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JP7660694B2 - 電気泳動データ処理装置、及び、電気泳動データ処理方法 - Google Patents
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電気泳動データ処理装置、及び、電気泳動データ処理方法 Download PDF

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Description

本発明は、電気泳動データ処理装置、及び、電気泳動データ処理方法の技術に関する。
キャピラリ電気泳動装置が知られている。このようなキャピラリ電気泳動装置はDNAに複数の蛍光標識を付与したサンプルをキャピラリの内部で電気泳動し、検出領域に励起光を当て、サンプルが発する蛍光を信号として検出する。
サンプルが発生させる蛍光は波長方向に分光され、波長域毎に光信号を電気信号に変換するデバイスで検出される。このようなデバイスは、例えば、CCD(Charge Coupled Device)イメージセンサや、CMOS(Complementary Metal-Oxide Semiconductor)イメージセンサである。
蛍光信号を取得する際には、イメージセンサの有する複数の受光面(画素に対応)を擬似的に結合して1画素として扱うことで、1画素あたりの受光面積を大きくまたは小さくするビニングが知られている。
このようなビニングに関する技術として、特許文献1~3が開示されている。
特許文献1には、「蛍光信号405が照射されることで信号電荷が発生する複数の受光面を有し、受光面に発生した複数の信号電荷に基づき蛍光信号強度を取得する蛍光検出装置400であって、蛍光検出装置400は、複数の信号電荷を一括で変換することで蛍光信号強度を取得するハードウェアビニングと、信号電荷を一つずつ蛍光信号強度へ変換し、変換された蛍光信号強度を加算することで蛍光信号強度を取得するソフトウェアビニングとの、いずれかを実行することで前記蛍光信号強度を取得する」キャピラリアレイ電気泳動装置および蛍光検出装置ならびに蛍光信号強度取得方法が開示されている(要約参照)。
特許文献2には、「試料Sに励起光を照射する励起光照射系と、測定領域内にある蛍光プローブからの蛍光を検出する蛍光検出系と、検出信号に基づいて光子数を計数する光子計数部35と、光子数測定データに対する解析条件を設定する解析条件設定部51と、蛍光解析を行う測定結果解析部52とを備えて蛍光解析装置1Aを構成する。設定部51は、測定データをビニングするビン幅と、蛍光プローブ1分子に対する基準光子数とを設定し、解析部52は、測定データをビニングし、基準光子数を参照して測定領域内にある蛍光プローブの個数の解析を行う。また、設定部51は、光子数の測定SN比、及びショットノイズ特性による基準SN比のビン幅による変化を用いて、ビン幅を設定する」蛍光解析装置及び解析方法が開示されている(要約参照)。
特許文献3には、「被写体Aの蛍光画像または参照画像を取得する蛍光画像取得部18及び参照画像取得部17と、参照画像に基づく画像で蛍光画像に基づく画像を除算し除算画像を生成する除算画像生成部64と、除算画像に基づく最終蛍光画像を表示する表示部20と、除算画像生成部64による除算画像の生成または表示部20による最終蛍光画像の表示に先立ち参照画像および蛍光画像のうち少なくとも一方ならびに/もしくは除算画像に対して補正処理を施す補正処理部65と、被写体Aの観察条件を決定する観察条件決定部7と、該観察条件決定部7によって決定された観察条件に応じて補正処理部65による補正処理に係るパラメータを設定する補正条件設定部66とを備える蛍光観察装置100を提供する」蛍光観察装置が開示されている(要約参照)。
ビニング時に適用される複数のビニング領域の組み合わせはビニングパターンと呼ばれている。
特開2015-49179号公報 特開2009-192490号公報 特開2013-56001号公報
特許文献1に記載の技術よれば、データ取得速度の向上及び取得するデータサイズの低減を狙うことができる。単にデータサイズの縮小を目的とするならば、ビニングする領域を固定し、等間隔でビニングを行うことで容易に達成できる。加えて、特許文献2及び特許文献3に記載の通り、蛍光信号をビニングする領域を変更することでS/N比の向上を図ることもできる。しかしながら、S/N比の向上を狙ったビニング領域の調整では、蛍光標識の波長特性に応じて各標識の蛍光感度にばらつきが生じる場合がある。
電気泳動装置では複数の蛍光標識由来の蛍光を同時に検出して解析する必要があるため、蛍光感度のばらつきを抑えなければ解析性能を満足することができない。
ばらつきの抑制に当たっては、使用される蛍光標識のセットに最適化したビニングパターンの調整が必要である。しかし、この調整作業には専門性の高い作業者を必要とし、時間的、費用的なコストがかかるという問題を有する。
このような背景に鑑みて本発明がなされたのであり、本発明は、電気泳動装置の分析精度向上を図ることを課題とする。
前記した課題を解決するため、本発明は、サンプルとともに複数の蛍光標識が泳動されている電気泳動装置に備えられている、複数の撮像素子が前記蛍光標識による蛍光の波長成分毎の信号を検出することで、前記信号を電気信号に変換した画素データを出力すると、前記撮像素子から出力された前記画素データを前記撮像素子のそれぞれから取得する取得部と、所定数の互いに隣接する前記画素データが有する値の積算値又は代表値を算出し、算出した前記積算値又は前記代表値をビン値とすることで、所定数の互いに隣接する前記画素データをまとめて1つのビンとするビン生成部と、前記蛍光標識に由来する前記ビン値の集合を、それぞれの前記蛍光標識について抽出するビン値抽出部と、抽出された前記ビン値の集合に基づいて、前記蛍光標識それぞれの信号強度を算出する信号強度算出部と、前記蛍光標識それぞれについて前記信号強度のばらつきの度合いを示す評価値である第1の評価値を算出する第1の評価値算出部と、前記第1の評価値が所定の条件を満たしている場合、信号強度のピークである第1のピークに関する値が最も大きい前記蛍光標識について、前記ビン値の集合のうち、最も大きな前記ビン値である最大ビン値を有する前記ビンの大きさを縮小し、前記第1のピークに関する値が最も小さい前記蛍光標識について、前記最大ビン値を有する前記ビンの大きさを拡大するビン調整を行う調整部と、を有することを特徴とする。
その他の解決手段は実施形態中において適宜記載する。
本発明によれば、電気泳動装置の分析精度向上を図ることができる。
第1実施形態に係る電気泳動システムの構成例を示す図である。 電気泳動データ処理装置のハードウェア構成を示す図である。 本実施形態で用いられるビニングの一例を示す図(その1)である。 本実施形態で用いられるビニングの一例を示す図(その2)である。 ビンと波長との関係の例を示す図である。 信号電荷積算値の例を示す図である。 第1実施形態に係る電気泳動データ処理の一例を示すフローチャートである。 第1実施形態で行われるビニング処理の手順を示すフローチャートである。 第1実施形態で行われる色変換行列算出処理の手順を示すフローチャートである。 信号電荷積算データの例を示す図である。 正規化後の信号電荷積算値の例を示す図である。 第1実施形態で行われる色変換処理の手順を示すフローチャートである。 蛍光色信号データの例を示す図である。 第1実施形態で行われる蛍光色信号評価値算出処理の手順を示すフローチャートである。 信号強度平均値の一例を示す図である。 ビニング領域調整処理の処理手順を示すフローチャートである。 メニュー画面の一例を示す図(その1)である。 ダイアログ画面の一例を示す図である。 メニュー画面の一例を示す図(その1)である。 蛍光感度調整画面の一例を示す図である。 第1実施形態に係る感度調整処理が完了した結果を示す蛍光色信号データの一例を示す図である。 第2実施形態に係る電気泳動システムの構成例を示す図である。 第2実施形態で行われる電気泳動データ処理の一例を示すフローチャートである。 第3実施形態に係る電気泳動システムの構成例を示す図である。 第3実施形態で行われる電気泳動データ処理の一例を示すフローチャートである。 プルアップが発生している蛍光色信号データの例を示す図である。
以下、本発明の実施の形態(「実施形態という」)について図面を参照しながら詳細に説明する。なお、実施形態を説明するためのすべての図において、同一要素には同一符号を付与し、重複する説明は省略する。
<第1実施形態>
まず、図1~図15Dを参照して本発明の第1実施形態について説明する。
[電気泳動システムZ]
図1は、第1実施形態に係る電気泳動システムZの構成例を示す図である。
電気泳動システムZは、電気泳動データ処理装置1及び電気泳動装置2を備える。
(電気泳動装置2)
電気泳動装置2は、生体試料を電気泳動し、測定試料中の蛍光標識に対して励起光を照射し、測定試料から蛍光を発生させ、蛍光信号を検出するものである。つまり、電気泳動装置2は、サンプルとともに複数の蛍光標識が泳動されている電気泳動装置2に備えられているものでる。なお、本実施形態において、電気泳動装置2にて測定対象となる試料は、複数の蛍光標識が付与されたDNA分子である。これらのDNA分子は塩基情報(「ATGC」)や、特徴的な配列構造(例えば、「T」の連続部など)に蛍光標識が付与されている。電気泳動装置2としてキャピラリ電気泳動装置等が用いられる。
そして、電気泳動装置2は、波長分散部201、信号電荷取得部202、信号電荷データ出力部203を備える。
波長分散部201は、例えば回折格子であり、蛍光標識によって発生した蛍光を波長方向に分散する。
信号電荷取得部202は、波長分散部201によって、波長方向に分散された蛍光信号を検出(蛍光検出)し、電気信号に変換する。即ち、波長分散部201によって分散された蛍光標識による蛍光の波長成分の信号を検出する。信号電荷取得部202は、例えば、CCDイメージセンサや、CMOSイメージセンサ(撮像素子)等によって構成される。本実施形態では、信号電荷取得部202は、CCDイメージセンサで構成されているものとする。さらに、信号電荷取得部202による蛍光検出は、電気泳動の時間経過に伴って時系列ごとに任意の回数行われる。即ち、蛍光検出は電気泳動中、所定時間毎に複数回行われる。蛍光検出の1実施を1スキャンとする。
信号電荷データ出力部203は、信号電荷取得部202を構成するCCDイメージセンサ(撮像素子)のそれぞれから出力された画素データ(信号電荷データ)を電気泳動データ処理装置1へ出力する。
(電気泳動データ処理装置1)
電気泳動データ処理装置1は、電気泳動装置2から受け取った時系列ごとの信号電荷データを用いて使用する蛍光標識に最適化されたビニングパターンを出力する。つまり、電気泳動データ処理装置1は、デフォルトで与えられた(予め設定されている)ビニングパターンが最適であるか否かを判定し、最適でなければビニングパターンの修正を行う。また、電気泳動データ処理装置1はビニングパターンが最適であれば、そのビニングパターンを出力する。
そして、電気泳動データ処理装置1は、信号電荷データ取得部101、ビニング処理部102、色変換行列算出処理部103、色変換処理部104、色信号評価処理部105、判定処理部106、ビニング領域調整処理部107、ビニングパターン出力部108、入出力処理部109を備える。
信号電荷データ取得部101(取得部)は、電気泳動装置2が出力した信号電荷データを受け取る。即ち、電気泳動装置2に備えられているCCDイメージセンサ(撮像装置)から出力された画素データである信号電荷データをCCDイメージセンサ(撮像装置)のそれぞれから取得する。
ビニング処理部102(ビン生成部)はビニング処理を行う。この際、ビニング処理部102は取得した信号電荷データをビニングパターン(例えば予め設定されているデフォルトのビニングパターン)に従ってビン400(図3A~図4A等参照)に分け、ビン400毎に信号値を積算し、信号電荷積算データ(ビン値)として出力する。なお、積算の代わりに代表値化が行われてもよい。代表値化については後記する。
なお、ビン400(図3A等参照)については後記するが、所定数の互いに隣接する画素データが有する値(信号値)をまとめて1つのビン400とする。また、ビニングパターンとは、ビン400における画素データのまとめかたに関するパターンである。ビニングパターン、及び、ビニング処理部102が行う処理については後記して説明する。
このように、ビニング処理部102は、所定数の互いに隣接する画素データが有する値の積算値又は代表値を算出し、算出した積算値又は代表値をビン値とすることで、所定数の互いに隣接する画素データをまとめて1つのビンとする
色変換行列算出処理部103(ビン値抽出部)は、ビニング処理部102から出力された信号電荷積算データを基に色変換行列「C」を生成し、出力する。色変換行列算出処理部103が行う処理につては後記して説明する。なお、本実施形態において「色」とは蛍光標識による蛍光色を指すものとする。色変換行列算出処理部103は、色変換行列「C」を算出することで、蛍光標識に由来するF(信号電荷積算データ)を、それぞれの蛍光標識について抽出する。
色変換処理部104(信号強度算出部)は、ビニング処理部102が出力する信号電荷積算データと、色変換行列算出処理部103が出力する色変換行列「C」を基に蛍光標識由来の信号成分を算出する。蛍光標識由来の信号成分には、蛍光標識それぞれの信号強度で構成されている(詳細は後記)。そして、色変換処理部104は算出した蛍光標識由来の信号成分(蛍光標識それぞれの信号強度)を蛍光色信号データとして出力する。このように、色変換処理部104は、抽出されたビン値の集合(信号電荷積算データ)に基づいて、蛍光標識それぞれの信号強度を算出する。色変換処理部104が行う処理については後記する。
色信号評価処理部105は、色変換処理部104が出力した蛍光色信号データを基に蛍光色信号評価値(第1の評価値)を算出する。蛍光色信号評価値とは蛍光標識それぞれの信号強度のばらつきの度合いを示すものである。即ち、色信号評価処理部105は、蛍光色信号評価値が所定の閾値より小さいか否かを判定する。これにより、色信号評価処理部105は蛍光標識それぞれの信号強度のばらつきの度合いが所定の閾値より小さいか否かを判定する。即ち、色信号評価処理部105は蛍光標識それぞれの信号強度のばらつきが抑えられているか否かを判定する。そして、蛍光色信号評価値が所定の閾値未満の場合(所定の条件を満たしている)、蛍光標識それぞれの信号強度のばらつきが抑えられているため、色信号評価処理部105は現在のビニングパターンが最適であると判定する。逆に、蛍光色信号評価値が所定の閾値以上であれば(所定の条件を満たさない)、蛍光標識それぞれの信号強度のばらつきが抑えられていないため、色信号評価処理部105はビニングパターンの修正が必要と判定する。このように、蛍光色信号評価値とは蛍光標識それぞれの信号強度のばらつきの度合いを示すものであり、現在のビニングパターンが最適か否かを判定するための評価値である。
なお、色信号評価処理部105が行う処理については後記して説明する。
判定処理部106は、色信号評価処理部105が算出した蛍光色信号評価値が閾値以上であるか、閾値未満であるかを判定する。これにより判定処理部106は現在のビニングパターンが最適であるか否かを判定する。判定処理部106が行う処理については後記する。
ビニング領域調整処理部107は、判定処理部106によって蛍光色信号評価値が閾値未満、つまり、現在のビニングパターンが最適ではないと判定された場合にビニングパターンの調整を行う。ビニング領域調整処理部107が行う処理については後記する。
ビニングパターン出力部108は、判定処理部106によって蛍光色信号評価値が閾値以上、つまり、現在のビニングパターンが最適であると判定された場合に現在のビニングパターンを外部出力する。
入出力処理部109は、表示装置115(図2参照)に図15A~図15Dで後記する各画面600,610,620を出力する。また、入出力処理部109は、入力装置114(図2参照)を介して入力された情報を受け取る。また、入出力処理部109による指示を契機として各部101~108の処理が開始する。
[ハードウェア構成]
図2は、電気泳動データ処理装置1のハードウェア構成を示す図である。
電気泳動データ処理装置1はメモリ111、CPU(Central Processing Unit)112、HD(Hard Disk)等の記憶装置113を有する。また、電気泳動データ処理装置1は、キーボード、マウス等の入力装置114、ディスプレイ等の表示装置115、通信装置116を有する。通信装置116は、電気泳動装置2からデータを取得等する。
記憶装置113に格納されているプログラムがメモリ111にロードされる。そして、ロードされたプログラムがCPU112によって実行される。これにより、図1に示す各部101~108が具現化する。
なお、図1に示す例では各部101~108が独立しているが、必要に応じて1または複数の構成要件で構成してもよい。例えば、各部101~108は1または複数の中央処理装置(CPU112)で、その処理を行うように構成してもよい。つまり、図1に示す例では、電気泳動データ処理装置1が各部101~108のすべてを有しているが、複数の構成が電気泳動データ処理装置1以外の装置に備えられてもよい。例えば、電気泳動装置2がビニング処理部102を備えていたり、色変換行列算出処理部103が電気泳動データ処理装置1とは別の装置に備えられたりしてもよい
[ビニング]
図3A及び図3Bは、本実施形態で用いられるビニングの一例を示す図である。
図3Aでは、3×6のCCD画素301が示されている。なお、図3Aにおいて、それぞれのCCD画素301の内部に示されている数値は、それぞれのCCD画素301が検出する信号値(画素データが有する値)である。
CCDイメージセンサによって蛍光検出が行われる際、所定数の互いに隣接するCCD画素301をひとまとめのビン400として扱うことで(画素データをまとめて1つのビンとすることで)、1つの画素あたりの受光面積を大きくするビニングと呼ばれる方式が知られている。ビニング時において、CCD画素301のうち結合するビン400の領域は予め決められている。ビニング時に適用される、それぞれのビン400におけるCCD画素301の組み合わせ(まとめかた)をビニングパターンと称する。
図3Aに示す例において、斜線で示されている部分がビン400である。図3Aに示されるように、それぞれのビン400は複数のCCD画素301によって構成されている。
例えば、図3Aに示すように、左側のビン401は3つのCCD画素301によって構成され、中央のビン402は6つのCCD画素301によって構成され、右側のビン403は3つのCCD画素301によって構成されている。
図3Aに示す例のように、それぞれのビン400に含まれるCCD画素301の数が異なっていてもよい。また、図3AのCCD画素301aのようにビン400に含まれないCCD画素301が存在してもよい。
図3Bは、それぞれのビン400における信号電荷積算値を示す図である。
図3Bにおいて、ビン401~403は図3Aに示すビン401~403に相当するビン400である。また、図3Bにおいて、ビン401~403の中に示されている数値はビン400における信号電荷積算値(ビン値)を示す。ビン401~403における信号電荷積算値は、ビン400を構成するCCD画素301が出力する信号値(画素データが有する値)の積算値である。
このようなビン400は、ビニング処理部102によって生成される。つまり、ビニング処理部102は、所定数の互いに隣接するCCD画素301における信号値をまとめて(所定数の互いに隣接する画素データをまとめて)1つのビン400とする。
例えば、図3Bに示すビン401における信号電荷積算値(「30」)は、図3Aに示すビン401を構成するCCD画素301それぞれの信号値(「9」、「11」、「10」)の積算値である。ビン402,403も同様である。このように、信号電荷積算値は、ビン400ごとに前記画素データが有する値(信号値)の積算値である。
このように、CCDイメージセンサ等の撮像素子から出力された、所定数の互いに隣接するCCD画素301(画素データ)が1つのビン400にまとめられる。
[ビン400と波長の関係]
図4Aはビン400と波長との関係を示す図である。適宜、図1を参照する。
前記したように、電気泳動装置200において波長分散された蛍光が信号電荷取得部202を構成するCCD画素301によって検出される。
図4Aにおいて、グラフG1は電気泳動装置200よって波長分散された蛍光の波長スペクトルを示す。なお、グラフG1において横軸が波長を示し、縦軸は蛍光強度を示している。
図4Aに示すように信号電荷取得部202では波長方向にCCD画素301(つまり、CCDイメージセンサ)が配置されている。
つまり、本実施形態において、それぞれのCCD画素301が検出する信号値は波長方向の蛍光強度に該当する。
また、図4Aに示す例では、一律に3つのCCD画素301でビン400が構成されている。ちなみに、それぞれのCCD画素301の中に記載されている数値は、そのCCD画素301が出力した信号値である。図4Aに示すように、複数のCCDイメージセンサ(撮像素子)が蛍光標識による蛍光の波長成分毎の信号を検出することで、信号を電気信号に変換した画素データが出力される。
また、図4Aに示す例では、信号電荷取得部202が500nm~700nmの波長領域を取得可能である場合について示している。そして、1つのビン400が割り当てられる波長領域が10nmとなるよう、CCD画素301が配置されている。すなわち、ビン411には500~510nmの波長が割り当てられ、ビン412には510-520nmの波長が割り当てられ、..、ビン430には690-700nmの波長が割り当てられている。すなわち、500nm~700nmの波長領域が20個のビン400で分割されるビニングパターンの例が示されている。なお、符号500には1~20までのビン番号が示されている。ビン番号は、ビン411~430に対して一意に割り振られる番号である。もちろん、ビニングパターンは、図4Aに示すように、ビン400の数を20個に限定する必要はない。また、信号電荷取得部202によって取得される波長はすべての波長領域(図4Aの例では500~700nm)でなくてもよい。
図4Bは、図4Aに示すビン400における信号電荷積算値(ビン値)の例を示す図である。
図4Bに示されるビン411~430は図4Aに示すビン411~430に相当する。そして、ビン411~430の内部に示されている数値は、ビン411~430のそれぞれにおける信号電荷積算値を示している。そして、図4Bにおいて、ビン411~430それぞれの内部に示されている数値は、図4Aにおいて、ビン411~430それぞれを構成するCCD画素301が出力する信号電荷積算値の総和(積算値)となっている。
[全体処理]
図5は、第1実施形態に係る電気泳動データ処理の一例を示すフローチャートである。
適宜、図1及び図2を参照する。
まず、入出力処理部109が表示装置115に画面を表示する画面表示処理を行う(S0)。ステップS0で表示される画面については、図15A~図15Dで後記する。
入出力処理部109によって処理の開始が指示されると、信号電荷データ取得部101が電気泳動装置2から信号電荷データを取得する(S1)。信号電荷データは電気泳動装置2の信号電荷データ出力部203から出力されたデータ(画素データ)である。具体的には、図3Aや、図4BにおいてCCD画素301に示されている信号値(画素データが有する値)である。つまり、信号電荷データ取得部101(取得部)は、CCDイメージセンサ(撮像素子)から出力されたCCD画素301(画素データ)をCCDイメージセンサ(撮像素子)のそれぞれから取得する。
次に、ビニング処理部102がビニング処理を行う(S2)。ステップS2については後記して説明する。
そして、色変換行列算出処理部103が色変換行列算出処理を行う(S3)。ステップS3については後記して説明する。
続いて、色変換処理部104が色変換処理を行う(S4)。ステップS4については後記して説明する。
さらに、色信号評価処理部105が色信号評価処理を行う(S5)。ステップS5については後記して説明するが、ステップS5において色信号評価処理部105は蛍光色信号評価値を算出する。
そして、判定処理部106が、色信号評価処理部15が算出した蛍光色信号評価値が所定の条件を満たしているか否かを判定する(S6)。ステップS6については後記して説明する。
蛍光色信号評価値が所定の条件を満たしていない場合(S6→No)、ビニング領域調整処理部107がビニング調整処理を行う(S7)。その後、電気泳動データ処理装置1はステップS2へ処理を戻す。ステップS7の処理については後記して説明する。
蛍光色信号評価値が所定の条件を満たしている場合(S6→Yes)、ビニングパターン出力部108がビニングパターンを出力する。
以下、図5に示す処理のそれぞれについて詳細に説明する。
[ビニング処理]
図6は、第1実施形態で行われるビニング処理の手順を示すフローチャートである。図6に示す処理はビニング処理部102(図1参照)が行う処理であり、図5のステップS2の詳細な手順を示している。
ビニング処理部102は、図1で前記したように、信号電荷データをビニング処理して信号電荷積算データを出力する。
なお、これ以降の説明において図1~図4Bを適宜参照するものとする。
初めに、ビニング処理部102は、信号電荷データを記憶装置113(図2参照)に格納されているビニングパターンに従って波長方向に区切ることでビン400の設定を行う(S201)。つまり、ビニング処理部102は、予め設定されているデフォルトのビニングパターンに基づいて、所定数の互いに隣接するCCD画素301をビニングする(画素データを1つのビン400にまとめる)。例えば、図4Aに示すように、ビニング処理部102はデフォルトのビニングパターンに基づいて複数のCCD画素301をビン400としてグループ化する。また、ビニング処理部102で初めて適用されるビニングパターンでは分割領域の大きさを問わない。例えば、CCD画素301を一つずつ分割してもよいし、分割する間隔が一定でなくてもよい。ただし、後記するビニング調整処理でビン400を構成するCCD画素301の数を調整できるよう、デフォルトのビニングパターンが設定されるとよい。
続いて、ビニング処理部102は、ビン400の設定を行うステップS201で区切ったビン400を構成するCCD画素301の信号値をそれぞれ積算又は代表値化する(S202)。代表値化の手法として、平均値、中央値、最大値、最小値等の算出がある。
例えば、平均値が算出される場合、ビニング処理部102が、それぞれのビン400を構成するCCD画素301の信号値について平均値を算出する。また、中央値が算出される場合、ビニング処理部102が、それぞれのビン400を構成するCCD画素301の信号値について中央値を算出する。そして、最大値、最小値が算出される場合、ビニング処理部102が、それぞれのビン400を構成するCCD画素301の信号値の最大値、最小値を算出する。
図3や、図4Aに示す例では、それぞれのビン400を構成するCCD画素301のそれぞれにおける信号値が同じ値となっているが、実際にはばらつきが生じる。このような場合において、ビニング処理部102は、それぞれのビン400を構成するCCD画素301の平均値や、中央値や、最大値や、最小値を算出してもよい。それぞれのビン400において積算するか、代表値化するかはユーザが決定してよい。
なお、ステップS202の処理は、図4Bに示す処理に相当する。ちなみに、図4A及び図4Bに示す例は、ステップS202で積算が行われた例である(図4Aの信号値を図4Bのように積算)。本実施形態では、ステップS202で積算が行われているものとする。
このように、ビニング処理部102は、所定数の互いに隣接するCCD画素301の信号値(画素データが有する値)の積算値又は代表値を算出し、算出した積算値又は代表値をビン値(本実施形態では信号電荷積算値)とすることで、所定数の互いに隣接する画素データをまとめて1つのビンとする。なお、本実施形態において、ビニング処理部102は、ビン400ごとにCCD画素301の信号値(画素データが有する値)の積算値である信号電荷積算値を算出する
その後、ビニング処理部102は、ステップS202で積算(又は代表値化)した信号電荷積算値を信号電荷積算データとして色変換行列算出処理部103及び色変換処理部104へ出力する(S203)。
そして、電気泳動データ処理装置1は図5のステップS3へ処理をリターンする。
[色変換行列算出処理]
図7は、第1実施形態で行われる色変換行列算出処理の手順を示すフローチャートである。図7に示す処理は、図1の色変換行列算出処理部103(ビン値抽出部)が行う処理であり、図5のステップS3の詳細な手順を示している。なお、図7に示す処理の具体例は図8及び図9を参照して後記する。
色変換行列算出処理において、色変換行列算出処理部103は、図1で前記したように、信号電荷積算データから色変換行列「C」を算出する。色変換行列「C」とは、特定の蛍光標識だけで構成されるピークを有する信号電荷積算データから算出されるものである。色変換行列「C」については後記する。
初めに、色変換行列算出処理部103は、信号電荷積算データ内にて蛍光標識特有のピーク(第2のピーク)位置を抽出する(S301)。換言すれば、色変換行列算出処理部103は、信号電荷積算データ内にて蛍光標識特有のピーク(第2のピーク)を抽出する。つまり、色変換行列算出処理部103は、信号電荷積算値の時系列から蛍光標識特有のピーク(蛍光標識に対応したピークである第2のピーク)を抽出する。
次に、色変換行列算出処理部103は、ピークを構成する各CCD分割領域(ビン400)の信号電荷積算値を取得する(S302)。つまり、蛍光標識特有のピーク(第2のピーク)毎に、色変換行列算出処理部103は、蛍光標識特有のピーク(第2のピーク)を構成する信号電荷積算値を抽出する。
続けて、色変換行列算出処理部103は、取得した各波長成分の信号電荷積算値を正規化する(S303)。正規化の手順は後記する。
そして、色変換行列算出処理部103は、すべての蛍光標識についてステップS301~S303の処理を完了したか否かを判定する(S304)。
すべての蛍光標識についてステップS301~S303の処理を完了していない場合(S304→No)、色変換行列算出処理部103はステップS301へ処理を戻す。そして、色変換行列算出処理部103は、ステップS301~S303の処理を行っていない蛍光標識についてステップS301~S303を行う。
一方、すべての蛍光標識についてステップS301~S303の処理が完了している場合(S304→Yes)、色変換行列算出処理部103は正規化した、それぞれの波長成分を蛍光標識数×ビン数の行列として生成する(S305)。
そして、色変換行列算出処理部103は、ステップS305で生成した行列を色変換行列Cとして色変換処理部104に出力する(S306)。
そして、電気泳動データ処理装置1は図5のステップS4へ処理をリターンする。
図8は、信号電荷積算データの例を示す図である。つまり、図8では色変換行列算出処理部103がビニング処理部102から取得した信号電荷積算データの例を示している。
図8において、横軸は電気泳動の時間経過(実際にはスキャン回数(Scan number))を示し、縦軸は信号電荷積算値を示す。つまり、図8に示すように、信号電荷積算データは、信号電荷積算値の時系列のデータである。
また、図8に示すピーク501~504は、それぞれの蛍光標識に対応するピークを示している。なお、本実施形態では図8に示すように4つの蛍光標識が用いられているものとする。4つの蛍光標識を、第1蛍光標識、第2蛍光標識、第3蛍光標識、第4蛍光標識と適宜記載する。第1蛍光標識はピーク501に相当し、第2蛍光標識はピーク502に相当する。同様に、第3蛍光標識はピーク503に相当し、第4蛍光標識はピーク504に相当する。ピーク501~504は、前記した第2のピークに該当する。このように、色変換行列算出処理部103は信号電荷積算値の時系列から蛍光標識に対応したピークであるピーク501~504(第2のピーク)を抽出する。
また、図8においてピーク501~504の中に示されている複数の線は、それぞれのビン400における信号電荷積算値を示している。このように、ピーク501~504は、蛍光標識に由来する信号電荷積算値(ビン値)の集合を、それぞれの蛍光標識について抽出したものである。
例えば、図8で示すように、4つの蛍光標識を含む信号電荷積算データが用いられる場合、色変換行列算出処理部103は蛍光標識のピーク501~504のそれぞれを構成する20個のビン400の信号電荷積算値((第2のピークを構成する信号電荷積算値)を抽出する。つまり、色変換行列算出処理部103はピーク501~504(第2のピーク)毎に、ピーク501~504(第2のピーク)を構成する信号電荷積算値を抽出する。なお、この処理は図7のステップS302に相当する。なお、ピーク501~504を検出することが図7のステップS301である。
その後、色変換行列算出処理部103は、信号電荷積算値の最大値で20個のビン400それぞれの信号電荷積算値を除算することで信号電荷積算値を[0,1]で正規化する。正規化はピーク501~504毎に行われる。なお、この処理は、図7のステップS303に相当する。
色変換行列算出処理部103は、このようなピーク501~504の抽出、正規化を4つの蛍光標識に対して、それぞれ実行する(図7のステップS304)。このようにすることで、色変換行列算出処理部103は、蛍光標識に由来する信号電荷積算値(ビン値)の集合を、それぞれの蛍光標識について抽出する。
ピークの抽出と正規化とを4つの蛍光標識に対して、それぞれ実行した結果を図9に示す。
図9では、横軸を波長成分(ビン番号)、縦軸を正規化後の信号電荷積算値としてプロットしたスペクトル511~514が示されている。スペクトル511~514は、4つの蛍光標識にそれぞれ対応している。色変換行列算出処理部103は、図9で示すスペクトル511~514を、蛍光標識数(図9に示す例では「4」)と波長方向のビン数(本実施形態では「20」)の4×20成分を有する行列を色変換行列「C」(変換行列)として生成(算出)する(図7にステップS305,S306に相当)。色変換行列算出処理部103は、生成した色変換行列「C」を記憶部に格納する。つまり、色変換行列「C」は抽出した個々のピーク501~504(第2のピーク)を行の成分、ビン400を列の成分とし、個々の成分の値として信号電荷積算値を有する行列である。なお、本実施形態では、「C」のように鍵括弧で示された大文字のアルファベットは行列を示すものとする(ただし、計算式では鍵括弧を外すものとする)。スペクトル511~514のそれぞれは、蛍光標識に由来する信号電荷積算値(ビン値)の集合を、それぞれの蛍光標識について抽出したものに相当する。
[色変換処理]
次に、色変換処理部104(信号強度算出部)による色変換処理について説明する。
色変換処理部104は、図7に示す処理で演算した色変換行列「C」を用いて、信号電荷積算データをサンプルに含まれる各蛍光標識由来の蛍光色信号データに変換する。
具体的には、色変換処理部104は以下の手法で蛍光色信号データを生成する。
また、信号電荷積算行列を「F」(スキャン数×ビン数の行列)とする。信号電荷積算行列「F」は、図8に示す信号電荷積算データをスキャン数×ビン数の行列としたものである。つまり、信号電荷積算行列「F」は、信号電荷積算値の時系列を、スキャン回数を行の成分、ビン400を列の成分とし、個々の成分の値として前記信号電荷積算値を有する行列である。
そして、色変換行列を「C」(蛍光標識数×ビン数)で表される行列(抽出されたビン値の集合)、これから生成される蛍光色信号データを「P」(スキャン数×色数)で表される行列とする。そして、以下の式(1)及び式(2)が成り立つものとする。色変換処理部104は、式(2)に示すように色変換行列「C」(変換行列)の逆行列を演算し、演算した色変換行列「C」の逆行列を「F」に右から乗算することで、それぞれの蛍光標識由来の信号成分「P」を算出する。
F=PC ・・・ (1)
FC-1=PCC-1=P ・・・ (2)
ただし、色変換行列「C」及び信号電荷積算行列「F」が、それぞれの転置行列で定義されている場合、色変換行列「C」の逆行列を「F」に左から乗算することで蛍光標識由来の信号成分「P」が算出される。
このような演算によって算出された蛍光標識由来の信号成分「P」は、蛍光標識それぞれの信号強度の時系列を、その成分として有している。つまり、色変換処理部104は、式(2)の演算を行うことにより、蛍光標識それぞれの信号強度の時系列を取得する。このようにすることで、色変換処理部104は、信号データ積算データ(抽出されたビン値の集合)に基づいて、蛍光標識それぞれの信号強度を算出する
(フローチャート)
次に、図10を参照して色変換処理部104が行う色変換処理について説明する。
図10は、第1実施形態で行われる色変換処理の手順を示すフローチャートである。なお、図10に示す処理は図5のステップS4の詳細な手順を示している。
初めに、色変換処理部104は色変換行列「C」の逆行列(式(2)の「C-1」)を算出する(S401)。行列の要素数の関係上、逆行列ではなく擬似逆行列が用いられてもよい。
続いて、色変換行列は、蛍光標識由来の信号成分「P」(信号電荷積算データ)に右から色変換行列「C」の逆行列を乗算する(S402)。この処理は前記した式(2)に相当する。
その後、色変換処理部104は、ステップS402において算出されたデータ(式(2)の蛍光標識由来の信号成分「P」)を蛍光色信号データとして色信号評価処理部105に出力する(S403)。
そして、電気泳動データ処理装置1は図5のステップS5へ処理をリターンする。
(蛍光色信号データ)
図11は、蛍光色信号データの例を示す図である。
図11では横軸が電気泳動の時間経過(実際にはスキャン回数(Scan Number))を示しており、縦軸が信号強度を示している。図11は、式(2)で示される蛍光標識由来の信号成分の行列「P」をグラフとして示したものである。図11に示す信号強度では、図8と異なり、ビン400の情報が消え、時間と信号強度との関係となっている。なお、本実施形態では、CCD画素301の情報を「信号値」、ビン400の情報を「信号電荷積算値」、図11に示す蛍光色信号データの情報を「信号強度」と称する。
図11に示すように、蛍光標識由来の信号成分の行列「P」は、それぞれの蛍光標識由来の信号強度である信号強度521~524に関する情報を有している。
[蛍光色信号評価値算出処理]
次に、図12及び図13を参照して、色信号評価処理部105による蛍光色信号評価値算出処理について説明する。
色信号評価処理部105は、図1で前記したように、蛍光色信号データから蛍光色信号評価値を算出する。
(フローチャート)
図12は、第1実施形態で行われる蛍光色信号評価値算出処理の手順を示すフローチャートである。なお、図12は図5のステップS5の詳細な手順を示している。
初めに、色信号評価処理部105は、蛍光色信号データから、それぞれの蛍光標識由来のピーク強度を抽出する(S501)。前記したように、蛍光色信号データとは、式(2)によって算出される蛍光標識由来の信号成分の行列「P」であり、図11で示されるものである。ピーク強度とは、それぞれの蛍光標識由来の信号強度におけるピーク値である。色信号評価処理部105は、ピーク強度を抽出する際、それぞれの蛍光標識においてピークを形成する蛍光標識の分子量が同等もしくはより同等に近くなることが予めわかっているサンプルを用いて取得された蛍光色信号データを用いる。つまり、予めピークを形成する蛍光標識の分子量が同等もしくはより同等に近くなることがわかっているサンプルを用いて、ピークが推定され、そのピーク強度が抽出される。
次に、色信号評価処理部105は、それぞれの蛍光標識由来の信号強度521~524(図11参照)の信号強度平均値(信号強度のピークである第1のピークに関する値、信号強度のピークに関する値)を算出する(S502)。例えば、第1蛍光標識に由来する信号に見られるピークの信号強度平均値をINT(P1)とする。同様に、第2蛍光標識、第3蛍光標識、第4蛍光標識に該当するINT(P2)、INT(P3)、INT(P4)とする。例えば、色信号評価処理部105は、図11の信号強度521の平均値をINT(P1)として算出する。同様に、色信号評価処理部105は、図11の信号522~524の平均値をINT(P2)~INT(P4)として算出する。
続けて、色信号評価処理部105は、それぞれのINT(P1)~INT(P4)の中で最も大きな値をINT(Max)、最も小さな値をINT(Min)として抽出する。
そして、色信号評価処理部105は、抽出した特徴を用いて、以下の式(3)で示される信号強度比Xを算出する(S503)。
X=INT(Min)/INT(Max) ・・・ (3)
その後、色信号評価処理部105は、ステップS503で算出した信号強度比Xを蛍光色信号評価値(評価値、第1の評価値)として出力する(S504)。このようにして算出された蛍光色信号評価値は、図11に示す信号強度521~524のばらつきの度合いを示す評価値である。
そして、電気泳動データ処理装置1は図5のステップS6の処理へリターンする。
例えば、図11で示す蛍光色信号データを基に算出した信号強度平均値を図13に示す。
図13は、信号強度平均値の一例を示す図である。
図13は、図12のステップS502の処理結果を示している。
図13に示す信号強度平均値531は第1蛍光標識に由来する信号強度平均値(INT(P1)=「10300」)である。信号強度平均値532は第2蛍光標識に由来する信号強度平均値(INT(P2)=「15500」)である。そして、信号強度平均値533は第3蛍光標識に由来する信号強度平均値(INT(P3)=「6000」)である。更に、信号強度平均値534は第4蛍光標識に由来する信号強度平均値(INT(P4)=「9700」)である。このような信号強度平均値531~534を算出する処理は図12のステップS502に相当する。
また、図13に示す信号強度平均値によればINT(Max)はINT(P2)(信号強度平均値522)=15500となり、INT(Min)はINT(P3)(信号強度平均値523)=6000となる。従って、信号強度比Xは6000/15500=0.39となる。この処理は図12のステップS503に相当する。そして、前記したように、色信号評価処理部105は、算出した信号強度比Xを蛍光色信号評価値として出力する(図12のステップS504)。
[判定処理]
次に、図5のステップS6における判定処理部106による判定処理の説明を行う。
判定処理部106は、蛍光色信号評価値を基に、次処理をビニング領域調整処理(図5のステップS7)に遷移させるか、ビニングパターン出力処理(図5のステップS8)に遷移するかを判定する。蛍光色信号評価値(信号強度比X)が所定の閾値未満になる場合(S6→No:所定の条件を満たしている)、現在のビニングパターンは最適ではないと判定され、次処理はビニング領域調整処理(図5のステップS7)となる。一方、蛍光色信号評価値が閾値以上の場合(S6→Yes:所定の条件を満たさない)、現在のビニングパターンは最適であると判定され、次処理はビニングパターン出力処理(図5のステップS8)となる。
[ビニング領域調整処理]
次に、図14を参照して、ビニング領域調整処理部107が行うビニング領域調整処理について説明する。
ビニング領域調整処理部107は、波長領域を区切るためのビニングパターンを調整する。ビニング領域調整処理部107では、蛍光色信号評価値の算出時に用いた信号強度平均値(図13)、図4Aに示す蛍光波長分布とビン400との関係、図9に示す正規化後の信号電荷積算値等が使用される。
(フローチャート)
図14は、ビニング領域調整処理の処理手順を示すフローチャートである。なお、図14に示す処理は図5のステップS7の詳細な手順を示している。
初めに、ビニング領域調整処理部107は、蛍光色信号データの信号強度平均値(第1のピークに関する値、信号強度のピークに関する値)が最小となる(最も小さい)蛍光標識を抽出する(S701)。図13に示す蛍光色信号データの例では、信号強度平均値533(INT(P3))、即ち、第3蛍光標識が抽出される。
次に、ビニング領域調整処理部107は、ステップS701で抽出した蛍光標識が強くなる波長に該当する領域が大きくなるようにビン幅(ビン400の大きさ)を拡大するビン幅拡大処理を行う(S702)。即ち、ビニング領域調整処理部107は、S701で抽出した蛍光標識についてピークの信号電荷積算値が大きくなるよう、ビン幅の拡大を行う。
例えば、ビニング領域調整処理部107は、図9における第3蛍光標識(スペクトル513)のピークトップ部分(ビン値の集合のうち、最も大きな前記ビン値である最大ビン値)に相当するビン400の幅を10~80%拡大する。さらに、ビニング領域調整処理部107は、拡大したビン400に隣接するビン400の幅をあわせて縮小する。このような処理が行われることで、ビン400の幅拡大による他のビン400への影響を抑えることができる。
つまり、図9において、第3蛍光標識に該当する正規化後のスペクトル513はビン番号「7」がピークとなっている。従って、ステップS702においてビニング領域調整処理部107はビン番号「7」のビン400のビン幅を拡大する。なお、このようなビン幅の拡大は、他の蛍光標識にも適用される。
続いて、ビニング領域調整処理部107は、蛍光色信号データの信号強度平均値(第1のピークに関する値)が最大となる(最も大きい)蛍光標識を抽出する(S703)。図13に示す蛍光色信号データの例では、信号強度平均値532(INT(P2))、即ち、第2蛍光標識が抽出される。
そして、ビニング領域調整処理部107は、抽出した蛍光標識が強くなる波長に該当する領域が小さくなるようにビン幅(ビン400の大きさ)を縮小するビン幅縮小処理を行う(S704)。即ち、ビニング領域調整処理部107は、ステップS703で抽出した蛍光標識についてピークの信号電荷積算値が小さくなるよう、ビン幅の縮小を行う。
例えば、ビニング領域調整処理部107は、図9における第2蛍光標識(スペクトル512)のピークトップ部分(最大ビン値)に相当するビン番号を10~80%縮小する。さらに、ビニング領域調整処理部107は、縮小したビン400に隣接するビン400の幅を拡大する。このような処理が行われることで、ビン400の幅拡大による他のビン400への影響を抑えることができる。
図9に示す例において、第2蛍光標識に該当する正規化後のスペクトル512はビン番号「5」がピークとなっている。従って、ステップS704においてビニング領域調整処理部107はビン番号「5」のビン400のビン幅を縮小する。なお、このようなビン幅の縮小は、他の蛍光標識にも適用される。
なお、ビニング領域調整処理部107は、ステップS704において、抽出した蛍光標識が強くなる波長に該当する領域を一部取得しないようビン幅を縮小してもよい。つまり、ビン400の幅の縮小とはビン400の削除を含んでもよい。例えば、ピークトップ部に属するビン400は残し、ピークトップ部に隣接するビン400が削除されるようにしてもよい。このような処理が行われることで、ビン400の幅拡大による他のビン400への影響を抑えることができる。
そして、ビニング領域調整処理部107は、調整したビン幅を反映したビニングパターンを第2のビニングパターンとして生成する。そして、ビニング領域調整処理部107は、ビン幅を調整する前のビニングパターンを第1のビニングパターンとすると、第1のビニングパターンを第2のビニングパターンで更新する(ビニングパターンの更新:S705)。
電気泳動データ処理装置1は更新されたビニングパターン(第2のビニングパターン)を用いて、図5のステップS2~S6の処理を繰り返し実行する。繰り返しは、蛍光色信号評価値が所定の閾値以上と判定処理部106によって判定されるまで続けられる。最終的に、判定処理部106によって蛍光色信号評価値が所定の閾値以上とされると、ビニングパターン出力部108が最終的なビニングパターンを外部出力する(図5のステップS8)。
[操作画面]
以下、図2を適宜参照しつつ、第1実施形態で表示される画面について説明する。なお、以下の図15A~図15Dに示される画面600,610,620は図2のステップS0で表示される画面である。
図15Aは、メニュー画面600の一例を示す図である。
図15Aに示すように、メニュー画面600には解析実行ボタン601(電気泳動装置による電気泳動の実行ボタンである電気泳動実行ボタン)、解析サンプル設定ボタン602、蛍光感度調整ボタン603(蛍光標識毎の感度調整の実行ボタンである感度調整実行ボタン)、メンテナンスボタン604を有する。
入力装置114を介して、解析実行ボタン601が選択入力されると電気泳動によるサンプルの解析が開始される。
解析サンプル設定ボタン602は、サンプルの設定を行うためのボタンである。
また、入力装置114を介して、解析実行ボタン601とは別に表示されている蛍光感度調整ボタン603が選択入力されると、ビニング処理部102~ビニング領域調整処理部107による処理が開始される。
そして、メンテナンスボタン604は電気泳動装置2のメンテナンスを行う際に選択入力されるボタンである。
図15Aでは、蛍光感度調整が未完の状態で解析実行ボタン601が入力装置114(図2参照)によって選択入力された場合をマウスカーソルMで表現している。、図11のように各蛍光標識の強度がばらついた蛍光色信号データが取得される。蛍光感度調整が未完の状態とは蛍光感度調整ボタン603が選択入力されておらず、ビニング処理部102~ビニング領域調整処理部107による処理が開始されていない状態(ビン生成部、信号強度算出部、及び、調整部による処理が行われる前)である。
また、蛍光感度調整が未完の状態で入力装置114を介して解析実行ボタン601が選択入力されると、図15Bに示す、注意を促し、蛍光感度調整を促すダイアログ画面610(ビン生成部、信号強度算出部、及び、調整部による処理を促す表示)が表示される。
そして、図15Bに示すように、ダイアログ画面610にはYESボタン611、NOボタン612が表示されている。
ダイアログ画面610でYESボタン611が入力装置114を介して選択入力されると、電気泳動によるサンプルの解析が実行される。
また、ダイアログ画面610でNOボタン612が入力装置114を介して(図15BではマウスカーソルMで表現)選択入力されると、図15Aに示すメニュー画面600へ戻る。
図15Cは、蛍光感度調整ボタン603が入力装置114を介して(図15CではマウスカーソルMで表現)選択されている状態を示すメニュー画面600を示す図である。
なお、なお、図15Cに示すメニュー画面600の構成は図15Aと同様であるため、図15Cにおいて図15Aと同様の符号を付し、説明を省略する。
図15Cに示すように、蛍光感度調整ボタン603が選択入力されると(入力部を介した感度調整実行ボタンの選択)、図15Dに示す蛍光感度調整画面620に画面遷移する。
蛍光感度調整画面620には、サンプル内容入力窓621及びセット確認ボタン622が表示されている。サンプル内容入力窓621には、ユーザが入力装置114を介して調整用サンプルの種類を入力、又は、プルダウンメニュー(不図示)によって選択する。調整用サンプルとは、複数の蛍光標識が付与されたDNA分子である。調整用サンプルを電気泳動装置2にセットすると、ユーザは入力装置114を介して、セットした調整用サンプルのサンプル内容入力窓621に対応付けられているセット確認ボタン622を選択入力する。
このようにして、蛍光感度調整に必要なサンプルが電気泳動装置2にセットされた後、ユーザが開始ボタン623を選択入力することで、セットされた調整用サンプルを用いた図5に示す処理が開始される。このように、入力装置114(入力部)を介した蛍光感度調整ボタン603(感度調整実行ボタン)の選択により、図5のステップS1以下の処理が開始される。なお、図15Dでは、ユーザによって開始ボタン623を選択入力されていることをマウスカーソルMで表現している。
なお、図15Dに示すように複数の調整用サンプルがセット可能である。
図15A~図15Dに示す各画面610,610,620は入出力処理部109(図1参照)によって表示装置115(図2参照)に表示される。また、入力装置114(図2参照)を介して入力された情報を入出力処理部109が取得する。即ち、図15Dに示す開始ボタン623の選択入力による感度調整開始指示を入出力処理部109が取得することで(入力部を介した感度調整実行ボタンの選択により)、入出力処理部109は信号電荷データ取得部101(図1参照)に処理開始を指示する。
一般的な電気泳動システムZでは、図15Aや、図15Cに示すような蛍光感度調整ボタン603がメニュー画面600に表示されることがない。また、一般的な電気泳動システムZでは、図15Bに示すダイアログ画面610や、図15Dに示す蛍光感度調整画面620が表示されることがない。また、図15A~図15Cに示す画面600,610,620が表示されることにより、ユーザは容易に図5に示す処理を行うことができる。
[蛍光色信号データ]
図16は、本実施形態に係る感度調整処理が完了した結果を示す蛍光色信号データの一例を示す図である。
図16は、蛍光感度調整が完了した状態で図15A及び図15Cに示す解析実行ボタン601が選択入力された場合において最終的に表示装置115に表示される蛍光色信号データである。
図16における横軸及び縦軸は図11と同様であるため、説明を省略する。
図16に示す信号強度541~544は、図11に示す信号強度521~524に対応する蛍光標識の信号強度を示している。
図16では、図11に示す信号強度521~524と比較して、それぞれの信号強度541~544が、ほぼ同じ強度となっている。
特許文献1に記載の技術のように、等間隔でビニングすればデータ量の削減が可能である。しかし、蛍光標識の波長特性が異なるために、各蛍光標識の濃度比率が同じであったとしても蛍光色分離信号の強度にばらつきが生じる。このばらつきが大きいと検出できる蛍光標識の濃度レンジが狭くなる。そのため、適切なビニングパターンを調整する必要があるが、これまでは、適切なビニングパターンの調整が手作業で行われている。
第1実施形態によれば、CCD画素301の信号値を基に、電気泳動データ処理装置1が信号強度のばらつきを抑制するために最適なビニングパターンを検索し、出力する。これによって、ユーザの負担を軽減しつつ、ばらつきが抑えられた信号強度を確実に取得することができる。
つまり、第1実施形態に係る電気泳動システムZによって、図16のように、それぞれの蛍光標識の信号強度のばらつきが抑えられた蛍光色信号データを取得することができる。
また、図5に示すように、ステップS6で「Yes」が判定されるまで、ステップS2~S7が繰り返される。このようにすることで、デフォルトのビニングパターンがどのようなものであっても、最終的に信号強度のばらつきの抑制に最適なビニングパターンを得ることができる。
このように、本実施形態によれば、使用される蛍光標識のセットに対して正確かつ可及的速やかに有効なビニングパターンを算出することが可能となり、蛍光標識の感度ばらつきを抑制することができる。
特許文献2,3に記載の技術のように、S/N比を改善するようにビン400の調整が行われても、蛍光標識の信号強度のばらつきが生じる場合がある。蛍光標識の信号強度のばらつきが生じると、データ分析の結果にもばらつきが生じるため、好ましくない。本実施形態では、S/N比の向上よりも蛍光標識の信号強度のばらつきを抑えることを優先している。このようにすることで、データ分析の結果のばらつきを抑えることができ、単にS/N比の向上を図るよりも、精度の高いデータ分析を行うことができる。
<第2実施形態>
次に、図17及び図18を参照して、本発明の第2実施形態を説明する。
[システム構成]
図17は、第2実施形態に係る電気泳動システムZaの構成例を示す図である。
図17において、図1と同様の構成については同一の符号を付して説明を省略する。
図17において、図1と異なる点は電気泳動データ処理装置1aに色変換行列評価処理部121が追加されている点である。色変換行列評価処理部121が行う処理については後記する。なお、色変換行列評価処理部121は図2に示す記憶装置113に格納されているプログラムがメモリ111にロードされ、CPU112によって実行されることで具現化する。
[全体処理]
図18は、第2実施形態で行われる電気泳動データ処理の一例を示すフローチャートである。
図18において図5と同様の処理については同一の符号を付して説明を省略する。
図18に示す処理が図5と異なる点はステップS5の後に色変換行列評価処理(S5A)が加わっている点である。ステップS5Aについては後記して説明する。また、ステップS6A,S7Aについては後記して説明する。
[色変換行列評価処理]
図18のステップS5A(色変換行列評価処理)について説明する。
色変換行列評価処理部121(第2の評価値算出部)は色変換行列算出処理部103が算出する色変換行列「C」から色変換行列評価値(第2の評価値)を算出する。色変換行列評価式値として、例えば、色変換行列「C」の条件数を用いることができる。色変換行列を「C」とした場合、色変換行列「C」の条件数k(C)、即ち、色変換行列評価値は色変換行列評価式である以下の式(11)から算出される値である。もちろん色変換行列評価値には、式(4)に示す条件数以外の指標が用いられてもよい。なお、||C||はCの2乗ノルム値を示している。このような色変換行列評価値は、式(2)における蛍光標識由来の信号成分「P」(蛍光標識それぞれの信号強度)を算出する際の計算精度を示している。このように、色変換行列評価処理部121は、色変換行列を「C」(変換行列)を基に、蛍光標識由来の信号成分「P」(蛍光標識それぞれの信号強度)を算出する際の計算精度を示す色変換行列評価値(第2の評価値)を算出する。
k(C)=||C-1||・||C|| ・・・ (11)
そして、判定処理部106は、図18のステップS6Aで、蛍光色信号評価値及び色変換行列評価値を基にして、次処理をビニング領域調整処理(図18のステップS7A)、及び、ビニングパターン出力処理(図18のステップS8)のどちらに遷移するかを判定する。図18のステップS6において、蛍光色信号評価値及び色変換行列評価値のいずれか一方が所定の基準を満たさない場合(図18のS6A→No;第1の評価値及び第2の評価値が所定の条件を満たしている場合)、次処理はビニング調整処理(図18のステップS7A)にとなる。また、蛍光色信号評価値及び色変換行列評価値の双方が所定の基準を満たす場合(図18のS6A→Yes)、次処理はビニングパターン出力部108による処理(図18のステップS8)になる。所定の基準は、例えば、所定の閾値以下となることである。
図18のステップS7Aでは、ビニング領域調整処理部107は、図5のステップS7で行われる処理(ビン調整)に加え、計算精度を現在の計算精度より高める処理を行う。計算精度を高める処理とは、現在において単精度による計算が行われている場合、倍精度の計算に変更する等である。
なお、第2実施形態では、図18のステップS6Aで蛍光色信号評価値と、色変換行列評価値とが同時に判定されているが、2段階に分けて判定されてもよい。即ち、ステップS6で蛍光色信号評価値が所定の閾値以上の場合(S6A→Yes)、判定処理部106はプルアップ評価値が所定の閾値以上であるか否かを判定してもよい。そして、色変換行列評価値が所定の閾値未満の場合、ビニング領域調整部107(調整部)は計算精度を現在の計算精度より高める処理を行う。その後、電気泳動データ処理装置1はステップS2へ処理を戻す。
一方、色変換行列評価値が所定の閾値以上の場合、ステップS8が行われる。
第2実施形態によれば、計算精度の低下を抑制することができる。
<第3実施形態>
続いて、図19~図21を参照して、本発明の第3実施形態について説明する。
[システム構成]
図19は、第3実施形態に係る電気泳動システムZbの構成例を示す図である。
図19において、図1と同様の構成については同一の符号を付して、説明を省略する。
図19に示す電気泳動システムZbにおいて、図1に示す電気泳動システムZと異なる点は、電気泳動データ処理装置1bがプルアップ評価処理部131を有している点である。プルアップ評価処理部131が行う処理については後記する。なお、プルアップ評価処理部131は図2に示す記憶装置113に格納されているプログラムがメモリ111にロードされ、CPU112によって実行されることで具現化する。
[全体処理]
図20は、第3実施形態で行われる電気泳動データ処理の一例を示すフローチャートである。
図20において図5と同様の処理については同一の符号を付して説明を省略する。
図20に示す処理が図5と異なる点はステップS5の後にプルアップ評価処理(S5B)が加わっている点である。ステップS5Bについては後記して説明する。また、ステップS6B,S7Bについては後記して説明する。
[プルアップ評価処理]
図20のステップS5B(プルアップ評価処理)について説明する。
プルアップ評価処理部131は色変換処理部104によって生成された蛍光色信号データからプルアップ評価値(第3の評価値)を算出する。蛍光色信号データでは色変換処理によって特定の蛍光標識の信号強度に他の蛍光標識の信号強度が重複する場合がある。主となる蛍光標識の信号強度をINT(Main)とする。また、重複した他の(従の)蛍光標識の信号強度をINT(Sub)とする。この場合、プルアップ評価値(Pullup)は以下の式(21)で示される。
Pullup=INT(Sub)/INT(Main) ・・・ (5)
[蛍光色信号データ]
図21は、プルアップが発生している蛍光色信号データの例を示す図である。
図21に示す横軸及び縦軸は図11に示す横軸及び縦軸と同様であるため、説明を省略する。
また、図21において信号強度541~544は、図11に示す信号強度521~524に相当する信号強度である。ちなみに、図21に示す図では、メインの信号強度541~544は、既にばらつきが抑えられている状態である。
図21では、第2蛍光標識の信号強度(信号強度542:第1の蛍光標識における信号強度)に第1蛍光標識の信号強度541a(第2の蛍光標識における信号強度)が重複している。なお、第2蛍光標識の信号強度平均値はINT(Main)=10000である。また、第1蛍光標識の信号強度平均値は、INT(Sub)=2000である。この場合、式(5)によって算出されるプルアップ評価値は0.2と算出される。なお、プルアップ評価処理部131は、重複している信号強度のうち、大きい方をメインと判定し、小さい方をサブと判定する。このように、プルアップ評価値はメインとなる信号強度(第1の蛍光標識)と、サブとなる信号強度(第1の蛍光標識)との比である。
判定処理部106は、図20のステップS6Bにおいて、蛍光色信号評価値及びプルアップ評価値を基にして判定を行う。判定とは、次処理をビニング領域調整処理(図20のステップSB7)に遷移するか、ビニングパターン出力処理(図20のステップS8)に遷移するかの判定である。判定処理部106は、蛍光色信号評価値及びプルアップ評価値のいずれか一方が所定の基準を満たさない場合(図20のS6B→No:所定の条件を満たしている場合)、次処理はビニング調整処理(図20のステップS7B)になる。蛍光色信号評価値及びプルアップ評価値の双方が所定の基準を満たす場合(図20のS6B→Yes)、次処理はビニングパターン出力部108による処理(図20のステップS8)になる。所定の基準とは、例えば、所定の閾値以下となることである。
図20のステップS7Bでは、ビニング領域調整処理部107は、図5のステップS7で行われる処理(ビン調整)に加え、プルアップが生じているメインの蛍光標識(第1の蛍光標識)におけるピークの信号電荷積算値が小さくなるよう、ビン幅(ビン400の大きさ)を縮小する。
なお、第3実施形態では、図20のステップS6Bで蛍光色信号評価値と、プルアップ評価値とが同時に判定されているが、2段階に分けて判定されてもよい。即ち、ステップS6Bで蛍光色信号評価値が所定の閾値以上の場合(S6B→Yes)、判定処理部106はプルアップ評価値が所定の閾値以上であるか否かを判定してもよい。そして、プルアップ評価値が所定の閾値未満の場合、ビニング領域調整処理部107はプルアップが生じているメインの蛍光標識における信号強度のピーク値近傍のビン400を縮小する。また、ビニング領域調整処理部107は縮小したビン400に隣接するビン400を拡大する。その後、電気泳動データ処理装置1はステップS2へ処理が戻す。
一方、プルアップ評価値が所定の閾値以上の場合、ステップS8が行われる。
第3実施形態によれば、プルアップの影響を抑制することができる。
また、電気泳動データ処理装置1が、図17に示す色変換行列評価処理部121と図19に示すプルアップ評価処理部131との双方を有してもよい。
このような構成の場合、判定処理部106による判定処理(図5のステップS6に相当)において、蛍光色信号評価値、色変換行列評価値及びプルアップ評価値のうち、いずれか1つが所定の基準を満たしていない場合(図5のS6→Noに相当)、次処理はビニング調整処理(図5のステップS7に相当)に遷移する。また、蛍光色信号評価値、色変換行列評価値及びプルアップ評価値のすべてにおいて所定の基準を満たしている場合(図5のS6→Yesに相当)、次処理はビニングパターン出力(図5のステップS8に相当)に遷移する。
本発明は前記した実施形態に限定されるものではなく、様々な変形例が含まれる。例えば、前記した実施形態は本発明を分かりやすく説明するために詳細に説明したものであり、必ずしも説明したすべての構成を有するものに限定されるものではない。また、ある実施形態の構成の一部を他の実施形態の構成に置き換えることが可能であり、ある実施形態の構成に他の実施形態の構成を加えることも可能である。また、各実施形態の構成の一部について、他の構成の追加・削除・置換をすることが可能である。
また、前記した各構成、機能、各部101~108,121,131、記憶装置113等は、それらの一部又はすべてを、例えば集積回路で設計すること等によりハードウェアで実現してもよい。また、図2に示すように、前記した各構成、機能等は、CPU112等のプロセッサがそれぞれの機能を実現するプログラムを解釈し、実行することによりソフトウェアで実現してもよい。各機能を実現するプログラム、テーブル、ファイル等の情報は、HD(Hard Disk)に格納すること以外に、メモリや、SSD(Solid State Drive)等の記録装置、又は、IC(Integrated Circuit)カードや、SD(Secure Digital)カード、DVD(Digital Versatile Disc)等の記録媒体に格納することができる。
また、各実施形態において、制御線や情報線は説明上必要と考えられるものを示しており、製品上必ずしもすべての制御線や情報線を示しているとは限らない。実際には、ほとんどすべての構成が相互に接続されていると考えてよい。
1,1a,1b 電気泳動データ処理装置
2 電気泳動装置
101 信号電荷データ取得部(取得部)
102 ビニング処理部(ビン生成部)
103 色変換行列算出処理部(ビン値抽出部)
104 色変換処理部(信号強度算出部)
105 色信号評価処理部(第1の評価値算出部)
106 判定処理部
107 ビニング領域調整処理部(調整部)
108 ビニングパターン出力部
109 入出力処理部(表示処理部)
113 記憶装置
114 入力装置(入力部)
115 表示装置(表示部)
121 色変換行列評価処理部(第2の評価値算出部)
131 プルアップ評価処理部(第3の評価値算出部)
201 波長分散部
202 信号電荷取得部(撮像素子)
203 信号電荷データ出力部
301 CCD画素
400,401~403,411~430 ビン
501~504 ピーク(第2のピーク)
511~514 スペクトル(第1のピークを含む)
521~524,541~544,541a 信号強度
531~534 信号強度平均値(第1のピークに関する値)
600 メニュー画面
601 解析実行ボタン(電気泳動実行ボタン)
602 解析サンプル設定ボタン
603 蛍光感度調整ボタン
604 メンテナンスボタン
610 ダイアログ画面(ビン生成部、信号強度算出部、及び、調整部による処理を促す表示)
620 蛍光感度調整画面
621 サンプル内容入力窓
622 セット確認ボタン
623 開始ボタン
Z,Za,Zb 電気泳動システム
S0 画面表示処理(表示処理ステップ)
S1 信号電荷データの取得(取得ステップ)
S2 ビニング処理(ビン生成ステップ)
S3 色変換行列算出処理(ビン値抽出ステップ)
S4 色変換処理(信号強度算出ステップ)
S5 色信号評価処理(評価値算出ステップ)
S7,S7A,S7B ビニング調整処理(調整ステップ)

Claims (8)

  1. サンプルとともに複数の蛍光標識が泳動されている電気泳動装置に備えられている、複数の撮像素子が前記蛍光標識による蛍光の波長成分毎の信号を検出することで、前記信号を電気信号に変換した画素データを出力すると、前記撮像素子から出力された前記画素データを前記撮像素子のそれぞれから取得する取得部と、
    所定数の互いに隣接する前記画素データが有する値の積算値又は代表値を算出し、算出した前記積算値又は前記代表値をビン値とすることで、所定数の互いに隣接する前記画素データをまとめて1つのビンとするビン生成部と、
    前記蛍光標識に由来する前記ビン値の集合を、それぞれの前記蛍光標識について抽出するビン値抽出部と、
    抽出された前記ビン値の集合に基づいて、前記蛍光標識それぞれの信号強度を算出する信号強度算出部と、
    前記蛍光標識それぞれについて前記信号強度のばらつきの度合いを示す評価値である第1の評価値を算出する第1の評価値算出部と、
    前記第1の評価値が所定の条件を満たしている場合、信号強度のピークである第1のピークに関する値が最も大きい前記蛍光標識について、前記ビン値の集合のうち、最も大きな前記ビン値である最大ビン値を有する前記ビンの大きさを縮小し、前記第1のピークに関する値が最も小さい前記蛍光標識について、前記最大ビン値を有する前記ビンの大きさを拡大するビン調整を行う調整部と、
    を有することを特徴とする電気泳動データ処理装置。
  2. 前記ビン生成部は、前記ビンごとに前記画素データが有する値の積算値である信号電荷積算値を算出することで、前記ビン値を算出し、
    前記ビン値抽出部は、
    前記信号電荷積算値の時系列から前記蛍光標識に対応したピークである第2のピークを抽出し、当該第2のピーク毎に、前記第2のピークを構成する前記信号電荷積算値を抽出し、抽出した個々の前記第2のピークを行の成分、前記ビンを列の成分とし、個々の成分の値として前記信号電荷積算値を有する行列である変換行列を算出することで、前記蛍光標識に由来する前記ビン値の集合を抽出し、
    前記信号強度算出部は、
    前記信号電荷積算値の時系列を、前記蛍光のスキャン回数を行の成分、前記ビンを列の成分とし、個々の成分の値として前記信号電荷積算値を有する行列である信号電荷積算行列に、前記変換行列の逆行列を乗算することで、前記蛍光標識それぞれの信号強度の時系列を取得することにより、抽出された前記ビン値の集合に基づいて、前記蛍光標識それぞれの信号強度を算出する
    ことを特徴とする請求項1に記載の電気泳動データ処理装置。
  3. 前記変換行列を基に、前記蛍光標識それぞれの信号強度を算出する際の計算精度に関する評価値である第2の評価値を算出する第2の評価値算出部
    を有し、
    前記調整部は、
    前記第1の評価値及び前記第2の評価値が所定の条件を満たしている場合、前記ビン調整に加え、前記計算精度を現在の計算精度より高める
    ことを特徴とする請求項2に記載の電気泳動データ処理装置。
  4. 所定の前記蛍光標識である第1の蛍光標識における信号強度に、他の前記蛍光標識である第2の蛍光標識における信号強度が重複している場合、前記第1の蛍光標識における信号強度と、前記第2の蛍光標識における信号強度との比である第3の評価値を算出する第3の評価値算出部
    を有し、
    前記調整部は、
    前記第1の評価値及び前記第3の評価値が所定の条件を満たしている場合、前記ビン調整に加え、前記第1の蛍光標識について前記最大ビン値に該当するビンの大きさを縮小する
    ことを特徴とする請求項1に記載の電気泳動データ処理装置。
  5. サンプルとともに複数の蛍光標識が泳動されている電気泳動装置に備えられている、複数の撮像素子が前記蛍光標識による蛍光の波長成分毎の信号を検出することで、前記信号を電気信号に変換した画素データを出力すると、前記撮像素子から出力された前記画素データを前記撮像素子のそれぞれから取得する取得部と、
    所定数の互いに隣接する前記画素データが有する値の積算値又は代表値を算出し、算出した前記積算値又は前記代表値をビン値とすることで、所定数の互いに隣接する前記画素データをまとめて1つのビンとするビン生成部と、
    前記蛍光標識に由来する前記ビン値の集合を、それぞれの前記蛍光標識について抽出するビン値抽出部と、
    抽出された前記ビン値の集合に基づいて、前記蛍光標識それぞれの信号強度を算出する信号強度算出部と、
    前記蛍光標識それぞれについて前記信号強度のばらつきの度合いを示す評価値を算出する評価値算出部と、
    前記評価値が所定の条件を満たしている場合、信号強度のピークに関する値が最も大きい前記蛍光標識について、前記ビン値の集合のうち、最も大きな前記ビン値である最大ビン値を有する前記ビンの大きさを縮小し、前記信号強度のピークに関する値が最も小さい前記蛍光標識について、前記最大ビン値を有する前記ビンの大きさを拡大するビン調整を行う調整部と、
    蛍光標識毎の感度調整の実行ボタンである感度調整実行ボタンを表示部に表示する表示処理部と、
    を有し、
    入力部を介した前記感度調整実行ボタンの選択により、前記取得部、前記ビン生成部、前記ビン値抽出部、前記信号強度算出部、前記評価値算出部、及び、前記調整部による処理が実行される
    ことを特徴とする電気泳動データ処理装置。
  6. 前記表示部には、前記感度調整実行ボタンに加えて、前記電気泳動装置による電気泳動の実行ボタンである電気泳動実行ボタンが表示されており、
    前記ビン生成部、前記信号強度算出部、及び、前記調整部による処理が行われる前に、前記入力部を介して前記電気泳動実行ボタンが選択されると、前記表示処理部は、前記表示部に、前記取得部、前記ビン生成部、前記ビン値抽出部、前記信号強度算出部、前記評価値算出部、及び、前記調整部による処理を促す表示を前記表示部に表示する
    ことを特徴とする請求項5に記載の電気泳動データ処理装置。
  7. 蛍光標識毎の感度調整の実行ボタンである感度調整実行ボタンを表示部に表示する表示処理ステップと、
    入力部を介した前記感度調整実行ボタンの選択により、サンプルとともに複数の蛍光標識が泳動されている電気泳動装置に備えられている、複数の撮像素子が前記蛍光標識による蛍光の波長成分毎の信号を検出することで、前記信号を電気信号に変換した画素データを出力すると、前記撮像素子から出力された前記画素データを前記撮像素子のそれぞれから取得する取得ステップと、
    所定数の互いに隣接する前記画素データが有する値の積算値又は代表値を算出し、算出した前記積算値又は前記代表値をビン値とすることで、所定数の互いに隣接する前記画素データをまとめて1つのビンとするビン生成ステップと、
    前記蛍光標識に由来する前記ビン値の集合を、それぞれの前記蛍光標識について抽出するビン値抽出ステップと、
    抽出された前記ビン値の集合に基づいて、前記蛍光標識それぞれの信号強度を算出する信号強度算出ステップと、
    前記蛍光標識それぞれについて前記信号強度のばらつきの度合いを示す評価値である第1の評価値を算出する評価値算出ステップと、
    前記第1の評価値が所定の条件を満たしている場合、信号強度のピークに関する値が最も大きい前記蛍光標識について、前記ビン値の集合のうち、最も大きな前記ビン値である最大ビン値を有する前記ビンの大きさを縮小し、前記信号強度のピークに関する値が最も小さい前記蛍光標識について、前記最大ビン値を有する前記ビンの大きさを拡大するビン調整を行う調整ステップと、
    を実行することを特徴とする電気泳動データ処理方法。
  8. 前記評価値が所定の条件を満たさないようになるまで、前記ビン生成ステップ、前記ビン値抽出ステップ、前記信号強度算出ステップ、前記評価値算出ステップ、及び、前記調整ステップが繰り返される
    ことを特徴とする請求項7に記載の電気泳動データ処理方法。
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