JP7798264B2 - 生体の検査方法 - Google Patents
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Description
予め、寄生虫に感染しているサンプル生体と寄生虫に感染していないサンプル生体とに近赤外線を照射し、該サンプル生体からの拡散反射光あるいは拡散透過光を受光し、受光した光の吸光度を測定し、該吸光度における二次微分スペクトルに基づいて生体の寄生虫に対する感染の有無及び/または感染による予め定めた発症無しから発症有りの最大までの発症の程度を数値化した被害度に係る演算を行う演算モデルを構築し、
被検対象の生体に近赤外線を照射し、被検対象の生体からの拡散反射光あるいは拡散透過光を受光し、受光した光の吸光度を測定し、この吸光度と上記演算モデルとから演算された演算結果により上記感染の有無及び/または被害度を判別する構成としている。
また、この構成において、上記被害度は、発症の程度を、発症無しを0とし、発症有りの最大を100とした指数で表したとき、発症無しを0とし、発症有りの側を所定指数範囲毎に順に上昇する階級で構成することができる。階級で構成した場合には、生体の品質の仕分けを容易に行うことができ、より一層汎用性を向上させることができる。
上記統計学的解析は、判別分析、重回帰分析、PLS回帰分析、ロジスティック回帰分析、サポートベクターマシン(SVM)から選択され、
上記機械学習は、決定木(CART),回帰木,ランダムフォレスト,勾配ブースティング木等の木分析、パーセプトロン、畳み込みニューラルネットワーク(CNN)、再起型ニューラルネットワーク(RNN)、残差ネットワーク(ResNet)等のニューラルネットワーク若しくはディープラーニング(DNN)、これらの組合せからなるアンサンブル分析から選択される構成としている。
センチュウとしては、イモグサレセンチュウ,ネコブセンチュウ(サツマイモネコブセンチュウ、ジャワネコブセンチュウ、アレナリアネコプセンチュウ、キタネコブセンチュウ),ネグサレセンチュウ(ミナミネグサレセンチュウ、チャネグサレセンチュウ、キタネグサレセンチュウ、クルミネグサレセンチュウ),ハガレセンチュウ(ハセンチュウ、ハガレセンチュウ),クキセンチュウ,イシュクセンチュウ,シストセンチュウ,ラセンセンチュウ,ユミハリセンチュウ,ハリセンチュウ,ピンセンチュウ,ワセンチュウ,サヤワセンチュウ等を挙げることができる。
ここで、
tはニンニク球1つ当たりの寄生虫の感染による変色部位の大きさに対応した数値であって値が大きくなるにしたがって変色部位の大きさが大きくなるように定めた数値であり、t=1,t=2,t=3,t=4の4区分に設定される。
ここで、
tはニンニク球1つ当たりの寄生虫の感染による変色部位の大きさに対応した数値であって値が大きくなるにしたがって変色部位の大きさが大きくなるように定めた数値であり、t=1,t=2,t=3,t=4の4区分に設定される。
ここで、
tはニンニク球1つ当たりの寄生虫の感染による変色部位の大きさに対応した数値であって値が大きくなるにしたがって変色部位の大きさが大きくなるように定めた数値であり、t=1,t=2,t=3,t=4の4区分に設定される。
発症の程度 0<被害度1≦発症の程度20
発症の程度20<被害度2≦発症の程度40
発症の程度40<被害度3≦発症の程度60
発症の程度60<被害度4≦発症の程度80
発症の程度80<被害度5≦発症の程度100
発症の程度(指数)=((t=1のりん片数)+(t=2のりん片数×2)+(t=3のりん片数×3)+(t=4のりん片数×4))/(全調査りん片数×4)×100
ここで、
tはニンニク球1つ当たりの寄生虫の感染による変色部位の大きさに対応した数値であって値が大きくなるにしたがって変色部位の大きさが大きくなるように定めた数値であり、t=1,t=2,t=3,t=4の4区分に設定される。
統計学的解析は、判別分析、重回帰分析、PLS回帰分析、ロジスティック回帰分析、サポートベクターマシン(SVM)から選択され、
機械学習は、決定木(CART),回帰木,ランダムフォレスト,勾配ブースティング木等の木分析、パーセプトロン、畳み込みニューラルネットワーク(CNN)、再起型ニューラルネットワーク(RNN)、残差ネットワーク(ResNet)等のニューラルネットワーク若しくはディープラーニング(DNN)、これらの組合せからなるアンサンブル分析から選択される。
上記解析モデルを、上記サンプル生体中から受光した光の吸光度スペクトルをMSC処理後に二次微分して重回帰分析法により特定する。MSC(Multiplicative Scatter Correction)とは測定スペクトル中に起きる乗算的因子(光の散乱等)や加算的因子を除去するための前処理法である(以下同じ)。
上記解析モデルを、上記サンプル物体から受光した光の吸光度スペクトルをMSC処理後に二次微分してPLS(Partial least square projection to Latent Structure)分析法により算出して特定した。
上記学習済みモデルを、上記サンプル物体から受光した光の吸光度スペクトルをMSC処理後に二次微分してロジスティック回帰分析法により算出して特定した。
上記学習済みモデルを、上記サンプル物体から受光した光の吸光度スペクトルをMSC処理後に二次微分してSVM(Saport Vecter Machine)法により特定した。
<ディープラーニング法(1)>
例えば、上記学習済みモデルとして、上記サンプル生体から受光した光の吸光度スペクトルをMSC処理後に二次微分してディープラーニング法の決定木とランダムフォレスト法とによる所謂アンサンブル法による学習済みモデルを用いる。アンサンブル法によって、統計学的に優位な学習済みモデルとする。組み合わせはこれに限定されず、適宜選択して組み合わせてよい。後述のAI学習済みモデルA~Cのタイプである。
上記学習済みモデルとして、上記サンプル生体から受光した光の吸光度スペクトルをMSC処理後に二次微分してディープラーニング法のDNN(Deep Neural Network)法による学習済みモデルを用いる。後述のAI学習済みモデルD~Fのタイプである。
上記学習済みモデルとして、上記サンプル生体から受光した光の吸光度スペクトルをMSC処理後に二次微分し、その波形を画像化してディープラーニング法のCNN(Convolutional Neural Network)法による学習済みモデルを用いる。後述のAI学習済みモデルG~Iのタイプである。
予めサンプル生体の吸光度を測定しておき、生体中の寄生虫の有無の認定はその後培養法等の別手段で行い、認定した寄生虫の有無を指標として、寄生虫に感染していないサンプル生体の吸光度データと、寄生虫に感染したサンプル生体の吸光度データとを、夫々寄生虫の有無に対応させ、この対応させたデータを教師データとし、該教師データを用いて学習させられたものであり、被検対象の生体に近赤外線を照射し、被検対象の生体からの拡散反射光あるいは拡散透過光を受光し、受光した光の吸光度を測定し、この吸光度データから生体が寄生虫に感染しているか否かを定量化した値を出力するよう、コンピュータを機能させる。
予めサンプル生体の吸光度を測定しておき、生体の寄生虫に対する感染による発症の被害度の認定はその後目視等の別手段で行い、該認定した生体の被害度を指標として、発症していないサンプル生体の吸光度データと、発症したサンプル生体の吸光度データとを、夫々、生体の被害度に対応させ、この対応させたデータを教師データとし、該教師データを用いて学習させられたものであり、被検対象の生体に近赤外線を照射し、被検対象の生体からの拡散反射光あるいは拡散透過光を受光し、受光した光の吸光度を測定し、この吸光度データから生体の寄生虫に対する感染による発症の被害度を定量化した値を出力するよう、コンピュータを機能させる。図10には、学習済みモデルの構成例を示す。実施の形態では、例えば、入力層には、波長2nm間隔での550個の吸光度データが入力される。
図11に示すように、メイン電源供給スイッチ(図示せず)が入れられると、制御部60が起動し、分光部やセンサ、ランプ等の各機構のチェックを行なう(1-1)。このとき表示部70にはシステムの初期化中を示す画面が表示され表示灯は黄色が点灯する(1-2)。各機構のチェック動作完了後に吸光度算出の基準となるリファレンス波形を計測(1-3)し、これを制御部60内部の記憶部に記憶しておく(1-4)。その後メイン画面が表示され表示灯は緑色が点灯する(1-8)。その間に設定パネル(図示せず)から設定値呼び出し操作(1-5)があればランプ点灯累積時間や日付時間等の確認用画面が表示される(1-6)。検査を行なうには設定パネルを操作しメイン画面へ戻る(1-7)。
<実施例1:重回帰分析(感染の有無判別)>
被検対象Wのニンニク球は、青森県六戸町の実験圃場で生産されたもので、出荷状態に整えたニンニク球12,480個を用いた。
図14に示すように、重回帰分析モデルの作成用データは、全被検対象Wを近赤外分光後に、当該被検対象Wについてベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行い、感染の有無を確認検査し、この感染の有無と当該サンプルの近赤外分光波長の吸光度データとを対応させたものである。その作成用データを用いて、感染の有無を判別するに必要な波長を相関が高い順に探索して、感染有無の重回帰分析モデルを作成した。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニク球12,480個を用いた。被検対象Wのニンニク球を近赤外分光検査後に、当該検査ニンニク球についてベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行うとともに、被害度はニンニクの病巣程度を上記の被害度(指数)で算定した。被害度(指数)の重回帰モデルは、対数価値0.018以上で選択した196個の波長(図示せず)を得た。それら波長を用いた重回帰式を被害度(指数)推測重回帰モデルとした。図16(a)に示すように、当該重回帰モデルは、相関係数は0.7815で被害度(指数)の推測は可能結果を得た。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニク球12,480個を用いた。被検対象Wのニンニク球を近赤外分光後に、ベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行い、感染の有無を確認検査し、その検査データを用いて、感染の有無を判別するに必要な波長を相関が高い順に探索して、感染有無のロジスティック回帰モデルを作成した。具体的な感染有無のロジスティック回帰モデルで判別するために必要な波長は対数価値0.039以上の164個(図示せず)を用いた。図17(a)に示すように、イモグサレセンチュウ感染の有無のロジスティック回帰モデルの判別精度に関して、平均Precision0.9574で、「感染なし」の95.4%、「感染あり」の96.0%である。すなわち、極めて精度が高いモデルである。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニク球3,120個を作成用データとして用いた。全被検対象Wについて、近赤外分光検査を行い、その後に、当該検査ニンニク球をベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行うとともに、被害度はニンニクの病巣程度を上記の被害度(6階級)で算定した。被害度(6階級)のロジスティック回帰分析モデルは、前述の被害度(6階級)の実測値データに対応した近赤外線分光吸光度データを教師データとして用い、ロジスティック回帰分析法で分析し、回帰式を作成したものである。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニク球15,075個を教師ありの教師データとして用いた。この教師データは、全被検対象Wについて、近赤外分光検査後に、当該検査ニンニク球をベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行い、感染の有無を確認検査し、この感染の有無と当該サンプルの近赤外分光波長の吸光度データと対応させたものである。実施例に係る学習済みモデルの基本構造は、入力層(波長2nmの間隔での550個の吸光度データが入力)、中間層及び出力層で構成される(以下の実施例において同じ)。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニク球12,480個を教師ありの教師データとして用いた。全被検対象Wについて、近赤外分光検査を行い、その後に、当該検査ニンニク球をベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行うとともに、被害度はニンニクの病巣程度を上記の被害度(6階級)で算定した。被害度(6階級)の学習済みモデルBは、前述の被害度(6階級)の実測値データに対応した近赤外線分光吸光度データを教師データとして用い、ディープラーニング(DNN法)の交差5分割検証法で3~5種類、及び、勾配ブースティング木の交差5分割法で3~10種類のモデルを作成し、それら各モデルの正答率、誤答率、再現率やF値から、最適なモデルを選択するアンサンブル法で構築した。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニク球12,480個を教師ありの学習用データとして用いた。被害度(指数)の実測値は、全被検対象Wについて近赤外分光検査後に、当該検査ニンニク球をベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行うととともに、ニンニクの病巣程度を上記の被害度(指数)で算定した。被害度(指数)の学習済みモデルCの作成は、前述の被害度の実測値データを教師ありデータとして用い、ディープラーニング(DNN法)の交差検証法(5分割)で3~5種類、及び、勾配ブースティング木の交差検証法(5分割)で3~10種類のモデルを作成し、それら各モデルで最も決定係数や誤差中央値や誤差平均及びPMSEの統計学的な結果を基に最適なモデルを当該学習済みモデルとした。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニクの18,960個を教師用データとして用いた。この学習済みモデルDの教師用データは、全被検対象Wを近赤外分光検査後に、当該検査ニンニクをベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行い、感染の有無を確認検査し、この感染の有無と当該サンプルの近赤外分光波長の吸光度データと対応させたものである。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニク球15,600個を教師ありの教師データとして用いた。全被検対象Wについて、近赤外分光検査を行い、その後に、当該検査ニンニク球をベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行うとともに、被害度はニンニクの病巣程度を上記の被害度(6階級)で算定した。当該学習済みモデルEは、前述の被害度(6階級)の実測値データに対応した近赤外線分光吸光度データを教師データとして用い、ディープラーニング(DNN:ディープニューラルネットワーク)で作成した。当該学習済みモデルEは、入力層と、6層の中間層(ドロップ、Relu関数等の活性化関数)、出力層で構成し、最適化アルゴリズムはAdamsを用いて、Weight Decayを0.0001で、過学習に留意して構築したモデルである。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニク球12,480個を教師ありの学習用データとして用いた。被害度(指数)の実測値は、全被検対象Wについて近赤外分光検査後に、当該検査ニンニク球をベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行うととともに、ニンニクの病巣程度を上記の被害度(指数)で算定した。当該学習済みモデルFは、前述の被害度(指数)の実測値データと対応した近赤外線分光の吸光度データを教師データとして、ディープラーニング(DNN:ディープニューラルネットワーク)で作成した。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニク球12,480個を教師用データとして用いた。この学習済みモデルGの教師用データは、全被検対象Wを近赤外分光検査後に、当該検査ニンニクをベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行い、感染の有無を確認検査し、この感染の有無と当該サンプルの近赤外分光波長の吸光度データと対応させたものである。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニク球12,480個を教師ありの教師データとして用いた。全被検対象Wについて、近赤外分光検査を行い、その後に、当該検査ニンニク球をベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行うとともに、被害度はニンニクの病巣程度を上記の被害度(6階級)で算定した。当該学習済みモデルHは、前述の被害度(6階級)の実測値データに対応した近赤外線分光吸光度データを教師データとして用い、ディープラーニング(CNN:畳み込みニューラルネットワーク)で作成した。当該学習済みモデルHは、近赤外分光吸光度測定データの波形(1行550列)を画像化して、入力層と、6層の中間層(ドロップ、Relu関数等の活性化関数)、出力層で構成し、最適化アルゴリズムはAdamsを用いて、Weight Decayを0.0001で、過学習に留意して構築したモデルである。
被検対象Wのニンニク球として、上記と同じ生産地のもので出荷状態に整えたニンニク球12,480個を教師ありの学習用データとして用いた。被害度(指数)の実測値は、全被検対象Wについて近赤外分光検査後に、当該検査ニンニク球をベルマン法でイモグサレセンチュウの培養を行うととともに、ニンニクの病巣程度を上記の被害度(指数)で算定した。当該学習済みモデルIは、前述の被害度(指数)の実測値データに対応した近赤外線分光吸光度データを教師データとして用い、ディープラーニング(CNN:畳み込みニューラルネットワーク)で作成した。学習済みモデルIは、近赤外分光吸光度データの波形(1行550列)を画像化して、CNN法で構成し、入力層と、6層の中間層(ドロップ、Relu関数等の活性化関数)、出力層で構成し、最適化アルゴリズムはAdamsを用いて、Weight Decayを0.0001で、過学習に留意して構築したモデルである。
W 被検対象(ニンニク球)
Wa りん片
Wb 花径
Wc 盤茎
1 基台
2 搬送部
3 ベルトコンベア
10 ロボット
11 ロボットアーム
12 把持ハンド
13 開閉アクチュエータ
X 把持位置
Y 検査位置
20 保持部
21 側壁
22 上壁
23 保持本体
24 挿通孔
25 支承凹部
26 カメラ
30 検査部
31 検査ユニット
32 支持杆
33 カバー
34 ユニット本体
35 光源部
36 受光部
37 検知部
38 保持体
39 凹所
40 防塵機構
41 突設部
42 エア噴射口
43 エア通路
50 受取部
51 シュータ
52 分別手段
60 制御部
61 演算処理部
62 演算モデル記憶部
63 判別部
64 判断部
65 作動制御部
66 通信部
67 検査制御部
68 駆動制御部
69 動作命令部
70 表示部
Claims (12)
- 被検対象である生体の寄生虫に対する感染に係る検査を行う生体の検査方法において、
予め、寄生虫に感染しているサンプル生体と寄生虫に感染していないサンプル生体とに近赤外線を照射し、該サンプル生体からの拡散反射光あるいは拡散透過光を受光し、受光した光の吸光度を測定し、該吸光度における二次微分スペクトルに基づいて生体の寄生虫に対する感染の有無及び/または感染による予め定めた発症無しから発症有りの最大までの発症の程度を数値化した被害度に係る演算を行う演算モデルを構築し、
上記演算モデルは、統計学的解析を用いて構築される解析モデル、または、機械学習を用いて構築される学習済みモデルからなり、
上記統計学的解析は、判別分析、重回帰分析、PLS回帰分析、ロジスティック回帰分析、サポートベクターマシン(SVM)から選択され、
上記機械学習は、決定木(CART),回帰木,ランダムフォレスト,勾配ブースティング木等の木分析、パーセプトロン、畳み込みニューラルネットワーク(CNN)、再起型ニューラルネットワーク(RNN)、残差ネットワーク(ResNet)等のニューラルネットワーク若しくはディープラーニング(DNN)、これらの組合せからなるアンサンブル分析から選択され、
被検対象の生体に近赤外線を照射し、被検対象の生体からの拡散反射光あるいは拡散透過光を受光し、受光した光の吸光度を測定し、この吸光度と上記演算モデルとから演算された演算結果により上記感染の有無及び/または被害度を判別することを特徴とする生体の検査方法。 - 上記被害度を、感染無しの被検対象についても階級付けすることを特徴とする請求項1記載の生体の検査方法。
- 上記被害度を、被検対象に現れる変色部位の程度に基づいて定めたことを特徴とする請求項1または2記載の生体の検査方法。
- 上記被害度は、発症無しを0とし、発症有りの最大を100とした指数で構成したことを特徴とする請求項3記載の生体の検査方法。
- 上記被害度は、発症の程度を、発症無しを0とし、発症有りの最大を100とした指数で表したとき、発症無しを0とし、発症有りの側を所定指数範囲毎に順に上昇する階級で構成したことを特徴とする請求項3記載の生体の検査方法。
- 上記演算モデルとして、感染の有無を判別する種類の異なる複数の演算モデルを用い、各演算モデルを用いた各判別結果のうちいずれか1つが感染有りを判別したとき、当該判別結果を優先することを特徴とする請求項1乃至5何れかに記載の生体の検査方法。
- 上記演算モデルとして、感染の有無を判別する種類の異なる3以上の演算モデルを用い、各演算モデルの感染の有無の判別結果を多数決で決定することを特徴とする請求項1乃至5何れかに記載の生体の検査方法。
- 上記寄生虫は、生体としての植物が感染するセンチュウであることを特徴とする請求項1乃至7何れかに記載の生体の検査方法。
- 上記生体は、ニンニク,ジャガイモ,サツマイモ,アイリスから選択され、寄生虫は、イモグサレセンチュウであることを特徴とする請求項8記載の生体の検査方法。
- 上記被検対象を、りん片が集合したニンニク球で構成したことを特徴とする請求項9記載の生体の検査方法。
- 上記被害度を、被検対象に現れる変色部位の程度に基づいて定めるとともに、発症無しを0とし、発症有りの最大を100とした指数で構成した下記の被害度で構成したことを特徴とする請求項10記載の生体の検査方法。
被害度(指数)=((t=1のりん片数)+(t=2のりん片数×2)+(t=3のりん片数×3)+(t=4のりん片数×4))/(全調査りん片数×4)×100
ここで、
tはニンニク球1つ当たりの寄生虫の感染による変色部位の大きさに対応した数値であって値が大きくなるにしたがって変色部位の大きさが大きくなるように定めた数値であり、t=1,t=2,t=3,t=4の4区分に設定される。 - 上記被害度を、被検対象に現れる変色部位の程度に基づいて定めるとともに、発症の程度を、発症無しを0とし、発症有りの最大を100とした指数で表したとき、下記の発症の程度で表し、発症無しを0とし、発症有りの側を所定指数範囲毎に順に上昇する階級で構成したことを特徴とする請求項10記載の生体の検査方法。
発症の程度(指数)=((t=1のりん片数)+(t=2のりん片数×2)+(t=3のりん片数×3)+(t=4のりん片数×4))/(全調査りん片数×4)×100
ここで、
tはニンニク球1つ当たりの寄生虫の感染による変色部位の大きさに対応した数値であって値が大きくなるにしたがって変色部位の大きさが大きくなるように定めた数値であり、t=1,t=2,t=3,t=4の4区分に設定される。
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