JP7728779B2 - 訓練データにおける欠落したアノテーションに対処するためのクラス別損失関数 - Google Patents
訓練データにおける欠落したアノテーションに対処するためのクラス別損失関数Info
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Description
深層学習の出現により、医用撮像におけるコンピュータ支援による検出および診断の向上が促進された。深層学習技術を利用する医用撮像ツールキットは、病変の検出および位置特定において放射線科医を大幅に支援することができる。過去10年間にわたる医用撮像の性能および精度の進歩の少なくとも一部は、特に、畳み込みニューラルネットワークの使用に起因する可能性があり、この畳み込みニューラルネットワークは、肝臓における自動病変検出およびセグメンテーション、皮膚癌の分類、ならびに様々なタイプ(例えば、肝臓、肺、リンパ節、または腹部)の病変の教師なし分類を行うために使用されてきた。
本開示は、特徴(例えば、病変)の自動アノテーションのために、特定のタイプの損失関数(例えば、クラス別損失関数)を定義および利用するための技術を提示する。
I.概要
画像(例えば、2次元または3次元画像)は、撮像システムを使用して収集することができる。画像は、アノテータ装置(例えば、画像の一部にラベル付けするための任意の適切な装置であってもよい)に送信され、提示され得る。アノテータ装置において(手動で、またはコンピュータから自動的に、のいずれかで)受信した入力を使用して、画像のどの部分が特定の着目特徴(例えば、病変)に対応するかを識別することができる。例えば、入力は、1つまたは複数の病変のそれぞれのアウトラインに対応することができる。場合によっては、入力は、着目特徴に対応する画像内の単一または限られた数の部分のみを識別し、着目特徴にも対応する可能性がある任意の残りの部分を背景データとして無視することができる。画像の識別された部分の不完全なセットをラベルデータとして記憶する。このため、ラベルデータに含まれる部分は、「ラベルデータ部分」と呼ばれる。例えば、ラベルデータは、1つまたは複数の標的病変のそれぞれについて、どの画素またはボクセルが病変の外周、病変の面積、または病変の体積の一部であるかを示すことができ、ラベルデータ部分は、病変の面積または体積を識別するように定義することができる。別の例として、ラベルデータは、1つまたは複数の標的病変のそれぞれについて、病変を境界付けるバウンディングボックス(例えば、病変を描写しない画像の他の部分を大幅に省略するのに十分小さい2次元または3次元ボックスである)を識別することができ、ラベルデータ部分は、バウンディングボックスの面積または体積を識別するように定義することができる。
図1は、一部の実施形態による例示的な着目特徴検出ネットワーク100を示す。着目特徴検出ネットワーク100は、入力データ要素(例えば、画像)内の着目特徴(例えば、病変)の描写を検出するために、機械学習モデルの訓練および使用をサポートするように構成される。例えば、着目特徴は、病変、特定の細胞タイプ、または血管系を含むことができる。本明細書で使用される場合、病変とは、疾患または外傷によって引き起こされる組織異常または組織損傷を指す。特定のタイプの病変は、腫瘍を含む。
図4は、一部の実施形態による、クラス別損失関数138を使用して機械学習モデル126を訓練し、入力データ要素を処理するための例示的プロセス400の流れ図を示す。特に、プロセス400は、機械学習モデル126を訓練して、入力データ要素(例えば、医療画像)内の予測着目特徴(例えば、病変)の表現を検出することができる。プロセス400は、入力データ処理システム125によって実行され得る。
IV.A.例示的なデータセット
100人のユニークな被験者の1000件の研究からの2568枚のCTスキャン画像で構成されるデータセットを収集して、機械学習モデルを訓練し、各画像に描写された病変の量を識別し、各描写された画像の位置を識別した。このデータセットを、訓練用に1500枚、検証用に300枚、および試験に提供するための700枚の画像の比率にそれぞれ分割した。検証データを使用して、訓練を終了するかどうか、および/またはいつ終了するかを評価した。全ての性能測定基準は、試験データを使用して算出された。残りの68枚の画像は未使用のままとした。各画像は、RECIST基準を使用してアノテータユーザによって識別されたアノテーションを含み、アノテートされた「標的」病変は、撮像セッションごとに、臓器あたり少なくとも10mmの直径を有する最大5個の病変、および臓器あたり少なくとも10mmの直径を有する最大10個の病変を含むものとした。
IV.B.1.例示的なモデル構造
病変検出のこの場合の自動画像アノテーションシステムは、レティナネット(retinanet)アーキテクチャを有する機械学習モデルを利用した。レティナネットアーキテクチャは、特徴ピラミッドネットワークと共にレスネットアーキテクチャで構成された。特徴ピラミッドネットワークの各層は、分類器およびバウンディングボックス回帰器に供給された。アーキテクチャの顕著な特徴は、クロスエントロピー損失関数の代わりに焦点損失関数を使用することであった。
図5は、各エポック後の試験データセットに対するネットワークの性能を示す。式4に示される焦点損失関数を使用して生成された結果は、「焦点損失」とラベル付けされ、式3に示されるdropmax焦点損失関数を使用して生成された結果は、「dropmaxによる焦点損失」とラベル付けされている。
深層学習における検出および局所化の取り組みは、典型的には、1段検出器と多段検出器の2つのカテゴリに分けることができる。多段検出器は、最初に着目領域を識別し、次いで各領域を病変または背景として分類することができる。1段検出器は、画像領域と、病変または背景に対応する領域の分類との両方に対して単一ネットワークを使用する。本実施例は、領域を識別するためにニューラルネットワークを使用し、各領域が病変に対応するかどうかを予測するためにクラス別損失関数を使用する1段検出器の性能を評価した。
本開示の一部の実施形態は、1つまたは複数のデータプロセッサを含むシステムを含む。一部の実施形態では、システムは、命令を含む非一過性コンピュータ可読記憶媒体であって、命令が、1つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、1つまたは複数のデータプロセッサに、本明細書に開示された1つまたは複数の方法の一部もしくは全部および/または1つもしくは複数のプロセスの一部もしくは全部を実行させる、非一過性コンピュータ可読記憶媒体を含む。本開示の一部の実施形態は、1つまたは複数のデータプロセッサに、本明細書に開示された1つまたは複数の方法の一部もしくは全部および/あるいは1つまたは複数のプロセスの一部もしくは全部を実行させるように構成される命令を含む、非一過性機械可読記憶媒体において有形に具現化されるコンピュータプログラム製品を含む。
入力データ要素、および
それぞれが前記入力データ要素内の着目特徴を識別する1つまたは複数のラベルデータ部分定義、
を含むデータセットを提供することと、
前記データセットを使用して動作のセットを実行することによって機械学習モデルを訓練することであり、前記動作のセットが、
それぞれが前記入力データ要素内の予測着目特徴を識別する1つまたは複数のモデル識別部分定義を生成することであり、前記1つまたは複数のモデル識別部分定義が前記機械学習モデルに基づいて生成される、モデル識別部分定義を生成すること、
前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のうちの特定のラベルデータ部分定義によって識別された前記着目特徴を、前記特定のラベルデータ部分定義と前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陰性として分類すること、
前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のうちの特定のモデル識別部分定義によって識別された前記予測着目特徴を、前記特定のモデル識別部分定義と前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陽性として分類すること、
少なくとも一部の偽陽性よりも多くの偽陰性にペナルティを課すように構成されるクラス別損失関数を提供すること、
前記クラス別損失関数を使用して損失を計算することであり、前記計算が、前記予測着目特徴の偽陽性としての前記分類に割り当てられたいかなるペナルティよりも大きいペナルティを前記着目特徴の偽陰性としての前記分類に割り当てることを含む、計算すること、および
前記損失に基づいて、前記機械学習モデルのパラメータ値のセットを決定すること、を含む、
機械学習モデルを訓練することと、
を含むコンピュータ実装方法。
前記機械学習モデルを訓練することが前記動作のセットを複数回繰り返し実行することを含む、
例示的な実施形態A1に記載のコンピュータ実装方法。
前記損失を計算することが、前記信頼度メトリックに基づいて、前記予測着目特徴の偽陽性としての前記分類に割り当てられたペナルティを計算することを含む、例示的な実施形態A1またはA2に記載のコンピュータ実装方法。
前記信頼度メトリックが所定のしきい値を超えたと判定することと、
前記予測特徴の偽陽性としての前記分類に割り当てられた前記ペナルティを0に設定することと、
を含む、例示的な実施形態A3に記載のコンピュータ実装方法。
前記損失を計算することが、
それぞれが偽陽性として分類された予測着目特徴を含む、偽陽性予測着目特徴のセットを識別することと、
前記偽陽性予測着目特徴のセットのそれぞれについて、存在する前記予測着目特徴の信頼度を表す信頼度メトリックを生成することと、
ドロップされるべき前記偽陽性分類の量および前記信頼度メトリックに基づいて、前記偽陽性の予測着目特徴のセットのサブセットを定義することと、
前記サブセット内の偽陽性予測特徴のそれぞれにペナルティを割り当てることと、
を含む、
例示的な実施形態A1~A8のいずれか一項に記載のコンピュータ実装方法。
訓練された機械学習モデルを使用して、特定の入力データ要素における任意の予測着目特徴を検出する要求を送信することであり、訓練された前記機械学習モデルが、
入力データ要素、および
それぞれが前記入力データ要素内の着目特徴を識別する1つまたは複数のラベルデータ部分定義、
を含むデータセットを提供することと、
前記データセットを使用して、
それぞれが前記入力データ要素内の予測着目特徴を識別する1つまたは複数のモデル識別部分定義を生成することであり、前記1つまたは複数のモデル識別部分定義が前記機械学習モデルに基づいて生成される、モデル識別部分定義を生成すること、
前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のうちの特定のラベルデータ部分定義によって識別された前記着目特徴を、前記特定のラベルデータ部分定義と前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陰性として分類すること、
前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のうちの特定のモデル識別部分定義によって識別された前記予測着目特徴を、前記特定のモデル識別部分定義と前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陽性として分類すること、
少なくとも一部の偽陽性よりも多くの偽陰性にペナルティを課すように構成されるクラス別損失関数を提供すること、
前記クラス別損失関数を使用して損失を計算することであり、前記計算が、前記予測着目特徴の偽陽性としての分類に割り当てられたいかなるペナルティよりも大きいペナルティを前記着目特徴の偽陰性としての分類に割り当てることを含む、計算すること、および
前記損失に基づいて前記機械学習モデルのパラメータ値の前記セットを決定すること、
によって機械学習モデルを訓練することと、
によって学習されたパラメータ値のセットで構成される、
送信することと、
前記要求を送信することに応答して、1つまたは複数の特定のモデル識別部分定義を識別する結果を受信することであり、前記1つまたは複数の特定のモデル識別部分定義のそれぞれが予測着目特徴に対応する前記特定の入力データ要素の部分を識別する、受信することと、
を含む方法。
前記診断または処置の識別を出力することと、
をさらに含む、例示的な実施形態A10に記載の方法。
をさらに含む、例示的な実施形態A10またはA11に記載の方法。
1つまたは複数のデータプロセッサと
前記1つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、前記1つまたは複数のデータプロセッサに、
入力データ要素、および
それぞれが前記入力データ要素内の着目特徴を識別する1つまたは複数のラベルデータ部分定義、
を含むデータセットを提供することと、
前記データセットを使用して、
それぞれが前記入力データ要素内の予測着目特徴を識別する1つまたは複数のモデル識別部分定義を生成することであり、前記1つまたは複数のモデル識別部分定義が前記機械学習モデルに基づいて生成される、モデル識別部分定義を生成すること、
前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のうちの特定のラベルデータ部分定義によって識別された前記着目特徴を、前記特定のラベルデータ部分定義と前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陰性として分類すること、
前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のうちの特定のモデル識別部分定義によって識別された前記予測着目特徴を、前記特定のモデル識別部分定義と前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陽性として分類すること、
少なくとも一部の偽陽性よりも多くの偽陰性にペナルティを課すように構成されるクラス別損失関数を提供すること、
前記クラス別損失関数を使用して損失を計算することであり、前記計算が、前記予測着目特徴の偽陽性としての分類に割り当てられたいかなるペナルティよりも大きいペナルティを前記着目特徴の偽陰性としての分類に割り当てることを含む、計算すること、および
前記損失に基づいて、前記機械学習モデルのパラメータ値のセットを決定すること、
によって機械学習モデルを訓練することと、
を含むアクションのセットを実行させる命令を含む非一過性コンピュータ可読記憶媒体と、
を備えるシステム。
本開示の一部の実施形態は、1つまたは複数のデータプロセッサを含むシステムを含む。一部の実施形態では、システムは、命令を含む非一過性コンピュータ可読記憶媒体であって、命令が、1つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、1つまたは複数のデータプロセッサに、本明細書に開示された1つまたは複数の方法の一部もしくは全部および/または1つもしくは複数のプロセスの一部もしくは全部を実行させる、非一過性コンピュータ可読記憶媒体を含む。本開示の一部の実施形態は、1つまたは複数のデータプロセッサに、本明細書に開示された1つまたは複数の方法の一部もしくは全部および/あるいは1つまたは複数のプロセスの一部もしくは全部を実行させるように構成される命令を含む、非一過性機械可読記憶媒体において有形に具現化されるコンピュータプログラム製品を含む。
Claims (13)
- コンピュータ実装方法であって、
入力データ要素、および
それぞれが前記入力データ要素内の着目特徴を識別する1つまたは複数のラベルデータ部分定義、
を含むデータセットを提供することと、
前記データセットを使用して動作のセットを実行することによって機械学習モデルを訓練することであり、前記動作のセットが、
それぞれが前記入力データ要素内の予測着目特徴を識別する1つまたは複数のモデル識別部分定義を生成することであり、前記1つまたは複数のモデル識別部分定義が前記機械学習モデルに基づいて生成される、モデル識別部分定義を生成すること、
前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のうちの特定のラベルデータ部分定義によって識別された前記着目特徴を、前記特定のラベルデータ部分定義と前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陰性として分類すること、
前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のうちの特定のモデル識別部分定義によって識別された前記予測着目特徴を、前記特定のモデル識別部分定義と前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陽性として分類すること、
前記特定のモデル識別部分定義について、存在する前記予測着目特徴の信頼度を表す信頼度メトリックを生成すること、
少なくとも一部の偽陽性よりも偽陰性に多くのペナルティを課すように構成されるクラス別損失関数を提供すること、
前記クラス別損失関数を使用して損失を計算することであり、前記計算が、前記予測着目特徴の偽陽性としての前記分類に割り当てられたいかなるペナルティよりも大きいペナルティを前記着目特徴の偽陰性としての前記分類に割り当てることを含み、前記損失を計算することが、前記信頼度メトリックに基づいて、前記予測着目特徴の偽陽性としての前記分類に割り当てられたペナルティを計算することを含む、損失を計算すること、および
前記損失に基づいて、前記機械学習モデルのパラメータ値のセットを決定すること、を含む、
機械学習モデルを訓練することと、
を含むコンピュータ実装方法。 - 前記動作のセットが前記パラメータ値のセットで構成されるように前記機械学習モデルを更新することをさらに含み、
前記機械学習モデルを訓練することが前記動作のセットを複数回繰り返し実行することを含み、前記動作のセットの次の実行が前記データセットに含まれる少なくとも1つの他の入力データ要素を使用して前記機械学習モデルを訓練することを含む、
請求項1に記載のコンピュータ実装方法。 - 前記損失を計算することが、
前記信頼度メトリックが所定のしきい値を超えたと判定することと、
前記予測着目特徴の偽陽性としての前記分類に割り当てられた前記ペナルティを0に設定することと、
を含む、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。 - 前記入力データ要素が画像を含み、前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のそれぞれが画素のセットを識別する、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記機械学習モデルが畳み込みニューラルネットワークおよび/またはディープニューラルネットワークを含む、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記パラメータ値のセットが重みのセットに対する値を含む、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記入力データ要素が画像を含み、前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義の各ラベルデータ部分定義について、前記ラベルデータ部分定義において識別される前記着目特徴が、腫瘍、病変、特定の細胞タイプ、または血管系である、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- 前記データセットにおける着目特徴表現の推定数に基づいて、ペナルティ割り当てからドロップされるべき偽陽性分類の量を決定することをさらに含む、請求項1に記載のコンピュータ実装方法。
- 方法であって、
訓練された機械学習モデルを使用して、特定の入力データ要素における任意の予測着目特徴を検出する要求を送信することであり、訓練された前記機械学習モデルが、
入力データ要素、および
それぞれが前記入力データ要素内の着目特徴を識別する1つまたは複数のラベルデータ部分定義、
を含むデータセットを提供すること、ならびに
前記データセットを使用して、
それぞれが前記入力データ要素内の予測着目特徴を識別する1つまたは複数のモデル識別部分定義を生成することであり、前記1つまたは複数のモデル識別部分定義が前記機械学習モデルに基づいて生成される、モデル識別部分定義を生成すること、
前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のうちの特定のラベルデータ部分定義によって識別された前記着目特徴を、前記特定のラベルデータ部分定義と前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陰性として分類すること、
前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のうちの特定のモデル識別部分定義によって識別された前記予測着目特徴を、前記特定のモデル識別部分定義と前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陽性として分類すること、
前記特定のモデル識別部分定義について、存在する前記予測着目特徴の信頼度を表す信頼度メトリックを生成すること、
少なくとも一部の偽陽性よりも偽陰性に多くのペナルティを課すように構成されるクラス別損失関数を提供すること、
前記クラス別損失関数を使用して損失を計算することであり、前記計算が、前記予測着目特徴の偽陽性としての前記分類に割り当てられたいかなるペナルティよりも大きいペナルティを前記着目特徴の偽陰性としての前記分類に割り当てることを含み、前記損失を計算することが、前記信頼度メトリックに基づいて、前記予測着目特徴の偽陽性としての前記分類に割り当てられたペナルティを計算することを含む、損失を計算すること、および
前記損失に基づいて前記機械学習モデルのパラメータ値のセットを決定すること、
によって機械学習モデルを訓練することと、
によって学習されたパラメータ値のセットで構成される、
送信することと、
前記要求を送信することに応答して、1つまたは複数の特定のモデル識別部分定義を識別する結果を受信することであり、前記1つまたは複数の特定のモデル識別部分定義のそれぞれが予測着目特徴に対応する前記特定の入力データ要素の部分を識別する、受信することと、
を含む方法。 - 前記1つまたは複数の特定のモデル識別部分定義に基づいて、前記特定の入力データ要素に対応する被験者の診断または処置を決定することと、
前記診断または処置の識別を出力することと、
をさらに含む、請求項9に記載の方法。 - コンピュータ断層撮影(CT)スキャナ、磁気共鳴撮像(MRI)装置、または顕微鏡を使用して前記特定の入力データ要素を収集することをさらに含む、請求項9に記載の方法。
- システムであって、
1つまたは複数のデータプロセッサと、
前記1つまたは複数のデータプロセッサ上で実行されると、前記1つまたは複数のデータプロセッサに、
入力データ要素、および
それぞれが前記入力データ要素内の着目特徴を識別する1つまたは複数のラベルデータ部分定義
を含むデータセットを提供することと、
前記データセットを使用して、
それぞれが前記入力データ要素内の予測着目特徴を識別する1つまたは複数のモデル識別部分定義を生成することであり、前記1つまたは複数のモデル識別部分定義が機械学習モデルに基づいて生成される、モデル識別部分定義を生成すること、
前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のうちの特定のラベルデータ部分定義によって識別された前記着目特徴を、前記特定のラベルデータ部分定義と前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陰性として分類すること、
前記1つまたは複数のモデル識別部分定義のうちの特定のモデル識別部分定義によって識別された前記予測着目特徴を、前記特定のモデル識別部分定義と前記1つまたは複数のラベルデータ部分定義のそれぞれとの間の不一致を判定することによって偽陽性として分類すること、
前記特定のモデル識別部分定義について、存在する前記予測着目特徴の信頼度を表す信頼度メトリックを生成すること、
少なくとも一部の偽陽性よりも偽陰性に多くのペナルティを課すように構成されるクラス別損失関数を提供すること、
前記クラス別損失関数を使用して損失を計算することであり、前記計算が、前記予測着目特徴の偽陽性としての前記分類に割り当てられたいかなるペナルティよりも大きいペナルティを前記着目特徴の偽陰性としての前記分類に割り当てることを含み、前記損失を計算することが、前記信頼度メトリックに基づいて、前記予測着目特徴の偽陽性としての前記分類に割り当てられたペナルティを計算することを含む、損失を計算すること、および
前記損失に基づいて、前記機械学習モデルのパラメータ値のセットを決定すること、
によって前記機械学習モデルを訓練することと、
を含むアクションのセットを実行させる命令を含む非一過性コンピュータ可読記憶媒体と、
を備えるシステム。 - 1つまたは複数のデータプロセッサに請求項1~9のいずれか一項に記載の1つまたは複数の方法の一部または全部を実行させるように構成される命令を含む、コンピュータプログラム。
Applications Claiming Priority (3)
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