JP7660694B2 - 電気泳動データ処理装置、及び、電気泳動データ処理方法 - Google Patents
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Description
特許文献1には、「蛍光信号405が照射されることで信号電荷が発生する複数の受光面を有し、受光面に発生した複数の信号電荷に基づき蛍光信号強度を取得する蛍光検出装置400であって、蛍光検出装置400は、複数の信号電荷を一括で変換することで蛍光信号強度を取得するハードウェアビニングと、信号電荷を一つずつ蛍光信号強度へ変換し、変換された蛍光信号強度を加算することで蛍光信号強度を取得するソフトウェアビニングとの、いずれかを実行することで前記蛍光信号強度を取得する」キャピラリアレイ電気泳動装置および蛍光検出装置ならびに蛍光信号強度取得方法が開示されている(要約参照)。
電気泳動装置では複数の蛍光標識由来の蛍光を同時に検出して解析する必要があるため、蛍光感度のばらつきを抑えなければ解析性能を満足することができない。
その他の解決手段は実施形態中において適宜記載する。
まず、図1~図15Dを参照して本発明の第1実施形態について説明する。
[電気泳動システムZ]
図1は、第1実施形態に係る電気泳動システムZの構成例を示す図である。
電気泳動システムZは、電気泳動データ処理装置1及び電気泳動装置2を備える。
(電気泳動装置2)
電気泳動装置2は、生体試料を電気泳動し、測定試料中の蛍光標識に対して励起光を照射し、測定試料から蛍光を発生させ、蛍光信号を検出するものである。つまり、電気泳動装置2は、サンプルとともに複数の蛍光標識が泳動されている電気泳動装置2に備えられているものでる。なお、本実施形態において、電気泳動装置2にて測定対象となる試料は、複数の蛍光標識が付与されたDNA分子である。これらのDNA分子は塩基情報(「ATGC」)や、特徴的な配列構造(例えば、「T」の連続部など)に蛍光標識が付与されている。電気泳動装置2としてキャピラリ電気泳動装置等が用いられる。
波長分散部201は、例えば回折格子であり、蛍光標識によって発生した蛍光を波長方向に分散する。
信号電荷取得部202は、波長分散部201によって、波長方向に分散された蛍光信号を検出(蛍光検出)し、電気信号に変換する。即ち、波長分散部201によって分散された蛍光標識による蛍光の波長成分の信号を検出する。信号電荷取得部202は、例えば、CCDイメージセンサや、CMOSイメージセンサ(撮像素子)等によって構成される。本実施形態では、信号電荷取得部202は、CCDイメージセンサで構成されているものとする。さらに、信号電荷取得部202による蛍光検出は、電気泳動の時間経過に伴って時系列ごとに任意の回数行われる。即ち、蛍光検出は電気泳動中、所定時間毎に複数回行われる。蛍光検出の1実施を1スキャンとする。
信号電荷データ出力部203は、信号電荷取得部202を構成するCCDイメージセンサ(撮像素子)のそれぞれから出力された画素データ(信号電荷データ)を電気泳動データ処理装置1へ出力する。
電気泳動データ処理装置1は、電気泳動装置2から受け取った時系列ごとの信号電荷データを用いて使用する蛍光標識に最適化されたビニングパターンを出力する。つまり、電気泳動データ処理装置1は、デフォルトで与えられた(予め設定されている)ビニングパターンが最適であるか否かを判定し、最適でなければビニングパターンの修正を行う。また、電気泳動データ処理装置1はビニングパターンが最適であれば、そのビニングパターンを出力する。
このように、ビニング処理部102は、所定数の互いに隣接する画素データが有する値の積算値又は代表値を算出し、算出した積算値又は代表値をビン値とすることで、所定数の互いに隣接する画素データをまとめて1つのビンとする
なお、色信号評価処理部105が行う処理については後記して説明する。
ビニング領域調整処理部107は、判定処理部106によって蛍光色信号評価値が閾値未満、つまり、現在のビニングパターンが最適ではないと判定された場合にビニングパターンの調整を行う。ビニング領域調整処理部107が行う処理については後記する。
ビニングパターン出力部108は、判定処理部106によって蛍光色信号評価値が閾値以上、つまり、現在のビニングパターンが最適であると判定された場合に現在のビニングパターンを外部出力する。
入出力処理部109は、表示装置115(図2参照)に図15A~図15Dで後記する各画面600,610,620を出力する。また、入出力処理部109は、入力装置114(図2参照)を介して入力された情報を受け取る。また、入出力処理部109による指示を契機として各部101~108の処理が開始する。
図2は、電気泳動データ処理装置1のハードウェア構成を示す図である。
電気泳動データ処理装置1はメモリ111、CPU(Central Processing Unit)112、HD(Hard Disk)等の記憶装置113を有する。また、電気泳動データ処理装置1は、キーボード、マウス等の入力装置114、ディスプレイ等の表示装置115、通信装置116を有する。通信装置116は、電気泳動装置2からデータを取得等する。
図3A及び図3Bは、本実施形態で用いられるビニングの一例を示す図である。
図3Aでは、3×6のCCD画素301が示されている。なお、図3Aにおいて、それぞれのCCD画素301の内部に示されている数値は、それぞれのCCD画素301が検出する信号値(画素データが有する値)である。
例えば、図3Aに示すように、左側のビン401は3つのCCD画素301によって構成され、中央のビン402は6つのCCD画素301によって構成され、右側のビン403は3つのCCD画素301によって構成されている。
図3Bにおいて、ビン401~403は図3Aに示すビン401~403に相当するビン400である。また、図3Bにおいて、ビン401~403の中に示されている数値はビン400における信号電荷積算値(ビン値)を示す。ビン401~403における信号電荷積算値は、ビン400を構成するCCD画素301が出力する信号値(画素データが有する値)の積算値である。
図4Aはビン400と波長との関係を示す図である。適宜、図1を参照する。
前記したように、電気泳動装置200において波長分散された蛍光が信号電荷取得部202を構成するCCD画素301によって検出される。
図4Aにおいて、グラフG1は電気泳動装置200よって波長分散された蛍光の波長スペクトルを示す。なお、グラフG1において横軸が波長を示し、縦軸は蛍光強度を示している。
つまり、本実施形態において、それぞれのCCD画素301が検出する信号値は波長方向の蛍光強度に該当する。
図4Bに示されるビン411~430は図4Aに示すビン411~430に相当する。そして、ビン411~430の内部に示されている数値は、ビン411~430のそれぞれにおける信号電荷積算値を示している。そして、図4Bにおいて、ビン411~430それぞれの内部に示されている数値は、図4Aにおいて、ビン411~430それぞれを構成するCCD画素301が出力する信号電荷積算値の総和(積算値)となっている。
図5は、第1実施形態に係る電気泳動データ処理の一例を示すフローチャートである。
適宜、図1及び図2を参照する。
まず、入出力処理部109が表示装置115に画面を表示する画面表示処理を行う(S0)。ステップS0で表示される画面については、図15A~図15Dで後記する。
入出力処理部109によって処理の開始が指示されると、信号電荷データ取得部101が電気泳動装置2から信号電荷データを取得する(S1)。信号電荷データは電気泳動装置2の信号電荷データ出力部203から出力されたデータ(画素データ)である。具体的には、図3Aや、図4BにおいてCCD画素301に示されている信号値(画素データが有する値)である。つまり、信号電荷データ取得部101(取得部)は、CCDイメージセンサ(撮像素子)から出力されたCCD画素301(画素データ)をCCDイメージセンサ(撮像素子)のそれぞれから取得する。
そして、色変換行列算出処理部103が色変換行列算出処理を行う(S3)。ステップS3については後記して説明する。
続いて、色変換処理部104が色変換処理を行う(S4)。ステップS4については後記して説明する。
さらに、色信号評価処理部105が色信号評価処理を行う(S5)。ステップS5については後記して説明するが、ステップS5において色信号評価処理部105は蛍光色信号評価値を算出する。
蛍光色信号評価値が所定の条件を満たしていない場合(S6→No)、ビニング領域調整処理部107がビニング調整処理を行う(S7)。その後、電気泳動データ処理装置1はステップS2へ処理を戻す。ステップS7の処理については後記して説明する。
蛍光色信号評価値が所定の条件を満たしている場合(S6→Yes)、ビニングパターン出力部108がビニングパターンを出力する。
図6は、第1実施形態で行われるビニング処理の手順を示すフローチャートである。図6に示す処理はビニング処理部102(図1参照)が行う処理であり、図5のステップS2の詳細な手順を示している。
ビニング処理部102は、図1で前記したように、信号電荷データをビニング処理して信号電荷積算データを出力する。
なお、これ以降の説明において図1~図4Bを適宜参照するものとする。
初めに、ビニング処理部102は、信号電荷データを記憶装置113(図2参照)に格納されているビニングパターンに従って波長方向に区切ることでビン400の設定を行う(S201)。つまり、ビニング処理部102は、予め設定されているデフォルトのビニングパターンに基づいて、所定数の互いに隣接するCCD画素301をビニングする(画素データを1つのビン400にまとめる)。例えば、図4Aに示すように、ビニング処理部102はデフォルトのビニングパターンに基づいて複数のCCD画素301をビン400としてグループ化する。また、ビニング処理部102で初めて適用されるビニングパターンでは分割領域の大きさを問わない。例えば、CCD画素301を一つずつ分割してもよいし、分割する間隔が一定でなくてもよい。ただし、後記するビニング調整処理でビン400を構成するCCD画素301の数を調整できるよう、デフォルトのビニングパターンが設定されるとよい。
例えば、平均値が算出される場合、ビニング処理部102が、それぞれのビン400を構成するCCD画素301の信号値について平均値を算出する。また、中央値が算出される場合、ビニング処理部102が、それぞれのビン400を構成するCCD画素301の信号値について中央値を算出する。そして、最大値、最小値が算出される場合、ビニング処理部102が、それぞれのビン400を構成するCCD画素301の信号値の最大値、最小値を算出する。
なお、ステップS202の処理は、図4Bに示す処理に相当する。ちなみに、図4A及び図4Bに示す例は、ステップS202で積算が行われた例である(図4Aの信号値を図4Bのように積算)。本実施形態では、ステップS202で積算が行われているものとする。
そして、電気泳動データ処理装置1は図5のステップS3へ処理をリターンする。
図7は、第1実施形態で行われる色変換行列算出処理の手順を示すフローチャートである。図7に示す処理は、図1の色変換行列算出処理部103(ビン値抽出部)が行う処理であり、図5のステップS3の詳細な手順を示している。なお、図7に示す処理の具体例は図8及び図9を参照して後記する。
色変換行列算出処理において、色変換行列算出処理部103は、図1で前記したように、信号電荷積算データから色変換行列「C」を算出する。色変換行列「C」とは、特定の蛍光標識だけで構成されるピークを有する信号電荷積算データから算出されるものである。色変換行列「C」については後記する。
次に、色変換行列算出処理部103は、ピークを構成する各CCD分割領域(ビン400)の信号電荷積算値を取得する(S302)。つまり、蛍光標識特有のピーク(第2のピーク)毎に、色変換行列算出処理部103は、蛍光標識特有のピーク(第2のピーク)を構成する信号電荷積算値を抽出する。
続けて、色変換行列算出処理部103は、取得した各波長成分の信号電荷積算値を正規化する(S303)。正規化の手順は後記する。
すべての蛍光標識についてステップS301~S303の処理を完了していない場合(S304→No)、色変換行列算出処理部103はステップS301へ処理を戻す。そして、色変換行列算出処理部103は、ステップS301~S303の処理を行っていない蛍光標識についてステップS301~S303を行う。
そして、色変換行列算出処理部103は、ステップS305で生成した行列を色変換行列Cとして色変換処理部104に出力する(S306)。
そして、電気泳動データ処理装置1は図5のステップS4へ処理をリターンする。
図8において、横軸は電気泳動の時間経過(実際にはスキャン回数(Scan number))を示し、縦軸は信号電荷積算値を示す。つまり、図8に示すように、信号電荷積算データは、信号電荷積算値の時系列のデータである。
また、図8に示すピーク501~504は、それぞれの蛍光標識に対応するピークを示している。なお、本実施形態では図8に示すように4つの蛍光標識が用いられているものとする。4つの蛍光標識を、第1蛍光標識、第2蛍光標識、第3蛍光標識、第4蛍光標識と適宜記載する。第1蛍光標識はピーク501に相当し、第2蛍光標識はピーク502に相当する。同様に、第3蛍光標識はピーク503に相当し、第4蛍光標識はピーク504に相当する。ピーク501~504は、前記した第2のピークに該当する。このように、色変換行列算出処理部103は信号電荷積算値の時系列から蛍光標識に対応したピークであるピーク501~504(第2のピーク)を抽出する。
図9では、横軸を波長成分(ビン番号)、縦軸を正規化後の信号電荷積算値としてプロットしたスペクトル511~514が示されている。スペクトル511~514は、4つの蛍光標識にそれぞれ対応している。色変換行列算出処理部103は、図9で示すスペクトル511~514を、蛍光標識数(図9に示す例では「4」)と波長方向のビン数(本実施形態では「20」)の4×20成分を有する行列を色変換行列「C」(変換行列)として生成(算出)する(図7にステップS305,S306に相当)。色変換行列算出処理部103は、生成した色変換行列「C」を記憶部に格納する。つまり、色変換行列「C」は抽出した個々のピーク501~504(第2のピーク)を行の成分、ビン400を列の成分とし、個々の成分の値として信号電荷積算値を有する行列である。なお、本実施形態では、「C」のように鍵括弧で示された大文字のアルファベットは行列を示すものとする(ただし、計算式では鍵括弧を外すものとする)。スペクトル511~514のそれぞれは、蛍光標識に由来する信号電荷積算値(ビン値)の集合を、それぞれの蛍光標識について抽出したものに相当する。
次に、色変換処理部104(信号強度算出部)による色変換処理について説明する。
色変換処理部104は、図7に示す処理で演算した色変換行列「C」を用いて、信号電荷積算データをサンプルに含まれる各蛍光標識由来の蛍光色信号データに変換する。
また、信号電荷積算行列を「F」(スキャン数×ビン数の行列)とする。信号電荷積算行列「F」は、図8に示す信号電荷積算データをスキャン数×ビン数の行列としたものである。つまり、信号電荷積算行列「F」は、信号電荷積算値の時系列を、スキャン回数を行の成分、ビン400を列の成分とし、個々の成分の値として前記信号電荷積算値を有する行列である。
FC-1=PCC-1=P ・・・ (2)
このような演算によって算出された蛍光標識由来の信号成分「P」は、蛍光標識それぞれの信号強度の時系列を、その成分として有している。つまり、色変換処理部104は、式(2)の演算を行うことにより、蛍光標識それぞれの信号強度の時系列を取得する。このようにすることで、色変換処理部104は、信号データ積算データ(抽出されたビン値の集合)に基づいて、蛍光標識それぞれの信号強度を算出する
次に、図10を参照して色変換処理部104が行う色変換処理について説明する。
図10は、第1実施形態で行われる色変換処理の手順を示すフローチャートである。なお、図10に示す処理は図5のステップS4の詳細な手順を示している。
初めに、色変換処理部104は色変換行列「C」の逆行列(式(2)の「C-1」)を算出する(S401)。行列の要素数の関係上、逆行列ではなく擬似逆行列が用いられてもよい。
その後、色変換処理部104は、ステップS402において算出されたデータ(式(2)の蛍光標識由来の信号成分「P」)を蛍光色信号データとして色信号評価処理部105に出力する(S403)。
そして、電気泳動データ処理装置1は図5のステップS5へ処理をリターンする。
図11は、蛍光色信号データの例を示す図である。
図11では横軸が電気泳動の時間経過(実際にはスキャン回数(Scan Number))を示しており、縦軸が信号強度を示している。図11は、式(2)で示される蛍光標識由来の信号成分の行列「P」をグラフとして示したものである。図11に示す信号強度では、図8と異なり、ビン400の情報が消え、時間と信号強度との関係となっている。なお、本実施形態では、CCD画素301の情報を「信号値」、ビン400の情報を「信号電荷積算値」、図11に示す蛍光色信号データの情報を「信号強度」と称する。
図11に示すように、蛍光標識由来の信号成分の行列「P」は、それぞれの蛍光標識由来の信号強度である信号強度521~524に関する情報を有している。
次に、図12及び図13を参照して、色信号評価処理部105による蛍光色信号評価値算出処理について説明する。
色信号評価処理部105は、図1で前記したように、蛍光色信号データから蛍光色信号評価値を算出する。
図12は、第1実施形態で行われる蛍光色信号評価値算出処理の手順を示すフローチャートである。なお、図12は図5のステップS5の詳細な手順を示している。
初めに、色信号評価処理部105は、蛍光色信号データから、それぞれの蛍光標識由来のピーク強度を抽出する(S501)。前記したように、蛍光色信号データとは、式(2)によって算出される蛍光標識由来の信号成分の行列「P」であり、図11で示されるものである。ピーク強度とは、それぞれの蛍光標識由来の信号強度におけるピーク値である。色信号評価処理部105は、ピーク強度を抽出する際、それぞれの蛍光標識においてピークを形成する蛍光標識の分子量が同等もしくはより同等に近くなることが予めわかっているサンプルを用いて取得された蛍光色信号データを用いる。つまり、予めピークを形成する蛍光標識の分子量が同等もしくはより同等に近くなることがわかっているサンプルを用いて、ピークが推定され、そのピーク強度が抽出される。
そして、色信号評価処理部105は、抽出した特徴を用いて、以下の式(3)で示される信号強度比Xを算出する(S503)。
そして、電気泳動データ処理装置1は図5のステップS6の処理へリターンする。
図13は、信号強度平均値の一例を示す図である。
図13は、図12のステップS502の処理結果を示している。
図13に示す信号強度平均値531は第1蛍光標識に由来する信号強度平均値(INT(P1)=「10300」)である。信号強度平均値532は第2蛍光標識に由来する信号強度平均値(INT(P2)=「15500」)である。そして、信号強度平均値533は第3蛍光標識に由来する信号強度平均値(INT(P3)=「6000」)である。更に、信号強度平均値534は第4蛍光標識に由来する信号強度平均値(INT(P4)=「9700」)である。このような信号強度平均値531~534を算出する処理は図12のステップS502に相当する。
次に、図5のステップS6における判定処理部106による判定処理の説明を行う。
判定処理部106は、蛍光色信号評価値を基に、次処理をビニング領域調整処理(図5のステップS7)に遷移させるか、ビニングパターン出力処理(図5のステップS8)に遷移するかを判定する。蛍光色信号評価値(信号強度比X)が所定の閾値未満になる場合(S6→No:所定の条件を満たしている)、現在のビニングパターンは最適ではないと判定され、次処理はビニング領域調整処理(図5のステップS7)となる。一方、蛍光色信号評価値が閾値以上の場合(S6→Yes:所定の条件を満たさない)、現在のビニングパターンは最適であると判定され、次処理はビニングパターン出力処理(図5のステップS8)となる。
次に、図14を参照して、ビニング領域調整処理部107が行うビニング領域調整処理について説明する。
ビニング領域調整処理部107は、波長領域を区切るためのビニングパターンを調整する。ビニング領域調整処理部107では、蛍光色信号評価値の算出時に用いた信号強度平均値(図13)、図4Aに示す蛍光波長分布とビン400との関係、図9に示す正規化後の信号電荷積算値等が使用される。
図14は、ビニング領域調整処理の処理手順を示すフローチャートである。なお、図14に示す処理は図5のステップS7の詳細な手順を示している。
初めに、ビニング領域調整処理部107は、蛍光色信号データの信号強度平均値(第1のピークに関する値、信号強度のピークに関する値)が最小となる(最も小さい)蛍光標識を抽出する(S701)。図13に示す蛍光色信号データの例では、信号強度平均値533(INT(P3))、即ち、第3蛍光標識が抽出される。
次に、ビニング領域調整処理部107は、ステップS701で抽出した蛍光標識が強くなる波長に該当する領域が大きくなるようにビン幅(ビン400の大きさ)を拡大するビン幅拡大処理を行う(S702)。即ち、ビニング領域調整処理部107は、S701で抽出した蛍光標識についてピークの信号電荷積算値が大きくなるよう、ビン幅の拡大を行う。
そして、ビニング領域調整処理部107は、抽出した蛍光標識が強くなる波長に該当する領域が小さくなるようにビン幅(ビン400の大きさ)を縮小するビン幅縮小処理を行う(S704)。即ち、ビニング領域調整処理部107は、ステップS703で抽出した蛍光標識についてピークの信号電荷積算値が小さくなるよう、ビン幅の縮小を行う。
以下、図2を適宜参照しつつ、第1実施形態で表示される画面について説明する。なお、以下の図15A~図15Dに示される画面600,610,620は図2のステップS0で表示される画面である。
図15Aは、メニュー画面600の一例を示す図である。
図15Aに示すように、メニュー画面600には解析実行ボタン601(電気泳動装置による電気泳動の実行ボタンである電気泳動実行ボタン)、解析サンプル設定ボタン602、蛍光感度調整ボタン603(蛍光標識毎の感度調整の実行ボタンである感度調整実行ボタン)、メンテナンスボタン604を有する。
入力装置114を介して、解析実行ボタン601が選択入力されると電気泳動によるサンプルの解析が開始される。
解析サンプル設定ボタン602は、サンプルの設定を行うためのボタンである。
また、入力装置114を介して、解析実行ボタン601とは別に表示されている蛍光感度調整ボタン603が選択入力されると、ビニング処理部102~ビニング領域調整処理部107による処理が開始される。
そして、メンテナンスボタン604は電気泳動装置2のメンテナンスを行う際に選択入力されるボタンである。
また、蛍光感度調整が未完の状態で入力装置114を介して解析実行ボタン601が選択入力されると、図15Bに示す、注意を促し、蛍光感度調整を促すダイアログ画面610(ビン生成部、信号強度算出部、及び、調整部による処理を促す表示)が表示される。
ダイアログ画面610でYESボタン611が入力装置114を介して選択入力されると、電気泳動によるサンプルの解析が実行される。
また、ダイアログ画面610でNOボタン612が入力装置114を介して(図15BではマウスカーソルMで表現)選択入力されると、図15Aに示すメニュー画面600へ戻る。
なお、なお、図15Cに示すメニュー画面600の構成は図15Aと同様であるため、図15Cにおいて図15Aと同様の符号を付し、説明を省略する。
図15Cに示すように、蛍光感度調整ボタン603が選択入力されると(入力部を介した感度調整実行ボタンの選択)、図15Dに示す蛍光感度調整画面620に画面遷移する。
図16は、本実施形態に係る感度調整処理が完了した結果を示す蛍光色信号データの一例を示す図である。
図16は、蛍光感度調整が完了した状態で図15A及び図15Cに示す解析実行ボタン601が選択入力された場合において最終的に表示装置115に表示される蛍光色信号データである。
図16における横軸及び縦軸は図11と同様であるため、説明を省略する。
図16に示す信号強度541~544は、図11に示す信号強度521~524に対応する蛍光標識の信号強度を示している。
図16では、図11に示す信号強度521~524と比較して、それぞれの信号強度541~544が、ほぼ同じ強度となっている。
このように、本実施形態によれば、使用される蛍光標識のセットに対して正確かつ可及的速やかに有効なビニングパターンを算出することが可能となり、蛍光標識の感度ばらつきを抑制することができる。
次に、図17及び図18を参照して、本発明の第2実施形態を説明する。
[システム構成]
図17は、第2実施形態に係る電気泳動システムZaの構成例を示す図である。
図17において、図1と同様の構成については同一の符号を付して説明を省略する。
図17において、図1と異なる点は電気泳動データ処理装置1aに色変換行列評価処理部121が追加されている点である。色変換行列評価処理部121が行う処理については後記する。なお、色変換行列評価処理部121は図2に示す記憶装置113に格納されているプログラムがメモリ111にロードされ、CPU112によって実行されることで具現化する。
図18は、第2実施形態で行われる電気泳動データ処理の一例を示すフローチャートである。
図18において図5と同様の処理については同一の符号を付して説明を省略する。
図18に示す処理が図5と異なる点はステップS5の後に色変換行列評価処理(S5A)が加わっている点である。ステップS5Aについては後記して説明する。また、ステップS6A,S7Aについては後記して説明する。
図18のステップS5A(色変換行列評価処理)について説明する。
色変換行列評価処理部121(第2の評価値算出部)は色変換行列算出処理部103が算出する色変換行列「C」から色変換行列評価値(第2の評価値)を算出する。色変換行列評価式値として、例えば、色変換行列「C」の条件数を用いることができる。色変換行列を「C」とした場合、色変換行列「C」の条件数k(C)、即ち、色変換行列評価値は色変換行列評価式である以下の式(11)から算出される値である。もちろん色変換行列評価値には、式(4)に示す条件数以外の指標が用いられてもよい。なお、||C||はCの2乗ノルム値を示している。このような色変換行列評価値は、式(2)における蛍光標識由来の信号成分「P」(蛍光標識それぞれの信号強度)を算出する際の計算精度を示している。このように、色変換行列評価処理部121は、色変換行列を「C」(変換行列)を基に、蛍光標識由来の信号成分「P」(蛍光標識それぞれの信号強度)を算出する際の計算精度を示す色変換行列評価値(第2の評価値)を算出する。
続いて、図19~図21を参照して、本発明の第3実施形態について説明する。
[システム構成]
図19は、第3実施形態に係る電気泳動システムZbの構成例を示す図である。
図19において、図1と同様の構成については同一の符号を付して、説明を省略する。
図19に示す電気泳動システムZbにおいて、図1に示す電気泳動システムZと異なる点は、電気泳動データ処理装置1bがプルアップ評価処理部131を有している点である。プルアップ評価処理部131が行う処理については後記する。なお、プルアップ評価処理部131は図2に示す記憶装置113に格納されているプログラムがメモリ111にロードされ、CPU112によって実行されることで具現化する。
図20は、第3実施形態で行われる電気泳動データ処理の一例を示すフローチャートである。
図20において図5と同様の処理については同一の符号を付して説明を省略する。
図20に示す処理が図5と異なる点はステップS5の後にプルアップ評価処理(S5B)が加わっている点である。ステップS5Bについては後記して説明する。また、ステップS6B,S7Bについては後記して説明する。
図20のステップS5B(プルアップ評価処理)について説明する。
プルアップ評価処理部131は色変換処理部104によって生成された蛍光色信号データからプルアップ評価値(第3の評価値)を算出する。蛍光色信号データでは色変換処理によって特定の蛍光標識の信号強度に他の蛍光標識の信号強度が重複する場合がある。主となる蛍光標識の信号強度をINT(Main)とする。また、重複した他の(従の)蛍光標識の信号強度をINT(Sub)とする。この場合、プルアップ評価値(Pullup)は以下の式(21)で示される。
図21は、プルアップが発生している蛍光色信号データの例を示す図である。
図21に示す横軸及び縦軸は図11に示す横軸及び縦軸と同様であるため、説明を省略する。
また、図21において信号強度541~544は、図11に示す信号強度521~524に相当する信号強度である。ちなみに、図21に示す図では、メインの信号強度541~544は、既にばらつきが抑えられている状態である。
図21では、第2蛍光標識の信号強度(信号強度542:第1の蛍光標識における信号強度)に第1蛍光標識の信号強度541a(第2の蛍光標識における信号強度)が重複している。なお、第2蛍光標識の信号強度平均値はINT(Main)=10000である。また、第1蛍光標識の信号強度平均値は、INT(Sub)=2000である。この場合、式(5)によって算出されるプルアップ評価値は0.2と算出される。なお、プルアップ評価処理部131は、重複している信号強度のうち、大きい方をメインと判定し、小さい方をサブと判定する。このように、プルアップ評価値はメインとなる信号強度(第1の蛍光標識)と、サブとなる信号強度(第1の蛍光標識)との比である。
このような構成の場合、判定処理部106による判定処理(図5のステップS6に相当)において、蛍光色信号評価値、色変換行列評価値及びプルアップ評価値のうち、いずれか1つが所定の基準を満たしていない場合(図5のS6→Noに相当)、次処理はビニング調整処理(図5のステップS7に相当)に遷移する。また、蛍光色信号評価値、色変換行列評価値及びプルアップ評価値のすべてにおいて所定の基準を満たしている場合(図5のS6→Yesに相当)、次処理はビニングパターン出力(図5のステップS8に相当)に遷移する。
また、各実施形態において、制御線や情報線は説明上必要と考えられるものを示しており、製品上必ずしもすべての制御線や情報線を示しているとは限らない。実際には、ほとんどすべての構成が相互に接続されていると考えてよい。
2 電気泳動装置
101 信号電荷データ取得部(取得部)
102 ビニング処理部(ビン生成部)
103 色変換行列算出処理部(ビン値抽出部)
104 色変換処理部(信号強度算出部)
105 色信号評価処理部(第1の評価値算出部)
106 判定処理部
107 ビニング領域調整処理部(調整部)
108 ビニングパターン出力部
109 入出力処理部(表示処理部)
113 記憶装置
114 入力装置(入力部)
115 表示装置(表示部)
121 色変換行列評価処理部(第2の評価値算出部)
131 プルアップ評価処理部(第3の評価値算出部)
201 波長分散部
202 信号電荷取得部(撮像素子)
203 信号電荷データ出力部
301 CCD画素
400,401~403,411~430 ビン
501~504 ピーク(第2のピーク)
511~514 スペクトル(第1のピークを含む)
521~524,541~544,541a 信号強度
531~534 信号強度平均値(第1のピークに関する値)
600 メニュー画面
601 解析実行ボタン(電気泳動実行ボタン)
602 解析サンプル設定ボタン
603 蛍光感度調整ボタン
604 メンテナンスボタン
610 ダイアログ画面(ビン生成部、信号強度算出部、及び、調整部による処理を促す表示)
620 蛍光感度調整画面
621 サンプル内容入力窓
622 セット確認ボタン
623 開始ボタン
Z,Za,Zb 電気泳動システム
S0 画面表示処理(表示処理ステップ)
S1 信号電荷データの取得(取得ステップ)
S2 ビニング処理(ビン生成ステップ)
S3 色変換行列算出処理(ビン値抽出ステップ)
S4 色変換処理(信号強度算出ステップ)
S5 色信号評価処理(評価値算出ステップ)
S7,S7A,S7B ビニング調整処理(調整ステップ)
Claims (8)
- サンプルとともに複数の蛍光標識が泳動されている電気泳動装置に備えられている、複数の撮像素子が前記蛍光標識による蛍光の波長成分毎の信号を検出することで、前記信号を電気信号に変換した画素データを出力すると、前記撮像素子から出力された前記画素データを前記撮像素子のそれぞれから取得する取得部と、
所定数の互いに隣接する前記画素データが有する値の積算値又は代表値を算出し、算出した前記積算値又は前記代表値をビン値とすることで、所定数の互いに隣接する前記画素データをまとめて1つのビンとするビン生成部と、
前記蛍光標識に由来する前記ビン値の集合を、それぞれの前記蛍光標識について抽出するビン値抽出部と、
抽出された前記ビン値の集合に基づいて、前記蛍光標識それぞれの信号強度を算出する信号強度算出部と、
前記蛍光標識それぞれについて前記信号強度のばらつきの度合いを示す評価値である第1の評価値を算出する第1の評価値算出部と、
前記第1の評価値が所定の条件を満たしている場合、信号強度のピークである第1のピークに関する値が最も大きい前記蛍光標識について、前記ビン値の集合のうち、最も大きな前記ビン値である最大ビン値を有する前記ビンの大きさを縮小し、前記第1のピークに関する値が最も小さい前記蛍光標識について、前記最大ビン値を有する前記ビンの大きさを拡大するビン調整を行う調整部と、
を有することを特徴とする電気泳動データ処理装置。 - 前記ビン生成部は、前記ビンごとに前記画素データが有する値の積算値である信号電荷積算値を算出することで、前記ビン値を算出し、
前記ビン値抽出部は、
前記信号電荷積算値の時系列から前記蛍光標識に対応したピークである第2のピークを抽出し、当該第2のピーク毎に、前記第2のピークを構成する前記信号電荷積算値を抽出し、抽出した個々の前記第2のピークを行の成分、前記ビンを列の成分とし、個々の成分の値として前記信号電荷積算値を有する行列である変換行列を算出することで、前記蛍光標識に由来する前記ビン値の集合を抽出し、
前記信号強度算出部は、
前記信号電荷積算値の時系列を、前記蛍光のスキャン回数を行の成分、前記ビンを列の成分とし、個々の成分の値として前記信号電荷積算値を有する行列である信号電荷積算行列に、前記変換行列の逆行列を乗算することで、前記蛍光標識それぞれの信号強度の時系列を取得することにより、抽出された前記ビン値の集合に基づいて、前記蛍光標識それぞれの信号強度を算出する
ことを特徴とする請求項1に記載の電気泳動データ処理装置。 - 前記変換行列を基に、前記蛍光標識それぞれの信号強度を算出する際の計算精度に関する評価値である第2の評価値を算出する第2の評価値算出部
を有し、
前記調整部は、
前記第1の評価値及び前記第2の評価値が所定の条件を満たしている場合、前記ビン調整に加え、前記計算精度を現在の計算精度より高める
ことを特徴とする請求項2に記載の電気泳動データ処理装置。 - 所定の前記蛍光標識である第1の蛍光標識における信号強度に、他の前記蛍光標識である第2の蛍光標識における信号強度が重複している場合、前記第1の蛍光標識における信号強度と、前記第2の蛍光標識における信号強度との比である第3の評価値を算出する第3の評価値算出部
を有し、
前記調整部は、
前記第1の評価値及び前記第3の評価値が所定の条件を満たしている場合、前記ビン調整に加え、前記第1の蛍光標識について前記最大ビン値に該当するビンの大きさを縮小する
ことを特徴とする請求項1に記載の電気泳動データ処理装置。 - サンプルとともに複数の蛍光標識が泳動されている電気泳動装置に備えられている、複数の撮像素子が前記蛍光標識による蛍光の波長成分毎の信号を検出することで、前記信号を電気信号に変換した画素データを出力すると、前記撮像素子から出力された前記画素データを前記撮像素子のそれぞれから取得する取得部と、
所定数の互いに隣接する前記画素データが有する値の積算値又は代表値を算出し、算出した前記積算値又は前記代表値をビン値とすることで、所定数の互いに隣接する前記画素データをまとめて1つのビンとするビン生成部と、
前記蛍光標識に由来する前記ビン値の集合を、それぞれの前記蛍光標識について抽出するビン値抽出部と、
抽出された前記ビン値の集合に基づいて、前記蛍光標識それぞれの信号強度を算出する信号強度算出部と、
前記蛍光標識それぞれについて前記信号強度のばらつきの度合いを示す評価値を算出する評価値算出部と、
前記評価値が所定の条件を満たしている場合、信号強度のピークに関する値が最も大きい前記蛍光標識について、前記ビン値の集合のうち、最も大きな前記ビン値である最大ビン値を有する前記ビンの大きさを縮小し、前記信号強度のピークに関する値が最も小さい前記蛍光標識について、前記最大ビン値を有する前記ビンの大きさを拡大するビン調整を行う調整部と、
蛍光標識毎の感度調整の実行ボタンである感度調整実行ボタンを表示部に表示する表示処理部と、
を有し、
入力部を介した前記感度調整実行ボタンの選択により、前記取得部、前記ビン生成部、前記ビン値抽出部、前記信号強度算出部、前記評価値算出部、及び、前記調整部による処理が実行される
ことを特徴とする電気泳動データ処理装置。 - 前記表示部には、前記感度調整実行ボタンに加えて、前記電気泳動装置による電気泳動の実行ボタンである電気泳動実行ボタンが表示されており、
前記ビン生成部、前記信号強度算出部、及び、前記調整部による処理が行われる前に、前記入力部を介して前記電気泳動実行ボタンが選択されると、前記表示処理部は、前記表示部に、前記取得部、前記ビン生成部、前記ビン値抽出部、前記信号強度算出部、前記評価値算出部、及び、前記調整部による処理を促す表示を前記表示部に表示する
ことを特徴とする請求項5に記載の電気泳動データ処理装置。 - 蛍光標識毎の感度調整の実行ボタンである感度調整実行ボタンを表示部に表示する表示処理ステップと、
入力部を介した前記感度調整実行ボタンの選択により、サンプルとともに複数の蛍光標識が泳動されている電気泳動装置に備えられている、複数の撮像素子が前記蛍光標識による蛍光の波長成分毎の信号を検出することで、前記信号を電気信号に変換した画素データを出力すると、前記撮像素子から出力された前記画素データを前記撮像素子のそれぞれから取得する取得ステップと、
所定数の互いに隣接する前記画素データが有する値の積算値又は代表値を算出し、算出した前記積算値又は前記代表値をビン値とすることで、所定数の互いに隣接する前記画素データをまとめて1つのビンとするビン生成ステップと、
前記蛍光標識に由来する前記ビン値の集合を、それぞれの前記蛍光標識について抽出するビン値抽出ステップと、
抽出された前記ビン値の集合に基づいて、前記蛍光標識それぞれの信号強度を算出する信号強度算出ステップと、
前記蛍光標識それぞれについて前記信号強度のばらつきの度合いを示す評価値である第1の評価値を算出する評価値算出ステップと、
前記第1の評価値が所定の条件を満たしている場合、信号強度のピークに関する値が最も大きい前記蛍光標識について、前記ビン値の集合のうち、最も大きな前記ビン値である最大ビン値を有する前記ビンの大きさを縮小し、前記信号強度のピークに関する値が最も小さい前記蛍光標識について、前記最大ビン値を有する前記ビンの大きさを拡大するビン調整を行う調整ステップと、
を実行することを特徴とする電気泳動データ処理方法。 - 前記評価値が所定の条件を満たさないようになるまで、前記ビン生成ステップ、前記ビン値抽出ステップ、前記信号強度算出ステップ、前記評価値算出ステップ、及び、前記調整ステップが繰り返される
ことを特徴とする請求項7に記載の電気泳動データ処理方法。
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