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《 リンク資料の一部は分子表示プラグインChimeが必要です → ダウンロード方法 》
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ソラフェニブトシル酸塩（分子モデル）
レポートp.5に記されている3b8n
阻害剤を含むDcpSのデータ例3bla（Jmol分子参照）
※DcpSは脊髄性筋萎縮症（SMA）の治療標的の1つでもある
Hsp90を含むPDBデータ例2cg9
研究チームによるジベレリンA3を含むPDBデータ例2zsh
〔左〕Jmol分子参照，〔右〕PDBsumデータ2zsh_GA3より；画像作成ページ
Exploring the Structureに掲載のMscSの閉構造2oau（左）と開構造2vv5（右）；Leuのみ空間充填でamino色
セレンテラジン（coelenterazine；Chime分子）
※セレンテラジンを含む1el4をPDBsumのLigand-SITE情報で参照可能（ブログ記事記載）
参考：2004年8月10日プレス発表掲載の旧シニョリン1uaoのModel 1
（世界最小のタンパク質シニョリン参照）
GFPデータ例1hcjのChain A
→ 緑色蛍光タンパク質／GFP
この中心にクォークが？
ヒトパピローマウイルスHPV45のE7タンパク質例2f8bのModel 1（HPV16については2fk4など）
Exploring the Structureに掲載のポリAポリメラーゼ2q66◎関連資料から引用（まだ環境省から正式には公開されていないため；異なっている可能性あり）：ExTEND2005 における詳細調査の検討について（H19 第１回 ExTEND2005 作用・影響評価検討部会，2007/11/06）[PDF] p.2 → 分子モデル一覧（分子群の場合はその一例）
“15物質とその主な用途は以下のとおり。
エストロン（女性ホルモンの代謝物質）、直鎖アルキルベンゼンスルホン酸及びその塩（洗剤）、2,4,6-トリブロモフェノール（樹脂添加剤）、2,4-トルエンジアミン（ポリウレタン合成原料）、o-ジクロロベンゼン（失効した殺虫剤）、p-ジクロロベンゼン（未登録の防虫剤）、N,N'-ジメチルホルムアミド（人工皮革）、ヒドラジン（ロケット燃料）、ペルフルオロオクタン酸（フッ素ポリマー製造時の助剤）、フェンチオン（農薬（殺虫剤））、トリフルラリン（農薬（除草剤））、カルバリル（NAC）（農薬（殺虫剤））、トキサフェン（未登録の殺虫剤、POPs）、ビンクロゾリン（失効した殺菌剤）及びメトキシクロル（失効した殺虫剤）”
調査対象物質例のエストロン
参考：メバスタチン（左，Chime分子；よく使われている医薬品参照）と同分子を含むPDBsumデータ例1hw8（右，データ集参照）
グリチルリチン（glycyrrhizin，Chime分子）
当該PDBデータ例2zke（他に2zkd，2zkf）
Precision Cuttingに掲載のリボヌクレアーゼIII（二本鎖RNA特異的切断酵素）の例2ez6
該当データ2rhk（A・B鎖がNS1A，C・D鎖がCPSF30）
T-705（Chime分子）
メチルゲルフェリン-マウスグリオキサラーゼI複合体2za0
セレノシステイン合成酵素の例3bc8のPQSによる4量体モデル
参考：スギ花粉アレルゲンタンパク質の例1pxzのChain A
セマフォリン3Aの例1q47のChain A
ラルテグラビル（raltegravir，MK-0518；Chime分子）
※参考：MK-0518 - Wikipedia／Integrase inhibitor，HIVとエイズ，筆者ブログ記事
分子標的薬の例イマチニブを含む1iepのPDBsumデータより（画像クリックで拡大；分子データはこちら）
Nature表紙と当該データ3csy（画像クリックで拡大；分子は糖タンパク質データ集で参照可能）
CTPが結合したCCA付加酵素2dvi（CTPがない構造は2drb参照）
※2dviはDNAとRNAのいろいろな姿に掲載
表紙およびp.710に掲載のリボスイッチ例2ckyChain A（DNAとRNAのいろいろな姿で参照可能）
デングウイルス由来PDBデータ例2vbc（Dengue Virus - Building New Viruses掲載）
▼参考資料例
参考：p.65写真『胎児のヘモグロビン』に関連させて胎児ヘモグロビン（HbF）データ例1fdh
参考：グリコサミノグリカンのデータ例1hpnのModel 1
乳酸デヒドロゲナーゼの例3ldhのPQSによる4量体
※参考：乳酸脱水素酵素 - Wikipedia
ガス壊疽の原因となるウエルシュ菌α毒素の例1ca1（●Cd，●Zn 含む；生体分子の構成元素で参照可）
β-セクレターゼ BACE1のpH 5.0における構造2zhrのA鎖・C鎖（阻害剤OM99-2；空間充填部分含む）：球棒はAsp32・Asp228
※pH 4.0は2zhs，pH 4.5は2zht，pH 5.0（阻害剤なし）は2zhu，pH 7.0は2zhv
参考：NPの例心房性ナトリウム利尿ペプチド（atrial natriuretic peptide，ANP；中央黄緑の鎖）とその受容体の構造例1yk0のModel 1
L-ホモシステイン酸（homocysteic acid，2-アミノ-4-スルホブタン酸；アルツハイマー病治療薬参照）
今回解明されたイカロドプシン2z73 ※ロドプシン類参照
T-817MA（Chime分子）
ウシのロドプシン（暗順応）構造例1jfpとメタロドプシンII構造例1ln6 ※ロドプシン類参照
水酸化PCBを含むエストロゲンスルホトランスフェラーゼの例1g3m
プリオンタンパク質の例2rnm（Functional Prions，Prion Fibrilsに掲載）のModel 1
※本間ブログ記事，プリオンタンパク質の構造例
参考：THBS2のPDBデータ例1yo8
参考：TDP43のPDBデータ例2cqgのModel 1（他に1wf0）；アルツハイマー病治療薬にも掲載
※本間ブログ記事
イリノテカン（分子掲載）〔左〕とイリノテカンを含むPDBデータ例1u65（上記研究とは無関係）〔右〕
※参考：〔新しい抗癌剤シリーズ〕Topoisomerase阻害剤：塩酸イリノテカン（日本産科婦人科学会）[PDF]
DNAデータ例2bna
抗酸化タンパク質ペルオキシレドキシンの例2nvl（●はS原子）
PDB登録データ50,000件突破を記念して桜をイメージした5角形のデータ例2rcf
※本日公開の188データの中から（画像はこちらで作成）
アドレナリン受容体の例2rh1
ゲニステイン（ゲニスタイン，Chime分子）；球棒表示部分がイソフラボン（Chime分子）骨格
※参考：「健康食品」の安全性・有効性情報のダイズ情報
p.135表『糖鎖関連医薬』中のゴーシェ病治療薬イミグルセラーゼ（imiglucerase，商品名：セレザイム，Cerezyme）2j25
参考：SATB1関連PDBデータ例1yseのModel 1
参考：生分解性プラスチック例のポリ乳酸（ポリ-L-乳酸，PLLA）の繰り返し単位（代表的な高分子参照）
参考：JST資料中のATPアーゼFliI2dpy
参考：グリア細胞関連PDBデータ例のグリア活性化因子（線維芽細胞増殖因子，FGF）1ihk
カドヘリンの例1l3wのPQSによる2量体モデル（空間充填は糖鎖GlcNAc）
〔注〕 Exploring the Structure（jmol version）とは接合位置が異なる
※本間ブログ記事
筆者らによる中性子解析によるPDBデータ例1iu6
※本間ブログ記事
正常型プリオンタンパク質とその構造変換を阻害する候補化合物例GN8（Chime分子）の相互作用；PDF資料（桑田）より（「化学」記事p.43図5に対応）
siRNAの例1r9f（Viruses Fight Back参照）
▼掲載解説例
当該PDBデータ2e2r
参考：メタミドホス（空間充填表示）を含むマウスのアセチルコリンエステラーゼ例2jge
IgMの構造例2rcj（ただしα炭素のみ）
ラクロプライド（raclopride；Chime分子）
※実験で用いられたPET用標識薬剤[11C]ラクロプライドは↑が11C
エボラウイルスのVP30タンパク質例2i8b（ウイルスの分類も参照）
GFPの例1hcjのChain A
参考：2003年ノーベル化学賞を受賞したMacKinnonが構造を決定したKチャネル例1bl8
※分子モデルで見るノーベル賞，イオンチャネルタンパク質の例：Chime版ほか
〔左〕アブシジン酸（アブシジン酸の代謝経路：Chime版参照），〔右〕フルリドン（Chime分子）
参考：PPAR（ペルオキシソーム増殖剤活性化受容体）-αの例（青色のA鎖がPPARα）2p54
時計タンパク質KaiCの例2gbl（Exploring the Structure参照）