定義
本明細書で別段の定義がない限り、科学的および技術的用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有する。さらに、文脈によって別段の必要がない限り、単数形には複数形が含まれ、複数形には単数形が含まれるものとする。
単数形の「a」、「an」、および「the」には、文脈で明確に示していない限り、複数の指示対象を含まれる。同様に、「または」という単語は、文脈で明確に示していない限り、「および」を含むことを意味する。本明細書に記載されているものと類似または同等の方法および材料を本開示の実施または試験に使用することができるが、好適な方法および材料を以下に説明する。略語「例えば(e.g.)」は、ラテン語のexempli gratiaに由来し、本明細書では非限定的な例を示すために使用される。したがって、略語「例えば(e.g.)」は、「例えば(for example)」という用語と同義である。
明細書および特許請求の範囲において、「約」という用語は、例えば、本開示の実施形態を説明する際に使用される組成物中の成分の量、濃度、体積、プロセス温度、プロセス時間、収率、流量、圧力などの値、およびそれらの範囲を変更するために使用される。「約」という用語は、例えば、化合物、組成物、濃縮物を製造するためにもしくは製剤を使用するために使用される典型的な測定および取り扱い手順により、これらの手順での不注意によるエラーにより、方法を実施するために使用される出発材料もしくは成分の製造、供給源、もしくは純度の違いにより、および同様の近い考慮事項により発生し得る数値の変動を指す。「約」という用語はまた、製剤を特定の初期濃度または混合物でエージングすることに起因して異なる量、および製剤を特定の初期濃度または混合物と混合またはそれで処理することに起因して異なる量を含む。「約」という用語によって修飾される場合、本明細書に添付される特許請求の範囲は、これらの量と同等のものを含む。
本明細書で使用される場合、「投与する」または「投与」は、体外に存在する物質(例えば、本明細書で提供される抗hCD7抗体)を、粘膜、皮内、静脈内、筋肉内送達、および/または本明細書に記載されているかもしくは当該技術分野で既知の他の任意の物理的送達方法などで物理的に送達する行為を指す。疾患またはその症状を治療するときには、物質の投与は、典型的には、疾患またはその症状の発症後に行われる。疾患またはその症状を予防するときには、物質の投与は、典型的には、疾患またはその症状の発症前に行われる。
「抗体」、「免疫グロブリン」、または「Ig」という用語は、本明細書で交換可能に使用され得、免疫グロブリン分子の可変領域内の少なくとも1つの抗原認識部位を介して、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、または前述の組み合わせなどの標的を認識し、かつ、特異的に結合する免疫グロブリン分子を意味する。本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、無傷のポリクローン抗体、無傷のモノクローナル抗体、抗体断片(Fab、Fab’、F(ab’)2、およびFv断片など)、単鎖Fv(scFv)変異体、二重特異性抗体(二重結合抗体を含む)などの多重特異性抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体の抗原決定部分を含む融合タンパク質、および抗体が所望の生物学的活性を示す限り、抗原認識部位を含む任意の他の修飾免疫グロブリン分子を包含する。「抗体」という用語はまた、分子量が約150kDaであり、かつ、4つのポリペプチド鎖(2つの軽鎖(L)鎖および2つの重鎖(H)鎖)で構成されるY字型糖タンパク質を指す。ギリシャ文字のアルファ(α)、デルタ(δ)、イプシロン(ε)、ガンマ(γ)、およびミュー(μ)で示される5種類の哺乳動物Ig重鎖アイソタイプがある。重鎖の種類は、抗体のクラス、すなわち、それぞれIgA、IgD、IgE、IgG、およびIgMを規定する。γおよびαクラスは、定常ドメイン配列および機能の違いに基づいて、さらにサブクラス、例えば、IgG1、hIgG2、mIgG2A、mIgG2B、IgG3、IgG4、IgA1、IgA2に分類される。哺乳動物では、λおよびκの2種類の免疫グロブリン軽鎖がある。抗体の「可変領域」または「可変ドメイン」は、抗体の重鎖または軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖および軽鎖の可変ドメインは、それぞれ「VH」および「VL」と呼ばれてもよい。これらのドメインは、一般に、(同じクラスの他の抗体と比較して)抗体の最も可変的な部分であり、抗原結合部位を含む。抗体の例は、重鎖の二量体(5’-VH-(任意選択でヒンジ)-CH2-CH3-3’)を含み、かつ、軽鎖を欠如している、重鎖のみ(すなわち、H2)の抗体である。
本明細書に記載の抗体は、オリゴクローナル、ポリクローナル、モノクローナル(完全長モノクローナル抗体を含む)、ラクダ化、キメラ、CDR移植、多重特異性、二重特異性(二重結合抗体を含む)、触媒、キメラ、ヒト化、完全ヒト、抗イディオタイプであり得、単独でまたは既知の技術によって提供される他のアミノ酸配列と組み合わせた、可溶性または結合形態で標識することができる抗体およびその断片、バリアント、または誘導体が含まれる。抗体は任意の種に由来し得る。本明細書に記載の抗体は、ネイキッド(Naked)であり得るか、または毒素、放射性同位元素などの他の分子に結合し得る。
「抗原結合部位」、「抗原結合ドメイン」、「抗原結合領域」、「抗原結合断片」という用語および同様の用語は、抗原と相互作用し、かつ、抗原に対する特異性および親和性を結合剤に付与する、アミノ酸残基を含む抗体の部分(例えば、相補性決定領域(CDR))を指す。抗原結合領域は、齧歯動物(例えば、ウサギ、ラット、またはハムスター)およびヒトなどの任意の動物種に由来することができる。好ましくは、抗原結合領域は、ヒト起源である。
本明細書に記載の抗原結合断片には、一本鎖Fv(scFv)、一本鎖抗体、単一ドメイン抗体、ドメイン抗体、Fv断片、Fab断片、F(ab’)断片、F(ab’)2断片、所望の生物学的活性を示す抗体断片、ジスルフィド安定化可変領域(dsFv)、二量体可変領域(ダイアボディ)、抗イディオタイプ(抗Id)抗体(例えば、抗体に対する抗Id抗体を含む)、イントラボディ、線状抗体、上記のいずれかの抗体断片およびエピトープ結合断片から形成された単鎖抗体分子および多重特異性抗体が含まれ得る。特に、本明細書に記載の抗体および抗体断片は、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な断片、すなわち、抗原結合部位を含む分子を含むことができる。抗体を酵素パパインで消化すると、「Fab」断片としても知られる2つの同一の抗原結合断片と、抗原結合活性はないが結晶化する能力を有する「Fc」断片とが生成される。本明細書で使用される場合の「Fab」は、重鎖および軽鎖のそれぞれの1つの定常ドメインおよび1つの可変ドメインを含む抗体の断片を指す。本明細書における「Fc領域」という用語は、天然配列Fc領域および変異Fc領域を含む免疫グロブリン重鎖のC末端領域を定義するために使用される。「Fc断片」は、ジスルフィドによって一緒に保持された両方のH鎖のカルボキシ末端部分を指す。抗体のエフェクター機能は、Fc領域の配列によって決定され、この領域はまた、特定の細胞種に見出されるFc受容体(FcR)によって認識される。抗体を酵素ペプシンで消化すると、抗体分子の2つのアームが結合したままであり、かつ、2つの抗原結合部位を含むF(ab’)2断片が生ずる。F(ab’)2断片は、抗原を架橋する能力を有する。
遺伝子セグメントに関連する「の組換えに由来する」という用語は、当業者には容易に明らかであり、該当業者は、B細胞がそれらの可変領域遺伝子セグメントを組換えて、可変ドメインのコード配列を生成することを理解するであろう。例えば、「ヒトVH遺伝子セグメント、DH遺伝子セグメントおよびJH遺伝子セグメントの組換えに由来する」とは、1つのヒトVH遺伝子セグメントを、1つのDH遺伝子セグメントおよび1つのJH遺伝子セグメントと一緒に組換えて、重鎖抗体可変ドメインをコードする再配列されたVDJ配列を形成することに関する。接合および体細胞超変異はまた、プロセスの特徴であり、それにより、得られる再結合されたVDJ配列は、生殖系列V、D、およびJ配列に含まれない1つ以上のヌクレオチドの付加、置換、または欠失(例えば、p-付加および/またはn-付加)を含む。同じことが、カッパ軽鎖可変ドメインについてはVκおよびJκ遺伝子セグメント、ならびにラムダ軽鎖可変ドメインについてはVλおよびJλで言える。任意の翻訳後修飾は、さらに変ドメインに包含され得ることが意図されている。
本明細書で使用される場合の「Fv」は、抗原認識部位および抗原結合部位の両方を保持する抗体の最小断片を指す。この領域は、緊密な、非共有または共有結合の1つの重鎖および1つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。この構成では、各可変ドメインの3つのCDRは、VH-VL二量体の表面上に抗原結合部位を定めるように相互作用する。纏めると、6つのCDRは、抗体に抗原結合特異性を与える。しかしながら、単一の可変ドメイン(または抗原に特異的な3つのCDRのみを含むFvの半分)でさえ、結合部位全体よりも低い親和性であるが、抗原を認識して結合する能力がある。
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同種の抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、集団を含む個々の抗体は、少量で存在し得る可能な天然に存在する変異および/または翻訳後修飾(例えば、異性化、アミド化)を除いて同一である。単クローン抗体は非常に特異的であり、単一の抗原決定基またはエピトープに対するものである。対照的に、ポリクローナル抗体調製物は、典型的には、異なる抗原決定基(またはエピトープ)に対する異なる抗体を含む。本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、無傷の全長モノクローナル抗体、ならびに抗体断片(Fab、Fab’、F(ab’)2、Fvなど)、単鎖(scFv)変異体、抗体部分を含む融合タンパク質、および抗原認識部位を含む任意の他の修飾免疫グロブリン分子の両方を包含する。さらに、「モノクローナル抗体」は、ハイブリドーマ、ファージ選択、組換え発現、およびトランスジェニック動物を含むがこれらに限定されない、任意の数の方法で作製されたそのような抗体を指す。
本明細書のモノクローナル抗体は、重鎖および/または軽鎖の一部が特定の種に由来する、または特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一または相同であるが、鎖の残りの部分は別の種に由来する、または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体の対応する配列と同一または相同である「キメラ」抗体(免疫グロブリン)、ならびに所望の生物学的活性を示すそのような抗体の断片を含み得る。
「ヒト化抗体」という用語は、非ヒト免疫グロブリン(ドナー抗体)由来の「超可変領域」がヒト免疫グロブリン(レシピエント抗体)の超可変領域由来の残基に置き換えられたキメラ抗体のサブセットを指す。一般に、ヒト化抗体は、実質的に少なくとも1つ、典型的には2つの可変ドメインのすべてを含み、超可変ループのすべてまたは実質的にすべてが非ヒト免疫原性配列のループに対応し、フレームワーク領域のすべてまたは実質的にすべてが、ヒト免疫グロブリン配列のものであるが、フレームワーク領域は、結合親和性、異性化、免疫原性などの抗体性能を改善する1つ以上の置換を含み得る。
「二重特異性抗体」という用語は、2つの標的分子に対する特異性を含み、DVD-Ig(DiGiammarino et al.,“Design and generation of DVD-Ig(商標)molecules for dual-specific targeting”,Meth.Mo.Biol.,2012,889,145-156を参照)、mAb2(WO2008/003103を参照、mAb2フォーマットの説明は参照により本明細書に組み込まれる)、FIT-Ig(WO2015/103072を参照、FIT-Ig足場の説明は参照により本明細書に組み込まれる)、mAb-dAb、ドックアンドロック、Fab-アーム交換、SEEDbody、Triomab、LUZ-Y、Fcab、κλ-body、直交Fab、scダイアボディ-Fc、ダイアボディ-Fc、タンデムscFv-Fc、Fab-scFv-Fc、Fab-scFv、イントラボディ、BiTE、ダイアボディ、DART、TandAb、scダイアボディ、scダイアボディ-CH3、ダイアボディ-CH3、トリプルボディ、ミニ抗体、ミニボディ、TriBiミニボディ、scFv-CH3 KIH、scFv-CH-CL-scFv、F(ab’)2-scFv、scFv-KIH、Fab-scFv-Fc、4価HCab、ImmTAC、ノブインホール、共通の軽鎖を有するノブインホール、共通の軽鎖および電荷対を有するノブインホール、電荷対、共通の軽鎖を有する電荷対、DT-IgG、DutaMab、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L、H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Ig、およびzybodyなどのフォーマットを含むがこれらに限定されない抗体を意味する。二重特異性フォーマットの総説については、Spiess,C.,et al.,Mol.Immunol.(2015)を参照されたい。別の実施形態では、二重特異性分子は、別の非Igフォーマット、例えば、T細胞受容体結合ドメイン、免疫グロブリンスーパーファミリードメイン、無顎類(agnathan)の可変性リンパ球受容体、フィブロネクチン
ドメイン(例えば、Adnectin(商標))、定常ドメインが機能的CH1ドメインではない抗体定常ドメイン(例えば、CH3ドメイン、例えば、Fcab(商標)のCH2および/またはCH3)、scFv、(scFv)2、sc-ダイアボディ、scFab、センチリン、およびCTLA-4(Evibody(商標))から選択された足場に由来するエピトープ結合ドメイン、リポカリンドメイン、プロテインA、例えば、プロテインAのZドメイン(例えば、Affibody(商標)またはSpA)、Aドメイン(例えば、Avimer(商標)またはMaxibody(商標))、熱ショックタンパク質(GroEIおよびGroESに由来するエピトープ結合ドメインなど)、トランスフェリンドメイン(例えば、トランスボディ)、アンキリンリピートタンパク質(例:DARPin(商標))、ペプチドアプタマー、C型レクチンドメイン(例えば、Tetranectin(商標))、ヒトγ-クリスタリンまたはヒトユビキチン(アフィリン)、PDZドメイン、サソリ毒、ヒトプロテアーゼ阻害剤のクニッツ型ドメインに融合される抗体を含む。
一実施形態では、二重特異性抗体はmAb2である。mAb2は、「Fcab」として既知である、抗原結合部位を形成するように操作された改変定常領域に融合された無傷の抗体由来のVHおよびVLドメインを含む。Fcab/mAb2フォーマットの背景にある技術は、WO2008/003103でより詳細に記載されており、mAb2フォーマットの説明は、参照により本明細書に組み込まれる。
別の実施形態では、二重特異性抗体は「二重結合抗体」である。本明細書で使用される場合、「二重結合抗体」という用語は、両方の抗原結合ドメインがVH/VL対によって形成される二重特異性抗体であり、FIT-Ig(参照により本明細書に組み込まれるWO2015/103072を参照されたい)、mAb-dAb、ドックアンドロック、Fabアーム交換、SEEDbody、Triomab、LUZ-Y、Fcab、κλ-body、直交Fab、scダイアボディ-Fc、ダイアボディ-Fc、タンデムscFv-Fc、Fab-scFv-Fc、Fab-scFv、イントラボディ、BiTE、ジアボディ、DART、TandAb、scダイアボディ、scダイアボディ-CH3、ダイアボディ-CH3、トリプルボディ、ミニ抗体、ミニボディ、scFv-CH3 KIH、scFv-CH-CL-scFv、F(ab’)2-scFv、scFv-KIH、Fab-scFv-Fc、4価HCab、ImmTAC、ノブインホール、共通の軽鎖を有するノブインホール、共通の軽鎖および電荷対を有するノブインホール、電荷対、共通の軽鎖を有する電荷対、DT-IgG、DutaMab、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L、H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、およびscFv4-Igを含む。
「超可変領域」、「CDR領域」または「CDR」という用語は、配列が超可変であり、かつ/または構造的に規定されたループを形成する、抗体可変ドメインの領域を指す。一般に、抗体の抗原結合部位は、6つの超可変領域:VHに3つ(CDRH1、CDRH2、CDRH3)、およびVLに3つ(CDRL1、CDRL2、CDRL3)を含む。抗体の重鎖および軽鎖のこれらの領域は、抗体に抗原結合特異性を与える。CDRは、Kabatシステムに従って定義され得る(Kabat、E.A.et al.,1991,“Sequences of Proteins of Immunological Interest”,第5版,NIH Publication no.91-3242,U.S.Department of Health and Human Servicesを参照されたい)。Chothiaらによって考案されたシステム(Chothia,C.&Lesk,A.M.,1987,“Canonical structures for the hypervariable regions of immunoglobulins”,J.Mol.Biol.,196,901-917を参照されたい)およびIMGT(Lefranc,M.P.,1997,“Unique database numbering system for immunogenetic analysis”,Immunol.Today,18,50を参照されたい)などの他のシステムを使用してCDRを定義してもよい。抗体は典型的には、3つの重鎖CDRおよび3つの軽鎖CDRを含む。CDRまたはCDRsという用語は、1つ以上のこれらの領域を示すために本明細書で使用される。当業者は、命名法の異なるシステムを容易に比較し、特定の配列をCDRとして定義し得るかどうかを決定することができる。
「ヒト抗体」は、ヒトによって生成される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有し、かつ/またはヒト抗体を作製するための技術のいずれかを使用して作製された抗体であり、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。「特異的に結合する」という用語は、生物学的分子を含む異種の分子集団の存在下で標的の存在を決定する、標的と抗体との間の結合などの測定可能かつ再現可能な相互作用を指す。例えば、標的(エピトープであり得る)に特異的に結合する抗体は、他の標的に結合するよりも高い親和性で、結合力で、より容易に、かつ/またはより長い持続時間でこの標的に結合する抗体である。一実施形態では、無関係の標的への抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ(RIA)によって測定した際に、標的への抗体の結合の約10%未満である。
ヒトCD7(hCD7)抗原に特異的に結合する抗体またはその断片は、関連する抗原と交差反応し得る。好ましくは、hCD7抗原に特異的に結合する抗体またはその断片は、他の抗原と交差反応しない(しかしながら、任意選択で、異なる種、例えば、アカゲザルまたはマウスのCD7と交差反応し得る)。hCD7抗原に特異的に結合する抗体またはその断片は、例えば、免疫測定法、BIAcore(商標)、または当業者に既知の他の技術によって同定することができる。抗体またはその断片は、ラジオイムノアッセイ(RIA)および酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)などの実験技術を使用して決定した際に、任意の交差反応性抗原よりも高い親和性でhCD7抗原に結合する場合、CD7抗原に特異的に結合する。典型的には、特異的または選択的な反応は、バックグラウンドシグナルまたはノイズの少なくとも2倍、より典型的には、バックグラウンドの10倍超(15倍超、20倍超、50倍超、または100倍超など)である。抗体の特異性についての議論に関するPaul,ed.,1989,Fundamental Immunology 第2版,Raven Press,New Yorkの第332~336頁を参照されたい。
「脂肪族アミノ酸」という用語は、アミノ酸R基が非極性かつ疎水性であることを意味する。疎水性は、炭化水素鎖の炭素原子の数が増えるにつれて増加する。グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンは、脂肪族アミノ酸である。
「芳香族アミノ酸」という用語は、アミノ酸R基が芳香族環系を含むことを意味する。フェニルアラニン、チロシン、およびトリプトファンは、芳香族アミノ酸である。
「ヒドロキシル含有アミノ酸」という用語は、アミノ酸R基がヒドロキシル基を含み、親水性であることを意味する。セリン、システイン、トレオニン、およびメチオニンは、ヒドロキシル含有アミノ酸である。
「塩基性アミノ酸」という用語は、アミノ酸R基が窒素を含み、中性pHで塩基性であることを意味する。ヒスチジン、リジン、およびアルギニンは、塩基性アミノ酸である。
「環状アミノ酸」という用語は、アミノ酸R基が脂肪族環状構造を有することを意味する。プロリンは唯一の環状脂肪族アミノ酸である。
「酸性アミノ酸」という用語は、アミノ酸R基が極性であり、生理的pHで負に荷電していることを意味する。アスパラギン酸およびグルタミン酸は、酸性アミノ酸である。
「アミドアミノ酸」という用語は、アミノ酸R基がアミド基を含むことを意味する。アスパラギンおよびグルタミンは、アミドアミノ酸である。
本明細書で使用される場合、「認可番号」または「販売認可番号」は、特定の医療製品および/または組成物が規制当局の管轄下地域で販売および/または販売のために提供してもよいと決定したときに規制当局によって発行される番号を指す。本明細書で使用される場合、「規制当局」は、例えば、医療製品および/または組成物の安全性および有効性を評価し、所与の領域におけるそのような製品および/または組成物の販売/マーケティングを管理する責任を負う当局の1つを指す。米国の食品医薬品局(FDA)およびヨーロッパの欧州医薬品庁(EPA)は、そのような規制当局の2つの例にすぎない。他の非限定的な例には、SDA、MPA、MHPRA、IMA、ANMAT、香港衛生署薬物弁公室(Department of Health-Drug Office)、CDSCO、Medsafe、およびKFDAが含まれる。
本明細書で使用される場合、「緩衝液」は、pHの強い変動を受けることなく、ある特定の量の酸または塩基を吸収することができる化学薬品を指す。
本明細書で使用される場合、「担体」という用語は、治療薬とともに投与される希釈剤、補助剤(例えば、フロイントアジュバント(完全および不完全))、賦形剤、またはビヒクルを指す。そのような医薬担体は、滅菌液体、例えば、石油、動物、植物、または合成由来のものを含む、水および油類、例えば、ピーナッツオイル、大豆油、ミネラルオイル、ゴマ油などの無菌液体であり得る。医薬組成物を静脈内投与する場合、水が好ましい担体である。生理食塩水溶液ならびにデキストロースおよびグリセロール水溶液も、特に注入可能な溶液の場合、液体担体として使用することができる。
「化学治療剤」または「化学治療」という用語は、典型的には、腫瘍細胞の成長または増殖能力を妨げることによって、がん細胞を破壊することを主な目的とする治療剤を指す。化学治療剤には多くの異なる種類があり、50種類以上の承認された化学治療剤が利用可能である。化学治療剤は、その作用に基づいて分類することができる。アルキル化薬は、遺伝子の遺伝物質であるDNAを直接攻撃することでがん細胞を殺傷する。シクロホスファミドは、アルキル化薬である。代謝拮抗剤は、DNAの生成を妨げ、細胞の成長および増殖を防ぐ。代謝拮抗剤の例は、5-フルオロウラシル(5-FU)である。抗腫瘍抗生物質は、土の中の真菌などの天然物質から作られる。それらは、DNAおよび細胞タンパク質の産生を含む重要な細胞機能を妨げる。ドキソルビシンおよびブレオマイシンはこの化学治療剤の群に属する。植物アルカロイドは、細胞が正常に分裂するのを防ぐ。ビンブラスチンおよびビンクリスチンは、ツルニチニチソウ植物から得られる植物アルカロイドである。ステロイドホルモンは、ホルモンに依存するいくつかのがんの成長を遅らせる。例えばタモキシフェンは、成長のためにホルモンエストロゲンに依存する乳がんを治療するために使用される。PARP阻害剤などのDNA損傷応答(DDR)阻害剤は、一本鎖または二本鎖切断後のDNA修復メカニズムを遮断する。
化学治療剤の例には、アドリアマイシン、ドキソルビシン、5-フルオロウラシル、サイトシンアラビノシド(Ara-C)、シクロホスファミド、チオテパ、タキソテール(ドセタキセル)、ブスルファン、サイトキシン、タキソール、メトトレキサート、シスプラチン、メルファラン、ビンブラスチン、ブレオマイシン、エトポシド、ミトマイシンC、ミトキサントロン、ビンクリスチン、ビノレルビン、カルボプラチン、テニポシド、ダウノマイシン、カルミノマイシン、アミノプテリン、ダクチノマイシン、マイトマイシン、エスペラマイシン(米国特許第4,675,187号を参照されたい)、メルファラン、およびその他の関連する窒素マスタードが含まれる。好適な毒素および化学治療剤は、Remington’s Pharmaceutical Sciences,第19版(Mack Publishing Co.1995)、およびGoodman and Gilman’s The Pharmacological Basis of Therapeutics,第7版(MacMillan Publishing Co.1985)に記載されている。化学治療剤の別の例は、ピロロベンゾジアゼピネス、メイタンサノイド、カリケアマイシンなどを含むがこれらに限定されない、抗体結合毒素のクラスである。他の好適な毒素および/または化学治療剤は当業者に既知である。
本明細書で使用される場合、「組成物」という用語は、指定の成分(例えば本発明の抗体)を任意選択で指定の量で含む生成物、ならびに、任意選択で指定の量の指定の成分の組み合わせから直接的または間接的に生じる任意の生成物を包含することを意図する。
本明細書で使用される場合、「含む(comprising)」または「含む(comprises)」という用語は、抗体、断片、使用、組成物、方法、および方法または組成物に必須であるそれらのそれぞれの成分に関して使用されるが、必須かどうかにかかわらず、不特定の要素の包含も含む。
「からなる」という用語は、本明細書に記載の抗体、断片、使用、組成物、方法、およびそれらのそれぞれの成分を指し、これらは、実施形態のその説明に記載されていない要素を除く。
本明細書で使用される場合、「本質的にからなる」という用語は、所与の実施形態に必要な要素を指す。この用語は、その実施形態の基本的および新規なまたは機能的な特性に実質的に影響を及ぼさない要素の存在を可能にする。
ポリペプチドの関連において、本明細書で使用される「誘導体」という用語は、hCD7ポリペプチドのアミノ酸配列、hCD7ポリペプチドの断片、またはアミノ酸残基の置換、欠失、もしくは付加の導入によって改変されたhCD7ポリペプチドに特異的に結合する抗体もしくは断片を含むポリペプチドを含む。本明細書で使用される「誘導体」という用語はまた、hCD7ポリペプチド、hCD7ポリペプチドの断片、または例えば、ポリペプチドへの任意の種類の分子の共有結合により化学的に修飾されたhCD7ポリペプチドに特異的に結合する抗体を含む。例えば、限定されないが、hCD7ポリペプチド、hCD7ポリペプチドの断片、またはhCD7抗体は、例えば、グリコシル化、アセチル化、ペグ化、リン酸化、アミド化、既知の保護/遮断基による誘導体化、タンパク質分解的切断、細胞リガンドまたは他のタンパク質への結合などにより化学的に修飾され得る。誘導体は、結合される分子の種類または位置のいずれかについて、天然に存在するペプチドもしくはポリペプチドまたは開始ペプチドもしくはポリペプチドとは異なる様式で修飾される。誘導体はさらに、ペプチドまたはポリペプチドに天然に存在する1つ以上の化学基の欠失を含む。hCD7ポリペプチドの誘導体、hCD7ポリペプチドの断片、またはhCD7抗体は、特定の化学的切断、アセチル化、製剤化、ツニカマイシンの代謝合成などを含むがこれらに限定されない当業者に既知の技術を使用した化学修飾によって化学修飾され得る。さらに、hCD7ポリペプチドの誘導体、hCD7ポリペプチドの断片、またはhCD7抗体は、1つ以上の非古典的アミノ酸を含み得る。ポリペプチド誘導体は、hCD7ポリペプチド、hCD7ポリペプチドの断片、または本明細書に記載のhCD7抗体と類似するまたは同一の機能を有する。
本明細書で使用される「エフェクター機能」(または「エフェクター機能有効」)という用語は、抗体依存性細胞媒介細胞傷害活性(ADCC)、補体依存性細胞傷害活性(CDC)媒介応答、Fc媒介貧食、抗体依存性細胞貧食(ADCP)または抗体依存性トロゴサイトーシス、およびFcRn受容体を介した抗体のリサイクルのうちの1つ以上を指す。
「有効量」とは、治療または予防の結果を含む、所望の効果を達成するために必要な投与量および期間で有効な量を指す。「治療有効量」は、測定可能な改善または特定の障害の予防をもたらすのに必要な最小濃度を指す。本明細書における治療有効量は、者の病状、年齢、性別、および患体重、ならびに個体において所望の応答を誘発する抗体の能力などの要因に応じて変化し得る。治療有効量はまた、抗体の毒性または有害な効果が治療的に有益な効果を上回る量である。「予防有効量」は、所望の予防的結果を達成するために必要な投与量および期間で有効な量を指す。いくつかの実施形態では、本発明の抗体の有効量は、約0.1mg/kg(対象の体重1kg当たりの抗体のmg)~約100mg/kgである。特定の実施形態では、本願明細書で提供される抗体の有効量は、約0.1mg/kg、約0.5mg/kg、約1mg/kg、3mg/kg、5mg/kg、約10mg/kg、約15mg/kg、約20mg/kg、約25mg/kg、約30mg/kg、約35mg/kg、約40mg/kg、約45mg/kg、約50mg/kg、約60mg/kg、約70mg/kg、約80mg/kg、約90mg/kg、または約100mg/kg(またはその中の範囲)である。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される「有効量」はまた、特定の結果(例えば、細胞のhCD7生物学的活性の阻害)を達成するための本発明の抗体の量を指す。
本明細書で使用される「エピトープ」という用語は、抗体の1つ以上の抗原結合領域に結合することができ、かつ、動物、好ましくは哺乳動物、最も好ましくはヒトにおいて免疫応答を誘発することができる抗原性または免疫原性活性を有する、hCD7ポリペプチドまたはhCD7ポリペプチド断片などの抗原の表面上の局在領域を指す。免疫原性活性を有するエピトープは、動物において抗体応答を誘発するポリペプチドの一部である。抗原活性を有するエピトープは、例えば、当該技術分野で周知の任意の方法、例えば、本明細書に記載のイムノアッセイによって決定されるように、抗体が特異的に結合するポリペプチドの一部である。抗原性エピトープは、必ずしも免疫原性である必要はない。エピトープは通常、アミノ酸または糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面基で構成され、特定の三次元構造特性および特定の電荷特性を有する。エピトープに寄与するポリペプチドの領域は、ポリペプチドの連続するアミノ酸であり得るか、またはエピトープは、ポリペプチドの2つ以上の非連続領域から一緒になり得る。エピトープは、抗原の三次元表面特徴であり得るか、またはそうでなくてもよい。特定の実施形態では、hCD7エピトープは、hCD7ポリペプチド(例えば、hCD7ポリペプチドの三量体形態)の三次元表面特徴である。他の実施形態では、hCD7エピトープは、hCD7ポリペプチド(例えば、hCD7ポリペプチドの三量体形態または単量体形態)の線状特徴である。本明細書で提供される抗体は、hCD7の単量体(変性)形態、hCD7の三量体(天然)形態、またはhCD7の単量体(変性)形態および三量体(天然)形態の両方のエピトープに特異的に結合し得る。特定の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、hCD7の三量体形態のエピトープに特異的に結合するが、hCD7の単量体形態には特異的に結合しない。
本明細書で使用される「賦形剤」という用語は、薬物の希釈剤、ビヒクル、保存剤、結合剤、または安定剤として一般的に使用される不活性物質を指し、タンパク質(例えば血清アルブミンなど)、アミノ酸(例えばアスパラギン酸、グルタミン酸、リジン、アルギニン、グリシン、ヒスチジンなど)、脂肪酸およびリン脂質(例えば、スルホン酸アルキル、カプリレートなど)、界面活性剤(例えば、SDS、ポリソルベート、非イオン性界面活性剤など)、および糖類(例えば、スクロース、マルトース、トレハロースなど)、ならびにポリオール(例えばマンニトール、ソルビトールなど)を含むが、これらに限定されない。参照によりその全体が本明細書に組み込まれるRemington’s Pharmaceutical Sciences(1990)Mack Publishing Co.,Easton,Pa.も参照されたい。
ペプチドまたはポリペプチドの関連において、本明細書で使用される「断片」という用語は、完全長未満のアミノ酸配列を含むペプチドまたはポリペプチドを指す。そのような断片は、例えば、アミノ末端での切断、カルボキシ末端での切断、および/またはアミノ酸配列からの残基の内部欠失から生じ得る。断片は、例えば、選択的RNAスプライシングまたはインビボプロテアーゼ活性から生じ得る。特定の実施形態では、CD7断片は、hCD7ポリペプチドまたはhCD7ポリペプチドに特異的に結合する抗体の少なくとも5個の連続するアミノ酸残基、少なくとも10個の連続するアミノ酸残基、少なくとも15個の連続するアミノ酸残基、少なくとも20個の連続するアミノ酸残基、少なくとも25個の連続するアミノ酸配列、少なくとも40個の連続するアミノ酸残基、少なくとも50個の連続するアミノ酸残基、少なくとも60個の連続するアミノ酸残基、少なくとも70個の連続するアミノ酸残基、少なくとも80個の連続するアミノ酸残基、少なくとも90個の連続するアミノ酸残基、少なくとも連続する100個の連続するアミノ酸残基、少なくとも125個の連続するアミノ酸残基、少なくとも150個の連続するアミノ酸残基、少なくとも175個の連続するアミノ酸残基、少なくとも200個の連続するアミノ酸残基、または少なくとも250個の連続するアミノ酸残基を含むポリペプチドを含む。特定の実施形態では、hCD7ポリペプチドまたはhCD7抗原に特異的に結合する抗体の断片は、ポリペプチドまたは抗体の少なくとも1つ、少なくとも2つ、または少なくとも3つの機能を保持する。
「遊離」という用語は、緩衝液と組み合わされたポリペプチド、例えば、CD7またはその断片およびバリアントを指し得るが、ポリペプチドは、細胞表面または細胞膜と結合していない。したがって、「遊離」という用語は、表面発現が可能である(すなわち、1つ以上の膜貫通ドメインまたは膜結合ドメインを含む)が、現状では細胞の表面に発現されていないか、または細胞の表面に発現するタンパク質に結合しているポリペプチドを指すことができる。遊離ポリペプチドはまた、遊離組換えまたは天然もしくは非結合ポリペプチドを指すことができる。ファージディスプレイの関連において、遊離抗原は、溶液中で選択されるか(本明細書では「可溶性選択」と呼ばれる)、または表面に吸着させることができ、例えば、96ウェルプレートの表面に吸着させることができる(本明細書では「バイオパニング選択」と呼ばれる)。
本明細書で使用される「融合タンパク質」という用語は、抗体のアミノ酸配列、および異種ポリペプチドまたはタンパク質(すなわち、通常は抗体の一部ではないポリペプチドまたはタンパク質(例えば、非抗CD7抗原抗体))のアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。CD7または抗CD7抗体に関連して使用される場合の「融合」という用語は、ペプチドもしくはポリペプチド、またはその断片、バリアント、および/もしくは誘導体が異種ペプチドまたはポリペプチと結合することを指す。好ましくは、融合タンパク質は、CD7または抗CD7抗体の生物学的活性を保持する。特定の実施形態では、融合タンパク質は、CD7抗体VHドメイン、VLドメイン、VH CDR(1つ、2つ、または3つのVH CDR)、および/またはVL CDR(1つ、2つ、または3つのVL CDR)を含み、融合タンパク質はCD7エピトープに特異的に結合する。
抗体に関して使用される場合の「重鎖」という用語は、重鎖定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、アルファ(α)、デルタ(δ)、イプシロン(ε)、ガンマ(γ)およびミュー(μ)と呼ばれる5つの異なる種類を指す。重鎖のこれらの異なる種類は周知であり、IgGの4つのサブクラス、すなわちIgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4を含む、5つのクラスの抗体、IgA、IgD、IgE、IgG、およびIgMをそれぞれ生じる。好ましくは、重鎖はヒト重鎖である。ヒト集団では、各免疫グロブリンまたは免疫グロブリンサブクラスの複数の重鎖定常領域対立遺伝子が存在する。これらの対立遺伝子バリアントのヌクレオチドおよびアミノ酸配列は、IMGT、ENSEMBL Swiss-Prot、およびUniprotなどの公的に利用可能なデータベースでアクセス可能である。対立遺伝子バリアントはまた、様々なゲノム配列決定プロジェクトで同定され得る。一実施形態では、本明細書に開示される抗体および抗体断片は、ヒトIGHG1*01、IGHG1*02、IGHG1*03、IGHG1*04、およびIGHG1*05を含むがこれらに限定されない、IgG1定常領域対立遺伝子によってコードされる重鎖を含む。一実施形態では、本明細書に開示される抗体および抗体断片は、ヒトIGHG2*01、IGHG2*02、IGHG2*03、IGHG2*04、IGHG2*05、およびIGHG2*06を含むがこれらに限定されない、IgG2定常領域対立遺伝子によってコードされるタンパク質を含む。一実施形態では、本明細書に開示される抗体または抗体断片は、ヒトIGHG3*01、IGHG3*02、IGHG3*03、IGHG3*04、IGHG3*05、IGHG3*06、IGHG3*07、IGHG3*08、IGHG3*09、IGHG3*10、IGHG3*11、IGHG3*12、IGHG3*13、IGHG3*14、IGHG3*15、IGHG3*16、IGHG3*17、IGHG3*18、およびIGHG3*19を含むがこれらに限定されない、IgG3定常領域対立遺伝子によってコードされるタンパク質を含む。一実施形態では、本明細書に開示される抗体または抗体断片は、ヒトIGHG4*01(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGHG4*02(例えば、本明細書の配列表を参照され
たい)、IGHG4*03(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、およびIGHG4*04(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)を含むがこれらに限定されない、IgG4定常領域対立遺伝子によってコードされるタンパク質を含む。別の例では、重鎖は、無効化された(disabled)IgGアイソタイプ、例えば無効化されたIgG4である。特定の実施形態では、本発明の抗体は、ヒトガンマ4定常領域を含む。別の実施形態では、重鎖定常領域は、Fc-γ受容体に結合せず、例えば、Leu235Glu突然変異を含む。別の実施形態では、重鎖定常領域は、安定性を高めるためのSer228Pro変異を含む。別の実施形態では、重鎖定常領域は、IgG4-PEである(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)。別の実施形態では、本明細書に開示される抗体および抗体断片は、マウスIGHG1*01またはIGHG1*02を含むがこれらに限定されない、マウスIgG1定常領域対立遺伝子によってコードされる重鎖定常領域を含む。一実施形態では、本明細書に開示される抗体および抗体断片は、マウスIGHG2A*01、IGHG2A*02、IGHG2B*01、IGHG2B*02、IGHG2C*01、IGHG2C*02、またはIGHG2C*03を含むがこれらに限定されない、マウスIgG2定常領域対立遺伝子によってコードされる重鎖定常領域を含む。一実施形態では、本明細書に開示される抗体または抗体断片は、マウスIGHG3*01を含むがこれに限定されない、マウスIgG3定常領域対立遺伝子によってコードされるタンパク質を含む。
「宿主」という用語は、本明細書で使用される場合、動物、好ましくは哺乳動物、最も好ましくはヒトを指す。
本明細書で使用される「宿主細胞」という用語は、核酸分子がトランスフェクトされた特定の対象細胞、およびそのような細胞の子孫または潜在的な子孫を指す。そのような細胞の子孫は、次の世代で発生し得る変異もしくは環境の影響、または核酸分子の宿主細胞ゲノムへの導入により、核酸分子がトランスフェクトされた親細胞と同一でなくてもよい。
他の治療の投与の関連における「組み合わせて」という用語は、2つ以上の治療の使用を指す。「組み合わせて」という用語の使用は、疾患を有する対象に治療薬が投与される順序を制限しない。最初の治療は、CD7媒介性疾患を有していた、有する、またはそれに罹患しやすい対象への二次治療の投与の前(例えば、1分前、45分前、30分前、45分前、1時間前、2時間前、4時間前、6時間前、12時間前、24時間前、48時間前、72時間前、96時間前、1週間前、2週間前、3週間前、4週間前、5週間前、6週間前、8週間前、または12週間前)、同時に、またはその後(例えば、1分後、45分後、30分後、45分後、1時間後、2時間後、4時間後、6時間後、12時間後、24時間、48時間後、72時間後、96時間後、1週間後、2週間後、3週間、4週間後、5週間後、6週間後、8週間後、または12週間後)に行うことができる。任意の追加の治療を、他の追加の治療とともに任意の順序で投与することができる。特定の実施形態では、本発明の抗体は、1つ以上の治療(例えば、CD7媒介性疾患を予防、治療、管理、および/または改善するために現在投与されている本発明の抗体ではない治療)と組み合わせて投与することができる。本発明の抗体と組み合わせて投与することができる治療の非限定的な例には、鎮痛剤、麻酔剤、抗生物質、もしくは免疫調節剤、または米国薬局方および/もしくは医師用添付文書集に記載されている他の任意の薬剤が含まれる。
本明細書で使用される場合、「注入デバイス」とは、注入を行うように設計されたデバイスを指し、注入は、注入デバイスを人の組織、典型的には皮下組織に一時的に流体的につなげるステップを含む。注入は、ある量の液体薬物を組織に投与し、注入デバイスを組織から分離させるかまたは取り外すことをさらに含む。いくつかの実施形態では、注入デバイスは、静脈内デバイスまたはIVデバイスであり得、これは、標的組織が循環系内の血液、例えば、静脈内の血液である場合に使用される注入デバイスの一種である。注入デバイスの典型的であるが非限定的な例は、針および注射器である。
本明細書で使用される場合、「説明書」は、物品の直接容器上の文書、印刷物、または図形物、例えば、薬学的に活性な薬剤を含むバイアル上に表示された文書、または目的の組成物を含むキットに含まれる目的の製品の組成および使用についての詳細の表示を指す。説明書は、投与または実施されることが企図される治療方法を記載する。
「単離された」または「精製された」抗体またはタンパク質は、その生成環境の成分(例えば、天然または組換え)から同定、分離、および/または回収されたものである。例えば、抗体またはタンパク質は、細胞物質、抗体が由来する細胞または組織源由来の他の汚染タンパク質を実質的に含まず、あるいは化学的に合成された場合に化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。「細胞物質を実質的に含まない」という句は、抗体が細胞から単離されるかまたは組換えにより生成される該細胞の細胞成分から該抗体が分離される、抗体の調製物を含む。したがって、細胞物質を実質的に含まない抗体には、約30%、20%、10%、または5%(乾燥重量による)未満の異種タンパク質(本明細書では「汚染タンパク質」とも呼ばれる)を有する抗体の調製物が含まれる。抗体が組換えにより生成される場合、それはまた、好ましくは、培養培地を実質的に含まず、すなわち、培養培地は、タンパク質調製物の体積の約20%、10%、または5%未満を表す。抗体が化学合成によって生成される場合、それは、好ましくは、化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まず、すなわち、タンパク質の合成に関与する化学前駆体または他の化学物質から分離されている。したがって、抗体のそのような調製物は、約30%、20%、10%、5%(乾燥重量による)未満の目的の抗体以外の化学前駆体または化合物を有する。好ましい実施形態では、本発明の抗体は、単離または精製される。
「Kabat番号付け」という用語および同様の用語は、当該技術分野で認識されており、抗体の重鎖可変領域またはその抗原結合部分における他のアミノ酸残基よりも可変である(すなわち、超可変である)アミノ酸残基に番号を付けるシステムを指す。(Kabat et al.、(1971)Ann.NY Acad.Sci.,190:382-391およびKabat et al.(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版,U.S.Department of Health and Human Services,NIH Publication No.91-3242)。重鎖可変領域の場合、超可変領域は、典型的には、CDR1についてはアミノ酸位置31~35の範囲、CDR2についてはアミノ酸位置50~65の範囲、およびCDR3についてはアミノ酸位置95~102の範囲である。
本明細書で使用される「標識」または「標識される」は、検出可能な部分、例えば、放射性標識、蛍光標識、酵素標識、化学発光標識、またはビオチニル基もしくは金をポリペプチドに付加することを指す。放射性同位元素または放射性核種には、3H、14C、15N、35S、90Y、99Tc、115In、125I、131Iが含まれ得、蛍光標識には、ローダミン、ランタニドホスホル(lanthanide phosphor)、またはFITCが含まれ得、酵素標識には、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β-ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼが含まれ得る。追加の標識には、例示として、かつ、限定されないが、酵素、例えば、グルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ(「G6PDH」)、アルファ-D-ガラクトシダーゼ、グルコースオキシダーゼ、グルコースアミラーゼ、炭酸脱水酵素、アセチルコリンエステラーゼ、リゾチーム、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、およびペルオキシダーゼ;色素(例えば、シアニン色素、例えば、Cy5(商標)、Cy5.5(商標)、またはCy7(商標))などが含まれ得、追加の蛍光標識または蛍光体には、フルオレセインおよびその誘導体、蛍光色素、GFP(「緑色蛍光タンパク質」であるGFP)、他の蛍光タンパク質(例えば、mCherry、mTomato)、ダンシル、ウンベリフェロン、フィコエリトリン、フィコシアニン、アロフィコシアニン、o-フタルアルデヒド、およびフルオレスカミン;フルオロフォア、例えば、ランタニドクリプテー、およびキレート、例えば、ユウロピウムなど(Perkin ElmerおよびCisbio Assays);化学発光標識または化学発光剤、例えば、イソルミノール、ルミノール、およびジオキセタン;増感剤;補酵素;酵素基質;ラテックスまたは炭素粒子などの粒子;金属ゾル;微結晶;リポソーム;細胞などが含まれ得、これらは、色素、触媒、または他の検出可能な基;ビオチン、ジゴキシゲニン、5-ブロモデオキシウリジンなどの分子;毒素部分、例えば、Pseudomonas外毒素(PEまたはその細胞毒性断片または変異体)、ジフテリア毒素またはその細胞毒性断片または変異体、ボツリヌス毒素A、B、C、D、E、またはF、リシンまたはその細胞毒性断片、例えば、リシンA、アブリンまたはその細胞毒性断片、サポリンまた
はその細胞毒性断片、ヤマゴボウ(pokeweed)抗ウイルス毒素またはその細胞毒性断片、ならびにブリオジン1またはその細胞毒性断片でさらに標識され得る。
抗体に関して使用される場合の「軽鎖」という用語は、免疫グロブリン軽鎖を指し、哺乳動物にはラムダ(λ)およびカッパ(κ)の2つのタイプがある。好ましくは、軽鎖はヒト軽鎖である。好ましくは、軽鎖定常領域はヒト定常領域である。ヒト集団では、複数の軽鎖定常領域対立遺伝子が存在する。これらの対立遺伝子バリアントのヌクレオチドおよびアミノ酸配列は、IMGT、ENSEMBL、Swiss-Prot、およびUniprotなどの公的に利用可能なデータベースでアクセス可能である。一実施形態では、本明細書に開示される抗体または抗体断片は、IGKC*01(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGKC*02(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGKC*03(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGKC*04(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、およびIGKC*05(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)を含むがこれらに限定されない、ヒトκ定常領域対立遺伝子によってコードされるタンパク質を含む。一実施形態では、本明細書に開示される抗体または抗体断片は、IGLC1*01(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGLC1*02(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGLC2*01(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGLC2*02(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGLC2*03(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGLC3*01(例えば、配列を参照されたい)本明細書の表)、IGLC3*02(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGLC3*03(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGLC3*04(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGLC6*01(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGLC7*01(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGLC7*02(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)、IGLC7*03(例えば、本明細書の配列表を参照されたい)を含むがこれらに限定されない、ヒトλ定常領域対立遺伝子によってコードされるタンパク質を含む。別の実施形態では、本明細書に開示される抗体および抗体断片は、IGKC*01、IGKC*03、またはIGKC*03を含むがこれらに限定されない、マウスκ定常領域対立
遺伝子によってコードされる軽鎖定常領域を含む。別の実施形態では、本明細書に開示される抗体および抗体断片は、IGLC1*01、IGLC2*01、またはIGLC3*01を含むがこれらに限定されない、マウスλ定常領域対立遺伝子によってコードされる軽鎖定常領域を含む。
ペプチド、ポリペプチド、または抗体配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント(%)」および「相同性」は、配列同一性の最大パーセントを達成するために、保存的置換を配列同一性の一部とみなすことなく、配列をアラインメントし、かつ、必要に応じてギャップを導入した後、特定のペプチドまたはポリペプチド配列のアミノ酸残基と同一である候補配列のアミノ酸残基の割合として定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定する目的でのアラインメントは、例えば、BLAST、BLAST-2、ALIGN、またはMEG ALIGN(商標)(DNASTAR)ソフトウェアなどの公的に利用可能なコンピューターソフトウェアを使用して、当業者の範囲内の様々な方法で達成することができる。一実施形態では、相同性%は約70%である。一実施形態では、相同性%は約75%である。一実施形態では、相同性%は約80%である。一実施形態では、相同性%は約85%である。一実施形態では、相同性%は約90%である。一実施形態では、相同性%は約92%である。一実施形態では、相同性%は約95%である。一実施形態では、相同性%は約97%である。一実施形態では、相同性%は約98%である。一実施形態では、相同性%は約99%である。一実施形態では、相同性%は100%である。
核酸分子、ポリペプチド、宿主細胞等の生物学的材料に関連して使用される場合の「自然に発生する」または「天然」という用語は、自然界に見出され、人間によって操作されないものを指す。
本明細書で使用される場合、「包装」は、構成要素を組織化および/または拘束して、流通および/または使用に適合するユニットにすることを指す。包装には、例えば、箱、バッグ、注射器、アンプル、バイアル、チューブ、クラムシェル包装、バリア(barrier)、および/または無菌性、ラベリングなどを維持するための容器が含まれ得る。
本明細書で使用される「薬学的に許容される」という用語は、連邦もしくは州政府の規制機関によって承認されること、または動物、より具体的にはヒトで使用するために米国薬局方、欧州薬局方もしくは他の一般に認められた薬局方に記載されることを意味する。
本明細書で使用される場合、「ポリヌクレオチド」、「ヌクレオチド」、「核酸」、「核酸分子」という用語および他の同様の用語は交換可能に使用され、DNA、RNA、mRNA等を含む。
本明細書で使用される場合、「防止する」、「防止すること」、および「防止」という用語は、本明細書において提供される治療または治療の組み合わせ(例えば、本発明の抗体等の予防剤または治療剤の組み合わせ)の投与から得られる、hCD7媒介疾患および/またはそれに関連する症状の発生、再発、発症または拡大の完全または部分的阻害を指す。
「可溶性」という用語は、天然または膜結合形態で見られる1つ以上の膜貫通ドメインまたは細胞質ドメインを欠如している、CD7およびそのバリアントまたは断片などのポリペプチドを指す。一実施形態では、CD7の「可溶性」形態は、膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの両方を欠如している。
「対象」または「患者」という用語は、哺乳動物を含むがこれに限定されない、任意の動物を指す。本明細書で使用される場合、「哺乳動物」という用語は、子供に授乳し、かつ、生きている子供を産む(真獣類または胎盤哺乳動物)か、または産卵する(後獣類または非胎盤哺乳動物)脊椎動物を指す。哺乳動物種の例には、チンパンジーおよび他の類人猿およびサル種などの非ヒト霊長類;ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウマなどの家畜;イヌおよびネコなどの家畜哺乳動物;マウス、ラット(コットンラットを含む)、およびモルモットなどの齧歯類を含む実験動物;七面鳥および他のキジ目鳥、アヒル、ガチョウなどの家禽、野生鳥および狩猟鳥を含む鳥類を含む、ヒトおよび他の霊長類が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、「実質的にすべて」とは、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%を指す。
本明細書で使用される場合、「治療剤」という用語は、CD7媒介性疾患および/またはそれに関連する症状の治療、管理、または改善に使用することができる任意の薬剤を指す。特定の実施形態では、「治療剤」という用語は、本発明の抗体を指す。特定の他の実施形態では、「治療剤」という用語は、本発明の抗体以外の薬剤を指す。好ましくは、治療剤は、CD7媒介性疾患またはそれに関連する1つ以上の症状の治療、管理、または改善に有用であることが既知である、または使用されてきた、または現在使用されている薬剤である。特定の実施形態では、治療剤は、完全ヒト抗CD7モノクローナル抗体などの完全ヒト抗CD7抗体である。
本明細書で使用される場合、「治療(therapy)」という用語は、CD7媒介性疾患(例えば、がん)の予防、管理、治療(treatment)、および/または改善に使用することができる任意のプロトコル、方法、および/または薬剤を指す。「治療(therapies)」および「治療(therapy)」は、生物学的治療(biological therapy)、支持治療(supportive therapy)、および/または医療関係者などの当業者に既知のCD7媒介性疾患の予防、管理、治療(treatment)、および/または改善に有用な他の治療(therapies)を指す。
「治療する(treat)」、「治療(treatment)」および「治療すること(treating)」という用語は、1つ以上の治療(therapies)(本発明の抗体等の1つ以上の予防剤または治療剤の投与を含むがそれらに限定されない)から得られる、hCD7媒介疾患(例えばがん)の進行、重症度および/または期間の低減または改善を指す。
「可変領域」または「可変ドメイン」という用語は、軽鎖および重鎖の一部、典型的には、重鎖のアミノ末端における約120~130アミノ酸および軽鎖における約100~110アミノ酸を指し、これらは、抗体間で配列が大きく異なり、特定の抗原に対する特定の各抗体の結合および特異性に使用される。配列の変動は、相補的決定領域(CDR)と呼ばれる領域に集中するが、可変ドメイン内のより高度に保存された領域はフレームワーク領域(FR)と呼ばれる。CD7および重鎖のCDRは、主に抗体と抗原との相互作用に反応性である。本明細書で使用されるアミノ酸位置の番号付けは、Kabat et al.(1991)Sequences of proteins of immunological interest.(U.S.Department of Health and Human Services,Washington,D.C.)第5版(“Kabat et al.”)の通り、EUインデックスに準拠している。好ましい実施形態では、可変領域は、ヒト可変領域である。
細胞生物学および分子生物学の一般的な用語の定義は、”The Merck Manual of Diagnosis and Therapy”,19th Edition,Merck Research Laboratories刊,2006(ISBN 0-911910-19-0);Robert S.Porter et al.(eds.),The Encyclopedia of Molecular Biology,Blackwell Science Ltd.刊,1994(ISBN 0-632-02182-9);Benjamin Lewin,Genes X,Jones&Bartlett Publishing刊,2009(ISBN-10:0763766321);Kendrew et al.(eds.),Molecular Biology and Biotechnology:a Comprehensive Desk Reference,VCH Publishers,Inc.刊,1995(ISBN 1-56081-569-8)およびCurrent Protocols in Protein Sciences 2009,Wiley Intersciences,Coligan et al.,eds.に見出すことができる。
別段に指定されない限り、本発明は、例えば、すべて参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual(4 ed.),Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,USA(2012);Davis et al.,Basic Methods in Molecular Biology,Elsevier Science Publishing,Inc.,New York,USA(1995);またはMethods in Enzymology:Guide to Molecular Cloning Techniques Vol.152,S.L.Berger and A.R.Kimmel Eds.,Academic Press Inc.,San Diego,USA(1987);Current Protocols in Protein Science(CPPS)(John E.Coligan,et al.,ed.,John Wiley and Sons,Inc.)、Current Protocols in Cell Biology(CPCB)(Juan S.Bonifacino et al.ed.,John Wiley and Sons,Inc.)、およびCulture of Animal Cells:A Manual of Basic Technique by R.Ian Freshney,Publisher:Wiley-Liss;5th edition(2005)、Animal Cell Culture Methods(Methods in Cell Biology,Vol.57,Jennie P.Mather and David Barnes editors,Academic Press,1st edition,1998)に記載の標準的手順を使用して行われた。
他の用語は、本明細書において、本発明の様々な態様の説明の中で定義されている。
標的の理論的根拠
CD7は、Igスーパーファミリーの40kDaの膜貫通糖タンパク質である(1)。それは、T細胞個体発生の際の初期に、末梢血T細胞、NK細胞、胸腺細胞、骨髄CD34+CD38-細胞の表面上で発現される(2)。CD7は、後期メモリーT細胞およびエフェクターCD8+T細胞を除くほとんどのT細胞上で発現される。CD7の発現は、初期T細胞発達中に報告されている。しかしながら、造血系幹細胞(HSC)では発現されず(2、3)、このことは、HSCが抗CD7抗体の影響を受けないことが示唆している。ほとんどの末梢T細胞は典型的にはCD7陽性であるが、循環CD4+メモリー細胞の小さなサブセット(CD4+CD45RA-CD45R0+)からのCD7の欠如が報告されている(4)。
CD7の天然リガンドはまだ同定されていない。CD7は共刺激分子として作用することが示されており、抗CD7モノクローナル抗体(mAb)は分裂促進性であり、カルシウムフラックスを増加させ、IL-2産生を増強することが報告されている(5)。CD7は、細胞質チロシンベースのYEDMモチーフによってホスファチジルイノシトール3-キナーゼ(PI3-キナーゼ)に結合し、II型PI4-キナーゼと結合する(6)。しかしながら、正確なシグナル伝達メカニズムは未だ不明である。CD7欠損マウスでは主要な表現型の異常は同定されていないが、一部の研究室は、抗原特異的T細胞誘導(triggering)の低減、抗原特異的細胞傷害性T細胞の生成の欠陥、およびリポ多糖誘発性ショック症候群からの保護など、比較的軽微な免疫系の欠陥を報告している(7、8)。
ヒトT-ALL細胞株であるCEM細胞で示されるように、CD7は抗体結合後に急速に内在化し得、細胞表面CD7の50%超が、抗体との結合後、30分以内に内在化された(9)。マウス-ヒトキメラ抗体RFT2を用いた研究では、ヒトにおける抗体の半減期が約12時間であると報告されている(10)。内在化後において、内在化されたCD7の細胞内経路は十分に説明されていないが、それは、該CD7が細胞膜中にリサイクルされ得るか、または分解のためにリソソームに直接送られ得るためである。この急速な内在化は、治療後に患者におけるモノクローナル抗体の薬物動態学的および薬力学的プロファイルに影響を与え得る。
T-ALLおよびAMLでのCD7
CD7は、悪性未成熟T細胞で高度に発現し、CD4+セザリー白血病およびHTLV-1+成人T細胞白血病細胞などの悪性成熟T細胞では一般に不存在である(11)。T-ALLを有する患者から得られる診断骨髄試料では、CD7発現の割合の中央値は99%超であった(12)。高いCD7発現レベルはまた、再発T-ALLを有する患者から収集された試料で観察された。診断時または再発時の白血病細胞のCD7発現レベルは、同じ試料の残存正常T細胞で測定されたレベルを一貫して上回り、標準治療(SoC)化学治療は白血病細胞のCD7発現に影響を与えない。微小残存病変(MRD)を含む化学治療中に収集された骨髄試料では、残存白血病細胞の99%超がCD7+であった。治療中のCD7発現レベルは高いままであるため(12)、CD7はT-ALLの診断のための優れたフローサイトメトリーバイオマーカーである(表5)。
T-ALLに加えて、CD7は、急性骨髄性白血病(AML)症例の15%において、白血病細胞発現している(13)。AML症例のこのサブセットにおけるCD7発現は、エピジェネティックなメカニズムによる変異またはサイレンシングによるアルファ(CEBPA)遺伝子(14)に起因する野生型CCAAT/エンハンサー結合タンパク質の喪失と相関している。AMLにおけるこの変異またはエピジェネティックなスクリーニングは、潜在的な臨床的重要性を有し、AMLのサブセットをCD7標的治療のために階層化することができる。
要約すると、抗CD7モノクローナル抗体を使用した細胞枯渇戦略は、成人T-ALLおよびCD7+AML状態、ならびに他のCD7+がんにおける満たされていない医療ニーズに対処するために有望である。
正常なT細胞の発達は、T前駆細胞が骨髄から胸腺に移り、成熟した機能的なT細胞に分化する厳密に制御されたプロセスである。この分化プロセス中に、腫瘍遺伝子および腫瘍抑制遺伝子の調節不全が、未成熟胸腺細胞を不制御なクローンの増殖に方向づけ、T-ALLを引き起こす(22)。T-ALLは、ALLの全症例の約20%を占め、子供よりも成人に多く見られるが、年齢が上がるにつれて発生率は低下する。患者は、典型的には、高い白血球数で発症し、臓器肥大、特に縦隔の拡大を提供し得る。T-ALL疾患の生物学に関する知識が向上しているにもかかわらず、標準治療(SoC)は、過去10年間大きな変化がほとんどなく、集中的な多剤化学治療とそれに続く自家造血幹細胞移植から未だに構成される。このSoCでは、治療の再発を受けた小児の20%および成人の40%(23、24)。再発および難治性状況での長期生存は非常に低く、患者の5%未満がその後に二次反応を達成する。難治性または再発性B細胞リンパ芽球性白血病を有する多くの患者は、新世代の標的治療を受けた後、延長された生存率で完全な寛解を達成している(25)。しかしながら、患者集団サイズが比較的少ないため、T-ALL治療のための新薬開発活動はない。
T-ALL悪性腫瘍は、効果的な標的治療が存在しない患者における高い再発率および死亡率を有する血液がんの群を表す。再発および難治性T-ALLを有する患者の臨床転帰を改善するための満たされていない医学的ニーズは依然として高いである。
したがって、一態様では、本発明は、難治性T-ALLなどのT-ALLを治療するのに有用である。
したがって、本発明は、様々な抗CD7抗体および断片(FabまたはscFv断片など)、使用、および方法を提供する。以下の番号が付けられた項目に、例を示す。
1.CD7(分化抗原群7)に特異的に結合する結合部位を含む抗体または断片であって、結合部位は、ヒトVH遺伝子セグメント、DH遺伝子セグメント、およびJH遺伝子セグメントの組換えに由来するヌクレオチド配列によってコードされるVHドメインを含み、VH遺伝子セグメントは、IGHV3-15およびIGHV3-23から選択される、抗体または断片。
例えば、VH遺伝子セグメントはIGHV3-15*01またはIGHV3-23*04である。例えば、DH遺伝子セグメントおよびJH遺伝子セグメントは、ヒト遺伝子セグメントである。
一例では、特異的結合は、以下でさらに説明するKD、Koff、および/またはKonである。一例では、特異的結合は、1pM~5nMのKDである。
当業者は、ヒトおよび他の種の抗体遺伝子セグメントについてのデータベースおよび他の情報源に精通している。例えば、IMGTデータベース(www.IMGT.org)、例えば、2018年9月1日現在のバージョンは、好適な情報源である。
IGHV3-15またはIGHV3-23に基づく抗体を示す例を参照する。驚くべきことに、これらのヒトVH遺伝子セグメントは、実施例に記載されるように、望ましい抗CD7特性を有する抗CD7抗体を産生する。
2.DH遺伝子セグメントが、IGHD3-9、IGHD3-10およびIGH6-19から選択されるヒト遺伝子セグメントである、項目1に記載の抗体または断片。
一例では、DH遺伝子セグメントは、IGHD3-9*01、IGHD3-10*01およびIGH6-19*01から選択されるヒト遺伝子セグメントである。
3.JH遺伝子セグメントが、IGHJ6、IGHJ4およびIGHJ5から選択されるヒト遺伝子セグメントである、項目1または2に記載の抗体または断片。
一例では、JH遺伝子セグメントは、IGHJ6*02、IGHJ4*02およびIGHJ5*02から選択されるヒト遺伝子セグメントである。
4.結合部位が、配列番号3、6、23、26、43、46、63、および66から選択されるCDRH3配列を含む、先行項目のいずれか一項に記載の抗体または断片。
5.結合部位が、(i)配列番号17を含むVLドメインと対になっている配列番号7を含むVHドメイン、(ii)配列番号37を含むVLドメインと対になっている配列番号27を含むVHドメイン、(iii)配列番号57を含むVLドメインと対になっている配列番号47を含むVHドメイン、または(iv)配列番号77を含むVLドメインと対になっている配列番号67を含むVHドメインを含む、先行項目のいずれか一項に記載の抗体または断片。
6.結合部位が、配列番号7を含むVHドメインを含む、先行項目のいずれか一項に記載の抗体または断片。
7.結合部位が、配列番号17を含むVLドメインと対になっている配列番号7を含むVHドメインを含む、先行項目のいずれか一項に記載の抗体または断片。
8.CD7に特異的に結合し、先行項目のいずれか一項に記載の抗CD7抗体のCDRH3配列、または3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該CDRH3配列を含む、抗体または断片。
9.CD7に特異的に結合し、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のCDRH3配列、または3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該配列を含む、VHドメインを含む、(任意選択で先行項目のいずれか一項に記載の)抗体または断片。
10.VHドメインが、(i)G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のCDRH3配列、または、3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む、当該CDRH3配列、ならびに(ii)当該選択された抗体のCDRH1配列、または、3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該CDRH1配列を含む、項目9に記載の抗体または断片。
11.VHドメインが、(iii)G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のCDRH3配列、または、3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該CDRH3配列、ならびに(iv)当該選択された抗体のCDRH2配列、または、3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該CDRH2配列を含む、項目9または10に記載の抗体または断片。
12.CD7に特異的に結合する結合部位を含む(任意選択で先行項目のいずれか一項に記載の)抗体または断片であって、結合部位が、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のVHドメインのアミノ酸配列、またはそれと少なくとも70%同一であるアミノ酸を含む、VHドメインを含む、抗体または断片。
例えば、同一性は少なくとも85%である。例えば、同一性は少なくとも90%である。例えば、同一性は少なくとも95%である。
13.選択された抗体が、G09である、項目9、10、11、または12に記載の抗体または断片。
14.当該VHドメインの第1および第2のコピーを含む、先行項目のいずれか一項に記載の抗体または断片。
一例では、抗体または断片は、本発明のVLドメインと対になっている本発明のVHドメインを含む結合部位を含み、結合部位は、CD7(例えば成熟CD7、例えばヒトおよび/またはカニクイザルCD7)に特異的に結合することができる。例えば、抗体または断片は、そのような結合部位のうちの2つを含む。
15.CD7に特異的に結合する結合部位を含む(任意選択で先行項目のいずれか一項に記載の)抗体または断片であって、結合部位は、ヒトVL遺伝子セグメントおよびJL遺伝子セグメントの組換えに由来するヌクレオチド配列によってコードされるVLドメインを含み、VL遺伝子セグメントは、IGKV1D-39、IGKV1-39、IGKV3-11、IGKV1-16、およびIGKV1-5から選択される、抗体または断片。
一例では、VL遺伝子セグメントは、IGKV1D-39*01、IGKV1-39*01、IGKV3-11*01、IGKV1-16*02およびIGKV1-5*03;またはIGKV1D-39*01、IGKV3-11*01、IGKV1-16*02およびIGKV1-5*03から選択される。
16.VLがVκであり、JL遺伝子セグメントがIGKJ1およびIGKJ4から選択されるヒト遺伝子セグメントである、項目15に記載の抗体または断片。
一例では、VLがVκであり、JL遺伝子セグメントがIGKJ1*01およびIGKJ4*01から選択されるヒト遺伝子セグメントである。
17.CD7に特異的に結合し、先行項目のいずれか一項に記載の抗CD7抗体のCDRL3配列、または3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該CDRL3配列を含む、抗体または断片。
18.CD7に特異的に結合し、配列番号13、16、33、36、53、56、73および76から選択されるCDRL3配列、または3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該選択されたCDRL3配列を含む、VLドメインを含む、(任意選択で先行項目のいずれか一項に記載の)抗体または断片。
19.分化抗原群7(CD7)に特異的に結合し、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のCDRL3(および任意選択でCDRH3)配列、またはそれぞれ3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該配列を含む、VLドメインを含む、(任意選択で先行項目のいずれか一項に記載の)抗体または断片。
20.VLドメインが、(i)G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のCDRL3配列(および任意選択でCDRH3)、またはそれぞれ3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該CDR3配列、ならびに(ii)当該選択された抗体のCDRL1(および任意選択でCDRH1)配列、またはそれぞれ3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該CDR1配列を含む、項目19に記載の抗体または断片。
好ましくは、本明細書で選択される抗体は、G09であるか、またはG09の可変ドメインを含む。
21.VLドメインが、(iii)G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のCDRL3(および任意選択でCDRH3)配列、またはそれぞれ3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該CDR3配列、ならびに(iv)当該選択された抗体のCDRL2(および任意選択でCDRH2)配列、またはそれぞれ3個、2個、もしくは1個のアミノ酸置換を含む当該CDR2配列を含む、項目19または20に記載の抗体または断片。
22.CD7に特異的に結合する結合部位を含む(任意選択で先行項目のいずれか一項に記載の)抗体または断片であって、結合部位は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のVLドメインのアミノ酸配列、またはそれと少なくとも70%同一であるアミノ酸を含む、VLドメインを含む、抗体または断片。
任意選択で、分化抗原群7(CD7)に特異的に結合する結合部位を含む(任意選択で先行項目のいずれか一項に記載の)抗体または断片であって、結合部位は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のVLドメインのアミノ酸配列、またはそれと少なくとも70、80、85、90、95、96、97、98、もしくは99%同一であるアミノ酸を含む、VLドメインを含む、抗体または断片が提供される。
例えば、同一性は少なくとも85%である。例えば、同一性は少なくとも90%である。例えば、同一性は少なくとも95%である。
任意選択で、抗体または断片は、当該VLドメインの第1および第2のコピーを含む。
一例では、抗体または断片は、VHドメインと対になっている本発明のVLドメインを含む結合部位を含み、結合部位は、CD7(例えば成熟CD7、例えばヒトおよび/またはカニクイザルCD7)に特異的に結合することができる。例えば、抗体または断片は、そのような結合部位のうちの2つを含む。
23.分化抗原群7(CD7)に特異的に結合し、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体の重鎖アミノ酸配列、またはそれと少なくとも70、80、85、90、95、96、97、98、もしくは99%同一であるアミノ酸を含む、(任意選択で先行項目のいずれか一項に記載の)抗体または断片。
例えば、同一性は少なくとも85%である。例えば、同一性は少なくとも90%である。例えば、同一性は少なくとも95%である。
24.分化抗原群7(CD7)に特異的に結合し、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体の軽鎖アミノ酸配列、またはそれと少なくとも70、80、85、90、95、96、97、98、もしくは99%同一であるアミノ酸を含む、(任意選択で先行項目のいずれか一項に記載の)抗体または断片。
例えば、同一性は少なくとも85%である。例えば、同一性は少なくとも90%である。例えば、同一性は少なくとも95%である。
25.当該選択される抗体の軽鎖アミノ酸配列、またはそれと少なくとも70、80、85、90、95、96、97、98または99%同一であるアミノ酸を含む、項目23に記載の抗体または断片。
例えば、同一性は少なくとも85%である。例えば、同一性は少なくとも90%である。例えば、同一性は少なくとも95%である。
26.先行項目のいずれかに記載の抗体が結合するエピトープと同一であるヒトCD7エピトープに特異的に結合する(任意選択で先行項目のいずれか一項に記載の)抗体または断片。
27.エピトープが、無関係のアミノ酸スキャニングによって、またはX線結晶構造解析によって同定される、項目26に記載の抗体または断片。
抗体および抗原の相互作用に関与する接触アミノ酸残基は、当業者に知られた様々な方法によって決定することができる。
一実施形態では、抗原配列のアミノ酸の連続置換(標準的な分子生物学技術を使用して、抗原のコード配列のDNAを変異させる、本件では、CD7をアラニンで変異させる(別名アラニンスキャン)、または別の無関係のアミノ酸の連続置換は、問題の抗原を認識する抗体の能力を低減または消失させる変異を有する残基を提供し得る。結合は、SPR、HTRF、ELISA(本明細書の他の場所で説明されている)などの標準的な技術を使用して評価することができる。抗原配列アミノ酸の側鎖の電荷を変化させること(例えば、リジンのグルタミン酸への変化)、極性と非極性残基との切り替え(例えば、セリンのロイシンへの変化)などの、結合の破壊を強化するための他の置換を行い得る。アラニンスキャンまたは他のアミノ置換法は、組換え可溶性抗原を使用して、または標的が細胞膜標的である場合には、変異バージョンの一過性または安定した発現を使用して細胞上で直接行うことができる。
一実施形態では、タンパク質結晶構造解析を使用して、抗体と抗原との間の接触残基を決定し得る(すなわち、抗体が結合するエピトープを決定するため)、結晶構造解析は、抗体-抗原相互作用に関与する接触残基の直接的な視覚化を可能にする。標準的なX線結晶構造解析と同様に、低温電気顕微鏡法は、抗体とHIVキャプシドタンパク質との間の接触残基を決定するために使用されている(Lee,Jeong Hyun,et al.”Antibodies to a conformational epitope on gp41 neutralize HIV-1 by destabilizing the Env spike.”,Nature communications,6,(2015)を参照されたい)。
一実施形態では、抗体が線状エピトープを認識する場合、抗原配列に基づく短いペプチドを生成することができ、これらのペプチドへの抗体の結合は、これらに限定されないが、SPR、HTRF、ELISAなど(これらは本明細書の他の箇所で説明されている)の標準的な技術を使用して評価することができる。エピトープのさらなる調査は、結合を示す任意のペプチドに対するアラニンスキャンを行うことによって提供することができる。線状ペプチドの代わりに、CD20標的抗体上の不連続エピトープを決定するために使用されている足場へのペプチドの化学的結合を使用したPepscan技術(http://www.pepscan.com/)を使用して、コンフォメーションスキャンを行うことができる(Niederfellner,Gerhard,et al.”Epitope characterization and crystal structure of GA101 provide insights into the molecular basis for type I/II distinction of CD20 antibodies.”,Blood,118.2,(2011),358-367)。
一実施形態では、限られたタンパク質分解消化および質量分析を使用して、結合エピトープを同定することができる。抗体-抗原複合体は、トリプシンなどであるがこれに限定されない、プロテアーゼによって消化される。消化された複合ペプチドは、抗体のみおよび抗原のみの消化の質量分析と比較され、特定のエピトープが複合体によって保護されているかどうかが決定される。次いで、アミノ酸置換、競合結合を含むさらなる研究を使用して、相互作用に関与する個々のアミノ酸残基を絞り込むことができる(例えば、Suckau,Detlev,et al.”Molecular epitope identification by limited proteolysis of an immobilized antigen-antibody complex and mass spectrometric peptide mapping.”,Proceedings of the National Academy of Sciences,87.24,(1990),9848-9852)を参照されたい)。
したがって、一実施形態では、エピトープの接触残基は、無関係のアミノ酸スキャン(例えば、アラニンスキャン)で同定される。別の実施形態では、無関係のアミノ酸スキャン(例えば、アラニンスキャン)は、SPR、HTRF、ELISA、X線結晶構造解析、低温電気顕微鏡法、および限られたタンパク質分解消化と質量分析との組み合わせから選択される技術を使用して行われる。一実施形態では、無関係のアミノ酸スキャン(例えば、アラニンスキャン)は、HTRFを使用して行われる。一実施形態では、無関係のアミノ酸スキャン(例えば、アラニンスキャン)は、ELISAを使用して行われる。
アラニンスキャンがELISAまたはHTRFのいずれかを用いて行われたときに、シグナルの低減が少なくとも25%である場合に、アミノ酸残基はエピトープに寄与すると同定される。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも30%である。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも35%である。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも40%である。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも45%である。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも50%である。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも55%である。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも60%である。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも70%である。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも75%である。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも80%である。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも85%である。一実施形態では、シグナルの低減は少なくとも90%である。
アラニンスキャンがSPRを用いて行われたときに、少なくとも10倍の親和性の低減がある場合に、アミノ酸残基はエピトープに寄与すると同定される。一実施形態では、親和性の低減は少なくとも15倍である。一実施形態では、親和性の低減は少なくとも20倍である。一実施形態では、親和性の低減は少なくとも30倍である。一実施形態では、親和性の低減は少なくとも40倍である。一実施形態では、親和性の低減は少なくとも50倍である。一実施形態では、親和性の低減は少なくとも100倍である。
一実施形態では、エピトープの接触残基は、X線結晶構造解析によって同定される。一実施形態では、エピトープの接触残基は、低温電気顕微鏡法によって同定される。一実施形態では、エピトープの接触残基は、限られたタンパク質分解消化と質量分析との組み合わせによって同定される。
28.エピトープの接触残基が、SPRによって決定されるような無関係のアミノ酸スキャン、例えばアラニンスキャンにおける親和性の少なくとも10倍の低減によって定義される、項目27に記載の抗体または断片。
一実施形態では、親和性の低減は少なくとも15倍である。一実施形態では、親和性の低減は少なくとも20倍である。一実施形態では、親和性の低減は少なくとも30倍である。一実施形態では、親和性の低減は少なくとも40倍である。一実施形態では、親和性の低減は少なくとも50倍である。一実施形態では、親和性の低減は少なくとも100倍である。
SPRは、本明細書に記載されているように行うことができる。
29.ヒトCD7への結合について先行項目のいずれか一項に記載の抗体と競合する(任意選択で先行項目のいずれか一項に記載の)抗体または断片。
任意選択で、競合は、表面プラズモン共鳴(SPR)またはELISAによって決定される。当業者は、例えば、これらの技術および標準的条件に精通している。
一実施形態では、抗体または断片は、細胞表面に発現されたhCD7への結合について、hCD7(またはその融合タンパク質)と(例えば、用量依存的に)競合する。一実施形態では、抗体または断片は、可溶性hCD7に結合について、hCD7(またはその融合タンパク質)と(例えば、用量依存的に)競合する。
任意選択で、hCD7への結合について競合はSPRを使用して行われる。SPRは本明細書に記載されるように行い得る。
30.配列番号82を含むヒトCD7、および/または配列番号85を含むカニクイザルCD7、および/または配列番号86を含むラットCD7に特異的に結合する、先行項目のいずれか一項に記載の抗体または断片。
一例では、本明細書におけるCD7は、ヒト、マウス、またはカニクイザルのCD7である。
一実施形態では、抗体または断片は、1nM未満(例えば、1nM~0.01pMまたは1nM~0.1pMまたは1nM~1pM)の親和性でカニクイザルCD7に結合する。一実施形態では、抗体または断片は、10nM未満(例えば、10nM~0.01pMまたは10nM~0.1pMまたは10nM~1pM)の親和性でカニクイザルCD7に結合する。一実施形態では、抗体または断片は、0.1nM未満(例えば、0.1nM~0.01pMまたは0.1nM~0.1pMまたは0.1nM~1pM)の親和性でカニクイザルCD7に結合する。一実施形態では、抗体または断片は、0.01nM未満(例えば、0.011nM~0.01pMまたは0.01nM~0.1pM)の親和性でカニクイザルCD7に結合する。
一実施形態では、抗体または断片は、hCD7に対する親和性の2倍以内の親和性でカニクイザルCD7に結合する。一実施形態では、抗体または断片は、hCD7に対する親和性の4倍以内の親和性でカニクイザルCD7に結合する。一実施形態では、抗体または断片は、hCD7に対する親和性の5倍以内の親和性で、カニクイザルCD7に結合する。一実施形態では、抗体または断片は、hCD7に対する親和性の6倍以内の親和性でカニクイザルCD7に結合する。一実施形態では、抗体または断片は、hCD7に対する親和性の8倍以内の親和性で、カニクイザルCD7に結合する。一実施形態では、抗体または断片は、hCD7に対する親和性の10倍以内の親和性でカニクイザルCD7に結合する。
本明細書の「hCD7」は、ヒトCD7、例えば、本明細書に開示されるヒトCD7である。
一実施形態では、抗体または断片は、カニクイザルCD7に検出可能なほどに結合しない。一実施形態では、抗体または断片は、マウス(例えば、マウスおよび/またはラット)CD7に検出可能なほどに結合しない。
一実施形態では、抗体または断片は、1nM未満(例えば、1nM~0.01pMまたは1nM~0.1pM、または1nM~1pM)の親和性でマウス(例えば、マウスおよび/またはラット)CD7に結合する。一実施形態では、抗体または断片は、10nM未満(例えば、10nM~0.01pMまたは10nM~0.1pMまたは10nM~1pM)の親和性でマウスCD7に結合する。一実施形態では、抗体または断片は、0.1nM未満(例えば、0.1nM~0.01pMまたは0.1nM~0.1pMまたは0.1nM~1pM)の親和性でマウスCD7に結合する。一実施形態では、抗体または断片は、0.01nM未満(例えば、0.011nM~0.01pMまたは0.01nM~0.1pM)の親和性でマウスCD7に結合する。
任意選択で、抗体または断片は、ヒト定常領域、例えば、IgG1定常領域などのエフェクター機能有効定常領域を含む。任意選択で、抗体または断片は、マウス(例えば、マウスおよび/またはラット)定常領域を含む。任意選択で、抗体または断片は、本明細書に記載の重鎖定常領域配列のうちのいずれかを含む。
31.抗体または断片が、ヒト定常領域、例えば、IgG1定常領域を含む、先行項目のいずれか一項に記載の抗体または断片。
任意選択で、定常領域は、IgG1定常領域であり、任意選択で、定常領域は、本明細書に開示される任意のIgG1定常領域アミノ酸配列を含む。任意選択で、定常領域は、IgG2定常領域であり、任意選択で、定常領域は、本明細書に開示される任意のIgG1定常領域アミノ酸配列を含む。任意選択で、定常領域は、IgG1定常領域であり、任意選択で、定常領域は、本明細書に開示される任意のIgG3定常領域アミノ酸配列を含む。任意選択で、定常領域は、IgG1定常領域であり、任意選択で、定常領域は、本明細書に開示される任意のIgG4定常領域アミノ酸配列を含む。
一例では(任意選択で、すぐ上の段落に従って重鎖領域に加えて)、定常領域は、軽鎖定常領域を含み、軽鎖定常領域は、本明細書に開示される任意の軽鎖定常領域アミノ酸配列を含む。
32.定常領域が、IgG1定常領域であり、任意選択で、定常領域が、配列番号88、90、92、94、または96のアミノ酸配列(例えば、配列番号88)を含む、項目31に記載の抗体または断片。
他の実施形態では、抗体または断片は、本明細書で定義されるアイソタイプまたは定常領域のいずれかである。一実施形態では、定常領域は、野生型ヒトIgG1である。例えば、定常領域は、任意選択でADCCおよび/またはCDC活性を有する、エフェクター機能有効IgG1定常領域である。一実施形態では、定常領域は、ADCCおよび/またはCDCおよび/またはADCPの増強のために操作される。別の実施形態では、定常領域は、エフェクター機能の増強のために操作される。
Fc媒介性効果の効力は、当業者に明らかである任意の技術によってFcドメインを操作することによって増強され得る。別の実施形態では、本明細書に開示される抗体および断片は、FcRnへの結合を増強する三重変異(M252Y/S254T/T256E)を含み得る。
33.別の標的抗原(任意選択で、例えば、AMLなどの白血病を治療するための、ヒトCD5、CD14、またはCD19)に特異的に結合する抗原結合部位をさらに含む、先行項目のいずれか一項に記載の抗体または断片(例えば二重特異性抗体)。
例えば、他の標的抗原はヒトCD5である。
一例では、さらなる結合部位は、当該別の抗原のアゴニスト結合部位である。一例では、さらなる結合部位は、当該別の抗原のアンタゴニスト結合部位である。
一例では、さらなる結合部位は、VHおよびVLを含む抗体結合部位、抗体の定常ドメインに含まれる結合部位(例えば、Fcab結合部位)、または非免疫グロブリン結合部位(例えば、フィブロネクチンドメイン)である。任意選択で、抗原結合部位は、本明細書に開示される任意の抗原結合部位である。
例えば、抗体または断片は、二重特異性抗体または断片である。例えば、抗体または断片は、二重結合抗体もしくは断片、または先行項目のいずれか一項に記載の抗体もしくはその断片を含む融合タンパク質である。二重結合抗体は上記の意味を有する。
一例では、抗体または断片は、DVD-Ig、mAb2、FIT-Ig、mAb-dAb、ドックアンドロック、SEEDbody、scダイアボディ-Fc、ダイアボディ-Fc、タンデムscFv-Fc、Fab-scFv-Fc、Fab-scFv、イントラボディ、BiTE、ジアボディ、DART、TandAb、scダイアボディ、scダイアボディ-CH3、ダイアボディ-CH3、ミニボディ、ノブインホール、共通の軽鎖を有するノブインホール、共通の軽鎖および電荷対を有するノブインホール、電荷対、共通の軽鎖を有する電荷対、特にmAb2、ノブインホール、共通の軽鎖を有するノブインホール、共通の軽鎖および電荷対を有するノブインホールチェーンおよびFIT-Ig、例えばmAb2およびFIT-Igから選択される二重特異性フォーマットを含む。
一実施形態では、二重特異性フォーマットは、DVD-Ig、mAb2、FIT-Ig、mAb-dAb、ドックアンドロック、Fabアーム交換、SEEDbody、Triomab、LUZ-Y、Fcab、κλ-body、直交Fab、scダイアボディ-Fc、ダイアボディ-Fc、タンデムscFv-Fc、Fab-scFv-Fc、Fab-scFv、イントラボディ、BiTE、ジアボディ、DART、TandAb、scダイアボディ、scダイアボディ-CH3、ダイアボディ-CH3、トリプルボディ、ミニ抗体、ミニボディ、TriBiミニボディ、scFv-CH3 KIH、scFv-CH-CL-scFv、F(ab’)2-scFv、scFv-KIH、Fab-scFv-Fc、4価HCab、ImmTAC、ノブインホール、共通の軽鎖を有するノブインホール、共通の軽鎖および電荷対を有するノブインホール、電荷対、共通の軽鎖を有する電荷対、DT-IgG、DutaMab、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L、H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Igおよびzybodyから選択される。
一実施形態では、二重特異性フォーマットは、DVD-Ig、FIT-Ig、mAb-dAb、ドックアンドロック、Fab-アーム交換、SEEDbody、Triomab、LUZ-Y、Fcab、κλ-body、直交Fab、scダイアボディ-Fc、ダイアボディ-Fc、タンデムscFv-Fc、Fab-scFv-Fc、Fab-scFv、イントラボディ、BiTE、ジアボディ、DART、TandAb、scダイアボディ、scダイアボディ-CH3、ダイアボディ-CH3、トリプルボディ、ミニ抗体、ミニボディ、TriBiミニボディ、scFv-CH3 KIH、scFv-CH-CL-scFv、F(ab’)2-scFv、scFv-KIH、Fab-scFv-Fc、4価HCab、ImmTAC、ノブインホール、共通の軽鎖を有するノブインホール、共通の軽鎖および電荷対を有するノブインホール、電荷対、共通の軽鎖を有する電荷対、DT-IgG、DutaMab、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L,H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Igおよびzybody、例えばDVD-Ig、FIT-Ig、mAb-dAb、ドックアンドロック、SEEDbody、scダイアボディ-Fc、ダイアボディ-Fc、タンデムscFv-Fc、Fab-scFv-Fc、Fab-scFv、イントラボディ、BiTE、ジアボディ、DART、TandAb、scダイアボディ、scダイアボディ-CH3、ダイアボディ-CH3、ミニボディ、ノブインホール、共通軽鎖を有するノブインホール、共通軽鎖および電荷対を有するノブインホール、電荷対、共通軽鎖を有する電荷対、特にノブインホール、共通の軽鎖を有するノブインホール、共通の軽鎖および電荷対を有するノブインホール、ならびにFIT-Ig、例えばFIT-Igから選択される。
一実施形態では、二重特異性フォーマットは、DVD-Ig、mAb2、mAb-dAb、ドックアンドロック、Fab-アーム交換、SEEDbody、Triomab、LUZ-Y、Fcab、κλ-body、直交Fab、scダイアボディ-Fc、ダイアボディ-Fc、タンデムscFv-Fc、Fab-scFv-Fc、Fab-scFv、イントラボディ、BiTE、ジアボディ、DART、TandAb、scダイアボディ、scダイアボディ-CH3、ダイアボディ-CH3、トリプルボディ、ミニ抗体、ミニボディ、TriBiミニボディ、scFv-CH3 KIH、scFv-CH-CL-scFv、F(ab’)2-scFv、scFv-KIH、Fab-scFv-Fc、4価HCab、ImmTAC、ノブインホール、共通の軽鎖を有るノブインホール、共通の軽鎖および電荷対を有するノブインホール、電荷対、共通の軽鎖を有する電荷対、DT-IgG、DutaMab、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L,H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Igおよびzybody、例えばDVD-Ig、mAb2、mAb-dAb、ドックアンドロック、SEEDbody、scダイアボディ-Fc、ダイアボディ-Fc、タンデムscFv-Fc、Fab-scFv-Fc、Fab-scFv、イントラボディ、BiTE、ジアボディ、DART、TandAb、scダイアボディ、scダイアボディ-CH3、ダイアボディ-CH3、ミニボディ、ノブインホール、共通軽鎖を有するノブインホール、共通軽鎖および電荷対を有するノブインホール、電荷対、共通軽鎖を有する電荷対、特にmAb2、ノブインホール、共通の軽鎖および電荷対を有するノブインホール、ならびに共通の軽鎖を有するノブインホール、例えばmAb2から選択される。
一実施形態では、二重特異性フォーマットは、DVD-Ig、mAb-dAb、ドックアンドロック、Fab-アーム交換、SEEDbody、Triomab、LUZ-Y、Fcab、κλ-body、直交Fab、scダイアボディ-Fc、ダイアボディ-Fc、タンデムscFv-Fc、Fab-scFv-Fc、Fab-scFv、イントラボディ、BiTE、ジアボディ、DART、TandAb、scダイアボディ、scダイアボディ-CH3、ダイアボディ-CH3、トリプルボディ、ミニ抗体、ミニボディ、TriBiミニボディ、scFv-CH3 KIH、scFv-CH-CL-scFv、F(ab’)2-scFv、scFv-KIH、Fab-scFv-Fc、4価HCab、ImmTAC、ノブインホール、共通の軽鎖を有するノブインホール、共通の軽鎖および電荷対を有するノブインホール、電荷対、共通の軽鎖を有する電荷対、DT-IgG、DutaMab、IgG(H)-scFv、scFv-(H)IgG、IgG(L)-scFv、scFv-(L)IgG、IgG(L,H)-Fv、IgG(H)-V、V(H)-IgG、IgG(L)-V、V(L)-IgG、KIH IgG-scFab、2scFv-IgG、IgG-2scFv、scFv4-Igおよびzybody、例えばDVD-Ig、mAb-dAb、ドックアンドロック、SEEDbody、scダイアボディ-Fc、ダイアボディ-Fc、タンデムscFv-Fc、Fab-scFv-Fc、Fab-scFv、イントラボディ、BiTE、ジアボディ、DART、TandAb、scダイアボディ、scダイアボディ-CH3、ダイアボディ-CH3、ミニボディ、ノブインホール、共通軽鎖を有するノブインホール、共通軽鎖および電荷対を有するノブインホール、電荷対、共通軽鎖を有する電荷対、特にノブインホール、共通の軽鎖および電荷の対を有するノブインホール、ならびに共通の軽鎖を有するノブインホールから選択される。
34.対象におけるCD7媒介疾患または状態(任意選択で、白血病またはリンパ腫などのがん)を治療または予防するための、先行項目のいずれか一項に記載の抗CD7抗体または断片。
35.疾患または状態が、白血病、リンパ腫、血液がん、および骨髄異形成症候群(MDS)から選択される、項目34に記載の抗CD7抗体または断片。
一例では、対象はヒトであり、別の方法では、対象は非ヒト動物であり、一例では、対象は成人であり、一例では、対象は小児科のヒトである。
一例では、本明細書の抗体または断片は、以下から選択される対象(例えば、ヒト)における疾患または状態を治療または予防するためのものである。
・T細胞急性リンパ芽球性白血病;
・CD7発現を伴う急性骨髄性白血病;
・前駆体T細胞リンパ芽球性リンパ腫;
・T細胞前リンパ球性白血病;
・T細胞大顆粒リンパ球性白血病;
・末梢T細胞リンパ腫;
・血管免疫芽球性T細胞リンパ腫;
・節外性NK/T細胞リンパ腫、鼻型;
・腸管症型腸管T細胞リンパ腫;および
・肝脾T細胞リンパ腫。
一例では、疾患または状態はヒトにある。一例では、疾患または状態は動物にある。
一例では、本発明の抗体または断片は、例えば、新生物性または非新生物性疾患、慢性ウイルス感染症、および悪性腫瘍、例えば、黒色腫、メルケル細胞がん、非小細胞肺がん(扁平上皮がんおよび非扁平上皮がん)、腎細胞がん、膀胱がん、頭頸部扁平上皮がん、中皮腫、ウイルス誘発性がん(頸部がんおよび鼻咽頭がんなど)、軟部肉腫、ホジキン疾患および非ホジキン疾などの血液悪性腫瘍、ならびにびまん性大細胞型B細胞リンパ腫などのヒトにおけるCD7媒介性疾患または状態の治療または予防のためのものである。
一例では、CD7媒介疾患または状態は、例えばアルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、パーキンソン病、ハンチントン病、原発性進行性多発性硬化症、続発性進行性多発性硬化症、大脳皮質基底核変性症、レット症候群、加齢性黄斑変性症および色素性網膜炎から選択される網膜変性障害;前部虚血性視神経症、緑内障、ブドウ膜炎、うつ病、外傷関連ストレスまたは外傷後ストレス障害、前頭側頭認知症、レビー体認知症、軽度の認知障害、後部皮質萎縮、原発性進行性失語症ならびに進行性核上麻痺または加齢性認知症から選択される神経変性疾患、障害または状態であり、特に、神経変性疾患、障害または状態は、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、パーキンソン病、およびハンチントン病から選択され、例えばアルツハイマー病である。
一例では、本発明の抗体、断片、組み合わせは、対象に静脈内投与されるか、または対象への静脈内投与用である。一例では、本発明の抗体、断片、組み合わせは、対象に皮下投与されるか、または対象への皮下投与用である。
36.抗体または断片が、化学治療、放射線治療、または免疫チェックポイント阻害剤と同時にまたは逐次的に対象に投与される、項目33に記載の抗体または断片。
任意選択で、化学治療は、ネララビンシクロホスファミド、ビンクリスチン、アドリアマイシン、デキサメタゾンから選択され、メトトレキサートおよびシタラビンと代替される。
37.ある量の抗CD7抗体または断片およびある量の化学治療剤の組み合わせ(任意選択で、当該抗体および/または薬剤の複数回用量を含む)であって、抗体または断片が、項目1~36のいずれか一項に記載のものである、組み合わせ。
以下も提供される:組み合わせ、当該量の抗体または断片を含む第1の滅菌容器、および当該量の化学治療剤を含む第2の滅菌容器、ならびに任意選択で、対象におけるがんを治療するために組み合わせを使用するための説明書を含む、医療キット。
38.ヒトにおける白血病を治療する方法で使用するための項目1~37のいずれか一項に記載の抗体、断片、または組み合わせであって、抗体、断片、または組み合わせが、任意選択でヒトCD5、CD14またはCD19のアンタゴニストとともにヒトに投与される、抗体、断片、または組み合わせ。
39.白血病が、急性骨髄性白血病もしくはT-ALLであるか、または再発性白血病(例えば、再発性AMLまたはT-ALL)である、項目38の抗体、断片、または組み合わせ。
40.CD7+細胞によって媒介されるヒトまたは動物対象における疾患または状態を対象において治療する方法で使用するための、項目1~37のいずれか一項に記載の抗体、断片、または組み合わせであって、方法が、抗体、断片、または組み合わせを対象に投与することを含み、CD7細胞が、任意選択でADCPおよび/またはCDCによって、標的化および殺傷される、抗体、断片、または組み合わせ。
41.CD7媒介疾患または状態、任意選択でがんを治療または予防するために対象に投与するための医薬の製造における、先行項目のいずれか一項に記載の抗体、断片、または組み合わせの使用。
42.対象におけるCD7媒介疾患または状態(任意選択で高コレステロール血症)を治療または予防する方法であって、方法は、治療有効量の項目1~40のいずれか一項に記載の抗体、断片、または組み合わせを当該対象に投与することを含み、それにより、CD7媒介疾患または状態が治療または予防される、方法。
43.CD7媒介疾患または状態が、白血病(任意選択でT-ALL)である、項目41に記載の使用または項目42に記載の方法。
44.対象にさらなる治療、例えばさらなる治療剤を投与することをさらに含み、任意選択で、さらなる治療剤が、
a.シクロホスファミド、
b.ビンクリスチン、
c.アドリアマイシン、
d.デキサメタゾン、
e.メトトレキサート、
f.シタラビン、および
g.ネララビンからなる群から選択される、項目34~43のいずれか一項に記載の抗体、断片、組み合わせ、使用、または方法。
45.項目1~40および44のいずれか一項に記載の抗体、断片、または組み合わせ、および薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体を含み、任意選択で項目44に記載の薬剤から選択されるさらなる治療剤と組み合わせた、医薬組成物。
46.CD7媒介状態または疾患、任意選択でがんを治療および/または予防するための、項目45に記載の医薬組成物。
47.ヒトにおける当該疾患または状態を治療および/または予防するために使用するためのラベルまたは説明書と組み合わせた、項目45または46に記載の医薬組成物であって、任意選択で、ラベルまたは説明書は、販売承認番号(任意選択でFDAまたはEMA承認番号)を含み、任意選択で、キットは、抗体または断片を含む静脈または注入デバイスを含む医薬組成物。
48.項目1~33のいずれか一項に記載の抗体または断片のVHドメインおよび/またはVLドメインをコードする、核酸。
49.G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のVHドメインのアミノ酸配列、またはそれと少なくとも70、80、85、90、95、96、97、98、もしくは99%同一であるアミノ酸を含む、VHドメインをコードする、核酸。
例えば、同一性は少なくとも85%である。例えば、同一性は少なくとも90%である。例えば、同一性は少なくとも95%である。
50.G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のVLドメインのアミノ酸配列、またはそれと少なくとも70、80、85、90、95、96、97、98、もしくは99%同一であるアミノ酸を含む、VLドメインをコードする、核酸。
任意選択で、核酸はまた、選択される抗体のVHドメインのアミノ酸配列、またはそれと少なくとも70、80、85、90、95、96、97、98、もしくは99%同一であるアミノ酸を含む、VHドメインをコードする。例えば、同一性は少なくとも85%である。例えば、同一性は少なくとも90%である。例えば、同一性は少なくとも95%である。
51.
(a)配列番号10の配列と少なくとも70%同一であるヌクレオチド配列、および/または
(b)配列番号20の配列と少なくとも70%同一であるヌクレオチド配列を含む、核酸。
52.項目1~33のいずれか一項に記載の抗体または断片の重鎖および/または軽鎖をコードする核酸。
53.配列番号8と少なくとも70%同一であるアミノ酸配列を含む重鎖をコードする核酸。
54.配列番号18と少なくとも70%同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖をコードする核酸。
55.
(a)G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体から選択される重鎖配列と少なくとも70%同一であるヌクレオチド配列、ならびに/または
(b)G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体から選択される配列と少なくとも70%同一であるヌクレオチド配列を含む、(例えば、宿主細胞、例えば、CHOまたはHEK293またはCos細胞中の)核酸。
ここで、%同一性が言及されているいかなる場合も、一例では100%同一性がある。
56.項目1~32のいずれか一項に記載の抗体または断片の重鎖および/または軽鎖をコードする核酸。
本明細書における本発明の核酸はすべて、本発明の抗体または断片の可変ドメインまたは鎖を発現するためなど、宿主細胞、例えばCHOまたはHEK293またはCos細胞において発現可能である。
57.核酸(例えば、項目48~55のいずれか一項に記載の核酸)を含むベクターであって、任意選択で、ベクターが、CHOまたはHEK293ベクターである、ベクター。
58.核酸(例えば項目48~55のいずれか一項に記載の核酸)または項目57に記載のベクターを含む宿主細胞。
59.抗体または断片が、IgG1(例えば、ヒトIgG1またはIgG1*01)定常領域を含む、先行項目のいずれか一項に記載の抗体、断片、組み合わせ、ベクター、宿主細胞、組成物、使用、または方法。
60.定常領域が、IgG1 CH3領域における430位のグリシン、356位のアルギニン、および/または357位のアルギニン(EU番号付けによる)を含む、項目59に記載の抗体、断片、組み合わせ、ベクター、宿主細胞、組成物、使用、または方法。
61.定常領域が、430位のグリシンを含む、項目59に記載の抗体、断片、組み合わせ、ベクター、宿主細胞、組成物、使用、または方法。
62.本明細書に記載の抗体、断片、組み合わせ、ベクター、宿主細胞、使用または方法。
本発明は以下を提供する:
対象におけるCD7媒介疾患または状態(任意選択でがん)を診断する方法であって、方法は、本発明の抗体または断片を単離された細胞試料(例えば、血液または血清試料)と合わせることと、試料に含まれる細胞が抗体または断片と特異的に結合することを決定することと、を含む、方法。
以下も提供される:
試料中のCD7陽性細胞を検出するためのインビトロアッセイであって、アッセイは、本発明の抗体または断片を単離された細胞試料(例えば、血液または血清試料)と合わせることと、試料に含まれる細胞が抗体または断片と特異的に結合することを決定することと、を含む、アッセイ。
疾患または状態は、本明細書に開示される任意の疾患または状態であり得る。検出は、例えば、蛍光標識、ELISA、またはRIAなどの標識を使用する、任意の従来の手段によるものであり得る。
一例では、抗体または断片は、9、10、11、または12残基、例えば、10、例えば11のHCDR3長さを含む。一例では、抗体または断片は、7、8、または9残基、例えば、8、例えば、9のLCDR3長さを含む。一例では、抗体または断片の各VHドメインは、1~11の非生殖細胞系残基、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、または11の非生殖細胞系残基を含む。一例では、抗体または断片の各VLドメインは、3~8の非生殖細胞系残基、例えば、3、4、5、6、7または8の非生殖細胞系残基を含む。
一実施形態では、本明細書のCDR配列は、Kabatに従って決定される。代替例では、CDR配列は、IMGTに従って決定される。
一例では、選択される抗体は、G09である。
一例では、選択された抗体は、G09、F05、C02またはE04の重鎖を含み、一例では、選択された抗体は、G09の重鎖を含む。
一例では、本発明の抗体または断片の重鎖は、ヒトガンマ-1、ガンマ-2、ガンマ-3、ガンマ-4、ミュー、デルタ、イプシロン、またはアルファアイソタイプ、好ましくはガンマアイソタイプ(例えば、IgG4アイソタイプ)である。一例では、本発明の抗体または断片の軽鎖は、ヒトカッパ定常領域を含む。あるいは、一例では、本発明の抗体または断片の軽鎖は、ヒトラムダ定常領域を含む。
任意選択で、抗体は、軽鎖の二量体と結合した重鎖の二量体を含む4本鎖抗体である。一例では、重鎖は、本明細書に開示される1つもしくは重鎖のCDRもしくはCDRの組み合わせを含み、かつ/または軽鎖は、同じ選択された抗体など由来の本明細書に開示される1つもしくは重鎖のCDRもしくはCDRの組み合わせを含む。一例では、重鎖は、本明細書に開示されるVHドメインを含み、かつ/または軽鎖は、同じ選択された抗体など由来の本明細書に開示されるVLを含む。一例では、重鎖および軽鎖は、同じ選択された抗体、例えば、本明細書の配列表または本明細書の実施例の表に開示されている任意の抗体に由来する。
一例では、選択された抗体は、G09、F05、C02、またはE04の軽鎖を含む。一例では、選択された抗体は、G09の軽鎖を含む。
一例では、選択された抗体は、G09、F05、C02、またはE04の可変ドメインを含む。一例では、選択された抗体は、G09の可変ドメインを含む。
一例では、選択された抗体は、G09、F05、C02、またはE04のVHドメインを含む。一例では、選択された抗体は、G09のVHドメインを含む。
一例では、選択された抗体は、G09、F05、C02、またはE04のVHおよびVLドメインを含む。一例では、選択された抗体は、G09のVHおよびVLドメインを含む。
一例では、抗体または断片の結合部位は、ヒトCD7に特異的に結合するVH/VLの対を含む。
任意選択で、抗体または断片は、SPRによって決定した際に、CD7への結合についてG09(例えば、IgGフォーマットにおけるG09、例えばヒトIgG1)と競合する。
任意選択で、アミノ酸置換は保存的アミノ酸置換であり、任意選択で、各保存的置換は以下のグループ(1)から(6)までである:
1)アラニン(A)、セリン(S)、スレオニン(T);
2)アスパラギン酸(D)、グルタミン酸(E);
3)アスパラギン(N)、グルタミン(Q);
4)アルギニン(R)、リジン(K);
5)イソロイシン(I)、ロイシン(L)、メチオニン(M)、バリン(V);および
6)フェニルアラニン(F)、チロシン(Y)、トリプトファン(W)。
本明細書における任意のSPRは、例えば、37℃およびpH7.6での表面プラズモン共鳴(SPR)である。
任意選択で、本明細書に記載の任意のCD7は、(例えば、インビトロ試験において)ヒトCD7であり、例えば、本明細書に開示されるヒトCD7のアミノ酸配列を含む。
一例では、本発明の抗体または断片は、例えば5x106M-1xs-1または5x106M-1xs-1のKaでヒトCD7に結合する。一例では、本発明の抗体または断片は、例えば4もしくは5s-1または約4もしくは5s-1のKdでヒトCD7に結合する。一例では、本発明の抗体または断片は、例えば0.07もしくは0.14nM、または約0.07もしくは0.14nMのKDでヒトCD7に結合する。一実施形態では、断片はFab断片である。一実施形態では、断片はscFvである。
任意選択で、本発明の抗体は、1pM~5nMのCD7への結合の親和性(KD)を有し、任意選択で、結合は、当該抗体のFabを使用して、37℃、pH7.6でSPRによって決定される。
任意選択で、抗体は、1×10-5~1×10-3S-1のCD7に結合するためのオフレート(Koff)を有し、任意選択で、結合は、当該抗体のFabを使用して、37℃、pH7.6でSPRによって決定される。
任意選択で、抗体は、1×105~1×107M-1S-1のCD7に結合するためのオンレート(Kon)を有し、任意選択で、結合は、当該抗体のFabを使用して、37℃、pH7.6でSPRによって決定される。
一例では、抗体(例えばFabとして)または断片は、CD7(例えばヒトCD7)に結合するための以下の親和性(KD)を有する。
(a)2、3、4、5もしくは10pM~3、4もしくは5nM;
(b)1~10pM~5nM;
(c)10pM~3、4、もしくは5nM;
(d)50もしくは80pM~200nM;
(e)50もしくは80pM~150nM;または
(f)50もしくは80pM~100nM。
一例では、KDは、5~15pM(または約5~15pM)(例えば、10pM)である。一例では、KDは、2~5nM(または約2~5nM)(例えば、3nM)である。一例では、KDは、100~400pM(または約100~400pM)(例えば、140または390pM)である。
一例では、抗体(例えばFabとして)または断片は、CD7(例えばヒトCD7)に結合するための以下の(Koff)を有する。
(a)1×10-5~5×10-4S-1;
(b)1×10-5~6×10-4S-1;
(c)1×10-5~7×10-4S-1;
(d)1×10-5~8×10-4S-1;
(e)2×10-5~1×10-3S-1;
(f)2×10-5~5×10-4S-1;
(g)2×10-5~6×10-4S-1;
(h)2×10-5~7×10-4S-1;または
(i)2×10-5~8×10-4S-1。
一例では、Koffは、5×10-4S-1(または約5×10-4S-1)である(例えば、KDが2nM~400pM(もしくは約2nM~400pM)である場合、KDが2~5nM(または約2~5nM)(例えば3nM)である場合、またはKDが100~400pM(もしくは約100~400pM)(例えば140もしくは390pM)である場合)。一例では、Koffは、3x10-5S-1((または約3x10-5S-1)である(例えば、KDが、5~15pM(または約5~15pM)(例えば、10pM)である場合)。
一例では、抗体(例えばFabとして)または断片は、CD7(例えばヒトCD7)に結合するための以下のオンレート(Kon)を有する。
(a)1×105~1×106M-1S-1;
(b)1×105~2×106M-1S-1;
(c)1×105~3×106M-1S-1;
(d)1×105~4×106M-1S-1;
(e)1×105~5×106M-1S-1;
(f)2×105~5×106M-1S-1;
(g)3×105~5×106M-1S-1;
(h)4×105~5×106M-1S-1;
(i)5×105~5×106M-1S-1;または
(j)6×105~5×106M-1S-1。
一例では、Konは、1または2x10-5M-1S-1(または約1もしくは2x10-5M-1S-1)である(例えば、KDが、2-5nM(例えば3nM)である場合)。一例では、Konは、1~4、1、2、3もしくは4x10-6M-1S-1(または約1~4、1、2、3もしくは4x10-6M-1S-1)である(例えば、KDが、5~400pM(または約5~400pM)(例えば140もしくは390pM)または5~15pM(例えば10pM))である場合)。
本明細書の項目または他の態様で提供されるように、抗CD7抗体または断片は、表面プラズモン共鳴によって決定した際に、50nM未満、40nM未満、30nM未満のKDでCD7、例えばヒトCD7に結合し得る。別の実施形態では、抗CD7抗体または断片は、表面プラズモン共鳴によって決定した際に、20nM未満、15nM未満、10nM未満のKDでCD7、例えばヒトCD7に結合し得る。抗CD7抗体または断片は、表面プラズモン共鳴によって決定した際に、8nM未満、5nM未満、4nM未満、3nM未満、2nM未満、または1nM未満のKDでCD7、例えばヒトCD7に結合し得る。KDは、0.9nM以下、0.8nM以下、0.7nM以下、0.6nM以下、0.5nM以下、0.4nM以下、0.3nM以下、0.2nM以下、または0.1nM以下であり得る。
別の実施形態では、KDは、0.01~1nMの範囲、または0.05~2nMの範囲、または0.05~1nMの範囲内である。KDは、hCD7、カニクイザル(すなわち、「cyno」)CD7、および/またはマウスCD7に関するものであり得る。
別の実施形態では、本明細書に記載の抗CD7抗体は、約0.5~10μM、例えば約1~8μMまたは約1~7μMのKONレート(例えば25℃または37℃で、例えばSPRによって測定された場合)を有する。別の実施形態では、KONレートは、約1~5μM、例えば約1μM、約1.5μM、約2μM、約2.5μM、または約3μMである。別の実施形態では、KONレートは、約3.5μM、約4μM、約4.5μM、約5μM、または約5.5μMである。
別の実施形態では、本明細書に記載の抗CD7抗体は、約0.01~100mM、例えば、約0.1~50mMまたは約0.5~50mMのKOFFレート(例えば25℃または37℃で、例えばSPRによって測定された場合)を有する。別の実施形態では、KOFFレートは、約0.5~10mM、または約0.5~10mM、例えば、約1mM、約2mM、約3mM、約4mM、または約5mMである。別の実施形態では、KOFFレートは、約0.6mM、約0.7mM、約0.8mM、または約0.9mMである。
一例では、本発明の抗体または断片は、G09、F05、C02、およびE04のVHおよびVLドメインを含む。
一例では、本発明の抗体または断片は、G09のVHおよびVLドメインを含む。一例では、本発明の抗体または断片は、F05のVHおよびVLドメインを含む。一例では、本発明の抗体または断片は、G09のVHおよびVLを含む。一例では、本発明の抗体または断片は、C02のVHおよびVLドメインを含む。一例では、本発明の抗体または断片は、E04のVHおよびVLドメインを含む。
一例では、選択される抗体は、G09である。
一例では、選択される抗体は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体の可変ドメインを含む。
一例では、選択される抗体は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のVHドメインを含む。一例では、選択された抗体は、G09のVHドメインを含む。
一例では、選択される抗体は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のVHおよびVLドメインを含む。一例では、選択された抗体は、G09のVHおよびVLドメインを含む。
任意選択で、本発明の抗体または断片は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のHCDR3を含む。任意選択で、本発明の抗体または断片は、当該選択された抗体のHCDR1および/またはHCDR2を含む。
任意選択で、本発明の抗体または断片は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のHCDR1を含む。任意選択で、本発明の抗体または断片は、当該選択された抗体のHCDR2および/またはHCDR3を含む。
任意選択で、本発明の抗体または断片は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のHCDR2を含む。任意選択で、本発明の抗体または断片は、当該選択された抗体のHCDR1および/またはHCDR3を含む。
任意選択で、本発明の抗体または断片は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のVHを含む。任意選択で、本発明の抗体または断片は、当該選択された抗体のVLを含む。
任意選択で、本発明の抗体または断片は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体のVLを含む。任意選択で、本発明の抗体または断片は、当該選択された抗体のVHを含む。
任意選択で、本発明の抗体または断片は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体の重鎖を含む。任意選択で、本発明の抗体または断片は、当該選択された抗体の軽鎖を含む。
任意選択で、本発明の抗体または断片は、G09、F05、C02、およびE04から選択される抗体の軽鎖を含む。任意選択で、本発明の抗体または断片は、当該選択された抗体の重鎖を含む。一例では、選択された抗体は、G09である。
任意選択で、本発明の抗体は、ヒトIgG1*01定常領域を含む。任意選択で、本発明の抗体は、ヒトIgG1 E430G定常領域、例えば、IgG1*01 E430G定常領域を含む。任意選択で、本発明の抗体は、ヒトIgG1 E345R定常領域、例えば、IgG1*01 E345R定常領域。
好ましくは、hCD7に特異的に結合する抗体またはその断片は、他の抗原と交差反応しない(しかし、任意選択で、異なるCD7種、例えば、アカゲザル、カニクイザル、またはネズミと交差反応し得る)。CD7抗原に特異的に結合する抗体またはその断片は、例えば、イムノアッセイ、BIAcore(登録商標)、または当業者に既知の他の技術によって同定することができる。抗体またはその断片は、これがラジオイムノアッセイ(RIA)および酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)などの実験技術を使用して決定される任意の交差反応性抗原よりも高い親和性でhCD7に結合するときに、hCD7抗原に特異的に結合する。典型的には、特異的または選択的反応は、バックグラウンドシグナルまたはノイズの少なくとも2倍であり、より典型的にはバックグラウンドの10倍以上である。抗体の特異性に関する議論についてのPaul,ed.,1989,Fundamental Immunology 第2版,Raven Press,New Yorkの332~336頁を参照されたい。
CD7等の抗体と抗原との相互作用に関与する接触アミノ酸残基は、当業者に知られた様々な方法によって決定され得る。
一実施形態では、抗体が線状エピトープを認識する場合、抗原配列に基づく短いペプチドが生成され得、これらのペプチドへの抗体の結合は、標準的な技術を使用して評価され得る。
一実施形態では、限定されたタンパク質分解消化および質量分析を使用して、結合エピトープを同定することができる。
一実施形態では、エピトープの接触残基は、X線結晶構造解析によって同定される。一実施形態では、エピトープの接触残基は、低温電気顕微鏡法によって同定される。一実施形態では、エピトープの接触残基は、限られたタンパク質分解消化と質量分析との組み合わせによって同定される。
別の実施形態では、本明細書に記載の抗CD7抗体(および断片)は、他の抗CD7抗体および断片よりも改善された一過性発現レベルを提供する。したがって、一実施形態では、抗CD7抗体(または断片)は、HEK293細胞、例えばHEK293T細において、約100μg/mLの発現レベルまたは約100~350μg/mLの範囲で発現される。別の実施形態では、発現レベルは、約350μg/mL超である。
別の実施形態では、抗CD7抗体(または断片)は、CHO細胞、例えば、Expi-CHO細胞において、約100μg/mLの発現レベルで、または約100~350μg/mLの範囲で発現される。別の実施形態では、発現レベルは、約350μg/mL超である。
別の実施形態では、抗CD7抗体(または断片)は、CHO細胞、例えば、Expi-CHO細胞またはCHO-E7 EBNA細胞において、約100μg/mLの発現レベルまたは約100~350μg/mLの範囲で発現される。別の実施形態では、発現レベルは、約350μg/mL超である。例えば、抗体は、ヒトIgG1またはヒトIgG4(例えば、IgG4-PE)としてフォーマットされたG09のいずれか1つのVHおよびVLドメインを含む。
これらの発現系のいずれにおいても、発現は約0.5mL~3mLの間、例えば約0.5mL~2mLの間のスケールで行われる。これらの発現系のいずれにおいても、抗CD7抗体(または断片)はpTT5ベクターから発現させることができる。これらの発現系のいずれにおいても、抗CD7抗体(または断片)は、脂質トランスフェクション試薬と組み合わせて発現させることができ、任意選択で、CHO細胞、例えばExpi-CHO細胞で発現させることができる。これらの発現系のいずれかにおいて、抗CD7抗体(または断片)は、PEIトランスフェクション試薬と組み合わせて発現され得、そして任意選択で、CHO細胞、例えば、CHO-E7 EBNA細胞において発現され得る。システムでは、抗CD7抗体(または断片)は、ヘルパープラスミド(例えば、AKTヘルパープラスミド)と組み合わせて発現させることができ、任意選択で、CHO細胞、例えば、CHO-E7 EBNA細胞で発現させることができる。
これらの発現系のいずれにおいても、発現レベルは、約100μg/mL~約1500μg/mL、例えば、約100μg/mL~約1000μg/mL、または約200μg/mL~約1000μg/mL、または約350μg/mL~約1000μg/mLである。これらの発現系のいずれにおいても、発現の下限は、約100μg/mL、約200μg/mL、約300μg/mL、または約400μg/mLであり得る。別の実施形態では、発現の下限は、約500μg/mL、約600μg/mL、約700μg/mL、または約800μg/mLであり得る。これらの発現系のいずれにおいても、発現の上限は、約2000μg/mL、約1800μg/mL、約1600μg/mL、または約1500μg/mLであり得る。別の実施形態では、発現の上限は、約1250μg/mL、約1000μg/mL、約900μg/mL、または約800μg/mLであり得る。
別の実施形態では、発現系は、Lonza発現系、例えば、Lonza X-Ceed(登録商標)システムである。Lonza発現系において、発現は、約30mL~2L、例えば、50mL~1L、または1L~2Lのスケールで実施され得る。Lonza発現系において、抗CD7抗体(または断片)は、エレクトロポレーションと組み合わせて、任意選択で、任意のヘルパープラスミドなしで発現され得る。Lonza発現系において、抗CD7抗体(または断片)は、約1g/L、または約900mg/L、または約800mg/L、または約700mg/Lのレベルで発現され得る。別の実施形態では、Lonza発現系において、抗CD7抗体(または断片)は、約600mg/Lまたは約500mg/Lまたは約400mg/Lのレベルで発現され得る。Lonza発現系において、抗CD7抗体(または断片)は、約400mg/L~約2g/L、例えば、約500mg/L~約1.5g/Lまたは約500mg/L~約1g/Lのレベルで発現され得る。別の実施形態では、発現レベルは、1g/L超である。別の実施形態では、抗CD7抗体は、他の抗CD7抗体よりも改善された半減期を提供する。
一実施形態では、抗体または断片は、ヒト抗体または断片である。一実施形態では、抗体または断片は、完全ヒト抗体または断片である。一実施形態では、抗体または断片は、完全ヒトモノクローナル抗体または断片である。
一実施形態では、抗体または断片は、ヒト化抗体または断片である。一実施形態では、抗体または断片は、ヒト化モノクローナル抗体または断片である。
抗体および抗原の相互作用に関与する接触アミノ酸残基は、アラニンスキャニング、タンパク質結晶構造解析、質量分析、または当業者に明らかである他の任意の技術等、当業者に知られた様々な方法によって決定され得る。
一実施形態では、記載されたCDRは、保存的アミノ酸置換であり得る1個のアミノ酸置換を含む。一実施形態では、記載されたCDRは、保存的アミノ酸置換であり得る2個のアミノ酸置換を含む。一実施形態では、記載されたCDRは、保存的アミノ酸置換であり得る3個のアミノ酸置換を含む。一実施形態では、記載されたCDRは、保存的アミノ酸置換であり得る4個のアミノ酸置換を含む。一実施形態では、記載されたCDRは、保存的アミノ酸置換であり得る5個のアミノ酸置換を含む。一実施形態では、記載されたCDRは、保存的アミノ酸置換であり得る6個のアミノ酸置換を含む。
アミノ酸置換には、アミノ酸が異なる天然に存在するアミノ酸残基で置換される改変が含まれる。そのような置換は「保存的」として分類され得、その場合、ポリペプチドに含まれるアミノ酸残基は、極性、側鎖官能基、またはサイズのいずれかに関して同様の性質の別の天然に存在するアミノ酸で置換される。そのような保存的置換は、当該技術分野で周知である。本発明に含まれる置換はまた、ペプチドに存在するアミノ酸残基が、異なる基由来の天然に存在するアミノ酸(例えば、荷電されたまたは疎水性のアミノ酸をアラニンで置換する)などの異なる特性を有するアミノ酸で置換されているか、あるいは、天然に存在するアミノ酸が非従来型アミノ酸に置換された、「非保存的」であり得る。
一実施形態では、保存的アミノ酸置換は、本明細書に記載されている通りである。例えば、置換は、FによるYの置換、SまたはKによるTの置換、AによるPの置換、DまたはQによるEの置換、DまたはGによるNの置換、KによるRの置換、NまたはAによるGの置換、SまたはKによるTの置換、NまたはEによるDの置換、LまたはVによるIの置換、YによるFの置換、TまたはAによるSの置換、KによるRの置換、NまたはAによるGの置換、RによるKの置換、S、K、またはPによるAの置換であり得る。別の実施形態では、保存的アミノ酸置換は、YがFによって置換され、TがAまたはSによって置換され、IがLまたはVによって置換され、WがYによって置換され、MがLによって置換され、NがDによって置換され、GがAによって置換され、TがAまたはSによって置換され、DがNによって置換され、IがLまたはVによって置換され、FがYまたはLによって置換され、SがAまたはTによって置換され、AがS、G、T、またはVによって置換されるものであり得る。
態様
以下の態様のいずれかは、本明細書に開示される特徴のいずれか(例えば、本明細書に記載の特許請求される実施形態のいずれかまたは本明細書に記載の項目のいずれかと)と組み合わせ得る。例えば、これらの態様のいずれかにおけるリガンドは、本発明の抗体または断片であり得る。
1.患者におけるCD7+細胞(例えば、がん細胞)の補体依存性細胞毒性(CDC)によるがんの治療のためにヒト患者に投与するための抗CD7リガンドであって、リガンドは、抗体Fc領域およびヒトCD7に特異的に結合するため結合部位を含む、抗CD7リガンド。
一例では、CD7はヒトCD7であり、患者はヒトである。
任意の態様における代替では、がんの代わりに、本明細書のリガンドは、CD7+細胞、例えば、CD7+T細胞またはNK細胞によって媒介される疾患または状態を治療するためのものである。例えば、疾患または状態は、自己免疫疾患または状態である。例えば、この疾患は、移植片対宿主病(GvHD)である。例えば、疾患または状態は、炎症性の疾患または状態である。
任意選択で、任意の態様における代替では、リガンドは、がんまたは疾患または状態のリスクを低減するために、予防的に対象に投与される。
任意選択で、任意の態様において、細胞は、患者の免疫系の細胞である。任意選択で、任意の態様では、細胞は、T細胞および/またはNK細胞である。任意選択で、細胞は、ヒトに含まれる組織、細胞、または器官移植片の細胞である。
2.患者におけるCD7+細胞(例えば、がん細胞)のリガンド依存性貧食によるがんの治療のためにヒト患者に投与するための抗CD7リガンドであって、リガンドは、抗体Fc領域およびヒトCD7に特異的に結合するための結合部位を含む、抗CD7リガンド。
3.貧食は、抗体依存性細胞貧食(ADCP)であり、抗体は、当該リガンドである。
インビボでは、ADCPは、単球、マクロファージ、好中球、および樹状細胞により、FcγRIIa、FcγRI、FcγRIIIaを介して媒介され得る。3つの受容体すべてがADCPに関与することができ、FcγRIIaはこのプロセスに関与する主要なFcγ受容体であると考えられている。ADCPは、患者に含まれるマクロファージおよび/または単球によるCD7+がん細胞の貧食を含む。
4.患者におけるCD7+がん細胞のリガンド依存性細胞媒介性細胞毒性によるがんの治療のためにヒト患者に投与するための抗CD7リガンドであって、リガンドは、抗体Fc領域およびヒトCD7に特異的に結合するための結合部位を含む、抗CD7リガンド。
ADCCでは、細胞傷害は、ナチュラルキラー(NK)細胞によって媒介され得るが、マクロファージ、好中球、および好酸球はまた、それを媒介することができる。本発明の一実施形態では、ADCCは、患者のCD16+免疫細胞によるADCCを含み得る。本発明の一実施形態では、ADCCは、ナチュラルキラー(NK)細胞、しかし、マクロファージ、好中球、および好酸球から選択される細胞によるADCCを含み得る。
5.細胞傷害性が、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害(ADCC)であり、抗体が、当該リガンドである、先行態様のいずれか1つのリガンド。
6.リガンドが、抗CD7抗体、抗体断片またはトラップを含む、先行態様のいずれか1つのリガンド。
一例では、リガンドは、VHおよびVLがヒト抗体可変ドメインである、対のVH/VL抗CD7結合部位を含む。さらにまたはあるいは、抗体または断片は、ヒトFcを含む。
一例では、リガンドは、ヒトリガンド、例えば、ヒト抗体または断片である。
一例では、リガンドは、CD7+細胞によって内在化することができる。一例では、リガンドは、がん細胞によって内在化することができる。一例では、リガンドは、インビトロで、CEM細胞によって内在化することができる。
7.患者が、がん化学治療剤を以前に投与された、先行態様のいずれか1つのリガンド。
一例では、患者には、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、免疫チェックポイント阻害剤に対する抗体を以前に投与されている。一例では、阻害剤は、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブまたはトレメリムマブである。
一例では、患者は、抗がん放射線治療を以前に受けたことがある。
8.患者が、GCSFを以前に受けている、先行態様のいずれか1つのリガンド。
化学治療は、骨髄抑制および許容できないほど低いレベルの白血球(好中球減少症)を引き起こし、これにより患者は感染症および敗血症にかかりやすくなる。GCSFは、白血球の一種である顆粒球の産生を刺激する。腫瘍学および血液学では、GCSFの組換え型が使用され、特定のがん患者では、化学治療後の好中球減少症からの回復を加速し、より強力な治療レジメンを可能にする。これは、皮下または静脈内経路を介して腫瘍学患者に投与することができる。本発明の関連において、抗CD7リガンドの患者への投与と同時にまたは逐次的に(例えばその前に)GCSFを投与することは、本発明のCDC、ADCCおよびADCP媒介CD7+細胞殺傷に関与する細胞型を上方制御するために有益である可能性がある。
9.患者が以前に化学治療を受けており、リガンドを患者に投与する直前に、患者が補体(例えば、C1q)活性を増強するための治療を受けている、先行態様のいずれか1つのリガンド。
10.患者が、1つ以上の補体成分(例えば、C1qを含む組成物)の投与を受けている、先行態様のいずれか1つのリガンド。
例えば、成分は、患者に投与される血液または血漿に含まれる。
11.当該リガンドの投与前に、患者における補体(例えば、C1q)のレベルまたは活性を決定することを含む。
例えば、C1qレベルは、例えば、サンドイッチELISAなどの定量的ELISAによって決定した際に、70~160マイクログラム/mlの範囲の患者の血清濃度である。決定のための好適な技術の例は、Biotechnol J.2009 Aug;4(8):1210-4.doi:10.1002/biot.200800273,“Systemic lupus erythematosus and C1q:A quantitative ELISA for determining C1q levels in serum”,Dillon SP et al.に記載されている。一実施形態では、当該範囲は、100~160マイクログラム/mlである。
正常な健康な人の補体レベルの範囲:
1.総補体レベル:41~90溶血単位
2.C1レベル:16~33mg/dL
3.C3レベル:男性の場合は88~252mg/dL;女性の場合は88~206mg/dL
4.C4レベル:男性の場合は12~72mg/dL;女性の場合は13~75mg/dL
一例では、本発明は、補体調節タンパク質(CRP)機能を中和するための、抗CD46、抗CD55、または抗CD59治療を伴う抗CD7リガンドの患者への投与を含む。
12.当該リガンドを患者に投与することを含み、それにより、当該CD7+がん細胞が殺傷され、その後、患者の化学治療を行う。
13.がん細胞が、患者の免疫細胞である、先行態様のいずれか1つのリガンド。
14.がん細胞が、T細胞、NK細胞、胸腺細胞、または骨髄CD34+CD38-細胞である、先行態様のいずれか1つのリガンド。
がん細胞は、例えば、CD7+CD34+CD2T細胞である。がん細胞は、例えば、CD34+CD38+免疫細胞(例えば、T細胞)である。がん細胞は、例えば、CD34+CD38+免疫細胞(例えば、T細胞)である。
15.T細胞が、未成熟T細胞である、先行態様のいずれか1つのリガンド。
任意選択で、未成熟T細胞は、次の種類:DN1、DN2、DN3、DN4、およびDPのうちの1つ、2つ、またはそれ以上を含む。DN1細胞は、次のマーカー:CD34、CD44、CD117、TdT、HLA-DRに対して陽性である。DN2細胞は、次のマーカー:CD2、CD5、CD7、CD25、CD38、CD44、CD117、CD127、TdT、HLA-DRに対して陽性である。DN3細胞は、次のマーカー:CD2、CD5、CD7、CD25、CD38、CD44、CD71、CD117、TdTに対して陽性である。DN4細胞は、次のマーカー:CD1、CD2、CD5、CD7、CD38、TdTに対して陽性である。DP細胞は、次のマーカー:CD2、CD3、CD4またはCD8、CD7に対して陽性である。
一実施形態では、がん細胞は、初期胸腺前駆細胞(ETP)細胞を含む。そのような細胞の存在は、高い白血病リスクおよびネララビンに対する反応が低いかまたはないことに関連している。したがって、一実施形態では、患者はネララビン難治性であり、例えば、がん細胞はETP細胞を含む。
一例では、がん細胞はCD52+である。
任意選択で、未成熟T細胞は、CD2+、CD5+、CD7+である。
16.T細胞が、CD7+CD34+CD38-T細胞である、先行態様のいずれか1つのリガンド。
任意選択で、細胞は、CD7+CD34+CD38-Lin-T細胞であり、ここで、例えば、がんはAMLである。
任意選択で、T細胞はCD8+T細胞である。ここで、T細胞はCD4+T細胞である。
任意選択で、細胞は、複数の細胞を含み、当該複数の細胞の各々は、細胞表面CD7の少なくとも100、500、または1000コピーを含む(例えば、そのような決定に関する指針については、Aandahl,EM et al.J Immunol.2003.170:2349-2355の図1aを参照されたい)。
17.細胞が、白血病開始細胞(LIC)である、先行態様のいずれか1つのリガンド。
18.細胞が、白血病細胞、例えば、AMLまたはT-ALL細胞である、先行態様のいずれか1つのリガンド。
19.がん細胞が、T細胞であり、NK細胞が患者の殺傷を免れる、先行態様のいずれか1つのリガンド。
20.標準的なインビトロ細胞殺傷試験において、リガンドが、NK細胞の70%以下(例えば、80、90、または95%以下)を殺傷させる、先行態様のいずれか1つのリガンド。
21.Fc領域が、ヒトFcである、先行態様のいずれか1つのリガンド。
22.Fc領域が、野生型Fcである、先行態様のいずれか1つのリガンド。
23.Fc領域が、ヒトIGHG1*01またはIGHG1*02ヌクレオチド配列である、先行態様のいずれか1つのリガンド。
24.がんが、急性骨髄性白血病(AML)、T-ALL(例えば、患者由来のT-ALL)、末梢T細胞リンパ腫(PTCL)、またはT細胞前リンパ球性白血病(TPLL)である、先行態様のいずれか1つのリガンド。
任意選択で、AMLは、M1/M2 AMLである。任意選択で、がんは、混合系統白血病(MLL)-再構成(rearranged)ヒト急性リンパ芽球性白血病である。
任意選択で、がんは、CD7+免疫細胞(例えば、T細胞)によって媒介されるがんである。
任意選択で、がんは、リンパ芽球性白血病(LL)(例えば、ALLまたは急性リンパ性白血病)、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、または黒色腫である。任意選択で、がんは、再発性T-ALLまたはAMLである。
任意選択で、がんは、肝臓がんである。任意選択で、がんは、黒色腫、メルケル細胞がん、非小細胞肺がん(扁平上皮および非扁平上皮)、腎細胞がん、膀胱がん、頭頸部扁平上皮がん、中皮腫、ウイルス誘発性がん(子宮頸がんおよび鼻咽頭がんなど)、軟部組織肉腫、ホジキン病および非ホジキン病などの血液学的悪性腫瘍、ならびにびまん性大細胞型B細胞リンパ腫から選択される。
25.AMLが、CCAAT/エンハンサー結合タンパク質α(CEBPA)変異AMLである、先行態様のいずれか1つのリガンド。
任意選択で、患者は、CEBPA変異に対してホモ接合性である。
26.患者が、HLA-DR+CD7+CD13+CD14-CD15+CD33+CD34+の免疫表現型を有し、例えば、がんが、AML、例えば、CEBPA AMLである、先行態様のいずれか1つのリガンド。
27.ヒトが、成人である、先行態様のいずれか1つのリガンド。
例えば、成人は、少なくとも18、20、30、40、50、60、70、80、または90歳である。
28.ヒトが、乳児である、先行態様のいずれか1つのリガンド。
例えば、ヒトは、小児であり、例えば、18歳未満、例えば、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、または1歳未満のヒトである。
29.患者が、例えば化学治療剤による以前の治療後に、当該がんの1回目または2回目の再発を患っている、先行態様のいずれか1つのリガンド。
一例では、薬剤は、本明細書に記載の阻害剤などの免疫チェックポイント阻害剤を含む。
30.患者が、ネララビンを以前に受けている、先行態様のいずれか1つのリガンド。
31.リガンドおよびネララビンが、同時にまたは逐次的に患者に投与される、先行態様のいずれか1つのリガンド。
本発明は、例えば、ネララビンによる標準治療よりも低用量の投与を可能にし得る。
32.リガンドが、造血幹細胞移植と同時にまたは逐次的に患者に投与される、先行態様のいずれか1つのリガンド。
一例では、移植は、同種移植である。
一例では、リガンドは、2週間または4週間毎に1回以下の頻度で投与される。一例では、リガンドは、隔週、毎月、または毎週投与される。
33.治療が、患者のがんの進行を低減させる、先行態様のいずれか1つのリガンド。
34.治療が、ヒト患者のがんの生存を高める、先行態様のいずれか1つのリガンド。
35.治療が、患者におけるがんを寛解させる、先行態様のいずれか1つのリガンド。
36.当該リガンドが、標準的なADCP試験においてADCPを媒介する、先行態様のいずれか1つのリガンド。
37.当該リガンドが、10~500pM(例えば、10~500または100pM)の範囲のEC50で、インビトロCEM細胞殺傷アッセイにおいて、CEM細胞のCDC殺傷を媒介する、先行態様のいずれか1つのリガンド。
CEM細胞は、周知のヒトT-ALL細胞株である。一例では、アッセイにおけるCEM細胞は、ヒト補体の存在下にある(例えば、CEM細胞は、補体タンパク質を含むヒト血清と混合される)。CEM細胞の代わりに非がん性ヒト細胞(「正常細胞」)を使用する対照に対して評価した場合、一例では、リガンドは、正常細胞よりもがん細胞の殺傷を優先的に媒介する。正常細胞は、がん患者の細胞であり得る。
任意選択で、アッセイにおいて、リガンドは、当該EC50でCEM細胞の殺傷を媒介し、かつ、90~100%のCEM細胞の殺傷を媒介する。
38.当該リガンドが、10~500pM(例えば、10~500または100pM)の範囲のEC50で、インビトロCEM細胞殺傷アッセイにおいて、CEM細胞のADCP殺傷を媒介する、先行態様のいずれか1つのリガンド。
CEM細胞は、周知のヒトT-ALL細胞株である。一例では、アッセイにおけるCEM細胞は、ヒト補体の存在下にある(例えば、CEM細胞は、補体タンパク質を含むヒト血清と混合される)。CEM細胞の代わりに非がん性ヒト細胞(「正常細胞」)を使用する対照に対して評価した場合、一例では、リガンドは、正常細胞よりもがん細胞の殺傷を優先的に媒介する。正常細胞は、がん患者の細胞であり得る。
任意選択で、アッセイにおいて、リガンドは、当該EC50でCEM細胞の殺傷を媒介し、かつ、90~100%のCEM細胞の殺傷を媒介する。
一実施形態では、当該リガンドは、10~500pM(例えば、10~500または100pM)の範囲のEC50で、インビトロCEM細胞殺傷アッセイにおいて、CEM細胞のADCC殺傷を媒介する。
CEM細胞は、周知のヒトT-ALL細胞株である。一例では、アッセイにおけるCEM細胞は、ヒト補体の存在下にある(例えば、CEM細胞は、補体タンパク質を含むヒト血清と混合される)。CEM細胞の代わりに非がん性ヒト細胞(「正常細胞」)を使用する対照に対して評価した場合、一例では、リガンドは、正常細胞よりもがん細胞の殺傷を優先的に媒介する。正常細胞は、がん患者の細胞であり得る。
任意選択で、アッセイにおいて、リガンドは、当該EC50でCEM細胞の殺傷を媒介し、かつ、90~100%のCEM細胞の殺傷を媒介する。
一実施形態では、当該リガンドは、10~500pM(例えば、10~500または100pM)の範囲のEC50で、インビトロCEM細胞殺傷アッセイにおいて、CEM細胞のトロゴサイトーシス殺傷を媒介する。
CEM細胞は、周知のヒトT-ALL細胞株である。一例では、アッセイにおけるCEM細胞は、ヒト補体の存在下にある(例えば、CEM細胞は、補体タンパク質を含むヒト血清と混合される)。CEM細胞の代わりに非がん性ヒト細胞(「正常細胞」)を使用する対照に対して評価した場合、一例では、リガンドは、正常細胞よりもがん細胞の殺傷を優先的に媒介する。正常細胞は、がん患者の細胞であり得る。
任意選択で、アッセイにおいて、リガンドは、当該EC50でCEM細胞の殺傷を媒介し、かつ、90~100%のCEM細胞の殺傷を媒介する。
39.リガンドが、ヒトCD7およびカニクイザルCD7に特異的に結合する、先行態様のいずれか1つのリガンド。
40.当該治療が、患者においてサイトカインストーム症候群を引き起こさない、先行態様のいずれか1つのリガンド。
41.がん細胞が、CD7高細胞である、先行態様のいずれか1つのリガンド。
42.ヒト患者においてがんを治療または予防するためのレジメンであって、レジメンは、任意の先行態様に記載の治療を行うことを含み、リガンドが抗体であり、抗体の第1、第2、および第3の用量が患者に投与され、が1日~7日の間隔で投与され、当該用量の合計が0.1~100mg/Kgの抗体である、レジメン。
本発明はまた、先行態様のいずれか1つのリガンドを患者に投与することを含む、ヒト患者においてがんを治療または予防する方法を提供する。
本発明はまた、細胞試料中(例えば、血液または血清試料中)のCD7+細胞を検出する方法であって、該方法は、試料を本発明のリガンドと混合し、それにより、リガンドが細胞試料中のCD7+細胞に結合することと、リガンド結合細胞を検出または定量化することと、を含む、方法を提供する。
「標準試験」の代わりに、またはその例として、試験は、本明細書の実施例で使用される方法であり得る。
ヒトCD7を有用に標的化し、T-ALLなどのがんを治療する有用であろう抗体を同定した。
特に望ましい抗体であるG09は、E430G変異を含むIgG1(「G09 E430G」とも呼ばれる)としてフォーマットされた場合、ヒト/カニクイザルCD7交差反応性を示し、インビトロでの非常に強力な補体依存性細胞毒性(CDC)依存性殺傷および強力なマクロファージ依存性貧食活性、ならびに全血アッセイにおける強力な腫瘍細胞枯渇を提供した。このデータセットは、G09可変ドメインを含む抗体について以下を示した:
・インビトロで試験したほとんどの非再発または再発T-ALL細胞に対して強力なCDC活性(EC50=50~500pM;約100%の殺傷)を示した
・インビトロで再発T-ALL細胞に対して強力なADCP活性を示した
・ヒト全血アッセイで、T-ALL細胞を殺傷した(約100%)
・最も重度の免疫力が低下したマウス(NSG)における腫瘍を殺傷した
・エクスビボアッセイで、ヒト末梢T細胞(50~75%)およびNK細胞(70~90%)を殺傷する効力が低減された
実施例1
CD7は、T細胞系統の発達により発現し、したがって、すべてのT-ALL芽球で発現すると予想される。免疫担当CD7-IgG1 mAbの結合は、CDC、抗体依存性細胞傷害(ADCC)、および抗体依存性細胞傷害(ADCP)に基づいて、これらの細胞の枯渇をもたらすことが予想されることを認識した。芽級を殺傷する重要性を考慮して、強力な枯渇効果を有するようにさせたかった。複雑な要因は、CD7がT細胞だけでなくNK細胞にも発現しているため、ADCC反応のエフェクター細胞を枯渇させる可能性があることを認識した。さらに、集中的な化学治療を受けているT-ALL悪性腫瘍を有する患者は、細胞毒性を媒介するエフェクター細胞のレベルが低くなり得る。したがって、抗CD7治療中のADCCによるだけでは、T-ALL細胞の効率的な枯渇を達成できないことを認識した。化学治療後の補体活性の低下は本質的に一過性であるが、補体活性は特定の治療期間のALL患者に有効であるようである(15)(図16)。
CDC活性を増加させる戦略を利用して、CD7に対する細胞毒性の効力を増強することにより、T-ALL悪性腫瘍を有する患者におけるCD7標的治療の有効性を高めることができると仮定した。
CDCの古典的経路は、細胞表面抗原結合抗体へのC1qの結合に依存する。CDCを誘導するヒト抗体の能力は、IgM>>IgG3≧IgG1>>IgG2=IgG4の効力の順序で、アイソタイプに依存する。IgMおよびIgG3は製造が困難であるため、IgG1がCDCによる治療用抗体媒介作用に最適なFcアイソタイプとなる。最近、IgG1 CH3ドメインのいくつかの点変異であるE345R、E430G、および他のバリアントが同定され、これらは、免疫グロブリンが抗原に結合した際に六量体構造を形成させる(16)。これらの六量体構造は、CDC活性を2~3桁大きく強力に増強し、天然IgMに匹敵するレベルでCDCを誘導することができる。
これらのIgG1バリアントを評価するために、CD7特異的ベンチマーク抗体RFT2(10、17)に変異を導入し、補体の供給源としてヒト血清を使用して、CD7を発現するT-ALL細胞株であるCCRF-CEM細胞(本明細書ではCEM細胞と呼ばれる、ATCC(登録商標)CCL-119(商標)としてATCCから入手可能)に対するCDCアッセイでそれらを評価した。RFT2抗体の野生型IgG1バージョンでは、CEM細胞に対する殺傷活性が非常に限定的であるかまたは全くないが、RFT2抗体の3つの試験されたIgG1バリアントは、CEM細胞の強力な殺傷を媒介することが見出された(図1)。それらの中で、RFT2 E345R抗体は、最も強力な殺傷活性を示し、最大殺傷はほぼ100%であり、EC50は1nM未満であった。
CDCの古典的経路が我々のリード抗体の主要な作用機序(MOA)であると予想される。さらに、マクロファージによって媒介されるADCPおよび好中球によって媒介されるトロゴサイトーシスを評価した。抗CD7抗体は、CD7に結合して細胞枯渇を開始するが、細胞を活性化しないと判断した。ヒト全血を使用したサイトカイン放出もリード抗体について評価した。
方法および材料
a)CDCアッセイ
CCRF-CEM細胞(CEM細胞と称される、ATCC(登録商標)CCL-119)または他のT-ALL細胞をアッセイ培地(RPMI1640、10%hiFBS)に懸濁し、8.75×104個の細胞/mlとした。細胞懸濁液を、プレートマップに従って、20μl/ウェルでプレーティングした。抗体の段階希釈液をプレートマップに従って10μl/ウェルで添加した。ヒト補体血清(Sigma、S1764)を1mlの氷冷水で再構成した。再構成した血清培地を培地で1~3に希釈し、10μlの希釈血清をプレートの各ウェルに添加した。プレートを37℃、5%CO2で2時間インキュベートし、室温で15分間平衡化し、次いで、1ウェル当たり40μlの再構成したCellTiter-Glo(登録商標)(Promega)を添加した。プレートを光学プレートシールで覆い、プレートシェーカーで300rpmで2分間攪拌して、すべての細胞が溶解したことを確実にし、次いで、CellTiter-Glo(登録商標)384プロトコルを使用したプレートリーダーEnvisionで読み取った。混合物から生成される発光シグナルは、存在するATPの量に比例する。最大殺傷率は、3回ずつの4つの試料から、次の式を使用して計算した:
b)ADCPアッセイ
100ng/mL M-CSF(Peprotech)を補充したRPMI+10%FBS中で710日間培養することにより、12ウェルプレートに2x105個の細胞/ウェルで播種した単球から初代ヒトマクロファージを分化させ、単球由来マクロファージ(MDM)を生成した。マクロファージを、アッセイの前日に2μM CellTrace(商標)Violet(CTV;~ThermoFisher Scientific)で標識し、10%超低IgG FBS(Life Technologies)および50ng/mLのM-CSFを補充したRPMI中で一晩置いた。CEM細胞株はRPMI+10%FBS中の培養中で維持された。患者由来のT-ALL異種移植細胞(PDTALL-39、-46、-47、および-Ad2R)を使用した実験では、アッセイ当日にストックを凍結から回収した。正常な初代T細胞は、アッセイの直前に陰性選択(Stemcell Technologies Human T cell Isolation Kitを使用)により、マクロファージドナーに適合した末梢血単核細胞(PBMC)から新たに単離した。標的細胞(CEM、T-ALLまたは正常)T細胞)を2μM CellTrace(商標)CFSE(ThermoFisher Scientific)で標識し、PBSに再懸濁した。
抗CD7または対照抗体の段階希釈液を、25μLのPBSで2倍の最終濃度で調製した。4x106個の細胞/mL(すなわち1x105個の細胞)の25μLのCFSE標識標的細胞を、PBS中の抗CD7抗体の異なる希釈液で、氷上で0.5~1時間インキュベートすることによってプレオプソニン化した(pre-opsonised)。対照として、細胞を偽オプソニン化する(mock-opsonised)(抗体なし)か、または適切なヒトIgG1アイソタイプ対照抗体の希釈液でオプソニン化した。次いで、細胞をRPMI+10% Ultra-Low IgG FBSを含む過剰なアッセイ培地で1回洗浄し(非結合抗体を除去するため)、アッセイ培地中に再懸濁して、5x104個の細胞/mLとした。培地をCTV標識マクロファージの~12ウェルプレートから吸引し、800μLの標的細胞懸濁液を複製ウェルに添加して(4x104個の標的細胞/ウェルおよび5:1のエフェクター:標的比を得る)、37℃、5%CO2で2.5時間インキュベートし、標的細胞の貧食を可能にした。
非接着細胞を収集し、接着マクロファージと合わせ、これをAccutase(Life Technologies)および穏やかに細胞をこすり落としを使用して剥離した。次いで、細胞をPBSで洗浄し、LIVE/DEAD固定可能近赤外線(IR)死細胞染色(4℃で30分間;ThermoFisher Scientific)で染色した後、PBSで再度洗浄し、4%パラホルムアルデヒド(PFA;Affymetrix)で室温で20分間固定した。分析のために、細胞を2mM EDTAを含むPBSに再懸濁した。単一標識細胞およびlive/dead近赤外線標識ArC(商標)アミン反応性ビーズ(Molecular Probes)を使用して、補償を行った。フローサイトメトリーの取得は、405、488、および637レーザー(ThermoFisher Scientific)を使用して、Attune NXT フローサイトメーターで行い、データをFlowJo v10.0.8r1(FlowJo LLC)で分析した。貧食率を、2回ずつの試料から次式を使用して計算した:
c)ヒト全血アッセイ
抗凝固剤の使用に関して、標準的ヘパリンを使用せずに低濃度のヒルジンを使用することを決定し、これにより、カニクイザル研究の成功した結果が得られた。ヒルジンで処理された血液から抽出された血漿は、インビトロでCEM細胞のCDCを媒介したが、ヘパリン化血液からの血漿はそうではなかった(データは示していない)。最終濃度の1741G09 E430G、アイソタイプ対照、リツキシマブおよびオファツムマブを研究と同様に使用した。
3人のドナーの全血培養をTruCulture(登録商標)チューブ(Myriad RBM、USA)に設定して行った。TruCulture(登録商標)(TC)チューブに、新たに作製した培地±抗体/対照を充填した。チューブを-20℃(<7日)で保存し、解凍および十分に混合後に(室温に調整して)使用した。瀉血後60分以内に、抗凝固剤としてヒルジンを含む新しく採血した血液をTruCulture(登録商標)チューブに移し、ブロックサーモスタット中で37℃で20時間インキュベートした。
培養期間の終了時に、免疫細胞をフローサイトメトリーで分析した。細胞数を正確に数えるために、規定した量の培養全血をBD TruCount(登録商標)チューブ(CE、IDV)に添加した。免疫状態を確認するために、7色免疫表現型解析(7-colour immunophenotyping)パネルを使用した(T細胞CD45+CD3+、NK細胞CD45+CD3-CD16+CD56+、B細胞CD45+CD3-CD19+、単球CD14+))。抗体製造者(Miltenyi Biotec;~7色免疫表現型解析キット(7-Colour Immunophenotyping Kit);#130-098-456)からの無洗浄プロトコルを適用して、細胞を染色した。簡単に言えば、インキュベーション期間の終了時に、TruCulture(登録商標)チューブを遠心分離し、TruCulture(登録商標)培地および血漿から構成される2mlの上清を取り出し、血球を十分に再懸濁した。50μlの再懸濁した免疫細胞をTruCount(登録商標)チューブ(規定した数のビーズを含む)に移し、検出抗体を添加し、2~8℃で10分間インキュベートした。溶血溶液を添加して、赤血球を除去した。(室温で20分)。フローサイトメトリーによる分析まで、細胞を2~8℃で保存した。FACSMelody(商標)フローサイトメーター(BD Bioscience)で試料を取得した。
FlowJo(バージョン10.4.1;FlowJo、LLC)によってデータを分析した。体積当たりの細胞数は、次式に従って計算した:
d)血清1741G09の定量化のための抗原捕捉ELISA
96ウェル高結合プレートを、PBSで希釈した2μg/mlの50μl組換え可溶性ヒトCD7タンパク質(Sino Biologicals、11028-H08H)で4℃で一晩コーティングした。プレート(洗浄緩衝液)ウォッシャーを使用して、プレートをPBS+0.1%Tweenを用いて3x300μl/ウェルで洗浄し、1ウェル当たり200μlのPBS+1%BSAで室温で少なくとも1時間ブロッキングし、次いで再度洗浄した。連続希釈した標準液、試料、および対照を50μl/ウェルでプレートに添加した。300rpmで振とうしながら室温で1時間インキュベートした後、プレートを洗浄緩衝液を用いて5x300μl/ウェルで洗浄した。HRP結合抗PBS+1%BSAで30,000分の1に希釈したヒトIgGを50μl/ウェルで添加した。300rpmで振とうしながら室温で1時間インキュベートした後、プレートを洗浄緩衝液を用いて5x300μl/ウェルで洗浄した。50μl/ウェルのTMB基質をプレートに加添加し、室温で30分間インキュベートした。光学濃度を、450nmに設定したマイクロプレートリーダーを使用して5分以内に決定し、640nmで補正した。データをSoftmax Proにインポートし、4PL曲線フィッティングを使用し、重み係数1/yで回帰した。
e)サイトカイン放出アッセイ
高結合プレートを連続した濃度の1741G09 E430Gおよびその他の対照抗体でコーティングし、室温で一晩インキュベートし、蓋を外して空気乾燥させた。プレートをPBSで洗浄し、30分間静置することによって細胞培養液でブロッキングし、次いで、細胞を添加する直前に吸引した。
温かい培地を凍結保存ヒトPBMCを含むバイアルに滴加し、次いで、細胞を高密度(0.5~1x107個の細胞/ml)で37℃、5%CO2で24時間プレインキュベートした。プレインキュベーション後、PBMCを240μl/ウェルの培養培地(RPMI 1640、10%FBS、1%ペニシリン/ストレプトマイシン、2mM Lグルタミン)を含む96ウェルポリプロピレンプレートに播種し、次いで、37℃、5%CO2で1時間インキュベートした。PBMC細胞培養液(200μl/ウェル、2x105個の細胞/ウェル)を事前に準備したプレートの固定化試験剤に移し、37℃、5%CO2で48時間インキュベートした。プレートを200gで10分間遠心分離し、その後、細胞培養上清を回収し、分析に必要になるまで-80℃で保存した。
細胞培養上清中のサイトカインレベルのLuminex評価を製造業者のプロトコルに従って行った。5ポイント非線形回帰分析を使用して、標準曲線から各サイトカインの誘導レベルを内挿した。次いで、内挿したデータを非刺激対照に対して正規化した。
f)一過性タンパク質発現
一過性タンパク質発現を行った。トランスフェクションの12日後に培養物を回収し、清澄化した回収物を精製チームに移した。
g)安定したプールタンパク質発現
安定したプールタンパク質の発現が行われた。
発見
a)リード生成
抗CD7プログラムの発見の取り組みは、図2に示すように、免疫化、ハイブリドーマの生成、抗体のスクリーニング、抗体の効力の生物学的評価、および生物物理学的特性評価から構成された。
薬物毒性の評価には、ヒトおよびカニクイザルCD7抗原との交差反応性を有する抗体が必要であった。ヒトおよびカニクイザルCD7タンパク質は86%の同一性しか有しない。この交差反応性を確実するために、Kymice(26)をヒトおよびハイブリドーマ抗原で共免疫した。力価をフローサイトメトリー分析によって調べ、ヒトおよびカニクイザルCD7発現CHO細胞への結合のポリクローナル血清の程度を定量化した。血清を104超の希釈で希釈したときに検出可能な結合力価を有するマウスをハイブリドーマの生成に使用した。
一次、二次、三次のインビトロスクリーニングからのヒットには、以下の4つの選択基準があった:(i)ヒトCD7への高レベルの結合、(ii)ヒトCD7およびカニクイザルCD7の両方に対する特異性、(iii)強力なT-ALL細胞枯渇、および(iv)T細胞からサイトカイン放出させることができないこと。
ハイブリドーマ上清を使用して、結合剤を同定するための一次および二次スクリーニングを行った。一次スクリーニングは、すべての潜在的な交差反応結合剤を含むためにハイスループットLiCORベースの細胞結合アッセイで構成された。フローサイトメトリーを使用した二次スクリーニングを使用して、交差反を確認した。図3に示す。CEM細胞および組換えカニクイザルCD7 CHO細胞に結合するヒトおよびカニクイザルCD7を、フローサイトメトリーを使用して幾何平均蛍光強度(幾何平均)によって定量化した。CEM細胞は、内因性CD7を発現するヒトT-ALL細胞株である。
ヒトおよびカニクイザルCD7への強力で交差反応の結合を示す7つのヒットを、SPRの測定によって両方の抗原への相対的結合についてさらに調べた。図4および表1に示すように、5つのリード(1730C2、1734F05、1738B07、1741G09、1896A03)が両方の種のCD7への同様の結合を示すことが確認された。データを、マウス可変領域およびヒト定常領域を有するキメラ抗体であるベンチマークRFT2 IgG1と比較した。
ヒットのDNA配列はハイブリドーマクローンから取得され、定常領域はE345R変異を有するヒトIgG1へと再フォーマットされた。IgG1 CH3領域におけるE345R変異は、補体依存性細胞毒性(CDC)活性を増強することが示されている。図1に示すように、RFT2 IgG1ではなく、RFT2 IgG1 E345Rは、CDCアッセイでCEM細胞を強力に殺傷することができた(図1)。IgG1 E345R再フォーマット抗体を発現させ、補体の供給源としてヒト血清を使用し、かつ、標的細胞としてCEM細胞を使用してCDCアッセイで試験した。図5および表2において、2つのリード1741E04 E345Rおよび1741G09 E345Rは、100%の最大殺傷および200pM未満の効力を有することが示された。前者はヒト抗原にのみ結合するが、後者はヒト抗原およびカニクイザル抗原の両方に結合する。これらのリードを野生型IgG1でも生成し、CDCアッセイで試験した。10nM超の濃度でも有意な殺傷は観察されなかった(データは示していない)。
3つのリードがマクロファージによる貧食を媒介することができるかどうかを評価するために、末梢血単球由来のマクロファージを食細胞の供給源として巣用し、かつ、CEM細胞を標的細胞として使用してADCPアッセイで試験した。図6に示すように、CDCで最高の活性を示したリード1741G09 E345Rは、このアッセイでもこれら3つのリードの中で最高の活性を示した。
二重染色は、エフェクター細胞中への標的細胞の内在化(または少なくとも貧食カップ(phagocytic cup)内部に置かれること)と相関すると一般に考えられている。実験では、Amnis Imagestream(Merck Millipore)を使用して、貧食アッセイのエンドポイントで細胞についての画像を捕捉し、細胞外結合粒子から内在化を区別することを可能とし、標的細胞の貧食を実証するためのソフトウェアツールを使用して分析した。同様の技術はこの目的のためにどこかに記載されている(27)。さらに、アッセイのエンドポイントでの酵素的剥離による細胞採取のためにアキュターゼを使用することは、貧食(内在化)事象として誤って解釈され得る細胞間接触を妨げ得る。
スクリーニング進行中に、CDC活性を増強することが報告されている別のバリアントIgG1 E430Gが存在した(28)。1741G09 E430Gバリアントは、試験において1741G09 E345Rバリアントと同様の殺傷力を有していた(図7A)。1741G09 E430は、NSGマウスでは136.7時間の半減期を有し(図7B)、該半減期は、そのようなマウスにおけるヒトIgG1の正常範囲内である。しかしながら、1741G09 E345Rは、わずか20.9時間の非常に短い半減期を有し、その理由はおそらく、このバリアントがより凝集しやすいためである。この観察に基づいて、1741G09 E345Rをリード分子として1741G09 E430Gに置き換え、この分子のCDCおよびADCP活性をさらに評価した。
b)リードインビトロプロファイル
抗体の発見活動は、結合、細胞枯渇アッセイ、および分子の半減期に基づき、リード抗体1741G09 E430Gを同定した。異なるT-ALL細胞に対する殺傷活性を評価するために、リードは、2つの市販のインビトロ継代細胞株(CEMおよびHSB2)、6つのインビボ継代非再発細胞株(PDTALL8、PDTALL11、PDTALL12、PDTALL13、PDTALL16、およびPDTALL18)、および6つのインビボ継代再発細胞株(PDTALL39、PDTALL46、PDTALL47、PDTALL51R、PDTALLAd2R、およびPDTALLAd4)(29)を含む、14個の異なるT-ALL細胞株に対してCDCアッセイで試験した。これらの細胞株の臨床的および遺伝的プロファイルを表7に示す。1741G09 E430Gは、大部分の細胞株(14個のうちの11個の細胞株)を効果的に殺傷し(図8)、効力が約50~500pMであった(表3)ことが示された。
実施したアッセイでは、効力および最大殺傷は、細胞表面CD7発現と相関していた(表8および9)。細胞株は、表3に示すように、細胞表面のCD7発現レベルに基づいてランク付けすることができた。発現レベルを反映させて、(CEM細胞に対して)高いまたは中程度のCD7発現レベルを有するPDTALL47、HSB、PDTALLAd4、PDTALL51R、PDTALL39、PDTALL8、CEM、およびPDTALL16は、200PMに、約100%の最も高い最大殺傷および50pM~200pMのEC50値を有していた。低い発現レベルから中程度の発現レベルを有するPDATLLAd2R、PDATALL12、およびPDTALL11は、約90%の最大殺傷および400pM未満のEC50値を有していた。非常に低い発現レベルを有するPDTALL13およびPDTALL18は、70%未満の最大殺傷および600pM未満のEC50値を有していた(表3)。CD7発現レベルを考慮して、PDTALL46は、PDTALLAd2Rよりも高いレベルを有してした。両方の細胞株は、約350pMの同様のEC50値を有していたが、PDTALL46は、PDTALLAd2Rよりも低い最大殺傷率を有していたが(78%対93%)、その理由はおそらく、前者は後者よりも補体調節タンパク質(CRP:CD46、CD52、およびCD59)の発現レベルが高かったためである(表9)。CRPは、細胞表面上の補体活性に対するアンタゴニストとして機能することが報告されている。要約すると、これらの結果は、CDC活性の抗体効力が、細胞表面での標的抗原発現に主に依存し、CRPによって調節され得ることを示唆している。
図9に示すように、異なるT-ALL細胞を使用したADCPアッセイでもリードを試験した。ヒト末梢単球由来マクロファージを分化させ、T-ALL細胞株に対する1741G09 E430G分子のADCP活性を評価するために使用した。試験した5つの細胞株のうち、4つはマクロファージによる約100%の貪食を示した。1741G09 E430Gは、CDCアッセイでは、再発細胞株PDTALL46細胞の80%しか枯渇させなかった。しかしながら、ADCPアッセイでは、これは同じ細胞のほぼ100%の貪食を媒介した。一方、1741G09 E430Gは、ADCPアッセイでは、他の再発細胞株PDTALLAd2R細胞の75%しか媒介しなかった。しかしながら、1741G09 E430Gは、CDCアッセイでは、同じ細胞の約95%を枯渇させた。これらのデータは、複数の作用機序が互いに補完し合い、かつ、T-ALL細胞の効果的な殺傷を媒介することができるという理論を支持している。
c)サイトカイン放出プロファイル
CD7は末梢TおよびNK細胞で発現するため、抗体の結合により、これらの細胞が活性化し得る。抗CD7 mAbは、有糸分裂促進性であり、カルシウムフラックスを増加させ、かつ、IL-2産生を増加し得ると報告されている(30)。しかしながら、抗CD7 mAbであるRFT-2は、腎移植の治療に関する以前の臨床試験においてサイトカインストームの重大な懸念を引き起こさなかった(10)。1741G09 E430G抗体がヒト末梢血単核細胞(PBMC)を刺激する能力を評価するため、空気乾燥による固定化後、PBMCからのサイトカイン放出に対する分子の効果を試験した。
1741G09 E430Gを、特定のサイトカインおよびケモカインの放出による測定を行って5人の個々のドナーからのPBMCで評価した。対応するアイソタイプ対照を使用して、PBMC培養物の非特異的活性化をモニターした。スーパーアゴニストである抗CD28および抗CD3(OKT3)抗体を陽性対照として使用した。
一連のサイトカインの中で、最も高い試験濃度(60μg/ml)のIgG1で処理した試料と比較した場合、1741G09 E430Gで処理した試料では6つのサイトカインがわずかに増加した(IL8、2.8x;MIP-1α、2.9x;TNFα、4.2x;IL1β、4.6x;IL6、1.7x)。IgG1 E430Gアイソタイプ対照もこれらのサイトカイン放出をわずかに増加させたが、このことは、増加がCD7特異的ではない可能性があることを示唆している。陽性対照、抗CD3(クローンOKT3)、およびスーパーアゴニスト抗CD28は、すべてのドナーから特徴的なサイトカインプロファイルを誘導したが、これにより、アッセイが予想の通りに実施され、任意の試験物またはアイソタイプ対照よりもはるかに高い全身誘導があったことが確認された(図10および表4)。
発見活動の概要
一次および二次細胞結合スクリーニングから、7つのリードを選択した。SPRによる可溶性CD7への結合の測定により、ヒトおよびサイトカインCD7タンパク質と交差反応性を有する5つを確認した。これらの5つのリードをヒトIgG1 E345R Fcに再フォーマットし、CEM細胞に対するCDCおよびADCPアッセイで試験した。1741G09 E345R抗体は、最も強力なCDCおよびADCP活性を有するため、リード分子として選択された。リード抗体は、このバリアントのより良い半減期を考慮に入れて、IgG1 E430G Fcへとさらに再フォーマットした。1741G9 E430G抗体の強力なCDC活性はまた、異なるT-ALL細胞株で示され、大部分の細胞株で最大100%の殺傷および強力な効力(EC50=50~500pM)を有していた。1741G09 E430G mAbは、スーパーアゴニストである抗CD3または抗CD28と比較した場合、PBMCからのサイトカイン放出を有意に増加しなかった。
c)生物学的評価
PBMC T細胞およびNK細胞に対するインビトロCDCアッセイ
末梢T細胞およびNK細胞は、CD7を発現するため、リード分子によって媒介される枯渇に対する感受性が高い。末梢T細胞およびNK細胞をそれぞれ、2人の異なるドナーから分離され、1741G09 E430GのCDC活性を評価するために使用した。有意なT細胞の枯渇は検出されなかったが(図11A)、NK細胞の最大65%が、T-ALL細胞枯渇(表2)について観察されたEC50値の範囲内の約300pMのEC50で枯渇した(図11B)。特に、NK細胞では、T細胞よりもCD7の発現が高く、CRPの発現が低い(図17)。
エクスビボヒト全血アッセイ
1741G09が、より生理学的な状況で正常な末梢T細胞およびNK細胞を枯渇させることができるかを評価するために、TruCulture(登録商標)ベースのアッセイを使用して、ヒトの全血状態に対する抗体の効果を評価した。1741G09 E430G抗体を0.01~100μg/mlの範囲の濃度で使用し、アイソタイプ対照(100μg/ml)と比較した。2つの陽性対照であるリツキシマブおよびオファツムマブ(100μg/ml)も含ませた。全血および抗体を細胞枯渇評価の前に20時間インキュベートした。アッセイでは、A、B、Cと呼ばれる3人のヒトドナーを使用した。試料1μl当たりの細胞サブセットの数をフローサイトメトリーで決定した。結果を図12に示す。アッセイをHotscreenによって行った。
アイソタイプ対照で処理された培養物は、測定された4つの細胞種:B細胞、T細胞、NK細胞および単球にわたって陰性対照と比較して非常に類似した細胞数を示した。オファツムマブおよびリツキシマブは、B細胞を標的化する治療用抗体であり、特定の細胞枯渇の陽性対照として含ませた。実際、B細胞は培養全体を通してほぼ完全に排除された。1741G09 E430GによるT細胞およびNK細胞の濃度依存性枯渇が3人のドナーすべてで観察された。T細胞およびNK細胞の数は、陰性(抗体なし)またはアイソタイプ対照と比較して減少した。1741G09 E430G抗体は、NK細胞を最大90%、T細胞を最大75%枯渇させた。抗体は、T細胞枯渇よりもNK枯渇に対して強力であった。1741G09 E430Gの
の濃度では、NK細胞は有意に枯渇したが、T細胞はそうではなかった。
T細胞の減少はCD4+、およびCD8+T細胞の間の比に影響を与えないようであった(データは示していない)。B細胞および単球の数に有意な変化はなく、これは、1741G09 E430Gの細胞枯渇活性に対する特異性を示している。
ヒト血清および単離されたNKまたはT細胞を使用したCDCアッセイでは、NK細胞の最大65%の枯渇が観察されたが、有意なT細胞の枯渇は観察されないであった(図11)。ヒト全血アッセイから得られたより高い最大枯渇率(NK細胞の90%およびT細胞の75%)(図12)は、このアッセイで、細胞枯渇に関与する他のエフェクター細胞成分があることを示唆している。
T-ALL細胞を添加したエクスビボヒト全血アッセイ
腫瘍細胞の枯渇は、理想的にはT-ALLの血液試料で評価する必要がある。しかしながら、患者がまれであり、初代T-ALL細胞を培養で維持するのが難しいため、このような試料を取得することは困難である。この問題を回避するために、T-ALL細胞株であるCEM細胞を有する健康なドナーの血液試料を添加した。CEM細胞の生存率ならびに健康なドナーからのNK細胞、T細胞、およびB細胞の生存率を、
の1741G09 IgG1 E430G、1741G09 IgG1野生型、E430G IgG1アイソタイプ対照、またはオファツムマブの存在下で評価した。高濃度の抗体を使用して、最大の殺傷を確実に達成した。結果を図13に示す。
1741G09 E430Gは、添加した全血試料のCEM細胞数を大幅に減少させた。1741G09野生型抗体は、CDC強化バージョンとの比較として含まれている。1741G09 E430G抗体とは異なり、1741G09の野生型Fcバージョンは、CDCアッセイで、CEM細胞を大幅に枯渇させないことが示されている(データは示していな)。全血アッセイでは、1741G09の野生型およびE430Gバージョンの両方でCEM細胞の数が大幅に減少したが、E430Gバージョンの効力がはるかに大きかった(平均枯渇率96.2%対66.8%)。1741G09野生型抗体によるCEM細胞の枯渇は、CDC以外の他のエフェクター成分がプロセスに関与していることを示唆している。予想通り、オファツムマブは、CEM、NK、またはT細胞数に影響を与えることなく、B細胞数を大幅に減少させた。
NK細胞およびT細胞の数も1741G09 E430Gによって有意に減少したが、1741G09野生型では減少しなかった。NK細胞(75%)およびT細胞(52%)の枯渇は、CEM細胞の枯渇(96%)ほど高くなかった。このデータにより、1741G09 E430G抗体の影響が標的細胞のCD7発現レベルに関連しており(CEM細胞>NK細胞>T細胞、図21)、細胞枯渇へのその影響が野生型Fcバージョンよりも大きいことが確認された。
リード誘発性細胞枯渇に対する抗C5a抗体の影響
リードの作用機序をよりよく理解するために、1741G09 E430G、1741G09野生型、およびオファツムマブによって誘発される細胞枯渇に対する抗補体5a(C5a)抗体の効果を評価した。補体経路は、活性化経路および溶解経路(図18)(31)に分けることができる。C5は、C3を介して、C5a(活性化経路)およびC5b(溶解経路)に分けることができる。C5aは、走化性およびアナフィラキシー特性を有し、自然免疫応答の重要な役割を果たす(平滑筋収縮、血管透過、マスト細胞および好塩基球の脱顆粒、好中球、好酸球、好塩基球、および単球の方向づけ遊走)。本アッセイで使用される抗体は、C5の切断を妨害することなく、C5a受容体へのC5aの結合を阻害することができる(32)。
1741G09の野生型およびE430G型の両方でCEM細胞の数が減少した(それぞれ49%および90%)(図14)。抗C5a抗体の添加によっては、どちらの型によって誘発されたCEM細胞の枯渇に影響を与えなかった。CEM細胞枯渇は抗C5aによって妨害されなかったため、1741G09のこれら2つの型の背景にある作用機序はかなり異なると予想される。1741G09 E430GによるCEM枯渇の阻害がないことは、この抗体が溶解経路を介して作用するという仮説を支持する。1741G09 E430Gが添加されるとNK細胞がCDCにより急速に枯渇するため、E430G駆動性枯渇はNK細胞媒介ADCCに起因する可能性が高い。対照的に、野生型はCDCによってNK細胞またはCEM細胞を枯渇させない(データは示していない)。したがって、野生型によるCEM細胞の枯渇は、NK細胞媒介ADCC、マクロファージ媒介貧食、または好中球媒介トロゴサイトーシスを介している可能性が高く、それらのいずれも、この実験設定では、抗C5a抗体によって阻害されないようである。
1741G09 E430G抗体は、NK細胞およびT細胞の数を減少させた(それぞれ70%および49%)。CEM細胞とは対照的に、抗C5aを添加すると、1741G09 E430Gによって誘導されたT細胞の減少がアイソタイプ対照と同様の細胞数に戻ったが(図14)、このことは、1741G09 E430GによるT細胞の枯渇が、古典的または溶解経路ではなく、補体活性化の炎症経路に起因することを示唆している。これは、CDCアッセイにおいて1741G09 E430GがPBMC T細胞を有意に枯渇させなかったという結果と一致している。抗C5aの添加は、1741G09 E430Gによって誘導されるNK細胞の減少も一部戻したが、このことは、この分子が、活性化経路および溶解経路の両方を介してNK細胞を枯渇させることを示唆している。オファツムマブの効果は、抗C5aによって部分的に逆転し得る。しかしながら、この実験は1人のドナーでのみ行われたことに留意すべきである。エクリズマブなどの溶解経路阻害剤の存在下で1741G09とともに全血をインキュベートすることにより、この経路の必要性が確認されるであろう。
インビボ異種移植研究
抗CD7抗体は異種移植モデルで以前に有効性を示した(33)。1741G09 E430G抗体の有効性を評価するために、小児再発PDX T-ALL異種移植モデルで抗体を試験した。
NSGマウスに、10mg/Kgを週3回、3日目から、0日目に5x106個のPDTALL46細胞を注入した後の研究終了まで投与した。1741G09と競合しない抗CD7に対する抗体が同定されなかったため、連続的な時点で採血をし、フローサイトメトリーによって血液中のヒトCD5発現レベルを評価した。Kaplan-Meierプロットは、アイソタイプ対照で処置した群と比較して、1741G09 E345Rで処置した群で生存期間の有意な増加を示した(図15)。NSGマウスは、重度の免疫不全であるために、T細胞、B細胞、NK細胞を欠失し、補体活性およびマクロファージも欠損していた。1741G09 E430Gの存在下での好中球媒介トロゴサイトーシス(34)が、このマウスモデルにおいて、観察された枯渇を媒介した可能性が高い。
開発可能性
候補物1741G09 E430Gの開発可能性評価の一部として、3つのCMC前試験:初期製剤スクリーニング、加速/リアルタイム試験、および強制分解試験を行った。
初期製剤スクリーニングでは、候補物を12以上の異なるプラットフォーム製剤緩衝液に溶解し、続いて、コロイドおよびコンフォメーションの安定性を評価した(それぞれ固有蛍光およびSLSによる、TmおよびTaggの決定)。2つのプラットフォーム緩衝液は好適な安定性を示し、加速およびリアルタイム研究の選考を経て残った。候補物を、2つの各製剤緩衝液中または追加の対照としてのPBS中で1mg/mlで調製し、5℃、25℃、および37℃で2週間インキュベーションした。各条件について3回ずつ実験を行った。次の品質特性:SEC-HPLCおよびDLSによる凝集体、SDS-PAGEによる断片、CDC機能アッセイによる活性を測定した。任意の試験条件での2週間のインキュベーション後に、品質特性または活性のいずれにも有意な変化は観察されなかった。さらに、候補物を凍結/解凍ストレスに供し、-70℃で少なくとも18時間保存し、続いて、室温で3時間解凍した後に、同じ品質特性の変化は観察されなかった。
最後に、PBS中1mg/mlの候補物について強制分解研究:強制脱アミド化(1%重炭酸アンモニウム中37℃で72時間のインキュベーション)、強制酸化(0.03%、0.003%および0.0003%H202中25℃で24時間のインキュベーション)、および酸性保持(25℃およびpH2.8で3時間のインキュベーション)を行った。CDC機能アッセイによる活性をストレス条件前後で2回ずつ試験した。強制脱アミド化、酸保持、並びに低レベルおよび中程度レベルのH202での強制酸化の後では有意な変化は観察されなかったが、高H202濃度での酸化は、87%の活性の低下およびEC50の4倍の増加を示した。
インシリコ予測に沿って、実験データは、開発可能性の観点からリスクが低いことを示した。候補物は、好適な生成物品質で(1%未満の凝集体、プラットフォーム緩衝液としてのPBS(pH7.4)中への公称濃度10mg/ml)、プラットフォームプロテインAプロセスによって精製することができる。初期製剤スクリーニングにより、プラットフォーム製剤緩衝液はコロイドおよびコンフォメーションの安定性をさらに改善することができる一方、加速およびリアルタイムの条件は2週間後において生成物の品質および活性に影響を与えないことが示された。強制分解試験により、凍結/解凍、酸性保持、脱アミド化による影響がなく、全体的にリスクが低いことが明らかになった。リスクは、酸化については低/中程度とみなされ、犠牲的(sacrificial)抗酸化賦形剤の添加による製剤化によって管理され得る。
全体として、候補物は、ここで提示した計算および実験データセットに基づいて、CMC前の観点からリスクが低いことを示している。
リード分子発現
CD7プロジェクトのリード分子である1741G09 HuIgG1 E430G C末端リジンクリップされた(clipped)、軽鎖のPheバリアント(1741G09 E430G)を、一過性および安定性プール発現系の両方で発現した。
1741G09 E430Gを、一過性システムで30ml、200ml、2Lの3つの異なるスケールで発現した。対照抗体を発現する培養物と比較して、細胞増殖または生存率に有意差はなかった。発現レベルは、トランスフェクションの5日後においてすべてのスケールで同じであったが、12日目での発現は異なり、発現レベルは30mlおよび2Lスケールで600mg/L超であった。発現は200mlスケールでは横ばいであった。異なるスケールでの発現収量のこの違いは稀ではない。
30mlおよび2Lスケールでの1741G09 E430Gの発現収量は、すべての分子と一緒に発現する標準的な高発現対照抗体よりも高い(図18)。これは、1741G09 E430Gが適切なレベルで発現することができることを示す良い初期指標である。ししながら、事例証拠は、分子が一過性システムで高発現している場合には高発現の安定した細胞株を生成する可能性が高いことを示唆しており、一過性システムからの安定した結果の予測可能性が十分に評価されなかったことに留意することが重要である。
1741G09 E430Gを安定して発現する3つの細胞プールを生成した。流加培養の13日目では、これらのプールの平均発現は385mg/Lであった。1741G09 E430Gの安定したプール発現は、並行して生成される対照抗体プールで観察される発現の43%であった。プールには高発現クローンおよび低発現クローンの混合物が含まれている可能性が高く、したがって、適切なクローンを選択することによって、おそらく、良好な収量が得られるであろう。実際、無関係の分子では、ミニプールが対照の約50%を発現するプールから生成され、5倍超の発現の改善が達成された。
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用語
AML 急性骨髄性白血病
ADCC 抗体依存性細胞傷害
ADCP 抗体依存性細胞媒介貧食
CAR-T キメラ抗原受容体T細胞
CDC 補体依存性細胞傷害
CEBPA CCAAT/エンハンサー結合タンパク質アルファ遺伝子
CRP 補体調節タンパク質
DC 開発候補
HSC 造血幹細胞
mAb ポリクローナル抗体
MOA 作用機序
MRD 微小残存病変
PBMC 末梢血単核細胞
SoC 標準治療
Tagg 凝集温度
T-ALL T細胞急性リンパ芽球性白血病
Tm 融解温度
T-PLL T細胞前リンパ球性白血病 用語
AML 急性骨髄性白血病
ADCC 抗体依存性細胞傷害
ADCP 抗体依存性細胞媒介貧食
CAR-T キメラ抗原受容体T細胞
CDC 補体依存性細胞傷害
CEBPA CCAAT/エンハンサー結合タンパク質アルファ遺伝子
CRP 補体調節タンパク質
DC 開発候補
HSC 造血幹細胞
mAb ポリクローナル抗体
MOA 作用機序
MRD 微小残存病変
PBMC 末梢血単核細胞
SoC 標準治療
Tagg 凝集温度
T-ALL T細胞急性リンパ芽球性白血病
Tm 融解温度
T-PLL T細胞前リンパ球性白血病