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JP7591503B2 - リファマイシンアナログおよびその抗体薬物コンジュゲート - Google Patents
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JP7591503B2 - リファマイシンアナログおよびその抗体薬物コンジュゲート - Google Patents

リファマイシンアナログおよびその抗体薬物コンジュゲート Download PDF

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Description

関連出願への相互参照
本出願は、２０１８年１２月２１日出願の米国仮特許出願第６２／７８３，５０６号、および２０１９年５月８日出願の第６２／８４４，８６０号に基づく優先権を主張するものであり、これらの内容はその全体を参照することで本明細書に引用される。
開示の分野
本開示は、細菌増殖を阻害し細菌感染を阻害することが可能なリファマイシンアナログ化合物およびその医薬組成物のほか、リファマイシンアナログ化合物と抗体、例えば感染症関連標的に特異的な抗体との抗体薬物コンジュゲート、およびそれらの使用方法に関するものである。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、参照により本明細書で引用される配列表を含んでいる。２０１９年１２月１９日作成のＡＳＣＩＩのコピーは、ファイル名２５０２９８＿０００１４５＿ＳＬ．ＴＸＴであり、４０９，３１０バイトのサイズである。
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）は、ファーミキューテスの員であるグラム陽性丸型細菌であるとともに身体の微生物相によくみられる員であり、上気道および皮膚に見られることが多い。カタラーゼおよび硝酸還元に対し陽性であることが多く、酸素を必要とすることなく増殖可能な通性嫌気性生物である。黄色ブドウ球菌は通常、ヒト微生物相の共生動物として作用するとともに日和見病原体になる場合もあり、この病原体は、膿瘍を含む皮膚感染症、副鼻腔炎などの呼吸器感染症、および食中毒の共通原因である。病原性株は、強力なタンパク質毒素などの毒性因子の産生、および抗体に結合して不活性化させる細胞表面タンパク質の発現により感染症を促進することが多い。
ヒト集団の推計２０～３０％が黄色ブドウ球菌の長期保因者であり、鼻孔内の正常な皮膚フローラの一部として、かつ女性の下部生殖管の常在菌として見られることがある。黄色ブドウ球菌は、ざ瘡、膿痂疹、おでき、蜂巣炎、毛包炎、癰、熱傷様皮膚症候群、膿瘍などの軽度皮膚感染から、肺炎、髄膜炎、骨髄炎心内膜炎、毒素性ショック症候群、菌血症、敗血症などの生死にかかわる疾患まで、広範な病気を引き起こす場合がある。黄色ブドウ球菌は依然として５つの院内感染症原因の１つであり、術後の創傷感染症の原因であることが多い。毎年、米国の病院で約５００，０００名の患者が、主に黄色ブドウ球菌によるブドウ球菌感染症に感染している。米国では毎年最大５０，０００名が死亡しており、黄色ブドウ球菌感染症と関連付けられている。Ｓｃｈｌｅｃｈｔ ＬＭ ｅｔ ａｌ，２０１５，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，１６１，１，１６８－１８１。多くの研究開発が行われているにもかかわらず、黄色ブドウ球菌用ワクチンは現時点で承認されていない。
かつて、黄色ブドウ球菌感染症に対する処置の選択肢はペニシリンであった。１９４３年にペニシリンが初めて導入されたとき、黄色ブドウ球菌に抗生物質耐性はあまり見られなかった。１９５０年までに院内黄色ブドウ球菌分離菌の４０％にペニシリン耐性がみられ、１９６０年までに８０％に上昇した。Ｃｈａｍｂｅｒｓ ＨＦ，２００１，Ｅｍｅｒｇｉｎｇ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，７，２，１７８－８２。現在、黄色ブドウ球菌は、よく使用される多くの抗生物質に対し耐性を示すようになった。
メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）などの黄色ブドウ球菌の抗生物質耐性菌株の出現は、臨床医学における世界的課題である。ＭＲＳＡ株の多くは病院などの機関に関連して見られる事が多いが、市中感染症でも次第に普及している傾向にある。ＭＲＳＡは、大半のβ－ラクタム抗生物質に耐性を示す黄色ブドウ球菌における多くの恐ろしい菌株の１つである。院内環境と市中環境両方でのＭＲＳＡ感染症はよく、クリンダマイシン（リンコサミン）およびコトリモキサゾール（トリメトプリム／スルファメトキサゾールとしてもよく知られている）などの非βラクタム抗生物質で処置される。これら抗生物質への耐性により、経口薬物としての有効性に起因してリネゾリドなどの新たな広域スペクトルの抗グラム陽性抗生物質も使用されるようになった。ＭＲＳＡによる重篤な侵襲的感染症の第１線処置は現在、グリコペプチド抗生物質（バンコマイシンおよびテイコプラニン）である。これら抗生物質には多くの問題が生じており、静脈内投与（経口調製物は利用不能）、毒性、および血液検査で薬物濃度を規則的にモニタリングする必要性などが存在する。さらにグリコペプチド抗生物質は、感染組織へとあまり十分に浸透しない（このことは特に、脳および髄膜の感染症、ならびに心内膜炎で懸念されている）。このため、全体的に、具体的には細胞内黄色ブドウ球菌感染症の対処において、黄色ブドウ球菌に対する新規な抗生物質処置の必要性が依然として満たされていない。
アンサマイシン抗生物質ファミリーのサブクラスであるリファマイシンは、細菌Ａｍｙｃｏｌａｔｏｐｓｉｓ ｒｉｆａｍｙｃｉｎｉｃａにより自然に、または人為的に合成される抗生物質の群である。リファマイシンは特にマイコバクテリウムに対し有効であるため、結核、ハンセン病、およびマイコバクテリウム・アビウムコンプレックス（ＭＡＣ）感染症の処置に使用される。リファマイシン群には、「古典的」なリファマイシン薬物のほか、リファマイシンアナログリファンピシン（すなわちリファンピン）、リファブチン、リファブチン、リファペンチン、リファラジル、およびリファキシミンも含まれる。商標名Ａｅｍｃｏｌｏで販売されているリファマイシンＳＶは、一部状況での旅行者の下痢の処置を対象としてＦＤＡの承認を受けている。
リファマイシンクラス抗生物質は、細菌ＲＮＡポリメラーゼ（ＲＮＡＰ）を阻害し、黄色ブドウ球菌に対して強力な活性がある。しかし、このクラスの抗生物質による単独療法は、処置中に耐性集団の選択を生じさせかねない。それゆえ、リファマイシン抗生物質は、人工装具または外部デバイスに関与する感染症によく見られる結果を改善するための第１線抗生物質と併用することができる。
マクロファージスカベンジャー受容体１（ＭＳＲ１）は、単回通過型三量体ＩＩ型膜貫通糖タンパク質パターン認識受容体であり、これにより、修飾された低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）（Ｋｒｉｅｇｅｒ，Ｍ．１９９４．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６３：６０１－６３７；Ｐｌａｔｔ，Ｎ．ａｎｄ Ｓ．Ｇｏｒｄｏｎ．２００１．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．１０８（５）：６４９－６５４）、およびウシ血清アルブミンの高度糖化最終産物（ＡＧＥ－ＢＳＡ）（Ｓｍｅｄｓｒｏｄ ｅｔ ａｌ．１９９７．Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．３２２（Ｐｔ ２）：５６７－５７３．）を含む、一連の負に荷電された／ポリアニオン性リガンドの取り込みが媒介される。ＭＳＲ１受容体は、アテローム動脈硬化症、アルツハイマー病、および宿主防御を含む多くのマクロファージ関連性の生理的および病理学的プロセスに関与している。
ＭＳＲ１発現は本来、マクロファージに特異的と考慮されていた。しかし近年では、異なるクラスの樹状細胞上に存在することが実証されている（Ｈｅｒｂｅｒ ｅｔ ａｌ．２０１０．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．１６（８）：８８０－８８６）。加えて、ＭＳＲ１は、内皮細胞および平滑筋細胞に発現されると考えられている。ＭＳＲ１は被覆小窩を介して細胞表面に内部移行され、そのリガンドを酸性ｐＨで放出してから、トランスゴルジ装置から細胞表面に戻って再利用される（Ｄｏｉ ｅｔ ａｌ．１９９４．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ；Ｍｏｒｉ，Ｔ．１９９４．Ｌａｂ Ｉｎｖｅｓｔ．）。これにより単球誘導性マクロファージから泡沫細胞への変換が促進される。この変換はアテローム性動脈硬化症進行において重要な工程である。
黄色ブドウ球菌は、マクロファージおよび他の細胞型による食作用から生存可能な通性細胞内細菌である（Ｈｏｒｎ ｅｔ ａｌ．２０１８．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３０８（６）：６０７－６２４；Ｊｕｂｒａｉｌ ｅｔ ａｌ．２０１６．Ｃｅｌｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１８（１）：８０－９６；Ｍｉｔｃｈｅｌｌ ｅｔ ａｌ．２０１６．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｓｐｅｃｔｒ．４（３））。生体内撮像では、マクロファージはリザーバとして機能可能であることが実証され、ここで黄色ブドウ球菌は複製され、感染中に他の期間に蒔かれる（Ｓｕｒｅｗａａｒｄ ｅｔ ａｌ．２０１６．Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．２１３（７）：１１４１－５１）。大半の抗生物質は、マクロファージを含む細胞に十分に浸透せず、このことから、細胞内黄色ブドウ球菌リザーバは標準治療抗生物質による処置を回避する場合があると示唆される（Ｌｅｈａｒ ｅｔ ａｌ．２０１５．Ｎａｔｕｒｅ．５２７（７５７８）：３２３－８）。しかし、バンコマイシンのリポソーム製剤により、標準治療バンコマイシンに比べてより効率的に、抗生物質のマクロファージへの浸透が向上し、黄色ブドウ球菌の器官負荷が減少した（Ｓｕｒｅｗａａｒｄ ｅｔ ａｌ．２０１６．Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．２１３（７）：１１４１－５１）。まとめてこれらのデータより、マクロファージへの抗生物質送達は細胞内黄色ブドウ球菌リザーバを排除するのに有効な方法かもしれないことを認める。
タイコ酸は、黄色ブドウ球菌を含む大半のグラム陽性菌の細胞壁内にある多くのグリカン結合タンパク質に見られる、リン酸塩に富んだ分子である。タイコ酸のほか、他の多くの糖タンパク質も、細胞膜を安定させるだけでなく他の分子が結合する多くの部位をもたらす細菌の周囲に、複数のペプチドグリカンシースからなる厚い層を形成する。壁タイコ酸（Ｗａｌｌ ｔｅｉｃｈｏｉｃ ａｃｉｄｓ）（「ＷＴＡ」）はタイコ酸の一種であり、ペプチドグリカンに共有結合されるとともに細胞壁を通り抜けて伸長している。ＷＴＡは、グリカン結合タンパク質にある細胞壁質量全体の６０％も占めている場合がある。その結果ＷＴＡは、黄色ブドウ球菌を含むグラム陽性菌に対して高度に発現された細胞表面抗原を示す。
黄色ブドウ球菌はさらに、黄色ブドウ球菌プロテインＡ（ＳｐＡ）、ポリサッカリドポリＮ－アセチルグルコサミン（ＰＮＡＧ）、鉄調節表面決定因子タンパク質ＩｓｄＡ、ＩｓｄＢ、ＩｓｄＣ、ＩｓｄＥ、ＩｓｄＨ、クランピング因子タンパク質ＣｌｆＡ、ＣｌｆＢ、莢膜多糖（ＣＰ）５型、ＣＰ８、セリン－アスパラギン酸反復タンパク質ＳｄｒＣ、ＳｄｒＤ、ＳｄｒＥ、フィブロネクチン結合プロテインＡとＢ（ＦｎＢｐＡ、ＦｎＢｐＢ）、Ｃｎａ（コラーゲン結合タンパク質）、およびＳａｓＧ（黄色ブドウ球菌表面タンパク質Ｇ）を含む、多数の表面決定因子抗原を発現する。これら表面抗原は、宿主組織のコロニー形成、宿主免疫応答の回避、および細菌の適合性において役割を果たす。
ゆえに、リファマイシンアナログを含むＡＤＣを開発することで、マクロファージ細胞内部でのリファマイシンアナログの標的特異的送達、またはリファマイシンアナログの細菌表面上への固定が可能となる。さらに、このようなＡＤＣにより、例えば細菌耐性標的に対する活性の改善、バイオアベイラビリティの改善、および治療域の改善が生じることもある。そのため、リファマイシンアナログの抗体薬物コンジュゲートを用いる抗生物質耐性菌の有効な処置が依然として必要とされている。
ゆえに、抗生物質耐性黄色ブドウ球菌株を含む抗生物質耐性菌の増殖に関する問題に対処するために、リファマイシンの有効なアナログを開発する必要性は依然として満たされていない。ＭＳＲ１抗体は、このような化合物の全身投与から生じる望まれない副作用を最小限にするとともに、これらの化合物のマクロファージ細胞への内部移行を補助するために、リファマイシンのアナログなどの治療分子の特異的な標的化を行う手段を提供する場合がある。代替的に、細胞表面抗原を標的とする抗体（例えばＷＴＡ、プロテインＡ）へのコンジュゲーションにより、リファマイシンアナログの治療効果が改善する場合がある。
前述の議論は単に、当該技術分野で直面する課題の性質をより良く理解してもらうために提示したものであり、先行技術として認められるように解釈されるものでなく、本明細書中の引用文献に対する引用が、これら文献が本出願に対する「先行技術」を構築することを容認するものとしても解釈されるべきではない。
本明細書で論じられるように、全体的に細菌感染症、特に黄色ブドウ球菌感染症に対する有効な処置を開発する必要性が存在する。本開示は、新たなリファマイシンアナログ化合物、その中間体、および前駆体、抗体薬物コンジュゲート、医薬組成物、ならびにこのような化合物と医薬組成物を用いた処置方法を提供することで、これらおよび他の必要性を検討するものである。
様々な非限定的な態様と実施形態を下記に述べる。
一態様では、本開示は、式（Ａ）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、もしくはその中間体あるいは前駆体、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
ＺａとＺｂは独立して、水素、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－ＯＲ１、および－ＲＮから選択され、但しこの場合、ＺａまたはＺｂのうち少なくとも１つは水素ではなく、ここで、
Ｒ１は、水素、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊，－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、フルオレニルメチルオキシカルボニル（ＦＭＯＣ）とｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ）から選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、および－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一態様では、本開示は、式（Ｉ）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一態様では、本開示は、式（Ｉ’）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ，－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
式（Ａ）、（Ｉ）、または（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１は脂肪族Ｃ１－Ｃ３炭化水素であり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素である。
式（Ａ）、（Ｉ）、または（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１はベンジル基であり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素であり、Ｒｂは水素である。
式（Ａ）、（Ｉ）、または（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１は、ＯおよびＮから選択される１～８のヘテロ原子を含む脂肪族Ｃ１－Ｃ８炭化水素であり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素であり、Ｒｂは水素である。
式（Ａ）、（Ｉ）、または（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１は、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２のうち１つ以上で置換される脂肪族Ｃ１－Ｃ８炭化水素であり、Ｒ＊は水素または脂肪族Ｃ１－Ｃ３炭化水素であり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素であり、Ｒｂは水素である。
式（Ａ）、（Ｉ）、または（Ｉ’）の化合物のいくつかの実施形態では、Ｘは－ＮＣＨ３－であり、Ｒ１は－ＯＨであり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素であり、Ｒｂは水素である。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＩ）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒａは、水素、－Ｃｌ、および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＩ’）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＩＩ）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ５は、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ５は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ５はｎ－ブチル基ではなく、
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、ならびに
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成する。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＩＩ’）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ５は、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ５は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ５はｎ－ブチル基ではなく、
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、ならびに
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成する。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＶ）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ５は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ５は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＶ’）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ５は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ５は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（Ｖ）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ６は、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ６は、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ６はｎ－ブチル基ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（Ｖ’）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ６は、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ６は、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ６はｎ－ブチル基ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、
Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、式（Ｂ）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、もしくはその中間体あるいは前駆体、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、水素、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、フルオレニルメチルオキシカルボニル（ＦＭＯＣ）とｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ）から選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、および－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、式（Ｂ－１）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、式（Ｂ－２）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成する。
別の態様では、本開示は、式（Ｂ－２）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
ＲＮは
であり、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’とＲ”は、水素とＣ１－Ｃ６脂肪族炭化水素から選択される。
一実施形態では、リファマイシンアナログ化合物は以下の式にかかる構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有する。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１がＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択される化合物が提供され、それらの各々はさらに、ＯおよびＮから選択される０～３のヘテロ原子を含み、ここでＲ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、Ｃ１－３アルコキシド、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、Ｘが－Ｏ－であるときＲ１は水素ではない。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１が脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素と芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素との組み合わせである化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１が脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素と複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素との組み合わせである化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１が以下から選択される化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１が、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、または－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊のうち１つ以上で置換される脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素である化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１が、－ＮＨ－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３または－Ｎ（ＣＨ３）－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３で置換される脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素である化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒａが水素である化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒａが－ＯＨである化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒａが－Ｃｌである化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒａが－ＯＲ＊であり、Ｒ＊が脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択される化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、ＲＮが以下から選択される化合物が提供され、
式中、記号
は結合点を表し、ならびにＲ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成する。
前述の式のいずれかの実施形態では、ＲＮが以下から選択される化合物が提供され、
式中、Ｒ’は、水素、脂肪族炭化水素、または保護基であり、ここで記号
は結合点を表す。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ＊が独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ６炭化水素、芳香族Ｃ４－Ｃ６炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択される化合物が提供され、それらは随意に、Ｏ、Ｎ、およびそれらの組み合わせから選択される１～３のヘテロ原子を含む。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、以下からなる群から選択される構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有する。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、以下からなる群から選択される構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有する。
一態様では、本開示は、式（Ｖ）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ６は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、前記方法は、
（ａ）以下の構造を有するリファマイシンＳ
と式（ＶＩ）の構造を有する化合物とを接触させる工程であって、
式中、Ｘ’は－ＯＨと－ＮＨＲ＊から選択される、工程と、
（ｂ）工程（ａ）の生成物を酸化剤で処理する工程と
を含む。
一態様では、本開示は、式（Ｖ’）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ６は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、前記方法は、
（ａ）以下の構造を有するリファマイシンＳ
と式（ＶＩ’）の構造を有する化合物とを接触させる工程であって、
式中、Ｘ’は－ＯＨと－ＮＨＲ＊から選択される、工程と、
（ｂ）工程（ａ）の生成物を酸化剤で処理する工程と
を含む。
一態様では、本開示は、以下の構造を有する化合物を製造する方法を提供し、
該方法は、
（ａ）リファマイシンＳと式（ＶＩＩ）の構造を有する化合物とを接触させる工程であって、
式中、ＰＧは保護基である、工程と、
（ｂ）工程（ａ）の生成物を酸化剤で処理する工程と、
（ｃ）前記保護基ＰＧを取り除く工程と
を含む。
一実施形態では、前記式（ＶＩＩ）の化合物は、前記保護基ＰＧ’を式（ＶＩＩＩ）の化合物から取り除くことにより調製され、
式中、保護基ＰＧとＰＧ’は互いに同じまたは異なるものでもよい。
一実施形態では、前記式（ＶＩＩＩ）の化合物は、式（ＩＸ）の化合物
と式（Ｘ）の化合物とを接触させることにより調製され、
式中、保護基ＰＧとＰＧ’は互いに同じまたは異なるものでもよい。
一態様では、本開示は、式（ＸＩ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ｒ６は、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、Ｒ６は、－Ｆ－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、前記方法は、式（ＸＩＩ）の構造を有する化合物
と構造Ｒ６－ＯＨを有するアルコールとを接触させる工程を含む。
一態様では、本開示は、式（ＸＩＩＩ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ａは、単結合（Ａは存在しない）または脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、
Ｒｃｙは、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせをさらに含むＣ３－Ｃ１４脂環式炭化水素であり、ここでＲｃｙは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、
前記方法は、式（ＸＩＩ）の構造を有する化合物
と構造Ｒｃｙ－Ａ－ＯＨを有するアルコールとを接触させる工程を含む。
一態様では、本開示は、式（ＸＩＩＩ’）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ａは、単結合（Ａは存在しない）または脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、
Ｒｃｙは、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含むＣ３－Ｃ１４脂環式炭化水素であり、ここでＲｃｙは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、
前記方法は、式（ＸＩＩ）の構造を有する化合物
と構造Ｒｃｙ－Ａ－ＯＨを有するアルコールとを接触させる工程を含む。
一態様では、本開示は、式（ＸＩＶ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ｙはそれぞれ存在するときに、－Ｏ－と－ＮＲ’Ｒ”－から選択され、ｎは独立して、それぞれ存在するときに１～６の整数であり、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は各々独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、
前記方法は、式（ＸＩＶ）の構造を有する化合物
と構造Ｒ”Ｒ’Ｎ－Ｙ－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ－（ＣＨ２）ｎ－ＯＨを有するアルコールとを接触させる工程を含む。
一態様では、本開示は、式（ＸＩＶ’）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ｙはそれぞれ存在するときに、－Ｏ－と－ＮＲ’Ｒ”－から選択され、ｎは独立して、それぞれ存在するときに１～６の整数であり、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は各々独立して、水素と脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、
前記方法は、式（ＸＩＩ’）の構造を有する化合物
と構造Ｒ”Ｒ’Ｎ－Ｙ－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ－（ＣＨ２）ｎ－ＯＨを有するアルコールとを接触させる工程を含む。
一実施形態では、前記式（ＸＩＩ）の化合物は、リファマイシンＳと２－アミノ－５－ブロモフェノールとを接触させ、これにより生じた生成物を酸化剤で処理することにより調製される。
一実施形態では、前記式（ＸＩＩ’）の化合物は、リファマイシンＳと２－アミノ－４－ブロモフェノールとを接触させ、これにより生じた生成物を酸化剤で処理することにより調製される。
一態様では、本開示は、上述のような化合物またはその薬学的に許容可能な塩のうち１つ以上と、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物を提供する。
別の態様では、本開示は、上述のような化合物あるいはその薬学的に許容可能な塩のうち１つ以上、または上述のような医薬組成物を含む、医薬品剤形を提供する。
別の態様では、本開示は、細菌増殖を予防または阻害する方法を提供し、該方法は、式（Ａ）、（Ｂ）、（Ｉ）、（Ｉ’）、（ＩＩ）、（ＩＩ’）、（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ’）、（ＩＶ）、（ＩＶ’）、（Ｖ）、（Ｖ’）のいずれか１つにかかる構造を有するリファマイシンアナログ化合物を有効量で投与する工程を含む。
一実施形態では、前記細菌はグラム陽性菌である。
一実施形態では、前記細菌はペニシリン耐性菌である。
一実施形態では、前記細菌は黄色ブドウ球菌である。
一実施形態では、前記細菌はメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）である。
一実施形態では、前記細菌はバイコマイシン耐性黄色ブドウ球菌（ＶＲＳＡ）である。
一実施形態では、前記細菌はメチシリン感受性黄色ブドウ球菌（ＭＳＳＡ）である。
また別の態様では、本開示は、被験体の細菌感染症を処置する方法を提供し、該方法は、式（Ａ）、（Ｂ）、（Ｉ）、（Ｉ’）、（ＩＩ）、（ＩＩ’）、（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ’）、（ＩＶ）、（ＩＶ’）、（Ｖ）、（Ｖ’）のいずれか１つにかかる構造を有するリファマイシンアナログ化合物を有効量で前記被験体に投与する工程を含む。
一実施形態では、前記細菌感染症はグラム陽性菌感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染症はペニシリン耐性菌感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染症は黄色ブドウ球菌感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染症はメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染症はバイコマイシン耐性黄色ブドウ球菌（ＶＲＳＡ）感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染症はメチシリン感受性黄色ブドウ球菌（ＭＳＳＡ）感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染は細胞内細菌感染症である。
一実施形態では、前記被験体はヒトである。
一実施形態では、前記方法はさらに、第２の治療薬を投与する工程を含む。
一実施形態では、前記第２の治療薬は第２の抗生物質である。
一実施形態では、前記第２の抗生物質は黄色ブドウ球菌に対して有効である。
一実施形態では、前記第２の抗生物質は、アミノグリコシド、βラクタム、マクロライド、環状ペプチド、テトラサイクリン、フルオロキノリン、フルオロキノロン、およびオキサゾリジノンから選択される。
一実施形態では、前記第２の抗生物質は、クリンダマイシン、ノボビオシン、レタパムリン、ダプトマイシン、シタフロキサシン、テイコプラニン、トリクロサン、ナフチリドン、ラデゾリド、ドキソルビシン、アンピシリン、バンコマイシン、イミペネム、ドリペネム、ゲムシタビン、ダルババンシン、およびアジスロマイシンから選択される。
一実施形態では、前記化合物は、前記被験体に経口投与、局所投与、鼻内投与、静脈内投与、筋肉内投与、または皮下投与される。
別の態様では、本明細書には、抗体またはその抗原結合フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートが提供され、該抗体薬物コンジュゲートはさらにリファマイシンアナログを含む。本発明の抗体薬物コンジュゲートのいくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、感染症関連標的に結合する。本開示に有用な感染症関連標的として、マクロファージスカベンジャー受容体１（ＭＳＲ１）、壁タイコ酸（ＷＴＡ）、プロテインＡなどの黄色ブドウ球菌抗原、ＩｓｄＡ、ＩｓｄＢ、ＩｓｄＣ、ＩｓｄＥ、ＩｓｄＨ、ＣｌｆＡ、ＣｌｆＢ、ＣＰ５、ＣＰ８、ＳｄｒＣ、ＳｄｒＤ、ＳｄｒＥ、ＦｎＢｐＡ、ＦｎＢｐＢ、Ｃｎａ、ポリサッカリドポリ－Ｎ－アセチルグルコサミン（ＰＮＡＧ）、およびＳａｓＧが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
いくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントはＭＳＲ１に結合する。いくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントはＷＴＡに結合する。いくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントはプロテインＡに結合する。
別の態様では、本明細書には、抗体またはその抗原結合フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートが提供され、該抗体薬物コンジュゲートは、ＭＳＲ１として知られる膜糖タンパク質受容体に結合し、リファマイシンアナログをさらに含む。前記抗体は、とりわけＭＳＲ１を発現するマクロファージ細胞などの細胞の標的化に有用である。
別の態様では、本明細書には、抗体またはその抗原結合フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートが提供され、該抗体薬物コンジュゲートは、壁タイコ酸（ＷＴＡ）に結合し、リファマイシンアナログをさらに含む。
別の態様では、本明細書には、抗体またはその抗原結合フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートが提供され、該抗体薬物コンジュゲートは、プロテインＡに結合し、リファマイシンアナログをさらに含む。
別の態様では、抗体薬物コンジュゲートを含む医薬組成物が提供され、前記抗体薬物コンジュゲートは組換えヒト抗体またはそのフラグメントを含み、前記医薬組成物はさらに、リファマイシンアナログおよび薬学的に許容可能な担体を含む。いくつかの実施形態では、前記組換えヒト抗体またはそのフラグメントは、感染症関連標的に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、前記組換えヒト抗体またはそのフラグメントは、ＭＳＲ１、ＷＴＡ、またはプロテインＡに特異的に結合する。関連する態様では、実施形態は、本明細書に記載の抗体を含む抗体薬物コンジュゲートの組み合わせである組成物に関し、該組成物はさらに、リファマイシンアナログおよび第２の治療薬を含む。一実施形態では、前記第２の治療薬は、本明細書に記載の抗体を含む抗体薬物コンジュゲートと都合よく併用される任意の薬剤である。一実施形態では、前記第２の治療薬は、第２の薬物または治療薬にコンジュゲートされる本明細書に記載の抗体を含む抗体薬物コンジュゲートである。例示的な併用療法、共投与製剤、および抗体に関与するＡＤＣは、本明細書の他の場所で開示する。
本明細書にはさらに、リファマイシンアナログ、例えば本明細書で提供されるような式（Ａ）、（Ｂ）、（Ｉ）、（Ｉ’）、（ＩＩ）、（ＩＩ’）、（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ’）、（ＩＶ）、（ＩＶ’）、（Ｖ）、（Ｖ’）、（Ｂ－１）、（Ｂー２）の実施形態にかかる構造を有する化合物を含む反応性リンカーペイロードが提供され、該反応性リンカーペイロードは、交代を含む抗体薬物コンジュゲートの作製に有用である。本明細書にはさらに、リファマイシンアナログを含む抗体薬物コンジュゲートの作製に有用な修飾抗体および修飾抗原結合フラグメントが提供される。いくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、感染症関連標的に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、ＭＳＲ１、ＷＴＡ、またはプロテインＡに特異的に結合する。
本明細書にはさらに、抗体またはその抗原結合フラグメントとリファマイシンアナログとを含む有効量の抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）の投与を含む、細菌増殖を予防または阻害する方法が提供される。いくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、感染症関連標的に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、ＭＳＲ１、ＷＴＡ、またはプロテインＡに特異的に結合する。
本明細書にはさらに、抗体またはその抗原結合フラグメントとリファマイシンアナログとを含む有効量のＡＤＣの被験体への投与を含む治療方法が提供される。前記治療方法は、抗体またはその抗原結合フラグメントとリファマイシンアナログとを含むＡＤＣを含む医薬組成物を治療上有効な量で前記被験体に投与する工程を含む。処置される障害は、感染症関連標的の標的化、および／または抗生物質製剤の投与により改善、寛解、阻害、または予防される任意の疾患または疾病である。いくつかの実施形態では、前記疾患または疾病は、増殖性疾患、代謝疾患、炎症、神経変性疾患、または、グルココルチコイド受容体シグナル伝達に関連する疾患、障害、あるいは疾病である。このような実施形態のいくつかでは、コンジュゲートされていないリファマイシンアナログの投与に関連する副作用が低減する。本明細書には、本明細書に記載の疾患、障害、または疾病の処置のための、抗体あるいはその抗原結合フラグメント、または、抗体あるいはその抗原結合フラグメントを含むＡＤＣの使用が提供される。いくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、感染症関連標的に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、ＭＳＲ１、ＷＴＡ、またはプロテインＡに特異的に結合する。
本明細書にはさらに、ブドウ球菌感染症、例えば黄色ブドウ球菌感染症に関連する疾患、障害、または疾病を処置、および／または、前記疾患、障害、または疾病に関連する少なくとも１つの症状を寛解するための方法が提供され、該方法は、リファマイシンアナログ、または抗体あるいはその抗原結合フラグメントを含むＡＤＣの被験体への投与を含む。前記疾患、障害、または疾病は、蜂巣炎、菌血症、皮膚壊死、眼瞼感染症、眼感染症、新生児結膜炎、骨髄炎、膿痂疹、おでき、熱傷様皮膚症候群、食中毒、肺炎、外科感染症、尿路感染症、熱傷後感染症、脳膜炎、心内膜炎、敗血症、トキシックショック症候群、または敗血症性関節炎の場合がある。いくつかの実施形態では、前記被験体には人工関節があり、リファマイシンアナログまたは抗体あるいはその抗原結合フラグメントを含むＡＤＣ、および本明細書に開示されるリファマイシンアナログは、人工関節を取り囲む組織の黄色ブドウ球菌感染症を処置および／または予防するために使用される。いくつかの実施形態では、前記被験体にはカテーテルがあり、リファマイシンアナログまたは抗体あるいはその抗原結合フラグメントを含むＡＤＣ、および本明細書に開示されるリファマイシンアナログは、カテーテルおよび／または該カテーテルを取り囲む組織の黄色ブドウ球菌感染症を処置および／または予防するために使用される。いくつかの実施形態では、前記被験体には異物が埋め込まれており、リファマイシンアナログまたは抗体あるいはその抗原結合フラグメントを含むＡＤＣ、および本明細書に開示されるリファマイシンアナログは、異物および／または該異物を取り囲む組織の黄色ブドウ球菌感染症を処置および／または予防するために使用される。いくつかの実施形態では、前記被験体には乳腺炎があり、本明細書に開示される抗体は乳腺炎の処置に有用である。前記治療方法は、リファマイシンアナログ、または抗体あるいはその抗原結合フラグメントとリファマイシンアナログとを含むＡＤＣを含む医薬組成物を治療上有効な量で前記被験体に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、感染症関連標的に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、ＭＳＲ１、ＷＴＡ、またはプロテインＡに特異的に結合する。
他の態様では、本開示は、リンカーまたはリンカースペーサーにより本開示の実施形態のいずれかに記載のリファマイシンアナログ化合物にコンジュゲートされる、抗体またはその抗原結合フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートを提供する。
様々な実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、マクロファージスカベンジャー受容体１（ＭＳＲ１）に結合する。様々な実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、壁タイコ酸（ＷＴＡ）に結合する。様々な実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、黄色ブドウ球菌プロテインＡに結合する。
一実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表９に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表９に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む場合がある。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号４、３６、５２、９２、および２８４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号６、３８、５４、９４、および２８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号８、４０、５６、９６、および２８８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号１２、４４、６０、１００、および２９２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号１４、４６、６２、１０２、および２９４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号１６、４８、６４、１０４、および２９６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む場合がある。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表２Ａに記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表２Ａに記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む場合がある。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号４７０、４７６、４８２、および４８８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号４７１、４７７、４８３、および４８９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号４７２、４７８、４８４、および４９０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号４６７、４７３、４７９、および４８５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号４６８、４７４、４８０、および４８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号４６９、４７５、４８１、および４８７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む場合がある。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表２Ｂに記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表２Ｂに記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む場合がある。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号５０２、５０８、５１４、５２０、５２６、５３２、５３８、５４４、５５０、５５６、５６２、５６８、および５７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号５０３、５０９、５１５、５２１、５２７、５３３、５３９、５４５、５５１、５５７、５６３、５６９、および５７５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号５０４、５１０、５１６、５２２、５２８、５３４、５４０、５４６、５５２、５５８、５６４、５７０、５７６、および５８４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号４９９、５０５、５１１、５１７、５２３、５２９、５３５、５４１、５４７、５５３、５５９、５６５、および５７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号５００、５０６、５１２、５１８、５２４、５３０、５３６、５４２、５４８、５５４、５６０、５６６、および５７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号５０１、５０７、５１３、５１９、５２５、５３１、５３７、５４３、５４９、５５５、５６１、５６７、および５７３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む場合がある。
いくつかの実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＶ２０５Ｃ突然変異（ＥＵナンバリング）を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表３Ａに記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表３Ａに記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む場合がある。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号６３２、６５２、および６７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号６３４、６５４、および６７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号６３６、６５６、および６７６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号６４０、６６０、および６８０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号６４２および６６２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号６４４、６６４、および６８３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む場合がある。
いくつかの実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、重鎖ＦｃにＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆ突然変異（ＥＵナンバリング）を含む。
様々な実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＣ１０３Ｓ突然変異を含む。
様々な実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３にて本開示の化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、前記リンカーまたはリンカースペーサーは、以下から選択される。
別の態様では、本開示は、式（ＸＶＩＩＩ）にかかる構造を有する抗体薬物コンジュゲートを提供し、
式中、
ＢＡは抗体またはその抗原結合フラグメントであり
ＲＧは、マレイミド、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド、またはスクシンイミドから選択される反応基であり、
ＳＰは存在しないか、または、Ｃ１－６アルキル、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－（ＣＨ）２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）８－（ＣＨ）２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるスペーサー基の残基であり、ここで、独立してそれぞれ存在するときに、下付き文字ｅは０～２０の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数であり、
ＡＡは、バリン－シトルリン、シトルリン－バリン、バリン－アラニン、アラニン－バリン、バリン－グリシン、またはグリシン－バリンから選択されるリンカーであり、
Ｂは存在しないか、または、
であり、
は、以下の式にある隣接基にＢが結合する原子を示し、
ｎは１～３０の整数であり、ならびに
ＰＡは本開示の実施形態のいずれかにかかるリファマイシンアナログである。
一実施形態では、
は、
である。
一実施形態では、
は、
である。
一実施形態では、
は、
である。
式中、
は、抗体またはその抗原結合フラグメントへの結合である。一態様では、本開示は、式（ＸＩＸ）にかかる構造を有する抗体薬物コンジュゲートを提供し、
式中、
ＢＡは抗体またはその抗原結合フラグメントであり
ＲＧは、マレイミド、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド、またはスクシンイミドから選択され、
ＳＰ１とＳＰ２は独立して、存在しないか、またはＣ１－６アルキル、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－
、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＮＨ－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるスペーサー基であり、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数であり、
ＡＡは、バリン－シトルリン、シトルリン－バリン、バリン－アラニン、アラニン－バリン、バリン－グリシン、またはグリシン－バリンから選択されるリンカーであり、
ＰＥＧは、１～３０のポリエチレングリコール残基を含むポリエチレングリコール鎖であり、
Ｂは存在しないか、または、
であり、
は、以下の式にある隣接基にＢが結合する原子を示し、
ｎは１～３０の整数であり、
ｍは０～２０の整数であり、ならびに
ＰＡは本開示の実施形態のいずれかにかかるリファマイシンアナログである。
一実施形態では、
は、
である。
一態様では、本開示は、リンカーまたはリンカースペーサーを介して、式（ＸＸ）の構造を有するリファマイシンアナログペイロードにコンジュゲートされる抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、抗体薬物コンジュゲートを提供し、
式中、
Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｚａは－ＯＲ１と－ＲＮから選択され、
Ｒ１は、単結合、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、その各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、直鎖、分枝鎖、または環状の脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは独立して、それぞれ存在するときに水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、基Ｚａはリンカーに結合する。
基Ｒ１は単結合（Ｒ１は存在しない）または二価基、すなわちリファマイシンアナログの－Ｏ－のほかリンカーに結合可能なＲ１のいずれかであることを理解されたい。
一実施形態では、－ＯＲ１は－Ｏ－（Ｒ１は存在しない）、
である。
一実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、－ＯＲ１は第三級アミンを含む。このような実施形態のいくつかでは、－ＯＲ１は
である。
いくつかの実施形態では、リンカー－リファマイシンアナログペイロードを含む抗体薬物コンジュゲートは、１つ以上の対イオンを有するアンモニウム塩を含む。あらゆる薬学的に許容可能な対イオンが適切な場合がある。例えば、本開示の実施形態では、適切な対イオンは、Ｆ－、Ｃｌ－、Ｂｒ－、Ｉ－、ＯＨ－、－ＢＦ４、ＣＦ３ＳＯ３ －、一塩基硫酸、二塩基硫酸、一塩基リン酸、二塩基リン酸、三塩基リン酸、ＮＯ３ －、ＰＦ６ －、ＮＯ２ －、カルボン酸塩、ＣｅＦｆＳＯ３ －（ｅ＝２－１０、ｆ＝２ｅ＋１）、酢酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、ベシル酸塩、重炭酸塩、酒石酸水素塩、カンシル酸塩、炭酸塩、クエン酸塩、デカン酸塩、エデト酸塩、エシル酸塩、フマル酸塩、グルセプト酸塩、グルコン酸塩、グルタミン酸塩、グリコール酸塩、ｇｌｙｃｏｌｌｙａｌａｒｓａｎｉｌａｔｅ、ヘキサン酸塩、ヒドラバミン、ヒドロキシナフトエ酸塩、イセチオン酸塩、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、メチルブロミド、硝酸メチル、ムチン酸塩、ナプシル酸塩、オレイン酸塩、パモ酸塩、パントテン酸塩、ポリガラクツロ酸塩、プロピオン酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、塩基性酢酸塩、コハク酸塩、酒石酸、テオクル酸塩、トシル酸塩、またはトリエチオダイドから選択される、陽イオンでもよい。
いくつかの実施形態では、Ｒａは存在しない。いくつかの実施形態では、Ｒａは－ＯＨであり、１つの存在時に存在する。
一態様では、本開示は、リンカーまたはリンカースペーサーを介して、式（ＸＸＩ）の構造を有するリファマイシンアナログにコンジュゲートされる抗体またはその抗原結合フラグメントを提供し、
式中、
Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ５は、単結合、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子をさらに含む脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、
であり、ここで、ＹはＣまたはＮであり、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、直鎖、分枝鎖、あるいは環状の脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、ならびに
Ｒ５ｃは、単結合または脂肪族Ｃ１－Ｃ８炭化水素であり、ここで基Ｒ５はリンカーに結合する。
基Ｒ５は単結合（Ｒ５は存在しない）または二価基、すなわちリファマイシンの－Ｏ－のほかリンカーに結合可能なＲ５のいずれかであることを理解されたい。
一実施形態では、－ＯＲ５は－Ｏ－（Ｒ５は存在しない）、
である。
一実施形態では、ＸはＯであり、－ＯＲ５は第三級アミンを含む。このような実施形態のいくつかでは、－ＯＲ５は
である。
上記いずれかの一実施形態では、Ｒ２はメチル、エチル、プロピル、またはイソプロピルであり、Ｒ３は、ＣＨ３－（Ｃ＝Ｏ）－（アセチル）基、ＣＨ３ＣＨ２－（Ｃ＝Ｏ）－、ＣＨ３ＣＨ２ＣＨ２－（Ｃ＝Ｏ）－、または（ＣＨ３）２ＣＨ－（Ｃ＝Ｏ）－であり、Ｒ４は水素である。
上記いずれかの一実施形態では、Ｒ２はメチルであり、Ｒ３はアセチルであり、Ｒ４は水素である。
上記いずれかの一実施形態では、前記化合物は、以下からなる群から選択され
式中、
はリンカーへの結合である。
一態様では、本開示は、式（ＸＸＩＩ）にかかる構造を有する抗体薬物コンジュゲートを提供し、
式中、
ＢＡは抗体またはその抗原結合フラグメントであり、
Ｌはリンカーであり、
ＳＰは、以下から選択されるスペーサー基であり、
ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、フルオレニルメチルオキシカルボニル（ＦＭＯＣ）とｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ）から選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
ＹはＣまたはＮであり、
Ｒ’とＲ”は独立して、それぞれ存在するときに水素とＣ１－６アルキルから選択され、Ｘは－Ｏ－、－Ｓ－、および－ＮＲ＊から選択される。
一実施形態では、前記抗体は、抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントであり、（ａ）表９に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表９に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号４、３６、５２、９２、および２８４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号６、３８、５４、９４、および２８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号８、４０、５６、９６、および２８８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号１２、４４、６０、１００、および２９２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号１４、４６、６２、１０２、および２９４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号１６、４８、６４、１０４、および２９６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｎ２９７Ｑ突然変異を含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表２Ａに記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表２Ａに記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む場合がある。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号４７０、４７６、４８２、および４８８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号４７１、４７７、４８３、および４８９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号４７２、４７８、４８４、および４９０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号４６７、４７３、４７９、および４８５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号４６８、４７４、４８０、および４８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号４６９、４７５、４８１、および４８７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む場合がある。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表２Ｂに記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表２Ｂに記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む場合がある。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号５０２、５０８、５１４、５２０、５２６、５３２、５３８、５４４、５５０、５５６、５６２、５６８、および５７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号５０３、５０９、５１５、５２１、５２７、５３３、５３９、５４５、５５１、５５７、５６３、５６９、および５７５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号５０４、５１０、５１６、５２２、５２８、５３４、５４０、５４６、５５２、５５８、５６４、５７０、５７６、および５８４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号４９９、５０５、５１１、５１７、５２３、５２９、５３５、５４１、５４７、５５３、５５９、５６５、および５７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号５００、５０６、５１２、５１８、５２４、５３０、５３６、５４２、５４８、５５４、５６０、５６６、および５７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号５０１、５０７、５１３、５１９、５２５、５３１、５３７、５４３、５４９、５５５、５６１、５６７、および５７３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む場合がある。
いくつかの実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＶ２０５Ｃ突然変異（ＥＵナンバリング）を含む。
一実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、米国特許出願公開第２０１４０３５６３７５号（その全体を参照することで本明細書に引用される）に記載の抗体４４９７に由来する。一実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体は抗体４４９７に由来し、軽鎖にＶ２０５Ｃ突然変異をさらに含む。
一実施形態では、前記抗ＷＴＡの抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５６８－５６９－５７０－５６５－５６６－５６７のＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８６の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３）と、配列番号５８５の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３）とを含む。
いくつかの実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８６のＨＣＶＲアミノ酸配列および配列番号５８５のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体は、配列番号６０２の重鎖アミノ酸配列、および配列番号５８７または５８９の軽鎖アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＶ２０５Ｃ突然変異を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表３Ａに記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表３Ａに記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む場合がある。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号６３２、６５２、および６７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号６３４、６５４、および６７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号６３６、６５６、および６７６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号６４０、６６０、および６８０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号６４２および６６２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号６４４、６６４、および６８３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインとを含む場合がある。
いくつかの実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、重鎖ＦｃにＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆ突然変異（ＥＵナンバリング）を含む。
一実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号６３０の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３）と、配列番号６３８の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３）とを含む。一実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号６３２－６３４－６３６－６４０－６４２－６４４を含む６つ一連のＣＤＲ（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号６３０のＨＣＶＲアミノ酸配列と、配列番号６３８のＬＣＶＲアミノ酸配列とを含む。
一実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体は、配列番号６６６の重鎖アミノ酸配列および配列番号６６８の軽鎖アミノ酸配列を含む。一実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体はさらに、重鎖ＦｃにＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆ突然変異（ＥＵナンバリング）を含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体はさらに、軽鎖にＣ１０３Ｓ突然変異を含む。一実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３にて本開示の化合物にコンジュゲートされる。
様々な実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＣ１０３Ｓ突然変異を含む。
様々な実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３にて本開示の化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、Ｌは以下の式を有するリンカーであり、
式中、ＲＧは、マレイミド、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド、またはスクシンイミドから選択され、ＳＰ１とＳＰ２は独立して、存在しないか、または、
Ｃ１－６アルキル、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるスペーサー基であり、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数であり、
ＡＡ２－４は、２～４のアミノ酸を含むペプチドユニットであり、ならびに
ＰＥＧは、１～３０のポリエチレングリコール残基を含むポリエチレングリコール鎖である。
一実施形態では、ＡＡ２－４は、バリン－シトルリン、シトルリン－バリン、バリン－アラニン、アラニン－バリン、バリン－グリシン、グリシン－バリン、アラニン－グリシン、またはアラニン－アラニンから選択されるジペプチドである。
一実施形態では、ＡＡ２－４はバリン－シトルリンである。
一実施形態では、ＳＰは
であり、Ｒ’とＲ”は各々Ｃ１－６アルキルである。
一実施形態では、ＳＰは
であり、Ｒ’とＲ”は各々メチルである。
一実施形態では、ＳＰ１とＳＰ２は各々、
ある。
一実施形態では、ＰＥＧは８つのポリエチレングリコールユニットを含む。
一実施形態では、ＢＡは抗体またはその抗原結合フラグメントであり、Ｌは以下の式を有するリンカーであり、
式中、
ＲＧはマレイミドまたはスクシンイミドから選択され、
ＳＰ１とＳＰ２は各々、
であり、
ＡＡ２－４はバリン－シトルリンであり、
ＰＥＧは、８つのポリエチレングリコール残基を含むポリエチレングリコール鎖であり、
ＳＰは
であり、Ｒ’とＲ”は各々メチルであり、ならびに
Ｘは－Ｏ－である。
一実施形態では、前記抗体薬物コンジュゲートは、以下の式を有し、
式中、ＢＡは抗体またはその抗原結合フラグメントである。
別の態様では、本開示は、抗体またはその抗原結合フラグメントを提供し、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、直接、またはリンカーあるいはリンカースペーサーを介して、以下からなる群から選択される構造を持つペイロードにコンジュゲートされる。
一実施形態では、前記ペイロードは以下から選択される構造を有する。
一実施形態では、前記ペイロードはリンカーを介してコンジュゲートされ、該リンカーは以下の構造を有し、
式中、
ＲＧはマレイミドまたはスクシンイミドから選択され、
ＳＰ１とＳＰ２は独立して、存在しないか、または、
Ｃ１－６アルキル、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるスペーサー基であり、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数であり、
ＡＡ２－４は、２～４のアミノ酸を含むペプチドユニットであり、ならびに
ＰＥＧは、１～３０のポリエチレングリコール残基を含むポリエチレングリコール鎖である。
一実施形態では、ＡＡ２－４は、バリン－シトルリン、シトルリン－バリン、バリン－アラニン、アラニン－バリン、バリン－グリシン、またはグリシン－バリンから選択されるジペプチドである。
一実施形態では、ＡＡ２－４はバリン－シトルリンである。
一実施形態では、ＳＰは
であり、Ｒ’とＲ”は各々Ｃ１－６アルキルである。
一実施形態では、ＳＰは
であり、Ｒ’とＲ”は各々メチルである。
一実施形態では、ＳＰ１とＳＰ２は各々、
である。
一実施形態では、ＰＥＧは８つのポリエチレングリコールユニットを含む。
一実施形態では、前記ペイロードはリンカーを介してコンジュゲートされ、該リンカーは以下の構造を有する。
一実施形態では、前記ペイロードはリンカーを介してコンジュゲートされ、リンカーペイロードは以下の構造を有し、
式中、
は、抗体またはその抗原結合フラグメントへの結合である。
一実施形態では、前記ペイロードはリンカーを介してコンジュゲートされ、リンカーペイロードは以下の構造を有し、
式中、
は、抗体またはその抗原結合フラグメントへの結合である。
一実施形態では、マクロファージスカベンジャー受容体１（ＭＳＲ１）に結合する前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表９に記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表９に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号４、３６、５２、９２、および２８４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号６、３８、５４、９４、および２８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号８、４０、５６、９６、および２８８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号１２、４４、６０、１００、および２９２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号１４、４６、６２、１０２、および２９４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号１６、４８、６４、１０４、および２９６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、Ｎ２９７Ｑ突然変異を含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表２Ａに記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表２Ａに記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む場合がある。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号４７０、４７６、４８２、および４８８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号４７１、４７７、４８３、および４８９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号４７２、４７８、４８４、および４９０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号４６７、４７３、４７９、および４８５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号４６８、４７４、４８０、および４８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号４６９、４７５、４８１、および４８７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む場合がある。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表２Ｂに記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表２Ｂに記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む場合がある。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号５０２、５０８、５１４、５２０、５２６、５３２、５３８、５４４、５５０、５５６、５６２、５６８、および５７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号５０３、５０９、５１５、５２１、５２７、５３３、５３９、５４５、５５１、５５７、５６３、５６９、および５７５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号５０４、５１０、５１６、５２２、５２８、５３４、５４０、５４６、５５２、５５８、５６４、５７０、５７６、および５８４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号４９９、５０５、５１１、５１７、５２３、５２９、５３５、５４１、５４７、５５３、５５９、５６５、および５７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号５００、５０６、５１２、５１８、５２４、５３０、５３６、５４２、５４８、５５４、５６０、５６６、および５７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号５０１、５０７、５１３、５１９、５２５、５３１、５３７、５４３、５４９、５５５、５６１、５６７、および５７３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む場合がある。
いくつかの実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＶ２０５Ｃ突然変異（ＥＵナンバリング）を含む。
一実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、米国特許出願公開第２０１４０３５６３７５号（その全体を参照することで本明細書に引用される）に記載の抗体４４９７に由来する。一実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体は抗体４４９７に由来し、軽鎖にＶ２０５Ｃ突然変異をさらに含む。
一実施形態では、前記抗ＷＴＡの抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５６８－５６９－５７０－５６５－５６６－５６７のＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８６の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３）と、配列番号５８５の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３）とを含む。
いくつかの実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８６のＨＣＶＲアミノ酸配列および配列番号５８５のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体は、配列番号６０２の重鎖アミノ酸配列、および配列番号５８７または５８９の軽鎖アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＶ２０５Ｃ突然変異を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表３Ａに記載のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と、（ｂ）表３Ａに記載のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲとを含む場合がある。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号６３２、６５２、および６７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメインと、
（ｉｉ）配列番号６３４、６５４、および６７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメインと、
（ｉｉｉ）配列番号６３６、６５６、および６７６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメインと、
（ｉｖ）配列番号６４０、６６０、および６８０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメインと、
（ｖ）配列番号６４２および６６２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメインと、
（ｖｉ）配列番号６４４、６６４、および６８３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインと
を含む場合がある。
いくつかの実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、重鎖ＦｃにＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆ突然変異（ＥＵナンバリング）を含む。
いくつかの実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、重鎖ＦｃにＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆ突然変異（ＥＵナンバリング）を含む。
一実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号６３０の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３）と、配列番号６３８の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ＬＣＤＲ３）とを含む。一実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号６３２－６３４－６３６－６４０－６４２－６４４を含む６つ一連のＣＤＲ（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号６３０のＨＣＶＲアミノ酸配列と、配列番号６３８のＬＣＶＲアミノ酸配列とを含む。
一実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体は、配列番号６６６の重鎖アミノ酸配列および配列番号６６８の軽鎖アミノ酸配列を含む。一実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体はさらに、重鎖ＦｃにＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆ突然変異（ＥＵナンバリング）を含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体はさらに、軽鎖にＣ１０３Ｓ突然変異を含む。一実施形態では、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３にて本開示の化合物にコンジュゲートされる。
様々な実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＣ１０３Ｓ突然変異を含む。
様々な実施形態では、前記抗体またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３にて本開示の化合物にコンジュゲートされる。
一態様では、本開示は、細菌増殖を予防または阻害する方法を提供し、該方法は、本明細書に記載の抗体薬物コンジュゲートを有効量で投与する工程を含む。
一実施形態では、前記細菌はグラム陽性菌である。
一実施形態では、前記細菌はペニシリン耐性菌である。
一実施形態では、前記細菌は黄色ブドウ球菌である。
一実施形態では、前記細菌は、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）、バイコマイシン耐性黄色ブドウ球菌（ＶＲＳＡ）、およびメチシリン感受性黄色ブドウ球菌（ＭＳＳＡ）から選択される。
一態様では、本開示は、被験体の細菌感染症を処置する方法を提供し、該方法は、本明細書に記載の有効量の抗体薬物コンジュゲートを前記被験体に投与する工程を含む。
一実施形態では、前記細菌感染症はグラム陽性菌感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染症はペニシリン耐性菌感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染症は黄色ブドウ球菌感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染症は、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）感染症、バイコマイシン耐性黄色ブドウ球菌（ＶＲＳＡ）感染症、およびメチシリン感受性黄色ブドウ球菌（ＭＳＳＡ）感染症から選択される。
一実施形態では、前記細菌感染症は細胞内細菌感染症である。
一実施形態では、前記被験体はヒトである。
一実施形態では、前記方法はさらに、第２の治療薬を投与する工程を含む。
一実施形態では、前記第２の治療薬は第２の抗生物質である。
一実施形態では、前記第２の抗生物質は黄色ブドウ球菌に対して有効である。
一実施形態では、前記第２の抗生物質は、アミノグリコシド、βラクタム、マクロライド、環状ペプチド、テトラサイクリン、フルオロキノリン、フルオロキノロン、およびオキサゾリジノンから選択される。
一実施形態では、前記第２の抗生物質は、クリンダマイシン、ノボビオシン、レタパムリン、ダプトマイシン、シタフロキサシン、テイコプラニン、トリクロサン、ナフチリドン、ラデゾリド、ドキソルビシン、アンピシリン、バンコマイシン、イミペネム、ドリペネム、ゲムシタビン、ダルババンシン、およびアジスロマイシンから選択される。
一実施形態では、前記抗体薬物コンジュゲートは、前記被験体に経口投与、局所投与、鼻内投与、静脈内投与、筋肉内投与、または皮下投与される。
また別の態様では、本開示は、被験体の蜂巣炎、菌血症、皮膚壊死、眼瞼感染症、眼感染症、新生児結膜炎、骨髄炎、膿痂疹、おでき、熱傷様皮膚症候群、食中毒、肺炎、外科感染症、尿路感染症、熱傷後感染症、脳膜炎、心内膜炎、敗血症、トキシックショック症候群、敗血症性関節炎、乳腺炎、人工関節関連の感染症、カテーテル関連の感染症、またはインプラント関連の感染症を予防または処置する方法を提供し、該方法は、本明細書に記載の化合物、抗体薬物コンジュゲート、または医薬組成物を有効量で前記被験体に投与する工程を含む。
これらおよび他の本開示の態様は、添付の特許請求の範囲を含む、以下の本開示の詳細な説明を読むことで当業者に明白となる。
本開示のリファマイシンアナログを用いて実施した黄色ブドウ球菌増殖阻害アッセイの結果を示すプロットである。 本開示のリファマイシンアナログを用いて実施した黄色ブドウ球菌細胞内死滅アッセイの結果を示す棒グラフである。 本開示のリファマイシンアナログを用いて実施した黄色ブドウ球菌細胞内死滅増殖アッセイの結果を示すプロットである。 ４日間の黄色ブドウ球菌感染症モデルの概要である。 ＴＨＰ細胞を用いる細胞内死滅アッセイにおける、本開示の抗黄色ブドウ球菌ＡＤＣのコロニー形成単位を示すプロットである。 バンコマイシンと併用して２ｍｇ／ｋｇのアイソタイプ対照および本開示の抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗体薬物コンジュゲート）を投与したマウスにおける、黄色ブドウ球菌腎臓負荷の平均を表す。 バンコマイシンと併用して２ｍｇ／ｋｇのアイソタイプ対照および本開示の抗プロテインＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣを投与したマウスにおける、黄色ブドウ球菌腎臓負荷の平均を表す。 バンコマイシンと併用して５ｍｇ／ｋｇのアイソタイプ対照および本開示の抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣを投与したマウスにおける、黄色ブドウ球菌腎臓負荷の平均を表す。
本開示の詳細な実施形態をここで開示する。但し、開示された実施形態は単に、様々な形態で具体化され得る本開示を例示するものであることを理解されたい。加えて、本開示の様々な実施形態に関連して挙げられる例はそれぞれ、例示的なものとして意図され、限定的なものではない。そのため、本明細書に開示される特定の構造と機能の詳細は、限定的なものとして解釈されるのではなく、本開示を多様に利用するべく当業者に教示するための代表的な基礎として単に解釈されたい。
定義
別段の定めがない限り、本明細書で使用される技術用語と科学用語はすべて、本開示が属する分野の当業者が一般的に理解するものと同じ意味を有する。
本明細書と添付の特許請求の範囲では、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈上明確な指定がない限り、複数形の言及も含む。ゆえに、例えば「方法」への言及は、本明細書に記載される、および／または本開示を読む際に当業者に明らかになる、１つ以上の方法および／または工程を含む。
状態、障害、または疾病に対し「処置する」または「処置」という用語は、（１）前記状態、障害、もしくは疾病に罹患するまたは罹患傾向にあるが、まだ前記状態、障害、もしくは疾病の臨床的あるいは亜臨床的症状を経験も示してもいない被験体に生じる前記状態、障害、もしくは疾病の少なくとも１つの臨床的あるいは亜臨床的症状の発生および／または出現可能性を予防、遅延、または低減すること、（２）前記状態、障害、もしくは疾病を阻害すること、すなわち、それらの疾患あるいは再発、もしくは少なくとも１つの臨床的あるいは亜臨床的症状の進行を阻止、低減、または遅延させること、および／または（３）疾患を緩和すること、すなわち、前記状態、障害、もしくは疾病、あるいはその臨床的あるいは亜臨床的症状の少なくとも１つの退行を生じさせることを含む。処置対象の被験体が受ける利益は、統計的に有意なもの、または少なくとも患者あるいは医師が知覚可能なものである。
本明細書では、「被験体」、「患者」、「個体」、または「動物」は、疾患のあるヒト、獣医学上の動物（例えばネコ、イヌ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタなど）および実験動物モデル（例えばマウス、ラット）を指す。一実施形態では、前記被験体はヒトである。
本明細書では、投与量または量に使用される「有効な」という用語は、必要とする被験体への投与に際して所望の活性を生じさせるのに十分な化合物または医薬組成物の量を指す。有効成分と併用して投与すると、この併用の有効量は、個別に投与した場合に有効であった各成分の量を含むことも含まないこともあることに留意されたい。必要とされる正確な量は、被験体の性別、年齢、全身状態、処置を行う疾病の重症度、利用する特定の薬物、投与形態などに応じて、被験体間で変動することになる。
本開示の組成物とともに使用される、「薬学的に許容可能な」という句は、物理的に忍容性があり、かつ通常は哺乳動物（例えばヒト）に投与すると有害反応を生じさせない、前記組成物の分子実体および他の成分を指す。好ましくは本明細書では、用語「薬学的に許容可能な」は、連邦政府または州政府の規制当局の承認を受けたもの、米国薬局方に列記されているもの、または、哺乳動物、より具体的にはヒトへの使用に関し一般に認められるものを意味する。
本明細書では、「治療上有効な量」という句は、投与することで所望の効果をもたらす量を指す。正確な量は処置の目的に左右され、公知の技術（例えば「Ｌｌｏｙｄ （１９９９） Ｔｈｅ Ａｒｔ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｏｕｎｄｉｎｇ」を参照）を用いて当業者により確認可能となる。
範囲は本明細書中で、およその（“ａｂｏｕｔ”ｏｒ“ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ”）１つの特定の数値から、およその（“ａｂｏｕｔ”ｏｒ“ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ”）別の特定の数値までとして表すことができる。このような範囲が表されるとき、別の実施形態は、１つの特定の数値から別の特定の数値までを含む。
「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、または「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」とは、少なくとも指定された化合物、要素、粒子、または方法の工程が、組成物、物品、または方法に存在するが、他の化合物、材料、粒子、または方法の工程に指定されるものと同じ機能がある場合でさえ、このような他の化合物、物質、粒子、または方法の工程を除外するものではないことを意味する。
本開示の化合物は、本明細書全体に記載されるものを含み、本明細書に開示されるクラス、サブクラス、および種によってさらに例示される。本明細書では、別段の定めの無い限り以下の定義を適用するものとする。本開示の目的では、化学元素は、「Ｐｅｒｉｏｄｉｃ Ｔａｂｌｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｌｅｍｅｎｔｓ，ＣＡＳ ｖｅｒｓｉｏｎ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｐｈｙｓｉｃｓ，７５ｔｈ Ｅｄ」に従い特定する。加えて、有機化学の一般原理は、「“Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ”，Ｔｈｏｍａｓ Ｓｏｒｒｅｌｌ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｂｏｏｋｓ，Ｓａｕｓａｌｉｔｏ：１９９９」および「“Ｍａｒｃｈ’ｓ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ”，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｅｄ．：Ｓｍｉｔｈ，Ｍ．Ｂ．ａｎｄ Ｍａｒｃｈ，Ｊ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：２００１」に記載されている。これら文献の内容全体は参照により本明細書に引用される。保護基の化学は、例えば「Ｗｕｔｓ ａｎｄ Ｇｒｅｅｎｅ，Ｇｒｅｅｎｅ’ｓ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，４ｔｈ Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，２００６」に見ることができる。
用語「炭化水素」は、炭素と水素のほか、１つ以上の炭素中で酸素、窒素、硫黄、およびリンなどのヘテロ原子により置換されている誘導体を含む、炭化水素ラジカル（その他に「基」と称する）を包含するべく本明細書で使用される。本開示の炭化水素は、基を含有する酸素、窒素、硫黄、およびリンにより、または制限なしにハロゲンにより随意に置換される。炭化水素という用語は、直鎖、分枝鎖、環状、または多環式の脂肪族基のほか、以下に詳述されるような芳香族および複素芳香族基を包含する。
「随意に置換された」という用語は、置換された要素が随意の要素の「０～ｎ個をさらに含む」ものと同じ意味を持ち、ここでｎは整数であり、通常は０～２０、０～１０、または１～３個である。例えば脂肪族炭化水素が随意に１つ以上のヘテロ原子を含むとき、前記用語は、脂肪族炭化水素がさらに０～２０個のヘテロ原子から含むものと同じ意味を持つ。
本明細書では、「脂肪族」または「脂肪族基」という用語は、直鎖（分枝していない）、分枝鎖、置換、または非置換の炭化水素鎖を意味する。この炭化水素鎖は、完全に飽和されている、不飽和、あるいは完全に飽和されている単環式炭化水素、二環式炭化水素、もしくは三環式炭化水素のうち１つ以上のユニットを含有する、不飽和の１つ以上のユニットを含有しているが芳香族ではなく（本明細書では、「炭素環」、「脂環式の」、または「シクロアルキル」とも称す）、または分子の残りに対する１つの結合点を有しており、およびそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、直鎖および環状の脂肪族炭化水素の組み合わせ（混成物）を含む。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、直鎖および環状の脂肪族炭化水素の組み合わせを含む。別段の定めがない限り、脂肪族基は１～３０個の脂肪族炭素原子を含有する。いくつかの実施形態では、脂肪族基は１～２０個の脂肪族炭素原子を含有する。他の実施形態では、脂肪族基は１～１０個の脂肪族炭素原子を含有する。また他の実施形態では、脂肪族基は１～６個の脂肪族炭素原子を含有し、さらに他の実施形態では、１、２、３、または４個の脂肪族炭素原子を含有する。適切な脂肪族の基として、直鎖あるいは分枝鎖で置換もしくは非置換のアルキル、アルケニル、アルキニル基、および、（シクロアルキル）アルキル、（シクロアルケニル）アルキル、またはアルケニル（シクロアルキル）などの組み合わせ／混成物が挙げられるがこれらに限定されるものではない。単純な脂肪族炭化水素として、メチル、エチル、プロピル、ブチル、ｔ－ブチル、ｎ－ブチル、ペンチルなどが挙げられる。
本明細書では、「脂肪族環状」、「環状脂肪族」、「炭素環式」、「脂環式（ａｌｉｃｙｃｌｉｃ）」、「脂環式（ｃｙｃｌｏａｌｉｐｈａｔｉｃ）」という用語は、３～１４員を有している、本明細書に記載されるような飽和あるいは部分的に不飽和の環状脂肪族単環式、二環式、または多環式の環構造を指し、脂肪族環系は、上記のとおり、および本明細書に記載されるように随意に置換される。脂環式基として、シクロプロピル（ｃｙ ｃｙｃｌｏｐｒｏｐｙｌ）、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘプチル、シクロヘプテニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、ノルボルニル、アダマンチル、およびシクロオクタジエニルが挙げられるが、これらに限定されるものではない。いくつかの実施形態では、シクロアルキルには３～６個の炭素がある。脂肪族環状構造はさらに、デカヒドロナフチルまたはテトラヒドロナフチルなどの１つ以上の芳香族環または非芳香薬環に縮合される脂肪族環を含み、ラジカルまたは結合点は脂肪族環上にある。いくつかの実施形態では、脂肪族環状基は二環式である。いくつかの実施形態では、炭素環式基は三環式である。いくつかの実施形態では、脂肪族環状基は多環式である。いくつかの実施形態では、脂肪族多環式基は、２つ以上の環が捻れた構造（環系）を示すスピロ環式構造であり、２また３個の環が１つの共通原子により一体的に結合される。別の実施形態では、脂肪族多環式基は縮合二環式構造であり、ここでは２つの環が２つの隣接原子を共有しており、すなわち、これらの環は１つの共有結合を共有しており、いわゆる橋頭原子が直接接続される（例えばα－ツジェンおよびデカリン）。いくつかの実施形態では、脂肪族多環式構造は架橋二環式構造であり、ここでは、例えば２つの環が３つ以上の原子を共有しており、少なくとも１つの原子を含有する架橋により２つの橋頭原子が分離される。例えば、ビシクロ［２．２．１］ヘプタンとしても知られるノルボルナンは、各々がその５個の炭素原子のうち３個を共有する一対のシクロペンタンとして考慮することができる。いくつかの実施形態では、「脂肪族環状」（または「炭素環」あるいは「シクロアルキル」）は、単環式Ｃ３－Ｃ８炭化水素、完全に飽和されるかあるいは不飽和の１つ以上のユニットを含有しているが芳香族ではなく、分子の残りに対する１つの結合点を有するＣ６－Ｃ１２二環式炭化水素、または、完全に飽和されるかあるいは不飽和の１つ以上のユニットを含有しているが芳香族ではなく、分子の残りに対する１つの結合点を有するＣ６－Ｃ１２二環式炭化水素を指す。
本明細書では、用語「アルキル」は、当技術分野における通常の意味として提供され、直鎖アルキル基、分枝鎖アルキル基、シクロアルキル基、アルキル置換シクロアルキル基、およびシクロアルキル置換アルキル基を含む飽和脂肪族基を含む場合がある。ある実施形態では、直鎖または分枝鎖のアルキルのバックボーンには約１～２０個の炭素原子（例えば、直鎖ではＣ１－Ｃ２０、分枝鎖ではＣ２－Ｃ２０）、および代替的に約１～１０個の炭素原子、または約１～６個の炭素原子を有する。いくつかの実施形態では、シクロアルキル環の環構造には、中の環が単環式または二環式である約３～１０個の炭素原子、および代替的に約５、６、または７個の炭素がある。いくつかの実施形態では、アルキル基は低級アルキル基であってもよく、ここで低級アルキル基は１～４個の炭素原子（例えば、直鎖低級アルキルではＣ１－Ｃ４）を含む。
本明細書では、「アルケニル」という用語は、１つ以上の二重結合を有する、本明細書に定義されるようなアルキル基を指す。
本明細書では、「アルキニル」という用語は、１つ以上の三重結合を有する、本明細書に定義されるようなアルキル基を指す。
用語「ヘテロアルキル」は当該技術分野における通常の意味として提供され、１つ以上の炭素原子がヘテロ原子（例えばハロゲン、酸素、窒素、硫黄など）で置換される、本明細書に記載されるようなアルキル基を指す。ヘテロアルキル基の例として、アルコキシ、ポリ（エチレングリコール）－、アルキル置換アミノ、テトラヒドロフラニル、ピペリジニル、モルホリニルなどが挙げられるがこれらに限定されるものではない。
本明細書では、「芳香族」は、５～２０個の環原子を有するとともに１～２０個のヘテロ原子置換基を有する場合がある、単環式あるいは多環式で芳香族または複素芳香族の環を指す。いくつかの実施形態では、芳香族基には随意に１～１０個のヘテロ原子置換基があってもよい。いくつかの実施形態では、芳香族基には随意に１～５個のヘテロ原子置換基があってもよい。いくつかの実施形態では、芳香族基は、シクロペンタジエニル、フェニル、ナフチル、またはアントラセニルなどの単環式または多環式の芳香環である。いくつかの実施形態では、芳香族基は、５～１０個の環原子を持つ単環式または多環式の芳香環である。いくつかの実施形態では、芳香族基は、フェニルおよびシクロペンタジエニルなどの５～６個の炭素原子を含有する単環式芳香環である。特定の一実施形態では、芳香族基はフェニル基である。
用語「アリール」は、単独でまたは「アラルコキシ」あるいは「アリールオキシアルキル」におけるように大きな部分の一部として使用される場合、計５～１４個の環員を有する単環式または二環式の環系を指し、ここで、環系中の少なくとも１つの環は芳香族であり、各環は３～７個の環員を含有する。用語「アリール」は、用語「アリール環」と互換的に使用されてもよい。本開示のある実施形態では、「アリール」は、フェニル、ビフェニル、ナフチル、ビナフチル、アントラシル（ａｎｔｈｒａｃｙｉ）などを含むがこれらに限定されない芳香族環系を指し、この環系は１つ以上の置換基を有していてもよい。本明細書中で使用されるように、用語「アリール」の範囲内に含まれるものとして、芳香族環が、インダニル、フタルイミジル、ナフチミジル（ｎａｐｈｔｈｉｍｉｄｙｌ）、フェナントリイジニル（ｐｈｅｎａｎｔｒｉｉｄｉｎｙｌ）、またはテトラヒドロナフチルなどの１つ以上の非芳香族環に縮合される基が挙げられる。
用語「複素芳香族炭化水素」、「ヘテロアリール」、および「ヘテロアル－（ｈｅｔｅｒｏａｒ－）」は、単独で、またはより大きい部分、例えば「ヘテロアラルキル」もしくは「ヘテロアラルコキシ」の一部として使用される場合、５～１０個の環原子（単環式または二環式）、いくつかの実施形態では５、６、９、または１０個の環原子を有する基を指す。いくつかの実施形態では、このような環は、環状アレイにおいて共有される６、１０、または１４個のπ電子を有しており、さらに炭素原子に加えて、１～５個のヘテロ原子を有している。用語「ヘテロ原子」は、窒素、酸素、または硫黄を指し、窒素または硫黄の任意の酸化形態、および塩基性窒素の任意の四級化形態を含む。複素芳香族炭化水素またはヘテロアリール基として、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキザゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル、およびプテリジニルが挙げられるがこれらに限定されるものではない。いくつかの実施形態では、ヘテロアリールは、ビピリジルなどのヘテロビアリール基である。本明細書では、用語「ヘテロアリール」および「ヘテロアル－（ｈｅｔｅｒｏａｒ－）」は、芳香族複素環が１つ以上のアリール、脂環式、またはヘテロシクリル環に縮合される基も含み、ここでラジカルまたは結合点は芳香族複素環上にある。非限定的な例として、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、４Ｈ－キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、およびピリド［２，３－ｂ］－１，４－オキサジン－３（４Ｈ）－オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環式、二環式、三環式、四環式、および／またはその他多環式であってもよい。用語「ヘテロアリール」は、用語「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」、または「芳香族複素環」と互換的に用いられてもよく、これらの用語のいずれも任意に置換される環を含む。用語「ヘテロアラルキル」は、アルキルおよびヘテロアリール部分が独立して随意に置換されるヘテロアリールにより置換されるアルキル基を指す。
本明細書では、用語「ヘテロ環」、「ヘテロシクリル」、「複素環式ラジカル」、および「複素環式環」は互換的に用いられるものであり、飽和されているか部分的に不飽和であり、炭素原子に加えて上記で定義されるような１個以上、好ましくは１～４個のヘテロ原子を有する、安定した５～７員の単環式または７～１０員の二環式の複素環式部分を指す。ヘテロ環の環原子に関連して使用されるとき、用語「窒素」は、置換窒素を含む。
複素環式環は、安定した構造をもたらす任意のヘテロ原子または炭素原子にてそのペンダント基に結合されてもよく、環原子のいずれかが随意に置換されてもよい。このような飽和または部分的に不飽和の複素環式ラジカルの例として、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル、およびキヌクリジニルが挙げられるが、これらに限定されるものではない。用語「ヘテロ環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環式基」、「複素環式部分」、および「複素環式ラジカル」は本明細書で互換的に用いられるものであり、ヘテロシクリル環が、インドリニル、３Ｈ－インドリル、クロマニル、フェナンチリジニル、またはテトラヒドロキノリニルなどの、１つ以上のアリール、ヘテロアリール、または脂環式環に縮合された基である。ヘテロシクリル基は、単環式、二環式、三環式、四環式、および／または他の多環式であってもよい。用語「ヘテロシクリルアルキル」はヘテロシクリルにより置換されるアルキル基であり、ここでアルキルおよびヘテロシクリル部分は独立して随意に置換される。
本明細書では、用語「部分的に不飽和」は、少なくとも１つの二重結合または三重結合を含む環部分を指す。用語「部分的に不飽和」は、複数の不飽和部位を有する環を包含することが意図されるが、本明細書に定義されるように、アリールまたはヘテロアリール部分を含むことは意図されない。
用語「ヘテロ原子」は、酸素、硫黄、窒素、リン、またはケイ素のうち１つ以上を意味する（窒素、硫黄、リン、あるいはケイ素の任意の酸化形態、任意の塩基性窒素の四級化形態、または複素環の置換可能な窒素を含む）。
本明細書では、用語「不飽和」は、１つの部分が１つ以上の不飽和ユニットを有することを意味する。用語「ハロゲン」は、Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、またはＩを意味する。用語「ハロゲン化物」は、ハロゲンラジカル、または置換基、すなわち－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、または－Ｉを指す。本明細書では、「ハロアルキル」は上記で定義するようなアルキルを指し、ここでアルキルは、ハロゲン、例えばフッ素（Ｆ）、塩素（Ｃｌ）、臭素（Ｂｒ）、ヨウ素（Ｉ）から選択される少なくとも１つの置換基を含む。ハロアルキルの例として、－ＣＦ３、－ＣＨ２ＣＦ３、－ＣＣｌ２Ｆ、および－ＣＣｌ３が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
本明細書では、用語「保護基」は、後の化学反応における化学選択性を得るために、アミノまたはアルコールなどの官能基の化学修飾により分子へ導入される基を指す。１つの非限定的な実施形態では、保護基は、１－クロロエチルカルボニル（ＡＣＥ）、アセトイル、ベンジル（Ｂｎ）、ベンジルオキシカルボニル（ＣＢｚ）、ホルミル、メチルカルボニル、トリフルオロアセチル、ｔ－ブトキシカルボニル（Ｂｏｃ）、およびフルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）を含む場合がある。他の非限定的な実施形態では、保護基は、カルボベンジルオキシ（ａｒｂｏｂｅｎｚｙｌｏｘｙ）（Ｃｂｚ）、ｐ－メトキシベンジルカルボニル（ＭｏｚまたはＭｅＯＺ）、ｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ）、９－フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）、アセチル（Ａｃ）、ベンゾイル（Ｂｚ）、ベンジル（Ｂｎ）、ｐ－メトキシベンジル（ＰＭＢ）、３，４－ジメトキシベンジル（ＤＭＰＭ）、ｐ－メトキシフェニル（ＰＭＰ）基、トシル（Ｔｓ）、Ｔｒｏｃ（トリクロロエチルクロロホルメート）、ノシルやＮｐｓなどのスルホンアミドを含む。さらに非限定的な実施形態では、保護基は、β－メトキシエトキシメチルエーテル（ＭＥＭ）、ジメトキシトリチル、［ビス－（４－メトキシフェニル）フェニルメチル］（ＤＭＴ）、メトキシメチルエーテル（ＭＯＭ）、メトキシトリチル［（４－メトキシフェニル）ジフェニルメチル］（ＭＭＴ）、メチルチオメチルエーテル、ピバロイル（Ｐｉｖ）、テトラヒドロピラニル（ＴＨＰ）、テトラヒドロフラン（ＴＨＦ）、トリチル（トリフェニルメチル、Ｔｒ）、シリルエーテル（ＴＭＳ）、ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、トリ－イソ－プロピルシリルオキシメチル（ＴＯＭ）、およびトリイソプロピルシリル（ＴＩＰＳ）エーテル、ＴＢＤＭＳ、ＴＯＭ、メチルエーテル、およびエトキシエチルエーテル（ＥＥ）を含む。
本明細書では、「Ｏアミノ酸」または「ＨＯアミノ酸」という用語は、アミノ酸のＮ末端にあるネイティブアミノ基またはアミノ酸配列がそれぞれ酸素基またはヒドロキシル基で置換されているアミノ酸を指す。例えば、「Ｏ－ＸＸＸＸ」または「ＨＯ－ＸＸＸＸ」は、アミノ酸配列（ＸＸＸＸ）を示すように意図されており、ここでＮ末端にあるネイティブアミノ基は、それぞれ酸素基またはヒドロキシル基で置換される（例えば、
式中、各Ｒはアミノ酸側鎖である）。同様に、「Ｏアミノ酸残基」または「ＨＯアミノ酸残基」という用語は、化学反応後にとどまる化合物内の化学部分を指す。例えば、「Ｏアミノ酸残基」または「ＨＯアミノ酸残基」は、Ｏアミノ酸またはＨＯアミノ酸が適切なカップリングパートナーにカップリングするアミドカップリングまたはペプチドカップリングの産物を指す。ここで、例えば水分子は、Ｏアミノ酸またはＨＯアミノ酸のアミドカップリングまたはペプチドカップリング後に排出される、これにより、中にＯアミノ酸残基またはＨＯアミノ酸残基を組み込む産物が得られる。
立体化学を特定することのないアミノ酸またはアミノ酸残基の指定は、アミノ酸のＬ形態、アミノ酸のＤ形態、またはそれらのラセミ混合物を包含するように意図される。
本明細書に記載されるように、本開示の化合物は「随意に置換された」部分を含有してもよい。概して、用語「随意に」が先行するか否かにかかわらず、「置換された」という用語は、指定部分の１つ以上の水素が適切な置換基で置換されることを意味する。別段の定めの無い限り、「随意に置換された」基は、当該基の置換可能な位置それぞれに適切な置換基を有する場合があり、所与の構造にある１より多くの位置が、特定の基から選択される１より多くの置換基で置換されるとき、置換基はすべての位置にて同じまたは異なるものであってもよい。本開示により予想される置換基の組み合わせは、安定したまたは化学的に実現可能な化合物の形成をもたらすものであることが好ましい。本明細書では、用語「安定した」は、本明細書で開示される目的のうち１以上を目的とした生成、検出、ならびにある実施形態では回収、精製、および使用を可能にする条件に晒したときに実質的に改質されない化合物を指す。
別段の定めの無い限り、本明細書に表される構造はさらに、当該構造の異性体（例えば、エナンチオマー、ジアステレオマー、および幾何学的（または立体構造的））形態、例えば、各不斉中心に対するＲ配置とＳ配置、（Ｚ）と（Ｅ）の二重結合異性体、および（Ｚ）と（Ｅ）の配座異性体をすべて含むことを意味する。そのため、単一の立体化学異性体のほか、本件化合物のエナンチオマー、ジアステレオマー、および幾何学的な混合物は、本開示の範囲内にある。
別段の定めの無い限り、本開示の化合物の互変異性形態はすべて、本開示の範囲内にある。
加えて、別段の定めのない限り、本明細書で表される構造はさらに、１つ以上の同位体的に富化された原子の存在下でのみ異なる化合物を含むことを意味する。例えば、ジュウテリウムあるいはトリチウムによる水素の置換、１１Ｃ、１３Ｃ、あるいは１４Ｃの豊富な炭素による炭素の置換、１７Ｏあるいは１８Ｏの豊富な酸素による酸素の置換、または、１５Ｎの豊富な窒素による窒素の置換を除く、本件構造を有する化合物は、本開示の範囲内にある。
１つ以上の方法の工程に対する言及は、追加の方法の工程の存在、または明確に特定される工程間に介入する方法の工程を排除するものではないことも理解されたい。同様に、デバイスまたはシステム中の１つ以上の成分に対する言及は、追加の成分の存在、または明確に特定される成分間に介入する成分を排除するものではないことも理解されたい。
別段の定めの無い限り、本開示の化合物およびその塩の結晶形態もすべて、本開示の範囲内にある。本開示の化合物は、無水であるか、水和されるか、不溶媒和か、または溶媒和される非晶質および結晶性の多形相を含むがこれに限定されない、様々な非晶質および結晶性の多形相で単離される場合がある。水和物の例として、半水化物、一水和物、二水和物などが挙げられる。いくつかの実施形態では、本開示の化合物は無水であり、不溶媒和である。「無水」とは、化合物の結晶形態が結晶格子構造中に結合水を実質的に含有していない、すなわち化合物が結晶性水和物を形成しないことを意味する。
本明細書では、「結晶形態」は、結晶性物質の特定の格子構成を指すことを意図している。同じ物質の異なる結晶形態（多形相）は通常、結晶形態の各々の特徴である様々な物理的性質に起因する、様々な結晶格子（例えば単位格子）がある。いくつかの例では、様々な格子構成は様々な水または溶剤を含有している。様々な結晶格子は、Ｘ線粉末回折（ＰＸＲＤ）などのソリッドステート特徴化（ｓｏｌｉｄ ｓｔａｔｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ）方法により特定可能である。示差走査熱量測定（ＤＳＣ）、熱重量分析（ＴＧＡ）、動的蒸気吸着（ＤＶＳ）、ソリッドステートＮＭＲなどの他の特徴化方法はさらに、結晶形態の特定を補助するほか、安定性および溶媒／水分含有量の判定を補助する。
物質の結晶形態は、溶媒和形態（例えば水和形態）と不溶媒和形態（例えば無水形態）の両方を含む。水和形態は、結晶格子に水を含む結晶形態である。水和形態は化学量的水和物であってもよく、そこでは水は、半水和物、一水和物、二水和物などに対する特定の水／分子比で格子中に存在する。水和形態はさらに非化学量的であってもよく、そこでは水含有量は様々であり、湿度などの外部条件に左右される。
いくつかの実施形態では、本開示の化合物は実質的に単離される。「実質的に単離された」とは、特定の化合物が不純物から少なくとも部分的に単離されることを意味する。例えば、いくつかの実施形態では、本開示の化合物は、約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満、約５％未満、約２．５％未満、約１％未満、または約０．５％未満の不純物を含む。不純物は概して、実質的に単離された化合物ではないものをすべて含み、例えば他の結晶形態および他の物質が挙げられる。
本明細書では、用語「抗生物質」（ａｂｘまたはＡｂｘ）は、細菌などの微生物の増殖を特異的に阻害するか、またはそれを死滅させるが、投与時の濃度と投与間隔では宿主を死に至らしめるものではない、あらゆる分子を含む。特定の態様では、抗生物質は、投与時の濃度および投与間隔では宿主に対し非毒性である。細菌に対し効果的な抗生物質は、殺菌性（直接死滅させる）または静菌性（分裂を妨げる）のいずれかとして広く分類できる。抗殺菌性抗生物質はさらに、狭域スペクトルまたは広域スペクトルとして下位分類することができる。広域スペクトル抗生物質は、細菌のさらに小さな範囲または特異的なファミリーに対して有効な狭域スペクトル抗生物質とは対照的に、グラム陽性菌とグラム陰性菌の両方を含む様々な細菌に対して有効な抗生物質である。抗生物質の例として、アミノグリコシド、例えばアミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、ストレプトマイシン、トブラマイシン、パロマイシン、アンサマイシン、例えばゲルダナマイシン、ハービマイシン、カルバセフェム、例えばロラカルベフ、カルバペネム、例えばエルタペネム、ドリペネム、イミペネム／クリアスタチン、メロペネム、セファロスポリン（第一世代）、例えばセファドロキシル、セファゾリン、セファロチン、セファレキシン、セファロスポリン（第二世代）、例えばセファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフロキシム、セファロスポリン（第三世代）、例えばセフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフタジジム、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セファロスポリン（第四世代）、例えばセフェピム、セファロスポリン（第五世代）、例えばセフトビプロル、グリコペプチド、例えばテイコプラニン、バンコマイシン、マクロライド、例えばアジスロマイシン（ａｘｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ）、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン、テリスロマイシン、スペクチノマイシン、モノバクタム、例えば、アズトレオナム（ａｘｔｒｅｏｎａｍ）、ペニシリン、例えばアモキシシリン、アンピシリン、アゾシリン（ａｘｌｏｃｉｌｌｉｎ）、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリン、ピペラシリン（ｐｅｐｅｒａｃｉｌｌｉｎ）、チカルシリン、抗生物質ポリペプチド、例えばバシトラシン、コリスチン、ポリミキシンＢ、キノロン、例えばシプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、レボフロキサシン、レメフロキサシン、モキシフロキサシン、ノルフロキサシン、ノルフロキサシン（ｏｒｆｌｏｘａｃｉｎ）、トロバフロキサシン、スルホンアミド、例えばマフェナイド、プロントジル、スルファセタミド、スルファメチゾール、スルファニルアミド、スルファサラジン、スルフイソキサゾール、トリメトプリム、トリメトプリム－スルファメトキサゾール（ＴＭＰ－ＳＭＸ）、テトラサイクリン、例えばデメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、テトラサイクリン、および他の抗生物質、例えばアルスフェナミン（ａｒｓｐｅｎａｍｉｎｅ）、クロラムフェニコール、クリンダマイシン、リンコマイシン、エタンブトール、ホスホマイシン、フシジン酸、フラゾリドン、イソニアジド、リネゾリド、メトロニダゾール、ムピロシン、ニトロフラントイン、プラテンシマイシン、ピラジナミド、キヌプリスチン／ダルホプリスチン、リファンピン／リファンピシン、またはチミダゾール（ｔｉｍｉｄａｚｏｌｅ）が挙げられる。
多剤耐性黄色ブドウ球菌またはオキサシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＯＲＳＡ）としても既られる、「メチシリン耐性黄色ブドウ球菌」（ＭＲＳＡ）という用語は、ペニシリン（例えばメチシリン、ジクロキサシリン、ナフシリン、オキサシリンなど）およびセファロスポリンを含むβ－ラクタム系抗生物質に耐性を示す黄色ブドウ球菌の任意の菌株を指す。「メチシリン感受性黄色ブドウ球菌」（ＭＳＳＡ）は、βラクタム系抗生物質に感受性のある黄色ブドウ球菌の任意の菌株を指す。
「最小阻止濃度」（「ＭＩＣ」）という用語は、一晩のインキュベーション後に微生物の視認可能な増殖を阻害する抗菌物質の最低濃度を指す。ＭＩＣを求めるアッセイが知られている。１つの方法は、後述の実施例に記載されるものである。
薬物対抗体比（ＤＡＲ）は、ＡＤＣの効果、効力、および薬物動態に対し重要な効果を持つ、抗体または抗原結合フラグメントにコンジュゲートされる薬物の平均数である。様々な実施形態では、ＤＡＲは、抗体１つあたり１、２、３、４、５、６、７、または８個の薬物分子に由来する。いくつかの実施形態では、ＤＡＲは１～８である。いくつかの実施形態では、ＤＡＲは１～６である。ある実施形態では、ＤＡＲは２～４である。場合により、ＤＡＲは２～３である。ある場合では、ＤＡＲは０．５～３．５である。いくつかの実施形態では、ＤＡＲは、約１、約１．５、約２、約２．５、約３、または約３．５である。
本明細書では、「ＭＳＲ１」、「ｈＭＳＲ１」などの表現は、（ｉ）ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ＿００２４３６．１に記載のアミノ酸配列、（ｉｉ）ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ＿６１９７２９．１に記載のアミノ酸配列、および／または（ｉｉｉ）ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ＿６１９７３０．１に記載のアミノ酸配列を含む、ヒト単回通過三量体ＩＩ型膜貫通糖タンパク質パターン認識受容体を指し、これらはクラスＡマクロファージスカベンジャー受容体の様々な種類およびアイソフォームを表す。「ＭＳＲ１」という表現は、単量体と多量体両方のＭＳＲ１分子を含む。本明細書では、「単量体ヒトＭＳＲ１」という表現は、多量体化ドメインを含有も保有もしておらず、別のＭＳＲ１分子との直接の物理的関連性のない単一ＭＳＲ１分子として正常条件下で存在する、ＭＳＲ１タンパク質またはその部分を意味する。例示的な単量体ＭＳＲ１分子は、配列番号３９３のアミノ酸配列を含む「Ｈｉｓ－ｈＭＳＲ１」として本明細書で称される分子である（例えば本明細書中の実施例２５を参照）。
本明細書中のタンパク質、ポリペプチド、およびタンパク質フラグメントへの言及はすべて、非ヒト種由来であると明確に特定されていない限り、それぞれヒト種のタンパク質、ポリペプチド、またはタンパク質フラグメントを指すように意図される。そのため、「ＭＳＲ１」という表現は、非ヒト種由来のもの、例えば「マウスＭＳＲ１」、「サルＭＳＲ１」などと特定されていない限り、ヒトＭＳＲ１を意味する。
本明細書では、「細胞表面発現ＭＳＲ１」という表現は、ＭＳＲ１タンパク質の少なくとも一部が細胞膜の細胞外側面に晒されて抗体の抗原結合部分にアクセス可能となるようにインビトロまたはインビボで細胞表面に発現される、１つ以上のＭＳＲ１タンパク質、またはその細胞外ドメインを意味する。「細胞表面発現ＭＳＲ１」は、通常はＭＳＲ１タンパク質を発現する細胞の表面に発現されるＭＳＲ１タンパク質を含むか、または該ＭＳＲ１タンパク質からなる場合がある。代替的に、「細胞表面発現ＭＳＲ１」は、通常は表面上のヒトＭＳＲ１を発現しないが表面上にＭＳＲ１を発現するよう人為的に操作されている、細胞の表面に発現されるＭＳＲ１タンパク質を含むか、または該ＭＳＲ１タンパク質からなる場合がある。
本明細書では、「抗ＭＳＲ１抗体」という表現は、単一の特異性を持つ一価抗体のほか、ＭＳＲ１に結合する第１の腕と第２の（標的）抗原に結合する第２の腕とを含む二重特異性抗体を含み、ここで抗ＭＳＲ１の腕は、表９に記載のＨＣＶＲ／ＬＣＶＲまたはＣＤＲの配列のいずれかを含む。「抗ＭＳＲ１抗体」という表現はまた、薬物または治療薬にコンジュゲートされる抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合部分を含む、抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を含む。「抗ＭＳＲ１抗体」という表現はさらに、放射性核種にコンジュゲートされる抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合部分を含む、抗体放射性核種コンジュゲート（ＡＲＣ）を含む。
用語「壁タイコ酸」（ＷＴＡ）は、Ｎ－アセチルムラミン酸糖のＣ６ヒドロキシルへのホスホジエステル結合を介してペプチドグリカンに共有結合されるアニオン性グリコポリマーを指す。精密な化学構造は有機体間で変動することがあるが、いくつかの実施形態では、ＷＴＡは、位置２で１の反復単位、ＤリビトールおよびＤアラニルの１，５－ホスホジエステル結合の反復単位、ならびに位置４にグリコシル置換基があるリビトールタイコ酸である。グリコシル基は、黄色ブドウ球菌に存在するようなＮ－アセチルグルコサミニルαまたはβであってもよい。アルジトール／糖アルコールホスフェートの反復にあるヒドロキシルは、Ｎ‐アセチルグルコサミンなどのカチオン性Ｄアラニンエステルおよび単糖類で置換されてもよい。ヒドロキシル置換基は、Ｄアラニル、およびαまたはβ ＧｌｃＮＨＡｃを含んでもよい。特異的な一実施形態では、ＷＴＡは以下の式の化合物を含む。
式中、波線は、Ｐｏｌｙａｌｄｉｔｏｌ－Ｐまたはペプチドグリカンの反復結合単位または結合部位を示し、ＸはＤアラニルまたは－－Ｈであり、Ｙはα－ＧｌｃＮＨＡｃまたはβ－ＧｌｃＮＨＡｃである。
本明細書では、用語「抗ＷＴＡ抗体」は、ＷＴＡαまたはＷＴＡβにかかわらず、壁タイコ酸（ＷＴＡ）に結合する任意の抗体を指す。用語「抗壁タイコ酸α抗体」、「抗ＷＴＡα抗体」、「抗－αＷＴＡ」、または「抗－αＧｌｃＮａｃ ＷＴＡ抗体」は、ＷＴＡαに特異的に結合する抗体を指すために互換的に使用される。同様に、用語「抗壁タイコ酸β抗体」、「抗ＷＴＡβ抗体」、「抗－βＷＴＡ」、または「抗－βＧｌｃＮａｃ ＷＴＡ抗体」は、ＷＴＡβに特異的に結合する抗体を指すために互換的に使用される。「抗ＷＴＡ抗体」という表現は、単一の特異性を持つ一価抗体のほか、ＷＴＡ（ＷＴＡαまたはＷＴＡβにかかわらず）に結合する第１の腕と第２の（標的）抗原に結合する第２の腕とを含む二重特異性抗体を含み、ここで抗ＷＴＡの腕は、表２Ａと２Ｂに記載のＨＣＶＲ／ＬＣＶＲまたはＣＤＲの配列のいずれかを含む。「抗ＷＴＡ抗体」という表現はまた、薬物または治療薬にコンジュゲートされる抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合部分を含む、抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を含む。
用語「抗体」は、本明細書で使用されるように、特定の抗原（例えばＭＳＲ１、ＷＴＡ、またはプロテインＡ）に特異的に結合するか相互作用する少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む、任意の抗原結合分子または分子複合体を意味する。用語「抗体」は、ジスルフィド結合により相互接続される４つのポリペプチド鎖、２つの重（Ｈ）鎖、および２つの軽（Ｌ）鎖を含む免疫グロブリン分子のほか、それらの多量体（例えばＩｇＭ）を含む。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＨＣＶＲまたはＶＨと略す）および重鎖定常領域を含む。重鎖定常領域は３つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＬＣＶＲまたはＶＬと略す）および軽鎖定常領域を含む。軽鎖定常領域は１つのドメイン、ＣＬ１を含む。ＶＨ領域とＶＬの領域はさらに、相補性決定領域（ＣＤＲ）と名付けられる超可変性領域へとさらに細分され、フレームワーク領域（ＦＲ）と名付けられる、さらに保存される領域に散在する場合がある。ＶＨとＶＬはそれぞれ、ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４の順序でアミノ末端からカルボキシ末端に配置される３つのＣＤＲと４つのＦＲで構成される。異なる実施形態では、抗体（またはその抗原結合部分）のＦＲは、ヒト生殖細胞系列配列と同一であるか、または自然あるいは人為的に改変されてもよい。アミノ酸コンセンサス配列は、２つ以上のＣＤＲの並行解析に基づき定めることができる。
本明細書では、用語「抗体」はまた、完全な抗体分子の抗原結合フラグメントを含む。本明細書では、抗体の「抗原結合部分」、抗体の「抗原結合フラグメント」などの用語は、複合体を形成するために抗原に特異的に結合する、任意の自然発生の、酵素で入手可能な、合成の、あるいは遺伝子操作されたポリペプチドまたは糖タンパク質を含む。抗体の抗原結合フラグメントは、例えば、ＤＮＡコード化抗体可変領域および随意に不変領域の操作と発現に関与するタンパク質分解消化または組換え遺伝子工学技法など、任意の適切な標準技法を使用して、完全な抗体分子から導かれる場合がある。このようなＤＮＡは既知であり、および／または、例えば商用供給源、ＤＮＡライブラリ（例えばファージ抗体ライブラリを含む）から容易に入手可能であり、、または合成可能である。ＤＮＡは、１つ以上の可変領域および／または不変領域を適切な構成へと配置するか、または、コドンを導入し、システイン残基を作製し、アミノ酸を修飾、付加、および／または欠失させるために、化学的に、または分子生物学技法の使用により配列決定または操作されてもよい。
抗原結合フラグメントの非限定的な例として、（ｉ）Ｆａｂフラグメント、（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメント、（ｉｉｉ）Ｆｄフラグメント、（ｉｖ）Ｆｖフラグメント、（ｖ）単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）分子、（ｖｉ）ｄＡｂフラグメント、および（ｖｉｉ）抗体の超可変領域（例えばＣＤＲ３ペプチドなどの単離された相補性決定領域（ＣＤＲ））または制限されたＦＲ３－ＣＤＲ３－ＦＲ４ペプチドを模倣するアミノ酸残基からなる最小の認識ユニットが挙げられる。ドメイン特異的抗体、単一ドメイン抗体、ドメイン欠失抗体、キメラ抗体、ＣＤＲグラフト抗体、ダイアボディ、三重特異性抗体、四重特異性抗体、ミニボディ、ナノボディ（例えば一価ナノボディ、二価ナノボディなど）、小モジュラー免疫医薬（ＳＭＩＰ）、およびサメ可変ＩｇＮＡＲドメインなどの他の操作された分子も、本明細書で使用される「抗原結合フラグメント」という表現内に包含される。
抗体の抗原結合フラグメントは通常、少なくとも１つの可変ドメインを含む。可変ドメインは任意のサイズまたはアミノ酸組成のドメインでもよく、全体的に、１つ以上のフレームワーク配列を持つフレームに隣接するか該フレーム中にある少なくとも１つのＣＤＲを含む。ＶＬドメインに関連するＶＨドメインを有する抗原結合フラグメントでは、ＶＨドメインとＶＬドメインは、任意の適切な配置で互いに対して位置する場合がある。例えば、可変領域は二量体であってもよく、ＶＨ－ＶＨ、ＶＨ－ＶＬ、またはＶＬ－ＶＬ二量体を含有する。代替的に、抗体の抗原結合フラグメントは、単量体ＶＨドメインまたはＶＬドメインを含有する場合がある。ある実施形態では、抗体の抗原結合フラグメントは、少なくとも１つの不変領域に共有結合される少なくとも１つの可変ドメインを含有する場合がある。本開示の抗体の抗原結合フラグメント内に見られる可変領域と不変領域の例示的であるが非限定的な構成として、（ｉ）ＶＨ－ＣＨ１、（ｉｉ）ＶＨ－ＣＨ２、（ｉｉｉ）ＶＨ－ＣＨ３、（ｉｖ）ＶＨ－ＣＨ１－ＣＨ２、（ｖ）ＶＨ－ＣＨ１－ＣＨ２－ＣＨ３、（ｖｉ）ＶＨ－ＣＨ２－ＣＨ３、（ｖｉｉ）ＶＨ－ＣＬ、（ｖｉｉｉ）ＶＬ－ＣＨ１、（ｉｘ）ＶＬ－ＣＨ２、（ｘ）ＶＬ－ＣＨ３、（ｘｉ）ＶＬ－ＣＨ１－ＣＨ２、（ｘｉｉ）ＶＬ－ＣＨ１－ＣＨ２－ＣＨ３、（ｘｉｉｉ）ＶＬ－ＣＨ２－ＣＨ３、および（ｘｉｖ）ＶＬ－ＣＬが挙げられる。上記に列記した例示的な構成のいずれかを含む可変領域と不変領域の任意の構成では、可変領域と不変領域は、互いに直接結合されるか、または、完全あるいは部分的なヒンジ領域もしくはリンカー領域により結合されてもよい。ヒンジ領域は、単一のポリペプチド分子中の可変領域および／または不変領域間の弾性あるいは半弾性結合をもたらす、少なくとも２つ（例えば５、１０、１５、２０、４０、６０以上）のアミノ酸からなる場合がある。さらに、本開示の抗体の抗原結合フラグメントは、（例えばジスルフィド結合により）互いに、および／または１つ以上の単量体ＶＨあるいはＶＬドメインと共有結合状態にある、上記に列記した可変ドメインと不変ドメインの構成のいずれかのホモ二量体またはヘテロ二量体（あるいは他の多量体）を含む場合がある。
完全な抗体分子と同様に、抗原結合フラグメントは、単特異性または多特異性（例えば二重特異性）であってもよい。抗体の多特異性抗原結合フラグメントは通常、少なくとも２つの異なる可変ドメインを含む。この場合可変ドメインはそれぞれ、別個の抗原または同じ抗原上の異なるエピトープに特異的に結合することが可能である。本明細書に開示される例示的な二重特異性抗体フォーマットを含む任意の多特異性抗体フォーマットは、当該技術分野で利用可能な慣例的技法を用いて、本開示の抗体の抗原結合フラグメントの観点での使用に適している場合がある。
本開示の抗体は、補体依存細胞毒性（ＣＤＣ）または抗体依存性細胞性細胞毒性（ＡＤＣＣ）を介して機能する場合がある。「補体依存細胞毒性」（ＣＤＣ）は、補体の存在下で本開示の抗体による抗原発現細胞の溶解を指す。「抗体依存性細胞性細胞毒性」（ＡＤＣＣ）は、Ｆｃ受容体（ＦｃＲｓ）を発現する非特異性細胞傷害性細胞（例えばナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球、およびマクロファージ）が、標的細胞上で結合された抗体を認識することで標的細胞の溶解を生じさせる細胞媒介反応を指す。ＣＤＣとＡＤＣＣは、当該技術分野で周知であるとともに利用可能なアッセイを使用して測定可能である（例えば米国特許第５，５００，３６２号と５，８２１，３３７号、およびＣｌｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）９５：６５２－６５６を参照）。抗体の定常領域は、抗体が補体を固定して細胞依存性細胞毒性を媒介する能力において重要である。ゆえに、抗体のアイソタイプは、抗体による細胞毒性の媒介が望ましいかどうかに基づき選択することができる。
ある実施形態において、本明細書に開示される抗体はヒト抗体である。本明細書では、用語「ヒト抗体」は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域および定常領域を持つ抗体を含むように意図される。本開示のヒト抗体は、例えばＣＤＲと特定のＣＤＲ３において、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列によりコードされないアミノ酸残基（例えば、インビトロでのランダムあるいは部位特異的な突然変異誘発、またはインビボでの体細胞突然変異により導入される突然変異）を含む場合がある。しかし、本明細書では用語「ヒト抗体」は、マウスなどの他の哺乳動物種の生殖細胞系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列上に移植（ｇｒａｆｔｅｄ）される抗体を含むようには意図されていない。
本明細書で開示される抗体は、いくつかの実施形態では組換えヒト抗体であってもよい。本明細書では、用語「組換えヒト抗体」は、組換え手段により調製、発現、作製、または単離されるヒト抗体すべてを含むように意図されており、前記抗体としては、宿主細胞（以下に詳述する）へとトランスフェクトされる組換え発現ベクターを使用して発現される抗体、組換え組み合わせヒト抗体ライブラリ（以下に詳述する）から単離した抗体、ヒト免疫グロブリン遺伝子である動物（例えばマウス）から単離した工程（例えばＴａｙｌｏｒ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０：６２８７－６２９５を参照）、または、ヒト免疫グロブリン遺伝子配列の他のＤＮＡ塩基配列へスプライシングに関与する他の任意の手段により調製、発現、作製、あるいは単離される抗体などがある。このような組換えヒト抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列由来の可変領域と定常領域を有する。しかし、ある実施形態では、このような組換えヒト抗体は、インビトロ突然変異誘発（あるいは、ヒトＩｇ配列に対するトランスジェニック動物の使用時にはインビボ体性突然変異誘発）にかけられ、これにより、組換え抗体のＶＨ領域とＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖細胞系列ＶＨ配列とＶＬ配列に由来する一方でインビボでのヒト抗体生殖細胞系列のレパートリー内に自然に存在しない場合のある配列である。
ヒト抗体は、ヒンジ不均一性に関連する２つの形態で存在してもよい。一方の形態では、免疫グロブリン分子は、二量体が鎖間重鎖ジスルフィド結合により一体的に保持される約１５０～１６０ｋＤａの安定した４つの鎖状構築物を含む。他方の形態では、二量体は鎖間ジスルフィド結合により結合されず、共有結合された軽鎖と重鎖（半抗体）で構成される約７５～８０ｋＤａの分子が形成される。これら形態は、親和性精製の後でも分離が極めて困難であった。
様々な無傷のＩｇＧアイソタイプ中に第２の形態が出現する頻度は、限定されないが抗体のヒンジ領域アイソタイプに関連する構造的な差異に起因する。ヒトＩｇＧ４ヒンジのヒンジ領域中の単一アミノ酸置換は、ヒトＩｇＧ１ヒンジを使用して、第２の形態の出現（Ａｎｇａｌ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ３０：１０５）を、通常認められる程度にまで大きく低減することができる。本明細書に開示される実施形態は、例えば産生中に所望の抗体形態の収率を改善するのが望ましい場合があるヒンジ、ＣＨ２、またはＣＨ３の領域に１つ以上の突然変異を有する抗体を含む。
本明細書に開示される抗体は単離抗体でもよい。本明細書では、「単離抗体」は、その自然環境のうち少なくとも１つの成分から特定、分離、および／または回収される抗体を意味する。例えば、有機体の少なくとも１つの成分、または抗体が自然に存在するか自然に産生される組織あるいは細胞から分離または除去される抗体は、本開示の目的に対する「単離抗体」である。単離抗体はまた、組換え細胞内にインサイツ抗体を含む。単離抗体は、少なくとも１つの精製工程または単離工程にかけられる抗体である。ある実施形態によれば、単離抗体は、他の細胞材料および／または化学物質を実質的に含まない場合がある。
本明細書に開示される抗体は、抗体が導かれる対応する生殖細胞系列配列と比較して、重鎖および軽鎖可変ドメインのフレームワークおよび／またはＣＤＲ領域に、１つ以上のアミノ酸置換、挿入、および／または欠失を含む場合がある。このような突然変異は、本明細書に開示されるアミノ酸配列と、例えば公的な抗体配列データベースから入手可能な生殖細胞系列配列とを比較することで容易に確認することができる。実施形態は抗体およびその抗原結合フラグメントを含んでおり、前記抗体およびその抗原結合フラグメントは、本明細書に開示されるアミノ酸配列のいずれかに由来するものであり、ここで、１つ以上のフレームワークおよび／またはＣＤＲ領域内の１つ以上のアミノ酸は、抗体が導かれる生殖細胞系列配列の対応する残基、別のヒト生殖細胞系列配列の対応する残基、または対応する生殖細胞系列残基の保存的アミノ酸置換へと突然変異を受ける（このような配列の変化は、本明細書では総体的に「生殖細胞系列突然変異」と称する）。当業者は、本明細書に開示される重鎖および軽鎖可変領域から始めて、１つ以上の個々の生殖細胞系列突然変異またはその組み合わせを含む多数の抗体および抗原結合フラグメントを容易に産生することができる。ある実施形態では、ＶＨおよび／またはＶＬドメイン内のフレームワーク残基および／またはＣＤＲ残基はすべて、抗体が由来する元来の生殖細胞系列配列に見られる残基に戻って突然変異を受ける。他の実施形態では、例えばＦＲ１の最初の８つのアミノ酸あるいはＦＲ４の最後の８つのアミノ酸内に見られる突然変異残基のみ、もしくはＣＤＲ１、ＣＤＲ２、あるいはＣＤＲ３内に見られる突然変異残基のみといった、特定の残基のみが、元来の生殖細胞系列配列に戻って突然変異を受ける。他の実施形態では、フレームワーク残基および／またはＣＤＲ残基のうち１つ以上は、異なる生殖細胞系列配列（抗体が導かれる元来の生殖細胞系列配列とは異なる生殖細胞系列配列）の対応する残基へと突然変異を受ける。さらに本開示の抗体は、フレームワーク領域および／またはＣＤＲ領域内に２つ以上の生殖細胞系列突然変異の任意の組み合わせを含有する場合があり、例えば、ある個々の残基は、特定の生殖細胞系列配列の対応する残基へと突然変異を受けるが、元来の生殖細胞系列配列と異なる他の残基は維持されるか、または異なる生殖細胞系列配列の対応する残基へと突然変異を受ける。一旦取得されると、１つ以上の生殖細胞系列突然変異を含有する抗体および抗原結合フラグメントは、結合特異性の改善、結合親和性の増加、拮抗的あるいは作動的特性の改善もしくは向上（場合に応じて）、免疫原性の低下など、１つ以上の所望の特性について容易に試験を行うことができる。この一般的な様式で得られる抗体および抗原結合フラグメントは、本明細書に開示される実施形態内に包含される。
実施形態はさらに、１つ以上の保存的置換を有する、本明細書に開示されるＨＣＶＲ、ＬＣＶＲ、および／またはＣＤＲのアミノ酸配列のいずれかの変異体を含む抗体を含んでいる。例えば実施形態は、ＨＣＶＲ、ＬＣＶＲ、および／またはＣＤＲのアミノ酸配列を含む抗ＭＳＲ１抗体を含んでおり、保存的アミノ酸置換は、表９に記載されるＨＣＶＲ、ＬＣＶＲ、および／またはＣＤＲのアミノ酸配列に比べて、１０以下、８以下、６以下、４以下などである。別の例として、実施形態は、ＨＣＶＲ、ＬＣＶＲ、および／またはＣＤＲのアミノ酸配列を含む抗ＷＴＡ抗体を含んでおり、保存的アミノ酸置換は、表２Ａまたは２Ｂに記載されるＨＣＶＲ、ＬＣＶＲ、および／またはＣＤＲのアミノ酸配列に比べて、１０以下、８以下、６以下、４以下などである。また別の例として、実施形態は、ＨＣＶＲ、ＬＣＶＲ、および／またはＣＤＲのアミノ酸配列を含む抗プロテインＡ抗体を含んでおり、保存的アミノ酸置換は、表３Ａに記載されるＨＣＶＲ、ＬＣＶＲ、および／またはＣＤＲのアミノ酸配列に比べて、１０以下、８以下、６以下、４以下などである。
用語「エピトープ」は、パラトープとして知られる抗体分子の可変領域中の特異的抗原結合部位と相互作用する抗原決定基を指す。１つの抗原には１より多くのエピトープを有してもよい。そのため、様々な抗体が抗原上の様々な領域に結合し、異なる生物学的作用を有していてもよい。エピトープは立体構造的または線形のいずれかであってもよい。立体構造的エピトープは、線形ポリペプチド鎖の異なるセグメントから空間的に並列するアミノ酸によって産生される。線形エピトープは、ポリペプチド鎖中の隣接アミノ酸残基により産生されるエピトープである。ある状況では、エピトープは、抗原上に単糖類、ホスホリル基、またはスルホニル基の部分を含んでもよい。
核酸またはそのフラグメントを指すときに、「実質的な同一性」または「実質的に同一」という用語は、適切なヌクレオチド挿入または欠失と別の核酸（またはその相補鎖）との最適な位置合わせが行われると、以下に論じられるＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴ、またはＧＡＰなどの周知の配列同一性アルゴリズムにより測定されるように、核酸塩基の少なくとも約９５％、より好ましくは少なくとも約９６％、９７％、９８％、または９９％にヌクレオチド配列同一性が存在することを意味する。基準核酸分子との実質的な同一性を持つ核酸分子は、ある例では、基準核酸分子によりコードされるポリペプチドと同じ、または実質的に同様のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする場合がある。
ポリペプチドに適用される場合、用語「実質的な類似性」または「実質的に類似の」は、デフォルトギャップ重量を用いてプログラムＧＡＰまたはＢＥＳＴＦＩＴにより２つのペプチド配列が最良に位置合わせされると、少なくとも９５％の配列同一性、さらに好ましくは少なくとも９８％または９９％の配列同一性を共有することを意味する。好ましくは、同一でない残基位置は保存的アミノ酸置換により相違する。「保存的アミノ酸置換」は、あるアミノ酸残基が、同様の化学特性（例えば電荷または疎水性）を持つ側鎖（Ｒ基）を有する他のアミノ酸残基により置換されるものである。概して、保存的アミノ酸置換は、タンパク質の機能特性を実質的に変えない。２つ以上のアミノ酸配列が保存的置換により互いに相違する場合、配列同一性の割合または類似度は、置換の保存的性質を補正するために上方へ調整される場合がある。この調整を行うための手段は当業者に周知である。例えば、「Ｐｅａｒｓｏｎ（１９９４）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４：３０７－３３１」を参照。同様の化学特性を持つ側鎖を有するアミノ酸の群の例として、（１）脂肪族側鎖としてグリシン、アラニン、バリン、ロイシン、およびイソロイシン、（２）脂肪族ヒドロキシル側鎖としてセリンおよびトレオニン、（３）アミド含有側鎖としてアスパラギンおよびグルタミン、（４）芳香族側鎖としてフェニルアラニン、チロシン、およびトリプトファン、（５）塩基性側鎖としてリジン、アルギニン、およびヒスチジン、（６）酸性側鎖としてアスパルテートおよびグルタメート、ならびに（７）硫黄含有側鎖としてシステインおよびメチオニンが挙げられる。好ましい保存的アミノ酸置換基は、バリン－ロイシン－イソロイシン、フェニルアラニン－チロシン、リジン－アルギニン、アラニン－バリン、グルタメート－アスパルテート、およびアスパラギン－グルタミンである。代替的に、保存的置換は、「Ｇｏｎｎｅｔ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６：１４４３－１４４５」に開示されるＰＡＭ２５０対数尤度マトリクスに正の値がある任意の変化である。「中程度に保存的な」置換は、ＰＡＭ２５０尤度対数マトリクスに負でない値がある任意の変化である。
ポリペプチドのための配列類似性は配列同一性と称されることもあり、通常は配列解析ソフトウェアを使用して測定される。タンパク質解析ソフトウェアは、保存的アミノ酸置換を含む様々な置換、欠失、および他の修飾に割り当てられる類似性の測定を用いて同様の配列に一致する。例えば、ＧＣＧソフトウェアはＧＡＰおよびＢＥＳＴＦＩＴなどのプログラムを包含しており、これらプログラムをデフォルトパラメータで使用することで、有機体の様々な種に由来する相同ポリペプチドなどの密接に関連するポリペプチド間、または野生型タンパク質とその突然変異体間での配列相同性または配列同一性を求めることができる。例えば、「ＧＣＧ Ｖｅｒｓｉｏｎ ６．１」を参照。ポリペプチド配列はまた、ＧＣＧ Ｖｅｒｓｉｏｎ ６．１中のプログラムである、デフォルトまたは推奨パラメータを用いるＦＡＳＴＡを使用して比較することができる。ＦＡＳＴＡ（例えばＦＡＳＴＡ２およびＦＡＳＴＡ３）は、クエリ配列と検索配列との間にある最良な重複の領域のアライメントおよび配列同一性割合を提供する（上述のＰｅａｒｓｏｎ（２０００））。本開示の配列と様々な有機体の多数の配列を包含するデータベースとを比較したときの、別の好ましいアルゴリズムは、デフォルトパラメータを用いるコンピュータプログラムＢＬＡＳＴ、具体的にＢＬＡＳＴＰまたはＴＢＬＡＳＴＮである。例えば、「Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９－４０２」を参照。
本明細書では、「Ｏ－ＰＥＧｎ」は末端酸素原子を介して結合される一価部分を指し、式中、ｎは１～１００である。例えば、ｎが１であるとき、Ｏ－ＰＥＧｎは－Ｏ－ＣＨ２ＣＨ２ＯＨであり、ｎが２であるとき、Ｏ－ＰＥＧｎは－Ｏ－ＣＨ２ＣＨ２Ｏ－ＣＨ２ＣＨ２ＯＨであり、ｎが３であるとき、Ｏ－ＰＥＧｎは－Ｏ－ＣＨ２ＣＨ２Ｏ－ＣＨ２ＣＨ２Ｏ－ＣＨ２ＣＨ２ＯＨである。
本明細書では、「結合剤」は、所与の結合パートナー、例えば抗原に対する特異性をもって結合可能な任意の分子、例えばタンパク質または抗体を指す。
本明細書では、「リンカー」は、結合剤を、本明細書に記載される１つ以上の化合物、例えば本明細書に記載されるようなペイロード化合物および親水基と共有結合させる二価、三価、または多価の分子を指す。
本明細書では、「反応基」すなわちＲＧは、他の化学部分との反応および共有結合形成、例えば、そのシステイン残基またはリジン残基での抗体との反応が可能である構造中の一部を含む、部分を指す。本開示の例示的な反応基としては、マレイミド、スクシンイミド、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）、末端第一級アミン、ハロアセチル基、イソチオシアネート、チオール、アルコール、ケトン、アルデヒド、酸、エステル、ヒドラジド、およびアニリンを含むものが挙げられるが、これに限定されるものではない。ＲＧはまた、以下の構造を有する部分を含み、
式中、Ｘは－Ｏ－または－ＮＨ－であり、ＬＧは脱離基、例えばＢｒである。
本明細書では、「アミド合成条件」は、例えばカルボン酸、活性化カルボン酸、またはハロゲン化アシルとアミンとの反応によりアミドの形成を達成するのに適切な反応条件を指す。いくつかの例では、アミド合成条件は、カルボン酸とアミンとの間でのアミド結合の形成を達成するのに適切な反応条件を指す。これらの例の一部では、まずカルボン酸を活性化カルボン酸に変換してから、この活性化カルボン酸をアミンと反応させて、アミドを形成する。アミドの形成を達成するのに適切な条件として、カルボン酸とアミンとの間での反応を達成する試薬を利用するもの、例えば、ジシクロヘキシルカルボジイミド（ＤＣＣ）、ジイソプロピルカルボジイミド（ＤＩＣ）、（ベンゾトリアゾール－１－イルオキシ）トリス（ジメチルアミノ）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＢＯＰ）、（ベンゾトリアゾール－１－イルオキシ）トリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＢＯＰ）、（７－アザベンゾトリアゾール－１－イルオキシ）トリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＡＯＰ）、ブロモトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＢｒＯＰ）、Ｏ－（ベンゾトリアゾール－１－イル）－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＢＴＵ）、Ｏ－（ベンゾトリアゾール－１－イル）－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムテトラフルオロボラート（ＴＢＴＵ）、１－［ビス（ジメチルアミノ）メチレン］－１Ｈ－１，２，３－トリアゾロ［４，５－ｂ］ピリジニウム３－オキシドヘキサフルオロホスフェート（ＨＡＴＵ）、Ｎ－エトキシカルボニル－２－エトキシ－１，２－ジヒドロキノリン（ＥＥＤＱ）、Ｎ－エチル－Ｎ’－（３－ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド（ＥＤＣ）、２－クロロ－１，３－ジメチルイミダゾリジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＣＩＰ）、２－クロロ－４，６－ジメトキシ－１，３，５－トリアジン（ＣＤＭＴ）、（１－シアノ－２－エトキシ－２－オキソエチリデンアミノオキシ）ジメチルアミノ－モルホリノ－カルベニウムヘキサフルオロホスフェート（ＣＯＭＵ）、およびカルボニルジイミダゾール（ＣＤＩ）が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
いくつかの例では、まずカルボン酸を活性化カルボン酸エステルに変換してから、この活性化カルボン酸エステルをアミンで処理して、アミド結合を形成する。ある実施形態では、前記カルボン酸は試薬で処理される。前記試薬は、カルボン酸を脱プロトン化して、プロトン化試薬に対する脱プロトン化カルボン酸による求核攻撃の結果として脱プロトン化カルボン酸との複合体を形成することにより、カルボン酸を活性化する。特定のカルボン酸に対する活性化カルボン酸エステルは後に、カルボン酸が活性化される前よりもアミンによる求核攻撃に対して敏感となる。この結果、アミド結合が形成される。そのため、カルボン酸は活性化されると記載される。例示的な試薬としてＤＣＣおよびＤＩＣが挙げられる。
本明細書では、「タウリン」は、試薬
、または基
を指すものであり、式中、
は、タウリンが式中の隣接基に結合される原子を示す。
本開示の化合物
前述の目的などに従い、本開示は、リファマイシンアナログ化合物、その前駆体および中間体、医薬組成物、ならびに、処置を必要とする被験体の細菌増殖を阻害および／または細菌感染症を処置するための方法を提供する。
一態様では、本開示は、式（Ａ）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
ＺａとＺｂは独立して、水素、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－ＯＲ１、および－ＲＮから選択され、但しこの場合、ＺａまたはＺｂのうち少なくとも１つは水素ではなく、ここで、
Ｒ１は、水素、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、例えばＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造などの脂肪族環状構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、および－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一態様では、本開示は、式（Ｉ）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または
－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一態様では、本開示は、式（Ｉ’）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
式（Ａ）、（Ｉ）、または（Ｉ’）の化合物の一実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１は脂肪族Ｃ１－Ｃ３炭化水素であり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素である。
式（Ａ）、（Ｉ）、または（Ｉ’）の化合物の一実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１はベンジル基であり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素であり、Ｒｂは水素である。
式（Ａ）、（Ｉ）、または（Ｉ’）の化合物の一実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１は、ＯおよびＮから選択される１～８のヘテロ原子を含む脂肪族Ｃ１－Ｃ８炭化水素であり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素であり、Ｒｂは水素である。
式（Ａ）、（Ｉ）、または（Ｉ’）の化合物の一実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１は、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２のうち１つ以上で置換される脂肪族Ｃ１－Ｃ８炭化水素であり、Ｒ＊はＨまたは脂肪族Ｃ１－Ｃ３炭化水素であり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素であり、Ｒｂは水素である。
式（Ａ）、（Ｉ）、または（Ｉ’）の化合物の一実施形態では、Ｘは－ＮＣＨ３－であり、Ｒ１は－ＯＨであり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素であり、Ｒｂは水素である。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＩ）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒａは、水素、－Ｃｌ、および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＩ’）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＩＩ）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ５は、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ５は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ５はｎ－ブチル基ではなく、
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、ならびに
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、ならびにＲ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成する。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＩＩ’）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ５は、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ５は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ５はｎ－ブチル基ではなく、
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成する。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＶ）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ５は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ５は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（ＩＶ’）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ５は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ５は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（Ｖ）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ６は、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ６は、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ６はｎ－ブチル基ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、式（Ｖ’）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒａは水素および－ＯＲ＊から選択され、
Ｒ６は、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ６は、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ６はｎ－ブチル基ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、式（Ｂ）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、もしくはその中間体あるいは前駆体、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、水素、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、フルオレニルメチルオキシカルボニル（ＦＭＯＣ）とｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ）から選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、および－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、式（Ｂ－１）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、式（Ｂ－２）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成する。
別の態様では、本開示は、式（Ｂ－２）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を提供し、
式中、
ＲＮは
であり、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’とＲ”は、水素とＣ１－Ｃ６脂肪族炭化水素から選択される。
一実施形態では、リファマイシンアナログ化合物は以下の式にかかる構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有する。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１がＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択される化合物が提供され、それらの各々はさらに、ＯおよびＮから選択される０～３のヘテロ原子を含み、ここでＲ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、Ｃ１－３アルコキシド、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではない。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１が脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素と芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素との組み合わせである化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１が脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素と複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素との組み合わせである化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１が以下から選択される化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１が、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、または－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊のうち１つ以上で置換される脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素である化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ１が、－ＮＨ－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３または－Ｎ（ＣＨ３）－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３で置換される脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素である化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒａが水素である化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒａが－ＯＨである化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒａが－Ｃｌである化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒａが－ＯＲ＊であり、Ｒ＊が脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択される化合物が提供される。
前述の式のいずれかの実施形態では、ＲＮが以下から選択される化合物が提供され、
式中、記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成する。
前述の式のいずれかの実施形態では、ＲＮが以下から選択される化合物が提供され、
式中、Ｒ’は、水素、脂肪族炭化水素、または保護基であり、ここで記号
は結合点を表す。
前述の式のいずれかの実施形態では、Ｒ＊が独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ６炭化水素、芳香族Ｃ６－Ｃ７炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択される化合物が提供され、それらはさらに、ＯとＮから選択される０～３のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、Ｒ＊は、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＮから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
本開示のリファマイシンアナログ化合物のいくつかの例示的で非限定的な実施形態は、以下の表１に示す。
一実施形態では、本開示のリファマイシンアナログ化合物は、以下からなる群から選択される構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有する。
一態様では、本開示の化合物は、式（ＩＡ）の構造、またはその薬学的に許容可能な塩を有しており、
式中、
Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ５－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、アリールＣ６－Ｃ２０炭化水素、ヘテロアリールＣ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、直鎖、分枝鎖、または環状の脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは独立して、それぞれ存在するときに水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、ＲａとＲｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ５－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、アリールＣ６－Ｃ２０炭化水素、ヘテロアリールＣ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１は脂肪族Ｃ１－Ｃ３炭化水素であり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素である。
一実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１はベンジル基であり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素である。
一実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１は、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される１～８のヘテロ原子を含む脂肪族Ｃ１－Ｃ８炭化水素であり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素である。
一実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、Ｒ１は、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２のうち１つ以上で置換される脂肪族Ｃ１－Ｃ８炭化水素であり、Ｒ２はメチル基である、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素である。
一実施形態では、Ｘは－ＮＣＨ３－であり、Ｒ１は－ＯＨであり、Ｒ２はメチル基であり、Ｒ３はＡｃ（－（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３）であり、Ｒ４は水素であり、Ｒａは水素である。
本開示はまた、本明細書に記載される化合物の塩を含む。本明細書では、「塩」は、既存の酸または塩基をその塩形態に変換することで親化合物が修飾される、本開示の化合物の誘導体を指す。塩の例として、鉱酸（ＨＣ１、ＨＢｒ、Ｈ２ＳＯ４など）または有機酸（酢酸、安息香酸、アミンなどの塩基性残基のトリフルオロ酢酸塩、カルボン酸などの酸性残基のアルカリ（Ｌｉ、Ｎａ、Ｋ、Ｍｇ、Ｃａ）あるいは有機塩（トリアルキルアンモニウムなど）など）が挙げられるが、これらに限定されるものではない。本出願の塩は、従来の化学的方法により塩基性または酸性の部分を含有する親化合物から合成できる。一般的に、このような塩は、前記化合物の遊離酸または遊離塩基形態を化学量の適切な塩基または酸と、水中、有機溶剤中、またはこの２つの組み合わせの中で反応させることにより調製できる。いくつかの実施形態では、エーテル、酢酸エチル、エタノール、イソプロパノール、またはアセトニトリル（ＡＣＮ）のような非水性培地を使用してもよい。
本出願はまた、本明細書に記載の化合物の薬学的に許容可能な塩を含む。「薬学的に許容可能な塩」は、例えば非毒性無機酸または有機酸から形成される親化合物の従来の非毒性塩である、上述の「塩」の部分集合を含む。適切な塩を列記したものは、「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１７ｔｈ ｅｄ．，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．，１９８５，ｐ．１４１８」および「Ｂｅｒｇｅ，ＳＭ ｅｔ ａｌ，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９７７，６６，１，１－１９」に見られる。「薬学的に許容可能な」という句は、適切な医学的良識の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、あるいは他の問題または合併症を伴わない、ヒトおよび動物の組織と接触させての使用に適しているとともに、合理的なベネフィット・リスク比と釣り合っている、化合物、材料、組成物、および／または剤形を指すように、本明細書で利用される。
化合物の調製は、様々な化学基の保護および脱保護を必要とする場合がある。保護および脱保護の必要性、ならびに適切な保護基の選択は、当業者が容易に決定可能である。保護基の化学は、例えば「Ｗｕｔｓ ａｎｄ Ｇｒｅｅｎｅ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，４ｔｈ Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，２００６」に見ることができる。１つの非限定的な実施形態では、保護基は、１－クロロエチルカルボニル（ＡＣＥ）、アセトイル、ベンジル（Ｂｎ）、ベンジルオキシカルボニル（ＣＢｚ）、ホルミル、メチルカルボニル、トリフルオロアセチル、ｔ－ブトキシカルボニル（Ｂｏｃ）、およびフルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）を含む場合がある。
本明細書に表されるリファマイシンアナログ化合物は、当該化合物の異性体（例えば、エナンチオマー、ジアステレオマー、および幾何学的（立体構造的））形態、例えば、各不斉中心に対するＲ配置とＳ配置、（Ｚ）と（Ｅ）の二重結合異性体、および（Ｚ）と（Ｅ）の配座異性体をすべて含む。そのため、単一の立体化学異性体のほか、本件化合物のエナンチオマー、ジアステレオマー、および幾何学的な混合物は、本開示の範囲内にある。本明細書に提示される化合物の互変異性型もすべて本開示の範囲内にある。
本明細書に記載のリファマイシンアナログ化合物はまた、１つ以上の同位体的に富化された原子の存在下でのみ相違するすべての化合物を含む。例えば、ジュウテリウムあるいはトリチウムによる水素の置換、１１Ｃ、１３Ｃ、あるいは１４Ｃの豊富な炭素による炭素の置換、１７Ｏあるいは１８Ｏの豊富な酸素による酸素の置換、または、１５Ｎの豊富な窒素による窒素の置換を除く、本件構造を有する化合物は、本開示の範囲内にある。
本開示の化合物およびその塩の結晶形態も、本開示の範囲内にある。本開示の化合物は、無水であるか、水和されるか、不溶媒和か、または溶媒和される非晶質および結晶性の多形相を含むがこれに限定されない、様々な非晶質および結晶性の多形相で単離される場合がある。水和物の例として、半水化物、一水和物、二水和物などが挙げられる。いくつかの実施形態では、本開示の化合物は無水であり、不溶媒和である。「無水」とは、化合物の結晶形態が結晶格子構造中に結合水を実質的に含有していない、すなわち化合物が結晶性水和物を形成しないことを意味する。
製造方法
一態様では、本開示は、式（Ｖ）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ６は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、前記方法は、
（ａ）以下の構造を有するリファマイシンＳ
と式（ＶＩ）の構造を有する化合物とを接触させる工程であって、
式中、Ｘ’は－ＯＨと－ＮＨＲ＊から選択される、工程と、
（ｂ）工程（ａ）の生成物を酸化剤で処理する工程と
を含む。
一態様では、本開示は、式（Ｖ’）の構造を有するリファマイシンアナログ化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ６は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、前記方法は、
（ａ）以下の構造を有するリファマイシンＳ
と式（ＶＩ’）の構造を有する化合物とを接触させる工程であって、
式中、Ｘ’は－ＯＨと－ＮＨＲ＊から選択される、工程と、
（ｂ）工程（ａ）の生成物を酸化剤で処理する工程と
を含む。
一態様では、本開示は、以下の構造を有する化合物を製造する方法を提供し、
該方法は、
（ａ）リファマイシンＳと式（ＶＩＩ）の構造を有する化合物とを接触させる工程であって、
式中、ＰＧは保護基である、工程と、
（ｂ）工程（ａ）の生成物を酸化剤で処理する工程と、
（ｃ）前記保護基ＰＧを取り除く工程と
を含む。
一実施形態では、前記式（ＶＩＩ）の化合物は、前記保護基ＰＧ’を式（ＶＩＩＩ）の化合物から取り除くことにより調製され、
式中、保護基ＰＧとＰＧ’は互いに同じまたは異なるものでもよい。
一実施形態では、前記式（ＶＩＩＩ）の化合物は、式（ＩＸ）の化合物
と式（Ｘ）の化合物とを接触させることにより調製され、
式中、保護基ＰＧとＰＧ’は互いに同じまたは異なるものでもよい。
一態様では、本開示は、式（ＸＩ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法提供し、
式中、Ｒ６は、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、Ｒ６は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、前記方法は、式（ＸＩＩ）の構造を有する化合物
と構造Ｒ６－ＯＨを有するアルコールとを接触させる工程を含む。
一態様では、本開示は、式（ＸＩ’）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ｒ６は、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、Ｒ６は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、前記方法は、式（ＸＩＩ）の構造を有する化合物
と構造Ｒ６－ＯＨを有するアルコールとを接触させる工程を含む。
一態様では、本開示は、式（ＸＩＩＩ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ａは、単結合（Ａは存在しない）または脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、
Ｒｃｙは、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含むＣ３－Ｃ１４脂環式炭化水素であり、ここでＲｃｙは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、
前記方法は、式（ＸＩＩ）の構造を有する化合物
と構造Ｒｃｙ－Ａ－ＯＨを有するアルコールとを接触させる工程を含む。
一態様では、本開示は、式（ＸＩＩＩ’）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ａは、単結合（Ａは存在しない）または脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、
Ｒｃｙは、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含むＣ３－Ｃ１４脂環式炭化水素であり、ここでＲｃｙは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、
前記方法は、式（ＸＩＩ）の構造を有する化合物
と構造Ｒｃｙ－Ａ－ＯＨを有するアルコールとを接触させる工程を含む。
一態様では、本開示は、式（ＸＩＶ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ｙはそれぞれ存在するときに、－Ｏ－と－ＮＲ’Ｒ”－から選択され、ｎは独立して、それぞれ存在するときに１～６の整数であり、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は各々独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、
前記方法は、式（ＸＩＶ）の構造を有する化合物
と構造Ｒ”Ｒ’Ｎ－Ｙ－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ－（ＣＨ２）ｎ－ＯＨを有するアルコールとを接触させる工程を含む。
一態様では、本開示は、式（ＸＩＶ’）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を製造する方法を提供し、
式中、Ｙはそれぞれ存在するときに、－Ｏ－と－ＮＲ’Ｒ”－から選択され、ｎは独立して、それぞれ存在するときに１～６の整数であり、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は各々独立して、水素と脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、
前記方法は、式（ＸＩＩ’）の構造を有する化合物
と構造Ｒ”Ｒ’Ｎ－Ｙ－（ＣＨ２）ｎ－Ｙ－（ＣＨ２）ｎ－ＯＨを有するアルコールとを接触させる工程を含む。
一実施形態では、前記式（ＸＩＩ）の化合物は、リファマイシンＳと２－アミノ－５－ブロモフェノールとを接触させ、これにより生じた生成物を酸化剤で処理することにより調製される。
一実施形態では、前記式（ＸＩＩ’）の化合物は、リファマイシンＳと２－アミノ－４－ブロモフェノールとを接触させ、これにより生じた生成物を酸化剤で処理することにより調製される。
医薬組成物と剤形
本開示はまた、本明細書に記載の化合物を含む医薬組成物を提供する。医薬品としての利用時、本開示の化合物は、本開示の化合物と薬学的に許容可能な担体との組み合わせである医薬組成物の形態で投与することができる。これら組成物は、医薬品分野で周知の様式で調製可能であり、様々な経路で投与可能である。このような医薬組成物は全身投与可能である。本明細書では、用語「全身性」は、非経口、局所、経皮、経口、吸入／肺、直腸、鼻、頬側、および舌下の投与を含む。本明細書では、用語「非経口」は、皮下、皮内、静脈内、筋肉内、頭蓋内、および腹腔内の投与を含む。いくつかの実施形態では、前記化合物は、細菌感染症（例えば黄色ブドウ球菌感染症）を処置するのに治療上有効な量で経口投与、局所投与、鼻腔内投与、静脈内投与、筋肉内投与、または皮下投与される。
本開示の化合物を含有する医薬組成物は、１つ以上の薬学的に許容可能な担体と組み合わせて調製可能である。本開示の組成物の製造において、有効成分は通常、賦形剤とともに混合され、賦形剤により希釈され、または、例えばカプセル剤、サシェ、紙などの容器の形態にある運搬体内に封入される。賦形剤は、希釈剤として機能するとき、前記有効成分の溶媒、担体、または媒体として作用する固体、半固体、または液体の材料であってもよい。このため、前記組成物は、錠剤、丸剤、粉末、ロゼンジ、サシェ、カシェ、エリキシル、懸濁液、エマルジョン、溶液、シロップ、エアロゾル（固形物として、または液体培地にある）、例えば最大１０重量％の活性化合物を含有する軟膏、軟カプセル、硬カプセル、坐薬、滅菌注射溶液、および滅菌包装粉末の形態にあってもよい。
いくつかの実施形態では、本開示の医薬組成物は液体形態にある。液体形態の非限定的な例として、エマルジョン、溶液、懸濁液、シロップ、スラリー、分散液、コロイドなどが挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、液体、半固形、または固体（例えば粉末）の形態にある。特異的な実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、半固体形態、例えばゲル、ゲルマトリクス、クリーム、ペーストなどにある。いくつかの実施形態では、半固体形態は液体溶媒を含む。いくつかの実施形態では、本開示の医薬組成物は、錠剤、顆粒剤、サシェ、または粉末などの固体剤形である。また、本開示の化合物またはその薬学的に許容可能な塩を、溶解錠剤、溶解ウェハ、カプセル、またはゲルカプセルの形態で含む医薬組成物も提供される。ある実施形態では、本明細書に記載の固体剤形は、固形溶媒（例えば錠剤に使用されるもの）および／または気体溶媒（例えばＤＰＩに使用されるもの）を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、患者への経口投与、鼻腔内投与、静脈内投与、または他の投与を目的とした単位投与製剤にある。用語「単位剤形」は、ヒト被験体および他の哺乳動物に対する単回用量として適切な物理的に別個のユニットを指すものであり、各ユニットには、適切な医薬賦形剤と関連して所望の治療効果をもたらすと算出される所定量の活性材料が含有されている。
活性化合物は、広範な用量にわたり有効な場合があり、一般的には薬学的に有効な量で投与される。しかし、実際に投与する化合物の量は通常、処置対象の疾病、選択した投与経路、実際に投与する化合物、患者個別の年齢、体重、反応、患者の症状の重症度などを含む関連する状況に応じて、医師により決定されることを理解されたい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組成物または単位剤形は、エマルジョン、溶液、懸濁液、シロップ、スラリー、分散液、コロイド、溶解錠剤、溶解ウェハ、カプセル、ゲルカプセル、半固体、固形ゲル、ゲルマトリクス、クリーム、ペースト、錠剤、顆粒剤、サシェ、粉末などとして投与される。ある態様では、１日または投与１回あたり約０．０００００１ｍｇ～約２０００ｍｇ、約０．００００１ｍｇ～約１０００ｍｇ、約０．０００１ｍｇ～約７５０ｍｇ、約０．００１ｍｇ～約５００ｍｇ、約０．０１ｍｇ～約２５０ｍｇ、約０．１ｍｇ～約１００ｍｇ、約０．５ｍｇ～約７５ｍｇ、約１ｍｇ～約５０ｍｇ、約２ｍｇ～約４０ｍｇ、約５ｍｇ～約２０ｍｇ、あるいは約７．５ｍｇ～約１５ｍｇの式（Ｉ）の化合物、または、本明細書に記載されるような式（Ａ）、（Ｂ）、（Ｉ）、（Ｉ’）、（ＩＩ）、（ＩＩ’）、（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ’）、（ＩＶ）、（ＩＶ’）、（Ｖ）、（Ｖ’）のいずれかの実施形態にかかる構造を有する化合物が、個体に投与される。
いくつかの実施形態では、本開示の化合物は、約０．０１ｍｇ～約１０ｍｇ（例えば約０．１～１０ｍｇ、約０．２５～５ｍｇ、約０．２５～２．５ｍｇ、約１～２ｍｇ、約２～３ｍｇ、約０．５～約２ｍｇ、約１～約２ｍｇ、約１ｍｇ、または約２ｍｇ）の量で、本明細書に記載の組成物またはその単位用量に存在する。いくつかの実施形態では、毎日投与される、または単位用量で投与される化合物の量は、約０．５ｍｇ～約３ｍｇ、約０．５ｍｇ～約４ｍｇ、または約０．３５ｍｇ～約４ｍｇである。他の実施形態では、単位投与量に存在する、または毎日投与される化合物の量は、約１～約３ｍｇ、約１～約２ｍｇ、または約２～約３ｍｇである。
ある態様では、１日または投与１回あたり約０．０５ｍｇ～約５０ｍｇ、約０．２５ｍｇ～約２０ｍｇ、約０．２５ｍｇ～約１５ｍｇ、約０．２５ｍｇ～約１０ｍｇ、約０．２５ｍｇ～約５ｍｇ（例えば、約０．１～約５ｍｇ、約０．２５～約２．５ｍｇ、約０．３ｍｇ～約２ｍｇ、約０．５ｍｇ～約１ｍｇ、約０．７ｍｇ～約１．５ｍｇ、約０．３７５ｍｇ、約０．７５ｍｇ、約１ｍｇ、約１．２５ｍｇ、約１．５ｍｇ、または約２ｍｇ）の化合物が、患者に投与される。
いくつかの実施形態では、前記化合物は、約５ｍｇ～約５００ｍｇの量で単位用量に存在する。いくつかの実施形態では、毎日または単位用量で投与される化合物の量は、約５ｍｇ～約３００ｍｇである。他の実施形態では、単位用量に存在するまたは毎日投与される化合物の量は、約５～約２５０ｍｇ、約５～約２００ｍｇ、約５～約１５０ｍｇ、約５～約１００ｍｇ、または約５～約５０ｍｇである。
製剤の調製では、活性化合物を粉砕して適切な粒子径にしてから、他の成分と組み合わせることができる。活性化合物は、実質的に不溶性の場合、粒子径２００メッシュ未満になるよう粉砕することができる。活性化合物が実質的に水溶性の場合、粉砕して実質的に均一な分布を製剤にもたらすことで、粒子径を調整、例えば約４０メッシュに調整することができる。適切な賦形剤のいくつかの例として、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アラビアゴム、リン酸カルシウム、アルギネート、トラガカント、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微結晶性セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、シロップ、およびメチルセルロースが挙げられる。前記製剤はさらに、タルク、ステアリン酸マグネシウム、および鉱油などの潤滑剤、湿潤剤、乳化剤、懸濁化剤、メチル－およびプロピルヒドロキシ－ベンゾエートなどの保存剤、甘味料、および香料を含む場合がある。本開示の組成物は、当該技術分野で周知の手順を利用することによって、患者への投与後に、有効成分の急速放出、持続放出、または遅延放出を提供するように製剤化することができる。
錠剤などの固形組成物の調製では、式Ｉの化合物の均一混合物を含有する固形の前製剤組成物を形成するために、主要な有効成分は医薬賦形剤と混合される。これら前製剤組成物を均質と称するとき、組成物が錠剤、丸剤、およびカプセル剤などの等しく有効な単位剤形へと容易に細分できるように、有効成分は通常、組成物全体にわたり均一に分散される。その後、この固形の前製剤は、例えば本出願の有効成分０．０００００１～２０００ｍｇを含有する上述の種類の単位剤形へと細分化される。
式Ｉの化合物を含有する錠剤または丸剤は、持続作用の利点をもたらす剤形を提供するために被膜またはその他の方法で配合することができる。例えば、錠剤または丸剤は、内部用量成分と外部用量成分を含む場合があり、後者は前者に対する膜の形態である。２つの成分は腸の層で分離することができ、この層は、胃の中での崩壊に耐え、内部成分が無傷で十二指腸へ通過するかまたは放出を遅延されるのを可能にするように機能する。このような腸の層には、多くのポリマー酸、およびポリマー酸とシェラック、セチルアルコール、酢酸セルロースなどの材料との混合物を含む材料など、様々な材料を使用可能である。
本出願の化合物と組成物が経口投与または注射のために組み込み可能である液体形態として、水溶液、適当な風味をつけたシロップ、水性懸濁液、油性懸濁液、ならびに、綿実油、ゴマ油、ヤシ油、または落花生油などの食用油を含む香味エマルジョンのほか、エリキシル、その他同様の医薬溶媒が挙げられる。
吸入または吹入れ用の組成物として、薬学的に許容可能な水性溶剤あるいは有機溶剤に含まれる溶液および懸濁液、またはその混合物、および粉末剤が挙げられる。液体または固体の組成物は、上述のような適切で薬学的に許容可能な賦形剤を含む場合がある。いくつかの実施形態では、前記組成物は、局所効果または全身効果のために経口投与されるか、または鼻呼吸器経路により投与される。組成物は不活性ガスの使用により霧状することができる。霧状の溶液を噴霧デバイスから直接吸い込む、または、噴霧デバイスを顔用マスクテント、または間欠的陽圧呼吸器に取り付けることができる。溶液、懸濁液、または粉末の組成物は、適切な形で製剤を送達するデバイスから経口投与または経鼻投与することができる。
患者に投与される組成物は、上述の医薬組成物の形態にあってもよい。これら組成物は、従来の滅菌技法により滅菌、または殺菌濾過することができる。水溶液は、そのまま使用するために包装するかまたは凍結乾燥することができ、凍結乾燥した調製物は投与前に滅菌水性担体と組み合わされる。化合物調製物のｐＨは通常３～１１、より好ましくは５～９である。前述の賦形剤、担体、または安定化剤の一部を使用することで医薬塩が形成されることが理解される。
本開示の化合物の治療用量は、例えば処置が行われる特定の使用、化合物の投与様式、患者の健康と状態、処方する医師の判断により変動する場合がある。医薬組成物における本開示の化合物の比率または濃度は、用量、化学な特徴（例えば疎水性）、および投与経路を含む多くの因子により変動する場合がある。用量はおそらく、疾患または障害の種類とその進行の程度、特定の患者の全身健康状態、選択した化合物の総体的生物効果、投与経路などの変数に左右される。有効な投与量は、インビトロまたは動物モデルの試験システムから得られる用量反応曲線から推定可能である。
本出願はさらに、例えば感染症（例えば黄色ブドウ球菌感染症）の処置に有用な医薬キットを備えており、該キットは、治療上有効な量の本開示の化合物を含む医薬組成物を含有する１つ以上の容器を備えている。このようなキットはさらに、所望される場合に、例えば１つ以上の薬学的に許容可能な担体、追加の容器など、従来の様々な医薬キット構成要素のうち１つ以上を備えていてもよく、当然のことながら当業者に容易に明白となる。投与対象の成分の量、投与のガイドライン、および／または成分混合のガイドラインを示す指示書も、挿入物またはラベルいずれかとしてキットに含めることができる。
送達デバイスは、本開示の化合物の送達だけでなく、適切な保管環境の提供にも重要である。これには、微生物汚染および化学分解からの保護が含まれる。デバイスと製剤は、起こり得る浸出または吸着を回避するのに適していなければならない。送達デバイス（またはそのパッケージ）は随意に、組成物を鼻腔内で使用すべきことを示すラベルおよび／または使用説明書とともに提供することができる。
使用方法
別の態様では、本開示は、細菌増殖を予防または阻害する方法を提供し、該方法は、式（Ａ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を有効量で投与する工程を含み、
式中、
Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、および－ＮＲ＊－から選択され、
ＺａとＺｂは独立して、水素、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－ＯＲ１、および－ＲＮから選択され、但しこの場合、ＺａまたはＺｂのうち少なくとも１つは水素ではなく、ここで、
Ｒ１は、水素、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、例えばＦＭＯＣとＢＯＣから選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造などの脂肪族環状構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、および－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、細菌増殖を予防または阻害する方法を提供し、該方法は、式（Ｉ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を有効量で投与する工程を含み、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、細菌増殖を予防または阻害する方法を提供し、該方法は、式（Ｉ’）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を有効量で投与する工程を含み、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、細菌増殖を予防または阻害する方法を提供し、該方法は、式（Ｂ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を有効量で投与する工程を含み、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、水素、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、フルオレニルメチルオキシカルボニル（ＦＭＯＣ）とｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ）から選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、および－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、細菌増殖を予防または阻害する方法を提供し、該方法は、本明細書に提供される式（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩ’）、（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ’）、（ＩＶ）、（ＩＶ’）、（Ｖ）、（Ｖ’）、（Ｂ－１）、および（Ｂ－２）のいずれか１つにかかる構造を有するリファマイシンアナログ化合物を有効量で投与する工程を含む。一実施形態では、前記細菌はグラム陽性菌である。
一実施形態では、前記細菌はペニシリン耐性菌である。
一実施形態では、前記細菌は黄色ブドウ球菌である。
一実施形態では、前記細菌は、ＭＲＳＡおよびＶＲＳＡから選択される耐性黄色ブドウ球菌株である。
一実施形態では、前記細菌はメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）である。
一実施形態では、前記細菌はバイコマイシン耐性黄色ブドウ球菌（ＶＲＳＡ）である。
一実施形態では、前記細菌はメチシリン感受性黄色ブドウ球菌（ＭＳＳＡ）である。
また別の態様では、本開示は、被験体の細菌感染症を処置する方法を提供し、該方法は、式（Ａ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を有効量で前記被験体に投与する工程を含み、
式中、
Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、および－ＮＲ＊－から選択され、
ＺａとＺｂは独立して、水素、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－ＯＲ１、および－ＲＮから選択され、但しこの場合、ＺａまたはＺｂのうち少なくとも１つは水素ではなく、ここで、
Ｒ１は、水素、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、および－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、被験体の細菌感染症を処置する方法を提供し、該方法は、式（Ｉ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を有効量で前記被験体に投与する工程を含み、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、被験体の細菌感染症を処置する方法を提供し、該方法は、式（Ｉ’）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を有効量で前記被験体に投与する工程を含み、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、ＲＮ、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基でなはなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、ＦＭＯＣとＢＯＣを含む保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
また別の態様では、本開示は、被験体の細菌感染症を処置する方法を提供し、該方法は、式（Ｂ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を有効量で前記被験体に投与する工程を含み、
式中、
Ｘは－Ｏ－および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、水素、ＲＮ、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
ＲＮは、
から選択され、ここで記号
は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、フルオレニルメチルオキシカルボニル（ＦＭＯＣ）とｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ）から選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、および－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂは、水素、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、およびＳから選択される０～３のヘテロ原子を含み、Ｒｂは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
別の態様では、本開示は、被験体の細菌感染症を処置する方法を提供し、該方法は、本明細書に提供される式（ＩＡ）、（ＩＩ）、（ＩＩ’）、（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ’）、（ＩＶ）、（ＩＶ’）、（Ｖ）、（Ｖ’）、（Ｂ－１）、および（Ｂ－２）のいずれか１つにかかる構造を有するリファマイシンアナログ化合物を有効量で投与する工程を含む。一実施形態では、前記細菌感染症はグラム陽性菌感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染症はペニシリン耐性菌感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染症は黄色ブドウ球菌感染症である。
一実施形態では、前記細菌感染症は細胞内細菌感染症である。
一実施形態では、前記被験体はヒトである。
一実施形態では、前記方法はさらに、第２の治療薬を投与する工程を含む。
一実施形態では、前記第２の治療薬は第２の抗生物質である。
一実施形態では、前記第２の抗生物質は黄色ブドウ球菌に対して有効である。
一実施形態では、前記第２の抗生物質は、アミノグリコシド、βラクタム、マクロライド、環状ペプチド、テトラサイクリン、フルオロキノリン、フルオロキノロン、およびオキサゾリジノンから選択される。
一実施形態では、前記第２の抗生物質は、クリンダマイシン、ノボビオシン、レタパムリン、ダプトマイシン、シタフロキサシン、テイコプラニン、トリクロサン、ナフチリドン、ラデゾリド、ドキソルビシン、アンピシリン、バンコマイシン、イミペネム、ドリペネム、ゲムシタビン、ダルババンシン、およびアジスロマイシンから選択される。
一実施形態では、前記化合物は、前記被験体に経口投与、局所投与、鼻内投与、静脈内投与、筋肉内投与、または皮下投与される。
別の態様では、本開示は、細菌増殖を予防または阻害する方法を提供し、該方法は、式（Ｉ）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を有効量で投与する工程を含み、
式中、
Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ５－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、直鎖、分枝鎖、または環状の脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、これらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂはそれぞれ存在するときに水素原子であり、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、これらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
また別の態様では、本開示は、被験体の細菌感染症を処置する方法を提供し、該方法は、式（Ｉ’）の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を有効量で前記被験体に投与する工程を含み、
式中、
Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、および－ＮＲ＊－から選択され、
Ｒ１は、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、その各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒ１は、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＮＯ３、－Ｏ－ＮＯ、－Ｎ３、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ、－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊、－ＣＮ、－ＮＣ、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２、－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ、－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＳＣＮ、－ＮＣＳ、－ＮＳＯ、－ＳＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊、－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊、－Ｓｉ（Ｒ＊）３、－ＣＦ３、－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせの組み合わせのうち１つ以上で随意に置換され、但しこの場合、Ｒ１はｎ－ブチル基ではなく、Ｘが－Ｏ－でありＲａが水素であるとき、Ｒ１は水素ではなく、
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、直鎖、分枝鎖、または環状の脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
Ｒａは、水素、Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊、－ＮＨ２、－ＮＨＲ＊、－Ｎ（Ｒ＊）２、－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋、－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊、－ＣＨＯ、－ＣＯ２Ｈ、－ＣＯ２Ｒ＊、－ＳＲ＊、－ＳＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、これらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、Ｒａは、－Ｆ、－Ｃｌ、－Ｂｒ、－Ｉ、－ＯＨ、－ＯＲ＊のうち１つ以上で随意に置換され、
Ｒｂはそれぞれ存在するときに水素原子であり、ならびに
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するときに、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、これらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む。
一態様では、本開示は、細菌増殖を予防または阻害する方法を提供し、該方法は、本開示のリファマイシンアナログ化合物、本開示のリファマイシンアナログ化合物を含む医薬組成物、または本開示のリファマイシンアナログ化合物を含む医薬剤形を有効量で投与する工程を含む。
別の態様では、本開示は、被験体の細菌感染症を処置する方法を提供し、該方法は、本開示のリファマイシンアナログ化合物、本開示のリファマイシンアナログ化合物を含む医薬組成物、または本開示のリファマイシンアナログ化合物を含む医薬剤形を有効量で前記被験体に投与する工程を含む。
一実施形態では、前記化合物、組成物、または剤形は、前記被験体に経口投与、局所投与、鼻内投与、静脈内投与、筋肉内投与、または皮下投与される。
ＡＤＣに適した抗ＭＳＲ１抗体
本明細書に記載される抗体薬物コンジュゲートは、完全長の抗ＭＳＲ１抗体（例えば、ＩｇＧ１またはＩｇＧ４の抗体）を含み得るか、または、抗原結合性部分（例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２またはｓｃＦｖのフラグメント）のみを含む場合があり、例えば、残留するエフェクター機能を排除するために、機能に影響を与えるように修飾され得る（Ｒｅｄｄｙ ｅｔ ａｌ．，２０００，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４：１９２５－１９３３）。
本明細書に記載される抗体薬物コンジュゲートの実施形態は、表９および１０に列挙される抗ＭＳＲ１抗体を含み得る。表９は、重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）、軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）、重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ならびにＨＣＤＲ３）、および例示的な抗ＭＳＲ１抗体の軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、ならびにＬＣＤＲ３）のアミノ酸配列識別子を記載する。表１０は、例示的な抗ＭＳＲ１抗体のＨＣＶＲ、ＬＣＶＲ、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２ ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３の核酸配列識別子を記載する。
本明細書に記載される抗体薬物コンジュゲートに適切な抗体または抗原結合フラグメントは、ＭＳＲ１に特異的に結合し、かつ、表９に列挙されるＨＣＶＲアミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだＨＣＶＲを含むものを含む。
さらに、ＭＳＲ１に特異的に結合する適切な抗体またはその抗原結合フラグメントは、表９に列挙されるＬＣＶＲアミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだＬＣＶＲを含む。
さらに、ＭＳＲ１に特異的に結合する適切な抗体またはその抗原結合フラグメントは、表９に列挙されるＬＣＶＲアミノ酸配列のいずれかとペアになった表９に列挙されるＨＣＶＲアミノ酸配列のいずれかを含んだ、ＨＣＶＲおよびＬＣＶＲアミノ酸配列ペア（ＨＣＶＲ／ＬＣＶＲ）を含む。ある実施形態は、表９に列挙される例示的な抗ＭＳＲ１抗体のいずれか内に含有されるＨＣＶＲ／ＬＣＶＲアミノ酸配列ペアを含んだ抗体またはその抗原結合フラグメントを含む、抗体薬物コンジュゲートに関連する。いくつかの実施形態では、ＨＣＶＲ／ＬＣＶＲアミノ酸配列ペアは、２／１０、２３／４２、５０／５８；９０／９８、および２８２／２９０からなる群から選択される。
本明細書に記載される抗体薬物コンジュゲートに適切な抗体またはその抗原結合フラグメントは、ＭＳＲ１に特異的に結合し、かつ、表９に列挙されるＨＣＤＲ１アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ重鎖ＣＤＲ１（ＨＣＤＲ１）を含むものを含む。
さらに、ＭＳＲ１を特異的に結合する適切な抗体またはその抗原結合フラグメントは、表９に列挙されるＨＣＤＲ２アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ重鎖ＣＤＲ２（ＨＣＤＲ２）を含む。
さらに、ＭＳＲ１に特異的に結合する適切な抗体またはその抗原結合フラグメントは、表９に列挙されるＨＣＤＲ３アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ重鎖ＣＤＲ３（ＨＣＤＲ３）を含む。
本明細書に記載される抗体薬物コンジュゲートに適切な抗体またはその抗原結合フラグメントは、ＭＳＲ１に特異的に結合し、表９に列挙されるＬＣＤＲ１アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ軽鎖ＣＤＲ１（ＬＣＤＲ１）を含むものを含む。
さらに、ＭＳＲ１に特異的に結合する適切な抗体またはその抗原結合フラグメントは、表９に列挙されるＬＣＤＲ２アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ軽鎖ＣＤＲ２（ＬＣＤＲ２）を含む。
さらに、ＭＳＲ１に特異的に結合する適切な抗体またはその抗原結合フラグメントは、表９に列挙されるＬＣＤＲ３アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ軽鎖ＣＤＲ３（ＬＣＤＲ３）を含む。
さらに、ＭＳＲ１に特異的に結合する適切な抗体またはその抗原結合フラグメントは、表９に列挙されるＬＣＤＲ３アミノ酸配列のいずれかとペアになった表９に列挙されるＨＣＤＲ３アミノ酸配列のいずれかを含んだＨＣＤＲ３およびＬＣＤＲ３アミノ酸配列ペア（ＨＣＤＲ３／ＬＣＤＲ３）を含む。ある実施形態は、表９に列挙される例示的な抗ＭＳＲ１抗体のいずれか内に含有されるＨＣＤＲ３／ＬＣＤＲ３アミノ酸配列ペアを含む、抗体またはその抗原結合フラグメントに関連する。いくつかの実施形態では、ＨＣＤＲ３／ＬＣＤＲ３アミノ酸配列ペアは、８／１６、４０／４８、５６／６４；９６／１０４、および２８８／２９６からなる群から選択される。
本明細書に記載される抗体薬物コンジュゲートに適切な抗体またはその抗原結合フラグメントは、ＭＳＲ１に特異的に結合し、かつ、表９に列挙される例示的な抗ＭＳＲ１抗体のいずれか内に含有される６つのＣＤＲの組（すなわち、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含んだものを含む。ある実施形態において、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３アミノ酸配列の組は、４－６－８－１２－１４－１６；３６－３８－４０－４４－４６－４８；５２－５４－５６－６０－６２－６４；９２－９４－９６－１００－１０２－１０４、および２８４－２８６－２８８－２９２－２９４－２９６からなる群から選択される。
関連する実施形態では、ＭＳＲ１に特異的に結合する適切な抗体またはその抗原結合フラグメントは、表９に列挙される例示的な抗ＭＳＲ１抗体のいずれかによって定義されたＨＣＶＲ／ＬＣＶＲアミノ酸配列ペア内に含有される６つのＣＤＲの組（すなわち、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含む。例えば、本開示は、ＭＳＲ１に特異的に結合し、２／１０、２３／４２、５０／５８、９０／９８、および２８２／２９０からなる群から選択されたＨＣＶＲ／ＬＣＶＲアミノ酸配列内に含有されるＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３アミノ酸配列の組を含む、適切な抗体またはその抗原結合フラグメントを含む。ＨＣＶＲおよびＬＣＶＲのアミノ酸配列内のＣＤＲを同定するための方法および技術は、当技術分野において周知であり、本明細書に開示される特定のＨＣＶＲおよび／またはＬＣＶＲアミノ酸配列内のＣＤＲを同定するために使用することができる。ＣＤＲの境界を同定するために使用することができる例示的な慣例としては、例えば、Ｋａｂａｔの定義、Ｃｈｏｔｈｉａの定義、ＡｂＭの定義が挙げられる。一般的用語において、Ｋａｂａｔの定義は配列変動性に基づいており、Ｃｈｏｔｈｉａの定義は構造的ループ領域の位置に基づいており、ＡｂＭの定義はＫａｂａｔおよびＣｈｏｔｈｉａのアプローチの折衷である。例えば、Ｋａｂａｔ，“Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，” Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）； Ａｌ－Ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２７３：９２７－９４８（１９９７）；および Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：９２６８－９２７２（１９８９）を参照。公共データベースもまた、抗体内のＣＤＲ配列を同定するために利用可能である。
本明細書に記載される抗体薬物コンジュゲートを調製するための抗ＭＳＲ１抗体またはその一部をコードする核酸分子も本明細書で提供される。例えば、表９に列挙されるＨＣＶＲアミノ酸配列のいずれかをコードする核酸分子が本明細書で提供され；ある実施形態では、核酸分子は、表１０に列挙されるＨＣＶＲ核酸配列のいずれかから選択されるポリヌクレオチド配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含み得る。
表９に列挙されるＬＣＶＲアミノ酸配列のいずれかをコードする核酸分子も本明細書で提供され；ある実施形態では、核酸分子は、表１０に列挙されるＬＣＶＲ核酸配列のいずれかから選択されるポリヌクレオチド配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含み得る。
表９に列挙されるＨＣＤＲ１アミノ酸配列のいずれかをコードする核酸分子も本明細書で提供され；ある実施形態では、核酸分子は、表１０に列挙されるＨＣＤＲ１核酸配列のいずれかから選択されるポリヌクレオチド配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含み得る。
表９に列挙されるＨＣＤＲ２アミノ酸配列のいずれかをコードする核酸分子も本明細書で提供され；ある実施形態では、核酸分子は、表１０に列挙されるＨＣＤＲ２核酸配列のいずれかから選択されるポリヌクレオチド配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含み得る。
表９に列挙されるＨＣＤＲ３アミノ酸配列のいずれかをコードする核酸分子も本明細書で提供され；ある実施形態では、核酸分子は、表１０に列挙されるＨＣＤＲ３核酸配列のいずれかから選択されるポリヌクレオチド配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含み得る。
表９に列挙されるＬＣＤＲ１アミノ酸配列のいずれかをコードする核酸分子も本明細書で提供され；ある実施形態では、核酸分子は、表１０に列挙されるＬＣＤＲ１核酸配列のいずれかから選択されるポリヌクレオチド配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含み得る。
表９に列挙されるＬＣＤＲ２アミノ酸配列のいずれかをコードする核酸分子が本明細書で提供され；ある実施形態では、核酸分子は、表１０に列挙されるＬＣＤＲ２核酸配列のいずれかから選択されるポリヌクレオチド配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含み得る。
表９に列挙されるＬＣＤＲ３アミノ酸配列のいずれかをコードする核酸分子が本明細書で提供され；ある実施形態では、核酸分子は、表１０に列挙されるＬＣＤＲ３核酸配列のいずれかから選択されるポリヌクレオチド配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含み得る。
ＨＣＶＲをコードする核酸分子も本明細書で提供され、ここで、ＨＣＶＲは、３つのＣＤＲの組（すなわち、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３）を含み得、ここで、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３アミノ酸配列の組は、表９に列挙される例示的な抗ＭＳＲ１抗体のいずれかによって定義される通りである。
ＬＣＶＲをコードする核酸分子も本明細書で提供され、ここで、ＬＣＶＲは３つのＣＤＲの組（すなわち、ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含み得、ここで、ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３アミノ酸配列の組は、表９に列挙される例示的な抗ＭＳＲ１抗体のいずれかによって定義される通りである。
ＨＣＶＲおよびＬＣＶＲの両方をコードする核酸分も本明細書で提供され、ここで、ＨＣＶＲは表９に列挙されるＨＣＶＲアミノ酸配列のいずれかのアミノ酸配列を含み得、およびここで、ＬＣＶＲは表９に列挙されるＬＣＶＲアミノ酸配列のいずれかのアミノ酸配列を含み得る。ある実施形態では、核酸分子は、表１０に列挙されるＨＣＶＲ核酸配列のいずれかから選択されるポリヌクレオチド配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列、および、表１０に列挙されるＬＣＶＲ核酸配列のいずれかから選択されるポリヌクレオチド配列、または、これと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の同一性を有する実質的に類似の配列を含み得る。 本開示の本態様によるある実施形態では、核酸分子はＨＣＶＲおよびＬＣＶＲをコードし、ここで、ＨＣＶＲおよびＬＣＶＲの両方が表９に列挙される同じ抗ＭＳＲ１抗体に由来する。
本明細書に記載される抗体薬物コンジュゲートを調製するための抗ＭＳＲ１の抗体の重鎖または軽鎖の可変領域を含むポリペプチドを発現することができる組換え発現ベクターも、本明細書で提供される。例えば、実施形態は、上記の核酸分子、すなわち、表９に記載されるＨＣＶＲ、ＬＣＶＲ、および／またはＣＤＲ配列のいずれかをコードする核酸分子のいずれかを含む組換え発現ベクターを含む。そのようなベクターが導入された宿主細胞、ならびに、抗体または抗体フラグメントの産生を可能にする条件下で上記宿主細胞を培養し、そのように産生された抗体および抗体フラグメントを回収することによって、本明細書に記載される抗体薬物コンジュゲートの調製のための抗体またはその一部を産生する方法も、本開示の範囲内に含まれている。
本明細書に記載される抗体薬物コンジュゲートに適した抗ＭＳＲ１抗体は、修飾されたグリコシル化パターンを有するもの含む。いくつかの実施形態では、例えば、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）機能を向上させるために、好ましくないグリコシル化部位、または、オリゴ糖鎖に存在するフコース部分を欠いている抗体を除去する修飾が有用な場合がある（Ｓｈｉｅｌｄ ｅｔ ａｌ．（２００２） ＪＢＣ ２７７：２６７３３を参照）。他の用途において、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を修飾するために、ガラクトシル化（ｇａｌａｃｔｏｓｙｌａｔｉｏｎ）の修飾を行うことが可能である。
ある実施形態によると、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、例えば、中性のｐＨと比較して酸性のｐＨで、ＦｃＲｎ受容体に結合する抗体を増強するか、または減少させる１つ以上の突然変異を含むＦｃドメインを含んだ、抗ＭＳＲ１抗体を含む。例えば、ＦｃドメインのＣＨ２またはＣＨ３領域に突然変異を含む抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが本明細書で提供され、ここで、突然変異は、酸性環境において（例えば、ｐＨが約５．５～約６．０の範囲であるエンドソームにおいて）、Ｆｃドメインの親和性をＦｃＲｎに増大させる。そのような突然変異は、動物に投与されたとき、抗体の血清半減期を増大させる場合がある。そのようなＦｃ修飾の非限定的な例としては、例えば、位置２５０（例えば、ＥまたはＱ）；２５０および４２８（例えば、ＬまたはＦ）；２５２（例えば、Ｌ／Ｙ／Ｆ／Ｗ、またはＴ）、２５４（例えば、ＳまたはＴ）、および２５６（例えば、Ｓ／Ｒ／Ｑ／Ｅ／Ｄ、またはＴ）での修飾；あるいは、位置４２８および／または４３３（例えば、Ｈ／Ｌ／Ｒ／Ｓ／Ｐ／Ｑ、またはＫ）および／または４３４（例えば、Ｈ／ＦまたはＹ）での修飾；あるいは、位置２５０および／または４２８での修飾；あるいは位置３０７または３０８（例えば、３０８Ｆ、Ｖ３０８Ｆ）、および４３４での修飾が挙げられる。一実施形態では、修飾は、４２８Ｌ（例えば、Ｍ４２８Ｌ）および４３４Ｓ（例えば、Ｎ４３４Ｓ）の修飾；４２８Ｌ、２５９Ｉ（例えば、Ｖ２５９Ｉ）、および３０８Ｆ（例えば、Ｖ３０８Ｆ）の修飾；４３３Ｋ（例えば、Ｈ４３３Ｋ）および４３４（例えば、４３４Ｙ）の修飾；２５２、２５４、および２５６（例えば、２５２Ｙ、２５４Ｔ、および２５６Ｅ）の修飾；２５０Ｑおよび４２８Ｌの修飾（例えば、Ｔ２５０ＱおよびＭ４２８Ｌ）；ならびに、３０７のおよび／または３０８の修飾（例えば、３０８Ｆまたは３０８Ｐ）を含み得る。
例えば、実施形態には、Ｆｃドメインを含んだ抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが含まれ、上記Ｆｃドメインは、２５０Ｑおよび２４８Ｌ（例えば、Ｔ２５０ＱおよびＭ２４８Ｌ）；２５２Ｙ、２５４Ｔ、および２５６Ｅ（例えば、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、およびＴ２５６Ｅ）；４２８Ｌおよび４３４Ｓ（例えば、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ）；ならびに、４３３Ｋおよび４３４Ｆ（例えば、Ｈ４３３ＫおよびＮ４３４Ｆ）からなる群から選択される１つ以上のペアまたは群を含む。前述のＦｃドメイン突然変異のすべての可能な組み合わせ、および本明細書で開示される抗体可変ドメイン内の他の突然変異は、本開示の範囲内であると企図される。
抗ＭＳＲ１の抗体の生物学的特性
実施形態には、高い親和性でヒトＭＳＲ１に結合するリファマイシンアナログおよび抗体ならびにその抗原結合フラグメントを含む、抗体薬物コンジュゲートが含まれる。例えば、本開示には、Ｎ末端ノナヒスチジン（ｎｏｎａｈｉｓｔｉｄｉｎｅ）タグ（配列番号６８８）（例えば、Ｈｉｓ９－ｈＭＳＲ１）により発現されたヒトＭＳＲ１の細胞外ドメインに、例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、２５℃または３７℃での表面プラズモン共鳴により測定されるように約１０ｎＭ未満のＫＤで結合する、抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが含まれる。ある実施形態によると、抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートは、例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、表面プラズモン共鳴により測定されるように、約１０ｎＭ未満、約９ｎＭ未満、約８ｎＭ未満、約７ｎＭ未満、約６ｎＭ未満、約５ｎＭ未満、約４ｎＭ未満、約３ｎＭ未満、約２ｎＭ未満、約１ｎＭ未満、約９００ｐＭ未満、約８００ｐＭ未満、約７００ｐＭ未満、約６００ｐＭ未満、約５００ｐＭ未満、約４００ｐＭ未満、約３００ｐＭ未満、約２００ｐＭ未満、約１００ｐＭ未満、約９０ｐＭ未満、約８０ｐＭ未満、約７０ｐＭ未満、約６０ｐＭ未満、約５０ｐＭ未満、約４０ｐＭ、約３０ｐＭ未満、約２０ｐＭ未満、または約１０ｐＭ未満ＫＤで、３７℃でヒトＭＳＲ１に結合する。いくつかの実施形態では、例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、表面プラズモン共鳴により測定されるように、約６ｎＭ未満、約５ｎＭ未満、約４ｎＭ未満、約３ｎＭ未満、約２ｎＭ未満、約１ｎＭ未満、約９００ｐＭ未満、約８００ｐＭ未満、約７００ｐＭ未満、約６００ｐＭ未満、約５００ｐＭ未満、約４００ｐＭ未満、約３００ｐＭ未満、約２００ｐＭ未満、約１００ｐＭ未満、約９０ｐＭ未満、約８０ｐＭ未満、約７０ｐＭ未満、約６０ｐＭ未満、約５０ｐＭ未満、約４０ｐＭ未満、約３０ｐＭ未満、または約２０ｐＭ未満のＫＤで、２５℃でヒトＭＳＲ１に結合する、本明細書に開示される抗ＭＳＲ１の抗体を含む抗体薬物コンジュゲートを含む。
実施形態には、高い親和性でサルＭＳＲ１に結合する抗体およびその抗原結合フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートが含まれる。例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを例えば使用して、２５℃または３７℃で表面プラズモン共鳴により測定されるように約２０ｎＭ未満のＫＤで、Ｎ末端ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジンタグ（配列番号６８９として開示される「ヘキサヒスチジン」）（例えば、ＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１）により発現されたサルＭＳＲ１の細胞外ドメインに結合する、抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが本明細書に開示される。ある実施形態によると、例えば、本明細書の実施例２５に定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、表面プラズモン共鳴により測定されるように、約２０ｎＭ未満、約１８ｐＭ未満、約１５ｎＭ未満、約１２ｎＭ未満、約１０ｎＭ未満、約９ｎＭ未満、約８ｎＭ未満、約７ｎＭ未満、約６ｎＭ未満、約５ｎＭ未満、約４ｎＭ未満、約３ｎＭ未満、約２ｎＭ未満、約１ｎＭ未満、約９００ｐＭ未満、約８００ｐＭ未満、約７００ｐＭ未満、約６００ｐＭ未満、約５００ｐＭ未満、約４００ｐＭ未満、約３００ｐＭ未満、約２００ｐＭ未満、約１００ｐＭ未満、約９０ｐＭ未満、約８０ｐＭ、約７０ｐＭ未満、約６０ｐＭ未満、約５０ｐＭ未満、約４０ｐＭ未満、約３０ｐＭ未満、約２０ｐＭ未満、または約１０ｐＭ未満のＫＤで、３７℃でサルＭＳＲ１に結合する、抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートは提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される抗ＭＳＲ１の抗体を含む抗体薬物コンジュゲートは、例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、表面プラズモン共鳴により測定されるように、約１２ｎＭ未満、約１０ｎＭ未満、約９ｎＭ未満、約８ｎＭ未満、約７ｎＭ未満、約６ｎＭ未満、約５ｎＭ未満、約４ｎＭ未満、約３ｎＭ未満、約２ｎＭ未満、約１ｎＭ未満、約９００ｐＭ未満、約８００ｐＭ未満、約７００ｐＭ未満、約６００ｐＭ未満、約５００ｐＭ未満、約４００ｐＭ未満、約３００ｐＭ未満、約２００ｐＭ未満、約１００ｐＭ未満、約９０ｐＭ未満、約８０ｐＭ未満、約７０ｐＭ未満、約６０ｐＭ未満、約５０ｐＭ未満、約４０ｐＭ未満、約３０ｐＭ未満、または約２０ｐＭ未満のＫＤで、２５℃でサルＭＳＲ１に結合する。
本開示はまた、例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、２５℃または３７℃で表面プラズモン共鳴により測定されるように、約５分を超える解離半減期（ｔ１／２）で、Ｎ末端ノナヒスチジンタグ（配列番号６８８）（例えば、Ｈｉｓ９－ｈＭＳＲ１）により発現されたヒトＭＳＲ１の細胞外ドメインに結合する、抗体およびその抗原結合フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートを含む。ある実施形態によると、例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットあるいは実質的に同様のアッセイを使用して、表面プラズモン共鳴により測定されるように、約４分より長い、約５分より長い、約６分より長い、約８分より長い、約１０分より長い、約１２分より長い、約１４分より長い、約１６分より長い、約１８分より長い、約２０分より長い、約３０分より長い、約４０分より長い、約５０分より長い、約６０分より長い、約７０分より長い、約８０分より長い、約９０分より長い、約１２０分より長い、約１５０分より長い、約１８０分より長い、約２１０分より長い、約２４０分より長い、またはそれより長いｔ１／２で、３７℃でヒトＭＳＲ１に結合する、抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが提供される。
実施形態には、Ｎ末端ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジンタグ（配列番号６８９として開示される「ヘキサヒスチジン」）（例えば、ＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１）により発現されたサルＭＳＲ１の細胞外ドメインに高い親和性で結合することができる抗体およびその抗原結合フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートも含まれる。例えば、本開示には、例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、２５℃または３７℃で表面プラズモン共鳴により測定されるように、約２０ｎＭ未満のＫＤでＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１に結合する、抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが含まれる。ある実施形態によると、例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、表面プラズモン共鳴により測定されるように、約２０ｎＭ未満、約１５ｎＭ未満、約１０ｎＭ未満、約９ｎＭ未満、約８ｎＭ未満、約７ｎＭ未満、約６ｎＭ未満、約５ｎＭ未満、約４ｎＭ未満、約３ｎＭ未満、約２ｎＭ未満、約１ｎＭ未満、約９００ｐＭ未満、約８００ｐＭ未満、約８００ｐＭ未満、約７００ｐＭ未満、約６００ｐＭ未満、約５００ｐＭ未満、約４００ｐＭ未満、約３００ｐＭ未満、約２００ｐＭ未満、約１５０ｐＭ未満、約１００ｐＭ未満、約９０ｐＭ未満、約８０ｐＭ、約７０ｐＭ未満、約６０ｐＭ未満、または約５０ｐＭ未満のＫＤで、３７℃でＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１に結合する、抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される抗ＭＳＲ１の抗体は、、例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、表面プラズモン共鳴により測定されるように、約１２ｎＭ未満、約１０ｎＭ未満、約９ｎＭ未満、約８ｎＭ未満、約７ｎＭ未満、約６ｎＭ未満、約５ｎＭ未満、約４ｎＭ未満、約３ｎＭ未満、約２ｎＭ未満、約１ｎＭ未満、約９００ｐＭ未満、約８００ｐＭ未満、約８００ｐＭ未満、約７００ｐＭ未満、約６００ｐＭ未満、約５００ｐＭ未満、約４００ｐＭ未満、約３００ｐＭ未満、約２００ｐＭ未満、約１５０ｐＭ未満、約１００ｐＭ未満、約９０ｐＭ未満、約８０ｐＭ未満、約７０ｐＭ未満、約６０ｐＭ未満、または約５０ｐＭ未満のＫＤで、２５℃でＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１に結合する。
実施形態には、例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、２５℃または３７℃で表面プラズモン共鳴により測定されるように、約５５分より長い解離半減期（ｔ１／２）で、Ｎ末端ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジンタグ（配列番号６８９として開示される「ヘキサヒスチジン」）（例えば、ＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１）により発現されたサルＭＳＲ１の細胞外ドメインに結合する、抗体およびその抗原結合フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートも含まれる。特定の実施形態によると、例えば、本明細書の実施例２５で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、表面プラズモン共鳴により測定されるように、約１分より長い、約２分より長い、約３分より長い、約４分より長い、約５分より長い、約６分より長い、約８分より長い、約１０分より長い、約１２分より長い、約１４分より長い、約１６分より長い、約１８分より長い、約２０分より長い、約３０分より長い、約４０分より長い、約５０分より長い、約６０分より長い、約７０分より大きい約８０分より長い、約９０分より長い、約１２０分より長い、約１５０分より長い、約１８０分より長い、約２１０分より長い、またはそれ以上長いｔ１／２で、３７℃で二量体ヒトＭＳＲ１に結合する、抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが提供される。
実施形態には、例えば、本明細書の実施例２７で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、抗体結合アッセイにより測定されるように、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約７倍、少なくとも約８倍、少なくとも約９倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１２倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約３５倍、少なくとも約４０倍、少なくとも約４５倍、少なくとも約５０倍、またはそれ以上の操作されたｈＭＳＲ１を発現する細胞と発現しない細胞との結合比で、ｈＭＳＲ１により発現される操作された細胞表面に結合する抗体およびその抗原結合フラグメントを含む、抗体薬物コンジュゲートも含まれる。いくつかの実施形態では、例えば、本明細書の実施例２７で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、抗体結合アッセイにより測定されるように、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約７倍、少なくとも約８倍、少なくとも約９倍、少なくとも約１０倍、またはそれ以上、少なくとも約１２倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約３５倍、少なくとも約４０倍、少なくとも約４５倍、少なくとも約５０倍、あるいはそれ以上の、内因性ｈＭＳＲ１を発現する細胞と発現しない細胞との結合比で、内因的に発現されたｈＭＳＲ１を有する細胞に結合する、抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、抗体薬物コンジュゲートは、例えば、本明細書の実施例２７で定義されるアッセイフォーマットまたは実質的に同様のアッセイを使用して、抗体結合アッセイにより測定されるように、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約７倍、少なくとも約８倍の、少なくとも約９倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１２倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約２５倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約３５倍、少なくとも約４０倍、少なくとも約４５倍、少なくとも約５０倍、またはそれ以上の、操作されたマウスＭＳＲ１を発現する細胞と発現しない細胞との結合比で、マウスＭＳＲ１を発現する操作された細胞表面に結合する、本明細書で開示されるＭＳＲ１抗体または抗原結合フラグメントを含む。
抗体薬物コンジュゲートは、前述の生物学的特性、またはそれらの任意の組み合わせの１つ以上を保有し得る、本明細書で開示される抗体を含む。本明細書で開示される抗体の生物学的特性の前述のリストは、網羅的であることを意図するものではない。本明細書で開示される抗体の他の生物学的特性は、本明細書の実施例を含む本開示を検討することにより、当業者に明らかになる。
ＡＤＣに適した抗ＷＴＡ抗体
ある実施形態によると、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントを含み得る。そのような抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、黄色ブドウ球菌を含む多数のグラム陽性菌上で発現される壁タイコ酸（ＷＴＡ）に結合する。抗ＷＴＡ抗体は、例えば、米国特許第８，２８３，２９４号；Ｍｅｉｊｅｒ ＰＪ ｅｔ ａｌ（２００６） Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．３５８（３）：７６４－７２； Ｌａｎｔｔｏ Ｊ，ｅｔ ａｌ（２０１１） Ｊ Ｖｉｒｏｌ．８５（４）：１８２０－３３；およびＷＯ２０１６０９００３８で教示される方法によって選択および生成することができ、その各々が、全ての目的のために、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
ＷＴＡの化学構造は有機体により異なる。黄色ブドウ球菌において、ＷＴＡは、Ｎ－アセチルグリコサミン（ａｃｅｔｙｌｇｌｙｃｏｓａｍｉｎｅ）（ＧｌｃＮＡｃ）－１－ＰおよびＮ－アセチルマンノースアミン（ａｃｅｔｙｌｍａｎｎｏｓｅａｍｉｎｅ）（ＭａｎＮＡｃ）で構成される二糖を介して、Ｎ－アセチルムラミン酸（ＭｕｒＮＡｃ）の６－ＯＨに共有結合的に連結され、その後、グリセロールホスフェートの約２つまたは３つのユニットに共有結合的に連結される。その後、実際のＷＴＡポリマーは、約１１－４０のリビトールホスフェート（ＲｂｏＰ）反復単位で構成される。ＷＴＡの段階的な合成は、最初にＴａｇＯと呼ばれる酵素により開始され、およびＴａｇＯ遺伝子を欠いている（遺伝子の欠失による）黄色ブドウ球菌株は、ＷＴＡを生成しない。反復単位は、α－（アルファ）グリコシド結合またはβ－（ベータ）グリコシド結合を介して、Ｃ２－ＯＨにおいてＤ－アラニン（Ｄ－Ａｌａ）で、および／または、Ｃ４－ＯＨ位置においてＮ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）でさらに調整することができる。黄色ブドウ球菌株、または細菌の増殖相に応じて、グリコシド結合はα－、β－、または２つのアノマーの混合物であり得る。これらのＧｌｃＮＡｃ糖修飾は、２つの特異的な黄色ブドウ球菌由来のグリコシルトランスフェラーゼ（Ｇｔｆ）により調整される：ＴａｒＭ Ｇｔｆはα－グリコシド結合を媒介するが、ＴａｒＳ Ｇｔｆはβ－（ベータ）グリコシド結合を媒介する。
本開示のＡＤＣに適した抗ＷＴＡ抗体は、抗ＷＴＡαまたは抗ＷＴＡβの抗体であり得る。抗ＷＴＡ抗体は、黄色ブドウ球菌感染者のＢ細胞からクローン化され得る。一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体はヒトモノクローナル抗体である。本開示のＡＤＣには、本明細書に記載される抗ＷＴＡ抗体のＣＤＲを含むキメラ抗体およびヒト化抗体が含まれる。
本開示の抗体薬物コンジュゲートは、本明細書に記載される抗ＷＴＡ抗体のいずれか１つ、またはその抗原結合フラグメントを含むことができる。いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、黄色ブドウ球菌に結合する。
いくつかの実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、抗ＷＴＡαモノクローナル抗体、またはその抗原結合フラグメントを含む。非限定的な例として、抗ＷＴＡα抗体、またはその抗原結合フラグメントは以下のものを含む：（ａ）表２Ａに記載されるアミノ酸配列を含む、重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）；および、（ｂ）表２Ａに記載されるアミノ酸配列を含む、軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲ。
一実施形態では、抗ＷＴＡα抗体、またはその抗原結合フラグメントは以下のものを含む：
（ｉ）配列番号４７０、４７６、４８２、および４８８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号４７１、４７７、４８３、および４８９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号４７２、４７８、４８４、および４９０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号４６７、４７３、４７９、および４８５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号４６８、４７４、４８０、および４８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号４６９、４７５、４８１、および４８７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメイン。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡα抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号４９２、配列番号４９４、配列番号４９６および配列番号４９８から選択されるアミノ酸配列、または、それと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む、重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）を含む。抗体は、配列番号４９１、配列番号４９３、配列番号４９５、および配列番号４９７から選択されるアミノ酸配列、それと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む、軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）を含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡα抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号４９１のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を有する、ＬＣＶＲ；ならびに、配列番号４９２のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を有する、ＨＣＶＲを含む。
別の実施形態では、抗ＷＴＡα抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号４９３のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を有する、ＬＣＶＲ；ならびに、配列番号４９４のアミノ酸配列をしていること、またはそれと少なくとも９０％を持っていること、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を有する、ＨＣＶＲを含む。
別の実施形態では、抗ＷＴＡα抗体、またはその抗原結合フラグメント）は、配列番号４９５のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する、実質的に類似の配列を有する、ＬＣＶＲ；ならびに、ＨＣＶＲ、配列番号４９６のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む。
別の実施形態では、抗ＷＴＡα抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号４９７のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を有する、ＬＣＶＲ；ならびに、配列番号４９８のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に同様の配列を有する、ＨＣＶＲを含む。
いくつかの実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、抗ＷＴＡβモノクローナル抗体、またはその抗原結合フラグメントを含む。本発明の典型的な抗ＷＴＡβ抗体は、本明細書の表２Ｂに列挙される。表２Ｂは、重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）のアミノ酸配列識別子、および典型的な抗ＷＴＡβ抗体の軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を記載する。
一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは以下のものを含む：
（ｉ）配列番号５０２、５０８、５１４、５２０、５２６、５３２、５３８、５４４、５５０、５５６、５６２、５６８、および５７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号５０３、５０９、５１５、５２１、５２７、５３３、５３９、５４５、５５１、５５７、５６３、５６９、および５７５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号５０４、５１０、５１６、５２２、５２８、５３４、５４０、５４６、５５２、５５８、５６４、５７０、５７６、および５８４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号４９９、５０５、５１１、５１７、５２３、５２９、５３５、５４１、５４７、５５３、５５９、５６５、および５７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号５００、５０６、５１２、５１８、５２４、５３０、５３６、５４２、５４８、５５４、５６０、５６６、および５７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号５０１、５０７、５１３、５１９、５２５、５３１、５３７、５４３、５４９、５５５、５６１、５６７、および５７３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ＬＣＤＲ３ドメイン。
本発明は、表２Ｂに列挙されるＨＣＤＲ１アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ重鎖ＣＤＲ１（ＨＣＤＲ１）を含む、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントも提供する。
本発明は、表２Ｂに列挙されるＨＣＤＲ２アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ重鎖ＣＤＲ２（ＨＣＤＲ２）を含む、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントも提供する。
本発明は、表２Ｂに列挙されるＨＣＤＲ３アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ重鎖ＣＤＲ３（ＨＣＤＲ３）を含む、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントも提供する。
本発明は、表２Ｂに列挙されるＬＣＤＲ１アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ軽鎖ＣＤＲ１（ＬＣＤＲ１）を含む、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントも提供する。
本発明は、表２Ｂに列挙されるＬＣＤＲ２アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ軽鎖ＣＤＲ２（ＬＣＤＲ２）を含む、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントも提供する。
本発明は、表２Ｂに列挙されるＬＣＤＲ３アミノ酸配列のいずれかから選択されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ軽鎖ＣＤＲ３（ＬＣＤＲ３）を含む、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントも提供する。
本発明は、表２Ｂに列挙される例示的な抗ＷＴＡβ抗体のいずれか内に含有される６つのＣＤＲの組（すなわち、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含む、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントを提供する。ある実施形態では、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３アミノ酸配列の組は、配列番号５０２－５０３－５０４－４９９－５００－５０１、５０８－５０９－５１０－５０５－５０６－５０７、５１４－５１５－５１６－５１１－５１２－５１３、５２０－５２１－５２２－５１７－５１８－５１９、５２６－５２７－５２８－５２３－５２４－５２５、５３２－５３３－５３４－５２９－５３０－５３１、５３８－５３９－５４０－５３５－５３６－５３７、５４４－５４５－５４６－５４１－５４２－５４３、５５０－５５１－５５２－５４７－５４８－５４９、５５６－５５７－５５８－５５３－５５４－５５５、５６２－５６３－５６４－５５９－５６０－５６１、５６８－５６９－５７０－５６５－５６６－５６７、５７４－５７５－５７６－５７１－５７２－５７３、および５６８－５６９－５８４－５６５－５６６－５６７からなる群から選択される。
一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、米国特許公報第２０１４０３５６３７５に記載される抗体４４９７に由来する（これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、抗体４４９７に由来する抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖におけるＶ２０５Ｃ突然変異をさらに含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５６８－５６９－５７０－５６５－５６６－５６７のＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号５８６の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）；ならびに、配列番号５８５の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号５８６のＨＣＶＲアミノ酸配列および配列番号５８５のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体は、配列番号６０２の重鎖アミノ酸配列、および配列番号５８７または配列番号５８９の軽鎖アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖におけるＶ２０５Ｃ突然変異を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８０、６２１－６２８、および５９１－５９４から選択される完全長の重鎖配列のＫａｂａｔ位置１～１１３に対応するアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）を含む。抗体は、配列番号５７９、６１０－６２０、および５８７から選択される完全長の軽鎖配列のＫａｂａｔ位置１～１０７に対応するアミノ酸配列、またはその少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだ軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）をさらに含む。完全長の重鎖および完全長の軽鎖のＫａｂａｔ位置の参照は、例えば、米国特許公報第２０１８００２１４５０号の図１５Ａ－１、１５Ａ－２、および１５Ａ－３、ならびに図１５Ｂ－１、１５Ｂ－２、１５Ｂ－３、１５Ｂ－４、１５Ｂ－５、および１５Ｂ－６で見られ得、この文献は、全ての目的のために、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５７７のアミノ酸配列、またはこれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含むＬＣＶＲ；ならびに、配列番号５７８のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲ（ここで、ＸはＱまたはＥであり、Ｘ１はＭ、Ｉ、またはＶであり）、あるいは上記アミノ酸配列と少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５７９のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む軽鎖；ならびに、配列番号５８０のアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む重鎖を含む。
具体的な実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５７７のアミノ酸配列を含むＬＣＶＲ、および配列番号５７８のアミノ酸配列を含むＨＣＶＲを含む。さらにより具体的な実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５７９のアミノ酸配列を含む軽鎖、および配列番号５８０のアミノ酸配列を含む重鎖を含む。
いくつかの実施形態では、本開示のＡＤＣに適した抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、抗体の軽鎖および／または重鎖において１つ以上の操作されたシステインを含み得る。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントの軽鎖は、操作されたシステインを含んでいる。一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８１のアミノ酸配列を含む軽鎖；および、配列番号５８２のアミノ酸配列を含む重鎖を含み、ここで、Ｘは、Ｍ、Ｉ、またはＶである。一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８１のアミノ酸配列を含む軽鎖；および、配列番号５８０のアミノ酸配列を含む重鎖を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントの重鎖は、操作されたシステインを含んでいる。一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５７９のアミノ酸配列を含む軽鎖；ならびに、配列番号５８３のアミノ酸配列を含む重鎖を含み、ここで、Ｘは、Ｍ、ＩまたはＶである。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントの軽鎖と重鎖の両方は、操作されたシステインを含んでいる。一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、操作されたシステインを含有するとともに、配列番号５８１の配列を含む軽鎖；操作されたシステインを含有するとともに、配列番号５８３のアミノ酸配列を含む重鎖を含み、ここで、Ｘは、Ｍ、Ｉ、またはＶである。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８５のアミノ酸配列、またはこれとそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を有するＬＣＶＲ；ならびに、配列番号６０８のアミノ酸配列、またはこれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を有するＨＣＶＲを含む。一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８５のアミノ酸配列を有するＬＣＶＲ、および配列番号６０８のアミノ酸配列を有するＨＣＶＲを含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８７のアミノ酸配列を有する軽鎖；および、配列番号５９０のアミノ酸配列を有する重鎖を含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８９のアミノ酸配列を有する軽鎖；および、配列番号６０９のアミノ酸配列を有する重鎖を有する。
一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５８９のアミノ酸配列を有する軽鎖；および、配列番号５９０のアミノ酸配列を有する重鎖を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体は、配列番号５８５のアミノ酸配列を有するＬＣＶＲ、および配列番号５８６または配列番号６０８のアミノ酸配列を有するＨＣＶＲを含む。いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体は、配列番号５７７のアミノ酸配列を有するＬＣＶＲ、および配列番号５７８のアミノ酸配列を有するＨＣＶＲを含む。本開示のＡＤＣのいくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体は、本明細書で開示される抗ＷＴＡ抗体のいずれか１つと同じエピトープに結合する。
本発明のＡＤＣに適した抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、例えば、野生型の未修飾の抗体と比較して、実質的にほとんど同じか、あるいは改善された抗原への結合親和性を維持しながら、ｐＫ、安定性、発現、製造可能性を改善するために、１つ以上の残基で改変され得る。保存的アミノ酸置換を有する現在の抗ＷＴＡ抗体の変異体は、本発明に含まれる。
いくつかの実施形態では、本開示のＡＤＣは、Ｆｃ領域を欠いている抗ＷＴＡの抗原結合フラグメントを含み得る。いくつかの実施形態では、抗原結合フラグメントは、Ｆ（ａｂ）またはＦ（ａｂ’）２である。いくつかの実施形態では、抗原結合フラグメントは、重鎖定常領域および／または軽鎖定常領域をさらに含み、ここで、重鎖定常領域および／または軽鎖定常領域は、システイン残基で置換される１つ以上のアミノ酸を含む。
いくつかの実施形態では、抗原結合フラグメントは、アミノ酸置換Ａ１１８Ｃおよび／またはＳ４００Ｃを含む重鎖定常領域、および／または、アミノ酸置換Ｖ２０５Ｃを含む軽鎖定常領域を含み、ここで、番号付け方式はＥＵ番号付けに従う。ある実施形態では、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換される、システイン操作された抗ＷＴＡ抗体、例えば「ｔｈｉｏＭＡｂ」を作成することは望ましい場合がある。抗体のいかなる形態も、そのように操作する、つまり変異させることができる。例えば、親Ｆａｂ抗体フラグメントは、本明細書で「ＴｈｉｏＦａｂ」と呼ばれる、システイン操作されたＦａｂを形成するために操作されてもよい。同様に、親モノクローナル抗体が、「ＴｈｉｏＭａｂ」を形成するために操作されてもよい。ＩｇＧ抗体の二量体の性質のために、単点突然変異により、ＴｈｉｏＦａｂにおいて単一の操作されたシステイン残基が得られる一方、単点突然変異により、ＴｈｉｏＭａｂにおいて２つの操作されたシステイン残基が得られることに留意されたい。特定の実施形態では、置換された残基が、抗体のアクセス可能な部位に生じる場合がある。それらの残基をシステインで置換することによって、反応性チオール基は、抗体のアクセス可能な部位に配置され、かつ、抗生物質部分（例えば、リファマイシンアナログ）、またはリンカー－抗生物質部分（例えば、リンカー－リファマイシンアナログペイロード）などの他の部分に、抗体をコンジュゲートして、本明細書でさらに説明される抗体薬物コンジュゲートを作成するために使用され得る。ある実施形態では、以下の残基の任意の１つ以上がシステインで置換され、軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；および、重鎖Ｆｃ領域の５４００（ＥＵ番号付け）を含み得る。抗ＷＴＡ抗体の非限定的で例示的なシステイン操作された重鎖Ａ１１８Ｃ（配列番号６０５）および軽鎖Ｖ２０５Ｃ（配列番号６０７）の突然変異体が示される。システイン操作された抗ＷＴＡ抗体は、例えば、Ｊｕｎｕｔｕｌａ，ｅｔ ａｌ．，２００８ｂ Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２６（８）：９２５－９３２；米国特許出願第７，５２１，５４１号；ＵＳ－２０１１／０３０１３３４；Ｌｅｈａｒ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ ２０１５ ５２７，３２３－３２８に記載されるように生成することができ、それらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
操作されたシステインチオールは、マレイミドまたはα－ハロアミドなどのチオール反応性の求電子性基を有するリンカー試薬あるいは本発明のリンカー薬物中間体と反応して、システイン操作された抗体（ＴＨＩＯＭＡＢ（商標）またはｔｈｉｏＭａｂ）および抗生物質部分（例えば、リファマイシンアナログ）を有するＡＤＣを形成することができる。このようにして、抗生物質部分の位置を設計し、制御し、および把握することができる。操作されたシステインチオール基は、典型的に、チオール反応性のリンカー試薬またはリンカー－抗生物質中間体と高収率で反応するため、抗生物質負荷を制御することができる。抗ＷＴＡ抗体を操作して、重鎖または軽鎖上の単一部位に置換によりシステインアミノ酸を導入すると、対称的なテトラマー抗体上に２つの新たなシステインが得られる。２に近い抗生物質負荷が達成され、ＡＤＣの均一性に近くなり得る。
ＡＤＣに適した抗プロテインＡ抗体
ある実施形態によると、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み得る。
プロテインＡは、分泌された形態と膜関連形態の両方に存在し、２つの別個のＩｇ結合活性を保有する、４２ｋＤａのタンパク質であり：各ドメインは、エフェクター機能に関与するＩｇＧの定常領域である
、および、抗原認識を担うＩｇフラグメントであるＦａｂに結合することができる。プロテインＡは、そのカルボキシル末端を介してブドウ球菌細胞壁に共有結合的に固定される。タンパク質は、領域Ｘｒによって細胞表面に連結された５つの反復ドメイン（Ｅ、Ｄ、Ａ、Ｂ、Ｃ）からなり、各ドメインは、免疫グロブリンＧのＦｃ領域、およびＶＨ３サブクラスの免疫グロブリンのＦａｂ領域に、高い親和性で結合することができる。ＩｇＧ Ｆｃとの相互作用はエフェクター機能を妨害する。加えて、Ｆｃ領域を介してプロテインＡに結合する抗体は、古典経路により補体結合を刺激することができない。
本開示のＡＤＣに適した抗プロテインＡ抗体の非限定的な例が、本明細書の表３Ａおよび３Ｂで列挙される。表３Ａは、本開示の抗体が由来する可能性がある例示的な抗プロテインＡ抗体の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）、軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）、重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）、ならびに軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）のアミノ酸配列識別子を記載する。表３Ｂは、例示的な抗プロテインＡ抗体のＨＣＶＲ、ＬＣＶＲ、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２ ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３の核酸配列識別子を記載する。
いくつかの実施形態では、本開示のＡＤＣに適した抗プロテインＡ抗体は、Ｆｃ結合を弱めた。そのような抗体は、表３Ａに示されるＨＣＶＲアミノ酸配列およびＬＣＶＲアミノ酸配列を有しており、配列番号６４８のＩｇＧ１重鎖アミノ酸配列も含む場合がある。このＩｇＧ１配列は、ｈＩｇＧ１ ＦｃにおいてのＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆの突然変異を含み（ＥＵインデックス番号付け；配列番号６４８のＨ３１８ＲおよびＹ３１９Ｆに相当するもの）、これは本明細書で「＊／＊」または「＊＊」として記述される。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、以下のものを含む：
（ｉ）配列番号６３２、６５２、および６７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号６３４、６５４、および６７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号６３６、６５６、および６７６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号６４０、６６０、および６８０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号６４２、および６６２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号６４４、６６４および６８３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメイン。
いくつかの実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、プロテインＡに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントを含み、上記抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３０、６５０、および６７０からなる群から選択されるアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだＨＣＶＲを含む。
いくつかの実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、プロテインＡに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントを含み、上記抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３８、６５８、および６７８からなる群から選択されたアミノ酸配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含んだＬＣＶＲを含む。
いくつかの実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、プロテインＡに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントを含み、上記抗体またはその抗原結合性フラグメントは、表３Ａに列挙される抗プロテインＡ ＨＣＶＲアミノ酸配列と表３Ａに列挙される抗プロテインＡ ＬＣＶＲアミノ酸配列とを含むＨＣＶＲおよびＬＣＶＲアミノ酸配列ペア（ＨＣＶＲ／ＬＣＶＲ）を含む。ある実施形態によると、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、プロテインＡに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントを含み、上記抗体またはその抗原結合性フラグメントは、表３Ａに列挙される例示的な抗プロテインＡ抗体内に含有されるＨＣＶＲ／ＬＣＶＲアミノ酸配列ペアを含む。ある実施形態では、ＨＣＶＲ／ＬＣＶＲアミノ酸配列ペアは、配列番号６３０／６３８、６５０／６５８、および６７０／６７８からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、プロテインＡに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントを含み、上記抗体またはその抗原結合性フラグメントは、表３Ａに列挙される例示的な抗プロテインＡ抗体のいずれか内に含有される６つのＣＤＲの組（すなわち、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含む。ある実施形態では、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３アミノ酸配列の組は、配列番号６３２－６３４－６３６－６４０－６４２－６４４、６５２－６５４－６５６－６６０－６６２－６６４、または６７２－６７４－６７６－６８０－６６２－６８３を含む。
関連する実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、プロテインＡに特異的に結合する抗体またはその抗原結合性フラグメントを含み、上記抗体またはその抗原結合性フラグメントは、表３Ａに列挙される例示的な抗プロテインＡ抗体により定義されるＨＣＶＲ／ＬＣＶＲアミノ酸配列ペア内に含有される６つのＣＤＲ（すなわち、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含む。例えば、本発明は、特異的にプロテインＡに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、上記抗体またはその抗原結合フラグメントは、配列番号６３０／６３８、６５０／６５８、および６７０／６７８からなる群から選択されるＨＣＶＲ／ＬＣＶＲアミノ酸配列ペア内に含有される、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３アミノ酸配列ペアを含む。
いくつかの実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号６６６の重鎖アミノ酸配列、またはその少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む。いくつかの態様では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号６６８の軽鎖アミノ酸配列、またはその少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号６８５の重鎖アミノ酸配列、またはその少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む。いくつかの実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号６８７の軽鎖アミノ酸配列、またはその少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３０の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）；ならびに、配列番号６３８の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３２－６３４－６３６－６４０－６４２－６４４を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３０のＨＣＶＲアミノ酸配列；および、配列番号６３８のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体は、配列番号６６６の重鎖アミノ酸配列および配列番号６６８の軽鎖アミノ酸配列を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体は、位置１０３（Ｃ１０３Ｓ）に軽鎖突然変異を含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３で本開示の化合物にコンジュゲートされる。
ＨＣＶＲおよびＬＣＶＲアミノ酸配列内のＣＤＲを同定するための方法および技術は、当技術分野で周知であり、本明細書で開示される特定のＨＣＶＲおよび／またはＬＣＶＲアミノ酸配列内のＣＤＲを同定するために使用することができる。ＣＤＲの境界を同定するために使用することができる例示的な慣例としては、例えば、Ｋａｂａｔの定義、Ｃｈｏｔｈｉａの定義、ＡｂＭの定義が挙げられる。一般的用語において、Ｋａｂａｔの定義は配列変動性に基づいており、Ｃｈｏｔｈｉａの定義は構造的ループ領域の位置に基づいており、ＡｂＭの定義はＫａｂａｔおよびＣｈｏｔｈｉａのアプローチの折衷である。例えば、Ｋａｂａｔ，“Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，” Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）； Ａｌ－Ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２７３：９２７－９４８ （１９９７）；および Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：９２６８－９２７２ （１９８９）を参照。公共データベースもまた、抗体内のＣＤＲ配列を同定するために利用可能である。
本開示のＡＤＣに適した抗プロテインＡ抗体またはその一部をコードする核酸分子がさらに提供される。例えば、表３Ａに列挙される抗プロテインＡ ＨＣＶＲアミノ酸配列および抗プロテインＡ ＬＣＶＲアミノ酸配列は、表３Ｂに列挙される核酸分子によりコードされ得る。ある実施形態において、核酸分子は、表３Ｂに列挙される抗プロテインＡ ＨＣＶＲ核酸配列および抗プロテインＡ ＬＣＶＲ核酸配列からなる群から選択されるポリヌクレオチド配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む。
例えば、表３Ａに列挙される抗プロテインＡ ＣＤＲアミノ酸配列は、表３Ｂに列挙される核酸分子によりコードされ得る。ある実施形態では、核酸分子は、表３Ｂに列挙される抗プロテインＡ ＣＤＲ核酸配列のいずれかから選択されるポリヌクレオチド配列、またはそれと少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、あるいは少なくとも９９％の配列同一性を有する実質的に類似の配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントをコードする核酸分子は、ＨＣＶＲをコードする核酸分子を含み、ここで、ＨＣＶＲは、３つのＣＤＲの組（すなわち、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３）を含み、ここで、ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３アミノ酸配列の組は、表３Ａに列挙される例示的な抗プロテインＡ抗体により定義される通りである。
抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントをコードする核酸分子は、ＬＣＶＲをコードする核酸分子を含み、ここで、ＬＣＶＲは、３つのＣＤＲの組（すなわち、ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含み、ここで、ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３アミノ酸配列の組は、表３Ａに列挙される例示的な抗プロテインＡ抗体により定義される通りである。
抗プロテインＡ抗体の重鎖可変領域または軽鎖可変領域を含むポリペプチドを発現することができる組換え発現ベクターが、さらに提供される。例えば、本開示は、上記の核酸分子のいずれか、すなわち、表３Ａに記載されるＨＣＶＲ、ＬＣＶＲ、および／またはＣＤＲ配列いずれかをコードする核酸分子を含む組換え発現ベクターを含む。そのようなベクターが導入されている宿主細胞、ならびに、抗体または抗体フラグメントの産生を可能にする条件下で、上記宿主細胞を培養し、そのように産生された抗体および抗体フラグメントを回収することによって、抗体またはその一部を提供する方法もまた、本発明の範囲内に含まれている。
本開示のＡＤＣに適した抗プロテインＡ抗体は、修飾されたグリコシル化パターンを有し得る。いくつかの実施形態では、好ましくないグリコシル化部位、または、例えば、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）機能を向上させるために、オリゴ糖鎖に存在するフコース部分を欠いている抗体を除去する修飾は有用な場合がある（Ｓｈｉｅｌｄ ｅｔ ａｌ．（２００２） ＪＢＣ ２７７：２６７３３を参照）。他の用途において、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を修飾するために、ガラクトシル化（ｇａｌａｃｔｏｓｙｌａｔｉｏｎ）の修飾を行うことが可能である。
本明細書で提供されるプロテインＡに特異的に結合するモノクローナル抗体およびその抗原結合フラグメントは、プロテインＡ（および／または、ＳｐｓＱあるいは他の相同タンパク質）へのＦｃ結合を弱める可能性がある。本開示では、これは「＊／＊」または「＊＊」として記述され、ＥＵインデックス番号付けに従ったｈＩｇＧ１ ＦｃにおけるＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆ突然変異を含む、抗体、またはその抗原結合フラグメントを指す。Ｈ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆの突然変異は、ｈＩｇＧ１重鎖である配列番号６４８のＨ３１８ＲおよびＹ３１９Ｆの等価物である。＊／＊突然変異位置は、ＥＵ番号付けに従ったＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆを指す一方、＊／＊突然変異は、可変ドメイン配列の長さに応じて 所与の抗体（または、その抗原結合フラグメント）の実際の重鎖の異なる位置に見られる場合がある。
上記＊／＊変異体に加えて、特定の追加のＦｃ変異体が本明細書で企図される。ある実施形態によると、プロテインＡに対する特定の抗体は、プロテインＡまたはそれぞれの動物種に適切な相同タンパク質による結合を弱めるように、抗体のＦｃ領域で修飾される。
ある実施形態によると、本開示のＡＤＣに適したプロテインＡに対する抗体は、例えば、中性のｐＨと比較して酸性のｐＨで、ＦｃＲｎ受容体に結合する抗体を増強するか、または減少させる１つ以上の突然変異を含んだＦｃドメインを含む。例えば、本発明には、ＦｃドメインのＣＨ２またはＣＨ３領域中に突然変異を含むプロテインＡに対する抗体が含まれ、ここで、突然変異は、酸性環境において（例えば、ｐＨ範囲が約５．５～約６．０のエンドソームにおいて）おいてＦｃＲｎへのＦｃドメインの親和性を増大させる。そのような突然変異は、動物に投与されたとき、抗体の血清半減期を増大させる場合がある。そのようなＦｃ修飾の非限定的な例としては、例えば、位置２５０（例えば、ＥまたはＱ）；２５０および４２８（例えば、ＬまたはＦ）；２５２（例えば、Ｌ／Ｙ／Ｆ／Ｗ、またはＴ）、２５４（例えば、ＳまたはＴ）、および２５６（例えば、Ｓ／Ｒ／Ｑ／Ｅ／Ｄ、またはＴ）での修飾；あるいは、位置４２８および／または４３３（例えば、Ｈ／Ｌ／Ｒ／Ｓ／Ｐ／Ｑ、またはＫ）および／または４３４（例えば、Ｈ／ＦまたはＹ）での修飾；あるいは、位置２５０および／または４２８での修飾；あるいは、位置３０７または３０８（例えば、３０８Ｆ、Ｖ３０８Ｆ）、および４３４での修飾が挙げられる。一実施形態では、修飾は、４２８Ｌ（例えば、Ｍ４２８Ｌ）および４３４Ｓ（例えば、Ｎ４３４Ｓ）の修飾；４２８Ｌ、２５９Ｉ（例えば、Ｖ２５９Ｉ）、および３０８Ｆ（例えば、Ｖ３０８Ｆ）の修飾；４３３Ｋ（例えば、Ｈ４３３Ｋ）および４３４（例えば、４３４Ｙ）の修飾；２５２、２５４、および２５６（例えば、２５２Ｙ、２５４Ｔ、および２５６Ｅ）の修飾；２５０Ｑおよび４２８Ｌの修飾（例えば、Ｔ２５０ＱおよびＭ４２８Ｌ）；ならびに、３０７のおよび／または３０８の修飾（例えば、３０８Ｆまたは３０８Ｐ）を含み得る。
例えば、プロテインＡに対する抗体は、２５０Ｑおよび２４８Ｌ（例えば、Ｔ２５０ＱおよびＭ２４８Ｌ）；２５２Ｙ、２５４Ｔ、および２５６Ｅ（例えば、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、およびＴ２５６Ｅ）；４２８Ｌおよび４３４Ｓ（例えば、Ｍ４２８ＬおよびＮ４３４Ｓ）；ならびに、４３３Ｋおよび４３４Ｆ（例えば、Ｈ４３３ＫおよびＮ４３４Ｆ）からなる群から選択される突然変異の１つ以上のペアまたは群を含んだＦｃドメインを含む。前述のＦｃドメイン突然変異の全ての可能な組み合わせ、および本明細書で開示される抗体可変ドメイン内の他の突然変異は、本開示の範囲内であると企図される。
本開示のＡＤＣに適したプロテインＡに対する抗体は、改変されたエフェクター機能、例えば、増大または減少したエフェクター機能を有する修飾されたＦｃドメインを含み得る。明細書で使用されるように、「改変されたエフェクター機能を有する修飾されたＦｃドメイン」とは、修飾されたＦｃを含む分子が、細胞致死（例えば、ＡＤＣＣおよび／またはＣＤＣ）、野生型の天然に存在するバージョンのＦｃ部分を含む競合体分子（ｃｏｍｐａｒａｔｏｒ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）に対して、補体活性化、食作用、およびオプソニン作用からなる群から選択される少なくとも１つの効果の重症度または程度を増大または減少を示すように、野生型の天然に存在するＦｃドメインに対して、修飾、変異、トランケートなどされた免疫グロブリンの任意のＦｃ部分を意味する。ある実施形態では、「改変されたエフェクター機能を有する修飾されたＦｃドメイン」とは、Ｆｃ受容体（例えば、ＦｃγＲ）への結合が減少したか、または弱められたＦｃドメインである。例示的な修飾されたＦｃドメインは米国特許第２００６／００２４２９８に記載され、これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。いくつかの実施形態では、修飾はＧ２３６Ａである。
ある実施形態では、修飾されたＦｃドメインは、ヒンジ領域に置換を含む変異のＩｇＧ１ Ｆｃまたは変異のＩｇＧ４ Ｆｃである。例えば、本発明の文脈で使用される修飾されたＦｃは変異体ＩｇＧ１ Ｆｃを含み、ここで、ＩｇＧ１ Ｆｃヒンジ領域の少なくとも１つのアミノ酸は、ＩｇＧ２ Ｆｃヒンジ領域からの対応するアミノ酸で置換される。あるいは、本発明の文脈で使用される修飾されたＦｃは変異体ＩｇＧ４ Ｆｃを含み、ここで、ＩｇＧ４ Ｆｃヒンジ領域の少なくとも１つのアミノ酸は、ＩｇＧ２ Ｆｃヒンジ領域からの対応するアミノ酸で置換される。本発明の文脈で使用され得る非限定的で例示的な修飾されたＦｃ領域は、米国特許出願公報番号２０１４／０２４３５０４（その開示は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載され、ならびに、そこに記載される任意の修飾されたＦｃ領域の機能的に同等の変異体であり得る。
本発明の文脈で使用され得る他の修飾されたＦｃドメインおよびＦｃ修飾は、米国特許第２０１４／０１７１６２３；ＵＳ ８，６９７，３９６；ＵＳ ２０１４／０１３４１６２；ＷＯ ２０１４／０４３３６１に記載される修飾のいずれかを含み、これらの開示は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。本明細書に記載される修飾されたＦｃドメインを含む抗体または他の抗原結合性の融合タンパク質を構築する方法が、当技術分野で知られている。
抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）
薬物または治療薬にコンジュゲートされる抗体またはその抗原結合性フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、治療薬はリファマイシンアナログであり得る。反応性リンカー－ペイロード、例えば、ＡＤＣを製造するのに有用である、本明細書で提供される式（Ａ）、（Ｂ）、（Ｉ）、（Ｉ’）、（ＩＩ）、（ＩＩ’）、（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ’）、（ＩＶ）、（ＩＶ’）、（Ｖ）、（Ｖ’）の任意の実施形態による構造を有する化合物が本明細書で提供される。ＡＤＣを製造するのに有用な修飾された抗体および修飾された抗原結合フラグメントが、本明細書でさらに提供される。
いくつかの実施形態では、本開示のＡＤＣを製造するのに適した抗体、または抗体の抗原結合フラグメントは、感染症関連標的に結合する。いくつかの実施形態では、抗体、または抗体の抗原結合フラグメントはＭＳＲ１に結合する。いくつかの実施形態では、抗体、または抗体の抗原結合フラグメントはＷＴＡに結合する。いくつかの実施形態では、抗体、または抗体の抗原結合フラグメントはプロテインＡに結合する。
ＡＤＣには一般に式（ＸＶ）：ＢＡ－［Ｌ－ＰＡ］ｎを有する。式中、ＢＡは、結合剤、例えば、抗体またはその抗原結合フラグメントである。Ｌは以下に詳述されるリンカーである。ＰＡは、本明細書に詳述されるペイロード、例えば、リファマイシンアナログである。式中、ｎは、１～３０、例えば、１～４、例えば、２または４の整数である。各Ｌ－ＰＡは、ＰＡの官能基に共有結合される。特定の実施形態では、各Ｌ－ＰＡは、リジン側鎖、システイン側鎖、グルタミン側鎖、またはＢＡのアミノ末端に共有結合される。
いくつかの実施形態では、Ｌ－ＰＡは、反応基、つまりＲＧを介して、結合剤ＢＡ、例えば、抗体またはその抗原結合フラグメントの側鎖に共有結合される。結合剤へのコンジュゲーション後、反応基は、式（ＸＶ）：ＢＡ－［Ｌ－ＰＡ］ｎを有するＡＤＣのリンカーＬの一部になる。本開示に有用な例示的な反応基ＲＧとしては、限定されないが、マレイミド、スクシンイミド、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）、末端の第一級アミン、ハロアセチル（ｈａｌｏａｃｅｔｙｌ）基、イソチオシアネート、チオール、アルコール、ケトン、アルデヒド、酸、エステル、ヒドロジド（ｈｙｄｒｏｚｉｄｅｓ）、およびアニリンを含むものが挙げられる。ＲＧは、以下の構造：
を有する部分も含み、ここで、Ｘは－Ｏ－または－ＮＨ－であり、ＬＧは脱離基、例えば、Ｂｒである。
いくつかの実施形態では、反応リンカーは、
であり、ここで、ｂは２～８の整数である。
いくつかの実施形態では、反応リンカーは、
であり、ここで、ｂは２～８の整数である。
いくつかの実施形態では、反応リンカーは、
であり、ここで、ｂは２～８の整数であり、ＲＮは水素原子またはアルキル基であり、ＲＭはアルキル基である。
いくつかの実施形態では、反応リンカーは、
であり、ここで、ｂは２～８の整数である。
いくつかの実施形態では、反応リンカーは、
であり、ここで、ｂは２～８の整数である。
いくつかの実施形態では、反応リンカーは、
であり、ここで、ｂは２～８の整数であり、ＲＮは水素原子またはアルキル基であり、ＲＭはアルキル基である。
抗体または抗原結合フラグメントの残基にコンジュゲートするための技術およびリンカーが、当技術分野において知られている。本態様文脈で使用され得る例示的なアミノ酸結合、例えば、リジン（例えば、米国特許第５，２０８，０２０号；ＵＳ２０１０／０１２９３１４；Ｈｏｌｌａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ．，２００８，１９：３５８－３６１；ＷＯ２００５／０８９８０８；ＵＳ５，７１４，５８６；ＵＳ２０１３／０１０１５４６；および、ＵＳ２０１２／０５８５５９２を参照）、システイン（例えば、ＵＳ２００７／０２５８９８７；ＷＯ２０１３／０５５９９３；ＷＯ２０１３／０５５９９０；ＷＯ ２０１３／０５３８７３；ＷＯ２０１３／０５３８７２；ＷＯ２０１１／１３０５９８；ＵＳ２０１３／０１０１５４６；および、ＵＳ７，７５０，１１６を参照）、セレノシステイン（例えば、ＷＯ２００８／１２２０３９；および、Ｈｏｆｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ，２００８，１０５：１２４５１－１２４５６を参照）、ホルミルグリシン（例えば、Ｃａｒｒｉｃｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００７，３：３２１－３２２； Ａｇａｒｗａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ，２０１３，１１０：４６－５１，および、Ｒａｂｕｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，２０１２，１０：１０５２－１０６７を参照）、非天然のアミノ酸（例えば、ＷＯ２０１３／０６８８７４、およびＷＯ２０１２／１６６５５９を参照）、ならびに酸性アミノ酸（例えば、ＷＯ２０１２／０５９８２を参照）。リジンコンジュゲーションは、ＮＨＳ（Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド）を介して進行する場合もある。リンカーはまた、チオール間の炭素架橋の形成によって、切断された鎖間ジスルフィド結合のシステイン残基などのシステイン残基にコンジュゲートされ得る（例えば、ＵＳ９，９５１，１４１、およびＵＳ９，９５０，０７６を参照）。リンカーはまた、炭水化物（例えば、ＵＳ２００８／０３０５４９７、ＷＯ２０１４／０６５６６、および、Ｒｙａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｆｏｏｄ ＆ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２００１，１３：１２７－１３０を参照）、ならびにジスルフィドリンカー（例えば、ＷＯ２０１３／０８５９２５、ＷＯ２０１０／０１０３２４、ＷＯ２０１１／０１８６１１、および、Ｓｈａｕｎａｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００６，２：３１２－３１３）への結合を介して、抗原結合性タンパク質にコンジュゲートされ得る。抗体または抗原結合性タンパク質の特定の残基へのコンジュゲーションに向けるために、部位特異的コンジュゲーション技術も利用され得る（例えば、Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ（２０１６）３６（Ｓｕｐｐｌ １）：１００を参照）。部位特異的コンジュゲーション技術としては、限定されないが、トランスグルタミナーゼを介したグルタミンコンジュゲーションが挙げられる（例えば、Ｓｃｈｉｂｌｉ，Ａｎｇｅｗ Ｃｈｅｍｉｅ Ｉｎｔｅｒ Ｅｄ．２０１０，４９ ，９９９５を参照）。
リンカーはまた、トランスグルタミナーゼベースの化学酵素的コンジュゲーション（例えば、Ｄｅｎｎｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ．２０１４，２５，５６９－５７８、およびＷＯ２０１７／１４７５４２）を介して、１つ以上のグルタミン残基にコンジュゲートされ得る。例えば、トランスグルタミナーゼの存在下で、抗体の１つ以上のグルタミン残基を、第一級アミン化合物にカップリングすることができる。簡単に言うと、いくつかの実施形態では、グルタミン残基（例えば、Ｇｌｎ２９５残基）を有する抗体は、酵素トランスグルタミナーゼの存在下で、以下により詳細に記載される第一級アミン化合物で処理される。第一級アミン化合物は、トランスグルタミナーゼ媒介カップリングを介して抗体薬物コンジュゲートを直接提供するペイロードまたはリンカーペイロードを含む。第一級アミン化合物は、反応基で官能化されるリンカーおよびスペーサーも含み、この反応基は、その後、抗体薬物コンジュゲートの合成に向けてさらなる化合物で反応させることができる。グルタミン残基を含む抗体は、自然源から単離され得るか、または１つ以上のグルタミン残基を含むように操作され得る。抗体ポリペプチド鎖（グルタミニル修飾された抗体または抗原結合性分子）へとグルタミン残基を操作するための技術は、当該技術分野の専門家の技術の範囲内である。ある実施形態では、抗体は非グリコシル化される。
ある実施形態では、抗体またはグルタミニル修飾された抗体または抗原結合性分子は、少なくとも１つのポリペプチド鎖配列に少なくとも１つのグルタミン残基を含み得る。ある実施形態では、抗体またはグルタミニル修飾された抗体または抗原結合性分子は、２つの重鎖ポリペプチドを含む場合があり、その各々が１つのＧｌｎ２９５残基を有する。さらなる実施形態では、抗体またはグルタミニル修飾された抗体または抗原結合性分子は、重鎖２９５以外の部位に１つ以上のグルタミン残基を含み得る。いくつかの実施形態では、抗体は、無効にされた抗体機能または結合をもたらすことなく、ある部位にグルタミン残基を挿入する部位特異的変異誘発によって調製され得る。例えば、本明細書に記載されるＡｓｎ２９７Ｇｌｎ（Ｎ２９７Ｑ）突然変異を有する抗体が本明細書に含まれている。いくつかの実施形態では、Ｇｌｎ２９５残基および／またはＮ２９７Ｑ突然変異を有する抗体は、その可変領域に１つ以上の追加の天然に存在するグルタミン残基を含有し、これはトランスグルタミナーゼに到達可能であり得、したがって、リンカーまたはリンカーペイロードにコンジュゲートすることができる。例示的な天然に存在するグルタミン残基は、例えば、軽鎖のＱ５５で見られ得る。そのような場合では、トランスグルタミナーゼを介してコンジュゲートされた抗体は、予想よりも高いＤＡＲ値（例えば、４を超えるＤＡＲ）を有する場合がある。任意のそのような抗体は、自然源または人工源から単離され得る。
様々な実施形態では、本開示のＡＤＣに適した抗体、またはその抗原結合フラグメントは、コンジュゲーションのための１つ以上の部位特異的なシステイン突然変異をする場合がある。一実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントは、位置１０３（Ｃｙｓ１０３ＳｅｒまたはＣ１０３Ｓ）に軽鎖突然変異を含む。一実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３で本開示の化合物にコンジュゲートされる。
非限定的な例として、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、コンジュゲーションのための１つ以上の部位特異的なシステイン突然変異を含む場合がある。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、位置１０３（Ｃ１０３Ｓ）に軽鎖突然変異を含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３で本開示の化合物にコンジュゲートされる。
グルタミンを含む抗体（または、抗原結合性の化合物）のトランスグルタミナーゼ媒介カップリングに有用な第一級アミン化合物は、通常の技術を有する専門家により有用とみなされる任意の第一級アミン化合物であり得る。一般に、第一級アミン化合物は式Ｈ２Ｎ－Ｒを有し、ここで、Ｒは抗体および反応条件と適合性のある任意の基であり得る。ある実施形態では、Ｒはアルキル、置換されたアルキル、ヘテロアルキル、または置換されたヘテロアルキルである。
いくつかの実施形態では、第一級アミン化合物は、反応基または保護された反応基を含む場合がある。有用な反応基は、アジド、アルキン、シクロアルキン、チオール、アルコール、ケトン、アルデヒド、酸、エステル、ヒドロジド、アナリン（ａｎａｌｉｎｅｓ）、およびアミンを含む。ある実施形態では、反応基は、アジド、アルキン、スルフヒドリル、シクロアルキン、アルデヒド、およびカルボキシルからなる群から選択される。
ある実施形態では、第一級アミン化合物は式Ｈ２Ｎ－ＬＬ－Ｘにかかるものであり、ここで、ＬＬは二価スペーサーであり、Ｘは反応基または保護された反応基である。特定の実施形態では、ＬＬは二価ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）基である。ある実施形態では、Ｘは、－ＳＨ、－Ｎ３、アルキン、アルデヒド、およびテトラゾールからなる群から選択される。特定の実施形態では、Ｘは－Ｎ３である。
ある実施形態では、第一級アミン化合物は以下の式の１つにかかるものである：
Ｈ２Ｎ－（ＣＨ２）ｎ－Ｎ；
Ｈ２Ｎ－（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ－（ＣＨ２）ｐ－Ｘ；
Ｈ２Ｎ－（ＣＨ２）ｎ－Ｎ（Ｈ）Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｍ－Ｘ；
Ｈ２Ｎ－（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ－Ｎ（Ｈ）Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｍ－（ＣＨ２）ｐ－Ｘ；
Ｈ２Ｎ－（ＣＨ２）ｎ－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）－（ＣＨ２）ｍ－Ｘ；
Ｈ２Ｎ－（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）－（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｍ－（ＣＨ２）ｐ－Ｘ；
Ｈ２Ｎ－（ＣＨ２）ｎ－Ｎ（Ｈ）Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｍ－（ＣＨ２）ｐ－Ｘ；
Ｈ２Ｎ－（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ－Ｎ（Ｈ）Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｍ－Ｘ；
Ｈ２Ｎ－（ＣＨ２）ｎ－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）－（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｍ－（ＣＨ２）ｐ－Ｘ；および、
Ｈ２Ｎ－（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｈ）－（ＣＨ２）ｍ－Ｘ；
ここで、ｎは、１～１２から選択される整数であり；
ｍは０～１２の整数であり；
ｐは、０～２から選択される整数であり；
ならびに、Ｘは、－ＳＨ、－Ｎ３、－Ｃ≡ＣＨ、－Ｃ（Ｏ）Ｈ、テトラゾール、および、
のいずれかからなる群から選択される。
上記において、アルキルまたはアルキレン（すなわち、－ＣＨ２－）の基のいずれかが、例えば、Ｃ１－８アルキル、メチルホルミル、または－ＳＯ３Ｈで随意に置換され得る。ある実施形態では、アルキル基は置換されない。
ある実施形態では、第一級アミン化合物は、
からなる群から選択される。
特定の実施形態では、第一級アミン化合物は
である。
したがって、１つ以上の第一級アミン化合物に連結される修飾された抗体、およびその抗原結合フラグメントが本明細書で提供される。特定の実施形態では、以下の式：
にかかる修飾された抗体、およびその抗原結合フラグメントが本明細書で提供される。
式中、ＢＡは抗体、またはその抗原結合フラグメントである。変数ｎは１～３０の整数である。ある実施形態では、ｎは１からＢＡ中のグルタミン残基数までである。ある実施形態では、ｎは１～４である。ある実施形態では、ｎは、１、２、３、または４である。いくつかの実施形態では、ｎは２である。いくつかの実施形態では、ｎは４である。修飾された抗体、およびその抗原結合フラグメントは、例えば、１つ以上のＬ－ＰＡ分子に連結してＡＤＣを形成するために有用である。
ある実施形態では、ＢＡは２つまたは４つのグルタミン残基を含む場合がある。ある実施形態では、ＢＡはＱ２９５残基を含む場合がある。ある実施形態では、ＢＡはＮ２９７Ｑ突然変異を含む場合がある。ある実施形態では、ＢＡはＱ２９５およびＮ２９７Ｑを含む場合がある。そのような実施形態では、ＢＡは二量体の場合があり、ＢＡはＬ－ＰＡ部分へのコンジュゲーションのために４つのグルタミン残基を有する。
式（ＸＶ）ＢＡ－［Ｌ－ＰＡ］ｎでは、ＰＡは有用とみなされる任意のペイロードであり得る。ある実施形態では、ＰＡは本開示のリファマイシンアナログである。
式（ＸＶ）のいくつかの実施形態では、Ｌは－Ｌ１－Ｌ２－（Ｌ３）０－１－であり、Ｌ２は
－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ－、
－ＯＣＨ２Ｃ（Ｏ）－、またはシクロデキストリン残基（ＣＤ）；あるいは、それらの組み合わせを含む場合がある。いくつかの実施形態では、Ｌは－Ｌ１－Ｌ２－（Ｌ３）０－１－であり、Ｌ２は、
、またはＣＤ、あるいはそれらの組み合わせを含む場合がある。いくつかの実施形態では、Ｌは－Ｌ１－Ｌ２－（Ｌ３）０－１－であり、Ｌ２はＣＤを含む場合があり、ここで、ＣＤは、
からなる群から選択される。
式（ＸＶ）のいくつかの実施形態では、Ｌは－Ｌ１－Ｌ２－（Ｌ３）０－１－であり、Ｌ２は、
を含む場合がある。
いくつかの実施形態では、Ｌは－Ｌ１－Ｌ２－（Ｌ３）０－１－であり、－Ｌ１は、
、またはその位置異性体または異性体の混合物；
あるいはその立体異性体（ｓｔｅｒｏｉｓｏｍｅｒ）または立体異性体の混合物（ここで、Ｓは、反応基の残基がＢＡに結合するシステイン残基上のＳ原子を指す）；および、
（ここで、Ｎは、反応基の残基がＢＡに結合するリシン残基上のＮ原子を指す）から選択されるＬ１を含む場合がある。
いくつかの実施形態では、Ｌは－Ｌ１－Ｌ２－（Ｌ３）０－１－であり、－Ｌ２－（Ｌ３）０－１－は、
を含む場合がある。
式（ＸＶ）、ＢＡ－［Ｌ－ＰＡ］ｎでは、ＰＡは、適切であるとみなされる任意のリンカーＬによりＢＡに連結され得る。リンカーは、治療部分（ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｍｏｉｅｔｙ）、例えば、リファマイシンアナログにより、本明細書に記載される抗体または抗原結合性のタンパク質に連結、接続、結合する任意の基または部分である。適切なリンカーは、例えば、抗体薬物コンジュゲートおよび免疫毒素；Ｐｈｉｌｌｉｐｓ，Ｇ．Ｌ．，Ｅｄ．；Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，２０１３；Ａｎｔｉｂｏｄｙ－Ｄｒｕｇ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ；Ｄｕｃｒｙ，Ｌ．，Ｅｄ．；Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，２０１３；Ａｎｔｉｂｏｄｙ－Ｄｒｕｇ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ；Ｗａｎｇ，Ｊ．，Ｓｈｅｎ，Ｗ．－Ｃ．，ａｎｄ Ｚａｒｏ，Ｊ．Ｌ．，Ｅｄｓ．；Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，２０１５で見ることができ、各々の内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。一般に、本明細書に記載される抗体コンジュゲートに適した結合剤リンカーは、抗体の循環中の半減期を活用するのに十分に安定しており、同時に、上記コンジュゲートの抗原媒介性内部移行後にそのペイロードを放出することができるものである。リンカーは切断可能または切断不可能である場合がある。切断リンカーは、例えば、加水分解、還元、または酵素反応を介した切断など、内部移行後の細胞内物質代謝により切断されるリンカーを含む。切断不可能なリンカーは、内部移行後の抗体のリソソーム分解を介して、結合されたペイロードを放出するリンカーを含む。適切なリンカーとしては、限定されないが、酸不安定性リンカー、加水分解不安定性リンカー、酵素的に切断可能なリンカー、還元不安定性リンカー、自己犠牲（ｉｍｍｏｌａｔｉｖｅ）リンカー、および切断不可能なリンカーが挙げられる。適切なリンカーとしてはさらに、限定されないが、ペプチド、グルクロニド、スクシンイミド－チオエテール、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）ユニット、ヒドラゾン、ｍａｌ－カプロイルユニット、ジペプチドユニット、バリン－シトルリンユニット、およびパラ－アミノベンジル（ＰＡＢ）ユニットを含むものが挙げられる。
当該分野で既知の任意のリンカー分子またはリンカー技術が、本開示のＡＤＣを作成または構築するために使用され得る。ある実施形態では、リンカーは切断可能なリンカーである。他の実施形態によると、リンカーは切断不可能なリンカーである。本開示の文脈で使用され得る例示的なリンカーとしては、例えば、ＭＣ（６－マレイミドカプロイル（ｍａｌｅｉｍｉｄｏｃａｐｒｏｙｌ））、ＭＰ（マレイミドプロパノイル（ｍａｌｅｉｍｉｄｏｐｒｏｐａｎｏｙｌ））、ｖａｌ－ｃｉｔ（バリン－シトルリン）、ｖａｌ－ａｌａ（バリン－アラニン）、プロテアーゼ切断リンカー中のジペプチド部位、ａｌａ－ｐｈｅ（アラニン－フェニルアラニン）、プロテアーゼ切断可能なリンカー中のジペプチド部位、ＰＡＢ（ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル）、ＳＰＰ（Ｎ－サクシニミジル４－（２－ピリジルチオ）ペンタノエート）、ＳＭＣＣ（Ｎ－サクシニミジル４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１カルボキシレート）、ＳＩＡＢ（Ｎ－サクシニミジル（４－ヨード－アセチル）アミノベンゾエート）、およびそれらの変異体および組み合わせを含むリンカーが挙げられる。本開示の文脈で使用され得るリンカーの追加例は、例えば、ＵＳ７，７５４，６８１、およびＤｕｃｒｙ，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ．，２０１０，２１：５－１３、ならびにそこで引用される参考文献で提供され、それらの内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
ある実施形態では、リンカーは生理的条件で安定している。ある実施形態では、リンカーは切断可能であり、例えば、酵素の存在下または特定のｐＨ範囲または値で、少なくともペイロード部分を放出することができる。いくつかの実施形態では、リンカーは酵素切断可能な部分を含む場合がある。例証的な酵素切断な部分としては、限定されないが、ペプチド結合、エステル結合、ヒドラゾン、およびジスルフィド結合を含む。いくかの実施形態では、リンカーはカテプシン切断可能なリンカーを含み得る。
いくかの実施形態では、リンカーは切断不可能な部分を含み得る。
適切なリンカーとしてはさらに、限定されないが、単一の結合剤、例えば、抗体の２つのシステイン残基に化学的に結合されるものが挙げられる。そのようなリンカーは、コンジュゲーションプロセスの結果として破壊される抗体のジスルフィド結合を模倣するのに役立ち得る。
いくつかの実施形態では、リンカーは１つ以上のアミノ酸を含み得る。適切なアミノ酸としては、天然の、非天然の、標準的な、非標準的な、タンパク質を構成する、タンパク質を構成しない、およびＬ－またはＤ－αアミノ酸が挙げられる。いくつかの実施形態では、リンカーは、アラニン、バリン、グリシン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、トリプトファン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、グルタミン酸、リジン、アルギニン、ヒスチジン、またはシトルリン、それらの誘導体、またはそれらの組み合わせを含み得る。ある実施形態では、アミノ酸の１つ以上の側鎖は、下に記載される側鎖基に連結される。いくつかの実施形態では、リンカーは、バリンおよびシトルリンを含む場合がある。いくつかの実施形態では、リンカーは、リジン、バリン、およびシトルリンを含む場合がある。いくつかの実施形態では、リンカーは、リジン、バリン、およびアラニンを含む場合がある。いくつかの実施形態では、リンカーは、バリンおよびアラニンを含む場合がある。
いくつかの実施形態では、リンカーは自己犠牲基（ｓｅｌｆ－ｉｍｍｏｌａｔｉｖｅ ｇｒｏｕｐ）を含む場合がある。自己犠牲基は、当業者に知られている任意のそのような基であってもよい。特定の実施形態では、自己犠牲基は、ｐ－アミノベンジル（ＰＡＢ）、またはその誘導体である場合がある。有用な誘導体としては、ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢＣ）が挙げられる。当業者は、自己犠牲基が、ペイロードからリンカーの残りの原子を放出する化学反応を実行することができることを認識する。
いくつかの実施形態では、リンカーは、
であり得、ここで、
は、抗体または抗原結合性のタンパク質への結合（例えば、リシン残基を介した）であり、
は、ペイロードへの結合である。いくつかの実施形態では、リンカーは、
であり得、ここで、
は、抗体または抗原結合性のタンパク質への結合（例えば、リシン残基を介した）であり、
は、ペイロードへの結合である。ある実施形態では、リンカーは、
であり得る。
ある実施形態では、リンカーは、
であり得る。
いくつかの実施形態では、リンカーはマレイミジルメチル（ｍａｌｅｉｍｉｄｙｌｍｅｔｈｙｌ）－４－トランス－シクロヘキサンカルボキシスクシナート（ｃｙｃｌｏｈｅｘａｎｅｃａｒｂｏｘｙｓｕｃｃｉｎａｔｅ）：
に由来し得る。
いくつかの実施形態では、リンカーは、
であり得、ここで、
は、抗体または、抗原結合性のタンパク質への結合（例えば、リジン残基またはセリン残基を介した）であり、
は、ペイロードへの結合である。
いくつかの実施形態では、Ｌは切断可能なリンカーであり得る。いくつかの実施形態では、Ｌは切断不可能なリンカーである。いくつかの実施形態では、Ｌはジペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｌは、
の部分を含む場合がある。
いくつかの実施形態では、Ｌは、以下の構造：
を有する部分を含む場合がある。
いくつかの実施形態では、Ｌは、以下の構造：
を有する部分を含む場合がある。
いくつかの実施形態では、Ｌは、以下の構造：
を有する部分を含む場合がある。
いくつかの実施形態では、Ｌは、
から選択される構造を有する部分を含む場合がある。
ある実施形態では、リンカーはシクロデキストリン基を有し得る。ある実施形態では、リンカーは式（ＸＶａ）：
にかかるＡＤＣを提供する。
式（ＸＶａ）中、ＢＡは抗体、またはその抗原結合フラグメントであり、ＬＬは三価リンカーであり、ＲＧは反応性リンカー残基であり、ＳＰは、それぞれの場合に独立して、存在しないかまたはスペーサー基であり、下付き文字ｎは１～３０の整数であり；および、ＰＡはペイロードである。ある実施形態では、ｎは１～４である。ある実施形態では、ｎは４である。ある実施形態では、ｎは２である。ある実施形態では、ｎは１である。ある実施形態では、ｎは３である。
ある実施形態では、リンカーはシクロデキストリン基を有し得る。ある実施形態では、リンカーは式（ＸＶｂ）：
にかかるＡＤＣを提供する。
式（ＸＶｂ）中、ＢＡは抗体、またはその抗原結合フラグメントであり；ＲＧは反応基の残基であり；ＳＰ１およびＳＰ２は各々、それぞれの場合に独立して、存在しないかまたはスペーサー基の残基であり、ここで、ＳＰ１は三価のリンカーを含み得；ＡＡ１はアミノ酸残基を含む三価のリンカーであり；ＡＡ２はジペプチド残基であり；ＰＥＧは、１～３０のポリエチレングリコール残基を含み得；Ｂは存在しないか、
であり、ここで、
は、式中の隣接した基にＢが結合する原子を示し、ＣＤは、それぞれの場合に独立して、存在しないかまたはシクロデキストリン残基であり、ここで、少なくとも１つのＣＤが存在し、下付き文字ｎは１～３０の整数であり；下付き文字ｍは、０～５の整数であり；および、ＰＡはペイロード部分である。これらの例では、下付き文字ｍは、０、１、２、３、４、または５である。いくつかの例では、下付き文字ｍは０である。いくつかの例では、下付き文字ｍは１である。いくつかの例では、下付き文字ｍは２である。いくつかの例では、下付き文字ｍは３である。いくつかの例では、下付き文字ｍは４である。いくつかの例では、下付き文字ｍは５である。いくつかの例では、Ｂは存在しない。いくつかの例では、Ｂは
である。いくつかの例では、Ｂは、
である。いくつかの例では、ＡＡ１またはＡＡ２のいずれか１つは、それぞれの場合で独立して、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、トリプトファン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、グルタミン酸、リジン、アルギニン、ヒスチジン、またはシトルリン、その誘導体、およびそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸を含み得る。ある実施形態では、ＡＡ１は、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、トリプトファン、フェニルアラニン、プロリン、グリシン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、グルタミン酸、リジン、アルギニン、ヒスチジン、またはシトルリン、その誘導体、およびそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸である。ある実施形態では、ＡＡ１はリジンである。ある実施形態では、ＡＡ１はリジンまたはリジンの誘導体である。ある実施形態では、ＡＡ２はバリン－シトルリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ２はシトルリン－バリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ２はバリン－アラニンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ２はアラニン－バリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ２はバリン－グリシンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ２はグリシン－バリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ１－ＡＡ２は、グルタミン－バリン－シトルリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ１－ＡＡ２は、グルタミン－バリン－シトルリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ１－ＡＡ２は、リジン－バリン－アラニンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ１－ＡＡ２は、リジン－バリン－シトルリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ１－ＡＡ２は、グルタミン－バリン－シトルリンである。ある実施形態では、リジンはＬ－リジンである。ある実施形態では、リジンはＤ－リジンである。いくつかの例では、ＳＰ１は、それぞれの場合に独立して、Ｃ１－６アルキレン、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからからなる群から選択され、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数である。
いくつかの例では、ＳＰ２は、それぞれの場合に独立して、Ｃ１－６アルキレン、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからからなる群から選択され、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数である。ある実施形態では、リンカーは末端親水基（ＨＧ）を含み得る。ある実施形態では、リンカーはタウリン基を含み得る。ある実施形態では、リンカーは末端スルホン酸基を含み得る。ある実施形態では、リンカーは式（ＸＶＩ）：
にかかるＡＤＣを提供し、ここで、式（ＸＶＩ）において、ＢＡは結合剤であり；ＬＬは三価のリンカーであり；ＲＧ１およびＲＧ２は反応基の残基であり；ＳＰ１およびＳＰ２は独立して、それぞれの場合に、存在しないかまたはスペーサー基の残基であり；ＨＧは親水性残基であり；ＰＡはペイロード残基であり；下付き文字ｎは、１～３０の整数であり；ならびに、下付き文字ｑは０または１である。いくつかの例では、１以上の三価のリンカーＬＬが存在する場合がある。いくつかの例では、ｎは１～４の整数である。いくつかの例では、ｎは１である。いくつかの例では、ｎは２である。いくつかの例では、ｎは３である。いくつかの例では、ｎは４である。いくつかの例では、ＨＧは末端親水基である。いくつかの例では、ＨＧは、１つの末端スルホン酸基またはその塩を含む場合がある。他の例では、ＨＧは、１つ以上の末端スルホン酸基またはその塩を含む場合がある。いくつかの例では、ＨＧは、１つの末端ホスホン酸基またはその塩を含む場合がある。他の例では、ＨＧは、１つ以上の末端ホスホン酸基またはその塩を含む場合がある。いくつかの例では、ＨＧは、１つの末端第三級アミン基またはその塩を含む場合がある。他の例では、ＨＧは、１つ以上の末端第三級アミン基またはその塩を含む場合がある。いくつかの例では、ＨＧは、１つの末端ポリオール（例えば、グルコース、マルトース）またはその誘導体を含む場合がある。他の例では、ＨＧは、１つ以上の末端ポリオール（例えば、グルコース、マルトース）またはその誘導体を含む場合がある。
別の例では、式（ＸＶＩ）の化合物は、式（ＸＶＩＩ）：
にかかるものである。
式（ＸＶＩＩ）において、ＢＡ、ＲＧ１、ＳＰ１、ＲＧ２、ＳＰ２、およびＨＧは、上に定義される通りであり、ＡＡ１はアミノ酸残基を含む三価のリンカーであり；ＡＡ２はジペプチド残基であり；および、Ｂは、
であり、ここで、
は、式中の隣接した基にＢが結合する原子を示し；下付き文字ｐは０または１であり；ならびに、下付き文字ｑは０または１である。いくつかの例では、下付き文字ｐは０である。また、下付き文字ｑは０である。いくつかの例では、下付き文字ｐは１である；および、下付き文字ｑは０である。いくつかの例では、下付き文字ｐは０である；および、下付き文字ｑは１である。いくつかの例では、下付き文字ｐは１である；および、下付き文字ｑは１である。いくつかの例では、ＳＰ１は、０～５のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）残基を含む場合がある。いくつかの例では、ＳＰ２は、０～５のＰＥＧ残基を含む場合がある。いくつかの例では、ＳＰ１は、それぞれの場合に独立して、Ｃ１－６アルキレン、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからからなる群から選択され、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数である。いくつかの例では、ＳＰ２は、それぞれの場合に独立して、Ｃ１－６アルキレン、ＮＨ、－Ｃ（Ｏ）－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからからなる群から選択され、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数である。いくつかの例では、ＡＡ１またはＡＡ２のいずれか１つは、それぞれの場合に独立して、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、トリプトファン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、グルタミン酸、リジン、アルギニン、ヒスチジン、またはシトルリン、それらの誘導体、およびそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸を含む場合がある。ある実施形態では、ＡＡ１は、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、トリプトファン、フェニルアラニン、プロリン、グリシン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、グルタミン酸、リジン、アルギニン、ヒスチジン、またはシトルリン、その誘導体、およびそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸である。ある実施形態では、ＡＡ１はリジンである。ある実施形態では、ＡＡ１はリジンまたはリジンの誘導体である。ある実施形態では、ＡＡ１はグルタミン酸である。ある実施形態では、ＡＡ２はバリン－シトルリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ２はシトルリン－バリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ２はバリン－アラニンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ２はアラニン－バリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ２はバリン－グリシンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ２はグリシン－バリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ１－ＡＡ２は、グルタミン－バリン－シトルリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ１－ＡＡ２は、リジン－バリン－シトルリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ１－ＡＡ２は、リジン－バリン－アラニンである。いくつかの実施形態では、ＡＡ１－ＡＡ２は、グルタミン－バリン－アラニンである。ある実施形態では、リジンはＬ－リジンである。ある実施形態では、リジンはＤ－リジンである。
ある実施形態では、リンカーは式（ＸＶＩＩＩ）：
にかかるＡＤＣを提供する。
式（ＸＶＩＩＩ）において、ＢＡは抗体、またはその抗原結合フラグメントであり；ＲＧは反応基の残基、例えば、マレイミド残基またはスクシンイミド残基であり；ＳＰは存在しないか、またはスペーサー基の残基であり；ＡＡはジペプチド残基、例えば、バリン－シトルリン－リンカーであり；Ｂは存在しないか、または、
であり、ここで、
は、式中の隣接した基にＢが結合する原子を示し、下付き文字ｎは１～３０の整数であり；および、ＰＡはペイロード部分、例えば、リファマイシンアナログである。いくつかの例では、Ｂは存在しない。いくつかの例では、Ｂは、
である。いくつかの例では、ＡＡは、それぞれの場合に独立して、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、トリプトファン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、グルタミン酸、リジン、アルギニン、ヒスチジン、またはシトルリン、それらの誘導体、およびそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸を含む場合がある。ある実施形態では、ＡＡはバリン－シトルリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡはシトルリン－バリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡはバリン－アラニンである。いくつかの実施形態では、ＡＡはアラニン－バリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡはバリン－グリシンである。いくつかの実施形態では、ＡＡはグリシン－バリンである。いくつかの例では、ＳＰは、Ｃ１－６アルキル、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－（ＣＨ）２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）８－（ＣＨ）２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、およびそれらの組み合わせからなる群から選択され、ここで、それぞれ存在するときに独立して、下付き文字ｅは０～２０の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数である。
ある実施形態では、リンカーはシクロデキストリン基を有し得る。ある実施形態では、リンカーは式（ＸＩＸ）：
にかかるＡＤＣを提供する。
式（ＸＩＸ）において、ＢＡは抗体、またはその抗原結合フラグメントであり；ＲＧは反応基の残基、例えば、マレイミド残基またはスクシンイミド残基であり；ＳＰ１およびＳＰ２は各々、それぞれの場合に独立して、存在しないか、またはスペーサー基の残基、例えば、
であり；ＡＡはジペプチド残基、例えば、バリン－シトルリン－リンカーであり；ＰＥＧは、１～３０のポリエチレングリコール残基を含むポリエチレングリコール鎖であり；Ｂは存在しないか、または、
であり、ここで、
は、式中の隣接した基にＢが結合する原子を示し、下付き文字ｎは１～３０の整数であり；下付き文字ｍは、０～２０の整数であり；下付き文字ｐは０または１であり；および、ＰＡはペイロード部分、例えば、リファマイシンアナログである。これらの例では、下付き文字ｍは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０である。いくつかの例では、下付き文字ｍは０である。いくつかの例では、下付き文字ｍは１である。いくつかの例では、下付き文字ｍは２である。いくつかの例では、下付き文字ｍは５である。いくつかの例では、下付き文字ｍは８である。いくつかの例では、下付き文字ｍは１０である。いくつかの例では、Ｂは存在しない。いくつかの例では、Ｂは、
である。いくつかの例では、ＡＡは、それぞれの場合に独立して、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン、トリプトファン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、グルタミン酸、リジン、アルギニン、ヒスチジン、またはシトルリン、それらの誘導体、およびそれらの組み合わせから選択されるアミノ酸を含む場合がある。ある実施形態では、ＡＡはバリン－シトルリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡはシトルリン－バリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡはバリン－アラニンである。いくつかの実施形態では、ＡＡはアラニン－バリンである。いくつかの実施形態では、ＡＡはバリン－グリシンである。いくつかの実施形態では、ＡＡはグリシン－バリンである。いくつかの例では、ＳＰ１は、それぞれの場合に独立して、Ｃ１－６アルキル、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからなる群から選択され、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数である。いくつかの例では、ＳＰ２は、それぞれの場合に独立して、Ｃ１－６アルキレン、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（ＯＮＨ－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからなる群から選択され、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数である。
これらの例には、その薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、立体異性体の形態、その位置異性体、またはその位置異性体の混合物も含まれ、ここで、
はそれぞれ、結合剤への結合であり；および、
はそれぞれ、ペイロードへの結合である。
いくつかの実施形態では、リンカー－リファマイシンアナログペイロードを含む抗体薬物コンジュゲートは１つ以上の対イオンを有する塩、例えば、アンモニウム塩を含む。任意の薬学的に許容可能な対イオンが適切であり得る。例えば、開示の一実施形態では、適切な対イオンは、Ｆ－、Ｃｌ－、Ｂｒ－、Ｉ－、ＯＨ－、－ＢＦ４、ＣＦ３ＳＯ３ －、一塩基の硫酸塩、二塩基の硫酸塩、一塩基のリン酸塩、二塩基のリン酸塩、または三塩基のリン酸塩、ＮＯ３ －、ＰＦ６ －、ＮＯ２ －、カルボン酸塩、ＣｅＦｆＳＯ３ －（ここで、ｅ＝２－１０およびｆ＝２ｅ＋１である）、酢酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、ベシル酸塩、重炭酸塩、酒石酸水素塩、カンシル酸塩、炭酸塩、クエン酸塩、デカン酸塩 、エデト酸塩、エシル酸塩、フマル酸塩、グルセプト酸塩、グルコン酸塩、グルタミン酸塩、グリコール酸塩、グリコリルアルサニレート（ｇｌｙｃｏｌｌｙａｌａｒｓａｎｉｌａｔｅ）、ヘキサン酸塩、ヒドラバミン（ｈｙｄｒａｂａｍｉｎｅ）、ヒドロキシナフトエート、イセチオネート（ｉｓｔｈｉｏｎａｔｅ）、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、臭化メチル、メチルニトレート、ムケート（ｍｕｃａｔｅ）、ナプシレート（ｎａｐｓｙｌａｔｅ）、オクタノエート（ｏｃｔａｎｏａｔｅ）、オレイン酸塩、パモ酸塩、パントテン酸塩、ポリガラクツロネート（ｐｏｌｙｇａｌａｃｔｕｒｏｎａｔｅ）、プロピオン酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、塩基性酢酸塩、コハク酸塩、酒石酸、テオクレート（ｔｅｏｃｌａｔｅ）、トシラート、またはトリエチオダイド（ｔｒｉｅｔｈｉｉｏｄｉｄｅ）から選択される陰イオンであり得る。
本明細書に記載される抗体薬物コンジュゲートは、当業者に知られているコンジュゲーション条件を使用して調製され得る（例えば、Ｄｏｒｏｎｉｎａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２００３，２１，７，７７８を参照。これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。いくつかの実施形態では、ＡＤＣは、抗体またはその抗原結合フラグメントを所望のリンカーおよびペイロードを含む化合物と接触させることによって調製され、ここで、上記リンカーは、例えば、抗体または抗原結合性のタンパク質の所望の残基において、抗体または抗原結合性のタンパク質に反応性の部分を保有する。例示的な条件は、以下の実施例に記載される。
いくつかの態様では、ペイロードＰＡは、本明細書で提供される式（Ａ）、（Ｂ）、（Ｉ）、（Ｉ’）、（ＩＩ）、（ＩＩ’）、（ＩＩＩ）、（ＩＩＩ’）、（ＩＶ）、（ＩＶ’）、（Ｖ）、（Ｖ’）にかかる構造を有する化合物の上の実施形態のいずれかに記載されるリファマイシンアナログである。
一態様において、ペイロードＰＡは、式（ＸＸ）の構造：
を有するリファマイシンアナログであり、
式中、
Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、およびＮＲ＊－から選択され；
Ｒ１は、単結合；脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素；芳香族Ｃ５－Ｃ２０炭化水素；ヘテロ芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素；アリールＣ６－Ｃ２０炭化水素；ヘテロアリールＣ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、これらの各々は、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子をさらに含み、ここで、Ｒ１は、－Ｆ；－Ｃｌ；－Ｂｒ；－Ｉ；－ＯＨ、－ＯＲ＊；－ＮＯ；－ＮＯ２；－ＮＯ３；－Ｏ－ＮＯ；－Ｎ３；－ＮＨ２；－ＮＨＲ＊；－Ｎ（Ｒ＊）２；－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋；－Ｎ（Ｒ＊）－ＯＨ；－Ｏ－Ｎ（Ｒ＊）２；－Ｎ（Ｒ＊）－Ｏ－Ｒ＊；－ＣＮ；－ＮＣ；－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊；－ＣＨＯ；－ＣＯ２Ｈ；－ＣＯ２Ｒ＊；－（Ｃ＝Ｏ）－Ｓ－Ｒ＊；－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｈ；－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊；－Ｓ－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊；－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨ２；－（Ｃ＝Ｏ）－Ｎ（Ｒ＊）２；－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２；－Ｏ－（Ｃ＝Ｏ）－ＮＨＮＨ２；－（Ｃ＝Ｓ）－ＮＨ２；－（Ｃ＝Ｓ）－Ｎ（Ｒ＊）２；－Ｎ（Ｒ＊）－ＣＨＯ；－Ｎ（Ｒ＊）－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊；－ＳＣＮ；－ＮＣＳ；－ＮＳＯ；－ＳＳＲ＊；－ＳＯ２Ｒ＊；－ＳＯ２－Ｎ（Ｒ＊）２；－Ｓ（＝Ｏ）－ＯＲ＊；－Ｓ（＝Ｏ）－Ｒ＊；－Ｓｉ（Ｒ＊）３；－ＣＦ３；－Ｏ－ＣＦ３、およびそれらの組み合わせの１つ以上で随意に置換され；
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、直鎖、分枝、または環状の脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、これらの各々は、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子をさらに含み；
Ｒａは独立して、それぞれ存在するときに、水素、－Ｆ；－Ｃｌ；－Ｂｒ；－Ｉ；－ＯＨ；ＯＲ＊；－ＮＨ２；－ＮＨＲ＊；－Ｎ（Ｒ＊）２；－Ｎ（Ｒ＊）３ ＋；－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊；－ＣＨＯ；－ＣＯ２Ｈ；－ＣＯ２Ｒ＊、および脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から選択され、これらは、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子をさらに含み、ＲａおよびＲｂは、－Ｆ；－Ｃｌ；－Ｂｒ；－Ｉ；－ＯＨ；－ＯＲ＊の１つ以上で随意に置換され；
Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するとき、水素；脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素；芳香族Ｃ５－Ｃ２０炭化水素；ヘテロ芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素；アリールＣ６－Ｃ２０炭化水素；ヘテロアリールＣ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、これらは、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳ、ならびにそれらの組み合わせから選択される０～８のヘテロ原子をさらに含み、
ここで、基Ｒ１はリンカーに結合される。
基Ｒ１は、単結合（すなわち、Ｒ１は存在しない）または二価基のいずれかであることが理解されるべきである。
他の態様では、ペイロードＰＡは、式（ＸＸＩ）の構造：
を有するリファマイシンアナログであり：
式中、
Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、およびＮＲ＊－から選択され；
Ｒ５は、単結合；ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子をさらに含む脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素；
から選択され、
ここで、ＹはＣまたはＮであり；
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、直鎖、分枝、または環状の脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、これらの各々は、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子をさらに含み；ならびに、
Ｒ５ｃは単結合あるいは脂肪族Ｃ１－Ｃ８炭化水素であり；
ここで、基Ｒ５はリンカーに結合される。
他の態様では、ペイロードＰＡは式（ＸＸＩ’）の構造：
を有するリファマイシンアナログであり：
式中、
Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、およびＮＲ＊－から選択され；
Ｒ５は、単結合；ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子をさらに含む脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素から；
から選択され、ここで、ＹはＣまたはＮであり；
Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、直鎖、分枝、または環状の脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、これらの各々は、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子をさらに含み、
ここで、基Ｒ５はリンカーに結合される。
基Ｒ５が単結合（すなわち、Ｒ５は存在しない）または二価基（すなわち、リファマイシンの－Ｏ－ならびにリンカーに結合することができるＲ５）のいずれかであることが理解されるべきである。
式（Ａ）、（Ｂ）、（Ｉ）～（ＸＶＩ）、および（Ｉ’）～（ＸＶＩ’）のいくつかまたは任意の実施形態では、Ｒａは水素であり、および／またはＲｂは水素である。式（Ａ）、（Ｉ）～（ＸＶＩ）、および（Ｉ’）～（ＸＶＩ’）のいくつかまたは任意の実施形態では、Ｒａは－ＯＨである。式（Ａ）、（Ｉ）～（ＸＶＩ）、および（Ｉ’）～（ＸＶＩ’）のいくつかまたは任意の実施形態では、Ｒ２はメチル、エチル、プロピル、またはイソプロピルである。一実施形態では、Ｒ２はメチルである。式（Ａ）、（Ｉ）～（ＸＶＩ）、および（Ｉ’）～（ＸＶＩ’）のいくつかまたは任意の実施形態では、Ｒ３は、ＣＨ３（Ｃ＝Ｏ）－（アセチル基）、ＣＨ３ＣＨ２（Ｃ＝Ｏ）－ＣＨ３ＣＨ２ＣＨ２（Ｃ＝Ｏ）－、または（ＣＨ３）２ＣＨ－（Ｃ＝Ｏ）－である。一実施形態では、Ｒ３はアセチルである。式（Ａ）、（Ｉ）～（ＸＶＩ）、および（Ｉ’）～（ＸＶＩ’）のいくつかまたは任意の実施形態では、Ｒ４は水素である。
式（ＸＸ）または（ＸＸ’）のいくつかの実施形態では、－ＯＲ１は－Ｏ－（すなわち、Ｒ１は存在しない）、
である。
式（ＸＸＩ）または（ＸＸＩ’）のいくつかの実施形態では、－ＯＲ５は－Ｏ－（すなわち、Ｒ５は存在しない）、
である。
式（ＸＸ）のいくつかまたは任意の実施形態では、Ｘは－Ｏ－であり、－ＯＲ１は第三級アミンを含む。そのような実施形態のいくつかでは、－ＯＲ１は、
である。
いくつかまたは式（ＸＸＩ）または（ＸＸＩ’）の任意の実施形態において、ＸはＯである。また、－ＯＲ５は第三級アミンを含む。そのような実施形態のいくつかでは、－ＯＲ５は、
である。
いくつかの実施形態では、式（ＸＸ）、（ＸＸＩ）、（ＸＸ’）、または（ＸＸＩ’）の化合物、は、
からなる群から選択され、ここで、
は、リンカーへの結合である。
一態様では、本開示は、式（ＸＸＩＩ）の構造：
を有する抗体薬物コンジュゲートを提供し、
式中、
ＢＡは、抗体、またはその抗原結合フラグメントであり；
Ｌはリンカーであり；
ＳＰは、
から選択されるスペーサー基であり；ここで、ＹはＣまたはＮであり；ここで、記号
は結合点を表し；および、Ｒ’、Ｒ’’、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、ならびに、フルオレニルメチルオキシカルボニル（ＦＭＯＣ）およびｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ）から選択される保護基から選択され、または、Ｒ’およびＲ’’はともに、脂肪族単環式、脂肪族二環式、または脂肪族多環式の構造を形成し；
Ｒ’およびＲ’’は独立して、それぞれ存在するときに 水素およびＣ１－６アルキルから選択され、ならびに、Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、および－ＮＲ＊から選択される。
いくつかの実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントはＭＳＲ１に結合する。一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体、またはその抗原結合フラグメントは：（ａ）表９に記載されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）；および、（ｂ）表９に記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲを含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体、またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号４、３６、５２、９２、および２８４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号６、３８、５４、９４、および２８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号８、４０、５６、９６、および２８８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号１２、４４、６０、１００、および２９２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号１４、４６、６２、１０２、および２９４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号１６、４８、６４、１０４、および２９６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインを含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体、またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインを含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体、またはその抗原結合フラグメントはＮ２９７Ｑ突然変異を含む。
いくつかの実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントはＷＴＡαに結合する。一実施形態では、抗ＷＴＡα抗体、またはその抗原結合フラグメントは以下のものを含む：（ａ）表２Ａに記載されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）；および、（ｂ）表２Ａに記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲを含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡα抗体、またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号４７０、４７６、４８２、および４８８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号４７１、４７７、４８３、および４８９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号４７２、４７８、４８４、および４９０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号４６７、４７３、４７９、および４８５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号４６８、４７４、４８０、および４８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号４６９、４７５、４８１、および４８７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントはＷＴＡβに結合する。一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表２Ｂに記載されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）；および、（ｂ）表２Ｂに記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲを含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号５０２、５０８、５１４、５２０、５２６、５３２、５３８、５４４、５５０、５５６、５６２、５６８、および５７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号５０３、５０９、５１５、５２１、５２７、５３３、５３９、５４５、５５１、５５７、５６３、５６９、および５７５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号５０４、５１０、５１６、５２２、５２８、５３４、５４０、５４６、５５２、５５８、５６４、５７０、５７６、および５８４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号４９９、５０５、５１１、５１７、５２３、５２９、５３５、５４１、５４７、５５３、５５９、５６５、および５７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号５００、５０６、５１２、５１８、５２４、５３０、５３６、５４２、５４８、５５４、５６０、５６６、および５７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号５０１、５０７、５１３、５１９、５２５、５３１、５３７、５４３、５４９、５５５、５６１、５６７、および５７３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントはＶ２０５Ｃ突然変異を含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、米国特許公報第２０１４０３５６３７５に記載される抗体４４９７に由来する（これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体は抗体４４９７に由来し、軽鎖にＶ２０５Ｃ突然変異をさらに含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５６８－５６９－５７０－５６５－５６６－５６７のＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号５８６の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）；ならびに、配列番号５８５の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号５８６のＨＣＶＲアミノ酸配列および配列番号５８５のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体は、配列番号６０２の重鎖アミノ酸配列、および配列番号５８７または配列番号５８９の軽鎖アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＶ２０５Ｃ突然変異を含む。
いくつかの実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントはプロテインＡに結合する。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表３Ａに記載されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）；および、（ｂ）表３Ａに記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲを含み得る。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号６３２、６５２、および６７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号６３４、６５４、および６７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号６３６、６５６、および６７６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号６４０、６６０、および６８０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号６４２および６６２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；
ならびに、（ｖｉ）配列番号６４４、６６４、および６８３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインを含み得る。
いくつかの実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、重鎖ＦｃにＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆの突然変異（ＥＵ番号付け）を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３０の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）；ならびに、配列番号６３８の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３２－６３４－６３６－６４０－６４２－６４４を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３０のＨＣＶＲアミノ酸配列；および、配列番号６３８のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体は、配列番号６６６の重鎖アミノ酸配列および配列番号６６８の軽鎖アミノ酸配列を含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体は、重鎖ＦｃにＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆの突然変異（ＥＵ番号付け）をさらに含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体は、軽鎖にＣ１０３Ｓ突然変異をさらに含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３で本開示の化合物にコンジュゲートされる。
様々な実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＣ１０３Ｓ突然変異を含む。
様々な実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３で本開示の化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、Ｌは式
を有するリンカーであり、ここで、ＲＧは、マレイミド、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド、またはスクシンイミドから選択され；ＳＰ１およびＳＰ２は独立して、存在しないか、または、
；Ｃ１－６アルキル、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからからなる群から選択されるスペーサー基であり、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数であり；
ＡＡ２－４は２～４のアミノ酸を含むペプチドユニットであり、および、
ＰＥＧは、１～３０のポリエチレングリコール残基を含むポリエチレングリコール鎖である。
一実施形態では、ＡＡ２－４は、バリン－シトルリン；シトルリン－バリン；バリン－アラニン；アラニン－バリン；バリン－グリシン、またはグリシン－バリンから選択される選択されたジペプチドである。
一実施形態では、ＡＡ２－４はバリン－シトルリンである。
一実施形態では、ＳＰは、
であり、Ｒ’およびＲ’’はそれぞれ、Ｃ１－６アルキルである。
一実施形態では、ＳＰは、
であり、Ｒ’およびＲ’’はそれぞれ、メチルである。
一実施形態では、ＳＰ１およびＳＰ２はそれぞれ、
である。
一実施形態では、ＰＥＧは８つのポリエチレングリコールユニットを含む。
一実施形態では、抗体薬物コンジュゲートは構造：
を有し、ここで、ＢＡは、抗体、またはその抗原結合フラグメントである。
他の態様では、本開示は、単離された抗体またはその抗原結合性フラグメントを提供し、ここで、上記抗体またはその抗原結合フラグメントは、
からなる群から選択される構造を有するペイロードに、直接またはリンカーあるいはリンカー－スペーサーを介してコンジュゲートされる。
一実施形態では、ペイロードは、
から選択される構造を有する。
一実施形態では、ペイロードはリンカーを介してコンジュゲートされ、上記リンカーは構造：
を有し、ここで、
ＲＧは、マレイミド、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド、またはスクシンイミドから選択され；
ＳＰ１およびＳＰ２は独立して、存在しないか、または、
；Ｃ１－６アルキル、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからからなる群から選択されるスペーサー基であり、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数であり；
ＡＡ２－４は２～４のアミノ酸を含むペプチドユニットであり、および、
ＰＥＧは、１～３０のポリエチレングリコール残基を含むポリエチレングリコール鎖である。
一実施形態では、ＡＡ２－４は、バリン－シトルリン；シトルリン－バリン；バリン－アラニン；アラニン－バリン；バリン－グリシン、またはグリシン－バリンから選択される選択されるジペプチドである。
一実施形態では、ＡＡ２－４はバリン－シトルリンである。
一実施形態では、ＳＰは、
であり、Ｒ’およびＲ’’はそれぞれ、Ｃ１－６アルキルである。
一実施形態では、ＳＰは、
であり、Ｒ’およびＲ’’はそれぞれ、メチルである。
一実施形態では、ＳＰ１およびＳＰ２はそれぞれ、
である。
一実施形態では、ＰＥＧは８つのポリエチレングリコールユニットを含む。
一実施形態では、ペイロードは、構造：
を有するリンカーを介してコンジュゲートされる。
一実施形態では、ペイロードはリンカーを介してコンジュゲートされ、リンカー－ペイロードは構造：
を有し、ここで、
は、抗体またはその抗原結合フラグメントへの結合である。
一実施形態では、ペイロードはリンカーを介してコンジュゲートされ、リンカー－ペイロードは構造：
を有し、ここで、
は、抗体またはその抗原結合フラグメントへの結合である。
一実施形態では、ペイロードはリンカーを介してコンジュゲートされ、リンカー－ペイロードは構造：
を有し、ここで、
は、抗体またはその抗原結合フラグメントへの結合である。
一実施形態では、ペイロードはリンカーを介してコンジュゲートされ、リンカー－ペイロードは構造：
を有し、ここで、
は、抗体またはその抗原結合フラグメントへの結合である。
一実施形態では、マクロファージスカベンジャー受容体１（ＭＳＲ１）に結合する抗体、またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表９に記載されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）；および、（ｂ）表９に記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントはＭＳＲ１に結合する。一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体、またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表９に記載されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）；および、（ｂ）表９に記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲを含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体、またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号４、３６、５２、９２、および２８４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号６、３８、５４、９４、および２８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号８、４０、５６、９６、および２８８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号１２、４４、６０、１００、および２９２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号１４、４６、６２、１０２、および２９４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号１６、４８、６４、１０４、および２９６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインを含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体、またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインを含む。
一実施形態では、抗ＭＳＲ１抗体、またはその抗原結合フラグメントはＮ２９７Ｑ突然変異を含む。
いくつかの実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントはＷＴＡαに結合する。一実施形態では、抗ＷＴＡα抗体、またはその抗原結合フラグメントは以下のものを含む：（ａ）表２Ａに記載されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）；および、（ｂ）表２Ａに記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲを含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡα抗体、またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号４７０、４７６、４８２、および４８８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号４７１、４７７、４８３、および４８９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号４７２、４７８、４８４、および４９０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号４６７、４７３、４７９、および４８５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号４６８、４７４、４８０、および４８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号４６９、４７５、４８１、および４８７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントはＷＴＡβに結合する。一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表２Ｂに記載されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）；および、（ｂ）表２Ｂに記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲを含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡβ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号５０２、５０８、５１４、５２０、５２６、５３２、５３８、５４４、５５０、５５６、５６２、５６８、および５７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号５０３、５０９、５１５、５２１、５２７、５３３、５３９、５４５、５５１、５５７、５６３、５６９、および５７５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号５０４、５１０、５１６、５２２、５２８、５３４、５４０、５４６、５５２、５５８、５６４、５７０、５７６、および５８４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号４９９、５０５、５１１、５１７、５２３、５２９、５３５、５４１、５４７、５５３、５５９、５６５、および５７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号５００、５０６、５１２、５１８、５２４、５３０、５３６、５４２、５４８、５５４、５６０、５６６、および５７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号５０１、５０７、５１３、５１９、５２５、５３１、５３７、５４３、５４９、５５５、５６１、５６７、および５７３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントはＶ２０５Ｃ突然変異を含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、米国特許公報第２０１４０３５６３７５に記載される抗体４４９７に由来する（これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体は抗体４４９７に由来し、軽鎖にＶ２０５Ｃ突然変異をさらに含む。
一実施形態では、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５６８－５６９－５７０－５６５－５６６－５６７のＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号５８６の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）；ならびに、配列番号５８５の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号５８６のＨＣＶＲアミノ酸配列；および配列番号５８５のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体は、配列番号６０２の重鎖アミノ酸配列、および配列番号５８７または配列番号５８９の軽鎖アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＶ２０５Ｃ突然変異を含む。
いくつかの実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントはプロテインＡに結合する。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、（ａ）表３Ａに記載されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）；および、（ｂ）表３Ａに記載されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）のＣＤＲを含み得る。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、
（ｉ）配列番号６３２、６５２、および６７２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ１ドメイン；
（ｉｉ）配列番号６３４、６５４、および６７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ２ドメイン；
（ｉｉｉ）配列番号６３６、６５６、および６７６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＣＤＲ３ドメイン；
（ｉｖ）配列番号６４０、６６０、および６８０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ１ドメイン；
（ｖ）配列番号６４２および６６２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ２ドメイン；ならびに、
（ｖｉ）配列番号６４４、６６４、および６８３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬＣＤＲ３ドメインを含み得る。
いくつかの実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、重鎖ＦｃにＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆの突然変異（ＥＵ番号付け）を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３０の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３）；ならびに、配列番号６３８の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）アミノ酸配列内に３つの軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３）を含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３２－６３４－６３６－６４０－６４２－６４４を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３０のＨＣＶＲアミノ酸配列；および、配列番号６３８のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体は、配列番号６６６の重鎖アミノ酸配列および配列番号６６８の軽鎖アミノ酸配列を含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体は、重鎖ＦｃにＨ４３５ＲおよびＹ４３６Ｆの突然変異（ＥＵ番号付け）をさらに含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体は、軽鎖にＣ１０３Ｓ突然変異をさらに含む。一実施形態では、抗プロテインＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３で本開示の化合物にコンジュゲートされる。
様々な実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖にＣ１０３Ｓ突然変異を含む。
様々な実施形態では、抗体、またはその抗原結合フラグメントは、軽鎖の位置１０３で本開示の化合物にコンジュゲートされる。
本開示の例示的な抗体薬物コンジュゲート
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号５２－５４－５６－６０－６２－６４の６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）およびＮ２９７Ｑ突然変異を含む、抗ＭＳＲ１抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号５２－５４－５６－６０－６２－６４の６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）およびＮ２９７Ｑ突然変異を含む、抗ＭＳＲ１抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、上記抗ＭＳＲ１の抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５２－５４－５６－６０－６２－６４の６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）およびＮ２９７Ｑ突然変異を含む、抗ＭＳＲ１の抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、上記抗ＭＳＲ１の抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５２－５４－５６－６０－６２－６４の６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）およびＮ２９７Ｑ突然変異を含む、抗ＭＳＲ１の抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、上記抗ＭＳＲ１の抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５２－５４－５６－６０－６２－６４の６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）およびＮ２９７Ｑ突然変異を含む、抗ＭＳＲ１の抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、上記抗ＭＳＲ１の抗体、またはその抗原結合フラグメントは、配列番号５２－５４－５６－６０－６２－６４の６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）およびＮ２９７Ｑ突然変異を含む、抗ＭＳＲ１の抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗ＭＳＲ１抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
いくつかの実施形態では、抗ＭＳＲ１の抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号５０のＨＣＶＲアミノ酸配列；および、配列番号５８のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号５６８－５６９－５７０－５６５－５６６－５６７を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）、および軽鎖におけるＶ２０５Ｃ突然変異を含む、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号５６８－５６９－５７０－５６５－５６６－５６７を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）、および軽鎖におけるＶ２０５Ｃ突然変異を含む、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号５６８－５６９－５７０－５６５－５６６－５６７を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）、および軽鎖におけるＶ２０５Ｃ突然変異を含む、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号５６８－５６９－５７０－５６５－５６６－５６７を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）、および軽鎖におけるＶ２０５Ｃ突然変異を含む、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号５６８－５６９－５７０－５６５－５６６－５６７を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）、および軽鎖におけるＶ２０５Ｃ突然変異を含む、抗ＷＴＡ抗体、またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号５８６のＨＣＶＲアミノ酸配列および配列番号５８５のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、抗ＷＴＡ抗体は、配列番号６０２の重鎖アミノ酸配列、および配列番号５８７または配列番号５８９の軽鎖アミノ酸配列を含む。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号６３２－６３４－６３６－６４０－６４２－６４４を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）、および重鎖ＦｃにおけるＨ４３５ＲとＹ４３６Ｆの突然変異、および軽鎖におけるＣ１０３Ｓ突然変異を含む、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号６３２－６３４－６３６－６４０－６４２－６４４を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）、および重鎖ＦｃにおけるＨ４３５ＲとＹ４３６Ｆの突然変異、および軽鎖におけるＣ１０３Ｓ突然変異を含む、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号６３２－６３４－６３６－６４０－６４２－６４４を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）、および重鎖ＦｃにおけるＨ４３５ＲとＹ４３６Ｆの突然変異、および軽鎖におけるＣ１０３Ｓ突然変異を含む、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号６３２－６３４－６３６－６４０－６４２－６４４を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）、および重鎖ＦｃにおけるＨ４３５ＲとＹ４３６Ｆの突然変異、および軽鎖におけるＣ１０３Ｓ突然変異を含む、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、本開示の抗体薬物コンジュゲートは、配列番号６３２－６３４－６３６－６４０－６４２－６４４を含む６つのＣＤＲの組（ＨＣＤＲ１－ＨＣＤＲ２－ＨＣＤＲ３－ＬＣＤＲ１－ＬＣＤＲ２－ＬＣＤＲ３）、および重鎖ＦｃにおけるＨ４３５ＲとＹ４３６Ｆの突然変異、および軽鎖におけるＣ１０３Ｓ突然変異を含む、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントを含み、前記抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合フラグメントは、
の構造を有する化合物にコンジュゲートされる。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体またはその抗原結合性フラグメントは、配列番号６３０のＨＣＶＲアミノ酸配列；および、配列番号６３８のＬＣＶＲアミノ酸配列を含む。
一実施形態では、抗プロテインＡ抗体は、配列番号６６６の重鎖アミノ酸配列および配列番号６６８の軽鎖アミノ酸配列を含む。
エピトープマッピングおよび関連技術
本開示の抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが結合するエピトープは、抗原（例えば、ＭＳＲ１タンパク質またはプロテインＡ）内に位置する３つ以上（例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０以上）のアミノ酸の単一の連続する配列からなる場合がある（例えば、ドメインにおける線状エピトープ）。あるいは、エピトープは、ＭＳＲ１の複数の非連続的なアミノ酸（または、アミノ酸配列）からなる場合がある。いくつかの実施形態では、エピトープは、ＭＳＲ１の改変ＬＤＬ結合ドメイン上、またはその近くに位置する。他の実施形態では、エピトープは、ＭＳＲ１の改変ＬＤＬ結合ドメインの外側、例えば、抗体がそのようなエピトープに結合するとき、抗原（例えば、立体構造エピトープ（ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌ ｅｐｉｔｏｐｅ））への改変ＬＤＬの結合を妨害しないＭＳＲ１の表面上の位置に、位置する。
抗体がポリペプチドまたはタンパク質内で「１つ以上のアミノ酸と相互作用するか」どうかを判定するために、当業者に知られている様々な技術が使用され得る。例示的な技術としては、例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ．，ＮＹ）に記載されるものなどの常用のクロスブロッキングアッセイ、アラニンスキャニンング突然変異解析（ａｌａｎｉｎｅ ｓｃａｎｎｉｎｇ ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ）、ペプチドブロット解析（ｐｅｐｔｉｄｅ ｂｌｏｔｓ ａｎａｌｙｓｉｓ）（Ｒｅｉｎｅｋｅ，２００４，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２４８：４４３－４６３）、およびペプチド切断解析（ｐｅｐｔｉｄｅ ｃｌｅａｖａｇｅ ａｎａｌｙｓｉｓ）が挙げられる。加えて、エピトープ切除、エピトープ抽出、および抗原の化学的修飾などの方法が利用され得る（Ｔｏｍｅｒ，２０００，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ ９：４８７－４９６）。抗体が相互作用するポリペプチド内のアミノ酸を同定するために使用され得る他の方法は、質量分析法によって検出される水素／重水素交換である。一般的用語において、水素／重水素交換方法は、対象のタンパク質を重水素標識し、その後、重水素標識されたタンパク質に抗体を結合することを含む。次に、タンパク質／抗体複合体を水に移し、抗体によって保護された残基（これは重水素標識されたままである）を除いた全ての残基で水素重水素交換を起こさせる。抗体の解離後、標的タンパク質をプロテアーゼ切断および質量解析にかけ、それにより、抗体が相互作用する特異的なアミノ酸に相当する重水素標識された残基を明らかにする。例えば、Ｅｈｒｉｎｇ（１９９９） Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２６７（２）：２５２－２５９； Ｅｎｇｅｎ ａｎｄ Ｓｍｉｔｈ（２００１） Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．７３：２５６Ａ－２６５Ａを参照のこと。
実施形態には、本明細書に記載される特異的な例示的抗体のいずれか（例えば、本明細書の表９に記載されるアミノ酸配列のいずれかを含む抗ＭＳＲ１抗体；本明細書の表２Ａおよび２Ｂに記載されるアミノ酸配列のいずれかを含む抗ＷＴＡ抗体；または、本明細書の表３Ａに記載されるアミノ酸配列のいずれかを含む抗プロテインＡ抗体）と同じエピトープに結合する抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが含まれる。同様に、実施形態には、本明細書に記載される特異的な例示的抗体のいずれか（例えば、本明細書の表９に記載に記載されるアミノ酸配列のいずれかを含む抗ＭＳＲ１抗体；本明細書の表２Ａおよび２Ｂに記載されるアミノ酸配列のいずれかを含む抗ＷＴＡ抗体；または、本明細書の表３Ａに記載されるアミノ酸配列のいずれかを含む抗プロテインＡ抗体）と、同じ抗原への結合について競合する抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートも含まれる。
当技術分野で既知のおよび本明細書（例えば、実施例２９）において例証される常法を使用して、抗体が基準抗体と同じエピトープに結合するか、または、基準抗体と結合について競合するかどうかを容易に判定することができる。例えば、試験抗体が本明細書で開示される基準抗ＭＳＲ１抗体と同じエピトープに結合するかどうか判定するために、基準抗体をＭＳＲ１タンパク質に結合することができる。次に、試験抗体がＭＳＲ１分子に結合する能力を評価する。試験抗体が基準抗ＭＳＲ１抗体との飽和結合後にＭＳＲ１に結合することができる場合、試験抗体は、基準抗ＭＳＲ１抗体とは異なるエピトープに結合すると結論付けられ得る。一方、試験抗体が基準抗ＭＳＲ１抗体との飽和結合後にＭＳＲ１分子に結合することができない場合、試験抗体は、本開示の基準抗ＭＳＲ１抗体によって結合されるエピトープと同じエピトープに結合する場合がある。その後、追加の常用実験（例えば、ペプチド突然変異および結合解析）を実施して、試験抗体の結合が観察されなかったのは実際に基準抗体と同じエピトープへの結合によるものなのかどうか、または、結合が観察されなかった原因が立体障害（または、他の現象）であるのかどうかを確認することができる。この種の実験は、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、Ｂｉａｃｏｒｅ、フローサイトメトリーまたは当技術分野で利用可能な他の定量的あるいは定性的な抗体結合アッセイを使用して実施することができる。本開示のある実施形態に従って、２つの抗体は、例えば、１倍、５倍、１０倍、２０倍、または１００倍過剰の一方の抗体が、競合結合アッセイで測定されるように、他方の抗体の結合を少なくとも５０％、好ましくは７５％、９０％、または９９％阻害する場合に、同じ（または、オーバーラップ）エピトープに結合する（例えば、Ｊｕｎｇｈａｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１９９０：５０：１４９５－１５０２）。あるいは、２つの抗体は、一方の抗体の結合を減少させるか排除する抗原における本質的にすべてのアミノ酸突然変異が、他方の抗体の結合を減少させるか排除する場合に、同じエピトープに結合すると認められる。２つの抗体は、一方の抗体の結合を減少させるか排除するアミノ酸突然変異のサブセットのみが、他方の抗体の結合を減少させるか排除する場合に、「オーバーラップエピトープ」を有すると認められる。
例えば、抗体が基準抗ＭＳＲ１抗体と結合について競合する（または、結合について交差競合する）かどうかを判定するために、上記の結合方法論を２つの方針で実施する。第１の方針では、基準抗体を飽和条件下でＭＳＲ１タンパク質に結合させ、その後、ＭＳＲ１分子への試験抗体の結合を評価する。第２の方針では、試験抗体を飽和条件下でＭＳＲ１分子に結合させ、その後、ＭＳＲ１分子への基準抗体の結合を評価する。両方の方針で、最初の（飽和）抗体のみがＭＳＲ１分子に結合することができる場合、試験抗体および基準抗体はＭＳＲ１への結合について競合すると結論付けられる。当業者により理解されるように、基準抗体と結合について競合する抗体は、必ずしも基準抗体と同じエピトープに結合しなくてもよいが、オーバーラップエピトープまたは隣接するエピトープを結合することによって、基準抗体の結合を立体的にブロックしてもよい。
ＡＤＣに適したヒト抗体の調製
本明細書で開示される抗体薬物コンジュゲートに適した抗体は完全ヒト抗体であり得る。完全ヒトモノクローナル抗体を含むモノクローナル抗体を生成する方法が、当技術分野で知られている。任意のそのような既知の方法が、感染症関連標的などの標的抗原に特異的に結合するヒト抗体（例えば、ＭＳＲ１、ＷＴＡ、またはプロテインＡ）を製造するために本開示の文脈で使用され得る。
例えば、ＶＥＬＯＣＩＭＭＵＮＥ（商標）技術、あるいは完全ヒトモノクローナル抗体を生成するための任意の他の同様の既知の方法を使用して、ヒト可変領域およびマウス定常領域を含む、ＭＳＲ１に対して高親和性のキメラ抗体が最初に単離される。以下の実験部分におけるように、抗体が、親和性、リガンドブロック活性、選択性、エピトープなどを含む望ましい特徴について特徴付けられ、選択される。必要に応じて、マウス定常領域は、完全ヒト抗体を生成するために、所望のヒト定常領域、例えば、野生型または修飾ＩｇＧ１あるいはＩｇＧ４と置き換えられる。選択される定常領域は特定の用途に応じて変わる場合があるが、高親和性の抗原結合性および標的特異性の特徴は可変領域に存在する。ある例では、完全ヒト抗体は、抗原陽性Ｂ細胞から直接単離される。
生物学的同等物
本明細書で開示される抗体および抗体フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートは、記載される抗体のものと異なるが、感染症関連の標的（例えばＭＳＲ１、ＷＴＡまたはプロテインＡ）などの標的抗原に結合する能力を保持するアミノ酸配列を有するタンパク質を含む。親配列と比較すると、そのような変異体抗体および抗体フラグメントは、アミノ酸の１つ以上の付加、欠失、または置換を含むが、記載される抗体と本質的に同等の生物活性を示す。同様に、本明細書で開示される抗体をコードするＤＮＡ配列は、開示される配列と比較して、ヌクレオチドの１つ以上の付加、欠失、または置換を含むが、本明細書で開示される抗体または抗体フラグメントと本質的に生物学的に同等の抗体または抗体フラグメントをコードする配列を含む。そのような変異体アミノ酸およびＤＮＡ配列の実施例は上で説明されている。
例えば、２つの抗原結合性のタンパク質、または抗体が、単回用量または複数回用量のいずれかの同様の実験条件で、同じモル投与量で投与されたときに、吸収の速度および程度において有意差を示さない薬学的同等物または薬学的代替物である場合、その２つの抗原結合性のタンパク質、または抗体は生物学的に同等であると考えられる。いくつかの抗体は、吸収の程度において同等であるが吸収の速度において同等ではなく、しかし、生物学的に同等であると考えられ得る場合、それらは同等物または薬学的代替物と考えられる。その理由としては、吸収の速度におけるそのような差異が意図されており、かつ表示に反映され、例えば、慢性的使用において、有効な身体薬物濃度の達成に必要でなく、試験された特定の薬物製品にとって医学的に重要ではないと考えられるためである。
一実施形態では、２つの抗原結合性のタンパク質は、それらの安全性、純度、および効力において臨床的に有意な差異がない場合、生物学的に同等である。
一実施形態では、切り替えのない継続的な治療と比較して、免疫原性における臨床的に有意な変化を含む、副作用のリスクの予想される増加、または有効性の減少なしに、患者が基準生成物と生物学的生成物とを１回以上切り替えることができる場合、２つの抗原結合性のタンパク質は生物学的に同等である。
一実施形態では、２つの抗原結合性のタンパク質の両方が、条件または使用条件の共通機構または作用機構によって、このような機構が知られている範囲で作用する場合、その２つの抗原結合性のタンパク質は生物学的に同等である。
生物学的同等性はインビボおよびインビトロの方法によって実証され得る。生物学的同等性の測定としては、例えば、（ａ）抗体またはその代謝産物の濃縮を時間の関数として血液、血漿、血清、または他の体液で測定する、ヒトまたは他の哺乳動物におけるインビボ試験；（ｂ）ヒトのインビボバイオアベイラビリティデータを相関させて、合理的に予測する、インビトロ試験；（ｃ）抗体（または、その標的）の適切な急性薬理学的作用を時間の関数として測定する、ヒトまたは他の哺乳動物のインビボ試験；および、（ｄ）抗体の安全性、効果、またはバイオアベイラビリティ、あるいは生物学的同等性を確立する、適切にコントロールされた臨床試験が挙げられる。
本明細書で開示される抗体薬物コンジュゲートに適した抗体の生物学的に同等な変異体は、例えば、残基または配列の様々な置換を行うか、あるいは、末端または生物活性に必要のない内部の残基または配列を欠失させることによって構築され得る。例えば、生物活性に必須ではないシステイン残基を欠失させるか、または他のアミノ酸と取り替えて、再生時に不必要なまたは間違った分子内のジスルフィド架橋の形成を防ぐことができる。他の文脈において、生物学的に同等な抗体は、抗体のグリコシル化特徴を修飾するアミノ酸変化、例えば、グリコシル化を排除するか除去する突然変異を含む抗体変異体を含む場合がある。
種選択性および種交差反応性
ある実施形態によると、ヒトＭＳＲ１に結合するが、他の種からのＭＳＲ１には結合しない抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが本明細書で提供される。実施形態には、ヒトＭＳＲ１および１つ以上の非ヒト種からのＭＳＲ１に結合する抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートも含まれる。例えば、本明細書で開示される抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートは、ヒトＭＳＲ１に結合してもよく、および場合に応じて、マウス、ラット、モルモット、ハムスター、スナネズミ、ブタ、ネコ、イヌ、ウサギ、ヤギ、ヒツジ、ウシ、ウマ、ラクダ、カニクイザル、マーモセット、アカゲザル、またはチンパンジーのＭＳＲ１の１つ以上に結合しても、結合しなくてもよい。ある例示的な実施形態によると、ヒトＭＳＲ１およびカニクイザル（例えば、Ｍａｃａｃａ ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ）ＭＳＲ１に特異的に結合する抗ＭＳＲ１抗体を含む抗体薬物コンジュゲートが提供される。本明細書で開示される抗ＭＳＲ１抗体を含む他の抗体薬物コンジュゲートは、ヒトＭＳＲ１に結合するが、カニクイザルＭＳＲ１には結合しないか、または弱くしか結合しない。
多特異性抗体
本明細書で開示される抗体薬物コンジュゲートに適した抗体は、単一特異性抗体または多特異性抗体（例えば、二重特異性）であり得る。多特異性抗体は、１つの標的ポリペプチドの異なるエピトープに特異的であり得るか、または１つを超える標的ポリペプチドに特異的な抗原結合性ドメインを含有し得る。例えば、Ｔｕｔｔ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０－６９； Ｋｕｆｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２２：２３８－２４４を参照のこと。本明細書で開示される抗体は、他の機能性分子、例えば、他のペプチドあるいはタンパク質に連結するか、またはそれとともに共発現され得る。例えば、抗体またはそのフラグメントは、（例えば、化学的カップリング、遺伝学的融合、非共有結合性会合、または他のものによって）他の抗体または抗体フラグメントなどの１つ以上の他の分子の実体に機能的に連結されて、第２の結合特異性を有する二重特異性抗体または多特異性抗体をもたらす。
実施形態には、免疫グロブリンの１つのアームが第１の抗原に結合し、免疫グロブリンの別のアームが第２の抗原に特異的である二重特異性抗体を含む、抗体薬物コンジュゲートが含まれる。抗原は感染症関連標的である場合がある。非限定的な例として、抗体薬物コンジュゲートは、免疫グロブリンの１つのアームがヒトＭＳＲ１に結合し、免疫グロブリンのもう１つのアームがＷＴＡまたはプロテインＡに特異的である二重特異性抗体を含み得る。他の非限定的な例として、抗体薬物コンジュゲートは、免疫グロブリンの１つのアームがＷＴＡに結合し、免疫グロブリンのもう１つのアームがプロテインＡに特異的である二重特異性抗体を含み得る。
例えば、ＭＳＲ１結合アームは、本明細書の表９に記載されるＨＣＶＲ／ＬＣＶＲまたはＣＤＲのアミノ酸配列のいずれかを含み得る。ある実施形態では、ＭＳＲ１結合アームはヒトＭＳＲ１に結合し、ＭＳＲ１への改変ＬＤＬの結合をブロックする。他の実施形態では、ＭＳＲ１結合アームはヒトＭＳＲ１に結合し、ＭＳＲ１への改変ＬＤＬの結合をブロックしない。いくつかの実施形態では、ＭＳＲ１結合アームはヒトＭＳＲ１に結合し、ＭＳＲ１シグナル伝達を活性化する。他の実施形態では、ＭＳＲ１結合アームはＭＳＲ１媒介性受容体刺激をブロックする。実施形態には、抗体の１つのアームがヒトＭＳＲ１の第１のエピトープに結合し、前記抗体のもう１つのアームがヒトＭＳＲ１の第２の別個のエピトープに結合する、二重特異性抗体が含まれる。
本開示の抗体薬物コンジュゲートの文脈で使用され得る例示的な二重特異性抗体フォーマットは、第１の免疫グロブリン（Ｉｇ）ＣＨ３ドメインおよび第２のＩｇ ＣＨ３ドメインの使用を含み、ここで、第１および第２のＩｇ ＣＨ３ドメインは少なくとも１つのアミノ酸だけ互いに異なり、ここで、少なくとも１つのアミノ酸の差異は、アミノ酸の差異がない二重特異性抗体と比較して、プロテインＡへの二重特異性抗体の結合を減少させる。一実施形態では、第１のＩｇ ＣＨ３ドメインはプロテインＡに結合し、第２のＩｇ ＣＨ３ドメインは、Ｈ９５Ｒ修飾（ＩＭＧＴエクソン番号付けによる；ＥＵ番号付けによるＨ４３５Ｒ）などのプロテインＡ結合を減少させるか、または消失させる突然変異を含んでいる。第２のＣＨ３は、Ｙ９６Ｆ修飾（ＩＭＧＴによる；ＥＵによるＹ４３６Ｆ）をさらに含む場合がある。第２のＣＨ３内で見られ得るさらなる修飾は、ＩｇＧ１抗体の場合のＤ１６Ｅ、Ｌ１８Ｍ、Ｎ４４Ｓ、Ｋ５２Ｎ、Ｖ５７Ｍ、およびＶ８２Ｉ（ＩＭＧＴによる；ＥＵによるＤ３５６Ｅ、Ｌ３５８Ｍ、Ｎ３８４Ｓ、Ｋ３９２Ｎ、Ｖ３９７Ｍ、およびＶ４２２Ｉ）；ＩｇＧ２抗体の場合のＮ４４Ｓ、Ｋ５２Ｎ、およびＶ８２Ｉ（ＩＭＧＴ；ＥＵによるＮ３８４Ｓ、Ｋ３９２Ｎ、およびＶ４２２Ｉ）；ならびに、ＩｇＧ４抗体の場合のＱ１５Ｒ、Ｎ４４Ｓ、Ｋ５２Ｎ、Ｖ５７Ｍ、Ｒ６９Ｋ、Ｅ７９Ｑ、およびＶ８２Ｉ（ＩＭＧＴによる；ＥＵによるＱ３５５Ｒ、Ｎ３８４Ｓ、Ｋ３９２Ｎ、Ｖ３９７Ｍ、Ｒ４０９Ｋ、Ｅ４１９Ｑ、およびＶ４２２Ｉ）を含む。上記の二重特異性抗体フォーマットのバリエーションが、本開示の範囲内で企図される。
本開示の文脈で使用され得る他の例示的な二重特異性フォーマットとしては、限定されることなく、例えば、ｓｃＦｖベースまたはダイアボディ二重特異性フォーマット、ＩｇＧ－ｓｃＦｖ融合、二重可変ドメイン（ＤＶＤ）－Ｉｇ、Ｑｕａｄｒｏｍａ、ｋｎｏｂｓ－ｉｎｔｏ－ｈｏｌｅｓ、共通の軽鎖（例えば、ｋｎｏｂｓ－ｉｎｔｏ－ｈｏｌｅｓなどと共通の軽鎖）、ＣｒｏｓｓＭａｂ、ＣｒｏｓｓＦａｂ、（ＳＥＥＤ）ボディ、ロイシンジッパー、Ｄｕｏｂｏｄｙ、ＩｇＧ１／ＩｇＧ２、二重作用性Ｆａｂ（ｄｕａｌ ａｃｔｉｎｇ Ｆａｂ）（ＤＡＦ）－ＩｇＧ、およびＭａｂ２二重特異性フォーマットが挙げられる（例えば、Ｋｌｅｉｎ ｅｔ ａｌ．２０１２，ｍＡｂｓ ４：６，１－１１、および前述のフォーマットの検討のために本明細書で引用される参照文献を参照）。二重特異性抗体も、ペプチド／核酸コンジュゲーションを使用して構築することができ、例えば、直交化学反応性を有する非天然アミノ酸を使用して、部位特異的な抗体オリゴヌクレオチドコンジュゲートを生成し、これは、その後、定義された組成、原子価、および幾可学的形状を有する多重結合性複合体に自己アセンブルする。（例えば、Ｋａｚａｎｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．［Ｅｐｕｂ： Ｄｅｃ．４，２０１２］を参照）。
併用処置
上記方法のいずれかの一実施形態では、方法は第２の治療薬を投与する工程をさらに含む。
一実施形態では、第２の治療薬は第２の抗生物質である。
一実施形態では、第２の治療薬は、一般に黄色ブドウ球菌に対する、および／または、特にＭＲＳＡに対する抗生物質を含む、抗生物質である。
一実施形態では、第２の治療薬は、アミノグリコシド、βラクタム、マクロライド、環状ペプチド、テトラサイクリン、フルオロキノリン、フルオロキノロン、およびオキサゾリジノンから選択される第２の抗生物質である。
一実施形態では、第２の治療薬は、クリンダマイシン、ノボビオシン、タパムリン（ｒｅｔａｐａｍｕｌｉｎ）、ダプトマイシン、シタフロキサシン、テイコプラニン、トリクロサン、ナフチリジン、ラデゾリド（ｒａｄｅｚｏｌｉｄ）、ドキソルビシン、アンピシリン、バンコマイシン、イミペネム、ドリペネム、ゲムシタビン、ダルババンシン（ｄａｌｂａｖａｎｃｉｎ）、およびアジスロマイシンから選択される第２の抗生物質である。
実施形態には、１つ以上の追加の治療上活性な成分と組み合わせて、本明細書に記載される抗体またはＡＤＣのいずれかを含む組成物および治療製剤、ならびに、そのような組み合わせを必要とする被験体に投与する工程を含む処置方法が含まれる。
本明細書で開示される抗体またはＡＤＣは、小分子サイトカイン阻害剤を含むサイトカイン阻害剤、およびＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－８、ＩＬ－９、ＩＬ－１１、ＩＬ－１２、ＩＬ－１３、ＩＬ－１７、ＩＬ－１８などのサイトカインにまたはそれぞれの受容体に結合する抗体からなる群から選択される、１つ以上の追加の治療上活性な成分と共製剤化されるか、および／または上記成分と組み合わせて投与され得る。
本明細書で開示される抗体またはＡＤＣは、抗炎症剤、免疫調節剤、鎮痛剤、コルチコステロイド、ステロイド、抗酸化剤、ＣＯＸ阻害剤、心臓保護剤（ｃａｒｄｉｏｐｒｏｔｅｃｔａｎｔｓ）、金属キレート剤、ＩＦＮ－ガンマ、および／またはＮＳＡＩＤと組み合わせて投与され得るか、および／または共製剤化され得る。いくつかの実施形態では、抗体またはＡＤＣは、抗ＰＣＳＫ９抗体、抗ＡＮＧＰＴＬ３抗体、スタチン、エゼチミブ、および他の脂質低下治療剤と組み合わせて、投与され得るか、および／または共製剤化され得る。
治療上活性な成分、例えば、上に列挙される薬剤またはその誘導体のいずれかは、本明細書で開示される抗体またはＡＤＣの投与の直前、その投与と同時に、またはその投与の直後に投与され得る；（本開示の目的のために、そのような投与レジメンは、治療上有効な成分と「組み合わせた」抗体またはＡＤＣの投与とみなされる）。実施形態には、本明細書で開示される抗体またはＡＤＣが、本明細書の他の場所に記載される治療上活性な成分の１つ以上と共製剤化される医薬組成物が含まれる。
以下の実施例は、本記載の具体的な態様を示す。実施例は、実施形態およびそれらの様々な態様の特定の理解および実践を提供するのみであるため、実施例が限定的なものとして解釈されるべきでない。
明細書で使用されるように、本明細書のプロセスおよび実施例において使用される記号および慣例は、特に明記されていない限り、現代の科学文献、例えば、ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙまたはｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙにおいて使用されるものと一致する。具体的には、限定されないが、以下の略語が実施例において、および本明細書全体にわたって使用され得る：
本明細書で使用されるように、これらのプロセス、スキーム、および実施例で使用される記号および慣例は、特定の略語が具体的に定義されているかどうかにかかわらず、現代の科学文献、例えば、ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙまたはｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙにおいて使用されるものと一致する。
一般法
使用されるすべての溶媒はＳｉｇｍａ ＡｌｄｒｉｃｈまたはＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃのいずれかから購入し、さらに精製することなく使用した。リファマイシンＳをＢｏｓｃｈｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃから購入した。１Ｈ－ＮＭＲスペクトルは、Ｖａｒｉａｎ Ｉｎｏｖａ ３００ＭＨｚおよび５００ＭＨｚのＮＭＲ器機に記録した。化学シフト（δ）は、解析のために使用されたＮＭＲ溶媒に対してｐｐｍで報告され、ｓ－シングレット、ｄ－ダブレット、ｔ－トリプレット、ｑ－カルテット、ｄｄ－ダブレットのダブレット、ｄｔ－トリプレットのダブレット、ｄｑ－カルテットのダブレット、およびｍ－マルチプレットとして報告される。カップリング定数（Ｊ）はヘルツ（Ｈｚ）で報告される。クロマトグラフィーの純度を、Ｃｈｒｏｍｏｌｉｔｈ（登録商標） ＦａｓｔＧｒａｄｉｅｎｔ ＲＰ－１８ｅの分析的カラム（５０×２ｍｍ、Ｍｅｒｃｋ ＫＧａＡ、Ｐ／Ｎ １．５２００７．０００１）および以下の分析的なＨＰＬＣ方法：５または１０μＬの注入量；１ｍＬ／分の流量；４分かけて水中の５～９５％のアセトニトリル；λ＝２５４ｎｍのＡｇｉｌｅｎｔダイオードアレイ検出器；室温を使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ １１００、１２６０ Ｉｎｆｉｎｉｔｙ、または１２００ Ｓｅｒｉｅｓ ＬＣ／ＭＳシステムで決定した。低分解能質量分析法を、エレクトロスプレーイオン化源を使用してＡｇｉｌｅｎｔシステム上で実行し、シングル四重極またはイオントラップ質量検出器のいずれかを用いて解析した。
実施例１：本開示によるアナログ１ａ－１ｄの合成
以下のスキーム１は、市販されている出発物質からの本開示による例示的な化合物１ａ－１ｄの合成を示す。
実施例１Ａ：リファマイシン４－ＭｅＯ－フェノールアナログ（１ａ）：
実施例１の一般的なカップリング手順を使用して、表題化合物を調製する：室温の１５ｍＬのトルエン中のリファマイシンＳ（２００ｍｇ、０．２８７ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、２－アミノ－５－メトキシフェノール（４４ｍｇ、０．３１６ｍｍｏｌ）を添加した。混合溶液を室温で３日間撹拌した。反応の進行をＬＣ／ＭＳによってモニタリングし、その後、混合物を蒸発乾固させた。暗色の残渣を１０ｍＬのエタノールに溶解し、１００ｍｇ（１．１４ｍｍｏｌ）の酸化マンガン（ＭｎＯ２）をエタノール溶液に一度に添加した。小塊の（ｓｌｕｇｇｉｓｈ）混合物を室温で１５時間撹拌した。セライトパッドを使用して不溶性物質を濾過した後、濾液を減圧下で蒸発させた。暗色の残渣を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の５→９５％のＥＡ）を介して４０ｇのＨＰシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（８５ｍｇ、３７％）として表題化合物１ａを得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４４Ｈ５０Ｎ２Ｏ１３，８１４．３３；ｆｏｕｎｄ ８１５．３（Ｍ＋Ｈ），８３７．３（Ｍ＋Ｎａ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）δ７．９６（ｄ，Ｊ＝９．０ Ｈｚ，１Ｈ），７．４７（ｓ，１Ｈ），７．０５－７．０１（ｍ，２Ｈ），６．８６（ｓ，１Ｈ），５．９９（ｓ，２Ｈ），４．９７（ｄｄ，Ｊ＝１２．４，７．４ Ｈｚ，２Ｈ），３．９３（ｓ，３Ｈ），３．０８（ｓ，３Ｈ），３．００－２．９９（ｍ，１Ｈ），２．３０（ｓ，３Ｈ），２．１３（ｓ，３Ｈ），２．０３（ｄ，Ｊ＝１８．１ Ｈｚ，３Ｈ），１．８１（ｓ，３Ｈ），１．７０－１．６７（ｍ，１Ｈ），１．５９－１．５４（ｍ，１６Ｈ），１．５３（ｓ，３Ｈ），０．９６－０．９５（ｍ，３Ｈ）．
実施例１Ｂ：リファマイシン４－ＢｎＯ－フェノールアナログ（１ｂ）：
中間体２を使用してアナログ１ｂを調製し、その合成を以下のスキーム２に示す。
化合物２の合成。６－（ベンジルオキシ）ベンゾ［ｄ］オキサゾール－２（３Ｈ）－オン（５００ｍｇ、２．０７ｍｍｏｌ）およびメタノール（６ｍＬ）の混合物を、６ｍＬの水中の１．２ｇのＮａＯＨの溶液を用いて処理した。その懸濁液を９０℃で一晩加熱した。室温に冷ました後、混合物を６Ｎ ＨＣｌ（５ｍＬ）で処理し、その後、濾過した。濾液をＮａＨＣＯ３水溶液でｐＨ＝８～９に調節し、沈殿物を濾過し、水で洗浄することで暗色固形物を得て、これを、４０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラム（ヘキサン中の０→９０％のＥＡ）によって精製することで、２２０ｍｇ（４９％）の化合物２を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１３Ｈ１３ＮＯ２，２１５．０９；ｆｏｕｎｄ ２１６．１（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ７．３９－７．３７（ｍ，５Ｈ），７．３１（ｄ，Ｊ＝７．０ Ｈｚ，１Ｈ），６．４９（ｄ，Ｊ＝８．４ Ｈｚ，１Ｈ），６．３７（ｄ，Ｊ＝２．７ Ｈｚ，１Ｈ），６．２５（ｄｄ，Ｊ＝８．４，２．７ Ｈｚ，１Ｈ），４．９１（ｓ，２Ｈ）．
アナログ１ｂの合成。室温の１ｍＬのトルエン中のリファマイシンＳ（２０ｍｇ、０．０２８７ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液を、２－アミノ－５－（ベンジルオキシ）フェノール２（６．８ｍｇ、０．０３１６ｍｍｏｌ）で処理した。溶液を室温で３日間撹拌し、追加の２－アミノ－５－（ベンジルオキシ）フェノール（６．８ｍｇ）を添加した。反応の進行をＬＣ／ＭＳによってモニタリングした。５日後、混合物を蒸発乾固させた。暗色の残渣を３．５ｍＬのエタノールに溶解し、１０ｍｇ（０．１１ｍｍｏｌ）の酸化マンガン（ＭｎＯ２）をエタノール溶液に一度に添加した。小塊の混合物を室温で３時間撹拌した。セライトパッドを使用して不溶性物質を濾過した後、濾液を減圧下で蒸発させた。暗色の残渣を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の５→９８％のＥＡ）を介して２４ｇのＨＰシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（８．５ｍｇ、３３％）として表題化合物１ｂを得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５０Ｈ５４Ｎ２Ｏ１３，８９０．３６；ｆｏｕｎｄ ８９１．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）δ７．９７（ｓ，１Ｈ），７．４９（ｓ，１Ｈ），７．４４－７．４１（ｍ，５Ｈ），７．１４－７．１１（ｍ，２Ｈ），７．０７（ｓ，１Ｈ），６．９４（ｓ，１Ｈ），５．３２（ｓ，１Ｈ），５．２３（ｓ，１Ｈ），５．１８（ｄ，Ｊ＝１１．９ Ｈｚ，２Ｈ），４．９９（ｓ，２Ｈ），３．１１（ｓ，３Ｈ），３．０４（ｄｄ，Ｊ＝２．０，０．６ Ｈｚ，１Ｈ），２．３２（ｓ，３Ｈ），２．０７（ｓ，６Ｈ），１．８３（ｓ，３Ｈ），１．７１－１．６９（ｍ，１Ｈ），１．６１（ｄ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，９Ｈ），１．５８－－１．５２（ｍ，６Ｈ），１．２８（ｓ，１Ｈ），０．９７（ｔｄ，Ｊ＝１．９，１．２ Ｈｚ，３Ｈ），０．７９（ｔ，Ｊ＝０．８ Ｈｚ，１Ｈ）．
実施例１Ｃ：リファマイシン４－ＯＨ－フェノールアナログ（１ｃ）：
中間体４を使用してアナログ１ｃを調製し、その合成を以下のスキーム３に示す。
２－アミノ－５－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）フェノール（４）：
化合物３の合成。化合物８を実施例１Ｂの生成物から調製した。ＤＭＦ（２ｍＬ）中の３－ベンジルオキシ－４－ニトロフェノール８（４００ｍｇ、１．６３ｍｍｏｌ）のアルゴン下の溶液に、ＴＢＳＣｌ（０．２４７ｍＬ、２．４４ｍｍｏｌ）、イミダゾール（２２２ｍｇ、３．２６ｍｍｏｌ）、およびＤＭＡＰ（０．５ｍｇ）を添加した。混合物を室温で一晩撹拌し、その後、酢酸エチル（２５ｍＬ）で希釈し、水（２×１０ｍＬ）、ブライン溶液（１０ｍＬ）で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させた。粗製物を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の０→２０％のＥＡ）を介して４０ｇのＨＰシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムによって精製し、純粋な画分を蒸発させることで、所望の化合物３（５４０ｍｇ、９２％）を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１９Ｈ２５Ｎ２Ｏ４Ｓｉ，３５９．１６；ｆｏｕｎｄ ３８２．１（Ｍ＋Ｎａ）．
化合物４の合成。３ｍＬのメタノール（アルゴンで３回脱気した）中の化合物３（１２０ｍｇ、０．３３ｍｍｏｌ）のアルゴン下の溶液に、１０％のＰｄ／Ｃ（１０ｍｇ）を添加した。混合物を再び脱気し、バルーンからの水素で通気した。隔膜を介して水素バルーンを挿入し、混合物を一晩熟成させた（ａｇｅｄ）。混合物をセライトに通して濾過し、濃縮することで、濃い緑がかった固形物（７１ｍｇ、９０％）を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１２Ｈ２１ＮＯ２Ｓｉ，２３９．１３；ｆｏｕｎｄ ２４０．２（Ｍ＋Ｈ）．
アナログ１ｃの合成。室温の１０ｍＬのトルエン中のリファマイシンＳ（１２０ｍｇ、０．１７２ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、化合物４（４６ｍｇ、０．１９２ｍｍｏｌ）を添加した。混合溶液を室温で３日間撹拌した。反応の進行をＬＣ／ＭＳによってモニタリングし、その後、混合物を蒸発乾固させた。暗色の残渣を１０ｍＬのエタノールに溶解し、５０ｍｇ（０．６ｍｍｏｌ）の酸化マンガン（ＭｎＯ２）をエタノール溶液に一度に添加した。小塊の混合物を室温で１２時間撹拌した。セライトパッドを使用して不溶性物質を濾過した後、濾液を減圧下で蒸発させた。暗色の残渣を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の５→９５％のＥＡ）を介して２４ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムによって精製した。純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（４８ｍｇ、３５％）として表題化合物１ｃを得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４３Ｈ４８Ｎ２Ｏ１３，８００．３２；ｆｏｕｎｄ ８０１．３（Ｍ＋Ｈ），７９９．２（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ１１．４３（ｄ，Ｊ＝１．７ Ｈｚ，１Ｈ），９．３３－９．３２（ｍ，１Ｈ），７．８２（ｄｔ，Ｊ＝２．０，１．０ Ｈｚ，１Ｈ），７．０２－７．０１（ｍ，１Ｈ），６．８９（ｔ，Ｊ＝１．３ Ｈｚ，１Ｈ），６．０４（ｄｄ，Ｊ＝２．５，０．９ Ｈｚ，１Ｈ），５．８３（ｄｔ，Ｊ＝１．９，１．０ Ｈｚ，１Ｈ），５．２５－５．２４（ｍ，１Ｈ），４．７８－４．７７（ｍ，１Ｈ），４．１４－４．１４（ｍ，１Ｈ），３．５２（ｄ，Ｊ＝０．８ Ｈｚ，１Ｈ），３．０７（ｄ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，１Ｈ），３．０３（ｔ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，３Ｈ），２．８９（ｓ，１Ｈ），２．７８（ｔ，Ｊ＝２．７ Ｈｚ，１Ｈ），２．１９（ｄ，Ｊ＝１６．７ Ｈｚ，３Ｈ），１．９９（ｄ，Ｊ＝１２．２ Ｈｚ，４Ｈ），１．９５（ｔ，Ｊ＝０．５ Ｈｚ，４Ｈ），１．６７（ｄ，Ｊ＝１．９ Ｈｚ，３Ｈ），１．２４（ｓ，２Ｈ），０．８９（ｄｄ，Ｊ＝２．５，１．１ Ｈｚ，２Ｈ），０．８５（ｄ，Ｊ＝６．５ Ｈｚ，６Ｈ），０．６９（ｄ，Ｊ＝１．５ Ｈｚ，３Ｈ）．
実施例１Ｄ：リファマイシン４－ＯＨ－フェノールＮ－メチルアナログ（１ｄ）：
中間体７を使用してアナログ１ｄを調製し、その合成を以下のスキーム４に示す。
５－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）－Ｎ１－メチルベンゼン－１，２－ジアミン（７）：
化合物５の合成。ＰＴＣ国際出願第２００８０５１８０５号に開示される方法を使用して、表題化合物を調製した。封管に、３－フルオロ－４－ニトロフェニル（１ｇ、６．３６ｍｍｏｌ）と２ｍＬの４０％のメチルアミン水溶液の混合物を入れた。隔膜を介してフラスコを密封し、アルゴンでパージし、油浴中で８０℃で１８時間加熱した。ＬＣＭＳ分析により反応の完了を認めて、これを室温に冷ました。その溶液を水（１５～２０ｍＬ）の添加により溶解し、酢酸エチル（３×３０ｍＬ）を使用して抽出した。その後、組み合わせた有機層を、水、ブラインで洗浄し、乾燥させ（Ｎａ２ＳＯ４）、次に濃縮することで、粗製生成物である５の褐色白色固形物（９００ｍｇ、８４％）を得て、これをさらに精製することなく次の工程に使用した。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ７Ｈ８ＢＮ２Ｏ３，１６８．０５；ｆｏｕｎｄ １６９．１（Ｍ＋Ｈ）．
化合物６の合成。アルゴン下の３－（メチルアミノ）－４－ニトロフェノール５（２００ｍｇ、１．１９ｍｍｏｌ）およびイミダゾール（１６２ｍｇ、２．３８ｍｍｏｌ）を、触媒ＤＭＡＰ（０．７ｍｇ）の存在下で無水ＤＭＦに溶解した。撹拌した黄色溶液を氷浴中で冷却し、ＴＢＳＣｌ（２６９ｍｇ、１．７９ｍｍｏｌ）を黄色溶液に一度に添加した。５分後、氷浴を取り除き、溶液を一晩かけて室温に温めた。混合物を飽和ＮａＨＣＯ３溶液によってクエンチし、酢酸エチル（２×２５ｍＬ）で抽出した。組み合わせた有機物をＮａ２ＳＯ４の添加により乾燥させ、その後、濃縮することで、粗製生成物を得た。残渣を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の０→９０％のＥＡ）を介して２４ｇのＨＰのシリカゲルのＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、その後、真空中で乾燥させることで、黄色固形物（２２０ｍｇ、６６％）として表題化合物６を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１３Ｈ２２Ｎ２Ｏ３Ｓｉ，２８２．１４；ｆｏｕｎｄ ２８３．１（Ｍ＋Ｈ）．
化合物７の合成。アルゴン下の５－（（ｔｅｒｔ－ブチルジメチルシリル）オキシ）－Ｎ１－メチルベンゼン－１，２－ジアミン６（５０ｍｇ、０．１７７ｍｍｏｌ）を、２ｍＬのメタノールに溶解した。その溶液をアルゴンで３回脱気し、その後、Ｐｄ／Ｃ（５ｍｇ）を添加した。混合物をアルゴンでさらに脱気し、隔膜を介して水素バルーンに接続した。２．５時間後、インプロセスのアリコートからのＬＣ／ＭＳによる分析は、反応が完了していることを示した。混合物をセライトに通して濾過し、濃縮することで、定量的に４６ｍｇの化合物７を得て、これをさらに精製することなく次の工程で直ちに使用した。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１３Ｈ２４Ｎ２ＯＳｉ，２５２．１７；ｆｏｕｎｄ ２５３．２（Ｍ＋Ｈ）．
アナログ１ｄの合成。室温の３ｍＬのトルエン中のリファマイシンＳ（５８ｍｇ、０．０８３ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、化合物７（２１ｍｇ、０．０８３ｍｍｏｌ）を添加した。その溶液を室温で２日間撹拌した。反応の進行をＬＣ／ＭＳによりモニタリングし、その後、溶液を蒸発乾固させた。暗色の残渣を５ｍＬのエタノールに溶解し、１０ｍｇの酸化マンガン（ＭｎＯ２）をエタノール溶液に一度に添加した。小塊の混合物を室温で１２時間撹拌した。セライトパッドを使用して不溶性物質を濾過した後、濾液を減圧下で蒸発させた。暗色の残渣は、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の５→９５％のＥＡ）を介して１２ｇのＨＰのシリカゲルのＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、その後、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（２２．３ｍｇ、３３％）として表題化合物１ｄを得た。これは、ＬＣ／ＭＳにより不純であることが分かったため、ＭｅＣＮ／水に溶解し、１５．５ｇのＣ１８ Ａｑ Ｇｏｌｄカラム（勾配溶離：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸、２０分にわたって）で再精製した。生成物の画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、凍結乾燥させることで、白色固形物（１３．５ｍｇ、２０％）として表題化合物１ｄを得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４４Ｈ５１Ｎ３Ｏ１２，８１３．３５；ｆｏｕｎｄ ８１４．３（Ｍ＋Ｈ），８１２．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ１１．３１（ｂ，Ｊ＝０．８ Ｈｚ，２Ｈ），９．４１（ｓ，１Ｈ），９．２２（ｓ，１Ｈ），８．８６（ｓ，１Ｈ），８．０１－７．９５（ｍ，２Ｈ），７．１９－７．１３（ｍ，２Ｈ），７．０４（ｓ，２Ｈ），６．７９－６．７４（ｍ，１Ｈ），６．３９－６．３７（ｍ，１Ｈ ），６．１９（ｔ，Ｊ＝１１．４ Ｈｚ，２Ｈ），６．０８（ｄ，Ｊ＝１２．４ Ｈｚ，１Ｈ），６．０２－５．９２（ｍ，１Ｈ），５．７３（ｄ，Ｊ＝２６．４ Ｈｚ，１Ｈ），５．４９（ｄ，Ｊ＝１１．２ Ｈｚ，１Ｈ ），５．２８（ｄ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，１Ｈ ），５．０９－５．０２（ｍ，２Ｈ），４．８２（ｄｄ，Ｊ＝１１．５，１０．２ Ｈｚ，１Ｈ），４．５４（ｄ，Ｊ＝６．６ Ｈｚ，１Ｈ），４．３６（ｄ，Ｊ＝２．６ Ｈｚ，１Ｈ），３．９６（ｄ，Ｊ＝４．４ Ｈｚ，１Ｈ ），３．８８（ｓ，１Ｈ），３．８３（ｓ，１Ｈ），３．７９（ｓ，１Ｈ），３．７０（ｓ，１Ｈ），３．０９（ｓ，１Ｈ），２．９１（ｓ，３Ｈ），２．２１（ｓ，３Ｈ），２．１５（ｄ，Ｊ＝５．９ Ｈｚ，１Ｈ），１．９７（ｓ，２Ｈ），１．７２（ｓ，２Ｈ），１．６４（ｓ，２Ｈ），１．５９（ｓ，２Ｈ），０．９０（ｄ，Ｊ＝７．０ Ｈｚ，１Ｈ），０．７０（ｄ，Ｊ＝６．６ Ｈｚ，１Ｈ），０．６２（ｄ，Ｊ＝６．８ Ｈｚ，１Ｈ），０．２０－０．１８（ｍ，１Ｈ），０．０７（ｄ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，１Ｈ）．
実施例２：本開示によるアナログ１４の合成
リファマイシンアナログ１４を、以下のスキーム５に示されるように、および以下に記載されるように、リファマイシンＳから合成した。
実施例２Ａ：化合物（１０および１３）の調製：
中間体１０および１３を以下に示されるスキーム６に従って調製した。
化合物８の合成：Ｏｔｔｅｎら（Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ．２００１，１２，７６－８３）によって報告されるわずかに変更した方法を使用して、表題化合物を調製した。ＤＭＳＯ（１０ｍＬ）中の３－フルオロ－４－ニトロフェニル（２．０９ｇ、８．４５ｍｍｏｌ）の溶液に、１ＭのＮａＯＨ（１０ｍＬ）を添加し、加熱ブロック上で８０℃に１８時間加熱した。ＬＣＭＳにより反応の完了を認め、これを室温に冷ました。その反応物を、ｐＨ＝３～４になるまで１ＭのＨＣｌ（１５～２０ｍＬ）を用いて酸性化し、結果として生じる溶液を酢酸エチル（３×３０ｍＬ）を使用して抽出した。組み合わせた有機層を、水、ブラインで洗浄し、乾燥させ（Ｎａ２ＳＯ４）、真空中で濃縮した。その後、粗製油を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の０→１００％の酢酸エチル）を介して８０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、その後、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、黄色がかった白色固形物（１．５１ｇ、７３％）として表題化合物８を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１３Ｈ１１ＮＯ４，２４５．１；ｆｏｕｎｄ ２６８．１（Ｍ＋Ｎａ），２４４．１（Ｍ－Ｈ）．
化合物９の合成。室温のＴＨＦ（１６ｍＬ）中の化合物８（１．５１ｇ、６．１５７ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、ＢＯＣ－ピペリジン－４－オール（１．６１ｇ、８．００５ｍｍｏｌ）およびＰＰｈ３（２．９１ｇ、１１．０８３ｍｍｏｌ）を添加した。ＴＨＦ（９ｍＬ）中のＤＢＡＤ（２．５５ｇ、１１．０８３ｍｍｏｌ）の溶液を、反応混合物に滴下した。１６時間撹拌した後、混合物を蒸発乾固させ、残渣をＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の０→１００％の酢酸エチル）を介して４０ｇのＨＰのシリカゲルのＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、その後、純粋な画分を蒸発させ、その後、真空中で乾燥させることで、黄色がかった白色固形物（２．４１ｇ、９１％）として表題化合物９を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ２３Ｈ２８Ｎ２Ｏ６，４２８．２；ｆｏｕｎｄ ４５１．１（Ｍ＋Ｎａ）．
化合物１０の合成。３ｍＬのメタノール中の化合物９（１００ｍｇ、０．２３３ｍｍｏｌ）のアルゴン下の脱気した溶液に、５ｍｇの１０％のＰｄ／Ｃを添加した。混合物をさらに脱気し、水素バルーンに接続した。２．５時間後、インプロセスのアリコートからのＬＣ／ＭＳによる分析により、反応が完了していることが示された。混合物をセライトに通して濾過し、濃縮することで、７５ｍｇの化合物１０を定量的に得て、これをさらに精製することなく次の工程で直ちに使用した。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１６Ｈ２４Ｎ２Ｏ４，３０８．１７；ｆｏｕｎｄ ３３１．２（Ｍ＋Ｎａ），３０７．１（Ｍ－Ｈ）．
化合物１１の合成。１，４－ジオキサン（１５ｍＬ）中の化合物９（１１００ｍｇ、２．５６１ｍｍｏｌ）の溶液に、１，４－ジオキサン（５ｍＬ）中の４ＭのＨＣｌを添加した。１５時間撹拌した後、インプロセスのアリコートにより、反応が完了していることが示された。上記溶液にジエチルエーテル（５０ｍＬ）を添加し、その後、白色沈殿物が形成されるまで、混合物を１時間勢いよく撹拌した。固形物を濾過し、エーテルで洗浄することで、１１のＨＣｌ塩を得た。白色固形物に、ＥｔＯＡｃ（１０ｍＬ）および飽和ＮａＨＣＯ３（１５ｍＬ）をｐＨ＝８～９になるまで添加し、１５分間撹拌した。２つの層を分離し、水層をＥｔＯＡｃ（３×３０ｍＬ）で抽出した。組み合わせた有機層を乾燥させ（Ｎａ２ＳＯ４）、真空中で濃縮することで化合物１１（３７２ｍｇ、４４％）を得て、これをさらに精製することなく次の工程で直ちに使用した。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１８Ｈ２１Ｎ２Ｏ４，３２８．１；ｆｏｕｎｄ ３２９．１（Ｍ＋Ｈ）．
化合物１２の合成。１，４－ジオキサン／水（ｖ／ｖ、１０：１、１１ｍＬ）中の化合物１１（３７２ｍｇ、１．１２８ｍｍｏｌ）のアルゴン下の溶液に、Ｆｍｏｃ－ＯＳｕ（３９９ｍｇ、１．１８４ｍｍｏｌ）を添加した。１５時間撹拌した後、インプロセスのＬＣ／ＭＳ分析により、反応が完了していることが示された。反応混合物物を真空中で濃縮することで化合物１２を得て、これをさらに精製することなく次の工程で直ちに使用した。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ３３Ｈ３０Ｎ２Ｏ６，５５０．２；ｆｏｕｎｄ ５５１．２（Ｍ＋Ｈ）．
化合物１３の合成。化合物１２（７２ｍｇ、０．１３１ｍｍｏｌ）を２ｍＬのメタノールに溶かし、アルゴンで脱気したアルゴン下の溶液に、９ｍｇの１０％のＰｄ／Ｃを添加した。混合物をアルゴンでさらに脱気し、水素バルーンに接続した。４５分後、インプロセスのアリコートからのＬＣ／ＭＳによる分析により、反応が完了していることが示された。混合物をセライトに通して濾過し、真空中で濃縮することで、５５ｍｇの化合物１３を定量的に得て、これをさらに精製することなく次の工程で直ちに使用した。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ２６Ｈ２６Ｎ２Ｏ４，４３０．１；ｆｏｕｎｄ ４３１．２（Ｍ＋Ｈ）．
実施例２Ｂ：中間体１０からのアナログ１４の調製：
化合物１４－Ｂｏｃの合成：室温の５ｍＬのトルエン中のリファマイシンＳ（１００ｍｇ、０．１４３ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に、化合物１０（４４ｍｇ、０．１４３ｍｍｏｌ）を添加した。混合溶液を室温で４日間撹拌した。反応の進行をＬＣ／ＭＳにより完了するまでモニタリングし、その後、混合物を蒸発乾固させた。暗色の残渣を１０ｍＬのエタノールに溶解し、６２ｍｇ（０．７１５ｍｍｏｌ）の酸化マンガン（ＭｎＯ２）をエタノール溶液に一度に添加した。小塊の混合物を室温で１５時間撹拌した。セライトパッドを使用して不溶性物質を濾過した後、濾液を減圧下で蒸発させた。暗色の残渣を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の５％→９５％の酢酸エチル）を介して１２ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製した。減圧下で濃縮した後、粗製生成物（ｃａ．８５％純粋）を、５０ｇのＣ１８ Ａｑ Ｇｏｌｄカラム（勾配溶離：水中１０～９５％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸）で再精製した。純粋な画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（３６ｍｇ、２６％）として１４－Ｂｏｃを得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５３Ｈ６５Ｎ３Ｏ１５，９８３．４４；ｆｏｕｎｄ ９８４．４（Ｍ＋Ｈ）．
化合物１４の合成。１４－Ｂｏｃ（３０ｍｇ、０．０３ｍｍｏｌ）を、ＴＦＡ／アセトニトリル／水（０．２５ｍＬ／５ｍＬ／５ｍＬ）の混合物で、室温で２０時間処理することで、化合物１４を得た。反応混合物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：水中の１０％～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸、３０分かけて）を介して１５．５ｇのＣ１８ Ａｑ．Ｇｏｌｄカラムで精製した。生成物を含有する画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、一晩凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物として表題化合物１４（１０ｍｇ、３７％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５７Ｎ３Ｏ１３，８８３．４；ｆｏｕｎｄ ８８４．３（Ｍ＋Ｈ）．
実施例２Ｃ：中間体１３からのアナログ１４の調製
化合物１４の合成ヒドロキシアニリン（ｈｙｄｒｏｘｙａｎｉｌｉｎｅ）１３（５５ｍｇ、０．１２７８ｍｍｏｌ）を含む丸底フラスコに、トルエン（１．５ｍＬ）およびリファマイシンＳ（６７ｍｇ、０．０９５６ｍｍｏｌ）を添加した。反応混合物を１分間超音波処理し、反応混合物を溶解し、ゴム隔膜を介して密閉し、アルゴンでパージし、および反応物を周囲温度で撹拌した。２日後、ヒドロキシアニリン（４５ｍｇ、０．１０４５ｍｍｏｌ）の他の部分を添加し、１日撹拌した。反応物を真空中で濃縮してトルエンを除去し、ＥｔＯＨ（６ｍＬ）に溶解し、ＭｎＯ２（２０ｍｇ）を添加した。３日間撹拌した後、反応物を真空中で濃縮し、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の０→１００％の酢酸エチル）を介して４０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムのクロマトグラフィーによって精製した。純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（３５ｍｇ、３３％）として表題化合物１４－Ｆｍｏｃを得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ６３Ｈ６７Ｎ３Ｏ１５，１１０５．４；ｆｏｕｎｄ １１０６．５（Ｍ＋Ｈ），１１２８．５（Ｍ＋Ｎａ）．
Ｎ，Ｎ－ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ、１ｍＬ）中の前述の工程のＦｍｏｃ－リファマイシン－ピペリジン－Ｏ－フェノール１４－Ｆｍｏｃ（３５ｍｇ、０．０３６１ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液を、ＤＭＦ中の２％のピペリジン（３．５ｍｇ、０．２ｍＬ、０．０４１１ｍｍｏｌ）の溶液で処理し、反応物を周囲温度で撹拌した。２時間後、反応物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：水中の０～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸、３０分かけて）を介して５０ｇのＣ１８ ＲｅｄｉＳｅｐ Ｇｏｌｄカラムで直接精製した。生成物を含有する画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、一晩凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（１２ｍｇ、４３％）として表題化合物１４を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５７Ｎ３Ｏ１３，８８３．４；ｆｏｕｎｄ ８８４．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ９．４０（ｓ，１Ｈ），７．８７（ｄ，Ｊ＝８．９ Ｈｚ，１Ｈ），７．１６－７．２３（ｍ，４Ｈ），５．９９－６．０５（ｍ，２Ｈ），５．７６－５．８５（ｍ，２Ｈ），５．１８－５．２３（ｍ，２Ｈ），４．８３－４．９５（ｍ，２Ｈ），４．８０（ｂｒ．ｓ，２Ｈ），４．１２（ｂｒ．Ｓ．，１Ｈ），２．９１－３．１８（ｍ，１３Ｈ），２．８８（ｓ，１Ｈ），２．７８（ｔ，Ｊ＝０．９ Ｈｚ，２Ｈ），２．６７（ｓ，２Ｈ），２．２２（ｄ，Ｊ＝３．７ Ｈｚ，４Ｈ），２．１５（ｓ，２Ｈ），２．０２（ｓ，２Ｈ），１．９６（ｄ，Ｊ＝１．２ Ｈｚ，２Ｈ），１．９０（ｓ，１Ｈ），１．６８（ｓ，２Ｈ），０．８５－０．９２（ｍ，１２Ｈ），０．６９（ｂｒ．ｓ，９Ｈ）．
実施例３：本開示によるアナログ１６ａ－１６ｚ－１の合成
リファマイシンアナログ１６ａ－１６ｚ－１を、以下のスキーム７およびスキーム７ａに示されるように、および以下に記載されるように、リファマイシンＳから合成した。
スキーム７
Ｐｄ－触媒Ｏ－アルキル化（１６ａ－１６ｚ－１）：
化合物１５の合成。室温の８０ｍＬのトルエン中のリファマイシンＳ（２．０ｇ、２．８７ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、２－アミノ－５－ブロモフェノール（０．５４ｇ、２．８７ｍｍｏｌ）を添加した。溶液を室温で２日間撹拌した。その後、反応混合物を蒸発乾固させ、暗色の残渣を２０ｍＬのエタノールに溶解し、３００ｍｇの酸化マンガン（ＭｎＯ２）をエタノール溶液に一度に添加した。小塊の混合物をアルゴン下で、室温で１５時間撹拌した。セライトパッドを使用して不溶性物質を濾過した後、濾液を減圧下で蒸発させた。暗色の残渣を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の５→９５％のＥＡ）を介して１２０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製した。純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（１．６ｇ、６５％）として表題化合物１５を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４３Ｈ４７ＢｒＮ２Ｏ１３，８６２．２３；ｆｏｕｎｄ ８６３．１ ａｎｄ ８６５．１（Ｍ＋Ｈ），８８５．１ ａｎｄ ８８８．０（Ｍ＋Ｎａ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．４９（ｄ，Ｊ＝６．０ Ｈｚ，１Ｈ），７．９２（ｄｄｄ，Ｊ＝３．６，２．９，１．８ Ｈｚ，１Ｈ），７．８６－７．８５（ｍ，１Ｈ），７．７５－７．７４（ｍ，１Ｈ），６．０６－６．０５（ｍ，１Ｈ），５．８４（ｄｔ，Ｊ＝２．６，１．４ Ｈｚ，２Ｈ），５．２５－５．２３（ｍ，２Ｈ），４．８０（ｄｔ，Ｊ＝２．５，１．０ Ｈｚ，１Ｈ），４．２３（ｔｄ，Ｊ＝２．４，１．０ Ｈｚ，１Ｈ），３．４９（ｄ，Ｊ＝１．１ Ｈｚ，１Ｈ），３．１０－３．０９（ｍ，２Ｈ），３．０３（ｓ，３Ｈ），２．７９（ｓ，１Ｈ），２．１９（ｓ，３Ｈ），２．０１（ｓ，４Ｈ），１．９６（ｓ，４Ｈ），１．８１（ｄ，Ｊ＝２．２ Ｈｚ，１Ｈ），１．６８（ｓ，３Ｈ），１．６０（ｄｑ，Ｊ＝２．８，０．９ Ｈｚ，１Ｈ），１．４８（ｔ，Ｊ＝１．４ Ｈｚ，１Ｈ），０．９０（ｄｔ，Ｊ＝２．１，１．１ Ｈｚ，２Ｈ），０．８４（ｄ，Ｊ＝７．１ Ｈｚ，４Ｈ），０．６９（ｄｄ，Ｊ＝２．２，１．２ Ｈｚ，５Ｈ）．
化合物１６ａの合成。Ｂｕｃｈｗａｌｄ Ｓ．Ｌ．ら（Ｏｒｇ．Ｌｅｔｔ．２０１８，２０，１５８０）によって報告された同様の方法を使用して、第一級アルコールと化合物１５とのパラジウム触媒Ｃ－Ｏカップリングを使用して、表題化合物１６ａ－１６ｃを得た。撹拌棒を備え、ねじ口で密封された２ドラムスクリュートップオーブン乾燥試験管（２ ｄｒａｍ ｓｃｒｅｗ－ｔｏｐ ｏｖｅｎ－ｄｒｉｅｄ ｔｅｓｔ ｔｕｂｅ）に、化合物１５（４０ｍｇ、０．０４６３ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（ジメチルアミノ）エタン－１－オール（４２ｍｇ、０．４６２ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ Ｐｄ Ｇ３－パラダサイクル（１１．８ｍｇ、３０ｍｏｌ％）、およびＮａＯｔ－Ｂｕ（５ｍｇ、０．０５１ｍｍｏｌ、１．１当量）を充填した。反応管を隔膜で再度覆い、付属の針で穴を開けて排気してアルゴンを再充填し（このプロセスを２回繰り返す）、その後、注射器を介して１，４－ジオキサン（２．０ｍＬ）を添加した。反応物をアルゴン圧力下で油浴中で５５℃±５で１５時間加熱し、反応物を室温に冷ましてからＣｅｌｉｔｅ（登録商標）のパッドに通して濾過し、ＥｔＯＡｃですすいだ。粗製材料を真空中で濃縮し、１５．５ｇのＣ１８ Ａｑ Ｇｏｌｄカラム（勾配溶離：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸）で精製した。生成物の画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（１２．５ｍｇ、３２％）として表題化合物１６ａを得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ５７Ｎ３Ｏ１３，８７１．３９；ｆｏｕｎｄ ８７２．３（Ｍ＋Ｈ），８７０．２（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（３００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ９．４０（ｓ，１Ｈ），７．８７（ｄ，Ｊ＝８．９ Ｈｚ，１Ｈ），７．２３－－７．１６（ｍ，２Ｈ），６．８３（ｄｔ，Ｊ＝２．３，１．１ Ｈｚ，１Ｈ），６．２３（ｄ，Ｊ＝４．６ Ｈｚ，１Ｈ），６．０６（ｄｄ，Ｊ＝５．９，１．１ Ｈｚ，１Ｈ），５．８２（ｄｄ，Ｊ＝２．３，１．５ Ｈｚ，２Ｈ），５．２４（ｄｔ，Ｊ＝１．４，０．７ Ｈｚ，１Ｈ），４．８３－－４．７５（ｍ，１Ｈ），４．２４（ｄ，Ｊ＝２９．９ Ｈｚ，３Ｈ），３．８０（ｄ，Ｊ＝１．３ Ｈｚ，１Ｈ），３．０３（ｔ，Ｊ＝０．５ Ｈｚ，３Ｈ），２．８８（ｓ，１Ｈ），２．７８（ｔ，Ｊ＝０．９ Ｈｚ，２Ｈ），２．６７（ｓ，２Ｈ），２．２２（ｄ，Ｊ＝３．７ Ｈｚ，４Ｈ），２．１５（ｓ，２Ｈ），２．０２（ｓ，２Ｈ），１．９６（ｄ，Ｊ＝１．２ Ｈｚ，２Ｈ），１．９０（ｓ，１Ｈ），１．６８（ｓ，２Ｈ），０．８５（ｄ，Ｊ＝６．７ Ｈｚ，３Ｈ），０．６９（ｔ，Ｊ＝１．２ Ｈｚ，３Ｈ）．
化合物１６ｂの合成。撹拌棒を備え、ねじ口で密封された８ｍＬのスクリュートップオーブン乾燥バイアルに、化合物１５（４０ｍｇ、０．０４６３ｍｍｏｌ、１．００当量）、Ｆｍｏｃグリシノール（１３１ｍｇ、０．４６３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１６ｍｇ、０．４当量）、およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９４２ｍｍｏｌ、２．０当量）を充填した。反応バイアルをゴム隔膜で覆い、付属の針で穴を開けて排気してアルゴンを再充填し（このプロセスを２回繰り返した）、その後、１，４－ジオキサン（２．０ｍＬ）を添加した。反応物をアルゴン圧力下で加熱ブロック中で０℃で１５時間加熱し、反応物を室温に冷ましてから、Ｃｅｌｉｔｅ（登録商標）のパッドに通して濾過し、ＭｅＯＨですすいだ。粗製材料を真空中で濃縮し、５０ｇのＣ１８ Ａｑ Ｇｏｌｄカラム（勾配溶離：水中の５～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸）で精製した。生成物の画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（１９ｍｇ、３８％）として表題化合物１６ｂを得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ６０Ｈ６３Ｎ３Ｏ１５，１０６５．４；ｆｏｕｎｄ １０６６．４（Ｍ＋Ｈ）．
化合物１６ｄの合成。前述の工程の化合物１６ｂ（２６ｍｇ、０．０２４４ｍｍｏｌ）を、ＤＭＦ（１ｍＬ）に溶解し、ＤＭＦ中の２％のピペリジン（３．１ｍｇ、０．２ｍＬ、０．０３６６ｍｍｏｌ）の溶液で処理し、反応物を周囲温度で、アルゴン下で撹拌した。２時間後、反応物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：水中の０～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸、３０分かけて）を介して５０ｇのＣ１８ Ａｑ Ｇｏｌｄカラムで直接精製した。生成物を含有する画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、一晩凍結乾燥させることで、濃い青色固形物（９ｍｇ、４４％）として表題化合物１６ｄを得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４５Ｈ５３Ｎ３Ｏ１３，８４３．４；ｆｏｕｎｄ ８４４．４（Ｍ＋Ｈ），８４２．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ７．８３（ｄ，Ｊ＝８．８ Ｈｚ，１Ｈ），６．９１－７．０３（ｍ，２Ｈ），６．５５（ｓ，１Ｈ），６．４３（ｄ，Ｊ＝１１．２ Ｈｚ，１Ｈ），６．２１－６．３０（ｍ，２Ｈ），４．９８－５．０８（ｍ，２Ｈ），３．７６（ｂｒ．ｓ，３Ｈ），３．４３－３．４７（ｍ，１Ｈ），３．４１（ｄ，Ｊ＝５．３７ Ｈｚ，２Ｈ），３．１２（ｂｒ．ｓ，１Ｈ），２．９７－３．０４（ｍ，４Ｈ），２．３９（ｂｒ．ｓ，１Ｈ），２．１９－２．３２（ｍ，４Ｈ），２．０９－２．１４（ｍ，４Ｈ），１．９５－２．０７（ｍ，４Ｈ），１．７８（ｓ，４Ｈ），１．６７（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，１Ｈ），１．３１（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），０．９７（ｂｒ．ｓ，８Ｈ），０．６６－０．８５（ｍ，４Ｈ），０．０８（ｄ，Ｊ＝５．５ Ｈｚ，３Ｈ），－０．２６（ｄ，Ｊ＝６．５ Ｈｚ，３Ｈ）．
化合物１６ｃの合成。撹拌棒を備え、ねじ口で密封された８ｍＬのスクリュートップオーブン乾燥バイアルに、化合物１５（８０ｍｇ、０．０９２６ｍｍｏｌ、１．００当量）、Ｆｍｏｃ－サルコシノール（ｓａｒｃｏｓｉｎｏｌ）（２７５ｍｇ、０．９２６２ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（４０ｍｇ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（３９ｍｇ、０．１８５２ｍｍｏｌ、２当量）を充填した。反応バイアルをゴム隔膜で覆い、付属の針で穴を開けて排気してアルゴンを再充填し（このプロセスを２回繰り返した）、その後、シリンジを介して１，４－ジオキサン（３．０ｍＬ）を添加した。反応物をアルゴン圧力下で加熱ブロック中で６０℃で１５時間加熱し、反応物を室温に冷ましてから、Ｃｅｌｉｔｅ（登録商標）のパッドに通して濾過し、ＭｅＯＨですすいだ。粗製材料を真空中で濃縮し、５０ｇのＣ１８ Ａｑ Ｇｏｌｄカラム（勾配溶離：水中の５～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸）で精製した。生成物の画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（４９ｍｇ、４９％）として表題化合物１６ｃを得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ６１Ｈ６５Ｎ３Ｏ１５，１０７９．４；ｆｏｕｎｄ １０８０．５（Ｍ＋Ｈ）．
化合物１６ｅの合成。前述の工程の化合物１６ｃ（４９ｍｇ、０．０４５ｍｍｏｌ）を、ＤＭＦ（１ｍＬ）に溶解し、ＤＭＦ中の２％のピペリジン（７．７ｍｇ、０．４５ｍＬ、０．０９１ｍｍｏｌ）の溶液で処理し、反応物を周囲温度で、アルゴン下で撹拌した。２時間後、反応物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：水中の０～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸、３０分かけて）を介して５０ｇのＣ１８ Ａｑ Ｇｏｌｄカラムで直接精製した。生成物を含有する画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、一晩凍結乾燥させることで、濃い青色固形物（１８ｍｇ、４６％）として表題化合物１６ｅを得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４６Ｈ５５Ｎ３Ｏ１３，８５７．３；ｆｏｕｎｄ ８５８．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ７．８４（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，１Ｈ），７．１１－７．２０（ｍ，１Ｈ），６．８８－６．９６（ｍ，１Ｈ），６．６４（ ｓ，１Ｈ），６．４２（ｄ，Ｊ＝１０．２６ Ｈｚ，１Ｈ），６．１７－６．２８（ｍ，２Ｈ），４．９３－５．０６（ｍ，２Ｈ），３．８６（ｂｒ．ｓ，１Ｈ），３．６６－３．８４（ｍ，８Ｈ），３．１８－３．３１（ｍ，７Ｈ），３．１０（ｂｒ．ｓ，２Ｈ），２．９４－３．０５（ｍ，６Ｈ），２．３７（ｂｒ．ｓ，１Ｈ），２．２５（ｄ，Ｊ＝４．８８ Ｈｚ，４Ｈ），２．０５－２．２２（ｍ，７Ｈ），１．８５－２．０５（ｍ，７Ｈ），１．７８（ｓ，６Ｈ），１．６５（ｂｒ．ｓ，１Ｈ），１．３０（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），０．９５（ｂｒ．ｓ，８Ｈ），０．８２－０．９２（ｍ，４Ｈ），０．７８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），０．７０（ｂｒ．ｓ，１Ｈ），０．０３（ｄ，Ｊ＝５．８６ Ｈｚ，３Ｈ），－０．２８（ｄ，Ｊ＝５．８６ Ｈｚ，３Ｈ）．
スキーム７ａ
化合物１６ｆ：撹拌棒を備え、ねじ口で密封された８ｍＬのスクリュートップオーブン乾燥バイアルに、化合物１５（４０ｍｇ、０．０４６３ｍｍｏｌ、１．００当量）、（１－メチルピペリジン－３－イル）メタノール（６０ｍｇ、０．４６３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１９ｍｇ、０．０２２２ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９４２ｍｍｏｌ、２．０当量）を充填した。反応バイアルをゴム隔膜で覆った。付属の針で隔膜に穴を開けて排気してアルゴンを再充填し（このプロセスを２回繰り返した）、その後、１，４－ジオキサン（２．０ｍＬ）を添加した。反応物をアルゴン圧力下で加熱ブロック中で０℃で１５時間加熱し、反応物を室温に冷ましてから、Ｃｅｌｉｔｅ（登録商標）のパッドに通して濾過し、ＭｅＯＨですすいだ。粗製材料を真空中で濃縮し、５０ｇのＣ１８ Ａｑ Ｇｏｌｄカラム（勾配溶離：水中の５～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸）で精製した。純粋な画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（１６．２ｍｇ、３９％）として表題化合物１６ｆを得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５０Ｈ６１Ｎ３Ｏ１３，９１１．４；ｆｏｕｎｄ ９１２．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３８（ｓ，１Ｈ），７．８６－７．８４（ｍ，１Ｈ），７．１９－７．１８（ｍ，２Ｈ），６．０６（ｔｄ，Ｊ＝２．９，１．９ Ｈｚ，１Ｈ），５．８６－５．８０（ｍ，１Ｈ），５．２４－５．２１（ｍ，１Ｈ），４．８０－４．７６（ｍ，１Ｈ），４．０８－４．０７（ｍ，２Ｈ），３．５１（ｄｄｑ，Ｊ＝５．７，２．９，１．０ Ｈｚ，１Ｈ ），３．０９（ｔ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，２Ｈ），３．０２－３．０１（ｍ，３Ｈ），２．７７（ｄ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，３Ｈ），２．６１－２．５９（ｍ，１Ｈ），２．１４（ｓ，６Ｈ），２．００（ｓ，３Ｈ），１．９５－１．９４（ｍ，３Ｈ），１．８３－１．７６（ｍ，２Ｈ），１．６６（ｓ，９Ｈ），１．５０－１．４７（ｍ，３Ｈ），１．３７（ｄ，Ｊ＝１５．９ Ｈｚ，３Ｈ），１．２７－１．２０（ｍ，２Ｈ），１．０７（ｄ，Ｊ＝６．５ Ｈｚ，２Ｈ），０．８５（ｄ，Ｊ＝６．５ Ｈｚ，６Ｈ），０．７０－０．６７（ｍ，３Ｈ）．
化合物１６ｇ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｇを調製した：化合物１５（４０ｍｇ、０．０４６３ｍｍｏｌ、１．００当量）、（１－メチルピペリジン－４－イル）－メタノール（９０ｍｇ、０．７１９ｍｍｏｌ、１５当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２１ｍｇ、０．０２４５ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２３ｍｇ、０．１０８ｍｍｏｌ、２．３当量）により、表題化合物１６ｇ（５．６ｍｇ、１３％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５０Ｈ６１Ｎ３Ｏ１３，９１１．４；ｆｏｕｎｄ ９１２．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）：δ８．０１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．１８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．９４（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），６．４３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．２３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），５．０６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．０１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．０１－４．１９（ｍ，１Ｈ），３．９３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．７５（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．０７（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．８６－３．０５（ｍ，７Ｈ），２．３３－２．４５（ｍ，４Ｈ），２．３０（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），２．１１－２．２０（ｍ，５Ｈ），１．９８（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），１．８３－１．９３（ｍ，４Ｈ），１．７８（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），１．４８（ｄ，Ｊ＝１１．７２ Ｈｚ，２Ｈ），１．３２（ｄ，Ｊ＝１８．０７ Ｈｚ，１Ｈ），０．９５（ｂｒ．ｓ．，８Ｈ），０．８０（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），０．０３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），－０．２３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ）．
化合物１６ｈ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｈを調製した：化合物１５（４０ｍｇ、０．０４６３ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（４－メチルピペラジン－１－イル）エタン－１－オール（８０ｍｇ、０．５５４ｍｍｏｌ、１２当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２０ｍｇ、０．０２３４ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２３ｍｇ、０．１０８ｍｍｏｌ、２．３当量）により、表題化合物１６ｈ（９．６ｍｇ、２２％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５０Ｈ６２Ｎ４Ｏ１３，９２６．４；ｆｏｕｎｄ ９２７．４（Ｍ＋Ｈ），９２５．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３６－９．４１（ｍ，１Ｈ），７．８７（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．１９（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），５．８１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．２５（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．７８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．３１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．２３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．１６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．５１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．０３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．８６（ｄ，Ｊ＝１０．７５ Ｈｚ，１Ｈ），２．７８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．７２（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．３１（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ），２．１４（ｂｒ．ｓ．，７Ｈ），２．１０（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．０１（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ），１．９５（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．９０（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），１．６７（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．５９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．５１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．２６－１．４６（ｍ，１Ｈ），１．２３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），０．８５（ｂｒ．ｓ．，８Ｈ），０．７９（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），０．６９－０．６７（ｍ，５Ｈ）．
化合物１６ｉ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｉを調製した：化合物１５（３０ｍｇ、０．０３４７ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－モルホリノエタン（ｍｏｒｐｈｏｌｉｎｏｅｔｈａｎ）－１－オール（４６ｍｇ、０．３４７ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１５ｍｇ、０．０１７３ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（１５ｍｇ、０．０７０４ｍｍｏｌ、２．０当量）により、６９％（２２ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ５９Ｎ３Ｏ１４，９１３．４０；ｆｏｕｎｄ ９１４．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．４１－９．４０（ｍ，１Ｈ），７．８６（ｄｄ，Ｊ＝５．２，２．０ Ｈｚ，１Ｈ），７．２３－７．１８（ｍ，２Ｈ），６．０６－６．０３（ｍ，１Ｈ），５．８３－５．８１（ｍ，１Ｈ），５．２５－５．２４（ｍ，１Ｈ），４．７９－４．７８（ｍ，１Ｈ），４．３３－４．３１（ｍ，１Ｈ），４．３３－４．１６（ｍ，３Ｈ），３．５８（ｓ，５Ｈ），３．０９－３．０３（ｍ，４Ｈ），２．７３（ｓ，２Ｈ），２．１６（ｓ，４Ｈ），１．９９（ｄ，Ｊ＝２９．４ Ｈｚ，８Ｈ），１．６７（ｓ，３Ｈ），１．５２（ｄ，Ｊ＝４．２ Ｈｚ，２Ｈ），１．１３（ｄ，Ｊ＝１３．８ Ｈｚ，１Ｈ），０．８５（ｄ，Ｊ＝６．５ Ｈｚ，１０Ｈ），０．６９－０．６７（ｍ，８Ｈ）．
化合物１６ｊ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｊを調製した：化合物１５（３０ｍｇ、０．０３４７ｍｍｏｌ、１．００当量）、（１－メチルピロリジン－３－イル）メタノール（４０ｍｇ、０．３４７ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１５ｍｇ、０．０１７３ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（１５ｍｇ、０．０７０４ｍｍｏｌ、２．０当量）により、２３％（７．０ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ５９Ｎ３Ｏ１３，８９７．４０；ｆｏｕｎｄ ８９８．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３９－９．３８（ｍ，１Ｈ），７．８９－７．８６（ｍ，１Ｈ），７．１９（ｔ，Ｊ＝７．０ Ｈｚ，２Ｈ），６．０５－６．０３（ｍ，１Ｈ），５．８６－５．８０（ｍ，１Ｈ），５．２５－５．２３（ｍ，１Ｈ），４．８０－４．７８（ｍ，１Ｈ），４．１７－４．１５（ｍ，１Ｈ），４．１４－４．０９（ｍ，１Ｈ），３．９９（ｓ，１Ｈ），３．５２－３．４９（ｍ，１Ｈ），３．０９－３．０３（ｍ，３Ｈ），２．７８－２．７７（ｍ，１Ｈ），２．３７（ｄｔ，Ｊ＝５．５，２．７ Ｈｚ，２Ｈ），２．２１（ｄ，Ｊ＝３５．５ Ｈｚ，６Ｈ），１．９８（ｄ，Ｊ＝３１．１ Ｈｚ，７Ｈ），１．６７－１．５９（ｍ，３Ｈ），１．６０－１．５８（ｍ，１Ｈ），１．５３－１．４７（ｍ，２Ｈ），１．３９－１．３４（ｍ，２Ｈ），０．８４（ｄ，Ｊ＝６．８ Ｈｚ，１１Ｈ），０．６７（ｔ，Ｊ＝２．９ Ｈｚ，７Ｈ）．
化合物１６ｋ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｋを調製した：化合物１５（５０ｍｇ、０．０５７９ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（ピロリジン－１－イル）エタン－１－オール（６７ｍｇ、０．５７９ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２５ｍｇ、０．０２８９ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２５ｍｇ、０．１１５８ｍｍｏｌ、２．０当量）により、４６％（２３．６ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ５９Ｎ３Ｏ１３，８９７．４０；ｆｏｕｎｄ ８９８．４（Ｍ＋Ｈ），８９６．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３８（ｄ，Ｊ＝１．２ Ｈｚ，１Ｈ），７．８８－７．８７（ｍ，１Ｈ），７．２１（ｓ，１Ｈ），６．０５－６．０３（ｍ，１Ｈ），５．８２（ｄｄ，Ｊ＝１．３，０．７ Ｈｚ，１Ｈ），５．２５－５．２０（ｍ，１Ｈ），４．８１－４．７９（ｍ，１Ｈ），４．３３－４．３０（ｍ，１Ｈ），４．２４－４．１５（ｍ，１Ｈ），３．５４－３．５０（ｍ，２Ｈ），３．０９－３．０３（ｍ，６Ｈ），２．８５－２．７８（ｍ，６Ｈ），２．１８（ｓ，４Ｈ），１．９９（ｄ，Ｊ＝３１．９ Ｈｚ，５Ｈ），１．７０（ｓ，６Ｈ），１．１５－１．０５（ｍ，１Ｈ），０．８５（ｄ，Ｊ＝６．７ Ｈｚ，１１Ｈ），０．６８（ｄｔ，Ｊ＝３．６，０．９ Ｈｚ，９Ｈ）．
化合物１６ｌ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｌを調製した：化合物１５（５０ｍｇ、０．０５７９ｍｍｏｌ、１．００当量）、（１－メチルピロリジン－２－イル）メタノール（６７ｍｇ、０．５７９ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２５ｍｇ、０．０２８９ｍｍｏｌ、０．５当量）およびＫ３ＰＯ４（２５ｍｇ、０．１１５８ｍｍｏｌ、２．０当量）により、３５％（１７．７ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ５９Ｎ３Ｏ１３，８９７．４０；ｆｏｕｎｄ ８９８．４（Ｍ＋Ｈ），８９６．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３８－９．３７（ｍ，１Ｈ），７．８８－７．８７（ｍ，１Ｈ），７．２０－７．１８（ｍ，１Ｈ），６．０６－６．０４（ｍ，１Ｈ），５．８４－５．８２（ｍ，１Ｈ），５．２５－５．２４（ｍ，１Ｈ），４．８１－４．７９（ｍ，１Ｈ），４．１９－４．１１（ｍ，２Ｈ），３．５４－３．５０（ｍ，１Ｈ），３．１０－３．０７（ｍ，１Ｈ），３．０３（ｓ，２Ｈ），２．９７－２．９６（ｍ，１Ｈ），２．７９－２．７８（ｍ，３Ｈ），２．６４－２．６１（ｍ，６Ｈ），２．３７（ｓ，３Ｈ），２．１８（ｓ，３Ｈ），１．９９（ｄ，Ｊ＝３２．７ Ｈｚ，６Ｈ），１．６８（ｓ，３Ｈ），１．６８－１．５７（ｍ，３Ｈ），１．５５－１．４５（ｍ，１Ｈ），０．８５（ｄ，Ｊ＝６．７ Ｈｚ，１１Ｈ），０．６９－０．６７（ｍ，７Ｈ）．
化合物１６ｍ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｍを調製した：化合物１５（５０ｍｇ、０．０５７９ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（ピペリジン－１－イル）エタン－１－オール（７５ｍｇ、０．５７９ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２５ｍｇ、０．０２８９ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２５ｍｇ、０．１１５８ｍｍｏｌ、２．０当量）により、５４％（２８．３ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５０Ｈ６１Ｎ３Ｏ１３，９１１．４２；ｆｏｕｎｄ ９１２．４（Ｍ＋Ｈ），９１０．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３８－９．３６（ｍ，１Ｈ），７．８８－７．８６（ｍ，１Ｈ），７．２２（ｄｔ，Ｊ＝１．７，０．８ Ｈｚ，１Ｈ），６．０７－６．０５（ｍ，１Ｈ），５．８３－５．８２（ｍ，１Ｈ），５．２６－５．２２（ｍ，１Ｈ），４．８１－４．７８（ｍ，１Ｈ），４．３１（ｄｄ，Ｊ＝２．５，１．０ Ｈｚ，１Ｈ），４．２３－４．１５（ｍ，１Ｈ），３．５４－３．５０（ｍ，１Ｈ），３．１０－３．０１（ｍ，３Ｈ），２．７９－２．７７（ｍ，１Ｈ），２．６９（ｓ，２Ｈ），２．４４（ｄ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，６Ｈ），２．１７（ｓ，６Ｈ），１．９９（ｄ，Ｊ＝３２．３ Ｈｚ，５Ｈ），１．６８（ｓ，６Ｈ），１．５０（ｓ，３Ｈ），１．３８－１．３７（ｍ，２Ｈ），０．８５（ｄ，Ｊ＝６．７ Ｈｚ，９Ｈ），０．６９－０．６７（ｍ，７Ｈ）．
化合物１６ｎ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｎを調製した：化合物１５（５０ｍｇ、０．０５７９ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（アゼパン－１－イル）エタン－１－ｏｌ（８３ｍｇ、０．５７９ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２５ｍｇ、０．０２８９ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２５ｍｇ、０．１１５８ｍｍｏｌ、２．０当量）により、５３％（２８．４ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５１Ｈ６３Ｎ３Ｏ１３，９２５．４４；ｆｏｕｎｄ ９２６．５（Ｍ＋Ｈ），９２４．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．４２－９．３４（ｍ，１Ｈ），７．８５－７．８４（ｍ，１Ｈ ），７．１６（ｔｄ，Ｊ＝１．８，０．５ Ｈｚ，２Ｈ），６．０７－６．０４（ｍ，１Ｈ），５．８４－５．８２（ｍ，１Ｈ），５．２４（ｓ，１Ｈ），４．８１－４．７７（ｍ，１Ｈ），４．２６－４．２５（ｍ，１Ｈ），４．１９－４．１３（ｍ，２Ｈ），３．５７－３．４８（ｍ，１Ｈ），３．１２－３．１０（ｍ，２Ｈ），３．０２－２．９９（ｍ，４Ｈ），２．８９（ｓ，６Ｈ），２．８９－２．７６（ｍ，３Ｈ），２．６９（ｓ，３Ｈ），２．１５－２．１４（ｍ，３Ｈ），２．０１（ｓ，３Ｈ），１．９５（ｓ，３Ｈ），１．９０（ｓ，３Ｈ），１．６７（ｓ，３Ｈ），１．５８－１．５４（ｍ，６Ｈ），０．８６（ｄ，Ｊ＝６．５ Ｈｚ，８Ｈ），０．７１－０．６７（ｍ，６Ｈ）．
化合物１６ｏ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｏを調製した：化合物１５（３０ｍｇ、０．０３４７ｍｍｏｌ、１．０当量）、Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノプロパン－１－オール（３５ｍｇ、０．３３９ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１５ｍｇ、０．０１７６ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（１５ｍｇ、０．０７０７ｍｍｏｌ、２．０当量）により、５５％（１７ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５９Ｎ３Ｏ１３，８８５．４；ｆｏｕｎｄ ８８６．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ７．８６－８．１０（ｍ，１Ｈ），７．１６（ｓ，１Ｈ），６．９３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．４３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．２２（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），５．０６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．９８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．２４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．１５（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．７５（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．９０－３．１３（ｍ，５Ｈ），２．５８（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．３４（ｂｒ．ｓ．，７Ｈ），２．２６（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．０９－２．１７（ｍ，４Ｈ），２．０５（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．９８（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．８２－１．９５（ｍ，３Ｈ），１．７９（ｓ，３Ｈ），１．７３（ｓ，１Ｈ），０．７７－１．００（ｍ，８Ｈ），０．０３（ｓ，２Ｈ），－０．２５（ｓ，２Ｈ）．
化合物１６ｐ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｐを調製した：化合物１５（３０ｍｇ、０．０３４７ｍｍｏｌ、１．０当量）、Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノブタン－１－オール（４０ｍｇ、０．３４１ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１５ｍｇ、０．０１７６ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（１５ｍｇ、０．０７０７ｍｍｏｌ、２．０当量）により、３５％（１１ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ６１Ｎ３Ｏ１３，８９９．４２；ｆｏｕｎｄ ９００．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ７．９８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．１８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．９３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．２２（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），５．０６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．９９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．９３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．２２（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），４．１２（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．８３－３．９６（ｍ，１Ｈ），３．６３－３．８３（ｍ，２Ｈ），３．０８（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．０１（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，５Ｈ），２．５１（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．３５（ｂｒ．ｓ．，６Ｈ），２．２８（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．０９－２．１７（ｍ，３Ｈ），２．０７（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．９８（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．８１－１．９２（ｍ，３Ｈ），１．６８－１．８１（ｍ，２Ｈ），１．５２－１．６５（ｍ，２Ｈ），１．３６－１．５２（ｍ，３Ｈ），１．３２（ｄ，Ｊ＝１８．５６ Ｈｚ，２Ｈ），０．９５（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），０．８８（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，４Ｈ） ０．０４（ｓ，２Ｈ），－０．２４（ｓ，２Ｈ）．
化合物１６ｑ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｑを調製した：化合物１５（５０ｍｇ、０．０５７９ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（２－アザビシクロ［２．２．１］ヘプタン－２－イル）エタン－１－オール（８２ｍｇ、０．５７９ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２５ｍｇ、０．０２８９ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２５ｍｇ、０．１１５８ｍｍｏｌ、２．０当量）により、５５％（２９ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５１Ｈ６１Ｎ３Ｏ１３，９２３．４２；ｆｏｕｎｄ ９２４．４（Ｍ＋Ｈ），９２２．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３４－９．３２（ｍ，１Ｈ），７．８８－７．８６（ｍ，１Ｈ），７．１８－７．１７（ｍ，２Ｈ），６．０６－６．０３（ｍ，１Ｈ），５．８４－５．８１（ｍ，１Ｈ），５．２５－５．２２（ｍ，１Ｈ），４．８２－４．７８（ｍ，１Ｈ），４．２１－４．１３（ｍ，３Ｈ），３．４６－３．３９（ｍ，１Ｈ），３．１３（ｔ，Ｊ＝２．６ Ｈｚ，３Ｈ），３．０２－３．０１（ｍ，３Ｈ），２．８１－２．７９（ｍ，３Ｈ），２．２９（ｄ，Ｊ＝０．８ Ｈｚ，３Ｈ），２．１８（ｓ，３Ｈ），２．０２（ｓ，３Ｈ），１．９５（ｓ，３Ｈ），１．６８（ｓ，５Ｈ），１．５５－１．５０（ｍ，３Ｈ），１．４０（ｓ，３Ｈ），１．２２（ｄ，Ｊ＝９．２ Ｈｚ，６Ｈ），０．８６（ｄ，Ｊ＝６．８ Ｈｚ，８Ｈ），０．６９－０．６８（ｍ，５Ｈ）．
化合物１６ｒ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｒを調製した：化合物１５（５０ｍｇ、０．０５７９ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（アジリジン－１－イル）エタン－１－オール（５０．４ｍｇ、０．５７９ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２５ｍｇ、０．０２８９ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２５ｍｇ、０．１１５８ｍｍｏｌ、２．０当量）により、１１％（５．６ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５１Ｈ６４Ｎ４Ｏ１４，９５６．４４；ｆｏｕｎｄ ９５７．４（Ｍ＋Ｈ），９５５．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３７－９．３５（ｍ，１Ｈ），７．８７－７．８４（ｍ，１Ｈ），７．２０－７．１８（ｍ，１Ｈ），６．０７－６．０３（ｍ，１Ｈ），５．８３－５．８１（ｍ，１Ｈ），５．２５－５．２１（ｍ，１Ｈ），４．７８（ｄｑ，Ｊ＝２．８，０．９ Ｈｚ，１Ｈ），４．３４－４．３１（ｍ，２Ｈ），４．２３－４．１５（ｍ，１Ｈ），３．４７（ｄ，Ｊ＝５．８ Ｈｚ，５Ｈ），３．０９－３．０８（ｍ，２Ｈ），３．０２（ｄｄｄｄ，Ｊ＝３．６，２．６，２．４，１．３ Ｈｚ，３Ｈ），２．７８－２．７７（ｍ，１Ｈ），２．７１－２．７０（ｍ，２Ｈ），２．６３（ｄ，Ｊ＝１．２ Ｈｚ，２Ｈ），２．４１－２．３４（ｍ，８Ｈ），２．１７－２．１５（ｍ，３Ｈ），２．０１（ｔ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，３Ｈ），１．９４（ｔ，Ｊ＝０．９ Ｈｚ，３Ｈ），１．８９（ｓ，２Ｈ），１．６６（ｄ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，３Ｈ），１．６１－１．５３（ｍ，１Ｈ），１．３８（ｄ，Ｊ＝１５．９ Ｈｚ，２Ｈ），０．８６－０．８４（ｍ，９Ｈ），０．６９－０．６７（ｍ，６Ｈ）．
化合物１６ｓ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｓを調製した：化合物１５（３０ｍｇ、０．０３４７ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（２－（ジメチルアミノ）エトキシ）エタン－１－オール（５０ｍｇ、０．３７５ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１５ｍｇ、０．０１７６ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（１５ｍｇ、０．０７０７ｍｍｏｌ、２．０当量）により、３５％（１１ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ６１Ｎ３Ｏ１４，９１５．４；ｆｏｕｎｄ ９１６．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ８．０１（ｄ，Ｊ＝１５．１ Ｈｚ，１Ｈ），７．２０（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．９６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．４４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．１５－６．３２（ｍ，２Ｈ），５．０７（ｄ，Ｊ＝１６．２ Ｈｚ，１Ｈ），４．３４（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），４．２４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．８６（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），３．７８（ｄ，Ｊ＝１１．７ Ｈｚ，１Ｈ），３．６９（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），３．１８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．０６－３．１５（ｍ，２Ｈ），３．０２（ｄ，Ｊ＝９．７７ Ｈｚ，５Ｈ），２．５１－２．７０（ｍ，２Ｈ），２．３２（ｄ，Ｊ＝１１．７ Ｈｚ，６Ｈ），２．１１（ｓ．，３Ｈ），１．９４－２．０７（ｍ，６Ｈ），１．９０（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．７５－１．８６（ｍ，５Ｈ），１．７３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．６７（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），１．２４－１．４５（ｍ，３Ｈ），０．８９－ ０．９６（ｍ，８Ｈ），０．０６（ｓ，２Ｈ），－０．２０（ｓ，２Ｈ）．
化合物１６ｔ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｔを調製した：化合物１５（３０ｍｇ、０．０３４７ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－ジエチルアミノエタン－１－オール（４５ｍｇ、０．３８３ｍｍｏｌ、１１当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１５ｍｇ、０．０１７６ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（１５ｍｇ、０．０７０７ｍｍｏｌ、２．０当量）により、１４％（４．５ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ６１Ｎ３Ｏ１３，８９９．４；ｆｏｕｎｄ ９００．４（Ｍ＋Ｈ），８９８．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ８．０６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．２６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．０２（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．４４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．２３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），５．１０（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．００（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），４．４８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．３８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．７７（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．４６（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．１５（ｓ，４Ｈ），３．１８（ｓ，３Ｈ），３．０３（ｄ，Ｊ＝９．２８ Ｈｚ，６Ｈ），２．３２（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），２．０９－２．１６（ｍ，４Ｈ），１．９９（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），１．７８（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），１．３８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．３０（ｂｒ．ｓ．，１０Ｈ），０．９６（ｂｒ．ｓ．，８Ｈ），０．１１（ｓ，２Ｈ），－０．２０（ｓ，２Ｈ）．
化合物１６ｕ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｕを調製した：化合物１５（３０ｍｇ、０．０３４７ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－ジイソプロピルアミノエタン－１－オール（４５ｍｇ、０．３８３ｍｍｏｌ、１１当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１５ｍｇ、０．０１７６ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（１５ｍｇ、０．０７０７ｍｍｏｌ、２．０当量）により、３１％（１０ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５１Ｈ６５Ｎ３Ｏ１３，９２７．４５；ｆｏｕｎｄ ９２８．４（Ｍ＋Ｈ），９２６．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ８．０３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．１０－７．２９（ｍ，１Ｈ），６．９４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．２３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．０１－５．０６（ｍ，２Ｈ），４．２３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．１８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．１２（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．９１－３．０６（ｍ，４Ｈ），２．３１（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），２．１１（ｓ，４Ｈ），１．９８（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），１．７８（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），１．６４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．２８－１．４１（ｍ，２Ｈ），１．１８（ｂｒ．ｓ．，１４Ｈ），１．０６（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，１Ｈ），０．９５（ｓ，９Ｈ），０．８１（ｓ，２Ｈ），０．０７－０．１３（ｍ，１Ｈ），０．０４（ｓ，２Ｈ），－０．２３（ｓ，２Ｈ）．
化合物１６ｖ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｖを調製した：化合物１５（４０ｍｇ、０．０４６３ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（メチル（ピリジン－２－イル）アミノ）エタン－１－オール（７５ｍｇ、０．４６３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２０ｍｇ、０．０２１３ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９４ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物１６ｖ（１５．６ｍｇ、３６％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５１Ｈ５８Ｎ４Ｏ１３，９３４．４０；ｆｏｕｎｄ ９３５．３（Ｍ＋Ｈ），９３３．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）：δ８．０９（ｔ，Ｊ＝１．４ Ｈｚ，１Ｈ），８．０２－８．００（ｍ，１Ｈ ），７．５６－７．５３（ｍ，１Ｈ），７．１９－７．１７（ｍ，１Ｈ），７．０７（ｓ，１Ｈ），６．８６－６．８４（ｍ，１Ｈ），６．７０－６．６８（ｍ，２Ｈ），６．６１（ｔｄ，Ｊ＝１．８，０．７ Ｈｚ，２Ｈ），６．４２－６．４１（ｍ，１Ｈ），６．２２－６．２０（ｍ，２Ｈ），５．０４－５．０２（ｍ，１Ｈ），４．５９（ｓ，２Ｈ），４．３９－４．３６（ｍ，１Ｈ），４．３２－４．２９（ｍ，１Ｈ），４．０１（ｓ，２Ｈ），３．７２－３．６８（ｍ，１Ｈ），３．１５（ｓ，７Ｈ），３．００－２．９９（ｍ，４Ｈ），２．３１（ｓ，４Ｈ），２．１１（ｓ，４Ｈ），１．９５（ｄ，Ｊ＝２２．７ Ｈｚ，３Ｈ），１．７７（ｓ，３Ｈ），１．６３－１．６０（ｍ，１Ｈ），１．３０（ｓ，２Ｈ），０．９４（ｄ，Ｊ＝６．６ Ｈｚ，４Ｈ），０．８０－０．７９（ｍ，４Ｈ），－０．０３（ｄｄ，Ｊ＝２．４，０．５ Ｈｚ，２Ｈ），－０．２４（ｄｄ，Ｊ＝２．３，１．１ Ｈｚ，２Ｈ）．
化合物１６ｗ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｗを調製した：化合物１５（４０ｍｇ、０．０４６３ｍｍｏｌ、１．０当量）、（２－（（ジメチルアミノ）メチル）フェニル）メタノール（７６ｍｇ、０．４６３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２０ｍｇ、０．０２１３ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９４ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物１６ｗ（５．６ｍｇ、１８％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５３Ｈ６１Ｎ３Ｏ１３，９４７．４２；ｆｏｕｎｄ ９４８．４（Ｍ＋Ｈ），９４６．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）：δ８．０５－８．０４（ｍ，１Ｈ），７．４６－７．４４（ｍ，１Ｈ），７．３４－７．３３（ｍ，１Ｈ），７．０７－７．０５（ｍ，１Ｈ），６．８０（ｄ，Ｊ＝４．２ Ｈｚ，１Ｈ），６．５３－６．４８（ｍ，１Ｈ），６．２４－６．２２（ｍ，１Ｈ ），５．５１（ｄ，Ｊ＝１２．１ Ｈｚ，１Ｈ），５．４４－５．４２（ｍ，１Ｈ），５．０７－５．００（ｍ，１Ｈ），４．５９（ｓ，１Ｈ），３．８２－３．６９（ｍ，２Ｈ），３．５５（ｄ，Ｊ＝８．６ Ｈｚ，１Ｈ），３．３１－３．１１（ｍ，１２Ｈ），３．０３－３．０１（ｍ，４Ｈ），２．３３（ｓ，３Ｈ），２．２４（ｓ，５Ｈ），２．０９（ｄｄ，Ｊ＝１．９，１．０ Ｈｚ，３Ｈ），１．９９（ｓ，３Ｈ），１．９２（ｓ，１Ｈ），１．７７（ｄ，Ｊ＝０．５ Ｈｚ，４Ｈ），１．６７－１．６１（ｍ，１Ｈ ），１．３０（ｄ，Ｊ＝０．３ Ｈｚ，１Ｈ），０．９６－０．８７（ｍ，５Ｈ），０．１１（ｄ，Ｊ＝２．８ Ｈｚ，１Ｈ），０．０６－０．０４（ｍ，３Ｈ），－０．２０－０．２２（ｍ，２Ｈ）．
化合物１６ｘ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｘを調製した：化合物１５（４０ｍｇ、０．０４６３ｍｍｏｌ、１．０当量）、Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）アセトアミド（４８ｍｇ、０．４６３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２０ｍｇ、０．０２１３ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９４ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物１６ｘ（２０ｍｇ、４１％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ５５Ｎ３Ｏ１４，８８５．３７；ｆｏｕｎｄ ８８６．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ７．９８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．１８（ｓ，２Ｈ），６．９４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．２３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．０１－５．０６（ｍ，２Ｈ），４．１４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．６２（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），２．９４－３．１８（ｍ，５Ｈ），２．３１（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ），２．１１（ｓ，５Ｈ），１．９８（ｂｒ．ｓ．，１０Ｈ），１．７８（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ），１．６４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．２８－１．４１（ｍ，２Ｈ），１．０６（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，１Ｈ），０．９５（ｓ，８Ｈ），０．０７－０．１３（ｍ，１Ｈ），０．０４（ｓ，２Ｈ），－０．２３（ｓ，２Ｈ）．
化合物１６ｙ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｙを調製した：化合物１５（４０ｍｇ、０．０４６３ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（１Ｈ－イミダゾール－１－イル）エタン－１－オール（５２ｍｇ、０．４６３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２０ｍｇ、０．０２１３ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９４ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物１６ｙ（８ｍｇ、８％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５４Ｎ４Ｏ１３，８９４．３７；ｆｏｕｎｄ ８９５．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ７．７５（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．１６－７．２６（ｍ，２Ｈ），６．９８（ｓ，１Ｈ），６．９４（ｓ，１Ｈ），４．５８（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ），４．４４－４．５４（ｍ，３Ｈ），４．３１－４．３５（ｍ，１Ｈ），３．８３－３．９０（ｍ，２Ｈ），３．７２（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．６６（ｓ，１Ｈ），３．５５（ｓ，１Ｈ），３．３３－３．３６（ｍ，１Ｈ），３．００（ｄ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，３Ｈ），２．３０（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．００－２．１１（ｍ，４Ｈ），１．９２－２．００（ｍ，３Ｈ），１．９０（ｓ，２Ｈ），１．７６（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．７０（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，１Ｈ），１．５２－１．６５（ｍ，２Ｈ），１．４９（ｄ，Ｊ＝１５．１４ Ｈｚ，２Ｈ），１．３２－１．４１（ｍ，２Ｈ），１．１１－１．３２（ｍ，３Ｈ），０．８３－１．００（ｍ，６Ｈ），０．０９－０．１０（ｍ，１Ｈ），０．００（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），－０．２３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ）．
化合物１６ｚ：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｚを調製した：化合物１５（４０ｍｇ、０．０４６３ｍｍｏｌ、１．０当量）、Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）－Ｎ－メチルアセトアミド（５４ｍｇ、０．４６３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２０ｍｇ、０．０２１３ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９４ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物１６ｚ（６．５ｍｇ、１６％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５７Ｎ３Ｏ１４，８９９．３８；ｆｏｕｎｄ ９００．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ８．０３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．２０（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），６．４２（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．２２（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．０６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．９９（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），４．５８（ｓ，３Ｈ），４．３８（ｄ，Ｊ＝３．９１ Ｈｚ，１Ｈ），４．３１（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），４．２３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．８６（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．８０（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．７４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．１９（ｓ，３Ｈ），２．９６－３．０６（ｍ，５Ｈ），２．３１（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．２０（ｓ，２Ｈ），２．１１（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，３Ｈ），２．０４（ｓ，１Ｈ），１．９７（ｂｒ．ｓ．，６Ｈ），１．９３（ｓ，２Ｈ），１．７６（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．６５（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），１．２９（ｓ，１Ｈ），０．９４（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），０．１０（ｄ，Ｊ＝２．９３ Ｈｚ，１Ｈ），０．０３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），－０．２３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ）．
化合物１６ｚ－１：１６ｂについて記載される基本手順を使用して１６ｚ－１を調製した：化合物１５（４０ｍｇ、０．０４６３ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（アゼチジン－１－イル）エタン－１－オール（４７ｍｇ、０．４６３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２０ｍｇ、０．０２１３ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９４ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物１６ｚ－１（８．７ｍｇ、２１％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５７Ｎ３Ｏ１３，８８３．３９；ｆｏｕｎｄ ８８４．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ７．１９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．５８（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），４．１９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．８３－３．８９（ｍ，１Ｈ），３．７３－３．８２（ｍ，１Ｈ），３．５２（ｓ，１Ｈ），３．４６（ｂｒ．ｓ．，６Ｈ），３．００（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．３０（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），２．１３－２．２２（ｍ，３Ｈ），２．１０（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．９７（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．９２（ｓ，８Ｈ），１．７６（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），１．５６－１．６９（ｍ，２Ｈ），１．４３（ｓ，２Ｈ），１．４６（ｓ，２Ｈ），１．３１－１．３９（ｍ，２Ｈ），１．２９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．２４（ｄ，Ｊ＝１４．１７ Ｈｚ，１Ｈ），１．１５（ｄ，Ｊ＝５．８６ Ｈｚ，１Ｈ），０．９５（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），０．１０（ｄ，Ｊ＝２．４４ Ｈｚ，２Ｈ），０．０３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），－０．２３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ）．
実施例４：還元的アミノ化
リファマイシンアナログ（１７）を、以下のスキーム８に示されるように、還元的アミノ化を使用して化合物１４から合成した。
室温の１．０ｍＬの無水ＤＣＭ中の化合物１４（９ｍｇ、０．０１０２ｍｍｏｌ）およびパラホルムアルデヒド（１．５２ｍｇ、０．０５１ｍｍｏｌ）の溶液に、ＮａＢＨ（ＯＡｃ）３（４．３ｍｍｏｌ、０．０２０４ｍｍｏｌ）を添加した。混合物を１時間撹拌した。反応の進行をＬＣ／ＭＳによりモニタリングし、所望の生成物を得た。粗製の反応混合物を、２～３滴の水を添加することによってクエンチした。全ての揮発性物質を減圧下で除去し、その後、ＤＭＳＯ（０．５ｍＬ）で希釈した。粗製の混合物を分取ＨＰＬＣ（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、０．０５％のＡｃＯＨ）によって精製し、純粋な画分と組み合わせて、凍結乾燥させることで、赤みがかった固形物として６ｍｇ（６６％）の１７を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ５９Ｎ３Ｏ１３，８９７．４０；ｆｏｕｎｄ ８９８．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．８６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．１７－７．２５（ｍ，４Ｈ），６．０４（ｄ，Ｊ＝６．３５ Ｈｚ，１Ｈ），５．８１（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），４．７９（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），４．７０（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），４．１５（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．５３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．３０（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ），３．０９（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），３．０３（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），２．８７（ｓ，１Ｈ），２．７８（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．５８－２．６６（ｍ，６Ｈ），２．５４（ｂｒ．ｓ．，８Ｈ），２．３７（ｄ，Ｊ＝１．４７ Ｈｚ，２Ｈ），２．１５－２．２７（ｍ，２０Ｈ），２．１２（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．０３－２．０９（ｍ，３Ｈ），２．００（ｓ，９Ｈ），１．９５（ｂｒ．ｓ．，１０Ｈ），１．９１（ｓ，３Ｈ），１．７２（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．６７（ｂｒ．ｓ．，８Ｈ），１．５８（ｓ，１Ｈ），１．５０（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．２４（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），０．８１－０．９４（ｍ，１５Ｈ），０．７８（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，３Ｈ），０．６９（ｂｒ．ｓ．，９Ｈ）．
実施例５：リファマイシアナログ２９
化合物２９の調製物を、スキーム９に示されるように、および以下に記載されるように調製した。
化合物２６の合成。３５０ｍＬの無水ＤＣＭ中の２，６－ジメトキシアニリン（９．０ｇ、５８．７ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌溶液に、４℃の５０ｍＬの無水ＤＣＭ中のＢｒ２溶液を３０分かけて滴下した。追加の２００ｍＬをスラリーに添加し、半均質溶液を得た。反応混合物を室温で一晩撹拌した。暗褐色の混合物を４℃に冷却し、１．０ＭのＮａＯＨ溶液（ｃａ．１００ｍＬ）の追加によりｐＨ＝１０～１１に塩基化した。混合物を２００ｍＬのＤＣＭで希釈し、層を分離した。水層をＤＣＭ（合計２００ｍＬ）で抽出した。組み合わせたＤＣＭ層を、水、ブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させた。真空中で濃縮した後、わずかに赤みがかった固形物として粗製生成物を得た。残渣をＤＣＭ（８ｍＬ）に溶解し、２２０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラム上にロードし、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の５～９５％のＥＡ）により精製し、純粋な画分を組み合わせ、溶媒を真空中で蒸発させた。固形物をＤＣＭおよびヘキサンを用いて粉状にし、濾過した。オフホワイト固形物を真空中で乾燥させて、オフホワイト固形物（９．４ｇ、７０％）として表題化合物２６を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ８Ｈ１０ＢｒＮＯ２，２３０．９９；ｆｏｕｎｄ ２３１．９ ａｎｄ ２３４．０（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）δ６．６６（ｓ，２Ｈ），３．８４（ｓ，６Ｈ）．
化合物２７の合成。化合物２６（２．２ｇ、９．４７ｍｍｏｌ、１．０当量）を１０ｍＬの無水ＤＣＭおよびＢＢｒ３溶液に溶解し、４℃で１０分かけて滴下した（１０ｍＬ、ＤＣＭ中の１．０Ｍの溶液）。反応は発熱性であり、沈殿物を生成した。追加の量のＢＢｒ３（９ｍＬ、９４．７ｍｍｏｌ、１０当量）を添加し、反応混合物を室温で一晩撹拌した。赤みがかった懸濁液をＬＣ／ＭＳによってチェックし、所望の生成物を確認した。反応混合物を２５０ｍＬのフラスコに移し、４℃に冷却した。混合物を水で慎重にクエンチし、その後、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液で処理することでｐＨ＝７～８にした。混合物をＤＣＭで抽出し、水層を４℃に冷却することで、暗褐色の沈殿物を得た。混合物を濾過し、褐色固形物を１０ｍＬのメタノールに溶解し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させることで、所望の生成物２７（１．９ｇ、１００％）を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ６Ｈ６ＢｒＮＯ２，２０２．９６；ｆｏｕｎｄ ２０４．０ ａｎｄ ２０６．１（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）δ６．４５（ｓ，２Ｈ），４．８７（ｓ，２Ｈ）．
化合物２８の合成。室温のトルエン（２０ｍＬ）およびＴＨＦ（２０ｍＬ）の混合物中の化合物２７（０．１４６ｇ、０．７２ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に、リファマイシンＳ（０．５ｇ、０．７２ｍｍｏｌ）を添加した。溶液を室温で３日間撹拌することで、所望の生成物を得た。溶媒を真空中で除去し、暗色の残渣を１０ｍＬのエタノールに溶解し、その後、１００ｍｇの二酸化マンガン（ＭｎＯ２）に溶解した。小塊の混合物を室温で５時間撹拌した。セライトパッドを使用して不溶性物質を濾過した後、濾液を真空中で蒸発させた。暗色の残渣を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の５～９５％のＥＡ）を介して１２０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製した。純粋な画分を組み合わせ、真空中で蒸発させて、濃い赤みがかった固形物（２７０ｍｇ、４３％）として表題化合物２８を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４３Ｈ４７ＢｒＮ２Ｏ１３，８７８．２３；ｆｏｕｎｄ ８７９．２ ａｎｄ ８８０．２（Ｍ＋Ｈ），８７８．１ ａｎｄ ８７９．１（Ｍ－１）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ１０．２２（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），９．５２（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．４３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．３５（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．０４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．８３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），５．２１（ｄ，Ｊ＝６．３５ Ｈｚ，２Ｈ），４．８９（ｔ，Ｊ＝１０．５０ Ｈｚ，１Ｈ），４．１６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．５１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．１５（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．０２（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），２．８０（ｔ，Ｊ＝８．５５ Ｈｚ，１Ｈ），２．２１（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．０８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．９６（ｓ，４Ｈ），１．９９（ｓ，４Ｈ），１．７８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．７１（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．６０（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．４７（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），０．８４（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，６Ｈ），０．６９（ｂｒ．ｓ．，６Ｈ）．
化合物２９の合成。撹拌棒を備えた８ｍＬのスクリュートップオーブン乾燥バイアルに、化合物１５（６０ｍｇ、０．０６９ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（ジメチルアミノ）エタン－１－オール（６１ｍｇ、０．６９ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（３１ｍｇ、０．０３４５ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（３０ｍｇ、０．１４１ｍｍｏｌ、２．０当量）を充填した。反応バイアルをゴム隔膜で覆った。付属の針で上記隔膜に穴を開けて排気してアルゴンを再充填し（このプロセスを２回繰り返した）、その後、１，４－ジオキサン（１．５ｍＬ）を添加した。反応物をアルゴン圧力下で中で６０℃で１５時間加熱し、反応物を室温に冷ましてから、Ｃｅｌｉｔｅ（登録商標）のパッドに通して濾過し、ＭｅＯＨですすいだ。粗製材料を真空中で濃縮し、５０ｇのＣ１８ Ａｑ カラム（勾配溶離：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸）で精製した。生成物の画分を組み合わせ、凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（２１ｍｇ、３５％）として表題化合物２９を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ５７Ｎ３Ｏ１４，８８７．３８；ｆｏｕｎｄ ８８８．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ１０．１２（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），９．３９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．７５（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．７０（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．０３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．７７（ｄ，Ｊ＝１５．１４ Ｈｚ，１Ｈ），５．２１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．８３－４．９０（ｍ，１Ｈ），４．１５－４．３０（ｍ，２Ｈ），４．０８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．５３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．２９（ｓ，１Ｈ），３．１６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．０３（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．８７（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．７９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．６２－２．７１（ｍ，２Ｈ），２．３６（ｓ，１Ｈ），２．２３（ｓ，６Ｈ），２．１９（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．９３－２．１１（ｍ，７Ｈ），１．９１（ｓ，１Ｈ），１．７６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．６９（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．５３－１．６５（ｍ，１Ｈ），１．５０（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．３２－１．４５（ｍ，１Ｈ），０．７６－０．９４（ｍ，６Ｈ），０．６８（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ）．
化合物２９ａ：２９について記載される基本手順を使用して２９ａを調製した：化合物２８（５０ｍｇ、０．０５６８ｍｍｏｌ、１．００当量）、（１－メチルピロリジン－３－イル）メタノール（６５ｍｇ、０．５６８ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２４ｍｇ、０．０２８４ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２４ｍｇ、０．１１５ｍｍｏｌ、２．０当量）により、１９％（９．８ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ５９Ｎ３Ｏ１４，９１３．４０；ｆｏｕｎｄ ９１４．４（Ｍ＋Ｈ），９１２．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３８－９．３４（ｍ，１Ｈ），６．７４－６．６４（ｍ，１Ｈ），６．２６（ｓ，１Ｈ），６．０２－６．００（ｍ，１Ｈ），５．８０－５．７８（ｍ，１Ｈ），５．２３－５．１９（ｍ，１Ｈ），４．８７－４．８２（ｍ，１Ｈ），４．０６－４．０３（ｍ，２Ｈ），３．５５－３．５１（ｍ，１Ｈ），３．１７－３．１５（ｍ，１Ｈ），３．０３（ｄｄ，Ｊ＝３．２，１．１ Ｈｚ，２Ｈ），２．８７（ｓ，３Ｈ），２．７８（ｔｄｄ，Ｊ＝２．８，１．５，０．６ Ｈｚ，３Ｈ），２．６４－２．５８（ｍ，１Ｈ），２．３７（ｓ，１Ｈ），２．３０（ｓ，６Ｈ），２．１８（ｓ，６Ｈ），１．９７（ｄ，Ｊ＝１６．７ Ｈｚ，５Ｈ），１．６９（ｔ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，３Ｈ），１．５３－１．５１（ｍ，２Ｈ），０．８５（ｄｔ，Ｊ＝２．６，１．３ Ｈｚ，１１Ｈ），０．６９－０．６７（ｍ，４Ｈ）．
化合物２９ｂ。２９について記載される基本手順を使用して２９ｂを調製した：化合物２８（６０ｍｇ、０．０６８ｍｍｏｌ、１．００当量）、（１－メチルピペリジン－４－イル）メタノール（８８ｍｇ、０．６８３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２９ｍｇ、０．０３４ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２９ｍｇ、０．１３６ｍｍｏｌ、２．０当量）により、９．５％（６．０ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５０Ｈ６１Ｎ３Ｏ１４，９２７．４２；ｆｏｕｎｄ ９２８．４（Ｍ＋Ｈ），９２６．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ８．８４（ｄｄ，Ｊ＝１．５，０．９ Ｈｚ，１Ｈ），７．１３（ｄｄ，Ｊ＝１．７，０．９ Ｈｚ，１Ｈ），６．９２－６．８８（ｍ，１Ｈ），６．２９－６．２６（ｍ，１Ｈ），６．２１－６．１８（ｍ，１Ｈ），５．６７（ｔ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，１Ｈ），５．００－４．９９（ｍ，１Ｈ），４．７５－４．７３（ｍ，１Ｈ），３．９２－３．９０（ｍ，１Ｈ），３．８１－３．７９（ｍ，４Ｈ），２．８５（ｄ，Ｊ＝２．５ Ｈｚ，２Ｈ），２．７５－２．７２（ｍ，１Ｈ），２．６３（ｓ，２Ｈ），２．３６（ｓ，３Ｈ），２．１２（ｔ，Ｊ＝５．７ Ｈｚ，６Ｈ），１．９３（ｄ，Ｊ＝９．７ Ｈｚ，４Ｈ），１．８１（ｄｄｄ，Ｊ＝３．６，３．０，１．４ Ｈｚ，２Ｈ），１．７２（ｓ，６Ｈ），１．６６（ｓ，６Ｈ），１．３７－１．３４（ｍ，５Ｈ），０．８８－０．８５（ｍ，７Ｈ），０．６９－０．６４（ｍ，４Ｈ）．
化合物２９ｃ。２９について記載される基本手順を使用して２９ｃを調製した：化合物２８（６０ｍｇ、０．０６８ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（ピロリジン －１－イル）エタン－１－オール（８８ｍｇ、０．６８２ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２９ｍｇ、０．０３４ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２９ｍｇ、０．１３６ｍｍｏｌ、２．０当量）により、２６％（１６．２ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ５９Ｎ３Ｏ１４，９１３．４０；ｆｏｕｎｄ ９１４．４（Ｍ＋Ｈ），９１２．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．４０－９．３９（ｍ，１Ｈ），６．７７－６．７６（ｍ，１Ｈ），６．６７－６．６５（ｍ，１Ｈ），６．０２－６．００（ｍ，１Ｈ），５．７８－５．７６（ｍ，１Ｈ），５．２１－５．１９（ｍ，１Ｈ），４．８６（ｔ，Ｊ＝１０．６ Ｈｚ，１Ｈ），４．２７－４．２０（ｍ，２Ｈ），４．０８－４．０６（ｍ，１Ｈ），３．５４－３．５０（ｍ，１Ｈ），３．１７－３．１４（ｍ，１Ｈ），３．０３（ｄ，Ｊ＝０．８ Ｈｚ，３Ｈ），２．８６（ｄ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，３Ｈ），２．７９－２．７７（ｍ，１Ｈ），２．６４－２．５７（ｍ，４Ｈ），２．１８（ｓ，８Ｈ），１．９７（ｄ，Ｊ＝１８．７ Ｈｚ，７Ｈ），１．７０（ｓ，７Ｈ），１．６０－１．５６（ｍ，１Ｈ），１．５１－１．４６（ｍ，１Ｈ），０．８４（ｄ，Ｊ＝５．８ Ｈｚ，７Ｈ），０．６７（ｄｔ，Ｊ＝１．５，０．７ Ｈｚ，５Ｈ）．
化合物２９ｄ。２９について記載される基本手順を使用して２９ｄを調製した：化合物２８（６０ｍｇ、０．０６８ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（２－アザビシクロ［２．２．１］ヘプタン－２－イル）エタン－１－オール（９６ｍｇ、０．６８２ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２９ｍｇ、０．０３４ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２９ｍｇ、０．１３６ｍｍｏｌ、２．０当量）により、３７％（２３．７ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５１Ｈ６１Ｎ３Ｏ１４，９３９．４２；ｆｏｕｎｄ ９４０．５（Ｍ＋Ｈ），９３８．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３７－９．３５（ｍ，１Ｈ），６．７２－６．６５（ｍ，１Ｈ），６．０４－６．００（ｍ，１Ｈ），５．７９（ｔｄｄ，Ｊ＝３．６，１．８，１．１ Ｈｚ，１Ｈ），５．２２－５．１９（ｍ，１Ｈ），４．８６－４．８２（ｍ，１Ｈ），４．１９－４．１６（ｍ，２Ｈ），４．０７－４．０５（ｍ，２Ｈ），３．５４－３．５２（ｍ，１Ｈ），３．１７－３．１４（ｍ，１Ｈ），３．０７－３．０２（ｍ，２Ｈ），２．８６－２．８０（ｍ，３Ｈ），２．８０－２．７７（ｍ，１Ｈ），２．３２（ｄ，Ｊ＝１．２ Ｈｚ，３Ｈ），２．１８（ｓ，７Ｈ），１．９８－１．９１（ｍ，８Ｈ），１．６９（ｄ，Ｊ＝０．５ Ｈｚ，３Ｈ），１．５８（ｄｄｄ，Ｊ＝５．０，２．０，０．９ Ｈｚ，１Ｈ），１．５２－１．４３（ｍ，２Ｈ），１．４２－１．４０（ｍ，２Ｈ），１．２７－１．２４（ｍ，２Ｈ），０．８５（ｄｔ，Ｊ＝２．２，１．１ Ｈｚ，９Ｈ），０．６８－０．６７（ｍ，５Ｈ）．
化合物２９ｅ。２９について記載される基本手順を使用して２９ｅを調製した：化合物２８（６０ｍｇ、０．０６８ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（４－メチルピペラジン－１－イル）エタン－１－オール（１００ｍｇ、０．６９３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（３０ｍｇ、０．０３５１ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（３０ｍｇ、０．１４１ｍｍｏｌ、２．０当量）により、１５％（９．８ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５０Ｈ６２Ｎ４Ｏ１４，９４２．４３；ｆｏｕｎｄ ９４３．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ６．５３－６．６３（ｍ，２Ｈ），６．２４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．９９－５．１１（ｍ，２Ｈ），４．２７－４．４０（ｍ，２Ｈ），３．６７（ｓ，１Ｈ），３．０１（ｄ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，４Ｈ），２．８９（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．５６－２．６８（ｍ，６Ｈ），２．４６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．３２（ｓ，８Ｈ），２．１２（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．０６（ｓ，１Ｈ），１．９２－２．０４（ｍ，３Ｈ），１．８３（ｓ，３Ｈ），１．６５（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，２Ｈ），１．５６（ｓ，１Ｈ），１．３１（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．０３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），０．９５（ｓ，８Ｈ），０．８１（ｓ，４Ｈ），０．０１（ｓ，２Ｈ），－０．２８（ｓ，２Ｈ）．
化合物２９ｆ：２９について記載される基本手順を使用して２９ｆを調製した：化合物２８（６０ｍｇ、０．０６８ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－（２－（ジメチルアミノ）エトキシ）エタン－１－オール（１００ｍｇ、０．６９３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（３０ｍｇ、０．０３５１ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（３０ｍｇ、０．１４１ｍｍｏｌ、２．０当量）により、１１％（７．１ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ６１Ｎ３Ｏ１５，９３１．４１；ｆｏｕｎｄ ９３２．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ３ＯＤ）δ６．４９－６．５９（ｍ，２Ｈ），６．２１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．９５－５．０７（ｍ，２Ｈ），４．２４－４．４０（ｍ，２Ｈ），３．８７（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），３．７２（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），３．００（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，５Ｈ），２．６７（ｄ，Ｊ＝４．８８ Ｈｚ，３Ｈ），２．３６（ｓ，１０Ｈ），２．３０（ｓ，５Ｈ），２．１１（ｓ，５Ｈ），１．９９（ｓ，５Ｈ），１．８２（ｓ，４Ｈ），１．３０（ｓ，２Ｈ），０．９３（ｓ，６Ｈ），０．００（ｓ，２Ｈ），－０．３０（ｓ，２Ｈ）．
化合物２９ｇ：２９について記載される基本手順を使用して２９ｇを調製した：化合物２８（５０ｍｇ、０．０５６８ｍｍｏｌ、１．００当量）、２－モルホリノエタン－１－オール（７５ｍｇ、０．５６８ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２４ｍｇ、０．０２８ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２４ｍｇ、０．１１５ｍｍｏｌ、２．０当量）により、１２％（５．８ｍｇ）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ５９Ｎ３Ｏ１５，９２９．３９；ｆｏｕｎｄ ９３０．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ１０．１４－１０．１１（ｍ，１Ｈ），９．３８－９．３１（ｍ，１Ｈ），６．７６－６．５９（ｍ，１Ｈ），６．３４－６．２０（ｍ，１Ｈ），６．０４－６．０１（ｍ，１Ｈ），５．７９－５．７６（ｍ，２Ｈ），５．２１（ｔｄ，Ｊ＝２．０，１．１ Ｈｚ，１Ｈ），４．８３（ｔ，Ｊ＝０．８ Ｈｚ，１Ｈ），４．２７－４．２２（ｍ，１Ｈ），４．０６－４．０５（ｍ，１Ｈ），３．５７（ｓ，６Ｈ），３．１５（ｄ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，３Ｈ ），３．０３（ｄ，Ｊ＝１．５ Ｈｚ，４Ｈ），２．８６（ｓ，１Ｈ），２．７１（ｄｔ，Ｊ＝２．０，１．５ Ｈｚ，４Ｈ），２．１７（ｓ，３Ｈ），１．９７（ｄ，Ｊ＝１５．３ Ｈｚ，６Ｈ），１．６９（ｓ，３Ｈ），１．６０－１．５９（ｍ，３Ｈ），１．５０－１．４４（ｍ，３Ｈ），１．３７（ｓ，１Ｈ），１．２４（ｄ，Ｊ＝１．０ Ｈｚ，２Ｈ），１．１５－１．１４（ｍ，１Ｈ），０．８５（ｔｄ，Ｊ＝１．９，０．８ Ｈｚ，６Ｈ），０．６７（ｄｔｄ，Ｊ＝４．１，２．１，０．９ Ｈｚ，４Ｈ）．
化合物２９ｈ：２９について記載される基本手順を使用して２９ｈを調製した：化合物２８（４０ｍｇ、０．０４５４ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（メチル（ピリジン－２－イル）アミノ）エタン－１－オール（６９ｍｇ、０．４５４ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２０ｍｇ、０．０２２３ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９２１ｍｍｏｌ、２．０当量）により、２９ｈ（５．６ｍｇ、１３％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５１Ｈ５８Ｎ４Ｏ１４，９５０．３９；ｆｏｕｎｄ ９５１．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ，ＣＤ３ＯＤ）：δ８．０７（ｄ，Ｊ＝３．９１ Ｈｚ，１Ｈ），７．５３（ｔ，Ｊ＝７．０８ Ｈｚ，１Ｈ），６．６９（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，１Ｈ），６．５９－６．６６（ｍ，２Ｈ），６．４４（ｄ，Ｊ＝１．９５ Ｈｚ，１Ｈ），６．２２（ｄ，Ｊ＝１０．２６ Ｈｚ，１Ｈ），５．９５（ｄ，Ｊ＝１．９５ Ｈｚ，１Ｈ），５．７４（ｄ，Ｊ＝１１．７２ Ｈｚ，１Ｈ），５．１３－５．１８（ｍ，２Ｈ），４．５８（ｓ，５Ｈ），４．３０（ｄ，Ｊ＝６．３５ Ｈｚ，２Ｈ），４．２２（ｄｄ，Ｊ＝２．９３，５．８６ Ｈｚ，１Ｈ），４．００（ｔ，Ｊ＝５．６２ Ｈｚ，２Ｈ），３．８６（ｄ，Ｊ＝１０．２６ Ｈｚ，１Ｈ），３．３５（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．１３（ｓ，２Ｈ），２．９５－３．０３（ｍ，３Ｈ），２．１１－２．１７（ｍ，２Ｈ），２．０３－２．１１（ｍ，４Ｈ），１．９２－２．００（ｍ，８Ｈ），１．７１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．４２（ｄ，Ｊ＝２．９３ Ｈｚ，１Ｈ），１．３５（ｄ，Ｊ＝６．３５ Ｈｚ，２Ｈ），１．２２－１．３２（ｍ，５Ｈ），０．８５－１．００（ｍ，３Ｈ），０．３３（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，２Ｈ），０．０９－０．１０（ｍ，１Ｈ），－０．３３（ｄ，Ｊ＝７．３３ Ｈｚ，２Ｈ）．
化合物２９ｉ：２９について記載される基本手順を使用して２９ｉを調製した：化合物２８（４０ｍｇ、０．０４５４ｍｍｏｌ、１．０当量）、２Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）アセトアミド（４７ｍｇ、０．４５４ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２０ｍｇ、０．０２２７ｍｍｏｌ、０．５当量）およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９３９ｍｍｏｌ、２．０当量）により、２９ｉ（１２．２ｍｇ、３１％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ５５Ｎ３Ｏ１５，９０１．３６；ｆｏｕｎｄ ９０２．３（Ｍ＋Ｈ），９００．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）： ６．６５－６．８４（ｍ，１Ｈ），６．４３－６．６４（ｍ，３Ｈ），６．３１－６．４３（ｍ，１Ｈ），６．０７－６．２８（ｍ，２Ｈ），４．９２－５．１０（ｍ，２Ｈ），４．０８－４．２４（ｍ，４Ｈ），３．６２（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ），２．９１－３．０９（ｍ，４Ｈ），２．２９（ｓ，５Ｈ），２．１１（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ），２．０４（ｓ，２Ｈ），１．９０－２．０２（ｍ，７Ｈ），１．８２（ｓ，５Ｈ），０．９１（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ），０．１０（ｓ，３Ｈ），－０．３４（ｓ，２Ｈ）．
化合物２９ｊ：２９について記載される基本手順を使用して２９ｊを調製した：化合物２８（４０ｍｇ、０．０４５４ｍｍｏｌ、１．０当量）、Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）－Ｎ－メチルアセトアミド（５３ｍｇ、０．４５４ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２０ｍｇ、０．０２２７ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９３９ｍｍｏｌ、２．０当量）により、２９ｊ（７ｍｇ、１７％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５７Ｎ３Ｏ１５，９１５．３８；ｆｏｕｎｄ ９１６．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ６．４５－６．６８（ｍ，２Ｈ），６．３０－６．４５（ｍ，１Ｈ），６．１１－６．３０（ｍ，１Ｈ），５．０９－５．３４（ｍ，１Ｈ），４．９５－５．０９（ｍ，５Ｈ），４．５８（ｓ，３Ｈ），４．１８－４．４０（ｍ，２Ｈ），３．７３－３．９０（ｍ，２Ｈ），３．１４－３．２３（ｍ，２Ｈ），２．９９（ｄ，Ｊ＝９．２８ Ｈｚ，６Ｈ），２．３１（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ），２．１０（ｓ，５Ｈ），２．１３（ｓ，２Ｈ），２．０４（ｓ，１Ｈ），１．９８（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．９３（ｓ，１Ｈ），１．８１（ｓ，６Ｈ），０．７９－１．０２（ｍ，６Ｈ），－０．１０－０．０４（ｍ，２Ｈ），－０．２１－０．４１（ｍ，２Ｈ）．
化合物２９ｋ：２９ｋは、化合物２８から始まるすべてのＣ－Ｏクロスカップリング反応の副産物であった。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４３Ｈ４８Ｎ２Ｏ１４，８１６．３；ｆｏｕｎｄ ８１７．３（Ｍ＋Ｈ），８３９．３（Ｍ＋Ｎａ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ１０．０９（ｓ，１Ｈ），９．３１（ｓ，１Ｈ），６．４４（ｓ，２Ｈ），６．００（ｓ，１Ｈ），５．７７（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），５．２０（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．８１－４．８８（ｍ，２Ｈ），４．０５（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．４８－３．５４（ｍ，１Ｈ），３．１６（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．０２（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．９７（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．７７（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．５１－２．５４（ｍ，１Ｈ），２．１２－２．２１（ｍ，４Ｈ），２．００（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．９２－１．９８（ｍ，５Ｈ），１．９０（ｓ，１Ｈ），１．７４（ｓ，３Ｈ），１．６１－１．７１（ｍ，６Ｈ），１．４３－１．６１（ｍ，３Ｈ），１．２２－１．２４（ｍ，１Ｈ），０．８３（ｄ，Ｊ＝６．３５ Ｈｚ，２Ｈ），０．６６（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），０．０６（ｄ，Ｊ＝０．９８ Ｈｚ，１Ｈ）．
実施例６：化合物３５の調製
リファマイシンアナログ３５を、以下のスキーム１０に示されるように、および以下に記載されるように、リファマイシンＳから合成した。
化合物３１の合成。１，４－ジオキサン／水（ｖ／ｖ、１０：１、１１ｍＬ）中のアルゴン下の化合物３０（２００ｍｇ、１．９２０ｍｍｏｌ）の溶液に、Ｆｍｏｃ－ＯＳｕ（１３６０ｍｇ、４．０３２ｍｍｏｌ）を添加した。５時間撹拌した後、ＬＣ／ＭＳ分析により、反応が完了していることが示された。反応混合物を飽和ＮａＨＣＯ３（５ｍＬ）で処理し、ＥｔＯＡｃ（３×１５ｍＬ）で抽出した。その後、組み合わせた有機層をブライン（１０ｍＬ）で処理し、乾燥させ（Ｎａ２ＳＯ４）、真空中で濃縮することで、白色発泡体（８００ｍｇ、７６％）として粗製化合物３１を得て、これをさらに精製することなく次の工程で直ちに使用した。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ３４Ｈ３２Ｎ２Ｏ５，５４８．２；ｆｏｕｎｄ ５４９．２（Ｍ＋Ｈ）．
化合物３２の合成。室温のＴＨＦ（２ｍＬ）中の化合物８（１６０ｍｇ、０．６５２ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、アルコール３１（４３２ｍｇ、０．７８８ｍｍｏｌ）およびＰＰｈ３（３０８ｍｇ、１．１７４ｍｍｏｌ）を添加した。その後、ＴＨＦ（１ｍＬ）中のＤＢＡＤ（２７０ｍｇ、１．１７４ｍｍｏｌ）の溶液を、反応混合物に滴下した。１５時間撹拌した後、混合物を蒸発乾固させ、残渣をＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の０→１００％の酢酸エチル）を介して４０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、黄色がかった白色固形物（２８６ｍｇ、５６％）として表題化合物３２を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ４１Ｎ３Ｏ８，７７５．３；ｆｏｕｎｄ ７７６．３（Ｍ＋Ｈ），７９８．２（Ｍ＋Ｎａ）．
化合物３３の合成。化合物３２（２２０ｍｇ、０．２８４ｍｍｏｌ）を５ｍＬのメタノール／ＥｔＯＡｃ（２：３）にアルゴン下で撹拌し、アルゴンで脱気した溶液に、３１ｍｇの１０％のＰｄ／Ｃを添加した。混合物をアルゴンでさらに脱気し、水素バルーンに接続した。２時間後、インプロセスのアリコートからのＬＣ／ＭＳによる分析により、反応が完了していることが示された。混合物をセライトに通して濾過し、濃縮することで、黄色がかった油として１５０ｍｇの化合物３３（ＬＣ／ＭＳにより８５％純粋）を得て、これをさらに精製することなく次の工程で直ちに使用した。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４０Ｈ３７Ｎ３Ｏ６，６５５．３；ｆｏｕｎｄ ６５６．３（Ｍ＋Ｈ）．
化合物３４の合成。ヒドロキシアニリン３３（１５０ｍｇ、０．１９４ｍｍｏｌ、８５％純粋）を含む丸底フラスコに、トルエン（２ｍＬ）およびリファマイシンＳ（１２９ｍｇ、０．１８５ｍｍｏｌ）を添加した。反応混合物を１分間超音波処理し、反応混合物を溶解し、ゴム隔膜を介して密閉し、アルゴンでパージし、および反応物を周囲温度で撹拌した。１日後、トルエン（２ｍＬ）中のヒドロキシアニリン３３の他の部分（４５ｍｇ、０．０５９ｍｍｏｌ、８６％純粋、上に記載されるのと同じ手順を使用して合成した）を添加し、５日間撹拌した。反応物を真空中で濃縮してトルエンを除去し、ＥｔＯＨ（４ｍＬ）に溶解し、ＭｎＯ２（２０ｍｇ）を添加した。４日間撹拌した後、反応物を真空中で濃縮し、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の０～１００％の酢酸エチル）を介して４０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムのクロマトグラフィーによって精製した。純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（６５ｍｇ、２６％）として表題化合物３４を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ７７Ｈ７８Ｎ４Ｏ１７，１３３０．５；ｆｏｕｎｄ，１３５３．５（Ｍ＋Ｎａ）．
化合物３５の合成。ＴＨＦ（１ｍＬ）中のアルゴン下の化合物３４（２８ｍｇ、０．０２１ｍｍｏｌ）の撹拌溶液を、ＴＢＡＦ（１３ｍｇ、０．０５ｍＬ、０．０５０ｍｍｏｌ、１Ｍ中のＴＨＦ）の溶液で処理し、反応物を周囲温度で撹拌した。２時間後、反応物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：水中の０～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸、３０分かけて）を介して５０ｇのＣ１８ ＲｅｄｉＳｅｐ Ｇｏｌｄカラムで直接精製した。生成物を含有する画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、一晩凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（９ｍｇ、４８％）として表題化合物３５を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ５８Ｎ４Ｏ１３，８８６．４；ｆｏｕｎｄ ８８７．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ７．８６－７．７４（ｍ，１Ｈ），７．１８－７．０８（ｍ，１Ｈ），６．９８－６．８４（ｍ，１Ｈ），６．７８－６．６８（ｍ，１Ｈ），６．５３－６．４０（ｍ，１Ｈ），６．２３－６．１５（ｍ，１Ｈ），６．２３－６．１５（ｍ，１Ｈ），６．００－５．７９（ｍ，１Ｈ），６．００－５．７９（ｍ，１Ｈ），５．３０－４．９５（ｍ，２Ｈ），３．８１－３．６５（ｍ，６Ｈ），３．３５（ｓ，３Ｈ），３．０９－２．９３（ｍ，７Ｈ），２．２５－２．２０（ｍ，２Ｈ），２．１７－２．０３（ｍ，４Ｈ），２．００－１．８７（ｍ，５Ｈ），１．７６－１．６８（ｍ，４Ｈ），１．０３－０．８５（ｍ，７Ｈ），０．７８－０．６５（ｍ，２Ｈ），０．１４－０．０３（ｍ，４Ｈ），０．１３－０．００（ｍ，３Ｈ），－０．３０（ｍ，２Ｈ）．
実施例７：本開示によるアナログ３８の合成
リファマイシンアナログ３８を、以下のスキーム１１に示されるように、および以下に記載されるように、リファマイシンＳから合成した。
スキーム１１
実施例６Ａ：Ｐｄ－触媒Ｏ－アルキル化（３７）：
化合物３７：実施例３に記載されるように、室温の８０ｍＬのトルエン中のリファマイシンＳ（２．０ｇ、２．８７ｍｍｏｌ）を、２－アミノ－４－ブロモフェノール（０．５４ｇ、２．８７ｍｍｏｌ）で処理した。混合溶液を室温で２日間撹拌した。その後、混合物を蒸発乾固させ、残渣を２０ｍＬのエタノールに溶解し、３００ｍｇの酸化マンガン（ＭｎＯ２）をエタノール溶液に一度に添加した。混合物をアルゴン下で、室温で１５時間撹拌した。セライトパッドを使用して不溶性物質を濾過した後、濾液を減圧下で蒸発させた。暗色の残渣を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の５～９５％のＥＡ）を介して１２０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製した。純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（１．５ｇ、６０％）として表題化合物３７を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４３Ｈ４７ＢｒＮ２Ｏ１２，８６２．２３；ｆｏｕｎｄ ８６３．１ ａｎｄ ８６５．１（Ｍ＋Ｈ），８８５．１ ａｎｄ ８８８．０（Ｍ＋Ｎａ）．１Ｈ ＮＭＲ １Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ８．１９－８．１９（ｍ，１Ｈ），７．６６－７．６４（ｍ，１Ｈ），７．４８（ｓ，２Ｈ），７．０６（ｓ，１Ｈ），６．２３－６．１８（ｍ，１Ｈ），６．０１（ｄ，Ｊ＝１２．３ Ｈｚ，２Ｈ），５．０６－５．０５（ｍ，１Ｈ），４．９８（ｄｄ，Ｊ＝１２．２，７．１ Ｈｚ，２Ｈ），３．１１（ｓ，３Ｈ），３．０３－３．００（ｍ，２Ｈ），２．３３（ｓ，６Ｈ），２．１３（ｓ，３Ｈ），２．０７（ｓ，６Ｈ），１．８３（ｓ，６Ｈ），１．７０（ｓ，２Ｈ），１．５４（ｓ，１Ｈ），０．９７（ｄ，Ｊ＝６．６ Ｈｚ，３Ｈ），０．８０（ｄ，Ｊ＝５．２ Ｈｚ，６Ｈ），０．５８－０．５７（ｍ，４Ｈ）．
化合物３８：表題化合物１５および２９と同様の第一級アルコールのパラジウム触媒Ｃ－Ｏカップリングを利用した。化合物３７（６０ｍｇ、０．０６９ｍｍｏｌ、１．００当量）に、２－（ジメチルアミノ）エタン－１－オール（６２ｍｇ、０．６９ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（３０ｍｇ、０．０３４５ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（３０ｍｇ、０．１４１ｍｍｏｌ、２．０当量）を添加した。針で隔膜に穴を開けて排気してアルゴンを再充填し（このプロセスを２回繰り返した）、その後、１，４－ジオキサン（１．５ｍＬ）を添加した。反応物をアルゴン圧下で、油浴中で６０℃で１５時間温めた。粗製材料を真空中で濃縮し、５０ｇのＣ１８ Ａｑ カラム（勾配溶離：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸）で精製した。生成物の画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（６．８ｍｇ、１２％）として表題化合物３８を得た。分取ＨＰＬＣ（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、０．０５％のＡｃＯＨ）による別の精製を行い、凍結乾燥させることで、純粋な生成物（４．５ｍｇ）を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ５７Ｎ３Ｏ１３，８７１．３９；ｆｏｕｎｄ ８７２．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ９．４８－９．３２（ｍ，２Ｈ），７．６８－７．４９（ｍ，２Ｈ），７．４４－７．２７（ｍ，１Ｈ），６．１１－５．９５（ｍ，１Ｈ），５．８８－５．７６（ｍ，２Ｈ），５．２８－５．１６（ｍ，２Ｈ），４．８４－４．７１（ｍ，１Ｈ），４．２１－４．１８（ｍ，１Ｈ），３．５７－３．４３（ｍ，２Ｈ），３．０９－３．０１（ｍ，１Ｈ），２．８２－２．７５（ｍ，１Ｈ），２．６７（ｄｄ，Ｊ＝１５．５，１０．１ Ｈｚ，３Ｈ），２．２９－２．２３（ｍ，１３Ｈ），２．１９（ｄ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，９Ｈ），１．９９－１．９１（ｍ，１Ｈ），１．６９（ｓ，１Ｈ），１．６４－１．５６（ｍ，１Ｈ），１．５５－１．４３（ｍ，１Ｈ），１．２４（ｓ，１Ｈ），０．８５－０．８４（ｍ，７Ｈ），０．６９－０．６８（ｍ，４Ｈ）．
実施例８：化合物４３の調製
リファマイシンアナログ４３を、以下のスキーム１２に示されるように、および以下に記載されるように、リファマイシンＳから合成した。
スキーム１２
化合物３９：室温の１５ｍＬのメタノール中の５－ブロモ－１，３－ジフルオロ－２－ニトロベンゼン（２．０ｇ、８．４０ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌溶液に、ＫＯＨ（５０４ｍｇ、８．９８ｍｍｏｌ、１．０７当量）を添加した。結果として生じる混合物を９０℃で１時間還流した。反応の完了後、混合物を室温で冷却し、減圧下で濃縮した。残渣を酢酸エチル（２０ｍＬ）で希釈し、水、ブラインで洗浄し、Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させた。真空中で濃縮した後、暗色固形物として粗製生成物を得た。残渣をＤＣＭ（５ｍＬ）に溶解し、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン－ヘキサン中の９０％のＥＡ）を介して８０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムにロードし、純粋な画分を蒸発させることで、３９（１．４８ｇ、７０％）の淡黄色固形物を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ７Ｈ５ＢｒＦＮＯ３，２５０．０２；ｆｏｕｎｄ ２７３．２（Ｍ＋Ｎａ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ７．０６（ｄｄ，Ｊ＝８．６，１．５ Ｈｚ，１Ｈ），７．０２（ｓ，１Ｈ），３．９５（ｓ，３Ｈ）．
化合物４０：ＤＭＳＯ（３ｍＬ）中の５－ブロモ－１－フルオロ－３－メトキシ－２－ニトロベンゼン３９（４００ｍｇ、１．５６ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に、１ＭのＮａＯＨ（２ｍＬ、２ｍｍｏｌ）を添加し、油浴中で８５℃に１５時間加熱した。ＬＣＭＳにより反応の完了を認め、その後、これを室温に冷まし、ｐＨ＝２～３になるまで１ＭのＨＣｌを用いて酸性化した。結果として生じる溶液を酢酸エチル（２×１０ｍＬ）で抽出した。組み合わせた有機層を、水、ブラインで洗浄し、乾燥させ（Ｎａ２ＳＯ４）、その後、濃縮した。その後、粗製油を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の０～１００％の酢酸エチル）を介して２４ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、黄色がかった白色固形物（０．３５ｇ、８９％）として４０を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ７Ｈ６ＢｒＮＯ４，２４８．０３；ｆｏｕｎｄ ２４７．９ ａｎｄ ２４８．９ ｉｓｏｔｏｐｅｓ（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）： δ１０．５０（ｔ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，１Ｈ），６．９４（ｓ，１Ｈ），６．７１（ｓ，１Ｈ），３．９７（ｓ，３Ｈ）．
化合物４１：室温の無水ＴＨＦ（３ｍＬ）中の５－ブロモ－３－メトキシ－２－ニトロフェノール４０（１５０ｍｇ、０．６０５ｍｍｏｌ、１．０当量）および酢酸アンモニウム（１１４ｍｇ、１．８１４ｍｍｏｌ、３．０当量）の撹拌溶液に、Ｚｎダスト（５９３ｍｇ、９．０７ｍｍｏｌ、１５当量）を添加し、窒素で脱気した。混合物を油浴中で５０℃に一晩加熱した。ＬＣＭＳにより反応の完了を認めた。反応物を室温に冷まし、粗製物をセライトパッドに通して濾過し、濃縮した。その後、粗製油を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：メタノール中の０～２０％のＤＣＭ）を介して２４ｇのＨＰシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、褐色固形物（４０ｍｇ、３１％）として４１を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ７Ｈ８ＢＢｒＮＯ２，２１８．０５；ｆｏｕｎｄ ２１９．９ ａｎｄ ２２０．９ ｉｓｏｔｏｐｅｓ（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ６．６５（ｓ，１Ｈ），６．６２（ｓ，１Ｈ），３．８５（ｓ，３Ｈ），１．４５（ｓ，２Ｈ）．
化合物４２：実施例３の基本手順を従って、室温の４ｍＬのトルエン中のリファマイシンＳ（１１８ｍｇ、０．１６９ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、２－アミノ－５－ブロモ－３－メトキシフェノール４１（３７ｍｇ、０．１６９ｍｍｏｌ）を添加した。混合溶液を室温で２日間撹拌した。その後、混合物を蒸発乾固させ、暗色の残渣を５ｍＬのエタノールに溶解し、３０ｍｇの酸化マンガン（ＭｎＯ２）をエタノール溶液に一度に添加した。小塊の混合物をアルゴン下で、室温で１５時間撹拌した。セライトパッドを使用して不溶性物質を濾過した後、濾液を減圧下で蒸発させた。暗色の残渣を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン中の５～９５％のＥＡ）を介して２４ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製した。純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（７０ｍｇ、４７％）として表題化合物４２を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４４Ｈ４９ＢｒＮ２Ｏ１３，８９３．７８；ｆｏｕｎｄ ８９３．７ ａｎｄ ８９５．７（Ｍ＋Ｈ），８９１．３ ａｎｄ ８９３．１（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ７．０６（ｄ，Ｊ＝９．８ Ｈｚ，１Ｈ），６．００－５．９８（ｍ，１Ｈ），５．３２（ｓ，１Ｈ），５．１０－５．０５（ｍ，１Ｈ ），５．００－４．９６（ｍ，１Ｈ），４．１３（ｓ，４Ｈ），３．１１（ｓ，３Ｈ），３．０３－３．０１（ｍ，１Ｈ），２．３２（ｓ，３Ｈ），２．１３（ｓ，３Ｈ），２．０７（ｄ，Ｊ＝４．３ Ｈｚ，４Ｈ），１．８５（ｓ，３Ｈ），１．７４（ｄｔｄ，Ｊ＝６．２，１．７，１．２ Ｈｚ，１Ｈ），１．６７－１．６５（ｍ，１Ｈ），１．５４（ｓ，２Ｈ），１．２９－１．２６（ｍ，１Ｈ），０．９９－０．９７（ｍ，３Ｈ），０．８５－０．８０（ｍ，３Ｈ），０．６３－０．５９（ｍ，３Ｈ）．
化合物４３：１６ｂについて記載される基本手順を使用して４３を調製した：化合物４２（３７ｍｇ、０．０４４７ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（ジメチルアミノ）エタン－１－オール（４０ｍｇ、０．４４７ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（２０ｍｇ、０．０２２３ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（２０ｍｇ、０．０９１ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物４３（１５．０ｍｇ、４０％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５９Ｎ３Ｏ１４，９０１．４０；ｆｏｕｎｄ ９０２．３（Ｍ＋Ｈ），９００．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３１－９．３０（ｍ，１Ｈ），６．７９－６．７６（ｍ，１Ｈ），６．７０（ｄ，Ｊ＝６．２ Ｈｚ，２Ｈ），６．０５－６．０３（ｍ，１Ｈ），５．８１－５．８０（ｍ，２Ｈ），５．２５－５．２２（ｍ，２Ｈ），４．７７－４．７７（ｍ，２Ｈ），４．２９（ｄｔ，Ｊ＝１．９，１．０ Ｈｚ，２Ｈ），４．２１－４．１３（ｍ，３Ｈ），４．００（ｓ，３Ｈ），３．５７－３．５４（ｍ，１Ｈ），３．０４（ｔ，Ｊ＝０．９ Ｈｚ，４Ｈ），２．９６－２．８７（ｍ，１Ｈ），２．８０－２．７６（ｍ，２Ｈ），２．６６（ｓ，６Ｈ），２．２２（ｓ，２Ｈ），２．１５（ｓ，３Ｈ），２．００（ｓ，３Ｈ），１．９５（ｓ，３Ｈ），１．８０－１．７８（ｍ，１Ｈ），１．６６－１．５９（ｍ，３Ｈ），０．８５－０．８４（ｍ，６Ｈ），０．６９－０．６６（ｍ，６Ｈ）．
実施例９：化合物４５の調製
リファマイシンアナログ４５を、以下のスキーム１３に示されるように、および以下に記載されるように、リファマイシンＳから合成した。
スキーム１３
化合物４４：実施例３の基本手順を従って、室温の５ｍＬのトルエン中のリファマイシンＳ（２５０ｍｇ、０．３５９ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、市販の２－アミノ－５－ブロモ－３－クロロフェノール（８０ｍｇ、０．３５９ｍｍｏｌ）を添加した。混合物溶液を室温で一晩撹拌した。その後、混合物を蒸発乾固させ、濃い赤みがかった残渣を１５ｍＬのエタノールに溶解し、３００ｍｇの酸化マンガン（ＭｎＯ２）をエタノール溶液に一度に添加した。小塊の混合物をアルゴン下で、室温で１５時間撹拌した。セライトパッドを使用して不溶性物質を濾過した後、濾液を減圧下で蒸発させた。暗色の残渣を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン－ヘキサン中の９５％のＥＡ）を介して４０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製した。純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（１６１ｍｇ、５０％）として表題化合物４４を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４３Ｈ４６ＢｒＣｌＮ２Ｏ１２，８９８．１９；ｆｏｕｎｄ ８９９．１（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ１３．８１（ｓ，１Ｈ），７．６５（ｄ，Ｊ＝１．７ Ｈｚ，１Ｈ），７．４４（ｓ，１Ｈ），６．２４－６．２２（ｍ，１Ｈ），６．０１（ｄ，Ｊ＝１２．２ Ｈｚ，１Ｈ），５．０７－５．０５（ｍ，１Ｈ），４．９９（ｄｄ，Ｊ＝１２．３，６．８ Ｈｚ，１Ｈ），３．１１（ｓ，３Ｈ），３．０４－３．０２（ｍ，１Ｈ），２．３２（ｓ，３Ｈ），２．１３（ｓ，３Ｈ），２．０８（ｓ，４Ｈ），１．８４（ｓ，３Ｈ），１．７４－１．７１（ｍ，１Ｈ），１．７１－１．６６（ｍ，１Ｈ），１．６０（ｓ，９Ｈ），０．９８（ｄ，Ｊ＝６．５ Ｈｚ，４Ｈ），０．８２－０．８１（ｍ，４Ｈ），０．６３（ｄ，Ｊ＝０．５ Ｈｚ，４Ｈ）．
化合物４５：１６ｂについて記載される基本手順を使用して４５を調製した：化合物４４（２０ｍｇ、０．０２２２ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（ジメチルアミノ）エタン－１－オール（２０ｍｇ、０．２２２ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（９．５ｍｇ、０．０１１１ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（９．６ｍｇ、０．０４５ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物４５（６．８ｍｇ、３４％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ５６ＣｌＮ３Ｏ１３，９０５．３５；ｆｏｕｎｄ ９０６．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ７．３０（ｄ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，１Ｈ），６．９３－６．９２（ｍ，１Ｈ），６．７８－６．７６（ｍ，１Ｈ），６．３９－６．３７（ｍ，１Ｈ），６．２０（ｄｄ，Ｊ＝１２．５，０．４ Ｈｚ，２Ｈ），５．０９－５．０７（ｍ，１Ｈ），４．５８（ｄｑ，Ｊ＝２．２，０．６ Ｈｚ，１Ｈ），４．３０（ｄｄ，Ｊ＝９．１，４．５ Ｈｚ，１Ｈ），４．２１（ｄｔｄ，Ｊ＝２．８，１．４，０．７ Ｈｚ，１Ｈ），３．０４（ｄ，Ｊ＝９．５ Ｈｚ，６Ｈ），２．８３（ｓ，３Ｈ），２．３６（ｓ，６Ｈ），２．３１（ｓ，３Ｈ），２．１１（ｓ，１Ｈ），２．００（ｓ，２Ｈ），１．９１（ｓ，４Ｈ），１．７６（ｓ，３Ｈ），１．７３－１．６２（ｍ，２Ｈ），１．３０（ｓ，１Ｈ），０．９６（ｄ，Ｊ＝５．４ Ｈｚ，６Ｈ），０．８８（ｄ，Ｊ＝６．４ Ｈｚ，４Ｈ），０．２５（ｄ，Ｊ＝６．６ Ｈｚ，１Ｈ），０．１１（ｓ，２Ｈ），－０．１６－－０．１９（ｍ，２Ｈ）．
実施例１０：化合物４８の調製
リファマイシンアナログ４８を、以下のスキーム１４に示されるように、および以下に記載されるように、リファマイシンＳから合成した。
スキーム１４
化合物４６：室温の無水ＴＨＦ（５ｍＬ）中の市販の５－ブロモ－４－クロロ－２－ニトロフェノール（１００ｍｇ、０．３９６ｍｍｏｌ、１．０当量）および酢酸アンモニウム（７５ｍｇ、１．１８８ｍｍｏｌ、３．０当量）の撹拌溶液に、Ｚｎダスト（３８８ｍｇ、５．９４ｍｍｏｌ、１５当量）を添加し、窒素で脱気した。混合物を油浴中で２時間、５０℃に加熱した。ＬＣＭＳにより反応の完了を認め、これを室温に冷ました。粗製物を、セライトパッドを通して濾過し、濃縮した。その後、粗製油を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：メタノール中の０～２０％のＤＣＭ）を介して２４ｇのＨＰシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、褐色固形物（３７ｍｇ、４２％）として４６を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ６Ｈ５ＢｒＣｌＮＯ，２２２．４７；ｆｏｕｎｄ ２２２．９ ａｎｄ ２２３．９ ｉｓｏｔｏｐｅｓ（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ６．８９（ｓ，１Ｈ），６．８１（ｓ，１Ｈ） ＮＨ２ ａｎｄ ＯＨ ｎｏｔ ｓｅｅｎ．
化合物４７：実施例３の基本手順を従って、室温の１．５ｍＬのトルエンおよび０．２５ｍＬのＴＨＦ中のリファマイシンＳ（６２ｍｇ、０．０８９９ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、２－アミノ－５－ブロモ－４－クロロフェノール４６（２０ｍｇ、０．０８９９ｍｍｏｌ）を添加した。混合溶液を室温で７日間撹拌した。その後、混合物を蒸発乾固させ、濃い赤みがかった残渣を１０ｍＬのエタノールに溶解し、１００ｍｇの酸化マンガン（ＭｎＯ２）をエタノール溶液に一度に添加した。小塊の混合物をアルゴン下で、室温で１５時間撹拌した。セライトパッドを使用して不溶性物質を濾過した後、濾液を減圧下で蒸発させた。暗色の残渣を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：ヘキサン－ヘキサン中の９５％のＥＡ）を介して４０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製した。純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（４０ｍｇ、５１％）として表題化合物４７を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４３Ｈ４６ＢｒＣｌＮ２Ｏ１２，８９８．１９；ｆｏｕｎｄ ８９９．１（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ１３．８７（ｓ，１Ｈ），８．１１（ｓ，１Ｈ），７．６７（ｓ，１Ｈ），６．３２（ｓ，１Ｈ），６．０１（ｄ，Ｊ＝１２．４ Ｈｚ，２Ｈ），５．０４－５．０４（ｍ，１Ｈ），４．９８（ｄｄ，Ｊ＝１２．２，６．５ Ｈｚ，２Ｈ），３．１１（ｓ，６Ｈ），３．０３－３．０１（ｍ，２Ｈ），２．３４（ｓ，６Ｈ），２．１４（ｓ，７Ｈ），２．０７（ｓ，６Ｈ），１．８３（ｓ，６Ｈ），１．７３（ｄｔ，Ｊ＝６．４，０．６ Ｈｚ，３Ｈ），１．６５－１．５６（ｍ，１７Ｈ），０．９９（ｄ，Ｊ＝６．２ Ｈｚ，６Ｈ），０．８３－０．８２（ｍ，６Ｈ），０．６０（ｔ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，５Ｈ）．
化合物４８：１６ｂについて記載される基本手順を使用して４８を調製した：化合物４７（２０ｍｇ、０．０２２２ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（ジメチルアミノ）エタン－１－オール（２０ｍｇ、０．２２２ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（９．５ｍｇ、０．０１１１ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（９．６ｍｇ、０．０４５ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物４８（２．８ｍｇ、１２％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ５６ＣｌＮ３Ｏ１３，９０５．３５；ｆｏｕｎｄ ９０６．３（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ８．０４（ｔ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，１Ｈ），７．１５－７．１４（ｍ，１Ｈ），６．９０－６．８９（ｍ，２Ｈ），６．４２－６．４１（ｍ，２Ｈ），６．２２－６．２０（ｍ，１Ｈ），５．０２－４．９９（ｍ，１Ｈ），４．５９（ｓ，１Ｈ），４．４２－４．４１（ｍ，１Ｈ），４．２４－４．２１（ｍ，１Ｈ），３．７７－３．７４（ｍ，１Ｈ），３．０４－３．０２（ｍ，１Ｈ），２．９４（ｄ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，１Ｈ），２．４３（ｓ，６Ｈ），２．３１（ｓ，５Ｈ），２．１２（ｓ，６Ｈ），１．９９（ｓ，５Ｈ），１．９２（ｓ，４Ｈ），１．７９（ｓ，１Ｈ），１．６９（ｔ，Ｊ＝１．４ Ｈｚ，１Ｈ），１．３１（ｓ，１Ｈ），０．９６（ｔ，Ｊ＝０．５ Ｈｚ，６Ｈ），０．８５－０．７０（ｍ，４Ｈ ），０．１１（ｓ，１Ｈ），－０．２２（ｔｄ，Ｊ＝２．３，１．２ Ｈｚ，１Ｈ）．
実施例１１：化合物５０の調製
リファマイシンアナログ５０を、以下のスキーム１５に示されるように、および以下に記載されるように、化合物２８から合成した。
スキーム１５
化合物４９：室温の１．５ｍＬの無水ＤＭＦ中の化合物２８（５０ｍｇ、０．０５６８ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌溶液に、Ｋ２ＣＯ３（１２ｍｇ、０．０８５２ｍｍｏｌ、１．５当量）を添加し、その後、ｎ－ＢｕＢｒ（１５．５ｍｇ、０．１１３６ｍｍｏｌ、２．０当量）を添加した。結果として生じる混合物を５０℃で一晩還流した。粗製生成物をアセトニトリル／水で希釈し、ＥＺ分取カラム（溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）によりＩＳＣＯシステムで精製した。ＬＣ／ＭＳによる純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、３０時間凍結乾燥させることで、３４ｍｇ（６５％）の４９を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ５５ＢｒＮ２Ｏ１３，９３５．８５；ｆｏｕｎｄ ９３５．２ ａｎｄ ９３７．２（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ７．４８（ｓ，２Ｈ），７．１３（ｓ，１Ｈ），７．０７（ｓ，２Ｈ），７．０２（ｓ，１Ｈ），５．９２－６．０７（ｍ，１Ｈ），４．９８（ｄｄ，Ｊ＝６．８４，１２．２１ Ｈｚ，１Ｈ），４．１８－４．２５（ｍ，２Ｈ），３．１１（ｓ，３Ｈ），３．０２（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．３１（ｓ，３Ｈ），２．１３（ｓ，３Ｈ），２．０７（ｓ，４Ｈ），１．９５－２．０３（ｍ，２Ｈ），１．８０（ｓ，４Ｈ），１．７４（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），１．６０－１．７１（ｍ，２Ｈ），１．５０－１．５９（ｍ，１２Ｈ），１．０５（ｔ，Ｊ＝７．３３ Ｈｚ，４Ｈ），０．９８（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），０．８１（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），０．６２（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ）
化合物５０：１６ｂについて記載される基本手順を使用して５０を調製した：化合物４９（２０ｍｇ、０．０２１３ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（ジメチルアミノ）エタン－１－オール（１９ｍｇ、０．２１３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（９．１ｍｇ、０．０１０６５ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（９．２ｍｇ、０．０４３ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物５０（６．１ｍｇ、３０％）を得た。ＩＳＣＯ ＥＺ分取カラム（Ｇｅｍｉｎｉ）を使用して、所望の生成物を精製した（溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５１Ｈ６５Ｎ３Ｏ１４，９４３．４５；ｆｏｕｎｄ ９４４．４（Ｍ＋Ｈ），９４２．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ６．８２－６．８１（ｍ，２Ｈ），６．７０（ｓ，１Ｈ），６．５８－６．５５（ｍ，１Ｈ），６．３８－６．３７（ｍ，２Ｈ），６．２３（ｄｄｄ，Ｊ＝３．０，１．６，０．８ Ｈｚ，２Ｈ），５．０７（ｂｓ，２Ｈ），４．５９（ｓ，６Ｈ），４．２９（ｔ，Ｊ＝５．３ Ｈｚ，４Ｈ），４．２０－４．１４（ｍ，２Ｈ），３．７４－３．７１（ｍ，２Ｈ），３．０３（ｓ，６Ｈ），２．８３（ｄ，Ｊ＝０．３ Ｈｚ，２Ｈ），２．３６（ｓ，６Ｈ），２．３１（ｓ，１Ｈ），２．１１（ｓ，３Ｈ），１．９８（ｓ，２Ｈ），１．７６（ｓ，３Ｈ），１．６９－１．６０（ｍ，１Ｈ），１．３０（ｓ，２Ｈ），１．０８（ｓ，６Ｈ），０．９７－０．９１（ｍ，４Ｈ），０．１１（ｓ，３Ｈ），－０．２１（ｄｄ，Ｊ＝２．２，０．９ Ｈｚ，２Ｈ）．
実施例１２：化合物５２の調製
リファマイシンアナログ５２を、以下のスキーム１６に示されるように、および以下に記載されるように、化合物２８から合成した。
スキーム１６
化合物５１：室温の１．５ｍＬの無水ＤＭＦ中の化合物２８（５０ｍｇ、０．０５６８ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌溶液に、Ｋ２ＣＯ３（１２ｍｇ、０．０８５２ｍｍｏｌ、１．５当量）を添加し、その後、ベンジルブロミド（１９．４ｍｇ、０．１１３６ｍｍｏｌ、２．０当量）を添加した。結果として生じる混合物を室温で一晩撹拌した。ＩＳＣＯシステム ＥＺ分取カラムを使用して、所望の生成物を精製した（溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）。ＬＣ／ＭＳによる純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、３０時間凍結乾燥させることで、２５ｍｇ（４５％）の５１を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５０Ｈ５３ＢｒＮ２Ｏ１３，９６９．８８；ｆｏｕｎｄ ９６９．２ ａｎｄ ９７１．２（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ７．６８－７．６６（ｍ，１Ｈ），７．４５－７．４２（ｍ，２Ｈ），７．３９－７．３７（ｍ，２Ｈ），７．１９（ｄｔ，Ｊ＝１．０，０．５ Ｈｚ，２Ｈ），７．１４（ｔ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，２Ｈ），５．９９（ｄｄ，Ｊ＝１２．２，０．４ Ｈｚ，１Ｈ），５．４４－５．３８（ｍ，１Ｈ），５．２９－５．２２（ｍ，２Ｈ），５．００－４．９６（ｍ，２Ｈ），３．１０（ｓ，３Ｈ），３．０３－３．０１（ｍ，１Ｈ），２．３１（ｓ，６Ｈ），２．１４（ｓ，３Ｈ），２．０７（ｓ，３Ｈ），１．７８（ｄ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，３Ｈ），１．６６－１．６４（ｍ，３Ｈ），１．５４（ｓ，３Ｈ），１．２７（ｓ，３Ｈ），１．００－０．９８（ｍ，３Ｈ），０．９０（ｄｄ，Ｊ＝８．５，４．８ Ｈｚ，３Ｈ），０．８３（ｄｄｄｄ，Ｊ＝２．９，２．１，１．５，０．７ Ｈｚ，２Ｈ），０．６３－０．６１（ｍ，１Ｈ），０．１４（ｓ，１Ｈ）．
化合物５２：１６ｂについて記載される基本手順を使用して５２を調製した：化合物５１（２６ｍｇ、０．０２６８ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（ジメチルアミノ）エタン－１－オール（２４ｍｇ、０．２６８ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１１．４ｍｇ、０．０１３４ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（１１．５ｍｇ、０．０５４ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物５２（７．０ｍｇ、２７％）を得た。ＩＳＣＯ ＥＺ分取カラム（Ｇｅｍｉｎｉ）を使用して、所望の生成物を精製した（溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５４Ｈ６３Ｎ３Ｏ１４，９７７．４３；ｆｏｕｎｄ ９７８．４（Ｍ＋Ｈ），９７６．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ７．７３（ｄ，Ｊ＝７．０ Ｈｚ，２Ｈ），７．４３（ｄ，Ｊ＝４．３ Ｈｚ，２Ｈ），７．３８－７．３７（ｍ，１Ｈ），６．８１（ｓ，２Ｈ），６．５８（ｄ，Ｊ＝０．９ Ｈｚ，１Ｈ），６．４２－６．４０（ｍ，１Ｈ），６．２１－６．１８（ｍ，１Ｈ），６．０３（ｄ，Ｊ＝１２．６ Ｈｚ，１Ｈ），５．４１－５．３６（ｍ，２Ｈ），５．０５－５．０１（ｍ，１Ｈ），４．５９（ｓ，１Ｈ），４．２９（ｄ，Ｊ＝５．１ Ｈｚ，１Ｈ），４．１８（ｄｔ，Ｊ＝２．６，１．３ Ｈｚ，１Ｈ），３．７２－３．７０（ｍ，１Ｈ），３．００（ｄ，Ｊ＝９．９ Ｈｚ，４Ｈ），２．８３（ｓ，２Ｈ），２．３７（ｓ，７Ｈ），２．２９（ｓ，３Ｈ），２．１１（ｓ，３Ｈ），２．０３（ｄ，Ｊ＝１８．５ Ｈｚ，６Ｈ），１．７４（ｓ，４Ｈ），１．６４－１．６３（ｍ，１Ｈ），１．３０（ｓ，１Ｈ），０．９６－０．９０（ｍ，１０Ｈ），０．１１－０．０９（ｍ，２Ｈ），－０．２５（ｔ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，２Ｈ）．
実施例１３：化合物５５の調製
リファマイシンアナログ５５を、以下のスキーム１７に示されるように、および以下に記載されるように、リファマイシンＳから合成した。
スキーム１７
化合物５３：市販の５－ブロモ－３－フルオロ－２－ニトロフェノール（１５０ｍｇ、０．６３５ｍｍｏｌ、１．０当量）および酢酸アンモニウム（１２０ｍｇ、１．９０６ｍｍｏｌ、３．０当量）を室温の無水ＴＨＦ（５ｍＬ）に溶かし、窒素で脱気した溶液に、Ｚｎダスト（６２２ｍｇ、９．５２ｍｍｏｌ、１５当量）を添加した。混合物を油浴中で２時間、５０℃に加熱した。ＬＣＭＳにより反応の完了を認め、これを室温に冷ました。粗製物を、セライトパッドを通して濾過し、濃縮した。その後、粗製油を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：メタノール中の０～２０％のＤＣＭ）を介して２４ｇのＨＰシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、褐色固形物（６７ｍｇ、５２％）として５３を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ６Ｈ５ＢｒＦＮＯ，２０６．０１；ｆｏｕｎｄ ２０５．９ ａｎｄ ２０７．９ ｉｓｏｔｏｐｅｓ（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ６．７１－６．６７（ｍ，２Ｈ）．ＮＨ２およびＯＨは見られなかった。
化合物５４：実施例９の基本手順に従って、室温の１．５ｍＬのトルエン中のリファマイシンＳ（１２０ｍｇ、０．１７２ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、化合物５３（３６ｍｇ、０．１７２ｍｍｏｌ）を添加することで、濃い赤みがかった固形物（９２ｍｇ、６１％）として表題化合物５４を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４３Ｈ４６ＢｒＦＮ２Ｏ１２，８８１．７５；ｆｏｕｎｄ ８８２．１ ａｎｄ ８８３．２（Ｍ＋Ｈ），８８０．１ ａｎｄ ８８１．１（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．５４（ｓ，１Ｈ），７．８０－７．７９（ｍ，２Ｈ），６．０４－６．０１（ｍ，１Ｈ），５．７４（ｓ，１Ｈ），５．２２（ｓ，２Ｈ），４．８０－４．７６（ｍ，１Ｈ），４．２３（ｄｔ，Ｊ＝１．４，０．６ Ｈｚ，１Ｈ），３．０９－３．０２（ｍ，５Ｈ），２．７８（ｔｄ，Ｊ＝１０．０，１．８ Ｈｚ，１Ｈ），２．１６（ｓ，３Ｈ），１．９９（ｓ，４Ｈ），１．９５（ｓ，４Ｈ），１．６５（ｓ，３Ｈ），１．６０－１．５９（ｍ，２Ｈ），１．４６（ｄｔ，Ｊ＝１．９，０．９ Ｈｚ，１Ｈ），０．８８－０．８５（ｍ，２Ｈ），０．８３（ｔ，Ｊ＝７．８ Ｈｚ，４Ｈ），０．６７（ｓ，５Ｈ）．
化合物５５：１６ｂについて記載される基本手順を使用して５５を調製した：化合物５４（４０ｍｇ、０．０４５３ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（ジメチルアミノ）エタン－１－オール（４０ｍｇ、０．４５３ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１９．３ｍｇ、０．０２２６ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（１９．６ｍｇ、０．０９１９ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物５５（１６．８ｍｇ、４２％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ５６ＦＮ３Ｏ１３，８８９．３８；ｆｏｕｎｄ ８９０．４（Ｍ＋Ｈ），８８８．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．４３－９．４２（ｍ，１Ｈ），７．１５－７．１２（ｍ，１Ｈ），７．０５－７．０３（ｍ，１Ｈ），６．０４（ｄｔｄ，Ｊ＝４．５，２．２，１．１ Ｈｚ，１Ｈ），５．８５－５．８０（ｍ，１Ｈ），５．２３（ｄｔｄ，Ｊ＝３．５，１．８，１．０ Ｈｚ，１Ｈ），４．７９－４．７５（ｍ，１Ｈ），４．２７（ｓ，１Ｈ），４．１９－４．１８（ｍ，２Ｈ），３．５２－３．５１（ｍ，１Ｈ），３．０９－２．９９（ｍ，４Ｈ），２．８０－２．７５（ｍ，１Ｈ），２．６４－２．６３（ｍ，２Ｈ），２．１５（ｓ，９Ｈ），１．９９（ｓ，３Ｈ），１．９４（ｓ，２Ｈ），１．６４（ｓ，２Ｈ），１．４８－１．４４（ｍ，１Ｈ），１．３６－１．３３（ｍ，１Ｈ），１．２３－１．２２（ｍ，１Ｈ），１．１４－１．１３（ｍ，１Ｈ），１．０５（ｄ，Ｊ＝１２．０ Ｈｚ，１Ｈ），０．８３（ｄ，Ｊ＝６．８ Ｈｚ，６Ｈ），０．６８－０．６６（ｍ，５Ｈ）．
化合物５５ａ：５５ａは、化合物５４から始まるＣ－Ｏクロスカップリング反応の副産物であった。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４３Ｈ４７Ｎ２Ｏ１３，８１８．３；ｆｏｕｎｄ ８１９．３（Ｍ＋Ｈ），８１７．２（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３１（ｓ，１Ｈ），５．８２（ｓ，２Ｈ），４．７６（ｓ，２Ｈ），４．１３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．５２（ｄ，Ｊ＝５．８６ Ｈｚ，１Ｈ），３．０８（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．０２（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．９７（ｓ，１Ｈ），２．８８（ｓ，１Ｈ），２．７７（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．７２（ｓ，１Ｈ），２．５２（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，１Ｈ），２．１９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．１４（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．９２－２．０１（ｍ，７Ｈ），１．９０（ｓ，１Ｈ），１．６４（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．５８（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），１．２２（ｓ，１Ｈ），０．７２－０．９５（ｍ，６Ｈ），０．６７（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），０．０６（ｓ，２Ｈ）．
実施例１４：化合物６０および６１の調製
リファマイシンアナログ６０および６１を、以下のスキーム１８に示されるように、および以下に示されるように、リファマイシンＳから合成した。
スキーム１８
化合物５６：氷浴内の７．５ｍＬのＤＭＦ中の５－ブロモ－１，３－ジフルオロ－２－ニトロベンゼン（１．０ｇ、４．２ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌溶液に、２．５ｍＬの水中のＣＨ３ＳＮａ（３２０ｍｇ、４．６ｍｍｏｌ、１．１当量）を添加した。結果として生じる混合物を室温で１時間撹拌した。黄色の懸濁液を水（５ｍＬ）で希釈し、濾過することで、ジスルフィド副生成物の不純物を有する黄色固形物（０．９１ｇ）を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ７Ｈ５ＢｒＦＮＯ２Ｓ，２６６．０８；ｆｏｕｎｄ ２９９．１（Ｍ＋Ｎａ）．
化合物５７：ＤＭＳＯ（１０ｍＬ）中の粗製物５６（９００ｍｇ）を、１ＭのＮａＯＨ（６ｍＬ、６ｍｍｏｌ）で処理し、油浴中で１．５時間、８５℃に加熱した。ＬＣＭＳにより反応の完了を認め、これを室温に冷ました。反応物を、ｐＨ＝２～３になるまで１ＭのＨＣｌを用いて酸性化し、結果として生じる溶液を酢酸エチル（３×１０ｍＬ）を使用して抽出した。組み合わせた有機層を、水、ブラインで洗浄し、乾燥させ（Ｎａ２ＳＯ４）、その後、濃縮した。その後、粗製生成物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：ヘキサン中の０～１００％の酢酸エチル）を介して２４ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、黄色がかった白色固形物（０．５１ｇ、４６％）として５７を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ７Ｈ６ＢｒＮＯ３Ｓ，２６４．０９；ｆｏｕｎｄ ２６３．９ ａｎｄ ２６２．９ ｉｓｏｔｏｐｅｓ（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ１１．４０（ｓ，１Ｈ），７．１０（ｄｄ，Ｊ＝２．０，１．１ Ｈｚ，１Ｈ），６．９１（ｄ，Ｊ＝１．１ Ｈｚ，１Ｈ），６．９１（ｄ，Ｊ＝１．１ Ｈｚ，１Ｈ），２．４８（ｓ，３Ｈ）．
化合物５８：室温の無水ＴＨＦ（７ｍＬ）中の化合物５７（２００ｍｇ、０．７５７ｍｍｏｌ、１．０当量）および酢酸アンモニウム（１４３ｍｇ、２．２７１ｍｍｏｌ、３．０当量）の溶液に、Ｚｎダスト（４９５ｍｇ、７．５７ｍｍｏｌ、１０当量）を添加し、窒素で脱気した。混合物を油浴中で２時間、５０℃に加熱した。ＬＣＭＳにより反応の完了を認め、これを室温に冷ました。粗製物を、セライトパッドを通して濾過し、濃縮した。その後、粗製物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：メタノール中の０～２０％のＤＣＭ）を介して２４ｇのＨＰシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、淡褐色固形物（１２０ｍｇ、６８％）として５８を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ７Ｈ８ＢＢｒＮＯＳ，２３４．１１；ｆｏｕｎｄ ２３５．９ ａｎｄ ２３６．９ ｉｓｏｔｏｐｅｓ（Ｍ＋Ｈ），２３２．９ ａｎｄ ２３１．９ ｉｓｏｔｏｐｅｓ（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（３００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ７．０９（ｄ，Ｊ＝２．０ Ｈｚ，１Ｈ），６．８４（ｄ，Ｊ＝２．１ Ｈｚ，１Ｈ），５．０７－５．０６（ｍ，１Ｈ），４．１５－４．０９（ｍ，２Ｈ），２．４２（ｓ，３Ｈ）．
化合物５９：実施例９の基本手順を従って、室温の５ｍＬのトルエン中のリファマイシンＳ（２６７ｍｇ、０．３８４ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、化合物５８（９０ｍｇ、０．３８４ｍｍｏｌ）を添加した。２日後、反応物を真空中で濃縮してトルエンを除去し、ＥｔＯＨ（１０ｍＬ）に溶解し、ＭｎＯ２（３０ｍｇ）を添加した。１日間撹拌した後、反応物を真空中で濃縮した。粗製物をＩＳＣＯシステム（勾配溶離：ヘキサン中の０～１００％の酢酸エチル）を介して４０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製することで、濃い赤みがかった固形物（１８１ｍｇ、５２％）として表題化合物５９を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４４Ｈ４９ＢｒＮ２Ｏ１２Ｓ，９０９．８４；ｆｏｕｎｄ ９１０．２ ａｎｄ ９１１．２（Ｍ＋Ｈ），９０８．１ ａｎｄ ９０７．１（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ７．３５（ｓ，１Ｈ），７．２５－７．２３（ｍ，１Ｈ），６．７４（ｄｔ，Ｊ＝１．７，０．９ Ｈｚ，１Ｈ），６．３７－６．３５（ｍ，１Ｈ），６．２６－６．２２（ｍ，２Ｈ），５．２０（ｄｄｔ，Ｊ＝７．１，２．９，１．１ Ｈｚ，１Ｈ），５．０９－５．０８（ｍ，１Ｈ），３．７０－３．６８（ｍ，），３．０５－３．０３（ｍ，４Ｈ），２．５７（ｓ，３Ｈ），２．３０（ｓ，３Ｈ），２．０９（ｓ，３Ｈ），１．９９（ｓ，３Ｈ），１．７５（ｓ，３Ｈ），１．６７－１．６４（ｍ，１Ｈ），０．９４（ｄ，Ｊ＝６．９ Ｈｚ，３Ｈ），０．８７－０．８６（ｍ，３Ｈ），０．０７－０．０６（ｍ，２Ｈ），－０．１７－－０．１８（ｍ，１Ｈ）．
化合物６０：１６ｂについて記載される基本手順を使用して６０を調製した：化合物５９（４０ｍｇ、０．０４４ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－（ジメチルアミノ）エタン－１－オール（４０ｍｇ、０．４３９ｍｍｏｌ、１０当量）、ｔ－ＢｕＢｒｅｔｔＰｈｏｓ－Ｐｄ－Ｇ３－パラダサイクル（１９ｍｇ、０．０２２ｍｍｏｌ、０．５当量）、およびＫ３ＰＯ４（１９ｍｇ、０．０８９ｍｍｏｌ、２．０当量）により、表題化合物６０（２２ｍｇ、５５％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５９Ｎ３Ｏ１３Ｓ，９１７．３８；ｆｏｕｎｄ ９１８．４（Ｍ＋Ｈ），９１６．３（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ６．８５－６．８１（ｍ，２Ｈ），６．６８－６．６７（ｍ，１Ｈ），６．４１－６．３９（ｍ，１Ｈ），６．２７（ｄｔ，Ｊ＝１．５，０．７ Ｈｚ，１Ｈ），６．１９－６．１６（ｍ，１Ｈ），５．２５－５．２２（ｍ，１Ｈ），５．０３－５．０２（ｍ，１Ｈ），４．３０（ｔ，Ｊ＝５．１ Ｈｚ，１Ｈ），４．１９－４．１７（ｍ，１Ｈ），３．６８（ｄｄｄ，Ｊ＝５．５，２．２，１．０ Ｈｚ，１Ｈ），３．４８－３．４４（ｍ，１Ｈ），３．０２（ｄ，Ｊ＝８．９ Ｈｚ，６Ｈ），２．８１（ｄ，Ｊ＝４．９ Ｈｚ，３Ｈ），２．５６（ｓ，３Ｈ），２．４３－２．３７（ｍ，６Ｈ），２．２９（ｓ，４Ｈ），２．１４－２．０４（ｍ，３Ｈ），１．９８（ｓ，３Ｈ），１．７９－１．７１（ｍ，３Ｈ），１．６３－１．５９（ｍ，２Ｈ），１．２５－１．２２（ｍ，２Ｈ），１．０８－１．０５（ｍ，２Ｈ），０．９４（ｄ，Ｊ＝７．０ Ｈｚ，６Ｈ），０．８９－０．８７（ｍ，３Ｈ），０．０５－０．０３（ｍ，２Ｈ），－０．２４（ｄｄｔ，Ｊ＝２．８，２．２，１．４ Ｈｚ，２Ｈ）．
化合物６１：氷浴中の３ｍＬの無水ＤＣＭ中の化合物６０（１２ｍｇ、０．０１３ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に、ｍ－ＣＰＢＡ（６．８ｍｇ、０．０３９ｍｍｏｌ）を添加した。結果として生じる溶液を３時間室温に温めることで、表題化合物６１を得た。粗製物を濃縮し、ＩＳＣＯシステム ＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）により精製した。純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、凍結乾燥装置により３０時間乾燥させることで、赤紫色の固形物として６．５ｍｇ（５２％）の６１を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５９Ｎ３Ｏ１５Ｓ，９４９．３７；ｆｏｕｎｄ ９５０．３７（Ｍ＋Ｈ），９４８．２（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ７．９４－７．８５（ｍ，１Ｈ），７．５９（ｄ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，１Ｈ），７．４２（ｄ，Ｊ＝７．９ Ｈｚ，１Ｈ），７．３７（ｄｄ，Ｊ＝７．２，０．６ Ｈｚ，１Ｈ），７．１８－７．１５（ｍ，１Ｈ），６．８５－６．８１（ｍ，１Ｈ），６．４１－６．３６（ｍ，１Ｈ），６．２３－６．２１（ｍ，１Ｈ），５．１１－５．０８（ｍ，１Ｈ），４．７４－４．７２（ｍ，２Ｈ），３．８３－３．８１（ｍ，４Ｈ），３．１４－３．０６（ｍ，２Ｈ），３．０３（ｄｄ，Ｊ＝１０．２，２．１ Ｈｚ，６Ｈ），２．３３（ｓ，６Ｈ），２．１１（ｄ，Ｊ＝５．２ Ｈｚ，４Ｈ），２．０４（ｓ，３Ｈ），１．９８（ｓ，３Ｈ），１．７７（ｄ，Ｊ＝１０．６ Ｈｚ，２Ｈ），１．７０－１．６５（ｍ，１Ｈ），１．２９（ｓ，１Ｈ），０．９４（ｄ，Ｊ＝６．９ Ｈｚ，６Ｈ），０．８７－０．８６（ｍ，３Ｈ），０．１０（ｄ，Ｊ＝２．８ Ｈｚ，３Ｈ），０．０５－０．０２（ｍ，２Ｈ），－０．１７－－０．１９（ｍ，２Ｈ）．
実施例１５：化合物６８の調製
リファマイシンアナログ６８を、以下のスキーム１９に示されるように、および以下に記載されるように、リファマイシンＳから合成した。
スキーム１９
化合物６２：氷浴内の５ｍＬの無水ＴＨＦ中の１，３，５－トリフルオロ－２－ニトロベンゼン（１．０ｇ、５．６５ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌溶液に、７ｍＬのＴＨＦ中のベンジルアルコール（１．３４ｇ、１２．４２ｍｍｏｌ、２．２当量）の溶液を添加し、その後、これを、アルゴン下のＴＨＦ中のＫＯｔＢｕ（１２ｍＬ、１１．８６ｍｍｏｌ、２．１当量）の溶液で処理した。結果として生じる混合物を、室温で４時間撹拌した。結果として生じる溶液を酢酸エチル（２×４０ｍＬ）で抽出した。組み合わせた有機層を、水、ブラインで洗浄し、乾燥させ（Ｎａ２ＳＯ４）、その後、濃縮した。粗製生成物をＴＨＦ／エタノールにより再結晶することで、化合物６２（１．６３ｇ、８２％）のオフホワイト固形物を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ２０Ｈ１６ＦＮＯ４，３５３．３５；ｆｏｕｎｄ ３７６．１（Ｍ＋Ｎａ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ７．４０－７．３５（ｍ，１０Ｈ），６．４０（ｄ，Ｊ＝１０．１ Ｈｚ，２Ｈ），５．１６（ｓ，４Ｈ）．
化合物６３：ＤＭＳＯ（７ｍＬ）中の化合物６２（１．４ｇ、３．９６ｍｍｏｌ）を、２ＭのＮａＯＨ（５ｍＬ、１０ｍｍｏｌ）で処理し、油浴中で８５℃に一晩加熱した。ＬＣＭＳにより反応の完了を認め、これを室温に冷ました。反応物を、ｐＨ＝２～３になるまで１ＭのＨＣｌを用いて酸性化し、結果として生じる溶液を酢酸エチル（３×３０ｍＬ）を使用して抽出した。組み合わせた有機層を、水、ブラインで洗浄し、乾燥させ（Ｎａ２ＳＯ４）、その後、濃縮した。その後、粗製生成物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：ヘキサン中の０～１００％の酢酸エチル）を介して８０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、黄色固形物（１．２９ｇ、８２％）として６３を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ２０Ｈ１７ＮＯ５，３５１．１１；ｆｏｕｎｄ ３７４．１（Ｍ＋Ｈ） ａｎｄ ３５０．１（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（３００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ７．４０－７．３５（ｍ，１０Ｈ），６．２０（ｄ，Ｊ＝１０．１ Ｈｚ，２Ｈ），５．１５（ｓ，４Ｈ）．
化合物６４：実施例２で報告されるのと同じ方法を使用して表題化合物を調製した。室温のＴＨＦ（５ｍＬ）中の化合物６３（２００ｍｇ、０．５６９ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、ＢＯＣ－ピペリジン－４－オール（１１５ｍｇ、０．５６９ｍｍｏｌ）およびＰＰｈ３（２２４ｍｇ、０．８５３ｍｍｏｌ）を添加し、その後、ＴＨＦ（２ｍＬ）中のＤＢＡＤ（１５７ｍｇ、０．６８２ｍｍｏｌ）を滴下した。一晩撹拌した後、混合物を蒸発乾固させ、残渣をＩＳＣＯシステム（勾配溶離：ヘキサン中の０～１００％の酢酸エチル）を介して４０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、オフホワイト固形物（２８５ｍｇ、９３％）として表題化合物６４を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ３０Ｈ３４Ｎ２Ｏ７，５３４．２４；ｆｏｕｎｄ ５５７．２（Ｍ＋Ｎａ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ７．３９（ｄ，Ｊ＝４．３ Ｈｚ，６Ｈ），７．３４（ｄ，Ｊ＝４．７ Ｈｚ，４Ｈ），６．１４（ｓ，２Ｈ），５．１５（ｓ，４Ｈ），４．２９（ｄｄ，Ｊ＝３．６，３．０ Ｈｚ，１Ｈ），３．６７－３．６３（ｍ，２Ｈ），３．２８－３．２６（ｍ，２Ｈ），１．７９－１．７６（ｍ，２Ｈ），１．６３－１．５６（ｍ，２Ｈ），１．４９（ｄ，Ｊ＝２．０ Ｈｚ，９Ｈ．
化合物６５：１，４－ジオキサン（２．０ｍＬ）中の化合物６４（２８５ｍｇ、０．５４ｍｍｏｌ）の溶液に、１，４－ジオキサン（１．４ｍＬ）中の４ＭのＨＣｌを添加した。１５時間撹拌した後、インプロセスのアリコートにより、反応が完了していることが示された。上記溶液にジエチルエーテル（５０ｍＬ）を添加し、その後、白色沈殿物が形成されるまで、混合物を１時間勢いよく撹拌した。固形物を濾過し、エーテルで洗浄することで、対応するアミンのＨＣｌ塩を得て、これをさらに精製することなく次の工程で直ちに使用した。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ２５Ｈ２６Ｎ２Ｏ５，４３４．１８；ｆｏｕｎｄ ４３５．２（Ｍ＋Ｈ）．
１，４－ジオキサン／水（ｖ／ｖ、１：１、６ｍＬ）中のＨＣｌ塩の溶液に、ＮａＨＣＯ３（１８２ｍｇ、２．１７ｍｍｏｌ、４．０当量）を添加し、その後、Ｆｍｏｃ－ＯＳｕ（２１９ｍｇ、０．６５ｍｍｏｌ、１．２当量）を添加した。５時間撹拌した後、インプロセスのＬＣ／ＭＳ分析により、反応が完了していることが示された。反応混合物を水（５ｍＬ）で処理し、ＥｔＯＡｃ（３×１５ｍＬ）で抽出した。その後、組み合わせた有機層をブライン（１０ｍＬ）で処理し、乾燥させ（Ｎａ２ＳＯ４）、真空中で濃縮した。粗製化合物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：ヘキサン中の０～１００％の酢酸エチル）を介して２４ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させることで、オフホワイト発泡体（２５０ｍｇ、７０％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４０Ｈ３６Ｎ２Ｏ７，６５６．２５；ｆｏｕｎｄ ６５７．２（Ｍ＋Ｈ），６８９．３（Ｍ＋Ｎａ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ７．７９（ｄ，Ｊ＝７．５ Ｈｚ，２Ｈ），７．５９（ｄ，Ｊ＝７．４ Ｈｚ，２Ｈ），７．４０（ｑｕｉｎｔｅｔ，Ｊ＝５．６ Ｈｚ，１０Ｈ），７．３４（ｔ，Ｊ＝６．９ Ｈｚ，４Ｈ），６．１３（ｓ，２Ｈ），５．１５（ｓ，４Ｈ），４．４８－４．４７（ｍ，２Ｈ），４．３１－４．３０（ｍ，１Ｈ），４．２６（ｔ，Ｊ＝６．５ Ｈｚ，１Ｈ），３．６３（ｄｄｄｔ，Ｊ＝５．１，２．７，１．７，０．９ Ｈｚ，２Ｈ），３．３５－３．３２（ｍ，２Ｈ），１．７４－１．７２（ｍ，２Ｈ），１．６２－１．５８（ｍ，２Ｈ ）．
化合物６６：化合物６５（２２０ｍｇ、０．３０４ｍｍｏｌ）を５ｍＬのメタノール／ＥｔＯＡｃ（２：３）に溶かし、アルゴンで脱気した溶液に、２８ｍｇの１０％のＰｄ／Ｃを添加した。混合物をアルゴンでさらに脱気し、水素バルーンに接続した。２時間後、インプロセスのアリコートからのＬＣ／ＭＳによる分析により、反応が完了していることが示された。混合物をセライトに通して濾過し、ＭｅＯＨ（２×１０ｍＬ）およびＥｔＯＡｃ（１０ｍＬ）で洗浄し、濃縮することで、黄色がかった油として１３０ｍｇの化合物６６（ＬＣ／ＭＳにより７０％純粋）を得て、これをさらに精製することなく次の工程で直ちに使用した。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ２６Ｈ２６Ｎ２Ｏ５，４４６．１；ｆｏｕｎｄ ４４７．１（Ｍ＋Ｈ）．
化合物６７：ヒドロキシアニリン６６（１３０ｍｇ、０．２０４ｍｍｏｌ、７０％純粋）を含む丸底フラスコに、ＴＨＦ（１ｍＬ）を添加し、１分間超音波処理した。その後、リファマイシンＳ（１３５ｍｇ、０．１９４ｍｍｏｌ）およびトルエン（５ｍＬ）を添加し、反応混合物を２分間超音波処理して濃い黄色固形物を溶解し、ゴム隔膜を介して密閉し、アルゴンでパージし、および、反応物を周囲温度に勢いよく撹拌した。１０日後、反応物を真空中で濃縮してトルエン／ＴＨＦを除去し、ＥｔＯＨ（１０ｍＬ）に溶解し、ＭｎＯ２（７０ｍｇ、０．８０５ｍｍｏｌ）を添加した。４日間撹拌した後、反応物を真空中で濃縮し、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：０～５０％ ＭｅＯＨ／ＤＣＭ）を介して２４ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムのクロマトグラフィーによって精製した。比較的純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（１２０ｍｇ、３８％）として表題化合物６７を得た。化合物６７はＬＣＭＳにおいてイオン化しなかった。
化合物６８：ＤＭＦ（２ｍＬ）中の粗製物化合物６７（１２０ｍｇ、０．０４１ｍｍｏｌ、３８％純粋）のアルゴン下の撹拌溶液を、ピペリジン（０．５ｍＬ、ＤＭＦ中の２％）溶液で処理し、反応物を周囲温度で撹拌した。１時間後、反応物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：水中の０～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸、３０分かけて）を介して５０ｇのＣ１８ ＲｅｄｉＳｅｐ Ｇｏｌｄカラムで直接精製した。生成物を含有する画分を組み合わせ、ドライアイスで凍結し、一晩凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（９ｍｇ、２５％）としてＦｍｏｃ脱保護生成物を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５７Ｎ３Ｏ１４，８９９．４；ｆｏｕｎｄ ９００．４（Ｍ＋Ｈ）．
ＤＣＭ（２ｍＬ）中のアルゴン下の生成物（７ｍｇ、０．００７８ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に、パラホルムアルデヒド（３．５ｍｇ、０．１１６７ｍｍｏｌ）およびＮａ（ＯＡｃ）３ＢＨ（６．６ｍｇ、０．０３１２ｍｍｏｌ）を周囲温度で添加した。４時間後、パラホルムアルデヒド（３．５ｍｇ、０．１１６７ｍｍｏｌ）およびＮａ（ＯＡｃ）３ＢＨ（６．０ｍｇ、０．０２８３ｍｍｏｌ）の他の部分を、反応混合物に添加した。１時間後、反応物をセライトに通して濾過し、ＭｅＯＨ（２×１０ｍＬ）で洗浄し、濃縮することで、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：水中の０～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸、３０分かけて）を介して１５．５ｇのＣ１８ ＲｅｄｉＳｅｐ Ｇｏｌｄカラムで直接精製した。生成物を含有する画分を組み合わせ、ドライアイスで冷凍し、一晩凍結乾燥させることで、表題化合物６８を得た。化合物を、ＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中１０～９５％のＭｅＣＮ、０．０５％のＡｃＯＨ）により再精製した。純粋な画分を組み合わせ、ドライアイス／アセトンで凍結し、一晩凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物として表題化合物６８を得た。（２ｍｇ、２８％）。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４９Ｈ５９Ｎ３Ｏ１４，９１３．４；ｆｏｕｎｄ ９１４．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ６．６８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），６．４７－６．５８（ｍ，１Ｈ），６．３２－６．４６（ｍ，１Ｈ），６．１３－６．３２（ｍ，１Ｈ），４．６４－４．７５（ｍ，１Ｈ），４．５９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．４６（ｓ，１Ｈ），３．１８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．９１－３．１２（ｍ，４Ｈ），２．７６（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．５１（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．３５－２．４２（ｍ，３Ｈ），２．３１（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．２２（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．０４－２．１７（ｍ，３Ｈ），１．９７－２．０４（ｍ，３Ｈ），１．９４（ｓ，６Ｈ），１．９０（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），１．７２－１．８３（ｍ，６Ｈ），１．５５－１．７１（ｍ，３Ｈ），１．３９－１．５２（ｍ，３Ｈ），１．２５－１．３７（ｍ，３Ｈ），０．７６－１．０６（ｍ，４Ｈ），０．０２（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），－０．２５（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ）．
実施例１６：化合物７１の調製
リファマイシンアナログ７１を、以下のスキーム２０に示されるように、および以下に記載されるように、リファマイシンＳから合成した。
スキーム２０
化合物６９：３－（ベンジルオキシ）－２－ニトロフェノール（５００ｍｇ、２．０３ｍｍｏｌ、１．０当量）、２－クロロ－Ｎ，Ｎ－ジメチルエタン－１－アミンＨＣｌ塩（３８０ｍｇ、２．６５ｍｍｏｌ、１．３当量）、およびＣｓ２ＣＯ３（１．６５ｇ、５．０７ｍｍｏｌ、２．５当量）の撹拌混合物に、無水アセトン（７ｍＬ）を添加し、５０℃で一晩加熱した。ＬＣ／ＭＳにより反応の完了を認め、これを室温に冷ました。粗製物を、セライトパッドを通して濾過し、濃縮した。その後、粗製物を、ＩＳＣＯ（勾配溶離：メタノール中の０～２０％のＤＣＭ）を介して４０ｇのＨＰシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、暗色の油（４２８ｍｇ、６７％）として６９を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１７Ｈ２０Ｎ２Ｏ４，３１６．３６；ｆｏｕｎｄ ３１７．２（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤＣｌ３）：δ７．３９－７．２９（ｍ，６Ｈ），６．６５（ｔ，Ｊ＝８．５ Ｈｚ，２Ｈ），５．１８（ｓ，２Ｈ），４．１７（ｔ，Ｊ＝５．９ Ｈｚ，２Ｈ），２．７５（ｔ，Ｊ＝５．９ Ｈｚ，２Ｈ），２．３３（ｓ，６Ｈ）．
化合物７０：メタノール（３ｍＬ）中の化合物６９（１８５ｍｇ、０．５８５ｍｍｏｌ）のアルゴン下の撹拌溶液に、３７ｍｇの２０％のＰｄ（ＯＨ）２／Ｃ（～５０％水を含有）を添加した。混合物をアルゴンでさらに脱気し、水素バルーンに接続した。２時間後、インプロセスのアリコートからのＬＣ／ＭＳによる分析により、反応が完了していることが示された。混合物をセライトに通して濾過し、濃縮することで、濃い黄色の油として１１０ｍｇの表題化合物７０（ＬＣ／ＭＳにより８５％純粋）を得て、これをさらに精製することなく次の工程で直ちに使用した。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１０Ｈ１６Ｎ２Ｏ２，１９６．１；ｆｏｕｎｄ １９７．１（Ｍ＋Ｈ）．
化合物７１：ヒドロキシアニリン７０（１１０ｍｇ、０．４７６ｍｍｏｌ、８５％純粋）を含む丸底フラスコに、１，４－ジオキサン（６．８ｍＬ）およびリファマイシンＳ（６６３ｍｇ、０．９５３ｍｍｏｌ）を添加した。反応混合物をゴム隔膜を介して密閉し、アルゴンでパージし、反応物を周囲温度で勢いよく撹拌した。７日後、反応物を真空で濃縮し、ＭｅＯＨ（１０ｍＬ）に溶解し、ＭｎＯ２（１０４ｍｇ、１．１９１ｍｍｏｌ）を添加した。４週間撹拌した後、反応物をセライトに通して濾過し、ＭｅＯＨ（２×２０ｍＬ）で洗浄し、真空中で濃縮し、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：０～１０％、次に、１０～５０％、のＭｅＯＨ／ＤＣＭ）を介して４０ｇのＨＰのシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムのクロマトグラフィーにより精製した。純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させた。濃縮した画分を、ＭｅＣＮ／Ｈ２Ｏ（１：１）に溶解し、ドライアイス／アセトンで凍結し、一晩凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物（４８ｍｇ、１２％）として表題化合物７１を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４７Ｈ５７Ｎ３Ｏ１３，８７１．４；ｆｏｕｎｄ，８７２．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．３７（ｓ，１Ｈ），７．６５（ｔ，Ｊ＝８．５５ Ｈｚ，１Ｈ），７．１５（ｄ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，１Ｈ），５．２３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．３３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），４．２８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．１３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．０１（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），２．９５（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．９１（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．７８（ｔ，Ｊ＝９．２８ Ｈｚ，１Ｈ），２．３１（ｂｒ．ｓ．，９Ｈ），２．１７（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），１．９８（ｓ，５Ｈ），１．９４（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），１．６７（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．５９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），０．８０－０．９３（ｍ，８Ｈ），０．７８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），０．６７（ｂｒ．ｓ．，６Ｈ）．
実施例１７：化合物７２の調製物
リファマイシンアナログ７２を、以下のスキーム２１に示されるように、および以下に記載されるように、化合物１５から合成した。
スキーム２１
化合物７２：薗頭カップリング反応を使用して表題化合物を調製した。室温の脱気された無水ＴＨＦ（３ｍＬ）中の化合物１５（１００ｍｇ、０．１１５ｍｍｏｌ、１．０当量）、Ｎ，Ｎ－ジメチルプロプ（ｄｉｍｅｔｈｙｌｐｒｏｐ）－２－イン－１－アミン（１９μＬ、０．１７３ｍｍｏｌ、１．５当量）、ＣｕＩ（１．１ｍｇ、０．００５７５ｍｍｏｌ、０．０５当量）、Ｐｄ（ＰＰｈ３）４（３．３ｍｇ、０．００２８７ｍｍｏｌ、０．０２５当量）、およびトリエチルアミン（６４μＬ、０．４６ｍｍｏｌ、４．０当量）の混合物を、一晩撹拌した。反応の進行をＬＣ／ＭＳによりモニタリングし、追加の触媒（１０ｍｇ）を添加した。混合物を油浴中で４０℃に一晩加熱した。ＬＣ／ＭＳにより反応の完了を認めた。粗製物を、セライトパッドを通して濾過し、濃縮した。次に、粗製物をＣ１８ ５０ｇのカラムにより精製し、その後、ＩＳＣＯ ＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％の）による別の精製を行った。純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、凍結乾燥装置により２０時間乾燥させることで、赤みがかった固形物として１２ｍｇ（９％）の７２を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５５Ｎ３Ｏ１２，８６５．３８；ｆｏｕｎｄ ８６６．４（Ｍ＋Ｈ），８６４．４（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ７．９７－７．９４（ｍ，１Ｈ），７．５４（ｔ，Ｊ＝１．７ Ｈｚ，１Ｈ），７．３９－７．３５（ｍ，１Ｈ），６．８９－６．８６（ｍ，１Ｈ），６．３８－６．３５（ｍ，１Ｈ），６．１７－６．１５（ｍ，２Ｈ），５．１２－５．０９（ｍ，１Ｈ），４．９５－４．９３（ｍ，２Ｈ），３．８２－３．７９（ｍ，１Ｈ），３．５８（ｓ，２Ｈ），３．０２（ｓ，６Ｈ），２．４０（ｓ，３Ｈ），２．２７－２．２７（ｍ，４Ｈ），２．１２－２．０１（ｍ，３Ｈ），１．９７（ｄ，Ｊ＝１０．６ Ｈｚ，８Ｈ），１．７４（ｓ，４Ｈ），１．７２－１．６８（ｍ，２Ｈ），１．５４－１．４９（ｍ，１Ｈ），１．２９（ｄ，Ｊ＝２．３ Ｈｚ，１Ｈ），０．９５（ｓ，３Ｈ），０．８９（ｄｄ，Ｊ＝５．２，１．５ Ｈｚ，３Ｈ），０．２１－０．１７（ｍ，２Ｈ），－０．０８－－０．１２（ｍ，２Ｈ）．
実施例１８：化合物７５の調製
リファマイシンアナログ７５を、以下のスキーム２２に示されるように、および以下に記載されるように、リファマイシンＳから合成した。
スキーム２２
化合物７３：室温の無水ＴＨＦ（１５ｍＬ）中の２－（ベンジルオキシ）－４－ブロモ－１－ニトロベンゼン（５００ｍｇ、１．６２２ｍｍｏｌ、１．０当量）、Ｎ，Ｎ－ジメチルプロプ－２－イン－１－アミン（２６２μＬ、２．４３３ｍｍｏｌ、１．５当量）、ＣｕＩ（１５．４ｍｇ、０．０８１１ｍｍｏｌ、０．０５当量）、Ｐｄ（ＰＰｈ３）４（４７ｍｇ、０．０４０５ｍｍｏｌ、０．０２５当量）、およびトリエチルアミン（９０４μＬ、６．４８８ｍｍｏｌ、４．０当量）の混合物を、脱気して５時間撹拌した。反応の進行をＬＣ／ＭＳによってモニタリングした。粗製物を、セライトパッドを通して濾過し、濃縮した。その後、粗製物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：メタノール中の０～２０％のＤＣＭ）を介して４０ｇのＨＰシリカゲルＧｏｌｄ ＲｅｄｉＳｅｐカラムで精製し、純粋な画分を蒸発させ、真空中で乾燥させることで、７３（４９２ｍｇ、９８％）を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１８Ｈ１８Ｎ２Ｏ３，３１０．１３；ｆｏｕｎｄ ３１１．２（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ７．８１（ｄ，Ｊ＝８．３ Ｈｚ，１Ｈ），７．４７（ｄ，Ｊ＝７．６ Ｈｚ，２Ｈ），７．３８（ｄｄ，Ｊ＝８．４，１．４ Ｈｚ，４Ｈ），７．１４（ｄｄ，Ｊ＝８．３，１．５ Ｈｚ，１Ｈ），５．２８（ｓ，２Ｈ），３．５２（ｓ，２Ｈ），２．３６（ｄｄ，Ｊ＝１．３，０．６ Ｈｚ，６Ｈ）．
化合物７４：メタノール（４ｍＬ）中の化合物７３（１００ｍｇ、０．３２２ｍｍｏｌ）のアルゴン下の溶液に、２０ｍｇの２０％のＰｄ（ＯＨ）２／Ｃを添加した。混合物をアルゴンでさらに脱気し、水素バルーンに接続した。１６時間後、インプロセスのアリコートからのＬＣ／ＭＳによる分析により、反応が完了していることが示された。混合物をセライトに通して濾過し、ＭｅＯＨ（２×１０ｍＬ）で洗浄し、濃縮することで、赤みがかった黄色の油として７２ｍｇの表題化合物７４を得て、これをさらに精製することなく次の工程で直ちに使用した。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１１Ｈ１８Ｎ２Ｏ，１９４．１；ｆｏｕｎｄ １９５．２（Ｍ＋Ｈ）．
化合物７５：ヒドロキシアニリン７４（７２ｍｇ、０．３０４ｍｍｏｌ、８２％純粋）を含む丸底フラスコに、１，４－ジオキサン（３ｍＬ）およびリファマイシンＳ（４２３ｍｇ、０．６０８ｍｍｏｌ）を添加した。反応混合物をゴム隔膜を介して密閉し、アルゴンでパージし、反応物を周囲温度で勢いよく撹拌した。１２日後、反応物を真空で濃縮してジオキサンを除去し、ＭｅＯＨ（６ｍＬ）に溶解し、ＭｎＯ２（１０６ｍｇ、１．２１６ｍｍｏｌ）を添加した。２０時間撹拌した後、反応物をセライトに通して濾過し、ＭｅＯＨ（２×１０ｍＬ）で洗浄し、真空中で濃縮し、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：水中の０～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸）を介して５０ｇのＣ１８ ＲｅｄｉＳｅｐ Ｇｏｌｄカラムで直接精製した。生成物を含有する画分を組み合わせ、ドライアイス／アセトンで冷凍し、一晩凍結乾燥させることで、表題化合物７５を得た。化合物を、ＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中１０～９５％のＭｅＣＮ、両方において１０ｍＭのＮＨ４ＯＡｃ）により再精製した。純粋な画分を組み合わせ、ドライアイス／アセトンで凍結し、一晩凍結乾燥させることで、赤みがかった褐色固形物（６ｍｇ、２．２％）として表題化合物７５を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４８Ｈ５９Ｎ３Ｏ１２，８６９．４；ｆｏｕｎｄ ８７０．４（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ； ＣＤ３ＯＤ）：δ８．４６（ｓ，１Ｈ），７．６７（ｓ，１Ｈ），７．００（ｓ，１Ｈ），６．２８（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，１Ｈ），６．２０（ｓ，１Ｈ），５．９８－６．１１（ｍ，２Ｈ），５．２１（ｄｄ，Ｊ＝６．１１，１２．４６ Ｈｚ，１Ｈ），５．１１（ｄ，Ｊ＝１０．２６ Ｈｚ，１Ｈ），３．８５－３．９９（ｍ，２Ｈ），３．７６（ｓ，３Ｈ），３．６５－３．７０（ｍ，３Ｈ），３．５８（ｓ，３Ｈ），３．４５（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），３．０４－３．１５（ｍ，３Ｈ），２．３５（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），２．０３（ｓ，３Ｈ），１．９９（ｓ，３Ｈ），１．７７（ｓ，３Ｈ），１．６１－１．６９（ｍ，３Ｈ），１．２９（ｓ，３Ｈ），１．００（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，３Ｈ），０．９２（ｄ，Ｊ＝７．３３ Ｈｚ，３Ｈ），０．７５－０．８９（ｍ，３Ｈ），０．６３（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，３Ｈ），０．１０（ｓ，３Ｈ），０．００（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，２Ｈ）．
実施例１９：リンカー－ペイロード化合物の調製
リンカー－ペイロード化学を使用して、以下のスキーム２３に示されるように、および以下に記載されるように、化合物２０を調製した。
スキーム２３
化合物１８の合成。ＰＣＴ国際出願第２０１４１４５０９０号の手順を使用して、表題化合物を調製した。ｔｅｒｔ－ブチル（（Ｓ）－１－（（（Ｓ）－１－（（４―（ヒドロキシメチル）フェニル）アミノ）－１－オキソ－５－ウレイドペンタン（ｕｒｅｉｄｏｐｅｎｔａｎ）－２－イル）アミノ）－３－メチル－１－オキソブタン－２－イル）カルバメート１８ａ（５００ｍｇ、１．０４ｍｍｏｌ）を、ＣＨ３ＣＮ／Ｈ２Ｏ／ＴＦＡ（３：１：１＝ｖ／ｖ／ｖ、１２ｍＬ／４ｍＬ／４ｍＬ）の混合物に溶解した。反応混合物を室温で４８時間撹拌した。ＬＣＭＳにより反応の進行が完了していることが決定された。真空中で濃縮した後、粗製生成物１８ｂ（０．９ｇの湿気）を、さらに精製することなく次の工程で直接使用した。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１８Ｈ２９Ｎ５Ｏ４，３７９．２２；ｆｏｕｎｄ ３８０．２（Ｍ＋Ｈ）．
水（８ｍＬ）中の１８ｂ（７００ｍｇ、１．４７ｍｍｏｌ、１．０当量）の溶液を、４℃の２ｍＬのＮａＨＣＯ３水溶液で希釈し、混合物（ｐＨ＝８．０）を、１０ｍＬのアセトニトリル中の市販の２，５－ジオキソピロリジン－１－イル６－（２，５－ジオキソ－２，５－ジヒドロ－１Ｈ－ピロール－１－イル）ヘキサノエート（４０８ｍｇ、０．９当量）で処理した。反応が完了するまで、懸濁液を室温で１６時間撹拌した。粗製生成物を減圧下で濃縮し、ＤＭＳＯ（５ｍＬ）で希釈した。粗製生成物を、ＩＳＣＯ １５０ｇのＣ１８カラム（溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）により精製した。純粋な画分を組み合わせ、凍結乾燥させることで、白色固形物として３６８ｍｇ（４４％）の化合物１８を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ２８Ｈ４０Ｎ６Ｏ７，５７２．３０；ｆｏｕｎｄ ５７３．６（Ｍ＋Ｈ），（２Ｍ＋Ｈ），１１４５．９．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．８９（ｓ，１Ｈ），８．０５（ｄ，Ｊ＝７．３３ Ｈｚ，１Ｈ），７．８１（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，１Ｈ），７．５２－７．５７（ｍ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，２Ｈ），７．２１－７．２６（ｍ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，２Ｈ），６．９９－７．０２（ｍ，２Ｈ），５．９８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．４０（ｓ，２Ｈ），５．１０（ｔ，Ｊ＝５．６２ Ｈｚ，１Ｈ），４．３５－４．４５（ｍ，３Ｈ），４．１８（ｄｄ，Ｊ＝６．８４，８．３０ Ｈｚ，１Ｈ），３．２６－３．３３（ｍ，２Ｈ），２．９１－３．０６（ｍ，２Ｈ），２．０８－２．２２（ｍ，２Ｈ），１．９３－２．０１（ｍ，１Ｈ），１．６６－１．７４（ｍ，１Ｈ），１．５９（ｄｄ，Ｊ＝４．４０，９．２８ Ｈｚ，１Ｈ），１．４３－１．５５（ｍ，５Ｈ），１．３２－１．４３（ｍ，１Ｈ），１．１９（ｑｕｉｎ，Ｊ＝７．５７ Ｈｚ，２Ｈ），０．８４（ｄ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，３Ｈ），０．８０－０．８９（ｍ，３Ｈ）．
化合物１９の合成。室温の１８（１００ｍｇ、０．１７４ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌懸濁液に、マイクロシリンジを使用してＳＯＣｌ２（１４μＬ、０．１９２ｍｍｏｌ、１．１当量）をゆっくりと添加した。スラリー反応混合物を１．５時間撹拌し、ＬＣ／ＭＳにより分析されたアリコートによって、所望の形成が示された。粗製混合物を濃縮して、減圧下ですべての揮発性物質を除去した。混合物を２ｍＬのＤＭＳＯで希釈し、ＩＳＣＯ Ｃ１８ Ａｑ ５０ｇのカラムにロードして精製した（水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）。純粋な画分を組み合わせ、凍結乾燥させることで、オフホワイト固形物として７２ｍｇ（７１％）の１９を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ２８Ｈ３９ＣｌＮ６Ｏ６，５９０．２６；ｆｏｕｎｄ ５９１．３（Ｍ＋Ｈ），１１８１．５（２Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ１０．０３（ｓ，１Ｈ），８．０３－８．１１（ｍ，１Ｈ），７．７９（ｄ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，１Ｈ），７．５７－７．６３（ｍ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，２Ｈ），７．３４－７．３８（ｍ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，２Ｈ），６．９９－７．０２（ｍ，２Ｈ），５．９７（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．４０（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），４．７１（ｓ，２Ｈ），４．３４－４．４３（ｍ，２Ｈ），４．１６－４．２１（ｍ，１Ｈ），３．３６－３．４２（ｍ，３Ｈ），２．９０－３．０６（ｍ，３Ｈ），２．０７－２．２２（ｍ，３Ｈ），１．９１－２．００（ｍ，１Ｈ），１．６６－１．７３（ｍ，１Ｈ），１．３１－１．４１（ｍ，１Ｈ），１．１８（ｑｕｉｎ，Ｊ＝７．６９ Ｈｚ，３Ｈ），０．７９－０．８９（ｍ，７Ｈ）．
化合物２０の合成。２ドラムバイアル中の１９（１３．５ｍｇ、０．０２２８ｍｍｏｌ、１．２当量）、１６ａ（１６．６ｍｇ、０．０１９０ｍｍｏｌ、１．０当量）、およびＮａＩ（１４．２ｍｇ、０．０９５ｍｍｏｌ）の混合物を、１ｍＬの無水ＤＭＦに溶解した。ＤＭＦ中の触媒量（１０μＬ）の０．５ＭのＤＩＰＥＡの溶液を、シリンジで添加した。混合物を油浴中で５５℃で一晩加熱した。ＬＣ／ＭＳにより反応の完了を認め、所望の生成物を得た。混合物を４℃に冷却し、１ｍＬの水で希釈した。濾過後、暗色の粗製物混合物を、ＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）により精製した。純粋な画分を組み合わせ、凍結乾燥させることで、濃い赤色固形物として１４．６ｍｇ（５５％）の２０を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ７５Ｈ９６Ｎ９Ｏ１９ ＋，１４２６．６８；ｆｏｕｎｄ １４２７．３（Ｍ＋１） ａｎｄ １４２５．５（Ｍ－１）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ１０．２５（ｓ，１Ｈ），８．１９（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，１Ｈ），７．８２（ｄ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，２Ｈ），７．７６（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，３Ｈ），７．５０（ｄ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，３Ｈ），７．００（ｓ，２Ｈ），６．１２（ｄ，Ｊ＝１２．７０ Ｈｚ，１Ｈ），６．０３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．４３（ｓ，２Ｈ），４．７０－４．８０（ｍ，２Ｈ），４．５８（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），４．３６－４．４１（ｍ，１Ｈ），４．１８（ｔ，Ｊ＝７．８２ Ｈｚ，１Ｈ），３．７７（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．３６－３．４５（ｍ，８Ｈ），３．１３（ｄ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，１Ｈ），２．８９－３．０６（ｍ，１２Ｈ），２．７８（ｔ，Ｊ＝９．０４ Ｈｚ，１Ｈ），２．０６－２．２２（ｍ，３Ｈ），２．０３（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．９１－２．００（ｍ，１０Ｈ），１．８５（ｓ，３Ｈ），１．６６－１．７４（ｍ，１Ｈ），１．５６－１．６４（ｍ，６Ｈ），１．４２－１．５６（ｍ，８Ｈ），１．３８（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，２Ｈ），１．１５－１．２５（ｍ，３Ｈ），０．７５－０．８８（ｍ，１４Ｈ），０．０７（ｓ，１Ｈ）．
リンカー－ペイロード化合物２５を スキーム２４に示されるように、および以下に記載されるように調製した。
スキーム２４
化合物２３の合成。その後、無水ＤＭＦ（１．５ｍＬ）中の２２（１００ｍｇ、０．１４４ｍｍｏｌ）および１８ｂ（８２ｍｇ、０．２１７ｍｍｏｌ）の混合物を、マイクロシリンジを介してＤＩＥＡ（５０μＬ、０．２８８ｍｍｏｌ）で処理した。反応混合物を室温で２時間撹拌し、２３が得られたことがＬＣ／ＭＳにより決定された。粗製混合物を、ＩＳＣＯ Ｃ１８ １００ｇのＡｑカラム（溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）により精製し、純粋な画分を組み合わせ、凍結乾燥させることで、８４．４ｍｇの２３（６２％）を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４４Ｈ７１Ｎ７Ｏ１６，９５３．５０；ｆｏｕｎｄ ９５４．４（Ｍ＋Ｈ），９７６．４（Ｍ＋Ｎａ），９５２．４（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ９．８８（ｓ，１Ｈ），８．０８（ｄ，Ｊ＝７．２ Ｈｚ，１Ｈ），８．００（ｓ，１Ｈ），７．８６（ｄ，Ｊ＝８．５ Ｈｚ，１Ｈ），７．５５（ｄ，Ｊ＝８．４ Ｈｚ，２Ｈ），７．２３（ｄ，Ｊ＝８．３ Ｈｚ，２Ｈ），７．００（ｓ，２Ｈ），５．９８（ｓ，１Ｈ），５．４０（ｓ，１Ｈ），４．４３（ｓ，２Ｈ），４．３９（ｄ，Ｊ＝５．４ Ｈｚ，１Ｈ），４．２３（ｄｄ，Ｊ＝８．３，６．８ Ｈｚ，２Ｈ），３．６０（ｄ，Ｊ＝６．９ Ｈｚ，６Ｈ），３．４４－３．５４（ｍ，３０Ｈ），３．３７（ｔ，Ｊ＝５．８ Ｈｚ，３Ｈ），３．１５（ｄ，Ｊ＝５．７ Ｈｚ，２Ｈ），２．９９（ｄ，Ｊ＝２９．６ Ｈｚ，２Ｈ），２．３３（ｔ，Ｊ＝７．３ Ｈｚ，３Ｈ），１．９８（ｄ，Ｊ＝６．７ Ｈｚ，１Ｈ），１．７１－１．７０（ｍ，１Ｈ），１．６１－１．５８（ｍ，１Ｈ），１．４４－１．３６（ｍ，２Ｈ），０．８５（ｄｄ，Ｊ＝１５．５，６．７ Ｈｚ，７Ｈ）．
化合物２４の合成。室温のバイアル中の２３（１５ｍｇ、０．０１５７ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌懸濁液に、マイクロシリンジを介してＳＯＣｌ２（１．３μＬ、０．０１７３ｍｍｏｌ、１．１当量）をゆっくりと添加した。１時間後、ＬＣ／ＭＳにより分析されたアリコートによって、所望の生成物の形成が示された。粗製混合物を濃縮して減圧下ですべての揮発性物質を除去した。粗製混合物を０．８ｍＬのＭｅＣＮで希釈し、ＥＺ分取ＨＰＬＣカラムにロードし、溶離した（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）。純粋な画分を組み合わせ、凍結乾燥させることで、オフホワイト固形物として９．５ｍｇ（６３％）の２４を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４４Ｈ７０ＣｌＮ７Ｏ１５，９７１．４６；ｆｏｕｎｄ ９７２．４（Ｍ＋Ｈ），９９４．４（Ｍ＋Ｎａ），９７０．３（Ｍ－１）．
リンカー－ペイロード化合物２５の合成。１ドラムバイアル中の２４（９．５ｍｇ、０．００９７６ｍｍｏｌ、１．０当量）、１６ａ（８．５１ｍｇ、０．００９７６ｍｍｏｌ、１．０当量）、およびＮａＩ（７．３ｍｇ、０．０４８８ｍｍｏｌ）の混合物を、１ｍＬの無水ＤＭＦに溶解した。ＤＭＦ中の触媒量（２０μＬ）の０．５ＭのＤＩＥＡの溶液を、シリンジで添加した。混合物を油浴中で５５℃で一晩加熱した。ＬＣ／ＭＳにより反応の完了を認め、所望の生成物を得た。混合物を氷浴中で冷却し、１ｍＬの水で希釈した。濾過後、暗色の粗製物混合物を、ＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）により精製した。純粋な画分を組み合わせ、凍結乾燥させることで、濃い赤色固形物として７．４ｍｇ（４２％）の２５を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ９１Ｈ１２７Ｎ１０Ｏ２８ ＋，１８０７．８８；ｆｏｕｎｄ １８０８．８（Ｍ＋Ｈ） ａｎｄ １８０６．５（Ｍ－１）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ１０．２３（ｓ，１Ｈ ），８．２２－－８．１７（ｍ，１Ｈ），８．０３－－７．９８（ｍ，１Ｈ），７．８６（ｄ，Ｊ＝８．３ Ｈｚ，１Ｈ），７．７５（ｄ，Ｊ＝８．２ Ｈｚ，４Ｈ），７．５０（ｄ，Ｊ＝８．３ Ｈｚ，３Ｈ），７．００（ｓ，２Ｈ），６．０１（ｓ，１Ｈ），５．７６（ｓ，１Ｈ ），５．４３（ｓ，１Ｈ），４．８０－－４．８０（ｍ，１Ｈ），４．５８（ｓ，１Ｈ），４．４３－－４．４１（ｍ，１Ｈ），４．２７－－４．２３（ｍ，１Ｈ），３．７６（ｔ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，２Ｈ），３．５９（ｔ，Ｊ＝７．３ Ｈｚ，５Ｈ），３．４９（ｄ，Ｊ＝２．９ Ｈｚ，５４Ｈ），３．１４（ｄ，Ｊ＝５．８ Ｈｚ，４Ｈ），３．０３（ｓ，８Ｈ），２．９０（ｔ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，３Ｈ），２．７７（ｄ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，１Ｈ），２．３３（ｔ，Ｊ＝７．３ Ｈｚ，４Ｈ），２．０８（ｄ，Ｊ＝６．１ Ｈｚ，４Ｈ），１．９４（ｄ，Ｊ＝１８．９ Ｈｚ，１０Ｈ），１．８３（ｓ，５Ｈ），１．５９（ｓ，８Ｈ），０．８５（ｄｄ，Ｊ＝１６．１，６．７ Ｈｚ，８Ｈ）．
リンカー－ペイロード化合物３６を スキーム２５に示されるように、および以下に記載されるように調製した。
スキーム２５
化合物３６：１ドラムバイアル中の２４（１４．４ｍｇ、０．００１４９ｍｍｏｌ、１．２当量）、１６ａ（１１．０ｍｇ、０．００１２３ｍｍｏｌ、１．０当量）、およびＮａＩ（９．１ｍｇ、０．０６１５ｍｍｏｌ）の混合物を、１ｍＬの無水ＤＭＦに溶解した。ＤＭＦ（１０μＬ）中の触媒量の０．５ＭのＤＩＥＡの溶液を、シリンジを介して添加した。混合物を油浴中で５５℃で一晩加熱した。ＬＣ／ＭＳによる分析時に反応は完了しており、所望の生成物を得た。混合物を氷浴中で冷却し、０．５ｍＬの水で希釈した。濾過後、暗色の粗製物混合物を、ＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）により精製した。純粋な画分を集めて、凍結し、凍結乾燥させることで、濃い赤色固形物として１１．７ｍｇ（５３％）の３６を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ９１Ｈ１２７Ｎ１０Ｏ２９ ＋，１８２３．８８；ｆｏｕｎｄ １８２４．８（Ｍ＋Ｈ） ａｎｄ １８２１．７（Ｍ－１）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ１０．２２（ｓ，１Ｈ），８．８５（ｄ，Ｊ＝０．８ Ｈｚ，１Ｈ），８．１８－８．１７（ｍ，１Ｈ），８．０１（ｓ，１Ｈ），７．８６（ｄ，Ｊ＝８．１ Ｈｚ，１Ｈ），７．７５－７．７３（ｍ，２Ｈ），７．４９－７．４７（ｍ，２Ｈ），７．００（ｓ，２Ｈ），６．２８（ｄｄ，Ｊ＝９．９，０．９ Ｈｚ，１Ｈ），６．２１（ｄｄ，Ｊ＝１２．４，０．６ Ｈｚ，１Ｈ），６．００－５．９８（ｍ，１Ｈ），５．８６（ｓ，１Ｈ），５．４８（ｓ，１Ｈ），５．４２（ｄ，Ｊ＝８．４ Ｈｚ，２Ｈ），５．０４－４．９９（ｍ，１Ｈ），４．７２－４．６９（ｍ，１Ｈ），４．５８－４．５０（ｍ，３Ｈ），４．４０－４．３８（ｍ，１Ｈ），４．２５－４．２２（ｍ，１Ｈ），３．８９－３．８７（ｍ，１Ｈ），３．７３－３．７０（ｍ，４Ｈ），３．６２－３．５８（ｍ，７Ｈ），３．５４－３．４７（ｍ，２９Ｈ），３．３６（ｔ，Ｊ＝５．８ Ｈｚ，７Ｈ），３．１５（ｄ，Ｊ＝５．７ Ｈｚ，４Ｈ），３．０３－２．９８（ｍ，４Ｈ），２．８５（ｓ，３Ｈ），２．６６（ｄ，Ｊ＝２３．９ Ｈｚ，３Ｈ），２．３４（ｄｄ，Ｊ＝１６．４，９．２ Ｈｚ，４Ｈ），２．１２－２．０５（ｍ，３Ｈ），１．９２（ｄ，Ｊ＝１８．７ Ｈｚ，１３Ｈ），１．６７（ｓ，３Ｈ），１．６１（ｔ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，３Ｈ），１．４７－１．３７（ｍ，３Ｈ），１．２４（ｄ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，１Ｈ），０．８８－０．７８（ｍ，８Ｈ），０．７８－０．６５（ｍ，４Ｈ），０．１７－０．１６（ｍ，１Ｈ），０．０７（ｓ，１Ｈ），－０．４１（ｔｄ，Ｊ＝２．５，０．９ Ｈｚ，１Ｈ）．
リンカー－ペイロード化合物２５ａを スキーム２６に示されるように、および以下に記載されるように調製した。
スキーム２６
化合物２３ａの合成。無水ＤＭＦ（１．５ｍＬ）中の２２ａ（１００ｍｇ、０．１４４ｍｍｏｌ）および１８ｂ（８２ｍｇ、０．２１７ｍｍｏｌ）の混合物に、その後、マイクロシリンジを介してＤＩＥＡ（５０μＬ、０．２８８ｍｍｏｌ）で処置した。反応混合物を室温で２時間撹拌し、２３ａが得られたことがＬＣ／ＭＳにより決定された。粗製混合物を、ＩＳＣＯ Ｃ１８ １００ｇのＡｑカラム（溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）により精製し、純粋な画分を組み合わせ、凍結乾燥させることで、８４．４ｍｇの２３（６２％）を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４４Ｈ７１Ｎ７Ｏ１６，９５３．５０；ｆｏｕｎｄ ９５４．４（Ｍ＋Ｈ），９７６．４（Ｍ＋Ｎａ），９５２．４（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ９．８８（ｓ，１Ｈ），８．０８（ｄ，Ｊ＝７．２ Ｈｚ，１Ｈ），８．００（ｓ，１Ｈ），７．８６（ｄ，Ｊ＝８．５ Ｈｚ，１Ｈ），７．５５（ｄ，Ｊ＝８．４ Ｈｚ，２Ｈ），７．２３（ｄ，Ｊ＝８．３ Ｈｚ，２Ｈ），７．００（ｓ，２Ｈ），５．９８（ｓ，１Ｈ），５．４０（ｓ，１Ｈ），４．４３（ｓ，２Ｈ），４．３９（ｄ，Ｊ＝５．４ Ｈｚ，１Ｈ），４．２３（ｄｄ，Ｊ＝８．３，６．８ Ｈｚ，２Ｈ），３．６０（ｄ，Ｊ＝６．９ Ｈｚ，６Ｈ），３．４４－３．５４（ｍ，３０Ｈ），３．３７（ｔ，Ｊ＝５．８ Ｈｚ，３Ｈ），３．１５（ｄ，Ｊ＝５．７ Ｈｚ，２Ｈ），２．９９（ｄ，Ｊ＝２９．６ Ｈｚ，２Ｈ），２．３３（ｔ，Ｊ＝７．３ Ｈｚ，３Ｈ），１．９８（ｄ，Ｊ＝６．７ Ｈｚ，１Ｈ），１．７１－１．７０（ｍ，１Ｈ），１．６１－１．５８（ｍ，１Ｈ），１．４４－１．３６（ｍ，２Ｈ），０．８５（ｄｄ，Ｊ＝１５．５，６．７ Ｈｚ，７Ｈ）．
化合物２４ａの合成。室温のバイアル中の２３ａ（１５ｍｇ、０．０１５７ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌懸濁液に、マイクロシリンジを介してＳＯＣｌ２（１．３μＬ、０．０１７３ｍｍｏｌ、１．１当量）をゆっくりと添加した。１時間後、ＬＣ／ＭＳにより分析されたアリコートによって、所望の生成物の形成が示された。粗製混合物を濃縮して減圧下ですべての揮発性物質を除去した。粗製混合物を０．８ｍＬのＭｅＣＮで希釈し、ＥＺ分取ＨＰＬＣカラムにロードし、溶離させた（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）。純粋な画分を組み合わせ、凍結乾燥させることで、オフホワイト固形物として９．５ｍｇ（６３％）の２４を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ４４Ｈ７０ＣｌＮ７Ｏ１５，９７１．４６；ｆｏｕｎｄ ９７２．４（Ｍ＋Ｈ），９９４．４（Ｍ＋Ｎａ），９７０．３（Ｍ－１）．
リンカー－ペイロード化合物２５ａの合成。１ドラムバイアル中の２４ａ（９．５ｍｇ、０．００９７６ｍｍｏｌ、１．０当量）、１６ａ（８．５１ｍｇ、０．００９７６ｍｍｏｌ、１．０当量）、およびＮａＩ（７．３ｍｇ、０．０４８８ｍｍｏｌ）の混合物を、１ｍＬの無水ＤＭＦに溶解した。ＤＭＦ中の触媒量（２０μＬ）の０．５ＭのＤＩＥＡの溶液を、シリンジで添加した。混合物を油浴中で５５℃で一晩加熱した。ＬＣ／ＭＳにより反応の完了を認め、所望の生成物を得た。混合物を氷浴中で冷却し、１ｍＬの水で希釈した。濾過後、暗色の粗製物混合物を、ＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）により精製した。純粋な画分を組み合わせ、凍結乾燥させることで、濃い赤色固形物として７．４ｍｇ（４２％）の２５を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ９１Ｈ１２７Ｎ１０Ｏ２８ ＋，１８０７．８８；ｆｏｕｎｄ １８０８．８（Ｍ＋Ｈ） ａｎｄ １８０６．５（Ｍ－１）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）δ１０．２３（ｓ，１Ｈ ），８．２２－－８．１７（ｍ，１Ｈ），８．０３－－７．９８（ｍ，１Ｈ），７．８６（ｄ，Ｊ＝８．３ Ｈｚ，１Ｈ），７．７５（ｄ，Ｊ＝８．２ Ｈｚ，４Ｈ），７．５０（ｄ，Ｊ＝８．３ Ｈｚ，３Ｈ），７．００（ｓ，２Ｈ），６．０１（ｓ，１Ｈ），５．７６（ｓ，１Ｈ ），５．４３（ｓ，１Ｈ），４．８０－－４．８０（ｍ，１Ｈ），４．５８（ｓ，１Ｈ），４．４３－－４．４１（ｍ，１Ｈ），４．２７－－４．２３（ｍ，１Ｈ），３．７６（ｔ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，２Ｈ），３．５９（ｔ，Ｊ＝７．３ Ｈｚ，５Ｈ），３．４９（ｄ，Ｊ＝２．９ Ｈｚ，５４Ｈ），３．１４（ｄ，Ｊ＝５．８ Ｈｚ，４Ｈ），３．０３（ｓ，８Ｈ），２．９０（ｔ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，３Ｈ），２．７７（ｄ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，１Ｈ），２．３３（ｔ，Ｊ＝７．３ Ｈｚ，４Ｈ），２．０８（ｄ，Ｊ＝６．１ Ｈｚ，４Ｈ），１．９４（ｄ，Ｊ＝１８．９ Ｈｚ，１０Ｈ），１．８３（ｓ，５Ｈ），１．５９（ｓ，８Ｈ），０．８５（ｄｄ，Ｊ＝１６．１，６．７ Ｈｚ，８Ｈ）．
リンカー－ペイロード化合物３６ａを スキーム２７に示されるように、および以下に記載されるように調製した。
スキーム２７
化合物３６ａ：１ドラムバイアル中の２４ａ（１４．４ｍｇ、０．００１４９ｍｍｏｌ、１．２当量）、１６ａ（１１．０ｍｇ、０．００１２３ｍｍｏｌ、１．０当量）、およびＮａＩ（９．１ｍｇ、０．０６１５ｍｍｏｌ）の混合物を、１ｍＬの無水ＤＭＦに溶解した。ＤＭＦ（１０μＬ）中の触媒量の０．５ＭのＤＩＥＡの溶液を、シリンジを介して添加した。混合物を油浴中で５５℃で一晩加熱した。ＬＣ／ＭＳによる分析時に反応は完了しており、所望の生成物を得た。混合物を氷浴中で冷却し、０．５ｍＬの水で希釈した。濾過後、暗色の粗製物混合物を、ＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）により精製した。純粋な画分を集めて、凍結し、凍結乾燥させることで、濃い赤色固形物として１１．７ｍｇ（５３％）の３６を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ９１Ｈ１２７Ｎ１０Ｏ２９ ＋，１８２３．８８；ｆｏｕｎｄ １８２４．８（Ｍ＋Ｈ） ａｎｄ １８２１．７（Ｍ－１）．１Ｈ ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ１０．２２（ｓ，１Ｈ），８．８５（ｄ，Ｊ＝０．８ Ｈｚ，１Ｈ），８．１８－８．１７（ｍ，１Ｈ），８．０１（ｓ，１Ｈ），７．８６（ｄ，Ｊ＝８．１ Ｈｚ，１Ｈ），７．７５－７．７３（ｍ，２Ｈ），７．４９－７．４７（ｍ，２Ｈ），７．００（ｓ，２Ｈ），６．２８（ｄｄ，Ｊ＝９．９，０．９ Ｈｚ，１Ｈ），６．２１（ｄｄ，Ｊ＝１２．４，０．６ Ｈｚ，１Ｈ），６．００－５．９８（ｍ，１Ｈ），５．８６（ｓ，１Ｈ），５．４８（ｓ，１Ｈ），５．４２（ｄ，Ｊ＝８．４ Ｈｚ，２Ｈ），５．０４－４．９９（ｍ，１Ｈ），４．７２－４．６９（ｍ，１Ｈ），４．５８－４．５０（ｍ，３Ｈ），４．４０－４．３８（ｍ，１Ｈ），４．２５－４．２２（ｍ，１Ｈ），３．８９－３．８７（ｍ，１Ｈ），３．７３－３．７０（ｍ，４Ｈ），３．６２－３．５８（ｍ，７Ｈ），３．５４－３．４７（ｍ，２９Ｈ），３．３６（ｔ，Ｊ＝５．８ Ｈｚ，７Ｈ），３．１５（ｄ，Ｊ＝５．７ Ｈｚ，４Ｈ），３．０３－２．９８（ｍ，４Ｈ），２．８５（ｓ，３Ｈ），２．６６（ｄ，Ｊ＝２３．９ Ｈｚ，３Ｈ），２．３４（ｄｄ，Ｊ＝１６．４，９．２ Ｈｚ，４Ｈ），２．１２－２．０５（ｍ，３Ｈ），１．９２（ｄ，Ｊ＝１８．７ Ｈｚ，１３Ｈ），１．６７（ｓ，３Ｈ），１．６１（ｔ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，３Ｈ），１．４７－１．３７（ｍ，３Ｈ），１．２４（ｄ，Ｊ＝０．６ Ｈｚ，１Ｈ），０．８８－０．７８（ｍ，８Ｈ），０．７８－０．６５（ｍ，４Ｈ），０．１７－０．１６（ｍ，１Ｈ），０．０７（ｓ，１Ｈ），－０．４１（ｔｄ，Ｊ＝２．５，０．９ Ｈｚ，１Ｈ）．
リンカー－ペイロード化合物８０を スキーム２８に示されるように、および以下に記載されるように調製した。
スキーム２８
化合物７７：無水ＤＭＦ（１．５ｍＬ）中の市販の化合物７６（１００ｍｇ、０．１３１ｍｍｏｌ）および１８ｂ（７１ｍｇ、０．１４４ｍｍｏｌ）の溶液に、マイクロシリンジを介してＤＩＥＡ（３４μＬ、０．１９７ｍｍｏｌ）を添加した。反応混合物を、１時間室温で攪拌した。ＬＣ／ＭＳにより反応の完了を認め、これを真空中で濃縮した。粗製生成物を、Ｃ１８ １００ｇのＡｑカラム（溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）を使用して、ＩＳＣＯシステムにより精製した。ＬＣ／ＭＳによる純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、２４時間凍結乾燥させることで、１１４ｍｇ（８５％）の７７を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５２Ｈ７６Ｎ６Ｏ１５，１０２４．５４；ｆｏｕｎｄ １０２５．５（Ｍ＋Ｈ），１０４７．４（Ｍ＋Ｎａ）．
化合物７８：室温の１．５ｍＬの無水ＤＣＭ中の７７（４６ｍｇ、０．０４４８ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌懸濁液に、マイクロシリンジを使用して、ＳＯＣｌ２（３．６μＬ、０．０４９３ｍｍｏｌ、１．１当量）をゆっくりと添加した。３０分後に、インプロセスアリコートをＬＣ／ＭＳにより分析し、所望の生成物の形成が示された。粗製混合物を真空中で濃縮し、１ｍＬのＭｅＣＮで希釈した。溶液を、ＩＳＣＯシステム Ｃ１８ ５０ｇのＡｇカラム（溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、０．０５％のＡｃＯＨの）にロードした。純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、凍結乾燥させることで、オフホワイト固形物として４０ｍｇ（８５％）の７７を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５２Ｈ７５ＣｌＮ６Ｏ１４，１０４２．５０；ｆｏｕｎｄ １０４３．４（Ｍ＋Ｈ），１０６５．４（Ｍ＋Ｎａ）．
化合物７９：２ドラムバイアル中の７８（３５ｍｇ、０．０３３７ｍｍｏｌ、１．２当量）、２９（２５ｍｇ、０．０２８１ｍｍｏｌ、１．０当量）、およびＮａＩ（２１ｍｇ、０．１４５ｍｍｏｌ、５．０当量）の混合物に、１．５ｍＬの無水ＤＭＦを添加した。ＤＭＦ（２０μＬ）中の触媒量の０．５ＭのＤＩＥＡの溶液を、隔膜を介してシリンジによって添加した。混合物を油浴中で５５℃で一晩加熱した。ＬＣ／ＭＳにより反応の完了を認め、所望の生成物を得た。混合物を氷浴で冷却し、１ｍＬの水で希釈した。濾過後、暗色の粗製物混合物を、ＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）により精製した。純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物として４２ｍｇ（７９％）の７９を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ９９Ｈ１３２Ｎ９Ｏ２８ ＋，１８９４．９２；ｆｏｕｎｄ １８９５．９（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ１０．２２（ｓ，１Ｈ），８．８５（ｓ，１Ｈ），８．１９－８．１７（ｍ，１Ｈ），７．８９－７．８４（ｍ，２Ｈ），７．７４－７．７３（ｍ，２Ｈ），７．７０－７．６８（ｍ，２Ｈ），７．４８－７．４６（ｍ，２Ｈ），７．４１（ｔ，Ｊ＝７．５ Ｈｚ，２Ｈ），７．３２（ｔ，Ｊ＝７．４ Ｈｚ，２Ｈ），６．９１－６．８７（ｍ，１Ｈ），６．２８－６．２６（ｍ，１Ｈ），６．２０（ｄｄ，Ｊ＝１２．８，０．７ Ｈｚ，１Ｈ），６．０９－６．０７（ｍ，１Ｈ），６．０６－５．９７（ｍ，２Ｈ），５．８５（ｔ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，１Ｈ），５．７２－５．６５（ｍ，１Ｈ），５．４８（ｄ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，１Ｈ），５．４２（ｓ，３Ｈ），５．２３－５．２２（ｍ，１Ｈ），５．０４－４．９８（ｍ，２Ｈ），４．７１－４．６９（ｍ，１Ｈ），４．５１（ｔ，Ｊ＝０．８ Ｈｚ，６Ｈ），４．３９－４．３８（ｍ，１２Ｈ），４．２９（ｄ，Ｊ＝６．９ Ｈｚ，３Ｈ），４．２３－４．２０（ｍ，２Ｈ），３．８７（ｄｄ，Ｊ＝８．２，１．１ Ｈｚ，１Ｈ），３．７０（ｄｄ，Ｊ＝１．７，０．９ Ｈｚ，４Ｈ），３．５９（ｄ，Ｊ＝５．７ Ｈｚ，４Ｈ），３．４６（ｓ，１２Ｈ），３．４０（ｄ，Ｊ＝５．８ Ｈｚ，３Ｈ），３．１３－３．１１（ｍ，２Ｈ），３．０３－２．９７（ｍ，６Ｈ），２．８５（ｓ，３Ｈ），２．６８（ｄｄ，Ｊ＝１．３，０．８ Ｈｚ，２Ｈ），２．６３（ｄ，Ｊ＝１．７ Ｈｚ，５Ｈ），２．３６（ｄｄ，Ｊ＝３．５，１．７ Ｈｚ，４Ｈ），２．２２－２．１８（ｍ，１Ｈ），２．１２（ｓ，３Ｈ），２．０５（ｄｄ，Ｊ＝１．４，０．７ Ｈｚ，１Ｈ），１．９８－１．９３（ｍ，３Ｈ），１．８６（ｓ，１Ｈ），１．６７（ｓ，１Ｈ），１．６０（ｔ，Ｊ＝０．８ Ｈｚ，３Ｈ），１．４５－１．４４（ｍ，２Ｈ），１．３８－１．３７（ｍ，１Ｈ），１．２４－１．２０（ｍ，１Ｈ），０．８５（ｄｄ，Ｊ＝１６．５，６．６ Ｈｚ，２Ｈ），０．７８－０．７６（ｍ，３Ｈ），０．７０－０．６０（ｍ，２Ｈ），０．１７－０．１６（ｍ，２Ｈ），－０．４２（ｄｄ，Ｊ＝５．２，０．８ Ｈｚ，２Ｈ）．
化合物８０：２ｍＬのＤＭＦ中の化合物７９（２５ｍｇ、０．０１３１ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に、ＤＭＦ中の５％のピペリジン（４００μＬ）の溶液を添加し、反応物を周囲温度で撹拌した。１時間後、ＬＣ／ＭＳにより反応の完了を認めた。その後、粗製物をＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中１０～９５％のＭｅＣＮ、０．０５％のＡｃＯＨ）により精製した。純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、凍結乾燥させることで、赤みがかった固形物として１８．６ｍｇ（８２％）の８０を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ８４Ｈ１２２Ｎ９Ｏ２６ ＋，１６７２．８５（ｆｒｅｅ ｂａｓｅ）；ｆｏｕｎｄ １６７３．８（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ１０．２６（ｓ，１Ｈ），８．８５（ｄ，Ｊ＝０．９ Ｈｚ，１Ｈ），８．２３（ｄｄ，Ｊ＝６．３，０．４ Ｈｚ，１Ｈ），７．８９－７．８７（ｍ，１Ｈ），７．７５－７．７４（ｍ，２Ｈ），７．４８－７．４７（ｍ，２Ｈ），６．９０－６．８７（ｍ，１Ｈ），６．２８－６．２６（ｍ，１Ｈ），６．２１－６．１９（ｍ，１Ｈ），６．０４（ｔ，Ｊ＝１０．３ Ｈｚ，２Ｈ），５．８８－５．８５（ｍ，１Ｈ），５．７４－５．７２（ｍ，１Ｈ），５．５０（ｄｄｔ，Ｊ＝３．３，１．０，０．８ Ｈｚ，１Ｈ），５．４３（ｓ，２Ｈ），５．０３－４．９８（ｍ，１Ｈ），４．７１－４．６９（ｍ，１Ｈ），４．５２（ｓ，４Ｈ），４．３８（ｄ，Ｊ＝５．４ Ｈｚ，１Ｈ），４．２３（ｔ，Ｊ＝７．６ Ｈｚ，１Ｈ），３．８９－３．８７（ｍ，１Ｈ），３．７０（ｄ，Ｊ＝０．７ Ｈｚ，３Ｈ），３．６０（ｄ，Ｊ＝５．２ Ｈｚ，４Ｈ），３．４８（ｓ，２４Ｈ），３．００－２．９７（ｍ，１２Ｈ），２．８５（ｓ，２Ｈ），２．６４（ｓ，２Ｈ），２．３９－２．３６（ｍ，１Ｈ），２．２３－２．２０（ｍ，１Ｈ），２．１１（ｄ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，３Ｈ），１．９３（ｓ，９Ｈ），１．８３（ｓ，３Ｈ），１．６７－１．６０（ｍ，６Ｈ），１．４６－１．３８（ｍ，３Ｈ），１．２４（ｓ，１Ｈ），０．８５（ｄｄ，Ｊ＝１６．２，６．６ Ｈｚ，１２Ｈ），０．７６（ｄ，Ｊ＝８．３ Ｈｚ，５Ｈ），０．１５－０．１５（ｍ，２Ｈ），０．０７（ｓ，１Ｈ），－０．４０（ｄ，Ｊ＝１．９ Ｈｚ，１Ｈ）．
リンカー－ペイロード化合物８２を スキーム２９に示されるように、および以下に記載されるように調製した。
スキーム２９
化合物８１：２ドラムバイアル中の７８（４３ｍｇ、０．０４１４ｍｍｏｌ、１．０当量）、１６ａ（３６ｍｇ、０．０４１２ｍｍｏｌ、１．０当量）、およびＮａＩ（３０ｍｇ、０．２０６ｍｍｏｌ、５．０当量）の混合物を、２ｍＬの無水ＤＭＦに溶解した。ＤＭＦ中の触媒量（２０μＬ）の０．５ＭのＤＩＥＡの溶液を、シリンジを介して添加した。混合物を油浴中で５５℃で一晩加熱した。ＬＣ／ＭＳにより反応の完了を認めた。混合物を氷浴中で冷却し、１ｍＬの水で希釈した。濾過後、暗色の粗製物混合物を、ＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中の１０～９５％のＭｅＣＮ、ＡｃＯＨ中の０．０５％）により精製した。純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物として４８ｍｇ（６２％）の８１を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ９９Ｈ１３２Ｎ９Ｏ２７ ＋，１８７８．９２；ｆｏｕｎｄ １８７９．９（Ｍ＋Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ１０．３５（ｓ，１Ｈ），８．８６－８．８１（ｍ，１Ｈ），８．３４－８．３３（ｍ，１Ｈ），７．９３（ｄ，Ｊ＝８．７ Ｈｚ，１Ｈ），７．８９（ｔ，Ｊ＝１２．９ Ｈｚ，３Ｈ），７．７５（ｄ，Ｊ＝８．７ Ｈｚ，３Ｈ），７．６８（ｄ，Ｊ＝７．５ Ｈｚ，２Ｈ），７．４８（ｄ，Ｊ＝８．６ Ｈｚ，２Ｈ），７．４０（ｔ，Ｊ＝７．４ Ｈｚ，２Ｈ），７．３１（ｔｄ，Ｊ＝７．４，０．８ Ｈｚ，３Ｈ），７．０５－７．０３（ｍ，１Ｈ），６．８１－６．７４（ｍ，１Ｈ），６．７０－６．６７（ｍ，１Ｈ），６．２２－６．１９（ｍ，１Ｈ），６．１３－６．０８（ｍ，２Ｈ），５．４４（ｓ，２Ｈ），５．１２－５．０９（ｍ，１Ｈ），４．７５（ｄｄ，Ｊ＝１２．８，８．４ Ｈｚ，１Ｈ），４．７１－４．６８（ｍ，１Ｈ），４．５６（ｓ，３Ｈ），４．３７－４．３５（ｍ，１Ｈ），４．２８（ｄ，Ｊ＝６．９ Ｈｚ，２Ｈ），４．２０（ｄｄ，Ｊ＝９．５，２．８ Ｈｚ，２Ｈ），３．７５（ｓ，３Ｈ），３．５８（ｄ，Ｊ＝５．５ Ｈｚ，４Ｈ），３．４９－３．４６（ｍ，３２Ｈ），３．１２（ｄ，Ｊ＝６．０ Ｈｚ，４Ｈ），３．０２（ｓ，８Ｈ），２．８８（ｄ，Ｊ＝０．４ Ｈｚ，３Ｈ），２．７８－２．７４（ｍ，１Ｈ），２．６２（ｑｕｉｎｔｅｔ，Ｊ＝１．８ Ｈｚ，１Ｈ），２．３７－２．３４（ｍ，１Ｈ），１．９５－１．９１（ｍ，１０Ｈ），１．７４（ｓ，５Ｈ），１．５８（ｓ，５Ｈ），１．４５－１．４３（ｍ，２Ｈ），１．３７－１．３４（ｍ，１Ｈ），０．８３（ｄｄ，Ｊ＝１６．３，６．８ Ｈｚ，１３Ｈ），０．２９（ｓ，１Ｈ），０．２１－０．１６（ｍ，２Ｈ），０．０３－０．０２（ｍ，１Ｈ）．
化合物８２：１．５ｍＬのＤＭＦ中の前述の工程の化合物８１（２６ｍｇ、０．０１３８ｍｍｏｌ）の撹拌溶液に、ＤＭＦ中の５％のピペリジン（５００μＬ）の溶液を添加し、反応物を周囲温度で撹拌した。５０分後、ＬＣ／ＭＳにより反応は完了していた。その後、粗製物をＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中１０～９５％のＭｅＣＮ、０．０５％のＡｃＯＨ）により精製した。純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、凍結乾燥させることで、赤みがかった固形物として１７．６ｍｇ（７７％）の８２を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ８４Ｈ１２２Ｎ９Ｏ２５ ＋，１６５６．８５（ｆｒｅｅ ｂａｓｅ）；ｆｏｕｎｄ １６５８．７（Ｍ＋Ｈ），１６５５．７（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ１０．２５（ｄ，Ｊ＝１．１ Ｈｚ，１Ｈ），８．２６－８．１７（ｍ，１Ｈ），７．８９－７．８７（ｍ，１Ｈ），７．７５（ｄ，Ｊ＝８．４ Ｈｚ，３Ｈ），７．４９（ｄ，Ｊ＝８．４ Ｈｚ，２Ｈ），７．０８－７．０５（ｍ，１Ｈ），６．１２－６．０９（ｍ，１Ｈ），６．０４－６．０１（ｍ，１Ｈ），５．４２（ｓ，２Ｈ），５．１３－５．０９（ｍ，１Ｈ），４．７６（ｄｄ，Ｊ＝１２．６，８．７ Ｈｚ，１Ｈ），４．７０（ｄｑ，Ｊ＝３．２，１．０ Ｈｚ，１Ｈ），４．５７（ｓ，３Ｈ），４．３７－４．３６（ｍ，１Ｈ），４．２３－４．２０（ｍ，１Ｈ），３．７５（ｓ，２Ｈ），３．５８（ｔ，Ｊ＝５．５ Ｈｚ，３Ｈ），３．４８（ｔ，Ｊ＝１．９ Ｈｚ，３２Ｈ），３．１４－３．０７（ｍ，３Ｈ），３．０２（ｄ，Ｊ＝９．５ Ｈｚ，１０Ｈ），２．９６－２．９３（ｍ，４Ｈ），２．９１－２．８７（ｍ，４Ｈ），２．７８－２．７６（ｍ，１Ｈ），２．６３－２．６２（ｍ，３Ｈ），２．３８－２．３５（ｍ，１Ｈ），１．９５（ｄｄ，Ｊ＝３．４，０．７ Ｈｚ，８Ｈ），１．９２（ｓ，３Ｈ），１．８３（ｓ，３Ｈ），１．６８（ｄｄ，Ｊ＝２．２，１．６ Ｈｚ，１Ｈ），１．５９（ｓ，５Ｈ），１．４５－１．４３（ｍ，２Ｈ），１．３８－１．３５（ｍ，１Ｈ），１．２２（ｓ，１Ｈ），０．８４（ｄｔ，Ｊ＝１２．６，５．０ Ｈｚ，１０Ｈ），０．７９－０．７７（ｍ，２Ｈ），０．０６－０．０１（ｍ，１Ｈ）．
リンカー－ペイロード化合物８４を、スキーム３０に示されるように、および以下に記載されるように調製した。
スキーム３０
化合物８４：２．５ｍＬの無水ＤＭＦ中の市販の化合物８３（１４ｍｇ、０．０１８６ｍｍｏｌ、１．５当量）および化合物１４（１１ｍｇ、０．０１２４ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌溶液に、ＤＩＥＡ（４．３μＬ、０．０２４８ｍｍｏｌ、２．０当量）を添加し、反応物を周囲温度で撹拌した。１５分後、ＬＣ／ＭＳにより反応は完了していた。その後、粗製物をＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中１０～９５％のＭｅＣＮ、０．０５％のＡｃＯＨ）により精製した。純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、凍結乾燥させることで、赤みがかった固形物として１１．４ｍｇ（６４％）の８４を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ７７Ｈ９５Ｎ９Ｏ２１，１４８１．６６；ｆｏｕｎｄ １４８２．６（Ｍ＋Ｈ），１４８０．６（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．９９（ｓ，１Ｈ），８．０８（ｄ，Ｊ＝７．３３ Ｈｚ，１Ｈ），７．８７（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），７．８０（ｄ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，１Ｈ），７．６０（ｄ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，２Ｈ），７．２４－７．３４（ｍ，３Ｈ），７．２１（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，１Ｈ），７．００（ｓ，２Ｈ），５．９５－６．００（ｍ，１Ｈ），５．８１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．４０（ｓ，２Ｈ），５．０２（ｓ，２Ｈ），４．９１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．７９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．３５－４．４１（ｍ，１Ｈ），４．１９（ｔ，Ｊ＝７．５７ Ｈｚ，２Ｈ），３．７３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．３８（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．０８（ｓ，３Ｈ），３．１０（ｓ，３Ｈ），２．８２－３．０５（ｍ，６Ｈ），２．７８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．６４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．５４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．３７（ｄ，Ｊ＝４．４０ Ｈｚ，６Ｈ），２．２５（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．０２－２．２３（ｍ，６Ｈ），１．９３－２．０２（ｍ，９Ｈ），１．９０（ｓ，２Ｈ），１．６７（ｂｒ．ｓ．，５Ｈ），１．６０（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ），１．４３－１．５５（ｍ，６Ｈ），１．２８－１．４３（ｍ，２Ｈ），１．１４－１．２８（ｍ，３Ｈ），０．７２－０．９５（ｍ，６Ｈ），０．６７（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），０．０７（ｓ，１Ｈ）．
リンカー－ペイロード化合物８６を スキーム３１に示されるように、および以下に記載されるように調製した。
スキーム３１
化合物８５：無水ＤＭＦ（２．５ｍＬ）中のアルゴン下の化合物２３（８５ｍｇ、０．０８９４ｍｍｏｌ、１．０当量）およびビス（４－ニトロフェニル）カーボネート（８２ｍｇ、０．２６８２ｍｍｏｌ、３．０当量）の撹拌溶液に、ＤＩＥＡ（３１μＬ、０．１７８８ｍｍｏｌ、２．０当量）を添加し、反応物を周囲温度で一晩撹拌した。ＬＣ／ＭＳ分析により反応の完了を認めた。結果として生じる混合物を、ＩＳＣＯシステム（勾配溶離：水中の１０～１００％のＭｅＣＮ、両方において０．０５％の酢酸、３０分かけて）を介して１００ｇのＣ１８ Ａｑ．カラムで直接精製した。生成物を含有する画分を組み合わせ、ドライアイスで冷凍し、一晩凍結乾燥させることで、濃い赤みがかった固形物として表題化合物８５を得た。（６８ｍｇ、６９％）。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５１Ｈ７４Ｎ８Ｏ２０，１１１８．５０；ｆｏｕｎｄ １１２０．０（Ｍ＋Ｈ）．
化合物８６：化合物８４に記載されるリンカー－ペイロード化学を使用して、表題化合物を調製した。無水ＤＭＦ（１．５ｍＬ）中の化合物８５（１２ｍｇ、０．０１０８５ｍｍｏｌ、１．２当量）および化合物１４（８ｍｇ、０．００９０５ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌溶液に、ＤＩＥＡ（３．２μＬ、０．０１８０ｍｍｏｌ、２．０当量）を添加し、反応物を周囲温度で撹拌した。３０分後、反応が完了し、ＬＣ／ＭＳにより所望の生成物を得た。その後、粗製物をＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中１０～９５％のＭｅＣＮ、０．０５％のＡｃＯＨ）により精製した。純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、凍結乾燥させることで、赤みがかった固形物として１２．５ｍｇ（７４％）の８６を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ９３Ｈ１２６Ｎ１０Ｏ３０，１８６２．８６；ｆｏｕｎｄ １８６３．８（Ｍ＋Ｈ），１８８６．８（Ｍ＋Ｎａ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）：δ９．９９（ｓ，１Ｈ），９．３８（ｓ，１Ｈ），８．１１（ｄ，Ｊ＝７．３３ Ｈｚ，１Ｈ），８．００（ｔ，Ｊ＝５．３７ Ｈｚ，１Ｈ），７．８６（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，２Ｈ），７．６０（ｄ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，２Ｈ），７．２５－７．３４（ｍ，３Ｈ），７．２１（ｄ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，１Ｈ），７．００（ｓ，２Ｈ），５．９７（ｔ，Ｊ＝５．６２ Ｈｚ，１Ｈ），５．８１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．４０（ｓ，２Ｈ），５．２４（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．０２（ｓ，２Ｈ），４．９１（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．７８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．３５－４．４１（ｍ，１Ｈ），４．２１－４．２５（ｍ，１Ｈ），３．７４（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．５３－３．６９（ｍ，５Ｈ），３．４３－３．５３（ｍ，３８Ｈ），３．３４－３．３９（ｍ，３Ｈ），３．２９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），３．０６－３．１８（ｍ，４Ｈ），２．８４－３．０６（ｍ，５Ｈ），２．７８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），２．４５－２．４９（ｍ，１Ｈ），２．３０－２．４０（ｍ，３Ｈ），２．１７（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），１．９３－２．０５（ｍ，９Ｈ），１．９０（ｓ，１Ｈ），１．７２（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），１．５３－１．６９（ｍ，７Ｈ），１．４２－１．５３（ｍ，１Ｈ），１．３３－１．４２（ｍ，１Ｈ），０．８６（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，６Ｈ），０．８２（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，６Ｈ），０．６７（ｂｒ．ｓ．，４Ｈ）．
リンカー－ペイロード化合物８９を スキーム３２に示されるように、および以下に記載されるように調製した。
スキーム３２
化合物８７：化合物８５に記載されるのと同じ処置を使用して表題化合物を調製した。無水ＤＭＦ（１．５ｍｌ）中の化合物７７（５６ｍｇ、０．０５４６ｍｍｏｌ、１．０当量）およびビス（４－ニトロフェニル）カーボネート（５０ｍｇ、０．１６３８ｍｍｏｌ、３．０当量）のアルゴン下の撹拌溶液に、ＤＩＥＡ（１９μＬ、０．１０９２ｍｍｏｌ、２．０当量）を添加することで、濃い赤みがかった固形物を得た。（４３ｍｇ、６７％）。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ５９Ｈ７９Ｎ７Ｏ１９，１１８９．５４；ｆｏｕｎｄ １１９０．５（Ｍ＋Ｈ），１２１２．５（Ｍ＋Ｎａ）．
化合物８８：化合物８６に記載されるリンカー－ペイロード化学を使用して、表題化合物を調製した。無水ＤＭＦ（３ｍＬ）中の化合物８７（４０．３ｍｇ、０．０３３９ｍｍｏｌ、１．０当量）および化合物１４（３０ｍｇ、０．０３３９ｍｍｏｌ、１．０当量）の溶液を、室温で撹拌して、赤みがかった固形物として５０．７ｍｇの８８（７７％）を得た。ＭＳ：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ１０１Ｈ１３１Ｎ９Ｏ２９，１９３３．９１；ｆｏｕｎｄ １９３５．７（Ｍ＋Ｈ），１９５７．８（Ｍ＋Ｎａ）．
化合物８９：水ＴＨＦ（２．５ｍＬ）中の化合物８８（３４ｍｇ、０．０１７５ｍｍｏｌ、１．０当量）の撹拌溶液に、ＴＢＡＦ（ＴＨＦ中の１．０Ｍの溶液、３５μＬ、０．０３５１ｍｍｏｌ、２．０当量）を添加し、反応物を周囲温度で撹拌した。３０分後、ＬＣ／ＭＳにより反応は完了していた。粗製物をＥＺ分取ＨＰＬＣカラム（Ｇｅｍｉｎｉ、５μｍ、１５０ｍｍｘ３０ｍｍ、溶離液：水中１０～９５％のＭｅＣＮ、０．０５％のＡｃＯＨ）により精製した。純粋な画分を集め、ドライアイス／アセトン浴で凍結し、３０時間凍結乾燥させることで、赤みがかった固形物として２３．５ｍｇ（７９％）の８９を得た。ＭＳ（ＥＳＩ，ｐｏｓ．）：ｃａｌｃ’ｄ ｆｏｒ Ｃ８６Ｈ１２１Ｎ９Ｏ２７，１７１１．８４；ｆｏｕｎｄ １７１３．７（Ｍ＋Ｈ），１７１１．６（Ｍ－Ｈ）．１Ｈ－ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ；ＤＭＳＯ－ｄ６）： ９．９９（ｓ，１Ｈ），８．１１（ｄ，Ｊ＝７．３３ Ｈｚ，１Ｈ），７．８３－７．８９（ｍ，２Ｈ），７．５８－７．６２（ｍ，Ｊ＝８．７９ Ｈｚ，２Ｈ），７．２９－７．３３（ｍ，Ｊ＝８．３０ Ｈｚ，２Ｈ），７．１８（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），５．９７（ｔ，Ｊ＝５．３７ Ｈｚ，１Ｈ），５．４０（ｓ，２Ｈ），５．０２（ｓ，２Ｈ），４．８９（ｂｒ．ｓ．，１Ｈ），４．７６－４．８３（ｍ，１Ｈ），４．３５－４．４１（ｍ，１Ｈ），４．２１－４．２５（ｍ，１Ｈ），３．７３（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），３．４４－３．６８（ｍ，３９Ｈ），３．３８（ｔ，Ｊ＝５．６２ Ｈｚ，３Ｈ），３．２９（ｂｒ．ｓ．，２Ｈ），２．９０－３．１４（ｍ，７Ｈ），２．７５－２．８１（ｍ，１Ｈ），２．６８（ｔ，Ｊ＝５．６２ Ｈｚ，２Ｈ），２．６４（ｄ，Ｊ＝１．９５ Ｈｚ，１Ｈ），２．４５－２．４８（ｍ，１Ｈ），２．３５－２．４１（ｍ，２Ｈ），２．１５（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ），１．９２－２．０２（ｍ，１０Ｈ），１．９０（ｓ，１Ｈ），１．６３－１．７２（ｍ，５Ｈ），１．５９（ｄ，Ｊ＝９．２８ Ｈｚ，３Ｈ），１．４５（ｄ，Ｊ＝６．８４ Ｈｚ，１Ｈ），１．３７（ｄｄ，Ｊ＝６．３５，１６．１２ Ｈｚ，１Ｈ），０．７３－０．９３（ｍ，１３Ｈ），０．６８（ｂｒ．ｓ．，３Ｈ）．
実施例２０：ブロス最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）アッセイ１
本開示のリファマイシンアナログの効力をインビトロで試験するために、ブロス増殖阻害アッセイを展開した。このアッセイでは、黄色ブドウ球菌ＮＲＳ３８４をトリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で一晩増殖させ、その後、新たなＴＳＢ中で１：５０に継代培養し、さらに２時間増殖させた。次に、培養物を遠心分離を介してペレット化し、ＰＢＳで２回洗浄した。その後、培養物をＴＳＢ中で１ｘ１０４ｃｆｕ／ｍＬに希釈し、１ウェルあたり５０μＬの懸濁液を、二つ組の９６ウェルマイクロタイターディッシュに添加した。示された抗生物質（本開示のアナログまたは以前に知られているアナログリファンピシン）の希釈系列を、１：１で添加し、１：３の稀釈により１ｘ１０－５Ｍの最終開始濃度にした。プレートを振盪させながら３７℃で２４時間インキュベートし、その後、ＯＤ６００ｎｍをＳｐｅｃｔｒａｍａｘ ｉ３ミニマックス３００で読み取った。
使用する試薬およびロット番号を表４に示す。
黄色ブドウ球菌の増殖を阻害した最低濃度（最小発育阻止濃度、ＭＩＣ）を表５に列挙する。本開示のリファマイシンアナログで実施された黄色ブドウ球菌阻害アッセイのプロットを、図１として示す。
表５に示されるように、本開示の全てのリファマイシンアナログは、サブマイクロモル（ｓｕｂ－ｍｉｃｒｏｍｏｌａｒ）～ナノモルの濃縮で黄色ブドウ球菌の増殖の阻害に有効である。アナログ１６ａは、黄色ブドウ球菌の増殖を１．５×１０－９ＭのＭＩＣで、リファンピシンよりも強力に阻害した。
実施例２１：細胞内死滅アッセイ１
リファマイシンアナログ化合物の黄色ブドウ球菌に対する活性を、細胞内「死滅」アッセイにおいて試験した。
使用する試薬およびロット番号を表６に示す。
ＴＨＰ－１単核球細胞株を、培地（ＲＭＰＩ＋１０％のＦＢＳ＋１％のペニシリン／ストレプトマイシン）中で増殖させ、その後、９６ウェルプレートに１ｅ５細胞／ウェルの密度で播種し、３日間マクロファージへと分化してから、２００ｎＭのＰＭＡを使用して感染させた。黄色ブドウ球菌ＮＲＳ３８４の一晩の培養物をＲＰＭＩ中で増殖させ、ＰＢＳで２回洗浄し、１ｅ７ｃｆｕ／ｍＬでＰＢＳに再懸濁した。ＴＨＰ－１を、温かい培地（ＦＢＳを含まないＲＭＰＩ）で洗浄してペニシリン／ストレプトマイシンを除去し、その後、１０：１（黄色ブドウ球菌：マクロファージ）の感染多重度で黄色ブドウ球菌懸濁液に感染させた。プレートを３００ｘｇで５分間回転させて同時に細菌を付着させ、その後、３７℃で２時間インキュベートした。浮遊細菌を温かい培地で２回洗浄することにより除去し、ゲンタマイシン（５０ｕｇ／ｍＬ）を含有する培地の追加により、残った細胞外黄色ブドウ球菌を死滅させた。１時間後、培地を吸引し、示された化合物を、５０μｇ／ｍＬのゲンタマイシンを含有する培地中の感染したマクロファージに添加して、黄色ブドウ球菌の細胞外増殖を防いだ。２時間後、ＦＢＳを含まない温かいＲＰＭＩでプレートを２回洗浄し、１００ｕｌのＴＨＰ－１溶解緩衝液（ＰＢＳ中の０．１％のトリトン）を各ウェルに添加した。黄色ブドウ球菌の生存率を、階段希釈およびＴＳＡ上へのプレーティングにより、コロニー形成単位で数えた。
細胞内死滅アッセイの結果を表７、図２および３に示す。最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）は、細胞内黄色ブドウ球菌の根絶を結果としてもたらした各化合物の最低濃度に対応する。
上の表および図２と３が示すように、化合物１ａ、１４、１６ａ、１６ｄ、および１６ｅは、リファンピシンと比較して細胞内黄色ブドウ球菌の死滅能力を増大させ、化合物１６ａは最も高い活性を有していた。
実施例２２：ＭＳＲ１抗体薬物コンジュゲート
５０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ（ｐＨ７．５）中のＭＳＲ１抗体（１～１０ｍｇ／ｍｌ）を、１ｍＭのジチオスレイトールで、３７℃で３０分間処理した。ゲル濾過（Ｇ－２５、ｐＨ４．５の酢酸ナトリウム）の後に、ＤＭＳＯ（１０ｍｇ／ｍｌ）中のマレイミド（ｍａｌｅｉｍｉｄｏ）リンカーペイロード誘導体化合物２５（１．２当量／ＳＨ基）を減少した抗体に添加し、混合物を１ＭのＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）でｐＨ７．０に調整した。１時間後、過剰なＮ－エチルマレイミドで反応物をクエンチした。サイズ排除クロマトグラフィーによって、５％のグリセロールを含むＰＢＳを使用して、コンジュゲートを精製し、濾過滅菌した。タンパク質濃度およびペイロード対抗体比をＵＶスペクトル分析により決定した。使用される全てのコンジュゲートが＞９０％の単量体であることが、サイズ排除ＨＰＬＣにより確立され、＜１％のコンジュゲートされていないリンカーペイロードが存在することが、ＲＰ－ＨＰＬＣにより確立された。全てのコンジュゲートされた抗体を、リンカーペイロードのローディング値についてＨＩＣによって分析した。ペイロード対抗体比を表８に報告する。
疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）によるコンジュゲートの特徴付け
抗体上のリンカー－ペイロードのローディングを決定するために、コンジュゲートを、６０分にわたって、１Ｍのリン酸カリウム（ｐＨ８．５）対水の直線勾配を用いたＴＳＫ－ＮＰＲブチルＨＩＣカラムを使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ１２６０上で実行した。ペイロードのローディングを、コンジュゲートされた抗体およびコンジュゲートされていない抗体の種に対応するピーク面積を統合することによって決定した。
実施例２３：抗ＭＳＲ１抗体の生成
ヒト免疫グロブリンの重鎖およびκ軽鎖可変領域をコードするＤＮＡを含む遺伝子操作されたマウスを、Ｎ末端ノナヒスチジンタグ（配列番号６８８）に融合された組換えヒトＭＳＲ１の細胞外ドメインを含む免疫原で免疫化することによって、抗ＭＳＲ１抗体を得た（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、カタログ＃２７０８－ＭＳ－０５０、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）。免疫化のために使用したマウスは、Ｖｅｌｏｃｉｍｍｕｎｅマウスまたは「ユニバーサル軽鎖（ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｌｉｇｈｔ ｃｈａｉｎ）」を発現したマウス（「ＵＬＣ」マウス）であった。抗体産生ＵＬＣマウスは、異なる重鎖可変領域を有するが、本質的に同じ軽鎖可変ドメインを有する。
ＭＳＲ１特異的な免疫測定法によって抗体免疫応答をモニタリングした。所望の免疫応答が達成されると、脾細胞を採取し、マウス骨髄腫細胞と融合して、それらの生存率を保ち、ハイブリドーマ細胞株を形成した。ハイブリドーマ細胞株をスクリーニングして選択し、ＭＳＲ１特異的な抗体を産生する細胞株を同定した。この技術を使用して、いくつかの抗ＭＳＲ１キメラ抗体（すなわち、ヒト可変ドメインおよびマウス不変領域を保有する抗体）を得た。加えて、ＵＳ２００７／０２８０９４５Ａ１に記載されるように、いくつかの完全ヒト抗ＭＳＲ１抗体を、骨髄細胞に融合することなく、抗原陽性Ｂ細胞から直接単離した。
この実施例の方法に従って生成された例示的な抗ＭＳＲ１抗体の特定の生物学的特性が、以下に記載される実施例で詳細に記載される。
実施例２４：重鎖可変領域および軽鎖可変領域のアミノ酸および核酸配列
表９には、本明細書に記載される選択された抗ＭＳＲ１抗体の重鎖および軽鎖可変領域のアミノ酸配列識別子ならびにＣＤＲが記載されている。対応する核酸配列識別子が表１０に記載される。
抗体は、以下の命名法に従って本明細書で典型的に言及される：表９および１０に示されるように、Ｆｃ接頭辞（例えば、「Ｈ１Ｈ」、「Ｈ２ａＭ」など）の後に数値識別子（例えば、「２１２２７」、「２１２２８」、「２１２３１」など）が続き、その後に「Ｐ」、「Ｎ」、または「Ｐ２」の接尾辞が続く。したがって、この命名法に従って、抗体は、例えば、「Ｈ１Ｈ２１２２７Ｎ」、「Ｈ２ａＭ２１２２８Ｎ」、「Ｈ１Ｈ２７７２９Ｐ」、「Ｈ１Ｈ２７７６０Ｐ２」などとして本明細書で言及され得る。本明細書で使用される抗体名称の接頭辞は、抗体の特定のＦｃ領域アイソタイプを示す。特に、「Ｈ１Ｈ」抗体は、ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ（抗体名称の最初の「Ｈ」によって示されるように、全ての可変領域は完全なヒトである）を有するが、「Ｈ２ａＭ」抗体はマウスＩｇＧ２ａ Ｆｃを有する。当業者により理解されるように、特定のＦｃアイソタイプを有する抗体は、異なるＦｃアイソタイプを有する抗体に変換することができる（例えば、マウスＩｇＧ４ Ｆｃを有する抗体を、ヒトＩｇＧ１などを有する抗体に変換することができる）が、いかなる場合でも、可変ドメイン（ＣＤＲを含む）（これは、表９および１０に示される数値識別子によって示される）は同じままであり、および、結合特性は、Ｆｃドメインの性質にかかわらず、同一であるかまたは実質的に類似すると予想される。
抗体修飾。実施例２３に記載される３つの抗ＭＳＲ１抗体（２１２２７Ｎ、２１２３１Ｎ、２１２３４Ｎ）を、元のヒトＦｃγ部分、ならびに、３つの抗ＭＳＲ１抗体すべてのＮ２９７Ｑ単一点突然変異を有するバージョンにより産生した。本明細書に記載されるすべての他の抗体を、ヒトＦｃγ部分におけるＮ２９７Ｑの単一点突然変異により製造した。第３のバージョンであるＮ２９７Ｄ突然変異を、２１２２７Ｎ抗体のみに対して生成した。
実施例２５：表面プラズモン共鳴により得られる、ヒトモノクローナル抗ＭＳＲ１抗体の結合親和性および速度定数
様々なＭＳＲ１試薬についてのヒト抗ＭＳＲ１抗体の結合親和性および速度定数を、リアルタイム表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ ４０００）により決定した。すべての結合試験を、２５℃および３７℃で、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＥＤＴＡ、および０．０５％ｖ／ｖの界面活性剤Ｔｗｅｅｎ－２０、ｐＨ７．４（ＨＢＳ－ＥＴ）ランニング緩衝液中で実施した。Ｂｉａｃｏｒｅ ＣＭ４センサチップ表面を、最初に、ヤギ抗ヒトＦｃγ特異的ポリクローナル抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｃａｔ＃ ＢＲ－１００８－３９）とのアミンカップリングによって誘導体化し、抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体を捕捉した。Ｎ末端ノナヒスチジンタグ（配列番号６８８）（Ｈｉｓ９－ｈＭＳＲ１；Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｃａｔ＃２７０８－ＭＳ）により発現されたヒトＭＳＲ１の細胞外ドメイン、および、Ｎ末端ヘキサヒスチジンｍｙｃ－ｍｙｃタグ（配列番号６８９として開示された「ヘキサヒスチジン」）（ＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１；配列番号４１８）により発現されたサルＭＳＲ１の細胞外ドメインに対して、結合試験を実施した。異なる濃度のＨｉｓ９－ｈＭＳＲ１およびＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１（１００ｎＭの３．７ｎＭ；３倍の段階希釈）を、最初にＨＢＳ ＥＴランニング緩衝液中で調製し、抗ヒトＦｃγ捕捉抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体表面上に３０μＬ／分の流量で３分間注入し、モノクローナル抗体結合ＭＳＲ１試薬の解離を、ＨＢＳ－ＥＴランニング緩衝液中で１０分間モニタリングした。
Ｓｃｒｕｂｂｅｒ ２．０ｃ カーブフィッティングソフトウェアを使用して、質量移行限定（ｍａｓｓ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎ）による１：１の結合モデルに、リアルタイムの結合センサグラムをフィットさせることによって、結合速度（ｋａ）および解離速度（ｋｄ）を決定した。結合解離平衡定数（ＫＤ）および解離半減期（ｔ１／２）を、反応速度（ｋｉｎｅｔｉｃ ｒａｔｅｓ）から以下のように計算した：
２５℃および３７℃で様々な抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体に結合するＨｉｓ９－ｈＭＳＲ１またはＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１の結合キネティクスパラメータを、表１１および１２にそれぞれ示す。
表１１に示されるように、２５℃で、本開示の抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体のすべてが、１２ｐＭ～５．４５ｎＭの範囲のＫＤ値でＨｉｓ９－ｈＭＳＲ１に結合した。表１２に示されるように、３７℃で、本開示の抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体のすべてが、３．６６ｐＭ～８．５３ｎＭの範囲のＫＤ値でＨｉｓ９－ｈＭＳＲ１に結合した。
表１１に示されるように、２５℃で、本開示の抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体のすべてが、２９．９ｐＭ～１０．１ｎＭの範囲のＫＤ値でＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１に結合した。表１２に示されるように、３７℃で、本開示の抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体のすべてが、３．６２ｐＭ～１８．４ｎＭの範囲のＫＤ値でＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１に結合した。
実施例２６：Ｏｃｔｅｔにより得られる、ヒトモノクローン抗ＭＳＲ１抗体の結合親和性および速度定数
様々なＭＳＲ１試薬についてのヒト抗ＭＳＲ１抗体の結合親和性および速度定数を、ＯＣＴＥＴ（登録商標）ＨＴＸバイオセンサプラットフォーム（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｃｏｒｐ．，Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，ＣＡ）上でリアルタイムのラベルフリーバイオレイヤー干渉アッセイを使用して決定した。実験は、プレートを１０００ｒｐｍの速度で振盪させながら、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＥＤＴＡ、０．０５％ｖ／ｖの界面活性剤Ｔｗｅｅｎ ２０、および１ｍｇ／ｍＬのＢＳＡ、ｐＨ７．４（ＨＢＳ－ＥＢＴ）緩衝液中で２５℃で実施した。結合試験を、Ｎ末端ノナヒスチジンタグ（配列番号６８８）（Ｈｉｓ９－ｈＭＳＲ１；Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｃａｔ＃２７０８－ＭＳ）により発現されたヒトＭＳＲ１の細胞外ドメイン、Ｎ末端ｍｙｃ－ｍｙｃ－ヘキサヒスチジンタグ（ＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１；配列番号４１８）により発現されたサルＭＳＲ１の細胞外ドメイン、およびＮ末端ノナヒスチジンタグ（配列番号６８８）（配列番号６８９として開示される「ヘキサヒスチジン」）（Ｈｉｓ９－ｍＭＳＲ１；Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｃａｔ＃１７９７－ＭＳ）により発現されたマウスＭＳＲ１の細胞外ドメインに対して実施した。抗ヒトＦｃ（ＡＨＣ）または抗マウスＦｃ（ＡＭＣ）Ｏｃｔｅｔバイオセンサのいずれかを、５μｇ／ｍＬまたは１０μｇ／ｍＬの抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体を含有するウェルに４５～９０秒間浸漬することによって、抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体を捕捉した。その後、ＡＨＣで捕捉された抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体を５０ｎＭのＨｉｓ９－ｍＭＳＲ１を含有するウェルに浸漬し、ＡＭＣで捕捉された抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体を、異なる濃度のＨｉｓ９－ｈＭＳＲ１またはＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１（１００ｎＭ、２５ｎＭ）あるいは１００ｎＭのＨｉｓ９－ｍＭＳＲ１を含有するウェルに浸漬した。捕捉された抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体への様々なＭＳＲ１試薬の結合を４分間測定し、モノクローナル抗体結合ＭＳＲ１試薬の解離を、ＨＢＳ－ＥＢＴ緩衝液中で８～１０分間モニタリングした。
Ｓｃｒｕｂｂｅｒ ２．０ｃ カーブフィッティングソフトウェアを使用して、質量移行限定（ｍａｓｓ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎ）による１：１の結合モデルに、リアルタイムの結合センサグラムをフィットさせることによって、結合速度（ｋａ）および解離速度（ｋｄ）を決定した。結合解離平衡定数（ＫＤ）および解離半減期（ｔ１／２）を、反応速度から以下のように計算した：
２５℃で本開示の様々な抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体に結合するＨｉｓ９－ｈＭＳＲ１、ＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１、またはＨｉｓ９－ｍＭＳＲ１の結合キネティクスパラメータを、表１３および１４に示す。
表１３に示されるように、抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体は、２０５ｐＭ～２．２ｎＭの範囲のＫＤ値で、Ｈｉｓ９－ｈＭＳＲ１に結合した。表１３に示されるように、抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体は、２０８ｐＭ～１９．７ｎＭの範囲のＫＤ値で、ＨＭＭ－ｍｆＭＳＲ１に結合した。
表１４に示されるように、３５の抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体のうち２３つが、Ｈｉｓ９ ｍＭＳＲ１に結合せず、６つの抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体に関する結合データが決定的でなかった。表１４に示されるように、３５の抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体のうち６つが、１．０９ｎＭ～５．２ｎＭの範囲のＫＤ値でＨｉｓ９－ｍＭＳＲ１に結合した。
実施例２７：抗ＭＳＲ１抗体は、細胞表面発現ヒトおよびサルＭＳＲ１への特異的結合を示す
細胞を発現するヒトまたはサルＭＳＲ１に結合する抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体の能力を、電気化学発光法（ＥＣＬ）ベースの検出を使用して決定した。
ＭＳＲ１を発現する細胞株の生成。ヒトＭＳＲ１またはサルＭＳＲ１のいずれかを過剰発現する２つの細胞株を生成した。細胞株を過剰発現するヒトＭＳＲ１を生成するために、Ｃ末端Ｍｙｃタグを有する完全長のヒトＭＳＲ１（ｈＭＳＲ１、受入番号 ＮＰ＿６１９７２９．１のアミノ酸Ｍ１－Ｌ４５１）をコードするヒグロマイシン耐性レンチウイルスベクターを有いて形質導入することによって、ヒト胚腎臓（ＨＥＫ）２９３細胞を操作した。結果として生成される細胞株は、ＨＥＫ２９３．Ｍｙｃ．ｈＭＳＲ１と呼ばれる。同様に、細胞株を過剰発現するサルＭＳＲ１を生成するために、ＨＥＫ２９３細胞を、完全長のサルＭＳＲ１（Ｍａｃａｃａ ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ、ｍｆＭＳＲ１、受入番号 ＸＰ＿００５５６２７０５．１のアミノ酸Ｍ１－Ｌ４５１）をコードする耐ジェネテシン耐性発現プラスミドを用いてトランスフェクトすることによって操作した。結果として生成される細胞株は、ＨＥＫ２９３．ｍｆＭＳＲ１細胞と呼ばれる。内因的に発現されたヒトＭＳＲ１に結合する抗体の能力を測定するために、ＴＨＰ－１ヒト単核球細胞を、２００ｎＭのホルボール１２－ミリステート １３－アセテート（ＰＭＡ；Ｓｉｇｍａ、Ｃａｔ＃Ｐ８１３９）で７２時間処理し、高いＭＳＲ１発現を誘発してから、抗体結合を行った。トランスフェクトされていないＨＥＫ２９３細胞は、遺伝子発現の次世代シーケンシングによって検出可能なＭＳＲ１の発現を有していないため、それらを非特異的結合対照として含めた（データは示さず）。
抗体結合アッセイ。抗体結合アッセイを実施するために、上記の細胞株の各々からの細胞を、Ｃａ２＋／Ｍｇ２＋を含まないＰＢＳ緩衝液で１回すすぎ、Ｅｎｚｙｍｅ Ｆｒｅｅ Ｃｅｌｌ Ｄｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｃａｔ．＃Ｓ－００４－Ｃ、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ）と３７℃で５分間インキュベートし、フラスコから細胞を剥離した。すべての細胞を、Ｃａ２＋／Ｍｇ２＋を含む１ｘＰＢＳで１回洗浄し、Ｃｅｌｌｏｍｅｔｅｒ（商標）Ａｕｔｏ Ｔ４細胞計測装置（Ｎｅｘｃｅｌｏｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）で計数した。およそ１．０ｘ１０４の細胞を、９６ウェル炭素電極プレート［ＭＵＬＴＩ－ＡＲＲＡＹ ｈｉｇｈ ｂｉｎｄ ｐｌａｔｅ、Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ］上に別々に播種し、３７℃で１時間インキュベートした。その後、非特異的結合部位を、室温で、Ｃａ２＋／Ｍｇ２＋を含むＰＢＳ中の２％のＢＳＡ（ｗ／ｖ）によって１時間ブロックした。ＴＨＰ－１細胞を、室温で、以下のものを含むサンプル稀釈緩衝液中で０．５時間プレインキュベートした：１）ＴＨＰ－１細胞表面上のＦｃγ受容体をブロックする１ｍｇ／ｍＬのＦｃ受容体ブロック試薬［抗－ＭＳＲ１－ｍＦｃ抗体で試験されているウェルに対する全分子ヒトＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ、Ｃａｔ＃００９－０００－００３）、または、２）抗－ＭＳＲ１－ｈＦｃ抗体で試験されているウェルに対する全分子ｍＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ、Ｃａｔ＃０１５－０００－００３）。ＨＥＫ２９３．Ｍｙｃ．ｈＭＳＲ１細胞、ＨＥＫ２９３．ｍｆＭＳＲ１細胞、およびＨＥＫ２９３細胞上で結合する抗体を、Ｆｃ受容体ブロック試薬を用いずに試験した。二つ組のプレートに結合したＨＥＫ２９３．Ｍｙｃ．ｈＭＳＲ１細胞、ＨＥＫ２９３．ｍｆＭＳＲ１細胞、およびＨＥＫ２９３細胞、またはＴＨＰ－１＋Ｆｃブロックに、１．７ｐＭ～１００ｎＭの範囲の段階希釈の抗ＭＳＲ１抗体または対照抗体の溶液、および抗体が存在しない溶液を添加し、プレートを室温で１時間インキュベートした。その後、細胞洗浄ヘッドを備えたＡｑｕａＭａｘ２０００プレートウオッシャー（ＭＤＳ Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いてプレートを洗浄して、未結合の抗体を取り除いた。プレートに結合した抗体を、Ｆｃγフラグメント（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｔ＃１０９－００５－０９８）に特異的なＳＵＬＦＯ－ＴＡＧ（商標）にコンジュゲートしたヤギポリクローナル抗ヒトＩｇＧ抗体、または、Ｆｃγフラグメント（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｔ＃１１５－００５－１６４）に特異的なＳＵＬＦＯ－ＴＡＧ（商標）にコンジュゲートしたヤギポリクローナル抗マウスＩｇＧ抗体のいずれかにより、室温で１時間検出した。プレートを洗浄し、メーカーの推奨手順に従ってＲｅａｄ Ｂｕｆｆｅｒ（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｃａｔ＃Ｒ９２ＴＤ－２）で発達させ（ｄｅｖｅｌｏｐｅｄ）、発光信号をＳＥＣＴＯＲ Ｉｍａｇｅｒ ６００（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）で記録した。相対発光量（ＲＬＵ）で測定した発光強度を記録して、濃度の範囲での各抗体の結合強度を示した。アイソタイプ対照抗体（両方とも１１ｎＭの）と比較した、各抗ＭＳＲ抗体の細胞表面結合について検出されたシグナルの比率を、ＭＳＲ１結合の特異性の指標として報告した。親のＨＥＫ２９３細胞の結合比と比較して２倍以上のＭＳＲ－１発現細胞の結合比を有する抗体を、特異的なバインダーとして分類した。親のＨＥＫ２９３細胞の結合比と比較して、２倍未満の結合比を有する抗体を、非バインダーとして分類した（表１５を参照）。
表１５に例証されるように、試験された３９の抗ＭＳＲ１抗体のうち３８の抗ＭＳＲ１抗体が、１１ｎＭの抗ＭＳＲ１抗体濃度のアイソタイプ対照の５倍～１６６倍の範囲の結合比で、ＨＥＫ２９３．Ｍｙｃ．ｈＭＳＲ１細胞に特異的に結合した。これらの抗ＭＳＲ１抗体のうち３３の抗ＭＳＲ１抗体は、ＰＭＡ細胞分化後にヒトＭＳＲ１を内因的に発現するＴＨＰ－１細胞に、１１ｎＭのアイソタイプ対照の３倍～６６倍の範囲の細胞結合比で特異的に結合した。操作されたｈＭＳＲ１細胞に結合した３５の抗ＭＳＲ１抗体もまた、１１ｎＭのアイソタイプ対照の６倍～７７倍の範囲の細胞結合比で、ｍｆＭＳＲ１操作された細胞に特異的に結合した。１２の抗ＭＳＲ１抗体（Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ、Ｈ１Ｈ２７７３１Ｐ－Ｎ２９７Ｑ、Ｈ１Ｈ２７７３２Ｐ－Ｎ２９７Ｑ、Ｈ１Ｈ２７７３４Ｐ－Ｎ２９７Ｑ、Ｈ１Ｈ２７７３６Ｐ－Ｎ２９７Ｑ、Ｈ１Ｈ２７７５１Ｐ－Ｎ２９７Ｑ、Ｈ１Ｈ２７７５４Ｐ－Ｎ２９７Ｑ、Ｈ１Ｈ２７７５６Ｐ－Ｎ２９７Ｑ、Ｈ２ａＭ２５６９５Ｎ、Ｈ２ａＭ２１２３５Ｎ、Ｈ２ａＭ２１２２９Ｎ、Ｈ１Ｈ２７７６６Ｐ２－Ｎ２９７Ｑ）は、アイソタイプ対照の５倍以上の比で、親のＨＥＫ２９３細胞に結合した。Ｎ２９７ＱまたはＮ２９７Ｄの単一点突然変異を含有するヒトＩｇＧ１により産生された抗ＭＳＲ１抗体は、それらの対応する未修飾の親抗体に匹敵する細胞に結合した。
１つの抗ＭＳＲ１抗体（Ｈ１ｘＨ２９２７３Ｐ２）は、１１ｎＭの抗体濃度のＨＥＫ２９３細胞と比較して２未満の比でＭＳＲ１細胞に結合したので、その抗体を非特異的なバインダーであると特徴付けた。予想通り、ｈＩｇＧ１およびｍＩｇＧ１アイソタイプ対照は、特異的ではなかった。
実施例２８：細胞表面表現マウスＭＳＲ１への抗ＭＳＲ１抗体の相対結合
マウスＭＳＲ１発現細胞への抗ＭＳＲ１抗体の相対的な細胞表面結合を、ＭＳＲ１陽性ＲＡＷ２６４．７細胞（ＡＴＣＣ、カタログ＃ＴＩＢ ７１）およびＭＳＲ陰性Ｂ１６Ｆ１０．９細胞（Ｌｉｎ ｅｔ ａｌ．１９９８．ＰＮＡＳ ９５：８８２９－８８３４）を使用して、フローサイトメトリーによって決定した。アッセイのために、細胞を、９６ウェルＶ底プレート（Ａｘｙｇｅｎ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｃａｔ＃Ｐ－９６－４５０－Ｖ－Ｃ－Ｓ）において、カルシウムおよびマグネシウムを含まないＰＢＳ（ＶＷＲ Ｃａｔ＃４５０００－４４６）および２％のＦＢＳ（Ｓａｒａｄｉｇｍ Ｃａｔ＃１５００－５００）（Ｓｔａｉｎｉｎｇ Ｂｕｆｆｅｒ）中にプレーティングした。Ｆｃ受容体への結合をブロックするために、ＲＡＷ２６４．７細胞を、染色緩衝液中で希釈した５００μｇ／ｍＬのマウスＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ、Ｃａｔ＃０１５－０００－００３）と４℃で３０分間インキュベートしたが、Ｂ１６Ｆ１０．９細胞は染色緩衝液中に残した。Ｆｃ受容体をブロックした後、１０μｇ／ｍＬの抗ＭＳＲ１抗体またはアイソタイプ対照抗体を細胞に添加し、その後、氷上で３０分間インキュベートした。陽性対照に関しては、市販の抗マウスＭＳＲ１（Ｓｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、Ｃａｔ＃５０１２９－Ｒ００４）抗体を使用し、ウサギＩｇＧ抗体（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｃａｔ＃２６１０２）を陰性対照として使用した。その後、細胞を染色緩衝液で１回洗浄し、１０μｇ／ｍＬのＡＰＣにコンジュゲートした抗ヒトＦｃ二次抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｔ＃１０９－１３６－１７０）またはＡｌｅｘａ－Ｆｌｏｕｒ６４７にコンジュゲートした抗ウサギＦｃ二次抗体［Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ Ｃａｔ＃１１１－６０６－０４６］のいずれかと４℃で３０分間インキュベートした。その後、細胞を洗浄し、ＰＢＳ中で希釈したＣｙｔｏｆｉｘ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｃａｔ＃５５４６５５）の５０％の溶液を使用して固定した。試料をＢｅｃｋｍａｎ Ｃｏｕｌｔｅｒ Ｃｙｔｏｆｌｅｘ上で実行し、結果をＦｌｏｗｊｏ １０．２ソフトウェア（ＢＤ）で分析して、平均蛍光強度（ＭＦＩ；表１６）を計算した。未染色の試料ＭＦＩに対する抗ＭＳＲ１抗体または対照抗体ＭＦＩの比を計算することによって、シグナル・ノイズ比（Ｓ／Ｎ）を決定した（表１６）。
表１６において例証されるように、２つの抗ＭＳＲ１抗体（Ｈ１Ｈ２１２２７Ｎ－Ｎ２９７ＱおよびＨ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ）は、それぞれ５および３のＳ／Ｎ値で、ＲＡＷ２６４．７細胞に弱く結合した。非結合対照抗体は、ＲＡＷ２６４．７細胞に結合しなかった。２２の抗ＭＳＲ１抗体のいずれもＢ１６Ｆ１０．９細胞には結合しなかった。基準陽性対照（マウスＭＳＲ１／ＣＤ２０４抗体、およびＳｉｎｏ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ，Ｃａｔ．＃５０１２９－Ｒ００４）は、９７のＳ／Ｎで、Ｒａｗ２６４．７細胞に結合した。
実施例２９：抗ＭＳＲ１抗体はＭＳＲ１受容体上の別個エピトープに結合する／抗ＭＳＲ１抗体間の交差競合
様々な抗ＭＳＲ１抗体間の結合競合を、ＯＣＴＥＴ（登録商標）ＨＴＸバイオセンサプラットフォーム（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｃｏｒｐ．，Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，ＣＡ）上で、リアルタイムのラベルフリーバイオレイヤー干渉アッセイを使用して評価した。実験は、プレートを１０００ｒｐｍの速度で振盪させながら、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＥＤＴＡ、０．０５％ｖ／ｖの界面活性剤Ｔｗｅｅｎ ２０、および１ｍｇ／ｍＬのＢＳＡ、ｐＨ７．４（ＨＢＳ ＥＢＴ）緩衝液中で２５℃で実施した。
異なる抗体が、Ｎ末端ノナヒスチジンタグ（配列番号６８８）（Ｈｉｓ９－ｈＭＳＲ１；Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｔ＃ ２７０８－ＭＳ）により発現された組換えヒトＭＳＲ１の細胞外ドメイン上でのそれぞれのエピトープへの結合について互いと競争することが可能であるかどうか評価するために、Ｈｉｓ９－ｈＭＳＲ１の２０μｇ／ｍＬの溶液を含有するウェル中にバイオセンサチップを４５秒間浸すことによって、最初に、抗Ｐｅｎｔａ－Ｈｉｓ抗体でコーティングされたＯＣＴＥＴ（登録商標）バイオセンサチップ（配列番号６９０として開示される「Ｐｅｎｔａ－Ｈｉｓ」）（Ｐａｌｌ ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｃｏｒｐ．，＃１８－５１２２）上に約０．５９～０．７９ｎＭのＨｉｓ９－ｈＭＳＲ１を補足した。その後、抗原を捕捉したバイオセンサチップを、ｍＡｂ－１の５０μｇ／ｍＬの溶液を含有するウェル中に４分間浸漬することによって、第１の抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体（以下「ｍＡｂ－１」と呼ぶ）で飽和させた。その後、バイオセンサチップを、第２抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体（以下「ｍＡｂ－２」と呼ぶ）の５０μｇ／ｍＬの溶液を含有するウェル中に４分間浸した。バイオセンサチップのすべてを、実験の各工程間にＨＢＳ－ＥＢＴ緩衝液で洗浄した。実験の過程中にリアルタイム結合反応をモニタリングし、各工程の終わりの結合反応を記録した。あらかじめｍＡｂ－１と複合体を形成したＨｉｓ９ ｈＭＳＲ１に結合するｍＡｂ－２の反応を比較し、様々な抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体の競合的／非競合的な挙動を５０％の阻害閾値を使用して決定した。表１７において、結合の順序に関係なく、両方向に競合する抗体の関係が明確に定義される。
実施例３０：抗ＭＳＲ１抗体のリガンド取り込み
ＭＳＲ１は、修飾された低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）を含む、化学修飾または改変されたポリアニオン分子に結合して内部移行することができる（Ｐｌａｔｔ，Ｎ．ａｎｄ Ｓ．Ｇｏｒｄｏｎ．２００１．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．１０８（５）：６４９－６５４）。バイオアッセイを生成し、特定のＭＳＲ１リガンドの取り込みを調節する例示的な抗ＭＳＲ１抗体の能力を評価した。
アッセイのためのＭＳＲ１発現細胞株の生成。ヒト胚腎臓細胞（ＨＥＫ２９３）を形質導入して、Ｃ末端Ｍｙｃタグを有するヒトＭＳＲ１（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ受入番号ＮＰ＿６１９７２９．１のアミノ酸１－４５１）を安定して発現させた。ここで「ＨＥＫ２９３．Ｍｙｃ．ｈＭＳＲ１」と呼ばれる、結果として生じる細胞株を選択し、１０％のＦＢＳ、ＮＥＡＡ、ペニシリン／ストレプトマイシン、Ｌ－グルタミン、および１００μｇ／ｍＬのヒグロマイシンを含有するＤＭＥＭ中で維持した。
リガンド取り込みアッセイ。バイオアッセイのために、０．１％のＦＢＳ、ペニシリン／ストレプトマイシン、およびＬ－グルタミン（アッセイ培地）を含有するＯｐｔｉ－ＭＥＭ中の９６ウェルポリ－Ｄ－リジンコーティングアッセイプレート（Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ Ｏｎｅ，Ｃａｔ ＃６５５９４６）上にＨＥＫ２９３．Ｍｙｃ．ｈＭＳＲ１細胞を、１ウェルにつき２０，０００細胞でプレーティングし、５％のＣＯ２、３７℃で、一晩インキュベートした。翌日、抗体を３００ｎＭ～５．０８ｐＭ（１：３段階希釈）に段階希釈し、５％のＣＯ２、３７℃で、３０分間、アッセイ培地のみを含む陰性対照とともに、細胞とあらかじめインキュベートした。３０分後、１，１’ジオクタデシル（ｄｉｏｃｔａｄｅｃｙｌ）－３，３，３’３’－テトラメチルインドカルボシアニンペルクロレート（それぞれ「ＤｉＩ－ＯｘＬＤＬ」または「ＤｉＩ－ＡｃＬＤＬ」と呼ばれる）で標識された、酸化アセチル化した低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）を、１０μｇ／ｍＬの一定濃度で細胞に添加した。リガンド取り込みの用量反応を決定するために、ＤｉＩ－ＯｘＬＤＬまたはＤｉＩ－ＡｃＬＤＬを、２５μｇ／ｍＬ～２４．４ｐｇ／ｍＬ（およびＬＤＬを含まないアッセイ培地のみ）に段階希釈し、抗体を含まない細胞に添加した。５％のＣＯ２、３７℃での一晩のインキュベーション後、細胞をＢＤ ＣｙｔｏＦｉｘ（商標）（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｃａｔ＃５５４６５５）で、４℃で２時間固定し、リガンド取り込みを、励起５１４ｎｍおよび発光５６５ｎｍを用いてＦｌｅｘｓｔａｔｉｏｎ３プレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）を使用して評価した。結果を、Ｐｒｉｓｍ７プログラムとともに非線形回帰（４パラメータロジスティクス（ｐａｒａｍｅｔｅｒ ｌｏｇｉｓｔｉｃｓ））を使用して分析し、ＥＣ５０およびＩＣ５０の値を得た。阻害のパーセンテージを、以下の式を使用して、相対蛍光単位（ＲＦＵ）値で計算した：
この方程式では、「ＲＦＵＢａｓｅｌｉｎｅ」は、抗体を含まない１０μｇ／ｍＬリガンドで処理された細胞からの蛍光値であり、「ＲＦＵＩｎｈｉｂｉｔｉｏｎ」は１０μｇ／ｍＬのリガンドを有する特定の抗体に関する最小の蛍光値であり、および「ＲＦＵＢａｃｋｇｒｏｕｎｄ」は、リガンドまたは抗体を含まない細胞からの蛍光値である。リガンド取り込みアッセイの結果および計算値が表１８で提供される。
適切な抗体候補は、比較的効率的な阻害（例えば、約１０ｎＭ未満のＩＣ５０値）を示す。いくつかの実施形態では、適切な抗体候補はまた、またリガンド取り込みの約６５％未満の最大阻害を示す。
表１８（１～１０行目）に示されるように、８つの抗体がＨＥＫ２９３．Ｍｙｃ．ｈＭＳＲ１細胞上のＤｉＩ－ＯｘＬＤＬ取り込みの阻害を示し、最大阻害は２６％～９０％の範囲であり、ＩＣ５０値は２．３ｎＭ～＞１００ｎＭの範囲であった。８つの抗体のうち７つの抗体はＤｉＩ－ＡｃＬＤＬ取り込みの阻害を示し、最大阻害は１０％～６２％の範囲であり、ＩＣ５０値は１．８ｎＭ～＞１００ｎＭの範囲であった。抗体Ｈ２ａＭ２１２２９Ｎは、ＤｉＩ ＡｃＬＤＬ取り込みの阻害を示さなかった。
表１８（１１～１５行目）に示されるように、４つの抗体がＭＳＲ１媒介性ＤｉＩ－ＯｘＬＤＬ取り込みの阻害を示し、最大阻害は、４３％～９１％の範囲であり、ＩＣ５０値は１．７ｎＭから＞１００ｎＭの範囲であった。本開示の４つの抗体がＭＳＲ１媒介性ＤｉＩ－ＡｃＬＤＬ取り込みの阻害を示し、最大阻害は２２％～７９％の範囲であり、ＩＣ５０値は２．１ｎＭ～＞１００ｎＭの範囲であった。
表１８（１６～４２行）に示されるように、２５の抗体のうち２４の抗体がＤｉＩ－ＯｘＬＤＬのＭＳＲ１媒介性取り込みの阻害を示し、最大阻害は２２％～９４％の範囲であり、ＩＣ５０値は１．７ｎＭ～＞１００ｎＭの範囲であった。２５の抗体のうち２３の抗体がＤｉＩ－ＡｃＬＤＬ取り込みの阻害を示し、最大阻害は２６％～６５％の範囲であり、ＩＣ５０値は０．４２ｎＭ～＞１００ｎＭの範囲であった。抗体Ｈ１Ｈ２７７２９Ｐ－Ｎ２９７ＱはＤｉＩ－ＯｘＬＤＬ取り込みの阻害を示さず、抗体Ｈ１Ｈ２７７３９Ｐ－Ｎ２９７ＱおよびＨ１Ｈ２７７３４Ｐ－Ｎ２９７Ｑは、ＨＥＫ２９３．Ｍｙｃ．ｈＭＳＲ１細胞でのＤｉＩ－ＡｃＬＤＬ取り込みの阻害を示さなかった。
ヒトおよびマウスのアイソタイプ対照抗体は、アッセイのいずれにおいても、ＨＥＫ２９３．Ｍｙｃ．ｈＭＳＲ１細胞によるＤｉＩ－ＯｘＬＤＬおよびＤｉＩ－ＡｃＬＤＬの取り込みの阻害を示さなかった。
実施例３１：抗ＭＳＲ１抗体による細胞表面発現ＭＳＲ１の結合および内部移行
例示的な抗ＭＳＲ１抗体を、ＭＳＲ１またはＭＳＲ１発現細胞に結合して内部移行する能力について評価した。
アッセイでは、ＴＨＰ－１細胞［ＡＴＣＣ、Ｃａｔ ＃ＴＩＢ－２０２］を、１０％のＦＢＳ（ＡＴＣＣ、Ｃａｔ＃３０－２０２０）、ペニシリン（ｐｅｎｃｉｌｌｉｎ）／ストレプトマイシン／Ｌ－グルタミン（Ｇｉｂｃｏ、Ｃａｔ ＃１０３７８－０１６）、５０μＭのβ－メルカプトエタノール（Ｓｉｇｍａ、Ｃａｔ ＃Ｍ７５２２）（増殖培地）、および２００ｎＭのホルボールミリステートアセテート（ＰＭＡ；Ｓｉｇｍａ，Ｃａｔ＃Ｐ１５８５）を含有するＲＰＭＩ（Ｉｒｖｉｎｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｃａｔ ＃９１６０）中の９６ウェルＰＤＬコーティングプレート（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｃａｔ＃６０５５５００）に播種した。ＴＨＰ－１細胞を、５％のＣＯ２、３７℃で、４日間分化させた。染色ために、細胞の四つ組のプレートを、カルシウムおよびマグネシウムを含まないＰＢＳ中の２％のＦＢＳ（Ｉｒｖｉｎｇ，Ｃａｔ ＃ ９２４０）（染色緩衝液）で希釈された１０μｇ／ｍＬの抗ＭＳＲ１抗体と、４℃で、３０分間インキュベートした。細胞を染色緩衝液で２回洗浄し、１０μｇ／ｍＬのＡｌｅｘａ－Ｆｌｏｕｒ４８８にコンジュゲートした二次Ａｂ（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｔ ＃１１５－５４７－００３またはＪａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｔ ＃１０９－５４７－００３））と４℃で３０分間インキュベートし、続いて、染色緩衝液でさらに２回洗浄した。２枚のプレートを直ちに固定し、ＰＢＳ中で４％のパラホルムアルデヒド（ＰＦＡ；ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、Ｃａｔ ＃２８９０８）＋５μＭのＤＲＡＱ５（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、Ｃａｔ ＃６２２５１）で２０分間染色した（非内部移行プレート）。残りの２枚のプレートを３７℃で１時間インキュベートし、その後、固定し、ＰＢＳで希釈した４％のＰＦＡ＋５μＭ ＤＲＡＱ５の溶液を使用して２０分間染色した（内部移行プレート）。固定後に、すべてのプレートをＰＢＳで１回洗浄した。１枚の非内部移行プレートおよび１枚の内部移行プレートを、ＰＢＳ中の５０μｇ／ｍＬの抗Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ４８８抗体（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）と４℃で一晩インキュベートして、表面Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ４８８蛍光を消光した。残りのプレートを、ＰＢＳのみとインキュベートした。共焦点像を、４０倍の拡大率でＯｐｅｒａ Ｐｈｅｎｉｘ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）上で得た。調和分析ソフトウェア（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を使用してＤＲＡＱ５標識細胞を同定し、１つの細胞あたりの総Ａｌｅｘａ－Ｆｌｕｏｒ４８８相対蛍光単位（ＲＦＵ）を決定した。表１９に示されるように、各抗体について、４℃での全結合（４℃の消光していないウェルのＲＦＵ値）、および３７℃での全結合（３７℃で消光していないウェルのＲＦＵ値）、内部移行した総ＲＦＵ、および％内部移行を決定した。
ずべての計算において、未染色のウェルからのバックグラウンド蛍光を各ウェルから差し引いた。内部移行した総ＲＦＵを以下のように計算した：３７℃の消光していない試料の総ＲＦＵ－３７℃の表面ＲＦＵ。表面ＲＦＵを、３７℃の消光していないＲＦＵ－３７℃／ＱＥでの消失していないＲＦＵとして定義する。ＱＥ（消光効率）を次のように定義する：１－（４℃の消光した試料の総ＲＦＵ／４℃の消光していない試料の総ＲＦＵ）。％内部移行を以下の式から決定した：（３７℃の内部移行した総ＲＦＵ／３７℃の総ＲＦＵ）＊１００。
表１９に示されるように、分析された２１の抗ＭＳＲ１抗体のうち１９の抗体は、１３．３％～１１７．９％の内部移行の範囲で、分化されたＴＨＰ－１細胞への内部移行を示した。２１の抗ＭＳＲ１抗体のうち２つの抗体については、弱い結合のため、および／または消光効率を測定することができなかったため、内部移行を決定することができなかった。対照として、アイソタイプ対照は、測定可能な内部移行を示さなかった。
実施例３２：ヒトＭＳＲ１についての抗ＭＳＲ１抗体のブロッキング能力の評価
ヒトＭＳＲ１への様々なリガンドの結合をブロックする本明細書で開示される抗ＭＳＲ１抗体の能力を、３つの競合サンドイッチＥＬＩＳＡアッセイを使用して測定した。アッセイにおいて使用したリガンドは以下の通りであった：（１）アセチル化ＬＤＬ（Ａｃ－ＬＤＬ）、（２）酸化ＬＤＬ（Ｏｘ－ＬＤＬ）、および（３）ウシ血清アルブミンの終末糖化産物（ＡＧＥ－ＢＳＡ）。
アッセイでは、Ｎ末端９－ヒスチジンタグ（配列番号６８８）（Ｈｉｓ９－ｈＭＳＲ１；Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｃａｔ＃２７０８－ＭＳ）により発現されたヒトＭＳＲ１の細胞外ドメインの一部で構成される組換え単量体ヒトＭＳＲ１タンパク質を、ＰＢＳ中２μｇ／ｍＬの濃度で、９６ウェルマイクロタイタープレート上に４℃で一晩コーティングし、Ａｃ－ＬＤＬ、Ｏｘ－ＬＤＬ、またはビオチン化ＡＧＥ－ＢＳＡ（「ｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡ」）を用いた競合ＥＬＩＳＡアッセイに使用した。その後、非特異的結合部位を、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中のウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）の０．５％（ｗ／ｖ）の溶液を使用してブロックした。抗ＭＳＲ１抗体またはアイソタイプ対照抗体を、それぞれ試験されたリガンドに応じて段階希釈し、それぞれ段階希釈のセットごとに、Ｈｉｓ９－ｈＭＳＲ１でコーティングした二つ組のマイクロタイタープレートに添加した。緩衝液を単独で、各コート上のウェルに添加した。室温で１時間インキュベートした後、洗浄することなく、最終一定濃度の５０ｐＭのＡｃＬＤＬ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｃａｔ ＃Ｌ－３５３５４）、５ｎＭまたは１０ｎＭのＯｘ－ＬＤＬ（Ａｌｆａ Ａｅｓａｒ，Ｃａｔ ＃Ｊ６５５９１）、あるいは４００ｐＭのｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｃａｔ ＃ＢＴ４１２７）を、Ｈｉｓ９－ｈＭＳＲ１を有するプレートに添加し、そのプレートを室温でさらに１時間インキュベートした。（抗体阻害アッセイのためのＡｃ－ＬＤＬ、Ｏｘ－ＬＤＬ、およびｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡの濃度は、プレートにコーティングしたＨｉｓ９－ｈＭＳＲ１のＡｃＬＤＬ、Ｏｘ－ＬＤＬ、またはｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡの個別の結合曲線の直線部分内のおおよその中間点から選択した。）ウェルを洗浄し、プレートに結合したＡｃＬＤＬまたはＯｘ－ＬＤＬを、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）（ＪａｃｋｓｏｎＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ、Ｃａｔ ＃７１１－０３５－１５２）とコンジュゲートした抗ウサギＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）特異的ロバポリクローナル抗体と組み合わせた抗ＬＤＬウサギ抗体（Ａｌｆａ Ａｅｓａｒ，Ｃａｔ ＃Ｊ６４３９８）で検出し、ｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡを、ストレプトアビジン－ＨＲＰ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｃａｔ ＃Ｎ２００）で検出した。プレートを、メーカーの推奨に従ってＴＭＢ基板溶液（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｃａｔ ＃５１－２６０６ＫＣおよびＣａｔ ＃５１－２６０７ＫＣ）を使用して発達させ、４５０ｎｍでの吸光度をＶｉｃｔｏｒ（商標）Ｍｕｌｔｉｌａｂｅｌ Ｐｌａｔｅ Ｒｅａｄｅｒ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ（商標））上で測定した。このアッセイを４つの異なるアッセイランで実施した。
データ分析を、Ｐｒｉｓｍ（商標）ソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）内のＳ字用量応答のモデルを使用して実施した。各アッセイで試験した抗体の最高濃度でのパーセント遮断を、アッセイのベースラインに対して、プレート上のＨｉｓ９－ｈＭＳＲ１へのＡｃ－ＬＤＬ、Ｏｘ－ＬＤＬ、またはｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡの結合をブロックする抗体の能力の指標として計算した。計算の際には、抗体が存在しないアッセイに使用したＡｃ－ＬＤＬ、Ｏｘ－ＬＤＬ、またはｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡの同じ濃度の結合シグナルを、１００％の結合または０％のブロッキングとし、ＭＳＲ１リガンドまたは抗体を含まない緩衝液の試料の結合シグナルとして定義されるアッセイのベースラインを、０％の結合または１００％のブロッキングとした。各アッセイで試験した抗体の最高濃度での最大のパーセント遮断が、すべての抗体について報告される。負のパーセント遮断数は、抗体の存在下で、プレートにコーティングされたＨｉｓ９－ｈＭＳＲ１に結合するＭＳＲ１リガンドが多いことを反映した。ブロッキングの結果を表２０にまとめる。
分析された３５の抗ＭＳＲ１抗体のうち４つの抗ＭＳＲ１抗体は、ｈＭＳＲ１へのＡｃ－ＬＤＬ、Ｏｘ－ＬＤＬ、およびｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡの結合を＞５０％ブロックすることが確認された。これらの４つの抗ＭＳＲ１抗体は、Ｈｉｓ９ ｈＭＳＲ１への５０ｐＭのＡｃ－ＬＤＬ、１０ｎＭのＯｘ－ＬＤＬ、および４００ｐＭのｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡの結合を９５％より多くブロックした。
試験した抗体の最高濃度において、３５の抗ＭＳＲ１抗体のうち４つの抗ＭＳＲ１抗体は、ｈＭＳＲ１へのＡｃ－ＬＤＬおよび／またはＯｘ－ＬＤＬの結合を＞５０％ブロックしたが、ｈＭＳＲ１へのｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡの結合はブロックしなかった。これらの抗体のうち３つの抗体は、ｈＭＳＲ１への５０ｐＭのＡｃ－ＬＤＬおよび１０ｎＭのＯｘ－ＬＤＬの結合の両方をブロックし、５２％～９８％の遮断であった。１つの抗体（Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ）は、ｈＭＳＲ１への５０ｐＭのＡｃ－ＬＤＬの結合のみをブロックし、７５％の遮断であった。
３５の抗ＭＳＲ１抗体のうち２７つの抗ＭＳＲ１抗体および無関係のアイソタイプ対照抗体は、ｈＭＳＲ１へのＡｃ－ＬＤＬ、Ｏｘ－ＬＤＬ、およびｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡの結合を＜５０％ブロックした。
３つの抗ＭＳＲ１抗体（２１２２７Ｎ、２１２３１Ｎ、２１２３４Ｎ）を、元のヒトＦｃγ部分およびＮ２９７Ｑの単一点突然変異を有するバージョンの両方により産生した。２１２２７Ｎ抗体はまた、Ｎ２９７Ｄ突然変異により第３のバージョンとして産生した。２１２２７Ｎ（Ｈ１Ｈ２１２２７Ｎ－Ｎ２９７ＱおよびＨ１Ｈ２１２２７Ｎ－Ｎ２９７Ｄ）および２１２３１Ｎ（Ｈ１Ｈ２１２３１Ｎ－Ｎ２９７Ｑ）抗ＭＳＲ１抗体の修飾バージョンは、親の特徴を保持していた。抗体Ｈ１Ｈ２１２２７Ｎ－Ｎ２９７ＱおよびＨ１Ｈ２１２２７Ｎ－Ｎ２９７Ｄは、ｈＭＳＲ１へのＡｃ－ＬＤＬ、Ｏｘ－ＬＤＬ、およびｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡの結合を＞５０％ブロックした一方、抗体Ｈ１Ｈ２１２３１Ｎ－Ｎ２９７Ｑは、ｈＭＳＲ１へのＡｃ－ＬＤＬ、Ｏｘ－ＬＤＬ、およびｂｉｏｔ－ＡＧＥ－ＢＳＡの結合を＜５０％をブロックした。抗ＭＳＲ１の修飾された抗体Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑは、ｈＭＳＲ１へのＡｃ－ＬＤＬおよびＯｘ－ＬＤＬの結合の両方を＞５０％ブロックした未修飾のＨ１Ｈ２１２３４Ｎ抗体と比較して、ｈＭＳＲ１への５０ｐＭのＡｃ－ＬＤＬの結合のみをブロックした。
実施例３３：細胞内黄色ブドウ球菌の抗体薬物コンジュゲートの死滅アッセイ１（ＭＳＲ１）
使用した試薬を以下の表２１に示す。
本開示の抗ＭＳＲ１ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣの効果をインビトロで試験するために、細胞内黄色ブドウ球菌の死滅アッセイを使用した。上記アッセイでは、ＴＨＰ－１単核球細胞株を、１０％のＦＢＳおよび１％のペニシリン／ストレプトマイシンを含有するＲＰＭＩで構成される培地中で増殖させ、その後、９６ウェルプレートに１ｘ１０５細胞／ウェルの密度で播種し、および、２００ｎＭのホルボールミリステートアセテート（ＰＭＡ）を用いて感染させる３日前にマクロファージへと分化させた。黄色ブドウ球菌ＭＲＳＡ株ＮＲＳ３８４の一晩の培養物をＲＰＭＩ中で増殖させ、ＰＢＳで２回洗浄し、続いて、１ｘ１０７ｃｆｕ／ｍＬでＰＢＳに再懸濁した。ＴＨＰ－１細胞を温かい培地（ＦＢＳを含まないＲＰＭＩ）で洗浄してペニシリン／ストレプトマイシンを除去し、その後、１０：１（黄色ブドウ球菌：マクロファージ）の感染多重度で黄色ブドウ球菌懸濁液に感染させた。プレートを３００ｘｇで５分間回転させて同時に細菌を付着させ、その後、３７℃で２時間培養した。浮遊細菌を、温かい培地で２回洗浄することによって除去し、残った細胞外の黄色ブドウ球菌を、１００μｇ／ｍＬのゲンタマイシンを含有する培地の添加によって死滅させた。１時間後に培地を吸引し、様々な用量（１０μｇ／ｍＬ、３．３μｇ／ｍＬ、１．１μｇ／ｍＬ、０．４μｇ／ｍＬ、０．１μｇ／ｍＬ、および０．０４μｇ／ｍＬ）の抗ＭＳＲ１ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ（Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ－２５およびＨ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ－８０）（これは、鎖間システインを介して本開示のマレイミドリンカーペイロード誘導体化合物２５および８０にコンジュゲートした本開示の抗ＭＳＲ１の抗体である）、および１０μｇ／ｍＬのアイソタイプ対照－抗生物質ｎｃＡＤＣ（アイソタイプ対照－Ｎ２９７Ｑ－２５およびアイソタイプ対照－Ｎ２９７Ｑ－８０）を、５０μｇ／ｍＬのゲンタマイシンを含有する培地中の感染したマクロファージに添加して、黄色ブドウ球菌の細胞外増殖を防いだ。参考のために、ｎｃＡＤＣを含まない試料も含めた。２４時間後、ＦＢＳを含まない温かいＲＰＭＩでプレートを２回洗浄し、その後、ＰＢＳ中の１００μＬの０．１％のトリトンＸ－１００を添加し、１０分間インキュベートして、ＴＨＰ－１を溶解した。黄色ブドウ球菌生存を、ＰＢＳにおける段階希釈およびトリプチケースソイ寒天培地上へのプレーティングにより、コロニー形成単位で数えた。
ＤＡＲを表２２にまとめる。
結果を以下の表２３にまとめる。
表２３に示されるように、抗ＭＳＲ１ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ（Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ－２５およびＨ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ－８０）は、未処置対照と比較して、インビトロにおいて感染したマクロファージからの細胞内黄色ブドウ球菌を用量依存的様式で減少させる能力を示した。１０μｇ／ｍＬのアイソタイプ対照－抗生物質ｎｃＡＤＣ（アイソタイプ対照－Ｎ２９７Ｑ－２５およびアイソタイプ対照－Ｎ２９７Ｑ－８０）で処理したマクロファージは、未処理対照と同様のレベルで細胞内黄色ブドウ球菌を抱えていた。これらのデータにより、本開示の抗ＭＳＲ１ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣを使用して、マクロファージリザーバ内に存在する病原菌を効果的に死滅させることが可能であることが示される。
実施例３４：黄色ブドウ球菌のＩＶ播種性感染症マウスモデル
本開示の抗ＭＳＲ１ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣの効果をインビボで試験するために、静脈内播種性感染モデルを使用した。黄色ブドウ球菌ＭＲＳＡ株ＮＲＳ３８４を、トリプシン（ｔｒｙｐｉｃ）大豆ブロス（ＴＳＢ）中で一晩増殖させ、中対数期（ｍｉｄ－ｌｏｇａｒｉｔｈｍｉｃ ｐｈａｓｅ）まで継代培養した。その後、細菌をＰＢＳで２回洗浄し、１．２ｘ１０＾８ｃｆｕ／ｍＬの濃度でＰＢＳに再懸濁した。その後、マウスＭＳＲ１細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインの代わりに、ヒトＭＳＲ１の細胞外ドメインおよび膜貫通ドメインをホモ接合的に発現するマウス（ヒト化ＭＳＲ、ＭＡＩＤ ７３４３－ＭＳＲ１ ＨｕｍＩｎ ｄｅｌＨｙｇ）を、１００μＬの細菌懸濁液で尾静脈から静脈内感染させ、最終感染量を１．２ｘ１０＾７ｃｆｕ／マウスとした。感染の１～３日後、マウスを、１日２回、１１０ｍｇ／ｋｇのバンコマイシンで皮下処置した。抗ＭＳＲ１モノクローナル抗体（Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ）、抗ＭＳＲ１ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ（Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ－２５）（鎖間システインを介して本開示のマレイミドリンカーペイロード誘導体化合物２５にコンジュゲートした本開示の抗ＭＳＲ１の抗体）、マレイミドリンカーペイロード誘導体化合物２５にコンジュゲートしたアイソタイプ対照抗体またはｎｃＡＤＣアイソタイプ対照のいずれかを、感染後１日目に、表２４に記載される指示された投与量で皮下投与した。マウスを、感染の間にわたり、体重減少および身体コンディショニングスコアついてモニタリングした。感染の４日後、マウスを屠殺し、黄色ブドウ球菌の腎臓負荷を組織均質化により定量化し、その後、ＰＢＳ中の段階希釈およびトリプチケース（ｔｒｙｐｉｃａｓｅ）ソイ寒天培地上にプレーティングにより、コロニー形成単位を数えた。
表２４に示されるように、黄色ブドウ球菌ＭＲＳＡ株ＮＲＳ３８４による静脈内感染は、腎臓における高い細菌負荷をもたらし、標準治療の抗生物質バンコマイシンによるマウスの処置は、黄色ブドウ球菌腎臓負荷をおよそ２対数減少させるが、黄色ブドウ球菌のレベルが検出限界（ＬＯＤ）を下回ったマウスはいなかった。１ｍｇ／ｋｇおよび０．１ｍｇ／ｋｇの投与量の抗ＭＳＲ１ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ（Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ－２５）をバンコマイシンと組み合わせると、結果として、７７％および７５％のマウスで黄色ブドウ球菌レベルがＬＯＤを下回り、これにより、Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ併用療法で処置したマウスにおける黄色ブドウ球菌のクリアランスの著しい改善が実証された。黄色ブドウ球菌のクリアランスは、アイソタイプ対照ｎｃＡＤＣコンジュゲート（アイソタイプ対照－Ｎ２９７Ｑ－２５）とバンコマイシンで処置したマウスにおいてはそれほど明白ではなく、これにより、ペイロードがマクロファージを標的とする利点が実証された。
実施例３５：アミノ－リンカー－ペイロードへの非グリコシル化抗体のコンジュゲーション方法
化合物８０および８２の細菌トランスグルタミナーゼコンジュゲーション
この部位でのＦｃのＮ結合型グリコシル化を排除するＮ２９７Ｑ突然変異を含む、抗ＭＳＲ１抗体Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎを使用した。上記突然変異により、抗体が重鎖の２９５Ｑおよび２９７Ｑで最大４のローディングにコンジュゲートすることができる。同じＮ２９７Ｑ突然変異を含む非標的化抗体対照を、非結合アイソタイプ対照として使用した。
脱グリコシル化対照およびＭＳＲ１抗体を、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）中の１ｍｇ／ｍＬでコンジュゲートした。化合物８０または８２を、抗体に対して１０～４０倍のモル過剰で添加し、酵素反応を、１ｍｇの抗体につき１２単位の細菌トランスグルタミナーゼ（Ｚｅｄｉｒａ、Ｔ１００１）の添加によって開始し、３７℃で４～１６時間インキュベートした。試料をＳＥＣによって精製してＰＢＳに入れた。コンジュゲートを、薬物対抗体比（ＤＡＲ）の決定のためにＥＳＩ－ＭＳによって分析し、疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）によって分析した。その結果を表２５に列挙する。
疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）によるコンジュゲートの特徴付け
抗体上のリンカー－ペイロードのローディングを決定するために、コンジュゲートを、６０分にわたって水中の１Ｍのリン酸カリウム（ｐＨ８．５）の直線勾配を用いたＴＳＫ－ＮＰＲブチルＨＩＣカラムを使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ １２６０上で実施した。コンジュゲート抗体および非コンジュゲート抗体の種に対応するピーク面積を積分することによって、ペイロードのローディングを決定した。
ＥＳＩ－ＭＳによるコンジュゲートの特徴付け
クロマトグラフ分離を、１０分の勾配（分：移動相Ｂのパーセンテージ；０：５％、２：５０％、２．１：２６％、６．５：４０％、６．６：９０％、８．５：９０％、８．６：５％、１０：５％、１０．５：９０％、１２．５：９０％、１２．９：５％、１５：５％）で、Ｃ４カラム（０．３×５０ｍｍ ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ ＢＥＨタンパク質Ｃ４、１．７ｕｍ、３００Ａ）上で実施した。移動相Ａは水中の０．１％のギ酸であり、移動相Ｂはアセトニトリル中の０．１％のギ酸であった。流速を８ｍＬ／分に設定した。検出器ＴＯＦスキャンを、列挙される主要なパラメータ（キャピラリー電圧３．０ｋＶ；サンプリングコーン８０Ｖ；１００Ｖのソースオフセット；ソース温度１５０℃；脱溶媒和温度４００℃；コーンガス０Ｌ／時；脱溶媒和ガス６００Ｌ／時）で、５００～４５００ｍ／ｚに設定した。スペクトルを、ＭａｓｓＬｙｎｘソフトウェア内のＭａｘＥｎｔ機能によりデコンボリューションした（ｄｅｃｏｎｖｏｌｕｔｅｄ）。
以下の式を使用して、デコンボリューションした質量スペクトルピーク強度に基づいて、平均の薬物対抗体比（ＤＡＲ）を計算した。式中、ＰＩ＝ピーク強度、およびＤ＝個別のＤＡＲである。
実施例３６：抗体操作されたシステイン非ブロック化
抗タンパク質（Ｈ１ｘＨ１５１４０Ｐ＊／＊）および非標的化抗体操作された抗体を、鎖間ジスルフィド形成重鎖Ｃ１０３Ｓを変異させることによって作成した。抗体をＣＨＯ細胞で発現させ、これを、３０倍のモル過剰の還元剤であるＴＣＥＰの追加、およびその後の緩衝液交換による室温でのＰＢＳの軽度の還元を用いて、天然の軽鎖システイン上で脱ブロックする必要がある。２つの重鎖の鎖間ジスルフィド結合を再形成するために、抗体を、２～２０倍のモル過剰のＣｕＳＯ４またはｄｈＡＡと室温で３時間インキュベートした。還元または酸化した抗体を、ＰＢＳへと緩衝液交換し、酸化剤を除去した。このプロセスにより、軽鎖に存在し、かつマレイミドコンジュゲーションに利用可能な２つの遊離チオールが得られる。
抗ＷＴＡ操作抗体を、文献（Ｌｅｈａｒ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ ２０１５ ５２７，３２３－３２８；ＵＳ２０１４０３５６３７５およびＷＯ２０１６０９００３８に記載される抗体４４９７。これらの内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）から得て、その抗体は、マレイミドコンジュゲーションのための２つの部位を提供する軽鎖突然変異Ｖ２０５Ｃを有している。上記と同じ手順を使用して、操作されたシステインを非ブロック化した。
リンカーペイロードへの抗体操作された脱ブロック化システインのコンジュゲーション
ＰＢＳ（ｐＨ７．５）中の還元および酸化した抗体（１～１０ｍｇ／ｍｌ）に、マレイミドリンカーペイロード（２当量／ＳＨ基、Ｌｅｈａｒ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ ５２７，３２３－３２８）、または本出願のリンカーペイロードを、ＤＭＳＯ（１０ｍｇ／ｍｌ）に添加した。反応を２時間進行させた。コンジュゲートをサイズ排除クロマトグラフィーによりＰＢＳへと精製し、滅菌濾過した。タンパク質濃度およびペイロード対抗体比率を、ＵＶスペクトル分析によって決定した。使用したすべてのコンジュゲートが＞９５％の単量体であることが、サイズ排除ＨＰＬＣにより確立され、＜１％の非コンジュゲートペイロードが存在することが、ＲＰ－ＨＰＬＣにより確立された。すべてのコンジュゲート抗体を、リンカーペイロードのローディング値についてＨＩＣによって分析した。ペイロード対抗体比率を表２６に報告する。
非グリコシル化された抗体のためのコンジュゲーション方法（Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎおよび非標的化抗体対照）
５０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ（ｐＨ７．５）中の抗体（１～１０ｍｇ／ｍｌ）を、１ｍＭのジチオスレイトールで、３７℃で３０分間処理した。ゲル濾過（Ｇ－２５、ｐＨ４．５の酢酸ナトリウム）の後、ＤＭＳＯ（１０ｍｇ／ｍｌ）中のマレイミドリンカーペイロード誘導体化合物２５（１．２当量／ＳＨ基）を、還元された抗体に添加し、混合物を１ＭのＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）でｐＨ７．０に調整した。コンジュゲートを、サイズ排除クロマトグラフィーによって、５％のグリセロールを含むＰＢＳを使用して精製し、滅菌濾過した。タンパク質濃度およびペイロード対抗体比率を、ＵＶスペクトル分析によって決定した。使用したすべてのコンジュゲートが＞９５％の単量体であることが、サイズ排除ＨＰＬＣにより確立された。すべてのコンジュゲート抗体を、リンカーペイロードのローディング値についてＨＩＣによって分析した。ペイロード対抗体比率を表２６に報告する。
リファログ（Ｌｅｈａｒ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ ２０１５ ５２７，３２３－３２８；ＷＯ２０１６０９００３８）：
疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）によるコンジュゲートの特徴付け
抗体上のリンカー－ペイロードのローディングを決定するために、コンジュゲートを、６０分にわたって水に対して１Ｍのリン酸カリウム（ｐＨ８．５）の直線勾配を用いたＴＳＫ－ＮＰＲブチルＨＩＣカラムを使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ １２６０上で実施した。コンジュゲート抗体および非コンジュゲート抗体の種に対応するピーク面積を積分することによって、ペイロードのローディングを決定した。
ＥＳＩ－ＭＳによるコンジュゲートの特徴付け
抗体（システインコンジュゲート）上のリンカーペイロードのローディングを決定するために、コンジュゲートを脱グリコシル化し、還元し、ＬＣ－ＭＳにより分析した。
アッセイでは、５０μｇのコンジュゲートを、１ｍｇ／ｍＬの最終濃度までｍｉｌｉ－Ｑ水で希釈した。１０μＬのＰＮＧａｓｅ Ｆ溶液［１５０μＬのＰＮＧａｓｅ Ｆストック（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｃａｔ＃Ｐ０７０４Ｌ）および８５０μＬのｍｉｌｉ－Ｑ水の添加によってＰＮＧａｓｅ Ｆ溶液を調製し、よく混合した］を、希釈されたコンジュゲート溶液に添加し、その後、３７℃で一晩インキュベートした。結果として生じる材料が２０ｍＭの最終ＴＣＥＰ濃度を有するように、２．４μＬの０．５ＭのＴＣＥＰを試料に添加し、その後、これを５０℃で３０分間インキュベートした。各試料の１０μＬの注入をＬＣ－ＭＳ（Ｗａｔｅｒｓ Ｓｙｎａｔ Ｇ２－Ｓｉ）上で行い、２５分かけて、０．１ｍＬ／分の移動相Ｂの勾配移動相２０～４０％で溶出させた（移動相Ａ：Ｈ２Ｏ中の０．１％ｖ／ｖのＦＡ；移動相Ｂ：アセトニトリル中の０．１％ｖ／ｖのＦＡ）。ＬＣ分離を、Ｗａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ ＢＥＨ Ｃ１８カラム（１．０×５０ｍＭ、１．７μＭ）上で実施した。
質量分析法スペクトルをデコンボリューションし、同定された軽鎖および重鎖ピークは、リンカー－ペイロード値＝０および１を有する軽鎖（Ｌ）、リンカー－ペイロード値＝０、１、２、および３を有する重鎖（Ｈ）を表す。各種の強度値から、以下の式を使用して、ホモ二量体抗体コンジュゲートについて薬物対抗体比（ＤＡＲ）を計算した。
実施例３７：ブロス最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）アッセイ２
本開示のリファマイシンアナログの効力をインビトロで試験するために、ブロス増殖阻害アッセイを展開した。アッセイでは、黄色ブドウ球菌ＮＲＳ３８４を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で一晩増殖させ、その後、新たなＴＳＢ中で１：５０に継代培養し、さらに２時間増殖させた。その後、培養物を遠心分離によりペレット化し、ＰＢＳで２回洗浄した。次に、培養物を、ＴＳＢ中の１ｘ１０６ｃｆｕ／ｍＬに希釈し、１００μＬの懸濁液を、各ウェルごとに、三つ組の２ｍＬの稀釈プレートに添加した。示された抗生物質（本開示のアナログまたは以前に知られているアナログリファンピシン）の希釈系列を１：１で添加して１ｘ１０－５Ｍの最終的な開始濃度にし、その後、１：１０に稀釈して１ｘ１０－６Ｍにし、次に、１：４で稀釈して２．５ｘ１０－７Ｍ、６．２５ｘ１０－８Ｍ、１．５６ｘ１０－８Ｍ、３．９１ｘ１０－９Ｍ、９．７７ｘ１０－１０Ｍ、２．４４ｘ１０－１０Ｍ、６．１ｘ１０－１１Ｍ、１．５３ｘ１０－１１Ｍ、および３．８１ｘ１０－１２Ｍを含む、計１１点を作成した。プレートを密閉し、振盪させながら３７℃で２４時間インキュベートし、その後、１５０μＬの各試料を９６ウェルマイクロタイタープレートに添加し、ＯＤ６００ｎｍをＳｐｅｃｔｒａｍａｘｉ３ Ｍｉｎｉｍａｘ３００で読み取った。
使用した試薬を以下の表２７に示す。
黄色ブドウ球菌の増殖を阻害した最低濃縮（最小発育阻止濃度、ＭＩＣ）を、表２８に表記する。表２８に示されるように、本開示のすべてのリファマイシンアナログは、サブマイクロモル～ナノモル濃度で、黄色ブドウ球菌の増殖の阻害に有効である。ブロスＭＩＣ実験は少なくとも２つの独立した実験で評価し、特に明記されていない限り、中央値は下に示される。
実施例３８：細胞内死滅アッセイ２
リファマイシンアナログ化合物の黄色ブドウ球菌に対する活性を、細胞内「死滅」アッセイで試験した。
使用した試薬を以下の表２９に示す。
ＴＨＰ－１単核球細胞株を、培地（ＲＭＰＩ＋１０％のＦＢＳ＋１％のペニシリン／ストレプトマイシン）中で増殖させ、その後、９６ウェルプレートに１ｅ５細胞／ウェルの密度で播種し、および、２００ｎＭのＰＭＡを用いて感染させる３日前にマクロファージへと分化させた。黄色ブドウ球菌ＮＲＳ３８４の一晩の培養物をＲＰＭＩ中で増殖させ、ＰＢＳで２回洗浄し、１ｅ７ｃｆｕ／ｍＬでＰＢＳに再懸濁した。ＴＨＰ－１を温かい培地（ＦＢＳを含まないＲＭＰＩ）で洗浄してペニシリン／ストレプトマイシンを除去し、その後、１０：１（黄色ブドウ球菌：マクロファージ）の感染多重度で黄色ブドウ球菌懸濁液に感染させた。プレートを３００ｘｇで５分間回転させて同時に細菌を付着させ、その後、３７℃で２時間培養した。浮遊細菌を、温かい培地で２回洗浄することによって除去し、残った細胞外黄色ブドウ球菌を、ゲンタマイシン（５０μｇ／ｍＬ）を含有する培地の添加によって死滅させた。１時間後、培地を吸引し、示された化合物を、１ｅ－６Ｍから始まる稀釈系列で感染したマクロファージに添加し、１：５に稀釈して６点（１．０ｘ１０－６Ｍ、２．０ｘ１０－７Ｍ、４．０ｘ１０－８Ｍ、８．０ｘ１０－９Ｍ、１．６ｘ１０－９Ｍ、および３．２ｘ１０－１０Ｍ）を作成した。化合物を、５０μｇ／ｍＬのゲンタマイシンを含有する培地中に添加して、黄色ブドウ球菌の細胞外増殖を防いだ。２時間後、プレートを、ＦＢＳを含まない温かいＲＰＭＩで２回洗浄し、１００ｕｌのＴＨＰ－１溶解緩衝液（ＰＢＳ中の０．１％のトライトン（登録商標））を各ウェルに添加した。黄色ブドウ球菌生存を、段階希釈およびＴＳＡ上へのプレーティングにより、コロニー形成単位で数えた。
細胞内死滅アッセイの結果を表３０に示す。最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）は、検出限界（５０ｃｆｕ／ｍＬ）を下回る細胞内黄色ブドウ球菌を結果としてもたらした各化合物の最低濃縮に相当する。特に明記されていない限り、示される細胞内のＭＩＣ値は、少なくとも２つの独立した実験の中央値を表す。
表３０によって示されるように、本開示のリファマイシンアナログ（および、リファンピシン）のための細胞内死滅ＭＩＣは、＞１ｅ－６Ｍ～４ｅ－８Ｍの範囲であり、８つの新規なリファマイシンアナログは、有力な細胞内死滅活性を示した。
実施例３９：細胞内黄色ブドウ球菌の抗体薬物コンジュゲートの死滅アッセイ２（抗ＷＴＡおよび抗プロテインＡ）
使用した試薬を以下の表３１に示す。
本開示のリファマイシンアナログ化合物は、抗ＷＴＡ抗体（抗ＷＴＡ ｍＡｂ、ｈＩｇＧ１）、抗プロテインＡ抗体（抗プロテインＡ ｍＡｂ、ｈＩｇＧ１＊＊Ｃ１０３Ｓ）、または対照抗体（非標的化アイソタイプ対照、ｈＩｇＧ１＊＊）のいずれかにコンジュゲートした。
本開示の抗黄色ブドウ球菌抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）の効果をインビトロで試験するために、黄色ブドウ球菌細胞内死滅アッセイを展開した。上記アッセイのために、ＴＨＰ－１単核球細胞株を、培地（ＲＭＰＩ＋１０％のＦＢＳ＋１％のペニシリン／ストレプトマイシン）中で増殖させ、その後、４８ウェルプレートに１ｅ５細胞／ウェルの密度で播種し、および、２００ｎＭのＰＭＡを用いて感染させる３日前にマクロファージへと分化させた。黄色ブドウ球菌ＮＲＳ３８４の一晩の培養物をＲＰＭＩ中で増殖させ、ＰＢＳで２回洗浄し、１ｅ７ｃｆｕ／ｍＬでＰＢＳに再懸濁した。黄色ブドウ球菌懸濁液を、１０ｕｇ／ｍＬから始まる稀釈系列で、示された抗黄色ブドウ球菌ＡＤＣとプレインキュベートし、１：３に稀釈して６点（１０、３．３、１．１、０．３７、０．１２、および０．０４１μｇ／ｍＬの最終濃度）を作成し、アイソタイプ対照ＡＤＣを最高濃度でのみ試験した。ＴＨＰ－１を、温かい培地（ＦＢＳを含まないＲＭＰＩ）で洗浄することでペニシリン／ストレプトマイシンを除去し、その後、１０：１（黄色ブドウ球菌：マクロファージ）の感染多重度で、プレインキュベートした黄色ブドウ球菌懸濁液、およびＡＤＣ、裸抗体、またはｎｏ ｍＡｂに感染させた。プレートを３００ｘｇで５分間回転させて同時に細菌を付着させ、その後、３７℃で２時間培養した。浮遊細菌を、温かい培地で２回洗浄することによって除去し、残った細胞外黄色ブドウ球菌を、ゲンタマイシン（５０μｇ／ｍＬ）を含有する培地の添加によって死滅させた。２４時間後、培地を吸引し、ＦＢＳを含まない温かいＲＰＭＩでウェルを２回洗浄し、１００μｌのＴＨＰ－１溶解緩衝液（ＰＢＳ中の０．１％のトライトン（登録商標））およびＰＢＳ中の１５０μｌを、各ウェルに添加した。黄色ブドウ球菌の生存率を、階段希釈およびＴＳＡ上へのプレーティングにより、コロニー形成単位で数えた。
細胞内死滅アッセイの結果を、５０ｃｆｕ／ｍＬの検出限界で、図５および表３２に示す。
ヒトＩｇＧ１アイソタイプであり、したがって、黄色ブドウ球菌上のプロテインＡに結合することができる対照ＡＤＣ（非標的化アイソタイプ対照コンジュゲート）は、未処置対照と比較して、細胞内黄色ブドウ球菌の生存率を～１対数減少させた。リファンピシンペイロードを放出する抗ＷＴＡ ｍＡｂ－２１は、対照ＡＤＣと同様に細菌負荷を減少させた。有力な細胞内死滅活性を有するペイロードを送達した黄色ブドウ球菌ＡＤＣ（抗ＷＴＡ ｍＡｂ－２５、抗プロテインＡ ｍＡｂ－３６、抗ＷＴＡ ｍＡｂ－リファログ、および抗ＷＴＡ ｍＡｂ－３６）は、細胞内黄色ブドウ球菌の減少において、リファンピシンコンジュゲート（抗ＷＴＡ ｍＡｂ－２１）よりも効果的であり、未処置対照と比較して３対数以上減少させた。抗ＷＴＡ ｍＡｂ－３６は、複数の実験で、抗ＷＴＡ ｍＡｂ－リファログよりも黄色ブドウ球菌生存率を一貫して減少させた。
実施例４０：細胞内黄色ブドウ球菌の抗体薬物コンジュゲートの死滅アッセイ３（ＭＳＲ１）
使用した試薬を以下の表３３に示す。
本開示の抗ＭＳＲ１ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣの効果をインビトロで試験するために、細胞内黄色ブドウ球菌の死滅アッセイを使用した。上記アッセイでは、ＴＨＰ－１単核球細胞株を、１０％のＦＢＳおよび１％のペニシリン／ストレプトマイシンを含有するＲＰＭＩで構成される培地中で増殖させ、その後、１ｘ１０５細胞／ウェルの密度で４８ウェルプレートに播種し、および、２００ｎＭのホルボールミリステートアセテート（ＰＭＡ）を用いて感染させる３日前にマクロファージへと分化させた。黄色ブドウ球菌ＭＲＳＡ株ＮＲＳ３８４の一晩の培養物をＲＰＭＩ中で増殖させ、ＰＢＳで２回洗浄し、続いて、ＰＢＳに１ｘ１０７ｃｆｕ／ｍＬで再懸濁した。ＴＨＰ－１細胞を温かい培地（ＦＢＳを含まないＲＰＭＩ）で洗浄してペニシリン／ストレプトマイシンを除去し、その後、１０：１（黄色ブドウ球菌：マクロファージ）の感染多重度で黄色ブドウ球菌懸濁液に感染させた。プレートを３００ｘｇで５分間回転させて同時に細菌を付着させ、その後、３７℃で２時間培養した。浮遊細菌を、温かい培地で２回洗浄することによって除去し、残った細胞外黄色ブドウ球菌を、５０μｇ／ｍＬのゲンタマイシンを含有する培地の添加によって死滅させた。１時間後、培地を吸引し、様々な用量（１０μｇ／ｍＬ、３．３μｇ／ｍＬ、１．１μｇ／ｍＬ、０．４μｇ／ｍＬ、０．１μｇ／ｍＬ、および０．０４μｇ／ｍＬ）の抗ＭＳＲ１ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ（Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ－２５およびＨ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ－８０）、および１０μｇ／ｍＬのアイソタイプ対照－抗生物質ｎｃＡＤＣ（アイソタイプ対照－Ｎ２９７Ｑ－２５およびアイソタイプ対照－Ｎ２９７Ｑ－８０）を、５０μｇ／ｍＬのゲンタマイシンを含有する培地中の感染したマクロファージに添加して、黄色ブドウ球菌の細胞外増殖を防いだ。参考のために、ｎｃＡＤＣを含まない試料も含めた。２４時間後、ＦＢＳを含まない温かいＲＰＭＩでプレートを２回洗浄し、その後、ＰＢＳ中の１００μＬの０．１％のトリトンＸ－１００を添加し、１０分間インキュベートして、ＴＨＰ－１を溶解した。黄色ブドウ球菌生存を、ＰＢＳにおける段階希釈およびトリプチケースソイ寒天培地上へのプレーティングにより、コロニー形成単位で数えた。
結果を以下の表３４にまとめる。
表３４に示されるように、抗ＭＳＲ１ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ（Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ－２５およびＨ１Ｈ２１２３４Ｎ－Ｎ２９７Ｑ－８０）は、未処置対照と比較して、インビトロでマクロファージにおける細胞内黄色ブドウ球菌を用量依存的様式で減少させる能力を示した。１０μｇ／ｍＬのアイソタイプ対照－抗生物質ｎｃＡＤＣ（アイソタイプ対照－Ｎ２９７Ｑ－２５およびアイソタイプ対照－Ｎ２９７Ｑ－８０）で処理したマクロファージは、未処置対照と同様のレベルで細胞内黄色ブドウ球菌を抱えていた。これらのデータにより、本開示の抗ＭＳＲ１ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣを使用して、マクロファージリザーバ内に存在する病原菌を効果的に死滅させることが可能であることが示される。
実施例４１：黄色ブドウ球菌のＩＶ播種性感染症マウスモデル（４日目のモデル）
インビボで本開示の抗黄色ブドウ球菌Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣの単独、および標準治療のＭＲＳＡ抗生物質バンコマイシンと組み合わせた効果を試験するために、４日目の静脈内播種感染モデルを利用した。黄色ブドウ球菌ＭＳＲＡ株ＮＲＳ３８４を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で一晩増殖させ、中対数期まで継代培養した。その後、細菌をＰＢＳで２回洗浄し、１．５ｘ１０＾８ｃｆｕ／ｍＬの濃度でＰＢＳに再懸濁した。その後、Ｂａｌｂ／ｃマウスを、１００μＬの細菌懸濁液で尾静脈から静脈内感染させ、最終感染量を１．５ｘ１０＾７ｃｆｕ／マウスとした。試験では、マウスを、バンコマイシン単独、アイソタイプ対照Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（アイソタイプ対照Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－リファログ）（これはリファログにコンジュゲートされた抗ＷＴＡ抗体である）、抗ＷＴＡ抗体、抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６）（これは本開示の化合物３６にコンジュゲートされた抗ＷＴＡ抗体である）、第２の抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－２５）（これは本開示の化合物２５にコンジュゲートされた抗ＷＴＡ抗体である）、または、第３の抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－リファログ）、アイソタイプ対照Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（アイソタイプ対照Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ－リファログ）＋バンコマイシン、抗ＷＴＡ抗体＋バンコマイシン、抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６）、第２の抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－２５）＋バンコマイシン、あるいは、第３の抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－リファログ）＋バンコマイシンで処置する。バンコマイシンを含んだ処置群では、感染後１日～３日目に、１１０ｍｇ／ｋｇを１日２回、皮下投薬した。抗体およびｎｃＡＤＣを含んだ処置群では、感染後２日目に、１ｍｇ／ｋｇを皮下投与した。処置されていない感染した対照および感染していない対照を試験に含めた。マウスを、感染の間にわたり、体重減少および身体コンディショニングスコアついてモニタリングした。感染後４日目に、マウスを屠殺し、黄色ブドウ球菌の腎臓負荷を定量化した。定量化のために、腎臓を均質化し、ＰＢＳ中の段階希釈およびトリプチケースソイ寒天培地上へのプレーティングにより、コロニー形成単位を数えた。感染スキームを図４に表す。データを、マウスにおける黄色ブドウ球菌腎臓負荷の中央値として表３５に表す。
表３５に示されるように、黄色ブドウ球菌ＭＲＳＡ株ＮＲＳ３８４による静脈内感染により、結果として、３．６３Ｅ＋０７ｃｆｕｓ／腎臓対の腎臓における細菌負荷の高い中央値が得られる。単独療法として、抗ＷＴＡ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ－２５および抗ＷＴＡ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６は、腎臓の細菌負荷を～２対数減少させた。試験した抗ＷＴＡ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣをバンコマイシンと組み合わせて投与すると、すべての処置群で、バンコマイシンで処置された対照と比較して、腎臓の細菌負荷が～３対数さらに減少した。
実施例４２：黄色ブドウ球菌のＩＶ進行性播種性感染症マウスモデル（８日目のモデル）
インビボで、標準治療のバンコマイシンとの併用療法における本開示の抗黄色ブドウ球菌Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣの効果を試験するために、２つの異なる８日目の静脈内播種性感染症モデルを実施した。このモデルでは、膿瘍がすでに形成されている進行した感染段階で処置を開始した。黄色ブドウ球菌ＭＳＲＡ株ＮＲＳ３８４を、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）中で一晩増殖させ、中対数期まで継代培養した。その後、細菌をＰＢＳで２回洗浄し、１．５ｘ１０＾８ｃｆｕ／ｍＬの濃度でＰＢＳに再懸濁した。その後、Ｂａｌｂ／ｃマウスを、１００μＬの細菌懸濁液で尾静脈から静脈内感染させ、最終感染量を１．５ｘ１０＾７ｃｆｕ／マウスとした。第１試験では、マウスを、バンコマイシン単独、バンコマイシンとアイソタイプ対照抗体、アイソタイプ対照Ａｂ－ｎｃＡＤＣ（アイソタイプ対照－３６）とバンコマイシン、抗ＷＴＡ抗体とバンコマイシン、抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６）、または異なる抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－２５）とバンコマイシンのいずれかで処置した。マウスを、バンコマイシン単独、アイソタイプ対照抗体とバンコマイシン、アイソタイプ対照Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（アイソタイプ対照Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６）とバンコマイシン、抗プロテインＡ抗体とバンコマイシン、または抗プロテインＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗プロテインＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６）のいずれかでも処置した。
第２の試験では、マウスを、バンコマイシン単独、アイソタイプ対照抗体とバンコマイシン、アイソタイプ対照Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（アイソタイプ対照Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６）とバンコマイシン、第２のアイソタイプ対照Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（アイソタイプ対照Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－２５）とバンコマイシン、第３のアイソタイプ対照Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（アイソタイプ対照Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－２１）とバンコマイシン、抗ＷＴＡ抗体とバンコマイシン、抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６）、第２の抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－２５）とバンコマイシン、または第３の抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ（抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－２１）とバンコマイシンのいずれかで処置した。すべての試験において、バンコマイシンを含んだ処置群では、感染後３～７日目に、１１０ｍｇ／ｋｇを１日２回皮下に投薬した。抗体およびｎｃＡＤＣを含んだ処置群において、感染後４日目に、第１試験では２ｍｇ／ｋｇ、または第２の試験では５ｍｇ／ｋｇを皮下投与した。処置されていない感染した対照および感染していない対照を試験の各々に含めた。マウスを、感染の間にわたり、体重減少および身体コンディショニングスコアついてモニタリングした。感染後８日目に、マウスを屠殺し、黄色ブドウ球菌の腎臓負荷を定量化した。定量化のために、腎臓を均質化し、ＰＢＳ中の段階希釈およびトリプチケースソイ寒天培地上へのプレーティングにより、コロニー形成単位を数えた。データポイントは、処置された個別のマウスからの腎臓負荷を表している。
第１の試験では、図６および表３６に示されるように、黄色ブドウ球菌ＭＲＳＡ株ＮＲＳ３８４による静脈内感染により、結果として４．６３Ｅ＋０８ｃｆｕ／腎臓の対の腎臓における細菌負荷の高い中央値が得られた。バンコマイシン処置単独により、黄色ブドウ球菌腎臓負荷が１～２対数減少した。アイソタイプ対照ｍＡｂ、抗ＷＴＡモノクローナルｍＡｂ、およびアイソタイプ対照－Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６をバンコマイシンと組み合わせた処置は、バンコマイシンで処置したマウスと比較して、腎臓の細菌負荷をさらに減少させた。抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６および抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－２５をバンコマイシンと組み合わせて投与すると、腎臓の細菌負荷の中央値がそれぞれさらに～１００倍および～１０，０００倍減少した。
さらに、第１の試験では、図７および表３７に示されるように、黄色ブドウ球菌ＭＲＳＡ株ＮＲＳ３８４による静脈内感染により、結果として４．６３Ｅ＋０８ｃｆｕ／腎臓対の腎臓の細菌の高い中央値が得られた。バンコマイシン処置単独により、黄色ブドウ球菌腎臓の細菌負荷が１～２対数減少した。アイソタイプ対照ｍＡｂ、およびアイソタイプ対照－Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６をバンコマイシンと組み合わせた処置により、バンコマイシンで処置したマウスと比較して腎臓の細菌負荷がさらに減少しなかった。抗プロテインＡ ｍＡｂおよび抗プロテインＡ Ａｂ抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６をバンコマイシンと組み合わせて投与すると、腎臓の細菌負荷の中央値がそれぞれさらに～１００倍および～１，０００倍減少した。
第２の試験では、図８および表３８に示されるように、黄色ブドウ球菌ＭＲＳＡ株ＮＲＳ３８４による静脈内感染により、結果として２．５０Ｅ＋０７ｃｆｕｓ／腎臓対の腎臓における細菌負荷の高い中央値が得られた。バンコマイシン処置単独により、黄色ブドウ球菌腎臓の細菌負荷が１～２対数減少した。アイソタイプ対照ｍＡｂ、抗ＷＴＡ ｍＡｂ、アイソタイプ対照Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ、抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－３６、または抗ＷＴＡ－Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－２１（リファンピシンＡＤＣ）をバンコマイシンと組み合わせた処置により、バンコマイシンで処置したマウスと比較して腎臓の細菌負荷がさらに減少しなかった。しかし、試験された抗ＷＴＡ Ａｂ－抗生物質ｎｃＡＤＣ－２５をバンコマイシンと組み合わせて投与すると、腎臓の細菌負荷の中央値がさらに～１００倍減少した。
実施例４３：抗体操作されたシステインの非ブロック化
抗タンパク質（Ｈ１ｘＨ１５１４０Ｐ＊／＊）および非標的化抗体操作された抗体を、鎖間ジスルフィド形成重鎖Ｃ１０３Ｓを変異させることによって作成した。抗体をＣＨＯ細胞で発現させ、これを、３０倍のモル過剰の還元剤であるＴＣＥＰの追加、およびその後の緩衝液交換による室温でのＰＢＳの軽度の還元を使用して、天然の軽鎖システイン上で脱ブロックする必要がある。２つの重鎖の鎖間ジスルフィド結合を再形成するために、抗体を、２～２０倍のモル過剰のＣｕＳＯ４またはｄｈＡＡと室温で３時間インキュベートした。還元または酸化した抗体を、ＰＢＳ中に緩衝液交換し、酸化剤を除去した。このプロセスにより、軽鎖に存在し、かつマレイミドコンジュゲーションに利用可能な２つの遊離チオールが得られる。
抗ＷＴＡ操作抗体を、文献（Ｌｅｈａｒ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ ２０１５ ５２７，３２３－３２８；ＵＳ２０１４０３５６３７５およびＷＯ２０１６０９００３８に記載される抗体４４９７。これらの内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）から得て、これは、マレイミドコンジュゲーションのための２つの部位を提供する軽鎖突然変異Ｖ２０５Ｃを有している。上記と同じ手順を使用して、操作されたシステインを非ブロック化した。
リンカーペイロードへの抗体操作された脱ブロック化システインのコンジュゲーション
ＰＢＳ（ｐＨ７．５）中の還元および酸化した抗体（１～１０ｍｇ／ｍｌ）に、マレイミドリンカーペイロード（２当量／ＳＨ基、Ｌｅｈａｒ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ ５２７，３２３－３２８）、または本出願のリンカーペイロードを、ＤＭＳＯ（１０ｍｇ／ｍｌ）に添加した。反応を２時間進行させた。コンジュゲートをサイズ排除クロマトグラフィーによりＰＢＳへと精製し、滅菌濾過した。タンパク質濃度およびペイロード対抗体比率を、ＵＶスペクトル分析によって決定した。使用したすべてのコンジュゲートが＞９５％の単量体であることが、サイズ排除ＨＰＬＣにより確立され、＜１％の非コンジュゲートペイロードが存在することが、ＲＰ－ＨＰＬＣにより確立された。すべてのコンジュゲート抗体を、リンカーペイロードのローディング値についてＨＩＣによって分析した。ペイロード対抗体比を表３９に報告する。
非グリコシル化された抗体のためのコンジュゲーション方法（Ｈ１Ｈ２１２３４Ｎおよび非標的化抗体対照２）
５０ｍＭのＨＥＰＥＳ、１５０ｍＭのＮａＣｌ（ｐＨ７．５）中の抗体（１～１０ｍｇ／ｍｌ）を、１ｍＭのジチオスレイトールで、３７℃で３０分間処理した。ゲル濾過（Ｇ－２５、ｐＨ４．５の酢酸ナトリウム）の後、ＤＭＳＯ（１０ｍｇ／ｍｌ）中のマレイミドリンカーペイロード誘導体化合物２５（Ｒｉｆａｎａｌｏｇ Ｍ２７６７）（１．２当量／ＳＨ基）を還元された抗体に添加し、混合物を１ＭのＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）でｐＨ７．０に調整した。コンジュゲートを、サイズ排除クロマトグラフィーによって、５％のグリセロールを含むＰＢＳを使用して精製し、滅菌濾過した。タンパク質濃度およびペイロード対抗体比を、ＵＶスペクトル分析によって決定した。使用したすべてのコンジュゲートが＞９５％の単量体であることが、サイズ排除ＨＰＬＣにより確立された。すべてのコンジュゲート抗体を、リンカーペイロードのローディング値についてＨＩＣによって分析した。ペイロード対抗体比率を表３９に報告する。
疎水性相互作用クロマトグラフィー（ＨＩＣ）によるコンジュゲートの特徴付け
抗体上のリンカー－ペイロードのローディングを決定するために、コンジュゲートを、６０分にわたって水に対して１Ｍのリン酸カリウム（ｐＨ８．５）の直線勾配を用いたＴＳＫ－ＮＰＲブチルＨＩＣカラムを使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ １２６０上で実施した。コンジュゲート抗体および非コンジュゲート抗体の種に対応するピーク面積を積分することによって、ペイロードのローディングを決定した。
ＥＳＩ－ＭＳによるコンジュゲートの特徴付け
抗体（システインコンジュゲート）上のリンカーペイロードのローディングを決定するために、コンジュゲートを脱グリコシル化し、還元し、ＬＣ－ＭＳにより分析した。
アッセイでは、５０μｇのコンジュゲートを、１ｍｇ／ｍＬの最終濃度までｍｉｌｉ－Ｑ水で希釈した。１０μＬのＰＮＧａｓｅ Ｆ溶液［１５０μＬのＰＮＧａｓｅ Ｆストック（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｃａｔ＃Ｐ０７０４Ｌ）および８５０μＬのｍｉｌｉ－Ｑ水の添加によってＰＮＧａｓｅ Ｆ溶液を調製し、よく混合した］を、希釈されたコンジュゲート溶液に添加し、その後、３７℃で一晩インキュベートした。結果として生じる材料が２０ｍＭの最終ＴＣＥＰ濃度を有するように、２．４μＬの０．５ＭのＴＣＥＰを試料に添加し、その後、これを５０℃で３０分間インキュベートした。各試料の１０μＬの注入をＬＣ－ＭＳ（Ｗａｔｅｒｓ Ｓｙｎａｔ Ｇ２－Ｓｉ）上で行い、２５分かけて、０．１ｍＬ／分の移動相Ｂの勾配移動相２０～４０％で溶出させた（移動相Ａ：Ｈ２Ｏ中の０．１％ｖ／ｖのＦＡ；移動相Ｂ：アセトニトリル中の０．１％ｖ／ｖのＦＡ）。ＬＣ分離を、Ｗａｔｅｒｓ Ａｃｑｕｉｔｙ ＢＥＨ Ｃ１８カラム（１．０×５０ｍＭ、１．７μＭ）上で実施した。
質量分析法スペクトルをデコンボリューションし、同定された軽鎖および重鎖ピークは、リンカー－ペイロード値＝０および１を有する軽鎖（Ｌ）、リンカー－ペイロード値＝０、１、２、および３を有する重鎖（Ｈ）を表す。各種の強度値から、以下の式を使用して、ホモ二量体抗体コンジュゲートについて薬物対抗体比（ＤＡＲ）を計算した。
本開示の範囲および精神から逸脱することなく、様々な変更が上記主題において行われてもよく、上の記載に含まれるか、または添付の請求項に定義されるすべての主題は、本開示を説明および例示するものとして解釈されることが意図される。本開示の多くの変更および変形が上記教示の観点から可能である。したがって、本記載は、添付の請求項の範囲内の代替案、変更、および変動をすべて包含するように意図される。
すべての特許、出願、刊行物、試験方法、文献、および本明細書で引用される他の資料が、あたかも本明細書において物理的に存在するかのように、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

Claims (32)

  1. リンカーまたはリンカースペーサーを介して、式（ＸＸＩ）の構造を有するリファマイシンアナログにコンジュゲートされる抗体またはその抗原結合フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートであって、
    式中、
    Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、および－ＮＲ＊－から選択され、
    Ｒ５は、単結合、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子をさらに含む脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、
    から選択され、ここで、ＹはＣＨまたはＮであり、
    Ｒ２、Ｒ３、およびＲ４は独立して、水素、直鎖、分枝鎖、あるいは環状の脂肪族Ｃ３－Ｃ２０炭化水素、または－（Ｃ＝Ｏ）－Ｒ＊から選択され、それらの各々はさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子を含み、
    Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するとき、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ５－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ３－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含み、
    Ｒ５ｃは、単結合または脂肪族Ｃ１－Ｃ８炭化水素であり、ここで基Ｒ５が抗体またはその抗原結合フラグメントにさらに結合しているリンカーに結合する、抗体薬物コンジュゲート。
  2. －ＯＲ５は、－Ｏ－、
    である、請求項１に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  3. ＸがＯであり、－ＯＲ５が第三級アミンを含む、請求項１に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  4. －ＯＲ５が、
    である、請求項１に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  5. Ｒ２は、メチル、エチル、プロピル、またはイソプロピルであり、Ｒ３は、ＣＨ３－（Ｃ＝Ｏ）－（アセチル）、ＣＨ３ＣＨ２－（Ｃ＝Ｏ）－、ＣＨ３ＣＨ２ＣＨ２－（Ｃ＝Ｏ）－、または（ＣＨ３）２ＣＨ－（Ｃ＝Ｏ）－であり、Ｒ４は水素である、請求項１に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  6. Ｒ２はメチルであり、Ｒ３はアセチルであり、Ｒ４は水素である、請求項１に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  7. リンカーまたはリンカースペーサーを介して、化合物にコンジュゲートされる抗体またはその抗原結合フラグメントを含む抗体薬物コンジュゲートであって、
    前記化合物は、
    からなる群から選択され、ここで、
    はリンカーへの結合であり、
    前記化合物がアンモニウム塩を含む場合、対イオンは、Ｆ－、Ｃｌ－、Ｂｒ－、Ｉ－、ＯＨ－、－ＢＦ４、ＣＦ３ＳＯ３ －、一塩基の硫酸塩、二塩基の硫酸塩、一塩基のリン酸塩、二塩基のリン酸塩、または三塩基のリン酸塩、ＮＯ３ －、ＰＦ６ －、ＮＯ２ －、カルボン酸塩、ＣｅＦｆＳＯ３ －（ここで、ｅ＝２～１０およびｆ＝２ｅ＋１である）、酢酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、ベシル酸塩、重炭酸塩、酒石酸水素塩、カンシル酸塩、炭酸塩、クエン酸塩、デカン酸塩、エデト酸塩、エシル酸塩、フマル酸塩、グルセプト酸塩、グルコン酸塩、グルタミン酸塩、グリコール酸塩、グリコリルアルサニレート（ｇｌｙｃｏｌｌｙａｌａｒｓａｎｉｌａｔｅ）、ヘキサン酸塩、ヒドラバミン（ｈｙｄｒａｂａｍｉｎｅ）、ヒドロキシナフトエート、イセチオネート（ｉｓｔｈｉｏｎａｔｅ）、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、臭化メチル、メチルニトレート、ムケート（ｍｕｃａｔｅ）、ナプシレート（ｎａｐｓｙｌａｔｅ）、オクタノエート（ｏｃｔａｎｏａｔｅ）、オレイン酸塩、パモ酸塩、パントテン酸塩、ポリガラクツロネート（ｐｏｌｙｇａｌａｃｔｕｒｏｎａｔｅ）、プロピオン酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、塩基性酢酸塩、コハク酸塩、酒石酸、テオクレート（ｔｅｏｃｌａｔｅ）、トシラート、またはトリエチオダイド（ｔｒｉｅｔｈｉｉｏｄｉｄｅ）から選択される陰イオンである、抗体薬物コンジュゲート。
  8. 式（ＸＸＩＩ）の構造を有する抗体薬物コンジュゲートであって、
    式中、
    ＢＡは抗体またはその抗原結合フラグメントであり、
    Ｌは以下の式を有するリンカーであり、
    ここで、ＲＧはマレイミド残基、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド残基、またはスクシンイミド残基から選択され、
    ＳＰ１とＳＰ２は独立して、存在しないか、または、
    Ｃ１－６アルキル、－ＮＨ－、－Ｃ（Ｏ）－、－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、－（ＣＨ）ｕ－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－、（－ＣＨ２－ＣＨ２－Ｏ）ｅ、－ＮＨ－ＣＨ２－ＣＨ２－（－Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｅ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－（ＣＨ２）ｕ－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）－ＮＨ－（ＣＨ２）ｖ－、およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるスペーサー基であり、ここで、下付き文字ｅは０～４の整数であり、下付き文字ｕは１～８の整数であり、下付き文字ｖは１～８の整数であり、
    ＡＡ２－４は、バリン－シトルリン、シトルリン－バリン、バリン－アラニン、アラニン－バリン、バリン－グリシン、またはグリシン－バリンから選択されるジペプチドであり、
    ＰＥＧは、１～３０のポリエチレングリコール残基を含むポリエチレングリコール鎖であり、
    ＳＰは、以下から選択されるスペーサー基であり、
    ＹはＣＨまたはＮであり、ここで、記号
    は結合点を表し、Ｒ’、Ｒ”、およびＲ’’’は、水素、Ｃ１－Ｃ６脂肪族炭化水素、および、フルオレニルメチルオキシカルボニル（ＦＭＯＣ）とｔｅｒｔ－ブチルオキシカルボニル（ＢＯＣ）から選択される保護基から選択され、またはＲ’とＲ”は一体となって、脂肪族単環式構造、脂肪族二環式構造、あるいは脂肪族多環式構造を形成し、
    式（ＸＸＩＩ）の
    部分は、
    または
    であり、
    Ｘは、－Ｏ－、－Ｓ－、および－ＮＲ＊－から選択され、
    Ｒ＊は独立して、それぞれ存在するとき、水素、脂肪族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、芳香族Ｃ５－Ｃ２０炭化水素、複素芳香族Ｃ１－Ｃ２０炭化水素、環状脂肪族Ｃ３－Ｃ２０炭化水素、複素環式Ｃ１－Ｃ２０炭化水素およびそれらの組み合わせから選択され、それらはさらに、ハロゲン、Ｏ、Ｎ、およびＳから選択される０～８のヘテロ原子、およびそれらの組み合わせを含む、抗体薬物コンジュゲート。
  9. ＡＡ２－４はバリン－シトルリンである、請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  10. ＳＰは
    であり、
    Ｒ’とＲ”は各々Ｃ１－Ｃ６アルキルである、請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  11. ＳＰは
    であり、
    Ｒ’とＲ”は各々メチルである、請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  12. ＳＰ１とＳＰ２は各々、
    である、請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  13. ＰＥＧは８つのポリエチレングリコールユニットを含む、請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  14. 前記抗体薬物コンジュゲートは
    からなる群から選択される構造を有し、
    式中、ＢＡは抗体またはその抗原結合フラグメントである、請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  15. 前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、感染症関連の標的に結合する、請求項１に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  16. 細菌の増殖を阻害するための薬剤の調製における請求項１に記載の抗体薬物コンジュゲートの使用。
  17. 細菌感染症を処置するための薬剤の調製における請求項１に記載の抗体薬物コンジュゲートの使用。
  18. 蜂巣炎、菌血症、皮膚壊死、眼瞼感染症、眼感染症、新生児結膜炎、骨髄炎、膿痂疹、おでき、熱傷様皮膚症候群、食中毒、肺炎、外科感染症、尿路感染症、熱傷後感染症、脳膜炎、心内膜炎、敗血症、トキシックショック症候群、敗血症性関節炎、乳腺炎、人工関節関連の感染症、カテーテル関連の感染症、あるいはインプラント関連の感染症を予防または処置するための薬剤の調製における、請求項１に記載の抗体薬物コンジュゲートの使用。
  19. 請求項１に記載の抗体薬物コンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩と、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
  20. 請求項１に記載の抗体薬物コンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩を含む、医薬品剤形。
  21. 前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、感染症関連の標的に結合する、請求項７に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  22. 細菌の増殖を予防または阻害するための薬剤の調製における請求項７に記載の抗体薬物コンジュゲートの使用。
  23. 細菌感染症を処置するための薬剤の調製における請求項７に記載の抗体薬物コンジュゲートの使用。
  24. 蜂巣炎、菌血症、皮膚壊死、眼瞼感染症、眼感染症、新生児結膜炎、骨髄炎、膿痂疹、おでき、熱傷様皮膚症候群、食中毒、肺炎、外科感染症、尿路感染症、熱傷後感染症、脳膜炎、心内膜炎、敗血症、トキシックショック症候群、敗血症性関節炎、乳腺炎、人工関節関連の感染症、カテーテル関連の感染症、あるいはインプラント関連の感染症を処置するための薬剤の調製における、請求項７に記載の抗体薬物コンジュゲートの使用。
  25. 請求項７に記載の抗体薬物コンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩と、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
  26. 請求項７に記載の抗体薬物コンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩を含む、医薬品剤形。
  27. 前記抗体またはその抗原結合フラグメントが、感染症関連の標的に結合する、請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲート。
  28. 細菌の増殖を予防または阻害するための薬剤の調製における請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲートの使用。
  29. 細菌感染症を処置するための薬剤の調製における請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲートの使用。
  30. 蜂巣炎、菌血症、皮膚壊死、眼瞼感染症、眼感染症、新生児結膜炎、骨髄炎、膿痂疹、おでき、熱傷様皮膚症候群、食中毒、肺炎、外科感染症、尿路感染症、熱傷後感染症、脳膜炎、心内膜炎、敗血症、トキシックショック症候群、敗血症性関節炎、乳腺炎、人工関節関連の感染症、カテーテル関連の感染症、あるいはインプラント関連の感染症を処置するための薬剤の調製における、請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲートの使用。
  31. 請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩と、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物。
  32. 請求項８に記載の抗体薬物コンジュゲートまたはその薬学的に許容可能な塩を含む、医薬品剤形。
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