JR

例外

• JR北海道：青函トンネルを含む北海道新幹線・海峡線の青森県区間
• JR東日本：東海道線の熱海駅以東・伊東線
• JR東海：東海道新幹線のJR東日本・JR西日本と並行する区間、東海道本線の米原駅以東、飯田線・身延線・御殿場線の各一部
• JR四国：瀬戸大橋を含む本四備讃線の児島駅以南
• JR西日本：関西本線の亀山駅以西、高山本線の猪谷駅以北、紀勢本線の新宮駅以西、新潟県西部、大糸線の非電化区間、山陽新幹線の九州内区間・博多南線
• JR九州：関門トンネルを含む山陽本線の下関駅以南
• JR貨物：第1種鉄道事業者として運行する貨物専用線（ほぼ貨物ターミナル駅までの支線区間）

以前のグループ会社

JR通信（鉄道通信株式会社）…後に日本テレコムを経てソフトバンク

JR北海道

JR北海道バス（登記上は「ジェイ・アール」北海道バス）

JR東日本

東京モノレール JRバス関東 JRバス東北 総合車両製作所 鉄道整備株式会社 NRE（日本レストランエンタプライズ） (鉄道博物館)

JR東海

東海交通事業 JR東海バス 日本車輌 リニア・鉄道館（佐久間レールパークの発展系）

JR西日本

嵯峨野観光鉄道（日本民営鉄道協会に加盟） 西日本JRバス（スルッとKANSAI協議会に加盟） ジェイアール西日本メンテック ジェイアール西日本フードサービスネット 京都鉄道博物館（旧梅小路蒸気機関車館） 中国JRバス(近畿車輛) (日本信号)

JR四国

JR四国バス

JR九州

JR九州バス

JR貨物

水島臨海鉄道 名古屋臨海鉄道 鹿島臨海鉄道

付録・国鉄の関連会社

日本食堂-本体はNREとなり、分割された会社はジェイアール西日本フードサービスネットなどが存在する。

志免炭鉱-昭和39年廃止

連絡船-青函連絡船はJR北海道、宇高連絡船はJR四国直営であったが青函トンネルおよび瀬戸大橋線落成のためそれぞれ昭和63年、平成3年廃止。また、JR西日本は宮島連絡船運行の子会社（JR西日本宮島フェリー）を設立している。

帝都高速度交通営団-JR設立時に日本国（財務大臣）へ株式を移管した。現東京地下鉄。

ソフトバンク-同社の電気通信事業の源流は鉄道通信株式会社（国鉄内の業務用電話網の管理・運営。国鉄分割民営化による新会社第1号でもある）と日本テレコム（新幹線沿いの管路を活用した光ファイバー通信事業）である。既に資本関係はないものの、JRほっとらいんの運営や灰色のJRロゴの商標権を現在も継承している。