JP5877155B2

JP5877155B2 - 発光プローブを用いて溶液中の希薄粒子を検出する方法

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Inventors: 田邊　哲也; 哲也田邊; 秀孝中田; 拓哉葉梨; 邦夫堀; 和孝西川
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Description

本発明は、共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系などの溶液中の微小領域からの光が検出可能な光学系を用いて、溶液中に分散又は溶解した原子、分子又はこれらの凝集体（以下、これらを「粒子」と称する。）、例えば、タンパク質、ペプチド、核酸、脂質、糖鎖、アミノ酸若しくはこれらの凝集体などの生体分子、ウイルス、細胞などの粒子状の対象物、或いは、非生物学的な粒子の状態（相互作用、結合・解離状態など）の分析又は解析に於いて有用な情報を取得することが可能な光分析方法に係り、より詳細には、発光プローブを用いて溶液中の粒子状の対象物の検出、濃度又は数密度の測定等を行う方法に係る。なお、本明細書に於いて、「発光プローブ」とは、蛍光、りん光、化学発光、生物発光、光散乱等により光を発する物質であって、観測対象となる粒子に結合してかかる粒子を観測可能にする物質である。

近年の光計測技術の発展により、共焦点顕微鏡の光学系とフォトンカウンティング（１光子検出）も可能な超高感度の光検出技術とを用いて、一光子又は蛍光一分子レベルの微弱光の検出・測定が可能となっている。そこで、そのような微弱光の計測技術を用いて、生体分子等の分子間相互作用又は結合・解離反応の検出を行う装置又は方法が種々提案されている。例えば、蛍光相関分光分析（Fluorescence Correlation Spectroscopy：ＦＣＳ。例えば、特許文献１、２、非特許文献１−３参照）に於いては、レーザー共焦点顕微鏡の光学系とフォトンカウンティング技術を用いて、試料溶液中の微小領域（顕微鏡のレーザー光が集光された焦点領域−コンフォーカル・ボリュームと称される。）内に出入りする蛍光分子又は蛍光標識された分子（蛍光分子等）からの蛍光強度の測定が為され、その測定された蛍光強度の自己相関関数の値から決定される微小領域内に於ける蛍光分子等の平均の滞留時間（並進拡散時間）及び滞留する分子の数の平均値に基づいて、蛍光分子等の運動の速さ又は大きさ、濃度といった情報の取得、或いは、分子の構造又は大きさの変化や分子の結合・解離反応又は分散・凝集といった種々の現象の検出が達成される。また、蛍光強度分布分析(Fluorescence-Intensity Distribution Analysis：ＦＩＤＡ。例えば、特許文献３)やフォトンカウンティングヒストグラム（Photon Counting Histogram：ＰＣＨ。例えば、特許文献４）では、ＦＣＳと同様に計測されるコンフォーカル・ボリューム内に出入りする蛍光分子等の蛍光強度のヒストグラムが生成され、そのヒストグラムの分布に対して統計的なモデル式をフィッティングすることにより、蛍光分子等の固有の明るさの平均値とコンフォーカル・ボリューム内に滞留する分子の数の平均値が算定され、これらの情報に基づいて、分子の構造又は大きさの変化、結合・解離状態、分散・凝集状態などが推定されることとなる。更に、特許文献５、６に於いては、共焦点顕微鏡の光学系を用いて計測される試料溶液の蛍光信号の時間経過に基づいて蛍光性物質を検出する方法が提案されている。特許文献７は、フローサイトメータに於いて流通させられた蛍光微粒子又は基板上に固定された蛍光微粒子からの微弱光をフォトンカウンティング技術を用いて計測してフロー中又は基板上の蛍光微粒子の存在を検出するための信号演算処理技術を提案している。

特に、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ等の共焦点顕微鏡の光学系とフォトンカウンティング技術とを用いた微小領域の蛍光測定技術を用いた方法によれば、測定に必要な試料は、従前に比して極めて低濃度且微量でよく（一回の測定で使用される量は、たかだか数十μＬ程度）、測定時間も大幅に短縮される（一回の測定で秒オーダーの時間の計測が数回繰り返される。）。従って、これらの技術は、特に、医学・生物学の研究開発の分野でしばしば使用される希少な或いは高価な試料についての分析を行う場合や、病気の臨床診断や生理活性物質のスクリーニングなど、検体数が多い場合に、従前の生化学的方法に比して、低廉に、或いは、迅速に実験又は検査が実行できる強力なツールとなることが期待されている。

特開２００５−０９８８７６特開２００８−２９２３７１特許第４０２３５２３号国際公開２００８−０８０４１７特開２００７−２０５６５特開２００８−１１６４４０特開平４−３３７４４６号公報

金城政孝、蛋白質核酸酵素 Vol.４４、No.９、１４３１−１４３８頁１９９９年エフ・ジェイ・メイヤー・アルムス（F.J.Meyer-Alms）、フルオレセンス・コリレーション・スペクトロスコピー（Fluorescence Correlation Spectroscopy）、アール・リグラー編（R.Rigler）、スプリンガー（Springer）、ベルリン、２０００年、２０４−２２４頁加藤則子外４名、遺伝子医学、Vol.６、No.２、２７１−２７７頁サンド他１名（S.Sando and E.T. Kool）, J．Amer．Chem．Soc，2002年，124巻，2096-2097頁

上記のＦＣＳ、ＦＩＤＡ、ＰＣＨなどの光分析技術では、概して述べれば、計測された蛍光強度の時間的なゆらぎの大きさが統計的処理により算出され、そのゆらぎの大きさに基づいて試料溶液中の微小領域内に出入りする蛍光分子等の種々の特性が決定される。従って、上記の光分析技術に於いて有意な結果を得るためには、試料溶液中の観測対象となる蛍光分子等の濃度又は数密度は、平衡状態に於いて、一回の秒オーダーの長さの計測時間のうちに統計的処理が可能な数の蛍光分子等が微小領域内を入出するように、好適には、微小領域内に常に一個程度の蛍光分子等が存在しているように調製されていることが好ましい（典型的には、コンフォーカル・ボリュームの体積は、１ｆＬ程度となるので、蛍光分子等の濃度は、１ｎＭ程度若しくはそれ以上であることが好ましい。）。換言すれば、試料溶液中の観測対象粒子の濃度又は数密度が統計的処理の可能な程度よりも大幅に下回るときには（例えば、１ｎＭを大幅に下回るときには）、観測対象物が微小領域内に計測時間のうちに稀にしか進入してこない状態が発生し、蛍光強度の計測結果に於いて、観測対象物が微小領域内に全く存在していない状態が長期間に亘って含まれると共に、有意な蛍光強度の観測量が少なくなるので、上記の如き蛍光強度の統計的なゆらぎに基づく光分析技術では、有意な又は精度の良い分析結果を望むことができなくなる。

特許文献５、６に記載された共焦点顕微鏡の光学系を用いた蛍光性物質の検出方法では、上記の如き蛍光強度のゆらぎに関する統計的処理を行うことなく、数秒間に亘る計測時間に於ける有意な強度の蛍光信号の発生の有無により、試料中に於ける観測対象となる蛍光分子等の有無が特定でき、有意な強度の蛍光信号の頻度と試料中の蛍光分子等の粒子数とに相関が得られることが開示されている。特に、特許文献６では、試料溶液中を攪拌するランダムな流れを発生させると、検出感度が向上することが示唆されている。しかしながら、これらの方法に於いても、拡散により又はランダムな流れにより確率的に微小領域内に進入する蛍光分子等の存在を検出することに留まっており、微小領域内の蛍光分子等の粒子の振る舞いを把握することができず、例えば、粒子のカウンティングや粒子の濃度又は数密度を定量的に算出するといったことは達成されていない。また、特許文献７に記載された技術は、フローサイトメータに於けるフロー中の蛍光微粒子又は基板上に固定された蛍光微粒子の存在を個別に検出するものであり、試料溶液中に通常の状態にて溶解又は分散している分子やコロイドなどの粒子、即ち、試料溶液中にてランダムに運動している粒子の検出を行うための技術ではないので、試料溶液中に溶解又は分散した粒子の濃度又は数密度を定量的に算出するといったことは達成されていない。また、特許文献７の技術は、フローサイトメータに於ける計測或いは基板上への蛍光粒子の固定化処理といった過程を含むため、検査に必要な試料量は、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ、ＰＣＨなどの光分析技術の場合に比して大幅に多くなるとともに、実施者に於いて複雑で高度な操作技術が要求されると考えられる。

そこで、本願出願人は、特願２０１０−０４４７１４及びＰＣＴ／ＪＰ２０１１／５３４８１に於いて、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ、ＰＣＨなどの光分析技術にて実行されている如き統計的処理を含まず、従って、観測対象粒子の濃度又は数密度がそれらの光分析技術で取り扱われるレベルよりも低い試料溶液中の観測対象粒子の状態又は特性を検出することを可能にするために、新規な原理に基づいて観測対象粒子を観測する光分析技術を提案した。かかる新規な光分析技術に於いては、端的に述べれば、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ等と同様に共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系などの溶液中の微小領域からの光が検出可能な光学系を用いるところ、試料溶液内に於いて光の検出領域である微小領域の位置を移動させながら、即ち、微小領域により試料溶液内を走査しながら、試料溶液中に分散してランダムに運動する光を発する粒子（以下、「発光粒子」と称する。）が微小領域内を横切るときに、微小領域中の発光粒子から発せられる光を検出し、これにより、試料溶液中の発光粒子の一つ一つを個別に検出して、発光粒子のカウンティングや試料溶液中の発光粒子の濃度又は数密度に関する情報の取得を可能にする。この新規な光分析技術（以下、「走査分子計数法」と称する。）によれば、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ、ＰＣＨなどの光分析技術と同様に測定に必要な試料が微量（例えば、数十μＬ程度）であってもよく、また、測定時間が短く、しかも、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ、ＰＣＨなどの光分析技術の場合に比して、より低い濃度又は数密度の発光粒子について、その濃度又は数密度等の特性を定量的に検出することが可能となる。

本発明の主な課題は、上記の特願２０１０−０４４７１４にて提案された走査分子計数法を更に発展させるべく、特に、発光プローブを用いて試料溶液中に分散してランダムに運動する粒子を観測するために走査分子計数法を有利に用いた方法を提案することである。

本発明によれば、共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系を用いて試料溶液中にて分散しランダムに運動する粒子に結合する発光プローブからの光を検出して粒子を検出する方法であって、粒子と発光プローブとを含む試料溶液を調製する過程と、前記の光学系の光路を変更することにより試料溶液内に於いて光学系の光検出領域の位置を移動する過程と、試料溶液内に於いて光検出領域の位置を移動させながら光検出領域からの光を検出する過程と、検出された光から個々の粒子に結合した発光プローブからの光信号を個別に検出して粒子を個別に検出する過程とを含むことを特徴とする方法が提供される。かかる構成に於いて、「試料溶液中に分散しランダムに運動する粒子」とは、試料溶液中に分散又は溶解した原子、分子又はそれらの凝集体などの粒子（発光するもの又は発光しないもののいずれであってもよい。）であって、基板などに固定されず、溶液中を自由にブラウン運動している粒子であれば任意の物であってよい。また、「発光プローブ」は、観測対象となる粒子に結合又は会合する性質を有し、且つ、光を発する物質（通常、分子又はそれらの凝集体）であり、典型的には、蛍光性粒子であるが、りん光、化学発光、生物発光、光散乱等により光を発する粒子であってもよい。共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系の「光検出領域」とは、それらの顕微鏡に於いて光が検出される微小領域であり、対物レンズから照明光が与えられる場合には、その照明光が集光された領域に相当する。なお、かかる領域は、共焦点顕微鏡に於いては、特に対物レンズとピンホールとの位置関係により確定される。発光プローブが照明光なしで発光する場合、例えば、化学発光又は生物発光により発光する分子又はそれらの凝集体の場合には、顕微鏡に於いて照明光は要しない。なお、本明細書に於いて、「光信号」という場合には、特に断らない限り、粒子に結合した発光プローブからの光を表す信号を指すものとする。

上記から理解される如く、本発明の基本的な構成に於いては、まず、検出したい粒子とその粒子に結合する発光プローブとが混合されている試料溶液を任意の手法にて調製した後、試料溶液内に於いて光検出領域の位置を移動しながら、即ち、試料溶液内を光検出領域により走査しながら、逐次的に、光の検出が行われる。そうすると、移動する光検出領域が、ランダムに運動している粒子に結合又は会合した発光プローブを包含したときには、発光プローブからの光が検出され、これにより、一つの粒子の存在が検出されることとなる（実験の態様によっては、発光プローブは一旦検出したい粒子と結合した後に光の検出時には、粒子から解離している場合もあり得る。）。そして、逐次的に検出された光に於いて発光プローブからの光信号を個別に検出して、これにより、（発光プローブと結合した）粒子の存在を一つずつ個別に逐次的に検出し、粒子の溶液内での状態に関する種々の情報が取得されることとなる。具体的には、例えば、上記の構成に於いて、個別に検出された粒子を計数して光検出領域の位置の移動中に検出された粒子の数を計数するようになっていてよい（粒子のカウンティング）。かかる構成によれば、粒子の数と光検出領域の位置の移動量と組み合わせることにより、試料溶液中の粒子の数密度又は濃度に関する情報が得られることとなる。特に、任意の手法により、例えば、所定の速度にて光検出領域の位置を移動するなどして、光検出領域の位置の移動軌跡の全体積を特定すれば、粒子の数密度又は濃度が具体的に算定できることとなる。勿論、絶対的な数密度値又は濃度値を直接的に決定するのではなく、複数の試料溶液又は濃度若しくは数密度の基準となる標準試料溶液に対する相対的な数密度若しくは濃度の比を算出するようになっていてもよい。また、上記の本発明に於いては、光学系の光路を変更して光検出領域の位置を移動するよう構成されていることにより、光検出領域の移動は、速やかであり、且つ、試料溶液に於いて機械的振動や流体力学的な作用が実質的に発生しないので、検出対象となる粒子が力学的な作用の影響を受けることなく安定した状態にて、光の計測が可能である（試料溶液中に振動や流れが作用すると、粒子の物性的性質が変化する可能性がある。）。そして、試料溶液を流通させるといった構成が必要ではないので、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ等の場合と同様に微量（１〜数十μＬ程度）の試料溶液にて計測及び分析が可能である。

上記の本発明の方法の粒子を個別に検出する過程に於いて、逐次的に検出される光信号から、１つの粒子に結合した発光プローブ（１つの発光プローブが１つの粒子に結合している場合、複数の発光プローブが１つの粒子に結合している場合、及び、実験態様によって１つの粒子に結合した後粒子から解離した発光プローブである場合を含む。以下同様）が光検出領域に入ったか否かの判定は、時系列に検出される光信号の形状に基づいて為されてよい。実施の形態に於いて、典型的には、所定の閾値より大きい強度を有する光信号が検出されたときに、１つの粒子に結合した発光プローブが光検出領域に入ったと検出されるようになっていてよい。

また、上記の光検出領域の位置を移動する過程に於いて、試料溶液内での光検出領域の位置の移動速度は、粒子に結合した発光プローブの特性又は試料溶液中の数密度又は濃度に基づいて適宜変更されてよい。当業者に於いて理解される如く、粒子に結合した発光プローブから検出される光の態様は、その特性又は試料溶液中の数密度又は濃度によって変化し得る。特に、光検出領域の移動速度が速くなると、１つの粒子に結合した発光プローブから得られる光量は低減することとなるので、１つの粒子に結合した発光プローブからの光が精度よく又は感度よく計測できるように、光検出領域の移動速度は、適宜変更されることが好ましい。

更に、上記の光検出領域の位置を移動する過程に於いて、試料溶液内での光検出領域の位置の移動速度は、好適には、検出対象となる粒子に結合した発光プローブ（即ち、粒子及び発光プローブの結合体、或いは、実験の態様によっては、粒子に結合した後、その粒子から解離した発光プローブ）の拡散移動速度（ブラウン運動による粒子の平均の移動速度）よりも高く設定される。上記に説明されている如く、本発明の方法では、光検出領域が１つの粒子に結合した発光プローブの存在位置を通過したときにその発光プローブから発せられる光を検出して、発光プローブを個別に検出する。しかしながら、粒子に結合した発光プローブが溶液中でブラウン運動することによりランダムに移動して、複数回、光検出領域を出入りする場合には、１つの発光プローブから複数回、（検出したい粒子の存在を表す）光信号が検出されてしまい、検出された光信号と１つの検出したい粒子の存在とを対応させることが困難となる。そこで、上記の如く、光検出領域の移動速度を粒子に結合した発光プローブの拡散移動速度よりも高く設定し、これにより、１つの粒子に結合した発光プローブを、１つの（粒子の存在を表す）光信号に対応させることが可能となる。なお、拡散移動速度は、粒子に結合した発光プローブによって変わるので、上記の如く、粒子に結合した発光プローブの特性（特に、拡散定数）に応じて、光検出領域の移動速度は適宜変更されることが好ましい。

光検出領域の位置の移動のための光学系の光路の変更は、任意の方式で為されてよい。例えば、レーザー走査型光学顕微鏡に於いて採用されているガルバノミラーを用いて光路を変更して光検出領域の位置が変更されるようになっていてよい。光検出領域の位置の移動軌跡は、任意に設定されてよく、例えば、円形、楕円形、矩形、直線及び曲線のうちから選択可能であってよい。

ところで、上記の説明から理解される如く、本発明の方法に於いては、検出したい粒子の存在は、その粒子と結合又は会合した発光プローブからの光を検出することによって確認される。従って、試料溶液中に粒子に結合していない発光プローブが存在すると、粒子の検出結果の精度が低下することとなる。そこで、本発明の方法の実施の態様に於いては、好適には、試料溶液中に粒子と結合していない発光プローブからの光を検出しないようにするための構成が含まれていてよい。

かかる粒子に結合していない発光プローブからの光を検出しないようにするための構成の一つとして、本発明の方法に於ける試料溶液を調製する過程に於いては、粒子に結合していない発光プローブを試料溶液内から分離する過程が実行されてよい。具体的な粒子に結合していない発光プローブの分離方法は、単体の発光プローブ若しくは粒子に結合していない発光プローブと、粒子及び発光プローブの結合体若しくは粒子に結合した発光プローブとの特性の違い、例えば、それらの大きさ又は分子量、任意の物質に対する親和性、帯電状態等の違いを利用して複数の物質を物理的に分離する任意の手法が選択されてよい。発光プローブ単体若しくは粒子に結合していない発光プローブの分離方法の実施の形態としては、クロマトグラフィー（親水／疎水性クロマトグラフィー、アフィニティ・クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィーなど）、限外濾過、電気泳動、相分離、遠心分離、溶媒抽出又はフィルター吸着等による吸着・抽出又は洗浄を含む操作等の任意の手法により、単体の発光プローブ若しくは粒子に結合していない発光プローブを、粒子及び発光プローブの結合体若しくは粒子に結合した発光プローブから分離して試料溶液内から単体の発光プローブ若しくは粒子に結合していない発光プローブを除去するようになっていてよい。

また、粒子に結合していない発光プローブからの光を検出しないようにするための別の構成として、試料溶液中に於いて発光プローブ単体若しくは粒子に結合していない発光プローブと、粒子及び発光プローブの結合体若しくは粒子に結合した発光プローブとで発光特性が異なるように、或いは、発光プローブ単体又は粒子に結合していない発光プローブからの光が（試料溶液から）放出されないように、発光プローブ又は試料溶液中のその他の成分を選択し、発光プローブ単体若しくは粒子に結合していない発光プローブと、粒子及び発光プローブの結合体若しくは粒子に結合した発光プローブとを区別できるようになっていてもよい。かかる構成は、発光プローブ単体又は粒子に結合していない発光プローブを、粒子及び発光プローブの結合体若しくは粒子に結合した発光プローブから物理的に分離する処理操作を必要としない点で有利である。

そのような構成の例の一つとして、上記の本発明の方法に於いて、発光プローブとして、検出したい粒子に結合するとその発光特性が変化する物質が選択され、光を検出する過程に於いて、検出したい粒子に結合した発光プローブからの光が選択的に検出されるようになっていてよい。例えば、検出したい粒子が核酸又は核酸類似物であるときには、発光プローブとして核酸又は核酸類似物に結合すると蛍光強度の増大や蛍光波長の変化が生ずるインターカレーター蛍光色素が選択され、検出したい粒子がタンパク質である場合には、発光プローブとしてタンパク質と結合して周囲環境が変化することにより蛍光強度や蛍光波長が変化する色素（例えば、疎水性プローブＡＮＳ、ＭＡＮＳ、ＴＮＳといった蛍光色素）が選択される。或いは、発光プローブとして、少なくとも二つの構成要素から成る物質であって、検出したい粒子に結合すると前記の少なくとも二つの構成要素の互いの位置が変化して蛍光を発する物質が採用されてもよい。そのような物質の例としては、或る粒子に結合すると、構造変化して強い蛍光を放出するようになる蛍光性タンパク質や、或る粒子に結合すると、集合して蛍光性金属錯体を形成する分子（錯体の配位子）が挙げられる。かかる構成によれば、いずれの場合も、発光プローブ単体若しくは粒子に結合していない発光プローブは、殆ど発光しないか、発光しても、粒子及び発光プローブの結合体と波長が異なるため、粒子及び発光プローブの結合体からの光を選択的に検出することが可能となる。

また、試料溶液中に於いて発光プローブ単体又は粒子に結合していない発光プローブと、粒子及び発光プローブの結合体又は粒子に結合した発光プローブとで発光特性が異なるようにする別の例に於いては、蛍光エネルギー移動現象が有利に用いられてよい。

そのような例の一つとしては、例えば、試料溶液を調製する過程に於いて、粒子に結合していない発光プローブに該発光プローブの発する光を吸収するアクセプターを結合させる過程が実行されてよい。ここで、アクセプターとは、発光プローブ単体若しくは粒子に結合していない発光プローブのみに結合又は会合する物質であって、蛍光エネルギー移動によって、発光プローブの放出する光を（すぐに）吸収する任意の物質（クエンチャー（消光剤）又はエネルギー・アクセプターなど）である。この構成によれば、検出したい粒子に結合していない発光プローブが、光検出領域に進入しても、その発光プローブは、アクセプターと結合しており、光を発しないか、粒子及び発光プローブの結合体又は粒子に結合した発光プローブの発する光とは異なる波長の光しか放出しないので、粒子及び発光プローブの結合体又は粒子に結合した発光プローブの光のみを検出することが可能となる。具体例としては、検出したい粒子が核酸又は核酸類似物であり、発光プローブが蛍光標識された核酸又は核酸類似物である場合に、試料溶液中にて検出したい粒子と発光プローブと反応させて粒子及び発光プローブの結合体を形成した後に、発光プローブの蛍光標識の光に対するアクセプターが付加された核酸又は核酸類似物を試料溶液中へ添加することにより、検出したい粒子と結合していない発光プローブにアクセプターが付加された核酸又は核酸類似物が結合し、かくして、粒子及び発光プローブの結合体のみからの光を選択的に検出することが可能となる。

また、蛍光エネルギー移動現象を利用した別の例では、互いに近接しているときに蛍光エネルギー移動現象を生ずるエネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とを有する物質であって、検出したい粒子に結合すると、エネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位との間の距離が変化するよう構成された物質が発光プローブとして採用されてもよい（モレキュラー・ビーコン法、スコーピオン法など）。この場合には、発光プローブが検出したい粒子に結合しているか否かによって、蛍光エネルギー移動現象の発生の程度が異なり、従って、発光プローブ単体は発光しないか、その発光波長と粒子及び発光プローブの結合体の発光波長とが異なることとなるので、粒子及び発光プローブの結合体からの光を選択的に検出することが可能となる。

更に、蛍光エネルギー移動現象を利用する別の例に於いては、発光プローブとして、蛍光エネルギー移動現象に於けるエネルギー・ドナーと成る第一のプローブと、蛍光エネルギー移動現象に於けるエネルギー・アクセプターと成る第二のプローブとを準備し、検出したい粒子と混合される。そうすると、粒子に第一及び第二のプローブの両方が結合して成る結合体からは、蛍光エネルギー移動現象を経て第二のプローブの光が発せられ、第一のプローブからの光と区別して、結合体からの光のみを選択的に検出することが可能となる（この場合、粒子に結合していない第二のプローブは、殆ど発光しない。）。或いは、検出したい粒子が発光プローブの発する光のエネルギー・アクセプターと成る部位を有している場合には、そのドナーとなる発光プローブを選択し、かかる発光プローブが粒子に結合することにより生ずる蛍光エネルギー移動現象を経て粒子の有するエネルギー・アクセプター部位から発せられる光を検出することにより、粒子及び発光プローブの結合体からの光のみを選択的に検出するようになっていてもよく、また、逆に、検出したい粒子が発光部位を有している場合には、発光プローブとして粒子の発光部位の発する光のエネルギー・アクセプターと成る部位を有する物質を選択し、発光プローブが粒子に結合することにより生ずる蛍光エネルギー移動現象を経て発光プローブから発せられる光を検出することにより、粒子及び発光プローブの結合体からの光のみを選択的に検出するようになっていてもよい。

本発明の方法により検出される粒子は、典型的には、タンパク質、ペプチド、核酸、脂質、糖鎖、アミノ酸若しくはこれらの凝集体などの生体分子、ウイルス、細胞などの粒子状の生物学的な対象物又は非生物学的な粒子（例えば、原子、分子、ミセル、金属コロイドなど）であってよく、発光プローブは、前記の粒子に特異的に又は非特異的に結合又は吸着する任意の物質であってよい。例えば、検出されるべき粒子が核酸であるときには、核酸に結合する色素分子、核酸結合性タンパク質などであってよい。

上記の本発明の方法は、種々の発光プローブを用いて任意の粒子を検出する実験に利用可能である。例えば、本発明の方法は、発光プローブとして、蛍光エネルギー移動現象が発生するエネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とを有し、且つ、或る粒子と結合しているときには、所定の分解反応で分解される物質を採用して、かかる発光プローブを検査されるべき試料溶液中に添加して、試料溶液の光の検出を行い、蛍光エネルギー移動現象の有無に基づいて、発光プローブが前記の粒子に結合していたか否か、即ち、試料溶液中に前記の粒子が存在していたか否かを検査する、といった実験に利用することができる。即ち、上記の本発明の一つの態様によれば、発光プローブが蛍光エネルギー移動を生ずるエネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とを有し、試料溶液を調製する過程が検出したい粒子と結合した発光プローブを分解する反応を実行する過程を含み、検出される光が前記の反応により分解された発光プローブから放出される光であることを特徴とする方法が提供される。

上記の本発明の方法により実現される光分析技術は、その光検出機構自体については、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ、ＰＣＨなどの光分析技術の場合と同様に、共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光検出領域からの光を検出するよう構成されているので、試料溶液の量は、同様に微量であってよい。しかしながら、本発明に於いては、蛍光強度のゆらぎを算出するといった統計的処理が実行されないので、本発明の光分析技術は、粒子の数密度又は濃度がＦＣＳ、ＦＩＤＡ、ＰＣＨ等の光分析技術に必要であったレベルよりも大幅に低い試料溶液に適用可能である。

また、本発明では、溶液中に分散又は溶解した粒子の各々を個別に検出するようになっているので、その情報を用いて、定量的に、粒子のカウンティングや試料溶液中の粒子の濃度又は数密度の算定又は濃度又は数密度に関する情報の取得が可能となる。例えば、特許文献５，６に記載の技術では、所定時間内に於ける所定の閾値以上の強度を有する蛍光信号の頻度の集計値と試料溶液中の蛍光分子等の粒子数との相関を得ることが可能であるが、計測領域を通過する粒子の動的な振る舞い（粒子が計測領域を真直ぐ通過したのか、粒子が計測領域内に滞留していたのか）を把握することはできず、従って、所定の閾値以上の強度を有する蛍光信号と計測領域を通過する粒子との対応が不明確であったため、発光粒子のカウンティングは原理的に不可能であり、試料溶液中の粒子の濃度を精度よく決定することが困難であった。しかしながら、本発明によれば、光検出領域を通過する粒子と検出された光信号とを１対１に対応させて粒子を一つずつ検出するので、溶液中に分散してランダムに運動する粒子のカウンティングが可能となり、従前に比して、精度よく試料溶液中の粒子の濃度又は数密度を決定することが可能となる。実際、実施形態の欄に記載されている如く、本発明に従って発光プローブを用いて試料溶液中の粒子を個別に検出しその数を計数して粒子濃度を決定する方法によれば、蛍光分光光度計やプレートリーダーにより計測された蛍光強度に基づいて決定可能な濃度よりも更に低い濃度まで決定可能であることが明らかになった。また、複数の発光プローブが１つの粒子に結合する系については、低濃度側だけでなく、高濃度側についても、従前に比して精度良く溶液中の粒子濃度を決定できることが明らかになった。

更に、光学系の光路を変更して試料溶液中を光検出領域にて走査する態様によれば、試料溶液に対して機械的振動や流体力学的な作用を与えずに、試料溶液内を一様に或いは試料溶液が機械的に安定した状態で観測することになるので、例えば、試料に流れを発生させる場合（流れを与える場合には常に一様な流速を与えることは困難であると共に、装置構成が複雑となり、また、必要な試料量が大幅に増大すると共に、流れによる流体力学的作用によって溶液中の粒子、発光プローブ若しくは結合体又はその他の物質が変質又は変性してしまう可能性がある。）に比して、定量的な検出結果の信頼性が向上し、また、試料溶液中の検出対象となる粒子に対して力学的な作用による影響又はアーティファクトの無い状態で計測が行えることとなる。

本発明のその他の目的及び利点は、以下の本発明の好ましい実施形態の説明により明らかになるであろう。

図１（Ａ）は、本発明による光分析装置の内部構造の模式図である。図１（Ｂ）は、コンフォーカル・ボリューム（共焦点顕微鏡の観察領域）の模式図である。図１（Ｃ）は、ミラー７の向きを変更して試料溶液内に於いて光検出領域の位置を移動する機構の模式図である。図２（Ａ）、（Ｂ）は、それぞれ、本発明による光分析技術による光検出の原理を説明する模式図及び計測される光強度の時間変化の模式図である。図３は、粒子に結合していない発光プローブの光を検出しないようにするための構成の例を模式的に示した図である。図４（Ａ）、（Ｂ）は、それぞれ、観測対象粒子がブラウン運動をしながら光検出領域を横切る場合のモデル図と、その場合のフォトンカウント（光強度）の時間変化の例を示す図である。図５（Ａ）、（Ｂ）は、それぞれ、試料溶液内の光検出領域の位置を観測対象粒子の拡散移動速度よりも速い速度にて移動することにより観測対象粒子が光検出領域を横切る場合のモデル図と、その場合のフォトンカウント（光強度）の時間変化の例を示す図である。図６は、本発明の方法により計測されたフォトンカウント（光強度）の時間変化から粒子のカウンティングをするための処理手順をフローチャートの形式で表した図である。図７は、本発明の方法により計測されたフォトンカウント（光強度）の時間変化から粒子のカウンティングをするための処理手順に於ける検出信号の信号処理過程の例を説明する図である。図８は、本発明の方法により計測されたフォトンカウントデータの実測例（棒グラフ）と、データをスムージングして得られる曲線（点線）と、パルス存在領域にてフィッティングされたガウス関数（実線）を示している。図中、「ノイズ」と付された信号は、ノイズ又は異物による信号であるとして無視される。図９は、（Ａ）本発明の方法に従った核酸の濃度検出実験の結果、（Ｂ）プレートリーダーを用いた核酸の濃度検出実験の結果及び（Ｃ）核酸の濃度検出実験に於ける分子の状態の模式図を、それぞれ示している。図１０は、（Ａ）本発明の方法による、モレキュラー・ビーコンを用いた或る塩基配列を有する核酸の検出実験の結果及び（Ｂ）プレートリーダーに於けるモレキュラー・ビーコンを用いた核酸の検出実験の結果を、それぞれ示している。図１１は、本発明の方法による、未反応の蛍光標識プローブを物理的な精製により除去した試料溶液中の観測対象粒子の検出実験の結果を示している。図中、棒グラフは、平均値であり、エラーバーは、標準偏差である。図１２（Ａ）は、本発明の方法による、蛍光エネルギー移動（FRET）を用いた核酸の検出実験に於ける分子の状態を模式的に示した図であり、図１２（Ｂ）は、検出されたパルス数の実験の結果を示している。図中、棒グラフは、平均値であり、エラーバーは、標準偏差である。図１３（Ａ）は、本発明の方法による、蛍光消光法を用いた核酸（観測対象粒子）の検出実験に於ける分子の状態を模式的に示した図であり、図１３（Ｂ）は、検出されたパルス数の実験の結果を示している。図中、棒グラフは、平均値であり、エラーバーは、標準偏差である。図１４（Ａ）は、本発明の方法による、ＱＵＡＬ反応を用いた核酸の検出実験に於ける分子の状態を模式的に示した図であり、図１４（Ｂ）は、検出されたパルス数の実験の結果を示している。図中、棒グラフは、平均値であり、エラーバーは、標準偏差である。図１５は、従来の蛍光強度のゆらぎを算出する光分析技術に於いて得られるフォトンカウント（光強度）の時間変化の例であり、（Ａ）は、試料内の粒子の濃度が、十分な計測精度が与えられる程度である場合であり、（Ｂ）は、（Ａ）の場合よりも大幅に試料内の粒子の濃度が低い場合である。

１…光分析装置（共焦点顕微鏡）
２…光源
３…シングルモードオプティカルファイバー
４…コリメータレンズ
５、１４ａ…ダイクロイックミラー
６、７、１１…反射ミラー
８…対物レンズ
９…マイクロプレート
１０…ウェル（試料溶液容器）
１２…コンデンサーレンズ
１３…ピンホール
１４…バリアフィルター
１５…マルチモードオプティカルファイバー
１６…光検出器
１７…ミラー偏向器
１７ａ…ステージ位置変更装置
１８…コンピュータ

以下、本発明の好ましい実施形態について詳細に説明する。

光分析装置の構成
本発明による方法は、基本的な構成に於いて、図１（Ａ）に模式的に例示されている如き、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ等が実行可能な共焦点顕微鏡の光学系と光検出器とを組み合わせてなる光分析装置により実現可能である。同図を参照して、光分析装置１は、光学系２〜１７と、光学系の各部の作動を制御すると共にデータを取得し解析するためのコンピュータ１８とから構成される。光分析装置１の光学系は、通常の共焦点顕微鏡の光学系と同様であってよく、そこに於いて、光源２から放射されシングルモードファイバー３内を伝播したレーザー光（Ｅｘ）が、ファイバーの出射端に於いて固有のＮＡにて決まった角度にて発散する光となって放射され、コリメーター４によって平行光となり、ダイクロイックミラー５、反射ミラー６、７にて反射され、対物レンズ８へ入射される。対物レンズ８の上方には、典型的には、１〜数十μＬの試料溶液が分注される試料容器又はウェル１０が配列されたマイクロプレート９が配置されており、対物レンズ８から出射したレーザー光は、試料容器又はウェル１０内の試料溶液中で焦点を結び、光強度の強い領域（励起領域）が形成される。試料溶液中には、観測対象物である粒子と、かかる粒子と結合する発光プローブ、典型的には、蛍光色素等の発光標識が付加された分子が分散又は溶解されており、発光プローブと結合又は会合した粒子（実験の態様によっては、粒子と一旦結合した後粒子から解離した発光プローブ）が励起領域に進入すると、その間、発光プローブが励起され光が放出される。放出された光（Ｅｍ）は、対物レンズ８、ダイクロイックミラー５を通過し、ミラー１１にて反射してコンデンサーレンズ１２にて集光され、ピンホール１３を通過し、バリアフィルター１４を透過して（ここで、特定の波長帯域の光成分のみが選択される。）、マルチモードファイバー１５に導入されて、光検出器１６に到達し、時系列の電気信号に変換された後、コンピュータ１８へ入力され、後に説明される態様にて光分析のための処理が為される。なお、当業者に於いて知られている如く、上記の構成に於いて、ピンホール１３は、対物レンズ８の焦点位置と共役の位置に配置されており、これにより、図１（Ｂ）に模式的に示されている如きレーザー光の焦点領域、即ち、励起領域内から発せられた光のみがピンホール１３を通過し、励起領域以外からの光は遮断される。図１（Ｂ）に例示されたレーザー光の焦点領域は、通常、１〜１０ｆＬ程度の実効体積を有する本光分析装置に於ける光検出領域であり（典型的には、光強度が領域の中心を頂点とするガウス型分布又はローレンツ型分布となる。実効体積は、光強度が１／ｅ^２となる面を境界とする略楕円球体の体積である。）、コンフォーカル・ボリュームと称される。また、本発明では、１つの粒子及び発光プローブの結合体又は発光プローブからの光、例えば、一個又は数個の蛍光色素分子からの微弱光が検出されるので、光検出器１６としては、好適には、フォトンカウンティングに使用可能な超高感度の光検出器が用いられる。また、顕微鏡のステージ（図示せず）には、観察するべきウェル１０を変更するべく、マイクロプレート９の水平方向位置を移動するためのステージ位置変更装置１７ａが設けられていてよい。ステージ位置変更装置１７ａの作動は、コンピュータ１８により制御されてよい。かかる構成により、検体が複数在る場合にも、迅速な計測が達成可能となる。

更に、上記の光分析装置の光学系に於いては、光学系の光路を変更して試料溶液内を光検出領域により走査する、即ち、試料溶液内に於いて焦点領域（即ち、光検出領域）の位置を移動するための機構が設けられる。かかる光検出領域の位置を移動するための機構としては、例えば、図１（Ｃ）に模式的に例示されている如く、反射ミラー７の向きを変更するミラー偏向器１７が採用されてよい。かかるミラー偏向器１７は、通常のレーザー走査型顕微鏡に装備されているガルバノミラー装置と同様であってよい。また、所望の光検出領域の位置の移動パターンを達成するべく、ミラー偏向器１７は、コンピュータ１８の制御の下、光検出器１６による光検出と協調して駆動される。光検出領域の位置の移動軌跡は、円形、楕円形、矩形、直線、曲線又はこれらの組み合わせから任意に選択されてよい（コンピュータ１８に於けるプログラムに於いて、種々の移動パターンが選択できるようになっていてよい。）。なお、図示していないが、対物レンズ８を上下に移動することにより、光検出領域の位置が上下方向に移動されるようになっていてもよい。上記の如く、試料溶液を移動するのではなく、光学系の光路を変更して光検出領域の位置を移動する構成によれば、試料溶液内に機械的な振動や流体力学的な作用が実質的に発生することがなくなり、観測対象物に対する力学的な作用の影響を排除することが可能となり、安定的な計測が達成される。

粒子及び発光プローブの結合体又は発光プローブが多光子吸収により発光する場合には、上記の光学系は、多光子顕微鏡として使用される。その場合には、励起光の焦点領域（光検出領域）のみで光の放出があるので、ピンホール１３は、除去されてよい。また、粒子及び発光プローブの結合体又は発光プローブが化学発光や生物発光現象により励起光によらず発光する場合には、励起光を生成するための光学系２〜５が省略されてよい。粒子及び発光プローブの結合体又は発光プローブがりん光又は散乱により発光する場合には、上記の共焦点顕微鏡の光学系がそのまま用いられる。更に、光分析装置１に於いては、図示の如く、複数の励起光源２が設けられていてよく、粒子及び発光プローブの結合体又は発光プローブを励起する光の波長によって適宜、励起光の波長が選択できるようになっていてよい。同様に、光検出器１６も複数個備えられていてよく、試料中に波長の異なる複数種の粒子及び発光プローブの結合体又は発光プローブが含まれている場合に、それらからの光を波長によって別々に検出できるようになっていてよい。

本発明の光分析技術の原理
ＦＣＳ、ＦＩＤＡ等の分光分析技術は、従前の生化学的な分析技術に比して、必要な試料量が極めて少なく、且つ、迅速に検査が実行できる点で優れている。しかしながら、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ等の分光分析技術では、原理的に、観測対象粒子の濃度や特性は、蛍光強度のゆらぎに基づいて算定されるので、精度のよい測定結果を得るためには、試料溶液中の観測対象粒子の濃度又は数密度が、図１５（Ａ）に模式的に描かれているように、蛍光強度の計測中に常に一個程度の観測対象粒子が光検出領域ＣＶ内に存在するレベルであり、同図の右側に示されている如く、計測時間中に常に有意な光強度（フォトンカウント）が検出されることが要求される。もし観測対象粒子の濃度又は数密度がそれよりも低い場合、例えば、図１５（Ｂ）に描かれているように、観測対象粒子がたまにしか光検出領域ＣＶ内へ進入しないレベルである場合には、同図の右側に例示されている如く、有意な光強度（フォトンカウント）が、計測時間の一部にしか現れないこととなり、精度のよい光強度のゆらぎの算定が困難となる。また、観測対象粒子の濃度が計測中に常に一個程度の観測対象粒子が光検出領域内に存在するレベルよりも大幅に低い場合には、光強度のゆらぎの演算に於いて、バックグラウンドの影響を受けやすく、演算に十分な量の有意な光強度データを得るために計測時間が長くなる。

そこで、本発明に於いては、観測対象粒子の濃度が、上記の如きＦＣＳ、ＦＩＤＡ等の分光分析技術にて要求されるレベルよりも低い場合でも、観測対象粒子の数密度又は濃度等の特性の検出を可能にする新規な原理に基づく光分析技術が提案される。

本発明の光分析技術に於いて、実行される処理としては、端的に述べれば、光検出領域の位置を移動するための機構（ミラー偏向器１７）を駆動して光路を変更し、図２にて模式的に描かれているように、試料溶液内に於いて光検出領域ＣＶの位置を移動しながら、即ち、光検出領域ＣＶにより試料溶液内を走査しながら、光検出が実行される。そうすると、例えば、図２（Ａ）の如く、光検出領域ＣＶが移動する間（図中、時間ｔｏ〜ｔ２）に於いて１つの粒子（図中、発光プローブとして蛍光色素が結合している。）の存在する領域を通過する際（ｔ１）には、図２（Ｂ）に描かれている如く有意なパルス状の光強度（Ｅｍ）が検出されることとなる。かくして、上記の光検出領域ＣＶの位置の移動と光検出を実行し、その間に出現する図２（Ｂ）に例示されている如き有意な光強度を一つずつ検出することによって、発光プローブの結合した粒子が個別に検出され、その数をカウントすることにより、計測された領域内に存在する粒子の数、或いは、濃度若しくは数密度に関する情報が取得できることとなる。かかる本発明の光分析技術の原理に於いては、蛍光強度のゆらぎの算出の如き、統計的な演算処理は行われず、粒子が一つずつ検出されるので、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ等では十分な精度にて分析ができないほど、観測されるべき粒子の濃度が低い試料溶液でも、粒子の濃度若しくは数密度に関する情報が取得可能であることは理解されるべきである。

また、後に説明される実施例に於いて示されている如く、本発明による試料溶液中の粒子を個別に検出し計数する方法によれば、蛍光分光光度計やプレートリーダーにより計測される蛍光強度から蛍光標識された粒子の濃度を測定する場合よりも、より低い濃度まで測定することが可能である。蛍光分光光度計やプレートリーダーによって或る蛍光標識された粒子の濃度を測定する場合、通常、蛍光強度が蛍光標識された粒子の濃度に比例すると仮定される。しかしながら、その場合、蛍光標識された粒子の濃度が十分に低くなると、蛍光標識された粒子から発せられた光による信号の量に対するノイズ信号の量が大きくなり（Ｓ／Ｎ比の悪化）、蛍光標識された粒子の濃度と光信号量との間の比例関係が崩れ、決定される濃度値の精度が悪化することとなる。他方、本発明の方法では、検出された光信号から個々の粒子に対応する信号を検出する過程で、検出結果からノイズ信号が排除され、個々の粒子に対応する信号のみを計数して濃度を算出するので、蛍光強度が蛍光標識された粒子の濃度に比例するとの仮定により濃度を検出する場合よりも低い濃度まで検出できることとなる。

更にまた、観測対象粒子の１つに複数の発光プローブが結合する場合には、本発明による試料溶液中の粒子を個別に検出し計数する方法によれば、蛍光強度が蛍光標識された粒子の濃度に比例するとの仮定の下に濃度を決定する従前の方法よりも、粒子濃度の高い側での粒子濃度の測定精度も向上する。観測対象粒子の一つに複数の発光プローブが結合する場合で或る量の発光プローブが試料溶液に添加されているとき、観測対象粒子の濃度が高くなると、相対的に粒子に結合する発光プローブの数が低減する。その場合、一つの観測対象粒子当たりの蛍光強度が低減するために、蛍光標識された粒子の濃度と光量との間の比例関係が崩れ、決定される濃度値の精度が悪化することとなる。他方、本発明の方法では、検出された光信号から個々の粒子に対応する信号を検出する過程で、一つの粒子当たりの蛍光強度の低減の影響は少なく、粒子数から濃度を算出するので、蛍光強度が蛍光標識された粒子の濃度に比例するとの仮定により濃度を検出する場合よりも高い濃度まで検出できることとなる。

本発明の処理操作過程
図１（Ａ）に例示の光分析装置１を用いた本発明による方法に於いては、具体的には、（１）発光プローブとそれが結合する観測対象粒子を含む試料溶液の調製、（２）試料溶液の光強度の測定処理過程と、（３）測定された光強度の分析処理過程とが実行される。

（１）試料溶液の調製
本発明の方法の観測対象粒子は、溶解された分子等の、試料溶液中にて分散し溶液中にてランダムに運動する粒子であれば、任意のものであってよく、例えば、タンパク質、ペプチド、核酸、脂質、糖鎖、アミノ酸若しくはこれらの凝集体などの生体分子、ウイルス、細胞、或いは、金属コロイド、その他の非生物学的分子などであってよい。観測対象粒子は、典型的には、試料溶液（典型的には水溶液であるが、これに限定されず、有機溶媒その他の任意の液体であってよい。）中にて、発光標識（蛍光分子、りん光分子、化学・生物発光分子）が任意の態様にて付加された発光プローブと混合され、発光プローブが観測対象粒子と結合又は会合して結合体を形成することにより、発光プローブの発する光が観測対象粒子の存在の目印となり、観測対象粒子が検出されることとなる（後で述べる如く、実験の態様によっては、観測対象粒子に一旦結合した後、所定の処理を経て粒子から遊離した発光プローブが検出されることにより観測対象粒子が検出される。）。観測対象粒子と発光プローブの組合せの例としては、観測対象粒子が核酸であるときには、発光プローブは、観測対象粒子である核酸の塩基配列に相補的な塩基配列を有する核酸又は核酸類似物、核酸結合性タンパク質、核酸結合性抗体などが選択される。具体的な例として、ＤＮＡ−ＲＮＡの会合体である観測対象粒子に対して、発光プローブとして蛍光標識されたＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド識別抗体とする例（ハイブリッドキャプチャー法）が挙げられる。

上記の如く、観測対象粒子と発光プローブとを混合して粒子と発光プローブとの結合体を形成することに関して、注意されるべきことは、試料溶液中の実質的に全ての観測対象粒子が発光プローブと結合又は会合している必要があるという点である。即ち、発光プローブと結合又は会合していない観測対象粒子が存在していると、その数だけ試料溶液中の観測対象粒子の数及び／又は濃度が低く観測されてしまう。従って、確実に、実質的に全ての観測対象粒子を発光プローブと結合又は会合させるためには、粒子及び発光プローブの結合体の形成に際して、試料溶液中に於いて、発光プローブの数が観測対象粒子の数よりも上回るように発光プローブを試料溶液へ添加する必要がある。しかしながら、その場合、当然に、試料溶液中で、観測対象粒子に結合又は会合していない発光プローブが存在することとなり、かかる観測対象粒子に結合していない発光プローブ又は発光プローブ単体からの光が粒子及び発光プローブの結合体からの光と区別なく検出されると、やはり観測対象粒子の検出精度が悪化することとになる。従って、発光プローブを用いて観測対象粒子を個別に検出する光分析技術による本発明の方法に於いては、好適には、観測対象粒子に結合していない発光プローブ又は発光プローブ単体からの光が検出されないようにするための構成、即ち、観測対象粒子に結合していない発光プローブ又は発光プローブ単体からの光を検出結果から排除する構成が用いられてよい。かかる構成としては、例えば、以下の構成が採用されてよい。

（ｉ）試料溶液中からの観測対象粒子に結合していない発光プローブの分離
観測対象粒子に結合していない発光プローブからの光を検出結果から排除する構成の一つに於いては、図３（ａ）に模式的に示されている如く、粒子及び発光プローブの結合体の形成後に、観測対象粒子に結合していない発光プローブ又は発光プローブ単体と、粒子及び発光プローブの結合体又は観測対象粒子に結合した発光プローブとの特性の違い、例えば、それらの大きさ又は分子量、任意の物質に対する親和性、帯電状態等の違いを利用して複数の物質を物理的に分離する任意の手法により、観測対象粒子に結合していない発光プローブ又は発光プローブ単体が試料溶液から分離され除去されてよい。具体的には、クロマトグラフィー（親水／疎水性クロマトグラフィー、アフィニティ・クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィーなど）、限外濾過、電気泳動、相分離、遠心分離、溶媒抽出、或いは、フィルター吸着等による吸着・抽出又は洗浄を含む操作等の、この分野で通常行われる物理的な物質の分離方法が採用されてよい。また、ＥＬＩＳＡ法の如く、観測対象粒子及び発光プローブを混合した試料溶液に、更に、観測対象粒子に結合する別のプローブ（分離用プローブ）を混合して観測対象粒子に結合させ、次いで、試料溶液を分離用プローブに結合する担体に曝して、観測対象粒子と発光プローブと分離用プローブとからなる結合体のみを担体に保持する一方、試料溶液中の発光プローブ単体を分離及び除去し（例えば、洗浄する）、試料溶液から発光プローブ単体を排除する方法が用いられてもよい。

（ii）波長特性が変化する蛍光色素の利用
この分野に於いて、或る物質に結合している場合と結合していない場合とで波長特性が変化する蛍光色素が種々知られている。そこで、観測対象粒子に結合していない発光プローブ又は発光プローブ単体からの光を検出結果から排除するために、図３（ｃ）に模式的に描かれている如く、観測対象粒子に結合すると波長特性が変化する蛍光色素が、発光プローブとして採用されてよい。かかる発光プローブを採用する場合には、発光プローブが観測対象粒子に結合した場合に発光プローブから放出される光を選択的に検出することにより、単体の又は観測対象粒子に結合していない発光プローブを物理的に排除する操作を要することなく、観測対象粒子及び発光プローブの結合体又は観測対象粒子に結合した発光プローブからの光を選択的に検出できることとなる。そのような蛍光色素としては、観測対象粒子に結合すると、励起及び／又は発光波長が変化するもの、或いは、観測対象粒子に結合すると、蛍光強度を顕著に増大するものであってよい。そのような例としては、例えば、核酸又は核酸類似物である観測対象粒子に対しては、核酸のインターカレーター蛍光色素（エチジウム・ブロマイド、アクリジン・オレンジ、SYTOX Orange、SYTOX Red、SYBR Green I、SYBR Green II、SYBR Gold、Picogreen、OllGreen、Gel Red、Gel Green、Ribo Green、EvaGreen、シアニン骨格を有する色素など）が発光プローブとして採用可能である。また、観測対象粒子がタンパク質である場合には、タンパク質と結合して周囲環境が変化することにより蛍光強度や蛍光波長が変化する色素が、発光プローブとして採用可能である。そのような色素としては、例えば、疎水性プローブである１−アニリノナフタレン−８−スルホン酸（ＡＮＳ）、Ｎ−メチル−２−アニリノナフタレン−６−スルホン酸（ＭＡＮＳ）、２−ｐ−トルイジニルナフタレン−６−スルホン酸（ＴＮＳ）などのナフタレンスルホン酸類、ジメチルアミノナフタレン（ダンシル）類、局所的なｐＨや誘電率の影響を受けやすいＴＡＭＲＡ、フルオレセイン、6-joe、BODIPY、TMR、BODIPY TR、Alexa 488、Alexa 532、BODIPY FL、BODIPY FL/C3、BODIPY FL/C6、FITC、EDANS、ローダミン６Ｇ、TMR、TMRITC、ｘ−ローダミン、Texas Red、BODIPY 5-FAM、BODIPY R6G、BODIPY 581といった蛍光色素が利用可能である。

また、上記の如き蛍光色素の他、少なくとも二つの構成要素から成る物質であって、検出したい粒子に結合すると前記の少なくとも二つの構成要素の互いの位置が変化して蛍光を発する物質が、観測対象粒子に結合すると波長特性が変化する発光プローブとして、採用することが可能である。そのような物質の例としては、或る粒子に結合すると、構造変化して強い蛍光を放出するようになる蛍光性タンパク質や、或る粒子に結合すると、集合して蛍光性金属錯体を形成する分子（錯体の配位子）が挙げられる。

（iii）蛍光エネルギー移動現象の利用
観測対象粒子に結合していない発光プローブからの光を検出結果から排除するための別の構成として、少なくとも２種類の蛍光色素を用いて蛍光エネルギー移動現象の効果を利用して、観測対象粒子に結合していない発光プローブから光が発せられないようにするか、観測対象粒子及び発光プローブの結合体又は観測対象粒子に結合した発光プローブからの光の波長と、単体の又は観測対象粒子に結合していない発光プローブからの光の波長とが互いに異なるようにし、観測対象粒子及び発光プローブの結合体又は観測対象粒子に結合した発光プローブからの光のみを装置１で検出する手法が採用されてもよい。蛍光エネルギー移動現象を利用した態様は、例えば、以下の如くであってよい。

（例１）蛍光エネルギー移動現象を利用した構成として、蛍光消光法が用いられてよい。具体的には、図３（ｂ）に模式的に示されている如く、観測対象粒子と発光プローブとの結合体の形成後に、単体の又は観測対象粒子に結合していない発光プローブには結合するが、粒子と発光プローブとの結合体には結合しない物質であって、発光プローブの発する光を蛍光エネルギー移動により吸収する物質（光アクセプター）が、試料溶液中に添加され、試料溶液中の観測対象粒子に結合していない発光プローブ又は発光プローブ単体にのみ結合させられる。そして、かくして光アクセプターを混合した試料溶液を光分析装置１にて観測した場合、粒子及び発光プローブの結合体に於いては、発光プローブから光が発せられ、光検出器にて検出されるが、光アクセプターが結合した単体の又は観測対象粒子に結合していない発光プローブから発せられた光は、かかる光アクセプターに吸収され、従って単体の又は観測粒子に結合していない発光プローブからの光が消光され、検出結果に反映されないこととなる。そのような例として、例えば、核酸又は核酸類似物である観測対象粒子に対して、発光プローブとして、蛍光標識した核酸又は核酸類似物を用いた場合に、観測対象粒子に発光プローブを結合させた後に、光アクセプターとして、発光プローブの蛍光標識の光を吸収する光アクセプター部位を有し且つ発光プローブに相補的な塩基配列を有する核酸又は核酸類似物を添加することにより、発光プローブに光アクセプターが結合し、これにより、観測対象粒子に結合していない発光プローブの蛍光を消光することが可能である。

（例２）発光プローブとして、エネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とを有する物質であって、該発光プローブが観測対象粒子に結合すると、エネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位との間の距離が変化するよう構成された物質が採用されてよい。そのような発光プローブの例として、例えば、モレキュラー・ビーコン、即ち、図３（ｄ）に模式的に描かれている如く、蛍光エネルギー移動現象に於いてエネルギー・ドナー及びエネルギー・アクセプターと成る二つの色素が付加された核酸分子が挙げられる。かかるモレキュラー・ビーコンに於いては、単体では（図３（ｄ）左）、付加された色素が近接し、これにより、エネルギー・ドナーに対する励起光の照射の際に蛍光エネルギー移動現象が生じてエネルギー・ドナーの放出する光がエネルギー・アクセプターに移動して消光されるか、エネルギー・アクセプターの色素の発光波長の光（波長２の光）が放出されるが、モレキュラー・ビーコンが観測対象粒子（核酸又は核酸類似物）に結合すると（図３（ｄ）右）、二つの色素間の距離が離れ、エネルギー・ドナーに対する励起光の照射の際に蛍光エネルギー移動現象が起こらず、その結果、エネルギー・ドナーの発光波長の光（波長１の光）が放出される。従って、観測の際には、モレキュラー・ビーコンのエネルギー・ドナーの発光波長の光のみを選択的に検出することにより、試料溶液中にモレキュラー・ビーコン単体が存在していても、観測対象粒子を検出することが可能となる。また、類似の原理としてスコーピオンプローブが用いられてもよい。なお、図示の例とは逆に、発光プローブ単体（又は観測対象粒子に結合していない発光プローブ）に於いて、蛍光エネルギー移動現象が発生せず、粒子及び発光プローブの結合体に於いて蛍光エネルギー移動現象が発生するよう構成された発光プローブが用いられてもよい（その場合には、エネルギー・アクセプターの発光波長の光が選択的に検出される。）。更に、発光プローブは、核酸又は核酸類似物に限らず、少なくとも二つの発光部位を有し、観測対象粒子に結合又は会合すると、少なくとも二つの発光部位間の距離が変化し、これにより、放出される光の波長が変化する物質であってもよい。

（例３）図２（ｅ）に模式的に示されている如く、発光プローブとして、エネルギー・ドナーと成る第一のプローブ（発光プローブ１）と、エネルギー・アクセプターと成る第二のプローブ（発光プローブ２）とがそれぞれ準備され、試料溶液中へ添加される。そうすると、観測対象粒子には、発光プローブ１と発光プローブ２との双方が結合して結合体を形成し、かかる状態で発光プローブ１を励起する光が照射されると、結合体内で、蛍光エネルギー移動現象が生じ、結合体からは、発光プローブ２の発光波長の光（波長２）が放出される。一方、観測対象粒子に結合していない発光プローブ１からは、その発光波長の光（波長１）が放出され、観測対象粒子に結合していない発光プローブ２は、実質的に励起されず、発光しないこととなる。かくして、図３（ｅ）の系では、発光プローブ１を発光させることにより、発光プローブ２の発光波長の光が結合体のみから放出されることになるので、発光プローブ２の発光波長の光を選択的に検出することにより、試料溶液中から発光プローブを物理的に除去せずに、高精度にて観測対象粒子の検出をすることが可能となる。

（例４）観測対象粒子が発光部位を有している場合には、発光プローブとして、観測対象粒子の発光部位に対するエネルギー・ドナーとなる物質が選択されてよい。その場合、図３（ｆ）に模式的に記載されている如く、発光プローブ単体からは、その発光波長の光（波長１）が放出される一方、発光プローブが結合した観測対象粒子に於いては、発光プローブから放出された光が観測対象粒子の発光部位に吸収され、しかる後、観測対象粒子の発光部位の発光波長の光（波長２）が放出される。かくして、発光プローブを発光させながら、観測対象粒子の発光部位の発光波長の光を選択的に検出することにより、試料溶液中から発光プローブを物理的に除去せずに、高精度にて観測対象粒子の検出をすることが可能となる。そのような例として、例えば、観測対象粒子が核酸であるときに、発光プローブとして、核酸に結合すると、核酸中のグアニンにエネルギーを与える（グアニンがエネルギー・アクセプターと成る）任意の蛍光標識された物質が選択されてよい。また、観測対象粒子がタンパク質であるときに、発光プローブとして、タンパク質に結合すると、タンパク質中のトリプトファンにエネルギーを与える（即ち、トリプトファンがエネルギー・アクセプターと成る）任意の標識された物質が選択されてよい。

（例５）観測対象粒子が発光部位を有している場合には、発光プローブとして、観測対象粒子の発光部位に対するエネルギー・アクセプターとなる物質が選択されてよい。その場合、図３（ｇ）に模式的に記載されている如く、発光プローブが結合した観測対象粒子に於いては、発光プローブが観測対象粒子の発光部位から放出された光を吸収し、更に発光プローブの発光波長の光（波長２）を放出するのに対し、発光プローブ単体は発光しないこととなる。かくして、観測対象粒子の発光部位を発光させながら、発光プローブの発光波長の光を選択的に検出することにより、試料溶液中から発光プローブを物理的に除去せずに、高精度にて観測対象粒子の検出をすることが可能となる。

（iv）観測対象粒子又は発光プローブの分解反応を伴う計測への利用
ところで、核酸の塩基配列、構造又は特性を研究する分野に於いて、蛍光エネルギー移動現象が発生するエネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とを有する核酸分子であって、その塩基配列と相補的な核酸に結合した状態に於いて所定の分解反応で分解されるよう構成された核酸分子を、核酸の塩基配列を探索するためのプローブとして利用する実験方法が知られている。かかる実験方法に於いては、端的に述べれば、まず、検査したい試料へ上記のプローブが添加され、もしその試料中にプローブの塩基配列と相補的な塩基配列を含む核酸が存在している場合には、その核酸にプローブが結合することとなる（図３（ｈ）左図参照）。その状態で所定の分解反応が実行されると、核酸に結合したプローブのみ又はプローブと核酸の両方が分解され、プローブ上のエネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とがばらばらになるため（図３（ｈ）右図参照）、蛍光エネルギー移動現象が発生しなくなり、その結果、エネルギー・ドナー部位からの光（波長１）が観測可能となる。一方、試料中にプローブの塩基配列と相補的な塩基配列を含む核酸が存在しない場合には、プローブは、核酸に結合せず、所定の分解反応を実行してもプローブは分解されず、従って、プローブ上で、エネルギー・ドナー部位からの光は、エネルギー・アクセプター部位に吸収され外部に放出されないままとなる。即ち、上記の実験では、エネルギー・ドナー部位からの光が検出されるか否かによって、試料中に検出したい核酸が試料中に存在するか否かが検出できることとなる。

本発明の方法は、上記の如き、蛍光エネルギー移動現象が発生する発光プローブであって、観測対象粒子（例えば、核酸）に結合すると、所定の分解反応で分解される発光プローブを用いた実験に利用することが可能である。その場合、装置に於いて検出される光は、観測対象粒子に結合し、更に分解された発光プローブの放出する光となる。このような実験方法の例としては、例えば、
（ａ）検査されるべき核酸又は核酸類似物（観測対象粒子）を含む試料溶液に、蛍光エネルギー移動現象が発生するエネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とを有するＤＮＡである発光プローブを添加し、５’−３’エキソヌクレアーゼ活性を有するＤＮＡポリメラーゼにより発光プローブが分解されるか否かを検出する方法（Ｔａｑｍａｎ法）、
（ｂ）検査されるべき核酸又は核酸類似物（観測対象粒子）を含む試料溶液に、蛍光エネルギー移動現象が発生するエネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とを有し一部にＲＮＡを含むＤＮＡである発光プローブを添加し、ＲＮａｓｅＨにより発光プローブが分解されるか否かを検出する方法（Ｃｙｃｌｅａｖｅ法）、
（ｃ）検査されるべき核酸又は核酸類似物（観測対象粒子）を含む試料溶液に、蛍光エネルギー移動現象が発生するエネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とを有し一部に制限酵素識別領域を含むＤＮＡである発光プローブを添加し、制限酵素により発光プローブが分解されるか否かを検出する方法、
（ｄ）検査されるべき核酸又は核酸類似物（観測対象粒子）を含む試料溶液に、蛍光エネルギー移動現象が発生するエネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とを有するＤＮＡである発光プローブを添加し、二重鎖核酸を特異的に分解するエキソヌクレアーゼにより発光プローブが分解されるか否かを検出する方法
などが挙げられる。これらの実験を本発明の方法を用いて実行する場合、試料溶液は、それぞれの実験に於ける通常の態様にて調製されてよい。後に詳細に述べる光強度の測定に於いて検出されるべき光の波長は、発光プローブが分解された後に放出される光の波長となる。また、検出される粒子数は、直接的には、分解した発光プローブの数であるが、その数は、発光プローブが結合した核酸又は核酸類似物の分子の数と等しいこととなる。

（２）試料溶液の光強度の測定
本発明の光分析に於ける光強度の測定は、測定中にミラー偏向器１７を駆動して、試料溶液内での光検出領域の位置の移動（試料溶液内の走査）を行う他は、ＦＣＳ又はＦＩＤＡに於ける光強度の測定過程と同様の態様にて実行されてよい。操作処理に於いて、典型的には、マイクロプレート９のウェル１０に試料溶液を注入して顕微鏡のステージ上に載置した後、使用者がコンピュータ１８に対して、測定の開始の指示を入力すると、コンピュータ１８は、記憶装置（図示せず）に記憶されたプログラム（試料溶液内に於いて光検出領域の位置を移動するべく光路を変更する手順と、光検出領域の位置の移動中に光検出領域からの光を検出する手順）に従って、試料溶液内の光検出領域に於ける励起光の照射及び光強度の計測が開始される。かかる計測中、コンピュータ１８のプログラムに従った処理動作の制御下、ミラー偏向器１７は、ミラー７（ガルバノミラー）を駆動して、ウェル１０内に於いて光検出領域の位置の移動を実行し、これと同時に光検出器１６は、逐次的に検出された光を電気信号に変換してコンピュータ１８へ送信し、コンピュータ１８では、任意の態様にて、送信された光信号から時系列の光強度データを生成して保存する。なお、典型的には、光検出器１６は、一光子の到来を検出できる超高感度光検出器であるので、光の検出は、所定時間に亘って、逐次的に、所定の単位時間毎（ＢＩＮＴＩＭＥ）に、例えば、１０μ秒毎に光検出器に到来するフォトンの数を計測する態様にて実行されるフォトンカウンティングであり、時系列の光強度のデータは、時系列のフォトンカウントデータであってよい。

光強度の計測中の光検出領域の位置の移動速度は、任意に、例えば、実験的に又は分析の目的に適合するよう設定された所定の速度であってよい。検出された観測対象粒子の数に基づいて、その数密度又は濃度に関する情報を取得する場合には、光検出領域の通過した領域の大きさ又は体積が必要となるので、移動距離が把握される態様にて光検出領域の位置の移動が実行される。なお、計測中の経過時間と光検出領域の位置の移動距離とが比例関係にある方が測定結果の解釈が容易となるので、移動速度は、基本的に、一定速度であることが好ましいが、これに限定されない。

ところで、光検出領域の位置の移動速度に関して、計測された時系列の光強度データからの観測対象粒子の個別の検出、或いは、観測対象粒子の数のカウンティングを、定量的に精度よく実行するためには、かかる移動速度は、観測対象粒子（より厳密には、粒子と発光プローブとの結合体又は粒子との結合後分解され遊離した発光プローブ）のランダムな運動、即ち、ブラウン運動による移動速度よりも速い値に設定されることが好ましい。本発明の光分析技術の観測対象粒子は、溶液中に分散又は溶解されて自由にランダムに運動する粒子であるので、ブラウン運動によって位置が時間と伴に移動する。従って、光検出領域の位置の移動速度が粒子のブラウン運動による移動に比して遅い場合には、図４（Ａ）に模式的に描かれている如く、粒子が領域内をランダムに移動し、これにより、光強度が図４（Ｂ）の如くランダムに変化し（既に触れた如く、光検出領域の励起光強度は、領域の中心を頂点として外方に向かって低減する。）、個々の観測対象粒子に対応する有意な光強度の変化を特定することが困難となる。そこで、好適には、図５（Ａ）に描かれている如く、粒子が光検出領域を略直線に横切り、これにより、時系列の光強度データに於いて、図５（Ｂ）に例示の如く、個々の粒子に対応する光強度の変化のプロファイルが略一様となり（粒子が略直線的に光検出領域を通過する場合には、光強度の変化のプロファイルは、励起光強度分布と略同様となる。）、個々の観測対象粒子と光強度との対応が容易に特定できるように、光検出領域の位置の移動速度は、粒子のブラウン運動による平均の移動速度（拡散移動速度）よりも速く設定される。

具体的には、拡散係数Ｄを有する観測対象粒子（より厳密には、粒子と発光プローブとの結合体又は粒子との結合後分解され遊離した発光プローブ）がブラウン運動によって半径Ｗｏの光検出領域（コンフォーカルボリューム）を通過するときに要する時間Δｔは、平均二乗変位の関係式
（２Ｗｏ）^２＝６Ｄ・Δｔ …（１）
から、
Δｔ＝（２Ｗｏ）^２／６Ｄ …（２）
となるので、観測対象粒子がブラウン運動により移動する速度（拡散移動速度）Ｖdifは、概ね、
Ｖdif＝２Ｗｏ／Δｔ＝３Ｄ／Ｗｏ …（３）
となる。そこで、光検出領域の位置の移動速度は、かかるＶdifを参照して、それよりも十分に早い値に設定されてよい。例えば、観測対象粒子の拡散係数が、Ｄ＝２．０×１０^−１０ｍ^２／ｓ程度であると予想される場合には、Ｗｏが、０．６２μｍ程度だとすると、Ｖdifは、１．２×１０^−３ｍ／ｓとなるので、光検出領域の位置の移動速度は、その１０倍以上の１５ｍｍ／ｓなどと設定されてよい。なお、観測対象粒子の拡散係数が未知の場合には、光検出領域の位置の移動速度を種々設定して光強度の変化のプロファイルが、予想されるプロファイル（典型的には、励起光強度分布と略同様）となる条件を見つけるための予備実験を繰り返し実行して、好適な光検出領域の位置の移動速度が決定されてよい。

（３）光強度の分析
上記の処理により試料溶液の時系列の光強度データが得られると、コンピュータ１８に於いて、記憶装置に記憶されたプログラムに従った処理により、下記の如き光強度の分析が実行されてよい。

（ｉ）一つの観測対象粒子の検出
時系列の光強度データに於いて、一つの観測対象粒子の光検出領域を通過する際の軌跡が、図５（Ａ）に示されている如く略直線状である場合、その粒子に対応する光強度の変化は、図７（Ａ）に模式的に描かれている如く、（光学系により決定される）光検出領域の光強度分布を反映したプロファイル（通常、略釣鐘状）を有する。そこで、観測対象粒子の検出の一つの手法に於いて、光強度に対して閾値Ｉｏが設定され、その閾値を超える光強度が継続する時間幅Δτが所定の範囲にあるとき、その光強度のプロファイルが一つの粒子が光検出領域を通過したことに対応すると判定され、一つの観測対象粒子の検出が為されるようになっていてよい。光強度に対する閾値Ｉｏ及び時間幅Δτに対する所定の範囲は、光検出領域に対して所定の速度にて相対的に移動する観測対象粒子と発光プローブとの結合体（又は粒子との結合後分解され遊離した発光プローブ）から発せられる光の強度として想定されるプロファイルに基づいて定められるところ、具体的な値は、実験的に任意に設定されてよく、また、観測対象粒子と発光プローブとの結合体（又は粒子との結合後分解され遊離した発光プローブ）の特性によって選択的に決定されてよい。

また、観測対象粒子の検出の別の手法として、光検出領域の光強度分布が、
ガウス分布：
Ｉ＝Ａ・ｅｘｐ（−２ｔ^２／ａ^２） …（４）
であると仮定できるときには、有意な光強度のプロファイル（バックグラウンドでないと明らかに判断できるプロファイル）に対して式（４）をフィッティングして算出された強度Ａ及び幅ａが所定の範囲内にあるとき、その光強度のプロファイルが一つの観測対象粒子が光検出領域を通過したことに対応すると判定され、一つの観測対象粒子の検出が為されてよい。しかしながら、強度Ａ及び幅ａが所定の範囲外にあるときには、ノイズ又は異物として分析に於いて無視される。

（ii）観測対象粒子のカウンティング
観測対象粒子のカウンティングは、上記の観測対象粒子の検出の手法により検出された粒子の数を、任意の手法により、計数することにより為されてよい。しかしながら、粒子の数が大きい場合には、例えば、図６及び図７（Ｂ）に例示された処理により為されてよい。

図６及び図７（Ｂ）を参照して、時系列の光強度（フォトンカウント）データから粒子のカウンティングを行う手法の一つの例に於いては、上記に説明された光強度の測定、即ち、光検出領域による試料溶液内の走査及びフォトンカウンティングを行って時系列光信号データ（フォトンカウントデータ）が取得された後（ステップ１００）、かかる時系列光信号データ（図７（Ｂ）、最上段「検出結果（未処理）」）に対して、スムージング（平滑化）処理が為される（ステップ１１０、図７（Ｂ）中上段「スムージング」）。粒子及び発光プローブの結合体又は発光プローブの発する光は確率的に放出されるものであり、微小な時間に於いてデータ値の欠落が生じ得るため、かかるスムージング処理によって、前記の如きデータ値の欠落を無視できることとなる。スムージング処理は、例えば、移動平均法により為されてよい。なお、スムージング処理を実行する際のパラメータ、例えば、移動平均法に於いて一度に平均するデータ点数や移動平均の回数など、は、光信号データ取得時の光検出領域の位置の移動速度（走査速度）、ＢＩＮＴＩＭＥに応じて適宜設定されてよい。

次いで、スムージング処理後の時系列光信号データに於いて、有意な信号が存在する時間領域（パルス存在領域）を検出するために、スムージング処理後の時系列光信号データの時間についての一次微分値が演算される（ステップ１２０）。時系列光信号データの時間微分値は、図７（Ｂ）中下段「時間微分」に例示されている如く、信号値の変化時点に於ける値の変化が大きくなるので、かかる時間微分値を参照することによって、有意な信号（パルス信号）の始点と終点を有利に決定することができる。

しかる後、時系列光信号データ上に於いて、逐次的に、有意な信号（パルス信号）を検出し、検出されたパルス信号が観測対象粒子に対応する信号であるか否かが判定される。具体的には、まず、時系列光信号データの時系列の時間微分値データ上にて、逐次的に時間微分値を参照して、一つのパルス信号の始点と終点とが探索され決定され、パルス存在領域が特定される（ステップ１３０）。一つのパルス存在領域が特定されると、そのパルス存在領域に於けるスムージングされた時系列光信号データに対して、釣鐘型関数のフィッティングが行われ（図７（Ｂ）下段「釣鐘型関数フィッティング」）、釣鐘型関数のピーク強度Ｉｍａｘ、パルス幅（半値全幅）ｗ、フィッティングに於ける（最小二乗法の）相関係数等のパラメータが算出される（ステップ１４０）。なお、フィッティングされる釣鐘型関数は、典型的には、ガウス関数であるが、ローレンツ型関数であってもよい。そして、算出された釣鐘型関数のパラメータが、一つの粒子及び発光プローブの結合体又は発光プローブが光検出領域を通過したときに検出される光信号が描く釣鐘型のプロファイルのパラメータについて想定される範囲内にあるか否か、即ち、ピーク強度、パルス幅、相関係数が、それぞれ、所定範囲内にあるか否か等が判定される（ステップ１５０）。かくして、図８左に示されている如く、算出された釣鐘型関数のパラメータが一つの粒子及び発光プローブの結合体又は発光プローブに対応する光信号於いて想定される範囲内にあると判定された信号は、一つの観測対象粒子に対応する信号であると判定され、これにより、一つの観測対象粒子が検出されたこととなり、一つの粒子としてカウントされる（粒子数がカウントアップされる。ステップ１６０）。一方、図８右に示されている如く、算出された釣鐘型関数のパラメータが想定される範囲内になかったパルス信号は、ノイズとして無視される。

上記のステップ１３０〜１６０の処理に於けるパルス信号の探索及び判定は、時系列光信号データの全域に渡って繰り返し実行され、一つの観測対象粒子が検出される毎に、粒子としてカウントされる。そして、時系列光信号データの全域のパルス信号の探索が完了すると（ステップ１７０）、それまで得られた粒子のカウント値が時系列光信号データに於いて検出された観測対象粒子の数とされる。

（iii）観測対象粒子の数密度又は濃度の決定
観測対象粒子のカウンティングが為されると、時系列光信号データの取得の間に光検出領域の通過した領域の総体積を用いて、観測対象粒子の数密度又は濃度が決定される。しかしながら、光検出領域の実効体積は、励起光又は検出光の波長、レンズの開口数、光学系の調整状態に依存して変動するため、設計値から算定することは、一般に困難であり、従って、光検出領域の通過した領域の総体積を算定することも簡単ではない。そこで、典型的には、粒子の濃度が既知の溶液（参照溶液）について、検査されるべき試料溶液の測定と同様の条件にて、上記に説明した光強度の測定、粒子の検出及びカウンティングを行い、検出された粒子の数と参照溶液の粒子の濃度とから、光検出領域の通過した領域の総体積、即ち、観測対象粒子の検出数と濃度との関係が決定されるようになっていてよい。参照溶液の粒子としては、好ましくは、観測対象粒子が形成する粒子及び発光プローブ結合体（又は観測対象粒子に結合後遊離した発光プローブ）と同様の波長特性を有する発光標識（蛍光色素等）であってよい。具体的には、例えば、粒子の濃度Ｃの参照溶液について、その粒子の検出数がＮであったとすると、光検出領域の通過した領域の総体積Ｖｔは、
Ｖｔ＝Ｎ／Ｃ …（５）
により与えられる。また、参照溶液として、複数の異なる濃度の溶液が準備され、それぞれについて測定が実行されて、算出されたＶｔの平均値が光検出領域の通過した領域の総体積Ｖｔとして採用されるようになっていてよい。そして、Ｖｔが与えられると、粒子のカウンティング結果がｎの試料溶液の粒子の数密度ｃは、
ｃ＝ｎ／Ｖｔ …（６）
により与えられる。なお、光検出領域の体積、光検出領域の通過した領域の総体積は、上記の方法によらず、任意の方法にて、例えば、ＦＣＳ、ＦＩＤＡを利用するなどして与えられるようになっていてよい。また、本実施形態の光分析装置に於いては、想定される光検出領域の移動パターンについて、種々の標準的な粒子についての濃度Ｃと粒子の数Ｎとの関係（式（５））の情報をコンピュータ１８の記憶装置に予め記憶しておき、装置の使用者が光分析を実施する際に適宜記憶された関係の情報を利用できるようになっていてよい。

上記に説明した本発明の有効性を検証するために、以下の如き実験を行った。なお、以下の実施例は、本発明の有効性を例示するものであって、本発明の範囲を限定するものではないことは理解されるべきである。

蛍光色素を用いた核酸の濃度測定
発光プローブとして、ＤＮＡのインターカレーター蛍光色素（ＤＮＡに結合したときに蛍光強度が顕著に増大する色素）であるＳＹＴＯＸＯｒａｎｇｅを用い、本発明の方法による試料溶液中のＤＮＡの濃度の測定可能範囲を検証した（図３（ｃ）参照）。なお、対照実験として、プレートリーダーにより計測される蛍光強度によるＤＮＡの濃度の測定可能範囲も測定した。

試料については、ＳＹＴＯＸＯｒａｎｇｅ（インビトロジェン社、Cat.No.S-11368）を１０ｎＭにて含むリン酸緩衝液（０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０を含む）中に、観測対象粒子として、ＤＮＡ（ｐｂｒ３２２、タカラバイオ株式会社、Cat.No.3035）を、ＤＮＡ分子の濃度が０Ｍ（対照溶液）、１００ｆＭ、１ｐＭ、１０ｐＭ、１００ｐＭとなるように溶解して、複数の試料溶液を調製した。なお、ＳＹＴＯＸＯｒａｎｇｅは、ＤＮＡに結合すると、蛍光強度が約５００倍増大する蛍光色素である（図３（ｃ）の波長特性が変化する蛍光色素の例）。

本発明の方法による計測に於いては、光分析装置として、共焦点蛍光顕微鏡の光学系とフォトンカウンティングシステムを備えた１分子蛍光測定装置ＭＦ−２０（オリンパス株式会社）を用い、上記の「（２）試料溶液の光強度の測定」にて説明した態様に従って、上記の各試料溶液について、時系列のフォトンカウントデータを取得した。その際、励起光は、６３３ｎｍのレーザー光を用い、検出光波長は、バンドパスフィルターを用いて６６０−７１０ｎｍとした。試料溶液中に於ける光検出領域の位置の移動速度は、１５ｍｍ／秒とし、ＢＩＮＴＩＭＥを１０μ秒とし、測定時間は、２秒間とした。光強度の測定後、上記の「（３）（ii）観測対象粒子のカウンティング」に記載された処理手順に従って、各試料溶液について取得された時系列のフォトンカウントデータから時系列データ中にて検出された光信号を計数した。ステップ１１０に於けるデータの移動平均法によるスムージングに於いては、一度に平均するデータ点は９個とし、移動平均処理を５回繰り返した。また、ステップ１４０のフィッティングに於いては、時系列データに対してガウス関数を最小二乗法によりフィッティングし、（ガウス関数に於ける）ピーク強度、パルス幅（半値全幅）、相関係数を決定した。更に、ステップ１５０に於ける判定処理では、
下記の条件:
２０μ秒＜パルス幅＜４００μ秒
ピーク強度＞１（フォトン／１０μ秒） …（Ａ）
相関係数＞０．９５
を満たすパルス信号のみを観測対象粒子に対応する光信号であると判定する一方、上記の条件を満たさないパルス信号はノイズとして無視し、観測対象粒子に対応する光信号であると判定された信号の数を「パルス数」として計数した。

対照実験に於いては、プレートリーダーＳＨ−８０００ｌａｂ（コロナ社）を用いて、上記の各試料溶液について蛍光強度を測定した。励起光波長は、５４３ｎｍとし、検出光波長は、５７０ｎｍとし、バンド幅は、励起側、検出側共に１２ｎｍに設定した。蛍光強度の計測に際しては、励起光のフラッシュ回数を５０回とした計測を３回実行し、その平均を最終的な蛍光強度値とした。

図９（Ａ）、（Ｂ）は、それぞれ、各濃度の試料溶液について検出された上記の本発明の方法による測定結果（パルス数）及び対照実験による測定結果（蛍光強度）を示している。まず、図９（Ａ）を参照して、本発明の方法による測定されたパルス数（カウントされた光信号数）は、核酸濃度の増大に概ね比例して増大した。この結果により、本発明の方法によって、個々の核酸（観測対象粒子）一つ一つが検出可能であること、そして、本発明の方法に従って個々の観測対象粒子を計数することにより、その濃度を定量的に決定できることが明らかになった。

また、図９（Ｂ）の対照実験に於いては、核酸濃度が０Ｍであるときの蛍光強度と、核酸濃度が１００ｐＭであるときの蛍光強度に有意な差が見られないのに対し、図９（Ａ）の本発明の方法に於いては、核酸濃度が０Ｍであるときのパルス数と、核酸濃度が１００ｐＭであるときのパルス数に於いて有意な差が見られた。これは、プレートリーダーにより計測された蛍光強度には、ノイズや異物による光信号が重畳されているため、蛍光強度に対するノイズ又は異物の寄与が相対的に大きくなる低濃度域では、Ｓ／Ｎ比が悪化するのに対し、本発明の場合には、時系列光信号データに於ける個々のパルス信号が観測対象粒子に対応するか否かを判定し、ノイズ又は異物と判定される光信号を無視するので（図８参照）、蛍光強度に対するノイズ又は異物の寄与が相対的に大きくなる低濃度域でもＳ／Ｎ比を比較的良好に維持できるようになったためであると考えられる。かくして、本発明の方法によれば、従前の蛍光強度を利用した方法に於いて計測可能であった数密度又は濃度限界よりも低い濃度範囲まで、粒子の数密度又は濃度を決定可能であることが示された。更に、蛍光強度のゆらぎの算出などの統計的処理を含むＦＣＳ、ＦＩＤＡ、ＰＣＨ等の光分析技術に於いて計測可能な粒子濃度の下限が１ｎＭ程度であったのに対し、本実施例の計測可能な粒子濃度の下限は、〜１００ｆＭであり、従って、本発明によれば、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ、ＰＣＨ等の光分析技術の場合よりも大幅に低い濃度域の粒子について計測可能であることが示された。

ところで、図９の結果の高濃度側に着目すると、本発明の場合では、１０ｐＭから１００ｐＭへの１０倍の濃度の増大に対してパルス数の増大幅が期待通り概ね１０倍となっているのに対し、対照実験に於いては、１０ｐＭから１００ｐＭへの濃度の増大に対して蛍光強度の増大幅が期待される１０倍よりも小さくなった。かかる現象は、次のように考えられる。即ち、本実施例の系に於いては、図９（Ｃ）左図に例示されている如く、観測対象粒子である核酸に対しては、複数の蛍光色素が結合する。その場合、核酸濃度が蛍光色素に比して低いときには、色素が十分に存在するため、一つの核酸に対する色素の結合数は安定しているところ、核酸の濃度が高くなると、色素が相対的に不足し、図９（Ｃ）右図に例示されている如く、一つの核酸に対する色素の結合数が低下するために、蛍光強度の増大が核酸の濃度に追従しにくくなったものと考えられる。これに対し、本発明は、観測対象粒子に対応する光信号の数を計数するよう構成されているので、一つの核酸に対する色素の結合数が低下することによる影響が小さく、その結果、より高濃度域までパルス数が期待通りに増大したものと考えられる。このことは、複数の発光プローブが観測対象粒子に結合する系に於いて、本発明の方法によれば、従前の蛍光強度が発光する粒子の数密度又は濃度に比例するとの仮定の下に計測可能な数密度又は濃度の上限よりも高い濃度範囲まで、粒子の数密度又は濃度を決定可能であることを示している。

モレキュラー・ビーコンを用いた核酸の検出
本発明の方法によって、モレキュラー・ビーコンを用いて特定の塩基配列の核酸分子が検出可能であることを検証した。モレキュラー・ビーコンとは、既に触れた如く、両端にドナー色素とアクセプター色素がそれぞれ付加された核酸分子であり、単体では、ドナー色素とアクセプター色素との距離が近接しドナー色素からアクセプター色素への蛍光エネルギー移動現象が発生する一方、自身の塩基配列に相補的な塩基配列を有する核酸又は核酸類似物に結合すると、ドナー色素とアクセプター色素との間の距離が離れ、蛍光エネルギー移動現象が発生しないよう構成された分子である（図３（ｄ）参照）。

実験に於いては、モレキュラー・ビーコンとして、５’末端にＴＡＭＲＡ（ドナー色素）が付加され、３’末端にＢＨＱ−２（アクセプター色素、ただし、この場合、蛍光は殆ど発せられない。）が付加された下記の塩基配列を有する核酸を用いた。
TAMRA-cctacgccaacagctccaactacgtagg-BHQ2
また、観測対象粒子は、下記の塩基配列を有する核酸を用いた。
gtagttggagctgttggcgtaggcaagagtgccttgacgatacagctaattcag
なお、上記の核酸は、シグマジェノシス株式会社に依頼して合成した。そして、上記のモレキュラー・ビーコン及び観測対象粒子（核酸）は、それぞれ、５００ｐＭ、１００ｎＭとなるように、リン酸緩衝液（０．０５％Ｔｗｅｅｎ２０を含む）に溶解し、試料溶液とした。なお、対照溶液としては、観測対象粒子（核酸）を含まず、５００ｐＭにてモレキュラー・ビーコンのみを含む溶液を調製した。

本発明の方法による試料溶液及び対照溶液についての計測は、実施例１と同様の条件にて行った。また、対照実験として、プレートリーダーを用いて実施例１と同様に試料溶液及び対照溶液の蛍光強度を測定した。ただし、励起光波長は、５５０ｎｍとし、検出光波長は、５７６ｎｍとした。

図１０（Ａ）、（Ｂ）は、それぞれ、試料溶液（ＭＢ＋Ｔａｒｇｅｔ）及び対照溶液（ＭＢのみ）について検出された上記の本発明の方法による測定結果（パルス数）及び対照実験による測定結果（蛍光強度）を示している。まず、図１０（Ａ）を参照して明らかな如く、観測対象粒子である核酸を含む試料溶液のパルス数は、対照溶液の場合に比して顕著に増大し（約６倍の差）、ばらつきも小さかった。これに対し、図１０（Ｂ）の対照実験の場合、試料溶液の蛍光強度と対照溶液の蛍光強度の平均値に於いて差は見られたが、ばらつきが大きかった。本実施例に於けるモレキュラー・ビーコンの濃度は、上記の如く５００ｐＭであり、この濃度は、実施例１の結果から理解されるように、プレートリーダーを用いて蛍光強度から計測可能な濃度の下限に近いことを考慮すると、図１０の結果は、本発明の方法によれば、モレキュラー・ビーコンを用いた或る特定の塩基配列を有する核酸の検出が、従前の蛍光強度に基づく検出方法の場合に比して、発光プローブ濃度が低い溶液に於いても、より精度良く達成可能であることを示している。

未反応の蛍光標識プローブを物理的な精製により除去した試料溶液中の核酸の検出
発光プローブとして、蛍光標識された短い核酸（蛍光標識プローブ）を観測対象粒子となる核酸（標的核酸）に結合させた後、未反応の蛍光標識プローブを物理的な精製方法により除去して得られた試料溶液に於いて、本発明の方法により、標的核酸が検出できることを検証した。（図３（ａ）参照）

具体的には、標的核酸と蛍光標識プローブとを１００ｐＭ：１０ｎＭの割合にてＳＴＥ緩衝液（200mM NaCl, 10nM Tris, 1nM EDTA, pH=7.0）に混合して得られた溶液にアニーリング（アニーリング温度：９５℃、９０℃、８０℃、７０℃、６０℃、５０℃、４０℃、３０℃、２０℃、各１０分、−０．１℃／秒）を施した検体（Probe-Target）と、の蛍光標識プローブを10ｎＭにてＳＴＥ緩衝液に溶解して得られた溶液を同様にアニーリングした検体（Probe）とを調製した。用いた標的核酸と蛍光標識プローブの塩基配列は、以下の通りである。
標的核酸:
5’-gaaacagctatgaccatgattacgccaagcttgcatgcctgcaggtcgactctagaggatccccgggtaccgagctcgaattcactggccgtcgttttac-3’
蛍光標識プローブ：ATTO647N-ggggatcctctagagtcgacc
（ATTO647Nは、蛍光色素である。）

しかる後、これらの検体の一部をシリカゲルメンブレン（QIAGENの精製キット（MinElute PCR Purification kit））を用いて精製し、５０μＬのＳＴＥ緩衝液で溶出した。そして、シリカゲルメンブレンによる精製された検体（精製あり）と精製していない検体（精製なし）とを、それぞれ、試料溶液として、実施例１と同様の条件にて本発明の方法に従って光の計測及びパルス信号の検出を行った。なお、励起光は、１００μＷのレーザー光を用い、光の測定時間は、２０秒間として、測定は、３回行った。

図１１は、各検体に於いて検出されたパルス数の平均値（棒グラフ）と標準偏差（エラーバー）を示している。同図から理解される如く、精製していない検体（精製なし）では、標的核酸を含む場合（Probe-Target）と標的核酸を含まない場合（Probe）とで検出されたパルス数に殆ど差異が見られないのに対し、精製した検体（精製あり）では、標的核酸を含まない場合（Probe）のパルス数は、標的核酸を含む場合（Probe-Target）に比して大幅に低減された。即ち、このことにより、物理的な精製（シリカゲルメンブレンによる精製）によって未反応の発光プローブが除去され、観測対象粒子を選択的に検出することが可能となることが示された。

蛍光エネルギー移動（ＦＲＥＴ）を用いた核酸の検出
発光プローブとして互いに近接すると蛍光エネルギー移動を起こす２種類の蛍光標識された短い核酸（供与体ペプチド核酸、受容体ペプチド核酸）を観測対象粒子となる核酸（標的核酸）に結合させ、更に、未反応の発光プローブに特異的に結合する光アクセプター（消光プローブ）を結合させて未反応の発光プローブの蛍光標識からの光を消光させた状態にて、標的核酸上の供与体ペプチド核酸と受容体ペプチド核酸との間で蛍光エネルギー移動現象を起こさせ（図１２（ａ）参照）、受容体ペプチド核酸（エネルギー・アクセプターとなる発光プローブ）からの光を検出することにより、標的核酸を選択的に検出し、その濃度が決定できることを検証した（図３（ｂ）、（ｅ）参照）。

具体的には、蛍光エネルギー供与体ペプチド核酸（PANAGENE）と受容体ペプチド核酸（PANAGENE）がそれぞれ２００ｐＭ、標的核酸（SIGMA GENOSYS）が１ｐＭ、１０ｐＭ、１００ｐＭとなるように０．１％ Pluronic F-１２７を含む１０mM Tris-HCl(pH８．０)に添加した試料溶液を調製した。また、標的核酸を含まない試料も用意した。そして、各試料溶液を９５℃で５分間加熱することにより変性させた後、２０℃まで徐々に液温を低下させて、標的核酸とペプチド核酸が結合した会合体を形成させた。（降温速度は、０．１℃／秒とし、９０℃で５分間、８０℃で１０分間、７０℃で１０分間、６０℃で１０分間、５０℃で１０分間、４０℃で１０分間、３０℃で１０分間の降温処理を行った。）しかる後、供与体ペプチド核酸用消光プローブ（SIGMA GENOSYS）と受容体ペプチド核酸用消光プローブ（SIGMA GENOSYS）をそれぞれ１ｎＭとなるように添加し、２０℃で３０分間インキュベーションした。供与体ペプチド核酸、受容体ペプチド核酸、供与体ペプチド核酸消光用核酸、受容体ペプチド核酸消光用核酸、標的核酸の塩基配列は、それぞれ、以下の通りである。
供与体ペプチド核酸：Alexa488-OO-cctacgccaccagctccaac
受容体ペプチド核酸：agctgtatcgtcaaggcact-O-Lys-Alexa594
供与体ペプチド核酸用消光プローブ：ggagctggtggcg-BHQ1-dT-agg-BHQ1
受容体ペプチド核酸用消光プローブ：BHQ2-ag-BHQ2-dT-gccttgacgataca
標的核酸：
atgactgaatataaacttgtggtagttggagctggtggcgtaggcaagagtgccttgacgatacagctaattcagaat
標的核酸に於いて、左下線部は、供与体ペプチド核酸の結合配列であり、右下線部は、受容体ペプチド核酸の結合配列である。Alexa488、Alexa594は、蛍光色素であり、BHQ1、BHQ2は、それぞれ、Alexa488、Alexa594に対する消光分子である。

次いで、上記の試料溶液を用いて、本発明の方法に従い、光の計測、パルス信号の検出及びその計数を行った。計測に於いては、光分析装置として、共焦点蛍光顕微鏡の光学系とフォトンカウンティングシステムを備えた１分子蛍光測定装置ＭＦ２０（オリンパス株式会社）を用い、上記の各試料溶液について、時系列のフォトンカウントデータを取得した。その際、励起光は、１ｍＷの４８８ｎｍ（供与体ペプチド核酸の蛍光色素Alexa488の励起波長に対応する。）のレーザー光を用い、検出光波長は、ロングパスフィルターを用いて６１５ｎｍ〜（受容体ペプチド核酸の蛍光色素Alexa594の発光波長に対応する。）とした。試料溶液中に於ける光検出領域の位置の移動速度は、６７．５ｍｍ／秒とし、ＢＩＮ
ＴＩＭＥを１０μ秒とし、測定時間は、２秒間とした。また、測定は各試料５回行った。光強度の測定後、実施例１の場合と同様に、各試料溶液について取得された時系列フォトンカウントデータに於いてパルス信号の検出及び計数を行った。そして、それらの検出パルス数の平均値と標準偏差を算出した。

図１２（Ｂ）は、上記の各濃度の標的核酸の試料溶液に於いて、検出されたパルス数の平均値（棒グラフ）と標準偏差（エラーバー）を示している。同図を参照して、パルス数は、標的核酸濃度が１ｐＭ以上に於いて、濃度の増大と共に増大した。これにより、蛍光エネルギー移動を起こす２種類の発光プローブを観測対象粒子に結合させ、エネルギー・アクセプターとなる発光プローブの光を検出することにより、観測対象粒子の選択的検出及びその濃度の決定が可能となることが示された。

蛍光消光法を用いた核酸（観測対象粒子）の検出
発光プローブとして、蛍光標識された短い核酸（蛍光標識プローブ）を観測対象粒子となる核酸（標的核酸）に結合させた後、未反応の蛍光標識プローブに対して蛍光消光分子を標識した核酸（消光プローブ）を作用させた試料溶液に於いて、本発明の方法により、標的核酸が検出できることを検証した。（図３（ｂ）参照）

具体的には、５’末端に蛍光色素Alexa488が修飾された一本鎖核酸プローブ（蛍光プローブ）と、３’末端に消光分子BHQ1が修飾された一本鎖核酸プローブ（消光プローブ）とを、それぞれ５ｎＭ、２μＭとなるように１００ｍＭ Tris-HCl(pH8.0)の溶液（トリス緩衝液）にて溶解した。また、同様にして二本鎖核酸（標的核酸）を１００ｐＭ、１ｎＭ、１０ｎＭとなるようにトリス緩衝液にて溶解した。次いで、５μＬの蛍光プローブ溶液、５μＬの消光プローブ溶液、５μＬの各標的核酸溶液及び３５μＬのトリス緩衝液を混合した。これらの溶液の温度を、サーマルサイクラーを用いて、９５℃まで上げた後、９０分かけて２０℃まで下げることによって、蛍光プローブを標的核酸に対してハイブリダイゼーションさせた。蛍光プローブ、消光プローブ、標的核酸の塩基配列は、以下の通りである。（５’→３’方向で記載）
蛍光プローブ：aaacttgtggtagttggagctgttggcgtagg
消光プローブ：aacagctccaactaccacaagttt
標的核酸：
gaagtacagttcattacgatacacgtctgcagtcaactggaattttcatgattgaattttgtaaggtattttgaaataatttttcatataaaggtgagtttgtattaaaaggtactggtggagtatttgatagtgtattaaccttatgtgtgacatgttctaatatagtcacattttcattatttttattataaggcctgctgaaaatgactgaatataaacttgtggtagttggagctggtggcgtaggcaagagtgccttgacgatacagctaattcagaatcattttgtggacgaatatgatccaacaatagaggtaaatcttgttttaatatgcatattactggtgcaggaccattctttgatacagataaaggtttctctgaccattttcatgagtacttattacaagataattatgctgaaagttaagttatctgaaatgtaccttgggtttcaagttatatgtaaccattaatatgggaactttact
上記の試料溶液に於いて、消光プローブは多量に存在するので、標的核酸に結合しなかった蛍光プローブは、全て消光プローブに結合し、消光プローブに結合した蛍光プローブからの蛍光は、実質的に消光される。（図１３（Ａ）参照）

次いで、上記の試料溶液を用いて、本発明の方法に従い、光の計測、パルス信号の検出及びその計数を行った。計測に於いては、光分析装置として、共焦点蛍光顕微鏡の光学系とフォトンカウンティングシステムを備えた１分子蛍光測定装置ＭＦ−２０（オリンパス株式会社）を用い、上記の各々の試料溶液について、時系列光強度データ（フォトンカウントデータ）を取得した。その際、励起光は、200μＷの４８８ｎｍのレーザー光を用い、バンドパスフィルターを用いて、５１０−５６０ｎｍの波長帯域の光を測定し、時系列光強度データを生成した。試料溶液中に於ける光検出領域は１５ｍｍ／秒の移動速度にて回転させ、ＢＩＮＴＩＭＥを１０μ秒とし、測定時間は２秒間で５回測定を行なった。そして、実施例１と同様に、測定によって得られた時系列光強度データをスムージング後、微分によりピークの検出を行った。パルス信号とみなされた領域のうち、ガウス関数に近似でき、強度が１以上となるパルスを計数した。

各試料溶液から得られたパルス数（五回の測定の平均値）が図１３（Ｂ）に示されている。同図から理解される如く、パルス数は、標的核酸濃度の増大と共に増加した。特に、５回の測定の標準偏差が０Ｍの場合と１００ｐＭの場合とで重複していないことから、本実施形態の方法によれば、１００ｐＭ以上の核酸濃度の測定が可能であることが示唆される。

ＱＵＡＬ反応を用いた核酸の検出
本発明の方法によって、ＱＵＡＬ（Quenched auto-ligation）反応（非特許文献４）を用いて特定の塩基配列の核酸分子が検出可能であることを検証した。図１４（Ａ）に示されている如く、ＱＵＡＬ反応に於いては、５’末端が蛍光分子（白丸）と消光分子（黒丸）とが近接して標識された一本鎖核酸（Ｅプローブ−発光プローブ）と、３’末端がホスホサルフェイト修飾された一本鎖核酸（Ｎプローブ）とが、塩基配列が検査されるべき一本鎖核酸（標的核酸−観測対象粒子）上に、Ｅプローブの５’末端とＮプローブの３’末端とが互いに近接して結合したとき（図１４（Ａ）上段）、ＥプローブとＮプローブとが互いに結合すると共に（図中Ｘが付された個所）、５’末端上の消光分子が遊離することにより（図１４（Ａ）下段）、５’末端の蛍光分子が発光し、これにより特定の塩基配列を有する核酸の存在が検出される。即ち、観測対象粒子の種類に依存して発光効率が変化する反応の一例である。（図３（ｈ）参照）

具体的には、５’末端に消光分子Dabcyl、５’末端から３塩基目のｔに蛍光分子Alexa488が修飾された一本鎖核酸プローブ（Ｅプローブ、日本バイオサービス）、３’末端がホスホサルフェイト修飾された一本鎖核酸プローブ（Ｎプローブ、日本バイオサービス）をそれぞれ１０ｎＭ、１００ｎＭとなるように１００ｍＭ Tris-HCl(pH8.0)の溶液に溶解した。また、同様にして一本鎖核酸（標的核酸）を１０ｐＭ、１００ｐＭ、１ｎＭ、１０ｎＭとなるように１００ｍＭ Tris-HCl(pH8.0)の溶液にそれぞれ溶解した。そして、３μＬのＥプローブ溶液、３μＬのＮプローブ溶液、３μＬの各標的核酸溶液、及び、２１μＬの４００ｍＭＮａＣｌを含む１００ｍＭ Tris-HCl(pH8.0)の溶液を混合し、サーマルサイクラーを用いて、これらの溶液の温度を９５℃まで上げた後、５０℃で１時間反応させた。Ｅプローブ、Ｎプローブ、標的核酸の塩基配列は、以下の通りである。
Ｅプローブ：tcttgcctacgccaccagctccaac
Ｎプローブ：ttctgaattagctgtatcgtcaaggcac
標的核酸：
gttggagctggtggcgtaggcaagagtgccttgacgatacagctaattcagaa
従って、標的核酸にＥプローブとＮプローブとが結合し、Ｅプローブ上の消光分子Dabcylが遊離した場合のみ、Ｅプローブ上のAlexa488の光が検出されることとなる。

次いで、上記の試料溶液を用いて、本発明の方法に従い、光の計測、パルス信号の検出及びその計数を行った。計測に於いては、光分析装置として、共焦点蛍光顕微鏡の光学系とフォトンカウンティングシステムを備えた１分子蛍光測定装置ＭＦ２０（オリンパス株式会社）を用い、上記の各々の試料溶液について、時系列光強度データ（フォトンカウントデータ）を取得した。その際、励起光は、２００μＷの４８８ｎｍのレーザー光を用い、バンドパスフィルターを用いて、５１０−５６０ｎｍの波長帯域の光を測定し、時系列光強度データを生成した。試料溶液中に於ける光検出領域は１５ｍｍ／秒の移動速度にて回転させ、ＢＩＮＴＩＭＥを１０μ秒とし、測定時間は２秒間で５回測定を行なった。そして、実施例１と同様に、測定によって得られた時系列光強度データをスムージング後、微分によりピークの検出を行った。パルスとみなされた領域のうち、ガウス関数に近似でき、強度が１以上となるパルスを計数した。

図１４（Ｂ）に於いて示されている如く、パルス数は、標的核酸濃度の増大とともに増大した。特に、５回測定の標準偏差が０ｐＭの場合と１０ｐＭの場合とで重複していないことから、本実施形態の方法によれば、１０ｐＭ以上の核酸濃度の測定が可能であることが示唆される。

かくして、上記の本発明の方法によれば、試料溶液内に於いて光検出領域である微小領域の位置を移動させながら、即ち、試料溶液内を走査しながら、光検出領域内を横切る粒子に結合した発光プローブを個別に検出することにより、粒子の存在を個別に検出し、或いは、かかる粒子のカウンティングを行うという手法によって、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ等に於いて実行される蛍光強度のゆらぎの演算等の統計的処理を含まず、従って、観測対象粒子の濃度又は数密度がＦＣＳ、ＦＩＤＡ等で取り扱われるレベルよりも低い試料溶液中の観測対象粒子の状態又は特性を検出することが可能となる。

なお、本発明の光分析技術は、基本的には、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ等と同様の光学系を使用するので、ＦＣＳ、ＦＩＤＡ等と組み合わせて実行されてもよい。例えば、複数種の物質を含む溶液中に於いて複数種の物質の間の相互作用等検出する場合などであって、物質の濃度差が大きいとき、例えば、一方の物質の濃度がｎＭオーダーであり、他方の物質がｐＭオーダーであるときなどに於いて、濃度の高い物質については、ＦＣＳ又はＦＩＤＡにより測定及び分析を行い、濃度の低い物質については、本発明の光分析技術を用いて測定及び分析を行うといった分析態様が実行されるであろう。そのような場合、図１（Ａ）に例示されている如く、複数個の光検出器を準備しておくと有利である。

Claims

共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系を用いて試料溶液中にて分散しランダムに運動する粒子に結合する発光プローブからの光を検出して前記粒子を検出する方法であって、
前記粒子と前記発光プローブとを含む試料溶液を調製する過程と、
前記光学系の光路を変更することにより前記試料溶液内に於いて前記光学系の光検出領域の位置を移動する過程と、
前記試料溶液内に於いて前記光検出領域の位置を移動させながら前記光検出領域からの光を検出する過程と、
前記試料溶液内に於いて前記光検出領域の位置を移動させながら検出された前記光検出領域からの光の時系列の光強度データを生成し、前記時系列の光強度データに於いてパルス状信号の存在する領域を検出し、前記検出されたパルス状信号の存在する領域に於ける光強度の時間変化に対する釣鐘状関数のフィッテングによって、前記検出されたパルス状信号の存在する領域に於ける光強度の時間変化が前記光検出領域内を相対的に移動する一つの粒子に結合した発光プローブからの光に於いて想定されるプロファイルを有すると判定されたとき、その領域の光強度の時間変化を一つの粒子に結合した発光プローブの光信号として個別に検出することにより、前記粒子を個別に検出する過程とを含み、
前記発光プローブが、互いに近接しているときに蛍光エネルギー移動現象を発生するエネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とを有し且つ前記粒子に結合した状態と前記粒子に結合していない状態との間で前記エネルギー・ドナー部位と前記エネルギー・アクセプター部位との距離が異なり、前記粒子に結合した状態と前記粒子に結合していない状態とで放出する光の波長特性が異なる物質であり、前記検出される光が前記粒子に結合した前記発光プローブから放出される光であることを特徴とする方法。
共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系を用いて試料溶液中にて分散しランダムに運動する粒子に結合する発光プローブからの光を検出して前記粒子を検出する方法であって、
前記粒子と前記発光プローブとを含む試料溶液を調製する過程と、
前記光学系の光路を変更することにより前記試料溶液内に於いて前記光学系の光検出領域の位置を移動する過程と、
前記試料溶液内に於いて前記光検出領域の位置を移動させながら前記光検出領域からの光を検出する過程と、
前記試料溶液内に於いて前記光検出領域の位置を移動させながら検出された前記光検出領域からの光の時系列の光強度データを生成し、前記時系列の光強度データに於いてパルス状信号の存在する領域を検出し、前記検出されたパルス状信号の存在する領域に於ける光強度の時間変化に対する釣鐘状関数のフィッテングによって、前記検出されたパルス状信号の存在する領域に於ける光強度の時間変化が前記光検出領域内を相対的に移動する一つの粒子に結合した発光プローブからの光に於いて想定されるプロファイルを有すると判定されたとき、その領域の光強度の時間変化を一つの粒子に結合した発光プローブの光信号として個別に検出することにより、前記粒子を個別に検出する過程とを含み、
前記発光プローブが蛍光エネルギー移動を生ずるエネルギー・ドナー部位とエネルギー・アクセプター部位とを有し、前記試料溶液を調製する過程が前記粒子と結合した前記発光プローブを分解する反応を実行する過程を含み、前記検出される光が前記反応により分解された前記発光プローブから放出される光であることを特徴とする方法。
共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系を用いて試料溶液中にて分散しランダムに運動する粒子に結合する発光プローブからの光を検出して前記粒子を検出する方法であって、
前記粒子と前記発光プローブとを含む試料溶液を調製する過程と、
前記光学系の光路を変更することにより前記試料溶液内に於いて前記光学系の光検出領域の位置を移動する過程と、
前記試料溶液内に於いて前記光検出領域の位置を移動させながら前記光検出領域からの光を検出する過程と、
前記試料溶液内に於いて前記光検出領域の位置を移動させながら検出された前記光検出領域からの光の時系列の光強度データを生成し、前記時系列の光強度データに於いてパルス状信号の存在する領域を検出し、前記検出されたパルス状信号の存在する領域に於ける光強度の時間変化に対する釣鐘状関数のフィッテングによって、前記検出されたパルス状信号の存在する領域に於ける光強度の時間変化が前記光検出領域内を相対的に移動する一つの粒子に結合した発光プローブからの光に於いて想定されるプロファイルを有すると判定されたとき、その領域の光強度の時間変化を一つの粒子に結合した発光プローブの光信号として個別に検出することにより、前記粒子を個別に検出する過程とを含み、
前記発光プローブが、蛍光エネルギー移動現象に於けるエネルギー・ドナーと成る第一のプローブと、前記蛍光エネルギー移動現象に於けるエネルギー・アクセプターと成る第二のプローブとを含み、前記検出される光が、前記第一及び第二のプローブの両方が前記粒子に結合した状態に於いて生ずる蛍光エネルギー移動現象を経て発せられる前記第二のプローブの光であることを特徴とする方法。
共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系を用いて試料溶液中にて分散しランダムに運動する粒子に結合する発光プローブからの光を検出して前記粒子を検出する方法であって、
前記粒子と前記発光プローブとを含む試料溶液を調製する過程と、
前記光学系の光路を変更することにより前記試料溶液内に於いて前記光学系の光検出領域の位置を移動する過程と、
前記試料溶液内に於いて前記光検出領域の位置を移動させながら前記光検出領域からの光を検出する過程と、
前記試料溶液内に於いて前記光検出領域の位置を移動させながら検出された前記光検出領域からの光の時系列の光強度データを生成し、前記時系列の光強度データに於いてパルス状信号の存在する領域を検出し、前記検出されたパルス状信号の存在する領域に於ける光強度の時間変化に対する釣鐘状関数のフィッテングによって、前記検出されたパルス状信号の存在する領域に於ける光強度の時間変化が前記光検出領域内を相対的に移動する一つの粒子に結合した発光プローブからの光に於いて想定されるプロファイルを有すると判定されたとき、その領域の光強度の時間変化を一つの粒子に結合した発光プローブの光信号として個別に検出することにより、前記粒子を個別に検出する過程とを含み、
前記粒子が前記発光プローブの発する光のエネルギー・アクセプターと成る部位を有し、前記検出される光が、前記発光プローブが前記粒子に結合することにより生ずる蛍光エネルギー移動現象を経て前記粒子の有する前記エネルギー・アクセプター部位から発せられる光であることを特徴とする方法。
共焦点顕微鏡又は多光子顕微鏡の光学系を用いて試料溶液中にて分散しランダムに運動する粒子に結合する発光プローブからの光を検出して前記粒子を検出する方法であって、
前記粒子と前記発光プローブとを含む試料溶液を調製する過程と、
前記光学系の光路を変更することにより前記試料溶液内に於いて前記光学系の光検出領域の位置を移動する過程と、
前記試料溶液内に於いて前記光検出領域の位置を移動させながら前記光検出領域からの光を検出する過程と、
前記試料溶液内に於いて前記光検出領域の位置を移動させながら検出された前記光検出領域からの光の時系列の光強度データを生成し、前記時系列の光強度データに於いてパルス状信号の存在する領域を検出し、前記検出されたパルス状信号の存在する領域に於ける光強度の時間変化に対する釣鐘状関数のフィッテングによって、前記検出されたパルス状信号の存在する領域に於ける光強度の時間変化が前記光検出領域内を相対的に移動する一つの粒子に結合した発光プローブからの光に於いて想定されるプロファイルを有すると判定されたとき、その領域の光強度の時間変化を一つの粒子に結合した発光プローブの光信号として個別に検出することにより、前記粒子を個別に検出する過程とを含み、
前記粒子が発光部位を有し、前記発光プローブが前記粒子の発光部位の発する光のエネルギー・アクセプターと成る部位を有し、前記検出される光が、前記発光プローブが前記粒子に結合することにより生ずる蛍光エネルギー移動現象を経て前記発光プローブから発せられる光であることを特徴とする方法。
請求項１乃至５のいずれかの方法であって、更に、前記個別に検出された粒子の数を計数して前記光検出領域の位置の移動中に検出された前記粒子の数を計数する過程を含むことを特徴とする方法。
請求項１乃至６のいずれかの方法であって、前記光検出領域の位置を移動する過程に於いて、前記光検出領域の位置が所定の速度にて移動されることを特徴とする方法。
請求項１乃至７のいずれかの方法であって、前記光検出領域の位置を移動する過程に於いて、前記光検出領域の位置が前記粒子に結合した前記発光プローブの拡散移動速度よりも速い速度にて移動されることを特徴とする方法。
請求項１乃至８のいずれかの方法であって、前記個々の粒子に結合した発光プローブからの光信号を個別に検出して前記粒子を個別に検出する過程に於いて、検出された時系列の光信号の形状に基づいて、１つの粒子が前記光検出領域に入ったことが検出されることを特徴とする方法。