JP7669693B2 - 化学反応における活性化エネルギーの学習装置及び予測装置 - Google Patents
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Description
本実施形態に係る学習装置について説明する。図2は、本実施形態に係る学習装置及び予測装置の概略構成を示すブロック図である。図2(a)に示すように、学習装置1は、第1の取得部11、第2の取得部12、第3の取得部13及び学習部14を備える。学習装置1は、さらに、データテーブル作成部15及び表示部16を備えることができる。学習装置1は、化合物等の反応物が化学反応して遷移状態を経て生成物が生成される際に生じる活性化エネルギーの値を学習するものである。
本実施形態に係る予測装置について説明する。図2(b)は、本実施形態に係る予測装置の構成を示すシステム構成図である。図2(b)に示すように、予測装置2は、第1の取得部21、第2の取得部22、学習済みモデルM2及び予測部23を備える。予測装置2は、さらに、予測用データテーブル作成部24及び表示部25を備えてもよい。
次に、学習装置1及び予測装置2のハードウェア構成の一例について説明する。図6は、学習装置1及び予測装置2のハードウェア構成を示すブロック図である。図6に示すように、学習装置1及び予測装置2は、情報処理装置(コンピュータ)で構成され、物理的には、演算処理部であるCPU(Central Processing Unit:プロセッサ)101、主記憶装置であるRAM(Random Access Memory)102及びROM(Read Only Memory)103、入力デバイスである入力装置104、出力装置105、通信モジュール106並びにハードディスク等の補助記憶装置107等を含むコンピュータシステムとして構成することができる。これらは、バス108で相互に接続されている。なお、出力装置105及び補助記憶装置107は、外部に設けられていてもよい。
本実施形態に係る学習プログラムは、以下の構成のプログラムを用いることができる。
即ち、本実施形態に係る学習プログラムは、量子化学計算によって算出された、反応系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第1の説明変数を取得する第1の取得工程と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系を化学反応させることで生成される生成系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第2の説明変数を取得する第2の取得工程と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数を取得する第3の取得工程と、
前記第1の説明変数及び前記第2の説明変数と、前記目的変数とが対応付けられた学習用データを用いて、モデルの学習を行う学習工程と、
を少なくともコンピュータに実行させるプログラムを用いることができる。
本実施形態に係る予測プログラムは、以下の構成のプログラムを用いることができる。
即ち、本実施形態に係る予測プログラムは、量子化学計算によって算出された、反応系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第1の説明変数を取得する第1の取得工程と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系を化学反応させることで生成される生成系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第2の説明変数を取得する第2の取得工程と、
所定の反応系について予め算出された第1の説明変数及び第2の説明変数と、該所定の反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数と、が対応付けられた学習用データを用いて学習された学習済みモデルに、予測対象の反応系の第1の説明変数及び第2の説明変数を入力することで、前記学習済みモデルにより予測された、該予測対象の反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数を出力する予測工程と、
を少なくともコンピュータに実行させるプログラムを用いることができる。
次に、本実施形態に係る学習方法について説明する。本実施形態に係る学習方法は、図2(a)に示すような構成を有する学習装置1において、第1の説明変数及び第2の説明変数と、目的変数とが対応付けられた学習用データを用いて、モデルM1の学習を行う方法である。
次に、本実施形態に係る予測方法について説明する。本実施形態に係る予測方法は、図2(b)に示すような構成を有する予測装置2において、学習済みモデルM2により予測された、予測対象の反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数を出力する方法である。
[機械学習環境]
本実施例では、機械学習及び数値演算やデータ分析にAnaconda(登録商標)を使用した。
本実施例では、共役ジエンにアルケンが付加して6員環構造を生じる有機化学反応である、ディールス・アルダー反応を取り扱う。ディールス・アルダー反応の一般式は、下記式(I)のように表される。なお、本実施例では、単純化のため、非環状化合物同士が反応する場合のみを考える。
(学習用データの取得と学習用データテーブルの作成)
置換基X1~X4及びY1~Y4の組み合わせの異なるサンプル化合物について、量子化学計算から得られる情報を学習用データとするにあたり、本実施例では、表1~表3に示す、No.1~No.94の94パターンを取り扱った。目的変数である活性化エネルギーの値に分布を持たせる狙いで、電子供与性や電子求引性の多様な置換基17種(-H、-NO2、-CN、-CF3、-SO2OH、-SO2CH3、-Ph、-CHO、-COOH、-COOCH3、-F、-Cl、-Br、-C(CH3)3、-CH3、-OCH3、-OH)を組み合わせた化合物を対象とした。なお、計算コスト及び人的労力を抑えるため、分子サイズが大きくなるものや配向自由度が大きい置換基はできるだけ避けた。
活性化エネルギー=遷移状態の自由エネルギー-(反応物1の自由エネルギー+反応物2の自由エネルギー) ・・・(2)
作成した学習用データテーブルに格納されている目的変数の値の分布を図9に示す。図9に示すように、活性化エネルギーの範囲は、27kcal/mol~43kcal/molにわたっており、この範囲内では連続的にデータが存在しているため、概ね問題ないといえることが確認された。
用意した学習用データについて、回帰分析と予測精度の検証を実施した。回帰手法にはベイジアンリッジ回帰を用い、精度検証方法にはリーブワンアウト交差検証を用いた。また、54種類の説明変数のうち目的変数との相関が弱いものを下位から順に除外していった場合に、最も予測精度(R2値で評価)の大きくなる、上位52種類の相関変数を用いた(即ち、下位2種類の相関変数を除いた)モデルを採用した。
完成した学習済みモデルを用いて、学習データに含まれない、予測対象である未知物質が反応する場合の活性化エネルギーを予測した。予測結果を表8に示す。なお、表8には、予測対象として取り扱った予測対象A~Eの5つのパターンを示す。なお、表8中、1-Adは1-アダマンチル基(-C10H15)、TBSはt-ブチルジメチルシリル基(-Si(CH3)2C(CH3)3)を表す)。
上記の予測結果について、実際に高精度量子化学計算によって活性化エネルギーを求めた結果と比較して、学習済みモデルを用いて予測した活性化エネルギーの予測値の予測精度の検証を行った。検証のための計算条件と計算対象を表11に示す。
2 予測装置
11、21 第1の取得部
12、22 第2の取得部
13 第3の取得部
14 学習部
142 予測精度検証部
15 データテーブル作成部
16、25 表示部
23 予測部
24 予測用データテーブル作成部
M1 モデル
M2 学習済みモデル
Claims (9)
- 量子化学計算によって算出された、反応系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第1の説明変数を取得する第1の取得部と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系を化学反応させることで生成される生成系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第2の説明変数を取得する第2の取得部と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数を取得する第3の取得部と、
前記第1の説明変数及び前記第2の説明変数と、前記目的変数とが対応付けられた学習用データを用いて、モデルの学習を行う学習部と、
を有する学習装置。 - 前記第1の説明変数及び前記第2の説明変数は、前記目的変数よりも計算精度の低い量子化学計算によって算出される、請求項1に記載の学習装置。
- 前記モデルの学習において用いられる学習用データを生成するための情報と、学習が行われる前記モデルに関する情報とを表示する表示部を更に有する、請求項1又は2に記載の学習装置。
- 量子化学計算によって算出された、反応系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第1の説明変数を取得する第1の取得部と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系を化学反応させることで生成される生成系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第2の説明変数を取得する第2の取得部と、
所定の反応系について予め算出された第1の説明変数及び第2の説明変数と、該所定の反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数と、が対応付けられた学習用データを用いて学習された学習済みモデルと、
予測対象の反応系の第1の説明変数及び第2の説明変数を入力することで、前記学習済みモデルにより予測された、該予測対象の反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数を出力する予測部と、
を有する予測装置。 - 前記学習済みモデルに入力される前記予測対象の反応系に関する情報、及び、前記予測対象の反応系を化学反応させることで生成される生成系に関する情報の選択を受け付ける受付部と、
前記予測対象の反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数を表示する表示部と、
を更に有する、請求項4に記載の予測装置。 - 量子化学計算によって算出された、反応系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第1の説明変数を取得する第1の取得工程と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系を化学反応させることで生成される生成系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第2の説明変数を取得する第2の取得工程と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数を取得する第3の取得工程と、
前記第1の説明変数及び前記第2の説明変数と、前記目的変数とが対応付けられた学習用データを用いて、モデルの学習を行う学習工程と、
をコンピュータに実行させる学習プログラム。 - 量子化学計算によって算出された、反応系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第1の説明変数を取得する第1の取得工程と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系を化学反応させることで生成される生成系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第2の説明変数を取得する第2の取得工程と、
所定の反応系について予め算出された第1の説明変数及び第2の説明変数と、該所定の反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数と、が対応付けられた学習用データを用いて学習された学習済みモデルに、予測対象の反応系の第1の説明変数及び第2の説明変数を入力することで、前記学習済みモデルにより予測された、該予測対象の反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数を出力する予測工程と、
をコンピュータに実行させる予測プログラム。 - 量子化学計算によって算出された、反応系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第1の説明変数を取得する第1の取得工程と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系を化学反応させることで生成される生成系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第2の説明変数を取得する第2の取得工程と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数を取得する第3の取得工程と、
前記第1の説明変数及び前記第2の説明変数と、前記目的変数とが対応付けられた学習用データを用いて、モデルの学習を行う学習工程と、
をコンピュータが実行する学習方法。 - 量子化学計算によって算出された、反応系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第1の説明変数を取得する第1の取得工程と、
量子化学計算によって算出された、前記反応系を化学反応させることで生成される生成系の構造パラメータ及び電子プロパティを含む第2の説明変数を取得する第2の取得工程と、
所定の反応系について予め算出された第1の説明変数及び第2の説明変数と、該所定の反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数と、が対応付けられた学習用データを用いて学習された学習済みモデルに、予測対象の反応系の第1の説明変数及び第2の説明変数を入力することで、前記学習済みモデルにより予測された、該予測対象の反応系の化学反応における活性化エネルギーを含む目的変数を出力する予測工程と、
をコンピュータが実行する予測方法。
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| 佐藤 寛子,"機械学習の科学研究への応用",人工知能学会誌,日本,(社)人工知能学会,2009年11月01日,第24巻第6号,p.804-808,ISSN:0912-8085 |
| 巳上 幸一郎,"機械学習を利用した活性化エネルギーなどの物性推算",[online],2019巻,日本化学会ケモインフォマティクス部会,2019年10月28日,インターネット:<URL:https://www.jstage.jst.go.jp/article/ciqs/2019/0/2019_1P18/_pdf/-char/ja>,[検索日2025.1.20] |
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