JP6723982B2 - インターロイキン−2/インターロイキン−2受容体アルファ融合タンパク質および使用方法 - Google Patents
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Description
配列表の正式なコピーは、米国標準コード情報交換(ASCII)に準拠して、ファイル名464173seqlist.txt、作成日2015年7月30日、およびサイズ139KBで、EFS−Webを介してテキストファイルとして明細書と同時提出された。EFS−Webを介して提出された配列表は、明細書の一部であり、これによって出典明示により本明細書中にその全体が組み込まれる。
本発明は、国立衛生研究所(NIH)、国立糖尿病・消化器・腎疾病研究所(NIDDK)により授与された認可番号R01 DK093866による政府の支援によりなされた。政府は本発明における一定の権利を有する。
インターロイキン−2(IL−2)は、癌およびHIV/AID患者における免疫応答を高めるための試みにおいて使用されてきた生物製剤である。より最近では、より低用量のIL−2は、自己組織の自己免疫様攻撃に関連する望ましくない免疫応答を抑制するために選択的に耐性を高めるために使用されている。重要なことに、これらの低用量のIL−2は、自己反応性T細胞の増強または再活性化のいかなる兆候も示さなかった。それにもかかわらず、IL−2は、その有効性を限定するインビボでの非常に短い半減期、および高用量での毒性を含み、治療剤として重要な欠点を有する。これらの理由に関して、改善された薬物動態および使用のための応答の持続性を有する、新規のIL−2生物製剤が必要とされる。
本発明は、発明の実施形態の全てが示されるわけではないいくつかの添付の図面を参照して、より詳細に以下に記載されるだろう。実際に、これらの発明は多くの様々な形態で具体化されてもよく、本明細書中に記載される実施形態に限定されると解釈されるべきではない;むしろ、これらの実施形態は、適用される法的要件を満たすよう提供される。同様の番号は、全体を通して同様の要素を指す。
現在の技術は、弱い薬理学的な特性、特にその有用性を制限する短い半減期を有する組換えインターロイキン−2(IL−2)の使用に依存している。インターロイキン−2/インターロイキン−2受容体アルファ(IL−2/IL−2Rα)融合タンパク質は、組換え型IL−2と他のIL−2融合タンパク質からそれらを分離する固有の特性を有することが、本明細書中で提供される。第一に、IL−2/IL−2Rα融合タンパク質のサイズはインビボでその半減期を増加させるだろう。第二に、IL−2/IL−2Rα融合タンパク質の関連における、IL−2とIL−2Rα(IL−2Rの1つのサブユニット)との間の弱い相互作用は、IL−2の有効性を延長するもう一つの機構を提供する。作用の特定の機構に限定されないが、IL−2活性の延長された有効性が、IL−2部分と、IL−2/IL−2Rα融合物のIL−2RαおよびIL−2Rを発現する細胞の間の競合的な相互作用を介して生じてもよい。
インターロイキン−2受容体アルファ(IL−2Rα)ポリペプチドもしくは機能的なバリアントまたはその断片の細胞外ドメインを含む、または、インターロイキン−2受容体アルファ(IL−2Rα)ポリペプチドもしくは機能的なバリアントまたはその断片の細胞外ドメインからなる第二のポリペプチドにインフレームで融合された、インターロイキン−2(IL−2)もしくは機能的なバリアントまたはその断片を含む第一のポリペプチドを含む、融合タンパク質が提供される。
本明細書中で使用される場合、「インターロイキン−2」または「IL−2」は、特に示さない限り、霊長類(例えば、ヒト)およびげっ歯類(例えば、マウスおよびラット)、ならびに家畜哺乳動物もしくは農業哺乳動物などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源由来の任意の天然型または組換え型IL−2を指す。当該用語は、未処理のIL−2、並びに、細胞でのプロセシングに起因するIL−2の任意の形態(つまり、IL−2の成熟型)を包含する。当該用語は、例えば、スプライスバリアントまたは対立形質バリアント、ならびに非天然型などの、IL−2の天然に存在するバリアントおよび断片も包含する。ヒトIL−2(20アミノ酸シグナル配列を有する)の典型的な成熟型のアミノ酸配列は、配列番号2に示される。未処理のヒトIL−2は、成熟したIL−2分子に存在しないN末端20アミノ酸シグナルペプチド(配列番号1)をさらに含む。マウスIL−2(20アミノ酸シグナル配列を有する)の典型的な成熟型のアミノ酸配列は、配列番号4に示される。未処理のマウスIL−2は、成熟したIL−2分子に存在しないN末端20アミノ酸シグナルペプチド(配列番号3)をさらに含む。図2Aおよび図2Bも参照されたい。「野生型IL−2」とも称される「天然のIL−2」は、天然に存在するIL−2または組換え型IL−2を意図する。
「CD25」または「IL−2受容体α」もしくは「IL−2Rα」という用語は、本明細書中で使用される場合、特に示さない限り、霊長類(例えば、ヒト)およびげっ歯類(例えば、マウスおよびラット)、ならびに家畜哺乳動物もしくは農業哺乳動物などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物源由来の任意の天然型または組換え型IL−2Rαを指す。当該用語は、例えば、スプライスバリアントまたは対立形質バリアント、または非天然型などの、IL−2Rαの天然に存在するバリアントも包含する。ヒトIL−2は、その受容体系、IL−2Rを介したシグナル伝達を介するその生物学的効果を発揮する。IL−2およびその受容体(IL−2R)は、免疫応答に重大なT細胞増殖および他の基本的な機能に必要とされる。IL−2Rは、アルファ(p55)、ベータ(p75)、およびガンマ(p65)鎖である3つの非共有結合的に連結されたI型膜貫通タンパク質からなる。ヒトIL−2Rアルファ鎖は、219アミノ酸の細胞外ドメイン、19アミノ酸の膜貫通ドメイン、および13アミノ酸の細胞内ドメインを含有する。IL−2Rアルファ(IL−2Rα)の分泌された細胞外ドメインが、本明細書中に記載される融合タンパク質において利用され得る。
IL−2/IL−2Rα融合タンパク質はさらなるエレメントをさらに含むことができる。かかるエレメントは、融合タンパク質の発現を助け、融合タンパク質の分泌を助け、融合タンパク質の安定性を改善し、タンパク質のより効率的な精製を可能にし、かつ/または活性融合タンパク質を調節することができる。
a.ポリヌクレオチド
IL−2/IL−2Rα細胞外ドメイン融合タンパク質またはその中に含有される多様な構成要素(すなわち、IL−2Rα細胞外ドメイン、IL−2Rαポリペプチド、リンカー配列および/またはコザック配列)をコードするポリヌクレオチドの断片およびバリアントが、本発明の多様な方法および組成物において利用され得る。「断片」という用語は、ポリヌクレオチドの部分、および、それによってコードされたタンパク質またはポリペプチドの部分を意図する。ポリヌクレオチドの断片は、天然タンパク質の生物学的活性を保持し、それ故にIL−2活性、IL−2Rα細胞外ドメイン活性、IL−2/IL−2Rα融合タンパク質活性を有するタンパク質断片をコードすることができ、またはもしリンカー配列をコードする場合、IL−2/IL−2Rα融合タンパク質の所望の活性を提供できる。
「バリアント」タンパク質という用語は、天然タンパク質のN末端および/またはC末端への1つ以上のアミノ酸の欠失(いわゆるトランケーション(truncation))または付加;天然タンパク質中の1つ以上の部位での1つ以上のアミノ酸の欠失または付加;または天然タンパク質中の1つ以上の部位での1つ以上のアミノ酸の置換による、天然タンパク質由来のタンパク質を意図する。バリアントタンパク質は生物学的に活性である、つまり、それらは所望の生物学的活性、すなわち、IL−2/IL−2Rα融合タンパク質活性、IL−2活性またはIL−2Rα細胞外ドメイン活性を有し続ける。かかるバリアントは例えば、遺伝子多型または人間の操作に起因してもよい。IL−2/IL−2Rα融合タンパク質またはその構成成分(すなわち、IL−2Rα細胞外ドメインポリペプチド、IL−2ポリペプチド、またはリンカー配列)のいずれかの生物学的活性バリアントは、本明細書中の他の所で記載される配列アライメントプログラムおよびパラメータにより決定される天然タンパク質に関するアミノ酸配列と、少なくとも約40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上の配列同一性を有するだろう。タンパク質の生物学的活性バリアントは、わずか1−15アミノ酸残基、6−10などのわずか1−10、わずか5、わずか4、3、2、または、たった1アミノ酸残基により、そのタンパク質と異なっていてもよい。
組成物は、本明細書で上述した多様な融合タンパク質ならびにそれらのバリアントおよび断片をコードする単離されたポリヌクレオチドをさらに含む。本明細書中に記載されるポリヌクレオチドを含むベクターおよび発現カセットはさらに開示される。一般的には、発現カセットは、ポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターならびに転写のおよび翻訳の終結領域を含むだろう。
免疫応答を調節するための多様な方法が提供される。
本明細書中で使用される場合、「調節する」という用語は、所与の活性または応答を誘導、阻害、増強、上昇、増加、または減少させることを含む。
対象における免疫応答を増加させるための多様な方法が提供される。かかる方法は、免疫応答の増加を必要とする対象に治療有効量のIL−2/IL−2Rα融合タンパク質を投与することを含む。このように、具体的な実施形態では、より高用量のIL−2の一過性の適用は、免疫エフェクターおよび記憶応答を高めるために利用される。
対象における免疫応答を減少させるための多様な方法が、提供される。かかる方法は、免疫応答の減少を必要とする対象に治療有効量のIL−2/IL−2Rα融合タンパク質を投与することを含む。
本明細書中に開示される多様なIL−2/IL−2Rα融合タンパク質(本明細書中で「活性化合物」としても称される)は、投与に適した医薬組成物に組み込まれ得る。かかる組成物は、典型的には、融合タンパク質および薬学的に許容可能な担体を含む。本明細書中で使用される場合、「薬学的に許容可能な担体」という語は、薬学的投与に適合する、任意および全ての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌性および抗真菌性の薬剤、等張剤および吸収遅延薬剤等を含むことを意図する。薬剤的に活性な物質に関する、かかる培地および薬剤の使用は、当技術分野でよく知られている。任意の従来の培地または薬剤が活性化合物と不適合である場合を除き、組成物におけるその使用が考慮される。補助活性化合物も組成物に組み込まれ得る。
本明細書中で使用される場合、「キット」は、本明細書中の他の所で記載されるように、免疫応答を調節することにおける使用のためのIL−2/IL−2Rα融合タンパク質を含む。本明細書中で使用される場合、「キット」および「系」という用語は、具体的な実施形態では、1つ以上の他の種類の要素または構成要素(例えば、他の種類の生化学試薬、容器、商業販売を目的とする包装などのパッケージ、使用説明書等)と組み合わせた少なくとも1つ以上のIL−2/IL−2Rα融合タンパク質を指すことを意図する。
上述したように、IL−2/IL−2Rα融合タンパク質の多様な構成要素を含む、IL−2/IL−2Rα融合タンパク質の活性バリアントおよび断片、または同一のものをコードするポリヌクレオチドが提供される。かかる構成要素は、IL−2、IL−2Rαの細胞外ドメイン、リンカー配列またはコザック配列を含む。融合タンパク質の活性バリアントもしくは断片または融合タンパク質の所与の構成要素により保持される活性は、本明細書の他の所でさらに詳細に説明される。
IL−2は、癌およびHIV/AID患者における免疫応答を高めるための試みにおいて使用されてきた生物製剤である。より最近では、はるかに低用量のIL−2を、自己組織の自己免疫様攻撃に関連する望ましくない免疫応答を抑制するために選択的に耐性を高めるために使用されてきた。重要なことに、これらの低用量のIL−2は、自己反応性T細胞の増強または再活性化の兆候を示さなかった。それにもかかわらず、IL−2は、その有効性を限定するインビボでの非常に短い半減期、および高用量での毒性を含み、治療剤として重大な欠点を有する。これらの理由から、新規のIL−2生物製剤を、その薬物動態ならびに1)制御性T細胞(Treg)および免疫寛容を高めるための低用量のIL−2−ベースの治療および2)免疫応答および免疫メモリーを高めるためのより高用量での補助療法、における使用のための応答の持続性を改善する目的で生産した。これらの目的を達成するために、インビボでIL−2R−ベアリングリンパ球の持続性のIL−2刺激の増加によりIL−2の有効性を増加させるようにこれらの融合を設計し、IL−2/IL−2Rα融合タンパク質を開発した。これらの融合は、以下の通り操作されたタンパク質からなる(図1):1)効率的な翻訳のための最適化されたコザック配列を含有する、IL−2のリーダー配列;2)IL−2の全長配列;3)可変長のリシンまたはグリシン/セリンリンカー配列;4)発現するIL−2Rαの細胞外ドメインのコード配列;5)2アミノ酸グリシンスペーサー;6)精製のための6アミノ酸ポリヒスチジン領域;および7)2つの終止コドン。これらのマウスおよびヒトcDNA由来の予測されたタンパク質配列は、それぞれ図2Aおよび図2Bにおいて、IL−2/(GlySer)/IL−2Rα融合タンパク質に関して示される。これらのcDNAをpClneo発現ベクターにクローン化し、かつCOS7細胞におけるこれらの融合タンパク質の発現に使用した。培養上清の解析は、それぞれのマウス融合タンパク質が、インビトロでIL−2生物活性を示し、IL−2/(Gly3Ser)3/IL−2Rα融合タンパク質に関連するものが最適な活性であることを示した(図3A)。従って、この生物検定における抗IL−2の包含は、増殖を完全に阻害した(図3B)。より多い量のIL−2/(Gly3Ser)3/IL−2RαおよびIL−2/(Gly4Ser)4/IL−2RαをCHO細胞における発現後に調製し、かつ固定化されたニッケルへの融合タンパク質の6xHisタグの結合を介するアフィニティークロマトグラフィーにより精製した。両方の融合タンパク質が同様に、IL−2Rαを発現する細胞への、2つの抗IL2Rα抗体(PC61および7D4)の結合を阻害したが(図4B)、マウスIL−2/(Gly3Ser)3/IL−2Rα融合タンパク質は、IL−2/(Gly4Ser)4/IL−2Rαより大きいIL−2生物活性を示し(図4A)、より大きいIL−2活性は前者の融合タンパク質に関連することを確認した。PC61および7D4の結合の阻害は、融合タンパク質のIL−2Rα部分が、これらの抗体に結合するのに十分な三次構造を保持したことも示す。しかしながら、これらの融合タンパク質は、IL−2Rαを発現する細胞への、IL−2RαのIL−2結合部位に対するモノクローナル抗体(3C7)の結合を阻害しなかった。この結果は、IL−2/IL−2Rα融合タンパク質内のIL−2が、IL−2Rαの結合部位に空間的に近いことを意味する(図5)。これらの融合タンパク質のウェスタンブロット解析は、IL−2/IL−2Rαが55−65kDaであり、非還元条件下で幾分か速い移動度であり、かつそれは可溶性のIL−2Rαについて観察されたものより約15kDa大きいことを示した(図6A)。これ対応して、SDS−PAGEにより精製されたマウスIL−2/(Gly3Ser)3/IL−2Rαの直接解析は、異種の55−65kDa単量体タンパク質と一致し(図6B)、これはIL−2(15kDa)とIL−2Rα(40−50kDa)融合分子について予測されたサイズであり(図6)、ここで、IL−2Rαは、広範な可変グリコシル化によるサイズ異質性を示す(Malek and Korty,J Immunol.136:4092−4098,1986)。IL−2依存性シグナル伝達の直接の結果は、STAT5のチロシンリン酸化(pSTAT5)である。マウスIL−2/(Gly3Ser)3/IL−2Rαによるマウスの治療は、治療30分後に、TregにおけるpSTAT5の広範かつ選択的な活性化をもたらした(図7)。用量反応研究は、マウスIL−2/(Gly3Ser)3/IL−2Rαは、インビボでTregの多くの主要な活性に影響したことを示した(図8)。Tregに対するこれらの効果は、以下を含んだ:CD4+T細胞区画におけるTregの増加した提示(図8A)および数(未掲載);IL−2依存性CD25の増加(図8B);増殖マーカーKi67の発現により評価される増加した増殖(図8C);およびIL−2依存性の最終分化したKlrg1+Tregサブセットの分画の増加(図8D)。これらの効果は、非肥満糖尿病(NOD)マウスの脾臓および炎症性膵臓におけるTregについて最も顕著であった。標準CTLL IL−2生物検定において測定されるように、IL−2/(Gly3Ser)3/IL−2Rαに関連する1000ユニットのIL−2活性は、より低いが、Tregに対して容易に測定可能な効果を示した(図8)。IL−2/(Gly3Ser)3/IL−2Rα(2000ユニットのIL−2活性)で治療されたC57/BL6マウスに、組換え型IL−2(25,000ユニット)またはIL−2/抗IL−2のアゴニスト複合体(IL2/IC)(10,000ユニットのIL−2活性)を投与したマウスと比較した(図9)。IL−2/(Gly3Ser)3/IL−2Rαは、Tregの持続的な増大および関連する特性を誘導することにおいて、組換え型IL−2よりもはるかに有効であり、IL2/ICよりもわずかに有効である(図9)。免疫寛容原性Tregにおけるこれらの増加は、IL2/ICおよび組換え型IL−2と比較して、それぞれ、5および12.5倍低いレベルのIL−2活性だった。直接的に生体外でのTregにおけるpSTAT5のIL−2依存性活性化を考慮すると(図9)、これらのデータは、IL−2/IL−2Rαに関して約72時間の生物学的半減期を示唆する。糖尿病前のNODマウスは低量のIL−2/IL−2Rαで短期の治療を受けた(図10)。IL−2/IL−2Rαに関連する800UのIL−2活性で治療されたそれらのマウスにおいて、糖尿病の発症の遅延が観察された。免疫に関して、単回高用量のIL−2/(Gly3Ser)3/IL−2Rα(12,000UのIL−2活性)の適用もまた、CD8+T細胞応答、特に長寿命の免疫メモリー細胞を実質的に高めた(図11)。免疫化後の初期(28日)に、CD44hiCD62LloCD127hiエフェクターメモリー(EM)細胞はメモリープールを支配した;しかしながら、時間の増加とともにCD44hi CD62Lhi CD127hiセントラルメモリー(CM)細胞が増加し、CM細胞は免疫化後202日でメモリープールを支配した(図12)。従って、IL−2/(Gly3Ser)3/IL−2Rαは組換え型IL−2と類似の様式で機能して、免疫寛容原性および免疫抑制性TregおよびTエフェクター/メモリー応答の増加を介する免疫を高めるが、それは、1)より低い有効レベルのIL−2活性で;2)より持続的な生物学的反応で;および3)Tエフェクター/免疫メモリー細胞より低用量で応答するTregで階層を保持して、かかる応答を提供することにより改善された薬物動態を示す。これらの知見は、IL−2/IL−2Rα融合タンパク質が、適切な用量およびレジメンで投与される場合に免疫寛容または免疫メモリーを選択的に高める、IL−2活性を送達する薬剤の、改善されかつ新規のクラスを示すという考えを支持する。
Claims (26)
- (a)融合タンパク質のN末端で第一のポリペプチド、ここで前記第一のポリペプチドがインターロイキン−2(IL−2)を含む;および
(b)融合タンパク質のC末端で第二のポリペプチド、ここでリンカーにより第一のポリペプチドにインフレームで融合された第二のポリペプチド、を含む、
融合タンパク質であって、
リンカーが配列番号13に記載の配列であり、かつ第二のポリペプチドが、IL−2に結合できるインターロイキン−2受容体アルファ(IL−2Rα)の細胞外ドメインを含み、
ここで、融合タンパク質がIL−2活性を有する、融合タンパク質。 - 融合タンパク質が、天然型IL−2と比較した場合、増加したIL−2の効能を有する、請求項1に記載の融合タンパク質。
- 天然型IL−2と比較した場合、融合タンパク質がインビボでIL−2Rベアリングリンパ球(bearing lymphocyte)の増加した持続性のIL−2刺激を有する、請求項1または2に記載の融合タンパク質。
- (a)IL−2を含む第一のポリペプチドが、配列番号2と少なくとも90%の配列同一性を有し;かつ/または、
(b)IL−2Rαの細胞外ドメインを含む第二のポリペプチドが、配列番号7と少なくとも90%の配列同一性を有する、
請求項1−3のいずれか一項に記載の融合タンパク質。 - (a)IL−2を含む第一のポリペプチドが、配列番号2と少なくとも95%の配列同一性を有し;かつ/または、
(b)IL−2Rαの細胞外ドメインを含む第二のポリペプチドが、配列番号7と少なくとも95%の配列同一性を有する、
請求項4に記載の融合タンパク質。 - 融合タンパク質が、
(a)配列番号26、27、36、37、57、または59のいずれか1つに記載のアミノ酸配列;または、
(b)配列番号26、27、36、37、57、または59のいずれか1つと少なくとも90%、または95%を有する配列を含む、
請求項1に記載の融合タンパク質。 - 配列番号26、27、36、37、57、または59のいずれか1つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項6に記載の融合タンパク質。
- 配列番号26のアミノ酸配列を含む、請求項7に記載の融合タンパク質。
- 融合タンパク質が、
(a)配列番号62に記載のアミノ酸配列;または
(b)配列番号62と少なくとも90%、または95%の配列同一性を有する配列を含む、
請求項1−8のいずれか一項に記載の融合タンパク質。 - 配列番号62のアミノ酸配列を含む、請求項9に記載の融合タンパク質。
- 請求項1−10のいずれか一項に記載の融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
- 請求項11に記載のポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
- 宿主細胞が、CHO細胞またはCOS細胞を含む、請求項12に記載の宿主細胞。
- 宿主細胞に、請求項1−10のいずれか一項に記載の融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを導入し、かつ宿主細胞中で融合タンパク質を発現することを含む、請求項1−10のいずれか一項に記載の融合タンパク質を作製するための方法。
- 融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドが、宿主細胞中で活性なプロモーターに作動可能に連結されている、請求項14に記載の方法。
- 免疫応答を減少させることにおける、それを必要とする対象における、使用のための請求項1−10のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
- 対象が、自己免疫性疾患を有する、請求項16に記載の融合タンパク質。
- 自己免疫性疾患が、1型糖尿病、多発性硬化症、関節リウマチ、セリアック病、全身性エリテマトーデス、若年性特発性関節炎、クローン病、潰瘍性大腸炎または全身性硬化症、移植片対宿主病、乾癬、円形脱毛症、またはHCV誘発性血管炎を含む、請求項17に記載の融合タンパク質。
- 治療有効量の融合タンパク質が、対象当たり103から106IUのIL−2活性または対象当たり104±100倍のIL−2活性を含む、請求項16−18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
- ワクチンの免疫原性を増強することにおける、それを必要とする対象における、使用のための請求項1−10のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
- ワクチンに対する抑制された免疫応答を克服することにおける、それを必要とする対象における、使用のための請求項1−10のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
- 融合タンパク質およびワクチンが同時に投与される、請求項20または21に記載の融合タンパク質。
- 融合タンパク質およびワクチンが任意の順序で連続的に投与される、請求項20または21に記載の融合タンパク質。
- ワクチンが癌ワクチンである、請求項20−23のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
- 治療有効量の融合タンパク質が、対象当たり少なくとも104から107IUのIL−2活性または対象当たり少なくとも105±100のIL−2活性を含む、請求項20−24のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
- 対象が、ヒトである、請求項16−25のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
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