JP6563721B2 - ソフォロリピッド高生産性変異株 - Google Patents
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Description
また本発明は、ソフォロリピッド生産性酵母において、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターを欠失又は不活性化することを含む、ソフォロリピッド生産性酵母変異株の製造方法を提供する。
また本発明は、ソフォロリピッド生産性酵母において、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターを欠失又は不活性化することを含む、ソフォロリピッド生産性酵母のソフォロリピッド生産能の向上方法を提供する。
また本発明は、上記ソフォロリピッド生産性酵母変異株を培養することを含む、ソフォロリピッドの製造方法を提供する。
本明細書において、ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の同一性は、Lipman−Pearson法(Science,1985,227:1435−1441)によって計算される。具体的には、遺伝情報処理ソフトウェアGenetyx−Win(Ver.5.1.1;ソフトウェア開発)のホモロジー解析(Search homology)プログラムを用いて、Unit size to compare(ktup)を2として解析を行うことにより算出される。
本発明のホロリピッド生産性酵母変異株は、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターが欠失又は不活性化した変異株である。好ましくは、本発明のソフォロリピッド生産性酵母変異株は、ソフォロリピッド生産性酵母において、人工的な改変により、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターを欠失させるか又は不活性化することによって製造された変異株である。
上述したペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターの欠失又は不活性化により製造された本発明のソフォロリピッド生産性酵母変異株は、変異前の株(親株)と比べて、ソフォロリピッド生産能が向上している。したがって、本発明の一実施形態は、ソフォロリピッド生産性酵母において、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターを欠失又は不活性化することを含む、ソフォロリピッド生産性酵母のソフォロリピッド生産能の向上方法であり得る。
本発明のソフォロリピッド生産性酵母変異株は、ソフォロリピッド生産能が向上している。また本発明のソフォロリピッド生産性酵母変異株は、種々の鎖長の炭化水素鎖、脂肪酸等を基質としてソフォロリピッドを生産することができる。したがって、本発明のソフォロリピッド生産性酵母変異株を適切な鎖長の基質とともに培養すれば、所望の鎖長の構成脂肪酸を含むソフォロリピッドを効率よく製造することができる。したがって、本発明はまた、上記本発明のソフォロリピッド生産性酵母変異株を培養することを含む、ソフォロリピッドの製造方法を提供する。
本発明の例示的実施形態として、さらに以下の組成物、製造方法、用途あるいは方法を本明細書に開示する。ただし、本発明はこれらの実施形態に限定されない。
上記PXA1が、配列番号2で示されるアミノ配列からなるタンパク質であり、
上記PXA2が、配列番号4で示されるアミノ配列からなるタンパク質であり、
上記PXA1に相当するタンパク質が、配列番号2で示されるアミノ配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ配列からなり、かつPXA2又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質であり、
上記PXA2に相当するタンパク質が、配列番号4で示されるアミノ配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ配列からなり、かつPXA1又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質である、
〔2〕記載の変異株。
上記PXA1遺伝子が、配列番号2で示されるアミノ配列からなるタンパク質をコードする遺伝子であり、
上記PXA2遺伝子が、配列番号4で示されるアミノ配列からなるタンパク質をコードする遺伝子であり、
上記PXA1遺伝子に相当する遺伝子が、PXA2又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質をコードする遺伝子であり、
上記PXA2遺伝子に相当する遺伝子が、PXA1又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質をコードする遺伝子である、
〔4〕記載の変異株。
好ましくは、スターメレラ属微生物であり、
より好ましくはスターメレラ・ボンビコーラである、〔1〕〜〔5〕のいずれか1項記載の変異株。
上記PXA1が、配列番号2で示されるアミノ配列からなるタンパク質であり、
上記PXA2が、配列番号4で示されるアミノ配列からなるタンパク質であり、
上記PXA1に相当するタンパク質が、配列番号2で示されるアミノ配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ配列からなり、かつPXA2又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質であり、
上記PXA2に相当するタンパク質が、配列番号4で示されるアミノ配列と少なくとも80%の同一性を有するアミノ配列からなり、かつPXA1又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質である、
〔10〕記載の方法。
上記PXA1遺伝子が、配列番号2で示されるアミノ配列からなるタンパク質をコードする遺伝子であり、
上記PXA2遺伝子が、配列番号4で示されるアミノ配列からなるタンパク質をコードする遺伝子であり、
上記PXA1遺伝子に相当する遺伝子が、PXA2又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質をコードする遺伝子であり、
上記PXA2遺伝子に相当する遺伝子が、PXA1又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質をコードする遺伝子である、
〔12〕記載の方法。
好ましくは、スターメレラ属微生物であり、
より好ましくはスターメレラ・ボンビコーラである、〔8〕〜〔13〕のいずれか1項記載の方法。
C12〜C20脂肪酸及びそのアルキルエステル、C12〜C20アルカン、C12〜C20アルケン、C12〜C20アルキン、C12〜C20アルコール、C12〜C20脂肪酸又はそのアルキルエステルを含むトリアシルグリセロール、ジアシルグリセロール及びモノアシルグリセロール、ならびにC12〜C20脂肪酸又はそのアルキルエステルを含む油脂からなる群より選択される少なくとも1種の基質;
C12〜C18脂肪酸及びそのアルキルエステル、C12〜C18アルカン、C12〜C18アルケン、C12〜C18アルキン、C12〜C18アルコール、C12〜C18脂肪酸又はそのアルキルエステルを含むトリアシルグリセロール、ジアシルグリセロール及びモノアシルグリセロール、ならびにC12〜C18脂肪酸又はそのアルキルエステルを含む油脂からなる群より選択される少なくとも1種の基質;
又は、
C12〜18脂肪酸及びそのアルキルエステルからなる群より選択される少なくとも1種の基質。
好ましくは、1質量%以上、より好ましくは3質量%以上、さらに好ましくは5質量%以上で、かつ好ましくは30質量%以下、より好ましくは20質量%以下、さらに好ましくは15質量%以下であるか、
又は
好ましくは、1〜30質量%、1〜20質量%、1〜15質量%、3〜30質量%、3〜20質量%、3〜15質量%、5〜30質量%、5〜20質量%、若しくは5〜15質量%である、〔16〕記載の方法。
(1)遺伝子欠失用断片の構築
SOE−PCR法を用いた相同組換え法により、PXA1遺伝子、PXA2遺伝子、又はFOX2遺伝子を欠損した変異株を作製した。
スターメレラ・ボンビコーラを、5mLのYPD Brothを含む100mL形試験管に一白金耳植菌し、30℃、250rpmで48時間培養した。得られた培養液を、YPD培地50mLを含む坂口フラスコに1%(v/v)植菌し、30℃、120rpmでOD600=1〜2になるまで培養した。増殖した菌体を3000rpm、4℃で5分間遠心して集菌した後、氷上で冷やした滅菌水20mLで2回洗浄した。菌体を氷冷した1mLの1Mソルビトール溶液に懸濁し、5000rpm、4℃で5分間遠心した。上清を捨てたのち、400μLの1Mソルビトール溶液を加えて氷上におき、ピペッティングで懸濁した。この酵母懸濁液を50μLずつ分注し、形質転換用のDNA溶液(PXA1遺伝子、PXA2遺伝子、又はFOX2遺伝子欠失用断片を含む)を1μg加え、氷冷した0.2cmギャップのチャンバーに移したのち、GENE PULSER II(BIO−RAD)を用いて25μF、350Ω、2.5kVのパルスをかけた。パルス印加した液に氷冷した1Mソルビトール入りYPD Brothを加えて1.5mL容チューブに移し、30℃で2時間振とうした後、5000rpm、4℃で5分間遠心して菌体を回収した。回収した菌体を200μLの1Mソルビトール溶液に再懸濁して100μLずつ選択培地に塗抹し、30℃で約1週間培養した。選択培地には、イーストエクストラクト1%(w/v)、ペプトン2%(w/v)、グルコース2%(w/v)、ハイグロマイシン500ppmを含む寒天培地を使用した。生育したコロニーをコロニーPCRにかけ、各欠損標的遺伝子の領域から増幅される配列長が変化していることを確認して、PXA1遺伝子、PXA2遺伝子、又はFOX2遺伝子の欠損した変異株(Δpxa1変異株、Δpxa2変異株、及びΔfox2変異株)を得た。
(1)変異株の培養
予め滅菌した酵母エキス1%(w/v)、ペプトン2%(w/v)、グルコース2%(w/v)を含む培地を大型試験管に5mL注入し、これへ実施例1で得られたΔpxa1変異株、Δpxa2変異株、及びそれらの親株のいずれかを一白金耳接種し、30℃、250rpmにて48時間振とう培養を行い、これを種培養液とした。上記種培養液を、酵母エキス2%(w/v)、脂肪酸エステル5%(w/v)、グルコース12.5%(w/v)を含む混合培地5mLに1%(v/v)となるように接種し、30℃、250rpmにて96時間振とう培養を行った。脂肪酸エステルにはパルミチン酸エチルを用いた。
培養終了後、培養液中のパルミチン酸エチル(PE)とソフォロリピッド(SL)を抽出し、その量を測定した。PEの抽出では、まず(1)で培養した大型試験管中の培養液全量をファルコンチューブ(グライナー)に移し、次いで該大型試験管にヘキサンを4mL加えボルテックスで5秒間撹拌し、その全量を同じファルコンチューブに移した。ボルテックスを5秒行って液をよく混合した後、3000rpm、25℃、5分間遠心分離した。上清のヘキサン画分をパスツールピペットにてガラスチューブに全量回収した。残った液に対して上記と同じヘキサン抽出をもう一度繰り返すことで、PE全量を抽出した。SLの抽出では、(1)で培養した大型試験管に酢酸エチル4mLを加え5秒間ボルテックスし、全量をファルコンチューブへ回収した。その後、3000rpm、25℃、5分間遠心分離し、上清の酢酸エチル画分をパスツールピペットにて新しいガラスチューブに全量回収した。残った液に対して上記の酢酸エチル抽出をもう一度繰り返すことで、SL全量を回収した。
回収したヘキサン画分又は酢酸エチル画分から、窒素ガスの吹き付けによりヘキサン又は酢酸エチルを揮発させ、溶存していたPE又はSLを抽出した。抽出したPE又はSLを含むガラスチューブの重量と、回収前のガラスチューブの重量との差を、培養液中のPE量又はSL量として算出した。
実施例2と同様の手順で、Δpxa1変異株、Δfox2変異株、及びそれらの親株を培養し、培養液中の脂肪酸エステルとソフォロリピッドの量を測定した。ただし、脂肪酸エステルを含む混合培地での培養時間は72時間とし、脂肪酸エステルにはラウリン酸エチル(C12)、ミリスチン酸エチル(C14)、パルミチン酸エチル(C16)又はステアリン酸エチル(C18)を用いた。
Claims (9)
- ソフォロリピッド生産性スターメレラ属微生物変異株であって、
PXA1遺伝子、PXA2遺伝子、PXA1遺伝子に相当する遺伝子、又はPXA2遺伝子に相当する遺伝子が欠失又は不活性化されており、
該PXA1遺伝子が、配列番号1で示されるヌクレオチド配列からなるDNAからなる遺伝子であり、
該PXA2遺伝子が、配列番号3で示されるヌクレオチド配列からなるDNAからなる遺伝子であり、
該PXA1遺伝子に相当する遺伝子が、配列番号1で示されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列からなるDNAからなり、かつPXA2又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成してペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質をコードする遺伝子であり、
該PXA2遺伝子に相当する遺伝子が、配列番号3で示されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列からなるDNAからなり、かつPXA1又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成してペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質をコードする遺伝子であり、
該PXA1又はそれに相当するタンパク質が、配列番号2で示されるアミノ配列からなるタンパク質、又は配列番号2で示されるアミノ配列と少なくとも90%の同一性を有するアミノ配列からなり、かつPXA2又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質であり、
該PXA2又はそれに相当するタンパク質が、配列番号4で示されるアミノ配列からなるタンパク質、又は配列番号4で示されるアミノ配列と少なくとも90%の同一性を有するアミノ配列からなり、かつPXA1又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質である、
変異株。 - 前記スターメレラ属微生物がスターメレラ・ボンビコーラである、請求項1記載の変異株。
- ソフォロリピッド生産性スターメレラ属微生物において、PXA1遺伝子、PXA2遺伝子、PXA1遺伝子に相当する遺伝子、又はPXA2遺伝子に相当する遺伝子を欠失又は不活性化することを含み、
該PXA1遺伝子が、配列番号1で示されるヌクレオチド配列からなるDNAからなる遺伝子であり、
該PXA2遺伝子が、配列番号3で示されるヌクレオチド配列からなるDNAからなる遺伝子であり、
該PXA1遺伝子に相当する遺伝子が、配列番号1で示されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列からなるDNAからなり、かつPXA2又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成してペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質をコードする遺伝子であり、
該PXA2遺伝子に相当する遺伝子が、配列番号3で示されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列からなるDNAからなり、かつPXA1又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成してペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質をコードする遺伝子であり、
該PXA1又はそれに相当するタンパク質が、配列番号2で示されるアミノ配列からなるタンパク質、又は配列番号2で示されるアミノ配列と少なくとも90%の同一性を有するアミノ配列からなり、かつPXA2又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質であり、
該PXA2又はそれに相当するタンパク質が、配列番号4で示されるアミノ配列からなるタンパク質、又は配列番号4で示されるアミノ配列と少なくとも90%の同一性を有するアミノ配列からなり、かつPXA1又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質である、
ソフォロリピッド生産性スターメレラ属微生物変異株の製造方法。 - 前記スターメレラ属微生物がスターメレラ・ボンビコーラである、請求項3記載の方法。
- ソフォロリピッド生産性スターメレラ属微生物において、PXA1遺伝子、PXA2遺伝子、PXA1遺伝子に相当する遺伝子、又はPXA2遺伝子に相当する遺伝子を欠失又は不活性化することを含み、
該PXA1遺伝子が、配列番号1で示されるヌクレオチド配列からなるDNAからなる遺伝子であり、
該PXA2遺伝子が、配列番号3で示されるヌクレオチド配列からなるDNAからなる遺伝子であり、
該PXA1遺伝子に相当する遺伝子が、配列番号1で示されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列からなるDNAからなり、かつPXA2又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成してペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質をコードする遺伝子であり、
該PXA2遺伝子に相当する遺伝子が、配列番号3で示されるヌクレオチド配列と少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列からなるDNAからなり、かつPXA1又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成してペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質をコードする遺伝子であり、
該PXA1又はそれに相当するタンパク質が、配列番号2で示されるアミノ配列からなるタンパク質、又は配列番号2で示されるアミノ配列と少なくとも90%の同一性を有するアミノ配列からなり、かつPXA2又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質であり、
該PXA2又はそれに相当するタンパク質が、配列番号4で示されるアミノ配列からなるタンパク質、又は配列番号4で示されるアミノ配列と少なくとも90%の同一性を有するアミノ配列からなり、かつPXA1又はそれに相当するタンパク質とヘテロダイマーを形成して、ペルオキシソームへAcyl−CoAを輸送するトランスポーターとして働くタンパク質である、
ソフォロリピッド生産性スターメレラ属微生物のソフォロリピッド生産能の向上方法。 - 前記スターメレラ属微生物がスターメレラ・ボンビコーラである、請求項5記載の方法。
- 請求項1又は2記載のソフォロリピッド生産性スターメレラ属微生物変異株を培養することを含む、ソフォロリピッドの製造方法。
- 前記培養のための培地が、C12〜C20脂肪酸及びそのアルキルエステル、C12〜C20アルカン、C12〜C20アルケン、C12〜C20アルキン、C12〜C20アルコール、C12〜C20脂肪酸又はそのアルキルエステルを含むトリアシルグリセロール、ジアシルグリセロール及びモノアシルグリセロール、ならびにC12〜C20脂肪酸又はそのアルキルエステルを含む油脂からなる群より選択される少なくとも1種を含有する、請求項7記載の方法。
- 前記培養のための培地がC12〜C18脂肪酸又はそのアルキルエステルを含有する、請求項7記載の方法。
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