
3’5’ビスTetraGalNAc−siRNAコンジュゲート一本鎖18の合成
tetraGalNAc酸化合物10(41.2mg、0.025mmol)をDMSO(200uL)に溶かした溶液に、HATU(9.6mg、0.025mmol)およびDIPEA(17.6uL、0.126mmol)を加えた。混合物を室温で15分間撹拌し、ジアミノ−siRNA(18.8mg、2.52umol)を水(40uL)およびDMSO(360uL)に溶かした溶液に移し、30分間撹拌した。混合物を水(1.5mL)で希釈し、100mM TEAAを含む0〜30%CH3CN/水のグラジエントによりXBridge Prep Phenylカラム(5uM、19×250mm)を用いて精製した。画分を透析により濃縮し、凍結乾燥して化合物18を得た。
3’5’ビスTetraGalNAc−siRNA二本鎖コンジュゲート19−1の合成
下記スキーム4を用いてTetraGalNAc−siRNAコンジュゲート19−1を調製した。
TetraGalNAcリガンド化合物24の合成
以下のスキーム5を用いてtetraGalNAcリガンド化合物24を調製した。
N−BOC−1,3−ジアミノプロパン(化合物20、115mg、0.660mmol)を1:1 CH2Cl2/CH3CN(1mL)に溶かした0℃の溶液に、3−マレイミドプロピオン酸N−ヒドロキシスクシンイミドエステル(化合物21、185mg、0.695mmol)をアセトニトリル(4mL)およびCH2Cl2(1mL)に溶解させた溶液を加えた。混合物を1時間撹拌し、真空中で濃縮した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィー(0〜5%MeOH/CH2Cl2により精製して生成物化合物22を得た。Calculated mass:[M+H]+:C15H24N3O5,326.2;observed:326.3。
マレイミド化合物22(56mg、0.172mmol)をCH2Cl2(1ml)に溶かした溶液に、4M HCl(1ml、4.00mmol)をジオキサンに溶かした溶液を加えた。混合物を1時間撹拌し、真空中で濃縮した。残渣をCH2Cl2で共沸し(2×)、真空下で乾燥させて生成物化合物23を得た。Calculated mass:[M+H]+:C10H16N3O3,226.1;observed:226.3。
tetraGalNAc酸化合物10(100mg、0.061mmol)をDMF(500uL)に溶かした溶液に、HATU(34.9mg、0.092mmol)、Et3N(42.6uL、0.306mmol)およびN−(3−アミノプロピル)−3−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)プロパンアミドヒドロクロリド(16.0mg、0.061mmol)を加えた。混合物を室温で1.5時間撹拌し、TFAで酸性化し、0.1%TFAを含む逆相0〜50%CH3CN/水により精製した。画分を凍結乾燥して化合物24を得た。Calculated mass:[M+2H]2+:C76H125N21O32,1843.8,m/z=921.9;observed:922.7。
化合物26の合成
下記スキーム6を用いて化合物26を調製した。
化合物27および28の合成
下記スキーム7を用いて化合物27および28を調製した。
2’−3,17click PEG9 SPDPコンジュゲート26(13.2mg、1.50μmol)を水(1mL)に溶かした溶液に、TCEPヒドロクロリド(9.15mg、32.2umol)を水(0.5mL)に溶解させた溶液を加えた。混合物を室温で30分間撹拌し、次いで100mM TEAAを含む5〜40%CH3CN/水のグラジエントを用いてXBridge Prep Phenylカラム(5uM、19×250mm)により精製した。画分を透析により濃縮し、凍結乾燥して化合物27を得た。
2’−3,17−click PEG9SH27(3mg、0.35μmol)をpH6.0 酢酸塩緩衝液(100uL)に溶かした溶液に、tetraGalNAcマレイミド(5.1mg、2.77μmol)をpH6.0 酢酸塩緩衝液(100uL)に溶解させた溶液を加えた。混合物を室温で30分間撹拌し、次いで100mM TEAAを含む5〜40%CH3CN/水のグラジエントを用いてXBridge Prep Phenylカラム(5uM、19×250mm)により精製した。画分を透析により濃縮し、凍結乾燥して化合物28を得た。
2’−3,17ビスTetraGalNAc−siRNA二本鎖コンジュゲート29の合成
コンジュゲート19に関して詳述した手順を二本鎖28に用いてコンジュゲート29を作製した。
TetraGalNAcチオール化合物31の合成
下記スキーム8を用いて化合物31を調製した。
コンジュゲート35〜37の合成
下記スキーム9を用いてコンジュゲート35〜37を調製した。
2’−click15GS化合物32(130mg、0.019mmol)および(9H−フルオレン−9−イル)メチル(2−アジドエチル)カルバメート(29.1mg、0.095mmol)を3:1 DMA/水(2mL)に溶かした脱気した溶液に、臭化銅(I)−ジメチルスルフィド錯体(9.72mg、0.042mmol)を脱気DMSO(0.32mL)に溶解させた溶液を加えた。混合物を45℃で2時間撹拌し、室温まで冷却し、pH8 EDTA(0.5M、2mL)を加えて反応をクエンチした。15分間撹拌し、100mM TEAAを含む0〜45%CH3CN/水のグラジエントを用いてXBridge Prep Phenylカラム(5uM、30×150mm)で精製した。画分を透析により濃縮した。水(3mL)中の合わせた材料に、ピペリジン(936μL、1.891mmol)の溶液を加えた。混合物を4℃で18時間保管し、水(10mL)で希釈し、シリンジフィルターを通して固体を濾別した。pH8 EDTA(0.5 M、2mL)を加え、透析により濃縮し、凍結乾燥して化合物33を得た。
2’−15click C2 NH2 GS化合物33(43.6mg、6.26μmol)を200mM NaHCO3溶液(2000μl)およびホルムアミド(1000uL)に溶かした溶液に、N−スクシニミジル−3−[2−ピリジルジチオ]プロピオネート(17.9mg、0.057mmol)をDMSO(298uL)に溶解させた溶液を加えた。混合物を10℃で15分間撹拌し、水(10mL)およびホルムアミド(1mL)で希釈し、透析により濃縮した。2M TEAA(200uL)を加え、100mM TEAAを含む5〜40%CH3CN/水のグラジエントを用いてXBridge Prep Phenylカラム(5uM、19×250mm)で精製した。画分を透析により濃縮し、凍結乾燥して化合物34を得た。
2’−15click C2 NH2 NHS SPDP GS化合物34(13mg、1.82μmol)を1:1 ホルムアミド/水(200μl)に溶かした溶液に、tetraGalNAc SH(4.62mg、2.72μmol)をホルムアミド(200uL)に溶かした溶液を加えた。混合物を室温で3.5時間撹拌し、2M TEAA(50uL)を加え、100mM TEAAを含む2〜35%CH3CN/水のグラジエントを用いてXBridge Prep Phenylカラム(5uM、19×250mm)で精製した。画分を透析により濃縮し、凍結乾燥した。得られた固体を、2〜30%(溶媒A:40mM Et3Nを含む60:40 TFE/水、溶媒B:40mM Et3N、1M グアニジンHClを含む60:40 TFE/水)のグラジエントを用いてProteomix SAX−NP10カラム(22.1×50mm)で精製した。画分を透析により濃縮し、凍結乾燥してコンジュゲート35を得た。
コンジュゲート19−1に関して詳述した手順を二本鎖コンジュゲート35および適切なパッセンジャー鎖に使用して、それぞれコンジュゲート36および37を調製した。
コンジュゲート38〜45(Ex.19〜26)の合成
下記スキーム10および11を用いてコンジュゲート38〜44を調製した。
FMOC−PRO−OH(11.11mg、0.033μmol)を120μL DMSOに溶かした溶液に、DIPEA(43.2μl、0.247μmol)、続いてHATU(10.96mg、0.029μmol)を加えた。この淡黄色の混合物を室温で30分間撹拌した。次いでこの混合物を、オリゴヌクレオチドパッセンジャー鎖TEAA塩(60mg、8.24μmol)を500μLの(10%H2O/DMSO)に溶かした溶液に加え、混合物を引き続き室温で1時間撹拌した。反応混合物は、LC−MSにより所望の生成物を示した。反応混合物にジエチルアミン(43.0μl、0.412μmol)を加え、混合物を1時間撹拌し、LC−MSにより所望の生成物を確認した。反応混合物を、カットオフ分子量3kDaの膜を用いた遠心透析により精製した。このプロセスを、水を用いて3回繰り返した(各回14mL)。得られた溶液を濃縮し、凍結し、一晩凍結乾燥して生成物を白色の綿状固体として得た。LC/MSから生成物[7384.9]が確認された。
TetraGalNAc化合物10(53.2mg、0.033μmol)を532μL DMSOに溶かした溶液に、DIPEA(42.6μl、0.244μmol)、続いてHATU(12.36mg、0.033μmol)を加えた。この淡黄色の混合物を室温で30分間撹拌した。次いで混合物を、リンカー−オリゴヌクレオチドパッセンジャー鎖を500μLのDMSOに溶かした溶液に加え、混合物を引き続き室温で2時間撹拌した。LC/MSにより所望の生成物が示された。反応混合物を、カットオフ分子量3kDaの膜を用いて遠心透析に供した。このプロセスを、水を用いて3回繰り返した(各回14mL)。得られた溶液を、XBRIDGE PHENYL、35分間の、200μM TEAAを含む10〜27%CH3CNを用いてGilson PLC 2020により精製した。回収溶液を、カットオフ分子量3kDaの膜を用いて遠心透析により濃縮した。得られた濃縮溶液を1.0N NaClで処理し、遠心透析した。このプロセスを、水を用いて5回繰り返した(各回14mL)。得られた濃縮溶液(約1.5mL)を凍結し、一晩凍結乾燥して生成物を白色の綿状固体として得た。LC/MSから生成物[9002.5]が確認された。
1.5mLの水中のTetraGalNAc−リンカー−RNA(18.5mg、2.055μmol)に、1.5mLの水中のApoBガイド鎖(14.12mg、2.055μmol)と二本鎖を形成させた。撹拌子を用いて混合物を90℃で5分間加熱した。二本鎖を冷却し、撹拌子を除去した。溶液を2日にわたり凍結乾燥して所望の二本鎖コンジュゲート38を白色の綿状固体として得た。LC/MSから生成物[16048]が確認された。
化合物/コンジュゲート46〜48の合成
下記スキーム12を用いて化合物および/またはコンジュゲート46〜48を調製した。
SPDP酸(2.2mg、10.3μmol)をDMSO100μLに溶解し、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(14.0μl、0.08mmol)、HATU(19.6mg、0.051mmol)を連続的に加えた。RNA(15mg、2.06μmol)を含む200μLのDMSO:水(9:1)を加え、得られた反応混合物を1時間撹拌し、反応を、3mL 水を加えてクエンチし、500μLになるまで透析し、ホルムアミドにより3mLに希釈し、SAX(緩衝液A:60%TFE水溶液、20mM TEA、緩衝液B:60%TFE水溶液、20mM TEA、1M CsCl、15分かけての100/0〜35/65のA/Bグラジエント)により精製した。集めた画分を合わせて、水に対して透析し、凍結乾燥して化合物46を白色固体として得た。Calculated mass:[M−H]−:C234H300F8N72O150P23S3,7480.1;observed:7483.0。
RNA化合物46(22mg、2.9μmol)およびtetraGalNAcチオール化合物31(10.0mg、5.9μmol)をホルムアミド:pH=6.8トリス緩衝液(3:1)400μLに溶解させ、1時間撹拌した。反応混合物をSAX(緩衝液A:60%TFE水溶液、20mM TEA、緩衝液B:60%TFE水溶液、20mM TEA、1M CsCl、15分かけての100/0〜35/65のA/Bグラジエント)により精製した。集めた画分を合わせて、水に対して透析し、凍結乾燥してコンジュエート47を白色固体として得た。Calculated mass:[M−H]−:C297H410F8N90O179P23S3,9063.9;observed:9066.2。
コンジュゲート47(10.9mg、1.20μmol)およびガイド鎖(7.81mg、1.14μmol)を、RNAseを含まない水1mL中で2時間混合した。反応混合物を凍結乾燥して二本鎖コンジュゲート48を定量的収率で得た。
化合物/コンジュゲート49〜51の合成
下記スキーム13を用いて化合物および/またはコンジュゲート49〜51を調製した。
33.3mgのsiRNAパッセンジャー鎖を4mL バイアルに秤量し、次いで1mL 100mM NaHCO3を加えて溶解させた。0.86uLのプロピオン酸無水物を加え、室温で撹拌した。約2時間熟成後、水に対して3回回転透析した。フリットで濾過し、溶液を凍結乾燥により乾燥させて30.8mgのRNA化合物49を得た。
ステップ1。2.8mg アジド、25.7mg siRNA、25ml N2でスパージしたDMSOおよび4ml 水を40mL バイアルに仕込む。N2でスパージする。2.98mLのCu/リガンド溶液(N2でスパージ、20/100umolを含む10ml DMSO)を仕込む。スパージしたN2下、室温で撹拌する。
GS(コンジュゲート50)10.65mgを1ml 水に溶解させ、PS(コンジュゲート49)10.20mgを1.17ml 水に溶解させる。8.7mgのコンジュゲート49をコンジュゲート50のすべてに加えて1:1 二本鎖を形成した。90℃に1分間加熱し、15分にわたり室温まで冷却する。溶液を濾過し、凍結乾燥により乾燥させてコンジュゲート51を白色固体として得た。
ウミシイタケルシフェラーゼの3’UTRにsiRNAの標的部位を含むルシフェラーゼベクターを安定的にトランスフェクトしたHEK293細胞を作製した。この細胞を96ウェル組織培養プレート(Corning:#3903)に、DMEM 10%血清培地中1ウェル当たり7.5e3細胞の密度で播種した。次いで細胞プレートを37℃/5%CO2で24時間インキュベートした。インキュベーション後、製造者のプロトコルに従いOpti−MEM(Gibco:#31985)中のトランスフェクション試薬リポフェクタミン2000(invitrogen:#11668−019)を用いてコトランスフェクトした被検化合物でプレートを処理した。処理濃度は10nM〜0.03pMの範囲であった。次いで処理プレートを37℃/5%CO2で24時間インキュベートした。インキュベーション処理後、細胞を溶解させ、Dual−GloTM Luciferase Assay(Promega:E2920)に従って処理し、TECAN safire2プレートリーダーで読み取った。
HepG2細胞(ATCC:HB−8065)をコラーゲンコートプレート(BioCoat:356649)に、DMEM 10%血清培地中1ウェル当たり7.5e3細胞の密度で播種した。次いで細胞プレートを37℃/5%CO2で24時間インキュベートした。インキュベーション後、プレートを、invitrogenのプロトコルに従いOpti−MEM(Gibco:31985)中のトランスフェクション試薬リポフェクタミン2000(invitrogen:11668−019)を用いてコトランスフェクトした被検化合物で処理した。処理濃度は10nM〜0.03pMの範囲であった。次いで処理プレートを37℃/5%CO2で24時間インキュベートした。インキュベーション処理後、提供されたプロトコルに従い細胞をPLA緩衝液(AB:4448542)で溶解させた。得られた細胞ライセートを、High Capacity cDNA Kit(AB:4368813)を用いてcDNAに逆転写し、Life Technology 7900を用いてqPCRに供した。
CD1雌マウスに200ul量で皮下注射により投与した。動物の行動の変化または生理学的変化を観察した。動物を投与から72時間後にCO2窒息により屠殺し、続いて心臓穿刺により失血させた。肝臓サンプルは中葉の3mmパンチ標本とし、RNAlaterの入ったチューブに入れて全RNAを単離した。mRNAノックダウン解析を、標準的な手順を用いてTaqman解析により行った。
Claims (22)
- 1)一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチド;
2)下記式(I)、(II)または(III)の、同一でもあるいは異なっていてもよい1個または複数個のtetraGalNAcリガンド:
(式中、Xは−O−、−S−、−CR1R2−または−NR1−であり、R1およびR2は各々独立に水素およびC1〜C6アルキルからなる群から選択され;nは1、2、3または4であり;かつ
による結合は、前記オリゴヌクレオチドまたは下記リンカーとの結合点を示す);
任意に、3)同一でもあるいは異なっていてもよい1個または複数個のリンカー;および
任意に、4)1個または複数個の標的化リガンド、可溶化剤、薬物動態改善剤、脂質および/またはマスキング剤を含み、
前記tetraGalNAcリガンドは、前記オリゴヌクレオチドに直接またはリンカーを介して結合している、モジュール組成物。 - 請求項1に記載のモジュール組成物であって、
1)一本鎖または二本鎖オリゴヌクレオチド;
2)同一でもあるいは異なっていてもよい、式(II)の1〜8個のtetraGalNAcリガンド(式中、Xは−O−、−S−、−CH2−または−NH−であり;nは1、2、3または4である);
3)同一でもあるいは異なっていてもよい1〜16個のリンカー;および
任意に、4)1〜8個の標的化リガンド、可溶化剤、薬物動態改善剤、脂質および/またはマスキング剤を含む、モジュール組成物。 - モジュール組成物であって、
1)一本鎖または二本鎖siRNA;
2)同一でもあるいは異なっていてもよい、式(I)、(II)または(III)の1〜8個のtetraGalNAcリガンド
(式中、Xは−O−、−S−、−CR1R2−または−NR1−であり、R1およびR2は各々独立に水素およびC1〜C6アルキルからなる群から選択され;nは1、2、3または4である);
3)同一でもあるいは異なっていてもよい1〜16個のリンカー;および
任意に、4)1〜8個の標的化リガンド、可溶化剤、薬物動態改善剤、脂質および/またはマスキング剤を含み、
前記tetraGalNAcリガンドは、前記siRNAに直接またはリンカーを介して結合している、モジュール組成物。 - 請求項3に記載のモジュール組成物であって、前記tetraGalNAcリガンドは、前記siRNAのリボース環の異なる2’位、ならびに/または、前記siRNAの異なる3’位末端および/もしくは5’位末端で前記siRNAに結合しており;かつ前記tetraGalNAcリガンドは任意にリンカーを介して前記siRNAに結合している、モジュール組成物。
- 請求項3に記載のモジュール組成物であって、式(II)のXは−O−、−S−または−CH2−であり;nは1、2または3である、モジュール組成物。
- 請求項3に記載のモジュール組成物であって、前記組成物は同一でもあるいは異なっていてもよい1〜4個のtetraGalNAcリガンドを含む、モジュール組成物。
- 請求項3に記載のモジュール組成物であって、
前記siRNAは二本鎖であり;かつ
前記tetraGalNAcリガンドは前記siRNAのリボース環の異なる2’位で前記siRNAのガイド鎖またはパッセンジャー鎖に結合している、モジュール組成物。 - 請求項3に記載のモジュール組成物であって、
前記siRNAは二本鎖であり;かつ
前記tetraGalNAcリガンドは異なる3’位末端および/または5’位末端で前記siRNAのガイド鎖またはパッセンジャー鎖に結合している、モジュール組成物。 - 請求項3に記載のモジュール組成物であって、
前記siRNAは二本鎖であり;かつ
前記tetraGalNAcリガンドはリボース環の異なる2’位、ならびに/または、異なる3’位末端および/もしくは5’位末端で前記siRNAのガイド鎖およびパッセンジャー鎖の両方に結合している、モジュール組成物。 - 請求項3に記載のモジュール組成物であって、同一でもあるいは異なっていてもよい、式(II)の2〜8個のtetraGalNAcリガンドを含み;前記tetraGalNAcリガンドは前記siRNAの同じ鎖に結合している、モジュール組成物。
- 請求項3に記載のモジュール組成物であって、前記組成物は、同一でもあるいは異なっていてもよい、式(II)の2〜8個のtetraGalNAcリガンドを含み;前記tetraGalNAcリガンドは前記siRNAの異なる鎖に結合している、モジュール組成物。
- 請求項3に記載のモジュール組成物であって、前記tetraGalNAcリガンドはリンカーを介して前記siRNAの同じ鎖または異なる鎖に結合している、モジュール組成物。
- 請求項3に記載のモジュール組成物であって、
前記siRNAは二本鎖であり;かつ
前記任意選択の標的化リガンド、可溶化剤、薬物動態改善剤、脂質および/またはマスキング剤はリンカーを介して前記siRNAの同じ鎖または異なる鎖に結合しているモジュール組成物。 - 請求項16に記載のモジュール組成物であって、
1)二本鎖siRNA;
2)式(V)の1〜3個のtetraGalNAcリガンド;
3)同一でもあるいは異なっていてもよい、下記表1から独立に選択される1〜6個のリンカー
;および
任意に、4)1〜3個の標的化リガンド、可溶化剤、薬物動態改善剤、脂質および/またはマスキング剤を含み、
前記tetraGalNAcリガンドは、前記siRNAのリボース環の異なる2’位、ならびに/または、前記siRNAの異なる3’位末端および/もしくは5’位末端で前記siRNAに結合しており;かつ
前記tetraGalNAcリガンドは、任意にリンカーを介して前記siRNAに結合しているモジュール組成物。 - 2〜3個のtetraGalNAcリガンドを含む請求項17に記載のモジュール組成物であって、前記tetraGalNAcリガンドはリンカーを介して前記siRNAの同じ鎖または異なる鎖に結合している、モジュール組成物。
- 請求項17に記載のモジュール組成物であって、
1)二本鎖siRNA;
2)式(V)の1〜2個のtetraGalNAcリガンド;
3)同一でもあるいは異なっていてもよい、下記表2から独立に選択される1〜4個のリンカー
;および
任意に、4)1〜2個の標的化リガンド、可溶化剤、薬物動態改善剤、脂質および/またはマスキング剤を含み、
前記tetraGalNAcリガンドは、前記siRNAのリボース環の異なる2’位、ならびに/または、前記siRNAの異なる3’位末端および/もしくは5’位末端で前記siRNAに結合しており;かつ
前記tetraGalNAcリガンドは、リンカーを介して前記siRNAに結合しているモジュール組成物。 - 2個のtetraGalNAcリガンドを含む請求項19に記載のモジュール組成物であって、前記tetraGalNAcリガンドはリンカーを介して前記siRNAの同じ鎖または異なる鎖に結合している、モジュール組成物。
- 1個のtetraGalNAcリガンドを含む請求項19に記載のモジュール組成物であって、前記tetraGalNAcリガンドはリンカーを介して前記siRNAに結合している、モジュール組成物。
- 請求項1に記載のモジュール組成物および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物。
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