JP7656401B2 - バイシストロン性キメラ抗原受容体及びそれらの使用 - Google Patents
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Description
本特許出願は、2017年5月15日に出願された米国仮特許出願番号第62/506,268号(参照によりその全体が本明細書に組込まれる)の利益を主張する。
本発明は、連邦政府の支援を受け、プロジェクト番号Z01 BC011565の下、米国国立衛生研究所、米国国立がん研究所によりなされた。本発明において、連邦政府は一定の権利を有する。
本明細書と同時に提出され、以下の通り識別される、コンピューターで読み取り可能なヌクレオチド/アミノ酸の配列表は、参照により、その全体が本明細書に組込まれる:2018年5月15日付の「739267_ST25.TXT」という名前の180,939バイトのASCII(テキスト)ファイル1件。
がんは公衆衛生上の懸念である。化学療法等の治療における進歩にもかかわらず、血液悪性腫瘍を含む多くのがんの予後は不良であり得る。従って、がん、特に血液悪性腫瘍の更なる治療に対する、満たされていないニーズが存在する。
本発明の一実施形態は、(a)切断可能なドメイン;(b)第一の抗原結合ドメイン、第一の膜貫通ドメイン、及び第一の細胞内T細胞シグナル伝達ドメインを含む第一のCAR;並びに(c)第二の抗原結合ドメイン、第二の膜貫通ドメイン、及び第二の細胞内T細胞シグナル伝達ドメインを含む第二のCAR;を含む、キメラ抗原受容体(CAR)アミノ酸コンストラクトであって、第一及び第二のCARが、切断可能なドメインを介して連結され、第一の抗原結合ドメインが、m971抗体の抗原結合ドメインを含み、第一のCARがコンストラクトから切断される場合、第一の抗原結合ドメインはCD22に対する抗原特異性を有する、コンストラクトを提供する。
(b)第一の抗原結合ドメイン、
第一の膜貫通ドメイン、及び
第一の細胞内T細胞シグナル伝達ドメイン
を含む第一のCAR;並びに
(c)第二の抗原結合ドメイン、
第二の膜貫通ドメイン、及び
第二の細胞内T細胞シグナル伝達ドメイン
を含む第二のCAR;
を含む、キメラ抗原受容体(CAR)アミノ酸コンストラクトであって、
第一及び第二のCARが、切断可能なドメインを介して連結され、
第一の抗原結合ドメインが、m971抗体の抗原結合ドメインを含み、
第一のCARがコンストラクトから切断される場合、第一の抗原結合ドメインはCD22に対する抗原特異性を有する、コンストラクト。
(b)第一の抗原結合ドメイン、
第一の膜貫通ドメイン、及び
第一の細胞内T細胞シグナル伝達ドメイン
を含む第一のCAR;並びに
(c)第二の抗原結合ドメイン、
第二の膜貫通ドメイン、及び
第二の細胞内T細胞シグナル伝達ドメイン
を含む第二のCAR;
を含む、キメラ抗原受容体(CAR)アミノ酸コンストラクトであって、
第一及び第二のCARが、切断可能なドメインを介して連結され、
第一の抗原結合ドメインが、FMC63抗体の抗原結合ドメインを含み、
第一のCARがコンストラクトから切断される場合、第一の抗原結合ドメインはCD19に対する抗原特異性を有する、コンストラクト。
(b)第一の抗原結合ドメイン、
第一の膜貫通ドメイン、及び
第一の細胞内T細胞シグナル伝達ドメイン
を含む第一のCAR;並びに
(c)第二の抗原結合ドメイン、
第二の膜貫通ドメイン、及び
第二の細胞内T細胞シグナル伝達ドメイン
を含む第二のCAR;
を含む、キメラ抗原受容体(CAR)アミノ酸コンストラクトであって、
第一及び第二のCARが、2以上の切断可能なドメインを介して連結される、コンストラクト。
(a) 哺乳動物由来の1以上の細胞を含むサンプルと、態様1~26のいずれか1のCARコンストラクト、態様27若しくは28の核酸、態様29の組換え発現ベクター、態様30の宿主細胞、態様31の細胞集団、又は態様32の医薬組成物とを接触させ、それにより複合体を形成させること、及び
(b) 該複合体の検出が、哺乳動物におけるがんの存在の指標である、複合体を検出すること
を含む、方法。
(a)第一の抗原結合ドメイン、
第一の膜貫通ドメイン、及び
第一の細胞内T細胞シグナル伝達ドメイン
を含む第一のCAR;並びに
(b)第二の抗原結合ドメイン、
第二の膜貫通ドメイン、及び
第二の細胞内T細胞シグナル伝達ドメイン
を含む第二のCAR
の間に2以上の切断可能なドメインを設計し、第一及び第二のCARが該2以上の切断可能なドメインを介して連結されること;そして
第一のCAR、2以上の切断可能なドメイン、及び第二のCARを、N末端からC末端までに含む配列を、プラスミドにクローニングすること
を含む、方法。
本実施例は、本発明の実施形態による、CARコンストラクト、CARコンストラクトをコードするレンチウイルスベクター、及びCAR発現T細胞の生成、並びに比較のための他のCARの生成を実例で示す。
である。
本実施例は、他のCARと比較した、本発明の実施形態による、CARコンストラクトから切断されたCARのヒトT細胞上の表面発現を実例で示す。
本実施例は、他のCARと比較した、本発明の実施形態による、CARコンストラクトのサイトカイン産生ベースのインビトロ活性を実例で示す。
本実施例は、他のCARと比較した、本発明の実施形態によるCARコンストラクトを用いる、再発白血病モデルの治療を実例で示す。
本実施例は、他のCARと比較した、本発明の実施形態によるCARコンストラクトを使用したCD19-及びCD22-白血病の治療を実例で示す。
本実施例は、他のCARと比較した、本発明の実施形態によるCARコンストラクトによる白血病の治療を実例で示す。
本実施例は、本発明の実施形態による、二重特異性CARを実例で示す。
患者サンプルを、米国国立がん研究所(NCI)治験審査委員会(IRB)承認のスクリーニングプロトコルよって、抗原発現についてスクリーニングした。異種移植細胞生成のためのヒトALLサンプルを収集し、国立がん研究所(NCI)-IRB承認組織取得プロトコルへのインフォームドコンセント後に保存した。ヒト被験体からのすべての研究検体は、ヘルシンキ宣言に従ってインフォームドコンセントを得て得られた。
以下の白血病細胞株:赤白血病K562-CD22(ヒトCD22で形質導入、GeneCopoeia、カタログ:EX-Z9364-Lv151)、K562-CD19(ヒトCD19で形質導入)、K562-CD19CD22(ヒトCD19及びCD22の両方で形質導入)、ネガティブコントロールとしての非形質導入K562;B細胞急性リンパ芽球性白血病株NALM6、NALM6-GL(GFP及びルシフェラーゼで形質導入)及びREH-TSLPR-GL(Qin et al.,Blood,126:629-39(2015)、参照により組込まれる)を用いた。細胞株を、10%熱非働化FBS、10mM HEPES、100U/mLペニシリン、100ug/mLストレプトマイシン、及び2mM L-グルタミン(Invitrogen)を添加した培地中で培養した。Lenti-X 293Tレンチパッケージング細胞株(Clontech.Cat#632180)をDMEM(Invitrogen)培地中で培養した。
CRISPR Cas9技術を用いてNalm6を編集し、NALM6-CD19neg-GL(CRISPR CD19(エクソン3における))、NALM6-CD22neg-GL(CRISPR CD22(エクソン6における))を生成した。NALM6上のCD19又はCD22のCRISPR/Cas9遺伝子編集用のレンチウイルスベクターは以前に記述された(Fry et al.,Nat.Med.,24:20-28(2018)、参照により組込まれる)。簡単に言うと、ガイドRNAは、http://crispr.mit.edu/により最適化し、LentiCRISPR v2プラスミド(Addgene Plasmid 52,961)にクローニングした。次いで、プラスミドをパッケージングプラスミドと共に共トランスフェクションし、HEK293T細胞に形質転換した。2日後、上清を回収し、濾過し、濃縮した。ウイルス形質導入のために、105のNALM6細胞を10mlの濃縮ウイルス上清と2日間インキュベーションした後、RPMI培地中で増幅させた。細胞表現型をフローサイトメトリーにより評価した後、表現型の変化を伴う細胞の分取及び単一細胞クローニングを行った。遺伝子型の変化を確認するために、単一細胞クローンに関して配列決定を行った。
二価CARコンストラクトを設計及び合成した後、レンチウイルス導入プラスミドにクローニングした。二価のCARをコードするレンチウイルスベクターを、Lenti-X 293Tレンチパッケージング細胞株の一過性トランスフェクションにより産生した。簡単に言えば、lenti-X 293T細胞を、ポリ-Dリジンでコーティングした15cmプレート(BD Biosciences)に播種した。翌日、Lenti-X 293T細胞を、リポフェクタミン3000(Thermo Fisher Scientific)を用いて、CARコンストラクトをコードするプラスミドで、パッケージング及びエンベロープベクター(pMDLg/pRRE、pMD-2G、及びpRSV-Rev)と共にトランスフェクションした。レンチウイルス上清を、トランスフェクションの24時間後及び48時間後に回収し、細胞残渣を除去するために3000 RPMで10分間遠心分離し、ドライアイス上で凍結し、-80℃で保存した。正常ドナー由来のヒトPBMCを、NIH承認プロトコルにより得て、40IU/mL組換えIL-2及び5%FBSを含有するAIM-V培地中で、1:3の比のCD3/CD28マイクロビーズ(Dynabeads Human T-Expander CD3/CD28、Thermo Fisher Scientific、Cat#11141D)で24時間活性化した。活性化T細胞を、レンチウイルス上清2mLと最終濃度10ug/mLの硫酸プロタミン及び100IU/mLのIL-2を含む新鮮なAIM-V培地1mLあたり200万細胞で、6ウェルプレート中で再懸濁した。プレートを、32℃で2時間、1000×gで遠心分離し、37℃で一晩インキュベーションした。上記と同じ形質導入手順を繰り返すことにより、翌日に2回目の形質導入を行った。形質導入後3日目にCD3/CD28ビーズを除去し、細胞を100IU/mL IL2を含有するAIM-V中で300,000細胞/mLで培養し、新鮮なIL2含有培地を、8又は9日目の回収まで2~3日ごとに追加した。
CD22 CAR形質導入T細胞の表面発現を、CD22-Fc(R&D Systems)を用いるフローサイトメトリーの後、ヒトIgG-Fcに特異的なPE-F(ab)2又はAPC-F(ab)2(Jackson ImmunoResearch Laboratories)とのインキュベーションにより決定した。CD19 CAR形質導入T細胞の表面発現は、Lightning-Link APC Antibody Labeling Kit(Novus Biologicals)を用いることにより、APCと結合した抗CD19イディオタイプ又は組換えヒトCD19 Fcキメラタンパク質(R&D Systems)によって検出した。個々の図について示されるように、両方の検出試薬の組合せを用いて、二価CARの発現を評価した。B-ALL株上でのCD19及びCD22の発現を、以下の抗ヒト抗体:CD45-PerCP-Cy5.5(eBioscience)、CD19-Pacific Blue、CD19-APC-Cy7、CD10-PE-Cy7、及びCD22-PE(Biolegend)を用いて検出した。T細胞を、以下の抗体:CD3-APC-Cy7、CD4-Pacific Blue、及びCD8a-PE-Cy7(BioLegend)で特性解析した。
100ulのRPMI培地中の5E4の標的腫瘍細胞を、96ウェルプレート(Corning(登録商標)BioCoatTM Poly-L-Lysine 96-Well Clear TC-Treated Flat Bottom Assay Plate)に充填した。翌日、指定のウェルに等量のCAR T細胞を加えた。アポトーシスマーカー(Essen BioScience)を100ulのPBSに希釈し、1ulの希釈液を各ウェルに加えた。プレートをGFP蛍光発現についてスキャンして、IncuCyte ZOOM(登録商標)システムを用いて、40時間の持続時間で30分ごとにアポトーシス(GFP陽性細胞消失)をモニタリングした。各時点での細胞死滅のパーセンテージは、ベースラインに対して決定した。
標的腫瘍細胞及び形質導入したCAR陽性T細胞をPBSで3回洗浄し、RPMIに1E6/mlで再懸濁した。T細胞のみ及び腫瘍細胞のみのコントロールを伴って、100ulの腫瘍細胞懸濁液及び100ulのCAR T細胞懸濁液を、96ウェルプレートの各ウェルに、デュプリケート又はトリプリケートで充填した(loadedinto)。37℃インキュベーターで18時間後、ELISA(R&D Biosciences)又は多重アッセイ(Meso Scale Discovery)のいずれかを用いて、サイトカインの検出のために培養上清を回収した。
動物実験は、NCI ベセスダ(Bethesda)動物実験委員会により承認されたプロトコルの下で実施した。B-ALL細胞株及び異種移植したヒトB-ALL検体をNSGマウス(NOD.Cg-PrkdscscidIl2rgtm1Wjl/SzJ、Jakcson Laboratories)にIV注射した。ルシフェラーゼ発現株については、Xenogen IVIS Lumina(Caliper Life Sciences)を用いて白血病を検出した。マウスに3mgのD-ルシフェリン(Caliper Life Sciences)を腹腔内注射し、4分後にNALM6については30秒、PDXについては2分の露光時間で画像化した。Living Image Version 4.1 software(Caliper Life Sciences)を用いて、各マウスについて生物発光シグナルフラックスを光子/秒/cm2/srとして解析した。ルシフェラーゼを発現しない異種移植細胞における白血病負荷を、末梢血、骨髄、及び脾臓のフローサイトメトリーにより測定した。
以下の主要サンプル:CD19-ALL及びCD19+CD22dim(デノボ再発検体ALL_H0113_post22_r(CAR3)、ALL_H0090_post19_pd(HMB15)をPDXモデルの生成に用いた。PDXを、1E6~10E6の患者ALL細胞の、NSGマウス(NOD scid gamma,NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl/SzJ;Jackson ImmunoResearch Laboratories)への静脈内注射により作製した。2回の継代に成功した後、PDX株をレンチ-GFP-Lucウイルスで形質導入し、1回目及び2回目の継代後に、GFP及びルシフェラーゼの高発現について選別した。GFPで形質導入したPDX白血病のインビボ負荷を、毎週、蛍光イメージングにより評価し、ヒトALLが蛍光イメージングで検出可能になった時点で、動物を、尾静脈注射により、CAR T細胞で治療した。健常者ドナー由来のエルトリエート(Elutriate)したヒトリンパ球は、国立衛生研究所(NIH)臨床センターの輸血医学部からIRB承認プロトコルの下で取得した。ヒトリンパ球をAIM-V培地中で培養した。
Qiagen AllPrep micro kitを用いて、製造業者のプロトコル(Qiagen)に従って生体凍結保存した(viably cryopreserved)サンプルで核酸抽出を実施した。DNA及びRNAを定量し、Agilent 2100 BioAnalyzerを用いて、品質について評価した。Hiseq2500(Illumina)プラットフォームでTruSeq 4.0ケミストリーを用いて、ポリアデニル化RNAライブラリーを作製し、配列決定した。全エクソームデータを、Agilent SureSelect XT Human All Exon V5及びTruSeq V4ケミストリーを用いて生成し、HiSeq 2500(Illumina)を用いて、中央値がカバレッジの100倍になるように配列決定した。
Prism 7.0ソフトウェアを用いて統計解析を行った。患者のCD19及びCD22の解析について、統計的有意性をマン・ホイットニー検定を用いて算出した。
多発再発性疾患(multiply relapsed disease)を有する患者に主に由来する患者サンプルを、CD19及びCD22発現について評価した。免疫療法を施す前のCD19及びCD22の発現においては幅広い範囲があった(図42)。CD19エピトープの損失は、CD19を標的とした免疫療法を受けてよく記述されている。マッチドペア解析においては、患者において、CD19の喪失の前後にCD22発現が評価され、CD19喪失に関連するCD22発現の一貫した減少が実証された。このことにより、単一抗原の喪失によって、抗原の発現も広範に調節され得ることが示唆される(図15)。これらの結果は、単一抗原標的免疫療法に関連する課題を示す。
臨床試験で見られるCD19及びCD22の再発現象をモデル化するために、CRISPR/Cas9遺伝子編集を用いて、表17中に提供した特定のデータを示すプレB ALL細胞株NALM6細胞からCD19及び/又はCD22を欠失させた(図16)。
2つの異なるscFvドメインを単一のCARコンストラクトに結合することにより、2価のCARを生成した。抗CD19x抗CD22 CARの構築において取り組んだアプローチは、図21に示す通り、各scFv(CD19についてはFMC63、及びCD22についてはm971)について重鎖(VH)及び軽鎖(VL)を順番に配置して、タンデムCAR(TanCAR)を作製することであった。TanCAR1に関しては、各単独CAR由来のVHとVLの間の元のリンカーは維持し、2つのscFvをG(S)4x5リンカーを用いて接続した(この形式は、形質導入後に細胞表面上において、単一抗原標的CARに匹敵するレベルで検出され得た)。TanCAR1は、国際特許公開番号第WO2016/149578号に記載されている。重要なことに、CAR発現T細胞は、すべて抗CD22 Fc融合及び抗FMC63イディオタイプを用いて検出され得た。TanCAR2(配列番号63)に関しては、抗CD19及び抗CD22 scFvの順序が反転し、表面での検出がはるかに低くなった。CD19pos/CD22neg ALLに対する一価のCD19 CARTと比較して、TanCAR1の良好な表面検出及び匹敵するIL2産生レベルもかかわらず、CD9neg/CD22pos ALLと共インキュベーションした場合、IL-2産生は非常に低かった(図22A及び22B)。抗CD22 VHとVLの間の非常に短いリンカー(G4S)を踏まえ、CD22 scFv内のリンカーの長さを増大させてTanCAR3(配列番号64)を構築した(この形式は、CD22 Fcと抗イディオタイプの結合を無効化した)(図21)。TanCAR4(配列番号65)に関しては、抗CD22 scFvについての親の短いリンカーは維持したが、抗CD19 scFvと抗CD22 scFvの間のリンカーの長さは減少させた。これにより、CD19-/CD22+ALLに対するIL2産生によって測定されたように、TanCAR1と比較して、CAR表面発現(抗CD22 Fc及び抗FMC63イディオタイプの結合)及びCD22に対する機能の増強がもたらされた(図22A及び22B)。
一連の二価CARコンストラクトを構築した(図24)。LoopCAR1(配列番号66)は、抗CD19 scFvのVHとVLの間の抗CD22 scFv(短いリンカーを維持する)により構築した(この形式は細胞表面で低いパーセンテージでしか検出できない)。LoopCAR2(配列番号67)に関しては、ループ構造の折り畳みを促進するために、抗CD22 scFv間でリンカーの長さを増大させ、ジスルフィド結合形成を促進するために、リンカーのアミノ酸構造を抗CD19可変鎖と抗CD22 scFvの間でわずかに改変した。これにより、CARの表面検出が改善された。LoopCAR1は、CD19又はCD22のいずれに対してもIL-2産生を引き起こせなかった。表面検出の改善及びCD19に対する幾らかのIL-2の生成にもかかわらず、LoopCAR2はCD22抗原に対して検出可能なIL-2を生成しなかった。図25A及び25Bを参照。
次に、LoopCAR6をNalm6異種移植細胞に対して試験した。8x106の用量のLoopCAR6は、CD19pos/CD22pos Nalm6を根絶するようであり(図30)、3x106の用量まで活性を保持した(図31)。CD19pos/CD22pos ALLに対しては、LoopCAR6は連続注入よりも優れていた(図32)。しかし、LoopCAR6は、低用量では、親NALM6と比較してCD22の発現が低い細胞株であるCD19neg/CD22pos白血病に対して、同様には機能しなかった(図33A)。
潜在的な腫瘍外毒性(off tumor toxicity)をもたらす、2つの異なるVH及びVLの誤対合の可能性を考慮し、LoopCAR6を発現するT細胞の機能的スクリーニングを行った。LoopCAR6 T細胞を複数の正常組織を表すヒトiPSC細胞株と共インキュベーションし、培養上清中でIFNγ産生を測定した。開発した活性のあるCARコンストラクトはすべてIFNγを誘導するので、IFNγ産生を用いて反応性を測定した。NALM6及びREH-TSLPR、CD19及びCD22の両方を発現する2つの別個のALL細胞株を陽性コントロールとして用いた。
本実施例は、本発明の実施形態による、切断可能なCARを実例で示す。
以下の白血病細胞株:赤白血病K562-CD22(ヒトCD22で形質導入、GeneCopoeia、カタログ:EX-Z9364-Lv151)、K562-CD19(ヒトCD19で形質導入)、K562-CD19CD22(ヒトCD19及びCD22の両方で形質導入)、ネガティブコントロールとしての非形質導入K562;B細胞急性リンパ芽球性白血病株NALM6、NALM6-GL(GFP及びルシフェラーゼで形質導入)、NALM6-CD19--GL(エキソン3におけるCD19のCrisper KO)、NALM6-CD22--GL(エキソン6におけるCD22のCrisper KO)を用いた。細胞株を、10%熱非働化FBS、10mM HEPES、100U/mLペニシリン、100ug/mLストレプトマイシン、及び2mM L-グルタミン(Invitrogen)を添加した培地中で培養した。Lenti-X 293Tレンチパッケージング細胞株(Clontech.Cat#632180)をDMEM(Invitrogen)培地中で培養した。
ヒトALL(急性リンパ芽球性白血病)サンプルを収集し、IRB承認組織取得プロトコル(プロトコル番号:15-C-0029)へのインフォームドコンセント後に保存した。ヒト被験体からのすべての研究検体は、ヘルシンキ宣言に従ってインフォームドコンセントを得て得られた。次の主要サンプル:CD19-ALL及びCD19+CD22dim(デノボ再発検体ALL_H0113_post22_r(CAR3)、ALL_H0090_post19_pd(HMB15))を、二重特異性CARコンストラクトのインビボ試験に用いた(were used)。PDXモデルを、1E6~10E6の患者ALL細胞の、NSGマウス(NOD scid gamma, NOD.Cg-Prkdcscid Il2rgtm1Wjl/SzJ;Jackson ImmunoResearch Laboratories)への静脈内注射により作製した。PDX株をレンチ-GFP-Lucウイルスで形質導入し、1回目及び2回目の継代後に、GFP及びルシフェラーゼを発現する白血病細胞について選別した。これらの研究のために、PDXの二回目及び後の継代をそれぞれ再発ALL検体及びデノボALL検体用に用いた。GFPで形質導入したPDX白血病のインビボ負荷を、毎週、蛍光イメージングにより評価し、ヒトALLが蛍光イメージングで検出可能になった時点で、動物を、尾静脈注射により、CAR T細胞で治療した。健常者ドナー由来のエルトリエート(Elutriate)したヒトリンパ球は、国立衛生研究所(NIH)臨床センターの輸血医学部からIRB承認プロトコルの下で取得した。ヒトリンパ球をAIM-V培地中で培養した。
NALM6におけるCD19又はCD22のCRISPRノックアウト用のレンチウイルスベクターを作成した。簡単に言うと、ガイドRNAは、http://crispr.mit.edu/により最適化し、LentiCRISPR v2プラスミド(Addgene Plasmid 52,961)にクローニングした。次いで、プラスミドをパッケージングプラスミドと共に共トランスフェクションし、HEK293T細胞へ形質転換した。2日後、CRISPR上清を回収し、濾過し、濃縮した。ウイルス形質導入のために、105のNALM6細胞を10mlの濃縮ウイルス上清と2日間インキュベーションした後、RPMI培地中で増幅させた。細胞表現型をフローサイトメトリーにより評価した後、表現型の変化を伴う細胞の分取及び単一細胞クローニングを行った。遺伝子型の変化を確認するために、単一細胞クローンに関して配列決定を行った。
各CD19及びCD22 CARにおけるCD28又は4-1BB共刺激ドメインの種々の組合せにより、CD19/CD22バイシストロン性CARを作製し、間を切断可能なリンカーで連結した。各CD19及びCD22 CARには、先頭にリーダー配列があり、その後にCD19又はCD22の単鎖可変フラグメント、次いで4-1BB及びCD3ゼータドメインに連結したCD8膜貫通ドメイン、又は、CD28及びCD3ゼータドメインに連結したCD28膜貫通ドメインのいずれかが続く。これらのCARを、pELNSレンチベクターの骨格にサブクローニングした。制限酵素はすべてNew England Biolabsから購入した。すべてのCARコンストラクトの配列を、Macrogenで配列決定することにより確認した。
バイシストロン性CARをコードするレンチウイルスベクターを、Lenti-X 293Tレンチパッケージング細胞株の一過性トランスフェクションにより産生した。簡単に言えば、lenti-X 293T細胞を、ポリ-Dリジンでコーティングした15cmプレート(BD Biosciences)に播種した。翌日、リポフェクタミン3000(Thermo Fisher Scientific)を用いて、Lenti-X 293T細胞を、CARコンストラクトをコードするプラスミドで、パッケージング及びエンベロープベクター(pMDLg/pRRE、pMD-2G、及びpRSV-Rev)と共にトランスフェクションした。レンチウイルス上清を、トランスフェクションの24時間後及び48時間後に回収し、細胞残渣を除去するために3000 RPMで10分間遠心分離し、ドライアイス上で凍結し、-80℃で保存した。正常ドナー由来のヒトPBMCを、NIH承認プロトコルにより得て、40IU/mL組換えIL-2及び5%FBSを含有するAIM-V培地中で、1:3の比のCD3/CD28マイクロビーズ(Dynabeads Human T-Expander CD3/CD28、Thermo Fisher Scientific、Cat#11141D)で24時間活性化した。活性化T細胞を、レンチウイルス上清2mLと10mg/mLの硫酸プロタミン及び100IU/mLのIL-2を含む新鮮なAIM-V培地1mLあたり200万細胞で、6ウェルプレート中で再懸濁した。プレートを、32℃で2時間、1000×gで遠心分離し、37℃で一晩インキュベーションした。上記と同じ形質導入手順を繰り返すことにより、翌日に2回目の形質導入を行った。形質導入後3日目にCD3/CD28ビーズを除去し、細胞を100IU/mL IL2を含有するAIM-V中で300,000細胞/mLで培養し、新鮮なIL2含有培地を、8又は9日目の回収まで2~3日ごとに追加した。
CD22 CARで形質導入したT細胞の表面発現を、CD22-Fc(R&D Systems)を用いるフローサイトメトリーに続く、ヒトIgG-Fc(Jackson ImmunoResearch Laboratories)に特異的なPE-F(ab)2又はAPC-F(ab)2とのインキュベーションにより測定した。CD19 CARで形質導入したT細胞の表面発現は、Lightning-Link APC Antibody Labeling Kit(Novus Biologicals)を用いることにより、APCに結合した抗CD19イディオタイプ又は組換えヒトCD19 Fcキメラタンパク質(R&D Systems)により検出した。B-ALL株上のCD19、CD22の発現は、以下:CD45-PerCP-Cy5.5(eBioscience)、CD19-Pacific Blue、CD19-APC-Cy7、CD10-PE-Cy7、及びCD22-PE(Biolegend)の抗ヒト抗体を用いて検出した。T細胞は、以下の抗体:CD3-APC-Cy7、CD4-Pacific Blue、及びCD8a-PE-Cy7(BioLegend)で特性解析した。
100ulのRPMI培地中の5E4の標的腫瘍細胞を96ウェルプレート(Corning(登録商標)BioCoatTM Poly-L-Lysine 96-Well Clear TC-Treated Flat Bottom Assay Plate)に充填した。翌日、指定のウェルに同量のCAR T細胞を加えた。最初のincucyteアポトーシスマーカー(Essen BioScience)を100ulのPBSに希釈し、1ulの希釈液を各ウェルに加えた。IncuCyteZOOM(登録商標)システムを用いて、GFP及び/又はRFP蛍光発現についてプレートをスキャンし、40時間の持続時間で30分ごとに細胞アポトーシスをモニタリングした。各時点での細胞死滅の割合をベースライン補正した。
標的腫瘍細胞及び形質導入したCAR陽性T細胞を1XPBSで3回洗浄し、RPMI中に1E6/mlで再懸濁した。100ulの腫瘍細胞を、100ulのCAR陽性T細胞と共に、96ウェルプレートの各ウェルに充填した。T細胞のみ及び腫瘍細胞のみのコントロールを設定した。試験はすべてデュプリケート又はトリプリケートで行った。細胞を37℃で18時間インキュベーションし、サイトカイン産生の検出のために120ulの培養上清を回収した。上清中のサイトカインレベルを、ELISAキット(R&Dsystems)又は多重アッセイ(Meso Scale Discovery)のいずれかを用いて測定した。
NALM6及びCAR T細胞を1E6/mlで再懸濁した。5E5のNALM6を、25ml培養フラスコ中の40UのIL2を含む10mlのAIMV培養培地中で、5E5 CAR+T細胞と24時間、デュプリケート又はトリプリケートで共インキュベーションした。CD19マイクロビーズを伴うNALM6を、LDカラムにより除去した。全溶出液を回収し、細胞を1200rpm、6分間の遠心分離でペレット化した。tRNAを、RNAeasy Plus Mini Kitで直ちに抽出した。RNAサンプルを、解析のためにNIHコア施設に送付した。RNAの品質はTapeStation Analysis Software(Agilent Technologies)により評価した。RNA配列決定を、TruSeq LTアッセイによりNextSeq FASTQで行った。
解糖ストレス試験のために、CAR T細胞を、L-グルタミン(200mM)及びNaCl(143mM)を添加した無血清非緩衝化DMEM培地(Sigma-Aldrich)に懸濁した。0.6mLの0.5%フェノールレッド溶液(SigmaP0290)を3mg/Lの最終濃度で添加し、pHを7.35+/-0.05に調整した。CAR T細胞をSeahorse細胞プレートに播種(ウェルあたり3E5細胞)し、Cell-Tak(Corning)でコーティングしてT細胞の接着を促進した。簡単に言うと、アッセイの前日にカートリッジを水和させた。アッセイの当日、プレートをCell-Takでコーティングし、細胞をCell-Takでコーティングしたプレートに播種し、アッセイのためにXF24アナライザーに配置した。詳細な手順は次の通りである。アッセイカートリッジを、最初に200ul/ウェルのXF較正(calibrant)溶液で水和し、ハイドロブースター(hydro booster)を加え、パラフィルム上でたわませ、センサーカートリッジをユーティリティプレートの上に置き、CO2なしで37℃で一晩インキュベーションした。次いで、細胞培養プレートを次のようにCell-Takでコーティングした。1プレートについては、46μlのCell-Takを204μlのTC水と1mlのNaHCO3に希釈した。ミキサー(mixer)を各ウェル中に50μl分注し、プレートを室温で少なくとも20分間インキュベーションした。Cell-Tak溶液の除去後、250mlのTC水を用いて各ウェルを洗浄した。CAR T細胞(3E5/ウェル)を158μlのアッセイ培地に播種した。次いで、細胞培養プレートを、低加速且つ減速なしで1秒間、450rpmで回転させ、次いで、プレートの向きを逆にし、低加速且つ減速なしで、1秒間、650rpmで回転させた。次いで、プレートを37℃、0%CO2で25~30分間インキュベーションした。25~30分間のインキュベーション後、手動のP200ピペッターを用いて、158ulの加温アッセイ培地を壁の側面に沿って各ウェルの上部にゆっくりと穏やかに加えた。細胞プレートを15~25分間インキュベーションした。15~25分後、プレートをXF24 Analyzerに配置した(キャリブレーション終了後)。XFアッセイを実行した。溶液を3つのポートを通して連続して注入した。ポートA:グルコース80mM(3mlアッセイ培地中96μlのストック溶液)。ポートB:オリゴマイシン18μM(3mlアッセイ培地中10.8μlのストック溶液)。ポートC:2-デオキシグルコース(2DG)はストック溶液を使用。解糖ストレス試験は、カートリッジポートに75μlの薬液を充填した後、定常状態でECAR(mpH/分)を測定することにより行った。ミトコンドリアストレス試験のために、CAR T細胞を、D-グルコース(25mM)及びピルビン酸ナトリウム(1mM)を含む無血清の非緩衝化DMEM培地に懸濁した。ミトコンドリアストレス試験を、上記と同様に、オリゴマイシン(0.5μM)、FCCP(0.5μM)、ロテノン(1μM)及びアンチマイシンA(1μM)(Sigma-Aldrich)の連続注入後に、定常状態で、OCR(pmol/min)を測定することにより行った。Seahorseシステムによる実験では、次のアッセイ条件:2分混合物;2分待機;3分測定を利用した。
T細胞を、CAR-Cerulean又はCAR-mCherry融合タンパク質を発現するように共形質導入した。CAR陽性T細胞を分取し、親油性トレーサー-DiD膜色素(Life Technologies)及びPBS中のLIVE/DEAD Fixable Blue Dead Cell(Life Technologies)で染色した。次いで、細胞を洗浄してマウントした。画像を、AxioCam MRmカメラを装着したZeiss Apotomeにより、Zeiss plan apochromat 20x対物レンズを用いて取得した。露光設定は、実験全体に関して同一であった。ImageJソフトウェアをデータ解析用に用いた。死細胞は除外した。DiD膜染色を用いて、各細胞について同定した。Cerulean(CFP)陽性又はmCherry陽性領域の面積と最大強度を計測した。1超の最大強度のみを計測した。DiD染色についての閾値を、最大ピクセル強度の10%に設定した。Ceruleanチャネル及びmCherryチャネルについての閾値を、最大ピクセル強度の20%に設定した。
動物実験は、NCI ベセスダ(Bethesda)動物実験委員会により承認されたプロトコルの下で実施した。B-ALL細胞株及び異種移植されたヒトB-ALL検体をNSGマウスにIV注射した。ルシフェラーゼ発現株については、Xenogen IVIS Lumina(Caliper Life Sciences)を用いて白血病を検出した。NSGに3mgのD-ルシフェリン(Caliper Life Sciences)を腹腔内注射し、4分後にNALM6細胞については30秒、PDXについては2分の露光時間で画像化した。Living Image Version 4.1 software(Caliper Life Sciences)を用いて、各マウスについて生物発光シグナルフラックスを光子/秒/cm2/srとして解析した。ルシフェラーゼを発現しない異種移植細胞における白血病負荷を、末梢血、骨髄、及び脾臓のフローサイトメトリーにより測定した。
Prism 7.0ソフトウェアを用いて統計解析を行った。プロットを、平均+/-SDとして提示する。患者のCD19及びCD22の解析について、すべてのデータの統計的有意性をマン・ホイットニー検定を用いて算出した。
低用量のCARを用いた非常に悪性の再発モデルにおいて試験した場合、二価LoopCAR6はCD19neg及びCD22neg白血病を完全には根絶しない。11種の形態の二価CARを試験後、二価形態のCD22活性を確保することは困難であることがわかった。
以前に、共刺激エンドドメインCD28及び4-1BBが、CAR機能の免疫調節に対して異なる効果を有することが報告されている。単一標的CARコンストラクトの感受性を明らかにするために、各CAR-T細胞を、同種抗原をさまざまな密度で発現する白血病と共培養し、18時間共培養の上清中でIL-2レベルを測定した。標的抗原密度はサイトカイン産生において10倍もの差を生じさせ、CD22 CARは標的密度に特に高感受性である(図37A)。共刺激ドメインもサイトカイン産生における差に寄与するが、共刺激ドメインに起因する差は、標的抗原密度の影響と比較して軽度であった。
種々の共刺激ドメインの組合せに関連する生物学的経路を調べるために、RNA配列決定解析を行った。バイシストロン性CARをCD19+CD22+NALM6細胞と共インキュベーションし、RNA配列決定解析のために全RNAを抽出した。主成分分析(PCA)は、種々の組合せが異なる遺伝子発現プロファイルに関連することを示す(図38)。
CD19+CD22+NALM6株を用いて、バイシストロン性CARのインビボ活性を試験した。CD28又は4-1BBを含むCD19及びCD22の単一CARをコントロールとして用いた。図39に示すように、一般に、バイシストロン性CARは単一標的CARよりも優れている。CD28及び4-1BBの共刺激の種々の組合せは、率の異なる腫瘍除去を誘導する。22-BB/19-28が、白血病芽球を除去において最適なものである。
臨床的に関連するCD19neg PDXモデル(HMB28)を用いて、バイシストロン性CARを試験した(testedusing)。PDXモデル用の白血病は、以前にCD19 CARで治療され、CD19陰性白血病再発により再発し、続いて抗CD22 CAR-T細胞(CD22を弱く発現する芽球の出現により白血病を除去できなかった)で治療された患者に由来した。バイシストロン性CARは、CD19陰性白血病芽球を完全に根絶し得る(図41)。
Claims (11)
- 配列番号48、49、50、51、若しくは52のアミノ酸配列を含む、キメラ抗原受容体(CAR)アミノ酸コンストラクト。
- CARアミノ酸コンストラクトが、配列番号48のアミノ酸配列を含む、請求項1に記載のCARアミノ酸コンストラクト。
- CARアミノ酸コンストラクトが、配列番号49のアミノ酸配列を含む、請求項1に記載のCARアミノ酸コンストラクト。
- CARアミノ酸コンストラクトが、配列番号50のアミノ酸配列を含む、請求項1に記載のCARアミノ酸コンストラクト。
- CARアミノ酸コンストラクトが、配列番号51のアミノ酸配列を含む、請求項1に記載のCARアミノ酸コンストラクト。
- CARアミノ酸コンストラクトが、配列番号52のアミノ酸配列を含む、請求項1に記載のCARアミノ酸コンストラクト。
- 請求項1~6のいずれか1項のCARアミノ酸コンストラクトをコードするヌクレオチド配列を含む、核酸。
- 請求項7の核酸を含む組換え発現ベクターを含む、単離された宿主細胞。
- 請求項1~6のいずれか1項のCARアミノ酸コンストラクト、請求項7の核酸、請求項8の宿主細胞又はその細胞集団と、医薬的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
- 哺乳動物における、がんの治療のための医薬組成物であって、請求項1~6のいずれか1項のCARアミノ酸コンストラクト、請求項7の核酸、請求項8の宿主細胞若しくはその細胞集団、又は請求項9の医薬組成物を有効成分として含む、医薬組成物。
- 前記がんが、血液悪性腫瘍である、請求項10の医薬組成物。
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