JP6484467B2 - 2−アミノブタン酸の製造方法およびアスパラギン酸デカルボキシラーゼの使用方法 - Google Patents
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Description
そして、2−アミノブタン酸を一段階の反応で合成する酵素は、これまでに報告されていなかった。
本実施形態に係る2−アミノブタン酸の製造方法は、脱炭酸酵素の触媒作用により、グルタミン酸から2−アミノブタン酸を合成する構成を採用している。上記構成によれば1段階の酵素反応で2−アミノブタン酸を合成することができる。本実施形態に係る2−アミノブタン酸の合成方法は、グルタミン酸のγ位のカルボキシル基を脱離して2−アミノブタン酸と二酸化炭素に変換する反応を利用するものである。
本実施形態に係る2−アミノブタン酸は、上記2−アミノブタン酸の製造方法によって得られたものである。
本実施形態に係る2−アミノブタン酸の製造方法は、脱炭酸酵素の触媒作用を利用することを特徴としている。そして、本実施形態に係る脱炭酸酵素は、グルタミン酸から2−アミノブタン酸を合成する反応に対して触媒作用を示すものである。なお、本実施形態に係る脱炭酸酵素は、グルタミン酸から2−アミノブタン酸の合成に使用されるものである。
本実施形態に係る脱炭酸酵素の使用方法は、本実施形態に係る脱炭酸酵素そのものだけでなく、脱炭酸酵素産生能を有する微生物、または高等生物由来の細胞、脱炭酸酵素をコードする遺伝子が形質転換された細胞そのもの、またはこれら細胞の破砕物を使用することもできるが、該細胞、該細胞の破砕物、または該細胞の破砕物を硫安沈殿やカラムクロマトグラフィー等の処理を行って精製した脱炭酸酵素活性を含む画分を担体に担持させた固定化物を使用することもできる。
本実施形態に係る脱炭酸酵素を製造する方法は、グルタミン酸から2−アミノブタン酸を合成する反応に対して触媒作用を示す酵素が得られる方法であれば、特に限定されないが、たとえば、以下の方法がある。
本実施形態に係る遺伝子は、グルタミン酸から2−アミノブタン酸を合成する反応に触媒作用を示す脱炭酸酵素を形成するペプチドをコードする塩基配列を含むものであればよい。
本実施形態に係る脱炭酸酵素合成用プラスミド(ベクター)は、グルタミン酸から2−アミノブタン酸を合成する反応に触媒作用を示す脱炭酸酵素を形成するペプチドをコードする塩基配列を含む、本実施形態に係る遺伝子を保有するものである。
本実施形態に係る形質転換体は、グルタミン酸から2−アミノブタン酸を合成する反応に触媒作用を示す脱炭酸酵素を形成するペプチドをコードする塩基配列を含む、本実施形態に係る遺伝子を含むものである。
以下、参考形態の例を付記する。
1.脱炭酸酵素の触媒作用により、グルタミン酸から2−アミノブタン酸を合成する2−アミノブタン酸の製造方法。
2.前記脱炭酸酵素が、真正細菌の生物種としてFirmicutes門に分類されている菌株由来の酵素またはProteobacteria門に分類されている菌株由来の酵素である1.に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
3.前記脱炭酸酵素が、Alicyclobacillus属、Lactococcus属、Lactobacillus属、Enterococcus属、Melissococcus属、Tetragenococcus属、Clostridium属、Cellulosilyticum属、Peptoclostridium属、Desulfosporosinus属、Eubacterium属、Halobacteroides属、Erwinia属、Pluralibacter属、Vibrio属、Acinetobacter属、Francisella属、Gilliamella属、Frischella属、Snodgrassella属、Ralstonia属、Cupriavidus属、Burkholderia属、Pandoraea属、Achromobacter属、Delftia属、Comamonas属、Janthinobacterium属、Collimonas属、Minibacterium属、Sulfurovum属、Desulfovibrio属、Myxococcus属、Corallococcus属、Parvibaculum属、Sinorhizobium属、Rhizobium属、Ochrobactrum属、Bradyrhizobium属、Methylobacterium属、Zymomonas属、Acetobacter属、またはAzospirillum属からなる群より選択されるいずれか一種の菌株由来の酵素である1.または2.に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
4.前記脱炭酸酵素が、アスパラギン酸デカルボキシラーゼである1.乃至3.のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
5.前記脱炭酸酵素が、Lactobacillus属またはVibrio属の菌株由来の酵素である1.乃至4.のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
6.前記脱炭酸酵素が、Lactobacillussakei由来またはVibrio shilonii由来の酵素である1.乃至5.のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
7.前記脱炭酸酵素が、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列で示されるペプチドを含む酵素である1.乃至6.のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
8.前記脱炭酸酵素が、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列で示される前記ペプチドからなる酵素である7.に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
9.前記脱炭酸酵素が、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列において1個以上6個以下のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたペプチドを含む酵素である1.乃至6.のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
10.前記脱炭酸酵素が、遺伝子工学的手法により合成した酵素である1.乃至9.のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
11.1.乃至10.のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法により得られた、2−アミノブタン酸。
12.グルタミン酸からの2−アミノブタン酸の合成に使用される脱炭酸酵素。
13.当該脱炭酸酵素がアスパラギン酸デカルボキシラーゼである12.に記載の脱炭酸酵素。
14.前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、Lactobacillussakei由来またはVibrio shilonii由来の酵素である13.に記載の脱炭酸酵素。
15.配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列で示されるペプチドを含む12.乃至14.のいずれか一項に記載の脱炭酸酵素。
16.配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列において1個以上6個以下のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたペプチドを含む12.乃至14.のいずれか一項に記載の脱炭酸酵素。
17.配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列で示されるペプチドからなる脱炭酸酵素。
18.12.乃至17.のいずれか一項に記載の脱炭酸酵素を用いてグルタミン酸から2−アミノブタン酸を製造する、脱炭酸酵素の使用方法。
19.12.乃至17.のいずれか一項に記載の脱炭酸酵素を製造する工程を含む、脱炭酸酵素の製造方法。
20.脱炭酸酵素を製造する前記工程が、遺伝子工学的手法により脱炭酸酵素を合成する工程を含む、19.に記載の脱炭酸酵素の製造方法。
21.グルタミン酸から2−アミノブタン酸を合成する反応に触媒作用を示す脱炭酸酵素を形成するペプチドをコードする塩基配列を含む遺伝子。
22.前記脱炭酸酵素が、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列で示されるペプチドを含む酵素である21.に記載の遺伝子。
23.前記脱炭酸酵素が、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列で示されるペプチドからなる酵素である22.に記載の遺伝子。
24.前記脱炭酸酵素が、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列において1個以上6個以下のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなるペプチドを含む21.に記載の遺伝子。
25.21.乃至24.のいずれか一項に記載の遺伝子を保有するベクター。
26.21.乃至24.のいずれか一項に記載の遺伝子を含む形質転換体。
27.宿主細胞が、大腸菌、枯草菌、放線菌、乳酸菌または酵母からなる群より選択される1種の菌体である26.に記載の形質転換体。
<Lactobacillus sakei由来のアスパラギン酸デカルボキシラーゼ遺伝子を有するベクターの製造(脱炭酸酵素合成用ベクターの製造)>
Lactobacillus sakei NBRC3541を25mLのNBRC培地No.804に植菌し、30℃で数日嫌気培養を行い、遠心分離により菌体を回収した。次に、DNeasy Tissue Kit(QIAGEN社製)を用いて、菌体からゲノムDNAを抽出した。
Lactobacillus sakei由来アスパラギン酸デカルボキシラーゼ配列の公知情報(23K:NCBI ACCESSION番号YP_394920.1)をもとに配列番号6および配列番号7に示した2種のプライマーを作製し、得られたゲノムDNAを鋳型としてKOD―plusポリメラーゼ(TOYOBO社製)を用いて以下の条件でPCRを行った。94℃で2分間保持した後、94℃で15秒間、40℃で30秒間、68℃で1.6分間のサーマルサイクルを30サイクル行った。その結果、約1.6kbpの増幅断片を得た。
<Lactobacillus sakei由来のアスパラギン酸デカルボキシラーゼ遺伝子を有するベクターの製造(変異型脱炭酸酵素合成用ベクターの製造)>
参考例1で獲得したpLSを鋳型として、配列番号8と配列番号9のプライマーペアで、KOD―plusポリメラーゼ(TOYOBO社製)を用いて、以下の条件でPCRを行った。96℃で1分間保持した後、96℃で30秒間、55℃で30秒間、68℃で5分間のサーマルサイクルを16サイクル行った。得られたPCR反応液をDpnI処理することで、鋳型としたpLSを分解し、PCR反応液に含まれるDNAを精製、大腸菌DH5αに形質転換し、0.1mg/mlのアンピシリンを含むLB寒天培地に播種した。得られた形質転換体を0.1mg/mlのアンピシリンを含むLB broth(Difco社製)に植菌して30℃で15時間通気攪拌培養を行い、得られた菌体からプラスミドを回収し、塩基配列の解析を行い、アスパラギン酸デカルボキシラーゼをコードする遺伝子の変異体を含む約4.5kbのプラスミドを作製した。このプラスミドをpLS1と命名した。同様に、pLSを鋳型として、配列番号10と配列番号11のプライマーペアで、PCR、その後の処理および塩基配列の解析を行い、アスパラギン酸デカルボキシラーゼをコードする遺伝子の変異体を含む約4.5kbのプラスミドを作製した。このプラスミドを、pLS2と命名した。
菌体よりプラスミドを抽出して、BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit(Applied Biosystems社製)を用いてサンプルを調製し、3130 Genetic Analyzer(Applied Biosystems/HITACHI社製)により塩基配列を解析した。pLS1を用いて合成されるペプチドのアミノ酸配列を、配列番号3に、pLS2を用いて合成されるペプチドのアミノ酸配列を、配列番号4に、pLS3を用いて合成されるペプチドのアミノ酸配列を、配列番号5に示す。
<Vibrio shilonii由来のアスパラギン酸デカルボキシラーゼ遺伝子を有するベクターの製造(脱炭酸酵素合成用ベクターの製造)>
Vibrio shilonii BAA−91を25mLのATCC培地#2に植菌し、26℃で数日嫌気培養を行い、遠心分離により菌体を回収した。次に、DNeasy Tissue Kit(QIAGEN社製)を用いて、菌体からゲノムDNAを抽出した。
Vibrio shilonii由来アスパラギン酸デカルボキシラーゼ配列の公知情報(NCBI ACCESSION番号ZP_01866645.1)をもとに配列番号12および配列番号13に示した2種のプライマーを作製し、得られたゲノムDNAを鋳型としてKOD―plusポリメラーゼ(TOYOBO社製)を用いて、以下の条件でPCRを行った。94℃で2分間保持した後、94℃で15秒間、40℃で30秒間、68℃で1.6分間のサーマルサイクルを30サイクル行った。その結果、約1.6kbpの増幅断片を得た。
<アスパラギン酸デカルボキシラーゼ合成用大腸菌の製造>
アスパラギン酸デカルボキシラーゼをコードする遺伝子を含む5種の形質転換体(pLS/DH5α、pLS1/DH5α、pLS2/DH5α、pLS3/DH5αおよびpVS/DH5α)から抽出した5種のプラスミド(pLS、pLS1、pLS2、pLS3およびpVS)を、それぞれ、宿主細胞である大腸菌K12W3110株(ATCC27325)に形質転換し、アスパラギン酸デカルボキシラーゼをコードする遺伝子を含む形質転換体(pLS/W3110、pLS1/W3110、pLS2/W3110、pLS3/W3110、pVS/W3110)を作製した。作製した形質転換体をそれぞれ、0.1mg/mlのアンピシリンを含むLB broth(Difco社製)に植菌し、30℃で15時間通気攪拌培養を行い、遠心分離によって菌体を回収した。
<アスパラギン酸デカルボキシラーゼをコードする遺伝子を有さない大腸菌の製造>
大腸菌K12W3110(ATCC27325)に、pUC18を形質転換し、形質転換体(pUC18/W3110)を作製した。作製した形質転換体(pUC18/W3110)を0.1mg/mlのアンピシリンを含むLB broth(Difco社製)に植菌し、30℃で15時間通気攪拌培養を行い、遠心分離によって菌体を回収した。
[実施例1]
上記方法により得た形質転換体(pLS/W3110)を用いて、グルタミン酸を原料として2−アミノブタン酸の合成を行った。
グルタミン酸(SIGMA社製)0.02mmol/g、3−モルホリノプロパンスルホン酸(DOJINDO社製)0.06mmol/g、リン酸ピリドキサール(第一製薬社製)0.0008mmol/gに、形質転換体の10%菌体懸濁液0.1gを添加して、28℃で反応した。反応液はLC-MSおよびHPLCを用いて分析した。
<LC-MS分析>
上記反応液を純水に溶解した後、LC−MS分析に供し、マススペクトルを取得した。LC−MS分析は、以下の条件で行った。2−アミノブタン酸の標品は、SIGMA社製A1879を用いた。
カラム:X−TerraMS18 50×2.1mmI.D.(Waters社製)
カラム温度:35℃
キャリア:A:CH3CN、B:H2O、C:2mMICPP-MS-7含有10vol%CH3CNaq
グラジエント:A/B/C=0/50/50〜15/35/50
流速:0.3ml/min
検出:質量分析計(Waters社製、SQdetector)
イオン化法:エレクトロスプレーイオン化法
<HPLC分析>
上記反応液を、HPLC分析に供し、クロマトグラムを取得した。HPLC分析は、以下の条件で行った。2−アミノブタン酸の標品は、SIGMA社製A1879を用いた。
カラム:InertsilODS3 250×4.6mmI.D.(GL Science社製)
カラム温度:40℃
キャリア:0.1M CH3COONa:CH3COOH=2:3 5mM CH3(CH2)7SO3Na
流速:0.8ml/min(キャリア)、0.4ml/min(OPA)
検出:蛍光検出器(オルトフタルアルデヒドを用いたポストカラム誘導体化法、JASCO社製、X−LC3120FP)
実施例1、2および3と同様の方法で、3種の形質転換体(pLS1/W3110、pLS2/W3110、pLS3/W3110)を用いてそれぞれ反応およびLC-MS分析、HPLC分析を行った。その結果、形質転換体(pLS1/W3110、pLS2/W3110、pLS3/W3110)を用いた反応液には、いずれの反応液においても実施例1、2および3と同程度の2−アミノブタン酸が生成していることが示された。
実施例1、2および3と同様の方法で、形質転換体(pVS/W3110)を用いて、反応およびLC-MS分析、HPLC分析を行った。その結果、形質転換体(pVS/W3110)を用いた反応液には、7.8μg/gの2−アミノブタン酸が生成していることが示された。
実施例1、2および3と同様の方法で、形質転換体(pUC18/W3110)を用いて、反応およびLC-MS分析、HPLC分析を行った。その結果、形質転換体(pUC18/W3110)を用いた反応液には、2−アミノブタン酸が生成していないことが示された。
Claims (21)
- E.C.4.1.1.12に分類されるアスパラギン酸デカルボキシラーゼの触媒作用により、グルタミン酸から2−アミノブタン酸を合成する2−アミノブタン酸の製造方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、真正細菌の生物種としてFirmicutes門に分類されている菌株由来の酵素またはProteobacteria門に分類されている菌株由来の酵素である請求項1に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、Alicyclobacillus属、Lactococcus属、Lactobacillus属、Enterococcus属、Melissococcus属、Tetragenococcus属、Clostridium属、Cellulosilyticum属、Peptoclostridium属、Desulfosporosinus属、Eubacterium属、Halobacteroides属、Erwinia属、Pluralibacter属、Vibrio属、Acinetobacter属、Francisella属、Gilliamella属、Frischella属、Snodgrassella属、Ralstonia属、Cupriavidus属、Burkholderia属、Pandoraea属、Achromobacter属、Delftia属、Comamonas属、Janthinobacterium属、Collimonas属、Minibacterium属、Sulfurovum属、Desulfovibrio属、Myxococcus属、Corallococcus属、Parvibaculum属、Sinorhizobium属、Rhizobium属、Ochrobactrum属、Bradyrhizobium属、Methylobacterium属、Zymomonas属、Acetobacter属、またはAzospirillum属からなる群より選択されるいずれか一種の菌株由来の酵素である請求項1または2に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、Lactobacillus属またはVibrio属の菌株由来の酵素である請求項1乃至3のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、Lactobacillussakei由来またはVibrio shilonii由来の酵素である請求項1乃至4のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列で示されるペプチドを含む酵素である請求項1乃至5のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列で示される前記ペプチドからなる酵素である請求項6に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列において1個以上6個以下のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたペプチドを含む酵素である請求項1乃至5のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、遺伝子工学的手法により合成した酵素である請求項1乃至8のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- 遺伝子工学的手法により前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼを合成する工程をさらに含む、請求項1乃至9のいずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- アスパラギン酸デカルボキシラーゼを合成する前記工程が、前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼを形成するペプチドをコードする塩基配列を含む遺伝子を取得する工程を含む、請求項10に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- 前記遺伝子が、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列で示されるペプチドをコードする塩基配列からなるポリヌクレオチドを含む請求項11に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- 前記遺伝子が、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列において1個以上6個以下のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなるペプチドをコードする塩基配列からなるポリヌクレオチドを含む請求項11に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- アスパラギン酸デカルボキシラーゼを合成する前記工程が、前記遺伝子を保有するベクターを製造する工程を含む、請求項11乃至13いずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- アスパラギン酸デカルボキシラーゼを合成する前記工程が、前記遺伝子を含む形質転換体を製造する工程を含む、請求項11乃至13いずれか一項に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- 前記形質転換体の宿主細胞が、大腸菌、枯草菌、放線菌、乳酸菌または酵母からなる群より選択される1種の菌体である請求項15に記載の2−アミノブタン酸の製造方法。
- E.C.4.1.1.12に分類されるアスパラギン酸デカルボキシラーゼを用いてグルタミン酸から2−アミノブタン酸を製造する、アスパラギン酸デカルボキシラーゼの使用方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、Lactobacillussakei由来またはVibrio shilonii由来の酵素である請求項17に記載の使用方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列で示されるペプチドを含む請求項17または18に記載の使用方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列において1個以上6個以下のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたペプチドを含む請求項17または18に記載の使用方法。
- 前記アスパラギン酸デカルボキシラーゼが、配列番号1、2、3、4または5のアミノ酸配列で示されるペプチドからなる請求項17または18に記載の使用方法。
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