Deprecated: The each() function is deprecated. This message will be suppressed on further calls in /home/zhenxiangba/zhenxiangba.com/public_html/phproxy-improved-master/index.php on line 456
JP6261166B2 - Atp依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法 - Google Patents
[go: Go Back, main page]

JP6261166B2 - Atp依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法 - Google Patents

Atp依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法 Download PDF

Info

Publication number
JP6261166B2
JP6261166B2 JP2013006341A JP2013006341A JP6261166B2 JP 6261166 B2 JP6261166 B2 JP 6261166B2 JP 2013006341 A JP2013006341 A JP 2013006341A JP 2013006341 A JP2013006341 A JP 2013006341A JP 6261166 B2 JP6261166 B2 JP 6261166B2
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
atp
amino acid
kinase
motif
polyphosphate
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
JP2013006341A
Other languages
English (en)
Other versions
JP2014135930A (ja
Inventor
幸作 村田
幸作 村田
重幸 河井
重幸 河井
優介 中道
優介 中道
内田 浩二
浩二 内田
昌継 野々部
昌継 野々部
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Oriental Yeast Co Ltd
Kyoto University NUC
Original Assignee
Oriental Yeast Co Ltd
Kyoto University NUC
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Oriental Yeast Co Ltd, Kyoto University NUC filed Critical Oriental Yeast Co Ltd
Priority to JP2013006341A priority Critical patent/JP6261166B2/ja
Publication of JP2014135930A publication Critical patent/JP2014135930A/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP6261166B2 publication Critical patent/JP6261166B2/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Landscapes

  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Description

本発明は、ATP依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法、およびポリリン酸利用能を有するキナーゼ変異体に関する。
従来、有用なリン酸化化合物を生産する場合、ATPのみを利用するリン酸化酵素(ATP依存キナーゼ)およびリン酸供与体(エネルギー担体)としてATPが用いられてきた。しかし、ATPは高価であり、ADPなどの反応副成生物も生ずる上に、生産物と未反応ATPおよび副成生物ADPとの分離が困難な事例もあるため、ATPを用いた生産系は必ずしも理想的ではない。一方、ポリリン酸はリン酸がリン酸エステル結合で結合した高分子化合物であり、エステル結合あたりのエネルギーがATPのそれと等しいとされている。ポリリン酸は、工業的観点から、リン酸化化合物の酵素的産生のための理想的なリン酸供与体として期待されている。なぜなら、ポリリン酸は、ATPよりも安価であり、高純度の最終産物を容易かつ経済的に得られるからである。
非特許文献1では、ポリリン酸/ATP−NADキナーゼを用いてNADPの大規模工業生産に成功したことが報告されている。ポリリン酸/ATP−NADキナーゼは、ポリリン酸とATPを利用してNADをリン酸化する酵素である。しかしながら、現存するリン酸化酵素(キナーゼ)のほとんどはATP依存キナーゼであり、ポリリン酸を利用できる酵素の種類は限られている。ポリリン酸依存NADキナーゼや同グルコキナーゼ(ポリリン酸を利用して、それぞれ、NADまたはグルコースをリン酸化してNADPまたはグルコース−6−リン酸を生産する)の他、10種類ほどの酵素が知られているにすぎない(非特許文献2)。この中、ポリリン酸依存NADキナーゼとポリリン酸を用いたNADP生産法が報告されている(特許文献1)。このNADP生産法は、ATPを用いていた従来法と比較して、より低コストで、より高純度のNADPを生産する優れた方法である。
もし、他のATP依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法論が確立されれば、多様な有用リン酸化化合物を、より低コストで、より高純度に生産することが可能になると期待される。しかし、かかるポリリン酸利用能付与に関する方法論は知られておらず、実際に可能かどうかすら不明であった。
特許第4088251号
Kawai,S.et al.,J.Biosci.Bioeng.92,447−452(2001) Rao,N.N.,Gomez−Garcia,M.R.&Kornberg,A.Annu.Rev.Biochem.78,605−647(2009)
本発明は、ATP依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する手段を提供することを目的とする。
本発明者らは、NADキナーゼ、6−ホスホフルクトキナーゼおよびジアシルグリセロールキナーゼを含むリン酸化酵素の一次構造において、GGDGモチーフが高度に保存されていること、ATP依存キナーゼにおいてGGDGモチーフに隣接するAsn残基をThr残基に置換することにより、ATP依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与できることを見出し、本発明を完成した。
すなわち、本発明は以下を包含する。
(1)ATP依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法であって、
GGDGNモチーフを含むアミノ酸配列からなるATP依存キナーゼにおいて、GGDGNモチーフのAsn残基をThr残基に置換することを含む、前記方法。
(2)ATP依存キナーゼがATP依存NADキナーゼである、(1)記載の方法。
(3)ATP依存キナーゼがγプロテオバクテリアに由来する、(1)または(2)記載の方法。
(4)GGDGNモチーフのAsn残基が、配列番号1を参照配列としたときの75位に相当する位置のAsn残基である、(1)〜(3)のいずれかに記載の方法。
(5)ATP依存キナーゼをコードするGGDGNモチーフを含むアミノ酸配列において、GGDGNモチーフのAsn残基がThr残基に置換されたアミノ酸配列からなる、ポリリン酸利用能を有するキナーゼ変異体。
(6)ATP依存キナーゼがATP依存NADキナーゼであり、キナーゼ変異体がNADキナーゼ変異体である、(5)記載のキナーゼ変異体。
(7)ATP依存キナーゼがγプロテオバクテリアに由来する、(5)または(6)記載のキナーゼ変異体。
(8)GGDGNモチーフのAsn残基が、配列番号1を参照配列としたときの75位に相当する位置のAsn残基である、(5)〜(7)のいずれかに記載のキナーゼ変異体。
(9)以下の(a)、(b)または(c)のタンパク質からなるキナーゼ変異体:
(a)配列番号8または10のアミノ酸配列からなるタンパク質
(b)配列番号8または10のアミノ酸配列と70%以上の同一性を有し、GGDGTモチーフが保持されたアミノ酸配列からなり、ポリリン酸を利用してNADをリン酸化する活性を有するタンパク質
(c)配列番号8または10のアミノ酸配列において、1または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入または付加されているがGGDGTモチーフが保持されたアミノ酸配列からなり、ポリリン酸を利用してNADをリン酸化する活性を有するタンパク質。
(10)(5)〜(9)のいずれかに記載のキナーゼ変異体をコードするDNA。
(11)(10)記載のDNAを含む形質転換体。
(12)NADPの製造方法であって、ポリリン酸またはその塩およびNADを基質とし、(5)〜(9)のいずれかに記載のキナーゼ変異体を用いてリン酸化反応を行うことを含む、前記方法。
本発明により、ATP依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与でき、ポリリン酸利用能を有するキナーゼ変異体を取得できる。それにより、多様な有用リン酸化化合物を、より低コストで、より高純度に生産することが可能になる。
ATP−NADK、ポリリン酸/ATP−NADKおよびγ−プロテオバクテリアNADKホモログの一次構造のアライメントを示す。 野生型または変異体NADKのATP依存NADK活性またはポリリン酸依存NADK活性をアッセイした結果を示す。上向き矢印および下向き矢印は、それぞれ、各置換によるNADK活性の上昇および低下を示す。 ecoNADK変異体の、ATP依存NADK活性に対するポリリン酸依存NADK活性の比(%)を示す棒グラフである。 NADK反応混合物をインキュベートし、TLCで解析した結果を示す。
一実施形態において本発明は、ATP依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法に関し、該方法は、GGDGNモチーフを含むアミノ酸配列からなるATP依存キナーゼ(以下、GGDGNモチーフを含むATP依存キナーゼと称する場合がある)において、GGDGNモチーフのAsn残基をThr残基に置換することを特徴とする。
本発明においてキナーゼは、高エネルギーリン酸結合を有するリン酸供与体からリン酸基を基質に転移する(リン酸化する)活性を有する酵素をさす。ポリリン酸利用能を付与する対象となるATP依存キナーゼは、GGDGNモチーフを含むアミノ酸配列からなり、ATPからリン酸基を基質に転移する活性を有する酵素であれば特に制限されない。
ATP依存キナーゼ(ATP−NADK)におけるATP依存とは、リン酸化反応におけるリン酸供与体として、実質的にATPのみを利用することを意味する。ATP依存キナーゼは、リン酸供給体としてポリリン酸を実質的に利用できず、例えば、ポリリン酸に対する反応率がATPに対する反応率の15%以下、特に12%以下である。
GGDGNモチーフを含むATP依存キナーゼとしては、ATP依存NADキナーゼが挙げられる。NADキナーゼは、リン酸供与体のリン酸基をNADのアデニル酸のリボースの2’位に転移し、NADPを生成する活性を有する酵素である。すなわち、ATP依存NADキナーゼは、リン酸供与体としてATPを利用して、NADからNADPを生成する以下のリン酸化反応を触媒することができる。
Figure 0006261166
NADは、酸化還元酵素に関与する補酵素の一つで,還元型はNADHである。ジホスホピリジンヌクレオチド(DPN、DPNH)、補発酵素、補酵素I(CoI)などとも呼称され、体内に最も多量に存在する補酵素である。NADは、ニコチンアミドモノヌクレオチド(NMN)とアデニル酸がホスホジエステル結合した構造を有する。酸化型NADにおけるピリジン環の窒素原子はピリジウムイオンとして存在するので、これをNADと表現する。NADの生合成は、動物ではおもに肝臓でトリプトファンが、植物ではグリセロールとアスパラギン酸が、それぞれ前駆体となり、キノリン酸を経て合成される。また、ビタミンのニコチン酸、ニコチンアミドからも合成される。NADの重要な機能は生体エネルギー産生機構(酸化反応)にNADの還元が共役している点にある。
NADPは、グルコース−6−リン酸デヒドロゲナーゼに作用する補酵素である。NADPの構造は、基本的にはNADと共通であり、NADのアデニル酸のリボースの2’位にさらにリン酸がエステル結合した構造である。NADPは、生体内では肝臓に多く存在するが、その含量はNADの約半量である。NADPの酸化型と還元型の変換様式はNADと同一であり、酸化型NADPはピリジニウムイオンによるプラス(+)の電荷を有する(NADP)。NADPとNADの構造と反応様式は類似しているが、酵素はこれらを厳格に識別する。NADPの関与する反応としては、グルコース−6−リン酸デヒドロゲナーゼ、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ、L−グルタミン酸デヒドロゲナーゼ等がある。
GGDGNモチーフを含むATP依存NADキナーゼとしては、γプロテオバクテリアに由来するもの、およびそのホモログが挙げられる。例えば、Escherichia属細菌、Shigella属細菌、Salmonella属細菌、Klebsiella属細菌、Proteus属細菌、Serratia属細菌、Yersinia属細菌、Erwinia属細菌、Photorhabdus属細菌、Wigglesworthia属細菌、Buchnera属細菌、Sodalis属細菌、Haemophilus属細菌、Mannheimia属細菌、Pasteurella属細菌、Aeromonas属細菌、Vibrio属細菌、Photobacterium属細菌、Shewanella属細菌、Colwellia属細菌、Idiomarina属細菌、Pseudoalteromonas属細菌、Cronobacter属細菌、Dickeya属細菌に由来するものが挙げられる。
具体的には、Escherichia coli、Shigella boydii、Shigella flexneri、Salmonella enterica、Klebsiella pneumoniae、Yersinia pestis、Erwinia carofovora、Photorhabdus luminescens、Wigglesworthia glossinidia、Buchnera aphidicola、Sodalis glossinidius、Haemophilus influenzae、Mannheimia succiniciproducens、Pasteurella multocida、Aeromonas hydrophila、Aeromonas salmonicida、Vibrio cholerae、Vibrio fischeri、Photobacterium profundum、Shewanella oneidensis、Colwellia psychrerythraea、Idiomarina loihiensis、Pseudoalteromonas haloplanktis、Cronobacter sakazakii、Dickeya dadantiiに由来するものが挙げられる。
GGDGNモチーフを含むATP依存NADキナーゼの具体例としては、ecoNADK(Escherichia coli)、styNADK(Salmonella enterica)、vchNADK(Vibrio cholerae)、sfl_SF2674K(Shigella flexneri)、kpn_KPN_02937(Klebsiella pneumoniae)、esa_ESA_00641(Cronobacter sakazakii)、およびdda_Dd703_3217(Dickeya dadantii)が挙げられる。上記ecoNADK、styNADK、vchNADK、sfl_SF2674K、kpn_KPN_02937、esa_ESA_00641、およびdda_Dd703_3217のアミノ酸配列は、それぞれ、配列番号1〜7で表される。なお、公知のNADキナーゼのアミノ酸配列およびこれをコードする遺伝子の塩基配列は、例えば、NCBIのデータベース(www.ncbi.nlm.nih.gov)より入手できる。
本発明でポリリン酸利用能を付与しうるATP依存NADキナーゼとしては、配列番号1〜7のいずれかのアミノ酸配列からなるタンパク質(NADキナーゼ)が挙げられる。配列番号1〜7のいずれかのアミノ酸配列からなるタンパク質と機能的に同等のタンパク質、例えば、配列番号1〜7のいずれかのアミノ酸配列と70%以上、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上、特に好ましくは99%以上の同一性を有し、GGDGNモチーフが保持されたアミノ酸配列からなり、ATP依存NADキナーゼの活性を有するタンパク質にも、本発明を適用できる。さらに、配列番号1〜7のいずれかのアミノ酸配列において、1または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入または付加されているがGGDGNモチーフが保持されたアミノ酸配列からなり、ATP依存NADキナーゼの活性を有するタンパク質にも、本発明を適用できる。数個とは、2〜5個、好ましくは2〜3個をさす。
GGDGNモチーフは、ATP依存キナーゼをコードするアミノ酸配列における「Gly−Gly−Asp−Gly−Asn」からなる部分配列であり、本発明者らは、ATP依存キナーゼ、特にATP依存NADキナーゼの一次構造において、このGGDGNモチーフが高度に保存されていること、およびその触媒作用に関与していることを見出した。例えば、ecoNADKをコードする配列番号1のアミノ酸配列においてGGDGNモチーフは、71位〜75位に位置する(71GGDGN75)。
本発明は、GGDGNモチーフを含むATP依存キナーゼにおいて、GGDGNモチーフのAsn残基(N)をThr残基(T)に置換することにより、ATP依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与するものであり、それによりポリリン酸利用能を有するキナーゼ変異体が得られる。本発明において、ポリリン酸利用能を付与することには、ポリリン酸利用能を増大させることも包含される。ポリリン酸利用能を増大させるとは、野生型キナーゼのポリリン酸に対する比活性と比較して、キナーゼ変異体のポリリン酸に対する比活性が増大していることをさす。好ましくは、GGDGNモチーフを含むATP依存NADキナーゼにおいて、GGDGNモチーフのAsn残基(N)をThr残基(T)に置換することにより、ATP依存NADキナーゼにポリリン酸利用能を付与し、それによりポリリン酸利用能を有するNADキナーゼ変異体を得る。
置換の対象となるGGDGNモチーフのAsn残基は、好ましくは配列番号1を参照配列としたときの75位に相当する位置のAsn残基である。本明細書において、「配列番号1を参照配列としたときのX位に相当する位置の」という表現は、配列番号1を参照配列として、GGDGNモチーフを有する任意のATP依存キナーゼのアミノ酸配列中の所定のアミノ酸残基の位置を指定するために使用される。すなわち、GGDGNモチーフを有する任意のATP依存キナーゼのアミノ酸配列(以下、アミノ酸配列Yと称する)を、配列番号1のアミノ酸配列とアラインメントしたときに、配列番号1の1番目のアミノ酸残基から数えてX番目のアミノ酸残基に対してアラインされる(すなわち、アラインメントにおいて同じ縦列に整列される)、アミノ酸配列Y中のアミノ酸残基を意味する。上記アミノ酸残基の位置は、特に、アライメントソフトとしてBLAST(Altschul,S.F.,J.Mol.Biol.215,403−410(1990))およびCLUSTALW(Thompson,J.D.,Nucleic.Acids.Res.22,4673−4680(1994))を用いてアライメントをとったときのアミノ酸残基の位置を意味する。これらのプログラムは、GenomeNet server (http://www.genome.jp)から入手可能である。
なお、styNADKをコードする配列番号2のアミノ酸配列においてGGDGNモチーフは71位〜75位に位置し、置換対象であるAsn残基は75位に位置する。vchNADKをコードする配列番号3のアミノ酸配列においてGGDGNモチーフは72位〜76位に位置し、置換対象であるAsn残基は76位に位置する。sfl_SF2674Kをコードする配列番号4のアミノ酸配列においてGGDGNモチーフは71位〜75位に位置し、置換対象であるAsn残基は75位に位置する。kpn_KPN_02937をコードする配列番号5のアミノ酸配列においてGGDGNモチーフは71位〜75位に位置し、置換対象であるAsn残基は75位に位置する。esa_ESA_00641をコードする配列番号6のアミノ酸配列においてGGDGNモチーフは71位〜75位に位置し、置換対象であるAsn残基は75位に位置する。dda_Dd703_3217をコードする配列番号7のアミノ酸配列においてGGDGNモチーフは71位〜75位に位置し、置換対象であるAsn残基は75位に位置する。
ATP依存キナーゼのアミノ酸配列において、GGDGNモチーフのAsn残基をThr残基に置換してキナーゼ変異体を得る方法としては、当技術分野で公知の方法を使用でき、化学合成による方法、および遺伝子工学を利用する技術においてアミノ酸配列をコードする塩基配列のコドンを変化させる方法を含むが、これらに限定されない。本発明において変異体とは、もとの酵素のアミノ酸配列のアミノ酸が少なくとも1つ以上置換、付加、欠失、または修飾されたアミノ酸配列を有し、もとの酵素の活性の少なくとも一部を保持する改変された酵素をいう。
本発明のキナーゼ変異体は、例えば、ATP依存キナーゼをコードする野生型遺伝子に変異を導入し、得られた変異遺伝子をクローニングベクターにクローン化し、得られた組換えベクターで宿主細胞を形質転換し、形質転換された宿主細胞を適切な培地で培養し、最後に、得られたキナーゼ変異体を分離、精製することを含む方法で製造することができる。
遺伝子への変異の導入は、特に限定されないが、部位特異的変異導入法などの公知のインビトロ変異技術を利用して行うことができる。例えば、野生型遺伝子を含む組換えプラスミドに対し、変異を含むプライマーをアニールさせ、次にDNAポリメラーゼを作用させることにより変異を含むDNAをインビトロにて合成し、最後に宿主細胞を形質転換することにより、変異を含むクローンを分離する方法を利用できる(Kunkel,T.A.(1985)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82,488.;Hashimoto−Gotoh,T.et al.(1995)Gene 152,271.;Weiner MP,et al.(1994)Gene.Dec 30;151(1−2):119−23.;WO97/20950)。市販の部位特異的変異導入キットを用いてもよい。そのようなキットとしては、例えば、KOD−Plus−Mutagenesis kit(東洋紡社)、Quick−change kit(Strategene社)、TransformerTMSite−Directed Mutagenesis kitなどが挙げられる。
なお、クローニングに用いるゲノムDNAライブラリの作製、ハイブリダイゼーション、PCR、プラスミドDNAの調製、DNAの切断および連結、形質転換等は、周知の遺伝子組み換え技術(例えば、Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,4thEdition(2012)を参照)を適宜採用して実施することができる。
上記方法によって得られるポリリン酸利用能を有するキナーゼ変異体、好ましくはNADキナーゼ変異体は、ATP依存キナーゼをコードするGGDGNモチーフを含むアミノ酸配列において、GGDGNモチーフのAsn残基がThr残基に置換されたアミノ酸配列からなり、ポリリン酸利用能を有する。
本発明で得られるポリリン酸利用能を有するNADキナーゼ変異体としては、配列番号1〜7のいずれかのアミノ酸配列において、GGDGNモチーフのAsn残基がThr残基に置換されたアミノ酸配列、すなわち配列番号8〜14のいずれかのアミノ酸配列からなるタンパク質からなるものが挙げられる。配列番号8〜14のいずれかのアミノ酸配列からなるタンパク質は、GGDGNモチーフのAsn残基がThr残基に置換されたGGDGTモチーフを有する。すなわち、GGDGTモチーフは、「Gly−Gly−Asp−Gly−Thr」からなる部分配列である。配列番号8〜14のいずれかのアミノ酸配列からなるタンパク質と機能的に同等のタンパク質、例えば、配列番号8〜14のいずれかのアミノ酸配列と70%以上、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上、特に好ましくは99%以上の同一性を有し、GGDGTモチーフが保持されたアミノ酸配列からなり、ポリリン酸利用能を有し、NADキナーゼの活性を有するタンパク質も、本発明のキナーゼ変異体に包含される。さらに、配列番号8〜14のいずれかのアミノ酸配列において、1または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入または付加されているがGGDGTモチーフが保持されたアミノ酸配列からなり、ポリリン酸利用能を有し、NADキナーゼの活性を有するタンパク質も、本発明のキナーゼ変異体に包含される。数個とは、2〜30個、好ましくは2〜5個、より好ましくは2〜3個をさす。
ポリリン酸利用能を有するキナーゼとは、リン酸化反応におけるリン酸供与体として、ポリリン酸を利用する能力を有するキナーゼをさす。ポリリン酸とATPの双方をリン酸供給基質として利用するものも包含される。
ポリリン酸は、ATPのリン酸結合とエネルギー的に同等の無水リン酸結合を介した無機オルトリン酸残基のポリマーであり、例えば、以下の式で表される。
Figure 0006261166
上記式においてnは縮合度を表す。nは特に限定されないが、好ましくはn=3〜5000、より好ましくは3〜32である。ポリリン酸はATPと比較して非常に低価格で大量に商業的に入手可能である。ポリリン酸の具体例としては、トリポリリン酸(リン酸残基数:3)、テトラポリリン酸(リン酸残基数:4)、トリメタリン酸(環状ポリリン酸、リン酸残基数:3)、ヘキサメタリン酸(長鎖ポリリン酸混合物)、およびメタリン酸(長鎖ポリリン酸混合物)が挙げられる。ポリリン酸には、上記のようなポリリン酸の塩も包含される。ポリリン酸は、例えば、和光純薬工業、シグマアルドリッチ、メルク社などより入手可能である。
メタリン酸は、氷状リン酸とも呼ばれ、一般式(HPOで表される。普通、三量体、四量体の環状または直鎖のポリメタリン酸などの重合体として存在する。本明細書においてメタリン酸には、このような三量体、四量体の環状または直鎖のポリメタリン酸も包含される。ポリメタリン酸はリン酸基が酸無水結合によって環状に連なった化合物であり、一般式H3nで表される。室温で粘稠な液体で、冷却するとガラス状固溶体となる。水溶液は酸性で加熱すると容易に正リン酸に分解する。メタホスファターゼにより加水分解を受けて開環し、ポリリン酸となる。生物界では、高分子量のものは細菌、真菌、藻類などにみられ、酵母やある種の細菌ではトリメタリン酸のような縮合度の低いメタリン酸も存在する。そのリン酸無水結合は、いわゆる高エネルギーリン酸結合である。
ポリリン酸利用能を有するNADキナーゼ変異体は、リン酸供与体をとしてポリリン酸を利用して、NADからNADPを生成する以下のリン酸化反応を触媒することができる。
Figure 0006261166
本発明のポリリン酸利用能を有するキナーゼ変異体は、好ましくはポリリン酸に対する反応率がATPに対する反応率の40%以上、より好ましくは60%以上、さらに好ましくは120%以上、最も好ましくは150%以上である。本発明のキナーゼ変異体は、野生型キナーゼのポリリン酸に対する比活性と比較して、ポリリン酸に対する比活性が、好ましくは1.5倍、より好ましくは2倍、さらに好ましくは3倍以上に増大している。
本発明はまた、ニコチンアミドアデニンヌクレオチドリン酸(NADP)の製造方法に関し、該方法は、ポリリン酸またはその塩およびニコチンアミドアデニンジヌクレオチド(NAD)を基質とし、上記NADキナーゼ変異体を用いてリン酸化反応を行うことを含む。
リン酸化反応の際の温度、pH、ポリリン酸の種類、反応溶液中のポリリン酸の濃度、金属イオンの濃度、金属イオンの種類等の種々の条件は、当業者であれば適宜決定できる。反応溶液中のポリリン酸またはその塩の濃度は、反応溶液の0.1〜15重量%である。ポリリン酸の種類は特に限定されない。例えば、先に記載したメタリン酸、ヘキサメタリン酸等から適宜選択可能である。NADキナーゼ変異体の上記反応では、金属イオン、特に二価の金属イオンを存在させることが好ましい。反応溶液中の二価の金属イオンの濃度は5〜150mMである。二価の金属イオンは特に限定されないが、好ましくはマグネシウムイオンまたはマンガンイオンから選択される。特に好ましくはマグネシウムイオンである。金属イオンは、好ましくは、塩化物、硫酸塩または硝酸塩として反応溶液に含まれる。
さらに、反応終了後NADPを高い収率で得るためには、NADからのリン酸転移効率が高いこととともに、いったん合成されたNADPを安定に保つことが重要である。NADPは、NADよりも熱やpHに対して不安定であることが知られている(例えば、オリエンタル酵母2000年カタログ)。そのために、反応条件をNADPが安定な組成で行うことが好ましい。限定されるわけではないが、反応条件として、温度は好ましくは20〜37℃、より好ましくは37℃で行う。pHは好ましくはpH5〜8、より好ましくはpH6〜7で行う。
本発明に使用するNADキナーゼ変異体の形態としては、組換え宿主細胞より精製した可溶化タンパク質でよく、又は可溶化タンパク質を固定化した固定化酵素でもよい。あるいは、NADキナーゼ変異体を発現する菌体を直接、アクリルアミドなどの化学処理により固定化したような固定化菌体酵素を用いてもよい。酵素の固定化方法は既知の方法を用いて行うことが可能である。例えば、精製したNADキナーゼを活性化ゲルと失活しない温和な条件下で混和し、懸濁し、精製NADキナーゼを不溶化ゲルに固定化することができる。微生物菌体を固定化する方法としては、カラギン酸やアクリルアミドを用いる方法が知られている。
以下、本発明を実施例により説明するが、本発明は実施例の範囲に限定されない。
(実施例1)ホモロジーおよび配列アライメント解析
ゲノム配列が決定されているすべての種についてNADキナーゼ(NADK)に相同なタンパク質を同定し、ecoNADKのAsn−75に対応するアミノ酸残基を確認するために、BLASTおよびCLUSTALWを使用した。
図1に、ATP−NADK、ポリリン酸/ATP−NADKおよびγ−プロテオバクテリアNADKホモログの一次構造のアライメントを示す(上から順に、配列番号1〜7および配列番号15〜21)。ATP−NADKは、ATP依存NADキナーゼ、すなわちリン酸供与体として実質的にATPのみを利用するNADキナーゼをさし、ポリリン酸/ATP−NADKは、リン酸供与体として、ポリリン酸とATPの双方を利用するNADキナーゼをさす。
ecoNADK(Escherichia coli)、styNADK(Salmonella enterica)、vchNADK(Vibrio cholerae)、sph_NADK(Sphingomonas sp.A1)、hsa_65220(human)、およびsce_YJR049C(Saccharomyces cerevisiae)はATP−NADKである。Ppnk(Mycobacterium tuberculosis)、bsu_BSU11610(Bacillus subtilis)、mja_MJ_0917(Methanocaldococcus jannaschii)、およびpho_PH1074(Pyrococcus horikoshii)は、ポリリン酸/ATP−NADKである。ecoNADK、styNADK、vchNADK、sfl_SF2674K(Shigella flexneri)、kpn_KPN_02937(Klebsiella pneumoniae)、esa_ESA_00641(Cronobacter sakazakii)、およびdda_Dd703_3217(Dickeya dadantii)は、γ−プロテオバクテリア由来NADKのホモログである。
ecoNADKのAsn−75を矢印で示す。このAsn−75に対応する残基は、γプロテオバクテリアNADKホモログにおいてはAsn残基として保存されているが、他のATP−NADKおよびポリリン酸/ATP−NADKにおいては、Thr残基である。ecoNADKの71GGDG74モチーフに隣接するAsn−75は、styNADKおよびvchNADKを含むγプロテオバクテリアのNADKホモログの一次構造において、GGDGNとして保存されている。一方、その他のATP−NADKおよびポリリン酸/ATP−NADKにおいては、Asn−75はThrに対応し、GGDGTモチーフを形成している。GGDGモチーフは、NADKの一次構造において高度に保存されており、その触媒作用に関与していると考えられる。
(実施例2)NADK変異体の構築
実施例1において、GGDGNモチーフが、γプロテオバクテリアのNADKホモログにおいて高度に保存されていることから、このGGDGNモチーフの機能を解明するため、ecoNADKのAsn−75およびvchNADKのAsn−76をThr残基に置換した変異体を構築した。また、Ppnk(Polyphosphate−dependent NAD kinase)のThr−87をAsn残基に置換した変異体も構築した。合わせて、各種ecoNADK変異体(ecoNADK E36A、E163V、R232D、L259E、E36A/E136V、R232D/L259E、E36A/E136V/R232D/L259E、R95L、N97R、R95L/N97R、および変異体4)を構築した。変異体4は、ecoNADK E36A/E136V/R232D/L259Eである。
まず、ecoNADK(配列番号1)、vchNADK(配列番号)およびPpnk(配列番号18)をpET−14bまたはpET−3aにクローニングした。各種NADK変異体は、KOD−Plus−Mutagenesis kit(東洋紡)を用いて構築した。ただし、ポリメラーゼとして、KOD−Plus−Neoポリメラーゼ(東洋紡)を用いた。プラスミドpET−14b_ecoNADK、pET−14b_vchNADK、またはpET−3a_Ppnkを、PCRテンプレートとして使用した。得られた遺伝子の塩基配列をDNAシークエンシングによって確認した。野生型または変異体NADKは、すべてHis−tagなしで、E.coli BL21(DE3)pLysS(Novagen)で発現させ、文献に記載のとおり精製した(Kawai,S.et al.,Eur.J.Biochem.268,4359−4365(2001);Kawai,S.et al.,Biochem.Biophys.Res.Commun.276,57−63(2000))。ただし、KNDバッファの代わりに、KNDEバッファ[10mM KPB(pH7.0)、0.1mM NAD、0.5mM ジチオスレイトール、1mM エチレンジアミン四酢酸]を使用した。
(実施例3)NADK活性のアッセイ
実施例2で作製した野生型または変異体NADKのATP依存NADK活性またはポリリン酸依存NADK活性を、文献に記載の方法により、37℃で連続的にアッセイした(Ohashi,K.,et al.,Mol.Cell.Biochem.355,57−64(2011))。ただし、100mM Tris−HCl(pH8.0)の代わりに、100mM Tris−HCl(pH7.5)を使用した。
具体的には、5.0mM NAD、5.0mM ATP、5.0mM グルコース−6−リン酸、0.5U G6Pデヒドロゲナーゼ(G6PDH)(Sigma、St.Louis、MO)、5.0mM MgCl、100mM Tris−HCl緩衝液(pH7.5)、適当量のNADKを含む反応溶液1mlを37℃で保温し、NADPHの生成量を340nmで連続的にモニターした。ポリリン酸依存活性測定時は、ATPの替わりに、5mMのトリポリリン酸またはテトラポリリン酸、1mg/m1のヘキサメタリン酸またはメタリン酸を用いた。1分間で1μmolのNADP(H)を生産し得る酵素量を1ユニット(U)とした。
ecoNADKにおいてAsn−75をThrに置換すると、ATPに対する比活性(U/mg)は28から7.4に低下し、ポリリン酸のうち、テトラポリリン酸(Poly(P))に対する比活性は0.51から2.0に上昇し、ヘキサメタリン酸(hexameta(P))に対する比活性は0.85から3.6に上昇し、メタリン酸(meta(P))に対する比活性は0.8から3.2に上昇した(図2a)。vchNADK変異体の比活性(U/mg)も同様の挙動を示し、ATPに対する比活性(U/mg)は11から5.1に低下し、トリポリリン酸(Poly(P))に対する比活性は0.076から0.50に上昇し、テトラポリリン酸に対する比活性は0.69から3.0に上昇し、ヘキサメタリン酸に対する比活性は1.1から7.3に上昇し、メタリン酸に対する比活性は1.2から7.8に上昇した(図2a)。なお、ヘキサメタリン酸およびメタリン酸は、鎖長の異なるポリリン酸の混合物である。
ecoNADKおよびvchNADKのATP依存NADK活性に対するポリリン酸依存NADK活性の比(%)は、それぞれ、置換により2.8から43に上昇し(ecoNADK)、11から154に上昇したが(vchNADK)(図2b)、その他の置換では上昇しなかった(図3)。一方、Ppnk T87Nは、野生型と比較して、ATP依存NADK活性およびポリリン酸依存NADK活性の双方が低下していた(図2)。
これらの結果から、Asn残基(ecoNADKのAsn−75またはvchNADKのAsn−76)が、ATPに対する特異性を決定する残基であり、この位置におけるThr残基は、少なくともecoNADKおよびvchNADK、そしてGGDGNモチーフを有するその他のγプロテオバクテリアNADKホモログにおける、ポリリン酸利用能に重要であることがわかる。
また、NADK反応混合物(5μl)を37℃でインキュベートし、TLCで解析した。TLC解析は、溶媒系としてイソブチレートおよび500mM NHOHを5:3(v/v)で用い、254nmで検出を行うことにより実施した(Kawai,S.et al.,J.Basic Microbiol.44,185−196(2004))。反応混合物の組成は、以下のとおりである:5mM NAD、5mM MgCl、100mM Tris−HCl(pH7.5)、5mM ATPまたは1.0mg/mlメタリン酸、および0.43μg/ml ecoNADKまたはecoNADK N75T。コントロールとして、以下の反応混合物(5μl)を使用した:5mM NAD、5mM NADP、5mM ATP、および5mM ADP。結果を図4に示す。
TLC解析により、メタリン酸をリン酸供与体とした場合において、ecoNADK N75Tが、野生型より多くのNADPを生産することが確認された(図4)。
また、各酵素のテトラポリリン酸に対するkcat値は、この単一の置換によって増加した(表1)。
Figure 0006261166
以上から、ecoNADK N75TおよびvchNADK N76Tは、リン酸供与体としてのATPに対する特異性を失う代わりに、ポリリン酸利用能を獲得したことがわかった。このポリリン酸利用能は、Ppnkのポリリン酸利用能に匹敵するか、それより高いものであった(図2aおよび図2b、表1)。これは、ATP依存キナーゼに対して、ポリリン酸利用能を生物工学的に付与することに成功した初めての例である。
本発明により、より高純度な有用リン酸化物質(NADP、診断薬、試薬、医薬、各種化合物の中間体など)の酵素法による大規模生産を、より低コストで実施することが可能になると期待される。

Claims (6)

  1. ATP依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法であって、
    GGDGNモチーフを含む配列番号1または3のアミノ酸配列からなるATP依存キナーゼにおいて、GGDGNモチーフのAsn残基をThr残基に置換することを含む、前記方法。
  2. ATP依存キナーゼがATP依存NADキナーゼである、請求項1記載の方法。
  3. ATP依存キナーゼがγプロテオバクテリアに由来する、請求項1または2記載の方法。
  4. GGDGNモチーフのAsn残基が、配列番号1を参照配列としたときの75位に相当する位置のAsn残基である、請求項1〜3のいずれか1項記載の方法。
  5. ATPを利用してNADをリン酸化する活性を有するタンパク質にポリリン酸利用能を付与する方法であって、
    配列番号1もしくはのアミノ酸配列と90%以上の同一性を有し、GGDGNモチーフを含むアミノ酸配列からなり、ATPを利用してNADをリン酸化する活性を有するタンパク質、または配列番号1もしくはのアミノ酸配列において、1または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入または付加されているがGGDGNモチーフを含むアミノ酸配列からなり、ATPを利用してNADをリン酸化する活性を有するタンパク質において、GGDGNモチーフのAsn残基をThr残基に置換することを含む、前記方法。
  6. 以下の(a)、(b)または(c)のタンパク質からなるキナーゼ変異体:
    (a)配列番号8または10のアミノ酸配列からなるタンパク質
    (b)配列番号8または10のアミノ酸配列と90%以上の同一性を有し、GGDGTモチーフが保持されたアミノ酸配列からなり、ポリリン酸を利用してNADをリン酸化する活性を有するタンパク質
    (c)配列番号8または10のアミノ酸配列において、1または数個のアミノ酸が欠失、置換、挿入または付加されているがGGDGTモチーフが保持されたアミノ酸配列からなり、ポリリン酸を利用してNADをリン酸化する活性を有するタンパク質。
JP2013006341A 2013-01-17 2013-01-17 Atp依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法 Active JP6261166B2 (ja)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2013006341A JP6261166B2 (ja) 2013-01-17 2013-01-17 Atp依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2013006341A JP6261166B2 (ja) 2013-01-17 2013-01-17 Atp依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2014135930A JP2014135930A (ja) 2014-07-28
JP6261166B2 true JP6261166B2 (ja) 2018-01-17

Family

ID=51413810

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2013006341A Active JP6261166B2 (ja) 2013-01-17 2013-01-17 Atp依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法

Country Status (1)

Country Link
JP (1) JP6261166B2 (ja)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114277013B (zh) * 2020-09-27 2023-12-26 尚科生物医药(上海)有限公司 一种nad激酶突变体及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
JP2014135930A (ja) 2014-07-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Lipps et al. A novel type of replicative enzyme harbouring ATPase, primase and DNA polymerase activity
Avarbock et al. Cloning and characterization of a bifunctional RelA/SpoT homologue from Mycobacterium tuberculosis
Urbonavičius et al. Identification of a novel gene encoding a flavin-dependent tRNA: m5U methyltransferase in bacteria—evolutionary implications
Szeker et al. Comparative investigations on thermostable pyrimidine nucleoside phosphorylases from Geobacillus thermoglucosidasius and Thermus thermophilus
Honda et al. In vitro metabolic engineering for the salvage synthesis of NAD+
Lindner et al. NCgl2620 encodes a class II polyphosphate kinase in Corynebacterium glutamicum
Bini et al. Stability of mRNA in the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus.
US20140206042A1 (en) Method of enzymatically synthesizing 3' -phosphoadenosine-5'-phosphosulfate
Rittmann et al. Phosphate starvation-inducible gene ushA encodes a 5′ nucleotidase required for growth of Corynebacterium glutamicum on media with nucleotides as the phosphorus source
JPWO2003004654A1 (ja) ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸(nadp)の製造方法
JP6439220B2 (ja) 補酵素の製造方法及び補酵素製造用形質転換体セット
Jeon et al. A novel ADP-dependent DNA ligase from Aeropyrum pernix K1
Li et al. Establishment of a high throughput-screening system for nucleoside deoxyribosyltransferase II mutant enzymes with altered substrate specificity
JP6261166B2 (ja) Atp依存キナーゼにポリリン酸利用能を付与する方法
Li et al. The Methanococcus jannaschiidCTP deaminase is a bifunctional deaminase and diphosphatase
Krath et al. Implications of secondary structure prediction and amino acid sequence comparison of class I and class II phosphoribosyl diphosphate synthases on catalysis, regulation, and quaternary structure
Suryanti et al. Cloning, over-expression, purification, and characterisation of N-acetylneuraminate synthase from Streptococcus agalactiae
JPWO2004009830A1 (ja) Cmp−n−アセチルノイラミン酸の製造法
Miyamoto et al. Characterization of N-deoxyribosyltransferase from Lactococcus lactis subsp. lactis
Sandalli et al. A new DNA polymerase I from Geobacillus caldoxylosilyticus TK4: cloning, characterization, and mutational analysis of two aromatic residues
JP2014064513A (ja) 2−デオキシ−scyllo−イノソースの調製法
Sandalli et al. Cloning, expression, and characterization of a novel CTP synthase gene from Anoxybacillus gonensis G2
Lu et al. Unique ligation properties of eukaryotic NAD+-dependent DNA ligase from Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus
WO2001038555A1 (fr) Nouvelle utilisation de l'uridine-diphosphate-glucose 4-epimerase
JP5068956B2 (ja) デオキシリボヌクレオシド一リン酸からのデオキシリボヌクレオシド三リン酸の製造方法

Legal Events

Date Code Title Description
A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20150610

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20150610

A977 Report on retrieval

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007

Effective date: 20160127

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20160223

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20160421

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20160830

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20161028

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20161117

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20161117

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20170307

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20170417

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20170822

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20171017

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20171128

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20171212

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Ref document number: 6261166

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250