JP7707664B2 - 細胞画像解析方法 - Google Patents
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Description
細胞画像解析装置100は、図1に示すように、画像取得部1と、プロセッサ2と、記憶部3と、表示部4と、入力受付部5と、を備える。
図2(A)~図2(G)を参照して、適切細胞画像11および不適切細胞画像12について説明する。
次に、図3を参照して、本実施形態による細胞画像解析方法によって、細胞画像10を解析する方法について説明する。なお、本実施形態では、細胞画像解析装置100が、細胞画像10を解析することにより、細胞画像10を適切細胞画像11と不適切細胞画像12とに分類する構成について説明する。本実施形態では、細胞画像解析装置100は、第1学習済みモデル6を用いて細胞画像10を解析することにより、細胞画像10が適切細胞画像11であるか不適切細胞画像12であるかを判定する。第1学習済みモデル6は、細胞画像10が入力されることにより、細胞画像分類ラベル13を出力する。細胞画像分類ラベル13は、0と1とを含む。細胞画像分類ラベル13が1の場合、細胞画像10が適切細胞画像11に分類されたことを意味する。また、細胞画像分類ラベル13が0の場合、細胞画像10が不適切細胞画像12に分類されたことを意味する。
本実施形態による第1学習済みモデル6の生成方法102は、教師用細胞画像30と、教師用細胞画像分類ラベル31と、を用いて、細胞画像10を適切細胞画像11と不適切細胞画像12とに分類することを第1学習モデル6aに学習させることにより、第1学習済みモデル6を生成する。すなわち、教師用細胞画像30としての適切細胞画像11を入力データとし、教師用細胞画像分類ラベル31としての1を出力データとすることにより、入力された画像が適切細胞画像11であることを学習させる。また、教師用細胞画像30としての不適切細胞画像12を入力データとし、教師用細胞画像分類ラベル31としての0を出力データとすることにより、入力された画像が不適切細胞画像12であることを学習させる。第1学習済みモデル6は、たとえば、図3に示す畳み込みニューラルネットワーク(Convolutional neural network;CNN)であるか、畳み込みニューラルネットワークを一部に含む。第1学習モデル6aを学習させることにより生成された第1学習済みモデル6は、細胞画像解析装置100の記憶部3(図1)に記憶される。
本実施形態による画像解析方法101は、画像取得部1が顕微鏡20などから取得した細胞画像10を、適切細胞画像11と不適切細胞画像12とに分類する画像解析方法である。本実施形態による画像解析方法101は、細胞画像10を取得するステップと、細胞画像10の画質が判定基準を満たしているか否かを判定するステップと、細胞画像10を適切細胞画像11と不適切細胞画像12とに分類するステップと、を含む。画像解析方法101の各ステップの詳細な処理については、後述する。
次に、図4を参照して、学習済みモデル生成部2dが、第1学習済みモデル6を生成する処理について説明する。
次に、図5を参照して、プロセッサ2が、細胞画像10を解析する処理について説明する。本実施形態による細胞画像解析方法は、細胞画像10を取得するステップ300と、細胞画像10の画質が判定基準を満たしているか否かを判定するステップ301と、細胞画像10の画質が判定基準を満たしている場合に、細胞画像10を適切細胞画像11に分類するステップ302と、判定基準を満たしていない場合に、細胞画像10を不適切細胞画像12に分類するステップ303と、を備える。
次に、図6および図7を参照して、細胞画像解析装置100が、細胞画像10を撮影する際における細胞画像10の解析を行う構成について説明する。
次に、図9および図10を参照して、細胞画像解析装置100が、第2学習モデル7aを学習させることにより、第2学習済みモデル7を生成する際における、細胞画像10の解析を行う構成について説明する。なお、第2学習モデル7aは、たとえば、畳み込みニューラルネットワークであるか、畳み込みニューラルネットワークを一部に含む。
次に、図12および図13を参照して、画像解析部2cが、細胞画像10を解析する構成について説明する。
本実施形態では、以下のような効果を得ることができる。
今回開示された実施形態は、全ての点で例示であり制限的なものではないと考えられるべきである。本発明の範囲は上記実施形態の説明ではなく特許請求の範囲によって示され、さらに特許請求の範囲と均等の意味および範囲内での全ての変更(変形例)が含まれる。
上記した例示的な実施形態は、以下の態様の具体例であることが当業者により理解される。
細胞画像を取得するステップと、
前記細胞画像が、前記細胞画像に写る細胞のボケ、前記細胞画像における異物の映り込み、前記細胞画像における迷光の映り込み、前記細胞を培養する際の培地に起因する前記細胞画像の画質の低下、前記細胞画像における画素値が飽和した領域、および、前記細胞と前記細胞以外の領域との境界が明確でない前記細胞のうちの少なくとも1つを含むか否かを判定するステップと、
前記細胞画像が、前記細胞のボケ、前記異物の映り込み、前記迷光の映り込み、前記培地に起因する前記細胞画像の画質の低下、前記画素値が飽和した領域、および、前記境界が明確でない前記細胞を含まない場合に、前記細胞画像を適切細胞画像に分類し、前記細胞のボケ、前記異物の映り込み、前記迷光の映り込み、前記培地に起因する前記細胞画像の画質の低下、前記画素値が飽和した領域、および、前記境界が明確でない前記細胞のうちの少なくとも1つを含む場合には、前記細胞画像を不適切細胞画像に分類するステップと、を備える、細胞画像解析方法。
前記細胞画像は、容器によって培養される培養細胞を撮影した画像であり、
前記判定するステップにおいて、前記細胞画像の解析を行うために前記細胞画像を分類する際に、前記細胞画像の画質が前記細胞画像の前記解析に適しているか否かの判定、および、前記細胞画像を解析するための学習モデルの学習に用いる前記細胞画像を分類する際に、前記細胞画像の画質が前記学習モデルに対する前記解析の学習に適しているか否かの判定の少なくともいずれかのための判定基準を満たしている否かを判定する、項目1に記載の細胞画像解析方法。
前記判定基準は、前記細胞のボケの有無、前記異物の映り込みの有無、前記迷光の映り込みの有無、前記培地に起因する前記細胞画像の画質の低下の有無、前記画素値が飽和した領域の有無、および、前記境界が明確でない前記細胞の有無を含む、項目2に記載の細胞画像解析方法。
前記適切細胞画像と前記不適切細胞画像とを学習させることにより、前記細胞画像が前記判定基準を満たしているか否かを判定することを学習させた第1学習済みモデルを作成するステップをさらに備え、
前記判定するステップにおいて、前記第1学習済みモデルを用いて、前記細胞画像が前記適切細胞画像であるか前記不適切細胞画像であるかの判定を行う、項目2または3に記載の細胞画像解析方法。
前記適切細胞画像の画質を劣化させる画像処理を行うことにより、前記不適切細胞画像を生成するステップをさらに備え、
前記第1学習済みモデルを作成するステップにおいて、前記適切細胞画像と、前記適切細胞画像から生成された前記不適切細胞画像とに基づいて、前記第1学習済みモデルを作成する、項目4に記載の細胞画像解析方法。
前記不適切細胞画像を生成するステップにおいて、前記適切細胞画像の画質を劣化させる画像処理のパラメータを変更し、前記適切細胞画像としての許容範囲に入る画像と、前記許容範囲に入らない画像とを作成する、項目5に記載の細胞画像解析方法。
前記判定するステップにおいて、前記細胞画像に対して画像処理を行うことにより、前記細胞画像が、前記細胞のボケ、前記異物の映り込み、前記迷光の映り込み、前記培地に起因する前記細胞画像の画質の低下、前記画素値が飽和した領域、および、前記境界が明確でない前記細胞のうちの少なくとも1つを含むか否かを判定する、項目1~6のいずれか1項に記載の細胞画像解析方法。
前記判定するステップにおいて、前記細胞画像のコントラストに基づいて前記細胞のボケの有無を判定するとともに、前記細胞画像の輝度値の分布に基づいて、前記異物の映り込みの有無、前記迷光の映り込みの有無、前記培地に起因する前記細胞画像の画質の低下の有無、前記画素値が飽和した領域の有無、および前記境界が明確でない前記細胞の有無を判定する、項目7に記載の細胞画像解析方法。
前記細胞画像が前記不適切細胞画像であると分類された場合に、前記細胞画像を解析から除外するステップと、
前記適切細胞画像に分類された前記細胞画像を用いて前記解析を行うステップと、をさらに備える、項目1~8のいずれか1項に記載の細胞画像解析方法。
前記細胞画像が前記不適切細胞画像に分類された場合に、前記細胞画像の前記解析を行う際に、前記細胞画像が解析に適していない旨、または、前記細胞画像を解析するための前記学習モデルを学習させる際に、前記学習モデルに対する前記解析の学習に適していない旨を報知するステップ、をさらに備える、項目1~8のいずれか1項に記載の細胞画像解析方法。
前記細胞画像が前記不適切細胞画像に分類された場合に、前記細胞画像を、学習モデルに対する前記細胞画像の解析の学習から除外するステップと、
前記適切細胞画像に分類された前記細胞画像を用いて、前記学習モデルに前記解析を学習させるステップ、をさらに備える、項目1~8のいずれか1項に記載の細胞画像解析方法。
7 第2学習済みモデル
7a 第2学習モデル(学習モデル)
10 細胞画像
11 適切細胞画像
12、12a、12b、12c、12d 不適切細胞画像
80 異物
83 画素値が飽和した領域
84 境界(細胞の領域と細胞以外の領域との境界)
90 細胞(培養細胞)
90a 細胞(境界が明確でない細胞)
Claims (10)
- 細胞画像を取得するステップと、
前記細胞画像が、前記細胞画像に写る細胞のボケ、前記細胞画像における異物の映り込み、前記細胞画像における迷光の映り込み、前記細胞を培養する際の培地に起因する前記細胞画像の画質の低下、前記細胞画像における画素値が飽和した領域、および、前記細胞と前記細胞以外の領域との境界が明確でない前記細胞のうちの少なくとも1つを含むか否かを判定するステップと、
前記細胞画像が、前記細胞のボケと、前記異物の映り込みと、前記迷光の映り込みと、前記培地に起因する前記細胞画像の画質の低下と、前記画素値が飽和した領域と、前記境界が明確でない前記細胞とを含まない場合に、前記細胞画像を適切細胞画像に分類し、前記細胞のボケ、前記異物の映り込み、前記迷光の映り込み、前記培地に起因する前記細胞画像の画質の低下、前記画素値が飽和した領域、および、前記境界が明確でない前記細胞のうちの少なくとも1つを含む場合には、前記細胞画像を不適切細胞画像に分類するステップと、
前記適切細胞画像の画質を劣化させる画像処理を行うことにより、前記不適切細胞画像を生成するステップと、
前記適切細胞画像と、前記適切細胞画像から生成された前記不適切細胞画像とを学習させることにより前記細胞画像が前記適切細胞画像であるか前記不適切細胞画像であるかを判定することを学習させた第1学習済みモデルを作成するステップと、を備え、
前記判定するステップにおいて、前記第1学習済みモデルを用いて、前記細胞画像が前記適切細胞画像であるか前記不適切細胞画像であるかの判定を行う、細胞画像解析方法。 - 前記細胞画像は、容器によって培養される培養細胞を撮影した画像であり、
前記判定するステップにおいて、前記細胞画像の解析を行うために前記細胞画像を分類する際に、前記細胞画像の画質が前記細胞画像の前記解析に適しているか否かの判定、および、前記細胞画像を解析するための学習モデルの学習に用いる前記細胞画像を分類する際に、前記細胞画像の画質が前記学習モデルに対する前記解析の学習に適しているか否かの判定の少なくともいずれかのための判定基準を満たしている否かを判定する、請求項1に記載の細胞画像解析方法。 - 前記判定基準は、前記細胞のボケの有無、前記異物の映り込みの有無、前記迷光の映り込みの有無、前記培地に起因する前記細胞画像の画質の低下の有無、前記画素値が飽和した領域の有無、および、前記境界が明確でない前記細胞の有無を含む、請求項2に記載の細胞画像解析方法。
- 前記第1学習済みモデルを作成するステップにおいて、前記適切細胞画像と前記不適切細胞画像とを学習させることにより、前記細胞画像が前記判定基準を満たしているか否かを判定する前記第1学習済みモデルを作成する、請求項2または3に記載の細胞画像解析方法。
- 前記不適切細胞画像を生成するステップにおいて、前記適切細胞画像の画質を劣化させる画像処理のパラメータを変更し、前記適切細胞画像としての許容範囲に入る画像と、前記許容範囲に入らない画像とを作成する、請求項1に記載の細胞画像解析方法。
- 前記判定するステップにおいて、前記細胞画像に対して画像処理を行うことにより、前記細胞画像が、前記細胞のボケ、前記異物の映り込み、前記迷光の映り込み、前記培地に起因する前記細胞画像の画質の低下、前記画素値が飽和した領域、および、前記境界が明確でない前記細胞のうちの少なくとも1つを含むか否かを判定する、請求項1~5のいずれか1項に記載の細胞画像解析方法。
- 前記判定するステップにおいて、前記細胞画像のコントラストに基づいて前記細胞のボケの有無を判定するとともに、前記細胞画像の輝度値の分布に基づいて、前記異物の映り込みの有無、前記迷光の映り込みの有無、前記培地に起因する前記細胞画像の画質の低下の有無、前記画素値が飽和した領域の有無、および前記境界が明確でない前記細胞の有無を判定する、請求項6に記載の細胞画像解析方法。
- 前記細胞画像が前記不適切細胞画像であると分類された場合に、前記細胞画像を解析から除外するステップと、
前記適切細胞画像に分類された前記細胞画像を用いて前記解析を行うステップと、をさらに備える、請求項1~7のいずれか1項に記載の細胞画像解析方法。 - 前記細胞画像が前記不適切細胞画像に分類された場合に、前記細胞画像の前記解析を行う際に、前記細胞画像が解析に適していない旨、または、前記細胞画像を解析するための学習モデルを学習させる際に、前記学習モデルに対する前記解析の学習に適していない旨を報知するステップ、をさらに備える、請求項1~7のいずれか1項に記載の細胞画像解析方法。
- 前記細胞画像が前記不適切細胞画像に分類された場合に、前記細胞画像を、学習モデルに対する前記細胞画像の解析の学習から除外するステップと、
前記適切細胞画像に分類された前記細胞画像を用いて、前記学習モデルに前記解析を学習させるステップ、をさらに備える、請求項1~7のいずれか1項に記載の細胞画像解析方法。
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