JP7478121B2 - Serpinc1 iRNA組成物およびその使用方法 - Google Patents
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Description
本出願は、2012年4月26日に出願された、米国仮特許出願第61/638,952号明細書、2012年7月9日に出願された米国仮特許出願第61/669,249号明細書、2012年12月7日に出願された米国仮特許出願第61/734,573号明細書、および2013年3月15日に出願された米国特許出願公開第13/837,129号明細書の優先権を主張する。前述の各出願は、その内容全体を参照によって本明細書に援用する。
本発明がより容易に理解されるように、特定の用語を最初に定義する。これに加えて、パラメータの値または値範囲が列挙される場合は常に、列挙された値の中間の値および範囲もまた、本発明の一部であることが意図されることに留意すべきである。
本明細書に記載されるのは、Serpinc1遺伝子発現を阻害するiRNAである。一実施形態では、iRNA剤は、例えば遺伝性出血障害などの出血障害を有するヒトのような、哺乳類などの対象内の細胞などの細胞内で、Serpinc1遺伝子発現を阻害する二本鎖リボ核酸(dsRNA)分子を含む。dsRNAは、Serpinc1遺伝子発現中に形成されるmRNAの少なくとも一部と相補的である、相補性領域を有するアンチセンス鎖を含む。相補性領域は、約30ヌクレオチド以下の長さ(例えば約30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、または18ヌクレオチド以下の長さ)である。Serpinc1遺伝子を発現する細胞との接触に際して、iRNAは、Serpinc1遺伝子(例えばヒト、霊長類、非霊長類、または鳥類Sertpinc1遺伝子)の発現を、例えばPCRまたは分枝DNA(bDNA)ベースの方法による、または例えばウエスタンブロット法またはフローサイトメトリー技術を使用する免疫蛍光分析などのタンパク質ベースの方法によるアッセイで、少なくとも約10%阻害する。
一実施形態では、例えばdsRNAなどの本発明のiRNAのRNAは、未変性であり、例えば当該技術分野で公知であり本明細書に記載される、化学修飾および/または結合を含まない。別の実施形態では、例えばdsRNAなどの発明のiRNAのRNAを化学的に修飾して、安定性またはその他の有益な特性を高める。本発明で取り上げる核酸は、参照によって本明細書に援用する、“Current protocols in nucleic acid chemistry,”Beaucage,S.L.et al.(Edrs.),John Wiley & Sons,Inc.,New York,NY,USAに記載されるものなどの当該技術分野で確立された方法によって、合成および/または修飾し得る。例えば修飾としては、例えば5’末端修飾(リン酸化、共役結合、逆転結合)または3’末端修飾(共役結合、DNAヌクレオチド、逆転結合など)などの末端修飾;例えば安定化塩基での、不安定化塩基での、または拡大パートナーのレパートリーと塩基対形成する塩基での置換、塩基除去(脱塩基ヌクレオチド)、または共役結合塩基などの塩基修飾;糖修飾(例えば2’位または4’位における)または糖置換;リン酸ジエステル結合の修飾または置換をはじめとする主鎖修飾が挙げられる。本明細書に記載される実施形態で有用なiRNA化合物の特定の例としては、修飾主鎖を含有するRNA、または天然ヌクレオシド間結合を含有しないRNAが挙げられるが、これに限定されるものではない。修飾主鎖を有するRNAとしては、特に主鎖中にリン原子を有しないものが挙げられる。本明細書の目的では、そして当該技術分野で時に言及されるように、それらのヌクレオシド間主鎖中にリン原子を有しない修飾RNAもまた、オリゴヌクレオシドであると見なされる。いくつかの実施形態では、修飾iRNAは、そのヌクレオシド間主鎖中にリン原子を有する。
本発明のiRNAのRNAの別の修飾は、iRNAの活性、細胞分布、または細胞内取り込みを高める、1つまたは複数のリガンド、部分または複合体を、RNAに化学的に連結することを伴う。このような部分としては、コレステロール部分(Letsinger et al.,Proc.Natl.Acid.Sci.USA,1989,86:6553-6556)などの脂質部分;コール酸(Manoharan et al.,Biorg.Med.Chem.Let.,1994,4:1053-1060);例えばベリル-S-トリチルチオール(Manoharan et al.,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660:306-309;Manoharan et al.,Biorg.Med.Chem.Let.,1993,3:2765-2770)、チオコレステロール(Oberhauser et al.,Nucl.AcidsRes.,1992,20:533-538)などのチオエーテル;例えばドデカンジオールまたはウンデシル残基(Saison-Behmoaras et al.,EMBO J,1991,10:1111-1118;Kabanov et al.,FEBS Lett.,1990,259:327-330;Svinarchuk et al.,Biochimie,1993,75:49-54)などの脂肪族鎖;例えばジ-ヘキサデシル-rac-グリセロールまたはトリエチル-アンモニウム1,2-ジ-O-ヘキサデシル-rac-グリセロ-3-ホスホネート(Manoharan et al.,Tetrahedron Lett.,1995,36:3651-3654;Shea et al.,Nucl.Acids Res.,1990,18:3777-3783)などのリン脂質;ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖(Manoharan et al.,Nucleosides & Nucleotides,1995,14:969-973);またはアダマンタン酢酸(Manoharan et al.,Tetrahedron Lett.,1995,36:3651-3654);パルミチル部分(Mishra et al.,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264:229-237);またはオクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ-カルボニルオキシコレステロール部分(Crooke et al.,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277:923-937)が挙げられるが、これに限定されるものではない。
1つの実施形態では、リガンドまたは複合体は、脂質または脂質ベースの分子である。このような脂質または脂質ベースの分子は、好ましくは、例えばヒト血清アルブミン(HSA)などの血清タンパク質と結合する。HSA結合リガンドは、例えば身体の非腎臓標的組織などの標的組織への複合体の分布を可能にする。例えば標的組織は、肝臓の実質細胞をはじめとする肝臓であり得る。HSAに結合し得るその他の分子もまた、リガンドとして使用し得る。例えばナプロキセンまたはアスピリンを使用し得る。脂質または脂質ベースのリガンドは、(a)複合体の分解耐性を増大させ得て、(b)標的細胞または細胞膜の標的化またはそれへの輸送を増大させ得て、および/または(c)例えばHSAなどの血清タンパク質の結合を調節するのに使用し得る。
別の態様では、リガンドは細胞透過剤であり、好ましくはらせん細胞透過剤である。好ましくは、細胞透過剤は両親媒性である。例示的な細胞透過剤は、tatまたはアンテノペディア(antennopedia)などのペプチドである。細胞透過剤がペプチドである場合、それはペプチジル模倣薬、逆転異性体、非ペプチドまたは偽ペプチド結合、およびD-アミノ酸使用をはじめとする、修飾を受け得る。らせん剤は、好ましくは親油性および疎油性相を有するα-らせん剤である。
本発明の組成物および方法のいくつかの実施形態では、iRNAオリゴヌクレオチドは、炭水化物をさらに含んでなる。炭水化物共役iRNAは、本明細書に記載されるような、核酸ならびに生体内治療用途に適する組成物の生体内送達に、有利である。本明細書の用法では、「炭水化物」は、各炭素原子に結合する酸素、窒素またはイオウ原子がある、少なくとも6個の炭素原子(直鎖、分枝または環状であり得る)を有する、1つまたは複数の単糖単位で構成される炭水化物それ自体;各炭素原子に結合する酸素、窒素またはイオウ原子がある、少なくとも6個の炭素原子(直鎖、分枝または環状であり得る)をそれぞれ有する、1つまたは複数の単糖単位で構成される炭水化物部分をその一部として有する化合物のいずれかである化合物を指す。代表的な炭水化物としては、糖類(単糖類、二糖類、三糖類、および約4、5、6、7、8、または9個の単糖単位を含有するオリゴ糖類)、およびデンプン、グリコーゲン、セルロース、および多糖類ガムなどの多糖類が挙げられる。特定の単糖類としては、C5以上(例えばC5、C6、C7、またはC8)の糖類が挙げられ;二および三糖類としては、2または3個の単糖単位を有する糖類が挙げられる(例えばC5、C6、C7、またはC8)。
からなる群から選択される。
XまたはYの一方はオリゴヌクレオチドであり、他方は水素である)が挙げられるが、これに限定されるものではない。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される複合体またはリガンドは、切断可能または切断不能であり得る、様々なリンカーによって、iRNAオリゴヌクレオチドに付着し得る。
1つの実施形態では、切断可能連結基は、還元または酸化に際して切断される酸化還元切断可能連結基である。還元的切断可能連結基の一例は、ジスルフィド連結基(-S-S-)である。切断可能連結基候補が、適切な「還元的切断可能連結基」か、または例えば特定のiRNA部分および特定の標的作用物質と共に使用するのに適するかどうかを判定するために、本明細書に記載される方法に頼ることができる。例えば候補は、例えば標的細胞などの細胞中で観察される切断速度を模倣する、当該技術分野で公知の試薬を使用して、ジチオスレイトール(DTT)、またはその他の還元剤とのインキュベーションによって評価し得る。候補はまた、血液または血清条件を模倣するように選択される条件下で評価し得る。1つの候補化合物は、血中で最大で約10%切断される。他の実施形態では、有用な候補化合物は、血液(または細胞外条件を模倣するように選択された生体外条件下)と比較して、細胞中(または細胞内条件を模倣するように選択された生体外条件下)で、少なくとも約2、4、10、20、30、40、50、60、70、80、90または約100倍より迅速に分解される。候補化合物の切断速度は、細胞内媒体を模倣するように選択された条件下で標準酵素動態アッセイを使用して、細胞外媒体を模倣するように選択された条件と比較して判定し得る。
別の実施形態では、切断可能なリンカーは、リン酸ベースの切断可能連結基を含んでなる。リン酸ベースの切断可能連結基は、リン酸基を分解または加水分解する作用物質によって切断され得る。細胞中でリン酸基を切断する作用物質の一例は、細胞内のホスファターゼなどの酵素である。リン酸ベースの連結基の例は、-O-P(O)(ORk)-O-、-O-P(S)(ORk)-O-、-O-P(S)(SRk)-O-、-S-P(O)(ORk)-O-、-O-P(O)(ORk)-S-、-S-P(O)(ORk)-S-、-O-P(S)(ORk)-S-、-S-P(S)(ORk)-O-、-O-P(O)(Rk)-O-、-O-P(S)(Rk)-O-、-S-P(O)(Rk)-O-、-S-P(S)(Rk)-O-、-S-P(O)(Rk)-S-、-O-P(S)(Rk)-S-である。好ましい実施形態は、-O-P(O)(OH)-O-、-O-P(S)(OH)-O-、-O-P(S)(SH)-O-、-S-P(O)(OH)-O-、-O-P(O)(OH)-S-、-S-P(O)(OH)-S-、-O-P(S)(OH)-S-、-S-P(S)(OH)-O-、-O-P(O)(H)-O-、-O-P(S)(H)-O-、-S-P(O)(H)-O、-S-P(S)(H)-O-、-S-P(O)(H)-S-、-O-P(S)(H)-S-である。好ましい実施形態は、-O-P(O)(OH)-O-である。これらの候補は、上述したものと類似の方法を使用して評価し得る。
別の実施形態では、切断可能なリンカーは、酸切断可能連結基を含んでなる。酸切断可能連結基は、酸性条件下で切断される連結基である。好ましい実施形態では、酸切断可能連結基は、pH約6.5以下(例えば約6.0、5.75、5.5、5.25、5.0以下)の酸性環境内において、または一般酸として作用し得る酵素などの作用物質によって切断される。細胞内では、エンドソームおよびリソソームなどの特定の低pH細胞小器官が、酸切断可能連結基の切断環境を提供し得る。酸切断可能連結基の例としては、ヒドラゾン、エステル、およびアミノ酸エステルが挙げられるが、これに限定されるものではない。酸切断可能基は、一般式-C=NN-、C(O)O、または-OC(O)を有し得る。好ましい実施形態は、炭素がエステルの酸素に付着する場合(アルコキシ基)は、アリール基、置換アルキル基、またはジメチルペンチルまたはt-ブチルなどの三級アルキル基である。これらの候補は、上述したものと類似の方法を使用して評価し得る。
別の実施形態では、切断可能なリンカーは、エステルベースの切断可能連結基を含んでなる。エステルベースの切断可能連結基は、細胞内でエステラーゼおよびアミダーゼなどの酵素によって切断される。エステルベースの切断可能連結基の例としては、アルキレン、アルケニレン、およびアルキニレン基のエステルが挙げられるが、これに限定されるものではない。エステル切断可能連結基は、一般式-C(O)O-または-OC(O)-を有する。これらの候補は、上述したものと類似の方法を使用して評価し得る。
さらに別の実施形態では、切断可能なリンカーは、ペプチドベースの切断可能連結基を含んでなる。ペプチドベースの切断可能連結基は、細胞内で、ペプチダーゼおよびプロテアーゼなどの酵素によって切断される。ペプチドベースの切断可能連結基は、アミノ酸の間に形成されて、オリゴペプチド(例えばジペプチド、トリペプチドなど)およびポリペプチドを生じる、ペプチド結合である。ペプチドベースの切断可能基には、アミド基(-C(O)NH-)は含まれない。アミド基は、あらゆるアルキレン、アルケニレンまたはアルキニレン(alkynelene)間に形成され得る。ペプチド結合は、アミノ酸の間に形成されて、ペプチドおよびタンパク質を生じる特殊なタイプのアミド結合である。ペプチドベースの切断基は、一般にアミノ酸の間に形成されて、ペプチドおよびタンパク質を生じるペプチド結合(すなわちアミド結合)に限定され、アミド官能基全体は含まない。ペプチドベースの切断可能連結基は、一般式-NHCHRAC(O)NHCHRBC(O)-を有し、式中、RAおよびRBは2つの隣接するアミノ酸のR基である。これらの候補は、上述したものと類似の方法を使用して評価し得る。
XまたはYの一方はオリゴヌクレオチドであり、他方は水素である)が挙げられるが、これに限定されるものではない。
式(XXXI)~(XXXIV)、
q2A、q2B、q3A、q3B、q4A、q4B、q5A、q5B、およびq5Cは、独立して、0~20の各出現を表し、反復単位は、同一であるかまたは異なり得て;
P2A、P2B、P3A、P3B、P4A、P4B、P5A、P5B、P5C、T2A、T2B、T3A、T3B、T4A、T4B、T4A、T5B、T5Cは、各出現についてそれぞれ独立して、不在、CO、NH、O、S、OC(O)、NHC(O)、CH2、CH2NHまたはCH2Oであり;
Q2A、Q2B、Q3A、Q3B、Q4A、Q4B、Q5A、Q5B、Q5Cは、各出現についてそれぞれ独立して、不在、アルキレン、置換アルキレンであり、1つまたは複数のメチレンは、O、S、S(O)、SO2、N(RN)、C(R’)=C(R’’)、C≡CまたはC(O)の1つまたは複数によって中断または終結され得て;
R2A、R2B、R3A、R3B、R4A、R4B、R5A、R5B、R5Cは、各出現についてそれぞれ独立して、不在、NH、O、S、CH2、C(O)O、C(O)NH、NHCH(Ra)C(O)、-C(O)-CH(Ra)-NH-、CO、CH=N-O、
L2A、L2B、L3A、L3B、L4A、L4B、L5A、L5BおよびL5Cはリガンドを表し;すなわち各出現についてそれぞれ独立して、単糖(GalNAcなど)、二糖類、三糖、四糖、オリゴ糖、または多糖類であり;Raは、Hまたはアミノ酸側鎖である)のいずれかで示される構造群から選択される、二価または三価の分枝リンカーと共役する。三価の共役GalNAc誘導体は、
式(XXXV)、
L5A、L5BおよびL5Cは、GalNAc誘導体などの単糖を表す)などの標的遺伝子の発現を阻害するために、RNAi剤と共に使用するのに特に有用である。
例えばヒト対象(例えば出血障害を有する対象などのそれを必要とする対象)などの対象内の細胞などの細胞への本発明のiRNAの送達は、いくつかの異なる方法で達成し得る。例えば送達は、試験管内または生体内のどちらかで、細胞を本発明のiRNAに接触させることで実施してもよい。生体内送達はまた、例えばdsRNAなどのiRNAを含んでなる組成物を対象に投与することで直接実施してもよい。代案としては、生体内送達は、iRNAをコードして発現を誘導する、1つまたは複数のベクターを投与することで、間接的に実施してもよい。これらの代替案は、下でさらに考察される。
Serpinc1遺伝子標的化iRNAは、DNAまたはRNAベクターに挿入された転写単位から発現され得る(例えばCouture,A,et al.,TIG.(1996),12:5-10;Skillern,A.,et al.国際公開第00/22113号パンフレット;Conrad、国際公開第00/22114号パンフレット;およびConrad、米国特許第6,054,299号明細書を参照されたい)。発現は、使用される特定のコンストラクトおよび標的組織または細胞型次第で、一過性(数時間から数週間程度)または持続性(数週間から数ヶ月以上)であり得る。これらの導入遺伝子は、組み込み型または非組み込み型ベクターであり得る、直鎖コンストラクト、環状プラスミド、またはウイルスベクターとして導入し得る。導入遺伝子はまた、それが染色体外プラスミドとして遺伝するのを可能にするよう構築し得る(Gassmann,et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1995)92:1292)。
本発明は、本発明のiRNAを含む医薬組成物および製剤もまた含む。一実施形態では、本発明で提供されるのは、本明細書に記載されるiRNAと、薬学的に許容できる担体とを含有する医薬組成物である。iRNAを含有する医薬組成物は、例えば出血障害などのSerpinc1遺伝子の発現または活性に関連する、疾患または障害を治療するのに有用である。このような医薬組成物は、送達様式に基づいて調合される。一実施例は、例えば静脈内(IV)送達による、非経口送達を通じた、全身投与のために調合される組成物である。別の例は、例えば連続ポンプ輸液などの脳内点滴による、脳実質内への直接送達のために調合される組成物である。本発明の医薬組成物は、Serpinc1遺伝子発現を阻害するのに十分な投与量で投与してもよい。一般に、本発明のiRNAの適切な用量は、1日あたり受容者の体重1キログラムあたり約0.001~約200.0ミリグラムの範囲、一般に1日あたり体重1キログラムあたり約1~50mgの範囲である。例えばdsRNAは、単回投与あたり約0.01mg/kg、約0.05mg/kg、約0.5mg/kg、約1mg/kg、約1.5mg/kg、約2mg/kg、約3mg/kg、約10mg/kg、約20mg/kg、約30mg/kg、約40mg/kg、または約50mg/kgで投与し得る。
本発明の組成物および方法で使用されるiRNAは、例えばリポソームまたはミセルなどの膜様分子アセンブリー内の送達のために調合し得る。本明細書の用法では、「リポソーム」という用語は、例えば1つの二重層または複数の二重層などの、少なくとも1つの二重層に配列された両親媒性脂質から構成される小胞を指す。リポソームは、親油性材料と水性内部から形成される膜を有する、単層のまたは多重膜小胞を含む。水性部分は、iRNA組成物を含有する。親油性材料は、水性内部を水性外部から隔離し、水性外部は、典型的にiRNA組成物を含まないが、場合によっては含んでもよい。リポソームは、活性成分の作用部位への移行と送達のために有用である。リポソーム膜は生体膜と構造的に類似するので、リポソームを組織に適用すると、リポソーム性二重層は細胞膜の二重層と融合する。リポソームと細胞の融合が進行するにつれて、iRNAを含む内部水性内容物が細胞内に送達され、そこではiRNAが標的RNAに特異的に結合し得て、RNAiを媒介し得る。場合によっては、リポソームもまた特異的に標的化され、例えばiRNAを特定の細胞型に誘導する。
例えば本発明のdsRNAなどのiRNAは、例えばLNPなどの脂質製剤中で完全にカプセル化して、例えばSPLP、pSPLP、SNALP、またはその他の核酸-脂質粒子を形成してもよい。
例えば本発明の核酸-脂質粒子で使用されるカチオン性脂質などの化合物のいずれもが、実施例でより詳細に記載される方法をはじめとする、既知の有機合成技術によって調製され得る。特に断りのない限り、全ての置換基は、以下に定義するとおりである。
いくつかの実施形態では、本発明の核酸脂質粒子は、式A、
DLin-M-C3-DMA(すなわち(6Z,9Z,28Z,31Z)-ヘプタトリアコンタ-6,9,28,31-テトラエン-19-イル-4-(ジメチルアミノ)ブタン酸)の調製は、次のとおりであった。ジクロロメタン(5mL)中の(6Z,9Z,28Z,31Z)-ヘプタトリアコンタ-6,9,28,31-テトラエン-19-オール(0.53g)、4-N,N-ジメチルアミノ酪酸塩酸塩(0.51g)、4-N,N-ジメチルアミノピリジン(0.61g)、および1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩(0.53g)溶液を室温で一晩撹拌した。溶液を希塩酸で、続いて希釈水性炭酸水素ナトリウムで洗浄した。無水硫酸マグネシウム上で有機画分を乾燥させ、濾過して、回転蒸発器上で溶媒を除去した。1~5%のメタノール/ジクロロメタン溶出勾配を使用して、残留物をシリカゲルカラム(20g)に通過させた。精製産物を含有する画分を合わせて溶媒を除去し、無色の油(0.54g)を得た。
以下のスキーム3を使用して、ケタール519[ALNY-100]の合成を実施した。
ニ頚RBF(1L)内の撹拌される200mlの無水THF中のLiAlH4(3.74g、0.09852モル)懸濁液に、70mLのTHF中の514(10g、0.04926モル)の溶液を0 0Cにおいて窒素雰囲気下で緩慢に添加した。添加完了後、反応混合物を室温に加温し、次に加熱して4時間還流した、反応の進捗は、TLCによってモニターした。反応完了(TLCによる)後、混合物を0 0Cに冷却し、飽和Na2SO4溶液の注意深い添加によってクエンチした。反応混合物を室温で4時間撹拌し、濾過した。残留物をTHFで良く洗浄した。濾液および洗浄液を混合し、400mLのジオキサンおよび26mLの濃HClで希釈して、室温で20分間撹拌した。揮発度(volatilities)を真空下で揮散して、515の塩酸塩を白色固体として得た。収量:7.12g 1H-NMR(DMSO,400MHz):δ=9.34(broad,2H),5.68(s,2H),3.74(m,1H),2.66-2.60(m,2H),2.50-2.45(m,5H).
250mLニ頚RBF内の100mLの乾燥DCM中の化合物515の撹拌される溶液に、NEt3(37.2mL、0.2669モル)を添加して、窒素雰囲気下で0 0Cに冷却した。50mLの乾燥DCM中のN-(ベンジルオキシ-カルボニルオキシ)-スクシンイミド(20g、0.08007モル)の緩慢な添加後、反応混合物が室温に暖まるまで放置した。反応完了後(TLCによる2~3時間)、混合物を1NのHCl溶液(1×100mL)および飽和NaHCO3溶液(1×50mL)で連続的に洗浄した。次に無水Na2SO4上で有機層を乾燥し、溶媒を蒸発させて粗製物を得て、それをシリカゲルカラムクロマトグラフィーによって精製し、516を粘着性塊として得た。収量:11g(89%).1H-NMR(CDCl3,400MHz):δ=7.36-7.27(m,5H),5.69(s,2H),5.12(s,2H),4.96(br.,1H)2.74(s,3H),2.60(m,2H),2.30-2.25(m,2H).LC-MS [M+H]-232.3(96.94%).
室温において、500mL一頚RBF内で、シクロペンテン516(5g、0.02164モル)を220mLアセトンと水(10:1)の溶液中に溶解し、それにN-メチルモルホリン-N-オキシド(7.6g、0.06492モル)を添加し、tert-ブタノール中の4.2mLの7.6%OsO4(0.275g、0.00108モル)溶液がそれに続いた。反応完了後(約3時間)、固体Na2SO3の添加によって混合物をクエンチし、得られた混合物を室温で1.5時間撹拌した。反応混合物をDCM(300mL)で希釈して、水(2×100mL)で洗浄し、飽和NaHCO3(1×50mL)溶液、水(1×30mL)、最後に鹹水(1×50mL)が続いた。有機相を無水Na2SO4上で乾燥させて、真空中で溶媒を除去した。粗製物のシリカゲルカラムクロマトグラフィー精製からジアステレオマー混合物を得て、それを予備HPLCによって分離した。収量:-6g粗製
化合物505の合成について記載されるものと類似の手順を使用して、化合物518を無色の油として得た(1.2g、41%)。1H-NMR(CDCl3,400MHz):δ=7.35-7.33(m,4H),7.30-7.27(m,1H),5.37-5.27(m,8H),5.12(s,2H),4.75(m,1H),4.58-4.57(m,2H),2.78-2.74(m,7H),2.06-2.00(m,8H),1.96-1.91(m,2H),1.62(m,4H),1.48(m,2H),1.37-1.25(br m,36H),0.87(m,6H).HPLC-98.65%.
ヘキサン(15mL)中の化合物518(1eq)溶液をTHF中のLAH(1M,2eq)氷冷溶液に、滴下して添加した。添加完了後、混合物を40℃で0.5時間加熱し、次に氷浴上で再度冷却した。混合物を飽和水性Na2SO4によって注意深く加水分解し、次にセライトを通して濾過して油に濃縮した。カラムクロマトグラフィーから、純粋な519を無色の油として得た(1.3g、68%)。13C NMR=130.2,130.1(x2),127.9(x3),112.3,79.3,64.4,44.7,38.3,35.4,31.5,29.9(x2),29.7,29.6(x2),29.5(x3),29.3(x2),27.2(x3),25.6,24.5,23.3,226,14.1;エレクトロスプレーMS(+ve):C44H80NO2(M+H)+の分子量、計算値654.6、測定値654.6.
i.エマルション
本発明の組成物は、エマルションとして調製し調合し得る。エマルションは、典型的に、通常、直径が0.1μmを超える小滴形態で、別の液体中に分散する1つの液体の不均一系である(例えばAnsel’s Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems,Allen,LV.,Popovich NG.,and Ansel HC.,2004,Lippincott Williams & Wilkins(8th ed.),New York,NY;Idson,Pharmaceutical Dosage Forms,Lieberman,Rieger and Banker(Eds.),1988,Marcel Dekker,Inc.,New York,N.Y.,volume 1,p.199;Rosoff,Pharmaceutical Dosage Forms,Lieberman,Rieger and Banker(Eds.),1988,Marcel Dekker,Inc.,New York,N.Y.,Volume 1,p.245;Block in Pharmaceutical Dosage Forms,Lieberman,Rieger and Banker(Eds.),1988,Marcel Dekker,Inc.,New York,N.Y.,volume 2,p.335;Higuchi et al.,Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton,Pa.,1985,p.301を参照されたい)。エマルションは、密接に混合して互いに分散する、2つの不混和性液体相を含んでなる、二相性システムであることが多い。一般にエマルションは、油中水型(w/o)または水中油型(o/w)のいずれかであり得る。水性相がバルク油性相中に微細分散して、微小滴として分散される場合、得られた組成物は、油中水型(w/o)エマルションと称される。代案としては、油性相がバルク水性相中に微細分散して、微小滴として分散される場合、得られた組成物は、水中油型(o/w)エマルションと称される。エマルションは、分散相と、水性相および油性相いずれかの中の溶液として、またはそれ自体が別個の相として存在し得る、活性薬剤とに加えて、追加的な成分を含有し得る。乳化剤、安定剤、染料、および抗酸化物質などの医薬品賦形剤はまた、必要に応じてエマルション中に存在し得る。医薬品エマルションはまた、例えば油中水中油(o/w/o)および水中油中水型(w/o/w)エマルションなどの場合、2つを超える相を含んでなる複数エマルションであり得る。このような複合体製剤は、単純な二成分エマルションが提供しない、特定の利点を提供することが多い。その中でo/wエマルションの個々の油滴が小さな水滴を囲い込む複数エマルションは、w/o/wエマルションを構成する。同様に、水の小球中に封入されて、油性連続相内で安定化される油滴システムは、o/w/oエマルションを提供する。
本発明の一実施形態では、iRNAと核酸の組成物は、マイクロエマルションとして調合される。マイクロエマルションは、単一の光学的に等方性で熱力学的に安定している溶液である、水、油、および両親媒性物質のシステムと定義され得る(例えばAnsel’s Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems,Allen,LV.,Popovich NG.,and Ansel HC.,2004,Lippincott Williams & Wilkins(8th ed.),New York,NY;Rosoff,Pharmaceutical Dosage Forms,Lieberman,Rieger and Banker(Eds.),1988,Marcel Dekker,Inc.,New York,N.Y.,volume 1,p.245を参照されたい)。典型的に、マイクロエマルションは、最初に油を水性界面活性剤溶液に分散して、次に一般に中間鎖長のアルコールである、十分な量の第4の成分を添加し、透明なシステムを形成することで、調製されるシステムである。したがって、マイクロエマルションは、界面活性分子の界面膜によって安定化された、2つの不混和性液体の熱力学的に安定した等方的に透明な分散体として記述されている(Leung and Shah,Controlled Release of Drugs:Polymers and Aggregate Systems,Rosoff,M.,Ed.,1989,VCH Publishers,New York,pages 185-215)。マイクロエマルションは、通常、油、水、界面活性剤、共界面活性剤、および電解質をはじめとする、3~5成分の組み合わせを通じて調製される。マイクロエマルションが、油中水型(w/o)または水中油型(o/w)であるかどうかは、使用される油および界面活性剤の特性と、界面活性剤分子の極性頭部および炭化水素尾部の構造および幾何学的充填とに左右される(Schott,Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mack Publishing Co.,Easton,Pa.,1985,p.271)。
本発明のRNAi剤は、例えば微粒子などの粒子に組み込まれてもよい。微粒子は、噴霧乾燥によって製造し得るが、それはまた、凍結乾燥、蒸発、流動床乾燥、真空乾燥、またはこれらの技術の組み合わせをはじめとする、その他の方法によって製造してもよい。
一実施形態では、本発明は、様々な浸透促進剤を用いて、核酸、特にiRNAの動物皮膚への効率的な送達をもたらす。ほとんどの薬剤は、イオン化および非イオン化形態の双方で、溶液中に存在する。しかし通常、脂質可溶性または親油性薬剤のみが、細胞膜を容易に通過する。通過する膜が浸透促進剤で処理されれば、非親油性薬剤でさえも細胞膜を通過し得ることが発見されている。細胞膜横切る非親油性薬剤の拡散を助けるのに加えて、浸透促進剤はまた、親油性薬剤の透過性を高める。
本発明の特定の組成物は、また配合中に担体化合物が組み込まれる。本明細書の用法では、「担体化合物」または「担体」は、不活性(すなわちそれ自体は生物学的活性を有しない)であるが、例えば生物学的に活性の核酸を分解し、またはその循環からの除去を促進することで、生物学的活性を有する核酸の生物学的利用能を低下させる、生体内過程によって、核酸と認識される、核酸、またはその類似体を指し得る。核酸および担体化合物の、典型的に後者の物質の過剰量での同時投与は、恐らく通常の受容体に対する担体化合物と核酸間の競合のために、肝臓、腎臓またはその他の循環外貯蔵所で回収される核酸量の実質的低下をもたらし得る。例えば肝臓組織内の部分的ホスホロチオエートdsRNAの回収は、それが、ポリイノシン酸、硫酸デキストラン、ポリシチジック(polycytidic)または4-アセトアミド-4’-イソチオシアノ-スチルベン-2,2’-ジスルホン酸と同時投与された場合に、低下し得る(Miyao et al.,DsRNA Res.Dev.,1995,5,115-121;Takakura et al.,DsRNA & Nucl.Acid Drug Dev.,1996,6,177-183。
担体化合物とは対照的に、「薬学的担体」または「賦形剤」は、1つまたは複数の核酸を動物に送達するための、薬学的に許容可能な溶媒、懸濁剤またはあらゆるその他の薬理学的に不活性なビヒクルである。賦形剤は液体または固体であり得、核酸および所与の医薬組成物のその他の成分と組み合わせた際に、所望の嵩、粘稠度などを提供するように、計画される投与様式を念頭に置いて選択される。典型的な薬学的担体としては、結合剤(例えばα化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドンまたはヒドロキシプロピルメチルセルロースなど);増量剤(例えば乳糖およびその他の糖類、微結晶セルロース、ペクチン、ゼラチン、硫酸カルシウム、エチルセルロース、ポリアクリレートまたはリン酸水素カルシウムなど);潤滑剤(例えばステアリン酸マグネシウム、滑石、シリカ、二酸化ケイ素のコロイド、ステアリン酸、ステアリン酸金属塩、水素化植物油、コーンスターチ、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウムなど);崩壊剤(例えばデンプン、デンプングリコール酸ナトリウムなど);および湿潤剤(例えばラウリル硫酸ナトリウムなど)が挙げられるが、これに限定されるものではない。
本発明の組成物は、医薬組成物中に従来法で見られるその他の補助剤成分を、技術分野で確立されたそれらの使用レベルで、さらに含有し得る。したがって例えば組成物は、例えば、止痒剤、渋味剤、局所麻酔薬または抗炎症剤などの追加的な適合性薬理的活性材料を含有することができ、または染料、着香剤、保存料、抗酸化剤、乳白剤、増粘剤、および安定剤などの本発明の組成物の様々な剤形を物理的に調合する上で有用な追加的材料を含有し得る。しかしこのような材料は、添加した場合に、本発明の組成物の成分の生物学的活性に過度に干渉すべきでない。製剤は滅菌され得て、所望ならば、製剤の核酸と有害に相互作用しない、例えば、潤滑剤、保存料、安定剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧圧力に影響を及ぼす塩、緩衝液、着色料、着香料および/または芳香族物質などなどの助剤と混合される。
本発明はまた、本発明のiRNA、および/または本発明のiRNAを含有する組成物を使用して、細胞内でSerpinc1発現を低下させおよび/または阻害する方法も提供する。その他の態様では、本発明は、細胞内でSerpinc1発現を低下させおよび/または阻害するのに使用される、本発明のiRNA、および/または本発明のiRNAを含んでなる組成物を提供する。なおも別の態様では、細胞内でSerpinc1発現を低下させおよび/または阻害する薬剤を製造(manufactuire)するための、本発明のiRNA、および/または本発明のiRNAを含んでなる組成物の使用が提供される。
試薬供給元
試薬の供給元が本明細書で具体的に示さない場合、このような試薬は、分子生物学用途の品質/純度規格の分子生物学用試薬のあらゆる供給業者から得られてもよい。
siRNAデザインを実施して、NCBI遺伝子データベース(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/)でアノテートされたヒト、アカゲザル(アカゲザル(Macacamulatta)、イヌ、マウス、およびラットSERPINC1転写物を標的にするsiRNAを同定した。デザインは、NCBIRefSeqコレクションからの以下の転写物を使用した:Human-NM_000488.2、NM_000488.3;Rhesus-NM_001104583.1;Dog-XM_856414.1;Mouse-NM_080844.4;Rat-NM_001012027.1。高度な霊長類/イヌ類/齧歯類配列多様性のために、siRNA二本鎖は、二本鎖整合ヒトおよびアカゲザル転写物のみ;ヒト、アカゲザル、およびイヌ転写物のみ;ヒト、アカゲザル,マウス、およびラット転写物のみ;およびマウスおよびラット転写物のみを含有するバッチをはじめとするが、これに限定されるものではない、いくつかの別個のバッチでデザインされた。全てのsiRNA二本鎖は、各デザインバッチ(上記)で考察された、列挙されたヒト転写物およびその他の種の転写物と100%の同一性を共有するようにデザインされた。
全ての可能な19量体の予測された特異性は、各配列から予測された。次に7ヌクレオチドよりも長い反復を欠いている、候補19量体を選択した。これらの874の候補ヒト/アカゲザル、67ヒト/アカゲザル/イヌ、103ヒト/アカゲザル/マウス/ラット、および569マウス/ラットsiRNAを、pythonスクリプト「BruteForce.py」中で実装される網羅的な「総当たり攻撃」アルゴリズムを使用する、適切なトランスクリプトーム(ヒト、アカゲザル、イヌ、マウス、またはラットNCBI Refseqセット内のNM_およびXM_recordsセットと定義される)に対する包括的検索で使用した。次にスクリプトは、転写物オリゴアラインメントを構文解析し、siRNAとあらゆる可能な「オフターゲット」転写物とのミスマッチの配置および数に基づいて、スコアを作成した。オフターゲットスコアを重み付けして、分子の5’末端から2~9位で、siRNAの「シード」領域内の違いを強調した。
合計66のセンスおよび66のアンチセンス由来ヒト/アカゲザル、6のセンスおよび6のアンチセンス由来ヒト/アカゲザル/マウス、12のヒト/アカゲザル/マウス/ラット、および21のセンスおよび21のアンチセンス由来マウス/ラットsiRNAオリゴが合成され、二本鎖に形成された。Sepinc1センスおよびアンチセンス鎖配列の詳細な一覧は、表3および4で示される。
I.一般的小規模および中規模RNA合成手順
RNAオリゴヌクレオチドは、標準固相オリゴヌクレオチド合成プロトコルに従って、市販されるウリジンの5’-O-(4,4’-ジメトキシトリチル)-2’-O-t-ブチルジメチルシリル-3’-O-(2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピル)ホスホラミダイトモノマー、4-N-アセチルシチジン、6-N-ベンゾイルアデノシン、および2-N-イソブチリルグアノシン、そして対応する2’-O-メチルおよび2’-フルオロホスホラミダイトを使用して、0.2~500μmolの規模で合成した。アミダイト溶液は、0.1~0.15Mの濃度で調製し、5-エチルチオ-1H-テトラゾール(アセトニトリル中の0.25~0.6M)を活性化剤として使用した。酸化段階のために、合成中に、ルチジン:アセトニトリル(1:1)(v;v)中の0.2Mフェニルアセチルジスルフィド(PADS)、またはピリジン中の0.1M 3-(ジメチルアミノメチレン)アミノ-3H-1,2,4-ジチアゾール-5-チオン(DDTT)を使用して、ホスホロチオエート主鎖の修飾を導入した。合成完了後、配列を固体担体から切断し、メチルアミンとそれに続くトリエチルアミン・3HFを使用して脱保護し、存在するあらゆる2’-O-t-ブチルジメチルシリル保護基を除去した。
オリゴヌクレオチド合成のための4,4’-ジメトキシトリチル(DMT)保護一級水酸基を保有するY型リンカーと、係留を通じて付着するGalNAcリガンドとが事前装填された固体担体を使用して、0.2~500μmolの規模で、GalNAcリガンドと3’末端で共役するオリゴヌクレオチドを合成した。
細胞培養および形質移入
37℃および5%CO2雰囲気内で、10%FBS、ストレプトマイシン、およびグルタミン(ATCC)が添加されたイーグル最少必須培地(ATCC)中で、Hep3B細胞(ATCC,Manassas,VA)をコンフルエンス近くまで培養した後、トリプシン処理によってプレートから遊離させた。マウス交差反応性二本鎖では、形質移入前の1時間以内にマウス初代培養肝細胞(PMH)を新鮮に単離して、初代培養肝細胞培養液中で培養した。96ウェルプレートの個々のウェル内で、各5μlのsiRNA二本鎖に、ウェルあたり14.8μlのOpti-MEMと0.2μlのLipofectamine RNAiMax(Invitrogen,Carlsbad CA;カタログ番号13778-150)を添加することで、Hep3BとPMH双方の形質移入を実施した。次に混合物を室温で15分間インキュベートした。次に約2×104個のHep3B細胞を含有する、抗生物質を含まない80μlの完全増殖培地をsiRNA混合物に添加した。細胞をRNA精製に先だって、24時間培養した。10nMおよび0.1nMの最終二本鎖濃度で単回投与実験を実施し、10nM~128pMの範囲にわたる8×5倍連続希釈を使用して、用量応答実験を実施した(図2Aおよび2Bを参照されたい)。
96ウェルプレートの各ウェル内で、95μlのIn Vitro Gro CP培地(In Vitro Technologies-Celsis,Baltimore,MD)に再懸濁した4×104の新鮮に解凍された冷凍保存カニクイザル肝実質細胞に、PBS中の5μlの各GalNac共役siRNAを合わせた。混合物を37℃および5%CO2雰囲気内で、約24時間培養した。siRNAは、100nM、10nM、および0.1nMの最終濃度で、有効自由取り込みアッセイのために試験した。
細胞を収集して150μlの溶解/結合緩衝液に溶解し、次にEppendorf Thermomixerを使用して、850rpmで5分間混合した(混合速度は、処理全体にわたり同一であった)。10μlの磁性ビーズと、80μlの溶解/結合緩衝液混合物を丸底プレートに入れて、1分間混合した。磁性スタンドを使用して磁性ビーズを捕捉し、ビーズをかき乱すことなく上清を除去した。上清を除去した後、溶解細胞を残留ビーズに入れて、5分間混合した。上清を除去した後、磁性ビーズを150μlの洗浄液緩衝液Aで2回洗浄し、1分間混合した。ビーズを再度捕捉して、上清を除去した。次にビーズを150μlの洗浄緩衝液Bで洗浄し、捕捉して上清を除去した。次にビーズを150μlの溶出緩衝液で洗浄し、捕捉して上清を除去した。最後に、ビーズを2分間乾燥させた。乾燥後、50μlの溶出緩衝液を添加して、5℃で70分間混合した。ビーズを磁石上に5分間捕捉した。40μlの上清を除去して、別の96ウェルプレートに入れた。
反応あたり、2μlの10×緩衝液、0.8μlの25×dNTPs、2μlのランダムプライマー、1μlの逆転写酵素、1μlのRNaseインヒビター、および3.2μlのH2Oのマスター混合物を10μlの全RNAに付加した。cDNAは、以下のステップを通じて、Bio-RadC-1000またはS-1000サーマルサイクラー(Hercules,CA)を使用して作成した:25℃で10分間、37℃で120分間、85℃で5秒間、および4℃で保持。
384ウェルプレートのウェルあたり、0.5μlのヒトGAPDH TaqManプローブ(Applied Biosystems;カタログ番号4326317E)、ヒト細胞では0.5μlのヒトSERPINC1 TaqManプローブ(Applied Biosystems;カタログ番号Hs00892758_m1)またはマウス細胞では0.5μlのマウスGAPDH TaqManプローブ(Applied Biosystems;カタログ番号4308313)、0.5μlのマウスSERPINC1 TaqManプローブ(Applied Biosystems;カタログ番号Mm00446573_m1);および5μlのLightcycler 480プローブマスター混合物(Roche;カタログ番号04887301001)を含有するマスター混合物に、2μlのcDNAを添加した。ΔΔCt(RQ)アッセイを使用して、ABI7900HTリアルタイムPCRシステム(Applied Biosystems)内で、リアルタイムPCRを実施した。各二本鎖は、2つの独立した形質移入で試験され、要約表で特に断りのない限り、各形質移入は複製でアッセイされた。
センスcuuAcGcuGAGuAcuucGAdTsdT-(配列番号13)
アンチセンスUCGAAGuACUcAGCGuAAGdTsdT-(配列番号14)。
表8は、リード最適化および生体内送達のために、脂質ナノ粒子(LNP)として(すなわちMC3と共に)調合された、またはGalNAcに共役された、Serpinc1を標的にする二本鎖siRNA配列の詳細な一覧である。
上述の試験管内単回投与とIC50結果に基づいて、脂質ナノ粒子(LNP)製剤のために、修飾AD-50509を選択した。AD-50509のLNP媒介送達の有効用量を判定するために、AD-50509 siRNAのLNP製剤(AF-011)の単回投与を0.003、0.01、0.03、0.1、0.3、または1.0mg/kgで、CD1マウスに静脈内注射した。動物を48時間後に殺処分し(sacrificied)、本明細書に記載されるようにして、GAPDHと比較したSerpinc1 mRNAレベル、およびSerpinc1タンパク質レベルを測定した。図3Aおよび3Bに示されるように、約0.1mg/kgのED50で、AF-011-AD-50509による85%の最大Serpinc1 mRNAサイレンシングが達成され(図3A)、約0.05mg/kgのED50で、90%の最大Serpinc1タンパク質サイレンシングが達成された(図3B)。
44本の修飾Serpinc1 siRNA二本鎖を、センス鎖の3’末端で三価のGALNAcと共役させた。これらの二本鎖を、カニクイザル肝実質細胞中における、共役二本鎖の単回投与自由取り込み効率について、アッセイした。表9は、これらのアッセイ結果を示す。
上の実施例4に記載されるように、AD-54944は、自由取り込みおよび形質移入アッセイの双方による判定で、最も活性が高いGalNAc共役siRNA二本鎖の1つであり、したがってさらなる最適化および生体内試験のために選択された。
化合物AD-54944によるSerpinc1発現および活性ノックダウンをさらに評価するために、分割投薬実験を実施した。C57BL/6マウスに、GalNAc共役AD-54944を皮下投与して、週3回のAD-54944の1/3用量の効果を,週1回のAD-54944の完全濃縮用量の効果と比較した。研究デザインの概要は、表13に示される。血清Serpinc1タンパク質レベルは、0、3、7、10、14、17、21、24、29、31、および35日目に測定した。
AD-54944の効能をさらに改善するために、AD-54944親配列をベースとして追加的な化合物を調製した。一般に修飾としては、ホスホロチオエート(phosphorothiate)結合、C16(ヘキサデシル)修飾、5’末端キャップ、および2’メチルの付加が挙げられる。3mg/mgの単回投与および10mg/kgの単回投与の双方を使用して、新しい化合物を生体内効能についてスクリーニングした。動物(C57BL/6)は、0日目に皮下注射して、3日目に殺処分した。血清Serpinc1タンパク質レベルは、ELISAアッセイによって測定した。ELISAアッセイは、Abcamから購入された抗トロンビンIIIマウスELISAキットを使用して実施した。簡単に述べると、血清を希釈(例えば約1:10,000)して、製造会社の使用説明に従って使用した。プレートは、アッセイの終了時に450nmで読み取った。
標的とされる第VIII因子の欠失を有して、血友病A表現型を再現するオスおよびメスマウス(C57BL/6/129ハイブリッド)、および対照または野生型(C57BL/6メス)マウスに、GalNAcに共役した化合物AD-57213の単回投与を30mg/kg、10mg/kg、3mg/kg、または1mg/kgで0日目に皮下注射し、 動物を3日目に殺処分して、Serpinc1活性を上述したように測定した。図13は、AD-57213の単回投与が、Serpinc1活性を効果的にノックダウンするだけでなく、AD-57213に対する用量応答があることを示す。
血友病Aマウス(B6;129S4-F8tm1/Kaz/J;Jackson Labs)における、抗トロンビンサイレンシング持続期間を評価するために、GalNAc共役AD-57213の単回投与に続いて、マウスに化合物AD-57214、AD-57205、またはAD-57213またはPBSを皮下注射した。全血を眼窩後方採取して、Serpinc1 mRNAレベルおよびSerpinc1活性についてアッセイした。3、7、10、14、17、21、28、および36日目における、Serpinc1活性のPBSからのノックダウン百分率としての、10mg/kg、3mg/kg、または1mg/kgで投与された化合物AD-57213の単回投与スクリーニング結果は、図14に描写される。図16は、3、7、10、14、17、21、および25日目における、Serpinc1活性のPBSからのノックダウン百分率としての、図に示される用量で投与された化合物AD-57213、AD-57205、およびAD-57214の単回投与スクリーニング結果を示す。
化合物AD-57213によるSerpinc1発現および活性ノックダウンをさらに評価するために、分割投薬実験を実施した。C57BL/6マウスに、GalNAc共役AD-57213を皮下投与して、週3回のAD-57213の1/3用量の効果を,週1回のAD-57213の完全濃縮用量の効果と比較した。研究デザインの概要は、表16に示される。血清Serpinc1タンパク質レベルが測定された。
化合物AD-57213を表17で概説されるように、非ヒト霊長類中の効能について、試験した。血清Serpinc1タンパク質レベルは、14、8、4日前に、1日目は投薬4時間後に、そして2、4、8、11、15、22、29、37、44、51、および58日後に測定した。
化合物AD-57213を非ヒト霊長類中の効能について試験した。カニクイザルに、下の表18で概説されるように化合物AD-57213を投与した。AD-57213の投与後、様々な時点で血漿を採取して、ELISAによって抗トロンビンタンパク質(Serpinc1)レベルについて分析した。
反復投与プロトコルによって、非ヒト霊長類において、化合物AD-57213を効能について試験し、化合物の累積効果を評価した。カニクイザルに、2ヶ月間にわたる0.5mg/kgq1w;1mg/kg q2w(隔週)、および6週間にわたる1.5mg/kgq1w;3mg/kg q2wで、化合物AD-57213を投与した。図27で図示されるように、血清を様々な時点で採取し、ELISAによって抗トロンビンタンパク質レベル(SerpinC1)について分析した。抗トロンビンレベルは、3回の投与前測定の平均と比較して表された。
血友病動物は、トロンビン生成能が低く、安定した血餅を形成できない。これらの動物中の抗トロンビンタンパク質の低下は、止血の再バランスと内在性トロンビン生成能の増大を助けて、血餅形成ができるようにするはずである。生体内画像診断を伴う微小血管レーザー傷害モデルにおいて、血友病Aおよび血友病Bマウス中で、この仮説を試験した。マウスに化合物AD-57213を注射して、処置後10日目に傷害を誘発した。傷害部位の血小板およびフィブリン蓄積を視覚化し、記録して定量化した。図28Aは、レーザー外科手術後の経時的な血小板蓄積(accululation)中央値を示し、図28Bは、レーザー外科手術後の経時的な全ての被害的損傷からのフィブリン値の中央値を示す。図28Aおよび28Bによって実証されるように、1mg/kgまたは30mg/kgで注射された化合物AD-57213は、損傷の100%で、血餅形成に至る血小板およびフィブリン沈着をもたらした。表19は、HAおよびHB動物を用いた別個の2回の実験からの結果を要約する。
化合物AD-55029(非結合)およびAD-57213(GalNAcに共役する)を脂質核酸粒子(Af-11)に調合し、これらのLNP調合化合物を0.03mg/kg、0.1mg/kg、および0.3mg/kg用量で野生型動物に投与した。対照として、ルシフェラーゼ(AF11-1955)を使用した。
siRNAデザイン
GenBank受入番号NM_000488.3に記載されるヒトSERPINC1 mRNA配列を使用して、センスおよびアンチセンス鎖の双方が19ヌクレオチド長のSiRNA二本鎖をデザインした。1599ヌクレオチド転写物全体にわたって7ヌクレオチドより長い反復を含有しない、1581本の二本鎖を最初に同定した。次に、各二本鎖位置でヌクレオチド対を評価する線形モデル、およびスクリーニングで使用される用量および細胞系に従って、1581本の全ての二本鎖を予測効能について点数化した。二本鎖はまた、カスタム総当たりアルゴリズムを使用してヒトRefSeqコレクション中の全ての転写物に対して整合させ、SERPINC1以外の転写物に対するミスマッチ(鎖あたり)の最小数について点数化した。次に以下のスキームに従って、合成およびスクリーニングする二本鎖を1581本から選択した。転写物の5’末端から開始して、各10±2ヌクレオチド「ウィンドウ」内で、
1)最大予測効能を有し、
2)SERPINC1以外の全ての転写物に対する、少なくとも1つのミスマッチを双方の鎖に有し、
3)その他の二本鎖セットの一部として、既に合成およびスクリーニングされていない
二本鎖を選択した。
37℃および5%CO2雰囲気内で、10%FBS、ストレプトマイシン、およびグルタミン(ATCC)が添加されたイーグル最少必須培地(ATCC)中で、HepG2細胞(ATCC,Manassas,VA)をコンフルエンス近くまで培養した後、トリプシン処理によってプレートから遊離させた。96ウェルプレートの個々のウェル内で、各4μlの164本のsiRNA二本鎖に、ウェルあたり14.8μlのOpti-MEMと0.2μlのLipofectamine RNAiMax(Invitrogen,Carlsbad CA;カタログ番号13778-150)を添加することで、形質移入を実施した。次に混合物を室温で15分間インキュベートした。次に約2.5×104個のHepG2細胞を含有する、抗生物質を含まない80μlの完全増殖培地をsiRNA混合物に添加した。細胞をRNA精製に先だって、24時間培養した。実験は20nMで実施され、未感作細胞と、AD-1955で形質移入された細胞と、陰性対照としてのルシフェラーゼを標的にするsiRNAとが含まれた。
細胞を収集して150μlの溶解/結合緩衝液に溶解し、次にプラットフォーム振盪機上で、700rpmで5分間混合した(混合速度は処理全体にわたり同一であった)。10マイクロリットルの磁性ビーズと80μlの溶解/結合緩衝液混合物を丸底プレートに入れて、1分間混合した。磁性スタンドを使用して磁性ビーズを捕捉し、ビーズをかき乱すことなく上清を除去した。上清を除去した後、溶解細胞を残留ビーズに入れて、5分間混合した。上清を除去した後、磁性ビーズを150μlの洗浄緩衝液Aで2回洗浄して、1分間混合した。ビーズを再度捕捉して、上清を除去した。次にビーズを150μlの洗浄緩衝液Bで洗浄し、捕捉して上清を除去した。次にビーズを150μlの溶出緩衝液で洗浄し、捕捉して上清を除去した。ビーズを2分間乾燥させた。乾燥後、50μlの溶出緩衝液を添加して、5℃で70分間混合した。ビーズを磁石上に5分間捕捉した。単離RNAを含有する(containg)40μlの上清を取り出して、別の96ウェルプレートに入れた。
反応あたり、2μlの10×緩衝液、0.8μlの25×dNTP、2μlのランダムプライマー、1μlの逆転写酵素、1μlのRNase阻害剤、および3.2μlのH2Oのマスターミックスを10μlの全RNAに添加した。cDNAは、以下のステップを通じて、Bio-RadC-1000またはS-1000サーマルサイクラー(Hercules,CA)を使用して作成した:25℃で10分間、37℃で120分間、85℃で5秒間、4℃で保持。
384ウェルプレート(Roche;カタログ番号04887301001)中のウェルあたり、0.5μlのヒトGAPDH TaqManプローブ(Applied Biosystems;カタログ番号4326317E)、0.5μlヒトSERPINC1 TaqManプローブ(Applied Biosystems;カタログ番号Hs00892758_m1)、および5μlのLightcycler 480プローブマスター混合物(Roche;カタログ番号04887301001)を含有するマスター混合物に、2μlのcDNAを添加した。LC480リアルタイムPCR装置(Roche)内で、リアルタイムPCRを実施した。
Claims (26)
- センス鎖、アンチセンス鎖、およびリガンドを含む二本鎖リボ核酸(dsRNA)分子であって、ここで前記センス鎖のヌクレオチド配列が、5’-GfsgsUfuAfaCfaCfCfAfuUfuAfcUfuCfaAf-3’(配列番号941)からなり、かつ前記アンチセンス鎖のヌクレオチド配列が、配列5’-usUfsgAfaGfuAfaAfuggUfgUfuAfaCfcsasg-3’(配列番号960)からなり、a、g、cおよびuがそれぞれ2’-O-メチル(2’-OMe)A、G、C、およびUであり;Af、Gf、CfおよびUfがそれぞれ2’-フルオロA、G、C、およびUであり;およびsがホスホロチオエート結合であり、リガンドが概略図
ここでXはOである、
で示されるように前記センス鎖の3’末端に共役される、dsRNA分子。 - dsRNA分子が遊離酸の形態である、請求項1に記載のdsRNA分子。
- dsRNA分子が塩の形態である、請求項1に記載のdsRNA分子。
- 請求項1に記載のdsRNA分子を含む医薬組成物。
- リン酸緩衝食塩水(PBS)を含む、請求項4に記載の医薬組成物。
- インヒビターを有するか、またはインヒビターを有しない血友病Aまたは血友病Bの患者における出血症状の頻度の予防または減少させるための予防における使用のための、請求項1に記載のdsRNA分子を含む、医薬組成物。
- リン酸緩衝食塩水(PBS)を含む、請求項6に記載の医薬組成物。
- 出血を予防する、請求項6または7に記載の医薬組成物。
- 前記患者がインヒビターを有する血友病A患者である、請求項6-8のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 前記患者がインヒビターを有しない血友病A患者である、請求項6-8のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 前記患者がインヒビターを有する血友病B患者である、請求項6-8のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- 前記患者がインヒビターを有しない血友病B患者である、請求項6-8のいずれか一項に記載の医薬組成物。
- インヒビターを有するか、またはインヒビターを有しない血友病Aまたは血友病Bの患者における出血症状の頻度の予防または減少させるための予防のための医薬の製造における、請求項1に記載のdsRNA分子の使用。
- 前記医薬がリン酸緩衝食塩水(PBS)を含む、請求項13に記載の使用。
- 前記医薬が出血を予防する、請求項13または14に記載の使用。
- 前記患者がインヒビターを有する血友病A患者である、請求項13-15のいずれか一項に記載の使用。
- 前記患者がインヒビターを有しない血友病A患者である、請求項13-15のいずれか一項に記載の使用。
- 前記患者がインヒビターを有する血友病B患者である、請求項13-15のいずれか一項に記載の使用。
- 前記患者がインヒビターを有しない血友病B患者である、請求項13-15のいずれか一項に記載の使用。
- インヒビターを有するか、またはインヒビターを有しない血友病Aまたは血友病Bの患者における出血症状の頻度の予防または減少させるための予防における使用のための、請求項1に記載のdsRNA分子。
- 前記dsRNA分子がリン酸緩衝食塩水(PBS)にある、請求項20に記載のdsRNA分子。
- 前記dsRNA分子が出血を予防する、請求項20または21に記載のdsRNA分子。
- 前記患者がインヒビターを有する血友病A患者である、請求項20-22のいずれか一項に記載のdsRNA分子。
- 前記患者がインヒビターを有しない血友病A患者である、請求項20-22のいずれか一項に記載のdsRNA分子。
- 前記患者がインヒビターを有する血友病B患者である、請求項20-22のいずれか一項に記載のdsRNA分子。
- 前記患者がインヒビターを有しない血友病B患者である、請求項20-22のいずれか一項に記載のdsRNA分子。
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