拠点間にVPNが張られていて、ポートブロックなどの制限がなければSIPで接続してもよいかと思います。 もしVPNがなく、インターネット経由で拠点間のAsteriskサーバを接続するのであれば、IAX2のほうがお勧めです。 SIPではルータにたくさん穴を開けなればいけない（5060/udpとRTPポート)のですが、IAX2では4569/udpのひとつだけ開ければすみます。 また、SIPはNAT越えの設定が煩雑ですが、IAX2にはそもそもNAT越えの際に問題となるような「パケット中のメッセージにIPアドレスが直書きされている」といったことがないので、単純にスタティックNATで4569/udpがすべてAsteriskサーバに届くよう設定するだけでこと足ります。 ということで、IAX2がお勧めなのです。