JPH0814855B2 - 蛋白質表示処理方法 - Google Patents
蛋白質表示処理方法Info
- Publication number
- JPH0814855B2 JPH0814855B2 JP63264629A JP26462988A JPH0814855B2 JP H0814855 B2 JPH0814855 B2 JP H0814855B2 JP 63264629 A JP63264629 A JP 63264629A JP 26462988 A JP26462988 A JP 26462988A JP H0814855 B2 JPH0814855 B2 JP H0814855B2
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Description
【発明の詳細な説明】 〔概要〕 蛋白質分子構造の画像表示のための計算機処理に関
し、 比較的簡単な処理によって蛋白質分子のペプチド面に
着目した構成の特徴を見易く表示できる蛋白質表示処理
方法を目的とし、 蛋白質の分子構造を示す画像を、蛋白質分子を構成す
る各原子の関係位置を表す三次元座標データに基づいて
作成し、表示する計算機の処理において、該蛋白質分子
の各ペプチド面について、該ペプチド面に近似し且つ該
ペプチド面の両側のα炭素の座標位置を含む平面を前記
座標データから所定の演算により求め、該平面上にあ
り、該α炭素の座標位置を対角線の頂点とする所定の菱
形図形を求め、該菱形図形を該α炭素の座標を接続点と
して、隣接するペプチド面の該菱形図形と順次接続して
なる三次元画像を表示するように構成する。
し、 比較的簡単な処理によって蛋白質分子のペプチド面に
着目した構成の特徴を見易く表示できる蛋白質表示処理
方法を目的とし、 蛋白質の分子構造を示す画像を、蛋白質分子を構成す
る各原子の関係位置を表す三次元座標データに基づいて
作成し、表示する計算機の処理において、該蛋白質分子
の各ペプチド面について、該ペプチド面に近似し且つ該
ペプチド面の両側のα炭素の座標位置を含む平面を前記
座標データから所定の演算により求め、該平面上にあ
り、該α炭素の座標位置を対角線の頂点とする所定の菱
形図形を求め、該菱形図形を該α炭素の座標を接続点と
して、隣接するペプチド面の該菱形図形と順次接続して
なる三次元画像を表示するように構成する。
本発明は、計算機における、蛋白質分子構造の画像表
示のための処理、特に蛋白質ペプチド面に着目した構成
を表示するための蛋白質表示処理方法に関する。
示のための処理、特に蛋白質ペプチド面に着目した構成
を表示するための蛋白質表示処理方法に関する。
公知のように蛋白質には多数の異なる種類があるが、
それらの性質はその分子の立体的形状によって識別され
ることが知られており、そのために蛋白質の各種研究等
において分子構造の三次元画像表示が使用されている。
それらの性質はその分子の立体的形状によって識別され
ることが知られており、そのために蛋白質の各種研究等
において分子構造の三次元画像表示が使用されている。
蛋白質分子は公知のように第４図（ａ）に示すような
分子構造を有し、破線で囲って示すようにな、原子Ｏ、
Ｃ、Ｎ、Ｈがペプチド面と呼ばれる平面上に結合された
部分が、α炭素（Ｃαと表す）と呼ばれる炭素原子を介
して、十乃至数千個が順次接続して、第４図（ｂ）に例
示するような複雑な線上に並んだ形状をなす。
分子構造を有し、破線で囲って示すようにな、原子Ｏ、
Ｃ、Ｎ、Ｈがペプチド面と呼ばれる平面上に結合された
部分が、α炭素（Ｃαと表す）と呼ばれる炭素原子を介
して、十乃至数千個が順次接続して、第４図（ｂ）に例
示するような複雑な線上に並んだ形状をなす。
その場合に各ペプチド面はそれぞれ各種の方向を向い
ており、又各ペプチド面の両端のα炭素はペプチド面上
に近いが、必ずしも同じ平面上には無い。
ており、又各ペプチド面の両端のα炭素はペプチド面上
に近いが、必ずしも同じ平面上には無い。
各種蛋白質分子の各種性質の特徴は、分子の前記のよ
うな複雑な立体構造によって分類されるとされ、従って
蛋白質分子の性質の推定、比較等のために分子の三次元
画像が利用され、例えば第５図に示すように蛋白質デー
タベース１に蓄積されている各種蛋白質分子の各原子の
三次元座標位置を示すデータから、指定の蛋白質のデー
タを表示処理部２に入力して処理し、適当な立体画像を
表示装置３に出力するシステムが用いられる。
うな複雑な立体構造によって分類されるとされ、従って
蛋白質分子の性質の推定、比較等のために分子の三次元
画像が利用され、例えば第５図に示すように蛋白質デー
タベース１に蓄積されている各種蛋白質分子の各原子の
三次元座標位置を示すデータから、指定の蛋白質のデー
タを表示処理部２に入力して処理し、適当な立体画像を
表示装置３に出力するシステムが用いられる。
そのような蛋白質の表示として、各原子を種類別に色
分けした球でそれぞれの位置に表すものがある。これは
細密ではあるが、そのために却って全体の繋がりのアウ
トラインや、ペプチド面の向きなどを認識し難い。そこ
で、第４図（ｂ）のような曲線に沿って延びるリボン状
の図形による表示も用いられているが、隣接するペプチ
ド面の向きが異なる場合のねじれを表示するための処理
が複雑になり、且つ必ずしも各ペプチド面の状態が見易
く表示されているとはいえない。
分けした球でそれぞれの位置に表すものがある。これは
細密ではあるが、そのために却って全体の繋がりのアウ
トラインや、ペプチド面の向きなどを認識し難い。そこ
で、第４図（ｂ）のような曲線に沿って延びるリボン状
の図形による表示も用いられているが、隣接するペプチ
ド面の向きが異なる場合のねじれを表示するための処理
が複雑になり、且つ必ずしも各ペプチド面の状態が見易
く表示されているとはいえない。
本発明は比較的簡単な処理によって蛋白質分子のペプ
チド面に着目した構成の特徴を見易く表示できる蛋白質
表示処理方法を目的とする。
チド面に着目した構成の特徴を見易く表示できる蛋白質
表示処理方法を目的とする。
第１図は、本発明の構成を示す処理の流れ図である。
図は蛋白質分子の各原子の三次元座標データから分子
構造の画像を生成して表示するための処理の流れを示
し、10〜14は処理ステップである。
構造の画像を生成して表示するための処理の流れを示
し、10〜14は処理ステップである。
蛋白質の分子構造を示す画像を、蛋白質分子を構成す
る各原子の関係位置を表す三次元座標データに基づいて
作成し、表示する計算機の処理において、処理ステップ
10で所要の蛋白質分子の三次元座標データから１ペプチ
ド面とその両側のα炭素のデータを読み込むと、処理ス
テップ11でそのペプチド面に近似し且つそのペプチド面
の両側のα炭素の座標位置を含む平面を所定の方法で演
算する。
る各原子の関係位置を表す三次元座標データに基づいて
作成し、表示する計算機の処理において、処理ステップ
10で所要の蛋白質分子の三次元座標データから１ペプチ
ド面とその両側のα炭素のデータを読み込むと、処理ス
テップ11でそのペプチド面に近似し且つそのペプチド面
の両側のα炭素の座標位置を含む平面を所定の方法で演
算する。
処理ステップ12で、前記で求めた平面上にあり、α炭
素の座標位置を対角線の頂点とする所定の菱形図形を求
め、処理ステップ13でα炭素の位置で隣の菱形図形と繋
がるようにして順次表示し、処理ステップ14で識別し
て、すべてのペプチド面について以上の処理を繰り返
す。
素の座標位置を対角線の頂点とする所定の菱形図形を求
め、処理ステップ13でα炭素の位置で隣の菱形図形と繋
がるようにして順次表示し、処理ステップ14で識別し
て、すべてのペプチド面について以上の処理を繰り返
す。
以上の処理方法により、ペプチド面の状態の見易く表
現した蛋白質分子構造の三次元画像を、比較的簡単な処
理によって得ることができる。
現した蛋白質分子構造の三次元画像を、比較的簡単な処
理によって得ることができる。
蛋白質の分子構造を示す画像を、蛋白質分子を構成す
る各原子の関係位置を表す三次元座標データに基づいて
作成し、表示する場合に、画像表示上で蛋白質のペプチ
ド面を表すための菱形図形の原形を予め決定しておい
て、例えば第２図の処理を開始する。
る各原子の関係位置を表す三次元座標データに基づいて
作成し、表示する場合に、画像表示上で蛋白質のペプチ
ド面を表すための菱形図形の原形を予め決定しておい
て、例えば第２図の処理を開始する。
第２図の処理ステップ20で、蛋白質データベースの所
要の蛋白質分子の三次元座標データを読み込んで、１ペ
プチド面とその両側のα炭素のデータを取り出す。
要の蛋白質分子の三次元座標データを読み込んで、１ペ
プチド面とその両側のα炭素のデータを取り出す。
処理ステップ21でそのデータの座標から、次のように
各３原子の位置で決定される３平面、即ち Ｃα−Ｏ−Ｃα平面 Ｃα−Ｃ−Ｃα平面 Ｃα−Ｎ−Ｃα平面 について、それぞれ法線を求め、処理ステップ22でそれ
ら３法線の平均の座標を持つ仮の法線を計算する。
各３原子の位置で決定される３平面、即ち Ｃα−Ｏ−Ｃα平面 Ｃα−Ｃ−Ｃα平面 Ｃα−Ｎ−Ｃα平面 について、それぞれ法線を求め、処理ステップ22でそれ
ら３法線の平均の座標を持つ仮の法線を計算する。
処理ステップ23で、上記の仮の法線を法線とし、両Ｃ
αの座標を含む平面を決定し、その平面上に両Ｃαの座
標を前記の菱形図形の原形における所定の対角線の頂点
とするように、原形に相似な菱形図形を決定する。
αの座標を含む平面を決定し、その平面上に両Ｃαの座
標を前記の菱形図形の原形における所定の対角線の頂点
とするように、原形に相似な菱形図形を決定する。
処理ステップ24において、その菱形図形を三次元画像
として表示するための投影を行って表示画面の座標を決
定し出力する。その際、法線の向きによって、ペプチド
面の表裏を決定し、表と裏で表示色又は網かけ模様を変
えて表示するものとする。
として表示するための投影を行って表示画面の座標を決
定し出力する。その際、法線の向きによって、ペプチド
面の表裏を決定し、表と裏で表示色又は網かけ模様を変
えて表示するものとする。
処理ステップ25で処理対象の蛋白質分子の全ペプチド
面について処理を終わったか識別し、未処理があれば処
理ステップ20に戻って、前に取り出したペプチド面に隣
接するペプチド面のデータを取り出して、前記のように
処理する。
面について処理を終わったか識別し、未処理があれば処
理ステップ20に戻って、前に取り出したペプチド面に隣
接するペプチド面のデータを取り出して、前記のように
処理する。
以上の処理により、例えば第３図に示すような蛋白質
分子の画像を得る。図では斜線模様の有無によってペプ
チド面の表裏を区別している。
分子の画像を得る。図では斜線模様の有無によってペプ
チド面の表裏を区別している。
以上の説明から明らかなように本発明によれば、蛋白
質分子構造の画像表示のための計算機処理において、比
較的簡単な処理によって蛋白質分子のペプチド面に着目
した分子構造の特徴を見易く表示できるので、経済的な
処理コストで利用者の作業効率が向上されるという著し
い工業的効果がある。
質分子構造の画像表示のための計算機処理において、比
較的簡単な処理によって蛋白質分子のペプチド面に着目
した分子構造の特徴を見易く表示できるので、経済的な
処理コストで利用者の作業効率が向上されるという著し
い工業的効果がある。
第１図は本発明の構成を示す処理の流れ図、 第２図は本発明の実施例の処理の流れ図、 第３図は本発明による表示例を示す図、 第４図は蛋白質分子の説明図、 第５図は蛋白質表示システムの構成例ブロック図であ
る。 図において、 １は蛋白質データベース、２は表示処理部、３は表示装
置、10〜14、20〜25は処理ステップ を示す。
る。 図において、 １は蛋白質データベース、２は表示処理部、３は表示装
置、10〜14、20〜25は処理ステップ を示す。
Claims (1)
- 【請求項１】蛋白質の分子構造を示す画像を、蛋白質分
子を構成する各原子の関係位置を表す三次元座標データ
に基づいて作成し、表示する計算機の処理において、 該蛋白質分子の各ペプチド面について、該ペプチド面に
近似し且つ該ペプチド面の両側のα炭素の座標位置を含
む平面を前記座標データから所定の演算により求め（1
0、11）、 該平面上にあり、該α炭素の座標位置を対角線の頂点と
する所定の菱形図形を求め（12）、 該菱形図形を該α炭素の座標を接続点として、隣接する
ペプチド面の該菱形図形と順次接続してなる三次元画像
を表示する（13、14）ことを特徴とする蛋白質表示処理
方法。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP63264629A JPH0814855B2 (ja) | 1988-10-20 | 1988-10-20 | 蛋白質表示処理方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP63264629A JPH0814855B2 (ja) | 1988-10-20 | 1988-10-20 | 蛋白質表示処理方法 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH02110779A JPH02110779A (ja) | 1990-04-23 |
| JPH0814855B2 true JPH0814855B2 (ja) | 1996-02-14 |
Family
ID=17405998
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP63264629A Expired - Fee Related JPH0814855B2 (ja) | 1988-10-20 | 1988-10-20 | 蛋白質表示処理方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JPH0814855B2 (ja) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| DE19619196A1 (de) * | 1996-05-11 | 1997-11-13 | Pierburg Ag | Elektromagnetisches Schaltventil |
-
1988
- 1988-10-20 JP JP63264629A patent/JPH0814855B2/ja not_active Expired - Fee Related
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JPH02110779A (ja) | 1990-04-23 |
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Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |