JP6468555B2 - 検出キット,及び検出方法 - Google Patents
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Description
フォワードプライマーは,配列番号1で示される塩基配列中の連続する17〜21塩基を有するオリゴヌクレオチドである。
一方,リバースプライマーは,配列番号2で示される塩基配列中の連続する18〜22塩基を有するオリゴヌクレオチドである。
配列番号1:5’−CCAGCCCTATGGAAGTTCCTT−3’
配列番号2:5’−CGTCAAGAGAAAAGCCAACATG−3’
リバースプライマーは,好ましくは,配列番号2で示される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドである。
プローブは,好ましくは,5’末端及び3’末端のいずれか又は両方に蛍光標識が付加された,配列番号3で示される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドである。
配列番号3:5’−TGCATTGGAGGAAAA−3’
5’−FAM−TGCATTGGAGGAAAA−TAMRA−3’
また,本発明は,そのキットを用いる,ヒト以外の実験動物において発現したヒト細胞の検出方法を提供することができる。
一方,リバースプライマーは,配列番号2で示される塩基配列中の連続する18〜22塩基を有するオリゴヌクレオチドである。
配列番号1:5’−CCAGCCCTATGGAAGTTCCTT−3’
配列番号2:5’−CGTCAAGAGAAAAGCCAACATG−3’
配列番号3:5’−TGCATTGGAGGAAAA−3’
5’−FAM−TGCATTGGAGGAAAA−TAMRA−3’
5’末端及び3’末端のFAM及びTAMRAは蛍光標識である。
この際,フォワードプライマー及びリバースプライマーとして,それぞれ,配列番号1及び配列番号2で示される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを用いた。
配列番号1:5’−CCAGCCCTATGGAAGTTCCTT−3’
配列番号2:5’−CGTCAAGAGAAAAGCCAACATG−3’
また,プローブとして,5’−FAM−(配列番号3)−TAMRA−3’で示されるものを用いた。
配列番号3:5’−TGCATTGGAGGAAAA−3’
検量線を作成する際には,バックグラウンド試料を含まないヒトゲノムDNAを使用し,PCR増幅に対する影響の有無を確認した。その結果を図1〜図6に示す。
図1Bは,実施例1におけるヒトゲノムDNAを用いた場合の検量線を示す。
図2は,実施例1におけるラットゲノムDNAを用いた場合の増幅曲線を示す。
図3Aは,実施例1におけるカニクイザルゲノムDNAを用いた場合の増幅曲線を示す。
図3Bは,実施例1におけるカニクイザルゲノムDNAを用いた場合の検量線を示す。
図4は,実施例1におけるヒトゲノムDNAを用いた場合の増幅曲線を示す。
図5Aは,実施例1におけるカニクイザルゲノムDNA中のヒトゲノムDNA検出における増幅曲線を示す。
図5Bは,実施例1におけるカニクイザルゲノムDNA中のヒトゲノムDNA検出における検量線を示す。
図6Aは,実施例1におけるラットゲノムDNA中のヒトゲノムDNA検出における増幅曲線を示す。
図6Bは,実施例1におけるラットゲノムDNA中のヒトゲノムDNA検出における検量線を示す。
検量線において,縦軸(Ct値)はサイクル数を示す。Ct値は,増幅曲線のCt値が使用される。検量線において,横軸(Log C0)は,検量(濃度)を対数表記したものである。既知濃度サンプルを検量線試料とすることで,未知のサンプル濃度を推定できる。
フォワードプライマー及びリバースプライマーとして,それぞれ,配列番号4及び配列番号5で示される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを用いた。これは,ヒトではマルチに存在し,マカク属には100%一致する配列が存在しない領域であるQ8IX62_17−83を選択的に増幅するプライマーセットである。この領域は,ヒト特異的な配列であり,DUF1220配列とよばれるものである。また,プローブとして,5’末端及び3’末端がそれぞれVIC,及びTAMRAで蛍光修飾された配列番号6で示される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを用いた。qPCRの条件は,実施例1と同様とした。その結果を図7〜図9に示す。
配列番号5:5’−GGAGTCAGGCTGTTCAAGACAA−3’
配列番号6:5’−TGCAGGACTCACTGGATAGATGTTATTCAACTCC−3’
図7Bは,比較例1におけるヒトゲノムDNAを用いた場合の検量線を示す。
図8は,比較例1におけるラットゲノムDNAを用いた場合の増幅曲線を示す。
図9Aは,比較例1におけるカニクイザルゲノムDNAを用いた場合の増幅曲線を示す。
図9Bは,比較例1におけるカニクイザルゲノムDNAを用いた場合の検量線を示す。
図8から,ラットDNAを鋳型として用いた場合,全ての希釈系で増幅がみられないことが分かった。
図9から,カニクイザルDNAを鋳型として用いた場合には,50000コピー(165ng)の濃度において,28サイクル目(Ct=27.7±0.05)から,増幅が検出された。ヒトDNAを鋳型として用いた場合には,Ct=17.7±0.04であり,これと比べると2×102の差が生じているものの,ヒトDNAと同様に指数関数的な増幅が確認でき,定量分析を行うことができることがわかる。比較例では,ヒト及びカニクイザルといった霊長類特異性を確認することができたものの,ヒト特異的ではなく,マカク属を対象動物とした移植片等の分布評価には,適していないことがわかった。
配列番号2:プライマー
配列番号3:プローブ
配列番号4:プライマー
配列番号5:プライマー
配列番号6:プローブ
Claims (8)
- フォワードプライマーとリバースプライマーとを含む検出キットであって,
前記フォワードプライマーは,配列番号1で示される塩基配列中の連続する17〜21塩基を有するオリゴヌクレオチドであり,
前記リバースプライマーは,配列番号2で示される塩基配列中の連続する18〜22塩基を有するオリゴヌクレオチドである,
検出キット。
配列番号1:5’−CCAGCCCTATGGAAGTTCCTT−3’
配列番号2:5’−CGTCAAGAGAAAAGCCAACATG−3’ - 請求項1に記載の検出キットであって,
前記フォワードプライマーは,配列番号1で示される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドであり,
前記リバースプライマーは,配列番号2で示される塩基配列を有するオリゴヌクレオチドである,
検出キット。 - 請求項1又は2に記載の検出キットであって,
配列番号3で示される塩基配列中の連続する11〜15塩基を有するオリゴヌクレオチドであるプローブを,更に有する
検出キット。
配列番号3:5’−TGCATTGGAGGAAAA−3’ - 請求項3に記載の検出キットであって,
前記プローブは,5’末端及び3’末端のいずれか又は両方に蛍光標識が付加された,配列番号3で示される塩基配列を有する検出キット。
5’−TGCATTGGAGGAAAA−3’ - 請求項1〜4のいずれかに記載の検出キットを用いたヒト以外の対象動物におけるヒト細胞の発現検出方法。
- 請求項5に記載の発現検出方法であって,前記対象動物は,ヒトの幹細胞を移植されたヒト以外の動物である,方法。
- 請求項5に記載の発現検出方法であって,前記対象動物は,ヒトの幹細胞を移植されたマカク属に分類される動物である,方法。
- 請求項5に記載の発現検出方法であって,移植されたヒト細胞の前記対象動物における発現分布を検出する,方法。
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| JP2015136553A JP6468555B2 (ja) | 2015-07-07 | 2015-07-07 | 検出キット,及び検出方法 |
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| JP2015136553A JP6468555B2 (ja) | 2015-07-07 | 2015-07-07 | 検出キット,及び検出方法 |
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| JP7410023B2 (ja) * | 2018-06-11 | 2024-01-09 | 武田薬品工業株式会社 | 定量pcrプローブ |
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2015
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