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JP7703161B2 - Method for obtaining data for predicting therapeutic effect of sublingual immunotherapy and use thereof - Google Patents
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Description

本発明は、舌下免疫療法の治療効果を予測するためのデータの取得方法、およびその利用に関する。 The present invention relates to a method for obtaining data for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy, and its use.

アレルギー性鼻炎(例えば、季節性アレルギー鼻炎、または通年性アレルギー鼻炎)の根治治療法として、アレルゲン免疫療法が知られている。その中でも、アレルゲンを含む治療薬を舌下に投与する舌下免疫療法が、簡便であるため多く行われている。 Allergen immunotherapy is known as a cure for allergic rhinitis (e.g., seasonal allergic rhinitis or perennial allergic rhinitis). Among these, sublingual immunotherapy, in which a therapeutic drug containing an allergen is administered sublingually, is widely used because of its simplicity.

舌下免疫療法は、例えば、スギ花粉症、およびハウスダストアレルギー性鼻炎に有効であることが知られている(非特許文献1および2)。 Sublingual immunotherapy is known to be effective for, for example, cedar pollen allergy and house dust allergy rhinitis (Non-Patent Documents 1 and 2).

Okubo K, Gotoh M, Fujieda S, Okano M, Yoshida H, Morikawa H, et al. A randomized double-blind comparative study of sublingual immunotherapy for cedar pollinosis. Allergol Int 2008; 57:265-75.Okubo K, Gotoh M, Fujieda S, Okano M, Yoshida H, Morikawa H, et al. A randomized double-blind comparative study of sublingual immunotherapy for cedar pollinosis. Allergol Int 2008; 57:265-75. Feng B, Xiang H, Jin H, Gao J, Huang S, Shi Y, et al. Efficacy of Sublingual Immunotherapy for House Dust Mite-Induced Allergic Rhinitis: A Meta-Analysis of Randomized Controlled Trials. Allergy Asthma Immunol Res 2017; 9:220-8.Feng B, Xiang H, Jin H, Gao J, Huang S, Shi Y, et al. Efficacy of Sublingual Immunotherapy for House Dust Mite-Induced Allergic Rhinitis: A Meta-Analysis of Randomized Controlled Trials. Allergy Asthma Immunol Res 2017; 9:220-8.

上述した舌下免疫療法は、長期(例えば、2年~5年)の治療を要するにも関わらず、治療開始時において治療効果の予測ができない。さらに、治療を受けた患者のうちの約30%もの患者が、治療効果が得られない。そのため、あらかじめ舌下免疫療法の治療効果を予測する技術が望まれていた。 Although the above-mentioned sublingual immunotherapy requires long-term treatment (e.g., 2 to 5 years), the therapeutic effect cannot be predicted at the start of treatment. Furthermore, approximately 30% of patients who undergo treatment do not achieve therapeutic effect. For this reason, a technology that can predict the therapeutic effect of sublingual immunotherapy in advance has been desired.

本発明は、上記問題点に鑑みなされたものであって、舌下免疫療法の治療効果を予測するためのデータの取得方法、およびその利用を提供することを目的とする。 The present invention has been made in consideration of the above problems, and aims to provide a method for obtaining data for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy, and its use.

本発明者らは、HLA遺伝子複合体を構成する少なくとも1つの遺伝子の遺伝子型に基づいて舌下免疫療法の治療効果を予測できることを見出し、本発明を完成するに至った。 The inventors discovered that it is possible to predict the therapeutic effect of sublingual immunotherapy based on the genotype of at least one gene that constitutes the HLA gene complex, and thus completed the present invention.

すなわち、本発明は以下の構成を含む。
<1>被験体から採取した試料中の、HLA遺伝子複合体を構成する少なくとも1つの遺伝子の遺伝子型を検出する検出工程を含む、舌下免疫療法の治療効果を予測するためのデータの取得方法。
<2>上記遺伝子は、HLA-DP領域、HLA-DQ領域、またはHLA-DR領域に含まれる遺伝子である、<1>に記載のデータの取得方法。
<3>上記検出工程では、PCR-rSSO/PCR-SSP(Luminex)法によるジェノタイピング、tagSNP法によるジェノタイピング、サンガーシークエンスによるジェノタイピング、全ゲノム関連解析(GWAS)によるインピュテーション法を含むジェノタイピング、および、次世代シークエンサーによるジェノタイピングからなる群から選択される1種類以上によって上記遺伝子型を検出する、<1>または<2>に記載のデータの取得方法。
<4>HLA遺伝子複合体を構成する少なくとも1つの遺伝子の遺伝子型を検出するための物品を備えている、舌下免疫療法の治療効果を予測するための予測用キット。
<5>上記遺伝子は、HLA-DP領域、HLA-DQ領域、またはHLA-DR領域に含まれる遺伝子である、<4>に記載のキット。
<6>上記物品は、上記遺伝子に特異的に結合するプライマー、GWASパネル作製試薬、および次世代シークエンサーライブラリ作製試薬からなる群より選択される1種類以上を含む、<4>または<5>に記載のキット。
That is, the present invention includes the following configurations.
<1> A method for obtaining data for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy, comprising a detection step of detecting the genotype of at least one gene constituting an HLA gene complex in a sample collected from a subject.
<2> The method for obtaining data according to <1>, wherein the gene is a gene contained in the HLA-DP region, the HLA-DQ region, or the HLA-DR region.
<3> The method for acquiring data described in <1> or <2>, wherein in the detection step, the genotype is detected by one or more methods selected from the group consisting of genotyping by a PCR-rSSO/PCR-SSP (Luminex) method, genotyping by a tagSNP method, genotyping by Sanger sequencing, genotyping including an imputation method by genome-wide association study (GWAS), and genotyping by a next-generation sequencer.
<4> A predictive kit for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy, comprising an item for detecting the genotype of at least one gene that constitutes the HLA gene complex.
<5> The kit according to <4>, wherein the gene is a gene contained in the HLA-DP region, the HLA-DQ region, or the HLA-DR region.
<6> The kit described in <4> or <5>, wherein the above-mentioned item includes one or more items selected from the group consisting of a primer that specifically binds to the above-mentioned gene, a GWAS panel preparation reagent, and a next-generation sequencer library preparation reagent.

本発明の一態様によれば、舌下免疫療法の治療効果を予測するためのデータの取得方法、およびその利用を提供できる。 According to one aspect of the present invention, a method for obtaining data for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy and its use can be provided.

本発明の実施例のフローチャートを示す図である。FIG. 1 is a flowchart of an embodiment of the present invention. 本発明の実施例におけるtagSNPの測定結果を示すグラフである。1 is a graph showing the measurement results of tag SNP in an example of the present invention.

本発明の一実施形態について以下に説明するが、本発明はこれに限定されるものではない。本発明は、以下に説明する各構成に限定されるものではなく、特許請求の範囲に示した範囲で種々の変更が可能であり、異なる実施形態や実施例にそれぞれ開示された技術的手段を適宜組み合わせて得られる実施形態や実施例についても本発明の技術的範囲に含まれる。また、本明細書中に記載された学術文献及び特許文献の全てが、本明細書中において参考文献として援用される。また、本明細書において特記しない限り、数値範囲を表す「A~B」は、「A以上、B以下」を意図する。 One embodiment of the present invention is described below, but the present invention is not limited to this. The present invention is not limited to each configuration described below, and various modifications are possible within the scope of the claims, and embodiments and examples obtained by appropriately combining the technical means disclosed in different embodiments and examples are also included in the technical scope of the present invention. In addition, all academic literature and patent documents described in this specification are incorporated herein by reference. In addition, unless otherwise specified in this specification, "A to B" representing a numerical range is intended to mean "greater than or equal to A and less than or equal to B."

〔1.データの取得方法〕
本発明の一実施形態に係る舌下免疫療法の治療効果を予測するためのデータの取得方法は、被験体から採取した試料中の、HLA遺伝子複合体を構成する少なくとも1つの遺伝子の遺伝子型を検出する検出工程を含む。
〔1. How to obtain data〕
A method for obtaining data for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy according to one embodiment of the present invention includes a detection step of detecting the genotype of at least one gene constituting an HLA gene complex in a sample collected from a subject.

後述する実施例に示すように、舌下免疫療法の治療効果があった患者と、舌下免疫療法の治療効果がなかった患者とを比較したときに、両者では、HLA遺伝子複合体を構成する少なくとも1つの遺伝子の遺伝子型が異なっていた。それ故に、上記構成であれば、遺伝子型に応じて、被験体(例えば患者)を分類することができるとともに、当該分類に応じて、舌下免疫療法の治療効果を、治療開始前に予測することができる。 As shown in the examples described below, when comparing patients who benefited from sublingual immunotherapy with patients who did not, the genotype of at least one gene constituting the HLA gene complex was different between the two. Therefore, with the above configuration, it is possible to classify subjects (e.g., patients) according to their genotype, and to predict the therapeutic effect of sublingual immunotherapy before the start of treatment according to this classification.

舌下免疫療法による治療が有効であると考えられる被験体については、例えば、積極的に舌下免疫療法による治療を続ければよい。一方、舌下免疫療法による治療が有効ではないと考えられる被検体については、例えば、舌下免疫療法とは別の治療法を選択すればよい。 For subjects for whom sublingual immunotherapy is thought to be effective, for example, treatment with sublingual immunotherapy can be actively continued. On the other hand, for subjects for whom sublingual immunotherapy is thought to be ineffective, for example, a treatment other than sublingual immunotherapy can be selected.

上述した通り、舌下免疫療法の治療効果には個人差があり、一定期間で治療効果が表れる患者と、一定期間を過ぎても治療効果が表れない患者が存在する。本明細書においては、舌下免疫療法による治療を開始後2年目のアレルギー症状がピークとなる時点(例えば、スギ花粉症であれば2月中旬から12週間)において、治療効果が表れている患者を「舌下免疫療法に対して応答性」、治療効果が表れていない患者を「舌下免疫療法に対して不応性」と定義することができる。本明細書において「治療効果が表れている」とは、後述する実施例における、総合的な患者のアレルギー症状を数値化した、視覚的評価スケールの数値が5以下であることを意味する。 As mentioned above, the therapeutic effect of sublingual immunotherapy varies from person to person, with some patients seeing therapeutic effects after a certain period of time and others not seeing therapeutic effects even after a certain period of time has passed. In this specification, patients who see therapeutic effects at the time point when allergy symptoms peak two years after starting treatment with sublingual immunotherapy (for example, for cedar pollen allergy, 12 weeks from mid-February) can be defined as "responsive to sublingual immunotherapy," while patients who do not see therapeutic effects can be defined as "refractory to sublingual immunotherapy." In this specification, "seeing therapeutic effects" means that the visual assessment scale, which quantifies the overall allergy symptoms of the patient in the examples described below, has a value of 5 or less.

従来、患者が舌下免疫療法に対して応答性または不応性のいずれであるかについては何ら指標が存在せず、実際に舌下免疫療法による治療を行ってみるまで分からなかった。本発明のように遺伝子型をバイオマーカーとして、舌下免疫療法を行う前にその治療効果を予測できることは、驚くべきことである。 Conventionally, there was no indicator of whether a patient was responsive or refractory to sublingual immunotherapy, and it was not possible to know until the patient actually underwent treatment with sublingual immunotherapy. It is surprising that the present invention uses genotype as a biomarker to predict the therapeutic effect of sublingual immunotherapy before it is administered.

本発明の一実施形態において、被験体はヒトである。本発明の一実施形態において、被験体は、非ヒト哺乳動物である。非ヒト哺乳動物の例としては、偶蹄類(ウシ、イノシシ、ブタ、ヒツジ、ヤギなど)、奇蹄類(ウマなど)、齧歯類(マウス、ラット、ハムスター、リスなど)、ウサギ目(ウサギなど)、食肉類(イヌ、ネコ、フェレットなど)などが挙げられる。上述した非ヒト哺乳動物には、家畜またはコンパニオンアニマル(愛玩動物)に加えて、野生動物も包含される。 In one embodiment of the invention, the subject is a human. In one embodiment of the invention, the subject is a non-human mammal. Examples of non-human mammals include ungulates (cattle, boar, pig, sheep, goat, etc.), perissodactyls (horses, etc.), rodents (mice, rats, hamsters, squirrels, etc.), lagomorphs (rabbits, etc.), and carnivores (dogs, cats, ferrets, etc.). The non-human mammals mentioned above include wild animals as well as livestock or companion animals (pets).

本明細書において、「試料」とは、被験体から採取される「試料」全般を意図する。当該「試料」には、(i)生体試料(例えば、血液、唾液、頬粘膜、皮膚等のDNA(例えばヒトDNA)が採取可能な試料)、および、生体試料を固定化液(例えば、ホルマリン)によって固定することによって作製された病理標本、(ii)上記(i)に記載のものを所望の溶液に可溶化させた可溶化物、も包含される。 In this specification, the term "sample" refers to a general "sample" collected from a subject. The "sample" also includes (i) biological samples (e.g., samples from which DNA (e.g., human DNA) can be collected, such as blood, saliva, buccal mucosa, and skin), pathological specimens prepared by fixing biological samples with a fixative (e.g., formalin), and (ii) solubilized products obtained by solubilizing the above (i) in a desired solution.

本発明の舌下免疫療法に用いるアレルゲンは特に限定されず、任意のアレルゲンであってよい。アレルゲンとしては、例えば、花粉(例えば、スギ花粉、ヒノキ花粉)、ハウスダスト、ダニ、食物(例えば、りんご、もも、メロン、小麦、卵)、およびそれらを構成する抗原ペプチド(例えば、Cry j 1、Der p 1、PR-10タンパク質)等が挙げられる。舌下免疫療法に用いるアレルゲンとして一般的である観点から、アレルゲンは、花粉またはハウスダストであることが好ましい。本発明の舌下免疫療法は、上述したアレルゲンによって引き起こされるアレルギーを治療対象とした舌下免疫療法であり得る。 The allergen used in the sublingual immunotherapy of the present invention is not particularly limited and may be any allergen. Examples of allergens include pollen (e.g., cedar pollen, cypress pollen), house dust, dust mites, foods (e.g., apples, peaches, melons, wheat, eggs), and antigen peptides that constitute them (e.g., Cry j 1, Der p 1, PR-10 protein), etc. From the viewpoint of being common allergens used in sublingual immunotherapy, the allergen is preferably pollen or house dust. The sublingual immunotherapy of the present invention may be a sublingual immunotherapy that treats allergies caused by the above-mentioned allergens.

治療効果を予測する舌下免疫療法の具体的な方法は、特に限定されず、公知の方法を用いることができる。当該方法としては、例えば、薬剤を皮下に注射する方法、薬剤を舌下に留置する方法、薬剤をリンパ節に注射する方法等が挙げられる。 The specific method of sublingual immunotherapy for predicting the therapeutic effect is not particularly limited, and any known method can be used. Examples of such methods include a method of injecting a drug subcutaneously, a method of placing a drug sublingually, a method of injecting a drug into a lymph node, etc.

本発明の一実施形態において、上記HLA遺伝子複合体から遺伝子型が検出される遺伝子(換言すれば、検出工程にて遺伝子型が検出される遺伝子)は、少なくとも1つ以上である。遺伝子型が検出される遺伝子は、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、8つ以上、9つ以上、10以上、11以上、12以上であってもよい。遺伝子型が検出される遺伝子が多ければ多い程、舌下免疫療法の治療効果をより正確に予測することができる。検出される遺伝子の数の上限値は、限定されない。検出工程を簡便にするという観点から、検出される遺伝子の数の上限値は、20、15、10、または5つであってもよい。 In one embodiment of the present invention, the number of genes whose genotypes are detected from the HLA gene complex (in other words, the number of genes whose genotypes are detected in the detection process) is at least one. The number of genes whose genotypes are detected may be two or more, three or more, four or more, five or more, six or more, seven or more, eight or more, nine or more, ten or more, eleven or more, or twelve or more. The more genes whose genotypes are detected, the more accurately the therapeutic effect of sublingual immunotherapy can be predicted. There is no upper limit to the number of genes to be detected. From the viewpoint of simplifying the detection process, the upper limit to the number of genes to be detected may be 20, 15, 10, or 5.

本発明の一実施形態において、上記検出工程はより具体的に、検出される遺伝子の遺伝子型について、患者が保因者(ホモ)、保因者(ヘテロ)、あるいは非保因者のいずれであるかを判定する工程を包含してもよい。上記構成であれば、舌下免疫療法の治療効果をより詳細に予測することができる。 In one embodiment of the present invention, the detection step may more specifically include a step of determining whether the patient is a carrier (homozygote), a carrier (heterozygote), or a non-carrier for the genotype of the detected gene. With the above configuration, the therapeutic effect of sublingual immunotherapy can be predicted in more detail.

上記遺伝子は、HLA遺伝子複合体の、HLA-DP領域、HLA-DQ領域、およびHLA-DR領域のいずれかに含まれる1種類以上の遺伝子であってもよい。当該構成であれば、舌下免疫療法の治療効果を治療開始前により正確に予測することができる。なお、遺伝子型を検出する遺伝子が複数である場合には、(i)全ての遺伝子が、HLA-DP領域、HLA-DQ領域、またはHLA-DR領域のいずれか1つの領域に含まれていてもよいし、(ii)全ての遺伝子が、HLA-DP領域、HLA-DQ領域、またはHLA-DR領域のいずれか2つの領域に含まれていてもよいし、(iii)各遺伝子が、HLA-DP領域、HLA-DQ領域、またはHLA-DR領域の任意の領域に含まれていてもよい。 The above genes may be one or more types of genes contained in any one of the HLA-DP region, the HLA-DQ region, and the HLA-DR region of the HLA gene complex. With this configuration, the therapeutic effect of sublingual immunotherapy can be predicted more accurately before the start of treatment. When there are multiple genes for which genotypes are detected, (i) all of the genes may be contained in one of the HLA-DP region, the HLA-DQ region, or the HLA-DR region, (ii) all of the genes may be contained in two of the HLA-DP region, the HLA-DQ region, or the HLA-DR region, or (iii) each gene may be contained in any one of the HLA-DP region, the HLA-DQ region, or the HLA-DR region.

HLA-DP領域に含まれる遺伝子としては例えば、HLA-DPA1、およびHLA-DPB1等が挙げられる。例えば、HLA-DPA1およびHLA-DPB1は、花粉症(例えば、スギ花粉症、ヒノキ花粉症)に対する舌下免疫療法の治療効果の予測に、好適に用いられ得る。 Examples of genes contained in the HLA-DP region include HLA-DPA1 and HLA-DPB1. For example, HLA-DPA1 and HLA-DPB1 can be suitably used to predict the therapeutic effect of sublingual immunotherapy for hay fever (e.g., cedar pollen allergy, cypress pollen allergy).

HLA-DQ領域に含まれる遺伝子としては例えば、HLA-DQA1、およびHLA-DQB1等が挙げられる。例えば、HLA-DQA1およびHLA-DQB1は、花粉症(例えば、スギ花粉症、ヒノキ花粉症)に対する舌下免疫療法の治療効果の予測に、好適に用いられ得る。HLA-DQB1は、ハウスダストアレルギー(例えば、ハウスダストアレルギー性鼻炎)に対する舌下免疫療法の治療効果の予測に、好適に用いられ得る。 Examples of genes contained in the HLA-DQ region include HLA-DQA1 and HLA-DQB1. For example, HLA-DQA1 and HLA-DQB1 can be suitably used to predict the therapeutic effect of sublingual immunotherapy for hay fever (e.g., cedar pollen allergy, cypress pollen allergy). HLA-DQB1 can be suitably used to predict the therapeutic effect of sublingual immunotherapy for house dust allergy (e.g., house dust allergic rhinitis).

HLA-DR領域に含まれる遺伝子としては例えば、HLA-DRB1等が挙げられる。HLA-DRB1は、ハウスダストアレルギー(例えば、ハウスダストアレルギー性鼻炎)に対する舌下免疫療法の治療効果の予測に、特に好適に用いられ得る。 An example of a gene contained in the HLA-DR region is HLA-DRB1. HLA-DRB1 can be particularly useful for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy for house dust allergies (e.g., house dust allergic rhinitis).

例えば、検出対象となるHLA-DPB1遺伝子の遺伝子型が、HLA-DPB105:01である場合、舌下免疫療法に対して不応性である確率が高いと言える。 For example, when the genotype of the HLA-DPB1 gene to be detected is HLA-DPB1 * 05:01, it can be said that there is a high probability that the subject is refractory to sublingual immunotherapy.

上記検出対象となる遺伝子の遺伝子型は、直接検出されてもよく、検出対象となる遺伝子の遺伝子型と連動している他の領域の遺伝子型(ハプロタイプ)を特定することによって、検出されてもよい。 The genotype of the gene to be detected may be detected directly, or may be detected by identifying the genotype (haplotype) of another region that is linked to the genotype of the gene to be detected.

HLA-DPB105:01を検出する場合、前記他の領域の遺伝子型としては例えば、HLA-DPB102:02、および後述するHLA-DPB105:01と連動するSNP等が挙げられる。 When HLA-DPB1 * 05:01 is detected, examples of the genotype of the other region include HLA-DPB1 * 02:02 and SNPs linked to HLA-DPB1 * 05:01, which will be described later.

上記検出工程では、PCR-rSSO/PCR-SSP(Luminex)法によるジェノタイピング、tagSNP法によるジェノタイピング、サンガーシークエンスによるジェノタイピング、全ゲノム関連解析(GWAS)によるジェノタイピング、および、次世代シークエンサーによるジェノタイピングからなる群から選択される1種類以上によって上記遺伝子型を検出することが好ましい。安価であり、かつ簡便であることから、tagSNP法によるジェノタイピングによって上記遺伝子型を検出することが、より好ましい。なお、上述した方法の具体的な手法は公知であって、上記検出工程は、公知の手法にしたがって行われ得る。 In the detection step, it is preferable to detect the genotype by one or more methods selected from the group consisting of genotyping by the PCR-rSSO/PCR-SSP (Luminex) method, genotyping by the tagSNP method, genotyping by Sanger sequencing, genotyping by genome-wide association analysis (GWAS), and genotyping by a next-generation sequencer. It is more preferable to detect the genotype by genotyping by the tagSNP method, since it is inexpensive and simple. Note that the specific techniques of the above-mentioned methods are publicly known, and the detection step can be performed according to the publicly known techniques.

tagSNP法は、特定の遺伝子型のマーカーとして一塩基多型(以下、単にSNPとも記載する)を用いる方法である。SNPはゲノム中に数万~数百万存在すると考えられており、特定の遺伝子型と対応しているものも存在する。すなわち、特定の遺伝子型を有する患者は、対応するSNPも必ず有している。したがって、対応しているSNPを検出することで、対応する遺伝子型を確認することが可能となる。 The tagSNP method uses single nucleotide polymorphisms (hereinafter simply referred to as SNPs) as markers for specific genotypes. It is believed that there are tens of thousands to millions of SNPs in the genome, and some correspond to specific genotypes. In other words, patients with a specific genotype necessarily also have the corresponding SNP. Therefore, by detecting the corresponding SNP, it is possible to confirm the corresponding genotype.

HLA遺伝子複合体中の各遺伝子型に対応するSNPの例を表1~3に示す。表中、SNPのrs番号はNational Center for Biotechnology InformationのdbSNPデータベース(http//www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/)の登録番号を示す。なお、遺伝子型とSNPとの関係は、文献「Genes and Immunity(2012) 13, 543-548」にも記載されている。当該文献の全体は、本明細書中において参考文献として援用される。本発明では、例えば、下記の表1~3(上記文献の表4~6に対応)に記載のSNPを検出することによって、対応する遺伝子型を確認することができる。 Examples of SNPs corresponding to each genotype in the HLA gene complex are shown in Tables 1 to 3. In the tables, the rs numbers of the SNPs indicate the registration numbers in the dbSNP database of the National Center for Biotechnology Information (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/). The relationship between genotypes and SNPs is also described in the literature "Genes and Immunity (2012) 13, 543-548." The entire literature is incorporated herein by reference. In the present invention, for example, by detecting the SNPs listed in the following Tables 1 to 3 (corresponding to Tables 4 to 6 in the above literature), the corresponding genotype can be confirmed.

Figure 0007703161000001
Figure 0007703161000001

Figure 0007703161000002
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Figure 0007703161000003
Figure 0007703161000003

<舌下免疫療法の効果予測の例1>
HLA遺伝子複合体を構成する遺伝子(例えば、HLA-DPB105:01)に基づいて、治療開始前に舌下免疫療法(例えば、スギ舌下免疫療法)の効果予測を行うことができる。
<Example 1 of prediction of effect of sublingual immunotherapy>
Based on genes constituting the HLA gene complex (eg, HLA-DPB1 * 05:01), it is possible to predict the effect of sublingual immunotherapy (eg, cedar sublingual immunotherapy) before the start of treatment.

まず、舌下免疫療法による治療を行う前に、患者が、「HLA-DPB105:01」の保因者、または、非保因者の何れであるかを調べる。 First, before treatment with sublingual immunotherapy, it is determined whether the patient is a carrier or non-carrier of "HLA-DPB1 * 05:01."

「HLA-DPB105:01」を有する患者に対して舌下免疫療法による治療を行った場合、(i)患者の約80%が、症状が改善、または、症状が寛解すると予測でき、(ii)患者の約20%が不応性であると予測できる。 When patients with "HLA-DPB1 * 05:01" are treated with sublingual immunotherapy, (i) it can be predicted that approximately 80% of the patients will experience improvement or remission of symptoms, and (ii) it can be predicted that approximately 20% of the patients will be refractory.

一方、「HLA-DPB105:01」を有しない患者に対して舌下免疫療法による治療を行った場合、(i)患者の約96%が、症状が改善、または、症状が寛解すると予測でき、(ii)患者の約4%が不応性であると予測できる。 On the other hand, when sublingual immunotherapy is administered to patients who do not have "HLA-DPB1 * 05:01", (i) it is predicted that approximately 96% of patients will experience improvement or remission of symptoms, and (ii) it is predicted that approximately 4% of patients will be refractory.

「HLA-DPB105:01」を有する患者に対して舌下免疫療法による治療を行った場合の上記(i)の予測値と、「HLA-DPB105:01」を有しない患者に対して舌下免疫療法による治療を行った場合の上記(i)の予測値との比較から、「HLA-DPB105:01」を有しない患者に対して舌下免疫療法による治療を行った場合は、「HLA-DPB105:01」を有する患者に対して舌下免疫療法による治療を行った場合よりも、症状が改善、または、症状が寛解する確率が相対的に高いと予測できる。 Comparing the predicted value of (i) above when a patient having "HLA-DPB1 * 05:01" is treated with sublingual immunotherapy and the predicted value of (i) above when a patient not having "HLA-DPB1 * 05:01" is treated with sublingual immunotherapy, it can be predicted that when a patient not having "HLA-DPB1 * 05:01" is treated with sublingual immunotherapy, the probability of symptom improvement or remission is relatively higher than when a patient having "HLA-DPB1 * 05:01" is treated with sublingual immunotherapy.

<舌下免疫療法の効果予測の例2>
HLA遺伝子複合体を構成する遺伝子(例えば、HLA-DPB105:01)に基づいて、治療開始前に舌下免疫療法(例えば、スギ舌下免疫療法)の効果予測を行うことができる。
<Example 2 of prediction of effect of sublingual immunotherapy>
Based on genes constituting the HLA gene complex (eg, HLA-DPB1 * 05:01), it is possible to predict the effect of sublingual immunotherapy (eg, cedar sublingual immunotherapy) before the start of treatment.

まず、舌下免疫療法による治療を行う前に、患者が、「HLA-DPB105:01」の保因者(ホモ)、保因者(ヘテロ)、または、非保因者の何れであるかを調べる。 First, before treatment with sublingual immunotherapy, it is examined whether the patient is a carrier (homozygous), a carrier (heterozygous), or a non-carrier of "HLA-DPB1 * 05:01."

「HLA-DPB105:01」を有する患者(ホモ)に対して舌下免疫療法による治療を行った場合、(i)患者の約74%が、症状が改善、または、症状が寛解すると予測でき、(ii)患者の約24%が不応性であると予測できる。 When patients with "HLA-DPB1 * 05:01" (homozygous) are treated with sublingual immunotherapy, (i) it is predicted that approximately 74% of patients will experience improvement or remission of symptoms, and (ii) it is predicted that approximately 24% of patients will be refractory.

一方、「HLA-DPB105:01」を有する患者(ヘテロ)に対して舌下免疫療法による治療を行った場合、(i)患者の約83%が、症状が改善、または、症状が寛解すると予測でき、(ii)患者の約17%が不応性であると予測できる。 On the other hand, when patients with "HLA-DPB1 * 05:01" (heterozygotes) are treated with sublingual immunotherapy, (i) it is predicted that approximately 83% of the patients will experience improvement or remission of symptoms, and (ii) it is predicted that approximately 17% of the patients will be refractory.

一方、「HLA-DPB105:01」を有しない患者に対して舌下免疫療法による治療を行った場合、(i)患者の約96%が、症状が改善、または、症状が寛解すると予測でき、(ii)患者の約4%が不応性であると予測できる。 On the other hand, when sublingual immunotherapy is administered to patients who do not have "HLA-DPB1 * 05:01", (i) it is predicted that approximately 96% of patients will experience improvement or remission of symptoms, and (ii) it is predicted that approximately 4% of patients will be refractory.

「HLA-DPB105:01」を有する患者(ホモ)に対して舌下免疫療法による治療を行った場合の上記(i)の予測値と、「HLA-DPB105:01」を有する患者(ヘテロ)に対して舌下免疫療法による治療を行った場合の上記(i)の予測値と、「HLA-DPB105:01」を有しない患者に対して舌下免疫療法による治療を行った場合の上記(i)の予測値との比較から、「HLA-DPB105:01」を有しない患者に対して舌下免疫療法による治療を行った場合に、症状が改善、または、症状が寛解する確率が相対的に最も高いと予測でき、「HLA-DPB105:01」を有する患者(ヘテロ)に対して舌下免疫療法による治療を行った場合に、症状が改善、または、症状が寛解する確率が相対的に2番目に高いと予測でき、「HLA-DPB105:01」を有する患者(ホモ)に対して舌下免疫療法による治療を行った場合に、症状が改善、または、症状が寛解する確率が相対的に最も低いと予測できる。 From a comparison of the predicted value of (i) above when a patient (homo) having "HLA-DPB1 * 05:01" is treated with sublingual immunotherapy, the predicted value of (i) above when a patient (hetero) having "HLA-DPB1 * 05:01" is treated with sublingual immunotherapy, and the predicted value of (i) above when a patient not having "HLA-DPB1 * 05:01" is treated with sublingual immunotherapy, it can be predicted that the probability of symptom improvement or remission is relatively the highest when a patient not having "HLA-DPB1 * 05:01" is treated with sublingual immunotherapy, and the probability of symptom improvement or remission is relatively the second highest when a patient (hetero) having "HLA-DPB1 * 05:01" is treated with sublingual immunotherapy. It can be predicted that when sublingual immunotherapy is administered to patients (homozygous patients) with "05:01", the probability of symptom improvement or remission is relatively lowest.

〔2.キット〕
本発明の一実施形態に係る舌下免疫療法の治療効果を予測するための予測用キットは、HLA遺伝子複合体を構成する少なくとも1つの遺伝子の遺伝子型を検出するための物品を備えている。
2. Kits
A prediction kit for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy according to one embodiment of the present invention includes an item for detecting the genotype of at least one gene constituting an HLA gene complex.

〔1.データの取得方法〕において既に記載した事項については、以下では説明を省略する。 Items already mentioned in [1. Data Acquisition Method] will not be explained below.

本明細書において「キット」とは、任意の用途に用いられる、任意の試薬などの組み合わせであり得る。この用途は、医学用途であってもよいし、試験用途であってもよい。当該用途は、具体的に、診断用途であってもよい。 As used herein, a "kit" may be any combination of reagents, etc., for any purpose. The purpose may be a medical purpose or a testing purpose. Specifically, the purpose may be a diagnostic purpose.

上記検出する遺伝子は、HLA-DP領域、HLA-DQ領域、およびHLA-DR領域のいずれかに含まれる1つ以上の遺伝子であってもよい。 The gene to be detected may be one or more genes contained in the HLA-DP region, the HLA-DQ region, or the HLA-DR region.

上記キットは、例えば、目的の遺伝子を直接検出するための物品を備えているものであってもよいし、遺伝子に対応するSNPを検出するための物品を備えているものであってもよい。 The kit may, for example, include items for directly detecting a gene of interest, or may include items for detecting a SNP corresponding to the gene.

上記物品は、上記遺伝子に特異的に結合するプライマー、GWASパネル作製試薬、および次世代シークエンサーライブラリ作製試薬からなる群より選択される1種類以上を含んでいてもよい。 The above-mentioned article may include one or more types selected from the group consisting of a primer that specifically binds to the above-mentioned gene, a GWAS panel preparation reagent, and a next-generation sequencer library preparation reagent.

また、目的の遺伝子を検出することが可能であれば、上記物品に加えてさらに、遺伝子に由来するタンパク質を検出するための物品を備えているものであってもよいし、遺伝子に由来するmRNAおよびタンパク質を検出するための物品を備えているものであってもよい。 In addition, if it is possible to detect a gene of interest, in addition to the above-mentioned items, the device may further include an item for detecting a protein derived from the gene, or an item for detecting mRNA and a protein derived from the gene.

上記遺伝子に由来するmRNAを検出するための物品としては、例えば、上記遺伝子のmRNAにハイブリダイズするプローブ(例えば、mRNAにハイブリダイズするポリヌクレオチド)、PCR法にて上記遺伝子の発現を検出するためのプライマー、GWASパネル作製試薬、および次世代シークエンサーライブラリ作製試薬等が挙げられる。 Examples of products for detecting mRNA derived from the above genes include probes that hybridize to the mRNA of the above genes (e.g., polynucleotides that hybridize to the mRNA), primers for detecting the expression of the above genes by PCR, reagents for preparing GWAS panels, and reagents for preparing next-generation sequencer libraries.

上記GWASパネル作製試薬としては例えば、Infinium Asian Screening Array(イルミナ製)、およびInfinium Global Screening Array(イルミナ製)などが挙げられる。 Examples of reagents for preparing the GWAS panel include the Infinium Asian Screening Array (manufactured by Illumina) and the Infinium Global Screening Array (manufactured by Illumina).

また上記次世代シークエンサーライブラリ作製試薬としては例えば、TruSight(登録商標)HLA v2シーケンスパネル(イルミナ製)などが挙げられる。 An example of the next-generation sequencer library preparation reagent is TruSight (registered trademark) HLA v2 sequencing panel (manufactured by Illumina).

上記遺伝子に由来するタンパク質を検出するための物品としては、例えば、上記タンパク質に特異的に結合する抗体、蛍光色素、酵素で標識された二次抗体等が挙げられる。 Examples of products for detecting proteins derived from the above genes include antibodies that specifically bind to the above proteins, fluorescent dyes, and secondary antibodies labeled with enzymes.

上記物品は、例えば、(i)自ら検出可能なシグナル(例えば、蛍光)を発するものであってもよいし、(ii)検出可能なシグナル(例えば、蛍光)を発する他の構成と結合するものであってもよいし、(iii)検出可能なシグナル(例えば、蛍光)を発する他の構成と結合したmRNAまたはタンパク質と結合するものであってもよい。 The above-mentioned article may be, for example, (i) one that emits a detectable signal (e.g., fluorescence) by itself, (ii) one that binds to another structure that emits a detectable signal (e.g., fluorescence), or (iii) one that binds to an mRNA or protein that is bound to another structure that emits a detectable signal (e.g., fluorescence).

一実施形態において、キットは、診断に用いられる試薬および/または補助的な物質を備えていてもよい。一実施形態において、キットは、試薬および/または補助的な物質を格納する、1つ以上の格納容器(ボックス、ボトル、ディッシュなど)を備えていてもよい。 In one embodiment, the kit may include reagents and/or ancillary materials for use in diagnosis. In one embodiment, the kit may include one or more containers (boxes, bottles, dishes, etc.) for storing the reagents and/or ancillary materials.

〔3.その他〕
本発明の一実施形態は、以下のように構成することも可能である。
<1>被験体中(例えば、被験体から採取した試料中)のHLA遺伝子複合体を構成する少なくとも1つの遺伝子の遺伝子型を検出する検出工程を含む、舌下免疫療法の治療効果の予測方法。
<2>上記遺伝子は、HLA-DP領域、HLA-DQ領域、またはHLA-DR領域に含まれる遺伝子である、<1>に記載の舌下免疫療法の治療効果の予測方法。
<3>上記検出工程では、上記遺伝子のPCR-rSSO/PCR-SSP(Luminex)法によるジェノタイピング、tag SNP法によるジェノタイピング、サンガーシークエンスによるジェノタイピング、全ゲノム関連解析(GWAS)によるインピュテーション法を含むジェノタイピング、および、次世代シークエンサーによるジェノタイピングからなる群から選択される1種類以上によって上記遺伝子型を検出する、<1>または<2>に記載の舌下免疫療法の治療効果の予測方法。
[3. Other]
An embodiment of the present invention can also be configured as follows.
<1> A method for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy, comprising a detection step of detecting the genotype of at least one gene constituting an HLA gene complex in a subject (e.g., in a sample collected from the subject).
<2> The method for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy described in <1>, wherein the gene is a gene contained in the HLA-DP region, the HLA-DQ region, or the HLA-DR region.
<3> The method for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy described in <1> or <2>, in which in the detection step, the genotype is detected by one or more methods selected from the group consisting of genotyping by the PCR-rSSO/PCR-SSP (Luminex) method, genotyping by the tag SNP method, genotyping by Sanger sequencing, genotyping including an imputation method by genome-wide association analysis (GWAS), and genotyping by a next-generation sequencer.

〔材料および方法〕
<試験対象>
日本のアレルギー性鼻炎のガイドラインに基づいて、すなわち、(i)スギ花粉のシーズン(2月中旬~4月)中に鼻-目の症状を有すること、および(ii)スギ花粉特異的なIgE抗体を有し、かつイムノキャップ試験(Phadia、東京、日本)による血中IgE抗体の濃度が0.7U/mLより大きいことに基づいて、スギ花粉症と診断された患者を試験対象とした。なお、全患者からインフォームドコンセントを得た。
〔material and method〕
<Test subjects>
Patients were enrolled in the study who were diagnosed with cedar pollen allergy according to the Japanese guidelines for allergic rhinitis, i.e., (i) had nasal-ocular symptoms during the cedar pollen season (mid-February to April) and (ii) had cedar pollen-specific IgE antibodies and a blood IgE antibody concentration of >0.7 U A /mL as determined by the ImmunoCAP test (Phadia, Tokyo, Japan). Informed consent was obtained from all patients.

試験の期間を表すフローチャートを、図1に示す。スギ花粉の散布は、例えば中部北陸地方であれば通常、2月中旬から12週間続く。なお、地域によってスギ花粉の飛散時期が異なることに留意されたい。そのため、図1に示す年(2014~2017)の10月から12月の間に舌下免疫療法を開始した患者を試験対象とし、アレルギー症状を測定した。測定期間は、舌下免疫療法を開始してから2回目のスギ花粉のシーズン(例えば、2014年に舌下免疫療法を開始した場合、測定期間を2016年の4月まで)とした。なお、上記患者の中でも、喘息発作を発症している者、妊婦、異なるアレルギー(例えば、ハウスダストアレルギー)の治療を受けている者は、上述したガイドラインに従って試験対象から除外した。全患者は、免疫療法プロトコルに従って、スギ花粉抽出物による標準化を行った。なお、スギ花粉散布量は、Duraham法により測定した結果である。 Figure 1 shows a flow chart showing the test period. For example, in the Chubu Hokuriku region, cedar pollen dispersion usually lasts for 12 weeks from mid-February. Please note that the cedar pollen dispersion period differs depending on the region. Therefore, patients who started sublingual immunotherapy between October and December of the years shown in Figure 1 (2014-2017) were used as test subjects, and allergy symptoms were measured. The measurement period was the second cedar pollen season after starting sublingual immunotherapy (for example, if sublingual immunotherapy was started in 2014, the measurement period was until April 2016). Among the above patients, those who had developed asthma attacks, pregnant women, and those who were being treated for a different allergy (for example, house dust allergy) were excluded from the test subjects in accordance with the above-mentioned guidelines. All patients were standardized with cedar pollen extract according to the immunotherapy protocol. The amount of cedar pollen dispersion was measured using the Duraham method.

<視覚的評価スケール>
舌下免疫療法による治療効果は、総合的なアレルギー症状(蓄膿、鼻詰まり、くしゃみ、目のかゆみといったアレルギー症状全般)を数値化した、視覚的評価スケール(VAS)を用いることによって評価した。スコア範囲は、0(症状がみられない)から、10(重篤な症状がみられる)とした。各患者のスコアの値は、患者自身に症状を申告させることで決定した。各試験結果において、治療後2年目のアレルギー症状がピークとなる時点で、VASの値が5以下である患者を応答性の患者、VASの値が5より大きい患者を不応性の患者であると定義した。
<Visual assessment scale>
The therapeutic effect of sublingual immunotherapy was evaluated using a visual assessment scale (VAS) that quantifies comprehensive allergic symptoms (general allergic symptoms such as sinusitis, stuffy nose, sneezing, and itchy eyes). The score range was from 0 (no symptoms) to 10 (severe symptoms). The score value of each patient was determined by having the patient report their symptoms. In each test result, at the time when allergic symptoms peak two years after treatment, patients with a VAS value of 5 or less were defined as responsive patients, and patients with a VAS value of more than 5 were defined as refractory patients.

<DNA抽出およびHLA-DPB1遺伝子型ジェノタイピング>
治療中、各患者の末梢血を採取した。プロトコルに従い、QuickGene DNA全血キット(和光純薬製)を用いた自動DNA抽出システム(QuickGene-610 L 富士フィルム製)によって、末梢血中の白血球からDNAを抽出した。WAKFlow HLAタイピングキット(湧永製薬株式会社製)と、Multiple Analyte Profiling(xMAP)技術(Luminwx System; Luminex Corporation製)とを用いた、ポリメラーゼ連鎖反応配列特異オリゴヌクレオチドプローブ(PCR-SSOP)法により、白血球中のHLA-DPB1遺伝子の遺伝子型をジェノタイピングした。
<DNA extraction and HLA-DPB1 genotyping>
Peripheral blood samples were collected from each patient during treatment. DNA was extracted from leukocytes in peripheral blood using an automated DNA extraction system (QuickGene-610 L, Fujifilm) with a QuickGene DNA whole blood kit (Wako Pure Chemical Industries, Ltd.) according to the protocol. The genotype of the HLA-DPB1 gene in leukocytes was genotyped by the polymerase chain reaction sequence-specific oligonucleotide probe (PCR-SSOP) method using a WAKFlow HLA typing kit (Wakunaga Pharmaceutical Co., Ltd.) and Multiple Analyte Profiling (xMAP) technology (Luminwx System; Luminex Corporation).

<HLA-DPB105:01のtagSNP>
タグ-一塩基多型(tagSNP)を用いてHLA-DPB1遺伝子型のジェノタイピング結果が正しいことを証明した。先行研究に基づいて、HLA-DPB105:01遺伝子型を有する、HLA-DPB1イントロン中のtagSNPである、rs9378177を選択した。各ジェノタイピングは、ABI PRISM 7900HT配列検出システム(Thermo Fisher Scientific製)におけるTaqManジェノタイピングシステム(Thermo Fisher Scientific製)によって行った。PCRは384ウェル形式で行い、自動遺伝子型コーリングはABI PRISM 7900HTデータ収集および解析ソフトウェアバージョン2.2.2(Thermo Fisher Scientific製)を用いて行った。
<HLA-DPB1 * 05:01 tag SNP>
The tag-single nucleotide polymorphism (tagSNP) was used to verify the genotyping results of HLA-DPB1 genotype. Based on previous studies, rs9378177, a tagSNP in the HLA-DPB1 intron, with HLA-DPB1 * 05:01 genotype was selected. Each genotyping was performed by TaqMan genotyping system (Thermo Fisher Scientific) on ABI PRISM 7900HT sequence detection system (Thermo Fisher Scientific). PCR was performed in 384-well format, and automated genotype calling was performed using ABI PRISM 7900HT data collection and analysis software version 2.2.2 (Thermo Fisher Scientific).

<統計解析>
応答性の患者と、不応性の患者との間の年齢の違いの解析は、t-検定を用いて行った。また、応答性の患者と、不応性の患者とを比較した際の2回目のシーズンまでのスギ花粉の合計、およびIgE血清の違いの解析は、ウィルコクソンの順位和検定を用いて行った。応答性の患者と、不応性の患者との間における、性別と舌下免疫療法の開始時期の解析は、フィッシャーの正確確率検定を用いて行った。本試験の患者のHLA遺伝子型の頻度解析は、http://hla.or.jp/med/frequency_search/en/allele/にて公開されている日本人のデータをコントロールとして、フィッシャー正確確率検定を用いて行った。各遺伝子型が二遺伝子型マーカー(0、1、または2個の遺伝子型のコピー)としてコードされる、ロジスティック回帰モデル中の4桁の遺伝子型を含む解析を、HLA-DPB1遺伝子のデータに行った。特定の遺伝子型を有している患者は、舌下免疫療法により高い割合で不応性であるという仮説に基づき、試験期間中のスギ花粉の合計に応じて調整しながら、オッズ比を算出した。false discovery rate(FDR)に基づくq値は、Benjamin-Hochberg(BH)法を用いた複数比較によって調整し、算出した。本試験において有意性は、P値が0.05未満、および、q値が0.05未満である場合と定義した。全解析は、バージョン3.5.1のRソフトウェア(R foundation for Statistical Computing製)を用いて行った。
<Statistical analysis>
The difference in age between responsive and non-responsive patients was analyzed using a t-test. The difference in total cedar pollen and IgE serum up to the second season between responsive and non-responsive patients was analyzed using a Wilcoxon rank-sum test. The difference in gender and the start time of sublingual immunotherapy between responsive and non-responsive patients was analyzed using Fisher's exact test. The frequency analysis of HLA genotypes of patients in this study was performed using Fisher's exact test, using the publicly available data on Japanese subjects at http://hla.or.jp/med/frequency_search/en/allele/ as a control. The data of HLA-DPB1 gene was analyzed including 4-digit genotypes in a logistic regression model, where each genotype is coded as a digenic marker (0, 1, or 2 copies of the genotype). Based on the hypothesis that patients with certain genotypes are more likely to be refractory to sublingual immunotherapy, odds ratios were calculated, adjusting for the total amount of Japanese cedar pollen during the study period. q values based on false discovery rates (FDRs) were calculated using the Benjamin-Hochberg (BH) method for multiple comparisons. Significance was defined in this study as a P value of less than 0.05 and a q value of less than 0.05. All analyses were performed using R software version 3.5.1 (R foundation for Statistical Computing).

〔結果〕
合計で219人のスギ花粉症患者を対象とし、うち203人の試験結果が、症状がピークとなる2回目のシーズンにおいて使用可能であった。患者の情報を表4に示す。なお、治療前の患者のスコア平均は遺伝子型に関わらず約7.5であった。
〔result〕
A total of 219 Japanese cedar pollen allergy patients were included in the study, and the test results for 203 of them were available for the second season, when symptoms peak. Patient information is shown in Table 4. The average score for patients before treatment was approximately 7.5, regardless of genotype.

Figure 0007703161000004
Figure 0007703161000004

表4から、2回目のシーズンにおいて、患者は、176人の応答性の患者と、27人の不応性の患者にわけられた。スギ花粉飛散量は、2015年が2508/cm、2016年が3505/cm、2017年が2570/cm、2018が5041/cm、2019が10933cmであった(図1より。)スギ花粉飛散量の値は、統計多変量ロジスティック回帰分析によって調整した。 From Table 4, in the second season, the patients were divided into 176 responsive patients and 27 refractory patients. The amount of Japanese cedar pollen dispersion was 2508/ cm3 in 2015, 3505/ cm3 in 2016, 2570/ cm3 in 2017, 5041/ cm3 in 2018, and 10933/ cm3 in 2019 (from Figure 1). The values of Japanese cedar pollen dispersion were adjusted by statistical multivariate logistic regression analysis.

HLA-DPB1遺伝子型について、本試験の対象となった患者集団における頻度と、一般的な日本人の集団(1483人)における頻度とを、表5に示す。なお、日本人のコントロールとして、http://hla.or.jp/med/frequency_search/en/allele/のデータを用いた。 Table 5 shows the frequency of HLA-DPB1 genotypes in the patient population studied in this study and in the general Japanese population (1,483 people). Data from http://hla.or.jp/med/frequency_search/en/allele/ was used as a Japanese control.

Figure 0007703161000005
Figure 0007703161000005

表5より、HLA-DPB1遺伝子中、最も高頻度な遺伝子型はHLA-DPB105:01(39.9%)であり、次がHLA-DPB102:01(24.4%)、その次がHLA-DPB109:01(9.9%)であった。 As shown in Table 5, the most frequent genotype among the HLA-DPB1 genes was HLA-DPB1 * 05:01 (39.9%), followed by HLA-DPB1 * 02:01 (24.4%) and then HLA-DPB1 * 09:01 (9.9%).

さらに、表5に記載されているHLA-DPB1遺伝子型のうち、頻度が5%を越える遺伝子型を有する患者について、VASに基づき、舌下免疫療法に対して応答性と不応性である患者に分類した。さらに、得られた数値について、スギ花粉飛散量によって調節した統計多変量ロジスティック回帰分析を行った。結果を表6に示す。 Furthermore, among the HLA-DPB1 genotypes listed in Table 5, patients with genotypes with a frequency of more than 5% were classified into patients who were responsive or refractory to sublingual immunotherapy based on the VAS. Furthermore, statistical multivariate logistic regression analysis adjusted for the amount of cedar pollen dispersed was performed on the obtained values. The results are shown in Table 6.

Figure 0007703161000006
Figure 0007703161000006

表6より、HLA-DPB1の遺伝子型のうち、HLA-DPB105:01を有する患者は、舌下免疫療法に対して不応性である割合が他の遺伝子型に比べて有意に高いことが分かった(P=0.006、q=0.032、オッズ比=2.28、95%信用区間=1.27~4.20)。 Table 6 shows that patients with the HLA-DPB1 genotype HLA-DPB1 * 05:01 were significantly more likely to be refractory to sublingual immunotherapy than those with other genotypes (P = 0.006, q = 0.032, odds ratio = 2.28, 95% confidence interval = 1.27-4.20).

最後に、HLA-DPB1遺伝子のイントロンに存在する、一塩基多型(SNP)rs9378177を用いて、HLA-DPB105:01のジェノタイピングが正確であったかを確認した。識別方法としては、まず、PCR-SSO法により試料を検査し、HLA-DPB105:01遺伝子型について、患者を保因者(ホモ)、保因者(ヘテロ)、非保因者に分類した。さらに、前記試料に対して、TaqMan real time PCR法を用いたジェノタイピングを行い、遺伝子型を検査した。結果を図2に示す。 Finally, the accuracy of genotyping of HLA-DPB1 * 05:01 was confirmed using the single nucleotide polymorphism (SNP) rs9378177 present in the intron of the HLA-DPB1 gene. As a method of identification, first, the samples were examined by the PCR-SSO method, and the patients were classified into carriers (homozygotes), carriers (heterozygotes), and non-carriers for the HLA-DPB1 * 05:01 genotype. Furthermore, the samples were genotyped using the TaqMan real time PCR method to examine the genotype. The results are shown in FIG. 2.

図2の横軸はHLA-DPB105:01(Allele1)の一塩基変異を、縦軸は他のHLA-DPB1遺伝子型(Allele2)の一塩基変異を示す。図2に示す通り、全ての患者においてSNPの測定による遺伝子型の識別結果は、PCR-SSO法の識別結果と完全に一致していた。 The horizontal axis of Figure 2 indicates single-base mutations in HLA-DPB1 * 05:01 (Allele 1), and the vertical axis indicates single-base mutations in other HLA-DPB1 genotypes (Allele 2). As shown in Figure 2, the results of genotype identification by SNP measurement were completely consistent with the results of identification by the PCR-SSO method in all patients.

本発明は、舌下免疫療法の治療効果を予測するために利用することができる。

The present invention can be used to predict the therapeutic effect of sublingual immunotherapy.

Claims (4)

被験体から採取した試料中の、HLA遺伝子複合体を構成する少なくとも1つの遺伝子の遺伝子型を検出する検出工程を含み、
上記遺伝子は、HLA-DPB1である、舌下免疫療法の治療効果を予測するためのデータの取得方法。
A detection step of detecting the genotype of at least one gene constituting an HLA gene complex in a sample collected from a subject,
The method for obtaining data for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy, wherein the gene is HLA-DP B1 .
上記検出工程では、PCR-rSSO/PCR-SSP(Luminex)法によるジェノタイピング、tagSNP法によるジェノタイピング、サンガーシークエンスによるジェノタイピング、全ゲノム関連解析(GWAS)によるインピュテーション法を含むジェノタイピング、および、次世代シークエンサーによるジェノタイピングからなる群から選択される1種類以上によって上記遺伝子型を検出する、請求項1に記載のデータの取得方法。 The data acquisition method according to claim 1, wherein in the detection step, the genotype is detected by one or more methods selected from the group consisting of genotyping by PCR-rSSO/PCR-SSP (Luminex) method, genotyping by tagSNP method, genotyping by Sanger sequencing, genotyping including imputation method by genome-wide association study (GWAS), and genotyping by next-generation sequencer. HLA遺伝子複合体を構成する少なくとも1つの遺伝子の遺伝子型を検出するための物品を備えており、
上記遺伝子は、HLA-DPB1である、舌下免疫療法の治療効果を予測するための予測用キット。
an article for detecting the genotype of at least one gene that constitutes an HLA gene complex;
A prediction kit for predicting the therapeutic effect of sublingual immunotherapy, wherein the gene is HLA-DP B1 .
上記物品は、上記遺伝子に特異的に結合するプライマー、GWASパネル作製試薬、および次世代シークエンサーライブラリ作製試薬からなる群より選択される1種類以上を含む、請求項3に記載のキット。 The kit according to claim 3, wherein the article includes one or more selected from the group consisting of a primer that specifically binds to the gene, a GWAS panel preparation reagent, and a next-generation sequencer library preparation reagent.
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MORII, Wataru et al.,Allergology International,2017年04月29日,Vol. 67, No. 1,pp. 61-66,DOI: 10.1016/j.alit.2017.04.004
ZHAO, Yanming et al,International Forum of Allergy and Rhinology,2019年11月,Vol. 9, No. 11,pp. 1311-1317,DOI: 10.1002/alr.22384
藤枝重治,アレルギー性鼻炎発症における肥満細胞脱顆粒の多面的研究,科学研究費助成事業 研究成果報告書,2017年
藤枝重治,網羅的解析を組み合わせたスギ花粉症に対する遺伝子多型からの発症予防と治療戦略,科学研究費助成事業 研究成果報告書,2014年

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