JP7809760B2 - 生体アッセイを効率的に実施するシステム及び方法 - Google Patents
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Description
本出願は、2017年12月7日出願の米国仮特許出願第62/596,052号、2017年12月7日出願の米国仮特許出願第62/596,032号、及び2018年2月5日出願の米国仮特許出願第62/626,581号に対する「35 U.S.C.§119(e)」の下での優先権を主張するものである。これらの関連出願の各々の内容は、その全体が引用によって本明細書に組み込まれている。
本発明の開示は、生体サンプルの処理及び分析を実施するデバイス、システム、及び方法を説明する。特に、高度の自動化を有する複数の分析デバイス又はシステムの間で自動式サンプル処理を調整するシステムアーキテクチャを説明する。検査室情報システムからの入力は、複数の分析システム及びアナライザ計器(アナライザ及びアッセイデバイスとも呼ぶ)上でアッセイを実行する段階の全体効率を高めるために情報に基づくかつ効率的な方式でサンプルを処理するように1又は2以上のアナライザ計器及び事前分析計器の作動を調整する編成コンピュータデバイスによって受け入れられる。編成コンピュータデバイスの中への様々な個別入力が想定されており、入力の集合体は、最小限のオペレータ入力及び関与での効率的かつ迅速なサンプル処理に備えるものである。
図1は、例示的分析システム100を示している。分析システム100は、生体外診断システムであるか又は生体外診断デバイスを含むことができる。そのようなシステムは、描写するように、事前分析計器104と、第1のアナライザ計器108aと、第2のアナライザ計器108bとを含む。事前分析計器104は、ユーザ入力を受け入れるためのユーザインタフェース112と、サンプルを受け入れるための投入窓116とを含むことができる。これらのユニット104、108a、及び108bの各々は、モジュール式である。すなわち、事前分析計器104は、1又は2以上のアナライザ計器に結合することができる。これに加えて、事前分析計器104と通信している(処理に向けて情報を交換する及びサンプルを交換するその両方に関して)各アナライザ計器は、同じか又は異なる作動を実施する。例えば、第1のアナライザ計器108aは、ヒトパピローマウイルス(「HPV」)アッセイのようなウイルスアッセイを実施することができ、一方で第2のアナライザ計器108bは、トラコーマクラミジア、淋菌、腟トリコモナス、B群連鎖球菌、腸内細菌、及び腸内寄生虫を検出するためのもののような細菌及び寄生虫アッセイを実施することができる。しかし、一部の実施形態では、分析システム100は、第1及び第2のアナライザ計器108a、108bが類似であり、かつ同じか又は類似のアッセイを実施することができるように構成することができる。そのような計器モジュール性は、臨床検査室が分析システム100をその特定の必要性に対して調整することを可能にする。分析システム100は、本明細書では電子システムとして参照する。
図3は、図2Aを参照して説明した分析システム100のような分析システム100をサポートする本発明の開示の実施形態による編成コアコンピュータデバイスアーキテクチャ300を示している。一般的に、アーキテクチャは、ユーザがそれと通信を行うことを可能にするユーザインタフェース112のようなユーザインタフェースを有する編成コアコンピュータデバイス224を含む。編成コアコンピュータデバイス224は、サンプル容器又はサンプルラック上のサンプル識別子(例えば、バーコード、QRコード(登録商標))を読み取るための1又は2以上のコードスキャナ304を含むことができる。編成コアコンピュータデバイス224は、事前分析計器104の事前分析計器コンピュータ制御デバイス232及び分析計器108a、108bの1又は2以上のアナライザコンピュータ制御デバイス236a1、236a2(この図では各アナライザ計器に対して1つずつ2つのそのような制御デバイスを示す)と通信している。図示のように、編成コアコンピュータデバイス224は、ネットワーク208に接続され、ネットワーク208は、更に検査室情報システム204(「LIS」)に接続される。LIS204は、診断検査室又は医療施設に付属し、取りわけ、患者記録、医師が依頼したアッセイを格納して維持する既存の汎用又は専用システムとすることができる。ネットワーク208は、編成コンピュータコアコンピュータデバイス224がLIS204と通信的に結合されてこれらの間で情報を共有することを可能にする。編成コアコンピュータデバイス224は、計器間インタフェース228を通して計器104、108a、及び108bの計器制御デバイス232、236a1、及び236a2にも通信的に結合される。しかし、これらのデバイスがシステムと情報を共有することを可能にするコンピュータ制御デバイス232、236a1、及び236a2と編成コアコンピュータデバイス224との間の他の相互接続機構が想定される。
図4は、編成コアアプリケーション又はサブ-アプリケーションの状態を示している。図4は、計器間インタフェース228と双方向通信している複数の通信インタフェース404a~404cを示している。これらの通信インタフェースは、各々がプロセッサを有する。これらのインタフェース404a~404cは、分析システム236a1、236a2及び事前分析システム232の各々での作動が編成コアコンピュータデバイス224とそれを通して調整されるプロセッサである。通信インタフェース404a~404cの各々は、アナライザコンピュータデバイス236a1、236a2又は事前分析コンピュータ制御デバイス232のいずれかのためのものである。この点に関して、404a~404cでの各コンピュータデバイスは、1又は2以上のプロセッサと、メモリと、汎用コンピュータデバイス内に典型的に存在する他の構成要素とを含有する。
図4に示すように、編成コアアプリケーション220は、通信インタフェース404a~404c、編成判断器構成要素416、編成エンジン構成要素412、及び編成状態構成要素408のような情報フローのための構成要素を含む。編成状態構成要素408は、編成状態(すなわち、事前分析システムと分析システムとを含むシステム100に関するサンプル処理及び分析の状態)に関する全ての情報を受信して保持する。編成判断器構成要素416は、編成状態構成要素408から受信した編成状態に基づいて取るべき次のアクションを決定するアルゴリズムを実施する。通信インタフェース404a~404cには、分析及び事前分析計器から到着する編成状態を更新するのに使用される情報を処理するという役割が課せられる。
図5Aに描くように、アナライザ計器108a1及び108a2、並びに事前分析計器104は、編成サブ-アプリケーション240、244a1、244a2を含む。これらのアプリケーション240、244a1、及び244a2は、コンピュータデバイス232、236a1、及び236a2のそれぞれのメモリに格納され、ユニット104、108a1、及び108a2内の上述したハードウエアデバイスのようなハードウエアデバイスの調整及び制御を含む命令をこれらのコンピュータデバイスのプロセッサに与える。編成サブシステム240、244a1、及び244a2は、編成コアアプリケーション220と計器104、108a1、及び108a2内の個々の構成要素/サブシステム/ハードウエアの間の通信リンクである。この点に関して、サブ-アプリケーション240、244a1、及び244a2は、編成コアアプリケーション220によって与えられた命令を実行することを支援し、各計器104、108a1、及び108a2のモジュール性を与える。すなわち、図示のように、命令は、編成コアアプリケーション220から計器104、108a1、及び108a2の個々のデバイスに流れる。そのような一般的な命令は、それがハードウエアデバイスに向う方向に通信される時に、個別デバイスによって権限委譲によるプログラミングを通してターゲットアクションに変換される。例えば、事前分析計器104がサンプルのラックを受け入れる時に、編成サブ-アプリケーション240のうちの1又は2以上は、サンプルのラックを事前分析計器104の中に受け入れる段階をサポートするのに必要なタスクをもたらすための特定の命令を特定のデバイス264に出す。この点に関して、個々のデバイス264から編成コアアプリケーション220に情報が流れる。そのような情報は、デバイス264の作動状態、消耗品の現在のレベル、及び特定のサンプルの場所を含むことができる。このピラミッド構造は、編成コアアプリケーション220が高レベル判断と情報収集とにフォーカスすることを可能にする。
図6-1及び6-2は、図示のように多計器サービス層610と、編成層620と、計器モジュール層630とを有する編成コアアプリケーション220に対するアーキテクチャを示している。各層は、各々が別個のユーザ作動カテゴリを封入する複数のシステムユーザオブジェクトから組み立てられる。複数のシステムユーザオブジェクトは、図6-1及び6-2に示すシステムに対するモジュールサービスベースモジュール614を含む(1)サービスレベルオブジェクト層610を有利に含む。サービスレベルオブジェクト層610は、編成層620と、計器モジュール制御層630と、計器モジュール層650内のモジュールと通信している編成制御アプリケーションサービスモジュール612の一部である。編成制御アプリケーションサービスモジュール612は、サンプル情報を要求するモジュール646、バッチを調整するモジュール642、モジュール登録を管理するモジュール636、及び在庫コンテキストを更新するモジュール632と通信している。編成制御アプリケーションサービスモジュール612は、その層内の他のモジュールと(すなわち、モジュールサービスベースモジュール614と、更にモジュールサービスベースモジュール614を通してサービスベースモジュール616と)通信する。
一実施形態では、計器には、定められた状態が与えられる。例えば、計器状態は、表1に示すように定めることができる。
編成コアアプリケーション220は、受け入れたサンプル、依頼されたアッセイ、及びリソース248、252の利用可能性に基づいてアッセイ又はアッセイ段階の動作順序を決定することができる。図10は、動作を最大にするためにサンプルに対するアッセイ又はアッセイ段階の動作順序を決定する非限定的例示的方法1000のブロック図である。一実施形態では、編成コアアプリケーション220は、方法1000又はその一部を実施することができる。ブロック1004での開始後に、ブロック1008では、方法1000は、走査されたサンプルコードを受信する。例えば、容器内のサンプルのラックが分析システム100の投入窓116に到着した後に、分析システム100のコードスキャナ304は、サンプルの容器に添付されたバーコード及び2次元コードのようなサンプル識別子を走査することができる。方法1000は、スキャナ304によって走査された走査サンプルコードを受信することができる。判断ブロック1012では、スキャナ304が追加のサンプルコードを走査して受信する場合に、方法1000は、ブロック1008に戻って追加のサンプルコードを受信することができる。追加のサンプルコードは、分析システム100が受け入れたものと同じサンプルのラック又は別のサンプルのラックからのものとすることができる。
図11は、動作を最大にするためにサンプルに対するアッセイ段階の動作順序を決定する段階の非限定例の概略図である。分析システム100は、3つのリソースA、B、及びCを含むことができる。3つのリソースは、例えば、ボルテックサ、ピペット、及び熱板とすることができる。アッセイ1、2、及び3は、A、B、及びC、A、C、及びB、及びB、A、及びCの順序でのこれら3つのリソースの使用を必要とする。動作を最大にするために、同じリソースを必要とする様々なアッセイに対するアッセイ段階は、互いにバッチ処理することができる。図11は、アッセイ段階の可能な動作順序を示している。図11に示すように、動作順序(1)は、動作順序(2)及び(3)と比較して長い実行時間を必要とする。しかし、動作順序(1)は、至急命令がアッセイ1を含む場合に動作メトリックを最大にすることができる。図11では、至急命令を最初に実施しながら合計実行時間を最小にするためにリソースBを必要とするアッセイ段階をバッチ処理することができる。
編成コアアプリケーション220が動作順序を決定した後で、分析システム100は、サンプルに対するアッセイの実施が完了する前に検査室情報システム204又は病院情報システムから新しいアッセイ命令を受信する場合がある。新しいアッセイ命令は、分析システム100がサンプルを処理及び分析する段階を開始した後又は前に受信することができる。図12は、新しいアッセイ命令を受信した後にアッセイ又はアッセイ段階の更新された動作順序を決定する非限定的な例示的方法1200のブロック図である。一実施では、編成コアアプリケーション220は、方法1200又はその一部を実施することができる。ブロック1204で開始された後に、方法1200は、ブロック1208に進行し、そこで編成コアアプリケーション220は、サンプルに対して依頼されたアッセイの動作順序を決定する。編成コアアプリケーション220は、図10を参照して説明した方法1000に基づいてアッセイの動作順序を決定することができる。
編成コアアプリケーション220は、受け入れたサンプル、依頼されたアッセイ、リソース248、252の利用可能性、及び電子計器264、268の作動状態に基づいてアッセイ又はアッセイ段階の動作順序を決定することができる。図13は、1又は2以上の動作メトリックを最大にするためにアッセイ又はアッセイ段階の動作順序及び更新された動作順序を決定する一例示的方法1300の流れ図である。一実施形態では、編成コアアプリケーション220は、方法1300又はその一部を実施することができる。ブロック1304で開始した後に、方法1300は、ブロック1308に進行し、そこで編成コアアプリケーション220は、患者のような1又は2以上の被検体の生体サンプルに対するアッセイ命令を受信する。アッセイ命令は、1又は2以上の生体サンプルの各々に対して1又は2以上のアッセイを実施する段階を含むことができる。例えば、アッセイ命令は、全血球数(CBC)、血液化学検査、血液酵素検査、及び被検体のサンプルに関する心疾患リスクを評価するための血液検査を実施する段階、並びに心疾患リスクを評価するための血液検査を実施する段階を含むことができる。編成コアアプリケーション220は、医療提供者又は検査室職員、例えば、検査室技師のような命令提供者からアッセイ命令を受信することができる。
アッセイ結果の格納。分析システム100又は100Aは、検査室情報システムから受信したアッセイ依頼と編成コアアプリケーションによって決定された動作順序とに基づいてアッセイを実施することができる。以下に列記するモジュールは、図2Aに示す分析システム100に関連するが、これらの同じアッセイは、図2Bでの分析システム100Aによって実施することができる。アッセイの完了後に、分析システム100は、アッセイ結果をネットワーク208上で検査室情報システム204に送信することができる。アッセイ結果が利用可能である時に、ネットワーク又は他の問題に起因して分析システム100がネットワーク208上で検査室情報システム204との接続を確立することができない場合がある。この実施形態では、分析システム100は、アッセイ結果をローカルに格納し、後に接続が確立された時に検査室情報システム204に結果を送信することができる。分析システム100は、接続を再確立する試みを定期的に行うことができる。接続を再確立することができない場合に、故障ステータスは、検査室職員に通知することができる。この通知は、例えば、結果が検査室情報システム204に送信されなかったという電子メール、文字、音、又は他の表示とすることができる。分析システム100は、アッセイ結果を非暗号化フォーマット又は対称鍵方式を用いた暗号化フォーマットで格納することができる。
図15は、ネットワーク上で検査室情報システム及び複数の分析システムと通信している分析システムのブロック図である。病院1504aは、病院データを格納及び処理する病院情報システム1508aを含むことができる。例えば、病院情報システム1508aは、患者データと処方依頼情報とを格納することができる。病院1504aは、検査室情報システム204aと分析システム100aとを有する病院内検査室1512aを有することができる。検査室情報システム204aは、病院情報システム1508aからアッセイ命令212と患者情報とを受信することができる。検査室情報システム204aは、分析システム100aによって実施することができるアッセイの要件を格納することができる。分析システム100aは、汎用癌パネルのようなある一定のアッセイを実施することができる場合がある。編成コアアプリケーション220を2つの分析システムを制御するように示すが、編成コアアプリケーション220は、異なる地点に置かれた異なる機能を有する多くの分析システムを制御することができる。分析システム100a、100bは、図2A及び/又は図2Bでの分析システムとすることができる。
104b 事前分析計器
108b 分析計器
204b 検査室情報システム
220b 編成コアアプリケーション
Claims (17)
- 複数の電子計器を含む電子システム上の生体アッセイの高スループット自動化の方法であって、
複数の生体サンプルに対するサンプル識別子及びアッセイ命令を受信する段階、
前記サンプル識別子及び前記アッセイ命令に基づいて前記複数の生体サンプルに対して前記複数の電子計器上で実施される1又は2以上のアッセイを決定する段階、
前記複数の電子計器が同時に実施できる、前記1又は2以上のアッセイのアッセイ段階又はアッセイを決定する段階、
前記電子システムの動作メトリックを最大にするために、前記1又は2以上のアッセイの動作順序を決定する段階、及び
前記動作メトリックを最大にする動作順序に基づいて、前記複数の電子計器上で前記複数の生体サンプルに対して前記1又は2以上のアッセイを実施する段階、
を含むことを特徴とする方法。 - 前記サンプル識別子は、コードスキャナーから読み取られたサンプルコードを含む、
ことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記複数の電子計器は、複数の分析モジュール及び関連の分析サブモジュールを含む、
ことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記複数の電子計器は、複数の事前分析モジュール及び関連の事前分析サブモジュールを含む、
ことを特徴とする請求項3に記載の方法。 - 前記1又は2以上のアッセイを実施する前に、前記動作順序に基づいて前記複数の電子計器の各々を構成することをさらに含む、
ことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 実施すべき前記1又は2以上のアッセイを決定した後に、前記電子システムが前記1又は2以上のアッセイを実施するのに十分なリソースを有するか否かを決定する段階を更に含む、
ことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記リソースは、希釈剤、試薬、アッセイ制御サンプル、ピペット先端、サンプルチューブ、抽出チューブ、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)板、廃棄物容器内の利用可能な空間、又はそのあらゆる組合せを含むことを特徴とする請求項6に記載の方法。
- 前記電子システムが、前記1又は2以上のアッセイを実施するのに十分なリソースを有していない場合に、ユーザーに通知する段階を更に含む、
ことを特徴とする請求項6に記載の方法。 - 実施すべき前記1又は2以上のアッセイを決定した後に、前記複数の生体サンプルの条件が前記1又は2以上のアッセイの要件を満たすか否かを決定する段階を更に含む、
ことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記複数の生体サンプルの条件が、サンプル容積、サンプル持続時間、サンプル品質、又はそのあらゆる組合せを含む、
ことを特徴とする請求項9に記載の方法。 - 前記複数の生体サンプルの条件が、前記1又は2以上のアッセイの要件を満たさない場合、ユーザーに通知する段階を更に含む、
ことを特徴とする請求項9に記載の方法。 - 前記動作順序を決定する前に、前記アッセイ命令が特殊命令を含むか否かを決定する段階を更に含む、
ことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記動作順序を決定する段階が、前記特殊命令を優先して前記動作メトリックを最大にすることを含む、
ことを特徴とする請求項12に記載の方法。 - 前記動作メトリックは、前記1又は2以上のアッセイの全てを実施するための継続時間、前記1又は2以上のアッセイの全てを実施するのに使用されるエネルギ、アッセイ結果の品質又は精度、又はそのあらゆる組合せを含む、
ことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記動作順序を決定した後に、
新しいアッセイ命令を受信し、前記新しいアッセイ命令に基づいて実施されるべき追加のアッセイ又はアッセイ段階を決定する段階、及び
前記追加のアッセイ又はアッセイ段階と、現在実施されているアッセイ又はアッセイ段階との比較に基づいて、残りの1又は2以上のアッセイと前記追加のアッセイ又はアッセイ段階との新しい動作順序を決定する段階を更に含む、
ことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記新しい動作順序を決定する前に、前記新しいアッセイ命令が新しいサンプルに対するものであるか否かを決定し、新しいサンプル識別子を受信する段階を更に含む、
ことを特徴とする請求項15に記載の方法。 - 前記新しい動作順序が、前記電子システムの動作メトリックを最大にする、
ことを特徴とする請求項15に記載の方法。
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