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JP7811540B2 - Mhcクラスii分子及びその使用方法 - Google Patents
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JP7811540B2 - Mhcクラスii分子及びその使用方法 - Google Patents

Mhcクラスii分子及びその使用方法

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Description

関連出願の相互参照
本PCT出願は、2019年7月30日に出願の米国特許仮出願番号第62/880,501号及び2020年5月22日に出願の米国特許仮出願番号第63/029,114号の利益を請求し、それぞれの内容の全体が参照により本明細書に組み込まれる。
EFS-WEBを介して電子的に提出された配列表への言及
電子的に提出された配列表の内容(名称:4285-011PC02_SL_ST25.txt, サイズ: 34,403バイト;及び作成日:2020年7月28日)は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示は、CD4に対する親和性が強化された主要組織適合遺伝子複合体(MHC)クラスII分子、及びその使用法を提供する。
免疫療法は、がんを含む様々な疾患との戦いにおいて重要なツールとして出現した。T細胞療法は、免疫療法の開発の最前線にあり、抗腫瘍T細胞の養子移入により、がん患者における臨床応答が誘発されることが明らかにされてきた。
腫瘍細胞で発現している標的エピトープに特異的なT細胞発現T細胞受容体(TCR)を使用する指向型T細胞療法は、T細胞療法の将来性のある形態である。抗原提示細胞は、その表面上の主要組織適合遺伝子複合体(MHC)に関連するペプチドフラグメントを提示して、免疫応答を誘導する。クラスIIによる内因性ペプチドの改善された提示は、がん患者の生存の延長と相関することがこれまでに実証されている。しかし、MHCクラスIIが提示しているペプチドを特異的に標的とすることができる新規のTCRの改善は、T細胞で発現しているCD4に対するMHCクラスIIタンパク質の低い親和性によって制約される。
本開示は、CD4に対する親和性が強化されたMHCクラスIIタンパク質、及び新規のMHCクラスII特異的TCRの識別及び改善のためにそれを使用する方法を提供する。
本開示のある特定の態様は、DQベータ鎖を含むHLAクラスII分子に関し、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸を含む。
本開示のある特定の態様は、DQベータ鎖を含むHLAクラスII分子に関し、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基に置換変異を含み、該置換変異は、ロイシン以外のアミノ酸によるものである。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸をさらに含む。
本開示のある特定の態様は、DQベータ鎖を含むHLAクラスII分子に関し、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。
本開示のある特定の態様は、DQベータ鎖を含むHLAクラスII分子に関し、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基に置換変異を含み、該置換変異は、バリン以外のアミノ酸によるものである。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸をさらに含む。いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸をさらに含む。いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸をさらに含む。いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸をさらに含む。いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸をさらに含む。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸、のうち少なくとも3つをさらに含む。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸、をさらに含む。
いくつかの態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群から選択される。いくつかの態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。いくつかの態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。
いくつかの態様において、MHCクラスII分子のベータ鎖は、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択される。いくつかの態様において、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、MHCクラスII分子のベータ鎖は、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。いくつかの態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、バリンである。
いくつかの態様において、MHCクラスII分子のベータ鎖は、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択される。いくつかの態様において、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、ヒスチジンである。
いくつかの態様において、MHCクラスII分子のベータ鎖は、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、アスパラギン及びグルタミンから選択される。いくつかの態様において、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号1、3、4及び5から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、及び配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む。
いくつかの態様において、MHCクラスII分子のベータ鎖は、(a)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、(b)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、ならびに(c)(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にバリン、(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にグルタミンのうち少なくとも1つを含む。
いくつかの態様において、MHCクラスII分子のベータ鎖は、(a)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、(b)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、ならびに(c)(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にバリン、(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にグルタミンのうち少なくとも2つを含む。
いくつかの態様において、MHCクラスII分子のベータ鎖は、(a)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、(b)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、ならびに(c)(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にバリン、(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にグルタミンのうち少なくとも3つを含む。
いくつかの態様において、MHCクラスII分子のベータ鎖は、(a)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、(b)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、(c)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、(d)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にバリン、(e)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び(f)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、を含む。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号3に記載されているアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号4に記載されているアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、HLAクラスII分子のベータ鎖は、DQ2、DQ3、DQ4、DQ5またはDQ6対立遺伝子を含む。いくつかの態様において、MHCクラスII分子のベータ鎖は、HLA-DQB1*02、HLA-DQB1*03、HLA-DQB1*04、HLA-DQB1*05またはHLA-DQB1*06対立遺伝子を含む。
いくつかの態様において、HLAクラスII分子は、DQアルファ鎖をさらに含む。いくつかの態様において、MHCクラスII分子のアルファ鎖は、HLA-DQA1*01、HLA-DQA1*02、HLA-DQA1*03、HLA-DQA1*04、HLA-DQA1*05またはHLA-DQA1*06対立遺伝子を含む。
いくつかの態様において、DQアルファ鎖は、配列番号6または8に対して少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、DQアルファ鎖は、配列番号6または8に記載されているアミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、参照HLAクラスII分子と比較してCD4タンパク質に対する親和性が高く、ここで、参照HLAクラスII分子は、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン、及び/または(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリンを含むDQベータ鎖を含む。
いくつかの態様において、その親和性は、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約9倍、少なくとも約10倍、少なくとも約15倍、少なくとも約20倍、少なくとも約25倍、少なくとも約30倍、少なくとも約35倍、少なくとも約40倍、少なくとも約45倍、少なくとも約50倍、少なくとも約75倍、少なくとも約100倍、少なくとも約200倍、少なくとも約300倍、少なくとも約400倍、少なくとも約500倍、または少なくとも約1000倍高い。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、細胞の膜に結合している。いくつかの態様において、DQベータ鎖は、細胞の膜に結合していない。いくつかの態様において、DQベータ鎖は、完全長DQアルファ鎖の細胞外ドメインを含む。いくつかの態様において、DQベータ鎖は、完全長DQベータ鎖の膜貫通ドメインを含まない。
いくつかの態様において、DQアルファ鎖は、細胞の膜に結合している。いくつかの態様において、DQアルファ鎖は、細胞の膜に結合していない。いくつかの態様において、DQアルファ鎖は、完全長DQアルファ鎖の細胞外ドメインを含む。いくつかの態様において、DQアルファ鎖は、完全長DQアルファ鎖の膜貫通ドメインを含まない。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、不活性粒子に連結または結合している。いくつかの態様において、不活性粒子は、ビーズである。いくつかの態様において、不活性粒子は、ナノ粒子である。いくつかの態様において、ナノ粒子は、ペグ化酸化鉄、キトサン、デキストラン、ゼラチン、アルギナート、リポソーム、澱粉、分枝ポリマー、炭素ベース担体、ポリ乳酸、ポリ(シアノ)アクリレート、ポリエチルエイネミン(polyethyleinemine)、ブロックコポリマー、ポリカプロラクトン、SPIONS、USPIONS、Cd/Zn-セレン化物、またはシリカナノ粒子から選択される。いくつかの態様において、ナノ粒子は、ペグ化酸化鉄ナノ粒子である。
いくつかの態様において、DQベータ鎖はシグナルペプチドを含む。いくつかの態様において、DQアルファ鎖はシグナルペプチドを含む。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、配列番号9に記載されているアミノ酸配列を含む。
本開示のある特定の態様は、本明細書にて開示されるDQベータ鎖をコードする核酸分子に関する。いくつかの態様において、核酸分子は、本明細書にて開示されるDQアルファ鎖をさらにコードする。
いくつかの態様において、核酸分子は、配列番号2に対して少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
本開示のある特定の態様は、本明細書にて開示される核酸分子を含むベクターに関する。
本開示のある特定の態様は、本明細書にて開示されるHLAクラスII分子、本明細書にて開示される核酸分子、または本明細書にて開示されるベクターを含む細胞に関する。いくつかの態様において、細胞は、哺乳動物細胞または昆虫細胞である。いくつかの態様において、細胞は、K562細胞、T2、HEK293、HEK293T、A375、SK-MEL-28、Me275、COS、線維芽細胞、腫瘍細胞、またはこれらの任意の組み合わせから選択される。いくつかの態様において、細胞は、内因性MHCクラスII DQベータ鎖発現を欠いている。いくつかの態様において、細胞は、内因性MHCクラスII DQアルファ鎖発現を欠いている。
本開示のある特定の態様は、MHCクラスII複合体のエピトープと結合することができるT細胞受容体を識別する方法に関し、該方法は、本明細書にて開示される細胞にエピトープを含む1つ以上のペプチドをパルスすることと、1つ以上のCD4T細胞をAPCで刺激することと、を含む。
本開示のある特定の態様は、疾患または病態を治療することを、それを必要とする対象において行う方法に関し、該方法は、本明細書にて開示されるMHCクラスII分子を対象に投与することを含む。いくつかの態様において、疾患または病態は、がんまたは感染である。
いくつかの態様において、がんは、黒色腫、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、胃癌、子宮癌、肺癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(NHL)、食道癌、小腸癌、尿道癌、慢性または急性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病(ALL)(非T細胞ALLを含む)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、膀胱癌、腎臓または尿管癌、腎盤癌、神経膠腫、扁平上皮癌、及び上記がんの組み合わせ、からなる群から選択される。
いくつかの態様において、がんは、再発性または難治性である。いくつかの態様において、がんは、局所的に進行性である。いくつかの態様において、がんは、進行性である。いくつかの態様において、がんは、転移性である。
いくつかの態様において、HLAクラスII分子は、約100μM未満のKでCD4と結合する。いくつかの態様において、HLAクラスII分子は、約10μM未満のKでCD4と結合する。いくつかの態様において、HLAクラスII分子は、約8.9μM以下のKでCD4と結合する。
本開示のある特定の態様は、本明細書にて開示されるHLAクラスII分子、及びペプチドを含む複合体に関し、ここで、該ペプチドは、DDX3Y171-190、HA255-270、GPC3138-157、またはそれらの任意の組み合わせを含む。
A~Fは改変されたDQ分子の強化されたCD4結合能力を表したデータを示す。Aは、DPB1*04:01、DQB1*05:01、及びDQB1*05:01L114W/V143M+4repsのアミノ酸配列を比較した表であり、変異のあるアミノ酸には下線が引かれている。B及びCは、野生型DQ5(DQA1*01:01/DQB1*05:01)、DQ5L114W/V143M、DQ5L114W/V143M+4reps、野生型DP4またはDP4L112W/V141Mを安定して発現するクラスII欠損K562細胞を、図1Aに示したようなsCD4で染色したデータのグラフ表示である。 Dは、sCD4で同じように染色した、4つの位置のうち1つで単一のアミノ酸反転があるDQ5L114W/V143M+4reps変異体を個別に発現する一連のK562誘導体のCD4結合能力を示す。 Eは、DPB1*04:01、DQB1*02:01、DQB1*04:02、及びDQB1*06:01のアミノ酸配列を一覧にした表であり、置換のあるアミノ酸には下線が引かれている。DQB1*05:01とは異なり、114の位置にValをコードするDPB1*04:01と同じように、DQB1*02:01、DQB1*04:02、及びDQB1*06:01は、116の位置にValをコードする。Fは、β鎖におけるL114W/V143M+3reps置換が、CD4へのDQ2、DQ4、及びDQ6の結合を強化したことを示すデータのグラフ表示を表している。少なくとも2回の独立した実験を行った。:スチューデントのt検定による0.05未満のP値。バー及びエラーバーは、3連の実験の結果の平均±SDを表している。 同上。 同上。 A~Bは、親和性成熟DQ二量体が、ヒト初代CD4+T細胞に発現している同族TCRを認識したことを示すグラフ表示である。DQ5(DQA1*01:01-DQB1*05:01)制限DDX3Y特異的TCR(E6)(A)及びDQ6(DQA1*01:02-DQB1*06:02)制限インフルエンザウイルスHA特異的TCR(DM2)(B)を、ヒト初代CD4+T細胞で再構成し、それぞれ、DQ5L114W/V143M+4reps及びDQ6L114W/V143M+3reps二量体によって染色した。少なくとも2回の独立した実験を行った。 A~Qは、各HLAクラスII遺伝子の発現レベルの比較を示すヒストグラムのグラフ表示である。HLA-DQ及びそれらの誘導体を、K562細胞で再構成し、抗HLAクラスIIモノクローナル抗体で染色した。DQ2、DQ5、及びDQ6対立遺伝子のそれぞれの表面発現を、抗HLAクラスIIモノクローナル抗体クローン9~49(I3)(DQ5及びDQ6)または抗クラスIIモノクローナル抗体クローンTu39(DQ2及びDQ4)を用いて検出した。オープンヒストグラムは、副基準対照染色を表している。 A~Lは、DQ5L114W/V143M+4reps二量体が、E6形質導入済みCD4T細胞を強力に染色したことを示すグラフ表示である。E6を、CD4T細胞で再構成し、次に、そのT細胞を、野生型DQ5(D及びJ)、DQ5L114W/V143M(E及びK)、及びDQ5L114W/V143M+4reps(F及びL)、CLIP対照二量体(D~F)、及びDDX3Y171-190に特異的な二量体(J~L)で染色した。TCRを形質導入していない対照細胞については、図A~C及びG~Iに示す。 A~Gは、親和性成熟二量体を用いたDQ5制限TCRのクローニングを示すグラフ表示である。初代CD4T細胞を、DQ5.1黒色腫患者から精製し、照射しGPC3138-157をパルスしたDQ5.1を発現するaAPCによって刺激した。2週間後、刺激したCD4T細胞を、同族GPC3138-157-DQ5L114W/V143M+4reps二量体で染色した(A~B)。GPC3特異的TCRを、TCR欠損Jurkat76/CD4細胞で再構成し、対応するDQ5L114W/V143M+4reps二量体(C(E6/対照);D(E6/GPC3138-157);E(DQ5-06-GPC3138-157/対照);及びF(DQ5-06-GPC3138-157/GPC3138-157))によって染色した。 IL-2 ELISPOTアッセイにて、GPC3特異的TCRを発現するJurkat76/CD4細胞を、対応するペプチドをパルスしたDQ5-K562細胞によって刺激した結果を示す(G)。 同上。 同上。
本開示は、CD4に対する親和性が強化されたMHCクラスII分子に関する。いくつかの態様において、本開示は、HLA-DQ(DQ)ベータ鎖を含むMHCクラスII分子に関し、ここで、DQベータ鎖は、CD4に対する親和性が高い。
本開示は、DQベータ鎖を含むMHCクラスII分子にさらに関し、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸をさらに含む。
本開示は、DQベータ鎖を含むMHCクラスII分子にさらに関し、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。いくつかの態様において、DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸をさらに含む。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸、のうち少なくとも3つをさらに含む。
I. 用語
本開示をより容易に理解し得るようにするために、特定の用語を最初に定義する。本出願で使用するとき、本明細書に別段に明記されない限り、次の用語の各々は、下記に示す意味を有するものとする。追加の定義は、本出願全体を通して記載される。
用語「a」または「an」の実体は、その実体の1つ以上を指し、例えば、「ヌクレオチド配列(a nucleotide sequence)」は、1つ以上のヌクレオチド配列を表すと理解されることに留意されたい。したがって、「a」(または「an」)、「1つ以上」、及び「少なくとも1つ」という用語は、本明細書において互換的に使用され得る。
さらに、「及び/または」は、本明細書で使用する場合、2つの特定の特徴または構成要素の各々の具体的な開示として解釈され、他方の有無を問わないものとする。したがって、本明細書で「A及び/またはB」などの語句で使用される「及び/または」という用語は、「A及びB」、「AまたはB」、「A」(単独)、及び「B」(単独)を含むことが意図される。同様に、「A、B、及び/またはC」などの語句で使用される「及び/または」という用語は、次の態様:A、B、及びC;A、B、またはC;AまたはC;AまたはB;BまたはC;A及びC;A及びB;B及びC;A(単独);B(単独);ならびにC(単独)の各々を包含することが意図される。
「約」という用語は、本明細書では、およそ、大体、おおよそ、またはその範囲内の意味で使用される。「約」という用語を数値範囲と併せて使用する場合、その用語は、示されている数値の前後まで、その境界を広げることによって、その範囲を修飾する。概して、「約」という用語は、本明細書では、示されている値のプラスマイナス(上下)10パーセントの幅で、数値を修飾する目的で使用する。
本明細書において「含む(comprising)」という言葉で態様が説明されている場合は常に、「からなる(consisting of)」及び/または「から本質的になる(consisting essentially of)」という用語で説明されている他の類似の態様も提供されることを理解されたい。
別段に定義しない限り、本明細書において使用する全ての技術用語及び科学用語は、本開示が関連する技術分野における当業者により一般に理解されるものと同一の意味を有する。例えば、the Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology,Juo,Pei-Show,2nd ed.,2002,CRC Press、The Dictionary of Cell and Molecular Biology,3rd ed.,1999,Academic Press、及びthe Oxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology, Revised,2000,Oxford University Pressは、本開示で使用される用語の多くの一般的な辞書を当業者に提供する。
単位、接頭辞、及び記号は、それらの国際単位系(SI)で承認された形式で示される。数値範囲はその範囲を定義する数を含む。別段に示さない限り、ヌクレオチド配列は5’から3’の方向で左から右に書かれている。アミノ酸配列は、アミノからカルボキシの方向で左から右に書かれている。本明細書において提供する見出しは、本明細書全体を参照することにより得ることができる本開示の様々な態様を限定するものではない。したがって、直下で定義する用語は、本明細書全体を参照することによって、より十分に定義される。
「投与すること」とは、当業者に周知の様々な方法及び送達系のいずれかを用いて、薬剤を対象に物理的に導入することを指す。本明細書にて開示される製剤の投与経路の例としては、例えば注射または注入による静脈内投与経路、筋肉内投与経路、皮下投与経路、腹腔内投与経路、脊髄投与経路またはその他の非経口投与経路が挙げられる。「非経口投与」という語句は、本明細書で使用する場合、経腸投与及び局所投与以外の、通常は注射による投与方法を意味し、これには、限定するものではないが、静脈内、筋肉内、動脈内、髄腔内、リンパ管内、病巣内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、髄腔内、硬膜外及び胸骨内の注射及び注入、ならびにインビボの電気穿孔法が挙げられる。いくつかの態様において、この製剤は、非経口ではない経路、例えば、経口的に投与される。他の非経口ではない経路としては、局所、上皮、または粘膜投与経路、例えば、鼻腔内に、膣内に、直腸に、舌下で、または局所的に、が挙げられる。また、投与は、例えば1回、複数回、及び/または1以上の長い期間にわたって行うことができる。
本明細書で使用される「HLA」という用語は、ヒト白血球抗原を指す。HLA遺伝子は、ヒトの主要組織適合遺伝子複合体(MHC)タンパク質をコードする。MHCタンパク質は、細胞の表面に発現し、免疫応答の活性化に関与している。HLAクラスII遺伝子は、プロフェッショナル抗原提示細胞(APC)の表面に発現するMHCクラスIIタンパク質をコードする。プロフェッショナルAPCの非限定的例としては、単核細胞、マクロファージ、樹状細胞(DC)及びBリンパ球が挙げられる。一部の内皮細胞及び上皮細胞は、炎症シグナルが活性化された後にMHCクラスII分子を発現することもある。機能的なMHCクラスII分子を欠くヒトは、一連の感染症に非常にかかりやすく、通常幼齢で死亡する。
本発明で使用される場合、「HLAクラスII分子」または「MHCクラスII分子」とは、MHCクラスII分子をコードする野生型またはバリアントのHLAクラスII遺伝子のタンパク質生成物を指す。したがって、「HLAクラスII分子」及び「MHCクラスII分子」は、本明細書では同じ意味で用いられる。典型的なMHCクラスII分子は、アルファ鎖及びベータ鎖の2つのタンパク質鎖を含む。概して、天然に存在するアルファ鎖及びベータ鎖のそれぞれは、アルファ鎖/ベータ鎖を細胞表面に固定する膜貫通ドメイン、及び抗原を運び、かつT細胞に発現しているTCR及び/またはCD4と相互作用する細胞外ドメインを含む。
MHCクラスIIのアルファ鎖及びベータ鎖の両方は、HLA遺伝子複合体によってコードされる。HLA複合体は、ヒト第6染色体の短腕の6p21.3領域内にあり、220を超える多様な機能の遺伝子を含んでいる。HLA遺伝子複合体には、当技術分野で公知の、数千のMHCクラスIIタンパク質をコードしている、250を超えるMHCクラスIIアルファ鎖対立遺伝子及び5,000を超えるMHCクラスIIベータ鎖対立遺伝子を含む20,000を超えるHLA対立遺伝子及び関連対立遺伝子を有する多くのバリアントがある(本明細書中に、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、例えばhla.alleles.org,(最終訪問日:2019年5月20日)を参照されたい)。例えば、そのようなHLA-DP対立遺伝子の1つであるDP4は、多くの民族群で最も頻繁に見られる対立遺伝子である。各アルファ鎖及びベータ鎖は、通常プロタンパク質として発現し、これは、切断されるシグナルペプチドをさらに含む。任意の数の天然に存在するシグナルペプチドが、本明細書にて開示されるアルファ鎖及びベータ鎖の発現及び局在化を促進するために使用されてよい。そのような例の1つは、配列番号9である。
HLA複合体の3つの遺伝子座は、HLA-DP、HLA-DQ及びHLA-DRのMHCクラスIIタンパク質をコードする。HLA-DO及びHLA-DMは、MHCクラスII分子と関連し、その構成及び機能をサポートするタンパク質をコードする。代表的なHLA-DQ配列を表1に示す。
MHCクラスII分子が抗原ペプチドと複合体を形成する場合、10~30アミノ酸長の抗原ペプチドは、ペプチド結合溝に結合し、細胞外でCD4+細胞に提示される。アルファ鎖及びベータ鎖の両方は、アルファポリペプチドの場合はアルファ1及びアルファ2、ベータポリペプチドの場合はベータ1及びベータ2の2つの別々のドメインに折り畳まれる。CD4によって認識及び結合されるL114、V116、V143、L158、及びM160の一定の残基は、ベータポリペプチドのベータ2ドメインに位置している。提示される抗原を保持している開放型のペプチド結合溝は、アルファ1ドメインとベータ1ドメインとの間にある。CD4+T細胞と相互作用すると、MHCクラスII複合体は、T細胞の表面に発現しているT細胞受容体(TCR)と相互作用する。加えて、MHCクラスII分子のベータ鎖は、T細胞の表面に発現しているCD4とわずかに相互作用する(K>2mM)。標準的なCD4アミノ酸配列(配列番号10)を、表2に示す(UniProt - P01730)。
本明細書で使用される「T細胞受容体」(TCR)という用語は、標的抗原と特異的に相互作用し得るヘテロマー細胞表面受容体を指す。本明細書で使用される場合、「TCR」という用語は、限定されないが、天然に存在するTCR及び天然に存在しないTCR、完全長TCR及びその抗原結合部分、キメラTCR、TCR融合構築物、ならびに合成TCRを含む。ヒトでは、TCRはT細胞の表面に発現し、T細胞の認識及び抗原提示細胞の標的化を担っている。抗原提示細胞(APC)は、主要組織適合遺伝子複合体(MHCクラスIまたはMHCクラスII、本明細書においては、HLA分子、例えばHLAクラスII分子と複合体を形成するものも指す)と複合体を形成する外来タンパク質(抗原)のフラグメントを提示する。TCRは、ペプチド:HLA複合体を認識して結合し、T細胞で発現しているCD8(MHCクラスI分子の場合)またはCD4(MHCクラスII分子の場合)を動員し、これによりTCRが活性化される。活性化されたTCRは、APCの破壊を含む下流のシグナル伝達及び免疫応答を開始する。
一般に、TCRは、ジスルフィド結合によって相互接続する2つの鎖、アルファ鎖及びベータ鎖(または一般的ではないが、ガンマ鎖及びデルタ鎖)を含む場合がある。各鎖は、可変ドメイン(アルファ鎖可変ドメイン及びベータ鎖可変ドメイン)及び定常領域(アルファ鎖定常領域及びベータ鎖定常領域)を含む。可変ドメインは、細胞膜の遠位に位置し、可変ドメインは抗原と相互作用する。定常領域は細胞膜の近位に位置している。TCRは、膜貫通領域及び短い細胞質尾部をさらに含み得る。本明細書で使用される場合、「定常領域」という用語は、存在する場合、膜貫通領域及び細胞質尾部、ならびに従来の「定常領域」を包含する。
可変ドメインは、フレームワーク領域(FR)と称される、より保存されている領域が挟み込まれる、相補性決定領域(CDR)と称される超可変性の領域に、さらに細分化され得る。各アルファ鎖可変ドメイン及びベータ鎖可変ドメインは、3つのCDR及び4つのFR(FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4)を含む。各可変ドメインには、抗原と相互作用する結合ドメインが含まれている。各鎖の3つのCDRの全ては、抗原結合に関与しているが、CDR3は、主要な抗原結合領域であると考えられており、CDR1及びCDR2は、主にHLA分子を認識すると考えられている。
明示的に述べられていない場合、及び文脈が別段の指示をしない限り、「TCR」という用語はまた、本明細書にて開示される任意のTCRの抗原結合フラグメントまたは抗原結合部分を含み、一価及び二価のフラグメントまたは部分、及び一本鎖TCRを含む。「TCR」という用語は、T細胞の表面に結合した天然に存在するTCRに限定されない。本明細書で使用される場合、「TCR」という用語はさらに、T細胞以外の細胞(例えば、本明細書に記載のように、CD4を自然に発現するかまたは発現するように改変される細胞)の表面に発現される本明細書に記載のTCR、または細胞膜から遊離した本明細書に記載のTCR(例えば、単離されたTCRまたは可溶性TCR)を指す。
「抗原結合分子」、「TCRの一部」、または「TCRフラグメント」とは、TCR全体よりも小さいTCRの任意の部分を指す。抗原結合分子は、抗原のCDRを含む場合がある。
「抗原」とは、免疫応答を誘発するか、またはTCRによって結合され得る任意の分子、例えば、ペプチドを指す。本明細書で使用される「エピトープ」とは、免疫応答を誘発するか、またはTCRによって結合され得るポリペプチドの一部を指す。免疫応答には、抗体産生、もしくは特定の免疫学的コンピテント細胞の活性化、またはその両方が含まれ得る。当業者は、事実上全てのタンパク質またはペプチドを含む任意の高分子が抗原として機能し得ることを容易に理解するであろう。抗原及び/またはエピトープは、内因的に発現され得る、すなわち、ゲノムDNAによって発現されるか、または組換え発現され得る。抗原及び/またはエピトープは、罹患細胞、例えばがん細胞などの特定の組織に特異的であるか、または広範に発現している場合がある。さらに、より大きな分子のフラグメントが抗原として機能する場合がある。一態様において、抗原は、腫瘍抗原である。エピトープは、より長いポリペプチド中(例えばタンパク質中)に存在することがあるか、または、エピトープは、より長いポリペプチドのフラグメントとして存在する場合がある。いくつかの態様において、エピトープは、主要組織適合遺伝子複合体(MHC、本明細書においては、HLA分子、例えばHLAクラスI分子と複合体を形成するものも指す)と複合体を形成する。
「自己由来」という用語は、それが後に再導入される同じ個体に由来する任意の材料を指す。例えば、自己T細胞療法は、同じ対象から単離されたT細胞を対象に投与することを含む。「同種異系」という用語は、ある固体に由来し、さらに同じ種の別の固体に導入される任意の材料を指す。例えば、同種異系T細胞移植は、対象以外のドナーから得られたT細胞を対象に投与することを含む。
「がん」とは、体内の異常細胞の成長が抑制されないことを特徴とする様々な疾患の広範な群を指す。細胞の分裂及び成長が制御されないことにより、悪性腫瘍が形成され、この悪性腫瘍は、隣接組織に湿潤し、かつリンパ系または血流を通して身体の遠方部に転移する場合もある。「がん」または「がん組織」とは腫瘍を含み得る。本発明の方法によって治療され得るがんの例としては、限定するものではないが、リンパ腫、白血病、及び他の白血球悪性腫瘍を含む免疫系のがんが挙げられる。いくつかの態様において、本発明の方法は、例えば、黒色腫、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、胃癌、子宮癌、肺癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(NHL)、食道癌、小腸癌、尿道癌、慢性または急性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病(ALL)(非T細胞ALLを含む)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、膀胱癌、腎臓または尿管癌、腎盤癌、神経膠腫、扁平上皮癌、及び上記がんの組み合わせ、に由来する腫瘍の腫瘍サイズを縮小するために使用することができる。特定のがんは、化学療法もしくは放射線療法に応答する場合があるか、またはそのがんは難治性である場合がある。難治性のがんとは、外科的介入で修正できないがんを指し、このがんは最初から化学療法もしくは放射線療法に応答しないか、または時間の経過とともに応答しなくなる。
本発明で使用される場合、PFSと略記される場合がある「無増悪生存期間」という用語は、悪性リンパ腫に関して改訂されたIWG応答基準に従った、治療日から疾患進行日または何らかの原因による死亡までの時間を指す。
OSと略記される場合がある「全生存期間」という用語は、治療日から死亡日までの時間と定義される。
本発明で使用される場合、「感染」という用語は、身体の1つ以上の組織への外来物質によるある種の侵入を指す。「感染」という用語は、限定はされないが、ウイルス(ウイロイド及びプリオンを含む)、細菌、真菌、寄生生物、及びこれらの任意の組み合わせによる感染を含む。
本発明で使用される「リンパ球」という用語は、ナチュラルキラー(NK)細胞、T細胞、またはB細胞を含む。NK細胞は、細胞傷害性(細胞毒性)リンパ球の一種であり、固有の免疫系の主要な構成要素である。NK細胞は、腫瘍及びウイルスに感染した細胞を排除する。それはアポトーシスまたはプログラム細胞死のプロセスを通して機能する。それらは細胞を殺すために活性化を必要としないので「ナチュラルキラー」と呼ばれた。T細胞は細胞媒介性免疫(抗体の関与はない)において主要な役割を果たす。T細胞受容体(TCR)は、T細胞を他のリンパ球タイプから区別する。免疫系の特殊な器官である胸腺は、主にT細胞の成熟を担う。T細胞には6つのタイプ、すなわち、ヘルパーT細胞(例えば、CD4+細胞)、細胞傷害性T細胞(TC、細胞傷害性Tリンパ球、CTL、Tキラー細胞、細胞溶解性T細胞、CD8+T細胞またはキラーT細胞としても知られている)、メモリーT細胞((i)ナイーブ細胞のような幹メモリーTSCM細胞は、CD45RO-、CCR7+、CD45RA+、CD62L+(L-セレクチン)、CD27+、CD28+及びIL-7Rα+であるが、それらは大量のCD95、IL-2Rβ、CXCR3、及びLFA-1を発現し、かつメモリー細胞に特有の非常に多くの機能的属性を示す、(ii)セントラルメモリーTCM細胞は、L-セレクチン及びCCR7を発現し、それらはIL-2を分泌するが、IFNγまたはIL-4は分泌しない、ならびに(iii)エフェクターメモリーTEM細胞は、L-セレクチンまたはCCR7を発現しないが、IFNγ及びIL-4のようなエフェクターサイトカインを産生する)、制御性T細胞(Treg、サプレッサーT細胞、またはCD4+CD25+制御性T細胞)、ナチュラルキラーT細胞(NKT)、ならびにガンマ・デルタT細胞、がある。一方、B細胞は体液性免疫において主要な役割を果たす(抗体の関与を伴う)。B細胞は抗体及び抗原を作り、抗原提示細胞(APC)の役割を果たし、抗原相互作用による活性化後にメモリーB細胞に変わる。哺乳動物では、未成熟B細胞は骨髄で形成され、その名前の由来となっている。
ヌクレオチドまたはアミノ酸配列に関して本明細書で使用される場合、「改変された」及び「変異した」という用語は、野生型配列または特定の参照配列と比較した配列の変化を指す。「改変された」及び「変異した」という用語は、特に指定がない限り、改変または変異した配列(例えば、改変されたベータ鎖配列)を作成するためのプロセスのステップを必要としない。むしろ、これらの用語は、参照配列、例えば野生型配列と比較して改変または変異した配列に変異があることを示す。例えば、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基に置換変異を含むDQベータ鎖は、列挙されるDQベータ鎖に到達するために野生型DQベータ鎖が物理的に変化されることを必要としないが、むしろ、適切に配列される場合、列挙されるDQベータ鎖は、列挙される位置(114位の残基)に、野生型DQベータ鎖または参照DQベータ鎖の対応する位置にあるアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基を含む。
本発明で使用される「任意のアミノ酸」という用語は、任意の既知のアミノ酸を意味する。アミノ酸は、(i)アミン(-NH)官能基、(ii)カルボキシル(-COOH)官能基、及び(iii)側鎖(R基)を含む有機化合物であり、ここで側鎖は各アミノ酸に固有のものである。これには、いずれかの天然に存在するアミノ酸、及び任意の改変及びそのバリアントが含まれるが、これらに限定されない。天然に存在するアミノ酸は約500種類あり、そのうち20種は、遺伝コードによってコードされている。正に帯電する側鎖を有するアミノ酸としては、アルギニン(Arg;R)、ヒスチジン(His、H)、及びリシン(Lys;K)が挙げられる。負に帯電する側鎖を有するアミノ酸としては、アスパラギン酸(Asp;D)及びグルタミン酸(Glu;E)が挙げられる。極性無電荷側鎖を有するアミノ酸としては、セリン(Ser;S)、スレオニン(Thr;T)、グルタミン(Gln;Q)及びアスパラギン(Asn;N)が挙げられる。疎水性側鎖を有するアミノ酸としては、アラニン(Ala;A)、イソロイシン(Ile;I)、ロイシン(Leu;L)、メチオニン(Met;M)、フェニルアラニン(Phe;F)、バリン(Val;V)、トリプトファン(Trp;W)、チロシン(Tyr;Y)が挙げられる。トリプトファン(Trp;W)、チロシン(Tyr;Y)及びメチオニン(Met;M)はまた、これらのアミノ酸がタンパク質または脂質膜の表面で見られることが多いという点で、極性及び/または両親媒性として分類される場合がある。さらなるアミノ酸としては、システイン(Cys;C)、セレノシステイン(Sec;U)、グリシン(Gly;G)、及びプロリン(Pro;P)が挙げられる。
本発明で使用される場合、「位に相当する」は、特定のアミノ酸残基、例えばポリヌクレオチド中の特定のアミノ酸位置、または特定の核酸、例えばポリペプチド中の特定の核酸位置を特定する手段として使用される。位置は、関心の配列を参照配列と適切に整列させることによって判断することができる。当業者であれば、相対位置を判断するために配列を整列する方法を容易に理解されるであろう。例えば、種々の整列ツールがオンラインで入手可能であり、限定はされないが、www.ebi.ac.ukで入手可能な「Clustal Omega Multiple Sequence Alignment」がある(最終訪問日:2019年5月25日)。
「遺伝子組換えされた」または「操作された」という用語は、細胞のゲノムを改変する方法を指し、該方法は、限定はされないが、コード領域もしくは非コード領域またはその一部を削除すること、あるいはコード領域またはその一部を挿入することを含む。いくつかの態様において、改変された細胞は、リンパ球、例えばT細胞、またはCD4を発現している改変された細胞であり、これは、患者またはドナーから得ることができる。細胞は、例えば、細胞のゲノムに組み込まれる、本明細書にて開示されるT細胞受容体(TCR)などの外因性構築物を発現するように改変され得る。いくつかの態様において、細胞は、CD4を発現するように改変される。
「免疫応答」とは、免疫系の細胞(例えば、Tリンパ球、Bリンパ球、ナチュラルキラー(NK)細胞、マクロファージ、好酸球、肥満細胞、樹状細胞及び好中球)の作用、ならびに任意のこれらの細胞または肝臓によって産生される可溶性高分子(抗体(Ab)、サイトカイン、及び補体を含む)であって、脊椎動物の体内からの侵入する病原体の排除、及び/または病原体に感染した細胞または組織、がん細胞または他の異常な細胞、あるいは自己免疫または病理学的炎症の場合、正常なヒトの細胞または組織に対して、選択的標的化、結合、損傷、破壊を生じるものを指す。
「免疫療法」という用語は、免疫応答を誘導、増強、抑制、または他の方法で改変することを含む方法による、疾患に罹患しているか、または疾患に罹患もしくは再発するリスクがある対象の治療を指す。免疫療法の例としては、限定するものではないが、T細胞療法が挙げられる。T細胞療法には、養子T細胞療法、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)免疫療法、自己細胞療法、操作された自己細胞療法(eACT)、及び同種異系T細胞移植が挙げられる。
本明細書に記載の免疫療法で使用される細胞は、当技術分野で公知の供給源に由来し得る。例えば、T細胞は、造血幹細胞集団からインビトロで分化されてもよく、またはT細胞は、対象から得てもよい。T細胞は、例えば、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来の組織、腹水、胸水、脾臓組織、及び腫瘍から得られ得る。さらに、T細胞は、当技術分野で入手可能な1つ以上のT細胞株から得ることができる。T細胞はまた、FICOLL(商標)分離及び/またはアフェレーシスなど、当業者に公知の任意の数の技法を使用して対象から採取された血液のユニットから得ることができる。T細胞療法のためにT細胞を単離する追加の方法は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許公開第2013/0287748号にて開示されている。免疫療法はまた、改変された細胞を対象に投与することを含み得、ここで、この改変された細胞は、本明細書にて開示されるCD4及びTCRを発現する。いくつかの態様において、改変された細胞は、T細胞ではない。
本明細書で使用される「患者」としては、がん(例えば、リンパ腫または白血病)に罹患している任意のヒトが挙げられる。「対象」及び「患者」という用語は、本明細書では交換可能に使用される。
「ペプチド」、「ポリペプチド」、及び「タンパク質」という用語は同じ意味で用いられ、ペプチド結合によって共有結合されたアミノ酸残基から構成される化合物を指す。タンパク質またはペプチドには少なくとも2つのアミノ酸が含まれている必要があり、タンパク質またはペプチドの配列を含み得るアミノ酸の最大数に制限はない。ポリペプチドとしては、ペプチド結合によって互いに結合された2つ以上のアミノ酸を含む任意のペプチドまたはタンパク質が挙げられる。本明細書で使用される場合、この用語は、例えば、当技術分野で一般にペプチド、オリゴペプチド及びオリゴマーとも呼ばれる短鎖、ならびに多くの種類がある、当技術分野で一般にタンパク質と呼ばれるより長い鎖の両方を指す。「ポリペプチド」としては、例えば、とりわけ、生物学的に活性なフラグメント、実質的に相同なポリペプチド、オリゴペプチド、ホモ二量体、ヘテロ二量体、ポリペプチドのバリアント、改変ポリペプチド、誘導体、類似体、融合タンパク質が挙げられる。このポリペプチドとしては、天然ペプチド、組換えペプチド、合成ペプチド、またはそれらの組み合わせが挙げられる。
本明細書で使用される「刺激」とは、シグナル伝達事象を媒介する、刺激分子とその同族リガンドとの結合によって誘導される一次応答を指す。「刺激分子」は、T細胞上の分子、例えば、T細胞受容体(TCR)/CD4複合体であり、抗原提示細胞上に存在する同族の刺激リガンドと特異的に結合する。「刺激リガンド」とは、抗原提示細胞(例えば、aAPC、樹状細胞、B細胞など)上に存在する場合、T細胞上の刺激分子と特異的に結合し、それによって、活性化、免疫応答の開始、増殖などを含むがこれらに限定されない、T細胞による一次応答を媒介するリガンドである。刺激リガンドとしては、ペプチド、抗CD4抗体、抗CD28抗体、抗CD2抗体、及び抗CD3抗体が乗っているMHCクラスII分子が挙げられるが、これらに限定されない。
対象の「治療」または「治療すること」とは、症状、合併症もしくは病態、または疾患に関連する生化学的兆候の発症、進行、発達、症状の重症度もしくは再発を逆転、緩和、改善、阻害、減速、または予防する目的で、対象に対して行われる任意の種類の介入もしくはプロセス、または対象に対する活性剤の投与を指す。一態様において、「治療」または「治療すること」とは、部分的な寛解を含む。別の態様では、「治療」または「治療すること」とは、完全寛解を含む。
選択肢(例えば、「または」)の使用は、選択肢の一方、両方またはその任意の組み合わせのいずれかを意味することを理解されたい。本発明で使用される場合、不定冠詞「a」または「an」は、列挙または示した構成要素のうち「1つ以上」を指すと理解されるべきである。
「約」または「本質的に含む」という用語は、当業者によって決定される特定の値または組成物の許容誤差範囲内にある値または組成物を指し、これは、部分的には、値または組成がどのように測定または決定されるか、すなわち、測定システムの限界に依存する。例えば、「約」または「本質的に含む」とは、当技術分野における実践ごとに1標準偏差以内または1標準偏差を超えることを意味し得る。あるいは、「約」または「本質的に含む」とは、最大10%(すなわち、±10%)の範囲を意味し得る。例えば、約3mgは、2.7mgから3.3mg(10%の場合)の間の任意の数を含み得る。さらに、特に生物学的システムまたはプロセスに関して、この用語は、最大1桁または最大5倍の値を意味し得る。特定の値または組成物が本出願及び特許請求の範囲で提供される場合、特に明記しない限り、「約」または「本質的に含む」の意味は、その特定の値または組成物の許容誤差範囲内にあると想定されるべきである。
本明細書に記載のとおり、任意の濃度範囲、パーセンテージ範囲、比率範囲または整数範囲は、特に指定しない限り、列挙される範囲内の任意の整数の値を含み、必要に応じて、その分数(整数の1/10及び1/100など)を含むものと理解されるべきである。
本発明の種々の態様については、以下のサブセクションにてさらに詳細に説明する。
II. 本開示の組成物
本開示は、CD4結合が強化されたHLAクラスII分子に関する。本開示のある特定の態様は、ベータ鎖を含むHLAクラスII分子に関し、ここで、ベータ鎖は1つ以上の変異を含む。ある特定の態様において、ベータ鎖の1つ以上の変異は、CD4に対するベータ鎖の親和性を強化する。ある特定の態様において、ベータ鎖は、HLA-DQ(「DQ」)ベータ鎖である。
II.A. MHCクラスII分子
ヒト白血球抗原(HLA)系(ヒトの主要組織適合遺伝子複合体[MHC])は、免疫系の重要な部分であり、第6染色体上の遺伝子によって制御される。これは、抗原ペプチドをT細胞上のT細胞受容体(TCR)に提示することに特化した細胞表面分子をコードしている。(Immune Systemの概要を参照されたい)。抗原(Ag)を提示するMHC分子は、クラスIMHC分子及びクラスIIMHC分子の2つの主要なクラスに分類される。
クラスIIMHC分子は、プロフェッショナル抗原提示細胞(APC)の表面上で膜貫通糖タンパク質として存在する。無傷クラスII分子は、アルファ鎖及びベータ鎖で構成されている。HLA複合体の3つの遺伝子座は、HLA-DP、HLA-DQ及びHLA-DRのMHCクラスIIタンパク質をコードする。CD4分子を発現するT細胞は、クラスIIMHC分子と反応する。これらのリンパ球は、多くの場合、エフェクター機能及びヘルパー機能を有し、応答を活性化して、細胞内の病原体に感染した自己細胞を排除するか、細胞外寄生生物を破壊し、かつCD8T細胞などの他のT細胞を助ける。プロフェッショナルAPCのみがクラスIIMHC分子を発現するので、これらの細胞のみが、CD4 T細胞に対して抗原を提示する(CD4は、MHCクラスII分子のアルファ鎖及びベータ鎖の、それぞれアルファ2ドメイン及びベータ2ドメインの非多形性部分に結合する)。
いくつかの態様において、HLAクラスIIのアルファ鎖及びベータ鎖は、HLA-DP、HLA-DQ、及びHLA-DR対立遺伝子から選択される。ある特定の態様において、HLAクラスIIベータ鎖は、HLA-DQ対立遺伝子である。ある特定の態様において、HLAクラスIIアルファ鎖は、HLA-DQ対立遺伝子である。
多くのHLA-DQ対立遺伝子が当技術分野において既知であり、任意の既知の対立遺伝子を本開示で使用することができる。HLA-DQアルファ鎖及びベータ鎖対立遺伝子の例を、表1に示す。HLA対立遺伝子の更新されたリストは、hla.alleles.org/で入手可能である(最終訪問日:2019年7月10日)。
II.A.1. MHCクラスIIベータ鎖
ある特定の態様において、HLAクラスII分子は、DQベータ鎖を含み、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸を含む。ロイシン以外の任意のアミノ酸が、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、ロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、バリンである。ある特定の態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。ある特定の態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの実施形態では、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、2つ以上のアミノ酸、例えば、2つのアミノ酸、3つのアミノ酸、4つのアミノ酸、5つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、2つ以上のアミノ酸のうち少なくとも1つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、または少なくとも5つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
ある特定の態様において、HLAクラスII分子は、DQベータ鎖を含み、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。バリン以外の任意のアミノ酸が、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、バリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、イソロイシンである。ある特定の態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、ロイシンである。ある特定の態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、2つ以上のアミノ酸、例えば、2つのアミノ酸、3つのアミノ酸、4つのアミノ酸、5つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、2つ以上のアミノ酸のうち少なくとも1つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、または少なくとも5つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
ある特定の態様において、HLAクラスII分子は、DQベータ鎖を含み、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸を含む。アスパラギン以外の任意のアミノ酸が、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、アスパラギン以外のアミノ酸は、極性無電荷側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、セリンである。ある特定の態様において、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、スレオニンである。ある特定の態様において、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、2つ以上のアミノ酸、例えば、2つのアミノ酸、3つのアミノ酸、4つのアミノ酸、5つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、2つ以上のアミノ酸のうち少なくとも1つは、極性無電荷側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、または少なくとも5つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、極性無電荷側鎖を含む。
ある特定の態様において、HLAクラスII分子は、DQベータ鎖を含み、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸を含む。イソロイシン以外の任意のアミノ酸が、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、イソロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、アラニンである。ある特定の態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、バリンである。ある特定の態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、ロイシンである。ある特定の態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、メチオニンである。ある特定の態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、フェニルアラニンである。ある特定の態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、チロシンである。ある特定の態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである。
いくつかの態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、2つ以上のアミノ酸、例えば、2つのアミノ酸、3つのアミノ酸、4つのアミノ酸、5つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、2つ以上のアミノ酸のうち少なくとも1つは、疎水性側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、または少なくとも5つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含む。
ある特定の態様において、HLAクラスII分子は、DQベータ鎖を含み、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸を含む。セリン以外の任意のアミノ酸が、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、セリン以外のアミノ酸は、帯電した側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニンである。ある特定の態様において、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、ヒスチジンである。ある特定の態様において、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、リシンである。
いくつかの態様において、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、2つ以上のアミノ酸、例えば、2つのアミノ酸、3つのアミノ酸、4つのアミノ酸、5つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、2つ以上のアミノ酸のうち少なくとも1つは、帯電した側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、または少なくとも5つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、帯電した側鎖を含む。
ある特定の態様において、HLAクラスII分子は、DQベータ鎖を含み、ここで、該DQベータ鎖は、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸を含む。プロリン以外の任意のアミノ酸が、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基に存在してもよい。いくつかの態様において、プロリン以外のアミノ酸は、極性無電荷側鎖を含むアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、アスパラギン、及びグルタミンから選択されるアミノ酸である。ある特定の態様において、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、セリンである。ある特定の態様において、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、スレオニンである。ある特定の態様において、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、アスパラギンである。ある特定の態様において、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
いくつかの態様において、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、2つ以上のアミノ酸、例えば、2つのアミノ酸、3つのアミノ酸、4つのアミノ酸、5つのアミノ酸またそれ以上で構成される。いくつかの態様において、2つ以上のアミノ酸のうち少なくとも1つは、極性無電荷側鎖を含む。ある特定の態様において、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、例えば少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、または少なくとも5つなど、一連のアミノ酸で構成され、ここで、一連のアミノ酸のそれぞれは、極性無電荷側鎖を含む。
本開示のある特定の態様において、MHCクラスII分子は、野生型DQベータ鎖と比較して2つ以上の置換変異を含むDQベータ鎖を含む。ある特定の態様において、DQベータ鎖は、野生型DQベータ鎖と比較して、少なくとも2つの変異、少なくとも3つの変異、少なくとも4つの変異、少なくとも5つの変異、少なくとも6つの変異、少なくとも7つの変異、少なくとも8つの変異、少なくとも9つの変異、または少なくとも10個の変異を含む。
ある特定の態様において、DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、及び配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む。ある特定の態様において、DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、ならびに、(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸のうち少なくとも3つを含む。
いくつかの態様において、DQベータ鎖は、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸、(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸、(iii)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、(iv)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、(v)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び(vi)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸を含む。
いくつかの態様において、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸、(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸、または配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸及び配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸のそれぞれは、疎水性側鎖を含むアミノ酸である。
いくつかの態様において、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、(iii)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択され、(iv)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、(v)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択され、(vi)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、アスパラギン及びグルタミンから選択される。
いくつかの態様において、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンであり、(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される。いくつかの態様において、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択され、かつ(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。いくつかの態様において、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンであり、かつ(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである。いくつかの態様において、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンであり、(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンであり、(iii)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、グルタミンであり、(iv)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、バリンであり、(v)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、ヒスチジンであり、かつ(vi)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、グルタミンである。
ある特定の態様において、本明細書に記載のDQベータ鎖は、参照HLAクラスII分子と比較してCD4タンパク質に対する親和性が高い。いくつかの態様において、参照HLAクラスII分子は、野生型DQベータ鎖を有するHLAクラスII分子である。いくつかの態様において、参照HLAクラスII分子は、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン、及び/または(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリンを含むDQベータ鎖を有するHLAクラスII分子である。いくつかの態様において、参照HLAクラスII分子は、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン、(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリン、(iii)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン、(iv)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン、(v)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン、(vi)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリンを含むDQベータ鎖を有するHLAクラスII分子である。
いくつかの態様において、CD4に対して強化された親和性は、参照HLAクラスII分子のCD4に対する親和性よりも、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約9倍、少なくとも約10倍、少なくとも約15倍、少なくとも約20倍、少なくとも約25倍、少なくとも約30倍、少なくとも約35倍、少なくとも約40倍、少なくとも約45倍、少なくとも約50倍、少なくとも約75倍、少なくとも約100倍、少なくとも約200倍、少なくとも約300倍、少なくとも約400倍、少なくとも約500倍、少なくとも約1000倍、少なくとも約1500倍、少なくとも約2000倍、少なくとも約2500倍、少なくとも約3000倍、少なくとも約3500倍、少なくとも約4000倍、少なくとも約4500倍、または少なくとも約4000倍超高い。
いくつかの態様において、CD4に対して強化された親和性は、参照HLAクラスII分子のCD4に対する親和性よりも、少なくとも約1.5倍~少なくとも約5000倍、1.5倍~少なくとも約4000倍、1.5倍~少なくとも約3000倍、1.5倍~少なくとも約2000倍、1.5倍~少なくとも約1000倍、10倍~少なくとも約5000倍、10倍~少なくとも約4000倍、10倍~少なくとも約3000倍、10倍~少なくとも約2000倍、10倍~少なくとも約1000倍、10倍~少なくとも約900倍、10倍~少なくとも約800倍、10倍~少なくとも約700倍、10倍~少なくとも約600倍、10倍~少なくとも約500倍、10倍~少なくとも約400倍、10倍~少なくとも約300倍、10倍~少なくとも約200倍、10倍~少なくとも約100倍、100倍~少なくとも約5000倍、100倍~少なくとも約4000倍、100倍~少なくとも約3000倍、100倍~少なくとも約2000倍、100倍~少なくとも約1000倍、100倍~少なくとも約900倍、100倍~少なくとも約800倍、100倍~少なくとも約700倍、100倍~少なくとも約600倍、100倍~少なくとも約500倍、100倍~少なくとも約400倍、100倍~少なくとも約300倍、または100倍~少なくとも約200倍超高い。
ある特定の態様において、DQベータ鎖は、HLA-DQB1*02、HLA-DQB1*03、HLA-DQB1*04、HLA-DQB1*05、及びHLA-DQB1*06対立遺伝子から選択される対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、DQベータ鎖は、HLA-DQB1*05対立遺伝子を含む。特定の態様において、DQベータ鎖は、HLA-DQB1*05:01対立遺伝子を含む。
ある特定の態様において、DQベータ鎖は、DQB1*02:01:01、DQB1*02:01:02、DQB1*02:01:03、DQB1*02:01:04、DQB1*02:01:05、DQB1*02:01:06、DQB1*02:01:07、DQB1*02:01:08、DQB1*02:01:09、DQB1*02:01:10、DQB1*02:01:11、DQB1*02:01:12、DQB1*02:01:13、DQB1*02:01:14、DQB1*02:01:15、DQB1*02:01:16、DQB1*02:01:17、DQB1*02:01:18、DQB1*02:01:19、DQB1*02:01:20、DQB1*02:01:21、DQB1*02:01:22、DQB1*02:01:23、DQB1*02:01:24、DQB1*02:01:25、DQB1*02:01:26、DQB1*02:01:27、DQB1*02:01:28、DQB1*02:01:29、DQB1*02:01:30、DQB1*02:01:31、DQB1*02:02:01:01、DQB1*02:02:01:02、DQB1*02:02:01:03、DQB1*02:02:01:04、DQB1*02:02:02、DQB1*02:02:03、DQB1*02:02:04、DQB1*02:02:05、DQB1*02:02:06、DQB1*02:02:07、DQB1*02:02:08、DQB1*02:02:09、DQB1*02:03:01、DQB1*02:03:02、DQB1*02:04、DQB1*02:05、DQB1*02:06、DQB1*02:07:01、DQB1*02:07:02、DQB1*02:08、DQB1*02:09、DQB1*02:10、DQB1*02:100、DQB1*02:101、DQB1*02:102、DQB1*02:103、DQB1*02:104、DQB1*02:105、DQB1*02:106、DQB1*02:107、DQB1*02:108、DQB1*02:109、DQB1*02:11、DQB1*02:110、DQB1*02:111、DQB1*02:112、DQB1*02:113、DQB1*02:114、DQB1*02:115、DQB1*02:116、DQB1*02:117、DQB1*02:118、DQB1*02:119、DQB1*02:12、DQB1*02:120、DQB1*02:121、DQB1*02:122、DQB1*02:123、DQB1*02:124、DQB1*02:125、DQB1*02:126、DQB1*02:127、DQB1*02:128、DQB1*02:129N、DQB1*02:13、DQB1*02:130、DQB1*02:131、DQB1*02:132N、DQB1*02:133、DQB1*02:134N、DQB1*02:135、DQB1*02:136、DQB1*02:137、DQB1*02:138、DQB1*02:139、DQB1*02:140、DQB1*02:141、DQB1*02:142、DQB1*02:14:01、DQB1*02:14:02、DQB1*02:15、DQB1*02:16、DQB1*02:17、DQB1*02:18N、DQB1*02:19、DQB1*02:20N、DQB1*02:21、DQB1*02:22、DQB1*02:23、DQB1*02:24、DQB1*02:25、DQB1*02:26、DQB1*02:27、DQB1*02:28、DQB1*02:29、DQB1*02:30、DQB1*02:31、DQB1*02:32、DQB1*02:33、DQB1*02:34、DQB1*02:35、DQB1*02:36、DQB1*02:37、DQB1*02:38、DQB1*02:39、DQB1*02:40、DQB1*02:41、DQB1*02:42、DQB1*02:43、DQB1*02:44、DQB1*02:45、DQB1*02:46、DQB1*02:47、DQB1*02:48、DQB1*02:49、DQB1*02:50、DQB1*02:51、DQB1*02:52、DQB1*02:53Q、DQB1*02:54、DQB1*02:55、DQB1*02:56、DQB1*02:57、DQB1*02:58N、DQB1*02:59、DQB1*02:60、DQB1*02:61、DQB1*02:62、DQB1*02:63、DQB1*02:64、DQB1*02:65、DQB1*02:66、DQB1*02:67NX、DQB1*02:68、DQB1*02:69、DQB1*02:70、DQB1*02:71、DQB1*02:72、DQB1*02:73、DQB1*02:74、DQB1*02:75、DQB1*02:76、DQB1*02:77、DQB1*02:78、DQB1*02:79、DQB1*02:80、DQB1*02:81、DQB1*02:82、DQB1*02:83、DQB1*02:84、DQB1*02:85、DQB1*02:86、DQB1*02:87、DQB1*02:88、DQB1*02:89:01、DQB1*02:89:02、DQB1*02:90、DQB1*02:91、DQB1*02:92、DQB1*02:93、DQB1*02:94、DQB1*02:95、DQB1*02:96N、DQB1*02:97、DQB1*02:98、DQB1*02:99、DQB1*03:01:01:01、DQB1*03:01:01:02、DQB1*03:01:01:03、DQB1*03:01:01:04、DQB1*03:01:01:05、DQB1*03:01:01:06、DQB1*03:01:01:07、DQB1*03:01:01:08、DQB1*03:01:01:09、DQB1*03:01:01:10、DQB1*03:01:01:11、DQB1*03:01:01:12、DQB1*03:01:01:14、DQB1*03:01:01:15、DQB1*03:01:01:16、DQB1*03:01:01:17、DQB1*03:01:01:18、DQB1*03:01:01:19、DQB1*03:01:01:20、DQB1*03:01:02、DQB1*03:01:03、DQB1*03:01:04、DQB1*03:01:05、DQB1*03:01:06、DQB1*03:01:07、DQB1*03:01:08、DQB1*03:01:09、DQB1*03:01:10、DQB1*03:01:11、DQB1*03:01:12、DQB1*03:01:13、DQB1*03:01:14、DQB1*03:01:15、DQB1*03:01:16、DQB1*03:01:17、DQB1*03:01:18、DQB1*03:01:19、DQB1*03:01:20、DQB1*03:01:21、DQB1*03:01:22、DQB1*03:01:23、DQB1*03:01:24、DQB1*03:01:25、DQB1*03:01:26、DQB1*03:01:27、DQB1*03:01:28、DQB1*03:01:29、DQB1*03:01:30、DQB1*03:01:31、DQB1*03:01:32、DQB1*03:01:33、DQB1*03:01:34、DQB1*03:01:35、DQB1*03:01:36、DQB1*03:01:37、DQB1*03:01:38、DQB1*03:01:39、DQB1*03:01:40、DQB1*03:01:41、DQB1*03:01:42、DQB1*03:01:43、DQB1*03:01:44、DQB1*03:01:45、DQB1*03:01:46、DQB1*03:02:01:01、DQB1*03:02:01:02、DQB1*03:02:01:03、DQB1*03:02:01:04、DQB1*03:02:01:05、DQB1*03:02:01:06、DQB1*03:02:01:07、DQB1*03:02:01:08、DQB1*03:02:02、DQB1*03:02:03、DQB1*03:02:04、DQB1*03:02:05、DQB1*03:02:06、DQB1*03:02:07、DQB1*03:02:08、DQB1*03:02:09、DQB1*03:02:10、DQB1*03:02:11、DQB1*03:02:12、DQB1*03:02:13、DQB1*03:02:14、DQB1*03:02:15、DQB1*03:02:16、DQB1*03:02:17、DQB1*03:02:18、DQB1*03:02:19、DQB1*03:02:20、DQB1*03:02:21、DQB1*03:02:22、DQB1*03:02:23、DQB1*03:02:24、DQB1*03:02:25、DQB1*03:02:26、DQB1*03:02:27、DQB1*03:02:28、DQB1*03:02:29、DQB1*03:02:30、DQB1*03:03:02:01、DQB1*03:03:02:02、DQB1*03:03:02:03、DQB1*03:03:02:04、DQB1*03:03:02:05、DQB1*03:03:03、DQB1*03:03:04、DQB1*03:03:05、DQB1*03:03:06、DQB1*03:03:07、DQB1*03:03:08、DQB1*03:03:09、DQB1*03:03:10、DQB1*03:03:11、DQB1*03:03:12、DQB1*03:03:13、DQB1*03:03:14、DQB1*03:03:15、DQB1*03:03:16、DQB1*03:03:17、DQB1*03:03:18、DQB1*03:03:19、DQB1*03:03:20、DQB1*03:03:21、DQB1*03:04:01、DQB1*03:04:02、DQB1*03:04:03、DQB1*03:04:04、DQB1*03:05:01、DQB1*03:05:02、DQB1*03:05:03、DQB1*03:05:04、DQB1*03:06、DQB1*03:07、DQB1*03:08、DQB1*03:09、DQB1*03:100、DQB1*03:101、DQB1*03:102、DQB1*03:103、DQB1*03:104、DQB1*03:105、DQB1*03:106、DQB1*03:107、DQB1*03:108、DQB1*03:109、DQB1*03:10:01、DQB1*03:10:02:01、DQB1*03:10:02:02、DQB1*03:11、DQB1*03:110、DQB1*03:111、DQB1*03:112、DQB1*03:113、DQB1*03:114、DQB1*03:115、DQB1*03:116、DQB1*03:117、DQB1*03:118N、DQB1*03:119、DQB1*03:12、DQB1*03:120、DQB1*03:121、DQB1*03:122、DQB1*03:123、DQB1*03:124、DQB1*03:125、DQB1*03:126、DQB1*03:127、DQB1*03:128、DQB1*03:129、DQB1*03:13、DQB1*03:130、DQB1*03:131、DQB1*03:132、DQB1*03:133、DQB1*03:134、DQB1*03:135、DQB1*03:136、DQB1*03:137、DQB1*03:138、DQB1*03:139、DQB1*03:140、DQB1*03:141、DQB1*03:142、DQB1*03:143、DQB1*03:144、DQB1*03:145、DQB1*03:146、DQB1*03:147、DQB1*03:148、DQB1*03:149、DQB1*03:14:01、DQB1*03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:09:02、DQB1*06:09:03、DQB1*06:09:04、DQB1*06:09:05、DQB1*06:09:06、DQB1*06:09:07、DQB1*06:09:08、DQB1*06:09:09、DQB1*06:09:10、DQB1*06:10、DQB1*06:100、DQB1*06:101、DQB1*06:102N、DQB1*06:103、DQB1*06:104、DQB1*06:105、DQB1*06:106、DQB1*06:107、DQB1*06:108、DQB1*06:109、DQB1*06:110、DQB1*06:111、DQB1*06:112N、DQB1*06:113、DQB1*06:114、DQB1*06:115、DQB1*06:116、DQB1*06:117、DQB1*06:118:01、DQB1*06:118:02、DQB1*06:118:03、DQB1*06:119、DQB1*06:11:01、DQB1*06:11:02、DQB1*06:11:03、DQB1*06:11:04、DQB1*06:12、DQB1*06:120、DQB1*06:121、DQB1*06:122、DQB1*06:123、DQB1*06:124、DQB1*06:125、DQB1*06:126、DQB1*06:127、DQB1*06:128、DQB1*06:129、DQB1*06:130、DQB1*06:131、DQB1*06:132、DQB1*06:133、DQB1*06:134、DQB1*06:135、DQB1*06:136、DQB1*06:137、DQB1*06:138、DQB1*06:139、DQB1*06:13:01、DQB1*06:13:02、DQB1*06:13:03、DQB1*06:140、DQB1*06:141、DQB1*06:142、DQB1*06:143、DQB1*06:144N、DQB1*06:145、DQB1*06:146:01、DQB1*06:146:02、DQB1*06:147、DQB1*06:148、DQB1*06:149、DQB1*06:14:01、DQB1*06:14:02、DQB1*06:14:03、DQB1*06:150、DQB1*06:151、DQB1*06:152、DQB1*06:153:01、DQB1*06:153:02、DQB1*06:154、DQB1*06:155、DQB1*06:156、DQB1*06:157、DQB1*06:158N、DQB1*06:159、DQB1*06:15:01、DQB1*06:15:02、DQB1*06:16、DQB1*06:160、DQB1*06:161、DQB1*06:162、DQB1*06:163、DQB1*06:164、DQB1*06:165、DQB1*06:166、DQB1*06:167、DQB1*06:168、DQB1*06:169、DQB1*06:17、DQB1*06:170、DQB1*06:171、DQB1*06:172、DQB1*06:173、DQB1*06:174、DQB1*06:175、DQB1*06:176、DQB1*06:177、DQB1*06:178、DQB1*06:179N、DQB1*06:180、DQB1*06:181、DQB1*06:182、DQB1*06:183、DQB1*06:184、DQB1*06:185、DQB1*06:186、DQB1*06:187、DQB1*06:188、DQB1*06:189、DQB1*06:18:01、DQB1*06:18:02、DQB1*06:190:01、DQB1*06:190:02、DQB1*06:191、DQB1*06:192、DQB1*06:193N、DQB1*06:194、DQB1*06:195、DQB1*06:196、DQB1*06:197、DQB1*06:198、DQB1*06:199、DQB1*06:19:01、DQB1*06:19:02、DQB1*06:20、DQB1*06:200、DQB1*06:201、DQB1*06:202、DQB1*06:203、DQB1*06:204、DQB1*06:205、DQB1*06:206:01、DQB1*06:206:02、DQB1*06:207、DQB1*06:208、DQB1*06:209、DQB1*06:21、DQB1*06:210、DQB1*06:211、DQB1*06:212、DQB1*06:213、DQB1*06:214、DQB1*06:215、DQB1*06:216N、DQB1*06:217、DQB1*06:218、DQB1*06:219、DQB1*06:221、DQB1*06:222、DQB1*06:223、DQB1*06:224、DQB1*06:225、DQB1*06:226、DQB1*06:227、DQB1*06:228、DQB1*06:229、DQB1*06:22:01、DQB1*06:22:02、DQB1*06:22:03、DQB1*06:23、DQB1*06:230、DQB1*06:231、DQB1*06:232、DQB1*06:233、DQB1*06:234、DQB1*06:235、DQB1*06:236、DQB1*06:237、DQB1*06:238、DQB1*06:239、DQB1*06:24、DQB1*06:240、DQB1*06:241、DQB1*06:242、DQB1*06:243、DQB1*06:244、DQB1*06:245、DQB1*06:246、DQB1*06:247、DQB1*06:248、DQB1*06:249、DQB1*06:25、DQB1*06:250、DQB1*06:251、DQB1*06:252N、DQB1*06:253、DQB1*06:254、DQB1*06:255、DQB1*06:256、DQB1*06:257、DQB1*06:258、DQB1*06:259、DQB1*06:260、DQB1*06:261、DQB1*06:262、DQB1*06:263、DQB1*06:264、DQB1*06:265、DQB1*06:266、DQB1*06:267、DQB1*06:268、DQB1*06:269、DQB1*06:26N、DQB1*06:270:01、DQB1*06:270:02、DQB1*06:271、DQB1*06:272、DQB1*06:273、DQB1*06:274、DQB1*06:275、DQB1*06:276、DQB1*06:277、DQB1*06:278、DQB1*06:279、DQB1*06:27:01、DQB1*06:27:02、DQB1*06:28、DQB1*06:280、DQB1*06:281、DQB1*06:282、DQB1*06:283、DQB1*06:284、DQB1*06:285、DQB1*06:286、DQB1*06:287、DQB1*06:288、DQB1*06:289、DQB1*06:29、DQB1*06:290、DQB1*06:291、DQB1*06:292、DQB1*06:293、DQB1*06:294、DQB1*06:295、DQB1*06:296、DQB1*06:297、DQB1*06:298、DQB1*06:299、DQB1*06:30、DQB1*06:300、DQB1*06:301、DQB1*06:302、DQB1*06:303N、DQB1*06:304N、DQB1*06:305、DQB1*06:306N、DQB1*06:307、DQB1*06:308N、DQB1*06:309、DQB1*06:31、DQB1*06:310、DQB1*06:311、DQB1*06:312、DQB1*06:313、DQB1*06:314、DQB1*06:315、DQB1*06:316、DQB1*06:317N、DQB1*06:318、DQB1*06:319、DQB1*06:320、DQB1*06:321、DQB1*06:322、DQB1*06:323、DQB1*06:324、DQB1*06:325、DQB1*06:326、DQB1*06:32:01、DQB1*06:32:02、DQB1*06:33、DQB1*06:34、DQB1*06:35、DQB1*06:36、DQB1*06:37、DQB1*06:38、DQB1*06:39、DQB1*06:40、DQB1*06:41、DQB1*06:42、DQB1*06:43、DQB1*06:44、DQB1*06:45、DQB1*06:46、DQB1*06:47、DQB1*06:48:01、DQB1*06:48:02、DQB1*06:49、DQB1*06:50、DQB1*06:51:01、DQB1*06:51:02、DQB1*06:52、DQB1*06:53:01、DQB1*06:53:02、DQB1*06:54N、DQB1*06:55、DQB1*06:56、DQB1*06:57、DQB1*06:58、DQB1*06:59、DQB1*06:60、DQB1*06:61、DQB1*06:62、DQB1*06:63、DQB1*06:64、DQB1*06:65、DQB1*06:66、DQB1*06:67、DQB1*06:68、DQB1*06:69:01、DQB1*06:69:02、DQB1*06:70、DQB1*06:71、DQB1*06:72、DQB1*06:73、DQB1*06:74、DQB1*06:75NX、DQB1*06:76、DQB1*06:77N、DQB1*06:78、DQB1*06:79:01、DQB1*06:79:02、DQB1*06:80、DQB1*06:81、DQB1*06:82、DQB1*06:83、DQB1*06:84、DQB1*06:85、DQB1*06:86、DQB1*06:87、DQB1*06:88、DQB1*06:89、DQB1*06:90、DQB1*06:91、DQB1*06:92:01、DQB1*06:92:02、DQB1*06:93、DQB1*06:94、DQB1*06:95、DQB1*06:96:01、DQB1*06:96:02、DQB1*06:97、DQB1*06:98、DQB1*06:99:01、DQB1*06:99:02、及びこれらの任意の組み合わせから選択される対立遺伝子を含む。
ある特定の態様において、MHCクラスII分子は、配列番号3に対して少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むDQベータ鎖を含み、ここで、DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファンを含み、かつDQベータ鎖は、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む。ある特定の態様において、MHCクラスII分子は、配列番号3に対して少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、または約100%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むDQベータ鎖を含み、ここで、DQベータ鎖は、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、(iii)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、(iv)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にバリン、(v)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び(vi)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にグルタミンを含む。ある特定の態様において、MHCクラスII分子は、配列番号3に記載されているアミノ酸配列を含むDQベータ鎖を含む。
II.A.2. MHCクラスIIアルファ鎖
本開示のいくつかの態様において、MHCクラスII分子は、アルファ鎖をさらに含む。いくつかの態様において、アルファ鎖は、野生型アルファ鎖である。いくつかの態様において、アルファ鎖は、DQアルファ鎖である。任意のDQアルファ鎖が、本開示の組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、DQアルファ鎖は、HLA-DQA1*01、HLA-DQA1*02、HLA-DQA1*03、HLA-DQA1*04、HLA-DQA1*05またはHLA-DQA1*06対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、DQアルファ鎖は、HLA-DQA1*01対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、DQアルファ鎖は、HLA-DQA1*02対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、DQアルファ鎖は、HLA-DQA1*03対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、DQアルファ鎖は、HLA-DQA1*04対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、DQアルファ鎖は、HLA-DQA1*05対立遺伝子を含む。ある特定の態様において、DQアルファ鎖は、HLA-DQA1*06対立遺伝子を含む。
ある特定の態様において、DQアルファ鎖は、DQA1*01:01:01:01、DQA1*01:01:01:02、DQA1*01:01:01:03、DQA1*01:01:01:05、DQA1*01:01:01:06、DQA1*01:01:02、DQA1*01:01:03、DQA1*01:01:04、DQA1*01:01:05、DQA1*01:02:01:01、DQA1*01:02:01:02、DQA1*01:02:01:03、DQA1*01:02:01:04、DQA1*01:02:01:05、DQA1*01:02:01:06、DQA1*01:02:01:07、DQA1*01:02:01:08、DQA1*01:02:01:09、DQA1*01:02:01:10、DQA1*01:02:01:11、DQA1*01:02:01:12、DQA1*01:02:02:01、DQA1*01:02:02:02、DQA1*01:02:02:03、DQA1*01:02:02:04、DQA1*01:02:03、DQA1*01:02:04、DQA1*01:03:01:01、DQA1*01:03:01:02、DQA1*01:03:01:03、DQA1*01:03:01:04、DQA1*01:03:01:05、DQA1*01:03:01:06、DQA1*01:03:01:07、DQA1*01:03:01:08、DQA1*01:03:01:09、DQA1*01:04:01:01、DQA1*01:04:01:02、DQA1*01:04:01:03、DQA1*01:04:01:04、DQA1*01:04:02、DQA1*01:05:01、DQA1*01:05:02、DQA1*01:06、DQA1*01:07Q、DQA1*01:08、DQA1*01:09、DQA1*01:10、DQA1*01:11、DQA1*01:12、DQA1*01:13、DQA1*01:14、DQA1*01:15N、DQA1*01:16N、DQA1*01:17、DQA1*01:18、DQA1*01:19、DQA1*01:20、DQA1*01:21、DQA1*01:22、DQA1*01:23、DQA1*01:24、DQA1*01:25、DQA1*01:26、DQA1*02:01:01:01、DQA1*02:01:01:02、DQA1*02:01:02、DQA1*02:02N、DQA1*02:03、DQA1*03:01:01、DQA1*03:01:03、DQA1*03:02:01:01、DQA1*03:02:01:02、DQA1*03:03:01:01、DQA1*03:03:01:02、DQA1*03:03:01:03、DQA1*03:03:01:04、DQA1*03:03:01:05、DQA1*03:03:01:06、DQA1*03:03:01:07、DQA1*03:03:02、DQA1*03:04、DQA1*03:05、DQA1*03:06、DQA1*03:07、DQA1*04:01:01:01、DQA1*04:01:01:02、DQA1*04:01:01:03、DQA1*04:01:01:04、DQA1*04:01:01:05、DQA1*04:01:01:06、DQA1*04:01:01:07、DQA1*04:01:01:08、DQA1*04:01:02:01、DQA1*04:01:02:02、DQA1*04:01:03、DQA1*04:02、DQA1*04:03N、DQA1*04:04、DQA1*04:05、DQA1*05:01:01:01、DQA1*05:01:01:02、DQA1*05:01:01:03、DQA1*05:01:01:04、DQA1*05:01:02、DQA1*05:01:04、DQA1*05:01:05、DQA1*05:01:06、DQA1*05:02、DQA1*05:03:01:01、DQA1*05:03:01:02、DQA1*05:04、DQA1*05:05:01:01、DQA1*05:05:01:02、DQA1*05:05:01:03、DQA1*05:05:01:04、DQA1*05:05:01:05、DQA1*05:05:01:06、DQA1*05:05:01:07、DQA1*05:05:01:08、DQA1*05:05:01:09、DQA1*05:05:01:10、DQA1*05:05:01:11、DQA1*05:05:01:12、DQA1*05:05:01:13、DQA1*05:05:01:14、DQA1*05:05:01:15、DQA1*05:05:01:16、DQA1*05:05:01:17、DQA1*05:05:01:18、DQA1*05:05:01:19、DQA1*05:05:01:20、DQA1*05:06:01:01、DQA1*05:06:01:02、DQA1*05:07、DQA1*05:08、DQA1*05:09、DQA1*05:10、DQA1*05:11、DQA1*05:12、DQA1*05:13、DQA1*05:14、DQA1*05:15N、DQA1*06:01:01:01、DQA1*06:01:01:02、DQA1*06:01:01:03、DQA1*06:01:01:04、DQA1*06:01:02、DQA1*06:02、及びこれらの任意の組み合わせから選択される。
II.A.3. シグナルペプチド
いくつかの態様において、DQベータ鎖及び/またはDQアルファ鎖は、シグナルペプチドをさらに含む。当技術分野で既知の任意のシグナルペプチドが、本明細書にて開示される組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、DQベータ鎖シグナルペプチドは、DQアルファシグナルペプチドと同じである。いくつかの態様において、DQベータ鎖シグナルペプチドは、DQアルファシグナルペプチドとは異なる。
いくつかの態様において、シグナルペプチドは、ネイティブシグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するDQベータ鎖シグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するDQベータ鎖シグナルペプチドを含む。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するDQアルファ鎖シグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、天然に存在するDQアルファ鎖シグナルペプチドを含む。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、フィブロイン軽鎖(FibL)シグナルペプチドに由来する。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、配列番号9を含む。いくつかの態様において、シグナルペプチドは、合成物である。
II.A.4. 膜貫通ドメイン
いくつかの態様において、DQベータ鎖及び/またはDQアルファ鎖は、膜貫通ドメインをさらに含む。膜貫通ドメインは、任意の長さ及び任意の起源であってよい。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、少なくとも約1~少なくとも約50個のアミノ酸の長さである。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在する膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在する膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するHLA膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するHLA膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するDQベータ鎖膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するDQベータ鎖膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するDQアルファ鎖膜貫通ドメインに由来する。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、天然に存在するDQアルファ鎖膜貫通ドメインを含む。
II.A.5. ロイシンジッパー
いくつかの態様において、DQベータ鎖及び/またはDQアルファ鎖は、1つ以上のロイシンジッパー(LZip)配列をさらに含む。当技術分野で既知の任意のLZip配列が、本明細書にて開示される組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、DQベータ鎖及び/またはDQアルファ鎖は、酸性LZip(αLZip)、塩基性LZip(βLZip)、またはその両方を含む。いくつかの態様において、1つ以上のLZip配列は、天然に存在するLZip配列に由来する。いくつかの態様において、1つ以上のLZip配列は、天然に存在するLZip配列を含む。いくつかの態様において、1つ以上のLZip配列は、合成物である。ある特定の態様において、1つ以上のLZip配列は、配列番号4に記載されているLZip配列を含む(表1)。
II.A.6. リンカー
いくつかの態様において、本開示に有用なDQベータ鎖及び/またはDQアルファ鎖は、リンカーをさらに含む。当技術分野で既知の任意のリンカーが、本明細書にて開示される組成物及び方法で使用されてよい。ある特定の態様において、リンカーは、Gly/Serリンカーを含む。いくつかの態様において、リンカーは、GlySer、GlySer、GlySer、及びGlySerから選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、リンカーは、DQアルファ鎖またはDQベータ鎖の細胞外ドメインのN末端に位置する。いくつかの態様において、リンカーは、DQアルファ鎖またはDQベータ鎖の細胞外ドメインのC末端に位置する。いくつかの態様において、リンカーは、DQアルファ鎖またはDQベータ鎖の細胞外ドメインと膜貫通ドメインとの間に位置する。いくつかの態様において、リンカーは、DQアルファ鎖またはDQベータ鎖の細胞外ドメインと1つ以上のLZip配列との間に位置する。いくつかの態様において、リンカーは、DQアルファ鎖またはDQベータ鎖の細胞外ドメインとシグナルペプチドとの間に位置する。
任意の長さのリンカーが、本明細書にて開示される組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、リンカーは、少なくとも1個のアミノ酸の長さである。いくつかの態様において、リンカーは、少なくとも約1~少なくとも約100、少なくとも約1~少なくとも約90、少なくとも約1~少なくとも約80、少なくとも約1~少なくとも約70、少なくとも約1~少なくとも約60、少なくとも約1~少なくとも約50、少なくとも約1~少なくとも約40、少なくとも約1~少なくとも約30、少なくとも約1~少なくとも約20、少なくとも約1~少なくとも約15、少なくとも約1~少なくとも約14、少なくとも約1~少なくとも約13、少なくとも約1~少なくとも約12、少なくとも約1~少なくとも約11、少なくとも約1~少なくとも約10、少なくとも約1~少なくとも約9、少なくとも約1~少なくとも約8、少なくとも約1~少なくとも約7、少なくとも約1~少なくとも約6、少なくとも約1~少なくとも約5、少なくとも約1~少なくとも約4、少なくとも約1~少なくとも約3個のアミノ酸の長さである。
いくつかの態様において、リンカーは、少なくとも約1、少なくとも約2、少なくとも約3、少なくとも約4、少なくとも約5、少なくとも約6、少なくとも約7、少なくとも約8、少なくとも約9、少なくとも約10、少なくとも約11、少なくとも約12、少なくとも約13、少なくとも約14、少なくとも約15、少なくとも約20、少なくとも約30、少なくとも約40、少なくとも約50、少なくとも約60、少なくとも約70、少なくとも約80、少なくとも約90、少なくとも約100個のアミノ酸の長さである。ある特定の態様において、リンカーは、約3個のアミノ酸の長さである。ある特定の態様において、リンカーは、約4個のアミノ酸の長さである。ある特定の態様において、リンカーは、約5個のアミノ酸の長さである。
II.B. 細胞
本開示のある特定の態様において、本開示のMHCクラスII分子は、細胞の膜に連結または結合している。ある特定の態様において、MHCクラスII分子のベータ鎖は、細胞の膜に連結または結合している。ある特定の態様において、MHCクラスII分子のアルファ鎖は、細胞の膜に連結または結合している。ある特定の態様において、MHCクラスII分子のアルファ鎖及びベータ鎖は、細胞の膜に連結または結合している。
本開示のある特定の態様は、本明細書にて開示されるMHCクラスII分子を含む細胞に関する。任意の細胞が、本明細書に記載される組成物で使用されてよい。ある特定の態様において、細胞は、哺乳動物細胞である。いくつかの態様において、細胞は、昆虫細胞である。いくつかの態様において、細胞は、健康な細胞、例えば健康な線維芽細胞に由来する。いくつかの態様において、細胞は、腫瘍細胞に由来する。本開示において有用な細胞の非限定的例としては、K562細胞、T2細胞、HEK293細胞、HEK293T細胞、A375細胞、SK-MEL-28細胞、Me275細胞、COS細胞、線維芽細胞、腫瘍細胞、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられる。ある特定の態様において、細胞は、その全体が参照により本明細書に組み込まれるHasan et al., Adv.Genet. Eng. 4(3):130 (2015)にて開示されている任意の細胞である。
ある特定の態様において、細胞は、プロフェッショナルAPCである。ある特定の態様において、細胞は、マクロファージ、B細胞、樹状細胞、またはこれらの任意の組み合わせである。
ある特定の態様において、細胞は、1つ以上のMHCクラスII対立遺伝子の内因性発現を欠いている。いくつかの態様において、細胞は、HLA-DQ対立遺伝子の内因性発現を欠いている。いくつかの態様において、細胞は、HLA-DQアルファ鎖対立遺伝子の内因性発現を欠いている。いくつかの態様において、細胞は、HLA-DQベータ鎖対立遺伝子の内因性発現を欠いている。
II.C. 可溶性MHCクラスII分子
ある特定の態様において、MHCクラスII分子は、細胞の膜に結合しておらず、例えば、MHCクラスII分子は、可溶性形態である。本発明で使用される場合、可溶性MHCクラスII分子は、本明細書に記載の任意のMHCクラスII分子またはその一部を含み、細胞膜に結合していない。ある特定の態様において、MHCクラスII分子またその一部は、どの膜にも結合していない。いくつかの態様において、MHCクラスII分子またはその一部は、不活性粒子に結合している。いくつかの態様において、MHCクラスII分子またはその一部は、細胞外小胞の膜に結合している。いくつかの態様において、MHCクラスII分子は、人工膜または人工表面、例えばアレイプレートの表面に結合している。
当技術分野で既知の任意の不活性粒子が、本開示の組成物及び方法で使用されてよい。いくつかの態様において、不活性粒子は、ビーズである。いくつかの態様において、ビーズは、ガラスビーズ、ラテックスビーズ、金属ビーズ、またはこれらの任意の組み合わせである。いくつかの態様において、不活性粒子は、ナノ粒子(NP)である。当技術分野で既知の任意のNPが、本開示の組成物及び方法で使用されてよい。ある特定の態様において、ナノ粒子は、ペグ化酸化鉄、キトサン、デキストラン、ゼラチン、アルギナート、リポソーム、澱粉、分枝ポリマー、炭素ベース担体、ポリ乳酸、ポリ(シアノ)アクリレート、ポリエチルエイネミン(polyethyleinemine)、ブロックコポリマー、ポリカプロラクトン、SPIONS、USPIONS、Cd/Zn-セレン化物、またはシリカナノ粒子から選択される。特定の態様において、ナノ粒子は、ペグ化酸化鉄ナノ粒子である。本明細書にて開示される組成物及び方法で有用なナノ粒子の非限定的例としては、De Jong and Borm, Int. J. Nanomedicine 3(2):133-49 (2008) 、及びUmeshappa et al., Nat. Commun. 10(1):2150 (May 14, 2019)に記述されているようなものが挙げられ、これらのそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
いくつかの態様において、MHCクラスII分子は、完全長MHCクラスII分子のフラグメントを含み、ここで、アルファ鎖の膜貫通ドメイン及び/またはベータ鎖の膜貫通ドメインの1つ以上のアミノ酸は、削除される。いくつかの態様において、MHCクラスII分子は、(例えば、配列番号6に記載されているような)アルファ鎖の細胞外ドメイン、及び/または(例えば、配列番号1または3に記載されているような)ベータ鎖の細胞外ドメインを含む。ある特定の態様において、MHCクラスII分子は、配列番号6に対して少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むDQアルファ鎖を含む。いくつかの態様において、MHCクラスII分子は、配列番号6に記載されているアミノ酸配列を含むDQアルファ鎖を含む。
ある特定の態様において、MHCクラスII分子は、配列番号1に対して少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むDQベータ鎖を含む。いくつかの態様において、MHCクラスII分子は、配列番号1に記載されているアミノ酸配列を含むDQベータ鎖を含む。ある特定の態様において、MHCクラスII分子は、配列番号3に対して少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むDQベータ鎖を含む。いくつかの態様において、MHCクラスII分子は、配列番号3に記載されているアミノ酸配列を含むDQベータ鎖を含む。ある特定の態様において、MHCクラスII分子は、配列番号4に対して少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むDQベータ鎖を含む。いくつかの態様において、MHCクラスII分子は、配列番号4に記載されているアミノ酸配列を含むDQベータ鎖を含む。ある特定の態様において、MHCクラスII分子は、配列番号5に対して少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むDQベータ鎖を含む。いくつかの態様において、MHCクラスII分子は、配列番号5に記載されているアミノ酸配列を含むDQベータ鎖を含む。
II.D. 核酸分子及びベクター
本開示のある特定の態様は、本明細書にて開示されるMHCクラスII分子をコードする核酸分子に関する。いくつかの態様において、核酸分子は、本明細書にて開示されるMHCクラスIIベータ鎖をコードする。ある特定の態様において、MHCクラスIIベータ鎖をコードする核酸分子は、配列番号2に記載されている配列と、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
いくつかの態様において、核酸分子は、本明細書にて開示されるMHCクラスIIアルファ鎖をコードする。ある特定の態様において、MHCクラスIIアルファ鎖をコードする核酸分子は、配列番号7に記載されている配列と、少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、少なくとも約65%、少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。
いくつかの態様において、核酸分子は、本明細書にて開示されるMHCクラスIIアルファ鎖及び本明細書にて開示されるMHCクラスIIベータ鎖の両方をコードする。いくつかの態様において、MHCクラスIIアルファ鎖をコードする配列は、MHCクラスIIベータ鎖をコードする配列と同じプロモーターの制御下にある。いくつかの態様において、MHCクラスIIアルファ鎖をコードする配列は、第1プロモーターの制御下にあり、MHCクラスIIベータ鎖をコードする配列は、第2プロモーターの制御下にある。
いくつかの態様において、本開示は、本明細書にて開示されるMHCクラスIIベータ鎖をコードする第1核酸分子、及び本明細書にて開示されるMHCクラスIIアルファ鎖をコードする第2核酸分子に関する。
本開示のある特定の態様は、本明細書にて開示される核酸分子を含むベクターまたはベクターのセットに関する。いくつかの態様において、ベクターは、ウイルスベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、ウイルス粒子またはウイルスである。いくつかの態様において、ベクターは、哺乳動物ベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、細菌ベクターである。
ある特定の態様において、ベクターは、レトロウイルスベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、アデノウイルスベクター、lentivirus、Sendaiウイルス、バキュロウイルスベクター、Epstein Barrウイルスベクター、パポーバウイルスベクター、牛痘ウイルスベクター、単純ヘルペスウイルスベクター、またはアデノ関連ウイルス(AAV)ベクターである。特定の態様において、ベクターは、AAVベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、lentivirusである。特定の態様において、ベクターは、アデノウイルスベクターである。いくつかの態様において、ベクターは、Sendaiウイルスである。いくつかの態様において、ベクターは、ハイブリッドベクターである。本開示で使用することができるハイブリッドベクターの例については、その全体が参照により本明細書に組み込まれるHuang and Kamihira,Biotechnol.Adv. 31(2):208-23 (2103)にて参照することができる。
III. 本開示の方法
本開示のある特定の態様は、対象の疾患または病態を治療する方法に関する。いくつかの態様において、本開示は、それを必要とする対象の免疫応答を増強する方法に関する。
III.A. 腫瘍の治療方法
本開示のある特定の態様は、がんを治療することを、それを必要とする対象において方法に関し、該方法は、本明細書にて開示されるHLAクラスII分子、本明細書にて開示される核酸分子、本明細書にて開示されるベクター、または本明細書にて開示される細胞を、対象に投与することを含む。
いくつかの態様において、がんは、黒色腫、骨癌、腎臓癌、前立腺癌、乳癌、大腸癌、肺癌、皮膚または眼内悪性黒色腫、膵癌、皮膚癌、頭頸部癌、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(NHL)、原発性縦隔大細胞型B細胞リンパ腫(PMBC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、濾胞性リンパ腫(FL)、形質転換型濾胞性リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫(SMZL)、食道癌、小腸癌、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟組織の肉腫、尿道癌、陰茎癌、慢性または急性白血病、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病(ALL)(非T細胞ALLを含む)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、小児期の固形腫瘍、リンパ球性リンパ腫、膀胱癌、腎臓または尿管癌、腎盤癌、中枢神経系(CNS)の新生物、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹部神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、アスベストによるものを含む環境的に誘発されたがん、他のB細胞悪性腫瘍、及びがんの組み合わせ、から選択される。いくつかの態様において、がんは、黒色腫である。
いくつかの態様において、がんは、再発性である。いくつかの態様において、がんは、難治性である。いくつかの態様において、がんは、進行性である。いくつかの態様において、がんは、転移性である。
いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、対象のがんを治療する。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、がんの1つ以上の症状の重症度を軽減する。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、がんに由来する腫瘍のサイズまたは数を減少させる。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、本明細書にて開示される方法を提供されない対象と比較して、対象の全生存期間を延長する。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、本明細書にて開示される方法を提供されない対象と比較して、対象の無増悪生存期間を延長する。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、対象の部分寛解をもたらす。いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、対象の完全寛解をもたらす。
本開示のある特定の態様は、それを必要とする対象の感染を治療する方法に関し、該方法は、本明細書にて開示されるHLAクラスII分子、本明細書にて開示される核酸分子、本明細書にて開示されるベクター、または本明細書にて開示される細胞を、対象に投与することを含む。本明細書にて開示される組成物及び方法を使用して治療することができる感染の非限定的例としては、ウイルス(ウイロイド及びプリオンを含む)、細菌、真菌、寄生生物、またはこれらの任意の組み合わせによる感染が挙げられる。いくつかの態様において、ウイルスは、ヘルペスウイルス、HIV、パポーバウイルス、麻疹ウイルス、風疹ウイルス、ヒトパピローマウイルス(HPV)、ヒトT-リンパ球向性ウイルス1、Epstein-Barrウイルス、A型肝炎ウイルス、B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、インフルエンザウイルス、ノロウイルス、及びこれらの任意の組み合わせである。いくつかの態様において、細菌は、Streptococcus、Staphylococcus、及びE.Coliから選択される。いくつかの態様において、細菌感染は、ブルセラ症、Campylobacter感染、ネコひっかき病、コレラ、Escherichia coli、淋病、Klebsiella、Enterobacter、Serratia、Legionella感染、髄膜炎菌感染症、百日咳、ペスト、Pseudomonas感染、Salmonella感染、細菌性赤痢、腸チフス熱、野兎病、脾脱疽、ジフテリア、Enterococcal感染、Erysipelothricosis、リステリア症、ノカルジア症、Pneumococcal感染、Staphylococcal感染、Streptococcal感染、及びこれらの任意の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態において、寄生生物感染は、ギョウチュウ、トリコモナス症、トキソプラズマ症、ジアルジア症、クリプトスポリジウム症、マラリア、鉤虫症、白癬、サナダムシ、吸虫、及びこれらの任意の組み合わせから選択される。いくつかの態様において、真菌感染は、Candida、Malassezia furfur、皮膚糸状菌(例えば、Epidermophyton、Microsporum及びTrichophyton)またはこれらの任意の組み合わせから選択される。
いくつかの態様において、本明細書にて開示される方法は、それを必要とする対象のがんまたは感染を治療することを含み、該方法は、本明細書に記載の細胞を対象に投与することを含み、ここで、該細胞は、本明細書にて開示されるMHCクラスII分子、本明細書にて開示される核酸分子、本明細書にて開示されるベクター、またはこれらの任意の組み合わせを含む。
いくつかの態様において、細胞は、対象から得られる。いくつかの態様において、細胞は、対象以外のドナーから得られる。
III.B. T細胞の標的集団を濃縮する方法
本開示のある特定の態様は、ヒト対象から得たT細胞の標的集団を濃縮する方法に関する。いくつかの態様において、方法は、T細胞を本明細書にて開示されるHLAクラスII分子と接触させることを含む。いくつかの態様において、方法は、T細胞を本明細書にて開示される細胞、例えばAPCと接触させることを含む。いくつかの態様において、接触後、T細胞の濃縮された集団は、接触前にHLAクラスII分子に結合することができるT細胞の数と比較して、HLAクラスII分子に結合することができるT細胞をより多数含む。
本開示のいくつかの態様は、罹患細胞、例えば腫瘍細胞を標的とすることができるT細胞を選択する方法に関する。いくつかの態様において、方法は、インビトロで単離したT細胞の集団を、本明細書にて開示されるMHCクラスII分子、及びポリペプチドのフラグメント、例えば罹患細胞で発現している抗原、例えば腫瘍発現ポリペプチド、例えばエピトープを含む複合体に接触させることを含む。いくつかの態様において、T細胞は、ヒト対象から得られる。
ヒト対象から得られるT細胞は、本明細書にて開示される任意のT細胞であり得る。いくつかの態様において、ヒト対象から得られるT細胞は、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)である。
いくつかの態様において、方法は、濃縮されたT細胞をヒト対象に投与することをさらに含む。いくつかの態様において、対象は、本明細書にて記載するようなT細胞の投与を受ける前に、前準備される。
本明細書に記載されている様々な態様、態様及び選択肢はいずれも、あらゆる変形形態で組み合わせることができる。
この本明細書に記述される全ての刊行物、特許及び特許出願は、各個別の刊行物、特許、または特許出願が、明確かつ個別に参照により組み込まれることが指示されているのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本開示を一般的に説明したので、本明細書で提供される実施例を参照することにより、さらなる理解を得ることができる。これらの実施例は説明のみを目的としており、限定することを意図したものではない。
実施例1-方法
細胞
末梢単核細胞は、密度勾配遠心法(Ficoll-Paque PLUS, GE Healthcare Life Sciences, Marlborough, MA)によって得た。K562細胞株は、HLAクラスI/II発現に欠陥のある赤血白血病細胞株である。A375は、黒色腫細胞株である。HEK293T細胞及びA375細胞を、10%FBS及び50μg/mlゲンタマイシンを補充したDMEM(Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA)で増殖させた。K562及びJurkat76細胞株を、10%FBS及び50μg/mlゲンタマイシンを補充したRPMI1640で培養した。
ペプチド
合成ペプチドを、Genscript (Piscataway, NJ)から購入し、DMSOに50μg/mlで溶解した。
抗体
フローサイトメトリー解析には、PE複合抗クラスII(9-49(I3)、Beckman Coulter, Brea, CA;Tu39)、APC-Cy7-複合抗CD4(RPA-T4, Biolegend, San Diego, CA)及びPE複合抗Hisタグ(AD1.1.10, Abcam, Cambridge, MA)、の抗体を使用した。死細胞を、LIVE/DEAD Fixable Near-IR Dead Cell Stain Kit 465(Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA)を用いて分類した。染色された細胞を、Canto IIまたはLSRFortessa X-20(BD Biosciences, Franklin Lakes, NJ)を用いて解析した。細胞選別を、FACS Aria II (BD Biosciences, Franklin Lakes, NJ)を用いて行った。データ解析を、FlowJoソフトウエア(Tree Star, Ashland, OR)を用いて実施した。
初代T細胞へのTCR形質導入
CD3T細胞及びCD4T細胞を、Pan T Cell Isolation Kit(Miltenyi Biotec, Bergisch Gladbach, Germany)及びCD4T Cell Isolation Kit(Miltenyi Biotec, Bergisch Gladbach, Germany)を用いてそれぞれ精製した。精製したT細胞を、E:T比20:1、200Gyで照射したaAPC/mOKT3によって刺激した。翌日から開始して、連続3日間、1,000×g、32℃で1時間の遠心分離によって、またはRetronectinコーティングプレート(Takara Bio, Shiga, Japan)を用いて、クローニングしたTCR遺伝子を活性化したT細胞にレトロウイルスを介して形質導入した。翌日、100IU/mlのIL-2及び10ng/mlのIL-15を、TCR形質導入済みT細胞に加えた。培養液を2~3日ごとに補充した。
可溶性CD4による染色
可溶性CD4(sCD4)遺伝子を、GSリンカーによってヒトCD4細胞外ドメインを6xHisタグと融合させることによって生成した。sCD4遺伝子をHEK293T細胞にレトロウイルスを介して形質導入し、sCD4単量体を含有する培養物上澄液を回収した。sCD4を、PE標識抗6xHisタグmAb(AD1.1.10, Abcam, Cambridge, MA)で二量体化し、それを使用した。ヤギ血清の存在下で、室温で30分、HLAクラスII発現K562細胞を二量体化されたsCD4で染色した。種々のクラスII遺伝子を個別に発現するK562由来細胞での表面HLAクラスII発現を、図3A~3Qに示す。
HLAクラスII単量体及び二量体の生成
野生型クラスIIα遺伝子の細胞外ドメインを、GGGSリンカーによって酸性ロイシンジッパーと、続いてGSリンカーによって6xHisタグと融合させた(配列番号8を参照)。変異のあるクラスIIβ遺伝子の外部ドメイン(配列番号3を参照)を、GGGSリンカーによって塩基性ロイシンジッパーと連結させた(配列番号4を参照)。HEK293T細胞及びA375細胞に、293GPG細胞ベースのレトロウイルスシステムを使用して、α及びβ遺伝子をトランスフェクトし、10%FBS及び50μg/mlゲンタマイシンを補充したDMEMで培養した。DQ5二量体染色では、可溶性DQ5L114W/V143M+4reps(つまり、L114W/V143Mに加えてN110Q/I116V/S118H/P146N置換(4reps)を有する)タンパク質を安定して分泌するHEK293T細胞及びA375細胞を、コンフルエントになるまで増殖させ、48時間後、培地を回収した。次に、可溶性HLAクラスIIを含有する上澄液を、37℃で20~24時間、100μg/mlの目的のペプチドと混合して、インビトロでペプチド交換を行った。ペプチド交換を行わなかった単量体を対照として使用した。単量体の濃度を、ニッケルコーティングプレート(XPressBio, Frederick, MD)及び抗Hisタグビオチン化mAb(AD1.1.10, R&D Systems, Minneapolis, MN)を用いて、特異的ELISAによって測定した。可溶性HLAクラスII単量体を、染色のために、PE複合抗His mAb(AD1.1.10, Abcam, Cambridge, MA)を用いて2:1のモル比で、4℃で1.5時間かけて二量体化した。
HLAクラスII二量体染色
外因性TCR遺伝子を形質導入した初代T細胞を、50nMダサチニブ(LC Laboratories, Woburn, MA)を用いて、37℃で30分間、前処理して、室温で4~5時間、5~15μg/mlのクラスII二量体で染色した。洗浄後、細胞表面分子を、APC-Cy7-複合抗CD4mAbで対比染色した。
統計的解析
統計的解析を、GraphPad Prism 6.0ソフトウエア(GraphPad Software, San Diego, CA)を用いて実施した。2つの標本比較には、対応がない両側スチューデントのt検定を使用した。標本サイズの事前決定には、統計的方法は使用しなかった。研究者は、実験中または結果の評価中の割り当てを理解していた。実験は無作為なものではかった。
実施例2-CD4結合能力が強化されたDQ分子
親和性が強化されたDQ分子を、L114W/V143M変異を導入することによって生成し、これらの置換が、CD4へのDQ5(DQA1*01:01-DQB1*05:01)などのHLA-DQ分子の結合を改善できるかどうかを測定した。DQB1*05:01は、114及び143に加えて110、116、118及び146の位置に4つの異なるアミノ酸をコードしている。したがって、本発明者らは、L114W/V143Mに加えてN110Q/I116V/S118H/P146N置換(4reps)を有するDQ5L114W/V143M+4repsを発現するK562細胞を生成し(図1A)、sCD4で細胞を染色した。DQ5L114W/V143M+4repsを発現するK562細胞は、CD4結合を強化するが、DQ5L114W/V143M、DQ54reps、または野生型DQ5は、CD4結合を強化しないことが実証された(図1B~1C)。重要なことに、4つの位置のうち1つで単一のアミノ酸反転がある種々のDQ5L114W/V143M+4reps変異体を個別に発現する一連のK562細胞は、強化されたCD4結合能力を欠いていた(図1D)。これらの結果は、観察したDQ5:CD4結合の強化の中でN110Q、I116V、S118H、及びP146Nの4つの追加の置換が、L114W/V143M変異の有効性にとって重要であることを示唆している。
DQB1*02:01、04:02、及び06:01などのDQβ鎖は、116の位置を除いて、110、118、及び146の位置で異なるアミノ酸をコードする(図1E)。DQB1*05:01とは異なり、114の位置にValをコードするDPB1*04:01と同じように、DQB1*02:01、04:02、及び06:01は、116の位置にValをコードする。DQ2L114W/V143M+3reps、DQ4L114W/V143M+3reps、及びDQ6L114W/V143M+3reps変異体の全ては、そのβ鎖にL114W/V143Mと共にN110Q、S118H及びP146N置換(3reps)を有し、強化されたCD4結合活性を示した(図1F)。
実施例3-同族TCRを特異的かつ強固に染色する親和性成熟DQ二量体
実施例2に記載の変異を有する親和性成熟DQ二量体の能力を、抗原特異的CD4T細胞を識別する能力に関して評価した。DQ5L114W/V143M+4reps及びDQ6L114W/V143M+3reps二量体は、それぞれDQ5制限DDX3Y特異的TCR(E6)、及びDQ6制限インフルエンザウイルス特異的TCR(DM2)を正常に染色した(図2A~2B)。
親和性成熟クラスII分子の識別に対して、本実施例では、β鎖における複数の変異について詳述するが、β鎖がα鎖よりもCD4とよりダイレクトに相互作用するので、α鎖については説明しない。α鎖及び/またはβ鎖の別の変異が、クラスIIとCD4との結合をさらに強化する可能性もある。しかし、過剰なCD4結合能力を有するような可溶性クラスII分子の使用は、CD4T細胞の非特異的染色を起こし、それにより有害な影響をもたらす可能性がある。
結論として、CD4T細胞は、自己免疫疾患の発症、ならびに病原性感染及びがんの防御において重要な役割を担う。本明細書に記載の新規のHLAクラスII多量体技術は、HLA-DQ対立遺伝子全体にわたるHLAクラスII制限CD4T細胞応答の研究をより良好に促進できる。
実施例4
野生型DQ5及びDQ5L114W/V143M二量体(表3)、ならびにDQ5L114W/V143M+4reps二量体を生成し、TCR形質導入済みCD4T細胞へのそれらの染色を比較した。野生型DQ5二量体では、E6形質導入済みCD4T細胞は検出されなかった。DQ5L114W/V143M二量体は、DQ5L114W/V143M+4reps二量体と比較してE6形質導入済みCD4T細胞の弱い染色しか示さなかったが、DQ5L114W/V143M+4repsは強固な染色を示した(図4A~4L)。DQ5L114W/V143M+4reps二量体染色を検証するために、本発明者らは、GPC3138-157に特異的なDQ5制限TCR遺伝子を、インビトロでペプチド特異的に増殖させた二量体CD4T細胞からクローニングした。ヒトCD4TCR欠損T細胞でクローン型に再構成された場合、TCRは、同族DQ5L114W/V143M+4reps二量体によって正常に染色され、DQ5制限的及び抗原特異的に機能した(図5A~5G)。
方法
細胞
末梢単核細胞は、密度勾配遠心法によって得た。CD80及びCD83に関連する単一のHLA対立遺伝子として、種々のHLAクラスII遺伝子を個別に発現するK562ベースの人工抗原提示細胞(aAPC)が、これまでに報告されている(Butler, M.O. et al., PLoS One 7, e30229 (2012))。Jurkat76細胞株は、内因性TCR、CD4、及びCD8発現を欠くT細胞白血病細胞株である(Heemskerk, M.H. et al., Blood 102, 3530-3540 (2003)を参照されたい)。Jurkat76/CD4細胞を、ヒトCD4遺伝子をレトロウイルスを介して形質導入することによって生成した。A375細胞は、黒色腫細胞株である。HEK293T細胞及びA375細胞を、10%FBS及び50μg/mlゲンタマイシンを補充したDMEMで増殖させた。Jurkat76細胞株を、10%FBS及び50μg/mlゲンタマイシンを補充したRPMI1640で培養した。
ペプチド
合成ペプチドをDMSOに50μg/mlで溶解した。
遺伝子
新規のTCR遺伝子を、5’cDNA末端高速増幅(RACE)PCRによってクローニングして、上述したように配列決定した(例えば、Nakatsugawa, M. et al., Sci Rep 6, 23821 (2016)、Nakatsugawa, M. et al., J Immunol 194, 3487-3500 (2015)、及びOchi, T. et al., Cancer Immunol Res 3, 1070-1081 (2015)を参照されたい。これらのそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。全ての遺伝子をpMXレトロウイルスベクターにクローニングし、293GPG及びPG13細胞ベースのレトロウイルスシステムを用いて細胞株に形質導入した(例えば、Hirano, N. et al., Blood 107, 1528-1536 (2006)、Butler, M.O. et al., Clin Cancer Res 13, 1857-1867 (2007)、Hirano, N. et al., Clin Cancer Res 12, 2967-2975 (2006)を参照されたい。これらのそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。
抗体
フローサイトメトリー解析には、APC-Cy7-複合抗CD4(RPA-T4, Biolegend, San Diego, CA;Wooldridge, L. et al., Eur J Immunol 36, 1847-1855 (2006)を参照)及びPE複合抗Hisタグ(AD1.1.10, ABCAM, Cambridge, MA)、の抗体を使用した。死細胞を、LIVE/DEAD Fixable Aqua Dead Cell Stain Kitを用いて分類した。染色された細胞を、FACSCanto IIまたはLSRFortessa X-20を用いて解析した。細胞選別を、FACSAria IIを用いて行った。データ解析を、FlowJoソフトウエア(バージョン9.9.6)を用いて実施した。
HLAクラスII単量体及び二量体の生成
A375細胞に、293GPG細胞ベースのレトロウイルスシステムを使用して、α及びβ遺伝子をトランスフェクトし(例えば、Hirano, N. et al., Blood 107, 1528-1536 (2006)、Butler, M.O. et al., Clin Cancer Res 13, 1857-1867 (2007)、及びHirano, N. et al., Blood 108, 2662-2668 (2006)を参照されたい。これらのそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)、10%FBS及び50μg/mlゲンタマイシンを補充したDMEMで培養した。48時間後、馴化培地を回収し、濾過(分画分子量(MWCO)10kDa)によって濃縮した。次に、可溶性HLAクラスIIを含有する上澄液を、37℃で20~24時間、100μg/mlの目的のペプチドと混合して、インビトロでペプチド交換を行った。単量体の濃度を、ニッケルコーティングプレート及び抗Hisタグビオチン化mAbを用いて、特異的ELISAによって測定した。可溶性HLAクラスII単量体を、染色向けに、PE複合抗HismAbを用いて2:1のモル比で、4℃で1.5時間かけて二量体化した。
DQ5制限抗原特異的CD4T細胞の刺激
CD4T細胞を精製して、次いで、10μg/mlのGPC3138-157をパルスし、かつE:T比20:1、200Gyで照射したDQ5発現aAPCによって刺激した。48時間後、10IU/mlのIL-2及び10ng/mlのIL-15を、CD4T細胞に加えた。IL-2(10IU/ml)及びIL-15(10ng/ml)を補充した培養液を、2~3日ごとに補充した。2週間後、T細胞を、DQ5L114W/V143M+4reps二量体染色に供した。
HLAクラスII二量体染色
抗原特異的TCR遺伝子を形質導入した初代CD4T細胞及びJurkat76/CD4T細胞を、50nMダサチニブを用いて、37℃で30分間、前処理して、室温で4~5時間、5~15μg/mlのクラスII二量体で染色した。洗浄後、細胞表面分子を、APC-Cy7-複合抗CD4mAbで対比染色した。
ELISPOTアッセイ
サイトカインELISPOTアッセイを、以前に報告されたように実施した(例えば、Yamashita, Y. et al., Nat Commun 8, 15244 (2017)、及びAnczurowski, M. et al., Sci Rep 8, 4804 (2018))を参照されたい。そのそれぞれは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
DQベータ鎖を含むHLAクラスII分子であって、前記DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸を含む、前記HLAクラスII分子。
(項目2)
DQベータ鎖を含むHLAクラスII分子であって、前記DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基に置換変異を含み、前記置換変異は、ロイシン以外のアミノ酸によるものである、前記HLAクラスII分子。
(項目3)
前記DQベータ鎖は、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸をさらに含む、項目1または2に記載のHLAクラスII分子。
(項目4)
DQベータ鎖を含むHLAクラスII分子であって、前記DQベータ鎖は、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリン以外のアミノ酸を含む、前記HLAクラスII分子。
(項目5)
DQベータ鎖を含むHLAクラスII分子であって、前記DQベータ鎖は、配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基に置換変異を含み、前記置換変異は、バリン以外のアミノ酸によるものである、前記HLAクラスII分子。
(項目6)
前記DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン以外のアミノ酸をさらに含む、項目4または5に記載のHLAクラスII分子。
(項目7)
前記DQベータ鎖は、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸をさらに含む、項目1~6のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目8)
前記DQベータ鎖は、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸をさらに含む、項目1~7のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目9)
前記DQベータ鎖は、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸をさらに含む、項目1~8のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目10)
前記DQベータ鎖は、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸をさらに含む、項目1~9のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目11)
前記DQベータ鎖は、
(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、
(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び、
(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸、のうち少なくとも3つをさらに含む、項目1~10のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目12)
前記DQベータ鎖は、
(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸、
(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸、
(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸、及び、
(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸、をさらに含む、項目1~11のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目13)
前記配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む、項目1~3、及び6~12のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目14)
前記配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、イソロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンからなる群から選択される、項目1~3、及び6~13のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目15)
前記配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基のロイシン以外のアミノ酸は、トリプトファンである、項目1~3、及び6~14のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目16)
前記配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、疎水性側鎖を含む、項目4~15のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目17)
前記配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される、項目4~16のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目18)
前記配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基のバリン以外のアミノ酸は、メチオニンである、項目4~17のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目19)
前記MHCクラスII分子の前記ベータ鎖は、配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にアスパラギン以外のアミノ酸を含む、項目7~18のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目20)
前記配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、及びグルタミンから選択される、項目7~19のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目21)
前記配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基のアスパラギン以外のアミノ酸は、グルタミンである、項目7~20のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目22)
前記MHCクラスII分子の前記ベータ鎖は、配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にイソロイシン以外のアミノ酸を含む、項目8~21のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目23)
前記配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、アラニン、バリン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、チロシン、及びトリプトファンから選択される、項目8~22のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目24)
前記配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基のイソロイシン以外のアミノ酸は、バリンである、項目8~23のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目25)
前記MHCクラスII分子の前記ベータ鎖は、配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にセリン以外のアミノ酸を含む、項目9~24のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目26)
前記配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、アルギニン、ヒスチジン、及びリシンから選択される、項目9~25のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目27)
前記配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基のセリン以外のアミノ酸は、ヒスチジンである、項目9~26のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目28)
前記MHCクラスII分子の前記ベータ鎖は、配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にプロリン以外のアミノ酸を含む、項目10~27のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目29)
前記配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、セリン、スレオニン、アスパラギン及びグルタミンから選択される、項目10~28のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目30)
前記配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基のプロリン以外のアミノ酸は、グルタミンである、項目10~29のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目31)
前記DQベータ鎖は、配列番号1、3、4及び5から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目1~30のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目32)
前記DQベータ鎖は、配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、及び配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニンを含む、項目1~13のいずれか1項に記載のHLA。
(項目33)
前記MHCクラスII分子の前記ベータ鎖は、
(a)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、
(b)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、ならびに
(c)
(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、
(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にバリン、
(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び
(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、のうち少なくとも1つを含む、項目1~32のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目34)
前記MHCクラスII分子の前記ベータ鎖は、
(a)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、
(b)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、ならびに
(c)
(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、
(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にバリン、
(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び
(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、のうち少なくとも2つを含む、項目1~33のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目35)
前記MHCクラスII分子の前記ベータ鎖は、
(a)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、
(b)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、ならびに
(c)
(i)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、
(ii)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にバリン、
(iii)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び
(iv)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、のうち少なくとも3つを含む、項目1~34のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目36)
前記MHCクラスII分子の前記ベータ鎖は、
(a)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にトリプトファン、
(b)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にメチオニン、
(c)配列番号1の110位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、
(d)配列番号1の116位に相当するアミノ酸残基にバリン、
(e)配列番号1の118位に相当するアミノ酸残基にヒスチジン、及び
(f)配列番号1の146位に相当するアミノ酸残基にグルタミン、を含む、項目1~35のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目37)
前記DQベータ鎖は、配列番号3に記載されているアミノ酸配列を含む、項目1~36のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目38)
前記DQベータ鎖は、配列番号4に記載されているアミノ酸配列を含む、項目1~37のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目39)
前記HLAクラスII分子の前記ベータ鎖は、DQ2、DQ3、DQ4、DQ5、またはDQ6対立遺伝子を含む、項目1~38のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目40)
前記MHCクラスII分子の前記ベータ鎖は、HLA-DQB1*02、HLA-DQB1*03、HLA-DQB1*04、HLA-DQB1*05、またはHLA-DQB1*06対立遺伝子を含む、項目1~38のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目41)
DQアルファ鎖をさらに含む、項目1~40のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目42)
前記MHCクラスII分子の前記アルファ鎖は、HLA-DQA1*01、HLA-DQA1*02、HLA-DQA1*03、HLA-DQA1*04、HLA-DQA1*05またはHLA-DQA1*06対立遺伝子を含む、項目41に記載のHLAクラスII分子。
(項目43)
前記DQアルファ鎖は、配列番号6または8に対して少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目41または42に記載のHLAクラスII分子。
(項目44)
前記DQアルファ鎖は、配列番号6または8に記載されているアミノ酸配列を含む、項目43に記載のHLAクラスII分子。
(項目45)
前記DQベータ鎖は、参照HLAクラスII分子と比較してCD4タンパク質に対する親和性が高く、前記参照HLAクラスII分子は、(i)配列番号1の114位に相当するアミノ酸残基にロイシン、及び/または(ii)配列番号1の143位に相当するアミノ酸残基にバリンを含むDQベータ鎖を含む、項目1~44のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目46)
前記親和性は、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約3倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、少なくとも約6倍、少なくとも約7倍、少なくとも約8倍、少なくとも約9倍、少なくとも約10倍、少なくとも約15倍、少なくとも約20倍、少なくとも約25倍、少なくとも約30倍、少なくとも約35倍、少なくとも約40倍、少なくとも約45倍、少なくとも約50倍、少なくとも約75倍、少なくとも約100倍、少なくとも約200倍、少なくとも約300倍、少なくとも約400倍、少なくとも約500倍、または少なくとも約1000倍高い、項目45に記載のHLAクラスII分子。
(項目47)
前記DQベータ鎖は、細胞の膜に結合している、項目1~46のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目48)
前記DQベータ鎖は、細胞の膜に結合していない、項目1~46のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目49)
前記DQベータ鎖は、完全長DQアルファ鎖の細胞外ドメインを含む、項目1~46のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目50)
前記DQベータ鎖は、完全長DQベータ鎖の膜貫通ドメインを含まない、項目49に記載のHLAクラスII分子。
(項目51)
前記DQアルファ鎖は、細胞の膜に結合している、項目41~50のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目52)
前記DQアルファ鎖は、細胞の膜に結合していない、項目41~50のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目53)
前記DQアルファ鎖は、完全長DQアルファ鎖の細胞外ドメインを含む、項目41~50のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目54)
前記DQアルファ鎖は、完全長DQアルファ鎖の膜貫通ドメインを含まない、項目53に記載のHLAクラスII分子。
(項目55)
前記DQベータ鎖は、不活性粒子に連結または結合している、項目48~54のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目56)
前記不活性粒子は、ビーズである、項目55に記載のHLAクラスII分子。
(項目57)
前記不活性粒子は、ナノ粒子である、項目55に記載のHLAクラスII分子。
(項目58)
前記ナノ粒子は、ペグ化酸化鉄、キトサン、デキストラン、ゼラチン、アルギナート、リポソーム、澱粉、分枝ポリマー、炭素ベース担体、ポリ乳酸、ポリ(シアノ)アクリレート、ポリエチルエイネミン(polyethyleinemine)、ブロックコポリマー、ポリカプロラクトン、SPIONS、USPIONS、Cd/Zn-セレン化物、またはシリカナノ粒子から選択される、項目57に記載のHLAクラスII分子。
(項目59)
前記ナノ粒子は、ペグ化酸化鉄ナノ粒子である、項目57または58に記載のHLAクラスII分子。
(項目60)
前記DQベータ鎖は、シグナルペプチドを含む、項目1~59のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目61)
前記DQアルファ鎖は、シグナルペプチドを含む、項目41~60のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目62)
前記シグナルペプチドは、配列番号9に記載されているアミノ酸配列を含む、項目60または61に記載のHLAクラスII分子。
(項目63)
項目1~62のいずれか1項に記載のDQベータ鎖をコードする、核酸分子。
(項目64)
項目41~63のいずれか1項に記載のDQアルファ鎖をさらにコードする、項目63に記載の核酸分子。
(項目65)
配列番号2に対して少なくとも約70%、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、または少なくとも約99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、項目63または64に記載の核酸分子。
(項目66)
項目63~65のいずれか1項に記載の核酸分子を含む、ベクター。
(項目67)
項目1~62のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子、項目63~65のいずれか1項に記載の核酸分子、または項目66に記載のベクターを含む、細胞。
(項目68)
哺乳動物細胞または昆虫細胞である、項目67に記載の細胞。
(項目69)
K562細胞、T2、HEK293、HEK293T、A375、SK-MEL-28、Me275、COS、線維芽細胞、腫瘍細胞、またはこれらの任意の組み合わせから選択される、項目67または68に記載の細胞。
(項目70)
内因性MHCクラスIIDQベータ鎖発現を欠いている、項目67~69のいずれか1項に記載の細胞。
(項目71)
内因性MHCクラスIIDQアルファ鎖発現を欠いている、項目67~70のいずれか1項に記載の細胞。
(項目72)
MHCクラスII複合体のエピトープと結合することができるT細胞受容体を識別する方法であって、項目67~71のいずれか1項に記載の細胞に前記エピトープを含む1つ以上のペプチドをパルスすることと、1つ以上のCD4 T細胞を前記APCで刺激することと、を含む、前記方法。
(項目73)
疾患または病態を治療することを、それを必要とする対象において行う方法であって、項目1~62のいずれか1項に記載のMHCクラスII分子を前記対象に投与することを含む、前記方法。
(項目74)
前記疾患または病態は、がんまたは感染である、項目73に記載の方法。
(項目75)
前記がんは、黒色腫、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、胃癌、子宮癌、肺癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫(NHL)、食道癌、小腸癌、尿道癌、慢性または急性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病(ALL)(非T細胞ALLを含む)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、膀胱癌、腎臓または尿管癌、腎盤癌、神経膠腫、扁平上皮癌、及び上記がんの組み合わせ、からなる群から選択される、項目74に記載の方法。
(項目76)
前記がんは、再発性または難治性である、項目74または75に記載の方法。
(項目77)
前記がんは、局所的に進行性である、項目74~76のいずれか1項に記載の方法。
(項目78)
前記がんは、進行性である、項目74~77のいずれか1項に記載の方法。
(項目79)
前記がんは、転移性である、項目74~78のいずれか1項に記載の方法。
(項目80)
約100μM未満のK でCD4と結合する、項目1~62のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目81)
約10μM未満のK でCD4と結合する、項目1~62のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目82)
約8.9μM以下のK でCD4と結合する、項目1~62のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
(項目83)
項目1~62及び80~82のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子、ならびにペプチドを含む複合体であって、前記ペプチドは、DDX3Y 171-190 、HA 255-270 、GPC3 138-157 、またはこれらの任意の組み合わせを含む、前記複合体。

Claims (7)

  1. 配列番号3に記載されているアミノ酸配列を含むDQベータ鎖の細胞外ドメインを含む、HLAクラスII分子。
  2. 前記DQベータ鎖の前記細胞外ドメインは、配列番号4に記載されているアミノ酸配列を含む、請求項1に記載のHLAクラスII分子。
  3. DQアルファ鎖をさらに含む、請求項1または2に記載のHLAクラスII分子。
  4. 前記DQアルファ鎖は、配列番号6に記載されているアミノ酸配列を含む、請求項に記載のHLAクラスII分子。
  5. 前記DQアルファ鎖は、配列番号に記載されているアミノ酸配列を含む、請求項に記載のHLAクラスII分子。
  6. (a)前記DQベータ鎖は、細胞の膜に結合している、
    )前記DQベータ鎖は、完全長DQアルファ鎖の細胞外ドメインを含む、
    )前記DQベータ鎖は、不活性粒子に連結または結合している、
    )前記DQベータ鎖は、シグナルペプチドを含む、
    )前記HLAクラスII分子が、細胞の膜に結合しているDQアルファ鎖をさらに含む
    たは
    )(a)~()の任意の組み合わせである、
    請求項1~のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子。
  7. 請求項1~のいずれか1項に記載のHLAクラスII分子、ならびにペプチドを含む複合体であって、前記ペプチドは、DDX3Y171-190、HA255-270、GPC3138-157、またはこれらの任意の組み合わせを含む、前記複合体。
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