JP7348173B2 - Cmv抵抗性対立遺伝子 - Google Patents
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Description
本発明は、キュウリモザイクウイルス(CMV)に対するホウレンソウ植物における抵抗性を付与できる対立遺伝子に関する。本発明はまた、前記対立遺伝子を保持するホウレンソウ植物、前記ホウレンソウ植物の繁殖材料(propagation material)、前記ホウレンソウ植物の細胞、および前記ホウレンソウ植物の種子に関する。本発明はさらに、対立遺伝子を保持するホウレンソウ植物を生産する方法、およびCMV抵抗性を付与するための育種における対立遺伝子の使用に関する。
ホウレンソウ(Spinacia oleracea L.)は野菜として栽培されるヒユ科の顕花植物である。ホウレンソウの消費可能な部分は栄養成長期の葉および葉柄である。ホウレンソウは、バラ売り、束売り、袋詰め、缶詰、冷凍で販売される。ホウレンソウには3つの基本的な種類:工業用、生鮮用、アジア向けのホウレンソウがある。これらの種類の中には、サボイ、セミサボイ、スムースの3つの異なる葉が認識され得る。サボイはシワがあり(crinkly)かつカールした(curly)葉を有する。平らなまたは滑らかな(スムース)葉のホウレンソウは、広く、滑らかな葉を持っている。セミサボイは、葉が少ししわになっている品種である。ホウレンソウの主な市場はベビーリーフである。ベビーのホウレンソウの葉は、多くの場合、平らな葉の品種であり、通常、収穫される葉は約8センチメートル以下である。これらの柔らかくて甘い葉は、束ではなくばら売りされる。サラダによく使用されるが、軽く調理することもできる。
本発明に至る研究において、驚くべきことに、いくつかのPeronospora farinosa f.sp.spinaciae抵抗性を付与する対立遺伝子が観察されたのと同じ遺伝子座にCMV抵抗性を付与する対立遺伝子も位置することが見出された。
CMVに感受性であるホウレンソウ品種ビロフレーについてのゲノムアセンブリーが公開されている(Spinacia oleracea cultivar SynViroflay, whole genome shotgun sequencing project; Bioproject:PRJNA41497; GenBank:AYZV00000000.2; BioSample:SAMN02182572; GenBank:AYZV00000000.2; BioSample:SAMN02182572、Dohm et al, 2014, Nature 505:546-549)。ビロフレーのこのゲノムアセンブリーでは、ベータ-WOLF遺伝子はスキャフォールド12735(配列:GenBank:KQ143339.1)、213573-221884に位置する。この間隔でカバーされる配列は、ビロフレーのベータ-WOLF遺伝子の全ゲノム配列と、前記遺伝子の上流の2000塩基対配列と、遺伝子の下流配列に加えて、WOLF遺伝子の下流にある隣接遺伝子の遺伝子座までを含む。ホウレンソウ品種ビロフレーは単一のWOLF遺伝子、すなわちベータ-WOLF遺伝子を有するのみであるが、多くのほかのホウレンソウ系統は、ゲノムにおける同じ位置で単一のアルファ型WOLF遺伝子を有する。他のホウレンソウ系統はゲノムにおけるほぼ同じ位置で2つのWOLF遺伝子を有する。かかる場合に、2つのWOLF遺伝子は互いに隣接して位置する。2つのWOLF遺伝子を有するほとんどのホウレンソウ系統では、WOLF遺伝子の1つはアルファ型に属し、かつ他方のWOLF遺伝子は、ベータ型に属する。本発明に至る研究では、WOLF遺伝子座におけるこの対立遺伝子変異がPeronospora farinosa f.sp.spinaciaeの病原種に対する抵抗性における差異の原因であることが観察されたが、驚くべきことに、対立遺伝子バリアントの1つがベト病の代わりにCMVに対する抵抗性を付与する。
そのゲノムにおいてヘテロ接合に本発明のアルファ-CMV対立遺伝子を含む植物の種子は、受託番号42651で2016年9月9日にUK、AB21 9YA、アベルディーン、ブックスバーン、クライブストーン エステート、フェルグソンビルディングNCIMB Ltdに寄託された。前記寄託はブダペスト条約の条件に従って行われた。特許が発行されると、寄託に関するすべての制限が削除され、寄託は37CFRセクション1.801-1.809の要件を満たすことを目的とする。特許の発行時に前記寄託は撤回できず、一般への公開に制限または条件はない。寄託は、30年間、または最新の要望の後5年に、または特許の有効期間内のいずれか長い方で保管所で維持され、そしてその期間内に必要に応じて代替される。
表2.配列情報.
ホウレンソウ植物におけるCMVへの抵抗性についての試験
CMV感染への抵抗性は、http://www.cpvo.europa.eu/documents/TP/vegetales/TP_055-5Rev_Spinacia_oleracea.pdfで入手可能なホウレンソウの識別性、均一性、安定性に関する試験のCPVOプロトコルでに記載されているようにアッセイした。本発明のホウレンソウの種子は、品種ビロフレーおよびPolkaの種子とともに、5x5cmの土壌ブロックに、20℃の昼間温度および18℃の夜間温度で少なくとも16時間光を受ける栽培体制の下で播種した。植物が3つの本葉を発達させたとき、それらにCMVを接種した。播種はカーボランダム(carborundrum)粉末を植物の葉にまぶし、その後播種物に浸したスポンジで葉をこすることにより行った。播種物は水で単離株NL16およびSP43を希釈したものであった(1:10)。播種後、植物を水で軽くすすいだ。
品種ビロフレーの植物へのCMV抵抗性の移入
寄託NCIMB42651の種子では、アルファ-CMV対立遺伝子がヘテロ接合的に存在する。この寄託物の種子を成熟したホウレンソウ植物に成長させ、個別に自殖しF2集団を生成した。
LRRドメインコード領域の増幅
アルファ-CMV対立遺伝子を保有するCMV抵抗性ホウレンソウ植物の同定および選択は、アルファ-CMV対立遺伝子の存在についてDNAをスクリーニングすることによって効率的に行われ得る。例えば以下に記載するように、アルファ-CMV対立遺伝子のLRRドメインの配列を増幅すること、および任意に決定することにより行われ得る。
-95℃で3分(初期の変性ステップ)
-40増幅サイクルであって、各サイクルは以下からなる:95℃で30秒変性、60℃で30秒アニーリング、および72℃で30秒伸長、
-72℃で2分(最終伸長ステップ)。
-95℃で3分(初期の変性ステップ)
-40増幅サイクルであって、各サイクルは以下からなる:95℃で30秒変性、58℃で50秒アニーリングおよび72℃で50秒伸長、
-72℃で2分(最終伸長ステップ)。
CMV抵抗性のハイブリッドおよび親系統の作製
Racoon(51-317RZ)に存在するWOLF対立遺伝子の1つは配列番号13を有するベータ-WOLF3であり、Peronospora farinosa f.sp.spinaciae種Pfs:1、Pfs:3、Pfs5、Pfs:9、Pfs:11、Pfs:12、Pfs:14、およびPfs:16に対する抵抗性を付与する。これらの種に対する完全な抵抗性に続いて、ベータ-WOLF3はPfs:8に対する中間的な抵抗性を提供する。本実験の目的は、ベータ-WOLF3対立遺伝子を本発明のアルファ-CMV対立遺伝子と組み合わせた安定なハイブリッドを作製することであった。
Claims (19)
- ホウレンソウ植物中に存在する場合にCMVに対する抵抗性を付与するアルファ-CMVと命名される対立遺伝子であって、前記対立遺伝子によりコードされるタンパク質が、CC-NBS-LRRタンパク質であり、そのアミノ酸配列において:a)そのN末端でモチーフ「MAEIGYSVC」;b)モチーフ「KWMCLR」;およびc)配列番号10に少なくとも95%配列同一性を有するLRRドメインを含み、ここで前記対立遺伝子が、配列番号1に少なくとも90%配列同一性を有するゲノムヌクレオチド配列を有する、対立遺伝子。
- 対立遺伝子が、優先度の高い順に配列番号2に少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%配列同一性を有するコーディング配列を有する、請求項1に記載の対立遺伝子。
- 対立遺伝子が、優先度の高い順に配列番号3に少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%配列同一性を有するコーディング配列を有する、請求項1に記載の対立遺伝子。
- 前記対立遺伝子が優先度の高い順に配列番号4に少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、100%配列同一性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする、請求項1に記載の対立遺伝子。
- 対立遺伝子が、優先度の高い順に配列番号5に少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、100%配列同一性を有するアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする、請求項1に記載の対立遺伝子。
- そのアミノ酸配列において:a)そのN末端でモチーフ「MAEIGYSVC」;b)モチーフ「KWMCLR」;およびc)優先度の高い順に配列番号10に少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、100%配列同一性を有するLRRドメインを含むCC-NBS-LRRタンパク質をコードする核酸であって、前記核酸がホウレンソウ植物中に存在する場合にCMVに対する抵抗性を付与する、核酸。
- 優先度の高い順に配列番号1に少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%配列同一性を有するゲノムヌクレオチド配列を有する、請求項6に記載の核酸。
- 第一親ホウレンソウ植物を第二親ホウレンソウ植物と交雑させること、および得られたハイブリッドホウレンソウ種子を収穫することを含む、ハイブリッドホウレンソウ種子の製造方法であって、第一および/または第二親ホウレンソウ植物が請求項1-5のいずれかに記載の対立遺伝子または請求項6もしくは7に記載の核酸を含む、方法。
- 第一および/または第二親が近交系の植物である、請求項8に記載の方法。
- 請求項8または請求項9に記載の方法により生産される種子から成長したハイブリッドホウレンソウ植物。
- 請求項1-5のいずれかに記載の対立遺伝子または請求項6もしくは7に記載の核酸を保有するホウレンソウ植物を同定する、または選択するための方法であって、植物のゲノムにおけるゲノムヌクレオチド配列またはその一部の存在を決定することを含み、ここで、前記配列が、配列番号1に優先度の高い順に90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%配列同一性を有する、方法。
- 請求項1-2および4のいずれかに記載の対立遺伝子または請求項6もしくは7に記載の核酸を保有するホウレンソウ植物を同定する、または選択するための方法であって、植物のゲノムにおけるコーディング配列またはその一部の存在を決定することを含み、ここで、前記配列が、配列番号2に優先度の高い順に90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%配列同一性を有する、方法。
- 請求項1、3および5のいずれかに記載の対立遺伝子または請求項6もしくは7に記載の核酸を保有するホウレンソウ植物を同定する、または選択するための方法であって、植物のゲノムにおけるコーディング配列またはその一部の存在を決定することを含み、ここで、前記配列が、優先度の高い順に配列番号3に90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%配列同一性を有する、方法。
- 請求項1で規定されるLRRドメインの存在を決定することを含む、請求項11-13のいずれかに記載の方法。
- LRRドメインがLRRドメインを増幅するプライマー対を使用することにより決定され、ここでフォワードプライマーが配列番号6の配列を含む核酸分子である、請求項14に記載の方法。
- LRRドメインがLRRドメインを増幅するプライマー対を使用することにより決定され、ここでリバースプライマーが配列番号7の配列を含む核酸分子である、請求項15に記載の方法。
- 配列番号6の配列を含む核酸分子であるフォワードプライマーおよび配列番号7の配列を含む核酸分子であるリバースプライマーを含むプライマー対。
- (a)請求項1-5のいずれか一項に記載の対立遺伝子または請求項6もしくは7に記載の核酸を含む植物を別の植物と交雑すること;(b)任意に1回以上の自殖および/または交雑を実施すること;(c)1回以上の自殖および/または交雑のあとに請求項1-5のいずれかに記載の前記対立遺伝子または請求項6もしくは7に記載の核酸を含む植物を選択すること:を含む、CMVへの抵抗性を示すホウレンソウ植物の製造方法。
- 対立遺伝子を含む植物の選択が、請求項11-16のいずれか一項に記載の方法による対立遺伝子の存在を決定することを含む、請求項18に記載の方法。
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